1228. a moodustas Riia peapiiskop Läänemaast, Saare- ja Hiiumaast ning väiksematest saartest Saare-Lääne  piiskopkonna, määrates piiskopiks Dünamünde tsistertslaste kloostri abti Gottfriedi. Lõplikud piiskopkonna piirid määras kindlaks paavsti legaat Modena Wilhelm 1234. a Piiskopkonna esimene residents asus Lihulas, kuhu Orduga kahasse ehitati kivilinnus. Ordu sai ka ¼ piiskopkonna maadest. Püüdes vältida tülisid mõjuvõimsa Orduga, viis piiskop 1251. a residentsi üle Vana-Pärnusse, mille leedulased 1263. a põletasid maatasa. Uueks piiskopkonna keskuseks sai Haapsalu, kuhu ehitati toomkirik ja hakati rajama  piiskopilinnust. 1279. a andis piiskop Hermann I Haapsalule linnaõigused. 1298-1302 sõdis piiskop Orduga. 23. aprillil 1343. a alanud Jüriöö ülestõus kandus ka Läänemaale, mille käigus piirati Haapsalu piiskopilinnust. 14. saj II poolel viis piiskop oma residentsi üle Kuressaarde. Piiskopi nõukogu -toomkapiitel - jäi edasi Haapsallu. 1524. a andis piiskop Johannes IV Kievel loa vabalt kuulutada luteriusku. 1532-1536 lõhestas piiskopkonda kodusõda paavsti poolt kinnitatud Reinhold von Buxhövdeni ja toomkapiitli  poolt valitud Brandenburgi markkrahvi Wilhelmi vahel, kus võitjaks osutus Reinhold von Buxhövden. 1541. a sai Reinholdi järglaseks Kuramaa piiskop Johannes V Münchhausen, kes 1559. a müüs piiskopkonna 30 00 taalri eest Taani kuningale Frederik II-le. See omakorda loovutas piiskopkonna oma vennale hertsog Magnusele, saades vastu maid Schleswig-Holsteinis. Hertsog Magnus oli ka ainuke piiskop, kes vermis Haapsalus oma raha - veeringuid ja killingeid. Liivi sõja käigus laastasid piiskopkonda rootslased, taanlased,  venelased, poolakad, kuni 1581. a läks piiskopkond Rootsi riigi valdusse, saades Eestimaa provintsi osaks.