Heiani perioodi keskel leidis aset oluline muutus. Samuraid, kes algselt allusid keisrile, muutusid tasapisi kohalike aristokraatide eraarmeedeks. Sellest ajast alates ja järgnevaks ca 1000 aastaks koosnes Jaapani sõjavägi lugematust hulgast privaatsetest armeedest, mis olid lojaalsed kohalikele isandatele (daimjo). Heiani perioodi samurai ei olnud üllas ja vaimne bushido-d järgiv sõdalane, vaid tüüpiliselt madalamatest klassidest värvatud kirjaoskamatu ning tahumatu sõjamees.