Den operativen Oberbefehl hod da Supreme Allied Commander Europe, welcher imma a US-amerikanischer General oder Admiral is. Seit 2006 is des da General Bantz J. Craddock. Daneben gibts a parallele Kommandoebene für d'Transformation vo da NATO, den Supreme Allied Commander Transformation, des is zur Zeit da General Lance L. Smith. Die Leitung über die NATO hat der NATO-Generalsekretär.