I Mission Centers sono delle strutture organizzative esterne ai Direttorati e specializzati per "aree tematiche". Molte delle innovazioni sviluppate da questo Direttorato sono state poi trasmesse alle altre Agenzie di intelligence statunitensi, e, una volta divenute di dominio pubblico, alle Forze Armate. Un esempio di tale processo è lo sviluppo dell'aereo Lockheed U-2: progettato fin dall'inizio come velivolo predisposto all'acquisizione di immagini fotografiche a grandi altitudini per aree geografiche come l'Unione Sovietica, è utilizzato dalla United States Air Force. All'interno di questo Direttorato esisteva uno speciale centro operativo dedicato all'analisi delle immagini raccolte dalle missioni di volo degli U-2, il National Photointerpretation Center .