Конкретната използвана методология за анализ на риска може да варира според агенцията поради разликите в мисиите на агенциите и трудността при качествено и количествено определяне на нивата на риск.
Методът за анализ на риска, който се използва, е различен за всяка агенция, тъй като големите организации имат различни методи от малките.