1860. aastail algas ÕES-i tegevuses uus periood. Seltsi asutajaliikmete asemele oli asunud uus saksameelsem põlvkond, mis tingis seltsi eemalejäämise eesti rahvusliku ärkamisaja põhisündmustest. Peatähelepanu langes nüüd akadeemilisele tegevusele, seda eriti president Leo Meyeri juhtimisel 1869-99.