Sukarno võimu all muutus riigi demokraatlik valitsemiskord autoritaarseks ning ta ise suutis võimu säilitada parem- ja vasakpoolsete jõudude omavahelise tasakaalustamisega.[9] 30. septembril 1965 surus armee maha ohvitserirühma võimuhaaramiskatse. Tekkinud olukorra kasutasid ära kindral Suharto ja kaitseminister Nasution, kes kõrvaldasid võimult president Sukarno ning alustasid kommunistidevastaseid repressioone, mille käigus kaotas elu pool kuni üks miljon inimest.[19][20] Armee ülemjuhatajaks saanud Suharto määrati ametlikult presidendiks märtsis 1968.[21] Uus valitsus asus seejärel majanduspoliitikat muutma: soodustati välisinvesteeringuid ja rahvuslikku erakapitali, vähendati riigi reguleerivat osa ning loobuti radikaalsetest reformidest.[11] Sellele järgnes kolme aastakümne järel pidev majanduskasv.[12][9] 1975. aastal okupeerisid Indoneesia väed Ida-Timori.[21]