Tallinna vanim eestikeelne kogudus on töötanud Pühavaimu kirikus juba 1531. aastast. 19. sajandil siirdus osa kogudusest Püha Johannese (Jaani), Kaarli ja Toomkirikusse. Pühavaimu kirik jäi tühjaks kümneks aastaks (1867-1877), ainult raehärrade jumalateenistused toimusid edasi.  1877. aastal asutati Pühavaimu kirikus kingsepp Agasilla ja kohtuteener Wenderi poolt uus eesti kogudus, mis eksisteerib tänase päevani ja tähistab 125. aastapäeva 16. jaanuaril algava juubelinädala üritustega. Eesti Kiriku vahel ilmub 16. jaanuaril Pühavaimu koguduse elu tutvustav lisaleht.