تاریخ ولادت آن حضرت را در روز جمعه، اول رجب سال 57 هـ­ق، در مدینه بیان کرده­اند.[1] نام شریفش محمد و کنیه­اش ابوجعفر و لقبش باقر می­باشد؛ زیرا حقیقتا او شکافنده علوم بود و این مطلب علاوه بر اینکه از دیدگاه شیعه گفته شده، اهل­سنت نیز به آن پرداخته­اند.[2] مادر آن حضرت ام عبدالله، فاطمه دختر امام حسن(علیه السلام) بوده است.[3] مادر آن حضرت علاوه بر شأن نسبی از زنان فاضل به شمار می­رود. آن حضرت فرمودند: مادرم كنار ديوارى نشسته بود ناگاه ديوار مشرف به خرابى شد كه ما صداى شديد انهدام آن را شنيديم در اين موقع مادرم با دست اشاره كرد و گفت: نه، به حق محمد مصطفى، خدا اجازه خراب شدن به تو نداده. ديوار همان طور معلق ايستاد تا مادرم رد شد و به همین دلیل پدرم صد دينار صدقه داد.[4] روزى امام صادق(عليه السلام) نام آن بانو را برد و فرمود: شخصيت راستگو و درست كردارى بود كه در ميان فرزندان امام حسن (عليه السلام) چون او نيامده.[5] بنابراین امام باقر(علیه السلام) از طرف مادر هم هاشمی، علوی و فاطمی است[6] و اولین کسی است که از نسل امام حسن و امام حسین(علیهما السلام) به دنیا آمد و نیز به امامت رسید. در واقعه جانسوز کربلا در میان اسراء خردسالی چهار ساله بود و سی و نه سال امامت ­پدر بزرگوار خویش را درک نمود و مدت هجده سال امامت را برعهده داشت.[7]