Kevadel 1961 sai maa autonoomse ajutise valitsuse Joseph Cimpaye juhtimisel (Joseph Cimpaye valitsus), milles osalesid paljud parteid. 26. septembril 1961 toimusid ÜRO järelevalve all esimesed parlamendivalimised; UPRONA sai selge võidu. Uueks peaministriks sai prints Louis Rwagasore. Juba 13. oktoobril 1961 mõrvas peaministri, kes oli abielus hutuga, kreeka päritolu palgamõrvar Ioannis Kageorgis. Mõrva tellimises süüdistati Kristlik-Demokraatlikku Parteisse kuulunud Batare sugukonna liikmeid; nad hukati avalikult jaanuaris 1963. UPRONA lõhenes etnilisel alusel. Uueks valitsusjuhiks sai 20. oktoobril 1961 Tare sugukonna tutsi André Muhirwa, kes jäi sellele ametikohale 1963. aastani, nii et temast sai iseseisva Burundi esimene peaminister.