חופש התנועה – סיפוחם של חלקים נרחבים של הגדה המערבית למדינת ישראל והחלת ריבונותה על אזורים אלה יכתיבו הסדרי ביטחון ושיקולים אחרים שצפויים לצמצם משמעותית את חופש התנועה של פלסטינים ברחבי הגדה. הפגיעה בחופש התנועה עלולה לבוא ביטוי הן בצמצום יכולתם לנוע בכבישים ובדרכים, הן ביכולתם לצאת מהגדה המערבית.
פגיעה בזכות הקניין – קיים חשש משמעותי שצעדי הסיפוח יכללו הפקעה מאסיבית של אדמות בבעלות פלסטינית פרטית וכן חשש שגם פלסטינים שאדמותיהם לא יופקעו באופן רשמי יאבדו בפועל את יכולתם לעבד את הקרקע ולהתפרנס ממנה בשל הגבלות גישה.
התבססותן והתרחבותן של ההתנחלויות – סיפוח יעמיק ויקבע את נוכחותן של ההתנחלויות (והמאחזים הבלתי מורשים) וכן יגרום להרחבה מאסיבית שלהם. קיבוע נוכחותן של התנחלויות הוא לא רק המשך הפרת החוק הבינלאומי, אלא מהווה מיסוד ואף הרחבה של מוקדים המפרים את זכויות האדם של הפלסטינים באופן עקבי ושיטתי, החל בגזל אדמותיהם וכלה באלימות.
סכנה לגירוש של קהילות לא מוכרות והריסות בתים – השאיפה הישראלית לספח שטח גדול ככל האפשר מחד, שבו מתגוררים כמה שפחות פלסטינים מאידך, מעמידה בסכנת גירוש בודדים וקהילות פלסטיניות, בעיקר קהילות שאינן מוכרות על ידי ישראל. במצב של סיפוח מדינת ישראל תוכל לטעון שמדובר בשוהים בלתי חוקיים בשטחה ולגרשם בקלות.
מעמדם של פלסטינים בשטח המסופח – לא ידוע מה יהיה מעמדם של הפלסטינים תושבי השטח המסופח, אך כל אפשרות שאינה כוללת מעמד של אזרחים שווים במדינת ישראל טומנת בחובה פוטנציאל לפגיעה בזכויותיהם.
שליטה על משאבי טבע – סיפוח יוביל לכך שמשאבי הטבע הנמצאים בשטח המסופח יעברו לשליטתה הבלעדית של ישראל והיא תוכל לנהלן ולנצלן כרצונה וללא סייגים.
סיפוח הגדה המערבית לישראל מהווה הפרה בוטה של החוק הבינלאומי תוך פגיעה וכרסום במעמדו ובמעמדם של המוסדות והגופים הבינלאומיים. בנוסף, סיפוח הגדה המערבית או חלקים ממנה לישראל, והרחבת הסמכות הגיאוגרפית של מוסדות ישראליים באופן שיכללו גם את השטח המסופח, קורא תיגר על מדיניות ההבחנה שאימצה הקהילה הבינלאומית כלפי ישראל.
ביטול משטר הכיבוש משמעותו קיום ממשל ישראלי ישיר – ללא תיווך הצבא – בשטח המסופח. באופן מעשי, התוצאה תהיה העתקה של הסמכויות הנתונות למפקד הצבאי לידיהן של רשויות ישראליות. נאמנותו של הממשל הישראלי היא מטבע הדברים אך ורק לאזרחי ישראל ולתושביה, וכן לאינטרסים ישראליים. אין ספק שלא משנה מה יהיה המעמד לו יזכו הפלסטינים תושבי השטח המסופח, האינטרסים הפרטיים והקיבוציים שלהם לא יהוו גורם רלוונטי במערך השיקולים של הרשויות הישראליות. סיפוח השטח אף יעניק כוח שלטוני רב לרשויות המקומיות והאזוריות הישראליות הפועלות בגדה, קרי ההתנחלויות. אחת מהתוצאות המרכזיות והבטוחות צפויה להיות האצה גדולה בפיתוח ובבנייה של ההתנחלויות בגדה המערבית.
סיפוח יוכיח שישראל מעוניינת לקבע, ואף להעמיק את המצב הקיים גם כיום, שבו תחת שלטונה וריבונותה של ישראל חיות שתי קבוצות של בני אדם: אזרחים ישראלים בעלי זכויות מלאות, ותושבים פלסטינים משוללי זכויות פוליטיות ואחרות, כאשר הקבוצה הישראלית שולטת על הקבוצה הפלסטינית ומפעילה כלפיה אמצעי דיכוי. האפליה הממוסדת והמערכתית של הפלסטינים וההטיה של משאבי השטח לטובת הישראלים ועל חשבון הפלסטינים מהווים סממן מובהק של משטר אפרטהייד. סיפוח גם ישמוט את הקרקע מתחת לטענה הרווחת היום בחוגים רבים, לפיה בעוד שבגדה המערבית מתקיים משטר אפרטהייד או לכל הפחות משטר בעל סממנים של אפרטהייד, מדינת ישראל הריבונית היא מדינה דמוקרטית. החלת ריבונות ישראלית על הגדה משמעותה הכרזה ישראלית שמדובר במשטר אחד ולא במערכות שלטוניות נפרדות.