The presence of paramilitary groups has been reported, in Oaxaca, Guerrero and other States, contributing to an environment of insecurity and harassment for indigenous communities amidst environmental, agrarian, political and social conflicts, sometimes linked to guerrilla groups or organized crime, and the presence of the Mexican Army.
La matanza de 46 civiles indefensos en Acteal, en diciembre de 1997, realizada por un grupo de personas con armas de alto poder es sin duda el incidente más grave y dramático que se haya producido en el marco del conflicto en Chiapas. La CNDH estableció la responsabilidad por comisión u omisión de diversos funcionarios públicos del gobierno del estado.