L'action de l'allocataire pour le paiement de l'allocation se prescrit par deux ans. 
Cette prescription est également applicable à l'action intentée par un organisme payeur en recouvrement de la prestation indûment payée, sauf en cas de fraude ou de fausse déclaration. 
Tout paiement indu de l'allocation de logement est récupéré, sous réserve que l'allocataire n'en conteste pas le caractère indu, par retenues sur l'allocation à venir ou par remboursement intégral de la dette en un seul versement si l'allocataire opte pour cette solution.A défaut, l'organisme payeur peut, dans des conditions fixées par décret, procéder à la récupération de l'indu par retenues sur les échéances à venir dues soit au titre des prestations familiales mentionnées à l'article L. 511-1, soit au titre de l'aide personnalisée au logement mentionnée à l'article L. 351-1 du code de la construction et de l'habitation, soit au titre des prestations mentionnées au titre II du livre VIII du présent code, soit au titre du revenu de solidarité active mentionné à l'article L. 262-1 du code de l'action sociale et des familles, tel qu'il résulte de la loi n° 2008-1249 du 1er décembre 2008 généralisant le revenu de solidarité active et réformant les politiques d'insertion. 
Dans des conditions définies par décret, les retenues mentionnées au troisième alinéa, ainsi que celles mentionnées aux articles L. 553-2 du présent code et L. 351-11 du code de la construction et de l'habitation, L. 821-5-1 du présent code et L. 262-46 du code de l'action sociale et des familles, tel qu'il résulte de la loi n° 2008-1249 du 1er décembre 2008 précitée, sont déterminées en fonction de la composition du ménage, de ses ressources, des charges de logement, des prestations servies par les organismes débiteurs de prestations familiales, à l'exception de celles précisées par décret. 
Toutefois, par dérogation aux dispositions des alinéas précédents, le montant de l'indu peut être réduit ou remis en cas de précarité de la situation du débiteur, sauf en cas de manœuvre frauduleuse ou de fausses déclarations.