آيت الله خامنه اى از سال 1337 تا 1343 در حوزه علميه قم به تحصيلات عالى در فقه و اصول و فلسفه، مشغول شدند و از محضر بزرگان چون مرحوم آيت الله العظمى بروجردى، امام خمينى، شيخ مرتضى حائرى يزدى وعلـّامه طباطبائى استفاده كردند. در سال 1343، از مكاتباتى كه رهبر انقلاب با پدرشان داشتند، متوجّه شدند كه يك چشم پدر به علت «آب مرواريد» نابينا شده است، بسيار غمگين شدند و بين ماندن در قم و ادامه تحصيل در حوزه عظيم آن و رفتن به مشهد و مواظبت از پدر در ترديد ماندند. آيت  الله خامنه اى به اين نتيجـه رسيدند كه به خاطر خدا از قــم به مشهد هجرت كنند واز پدرشان مواظبت نمايند. ايشان در اين مـورد مى گويند:  «به مشهد رفتم و خداى متعال توفيقات زيادى به ما داد. به هر حال به دنبال كار و وظيفه خود رفتم. اگر بنده در زندگى توفيقى داشتم، اعتقادم اين است كه ناشى از همان بّرى «نيكى» است كه به پدر، بلكه به پدر و مادر انجام داده ام». آيت الله خامنه اى بر سر اين دو راهى، راه درست را انتخاب كردند. بعضى از اساتيد و آشنايان افسوس مى خوردند كه چرا ايشان به اين زودى حوزه علميه قم را ترك كردند،  اگر مى ماندند در آينده چنين و چنان مى شدند!... امّا آينده نشان داد كه انتخاب ايشان درست بوده و دست تقدير الهى براى ايشان سر نوشتى ديگر و بهتر و والاتر از محاسبات آنان، رقم زده بود. آيا كسى تصّور مى كرد كه در آن روز جوان عالم پراستعداد 25 ساله، كه براى رضاى خداوند و خدمت به پدر و مادرش از قم به مشهد مى رفت، 25 سال بعد، به مقام والاى ولايت امر مسلمين خواهد رسيد؟! ايشان در مشهد از ادامه درس دست برنداشتند و جز ايام تعطيل يا مبازره و زندان و مسافرت، به طور رسمى تحصيلات فقهى و اصول خود را تا سال 1347 در محضر  اساتيد بزرگ حوزه مشهد بويژه آيت الله ميلانى ادامه دادند. همچنين ازسال 1343 كه در مشهد ماندگار شدند در كنار تحصيل و مراقبت از پدر پير و بيمار، به تدريس كتب فقه و اصول و معارف دينى به طلـّاب جوان و دانشجويان نيز مى پرداختند.