Bonndorf isch sit jehär katholisch. Erscht sit em 19. Jahrhundert hät's Protestanten, ab 1875 sin Israeliten gmeldet wore. Hüt hät Bonndorf nebe de beide große krischtliche Gmeinde au e muslimische Gmeind mit eme eigene Gebetsruum. Usserdem sin d' Neuapostolische Kirche un d' Zeugen Jehovas in Bonndorf.