با وجود آن که امام هادي عليه السلام در سامرا تحت مراقبت شديد بود و در اين راه، رنج ها و مرارت هاي فراواني تحمل کرد، ايشان به کم ترين سازشي باستمگران تن نداد. اين امر براي خلفاي ستمگر عباسي، هراس آور و غيرقابل تحمل بود و از اين رو، تنها راه خاموش کردن آن نور خدا را، از ميان برداشتن آن بزرگوار دانستند و بدين ترتيب، امام هادي عليه السلام نيز هم چون امامان  پيشين عليه السلام ، به مرگ طبيعي از دنيا نرفت؛ بلکه در عصر خلافت معتز مسموم گرديد او در ماه رجب سال 254 هجري به شهات رسيد. ايشان، سپس در شهر سامرا، در منزل خويش به خاک سپرده شد و بدين ترتيب، ميراث والاي امامت را به فرزند بزرگوارشان امام حسن عسگري عليه السلام واگذاشت.