Selleks, et kõigi liikide ja elupaikade seisund tulevikus paraneks, tuleb looduskaitsetegevust täpsemalt planeerida. Igale Natura alale tuleb koostada kaitsekorralduskava, kus on kirjas, milliseid loodusväärtusi loodame sel alal näha nii täna, homme kui ka kaugemas tulevikus ehk kaitsekorralduskavas tuleb sätestada mõõdetavad kaitse-eesmärgid. Kui praegu on ühel alal näiteks 100 ha hooldatavat rannaniitu ja 500 ha kinnikasvavat-roostuvat rannaniitu, siis kaitsekorralduskavas tuleb sätestada, kas selle ala kaitse-eesmärgiks ongi 100 ha või 500 või isegi 600 ha heas seisundis rannaniitu ning seal pesitseb näiteks 10 paari niidurüdi.