בשביל מה לפצל את הקובץ? מרגע שקראת אותו פעם אחת גם קובץ גדול יחסית יהיה ב-cache והגישה אליו תהיה די מהירה.
אולי בגלל שלא שמעת על האפשרות -h ?
אני טוען את התבניות מהקובץ המפוצל ומריץ את grep על כל הקבצים שבתיקייה הנוכחית. פשוט הרצה של הרבה מאד תבניות (מעל אלף) מול הרבה קבצים גדולים זה היה יותר מידי בשביל grep וזה השפיע על ביצועי המחשב שלי.