Slovakkias on väga levinud ka puukirikud. Nad on väga vanad, nende arhitektid on tundmatud. Nendes ehitistes väljendub inimhinge ja looduse vaheline harmoonia. Inimese püüe seista kõrgemal  argiaskeldustest ja muredest. Vanimad neist on Hervatovis, Tvrdošínis ja Žilina maakonnas. 15.-17. sajandist pärinevad niinimetatud artikulaarsed puukirikud, mis ehitati 17. sajandil imperaator Leopold I käsul. Need on protestantlikud kirikud ning neid võib leida Hronsekist, Leštinyst, Paludžast ja Kežmarokist. Selliste kirikute põhiplaan on kreeka risti kujuline, neil puudub kellatorn ja nende sissekäik on seljaga linnavärava poole. Need kirikud ehitati tavaliselt asulate äärealadele.