Les attributions individuelles annuelles de l'indemnité mentionnée à l'article 1er varient : 
1° En fonction des responsabilités exercées au sein de chaque section :
-président de section ;
-vice-président de section et assesseur ;
-membres des sections. 
2° En fonction du nombre de dossiers examinés dans le cadre des demandes d'inscription sur la liste de qualification et des demandes de suivi de carrière, ainsi que des candidatures pour l'obtention de la prime individuelle instituée par le décret n° 2021-1895 du 29 décembre 2021 portant création du régime indemnitaire des personnels enseignants et chercheurs, et des candidatures prévues par le décret n° 2021-1722 du 20 décembre 2021 créant une voie temporaire d'accès au corps des professeurs des universités et aux corps assimilés. 
Elles sont fixées chaque année par décision du ministre chargé de l'enseignement supérieur, par référence à un montant défini en fonction des responsabilités exercées et à un montant défini par dossier examiné, déterminés par arrêté conjoint des ministres chargés de l'enseignement supérieur, du budget et de la fonction publique. 
Le nombre maximum de dossiers pouvant être examinés annuellement par chaque membre du Conseil national des universités est fixé par arrêté conjoint des ministres chargés de l'enseignement supérieur, du budget et de la fonction publique. 
Lorsque des membres suppléants des sections ou des rapporteurs ou experts extérieurs aux sections se voient confier l'examen de dossiers, ils bénéficient de l'attribution de la part de l'indemnité prévue au 2° du présent article dans les mêmes conditions que les membres titulaires des sections. 
Lorsqu'un membre suppléant de section siège en remplacement d'un membre titulaire, il perçoit l'indemnité prévue au 1° du présent article à la place du membre titulaire qu'il remplace, au prorata du nombre de séances concernées.