Maksuhalduril on õigus ATKEAS-es sätestatud juhtudel peatada jäätmekäitlejale väljastatud  jäätmetest kütuse tootmise loa kehtivus või tunnistada nimetatud luba kehtetuks. Neist esimesega kaasneb loa kehtivuse ajutine peatamine (kuni 60 päevaks või ATKEAS-es nimetatud rikkumiste asjas otsuse jõustumiseni), samas kui teisega kaasneb loa kehtivuse lõpetamine (st, et tegevuse alustamiseks on vajalik taotleda uus luba). Peatatud kehtivusega loa alusel võib tegevust jätkata vastava Maksu- ja Tolliameti piirkondliku struktuuriüksuse kirjaliku otsuse alusel.