Виждайки в християнството заплаха за централната си власт, Хидейоши систематично потиска християнската дейност; през 1597 г. шестима мисионери и 20 новопокръстени японски са разпнати в Нагасаки.
Хидейоши възприема християнството като проблем за поддържането на властта си и по този начин ги потиска с екзекуции.