مبنى المتحف هو عبارة عن قصر سابق لأحد تجار الأخشاب الأثرياء في المدينة وهو "أسعد باسيلي"، الذي قام بإنشائه على طراز المعمار الإيطالي. بيع القصر في عام 1954لسفارة الأمريكية بمبلغ 53 ألف جنيه مصري، واشتراهالمجلس الأعلى للآثار المصري بمبلغ 12 مليون جنيه مصري، الذي حوله بدوره إلى متحف قومي للمدينة. وقام الرئيس المصري حسني مبارك بافتتاحه في 1 سبتمبر2003