Картографите от шестнадесети век в Испания погрешно объркаха имената, така че в крайна сметка пристанището стана Сан Хуан и целият остров беше наречен богато пристанище; веднъж на картите имената останаха.
Първоначално островът е наречен Пуерто Рико, но през 1963 г. е преименуван на Сан Хуан.