Saare-Lääne piiskopkond Gottfriedi. Segadus ei olnud aga lõppenud. Ordu ja läänimaid saanud vasallid üritasid oma positsioone vastloodud riigis tugevdada. Segane olukord lahenes 1234. a. lõpul kui teistkordselt paavsti legaadina Liivimaal viibiv Modena Wilhelm määras lõplikult kindlaks piiskopkonna piirid ja nimetas ametisse uue piiskopi dominiiklase Heinrichi. (Gottfried oli juba ametissenimetamise aastal Läänemaalt lahkunud.)    Sõjaks läks aastal aastani Jüriöö ülestõusuga aastal põletanud ja laastanud läänlased maal asuvad sakslaste elamud ja mõisad, tapnud seal 1800 inimest (see arv on ilmselt küll liialdatud) ja asunud siis piirama Haapsalut, kus olnud varjul piiskop Hermann II ja teised vaimulikud. Haapsalu vallutamine siiski ei õnnestunud, sest piiratuile tulid appi orduväed. Nii lõppes eestlaste vabadusvõitluse üks etapp. Üsna varsti vallandus uus suur jama. Nüüd küll võimukandjate endi vahel, mis arenes veriseks võitluseks 1381. a. metsikult kägistati. Nüüd aga vallandus 1423-1462, mil korduvalt seisis piiskopkonna eesotsas kaks piiskoppi: üks tavaliselt toomkapiitli poolt valitud ja teine paavsti poolt määratud. Samal ajal kasvas jätkuvate läänistuste tõttu vasallide majanduslik tugevus, mille tagajärjel nende poliitilised nõuded üha paisusid. 15./16. sajandi vahetusel püüdis piiskop Johannes Orgas (1492-1515) parandada allakäinud kiriku- ja usuelu. Tema üritust jätkas ta järglane Johannes Kyvel (1515-27), kes ühtlasi püüdis pidurdada vasallide võimupüüdeid. Tema kiriklikeil võimupüüdeil oli edu, kuid pealetuleva 1524. a. oli piiskop sunnitud vastu tulema vasallide nõudmistele ja andma vasallidele erilise eesõigustekirja. Selle alusel sai aadelkond võimaluse osa võtta piiskopkonna valitsemisest. Edaspidi võis toomhärrasid valida ainult kohaliku aadelkona seast. Sama kirjaga andis piiskop 1530. valiti piiskopiks Reinhold von Buxhoevden, kellel oli aga toomkapiitlis ja vasallkonnas palju vastaseid, kelledest vägevaim oli Georg von Ungern. Ettekäändel, et Reinhold pole hankinud oma valimisele paavstilt õigel ajal kinnitust, loobus markkrahv Wilhelm 30. septembril 1534 Haapsalu ja Koluvere linnustest, vabastas toomkapiitli ja rüütelkonna talle antud vandest ning lahkus Läänemaalt. 24. oktoobril tühistas kapiitel Wilhelmi piiskopiks valimise otsuse. Alistunud vasallid pidid Reinholdile maksma 5000 marka. Piiskop lubas neil peale raha tasumist vabalt lahkuda, kuid kokkuleppe tingimusi rikkudes nad siiski vahistati ja peeti aastaid Haapsalus vangis. hertsog Magnusele. Põhjus oli selles, et eelmine kuningas Christian III, kes suri 1. jaanuaril 1559 oli oma testamendis määranud Schleswig-Holsteini oma pojale Magnusele, aga Frederik tahtis neid maid enda kätte ja otsis Magnusele kompensatsiooniks muid valdusi. Olgu öeldud, et Piiskopkond sattus nagu kogu Liivimaagi mitmeks aastakümneks sõjakeerisesse. Siinsete maade pärast võitlesid venelased, rootslased, taanlased, poolakad ja kohalikud sissisalgad. Alles 1581. aastal sai Rootsi riik siinse territooriumi peaaegu poolteiseks sajandiks oma võimu alla.