בעודו נלחם בראש כוחותיו מול הסורים במלחמת יום הכיפורים ורואה כיצד הסורים טובחים בחילי ההנדסה החשופים נשבע הקצין יהודה כהן, לימים תא"ל יהודה כהן הקהנ"ר התשיעי, שאם יגיע לתפקיד בכיר בצה"ל ידאג שהחיילים שלו לא יהיו חשופים יותר לאש. אחת המשימות הראשונות שהציב לעצמו תא"ל כהן עם כניסתו לתפקיד קהנ"ר ב-1983 הייתה למגן את חיילי ההנדסה שבקו הראשון. התוצאה: הפומה - הרק"מ המוביל את לוחמי ההנדסה ומגן עליהם.
כהן התגייס לשירות צה"ל ב-1957 והועבר לאחר הטירונות לשרת בבית הספר להנדסה צבאית. בהמשך יצא לקורס קצינים ומשם חזר לגדוד אסף.
במלחמת ששת הימים צוות כהן לגדוד המילואים שהיה צריך להבקיע דרך לגדוד טנקים בדרום.
בתום המלחמה נשלח כהן ללימודים צבאיים באנגליה וב-1969, עם שובו, התבקש להקים גדוד הנדסה. את מלחמת ההתשה עשה עם הגדוד בסיני: "זו הייתה המלחמה הקשה ביותר לצה"ל, חטפנו הפגזות והיו נפגעים כל יום, בלילה היינו בונים את מה שנהרס ביום. הלחץ הנפשי על החיילים והמפקדים היה גדול. אף אחד לא ידע מתי תגמר המלחמה. "נזכר כהן. בתום המלחמה ביקש להשתחרר מצה"ל אולם קהנ"ר דאז איציק בן דב ביקש ממנו להישאר ואף הציע לו לצאת ללימודים. כהן נרשם ללימודי הנדסה בטכניון ובחופשותיו מהלימודים התבקש ע"י הקהנ"ר להקים גדוד מילואים.
בחופשות הסמסטר, בין בחינה לבחינה, הקים כהן את גדוד המילואים ואימן אותו. את האימון האחרון סיים הגדוד בצפון, ימים ספורים לפני מלחמת יום הכיפורים: "מה שאני זוכר מהמלחמה הזו, היא את העובדה שהיינו חשופים ופעלנו כל הזמן תחת האש הסורית".
בתום המלחמה מונה כהן לראש ענף מבצעים מקהנ"ר ובמגביל השלים את לימודיו בטכניון. כהן המשיך את דרכו בשורה של תפקידים שונים, ביניהם מפקד בית הספר לצליחה. מאוחר יותר יצא ללימודים במכללה לביטחון לאומי.
ב-1983 מונה תא"ל יהודה כהן לתפקיד קהנ"ר. עם כניסתו לתפקיד החליט לקיים את הבטחתו, ולמגן את חיילי חיל ההנדסה: "בחנתי את נושא המיגון, פירקנו צריחים מטנקים והסבנו נגמ"שים, פיתחנו את הפומ"ה ואת הרק"מ ההנדסי כשבמקביל עסקתי במבנה האירגוני של החיל. הגדלתי את מספר המפקדים בגדוד ושיפרתי את ההצטיידות, זכרתי את מה שראיתי ב"כיפור" וב"שלום הגליל" ורציתי שהחיילים יהיו מוגנים ומצויידים יותר".
בימיו עבר חיל ההנדסה מהפכה נוספת, מפקדת חילות השדה הוקמה וחיל ההנדסה צורף אלי.
"היה חשש בחיל שנאבד מעצמאותינו אולם חשדות אלו התבדו, התקציב שלנו בתוך מסגרת החילות גדל ושיתוף הפעולה עם שיריון וחי"ר גדל". חיילי ההנדסה מבחינתו של כהן לוחמים לכל דבר. כמה פעמים במהלך יום הכיפורים הוא נשלח עם חייליו לבצע פעולות חי"ר, בהן חילוץ כוחות ופינוי צירים תוך שהוא עומד מול הסורים. באחת הפעולות הקשות הצליח כהן לחלץ את הגדוד שלו בלי נפגעים מאש תופת שהמטירו הסורים. את אחד מרגעיו הקשים ביותר הוא לא ישכח: "במלחמת ההתשה קלטתי מש"ק צעיר, בן למשפחה שכולה שביקש לא להישלח למעוזים. הוא נשאר במפקדה אך באחת הפעמים היה צורך להחליף חייל. שלחנו אותו למעוז, כשהגיע החלה הפגזה והוא נהרג. זה היה רגע קשה מאוד".
ב-1985 הציע שר השיכון דאז, דוד לוי, לכהן לשמש כמנכ"ל מע"צ. "זה היה אתגר עבורי ולאחר שקיבלתי את אישור הרמטכ"ל פשטתי את המדים ובאוקטובר 1985 התיישבתי על כורסת מנכ"ל מע"צ. זו קריירה צבאית ואזרחית שאני מתגאה בה.