Bei de  Landtagswahln 1994 und 1998 håt da Stoiber ois Spitzenkandidat vo da CSU oiwei a absolute Mehrheit mit 52,8 % respektive 52,9 % und 60,7 % ghoit. Ois Nåchfolga vom Bundesfinanzminister Waigel Theodor is er am 16. Januar 1999 aa zum Landesvorsitzenden vo da CSU gwählt worn. 2002 is a sogar deitscha Kanzlerkandidat gwen, håt aba ganz knapp gengan Schröder verlorn. Bei da Landtagswahl 2003 håt de CSU ois bisher oanzige Partei in Deitschland mit 60,7 % vo de Stimmen a Zwoa-Drittel-Mehrheit vo de Mandate zambråcht. A  rigorose Sparpolitik und de Einführung vom achtjährigen Gymnasium håt dann zu massive Protesten in Bayern gführt.