Lähtudes eeltoodud  vajadusest ongi esialgseid Natura 2000 alasid laiendatud ja 2009. a kevadel esitati võrgustikku juurde uusi alasid. 2010. aastal koosneb Eesti Natura 2000 võrgustik 66 linnualast, kogupindalaga 12 590 km2 ja 531 loodusalast, kogupindalaga 11 320 km2. Kuna linnu- ja loodusalad suures osas kattuvad, siis on Eesti Natura 2000 võrgustiku kogupindala 14 590 km2. Pisut alla poole Natura aladest asub meres ja Eesti maismaa  territooriumist on Natura 2000 aladega kaetud 16,5 %. 2010. aasta alguses algatatati täiendavate varinimekirja alade kaitse alla võtmine, et need pärast siseriikliku kaitse tagamist oleks võimalik lisada Natura võrgustiku.