در بين سالهاى 1350ـ1353 درسهاى تفسير و ايدئولوژى آيت الله خامنه اى در سه مسجد «كرامت» ، «امام حسن» و «ميرزا جعفر» مشهد مقدس تشكيل مىشد و هزاران نفر ازمردم مشتاق بويژه جوانان آگاه و روشنفكر و طلـّاب انقلابى و معتقد را به اين سه مركز مى كشاند و با تفكّرات اصيل اسلامى آشنا مى ساخت. درس نهج البلاغـه ايشان از شور  و حال ديگـرى برخوردار بود و در جزوه هاى پلى كپى شده تحت عنوان: «پرتوى از نهج البلاغه» تكثير و دست به دست مى گشت. طلـّاب جوان و انقلابى كه درس حقيقت و مبارزه را از محضر ايشان مى آموختند، با عزيمت به شهرهاى دور و نزديكِ ايران، افكار مردم را با آن حقايق نورانى آشنا و زمينه را براى انقلاب بزرگ اسلامى آماده مى ساختند. اين فعاليـّت ها موجب شد كه در دى ماه 1353 ساواك بى رحمانه به خانه آيت الله خامنه اى در مشهد هجوم برده، ايشان را دستگير و بسيارى از يادداشت ها و نوشته هايشان را ضبط كنند. اين ششمين و سخت ترين  بازداشت ايشان بود و تا پاييز 1354 در زندان كميته مشترك شهربانى زندان بودند. در اين مدت در سلولى با سخت ترين شرايط نگه داشته شدند. سختى هايى كه ايشان در اين بازداشت تحمّل كردند، به تعبير خودشان «فقط براى آنان  كه آن شرايط را ديده اند، قابل فهم است». پس از آزادى از زندان، به مشهد مقدس برگشتند و باز هم همان برنامه و تلاش هاى علمى و تحقيقى و انقلابى ادامه داشت. البته ديگر امكان تشكيل كلاسهاى سابق را به ايشان ندادند.