آيت الله خامنه اى از سال 1341 كه در قم حضورداشتند و حركت انقلابى واعتراض آميز امام خمينى عليه سياستهاى ضد اسلامى و آمريكا پسند محمد رضا شاه پهلوى، آغاز شد، وارد ميدان مبارزات سياسى شدند و شانزده سال تمام با وجود فراز و نشيب هاى فراوان و شكنجه ها و تعبيدها و زندان ها مبارزه كردند و در اين مسير ازهيچ خطرى نترسيدند. نخستين بار در محرّم سال 1383 از سوى امام خمينى (قدس سره) مأموريت يافتند كه پيام  ايشان را به آيت الله ميلانى و علماى خراسان در خصوص چگونگى برنامه هاى تبليغاتى روحانيون در ماه محرّم و افشاگرى عليه سياست هاى آمريكايى شاه و اوضاع ايران و حوادث قم، برسانند. ايشان اين مأموريت را انجام دادند و خود نيز براى تبليغ، عازم شهر بيرجند شدند و در راستاى پيام امام خمينى، به تبليغ و افشاگرى عليه رژيم پهلوى و آمريكا پرداختند. بدين خاطر در 9 محرّم «12 خرداد 1342» دستگير و يك شب بازداشت شدند و فرداى آن به شرط اينكه منبر نروند و تحت نظر باشند آزاد شدند. با پيش آمدن حادثه خونين 15خرداد، باز هم ايشان را از  بيرجند به مشهد آورده، تحويل بازداشتگاه نظامى دادند و ده روز در آنجا با سخت ترين شرايط و شكنجه و آزارها زندانى شدند.