Les primes d'encadrement doctoral et de recherche sont attribuées pour une période de quatre années scolaires par décision du ministre chargé de l'agriculture.
Pour pouvoir bénéficier de cette prime, les personnels concernés doivent souscrire l'engagement d'effectuer, au sein de leur établissement ou dans le cadre d'une convention passée entre leur établissement d'affectation et un établissement d'enseignement supérieur ou de recherche, en plus de leurs obligations statutaires de service, une activité spécifique en matière de recherche et de formation à la recherche et par la recherche durant la période précitée.
 Elle peut également être attribuée aux personnels lauréats d'une distinction scientifique de niveau international ou national conférée par un organisme de recherche dont la liste est fixée par arrêté du ministre chargé de la recherche en application de l'article 1er du décret n° 2009-851 du 8 juillet 2009 relatif à la prime d'encadrement doctoral et de recherche attribuée à certains personnels de l'enseignement supérieur et de la recherche.
Un arrêté du ministre chargé de l'agriculture fixe la procédure, les modalités d'attribution de la prime ainsi que les conditions dans lesquelles il peut être mis fin, à titre exceptionnel, à l'engagement souscrit par le bénéficiaire de la prime avant l'expiration de la période de quatre ans. Dans ce cas, la prime d'encadrement doctoral et de recherche ne peut être perçue pour le semestre pendant lequel l'engagement a pris fin.