ويقوم برنامج الأمم المتحدة للبيئة بتنسيق أمانة تقييم الألفية للنظم الإيكولوجية ويُعتبر إحدى الوكالات المنفذة للمشروع، إلى جانب المركز العالمي للأسماك والمعهد العالمي للموارد.
UNEP coordinates the secretariat of the Millennium Ecosystem Assessment and is one of the implementing agencies of the project together with the World Fish Center and the World Resources Institute.