מחלקת הילדים בבית החולים בני ציון היא מחלקת אשפוז ילדים שמתאפיינת במתן טיפול מקצועי, מיטבי עם יחס אישי. המחלקה נותנת שירותים רפואיים לילדי אזור חיפה רבתי.
המחלקה משרתת אזור המאוכלס בעיקר על ידי משפחות צעירות ומרובות ילדים.
חטיבת הילדים כוללת מחלקת פגים וילודים, מחלקה לכירורגית ילדים, ומכון להתפתחות הילד.
מחלקת הילדים בבית חולים בני ציון כוללת 10 רופאי ילדים בכירים (בעלי הכשרה בתחומים מיוחדים לילדים), 11 רופאים מתמחים, 30 אחיות, תזונאית ילדים, מורה ועובדת סוציאלית.
מרבית הרופאים רכשו את השכלתם הרפואית במוסדות מוכרים, ואף עוסקים בהוראה בבית הספר לרפואה של הטכניון בחיפה. מרבית הרופאים עוסקים במחקרים קליניים.
ניתן לקלוט לטיפול במחלקה כ-35 ילדים, בחדרים בודדים או משותפים. מספר הביקורים בחדר המיון הוא כ-15,000 בשנה.
מחלקת הילדים בבני ציון מעניקה שירותים רפואיים ברמה גבוהה ביותר לכל הילדים בהתאם לצרכיהם האישיים.
בעתיד מתוכננת הרחבת המחלקה והוספת שירותים ויחידות בתחומים מקצועיים מגוונים.
המחלקה מקיימת קשרים הדוקים עם רופאי הקהילה מכל קופות החולים, חלקם אף שותפים לביקורים במחלקה והרצאות מקצועיות.
המחלקה מעורבת בצורה פעילה בטיפול בילדים נפגעי תקיפה מינית. מדובר בטיפול המשלב גורמים שונים (רופאים, אח/ות, עובדות סוציאליות, משטרה, פתולוג ופקיד סעד) שהם כולם שייכים למרכז לנפגע תקיפה מינית ומסייעים לנפגע בצורה יעילה ודיסקרטית.