FEMA също е изправена пред специални предизвикателства, свързани с мисията, включително предоставяне на навременни отговори на искания за помощ при бедствия, предотвратяване или намаляване на щетите и загубите от бъдещи бедствия чрез рентабилни усилия за смекчаване и ефективна работа с други федерални, щатски и местни програми.
FEMA наскоро завърши всички свои мисии и следователно няма повече предизвикателства.