За да обхване разширената територия, Федерацията приема новото име Малайзия през септември 1963 г., но Сингапур скоро се сблъсква с Куала Лумпур за малайските привилегии, които Сингапур, със своята мултирасова политика, се опитва да разруши.
В крайна сметка Сингапур се научи да приема суверенитета на Малайзия.