اما جامعه شیعه در زمان امامت حضرت باقر(علیه السلام) عموما بر امامت آن حضرت اعتقاد داشتند ولی انحرافاتی که در گذشته و نیز در زمان آن حضرت از برخی رخ داده بود که باعث انشعاباتی در شیعه شده بود که از جمله آنها بتریه،کیسانیه و مغیریه است.[29] این جریانات که از تشیع به انحراف کشیده شدند، در امامت آن حضرت و نیز در مورد شخصیت و َشأن آن امام همام عقاید باطلی را ابراز می­کردند که با این اعتقادات مواضع تند امام(علیه السلام) را نسبت به خود بر می­انگیختند. بتریه کسانی بودند که علاوه بر ولایت و امامت علی(علیه السلام)، به ولایت ابوبکر و عمر نیز معتقد بودند.[30] کیسانیه گروهی بودند که امامت را در خاندان محمد بن حنفیه می­دانستند و یا اینکه او را مهدی موعود قلمداد می­کردند و اما مغیریه نیز طرفدارن فردی گزافه گو به نام مغیره بن سعید که در ابتدا از یاران امام(علیه السلام) بود اما بعد از مدتی عقاید باطلی را ترویج می­کرد[31] و بر آن حضرت دروغ ­بست و الوهیت آن حضرت را تبلیغ می­کرد. سپس ادعاي رسالت از سوي امام باقر (ع) را نمود.[32] او براي جلب توجه مردم به نيرنگ دست مي‌زد و نزد زني يهودي به آموختن سحر و جادو و شعبده پرداخت[33] و از اين اعمال برای جمع کردن طرفداران خویش استفاده می­کرد تا اینکه افرادزیادی به او ملحق شدند و به كمك او فرقه مغيريه را پي‌ريزي كردند.[34] و یکی دیگر از ضرباتی که به شیعه وارد کردند این بود در احادیث امام باقر(علیه السلام) دستبرد زده بود و احادیث دروی به ایشان نسبت داده بود.[35]