עם יציאת החלב מהבהמה, נסחפים אליו חיידקים הנמצאים בכלי קיבול החלב, בבני האדם החולבים, ברפת, באוויר, וכדומה.
על-פי החוק במדינות המתוקנות, יש להרוג את החיידקים לפני שהחלב משווק לציבור. אולם, באם נהרוג את כל החיידקים - נקבל חלב שאינו טעים לחיך. על כן מפסטרים את החלב.
פסטור הוא חימום החלב בדרגת חום של 78 מעלות במשך 16 שניות. לאחר פסטור זה, מושמדים 99.9% מהחיידקים, כשהחלקית האחוז הנותר, גורם לטעם המיוחד של החלב.
זו אחת מהסיבות שחלב עמיד אינו כה טעים לחיך, כי הרגו את 100% החיידקים שבו, וכתוצאה מכך עמידותו היא לאורך זמן.
עולם החיידקים מחולק לחיידקים המזיקים לאדם, ולכאלה המועילים לבריאותו.
בכדי לייצר יוגורט, שהוא בעצם חלב בעל טעם חמוץ, ומרקם ג'לי, מוסיפים חיידקים מועילים.
גבינה לבנה פשוטה ניתן אמנם לייצר ללא חיידקים, אך אז תתקבל גבינה ללא הטעם החמצמץ, המרקם והארומה המיוחדת.
לכן מוסיפים לגבינה סוגי "מחמצות" המוזכרים בלשון ההלכה כ"חלב חמוץ". זו גם הסיבה לשינויי הטעם, והארומה, בין מחלבה אחת לרעותה, והגורם לשינויי הטעמים בין גבינות מסוגים שונים, שכן לכל חברה ולכל גבינה יש שימוש במחמצת שונה.
המחמצת המודרנית הינה גידול (תרבית) חיידקים במעבדה. מקורו של החיידק הראשוני יכול להילקח מפרי רקוב, חלב חמוץ, ואף מטביעת אצבע.
את החיידק זורעים על גבי "מצע גידול", והחיידק ניזון מהחומרים הנמצאים במצע, כשבכל כמה דקות החיידק מכפיל את עצמו עד למיליונים ומיליארדים.
מצע חלבוני יהיה מורכב מתמצית בשר או חלב, פפטון ומים. מצע עמילני יהיה מורכב ממים, ועמילן. מצע מיץ פירות יהיה מורכב ממיץ ומים, מצע עני יכיל רק עמילן.
בסיס כל המצעים הינו חומר בשם 'אגר' שמקורו ב'אצות ים'.
הכנת המצע: מכניסים את האגר ויתר החומרים לכלי כימי, מחממים את התמיסה ומעבירים את הנוזל למשטח הגידול, מקררים את המצע עד שייקרש - ועליו זורעים את החיידקים.
"מחמצות החלב" (חיידקי החלב), המיוצרות על-ידי חברות ברחבי העולם, מגיעות אל המחלבה באריזות קפואות, בהקפאה יבשה, ומוכנסות באופן ידני.
כל סוג של גבינה מקבל מחמצות שונות. לדוגמא, חיידקים "תרמו פילים" אוהבי החום, יפעלו רק בחלב חמים, חיידקים "פסיכרופילים" אוהבי הקור, יפעלו רק בחלב קר, כאשר בתוך כעשרים דקות החיידקים מתעוררים לחיים בתוך החלב, מתרבים בתוך המוצר, אוכלים את הסוכרים שבחלב, גורמים ללקטוז שבחלב (סוכר החלב) להפוך לחומצה לקטית ולהוריד את ה-pH, דבר הנחוץ להקרשת החלב, ומהווים גורם מרכזי בקביעת המרקם והטעם של הגבינה.
הבעיה הכשרותית במחמצות-חיידקים אלו היא בעיקר המצע שעליו גדלים וניזונים החיידקים. מצע זה יכול להיות כאמור מתמצית בשר חזיר או חלב עכו"ם. (אצות ים הינם צמחים ואינם אסורים באכילה. מאצות מסוימות מכינים את דפי ה'נורי' להכנת סושי).
בעבר נהגו כל ועדי הכשרות להשתמש גם במחמצות שגודלו על מצע המכיל חלב נכרים, לאחר שלושה העברות שבוצעו באופן הבא: המחמצת שבכשרות רגילה הוכנסה תחילה לחלב ישראל, וחלב ישראל שימש להחמצת חלב ישראל נוסף, והחלב השני שימש להחמצת חלב שלישי.
רק החלב השלישי הותר לצורך החמצת החלב שיועד לייצור תוצרת מהדרין.
שיטה זו של שלושת העברות אינה לכתחילה.
אחד מפועליו החשובים של הרב דאום ז"ל, רבה הראשון של חברת 'תנובה', היה לייצר מחמצות אלו בחו"ל - לצורך כל תוצרת המהדרין - בהשגחה מיוחדת ועל בסיס חלב ישראל בלבד. בכך הוא הצעיד את כשרות החלב ותוצרתו צעד משמעותי קדימה.
הם אינם נראים בעין בלתי מזוינת, אלא רק באמצעות מיקרוסקופ. התורה כלל לא עסקה ב'יצורונים' הללו, שכלל לא ידוע האם הם בגדר בעלי חיים, שכן עד לפני עשרות שנים, המדע עדיין שייך את החיידקים לעולם הצומח. תרמה לכך אולי, בין היתר, העובדה שריבויים אינו כדרך בעלי החיים מאב ואם, אלא בדרך של שכפול.
אגב, לא רבים יודעים: מקור השם חיידק הוא חיבור של המילים: חי-דק (בעל חי דקיק). בלטינית נקרא החיידק בקטריה, שפירושה בספרדית "מקלונים", שכן החיידקים הראשונים שנתגלו (בדמם של בעלי חיים), היו נראים בצורת מקלונים מתנוענים. במשך הזמן התגלו חיידקים בעלי צורות שונות, אך השם בקטריה נותר ככינוי הכולל לחיידקים.