Saksa väejuhatus paigutas nii  Naissaarele kui Aegnale garnisoni, kummaski ainult 50 meest. Naissaarel moodustati kaks ajutist patareid mahajäetud suurtükkidest, eesmärgiga riivistada sissepääsud Tallinna lahte. Ka Aegnal algasid kindlustustööd, mida võeti tõsisemalt, sest nüüd oli vaenlast oodata idast. Seda aga ei jätkunud kaua, sest 1918. a. novembris võttis võimu üle Ajutine Valitsus ja saksa okupatsiooniväed lahkusid.  1920. aastail müüs Eesti Vabariik soovijaile soodsalt erinevaid kindluse puithooneid, varjendeid,  kaevikuvooderdist, kindluseraudtee liipreid ja rööpaid. See oli Imperaator Peeter suure Merekindluse lõpp.