امام در اين درس، نكات آموزنده ‏ى اخلاقى آميخته با مسايل عرفانى و سياسى بيان مى‏كرد و گاهى به خاطر مزاحمت دستگاه و جلوگيرى از تدريس، محل درس را از مدرسه‏ ى فيضيه به مدرسه ‏ى حاج ملاصادق منتقل مى‏نمود و در هر حال، در همان شرايط كتاب ارزنده‏اى را به نام «الاربعين‏» نوشت كه عصاره ‏ى درس‏هاى اخلاق او در روزهاى پنج‏شنبه و جمعه در سنوات پس از درگذشت آيت‏الله حائرى  تا سال 1358 هجرى قمرى بود و خوشبختانه اين كتاب كه بر اثر هجوم وحشيانه‏ ى دستگاه به بيت امام ناپديد شده بود سال‏ها بعد به دست آمده و به زيور طبع آراسته گرديده است. كسانى كه از اين درس و آن مجلس روحانى خاطراتى دارند، مى‏توانند تاثير سخن امام را در دگرگونى قلوب و ارواح كاملا به يادآورند. يك نشست در آن درس اخلاق، آن چنان انسان را به دنيا و زخارف آن بى‏علاقه مى‏كرد كه انسان فقط و فقط به معنويات ارج مى‏نهاد. درس اخلاق حضرت استاد، آن چنان دگرگونى عظيمي در طلاب و فضلاى آن زمان پديد آورده بود كه مساله‏ ى سير و سلوك  به تدريج در ميان فضلا براى خود جايى باز مى‏كرد و غالبا كوشش مى‏كردند كه گفتار و رفتار خود را با اخلاق اسلمي وفق دهند.