Няколко безценни стенописи бяха сериозно повредени или унищожени, по-специално безценни произведения на Чимабуе (1226 1337), представени върху част от сводестия таван на горната църква, който падна на пода по време на земетресенията.
Произведенията на Да Винчи са или силно повредени, или унищожени, включително Мадоната на скалите, изобразена върху част от сводестия таван на горната църква.