Phnom Penh langes 7. jaanuaril 1979 ning Pol Pot põgenes koos mõne partei tähtsama tegelastega Kambodža looderegioonidesse ja sealt Kambodža-Tai piirile. Seal moodustas ta uue organisatsiooni, nimetades selle Khmeeri Rahvavabastusrindeks. Pol Pot kadus aegamisi poliitiliselt areenilt, kui mitte arvestada episoodilisi partisanirünnakuid või teateid tema teistkordsest abiellumisest (tema esimene naine oli hulluks läinud). Temast kuuldi alles seitseteist aastat hiljem. 1997. aasta juunikuus teatas Kambodža valitsus (peaminister Norodom Ranariddh ja teine peaminister Hun Sen), et oma endises juhis pettunud punakhmeeride salk oli Pol Poti Kambodža põhjaosas Anlong Vengi lähedal kinni võtnud. Vahistamise taga oli Ta Mok - parteihierarhias viies, keda vihastas, kui Pol Pot lasi hukata punakhmeeride teise tähtsa ministri Song Sengi koos naise ja lastega. Uudis Pol Poti arreteerimisest rõõmustas paljusid ja kuigi valitsuse sõnul loodeti ta anda rahvusvahelise kohtu alla, ei läinud asjad nii. Punakhmeeridest partisanid, eesotsas Ta Mokiga, keeldusid teda Kambodža võimudele üle andmast. Selle asemel hoidsid nad teda sügaval Kambodža džunglis koduarestis, kus ta andis ka intervjuu Nate Thayerile ajakirjast Far Eastern Economic Review: "Te arvate, et ma olen vägivaldne inimene?" küsis Pol Pot. "Ei, ma ei ole selline. Minu südametunnistus on puhas. See küsimus on tarvis selgeks rääkida... Mul olid samasugused kogemused nagu minu liikumiselgi. Me olime selles valdkonnas uued ja vilumatud, ning me pidime lahendama üha tekkivaid probleeme ... Kõik, mida me tegime, tegime me armastusest oma riigi ja rahva vastu. Me võtsime vastu õigeid otsuseid, kuid nende teostamisel tegime me vigu."