If you want to save your changes while a read-only scheme is selected, you always have to add a new scheme first! If you select one of your own schemes because you want to save the changes to that one, the control module will switch to the key bindings of that scheme, discarding your changes.
読み込みのみ可のスキームが選択された状態で設定を変更した場合には、必ず、新規スキームを追加しなければなりません。この状態で、あなたの定義済みスキームを選択しなおすと、コントロールモジュールはショートカットをそのモジュールに定義されているものに切替えますので、変更が失われてしまいます。