בפנימיית הכפר מתגוררים כ-300 חניכים, המהווים כ-65% מכלל תלמידי הכפר. בזכות הפעילות החינוכית העשירה, תנאי החיים והמגורים והקשר האישי בין צוות הפנימיה לחניכים, זוכה כל חניך וחניך לאיכות חיים גבוהה ביותר.
בפנימיית "אלוני יצחק" מתגוררים תלמידים משכבות ז´ עד י"ב, המגיעים מהארץ ומכל קצוות תבל. הכפר מעניק להם מסגרת אינטנסיבית של לימודים, חברה ועבודה ומקנה להם ערכים אשר ילוו אותם לאורך כל חייהם.
לרשות חניכי הפנימיה מגורים איכותיים המותאמים לצורכי התלמידים בשנות האלפיים: בכל חדר מתגוררים 3-4 חניכים, חדרי התלמידים מרוהטים בריהוט איכותי.
לכל קבוצה מועדון משלה ובו כל הציוד הדרוש לפעילות חברתית משותפת.
ביתני הקבוצה ממוקמים בתוך שמורת טבע מרהיבה, טיפוח הביתנים וסביבתם בולט ביותר ויוצר סביבת מגורים אסתטית ואווירה ביתית.
צוות ההדרכה של כל קבוצה כולל מדריך, אם בית וש"ש. זהו צוות מסור ונאמן המלווה את החניך בכל זמן שהותו בפנימייה. צוות זה שומר על קשר רציף עם הורי התלמידים, עם צוות בית הספר ועם צוות התמיכה של הכפר.
הצוות החינוכי מסייע לחניכים ללמוד לחיות בשיתוף, לרכוש מיומנויות חברתיות, להגיע למימוש עצמי ולחיזוק ההערכה העצמית של כל חניך וחניך.
סדר יומם של החניכים קבוע. בשעות אחר-הצהריים והערב זוכים התלמידים לפעילות חינוכית וחברתית מגוונת. לרשות התלמידים היצע מגוון ביותר של חוגי העשרה בתחומי הספורט, המוסיקה, האמנות והמולטימדיה. לתלמידים הזקוקים לכך ניתנת עזרה בשעורי הבית וכן שעורי עזר הניתנים ע"י מורים מקצועיים.
התלמידים נשארים בפנימייה בכל שבת שנייה. בשבתות אלו קיימת פעילות מגוונת: בימי ששי, לאחר ניקיון החדרים, מתקיימת קבלת שבת קבוצתית. בערב מתקיימת ארוחת ערב חגיגית לכלל הכפר הכוללת קבלת שבת מרכזית המתבצעת בכל פעם ע"י קבוצה אחרת. לאחר ארוחת הערב מתקיים דיסקו. בשבתות נערכים גם משחקי ליגה ותחרויות ספורט, טיולים לשמורות הטבע בסביבה וכן ניתן זמן למנוחה ופעילות חופשית.
בפנימיה מציינים וחוגגים את כל חגי ישראל בדרכים מגוונות ייחודיות הן במסגרת קבוצתית והן במסגרת כלל חניכי הכפר, הכוללות סדנאות, מסיבות והופעות אומנותיות.
יום בשבוע מוקדש לעבודה בכפר, ביום העבודה מתנסים התלמידים בעבודה בענפי השירותים של הכפר, במשק החקלאי, בכרם ובנוי. זוהי תרומתו של כל חניך לכלל, שכן מסגרת החיים בפנימייה מהווה מסגרת ערכית, המחנכת לחיים של שיתוף, אחריות חברתית ומודעות לצורכי הזולת.