Samaranch pääses ROK-is kiiresti võtmepositsioonidele ja hankis samas Moskvas töötades ka N. Liidu  ja teiste sotsialismimaade toe, püüdes vähemalt sõnades tõkestada USA ja selle meelsete maade boikotti Moskva mängude suhtes. Lõpuks jäid Moskva mängudest siiski paljud maad eemale protestiks selle vastu, et 1979. aastal oli N. Liit viinud oma väed Afganistani ja asunud osalema selle riigi sisesõjas. Kedagi ei üllatanud, et Moskva mängude ajal valiti Samaranch ROK-i uueks presidendiks lord Michael Killanini asemele, kes pani ameti maha vastuseks lääneriikide boikotile ja olümpiamängude poliitilisele  ärakasutamisele. Samaranch loobus koheselt suursaadikutööst ning sai ROK-i esimeseks palgaliseks presidendiks. Brundage'i seisakuaastate ja Killanini ettevaatlike uuenduste järel alustas Samaranch olümpialiikumise suurpuhastust. Oluline uuendus oli seegi, et pärast aastakümneid kestnud absoluutset meeste ülemvõimu olümpialiikumise ülemorganisatsioonis, valiti 1981. aastal ROK-i esimesteks naisliikmeteks soomlanna Pirjo Häggman ja venetsueellanna Flor Isava-Fonseca.