Les infractions aux dispositions des articles L. 2341-1 et L. 2341-2 sont punies d'un emprisonnement de cinq ans et d'une amende de 75 000 euros ou de l'une de ces deux peines seulement. Les peines sont portées à dix ans d'emprisonnement et à 500 000 euros d'amende lorsque l'infraction est commise en bande organisée. 
En cas de condamnation, le tribunal ordonne la confiscation, en vue de leur destruction, des agents ou toxines définis à l'article L. 2341-1. 
Il peut en outre ordonner, conjointement ou non : 
1° La fermeture totale ou partielle, à titre définitif ou pour une durée de cinq ans au plus, de l'établissement ayant permis de commettre l'infraction ; 
2° La confiscation des équipements ayant servi à la mise au point, à la fabrication, à la détention ou au stockage de ces agents ou toxines ; 
3° L'interdiction, suivant les modalités prévues par l'article 131-27 du code pénal, d'exercer l'activité professionnelle ou sociale dans l'exercice ou à l'occasion de l'exercice de laquelle l'infraction a été commise.