1917. aastal saabus Põdder tagasi sünnimaale. Siin asus ta tegutsema selle nimel, et Eesti saavutaks riikliku iseseisvuse. Kõigepealt tuli alustada korrakaitse tagamisega. 22. juulil 1917 määrati Ernst Põdder 1. Eesti polgu ülemaks. Tema oli see, kes  lõpetas enamlaste maradööritsemise ning laastamise talude ja mõisate kallal. Tegi lõpu ka bolševike kihutustööle polgus endas. Septembris 1917 oli Ernst Põdder üks neist, kes alustas Eesti Omakaitse moodustamisega, et taltsutada riigis illegaalselt tegutsevaid relvaformeeringuid. Eestist minemakihutatud enamlased jõudsid ta selle tegevuse eest tagaselja surma mõista.  1918. aasta veebruarikuu teisel poolel liikusid sakslased Lääne-Eesti saartelt mandrile. Sama aasta märtsis ülendas Eesti Ajutine Valitsus  Ernst Põdderi kindralmajoriks.  Sakslased Eesti Omakaitset ei tunnistanud ja saatsid selle laiali, moodustades oma Bürgerwehri( Saksa Omakaitse). Sinna õnnestus juhtpositsioonile saada kindral Põdderil, kes selle organisatsiooni katte all moodustas põrandaalust kaitseliitu. Sakslased vangistasid ta rahvusliku tegevuse pärast umbes kuuks ajaks. Esimene maailmasõda lõppes novembris 1918, Saksa väed lahkusid Eestist. Omakaitsest sai Eesti Kaitse Liit 11. novembril 1918. Juhatuse esimeheks valiti admiral  Johan Pitka ja ülemaks kindralmajor Ernst Põdder.