Verilen ünlü blog yazısına göre, etkili transkript uzunluğu şöyledir:
$\tilde{l}_i = l_i - \mu$
burada $l_i$ transkript uzunluğu ve $\mu$ ortalama fragman uzunluğudur. Ancak, tipik fragman uzunluğu yaklaşık 300 baz çifti kadardır. O zaman transkript $l_i$ 300'den küçükse, etkili uzunluğu nasıl hesaplarsınız?
İlgili bir soru: bir genin FPKM'ini hesaplarken bir transkript nasıl seçilir? "Kanonik" bir transkript mi seçiyoruz (nasıl?) yoksa tüm transkriptlerden gelen sinyalleri bir gen düzeyine FPKM'ye mi dönüştürüyoruz?