Ci sono parallelismi tra quello che scrive ed i documenti prodotti dagli Inquisitori, che presentano i "conversos" come ambivalenti riguardo al cristianesimo e talvolta anche ironici nelle loro espressioni in merito alla "nuova religione" di coloro che chiamavano "cripto-giudei". Abrabanel era immerso nel razionalismo della famiglia Ibn Yahya, che aveva una residenza adiacente alla "Grande Sinagoga di Lisbona" . La sua opera più importante, "Rosh Amanah" , difende i tredici articoli di fede maimonidei contro gli attacchi di Hasdai Crescas e di Yosef Albo. "Rosh Amanah" si conclude con l'affermazione che "Maimonide compilò questi articoli semplicemente in conformità alla moda delle altre nazioni, che hanno istituito assiomi o principi fondamentali per la loro scienza".