Nõukogude ENSV perioodil tegutses islami kogudus mitteametlikult - viidi läbi palvusi, järgiti usukombeid ning tähistati usupühi. 1988. aastal registreeriti Tatari Kultuuri Selts ning aasta hiljem alustati islami koguduse taasasutamisega, mis taasregistreeriti Eesti NSVs 1990. a. Eesti Islami Kogudusena. Käesoleval ajal moodustavad koguduse Eestis elavate peamiselt tatari, aserbaidžaani, kasahhi ja usbeki kogukondade liikmed.