1636. aastal peeti Haapsalus viimane nõiaprotsess. Nõidumises süüdistati ühte Kastininal elavat naist, Kai Kruuskoppi. Arvati, et Kai käib mustaks kassiks moondununa naabri sahvrist toitu varastamas. Ühel päeval visanud ta kassi puuhaluga ning samal päeval hakanud Kai lonkama. Kai juttu selle kohta, et jalg jäi hoopis rannakivide vahele, ei uskunud keegi. Kai ennast nõidumises süüdi ei tunnistanud ja nii pidi ta läbi tegema veeproovi. Sadamasillal seisvale Kaile sidus timukas köie ümber ja  lükkas naise vette. Veeproovi vaatama kogunenud linnarahvas ootas - kas nõiaks peetu vajub põhja või jääb pinnale. Usuti, et kui inimene põhja vajub, siis on ta süütu. Kui ta aga pinnale hulpima jääb, siis on tegemist nõiaga, keda aitavad pinnal püsida kurjad jõud. Kui Kai vette lükati, ei vajunudki naine põhja, vaid jäi veepinnale hulpima. Põhjuse selleks andis timukas ise, kes veeprooviks liiga lühikese köie võttis ja nüüd ise Kaid veepeal hoidis. Rahvas ja kohtumõistjad olid aga kindlad, et naisele  tulid appi kurjad jõud ning et Kai Kruuskop on nõid, kes tuleb karistuseks tuleriidal põletada. Haapsalu hukkamispaik Võllamägi asus seal, kus tänapäeval on Sireli tänav. Tol ajal kehtis aga selline seadus, et kõik kohtuotsused pidi enne täide viimist kinnitama kohalik härra. Haapsalus kuulus sel ajal Jakob De la Gardie'le, keda rahva hulgas ka Laisaks-Jaaguks kutsuti. Tema kohtuotsust ei kinnitanud ja andis hoopistükkis käsu Kai Kruuskop vabaks lasta ja rahule jätta. Esimene Haapsalu linnakool asutati 1554.  aastal ja see asus Kooli tänaval. Linnakoolis õppisid peamiselt kaupmeeste, käsitööliste ja teiste haapsallaste lapsed, põhiliselt 7-12aastased poisid ja tüdrukud. Sellist kooli nimetati mõnikord ka saksa kooliks ja seda võiks võrrelda tänapäevase algkooliga. Nagu nimigi ütleb, siis õpiti selles koolis saksa keeles. Seda sellepärast, et tollel ajal olid suurem osa linnakodanikke sakslased, kuid loomulikult oli õpilaste seas ka mõned eestlased ja rootslased. Linnakoolis oli enamasti üks õpetaja, kes õpetas  lapsi lugema ja kirjutama ning arvutama. Tollel ajal pidid lapsed kirjutama gooti tähtedega, mis küll meenutavad tänapäeva tähti, kuid tegelikult on neid meile väga raske lugeda ja kirjutada. Ilukirjale pöörati koolis suurt tähelepanu ja õpilased pidid üsna tihti tegema ilukirjatöid või kirjutama proovikirju, mida õpetaja ilu ja hoolsuse poolest võrdles. Kirjatööd riputati paremusjärjestuses ümber klassi tõmmatud nöörile. Väga tähtis aine oli koolis usuõpetus. Vanasti algas koolipäev suvel kell kuus ja talvel  kell seitse. Koolipäeva alguses lauldi üheskoos vaimulik laul ja loeti palve. Õpilased pidid tollel ajal jälgima palju rohkemaid käske ja keelde kui tänapäeval. Suvel oli näiteks keelatud külm suplus, talvel aga jäätükkide ja lumepallidega loopimine. Juba vanal ajal olid olemas klassikorrapidajad, kelle ülesanne oli muu hulgas ka karistamisvitsakimpude valmistamine.1640. aastal hakati Haapsalu koolmeistrit nimetama rektoriks. See tähendab, et koolis hakati õpetama ka ladina keelt ja teoloogiat.