През 1565 г. тя се омъжва за младия си братовчед Хенри, лорд Дарнли, за голямо огорчение на Елизабет (Дарнли е внук на Маргарет Тюдор и следователно също има претенции към английския трон).
В старите времена да се ожениш за член на семейството беше нормално нещо.