17. sajandile oli iseloomulik sisemigratsioon: põlisrahva ümberasumine tihedamalt asustatud aladelt tühjadele maadele. Rohkelt asus inimesi Mandri-Eestisse ümber Saaremaalt, mille rahvastikku oli laastamisest säästnud eraldatus muust Eestist. Ida- ja Kagu-Eestisse saabus uut rahvast Venemaalt, Põhja- ja Kesk-Eestisse - osaliselt Rootsi võimude õhutusel -  Soomest. Soomlased moodustasid 17. sajandi keskpaiku Kirde-Eestis (Virumaal) 20% ja Põhja-Eestis (Harjumaal) 12% rahvastikust. Mitte-eestlaste osatähtsust kogu Eesti elanikkonnas on 1620. aastail hinnatud pisut vähem kui ühele viiendikule. Sisserännanud assimileerusid küllalt kiiresti; suurema kompaktse rahvusgrupina jäid hiljem püsima vaid Venemaa kirikureformi survel Eestisse pagenud vanausulised venelased Peipsi järve ääres. Poola võimu ajal Eesti-Läti piirialale asunud venelaste asustusest kasvas välja  Valga linn. Loode- ja Lääne-Eesti saartel püsis seal juba keskaegse sisserände tulemusena kujunenud rannarootsi asustus.