Samal ajal on hakatud järjest enam teadvustama ka vajadust mereökosüsteemide kaitsmiseks, täienenud on teadmised liigikaitse vajadustest ning merealade looduskaitselistest väärtustest. Nii on näiteks Eestimaa Looduse Fond (ELF) koostöös teiste asutuste ja organisatsioonidega selgitanud välja oluliste loodusväärtuste olemasolu mitmetel merealadel (Gretagrundi madal, Krassgrundi madal,  käimas on inventuurid Kõpu poolsaare ümbruses). Selle töö tulemused on osalt ka vilja kandnud - 2011. aasta augustis võttis Vabariigi Valitsus Gretagrundi madala looduskaitse alla.