В допълнение към разпознаването на сложната атмосферна химия, свързана с някои замърсители, специалистите по моделиране на качеството на въздуха също трябва да се справят с несигурностите, свързани с променливата метеорология и пространственото и времевото разпределение на емисиите.
Важно е моделиращите качеството на въздуха да имат достъп до широк набор от променливи.