Millistel erandjuhtudel võib Natura alasid potentsiaalselt negatiivselt mõjutada võivaid projekte lubada? Erandeid käsitleb loodusdirektiivi artikli 6 lõige 4. Potentsiaalse negatiivse mõjuga projekte võib lubada, kui on täidetud kolm tingimust. Esimene tingimus on alternatiivide puudumine. Liikmesriigi pädevad asutused peavad hindama, kas on kavandatava tegevuse selliseid alternatiive, mille puhul Natura alade kaitse eesmärk on paremini saavutatav. Euroopa Komisjoni seisukoht on, et võrdlusparameetrid peavad  seonduma üksnes ala kaitse eesmärkidega ja selles etapis ei tohi kasutada muid, sealhulgasmajanduslikke kriteeriume. Niisiis tuleb ka Saaremaa silla puhul vastata küsimusele, mis on selle rajamise eesmärk ja kas seda eesmärki võiks saavutada ka muul viisil, mis siis, et teine lahendus oleks kallim.