Süsteemi raames kehtestavad ELi valitsused piirmäärad energiamahkukate tööstusharude, nagu elektrienergia ja tsemendi tootmine, poolt tekitatavatele süsinikdioksiidi heitkogustele. Kui asjaomased ettevõtted plaanivad neile eraldatud  süsinikdioksiidi kvooti ületada, siis peavad nad ostma saastelube tõhusamatelt ettevõtetelt. Tulevikus võetakse kvoodid kasutusele muudegi tööstusharude, sealhulgas lennu- ja naftakeemiaettevõtete puhul. Samuti võivad ELi liikmesriigid kompenseerida oma heitkoguseid, ostes saasteühikuid ELi mittekuuluvates riikides süsinikdioksiidi vähendamiseks teostatavate projektide raames.