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  Schütz war ein Sohn des aus Schwaben stammenden Rechtsgelehrten Jacob Schütz (1587–1654), der als Stadtsyndikus in Frankfurt am Main zu Ansehen gelangt und in das Patriziat der Stadt aufgestiegen war. Johann Jacob Schütz absolvierte das Frankfurter Gymnasium und studierte von 1659 bis 1665 Rechtswissenschaften in Tübingen bei Wolfgang Adam Lauterbach. Mit einer Dissertation zum Thema De falso procuratore wurde er 1665 promoviert, anschließend ließ er sich als Lizentiat beider Rechte und Advokat in seiner Heimatstadt nieder. Er freundete sich mit dem 1666 als Senior des lutherischen Predigerministeriums nach Frankfurt berufenen Philipp Jakob Spener an, dessen Programm zur Reform der in Orthodoxie erstarrten lutherischen Kirche er unterstützte. Schütz wurde 1670 zum Mitbegründer der Collegia Pietatis, der pietistischen Hauskreise.
  1675 verfasste Schütz die Erbauungsschrift Christliches Gedenkbüchlein zur Beförderung eines anfangenden neuen Lebens, worin zur Ablegung der Sünde, Erleuchtung des inneren Menschen und der Vereinigung mit Gott in möglichster Kürze und Einfalt die erste Anregung geschieht. Im Anhang zu dieser Schrift veröffentlichte er das Lied Sei Lob und Ehr dem höchsten Gut, dem Vater aller Güte (EG 326).
  Ab 1676 bildeten sich innerhalb der Frankfurter Gemeinde separatistische Zirkel, denen die spenerschen Reformen nicht weit genug gingen. Schütz schloss sich einer dieser Gruppen an, die unter dem Einfluss des schwärmerischen Fräulein Johanna Eleonora von Merlau stand und sich im Saalhof versammelte, der damals einer adeligen Ganerbschaft gehörte. Seiner juristischen Tätigkeit enthielt er sich mehr und mehr, weil er zu der Auffassung gelangt war, dass ein Advokat sich schwerlich von Sünden fernhalten könne. Sein ererbtes Vermögen erlaubte ihm diesen Verzicht auf berufliche Betätigung.
  Schütz ließ es 1683 wegen der Verlegung der Collegia Pietatis aus Speners Wohnung in die Barfüßerkirche zum Bruch mit seinem Freund kommen. Stattdessen wandte er sich mehr und mehr den chiliastischen Lehren Johann Wilhelm Petersens zu. Einen Versöhnungsversuch von Speners Nachfolger Johann Daniel Arcularius lehnte er ab. Noch auf dem Sterbebett wies er das angebotene Abendmahl zurück, deshalb wurde er nach seinem in der Nacht vom 21. auf den 22. Mai 1690 erfolgten Tod ohne geistliches Zeremoniell des Nachts am 24. Mai begraben.
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