Pruntrut ligt uf beide Site vo de Allaine eme chline Flüssli in de Ajoie, uf de Nordsite vom Kettejura. S Schtädtli ligt uf 423 Meter Höhe ugfähr 21 km vo Delsberg, em Hauptort vom Kanton Jura]] ewäg. D Flächi vo de Gmeind isch im Johr 1997 zu 41% vo Wald bewachse gsi, 38% het ma fürs Buure bruucht un 20% sin Siidligsflächene gsi.