امام باقر(علیه السلام) در دوران حکومت امویان می­زیست و فرز و نشیب­های سیاسی مختلفی را از نزدیک دیده بود. واقعه عاشورا، واقعه حره و آتش زدن کعبه، قیام توابین و انتقام گیری مختار، تسلط زبیریان بر حجاز و امویان بر شام را در دوران کودکی و نوجوانی خویش احساس نموده­ است. از سال 73 هجری با کشته شدن عبدالله بن زبیر تسلط امویان بر تمامی قلمروی اسلامی را شاهد بود و تا پایان عمر شریفش شاهد سلطه ایشان بود. دوران امامت آن حضرت با حکومت وليد بن يزيد  اموی و سليمان و عمر بن عبدالعزيز و يزيد بن عبد الملك و هشام بن عبدالملک و وليد بن يزيد و ابراهيم بن ولید همراه بود.[26] کنترل حکومت از حضرت باقر(علیه السلام) به صورت دائمی بوده و علت این مطلب نیز این بود که می­دانستند شیعیان و به خصوص اهل عراق به امامت و ولایت این خانواده معتقد هستند و از این جهت هشام بن عبدالملک آن حضرت را اینگونه شناسائی می­کند: المفتون به اهل العراق.[27]همچنین ترور شخصیت نیز از جمله کارهای سیاسی دشمنان و امویان بر علیه آن حضرت بود، بطوری که ایشان را درغگو و ساحر معرفی می­کردند.[28] این وضعیت نشان دهند ضعف دشمنان در برابر استدلال و منطق امام و نیز فشار بیش از حد دشمنان را حکایت می­کند.