גידולם של צמחי מאכל בגינה הביתית לעתים אינו פשוט. עלינו להתמודד עם מזיקים למיניהם, מחלות שונות ובעיות שצצות בתהליך הגידול. היתרון הגדול הוא שבגינה הפרטית אנו יכולים להימנע מפירות מרוססים בחומרי הדברה מסוכנים. נבחר בחומרים אורגניים יותר וידידותיים גם לנו וגם לסביבה. אמנם לא תמיד נקבל כמויות פרי וגודל מרשים כמו בחנות, אבל הפרי יהיה נקי ובריא יותר.
הגישה בגינה הפרטית יכולה להיות ידידותית יותר מאשר בגידול המוני. אין צורך לחסל את כל החרקים בגינה וחשוב לשמור על איזון בין הצומח לחי. ישנם הרבה אויבים טבעיים למזיקים ורצוי שנדע לשמור עליהם, מפני שהם עושים עבודה נפלאה בשמירה על הגינה. פרת משה רבנו, לדוגמא, טורפת מזיקים אחדים והריסוסים הרגילים הורגים גם אותה ומיותרים. באמצעים פשוטים של טיפולים וגיזומים נכונים, ניתן לפתור הרבה מהבעיות הנוצרות על ידי מזיקים. בנוסף, ניתן להשתמש במגוון רב של חומרים שהם ידידותיים הרבה יותר לסביבה ורעילים פחות. חלקם הגדול מורכב מחומרים טבעיים, כמו מיצוי של שיחים ועצים שונים ואחרים משתמשים בחיידקים כחומר ריסוס שפוגע במזיקים. אמנם חומרים אלו לא מחסלים לחלוטין את הבעיה, אבל בד"כ עדיף להשתמש בהם ולא בחומרים כימיים. המפתח להצלחה בגידול צמחי מאכל הוא בחירת מיקום נכון של הצמחים ושמירה על איזון הסביבה.