הממונה על השכר באוצר הביא לביטול הסכם קיבוצי עם הנתבים בנמל אשדוד באמצעות פנייה למוסד בוררות מוסכמת בשירות הציבורי. פסק הבוררות זכה למעמד של פסק דין, ונמתחה בו ביקורת על הנהלת הנמל ועל הנתבים.
תחילתו של העימות ב-2011, אז קבע המוסד לבוררות כי שני נתבי אניות, המשובצים באותה משמרת, חייבים לשהות בשטח הנמל. זאת, בניגוד לנוהג לפני כן, לפיו רק נתב אחד יהיה בנמל, והשני יצטרך להגיע תוך 30 דקות במידת הצורך. אך למרות החלטת המוסד, הנהלת הנמל מיהרה לחתום על הסכם קיבוצי שמקבע דווקא את הנוהג הקודם, וסותר את החלטת המוסד לבוררות. קובי אמסלם, הממונה על השכר באוצר, התעקש כי המוסד לבוררות יידון בהסכם הקיבוצי, והצליח בכך להביא לביטולו.
לפי הבוררים יורם שחל ועורכי הדין שלמה גוברמן וחיים קלוגמן, יש צורך בטיחותי בשהיית שני נתבים בנמל, כדי שיוכלו להגיב במהירות במקרה של שריפה או אירוע בטחוני. בפסק הבוררות כתבו כי "מה יקרה אם תפרוץ חלילה שריפה לאחר שהנתב השני סיים את שש השעות של משמרתו והלך לביתו? וכן אם חלילה תהיה התקפת טילים על הנמל? כיצד לא רעדה ידו של החותם מטעם החברה בנוטלו הימור שכזה? בשעת משבר בנמל, קיימת אפשרות שמערכת הקשר תיפגע ולא יהא ניתן להזעיק את הנתב.. מה יקרה אם הדרכים המובילות לנמל יהיו פקוקים ולא עבירות?"
הבוררים מותחים ביקורת על נמל אשדוד וקובעים כי "לדעתנו חברה ממשלתית אינה רשאית לשלם מקופתה, שהיא קופה ציבורית, שכר עבודה בעד אי עבודה של הנתבים; שלא לדבר על תשלום פרמיה". גם הנתבים אינם נמלטים מביקורת, בשל העיצומים שנקטו לאחרונה, עליהם נכתב כי "הם פגיעה גסה בסדר הציבורי ובמוסר הציבורי".
להחלטה יש משמעות ביחס להשכרות הנתבים, שלא יוכלו לשמור על רמת השכר הנוכחית אם לא יגדילו במידה ניכרת את מספר השעות שהם מבלים בשטח הנמל. בנמל אשדוד מועסקים כיום עשרה נתבים, שהם קברניטי ספינות מנוסים שנוטלים את הפיקוד על הספינות המגיעות לנמל, ומנווטים אותן בשטחו. משכרותם של שישה מהם, הוותיקים יותר, נעה בין 60 ל-77 אלף שקל בחודש, ברוטו. גורמים בנמל אשדוד הביעו חשש כי הפסיקה תוביל לשיבושי עבודה, ותערער את יציבותם של הסכמים קיבוציים נוספים.
מנמל אשדוד נמסר בתגובה כי: "החברה, בשונה לנהוג מזה מספר שנים רב בחיפה ובאילת, הפסיקה ביוזמתה את הנוהג הנפסד שנתבים יושבים במהלך המשמרת בביתם ומקבלים שכר ופרמיות. כתוצאה מעמדתה האיתנה של החברה, החל מאוקטובר 2010 ולמשך למעלה משנתיים, סבלה החברה מעיכובים כבדים במסגרת העבודה, בה נקטו הנתבים בתגובה לפניית החברה לבית הדין לעבודה, ובשלב מאוחר יותר למוסד לבוררות מוסכמת, במטרה להפסיק את הנוהל הנפסד - בה בעת שיישומו ממשיך להתקיים בנמלי הים האחרים בישראל.
"לאורך כל התקופה, הנהלת החברה הפסיקה לשלם לנתבים את הפרמיה. עבודת הנתבים משפיעה ישירות על מדדי השירות החשובים ביותר של החברה שהם זמן המתנת אוניה בנמל וזמן כניסת ויציאת אוניה מנמל. נושא העיכובים במסגרת העבודה נידון שוב בבין הדין האזורי, ושופט בית הדין שלח את הצדדים לתהליך גישור ארוך. על פי המלצת המגשר, הגיעו הצדדים להסכם שמטרתו להחליף חלקית את החלטת המוסד לבוררות מוסכמת. הממונה על השכר הודיע שיסכים לאישור ההסכם החדש רק כשיתקבל במוסד לבוררות מוסכמת. לדידה של החברה, העיקרון היסודי לפיו עובד מקבל שכר ופרמיה רק בעת שנמצא בנמל ראוי שתוטמע בכל הנמלים ושלא יווצר מצב שרק בנמל אחד הנושא מוטמע - הדבר פוגע קשות בתחרות בנמלים".