מטרת המחקר בפקולטה היא לקדם מחקר בסיסי, תשתיתי ויישומי במדעי החקלאות הכוללים את מדעי המזון והתזונה, איכות הסביבה ויצור מזון.
האתגר הוא הגדלת יצור המזון, תוך שיפור איכותו בתנאי אקלים משתנים תוך מינימום פגיעה בסביבה.
ממשקי גידול עתירי ידע של צמחים ובעלי חיים הם היום נחלתם של חקלאים רבים גם במדינות מתפתחות, והפערים בין מדינות העולם, בטכניקות ויעילות הייצור, מצטמצמים באופן רציף. יתרה מכך, גם המחקר החקלאי במדינות מתפתחות נמצא בתנופה ומאפשר את הטמעת הידע על ידי המגזר החקלאי במהירות רבה יחסית. למרות זהחקלאות המודרנית עברה תמורות משמעותיות והפכה להיות יותר אינטנסיבית, מבוקרת, ועתירת השקעות. את, אין היום ויכוח על ההנחה שקצב ייצור המזון העולמי יהיה נמוך יותר מקצב הדרישה בתוך פרק זמן של 20-40 שנה. אי לכך, הציבה הפקולטה כמטרה מרכזית את נושא הגדלת יעילות הייצור החקלאי בתנאי סביבה משתנים, ושיפור איכות המוצר.
הייצור החקלאי מהוה רכיב חשוב ביחסי הגומלין בין הפעילות האנושית לבין הסביבה. פגעים סביבתיים עלולים להשפיע על בריאותם, ביטחונם ואיכות חייהם של בני האדם ובעלי החיים. כמו כן עלולה להיות פגיעה באיכות המים ובמגוון הביולוגי הקיים. אי לכך, התגבשה התפיסה של פיתוח ושיפור כשר הייצור החקלאי תוך שמירה על איכות הסביבה. יתרה מכך, במשך השנים התגבשה ההבנה שלא די בפעולות שימור אלא יש צורך גם בפעילות שיקום וטיפול בסביבה. לכן אתגר מרכזי שיעמוד בפני הפקולטה לחקלאות יכלול את הבנת התהליכים המשפיעים ומשפרים את איכות הסביבה תוך מטרה לשמור על סביבה חקלאית ברת-קיימא ושימורה לדורות הבאים. נושאי המחקר העתידי יכללו פיתוח מקורות אנרגיה חליפיים, שימוש במקורות מים נוספים, מחזור פסולת, הדברה ידידותית ועוד. בגלל מורכבות הנושא יהיה צורך להשתמש בכלים כלכליים כאמצעי להתמודדות עם אתגרים אלו.
1. מדעי הצמח וגנטיקה בחקלאות – תחומי המחקר כוללים נושאים כמו: פיסיולוגית הייצור ויחסי הגומלין של הצומח החקלאי עם סביבתו; גנטיקה, אבולוציה, השבחה וגנומיקה חקלאית; ביוטכנולוגיה וביולוגיה תאית ואורגניזמית; אקולוגיה יישומית, שמירת טבע וניהול שטחים פתוחים.
2. ביולוגיה והממשק של בעלי חיים חקלאיים - תחומי המחקר כוללים נושאים כמו: פיסיולוגיה של בעלי חיים; ביולוגיה של תהליכי רבייה; הזנת מעלי גרה; אימונולוגיה של בעלי חיים; ופיסיולוגיה סביבתית של בעלי חיים.
3. מדעי המזון והתזונה - תחומי המחקר כוללים נושאים כמו: ביוכימיה ומיקרוביולוגיה של מזון; הכימיה והפיזיקה של תהליכי ייצור ושימור מזון; מרכיבים תזונתיים ופיזיולוגיה ברמת התא הבודד והאורגניזם השלם; טוקסיקולוגיה של מזון; מזון פונקציונאלי ופרוביוטיקה; תזונה ומחלות מטבוליות.
4. מדעי הסביבה בחקלאות – מחקר רב תחומי בנושאים מגוונים הקשורים להשפעות החקלאות על הסביבה והסביבה על החקלאות. תחומי המחקר כוללים נושאים כמו: חקר הרצף קרקע-מים-צמח-אטמוספירה בהיבטי קליטת מים, דישון וזיהום; מיקרוביולוגיה סביבתית; יחסי פטריות-חיידקים-צמח; ביולוגיה סינתטית של מיקרואורגניזמים; פיתוח פתרונות חדשניים לבעיית מזיקים בחקלאות; שיפור איכות האבקה בגידולים השונים, צמצום השימוש בקוטלי חרקים; אגרואקולוגיה ושמרת טבע; כלכלת סביבה וניהול משאבי טבע; כלכלת המגזר החקלאי ומדיניות חקלאית; כלכלת משאבי מים; שיווק מוצרי מזון, פיתוח יוזמות באגריביזנס.
חוקרי הפקולטה מפתחים את הפעילות ההוראתית והמחקרית בתחומי מדעי החקלאות המזון ואיכות הסביבה, על מנת לאפשר לחקלאות הישראלית ותחומים נלווים להתקיים, תוך שמירה על מעמדה התחרותי בעולם. המחקרים בפקולטה הינם עם הפנים לעתיד תוך התמקדות בתחומים הבאים: מדעי הצמח, מדעי בעלי החיים, הגנת הצומח, גנטיקה והשבחה, מזון ותזונה, ביולוגיה של התא, גנומיקה, פרוטאומיקה וביוטכנולוגיה. על מנת למנוע זיהום הסביבה נערכים מחקרים במדעי הקרקע והמים, הסביבה והאקולוגיה. מתוך ראייה של הקשר ההדוק בין איכות המזון ובריאות האדם קיים שיתוף פעולה מחקרי בין חוקרי מזון ותזונת האדם לבין חוקרים ממדעי הצמח והחי. כמו כן ניתן דגש לתחומי הכלכלה החקלאית והמנהל בחקלאות.
הוועדה למחקר ופיתוח מתאמת את קשרי המחקר הענפים עם אוניברסיטאות ומוסדות מחקר על פני כל הגלובוס, בראש הוועדה עומד סגן הדיקן למו"פ פרופ' בני חפץ.