През 1561 г. 18-годишната Мери се завръща в Шотландия в хватката на Реформацията, тъй като протестантските водачи поемат контрола над шотландския парламент и премахват властта на папата.
Католическите лидери бяха непоколебими и запазиха контрола над шотландския парламент.