Dans les régions, la collectivité de Corse, les collectivités régies par les articles 73 et 74 de la Constitution et en Nouvelle-Calédonie, le représentant de l'Etat est le délégué territorial de l'agence dans des conditions fixées par décret en Conseil d'Etat. Dans le cadre de ses missions, il veille au développement du sport pour toutes et tous dans les territoires les moins favorisés. Il peut ordonner les dépenses et mettre en œuvre les concours financiers territoriaux de l'agence.