Ihnen obliegt es auch, die Verwendung der Mittel der Schengen-Fazilität mit Hilfsgeldern aus anderen Unionsinstrumenten zu koordinieren, und sie haben dabei die Vereinbarkeit mit den Unionspolitiken und -maßnahmen sowie die Einhaltung der Haushaltsordnung für den Gesamthaushaltsplan der Europäischen Gemeinschaften beziehungsweise des an ihre Stelle tretenden Europäischen Gesetzes zu gewährleisten.  
È inoltre loro responsabilità coordinare l'impiego dello strumento con l'assistenza fornita da altri strumenti dell'Unione e garantire che l'impiego sia compatibile con le politiche e le misure dell'Unione nonché con il regolamento finanziario applicabile al bilancio generale delle Comunità europee o la legge europea che lo sostituisce.  