Alates Kamakura  shogunaadist oli Jaapanil kaks valitsust. Õukond Kyotos jätkas maksude kogumist ja provintside tsiviil-valitsejate määramist. Tegelik võim riigis aga oli Kamakura shogun-i käes. Provintsid olid endiselt iseseisvad kuid daimyo-d pidid vanduma ustavust shogun-i valitsusele.Minamoto no Yoritomo suri 1199. aastal ning sellega kaotas Minamoto klann ka kontrolli Kamakura bakufu üle mis läks Minamoto käest Hojo-le. Shogunaat aga jäi kestma.Kamakura valitsuse esimeseks suuremaks proovikiviks oli mongolite invasioon.  1258. aastal vallutas Kublai khaan Korea poolsare ning 1266. aastal kuulutas ta end Hiina keisriks.