Ihnen obliegt es auch, die Verwendung der Mittel der Schengen-Fazilität mit Hilfsgeldern aus anderen Unionsinstrumenten zu koordinieren, und sie haben dabei die Vereinbarkeit mit den Unionspolitiken und -maßnahmen sowie die Einhaltung der Haushaltsordnung für den Gesamthaushaltsplan der Europäischen Gemeinschaften beziehungsweise des an ihre Stelle tretenden Europäischen Gesetzes zu gewährleisten.  
Ne ovat vastuussa myös Schengen-järjestelyn käytön sovittamisesta yhteen muista unionin välineistä saatavan tuen kanssa, sen käytön yhteensopivuuden varmistamisesta unionin politiikkojen ja toimenpiteiden sekä Euroopan yhteisöjen yleiseen talousarvioon sovellettavan varainhoitoasetuksen tai sen korvaavan eurooppalain kanssa.  