Kariibi mere rannikule jäävad mitmed olulisemad sadamad, nagu näiteks La Ceiba. Kaldast veidi eemal paiknevad aga turistide seas populaarsed Bahía saared. Neil saartel, nagu ka mujal rannikualadel valitseb troopiline kliima ja vihma sajab palju. Enamik elanikkonnast elab parajama kliimaga mägismaal (kõrgus 600 kuni 2000m). Madalikud paiknevad peamiselt rannikualadel ja mägismaadel voolavate suurte jõgede orgudes. Suur osa Hondurasest on mägine. Kõige kõrgemad tipud asuvad riigi lääne- ja keskosas ning nende näol on tegemist vulkaanidega. Tähtsaimad jõed on Ulúa, Patuca ja Coco (piiriks Nicaraguaga), kõik suubuvad Kariibi merre. Kõrgeimad mäed on Paulayalas de Agalta (2590m) nign Pico Benito (2451m).