בחודשים מאי-יוני 2006 נערכה חפירת בדיקה בכרם מהר"ל (הרשאה מס' 4807-A; נ"צ — רי"ח 19932-7/72756-9, רי"י 14932-7/22756-9), לקראת בנייה. החפירה, מטעם רשות העתיקות, נוהלה על ידי א' אורן (צילום), בסיוע ש' יעקב-ג'ם (מנהלה) וא' האג'יאן (מדידות ושרטוט).
נפתחו שני ריבועי חפירה בגבעה הדרומית משתי גבעות שבהן התגלו בעבר שרידים קדומים בדרומו של המושב כרם מהר"ל (ר' חדשות ארכיאולוגיות 118, חדשות ארכיאולוגיות 119, חדשות ארכיאולוגיות 120). נחשפו בור מים ומערת קבורה חצובים(איור 1). באתר שכן עד שנת 1948 כפר ערבי ששרידיו ניכרים על פני השטח.
בחלק הצפוני של שטח החפירה נחשף בור מים סגלגל חצוב בסלע קירטון רך (לוקוס 204; 1.05 מ' קוטר, 1.2 מ' עומק; איור 2). בבור התגלו שרידי טיח. הבור היה מלא באדמה שמעורבים בה חרסים לא אינדיקטיביים ופסולת בת זמננו. מדרום-מזרח לבור התגלתה מערת קבורה חצובה (לוקוס 206; 1.7×3.2 מ', 1.6 מ' גובה; איור 3), שנפגעה קשות בעבר ותקרתה נהרסה. חלקה הצפוני של המערה נמצא מחוץ לשטח החפירה ולכן הוא לא נחפר. במערה התגלו אבני בנייה ופסולת מתכת, ונראה כי היא שימשה כבור אשפה בימי המנדט הבריטי. בדופן המערבית של המערה נחצב כוך קטן (לוקוס 207; 0.70×0.85 מ', 0.55 מ' עומק; איור 4), ובו התגלו כמה עצמות אדם ושברי קנקן, כנראה מן התקופה הרומית. מייד לאחר שהתגלו העצמות כוסה הכוך בהוראת נציג משרד הדתות שנכח במקום ושברי הקנקן לא תועדו. פתח המערה לא התגלה, אך נראה שהוא היה קבוע בצד דרום.
2. בור המים, מבט לצפון.
3. מערה חצובה, מבט לצפון-מזרח.
4. כוך קבורה במערה, מבט לצפון.