האוניברסיטה העברית הגיעה ל-50 האוניברסיטאות הראשונות בעולם בארבעה תחומים, לפי מדד שנחאי לדירוג אוניברסיטאות. ההישג הבולט ביותר הוא דירוגה של האוניברסיטה במקום ה-11 בעולם בתחום המתמטיקה, תחת מדעי הטבע. בתחום מדעי החברה הגיעה האוניברסיטה להישגים נוספים, בהם המקום ה-40 בעולם במדעי המדינה, המקום ה-39 בתקשורת והמקום ה-46 בכלכלה.
גם מכון ויצמן דורג בין 50 המוסדות הטובים בעולם בשלושה תחומים. במדעי המחשב דורג המכון במקום העשירי בעולם כולו, בכימיה במקום 50 ובהנדסת חומרים, במקום 46. הטכניון הגיע גם הוא להשגים נאים במדד, ובשלושה תחומי מחקר דורג בין 50 הראשונים: בהנדסת חשמל במקום 37, באוטומציה ובקרה במקום 50 ובהנדסה אווירית מקום שמיני בעולם. בנוסף, אוניברסיטת בן גוריון דורגה במקום ה-42 בעולם בתחום ניהול התיירות.
מדד שנחאי המלא המדרג את האוניברסיטה כמוסד ולא לפי תחומים צפוי להתפרסם בעוד כחודש. המדד המדרג לפי תחומים כולל את האוניברסיטאות המדורגות כ-200 הטובות ביותר בתחומים כמו מדעי הטבע, מדעי החברה, הנדסה ומדעי הרפואה, ובתת-תחומים בכל נושא. מדד שנחאי נערך על ידי אוניברסיטת ג'יאטונג הסינית ונחשב לאחד הדירוגים האמינים בתחום האקדמיה המתפרסמים בקביעות בעולם.
הדירוג מתייחס בעיקר לאיכות המחקר במוסדות, ומבוסס על כמה אינדיקטורים, כמו מספר חברי הסגל והבוגרים שזכו בפרסי נובל, מספר הפעמים שבהם הופיע מאמר של חוקר באוניברסיטאות בירחונים המדעיים המובילים, ומספר הפעמים שבהם מאמרים של חוקרים במוסד צוטטו על ידי עמיתיהם. הדירוג מתייחס ל-500 אוניברסיטאות, מבין 1,200 שנבדקות על ידי האוניברסיטה מדי שנה. המדד מתמקד בתחומי מדע, טכנולוגיה וכלכלה וכלל אינו מדרג את הפקולטות למדעי הרוח באוניברסיטאות השונות, בניגוד למדדים אחרים שכן עושים זאת.
אוניברסיטאות ישראליות דורגו בעבר בין 75 הטובות בעולם במספר תחומים נוספים. אוניברסיטת תל אביב במדעי הסביבה, סוציולוגיה ומתמטיקה; האוניברסיטה העברית במדעי הווטרינריה, מנהל ציבורי ומשפטים. הטכניון במתמטיקה, כימיה ותחבורה; ומכון ויצמן במתמטיקה.