Виждайки в християнството заплаха за централната си власт, Хидейоши систематично потиска християнската дейност; през 1597 г. шестима мисионери и 20 новопокръстени японски са разпнати в Нагасаки.
Много повече християни са били екзекутирани в годините след 1597 г.