Nõukogude Eestis keelati sini-must-valge lipu kasutamine. Lipp toodi jälle avalikult välja 1988. aastal ning heisati 24. veebruaril 1989 uuesti Pika Hermanni torni. Riigilipuna (Eesti Vabariigiks ümber nimetatud Eesti NSV lipuna) võeti see ametlikult tarvitusele 7. augustil 1990.