Sotto il presbiterio si apre l'ampia cripta, scavata in epoca romanica ma rinnovata nel 1606 da Francesco Laurenzi, al quale subentrarono Giuseppe Dattaro e Giovanni Battista Maiolo dopo il rovinoso crollo della volta. La cripta è a tre navate, e conserva l"Arca dei santi Marcellino e Pietro", del 1506. L'arca fu scolpita dallo scultore rinascimentale Benedetto Briosco, allievo dell'Amadeo e autore del portale principale della Certosa di Pavia, all'inizio del XVI secolo, per la chiesa di san Tommaso a Cremona. In epoca barocca, all'inizio del Seicento, il sarcofago fu traslato in duomo nella sua sede attuale e ricostruito dallo scultore Matteo Galletti utilizzando le formelle originali del Briosco, oltre alla formella centrale con "Cristo Risorto" proviene dall"arca di S. Arealdo" dell'Amadeo.