Posláním Eurojustu je podporovat a posilovat koordinaci a spolupráci mezi vnitrostátními orgány pověřenými vyšetřováním a stíháním ve vztahu k závažné trestné činnosti, která se dotýká dvou nebo několika členských států nebo která vyžaduje stíhání na společném základě, a to na základě operací vedených a informací poskytovaných orgány členských států a Europolem.  
Eurojust's mission shall be to support and strengthen coordination and cooperation between national investigating and prosecuting authorities in relation to serious crime affecting two or more Member States or requiring a prosecution on common bases, on the basis of operations conducted and information supplied by the Member States' authorities and by Europol.  