كنيه آن حضرت را ابو الحسن و نيز ابو الحسن ثانى خوانده‏اند. ابو الفرج اصفهانى در مقاتل الطالبيين روايتى نقل كرده و مبنى بر آن كه كنيه آن حضرت، ابو بكر بوده است. وى به سند خود از عيسى بن مهران از ابو صلت هروى نقل كرده است كه گفت: روزى مامون از من پرسشى كرد. گفتم: ابو بكر در اين باره چنين و چنان گفته است. مامون پرسيد: كدام ابو بكر؟ابو بكر ما يا ابو بكر اهل سنت؟گفتم، ابو بكر ما. پس عيسى از ابو صلت پرسيد: ابو بكر شما كيست؟پاسخ داد: على بن موسى الرضاست كه  بدين كنيه خوانده مى‏شود.