The Army and Air Force Inspection and Controller-General's Office also conducted an investigation, which did not find any evidence of administrative responsibility on the part of military personnel; however, the Office of the Military Prosecutor-General transmitted to it a copy of preliminary investigation No. SC/300/2000/VII/I so that, based on the evidence contained therein, it might determine whether there had been any administrative irregularities.
L'enquête préliminaire a été réalisée (sous la cote SC/304/2000/VII/I) puis, le 3 novembre 2001, le parquet militaire chargé de l'enquête a classé l'affaire car il n'avait pas pu établir qu'un délit quelconque ait été commis par des militaires; De même, les services d'inspection et de contrôle général de l'armée de terre et de l'armée de l'air ont ouvert une enquête qui n'a pas permis d'établir la responsabilité de militaires dans l'exercice de leurs fonctions; le Bureau du Procureur militaire a néanmoins transmis à ces services les conclusions de l'enquête préliminaire pour qu'ils déterminent, à partir des constatations relevées, s'il y a eu dysfonctionnement; L'avis rendu par la CNDH concernait l'arrestation et la mise à disposition de la justice de Montiel Flores et Cabrera García par des militaires mais rien n'a permis d'établir que des actes de torture ont été commis par des membres du ministère de la défense nationale.