المتحف موجود في واحدة من احلى المواقع الأثرية في مصر، على ربوة عالية بجوار مقياس النيلبيتكون وبيتكون من 3 أدوار، البدروم وده فيه قاعة العرض الرئيسية، والدور الأرضي فيه المدخل الرئيسي وقاعة كبار الزوار، والدور الأول فيه الكافيتريا والمكتبة وحجرات التصوير وباقي المتحف.