Kohturiigi teiseks põhimõtteks on kohtuametkonna autonoomsuse põhimõte. Selle kohaselt kohtuasutuste siseasjade haldamine kuulub ainuüksi kohtutele  enestele. Nime­tatud ülesannet teostavad nad vastavate sisemääruste ja kohtukorralduste varal. Kohtuametkonna autonoomsuse põhimõtte ko­haselt peaks ka kohtunike ametisse määramine toimuma sõltu­matult haldusest ning seaduseandlusest. Ent siin on PS mõne­võrra kaldunud haldusriigi põhimõtte poole, öeldes §-s 114: "kohtunikke… nimetab ametisse eriõigusel Vabariigi Presi­dent Riigikohtu poolt määratud kandidaatide hulgast". Tsiteeri­tud sätet kui erandit tuleb aga tõlgendada kitsendavalt ja lugeda Riigikohut  täiesti vabaks kandidaatide valikus. Seda ei pea aga silmas Kohtute seadustik oma §§-des 184-189.