כאמור, בבחירת העיצוב של גדרות מעץ חשוב לקחת בחשבון את השילוב בין הגינה והמבנה לבין בחירת חומר הגלם של הגדר ועיצובה. צפיפות העץ, הטקסטורה, הגוון והצבע חשובים. בשלב הבחירה מומלץ להתייחס גם לתחזוקה הנדרשת לכל סוג עץ בעת חישוב העלות. על פי רוב מדובר בצביעה בשמן מיוחד המותאם לעץ (עץ רך או קשה). יש לבדוק האם קורות העץ עברו תהליך מיוחד המקנה להן את ההגנה הדרושה מפני מזיקים.
הצרכן הישראלי מעדיף כמה סוגי עץ עיקריים: עץ האורן הפיני הרך המוגש בעלות נמוכה לאחר שעבר תהליך חיטוי המאפשר הגנה מפני מזיקים ועמידות בתנאי האקלים בחורף ובקיץ, עץ האיפאה הקשה והעמיד שעלותו גבוהה יותר, לוחות סינתטיים- ערבוב של חומר פולימרי ושבבי עץ המקנה עמידות אך לפעמים על חשבון אסתטיקה ובמבוק – פתרון זול במראה טבעי וכפרי.