Odpovídají rovněž za koordinaci využití tohoto nástroje s pomocí z ostatních nástrojů Unie, za zajišťování slučitelnosti s politikami a opatřeními Unie a za soulad s finančním nařízením pro souhrnný rozpočet Evropských společenství nebo s evropským zákonem, který je nahradí.  
Tās ir atbildīgas arī par Šengenas līdzekļu izmantojuma koordinēšanu ar palīdzību no citiem Savienības finanšu instrumentiem, kā arī par to, lai būtu nodrošināta atbilstība Savienības politikām un pasākumiem un atbilstība Finanšu regulai, ko piemēro Eiropas Kopienu vispārējam budžetam, vai atbilstība eirolikumam, ar ko aizstāj minēto Finanšu regulu.  