Millal võib Natura ala mõjutada võivat projekti (näiteks Saaremaa silda) lubada? Euroopa Kohus leiab Waddenzee kohtuasjas, et Natura alal mõjutada võivat kava või projekti võib lubada, kui liikmesriigi pädevad asutused on kindlaks teinud, et kava või projekt ei avalda alale negatiivset mõju. Kohtu arvates on see nii, kui teaduslikust seisukohast ei ole mingisugust põhjendatud kahtlust, et negatiivne mõju ala  terviklikkusele on välistatud. Niisiis kui Natura hindamise tulemusel säilib mingigi kahtlus negatiivse mõju võimalikkuse kohta, ei ole liikmesriigi pädevatel asutustel õigus kava või projekti lubada. Kes saab sajaprotsendiliselt väita, et Natura alale või selle vahetusse lähedusse rajataval sadamal või sillal ei ole mingit olulist negatiivset mõju? Mine tea, äkki teatud tingimustel võib mõju siiski ilmneda. Selline on tõenäoline Natura hindamise tulemus ja sellest tulenevalt on selline projekt keelatud.