Chaque année, un arrêté du ministre compétent fixe pour chaque corps, domaine de recherche et établissement public concerné, le nombre de contrats de chaire de professeur junior susceptibles d'être pourvus. Cet arrêté mentionne également le montant du financement apporté par l'agence nationale de la recherche au projet de recherche et d'enseignement associé à la chaire de professeur junior.
Dans cette perspective, le chef d'un établissement public candidat pour bénéficier de cette voie de recrutement justifie auprès du ministre compétent des besoins de cet établissement en fonction des projets nécessaires à la mise en œuvre de sa stratégie scientifique, prévue notamment dans son contrat d'établissement, ou au renforcement de son attractivité internationale.