במרכז המבקרים מיושמים עקרונות הבנייה הירוקה ומודגמים בו, כפי שיתואר להלן.
גג המבנה הוא גג ירוק; מטופחת בו גינה נאה המבודדת בין הטמפרטורה בחוץ לבין הטמפרטורה שבחלל הפנימי של המבנה.
הגג המשופע מהווה גם את קירות המבנה, ולו שתי חזיתות משופעות שהגינון בהן שונה באופיו: החזית הדרומית פונה אל פארק הטבע וממשיכה את מראה צמחי הבר בפיזור אקראי, האופייני לצמחיית הפארק. החזית הצפונית, שעליה גדלים צמחים תרבותיים, פונה אל גני הזיכרון והמראֶה שלה אופייני לצמחי התרבות שבהם. בניגוד לחזית הגג הדרומי, בחזית זו השתילה היא בגושים גדולים של שיחים וצמחי כיסוי נמוכים. הגינון על הגג המשופע יוצר מעין שמיכה ירוקה המחברת בין פארק הטבע לגני הזיכרון, ומחזירה כביכול חלק מהשטח הירוק שנגרע לצורך הבנייה.
במרכז המבקרים משולבות חצרות פנימיות שבהן נטועים עצי דולב מזרחי נשיר, המעניקים למבקרים הצללה בקיץ וחימום לקרני השמש בחורף.
במגרשי החניה, הממוקמים דרומית למרכז המבקרים, נשתלו עצי בר ארץ ישראליים האופייניים לסביבה הטבעית ומספקים הצללה למבקרים. במרכז המגרשים משולבת שדרה כפולה של עצי זית, היוצרת ציר ראשי המחבר בין פארק הטבע לבין שערי הכניסה לגנים. בעונת הקיץ מתכסה האדמה שלרגלי עצי הזית בעלווה רעננה של גפן בר, ובחורף – במרבד ורוד של רקפת מצויה.
לתכנון הנוף של מתחם מרכז המבקרים ושל אזורי החניה והשירות אחראי אדריכל הנוף אמיר בלום ממשרד מילר-בלום ושות’.