شیعه معتقد است که امامت و ولایت از سوی پیامبر(صلی الله علیه و آله و سلم ) و امامان اعلام می­شود. در مورد امام باقر(علیه السلام) نیز اعلام امامت رخ داده­ است. امام زین العابدین(علیه السلام) در حال احتضار که گروهى نیز برای عیادت نزد آن حضرت بودند به فرزندش امام باقر(علیه السلام) توجه نمود و فرمود محمد اين صندوق را ببر به خانه‏ات. سپس فرمود داخل صندوق طلا و نقره نيست؛ پر از علم و دانش است.[10] در روايت ديگر آمده ­است كه برادران ادعاى ارث از صندوق نمودند، فرمود به شما چيزى از آن نمي­رسد؛ اگر شما نصيبى داشتيد صندوق را به من اعطا نمی­کرد، در صندوق اسلحه پيغمبر(صلی الله علیه و اله و سلم) و نامه‏هايش بود. همچنین گفته شده ­است: امام زین العابدین(علیه السلام) در آن بيمارى كه از دنيا رفت، تمام فرزندان خود محمد و حسن و عبد الله و عمر و زيد و حسين را جمع نموده، وصيت به فرزندش محمد بن على(علیهما السلام) نمود و او را باقر ناميد و رسيدگى به كارهاى خانواده خود را به او سپرد.[11]