Juhtumisi aga oli  ta olnud püssiklubi liige (ta oli 1900. aastast saadik olnud Volunteer Force'i aktiivne liige). Klubi kapten, kes ei tahtnud, et ta meeskonnast lahkuks, tegi talle ettepaneku asuda tööle St Mary's Hospitali teadusosakonnas, kus temast sai vaktsiiniteraapia ja immunoloogia pioneeri Sir Almroth Wrighti abi bakterioloogia alal. Fleming sai M.B. ning seejärel kuldmedaliga B.Sc. kraadi ning töötas 1914. aastani St Mary's Hospitali lektorina.