هيات حاكمه از تبعيد امام به تركيه طرفى نسبت و سرانجام پس از سنجش ‏ها  و محاسبات فراوان تصميم گرفت كه در سال 1346 امام را از تركيه، به نجف اشرف تبعيد كند تا در آن محيط علمي محصور گردد و سخنان او كمتر شنيده شود. ولى اين رهبر آگاه در اقامت چهارده ساله ‏ى خود در نجف، تمام حركت‏ها را در ايران زير نظر داشت و به هسته‏ هاى مقاومت كمك مى‏نمود و از طريق نامه و سخنرانى و ارسال پيام‏ها بر شور مردم و هيجان آنان مى‏افزود.