1945. aasta 28. detsembri varahommikul ründas NKVD eriväeosa 10. RPP punkrit  ja hävitas selle. Langes üheksa metsavenda, nende hulgas ka Haukka luuregrupi mehed Harald Keem ja Viktor Lukk.  Päev pärast metsavendade punkri langemist asus julgeolek likvideerima Võru koolinoorte vastupanuorganisatsioone. 29. detsembri õhtul ja öösel arreteeriti suurem osa noorte vastupanuorganisatsioonide juhtkonnast. Ka Jaan Rootsi tuldi Võrus tema korterisse arretee­­­rima, kuid temal õnnestus põgeneda. Mõned päevad hiljem tuldi teda otsima kodutalust, kuid ka sealt ei saadud teda kätte. Jaan  Roots liitus kohalike metsavendadega, kelle hulgas olid ka vennad Martin ja Harri, ning varjas end koos nendega kuni sügiseni. Martin ja Harri Roots hoidusid kõrvale mobilisatsioonist Punaarmeesse, kui mobilisatsioonist kõr­va­lehoidjaile kuulutati välja amnestia, siis nad legaliseerusid.  Septembris 1946 läks Jaan Roots Viljandimaale oma venna Antoni juurde, kes töötas seal Taevere vallas meierina. Seal õnnestus tal võltsitud tõendite alusel saada Viljandist aju­tine pass Mati (Matt) Mürgi nimele.  Pärast seda asus ta õppima Viljandi tööstuskooli, kuid varsti sai julgeolek jälile ning tal tuli koolist kiiresti jalga lasta. Ta läks Tallinna, kus asus õppima kinomehaanikute kursustele. Kuid ka sealt leidis julgeolek ta üles ning 1947. aasta mais ta arreteeriti.  Algasid ülekuulamised ja sellega kaasnev julm füüsiline töötlemine Pagaris. 1946. aasta alguses arreteeritud Võru koolinoorte vastupanuorganisatsioonide liikmete uurimine oli selleks ajaks juba lõpetatud, KGB-l oli Jaan Rootsi tegevus nendes  organisatsioonides hästi tea­da ja salata polnud midagi. Mõned praegused arvustajad on talle ette heitnud, et ta oli ülekuulamistel liiga jutukas ja mainis seal paljude vastupanuvõitlejate nimesid. Kuid suurem osa tema poolt nimetatutest oli selleks ajaks juba arreteeritud ja tribunalist läbi käinud, teised varjasid end metsas ning üks nimetatutest oli KGB informaator, seega ei saanud nende mainimine neid kuidagi kahjustada. Ainus, kellele nimetamine võis saatuslikuks saa­­da, oli "Põhjala Noorte" liige Ilse  Küppas, kes varsti pärast seda arreteeriti.