Põhitemaatika alusel osutab instituut teadmusteenuseid ja viib läbi rakenduslikke mereuuringuid. Operatiivset seiret ja prognoose tehakse merevee taseme, õlireostuse leviku ja sinivetikate vohamise kohta. Projektid käsitlevad maaismaalt pärineva reostuse ning süvendustööde ja maavarade veealuse kaevandamise keskkonnamõju, jäätingimusi, kaugseiret jne.