Maakonnas on ametlikult 58 järve ning 20 veehoidlat ja paisjärve. Teistel andmetel on looduslike ja tehisjärvede koguarv ligi 100. Osaliselt jäävad Tartumaa piiridesse Eesti suurimad järved Peipsi järv ja Võrtsjärv. Teised suuremad järved on Saadjärv (708 ha), Koosa järv (295 ha), Kalli järv (175,9 ha), Keeri järv(125,8 ha) ja Pangodi järv (115 ha).