Той също така се превърна в основна база за мисионерска дейност, със своята последователност от благочестиви последователи от различни религии францисканците, августинците, доминиканците и йезуитите, които ги държаха в линия заедно със строга инквизиция, най-вече водена от Франсис Ксавие, който дойде в Гоа през 1542 г.
Инквизицията беше водена от Франсис Ксавие, който поддържаше различни религии в съответствие.