Tout établissement mentionné à l'article 2 verse à l'établissement public national chargé de la gestion des personnels de direction et des directeurs des soins de la fonction publique hospitalière et des praticiens hospitaliers une contribution.L'assiette de la contribution de chaque établissement est constituée de la masse salariale des personnels employés par l'établissement à la date de clôture du pénultième exercice. Le taux de la contribution est fixé chaque année par arrêté des ministres chargés de la santé et des affaires sociales dans la limite de 0, 15 %. En vue de la fixation du montant de la contribution, chaque établissement fait parvenir à l'administration une déclaration des charges salariales induites par la rémunération de ses personnels. La contribution est recouvrée par l'établissement public national. 
Les ressources de l'établissement public national chargé de la gestion des personnels de direction de la fonction publique hospitalière et des praticiens hospitaliers comprennent également des subventions, avances, fonds de concours et dotation de l'Etat ainsi qu'une dotation des régimes obligatoires d'assurance maladie, dont le montant est fixé chaque année par arrêté des ministres chargés de la santé et de la sécurité sociale, versée et répartie dans les conditions prévues aux articles L. 162-22-15 et L. 174-2 du code de la sécurité sociale. 
Le Centre national de gestion peut également assurer le remboursement de la rémunération de praticiens hospitaliers, de personnels de direction ou de directeurs des soins affectés en surnombre dans un établissement mentionné à l'article 2, dans des conditions fixées par décret en Conseil d'Etat.
L'établissement public national chargé de la gestion des personnels de direction de la fonction publique hospitalière et des praticiens hospitaliers exerce ses missions au nom du ministre chargé de la santé ou du directeur de l'établissement de rattachement du personnel qu'il gère. 
Le directeur général de l'établissement public national est recruté sur un emploi doté d'un statut fonctionnel dans des conditions définies par décret en Conseil d'Etat.