טיהור השפכים ברמת הנדיב נעשה במערכת טיהור עצמאית שאינה מחוברת כלפי חוץ. התהליך כולל הזרמת שפכים מבתי השימוש והכיורים אל בור סניקה, ממנו אל המט”ש (מערך טיהור השפכים) ומהמט”ש מּושָבים המים המטוהרים להשקיה. במט”ש עוברים ביממה 10–17 קו”ב מי שפכים.
בור איסוף – מי השפכים נאספים לבור איסוף תת-קרקעי שלידו מותקן מגוב מכני חדשני.
מגוב מכני – המגוב המכני מסנן החוצה מגבונים ומוצרי היגיינה נשיים, סוחט אותם ובעזרת זרוע מכנית זורק אותם לפח אשפה המותקן מחוץ לבור האיסוף.
מיכל איזון – השפכים זורמים מבור האיסוף אל מיכל האיזון, שבו ישנה משאבה השואבת ומעבירה אותם באופן מדוד ובתדירות קבועה אל מיכלי השיקוע.
מיכלי שיקוע – בשלושת מיכלי השיקוע מתבצעת הפרדת המוצקים והשומנים מהשפכים הנוזליים. השפכים הנוזליים זורמים הלאה אל מיכל הטיהור.
מיכל טיהור מסוג ביו-דיסק – מיכל הטיהור מכיל דיסקים בעלי שטח פנים גדול המאפשר התפתחות מושבת חיידקים גדולות. הדיסקים מסתובבים ללא הרף כשחציים טובלים במי השופכים וחציים מחוצה להם, חשוף לאוויר. תנועת הדיסקים וחשיפתם לאוויר גורמת להטמעת החמצן ולתהליך הפירוק האירובי הנעשה באמצעות חיידקים באופן המבטיח טיהור מהיר ואיכותי של השפכים. ממיכל הביו-דיסק זורמים המים למיכל הצללה.
מיכל הצללה – במיכל ההצללה (מלשון צלילות) מתבצעת הצללת המים באמצעות מערכת של מחיצות למלות (LAMELLAS SEPARATORS) המסננות את הבוצה העודפת מהמים המטוהרים. הבוצה שוקעת לקרקעית המיכל ומועברת באמצעות משאבה אוטומטית למיכל איסוף הבוצה. מי הקולחין המטוהרים זורמים למיכל איגום.
מיכל איגום – במיכל האיגום נאגרים מי הקולחין הצלולים.
מיכל איגום להשקיה – במיכל איגום בו נאגרים מי קולחין באיכות גבוהה המוזרמים ממנו להשקיה.
השקיה בטפטפות – מי הקולחין מוזרמים בצינורות סגולים )ייעודיים למי קולחין מטוהרים( להשקיית חלקת מחקר שבה אנו מגדלים צמחי ערבה לבנה לצורכי מחקר. המחקר בוחן האם הערבה הלבנה יכולה לשמש צמח מספוא לעיזים ולכבשים ואילו סגולות רפואיות יש לה בעבורן.