وقد وجهت لهذه الشراكة عدة انتقادات لاعتنائها الضعيف بحماية حقوق الإنسان، ولا يزال الطريق طويلا لتآزر الشراكة مع آليات حقوق الشعوب والإنسان في إطار الاتحاد الأفريقي.
NEPAD has been criticized for its perfunctory allusion to human rights and more can be done to synergize NEPAD and the existing human and peoples' rights mechanisms under the African Union.