Krasnojarskis on parasvöötme mandriline kliima külma talve ja sooja suvega. Aasta keskmine  õhutemperatuur on +1,3 °C, jaanuari keskmine temperatuur on -15,6 °C, juuli keskmine temperatuur on +18,5 °C. Õhutemperatuuri absoluutne miinimum on -52,8 °C ja maksimum +36,5 °C. Aasta keskmine sademete hulk on 465 mm.[4]