ELi keskkonnapoliitika tõhusus sõltub suuresti selle rakendamisest riiklikul, piirkondlikul ja kohalikul tasandil. Praegu, vaatamata ühenduse õigusega mittevastavuse juhtumeid käsitlevate kaebuste  veidi vähenevale arvule, jäävad puudulik kohaldamine ja jõustamine oluliseks küsimuseks keskkonnaõiguse valdkonnas. Parema rakendamise vajadust tunnistati kui viienda ja kuuenda keskkonnaalase tegevusprogrammi peamist prioriteeti.