Indigenous courts have been established in several States to deal with the communities' needs for justice, but in many areas indigenous organizations and communal authorities claim the right to apply their own legal customs, which are respected in some States; the judiciary, which has called for a judicial reform in the near future, has taken little interest in the subject to date.
Aunque la mayoría se benefició con una ley de amnistía en 2000, algunos inculpados siguen presos. Se denuncian numerosas violaciones a los derechos humanos de los detenidos, incluyendo la negación del debido proceso, detenciones ilegales, torturas, robo de pertenencias, desapariciones forzadas, ejecuciones extrajudiciales, desplazados por la violencia y sentencias por delitos no cometidos.