Kalimantan on mägine. Iga provintsi ja osariigi (peale Labuani) kõrgeim tipp ulatub tublisti üle kilomeetri kõrgusele  merepinnast. Rannikud on üldiselt madalad ja soised, mäed jäävad pigem sisemaale. Saare kõrgeim tipp on Sabah' osariigis asuv 4101 m kõrgune Kinabalu, mis asub Crockeri aheliku põhjaotsas. Sellest sisemaa poole jääb Tama abu ahelik, mille kõrgeim tipp on ka Sarawaki kõrgeim mägi, 2438 m kõrgune Murud. Ida-Kalimantani kõrgeim tipp on 2467 m kõrgune Guguang. Lääne- ja Kesk-Kalimantani vaheline piir kulgeb mööda Schwaneri ja Mülleri mägede kõrgeimaid tippe ja Schwaneri mägedes asuv 2278 m kõrgune Raya on mõlema osariigi kõrgeim tipp. Lõuna-Kalimantani kõrgeim mägi on Meratuse aheliku kõrgeim tipp, 1892 m kõrgune Besar. [2]