בביקורת שערך המשיב, בשלהי שנת 2003, נמצא כי המערער ניהל את עסקו שלא כדין, תוך חריגה מהוראות ניהול ספרים, לרבות אי-הוצאת חשבונית על כל תקבול. כן העלתה הביקורת, כי חשבוניות אשר על בסיסן קוזז מס תשומות למע"מ (להלן: החשבוניות שבמחלוקת) על-ידי המערער, הינן פיקטיביות, במובן זה שקבלני המשנה להם, כביכול, שילם, והם החתומים על החשבוניות נשוא הקיזוז, כלל לא קיימו עמו קשר עסקי, לא עבדו בשירותו ולא הם שהוציאו את החשבוניות שבמחלוקת. זאת, לגישתו של המשיב, בידיעה ברורה של המערער כי החשבוניות כוזבות.
ואולם, לדידו של המערער, כל מוציאי החשבוניות עבדו בפועל כקבלני משנה מטעמו, בביצוע העבודות נשוא החשבוניות ולא היתה לו כל אפשרות לבדוק ולדעת שהן אינן תקינות. לדבריו, כל הקבלנים הציגו בפניו תעודות זהות והסכמי עבודה, נתון הסותר את טענת המשיב לפיה כיוון שאינו מזהה את מבצעי העבודה, הדבר מעיד שהחשבוניות פיקטיביות. עוד מוסיף המערער, שנוכח קביעת המשיב הנ"ל, עליו במקביל, לחייב גם את מוציאיהן - קבלני המשנה, בכפל מס, בהתאם לסעיף 50(א) לחוק מע"מ, מבלי שינתן לו שיקול דעת אם לעשות כן.
חיזוק ואישוש לעמדתו, מצא המשיב בחוסר היכרותו של המערער עם מוציאי החשבוניות, בעימותים שנערכו ביניהם, בהעדר המצאה של הספרים והחשבוניות נשוא השומה - בהתאם לדרישת הביקורת, ובהעדר ניסיון מצד המערער לאתר העתקים כלשהם של החשבוניות או הסכמי העבודה מקבלני המשנה - עת התבקש לעשות כן, וחזרתו על טענה לפיה כל המסמכים הנדרשים נגנבו עם רכבו. עוד הוא מוסיף, כי לא הוצגה ראיה התומכת בהעברת כספים בין המערער לבין הישויות הנקובות על גבי החשבוניות, אלא להיפך, התברר שחלק גדול מהשקים, באופן מתמיהה, נפרעו בבנק ברמאללה ע"י אדם בשם אבו-פחידה חאלד.
בעקבות ממצאי החקירה, הוצאה למערער "שומת תשומות" לפי מיטב השפיטה - מכח סעיף 77 לחוק מס ערך מוסף, תשל"ו-1975 (להלן: חוק מע"מ), וזאת לשנים 2003-1999. בשומה זו, חייב המשיב את המערער בתשלום הפרש מע"מ תשומות בסכום של 1,693,589 ש"ח, מכח סעיף 38(א) לחוק מע"מ, ובתוספת ריבית, הצמדה וקנסות, סה"כ 2,081,452 ש"ח. המערער הגיש השגה על חיובו במע"מ התשומות, אותה דחה המשיב, וזאת מהנימוקים שלעיל.
בנוסף לפסילת החשבוניות והוצאת השומה, פסל המשיב את ספרי המערער לשנים אלו, בהתאם לסעיף 95 לחוק מע"מ, וחייבו בקנס בשיעור של 1% ממחזור עסקאותיו המדווח לאותה התקופה, בסך של 147,298 ש"ח. זאת, לגישתו - הן מהטעם שלא הומצאו לו הספרים, והן בשל ליקויים מהותיים שנפלו בספריו של המערער.
השאלה העובדתית והמשפטית העומדת להכרעה, הינה, האם חשבוניות המס נשוא הערעור משקפות עסקה אמיתית בין צדדים אמיתיים, כטענת המערער, או שמא - כטענת המשיב - אין מאחורי חשבוניות אלו עסקה ממשית כלשהי.
סעיף 10(א) לתקנות מס ערך מוסף ומס קניה (סדרי דין בערעור), תשל"ו-1976, קובע תחולה לתקנות סדר הדין האזרחי בתיקי מע"מ, ובס"ק (ב), קובע: "לענין תקנה זו, כל מקום שנאמר בהוראות תקנות סדר הדין "תובע" - קרי "מערער", "נתבע" - קרי "משיב", תובענה - קרי "ערעור", הכל לפי הענין". בהמשך לכך, מסביר י. פוטשבוצקי, בספרו מס ערך מוסף, מהדורת 2001, עמ' 501, כי: "הכלל הבסיסי בכל דיון משפטי הוא ש"המוציא מחברו עליו הראיה" ולכן נטל השכנוע תמיד על התובע, אולם במקום שבו מצויות העובדות בידיעתו של הנתבע יהא עליו לשאת בנטל ולהוכיחן".
על פי הגיונם של דברים ובהיקש מהנ"ל, היה צריך להטיל את נטל הראיה בגין נכונותה של השומה על שלטונות המס, התובעים מן החייב תשלומים בגין עסקאותיו. ואולם, בדיני המיסים הכלל הפוך, כאמור, ובו נטל הראיה והשכנוע רובצים על הנישום המערער, אשר הוא בבחינת "המוציא מחברו", מן הטעם שפעולת הרשות נעשית עפ"י דין, ומשום שהנישום הוא בעל המידע הטוב ביותר על המתרחש בעסקו (ראה: א. נמדר, מס ערך מוסף, חושן למשפט ת"א, תשס"א-2000, עמ' 793-791). חריג לכלל זה, משמש סעיף 83(ד), לפיו במקום בו לא נפסלו הפנקסים, עובר נטל ההוכחה בערעור למנהל, ולשונו בהיפוך: "חובת הראיה היא על המערער, אם הדו"ח אינו נתמך בפנקסי חשבונות שנוהלו כדין".
הפסיקה על סעיף זה, ובהקשר לערעור בו עסקינן, מלמדת, כי כאשר מדובר בשאלה לבר-פנקסית, וספרי המערער נפסלו - כפי שאירע בענייננו, מונחים הנטלים לפתחו של העוסק, באופן שבו עליו לפתוח בהבאת ראיותיו ולשכנע את ביהמ"ש שהחשבוניות שבמחלוקת אינן פיקטיביות, והן הוצאו וקוזזו במס כדין.
לגישתו של המשיב, המערער לא הרים את הנטל המוטל עליו לסתור את ממצאי החקירות, בין על-ידי הבאת קבלני המשנה למתן עדות, בין בניסיון לשחזר את החשבוניות או הספרים בעזרת העוסקים ובין בהבאת ראיה כלשהי, גרסה או עדות שיש בה לסתור את טענות המשיב נגדו. בנוסף, גרסת גניבת הספרים, כפי שהוצגה על ידו, נמצאה ע"י המשיב בלתי מהימנה ובעלת סתירות (בגרסה זו אדון בהמשך).
מטעם המערער, העידו הוא עצמו ומנהל חשבונותיו בתקופה הרלוונטית, סאסי בוקריס. מטעם המשיב, העידו דוד מינא - ממונה צוות ביקורת חשבונות במשרדי המשיב, אשר ערך את הביקורת והחליט על פסילת ספריו של המערער, וכן סובר נקש - מנהל תחום בכיר ביקורת חשבונות במשרדי המשיב, אשר דן בהשגה שהגיש המערער על שומת התשומות שהוצאה לו, ודחה אותה. שני האחרונים צרפו לתצהירם דוחו"ת עימות וחקירה שקיימו בין המערער לבין מוציאי החשבוניות השנויות במחלוקת.
כעת נדרש, איפוא, לשאלה האם עמד המערער בנטל, להראות כי הוצאת החשבוניות שבמחלוקת וניכוי מס התשומות מהן נעשה עפ"י דין, כי ניהל את חשבונותיו כנדרש וכי החלטת המשיב - בטעות יסודה.
בהתאם לסעיף 38(א) לחוק מע"מ, רשאי עוסק לנכות מס תשומות הכלול "בחשבונית מס שהוצאה לו כדין". על החשבונית נשוא הניכוי, לעמוד הן בדרישות צורניות - כנקוב בסעיף 47 לחוק מע"מ ובתקנה 9(א) לתקנות מע"מ (ניהול פנקסי חשבונות), תשל"ו-1976, והן בדרישות תוכניות - כלומר, שהחשבונית תוצא כדין ובפועל לעוסק הדורש את ניכויה. בהימצא סטייה מהותית מדרישות אלו, רשאי המשיב להוציא מטעמו שומה מפורטת עפ"י מיטב השפיטה.