Guarito, servì in diverse navi mercantili prima di entrare in Marina nel luglio 1864. A bordo del "Minnesota" divenne archivista, il che lo portò poi al giornalismo freelance. Il "New York Herald", insieme al "Daily Telegraph", finanziarono un'altra spedizione nel continente africano, in cui Stanley risolse uno degli ultimi misteri africani, percorrendo il corso del fiume Congo fino alla foce. Stanley divenne così forse l'unico uomo a servire nel Confederate Army, l'esercito dell'Unione e la Marina dell'Unione.