La subvention de fonctionnement par élève est constituée, selon le mode d'accueil, d'une part correspondant à l'externat simple et, lorsqu'il y a lieu, d'une deuxième part correspondant à la restauration et d'une troisième part correspondant à l'hébergement. Le montant de chaque part est fixé par référence au coût moyen par élève des dépenses correspondantes des établissements d'enseignement technique agricole publics. Ces dépenses comportent les frais de personnel non enseignant à la charge de l'Etat et les frais de fonctionnement matériel et pédagogique à la charge de l'Etat et des régions. Compte tenu des dispositions de l'article R. 813-9, la part correspondant à l'externat simple est égale au coût moyen des frais d'externat simple par élève de l'enseignement agricole public.
   Chaque année, un arrêté conjoint du ministre de l'agriculture et du ministre chargé du budget fixe le montant de chacune des parts constitutive de la subvention allouée par élève aux établissements, ainsi que le montant de la subvention totale allouée selon le mode d'accueil des élèves.