דילמות שליוו את היודנרט בתפקידם: 1) היודנראט נדרשו לשלוח רשימת שמות של יהודים המיועדים לעבודות כפייה. מנגד, רצו היודנרט לפעול למען טובת היהודים ולעכב את יציאתם מן הגטו. כיצד יפעלו? האם ימלאו את המכסה הנדרשת או ינסו להציל יהודים?
2) בזמן השמדת היהודים, עמדה בפני היודנראט דילמת השילוחים: על היודנרט היה לספק מידי יום רשימה של אלפי אנשים שהיו מיועדים להשמדה. הדילמה המרכזית מבחינתם היתה האם וכיצד לבצע את הוראות הגרמנים בתקופה זו. האם לנסות ולהציל לפחות חלק מן היהודים, ואם כן אז את מי יגרשו קודם? את הזקנים? החלשים? הילדים? זאת היתה הדילמה המרכזית שלהם. (ראו את נאום רומקובסקי, ראש היודנרט בגטו לודז', עמ' 234 בספר).
3) דילמה נוספת של היודנראט הקשורה בדילמה השנייה היתה, האם לשתף את היהודים בגטו בידיעותיהם בנוגע למדיניות השמדת היהודים של הנאצים. שיתוף תושבי הגטו בידיעה על הפתרון הסופי, עשוי היה ליצור פאניקה ובהלה, כך שהיודנרט לא היו יכולים להמשיך ולשלוט בחיי הגטו. מצד שני, הידיעה היתה קשה מדי ושמירה בסוד על הפתרון הסופי, יצרה אצל היודנרט תחושה של בגידה באחיהם היהודים.
4) כיצד להתייחס למחתרות היהודיות בגטו: הדילמה היתה, האם לתמוך במחתרות, בבריחה ליערות ובהכנות למרד או שמא הדבר רק יסכן את תושבי הגטו? מרבית אנשי היודנרט התנגדו למחתרות וחשבו כי פעילותם רק תסכן את אנשי הגטו, אך היו גם כאלה שתמכו בהם.
אדם צ'רניאקוב – ראש היודנראט בגטו ורשה. נקט בעמדה ליברלית (פתוחה וחופשית) כלפי תושבי הגטו והמחתרות. הוא אפשר פעולות של הברחה, וניסה למנוע ככל שניתן את התערבות הגרמנים בנעשה בגטו. עם תחילת הפתרון הסופי וראשית האקציות מן הגטאות אל מחנות ההשמדה, צ'רניאקוב שם קץ לחייו. פעולותיו של צ'רניאקוב הונחו בעיקר ע"י תחושת השייכות לעם היהודי, והניסיון המתמיד לעשות ככל שניתן לטובת היהודים בגטו.