وبالرغم من هذا التقدم، فإن عملية السلام لا تزال تواجه بعض المصاعب مثل عدم الاتفاق بشأن تعيين بعض المسؤولين الحكوميين ورؤساء الشركات الحكومية؛ والشواغل بشأن السلامة الشخصية لأعضاء حكومة المصالحة الوطنية؛ ومواصلة المظاهرات الاستفزازية والبيانات الملهبة للمشاعر من جانب الأطراف المختلفة؛ والتأخير في تنفيذ عملية نزع السلاح والتسريح وإعادة الإدماج؛ والتأخير في عودة البلاد إلى حالتها الطبيعية نتيجة لاستمرار تقسيمها من الناحية الفعلية، وعدم منح رئيس الوزراء المختار بالتوافق الصلاحيات التنفيذية اللازمة لتنفيذ اتفاق ليناس - ماركوسيس.
Despite this progress, the peace process has faced certain difficulties such as disagreement over the appointment of certain Government officials and heads of Government corporations; concerns over the personal safety of members of the Government of National Reconciliation; the persistence of provocative demonstrations and inflammatory statements by the various parties; the delay in the implementation of the disarmament, demobilization and reintegration (DDR) process; the delay in returning the country to normality as a result of the continued de facto partitioning of the country; and the non-delegation to the consensually chosen Prime Minister of the required executive prerogatives for the implementation of the Linas-Marcoussis Accord.