Un représentant de l'Etat, choisi parmi les membres du Conseil général de l'alimentation, de l'agriculture et des espaces ruraux et nommé par arrêté du ministre chargé de l'agriculture, assure la présidence du comité. 
Le président a pour mission, en dehors des réunions du comité dont il assure la présidence, de veiller à la bonne marche du secrétariat général prévu à l'article R. 412-10 et d'assurer avec son aide la préparation et l'exécution des décisions du comité.