Johannes Paulus II suri Vatikanis kohaliku aja järgi 2. aprillil 2005 kell 21:37 (Eesti aja järgi 22:37) septilise šoki ja  südamepuudulikkuse tagajärjel. Tema viimaseks sõnaks oli "Aamen." Paavsti ruumis peeti eelnevalt missat, seetõttu olid tema surma hetkel paavsti juures peapiiskop Stanisław Dziwisz, Mieczysław Mokrzycki, Marian Jaworski, Stanisław Ryłko, Tadeusz Styczen, ihuarst Renato Buzzonetti koos kahe arsti ja abilise Tobiana Sobodkaga ning kolm Jeesuse Pühima Südame ordu nunna. 4. - 7. aprillil jättis paavstiga Vatikanis hüvasti hinnanguliselt 2 miljonit inimest. Johannes Paulus II maeti 8. aprillil Vatikani, millest kujunes katoliku kiriku rahvarohkeim üritus ajaloos.