L'agence de santé de la Guadeloupe, de Saint-Barthélemy et de Saint-Martin exerce en Guadeloupe, à Saint-Barthélemy et à Saint-Martin les compétences dévolues aux agences régionales de santé mentionnées aux articles L. 1431-1 et L. 1431-2. 

Le directeur général de l'agence exerce les compétences dévolues au directeur général de l'agence régionale de santé mentionné à l'article L. 1432-1.

Le conseil d'administration de l'agence exerce les compétences dévolues au conseil d'administration de l'agence régionale de santé mentionné à l'article L. 1432-1. Il est présidé par le représentant de l'Etat en Guadeloupe. Celui-ci est assisté de quatre vice-présidents, dont trois désignés parmi les représentants des collectivités territoriales qui siègent au conseil d'administration.