De er også ansvarlige for at koordinere anvendelsen af Schengen-faciliteten med bistand fra andre EU-instrumenter og skal sikre foreneligheden med Unionens politikker og foranstaltninger og overholdelsen af finansforordningen vedrørende De Europæiske Fællesskabers almindelige budget eller den europæiske lov, der træder i stedet herfor.  
A kedvezményezett tagállamok felelnek továbbá a Schengeni Támogatás egyéb uniós eszközökből származó támogatásokkal történő összehangolt felhasználásáért, biztosítva az uniós politikákkal és intézkedésekkel, valamint az Európai Közösségek általános költségvetésére alkalmazandó költségvetési rendelettel, vagy az annak helyébe lépő európai törvénnyel való összeegyeztethetőséget.  