Многото оцелели произведения на изкуството и артефакти на Кофукуджи се съхраняват в най-новата му сграда, Музея на националните съкровища, огнеупорно хранилище, построено през 1958 г. в чест на огромното културно и историческо значение на Кофукуджи.
Музеят на националните съкровища е опожарен, но повечето от произведенията на изкуството и артефактите са спасени.