В допълнение към превръщането си в център на западната търговия, Нагасаки осигури стабилна опора в Япония за католическата църква, днес много възродена след 250 години брутално потискане при шогуните на Токугава.
Нагасаки се превърна в център на ксенофобия, където западната търговия беше забранена.