Pärast Pakistani tuumaprogrammist ja inimõiguste rikkumisest tingitud viivitust kirjutati kolmanda põlvkonna koostöölepingule alla novembris 2001 ning Euroopa Parlament ratifitseeris selle aprillis 2004. See ei ole soodusleping  ning sel puudub finantsprotokoll. Esiteks kehtestatakse selles kokkuleppes inimõiguste ja demokraatia põhimõtete austamine kui koostöö alus. Teiseks laiendatakse Pakistani ja ühenduse vahelise koostöö ulatust oluliselt. Lepinguga nähakse ette kaubandus-, majandus- ja arengukoostöö raamistik, lisaks avatakse ka võimalus dialoogiks ja koostööks uutes tähtsates valdkondades, kaasa arvatud keskkond, regionaalkoostöö, teadus ja tehnoloogia, narkootikumid ja rahapesu. Alates 2004. aasta keskpaigast ei ole EL  tagasivõtulepingute (ebaseaduslike sisserändajate tagasisaatmine) üle peetavate läbirääkimiste seiskumise tõttu siiski lepingu täielikku rakendamist jätkanud.