De udgifter, bortset fra institutionernes administrationsomkostninger, som gennemførelsen af et forstærket samarbejde medfører, afholdes af de deltagende medlemsstater, medmindre Rådet efter høring af Europa-Parlamentet beslutter andet med enstemmighed blandt alle sine medlemmer.  
Tõhustatud koostöö rakendamisest tulenevad kulud, välja arvatud institutsioonide halduskulud, kaetakse osalevate liikmesriikide eelarvevahenditest, kui nõukogu kõik liikmed pärast Euroopa Parlamendiga konsulteerimist ühehäälselt ei otsusta teisiti.  