Tema abielu Winnie Madikizela-Mandelaga kestis 38 aastat, millest suurema aja ta oli vangis. Pärast vabanemist asusid nad aprillis 1992 lahku elama ja abielu lahutati märtsis 1996. Abielu kahjustasid Winnie Mandela süüdistamine inimröövis ja mõrva organiseerimises.