Ihnen obliegt es auch, die Verwendung der Mittel der Schengen-Fazilität mit Hilfsgeldern aus anderen Unionsinstrumenten zu koordinieren, und sie haben dabei die Vereinbarkeit mit den Unionspolitiken und -maßnahmen sowie die Einhaltung der Haushaltsordnung für den Gesamthaushaltsplan der Europäischen Gemeinschaften beziehungsweise des an ihre Stelle tretenden Europäischen Gesetzes zu gewährleisten.  
Nad vastutavad ka Schengeni toetuse ja muudest liidu vahenditest saadava abi kasutamise koordineerimise eest, et tagada vastavus liidu poliitikale ja meetmetele ning kooskõla Euroopa ühenduste üldeelarvet käsitleva finantsmääruse või seda asendava Euroopa seadusega.  