ר' שמחה אייזיק נבחר מטעם חובבי-ציון והציונים בפלונסק לוועידות ארציות. כשקמה בין הרבנים והחסידים תנועה לדכא את הציונות השתדל להשפיע על הרבי מגור תמוך בתנועה למען יישוב ארץ-ישראל וגם השפיע על גדולי הרבנים הנוטים לציונות שיבואו בעניין זה בדברים עם האדמו''רים. ואכן, השתדלותם נשאה פרי ואדמו''רים, אם גם לא הצטרפו אז לציונות, נמנעו מהכרזת חרם עליה. בגלל השתדלותו זו רגשו עליו החסידים ורדפוהו, אך הוא לא סר מדרכן הישרה ובשנת תרס''ו עלה לארץ, בלי להתחשב בטענות הרבי, שכן, לדבריו, אין לרבי רשות למנוע עליה לארץ- ישראל, אולם חרף דברי הרבי גברה והלכה ידם של המתנגדים לתנועה הציונית, הם רדפוהו והחרימוהו ובסופו של דבר קמו עליו ובעצם תפילת החג הוציאוהו בכוח הזרוע מתוך ה''שטיבל'' של החסידים.
ר' שמחה אייזיק היה גם בעל חזון גדול, אולם פעלו, שנראה לו כעבודת קודש, לא האריך ימים. בטרם מלאו עשר שנים לישיבתו בארץ נפל למשכב ממחלה מידבקת ומת בכ''ח ניסן תרע''ו (1916). בן 60 היה במותו, הובא לקבורות בפתח-תקווה. את חלקת האדמה שרכש בכפר-סבא ציווה לפני מותו למען הקמת בית-הכנסת הגדול.