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JMP®
Statistical Discovery™. From SAS.
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JMP® Genomics
Nombre de copies
Cartes de liaisons
Modélisation prédictive
Une combinaison unique d'outils de découverte et d'analyse visuelle
Que vos travaux reposent sur de gros volumes de données issues d'études Next Generation Sequencing ou sur des puces à ADN, JMP Genomics réunit les outils dont vous avez besoin pour analyser des variantes rares et courantes, détecter des configurations d'expression différentielle, découvrir des profils de biomarqueurs fiables et intégrer des informations sur les voies métaboliques à vos workflows d'analyse. La dernière version du logiciel permet en outre de créer et manipuler des cartes de liaisons génétiques, puis de les utiliser en aval dans la cartographie QTL de cultures agronomiques importantes.
JMP Genomics associe de manière dynamique les graphiques interactifs de JMP et les fonctionnalités statistiques performantes de SAS® Analytics. Vous pouvez ainsi consulter et explorer vos données sous tous les angles pour mieux les interpréter, et partager les résultats de vos analyses avec vos collègues.
Le logiciel classe automatiquement les résultats dans des rapports tabulés et vous permet de personnaliser l'affichage des options d'analyse. Grâce aux fonctionnalités d'intégration avec R, Excel et d'autres outils, JMP Genomics devient votre hub analytique.
En savoir plus sur la dernière version, JMP Genomics 6.0
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Prêt pour la version 6.0 ?
Les fonctionnalités de JMP Genomics 6.0 ont notamment été optimisées pour les applications agronomiques. Téléchargez la fiche produit et découvrez l'approche graphique qui permet à tous les utilisateurs – y compris les débutants – de réaliser rapidement des découvertes dans les données génomiques.
Régions communes et variations uniques
Avec JMP Genomics, explorez des données de type nombre de copies et perte d'hétérozygosité (LOH) associées à des groupes ou des individus. Vous pouvez évaluer la qualité des données afin d'identifier des échantillons de valeurs aberrantes et des points de données aberrants, mais aussi ajuster les jeux de données aberrants LOH et nombre de copies à l'aide d'échantillons de référence groupés ou appariés. Analysez les segments en procédant à une rapide segmentation binaire circulaire (CBS) afin de visualiser les motifs communs aux différents échantillons.
Vous pouvez également tirer parti des approches ANOVA pour identifier statistiquement les différences majeures entre plusieurs groupes expérimentaux ou comparer des échantillons individuels à un groupe de référence. Les présentations graphiques interactives et le navigateur de JMP Genomics facilitent quant à eux l'identification de régions communes intéressantes, mais aussi de variations uniques.
Découvrir les améliorations apportées aux fonctionnalités d'analyse des nombres de copies
Les nouveaux graphiques de résumé de la segmentation peuvent être filtrés de manière interactive afin d'identifier les zones communes de perte ou gain de nombre de copies.
Des analyses adaptées à de nombreuses plates-formes
JMP Genomics prenant en charge les formats de données d'intensité, de reads alignés et de counts les plus courants, vous pouvez normaliser et analyser aussi bien des données venant de puces à ADN que des données agrégées issues d'études next generation sequencing. Grâce aux workflows de type � pointer-cliquer �, l'analyse de l'expression des gènes et des exons et des jeux de données RNA-seq est à la portée des nouveaux utilisateurs.
JMP Genomics 6 offre plusieurs nouvelles méthodes de mise à l'échelle adaptées aux jeux de données counts, tandis que les méthodes standard – méthodes de normalisations loess et des quantiles, par exemple – ont été actualisées. Vous pouvez en outre cribler l'expression spécifique d'allèles, filtrer les intensités ou counts, procéder à la normalisation de lots et appliquer aisément des filtres de gènes et d'échantillons afin de ré-analyser rapidement des sous-ensembles de vos données.
Découvrir les fonctionnalités d'analyse de l'expression de JMP Genomics
Superposez des variables continues (p-values, intensités, dénombrements, niveaux de variation, etc.) sur des génomes simples ou complexes pour identifier les zones intéressantes, puis obtenez des informations détaillées sur les résultats et suivis.
Une palette complète d'outils de génétique
JMP Genomics permet d'importer des jeux de données de variantes depuis des fichiers VCF ou des rapports indel et SNP CLC bio, des fichiers de synthèse Complete Genomics, de texte Plink et des fichiers binaires, et prend en charge les principaux formats de sortie de tableaux SNP. Une fois l'importation terminée, choisissez l'une des nombreuses options d'analyse d'associations, allant des simples associations de cas-témoins aux modèles linéaires les plus complexes impliquant des covariables, interactions et effets aléatoires.
Les multiples méthodes d'association de variantes rares disponibles permettent de regrouper des variantes SNP rares au sein de groupes de gènes, de réseaux métaboliques ou de groupes positionnels, voire de repérer des régions génomiques d'état identique (IBS) communes à des individus liés ou indépendants. D'autre part, vous pouvez analyser des configurations de déséquilibre de liaison, corriger la structure de la population et découvrir des interactions SNP-SNP. Créez et compressez des matrices de relations, que vous pouvez ensuite intégrer aisément à des tests d'association en vue de corriger simultanément la structure de la population et les liens de parenté grâce à l'analyse du modèle mixte Q-K.
En savoir plus sur les options d'analyse souples pour l'exploration de données génétiques
Identifiez les zones génomiques contenant des marqueurs génotypiques IBS communs à des individus liés ou indépendants.
Améliorez les cultures agronomiques grâce à l'analyse statistique
JMP Genomics propose toute une série de processus interactifs dont vous pouvez vous servir avec les cartes de liaisons de marqueurs génétiques utilisées dans les travaux d'amélioration de différentes cultures agronomiques. Vous pouvez ainsi créer de nouveaux groupes de liaison en reprenant les génotypes de croisements consanguins, organiser les marqueurs au sein des groupes de liaison au moyen d'algorithmes d'optimisation évolués et visualiser les cartes de marqueurs créées ou importées. JMP Genomics 6 prend également en charge les marqueurs dont la position est connue, le filtrage interactif et l'inversion de l'ordre des marqueurs au sein des groupes de liaison, ainsi que l'identification automatisée des groupes de liaison en fonction de la distance génétique ou d'une fraction de recombinaison.
Vous pouvez de surcroît explorer les interactions entre génotype et environnement dans le cadre d'essais multi-environnements, agréger les informations phénotypiques sous forme de graphiques interactifs et réaliser des analyses QTL en utilisant les nouvelles cartes de marqueurs établies. Les nouvelles options de permutation et de régression Haley-Knott multiplient les possibilités de cartographie QTL d'intervalle simple et d'intervalle composite.
En savoir plus sur les cartes de liaisons et les fonctionnalités d'analyse QTL
Visualisez les cartes de liaisons créées dans JMP Genomics ou importées d'un autre logiciel.
Analysez les counts et variantes
JMP Genomics offre des fonctionnalités d'analyse statistique en aval des reads alignés issus des pipelines d'analyse de séquence de pointe. Vous pouvez importer des counts au format texte, ou résumer des counts issus de fichiers SAM et BAM afin de tirer parti des méthodes de normalisation et de modélisation linéaire généralisée adaptées à ce type de données. Les workflows de base destinés aux méthodes RNA-seq et miRNA-seq rationalisent les phases d'analyse statistique.
Vous pouvez importer directement des génotypes de différents formats texte ou fichiers VCF, ou faire appel aux variantes d'un ensemble de fichiers BAM à l'aide d'un génome de référence. JMP Genomics prend en charge de nombreuses méthodes d'analyse d'association de variantes SNP rares et courantes, et peut identifier les régions d'état identique (IBS) communes à des individus liés ou indépendants. Vous pouvez également effectuer des criblages pour identifier les corrélations significatives entre différents types de données et visualiser les résultats dans le navigateur de JMP Genomics pour confirmer vos conclusions statistiques dans le contexte génomique.
Explorez les fonctionnalités d'analyse en aval des données next generation sequencing
Mettez les données de counts à l'échelle dans l'ensemble des échantillons grâce à la normalisation TMM, comparez les facteurs TMM de différents échantillons et visualisez les graphiques de densité de kernel des données normalisées.
Identifiez des biomarqueurs fiables
JMP Genomics excelle dans la modélisation prédictive et offre un grand choix de méthodes ainsi que des options de filtrage/verrouillage de régresseur et de validation croisée. Le logiciel vous guide tout au long des analyses exploratoires des types de données séparés et appariés et vous permet d'associer plusieurs types de régresseur pour créer et tester des signatures biologiques, puis effectuer sur ces dernières une validation croisée en tirant parti de multiples méthodes de � hold-out �.
La participation active de développeurs JMP au consortium MAQC (MicroArray Quality Control) a influencé le développement des fonctions de modélisation prédictive de JMP Genomics. Les stratégies d'itération et de duplication intégrées au logiciel visent à réduire les biais tandis que des approches de validation croisées permettent d'évaluer avec précision les performances relatives de centaines de modèles à la fois.
En savoir plus sur les outils de modélisation prédictive de JMP Genomics
Affichez les courbes ROC et évaluez vos modèles prédictifs en utilisant toutes sortes de statistiques ROC.
Effectuez un zoom arrière au niveau des réseaux métaboliques
JMP Genomics facilite la liaison entre les informations sur les réseaux métaboliques et les résultats d'analyse. Cliquez pour transférer les listes de gènes vers le logiciel IPA (Ingenuity Pathways Analysis) afin de visualiser et colorer les réseaux métaboliques et d'ajouter les informations IPA aux jeux de données d'analyse dans le but d'effectuer des tests d'enrichissement des jeux de gènes. JPM Genomics intègre une fonction de scoring des groupes de gènes, qui résume les mesures individuelles de l'expression des gènes au niveau de la voie métabolique pour détecter des motifs associés mais hétérogènes de l'expression différentielle.
Vous pouvez également incorporer dans les données d'analyse des informations sur les jeux de gènes et les réseaux métaboliques issus des bases de données MsigDB et KEGG, effectuer des groupements cytogénétiques ou créer des groupes d'annotation personnalisés à l'aide des informations de position. Récupérez facilement les réseaux KEGG et colorez-les pour mettre en évidence les gènes exprimés différentiellement.
En savoir plus sur les fonctionnalités d'analyse des voies métaboliques
Examinez un graphique de résumé en forme de volcan pour identifier les voies sur- ou sous-représentées dans votre liste de gènes significatifs, à l'aide de divers tests d'enrichissement.
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Les chercheurs du monde entier utilisent JMP Genomics pour explorer toutes sortes de thèmes de recherche et résoudre des problèmes dans de nombreuses disciplines des sciences de la vie. Prenez connaissance de leurs découvertes.