code: def pairs(args):
      
      import jcvi.formats.bed
  
      p = OptionParser(pairs.__doc__)
      p.set_pairs()
      opts, targs = p.parse_args(args)
  
      if len(targs) != 1:
          sys.exit(not p.print_help())
  
      samfile, = targs
      bedfile = samfile.rsplit(".", 1)[0] + ".bed"
      if need_update(samfile, bedfile):
          cmd = "bamToBed -i {0}".format(samfile)
          sh(cmd, outfile=bedfile)
  
      args[args.index(samfile)] = bedfile
  
      return jcvi.formats.bed.pairs(args)
docs: See __doc__ for OptionParser.set_pairs().