L'agent titulaire de l'agrément mentionné à l'article R. 2251-31 ne peut assurer une mission en dispense du port de la tenue, armés ou non, qu'à la condition d'être habilité, par le responsable du service, au moyen d'un ordre de mission, d'une durée limitée à 144 heures consécutives, indiquant les dates, les horaires, les lieux et l'objet de la mission, renouvelable dans les mêmes conditions. 
L'ordre de mission et les identités des agents sont transmis par écrit, par l'entreprise, au moins sept jours avant le début de la mission, au chef du service national de la police ferroviaire, ou, dans la région Ile-de-France, au sous-directeur de la police régionale des transports de la préfecture de police en fonction de leurs compétences respectives. 
Le chef du service national de la police ferroviaire ou le sous-directeur de la police régionale des transports de la préfecture de police informent en tant que de besoin, en fonction de la nature et du lieu de la mission, le préfet concerné mentionné à l'article R. 2251-53 et les services de la police et les unités de gendarmerie nationale concernés. 
A la demande des services informés ou pour tout motif, le chef du service national de la police ferroviaire ou le préfet concerné mentionné à l'article R. 2251-53 peuvent s'opposer à tout moment à l'exercice de cette mission. L'entreprise met fin à la mission dès qu'elle a connaissance de l'opposition. 
Toutefois, en cas d'urgence, le responsable du service interne de sécurité de l'entreprise peut délivrer un ordre de mission, sans avoir procédé à l'information préalable dans les conditions prévues au deuxième alinéa. Il en informe alors immédiatement les services mentionnés au deuxième alinéa. Dans ce cas, le responsable du service interne de sécurité transmet à ces services un compte-rendu de la mission dans lequel il rend compte de l'urgence ayant conduit à ne pas procéder à l'information préalable. 
Les ordres de mission sont conservés par l'entreprise pendant une durée de deux ans.