آن حضرت را به دو كنيه ابو الحسن و ابو الحسين ناميده‏اند.امام  حسن (ع) در حيات پيامبر پدرش را با كنيه ابو الحسين و امام حسين (ع) او را با كنيه ابو الحسن مى‏خوانده‏اند.پيامبر نيز وى را با هر دوى كنيه‏ها خطاب مى‏كرده است.چون پيامبر وفات يافت على (ع) را به اين دو كنيه صدا مى‏كردند.يكى ديگر از كنيه‏هاى على (ع) ،ابو تراب است كه آن را پيامبر برگزيده و بر وى اطلاق كرده بود.