Igatahes on paljude geenide (kümnete, sadade) järjestustel põhinevad fülogeneetilised analüüsid võimsad meetodid organismide evolutsiooni rekonstrueerimisel. Peale imetajate ( Murphy et al., 2001b aheldasid analüüsimiseks näiteks 22 erineva geeni fragmenti; aluseks olid Madsen et al., 2001 ja Murphy et al., 2001a tööd)  on sellised analüüsid häid tulemusi andnud ka  mitmete teiste rühmade fülogeneesi  väljaselgitamisel. Nagu näiteks Baldauf et al., 2000 (eukarüoodid); Bapteste et al., 2002 (amööbid); Rokas et al., 2003 (pärmseened). Rokas et al. (2003) (kes kasutasid rohkem kui saja geeni järjestusi) väitsid isegi, et neil on õnnestunud välja selgitada 8 pärmiliigi tõelised fülogeneetilised suhted. Kui analüüsiti üksikuid geene eraldi, siis saadi mitmeid omavahel vastuolus olevaid fülogeneesi puid. Aga kui analüüsi kaasati üheaegselt 106 geeni, jõuti olenemata analüüsimeetodist ainult ühele tulemusele, kusjuures saadud kladogrammi erinevate klaadide statistilised toetused olid maksimaalsed. Enam-vähem samadele tulemustele jõuti ka minimaalselt 20 geeni analüüsimisel. Sellest hoolimata ei saa lõpuni kindel olla, et 100 või kui tahes suure hulga geenide analüüsimisel jõutakse korrektse fülogeneesini. See niiöelda korrektne fülogenees võib mingil põhjusel siiski vale olla ja uute geenide lisamine analüüsi lihtsalt võimendaks viga. Sellisel juhul võib abiks olla hoopis taksonite, mitte molekulide, lisamine analüüsi (Hillis et al., 2003).