Le Conseil général de l'alimentation, de l'agriculture et des espaces ruraux est chargé du contrôle réalisé après paiement sur l'ensemble des organismes bénéficiaires des subventions financées par le compte d'affectation spéciale développement agricole et rural. 
Ce contrôle est réalisé sur pièces et sur place et porte sur l'utilisation des concours financiers du compte d'affectation spéciale développement agricole et rural dont la destination doit demeurer conforme au but pour lequel ils ont été consentis. 
Les organismes qui bénéficient ou ont bénéficié directement ou indirectement des concours financiers du compte d'affectation spéciale développement agricole et rural ou qui attribuent des concours à d'autres organismes sont soumis à ce contrôle quelle que soit leur nature juridique, de même que les organismes bénéficiaires des reversements. 
Ce contrôle est effectué dans le cadre d'une programmation annuelle arrêté par le vice-président du Conseil général de l'alimentation, de l'agriculture et des espaces ruraux et selon une méthode définie conjointement avec le directeur général de la performance économique et environnementale des entreprises et le directeur général de l'enseignement et de la recherche. 
Pour l'exercice de ce contrôle, les membres du Conseil général de l'alimentation, de l'agriculture et des espaces ruraux ont libre accès à l'organisme qui est tenu de leur prêter son assistance et de leur fournir toutes justifications et tous renseignements utiles. Pour les opérations faisant appel à l'informatique, le droit de communication implique l'accès aux logiciels et aux données ainsi que la faculté d'en demander la transcription, par tout moyen approprié, dans des documents directement utilisables pour les besoins du contrôle. Pour le contrôle de l'emploi des concours, l'organisme autorise les commissaires aux comptes à communiquer les éléments en leur possession aux agents de la mission permanente d'inspection générale et d'audit du Conseil général de l'alimentation, de l'agriculture et des espaces ruraux. 
En cas de constat d'irrégularités, la mission permanente d'inspection générale et d'audit du Conseil général de l'alimentation, de l'agriculture et des espaces ruraux formule des recommandations qu'elle transmet au directeur général de l'enseignement et de la recherche, et, en fonction de leurs responsabilités respectives, au directeur général de la performance économique et environnementale des entreprises, au directeur général de l'alimentation et au directeur général de FranceAgriMer, qui prennent les mesures appropriées à l'encontre de l'organisme.