Magistriõppe akadeemiline suund on seadnud eesmärgiks anda klassikalise põhjaga teoloogiline haridus ning selle kaudu pädevus ja oskused õpinguteks kõigis teoloogia ja sellega seonduvates doktoriõppe suundades ning muidugi ka pastoraalseminaris. Praegustele bakalaureuseõppe alustajatele on  pastoraalseminari astumise eelduseks magistrikraad ja pastoraalseminari lõpetamine on omakorda eelduseks vaimuliku ametisse kandideerimisele.