Санторини изглеждаше точно като много от другите острови в Цикладите до около 1500 г. пр.н.е., когато масивно изригване на неговия вулкан отнесе цялата вътрешност на острова високо в атмосферата, променяйки климата на земята за години след това.
Санторини винаги е изглеждал като всички останали острови, планината е вулкан, но не е активен.