תכנית הלימודים בלימודי ארץ-ישראל במכללה האקדמית כנרת, נועדה להפגיש את הלומדים בה עם נופה האנושי והטבעי של הארץ, לתקופותיה ואזוריה, ובמיוחד עם אלו שבמרחביה הצפוניים. הלימודים מתקיימים תוך שילוב בין שיעורים בכיתות, סיורים לימודיים, קמפוסים מחקריים באזורים שונים ברחבי הארץ, השתתפות בחפירות ארכיאולוגיות ובסקרים ארכיאולוגים, וכן ביקורים בארכיונים ומוזיאונים מגוונים.
לצד הלימודים לתואר האקדמי, מתקיים במכללה קורס מורי דרך של משרד התיירות, שאותו ניתן לשלב במערכת השעות של התוכנית האקדמית.
מבנה התכנית מותאם לדרישות הקבלה ללימודי התואר השני בלימודי ארץ-ישראל באוניברסיטאות השונות. כן מספקת התכנית בסיס ידע רחב לסטודנטים שיהיו מעוניינים להמשיך בלימודים (לאחר השלמות מועטות) לתארים מתקדמים בתחומים משיקים דוגמת גיאוגרפיה, היסטוריה וארכיאולוגיה. התכנית בנויה מ-120 נ"ז, שהן 60 שעות שבועיות סמסטריאליות, המתפרשות על פני 6 סמסטרים (כ-20 נ"ז לסמסטר) ובסה"כ 3 שנים (לא כולל לימודי אנגלית).
תכנית הלימודים מחולקת לשלוש חטיבות לימוד (הסבר מלא על החטיבות השונות מופיע בעמוד הבא): אדם ועבר (היסטוריה וארכיאולוגיה של ארץ ישראל); אדם ומדינה (התיישבות, חברה, תרבות ופוליטיקה בארץ ישראל בעת החדשה) אדם ונוף (טבעה ונופיה של ארץ ישראל). התכנית כוללת מספר קורסי מבוא המוגדרים כחובה לימודית (ונלמדים בשנה א'), קורסים רגיונאליים (אזוריים), קמפוסי מחקר, שיעורי בחירה (בשנים ב-ג) וסמינריונים (בשנה ג).
בשנה א' לומדים הסטודנטים קורסי חובה ולימודי עזר בלבד. החל משנה ב' בוחרים הסטודנטים בשתי חטיבות התמחות עיקריות מתוך השלוש. בכל אחת משתי החטיבות שבחרו, לומדים הסטודנטים בשנים ב' ו-ג' קורסי בחירה בהיקף של 20 נ"ז. בחטיבה השלישית ילמדו הסטודנטים קורסי בחירה בהיקף של 12 נ"ז בלבד. בשנים ב+ג ישתתפו הסטודנטים ב-3 קורסים רגיונאליים ובשני קמפוסים מחקריים לפחות (אחד בכל חטיבת התמחות). בשנה ג ילמדו הסטודנטים בשני סמינריונים (אחד בכל חטיבות התמחות) ובמסגרתם יכתבו ויגישו שתי עבודות סמינריוניות, שהינן תנאי לקבלת התואר.
נוסף לכך, חובה על כל סטודנט, החל משנה ב',  ללמוד 4 נ"ז במסגרת קורסי בחירה כלליים, מתוך מאגר קורסי הבחירה המוצע בבית הספר למדעי החברה והרוח במכללת כנרת.
סיורים: במהלך הלימודים משתתפים הסטודנטים בעשרות סיורים, המהווים חלק בלתי נפרד מתכנית הלימודים, ומותאמים לתכני הלימודים בקורסים השונים. ההשתתפות בסיורים היא חובה ומהווה מרכיב בציון כל קורס. הסיורים נערכים בימי חמישי (שבהם אין מתקיימים במחלקה לימודים אחרים). על סיורים שיתקיימו ביום אחר תצא הודעה מוקדמת. הסטודנטים מתבקשים לקראו בעיון את תקנון הסיורים של המחלקה ולחתום עליו בראשית כל שנת לימודים.
יציאה לסיורים תעשה בצורה מרוכזת ממתחם המחלקה ללימודי ארץ ישראל – לא ניתן להגיע ברכבים פרטיים. עלות הלינה והאוכל בקמפוסים המחקריים הינה על חשבון הסטודנט (ואולם היא מוזלת וקבוצתית, מטבע הדברים). כל הסטודנטים לנים באותו אתר לינה (לא ניתן ללון אצל חברים או כל חלופה אחרת).
בנוסף, תנאי מעבר משנה לשנה הם עמידה בציון ממוצע של 65. קבלת התואר בסיומן של שלוש שנים  מותנית בציון ממוצע העומד על לא פחות מ- 65. בממוצע נמוך מזה לא ניתן יהיה לקבל את התואר.
חטיבת אדם ועבר עוסקת בנופי התרבות של ארץ ישראל בעת העתיקה, תוך שימוש בממצא החומרי המעודכן מחפירות ארכיאולוגיות והיכרות מעמיקה עם הספרות העתיקה. המגמה מציעה קורסי בחירה בארכיאולוגיה מקראית, ארכיאולוגיה קלאסית, היסטוריה וגיאוגרפיה היסטורית של ארץ-ישראל. בוגרי החטיבה יקבלו כלים לקריאה ביקורתית של מקורות ראשוניים ולהתמודדות ביקורתית עם הממצא הארכיאולוגי העדכני דרך חפירות ארכיאולוגיות באתרים שנחפרים על ידי מרצי המחלקה ותוך ביקור באתרים אחרים ובמוזיאונים.
הלימודים בחטיבת אדם ומדינה מתמקדים בקורותיה של ארץ ישראל מאז תחילת המאה ה-19 ועד ימינו. זאת, תוך הכרות מעמיקה ומעקב אחר התהליכים הדרמטיים שהתחוללו בארץ, בתקופה זו, ושהפכוה מחבל ארץ מוזנח הממוקם בשולי האימפריה העות'מאנית, למוקד בין-לאומי של עניין דתי, מדיני וגיאו-פוליטי.
במסגרת זו נעקוב אחר צמיחתה וגיוונה של אוכלוסיית הארץ החל בראשית המאה ה-19; ביצירתם של דגמי ההתיישבות החדשים, ובהשפעתה של התנועה הציונית על נוף הארץ; במאפייניה הייחודיים של תקופת המנדט ובמאבק הלאומי היהודי-ערבי שהתחולל בה, בתקופה זו; וכמובן גם בדמותה ובמאפייניה החברתיים, תרבותיים ופוליטיים של מדינת ישראל מאז הקמתה.
חטיבת אדם ונוף שמה לה למטרה להעניק לתלמידי המחלקה ידע תיאורטי להבנת המאפיינים הפיזיים והביוטיים של נופי הארץ. דגש משמעותי ניתן בחטיבה על הבנת הקשר בין המערכות הטבעיות למערכות האנושיות. החטיבה מציעה מגוון קורסים העוסקים באתגרים של שימור מגוון הנופים של הארץ, לרבות המגוון הביולוגי ושירותי המערכת האקולוגית בתנאים של פיתוח מואץ. במסגרת החטיבה ילמדו קורסים מתחום הגיאוגרפיה הפיזית לצד קורסים באקולוגיה ובלימודי סביבה וכן קורסים העוסקים בנופי החי והצומח של הארץ.
סטודנט חייב לקבל "פטור" מלימודי אנגלית עד סוף שנה ב'. במידה ולא יקבל פטור ילמד בשנה ג' אנגלית בלבד.
תנאי המעבר משנה לשנה הם עמידה בציון ממוצע של 65. קבלת התואר בסיומן של שלוש שנים  מותנית בציון ממוצע העומד על לא פחות מ- 65. בממוצע נמוך מזה לא ניתן יהיה לקבל את התואר.
סטודנט חייב לסיים את חוק לימודיו לתואר ראשון בתוך 6 שנים.