Nõukogude võimu kehtestamisega 1940. aastal kaasnesid ulatuslikud muudatused Eesti põllumajanduses, nii juhtimissüsteemis kui ka tootmiskorralduses. Põllumajanduse juhtimisel rakendati N. Liidus kehtinud kahekordne süsteem, milles valitsusvõimu kõrval toimis poliitiline juhtimine parteistruktuuride kaudu. Valitsusvõimu esindas Põllumajandusministeerium (25.VIII 1940. - 25.  III 1946. a. rahvakomissariaat). Selles toimusid pidevad ümberkorraldused ja nimemuutused. 1950-ndail aastail olid lisaks veel Sovhooside Ministeerium ja ka Loomakasvatuse Ministeerium.