Kodujuustu  kolmandaks makrotoitainete rühmaks on valgud.  Kodujuustu kui toiduaine bioväärtust tõstab selle suhteline valgurikkus, mis ehedatel kodujuustudel jääb vahemikku 14-18%. Oluline on seegi, et piimavalgud on inimorganismile väga sobiva aminohappelise koostisega ning  kodujuustu valmimisprotsessis on valgud muutunud veelgi paremini seeduvateks. Põhjuseks on asjaolu, et nii juuretise bakterid, laap kui ka happeline keskkond on kodujuustu valke mõjutanud, nii et nende seedumine toimub veelgi hõlpsamini. Mis  puutub lisanditega toodetesse, siis nende üldvalgusisaldus on naturaalse kodujuustuga võrreldes mõnevõrra väiksem.