1990. aastate esimesel poolel jõuti täiesti uude etappi arhiivi tagatisfondi loomisel. Koostöölepingu raames UtahN Genealoogolise Seltsiga kopeeriti aastail 1992-1994 kõrgekvaliteedilisele mikrofilmile kõik Eesti Ajalooarhiivis säilitatavad kirikuraamatud. Kui aastatel 1991-1992 tehti tagatisfondi kaadreid alla  20 000 aastas, siis ajavahemikus 1993-1995 pildistati kokku umbes 650 000 kaadrit ehk aastas keskmiselt üle 10 korra enam. Lugemissaali muretseti kaasaegsed mikrofilmide lugemise aparaadid. Need meetmed on olulisel määral vähendanud meetrikate kui enimkasutatava dokumendiliigi füüsilist koormust sadade uurijate käte vahel. Samal ajal jätkub tagatiskoopiate loomine hingeloendite mikrofilmimisega. Alates aastast 1995 on arhiivi strateegiliseks prioriteediks vastava ajakohase labori rajamine ning tagatisfondi  poliitika uus mõtestamine nii ajalooarhiivi enese seisukohalt kui ka ühiskondlikke olusid laiemalt silmas pidades.