وقد كان التوجيه عند تبنيه يتضمن أحكاماً عديدة مخالفة لوجهة النظر المحافظة بشأن براءات التكنولوجيا الأحيائية كما وردت في الاتفاقية الأوروبية لبراءات الاختراع.
On 16 June 1999, a decision by the Administrative Council of the European Patent Organization amended the Implementing Regulations to the EPC, which reflected the initiative of the Directive. The Directive was contested at the European Court of Justice.