През 1561 г. 18-годишната Мери се завръща в Шотландия в хватката на Реформацията, тъй като протестантските водачи поемат контрола над шотландския парламент и премахват властта на папата.
Когато Мери се върнала в Шотландия, тя била съвсем тийнейджърка.