בתחילת אפריל התכנסה מועצת השורא של האחים המוסלמים במצרים להתייעצות דחופה. לחברי המועצה, שהיא הגוף העליון שפוסק בענייני התנועה ובוחר את מנהיגה של התנועה, התברר כי מועמדותו של איש העסקים חיירת אל-שאטר עלולה להיפסל. המועצה הציעה למנות מועמד חלופי למקרה זה והבחירה נפלה על הד"ר מוחמד מורסי. חודשיים וחצי אחר כך זכה מורסי במחצית קולות הבוחרים ועשה את דרכו לארמון הנשיאות.
מורסי הולך ומתגלה עתה כנושא ונותן יעיל, שכבר התנסה בפתרון משברים. נאומיו ספוגים אמנם בפאתוס, קולו צרוד וכריזמה סוחפת אינה מתכונותיו הבולטות, אך בדיונים פנימיים הוא יודע להפעיל כנראה את קסמו האישי. מלכתחילה הוא לא רצה בנשיאות. כאשר דנה מועצת השורא אם להריץ מועמד מטעם האחים לנשיאות, אחרי שעמדתה העקרונית היתה עד אז נגד נשיא מטעמם, הצביעו 56 חברים בעד ההחלטה לעומת 52 שהתנגדו לה. במתנגדים היו מוחמד מורסי ואל-שאטר שסברו כי על האחים לתמוך במועמד מחוץ לתנועה. אולם, על רקע המחלוקות עם הצבא, התקבלה לבסוף ההכרעה ברוב דחוק. שני המועמדים, אל-שאטר ומורסי, קיבלו את דין התנועה.
מורסי, יליד 1951, הצטרף לשורות האחים המוסלמים רק בגיל 29, שנה אחרי שהתחתן עם נג'לא מחמוד ואחרי שסיים את לימודיו לתואר שני בהנדסת מתכות באוניברסיטת קהיר. זמן קצר אחר כך הוא זכה במלגת לימודים באוניברסיטת דרום קליפורניה, שבה קיבל תואר דוקטור בהנדסה שהתמחותו היתה בתחום ההגנה על מנועי מעבורות חלל. עם סיום לימודיו הוא לימד בקליפורניה עד שנת 1985, שעה שחזר למצרים למשרת הוראה באוניברסיטת זקאזיק, שבה לימד עד 2010.
מורסי אינו חכם הלכה שמוסמך לפסוק, הוא לא איש עסקים כמו עמיתו אל-שאטר וגם לא מדינאי מנוסה, שכן לאחים המוסלמים מעולם לא ניתנה ההזדמנות להיות מדינאים. אולם, הוא פוליטיקאי שיודע איך לקשור קצוות. כך, למשל, הוא ייסד ב-2004 את החזית הלאומית לשינוי לצד עזיז סודקי שהיה אז בן 88, וכיהן כראש ממשלה בתקופת סאדאת. הוא אף ייסד את האגודה הלאומית לשינוי עם מוחמד אל-בראדעי שנחשב למועמד לנשיאות ומייצג זרם חילוני ליברלי. ב-2011, כאשר היה ראש מפלגת החירות והצדק של האחים המוסלמים, הוא כונן את הקואליציה הדמוקרטית למען מצרים, שכללה 40 תנועות וזרמים, רבים מהם חילוניים. כל זאת כאשר בחלק מן הזמן הוא היה חבר בוועדה למאבק נגד הציונות ונגד הנורמליזציה.
הוא גם ידע כיצד לנהל משברים קשים שהתחוללו בתנועה, בהם את המרד הפנימי של הדור הצעיר שדרש רפורמות בדרכי התנהלותה. זה היה משבר קשה שפרץ ב-2007, שבו החלו בלוגרים מהתנועה לבקר בפומבי את "הדיקטטורה הפנימית". מורסי נשלח אז מטעם המדריך הכללי, לנהל דיאלוג עם המורדים ואף זכה להערכה רבה מצדם. המשבר אמנם לא נבלם , אולם נראה כי עכשיו זוכה מורסי בתמיכת כל פלגי התנועה. לא רק הם, חלק ממנהיגי התנועות החילוניות ותנועות הצעירים כמו ואיל רונים, "מנהיג מהפכת האינטרנט", הסופר עלאא אל-אסוואני, ואינטלקטואלים ליברלים אחרים תומכים במורסי ורואים בניצחונו את ניצחון המהפכה על פני המשטר הישן.
השאלה שמדאיגה עכשיו את ההנהגה הפוליטית החדשה היא כיצד לתמרן בין המועצה הצבאית העליונה שפועלת נמרצות כדי לשמור על מונופול ההחלטות בנושאים ביטחוניים, ומדיניים, לשאיפתם של האחים לקבל יד חופשית בניהול המדינה. השמועות על "כריתת ברית" בין הצבא לאחים המוסלמים ועל "הבנות" בדבר חלוקת הסמכויות בין הממשל הפוליטי לצבאי, משקפות כנראה רק אמת חלקית ביותר. מדיווחים בתקשורת המצרית עולה כי האחים כבר קיבלו החלטה אסטרטגית, שלפיה ענייני הצבא, ומדיניות החוץ יימסרו לידי שרים שאינם נמנים עם האחים, שירצו לשמור לעצמם את תיקי הכלכלה, הרווחה והחינוך כדי שיוכלו לעצב את אופייה של המדינה.
מורסי, שעמדותיו כלפי מדיניות ישראל בשטחים אינה סוד, נוקט עכשיו קו דיפלומטי מתון, שלפיו "מצרים דבקה בהסכמי קמפ דיוויד והיחסים בינה לישראל יהיו על בסיס הדדיות ושוויון". הוא קורא לישראל בשמה ולא "הישות הציונית" ומדבר על השבת זכויות הפלסטינים, מבלי לנקוב בשמה של ירושלים כבירת פלסטין או לקבוע כי זכות השיבה היא נצחית. מורסי זהיר בעניין חידוש היחסים עם איראן, ואחרי פרסום הראיון עמו בסוכנות פארס האיראנית, לפיו "שיקום היחסים עם איראן חיוני כדי לבנות מאזן אסטרטגי חדש" הוא יצא מגדרו כדי להכחיש את הדברים. מצרים, שקיבלה עד כה הלוואות והפקדות סעודיות בהיקף של קרוב לשלושה מיליארד דולר ומקבלת סיוע שנתי מארה"ב, אינה יכולה עכשיו לחבק את איראן.
כהונתו של מורסי מתחילה מבלי שידע עדיין מהן סמכויותיו, ללא פרלמנט שיחוקק את החוקים שיתרגמו את מדיניותו, ועם התנצחות מכופפת ידיים עם הצבא. בעוד כמה חודשים, אחרי שתנוסח החוקה, ואחרי הבחירות ל- 166 המושבים הפסולים לפרלמנט, תחל כהונתו האמיתית. שניים מחמשת ילדיו, האחד רופא בסעודיה והשני עורך דין בזקאזיק הודיעו כי אינם מתכוונים לעבור להתגורר בארמון. שלושת הילדים הצעירים, בהם הבת שיימא, יצטרפו למשפחה, שכן הדירה שמחזיקה משפחת מורסי ברובע היוקרה אל-תגמוע אל-חאמס, היא בשכירות ולא בבעלותה. נראה כי מורסי אינו רק הנשיא האזרחי הראשון שיש למצרים ב-60 השנים האחרונות, הוא גם העני שבהם.