Eesti toetab  algatusi, mis aitavad kaasa EL-NATO koostöö süvendamisele nii poliitilisel kui operatiivsel tasandil. Heaks näiteks on koostöö seoses EL tsiviilmissioonidega Kosovos ja Afganistanis, samuti koostöö piraatlusevastases võitluses Aafrika Sarve piirkonnas (EL mereväeoperatsioon ATALANTA, NATO pikaajaline operatsioon Ocean Shield, koostöö African Union Mission in Somalia raames).