Odpovídají rovněž za koordinaci využití tohoto nástroje s pomocí z ostatních nástrojů Unie, za zajišťování slučitelnosti s politikami a opatřeními Unie a za soulad s finančním nařízením pro souhrnný rozpočet Evropských společenství nebo s evropským zákonem, který je nahradí.  
Są one również odpowiedzialne za koordynację korzystania z instrumentu finansowego Schengen ze wsparciem z innych instrumentów Unii, zapewniając zgodność z politykami i środkami Unii oraz zgodność z rozporządzeniem finansowym mającym zastosowanie do ogólnego budżetu Wspólnot Europejskich lub z ustawą europejską zastępującą to rozporządzenie.  