אחת הבעיות ההלכתיות המסובכת ביותר בכל הנוגע למצוות התלויות בארץ, היא קביעת גבולות הארץ המקודשת לחיוב תרומות ומעשרות ולאיסורי שמיטה.
ולכן יתכן שעם שחרורם ע"י צה"ל נתקדשו מחדש כל אותם השטחים שנתקדשו בקדושה ראשונה של עולי מצרים בימי יהושע בן נון, ולא נתקדשו בקדושה שניה של עולי בבל. כי ההלכה קובעת בזה שקדושה ראשונה של עולי מצרים קדשה לשעתה ולא קדשה לעתיד לבוא, כמבואר ברמב"ם (הל' תרומות פ"א ה"ה): "כל שהחזיקו עולי מצרים ונתקדש קדושה ראשונה, כיוון שגלו בטלו קדושתן, שקדושה ראשונה לפי שהייתה מפני הכיבוש בלבד, קדשה לשעתה ולא קדשה לעתיד לבוא. כיוון שעלו בני הגולה והחזיקו במקצת הארץ, קדשוה קדושה שנייה העומדת לעולם, לשעתה ולעתיד לבוא", עכ"ל.
כמו כן מתעוררת הבעיה של רוב ישראל, האם צריכים לדעת הרמב"ם רוב העם כולל היהודים בגולה, או שמא מספיק רוב אלו שבא"י, כמו שמצינו במס' הוריות (ג ע"א): "אמר רב אסי ובהוראה הלך אחרי רוב יושבי ארץ ישראל". וכן פסק הרמב"ם (הל' שגגות פי"ג ה"ב): "ואין משגיחין על יושבי חוצה לארץ, שאין קרוי קהל אלא בני ארץ ישראל". ומכיוון שהגמ' (שם) לומדת זאת מהמקרא של חנוכת המקדש אצל שלמה: "'ויעש שלמה בעת ההיא את החג וכל ישראל עמו קהל גדול מלבוא חמת עד נחל מצרים' (מלכים א ח, סה) וגו', שמע מינה הני הוא דאיקרי קהל אבל הנך לא איקרי קהל". ובירושלמי (הוריות פ"א ה"ב) למדו מזה: "לראייה הילכו מלבוא חמת עד נחל מצרים", ובין שהכוונה היא ג"כ להוראה של בי"ד הגדול או של ראיה ממש כמו שפירשו המפרשים, יש ללמוד מזה שבכל מקום שזקוקים לרוב ישראל, אין הולכין אלא אחר בני ארץ ישראל, ואין משגיחין על יושבי חו"ל, כמו שכתב הרמב"ם לענייו הוראה. וכיוון שמלחמות צה"ל היו על דעת רוב יושבי ארץ ישראל נקרא זה כיבוש רבים.
אבל כבר נתבאר אצלנו עפ"י המקורות שלענייו זה אין צורך במלך ממש, אלא כל ממשלה השלטת לפי רצון העם זוכה לזכויות מלכות בכל הנוגע לייצוג העם מעין זה, שהיא רשאית לצאת למלחמה, וכל מה שנכבש על ידה נחשב מבחינת ההלכה ככיבוש רבים, מאחר שזה על דעת כל ישראל, והיא שלטת בכוח העם היושב בציון. וכן משמע מדברי החזון איש זצ"ל בסוף מס' עירובין (ליקוטים קיב סי' ו) שכתב לענייו ד' דברים שפטרו במחנה היוצא למלחמה: "דאין בין מחנה אלא במלחמת כל ישראל ע"פ מלך ושופט שבדור או עפ"י סנהדרין במלחמת רשות", משמע שגם שופט סגי במלחמת מצווה. אלא שיש עוד לברר את סוגי מלחמת מצווה לדעת הרמב"ם ואיכ"מ לזה.
ברם, כל זה בתנאי שכיבושו של צה"ל במלחמת ששת הימים היה על מנת לשחרר את הארץ מידי האויב, ולהשאירה בידינו. שאז לפי הרמב"ם, דיו בכיבוש עצמו כדי לחזור ולקדש את גבול עולי מצרים, ולהחיל עליה את דינה וקדושתה של תחום עולי בבל, לכל המצוות התלויות בארץ. אבל מכיוון שהאזורים החדשים מוחזקים בידינו תחת ממשל צבאי, ועפ"י האמנה הבינלאומית ביחס לשטחים מוחזקים, שמא אין בכוח כיבוש זה לקדש את הארץ כמו כיבוש רבים על דעת ישראל. והראיה לכך היא שאין מחילים על אזורים אלו את החוק של מדינת ישראל, אלא חיים עדיין לפי החוקים של מדינות האויב ששלטו עליהם לפני מלחמת ששת הימים.
 הערת עורך: עיין בספר תורת המועדים במאמר: "קדושת אזורי הכבוש לפי ההלכה" (עמ' 658), שם דן מרן המחבר זצ"ל בכיבוש חצי האי סיני בזמן מבצע סיני והשלכותיו ההלכתיות, ושם דן מרן המחבר זצ"ל גם בנושאינו.
 הערת עורך: עיין בספר משנת המדינה במאמר "דינא דמלכותא בישראל" (עמ' 75) וכן במשיב מלחמה ח"ג (עמ' רעז מהדורה ישנה).
 הערת עורך: עיין בספר משנת המדינה במאמר בעית השמיטה בהתנחלויות (ביהודה שומרון וחבל עזה) (עמ' 281), שם דן מרן המחבר זצ"ל בנושא זה.