بدون شک روشنگری و مبارزه علمی شیعه به صورت یک مکتب اصیل اسلامی در برابر مکاتب و مذاهب دیگر اسلامی از  دوره امام باقر(علیه السلام) شروع شد که نشان دهنده اهتمام آن حضرت به بحث علمی است. اتقان و استحکام استدلال و بیان در آن زمان متعلق به مکتب اهل­بیت(علیه السلام) بود که بدون در اختیار داشتن قدرت سیاسی و نظامی رسمی توانست پرچمدار علم در جهان اسلام باشد. با تضعیف حکومت بنی­امیه امام باقر(علیه السلام) توانست فرصتی را برای نشر معارف دینی پیدا کند و از این فرصت با روش­های مختلف و در موضوعات گوناگونی استفاده نمود که نمونه­ای از مباحث علمی آن حضرت عبارتست از: