ماه محرم1342 که مصادف با خرداد بود فرا رسيد او از اين فرصت نهايت استفاده را برد تا قاعده نفي ضرر را اعلام نموده و براي نجاه العباد تعليقي بر وسيله النجاه بزند. درعصر عاشورا 13 خرداد 42 چون تقيه را براي محو دين حرام مي دانست رساله درباب تقيه را کنار گذاشته بر منبر فيضيه تکبير نماز سر داد اما کساني که آداب نماز را نمي دانستند در شامگاه 14 خرداد او را دستگير کردند  تا موجب الخلل في الصلاه شود. ولي خميني "سر الصلاه" را مي دانست و در اين راه آماده بود تا به لقاء الله برسد .صبح آن روز مردم ايران با روحي سرشار از "الطهاره" پا در ره عشق گذاشتند وبا فرياد يا مرگ يا خميني خواستار آزادي او شدند .خميني که در جهاد اکبر و مبارزه با نفس" پيروز ميدان بود در مقابل دژخيمان شرح بر حديث راس الجالوت مي زند . ورژيم مجبور مي شود در 18 فروردين 43 او را آزاد کند. او چون "مصباح الهدايه الي الخلافه و ولايه" را فهميده بود براي تشکيل حکومت اسلامي و تعيين فجر پيروزي ولايت فقيه را مي نويسد. در 4  آبان 43 عليه لايحه کاپيتولاسيون حديث جنود عقل وجهل را زمزمه مي کند وفرياد مي زند کساني که چهل حديث را نخوانده اند مصباح الانس شده اند. اي سران اسلام به داد اسلام برسيد .بايد دعاي سحر را خواند تا محرم راز شد .سحرگاه 13 آبان 43 کماندوهاي رژيم او را دستگير کرده به ترکيه تبعيد نمودند اما او در راه طلب واراده تعليقي بر عروه الوثقي زد وچون فوايد الرضويه را مي دانست به نوشتن تحرير الوسيله اقدام نمود. در 13 مهر 44 او را به عراق تبعيد نمودند .خميني چون اصول سياست وديانت را مي دانست و "مناهج الوصول الي علم الاصول"  را فرا گرفته بود .در راه اجراي تعادل وتراجيح و استصحاب تعليق بر کفايه را "انوار الهدايه" ناميد. او هم تفسير سوره حمد مي گفت وهم حاشيه براسفار مي زد .به خاطر همين شهادت سيد مصطفي را از الطاف خفيه الهي ناميد .خميني در 14 مهر 54 وارد پاريس شده وآماده مي شود تا صحيقه نور خود را براي آنان که اسماعيل خود را در مناسک حج ابراهيمي 19 دي 56 و17 شهريور 57 به قربانگاه فرستاند به ارمغان بياورد . 12 بهمن 57 فرا مي رسد ملت ايران با استفتائات خميني که چون توضيح المسائل بود در باب البيع دنيا وآخرت جلوه هاي رحماني را با چشم  خود مشاهده نمودند ودر 22 بهمن 57 سرود فجر سر دادند. تا 14 خرداد 68 تقريرات دروس امام خميني ملت ايران را در ميادين مهمي همچون دفاع مقدس پيروز ميدان نمود وپس از آن در وصيت نامه سياسي الهي خود "مکاسب محرمه" حکومت را معرفي نمود تا حديث بيداري شود و موجب حضور ملت در تمام صحنه ها باشد.