Les dépenses du fonds sont constituées : 
a) Par le remboursement aux organismes gestionnaires mentionnés aux a et b de l'article L. 861-4 des sommes correspondant à la prise en charge des dépenses mentionnées à l'article L. 861-3. Pour les bénéficiaires redevables de la participation mentionnée au 2° de l'article L. 861-1, ces dépenses sont minorées du montant des participations dues à l'organisme assurant la protection complémentaire. Pour les organismes mentionnés au b de l'article L. 861-4, ces mêmes dépenses sont majorées, au titre des frais de gestion, d'un montant forfaitaire pour chaque bénéficiaire mentionné au 2° de l'article L. 861-1 dont l'organisme gère la protection complémentaire. Ce montant est fixé par arrêté du ministre chargé de la sécurité sociale après avis de l'Union nationale des organismes d'assurance maladie complémentaire. 
Le fonds transmet au Gouvernement, au plus tard le 1er septembre de chaque année, l'état des sommes correspondant à la prise en charge pour l'ensemble des organismes gestionnaires des dépenses mentionnées à l'article L. 861-3 ; 
b) Par les frais de gestion administrative du fonds. 
Les modalités d'application du a sont précisées par décret.