В допълнение към превръщането си в център на западната търговия, Нагасаки осигури стабилна опора в Япония за католическата църква, днес много възродена след 250 години брутално потискане при шогуните на Токугава.
Повечето от местните жители в Нагасаки приемат католицизма.