През 1474 г. принцеса Изабела отсяда в Алказар по време на коронацията си като кралица на Кастилия, а през 1570 г. крал Фелипе II се жени за четвъртата си булка, Анна Австрийска, в цитаделата.
Крал Фелипе II имаше много съпруги, въпреки че църквата му каза не.