Uuritavatest proovidest maksimaalse arvu  mutatsioonide leidmiseks tuleb SSCP analüüsi optimeerida järgmiste parameetrite muutmise teel geelis: akrüülamiidi kontsentratsioon (6 - 20%), akrüülamiidi ja bis-akrüülamiidi suhe (9 : 1 - 70 : 1), glütserooli sisaldus (0 - 10%), TAE puhvri kontsentratsioon (0,5 - 1x), temperatuur 6 - 50C. Praktiliselt analüüsitakse produkte 2-4 erinevatel tingimustel (muutes temperatuuri ja PAAGi konsentratsiooni).