Asjaolu, et ühinemisprotokolli üleminekusätetes käsitletud institutsioonide õigusaktide jõustumisele uutes liikmesriikides seatakse üleminekuperiood, ei muuda lõike 2 kohaselt nende aktide õiguslikku olemust. Eelkõige puudutab see nende aktide muutmise korda. Nii võib üleminekusätetes käsitletud akte muuta üleminekuperioodi jooksul.