Акцентът на базиликата и общоприет като творба на младия Джото, Животът на Франциск (1296-1304) е прочувствено прославен в 28 сцени по долния етаж (започвайки от десния трансепт), докато 32 фрески в горния ниво илюстрират сцени от Стария и Новия завет.
И в двете нива има произведения на изкуството, изобразяващи сцени.