Sisekaitseakadeemia rektor valitakse vastavalt Rakenduskõrgkooli seadusele avaliku konkursi korras. Vastavalt sisekaitselise rakenduskõrgkooli rektorile esitatavatele nõuetele peavad Sisekaitseakadeemia rektori kandidaadil olema vähemalt kolmeaastane töökogemus kõrgema riigiametnikuna, doktorikraad või sellele vastav kvalifikatsioon, vähemalt kahe võõrkeele kirjalik ja suuline väljendusoskus kesktasemel ning juhtimis- ja majandusalased teadmised ja oskused. Vastavalt Sisekaitseakadeemia põhimäärusele võib Sisekaitseakadeemia rektori kohusetäitja määrata siseminister.