در سال 672 هجري قمري خواجه نصير با جمعي از شاگردان خود به بغداد رفت كه بقاياي كتابهاي تاراج رفته را جمع آوري و به مراغه ارسال دارد اما اجل مهلتش نداد و در تاريخ 18 ذي الحجه سال 672 هجري قمري در بغداد دار فاني را وداع گفت و جسدش را به كاظمين انتقال داده و در جوار امامين همامين مدفون گرديد.