Kui tegevust lõpetav FIE on käibemaksukohustuslane, tuleb tal esitada Maksu- ja Tolliametile avaldus käibemaksukohustuslaste registrist kustutamiseks.  Juhul kui tegevuse lõpetamise ajaks on jäänud võõrandamata kaupu, mille soetamisel on sisendkäibemaks maha arvatud, tuleb viimasel Maksu- ja  Tolliametile esitataval käibedeklaratsioonil deklareerida võõrandamata kaupade maksustatav väärtus ning tasuda käibemaks.