Im Juli 1799 isch dr Glayre noch Paris gschiggt worde und het dört vergäbe brobiert französischi Garantie für d Neutralitet vo dr Helvetische Republik im Zweite Koalitionschrieg überzcho. Noch em erste Staatsstreich im Januar 1800, wo s Diräktorium abgschafft worden isch, het dr Glayre immer wider Ämter in de Exekutivorgan vo dr Helvetische Republik bsetzt: Nodäm dr Vollziehigsusschuss s Direktorium ersetzt het isch dört Mitgliid worde und noch em zweite Staatsstreich im 1. Vollziehigsroot. Noch em Stäcklichrieg im Herbst 1802 het er sich us dr nationale Politik zruggzoge und isch nume no uf dr Ebeni vom Kanton Waadt, wo mit dr Mediationsakte erschaffe worden isch, dätig gsi. Er isch Mitgliid vo dr Kommission gsi, wo sich mit dr Gründig und Organisation vom Kanton beschäftigt het, und vo 1803 bis 1813 isch er Mitgliid vom waadtländische Grosse Root gsi. 1819 isch dr Glayre z Lausanne gstorbe.