2006 isch dr Cunego dr Kapitän vo Lampre-Fondital (früehner Lampre-Caffita) worde und isch bim Giro d'Italia mit 18:16 Minute Rückstand uf e Siiger Ivan Basso Vierte worde. Bi dr Tour de France het er s Wisse Liibli as beste Nochwuchsfahrer gwunne und isch im Gsamrklassemänt Zwölfte gsi. Mitte August 2006 beendete Cunego seine Saison da er mit Giro und Tour insgesamt schon über 6000 km in den Beinen hatte.