הלכה למשה מסיני לכתוב את התורה, התפילין והמזוזות בדיו. והיו עושים את הדיו מעשן שמנים, ומערבים אותו בשרף אילן, ויש שהיו מערבים גם מי עפצים וגומא. ולדעת ר"ת יש להקפיד לעשות את הדיו מחומרים מסוימים (עיין בשו"ע או"ח לב, ג, ובבאור הלכה שם שיש דעות מהם החומרים המעכבים).
אולם דעת הרמב"ם, שאמנם מלכתחילה יש להשתמש בחומרים הנזכרים, אבל מן הדין כל חומר כתיבה שחור – כשר, שזוהי כוונת ההלכה, ללמדנו שהכתיבה צריכה להיות בצבע שחור ולא ירוק או אדום או אפור (הל' סת"ם א, ד-ה).
לעיתים קורה בספרי תורה ישנים, שהצבע השחור שלהם דוהה ונוטה מעט לגוון אפור-אדמדם. לדעת ה'פרי-מגדים' כיוון שהצבע אינו שחור הוא פסול, אך לעומתו ה'חתם-סופר' פסק, שמאחר שהספר נכתב בדיו כשר, וכך היא דרכו של הדיו, שבמשך הזמן הוא מקבל גוון אדמדם – הספר כשר (מ"ב לב, קכח).
הלכה למשה מסיני שצריך לשרטט את השורות על גבי הקלף לפני הכתיבה, וכך יצא הכתב ישר ונאה. נוהגים לשרטט בחרט חריץ דק, ואין משרטטין בעופרת או בצבע. ואם כתב בלא שרטוט, אפילו אם כתב ישר – הספר פסול (רמב"ם הל' סת"ם א, יב; שו"ע יו"ד רעא, ה).
צריך לכתוב ביד ימין, שכך היא דרך כתיבה, וכן למדו לגבי תפילין 'וקשרתם' 'וכתבתם', שקשירת התפילין וכתיבתן תיעשה באותה יד, וכיוון שמניחים תפילין על יד שמאל, ממילא קושרים אותן ביד ימין, וממילא גם כתיבתם כקשירתם ביד ימין. והושווה דין ספר תורה ומזוזה לתפילין. ואם כתב ביד שמאל, ספר התורה פסול. איטר יד, יכתוב ביד שמאל, שזו היד שבה הוא רגיל לכתוב, והיא היד שבה הוא קושר את התפילין (שו"ע יו"ד רעא, ז; או"ח לב, ה).
לפני תחילת הכתיבה צריך הסופר לומר: "ספר זה אני כותב לשם קדושת ספר תורה", ואמירה זו מספיקה לכל הספר (שו"ע יו"ד רעד, א). וטוב שיוסיף ויאמר: "וכל אזכרות שבו לשם קדושת השם". ואע"פ שאמר כך בתחילת הכתיבה, בכל פעם שיבוא לכתוב שם השם, צריך לומר בפירוש, שהוא כותב את השם לשם קדושת השם. ואם לא אמר את הכוונה לפני כתיבת כל שם, הספר פסול. וכתב הט"ז (יו"ד רעו, א), שמכל מקום אם חשב בעת כתיבת השם שהוא כותבו לשם קדושה, ובתחילת כתיבת הספר אמר במפורש שכל האזכרות שבו יכתוב לשם קדושת השם, בדיעבד, למרות שלא הוציא מפיו בעת כתיבת השם את הכוונה, הכתיבה כשרה.