Prootonpotentsiaali kasutatakse ka mõnede metaboliitide transportimisel rakku. Näiteks laktoosi permeaas LacY transpordib laktoosi rakku. Protsessiks vajaminev energia saadakse tänu sellele, et koos laktoosiga pumbatakse läbi  membraani H+ ioone. PMF-i energial töötab näiteks viburi mootor. Ühele viburi pöördele kulub 256 H+ iooni sissetoimetamisel saadud energia.