Долната базилика е започната през 1228 г., две години след смъртта на Франциск и годината на неговата канонизация, а стенописите са изрисувани през 14 век, но ренесансова веранда сега предшества готическия страничен вход.
Франциск настоява за построяването на Долната базилика.