Mit den in dem Protokoll vorgegebenen Verfahren soll die Bewältigung von Problemen ermöglicht werden, die sich aus der grenzüberschreitenden Verbringung, dem Transit, der Handhabung und der Verwendung genetisch veränderter Organismen ergeben, durch welche die Erhaltung und zukunftsfähige Nutzung der biologischen Vielfalt beeinträchtigt werden oder Gefahren für die Gesundheit des Menschen und die Umwelt entstehen können.
其中列出因改变基因而可能对保护和可持续使用生物多样性有不利影响或对人类健康和环境具有危险的生物体的越界移动、过境、处理和使用所造成的问题的处理程序。