Õppetöö organiseerimisega seotud küsimused lahendas iga koolmeister erinevalt. Ühtse, täpselt fikseeritud õppeprogrammi puudumise tõttu piiritles õppetöö sisu koolis kasutatav õpik. 1852. aastal hakati Lõuna-Eestis ja 1854. aastal Põhja-Eestis välja andma standardiseeritud õpperaamatute sarju, mis esmakordselt ühtlustas õppetöö sisu nii Eesti- kui Liivimaa külakoolides. Hakati õpetama õigekirja aluseid, kirjatehnikat ja elus vajaminevate dokumentide (avaldused, lepingud, palvekirjad) koostamist. Sama õpperaamatute sarja kaudu jõudis Lõuna-Eesti külakoolidesse ka loodusteaduse, geograafia ja tervishoiu õpetamine ja hakkas levima ilmalik laul koos noodiõpetusega.