Odpovídají rovněž za koordinaci využití tohoto nástroje s pomocí z ostatních nástrojů Unie, za zajišťování slučitelnosti s politikami a opatřeními Unie a za soulad s finančním nařízením pro souhrnný rozpočet Evropských společenství nebo s evropským zákonem, který je nahradí.  
A kedvezményezett tagállamok felelnek továbbá a Schengeni Támogatás egyéb uniós eszközökből származó támogatásokkal történő összehangolt felhasználásáért, biztosítva az uniós politikákkal és intézkedésekkel, valamint az Európai Közösségek általános költségvetésére alkalmazandó költségvetési rendelettel, vagy az annak helyébe lépő európai törvénnyel való összeegyeztethetőséget.  