علاوة على ذلك، هناك تحديات منهجية معروفة جيدا وهي: جمع بيانات أفضل لقطاع الخدمات؛ وتوسيع نطاق قياسنا للابتكار إلى ما وراء نطاق أنشطة البحث والتطوير الضيق إلى حد ما (وهو ما يمكن أن يعتبر إسهاما في عملية الابتكار لا نتاجا لها)؛ وتوسيع نطاق الاهتمام ليشمل عناصر عملية الابتكار التي قد تلائم البلدان النامية أكثر من غيرها؛ وتكوين فهم أفضل لدور رأس المال البشري في العملية الابتكارية؛ وإلقاء الضوء على الظواهر الجديدة التي تجتذب اهتمام واضعي السياسات، مثل تلك الموجودة في التكنولوجيا الأحيائية؛ ووضع مؤشرات تعكس أثر العلم والتكنولوجيا على المجتمع؛ وإنشاء أطر لجمع إحصاءات مقارنة في ميدان تعليم العلوم.
In addition, there are well-known methodological challenges: to collect better data on the service sector; to broaden the measurement of innovation beyond the somewhat restrictive area of research and development (which, it could be argued, is an input rather than an output of the innovation process); to widen the focus to include elements of the innovation process that may be more appropriate for developing countries; to develop a better understanding of the role of human capital in the innovation process; to capture new phenomena that are of interest to policy makers such as those in biotechnology; to develop indicators that reflect the impact of science and technology on society; and to establish frameworks for the collection of comparable statistics in the field of science education.