كانت وفاة آية الله خوميني ـ ووفاة مراجع دينية أخرى، مثل آية الله أبو القاسم خوي في النجف بالعراق ـ بمثابة الإشارة إلى نهاية نموذج الحاكم القادر على تولي المسئولية الدينية والمسئولية السياسية في ذات الوقت. ولم يتول المرجع الأعلى الحالي في إيران سيد علي خامنئي ـ الذي كانت درجته الدينية عبارة عن تركيز للشكوك في المعاهد الدينية والذي كان من بين صفوة رجال الدين ـ منصب الفقيه الوالي بسبب جدارته. وعلى ذلك فقد سمح افتقار خامنئي الواضح إلى الشرعية الدينية للحكومة بفرض سيطرتها الكاملة على المؤسسة الدينية، وحرمان المعاهد الدينية من استقلالها التاريخي.
アヤトラ・ホメイニの – そして他の宗教権威たち( marjas )、例えばイラク・ナジャフでのアヤトラ・アブル・カーシム・ホイの – 死は、宗教と政治、両方に精通した統治者の理想に終止符を打った。その宗教学位が神学校での疑念や聖職エリートの間での焦点であったイランの現最高統治者、セイエド・アリ・ハーメネイは、法律学者と見なされてはいなかった。結果として、ハーメネイの明らかな宗教的合法性の不足は、政府が聖職組織を完全に統制し、さらに神学校の歴史的な自立を奪う後押しをした。