Des contrôles vétérinaires exécutés par les agents habilités à cet effet peuvent être appliqués aux animaux vivants, aux produits d'origine animale, aux sous-produits animaux et aux produits dérivés de ces derniers, aux aliments pour animaux, aux micro-organismes pathogènes pour les animaux et aux produits susceptibles de les véhiculer, introduits sur le territoire métropolitain ou en Guadeloupe, en Guyane, à la Martinique, à La Réunion, à Saint-Barthélemy ou à Saint-Martin et ayant le statut de marchandises provenant de l'Union européenne, dès lors qu'ils sont effectués à destination dans les conditions fixées par le droit de l'Union européenne ou, dans les cas où celui-ci l'autorise, par le ministre chargé de l'agriculture.
En cas de méconnaissance des dispositions de l'article L. 236-1 commise par une entreprise expéditrice ou destinataire ou toute autre personne qui participe à l'opération d'échange, les contrôles peuvent comporter la mise en quarantaine des animaux vivants ou la consignation des produits d'origine animale, des sous-produits animaux et des produits dérivés de ces derniers, des aliments pour animaux, des micro-organismes pathogènes pour les animaux ou des produits susceptibles de les véhiculer, dans des conditions fixées par arrêté du ministre chargé de l'agriculture. Les frais occasionnés par ces contrôles sont mis à la charge de la personne ayant méconnu les dispositions du même article L. 236-1 ou de ses complices.