Jaapani 1945. aasta põhiseaduse §20 kohaselt kehtib riigis usuvabadus ja religioon on riigist lahutatud. Levinumad religioonid on shinto, budism ja ristiusk, vähesel määral on ka muhameedlasi, hinduiste jt. Shinto on põline jaapani religioon, kuid seda on aegade jooksul tugevasti mõjutanud budism. Nii budism kui ristiusk on küll mujalt sisse toodud, kuid ka need on omakorda kohandatud jaapani traditsioonidele ning on  muutunud täiesti jaapanipärasteks. Konfutsianism, mis jõudis Hiinast Jaapanisse enne budismi, on küll tugevasti mõjutanud jaapanlaste moraalseid tõekspidamisi, kuid pole kujunenud organiseeritud religiooniks. 1985. aasta andmetel oli Jaapanis 115,6 miljonit shintoisti, 92 miljonit budisti, 1,7 miljonit kristlast ja 14,4 miljonit muude religioonide tunnistajat. Praktiliselt võib öelda, et shintoistide ja budistide koguarv on Jaapanis 2 korda suurem elanike arvust ehk teiste sõnadega on jaapanlased ühtaegu  nii shintoistid kui budistid. Ka shinto pühamute ja buda templite arvud on enam-vähem võrdsed (vastavalt 91 tuhat ja 85 tuhat). Buda munkade arv on aga üle 2 korra suurem kui shintol (vastavalt 269 tuhat ha 102 tuhat). Shinto on jaapani rahvuslik religioon, mis kujutab endast segu looduse, esivanemate, kangelaste ja keisri kummardamisest. Tavaline shinto pühamu on koht, kus elab küla, linna või prefektuuri kaitsevaim. Tähtsaim shinto pühamu Ise Jingu asub Ise linnas Mie prefektuuris. Selles Suures Ise pühamus  elab päikesejumalanna Amaterasu Omikami, kellest põlvneb Jaapani keisrisuguvõsa ja kes on terve rahvuse kaitsevaim. Ise Jingu on ka praegu täpselt samasugune, nagu 2000 aastat tagasi. Kuna ta on ehitatud ainult puidust, siis ehitatakse ta iga 20 aasta tagant vanade jooniste järgi uuesti üles. Ka arvukad kunagi valitsenud keisritele pühendatud pühamud on terve jaapani rahva kultuseobjektid.