משק החי מהווה מרכז משמעותי עבור חניכי בן יקיר, הן מבחינת המקום עצמו והן מבחינת האנשים הנמצאים בו. במשק ניתן למצוא סוסים, עזים, כבשים, ציפורים ותוכים, אוגרים, ארנבות, חמורים (אתונות ליתר דיוק) ונאקה.
שעות הפעילות של המשק הן השכם בבוקר עד שעות הצהרים, כאשר בשבתות מבקרות גם משפחות מכפר הרא"ה במשק, נפגשות עם החניכים ונהנות מיופיו של המקום. מעבר להנאה שבביקור במקום, המשק משמש לפעילויות רבות נוספות במסגרת הכפר: פגישות טיפול בעזרת בעלי חיים, פגישות רכיבה טיפולית, שיעורים בכיתת החקר, חממה פעילה, כוורת מחקר ופעילויות חברתיות שוטפות.
רוב תלמידי חטיבת הביניים של בן יקיר נהנים מפעילויות פרטניות במשק החי. 9 מבין חניכי הכפר משתתפים בפגישות סיוע בעזרת בעלי חיים וכ-35 מחניכי הכפר משתתפים בפגישות רכיבה טיפולית ולימודי רכיבה מערבית.
כיתת החקר החדשה של המשק משמשת את בית הספר בלימוד ומחקר של בעלי חיים בכל הגדלים. החל ממקלונים ששהו תקופת מה בכלובים, דרך עכברים, נחשים וחיות רבות אחרות. הלימוד בכיתה מתבצע בשיעורים קבועים במערכת ומאפשר גישה אחרת ללימודים לצד אוורור מארבע קירות הכיתה.
בחודשים האחרונים הוקמה במשק כוורת מחקר בשיתוף תלמידים מישיבת בני עקיבא כפר הרא"ה הסמוכה לבן יקיר. כוורת זו משמשת את התלמידים משני מוסדות הלימוד להתבוננות וצפייה, מחקר על פעילות הדבורים והפקת דבש ובאופן כללי מהפנטת כל מי שמתבונן בה בפעילות השוקקת.
החממה החקלאית הוקמה בראשיתה בשטח בית הספר ולקראת שנת הלימודים תשע"ח תועתק למשק החקלאי. עם חזרתה לפעילות, תשמש החממה את חניכי הכפר לגידולים ולהתנסויות שונות (צמחים הידרופונים, גינת מטר על מטר ועוד) ותאפשר לימוד של הטבע בצורה אחרת תוך עבודת כפיים.