A differenza dell'Indice Paolino, l'Indice Tridentino venne applicato in quasi tutta l'Italia e in gran parte dell'Europa. La Spagna applicò anche l'indice redatto dall'Inquisizione locale, provvista di pieni poteri già dal 1559. Papa Pio V istituì nel 1571 la "Congregazione dell'Indice", per tenere aggiornato l'Indice e reinviarlo periodicamente alle sedi locali dell'Inquisizione, da dove veniva diffuso presso tutti i librai. Pio IV introdusse la distinzione tra libri eretici e libri proibiti non eretici, sottomettendo alla giurisdizione vescovile chi avesse letto o posseduto consapevolmente questi ultimi.