Les agences régionales de santé sont des établissements publics de l'Etat à caractère administratif. Elles sont placées sous la tutelle des ministres chargés de la santé, de l'assurance maladie, des personnes âgées et des personnes handicapées. 
 Les agences régionales de santé sont dotées d'un conseil de surveillance et dirigées par un directeur général. 
 Auprès de chaque agence régionale de santé sont constituées : 
 1° Une conférence régionale de la santé et de l'autonomie, chargée de participer par ses avis à la définition des objectifs et des actions de l'agence dans ses domaines de compétences ; 
 2° Deux commissions de coordination des politiques publiques de santé, associant les services de l'Etat, les collectivités territoriales et leurs groupements et les organismes de sécurité sociale. Ces commissions, dont la composition et les modalités de fonctionnement sont fixées par décret, sont compétentes pour assurer la cohérence et la complémentarité des actions déterminées et conduites par leurs membres, respectivement : 
 - dans les domaines de la prévention, de la santé scolaire, de la santé au travail et de la protection maternelle et infantile ; 
 - dans le domaine des prises en charge et des accompagnements médico-sociaux. 
 Les agences régionales de santé mettent en place des délégations territoriales dans les départements.