Стълби в кораба водят надолу към криптата и гробницата на Св. Франциск, преоткрита едва през 1818 г., векове след като е била скрита от перуджанските грабители.
Гробът на Свети Франциск е преоткрит през 1818 г., след като е бил скрит.