آثارى که ابو یعلى نگاشته عبارت است از: کتاب التوحید، کتاب الزیارات و المناسک ، کتاب الرد على محمد بن جعفر الاءسدى ، کتاب من روى عن جعفر بن محمد علیه السلام که نجاشى و علامه به ارزشمند بودن آن اذعان نموده اند، و بدین لحاظ شیخ آقا بزرگ را مصفى المقال فى مصنفى علماء الرجال شرح حال او را در ضمن علماى رجال آوده است . نجاشى  سند خود را به این کتابها، از طریق ابن غضائرى و قلانسى قرار داده است . به سخنان برخى از بزرگان شیعه در ثنا و ستایش از ابو یعلى توجه کنید: