לתחנת משטרת נתיבות הגיע לפני מס´ ימים, רב של אחד הכוללים בעיר ובהתרגשות רבה סיפר לשוטרים כי בעת שהגיע לתפילת הבוקר יחד עם תלמידיו, נדהם לגלות שבמהלך הלילה, נפרץ הכולל ומארון הקודש נגנב ספר תורה מהודר ויקר ערך.
צוות החוקרים עודד יונה ואבשלום אזולאי, תחקר את את הרב ומצא כי ימים מספר קודם לגניבה, פנה אליו תושב העיר וביקש לרכוש ספר תורה. לאחר שהפונה נענה בשלילה על ידי הרב, הוא עזב בכעס את המקום.
חוקר זירת העבירה אבנר אברהם שבחן את המקום, גילה בתוך ארון הקודש טביעות אצבע שעל פי מיקומן שייכות לגנב. הוא הישווה בין טביעות אצבעותיו של החשוד לטביעות האצבע שנמצאו בזירה וכעבור זמן קצר במהלך בדיקה במחשבי המשטרה, נמצאה התאמה נמצא כי טביעות האצבע שבארון הקודש זהות לאלו של החשוד שביקש לרכוש אותו.
בהמשך נעצר החשוד תושב נתיבות כבן 47 והובא לחקירה במהלכה הכחיש כל קשר לעבירה. החשוד לא העניק כל הסבר מניח את הדעת להימצאות טביעות האצבע שלו בזירה. בעקבות הממצאים הוגש כנגד החשוד כתב אישום בהליך מזורז.