La subvention de fonctionnement par élève est constituée, selon le mode d'accueil, d'une part correspondant à l'externat simple et, lorsqu'il y a lieu, d'une deuxième part correspondant à la restauration et d'une troisième part correspondant à l'hébergement. 
Le montant de chaque part est fixé par référence au coût moyen par élève des dépenses correspondantes des établissements d'enseignement technique agricole publics. 
Les dépenses mentionnées à l'alinéa précédent comportent les frais de personnel non enseignant et les dépenses de fonctionnement à la charge de l'Etat et des collectivités territoriales, selon les compétences qu'ils exercent à l'égard des établissements d'enseignement technique agricole publics. 
Les dépenses de fonctionnement à la charge de l'Etat sont celles correspondant aux charges et dépenses mentionnées au dernier alinéa de l'article L. 813-8 du code rural et de la pêche maritime, telles qu'exécutées au titre du dernier exercice budgétaire dont les résultats sont connus. 
Un arrêté des ministres chargés de l'agriculture et du budget fixe, selon le mode d'accueil des élèves, un montant moyen de subvention par élève et par an identique pour toutes les associations ou organismes responsables d'établissements d'enseignement agricole privés.