Endonukleaaside poolt teostatavad atakid määravad sageli mRNA degradatsiooni edasise kiiruse, kuna aitavad kõrvaldada mRNA 3' otsast juuksenõelastruktuure. Sageli lõikavad nad 5' otsa lähedalt, mille tulemusena mRNA destabiliseerub ja allub edasisele kiirele lagundamisele.