Kalakotkas on Eesti kotkastest väikseim, samas aga eripäraseima väljanägemisega. Hele alapool, tumedad tiivanukid, kirju pea ja mõnevõrra kajakat meenutav lennupilt aitavad teda teistest kotkastest hästi eristada ka ilma optika abita. Siiski tuleb  määramisel olla tähelepanelik - kalakotkas on esmapilgul väga sarnane suurte kajakatega. Tiibade siruulatus on 145-160 cm, kaal emaslinnul kuni 2 kg, isaslinnul u 1,5 kg. Saagi jälgimiseks kasutab kalakotkas sarnaselt hiireviu, madukotka ja tuuletallajaga paigallendu (rappelendu). Häälitsuseks on kõrgetooniline kiuksumine - eriti häälekas on kalakotkas pesaelu häirijate peale pahandades.