Ihnen obliegt es auch, die Verwendung der Mittel der Schengen-Fazilität mit Hilfsgeldern aus anderen Unionsinstrumenten zu koordinieren, und sie haben dabei die Vereinbarkeit mit den Unionspolitiken und -maßnahmen sowie die Einhaltung der Haushaltsordnung für den Gesamthaushaltsplan der Europäischen Gemeinschaften beziehungsweise des an ihre Stelle tretenden Europäischen Gesetzes zu gewährleisten.  
A kedvezményezett tagállamok felelnek továbbá a Schengeni Támogatás egyéb uniós eszközökből származó támogatásokkal történő összehangolt felhasználásáért, biztosítva az uniós politikákkal és intézkedésekkel, valamint az Európai Közösségek általános költségvetésére alkalmazandó költségvetési rendelettel, vagy az annak helyébe lépő európai törvénnyel való összeegyeztethetőséget.  