En cas de maladie, les désaccords intervenant entre le médecin traitant et le médecin-conseil du régime spécial sur l'état de santé de l'agent malade et sur le bien-fondé de l'arrêt sont arbitrés par le biais de l'expertise médicale prévue à l'article L. 141-1 du livre Ier du code de la sécurité sociale, à l'initiative du médecin-conseil. 
En cas d'invalidité, le recours à l'expertise médicale est ouvert au salarié, dans les conditions et les délais prévus à l'article R. 141-1 du code de la sécurité sociale, après notification de la stabilisation de son état de santé, faite par l'employeur, sur avis du médecin-conseil. 
En cas de consolidation d'accident de travail ou de maladie professionnelle, y compris les rechutes, l'expertise médicale est du ressort du régime général de sécurité sociale.