מקור דין גיור קטן הוא במסכת כתובות (יא,א): “אמר רב הונא גר קטן מטבילין אותו על דעת בית דין. מאי קמ”ל? דזכות הוא לו וזכין לאדם שלא בפניו”. שיטת הרמב”ם והרמב”ן ובית מדרשו שגיור קטן הינו מדאורייתא. תוס’ על אתר מקשה הרי זכיה היא מטעם שליחות והרי אין שליחות לקטן? ר”י בתוס’ מתרץ שכל גירות גר קטן אינה אלא מדרבנן ולחכמים יש כח לעקור דבר מן התורה בקום עשה ולכן הוא מותר בבת ישראל. רע”א על אתר מתרץ שהכלל שאין שליחות לקטן נאמר במקום שצריך את מעשה הקטן ובגרות אין צורך שהקטן יעשה מעשה. תוס’ יחלוק על רע”א מפני שהוא סובר שקבלת מצוות הינה מעשה של הגרות.
כידוע, גיור מצריך בית דין של שלושה (יבמות מו,ב). הראשונים נחלקו אילו משלבי הגיור מחייבים את נוכחות בית הדין – לדעת הרמב”ם (איסורי ביאה יג,ו) החובה היא בטבילה; לדעת תוספות (יבמות מה,ב) החובה היא בקבלת הגירות. אנו למדים מכאן כי לדעת תוספות עיקר הגיור הוא קבלת המצוות וזה מתאים לשיטתם בכתובות – קטן אינו חייב במצוות וממילא גיורו הוא מדרבנן. הרמב”ם (שם,ז) הביא את דין גר קטן כפשוטו ולא סייג זאת לתקנת חכמים. גם הרמב”ן ובית מדרשו חולקים על תוספות וסוברים שגר קטן הינו גר מדאורייתא כפשט הגמרא. את הבעיה שבגיור מי שאינו חייב במצוות פותר הריטב”א בכתובות כשהוא מסביר כי קבלת מצוות אינה עצם הגיור אלא “מצווה” ואינה מעכבת. כיוון שכך, קטן שאינו יכול לקבל מצוות שאינו חייב בהן מתגייר מדין “זכין לאדם”. בשטמ”ק בכתובות מובאת בשם “שיטה ישנה” הדעה שבקטן, שקבלת מצוות אינה אפשרית לגביו, היא אינה מעכבת. כשיטת הרמב”ם פסק השו”ע (יו”ד רסח, ז) ואין חולק עליו מבין הרמ”א ונושאי הכלים.
בהמשך הסוגיה בכתובות (יא,א) פוסק רב יוסף שקטן שנתגייר יכול “למחות” ולבטל את הגיור לאחר שגדל לשיטת תוספות (על אתר) גר ששמר מצוות בגדלותו נחשב כמי שלא מחה. הרשב”א מסביר כי לשיטת תוספות על מנת שהגרות תהיה שלמה צריך להודיע לקטן שגדל מצוות.
אולם, פשט הגמרא נראה שונה משיטת התוספות – המחאה אינה ביטול הגירות במקרה של אי קיום מצוות על ידי הקטן שגדל אלא זכות שניתנה לו לחזור בו מהגיור. כך נראה משיטת הרמב”ם שלא הביא את דין המחאה בהלכות איסורי ביאה (שם מרוכזים כל דיני הגיור) אלא רק בהלכות מלכים (י,ג). נראה שהסיבה לבחירתו זו של הרמב”ם היא שאין הוא רואה את המחאה כקשורה לקבלת המצוות אלא לחוסר רצונו של הגר להשתייך לאומה הישראלית. אם כך, אין מקום מתאים יותר מהלכות מלכים על מנת להביא דין זה.
כידוע, במעמד הר סיני עברו ישראל מעין גיור וכניסה תחת כנפי השכינה כמבואר בתחילת פי”ג בהלכות איסורי ביאה. ברור שבאותו מעמד גם הקטנים נכנסו תחת כנפי השכינה אע”פ שלא היו בני דעת לקבל מצוות. תוס’ בסנהדרין (סח,ב) מביא את הקטנים במעמד הר סיני כראיה שגיור קטן הינו מדאורייתא, שהרי קשה להעלות על הדעת כי הקטנים ביוצאי מצרים לא נחשבו לישראל עד שגדלו. לשיטת ר”י בתוס’ בכתובות לכאורה צ”ע. הריטב”א בכתובות מבאר מדוע לא הביאו ראיה מקטנים במעמד הר סיני: “וי”ל דהתם משום דנתגיירו אבותיהם, וניחא להו במאי דעביד אבוהון, ותו דאלו זרע אברהם כבר נצטוו על המילה ולהכניסם מקטנותם בבריתו, ואין זה אלא גמר גירות”.