"נתיבי ישראל" - תכנית תחבורתית לפריסת רשת כבישים ומסילות ברזל לפיתוח הנגב והגליל. במסגרת התכנית הטילה הממשלה על נתיבי ישראל את המשימה להקים בנגב ובגליל כבישים ומסילות רכבת.
מטרת תכנית "נתיבי ישראל" (החלטה 1421 תש"ע, 2010), אותה הגו ראש הממשלה בנימין נתניהו ושר התחבורה ישראל כ"ץ, הינה פיזור מאוזן יותר של האוכלוסייה ופריסת הפעילות התעסוקתית והכלכלית גם לערי הפריפריה באמצעות שיפור הנגישות התחבורתית.
בהמשך להחלטת הממשלה, מקדמת החברה את תכנית "נתיבי ישראל" אשר כוללת מגה פרויקטים תחבורתיים של מסילות ברזל וכבישים, ביניהם הקמת שתי מסילות ברזל עכו-כרמיאל ורכבת העמק והרחבה ומחלוף של כבישים 77,65 ו-85 המכונים "הזרוע המזרחית לגליל".
ביצוע הפרויקטים יפרוש רשת תחבורה יעילה שתחבר בין קצוות המדינה ותאפשר זמני נסיעה קצרים בין אזורים שונים בה.
התוכנית תוקצבה בסכום של 27.5 מיליארד ₪ המחולקים בין חברת נתיבי ישראל, חברת חוצה ישראל וחברת רכבת ישראל. סך של 10.8 מיליארד ₪ מתוך תקציב נתיבי ישראל הועברו לחברת נתיבי ישראל לביצוע הפרויקטים שבאחריותה.
ברבעון הראשון של שנת 2011 פרסמה החברה מכרזים ראשונים לביצוע מסילות הרכבת שהועברו לאחריותה, בין עכו לכרמיאל ובין חיפה לבית שאן.