ومن المفارقات هنا أن نظرية حكم رجال الدين في إيران قد أدت إلى بروز تيار مناهض لحكم رجال الدين. فبعد تسييس المعاهد الدينية وتضاؤل استقلالها إلى حد كبير، لم تعد المؤسسة الدينية في موقف يسمح لها بإضفاء الشرعية السياسية على النظام. كما أصبحت غير قادرة على ممارسة وظائفها التقليدية على الصعيد الديني بهدف توفير الدعم للمجتمع المدني في البلاد.
皮肉なことに、イランにおける神政主義の理論が、反神権政治へと導いたようである。政治的に扱われ、自立を大きく制限された神学校を抱える宗教組織は、もはや、政権に政治的合法性を授与する立場にない。また、国の市民社会への宗教分野における支援提供という、因習的機能を果たすこともできない。