Riik maksab põllumeestele põllumajanduslikku keskkonnatoetust, et hüvitada keskkonnasõbraliku majandamise väiksemat tulukust. Riigikontroll vaatas oma auditis, kas seda toetust on makstud õigesti ja kõiki taotlejaid võrdselt koheldes.    Selgus, et praegu on võimalus taotleda ühe maatüki eest mitut toetust. Üheaegselt oli toetust makstud keskkonnasõbraliku majandamise ja mahepõllumajandusliku tootmise eest ning keskkonnasõbraliku majandamise ja hea taimekasvatustava eest. Üldse keelatud ei olnud toetuse maksmine poollooduslike koosluste hooldamise eest paralleelselt keskkonnatoetusega keskkonnasõbraliku majandamise eest, mis võivad olla sisult kattuvad tegevused. 2003. aastal võivad poollooduslike alade hooldajad lisaks Keskkonnaministeeriumi  makstavale loodushoiutoetusele taotleda ka Põllumajandusministeeriumi administreeritavat keskkonnatoetust. Seni puudub mehhanism, kuidas vältida topeltmaksmist kaitsealadel.    Auditi käigus torkas silma ka põllumeeste teadmatus, kuidas õigesti väetada. Kuigi hea põllumajandustava näeb ette, et põldu väetatakse koguses, mis kompenseerib toiteelementide kao mullas, esines talunike taotlustes põlde, kus väetamist üldse ette nähtud ei olnud. Näiteks taotleja Saaremaalt pidas omakoostatud plaanis  vajalikuks orgaanilise väetise andmist odrale. See ei ole õige, sest suviteraviljad omandavad orgaanilist väetist halvasti. Samas kasvatas taotleja ka kartulit ja talivilja, mis plaani kohaselt ilma orgaanilise väetiseta jäid, ehkki oleksid pidanud seda saama. Selliseid näiteid oli veel, mistõttu Riigikontroll pani ette soodustada plaanide tellimist pädevatelt asutustelt: laboratooriumidelt, Taimse Materjali Kontrolli Keskuselt jt. Samuti on mitmed ministeeriumi poolt lubatud lämmastikväetiste normid  keskkonnatundlikel Võrumaa ja Saaremaa aladel loodust kahjustavad.    Auditi tulemusel leiti ka dokumentide täitmisel palju ebatäpsusi. Seetõttu pidid toetust maksva Põllumajanduse Registrite ja Informatsiooni Ameti (PRIA) töötajad palju andmeid täpsustama. Samuti on märkimisväärne, et toetuse mittemaksmise kohta esitati palju proteste, millest suurem osa rahuldati, sest valeandmete esitamise põhjuseks ei olnud mitte toetuse väljapetmine, vaid teadmatus, kuidas dokumente täita. Suur tagantjärele rahuldatud  taotluste hulk viitab sellele, et keskkonnatoetuse saamiseks kehtestatud nõudeid oli palju ja need olid liiga keerulised. Selle tulemuseks on taotlejate ebavõrdne kohtlemine, sest mitterahuldamise korral saavad toetust need talunikud, kes söandavad PRIA otsuse vaidlustada.    2001. aastal loodud toetust makstakse näiteks hea taimekasvatustava võtete kasutamise, mahepõllumajandusliku tootmise, eesti tõugu hobuse kasvatamise, mitmeliigilise põõsasriba, kiviaia või tiigi rajamine eest jne. Kokku  maksti toetust eelmisel aastal 29 miljonit krooni, veerand selleks läks Saaremaale.