הסניף הראשון של תבונה הוקם בשנת 2006 בשכונת מרום נווה שברמת גן. לסניף זה הגיעו תלמידים מכל חלקי הארץ. סניף זה פעל כסניף יחיד עד סוף 2011. מאז הוקמו סניפים נוספים בראשון לציון וכרמיאל.
החל משנת 2018, תבונה תרחיב את פעילותה לרשת של מאמנים/מורים פרטיים ברחבי הארץ בנוסף לפעילות הסניפים.