De er også ansvarlige for at koordinere anvendelsen af Schengen-faciliteten med bistand fra andre EU-instrumenter og skal sikre foreneligheden med Unionens politikker og foranstaltninger og overholdelsen af finansforordningen vedrørende De Europæiske Fællesskabers almindelige budget eller den europæiske lov, der træder i stedet herfor.  
Tās ir atbildīgas arī par Šengenas līdzekļu izmantojuma koordinēšanu ar palīdzību no citiem Savienības finanšu instrumentiem, kā arī par to, lai būtu nodrošināta atbilstība Savienības politikām un pasākumiem un atbilstība Finanšu regulai, ko piemēro Eiropas Kopienu vispārējam budžetam, vai atbilstība eirolikumam, ar ko aizstāj minēto Finanšu regulu.  