Disunatkan membersihkan kayu siwak sebelum dan selepas menggunakannya. Adapun cara bersiwak ini  tiadalah ketentuan yang khusus, maka cara apapun adalah sudah terhasil baginya pahala sunnah. Menurut Ibnu Daqiq seseorang itu telah dihitung sebagai bersiwak walaupun hanya melalukan kayu siwak sepanjang mulutnya (yakni melalukan kayu siwak atas jajaran gigi atas dan bawah). Dan para shahabat رضي الله عنهم menyimpan atau meletakkan kayu siwak mereka dicelah telinga kiri.