وعاد الخميسى إلى مصر بعد الدكتوراة بدعوة من الدكتور فوزى فهمى، للعمل بأكاديمية الفنون أستاذا بكونسرفتوار أكاديمية الفنون، لكنه أصر على العمل بالمعهد العالى للموسيقى العربية بالأكاديمية، الذى ظل يعمل حتى وفاته أستاذا متفرغا به، وقاد بالمعهد عملية تأسيس قسم علوم الموسيقى الأول من نوعه فى الشرق، وترأس القسم ووضع مناهجه.