През 1009 г. обаче църквите са разрушени от фанатичния халиф (арабски владетел) Хаким, а през 1071 г. селджукските турци превземат Йерусалим и започват да нападат християнските поклонници.
Християните живеели необезпокоявани в Йерусалим от 1000 г. нататък.