תומאס הודג'קין נולד באנגליה בשנת 1798 למשפחה שנמנתה עם קהילת הקוויקרים (Quakers), זרם קטן בנצרות הפרוטסטנטית. החינוך הקוויקרי היה מתקדם מאוד לזמנו ודגלו בשוויון בין גברים לנשים, בפציפיזם, בחיי צנעה ופשטות, בדאגה לעניים ובערבות הדדית. אישיותו של הודג'קין עוצבה לאור הערכים האלה והוא דבק בהם כל חייו וגם שילם על כך מחיר אישי, בין השאר בקידום הקריירה שלו. הודג'קין גם הקפיד על לבוש פשוט, כמנהג הקהילה. משפחתו הצמיחה לימים, כמאה שנה אחרי מותו, את חתני פרס נובל אלן הודג'קין (רפואה, 1963) ודורותי הודג'קין (כימיה, 1964).
הודג'קין החל בקריירה רפואית כבר בגיל 19, כשוליית רוקח, והחל לפקוד את בית החולים הלונדוני Guy’s שנפתח באותה תקופה, לימים מוסד רפואי בולט באנגליה. ב-1820 החל ללמוד רפואה באוניברסיטת אדינבורו, ובתקופת לימודיו ביקר בבתי חולים ברחבי אירופה. בין השאר הוא נפגש עם רנה לנק (Laennec), מממציא הסטטוסקופ שגם לימד את הודג'קין כיצד להשתמש בו. לאחר תום לימודיו נסע ב-1823 לאיטליה והתמנה לרופאו האישי של אברהם מונטיפיורי, אחיו של משה מונטיפיורי. יחסיו עם אברהם מונטיפיורי עלו על שרטון, אך הוא יצר קשר ידידות עמוק עם האח משה . הודג'קין חזר לאנגליה ובין השאר טיפל ביהודים עניים בלונדון בלי תמורה כספית.
בשנת 1826 החל לעבוד ב-Guy’s, בית החולים שבו עשה את רוב הקריירה המדעית-רפואית שלו, כמרצה לאנטומיה של המוות (Morbid anatomy) – שמה המקורי של הפתולוגיה. הודג'קין קיבל משרה נוספת וחשובה ביותר, המנהל והאוצר של מוזיאון בית החולים. תפקיד זה אינו נשמע מרתק במיוחד, אבל הוא אפשר להודג'קין לאגור ולאצור מאות דגימות של רקמות שנאספו בניתוחי גופות. להודג'קין היה העניין והפנאי להתבונן בדגימות ולחקור אותן, מה שהפך אותו לשם דבר בתחום הפתולוגיה. ב-1827 פירסם עם עמיתו, ג'וזף ליסטר, מאמר שבו עשו שימוש מתקדם במיקרוסקופ לתיאור צורתן של כדוריות הדם האדומות והמבנה רקמת השריר. מאמר זה נחשב לאחד מאבני הבניין של הפתולוגיה המודרנית. הודג'קין גם פירסם את הרצאותיו בתחום הפתולוגיה בשני כרכים.
הודג'קין ידוע היום במיוחד בזכות מחלת הלימפומה הקרויה על שמו. הוא דיווח עליה במאמר משנת 1832, שכותרתו "על כמה מן המראות המורבידיים של בלוטות הספיגה (הכוונה לבלוטות הלימפה) והטחול". במאמר זה הודג'קין תיאר שבעה חולים שזיהה אצלם הגדלה של בלוטות הלימפה והטחול באופן לא דלקתי. הם הזכירו במידת מה את מחלת השחפת, אך הוא טען כי מדובר במחלה אחרת. חשוב לציין כי מסיבות שאינן ברורות לא השתמש הודג'קין במיקרוסקופ לתיאור המחלה, למרות שעשה זאת כאמור במחקרים קודמים. המאמר של הודג'קין נשכח למשך 33 שנה, עד שרופא אחר מ-Guy’s, סמואל ווילקס (Wilks) גילה ממצאים דומים, בלי שידע על עבודתו של הודג'קין. לאחר שווילקס גילה כי הודג'קין הקדים אותו בשלושה עשורים, העניק למחלה את שמו של הפתולוג הנערץ עליו. השם הפך מזוהה עם המחלה עד כדי כך שרופאים מבחינים כיום בין לימפומת הודג'קין לבין לימפומה "שאינה הודג'קין".
בשנת 1926, כמעט מאה שנה אחרי מאמרו ההיסטורי של הודג'קין, בחנו מדענים מחדש את הדגימות של שבעת החולים שהודג'קין תיאר. הבחינה המחודשת התבססה על היסטים תאיים של המחלה שלא היו מוכרים בזמנו, והתברר בה כי רק שלושה מתוך שבעת החולים אכן היו חולים במחלת הודג'קין. הישג לא רע של הודג'קין, בהתחשב בעובדה שלא השתמש במיקרוסקופ.
במהלך הקריירה שלו ב-Guy’s הביע הודג'קין את דעותיו המתקדמות והתנגד לקולוניאליזם ולסחר בעבדים והפגין דאגה רבה למיעוטים מדוכאים, מיהודים ועד אבוריג'ינים באוסטרליה ואינדיאנים באמריקה. ב-1837 הסתבך עם הגזבר של בית החולים, שהיה גם חבר בחברה הקולוניאליסטית Hudson’s Bay Company, שסיפקה לאינדיאנים בצפון אמריקה אלכוהול ונשק תמורת פרוות, ותרמה להרס תרבותם. הודג'קין כתב מאמר פומבי על הנושא והתנצח עם הגזבר. הדבר עלה לו בכך שלא קיבל תקן של רופא מן המניין בבית החולים ובסופו של דבר הקיץ הקץ על הקריירה הרפואית שלו.
שלושים שנות חייו האחרונות היו עגומות למדי. הוא עבד כמה שנים כמרצה בבית חולים אחר, אך פוטר בלי שנאמרה לו הסיבה. אמונתו הקוויקרית מנעה ממנו להתחתן עם אהובת חייו, משום שהיא היתה בת דודתו. נבצר ממנו גם לשאת אהובה אחרת משום שלא הייתה קווייקרית, ובסופו של דבר התחתן בגיל 51 עם אלמנה של אחד ממטופליו.
את העשור האחרון של חייו הקדיש בעיקר למסעותיו עם משה מונטיפיורי בארץ ישראל, במלטה, במרוקו ובמצרים. הודג'קין הפך לרופאו האישי של מונטיפיורי ולמזכירו, וכך הצטרף למפעל חייו – שיפור מצבם של היהודים בארץ ישראל ובגולה. בשנת 1866, שנה לאחר "גילויה מחדש" של המחלה שתיאר ב-1832, בסופו של המסע החמישי שלהם יחד, חלה הודג'קין בדיזנטריה ומת ביפו, שם הוא גם נקבר.
מונטיפיורי כתב על חברו: "מוות לא יכול לשאת אימה גדולה יותר". הוא הקים מצבה גדולה על קברו של הודג'קין, ועליה חקוק המשפט המפורסם של המחזאי הרומי פובליוס טרנטיוס אפר: HUMANI NIHIL A ME ALIENUM PUTO – שום דבר אנושי אינו זר לי.