Two Presidential Instructions were also issued in the aftermath of the Bali bombing tragedy, namely Presidential Instruction No. 4/2002 instructing the Coordinating Minister for Political and Security Affairs to formulate a comprehensive policy in combating terrorism, and Presidential Instruction No.  5/2002 instructing the Head of the National Intelligence Agency to coordinate the activities of all the other intelligence agencies.
Deux décrets présidentiels ont également été publiés au lendemain de la tragédie de Bali : le décret No 4/2002, donnant pour instruction au Ministre chargé de coordonner les affaires politiques et de sécurité, de formuler une politique détaillée de lutte contre le terrorisme et le décret présidentiel No 5/2002, donnant pour instruction au chef de l'Agence nationale du renseignement de coordonner les activités menées par tous les services de renseignements indonésiens.