اگرچه پدر و پدرخوانده او هردو مسلمان بودند؛ اما او یک مسیحی بار آمده و در ۴ سالگی که در اندونزی زندگی می‌کرد، به جای شرکت در مدرسه «مکتب مذهبی مسلمانان» به مدارس کاتولیک و یا سکولار رفته‌است. اوباما هم‌اکنون نیز عضو کلیسای متحد می‌باشد.