Eestis sai Andres Larka ülesande asuda moodustama suurtükiväebrigaadi. 3. jaanuaril 1918 alustas ta sellega Haapsalus, kus kuu aja jooksul õnnestus moodustada 5 suurtükipatareid. 16. veebruaril kutsuti ta Tallinnasse, kus pidi üle võtma 1. Eesti diviisi staabiülema koha. Tallinnasse jõudes olid seal juba võimu haaranud bolševikud ja Larkal tuli diviisi juhtimise asemel ennast hoopis uute võimude eest varjata.    Kui 24. veebruaril 1918 kuulutati välja Eesti  Vabariik, siis nimetati Andres Larka Eesti Ajutise Valitsuse esimeseks sõjaministriks. Kui 25. veebruaril vallutasid Tallinna Saksa väed, lubasid nad Eesti rahvusväeosadel tegevust jätkata ja tema ülesandeks jäi nende koordineerimine. 20. märtsil 1918 saatsid aga sakslased pärast rahu sõlmimist Venemaaga Eesti rahvusdiviisi laiali. Seda otsust ei õnnestunud Larkal muuta, kuigi ta pidas läbirääkimisi nii Saksa väejuhatuse kui ka Eestimaa rüütelkonnaga.    Eesti sõjaväes nimetas Andres Larka end  algul kindralstaabi ooberstiks. Siin oli tegu väikese eneseülendusega, sest tema ametlik auaste Vene sõjaväes oli olnud alampolkovnik. 8. märtsil 1918 ülendati ta kindralmajoriks.    Edaspidi osales Andres Larka koos kindral Ernst Põdderiga Kaitseliidu loomisel, mis viis augustis 1918 kindral Põdderi arreteerimiseni Saksa okupatsioonivõimude poolt. Kindralmajor Larkal õnnestus koos kindral Aleksander Tõnissoniga septembris 1918 Soome põgeneda. Oktoobris külastas ta Stockholmi ja Kopenhaagenit, kus  kohtus Eesti välisesindusega. 13. novembril 1918 õnnestus tal Tallinnasse tagasi pöörduda. Sõjaministrina langes tema õlule kohustus Eesti rahvusüksused taastada.    26. novembril 1918 kujundati Ajutise Valitsuse koosseis ümber ja Konstantin Päts asus ise sõjaministri ametikohale. Samast päevast nimetati kindralmajor Larka Eesti armee peastaabi ülemaks. 28. novembril alanud Punaarmee pealetungi ajal koordineeris ta sõjategevust Narva rindel.    1. veebruarist 1919 kuni 1. jaanuarini 1925  oli ta Eesti Vabariigi sõjaministri abi. Sellel ametikohal vastutas ta kuni Vabadussõja lõpuni ühtlasi mobilisatsiooni ja reservvägede tegevuse eest. Vabadussõja järel oli tema ülesandeks väosade demobilisatsiooni korraldamine. Paraku haigestus Larka kurgutuberkuloosi, tunnistati 12. septembril 1924 töövõimetuks ja oli sunnitud 1. jaanuaril 1925 erru minema. Teenete eest sõjaväe juhtimisel autasustati teda I klassi Vabadusristi 1. järguga ja I klassi Kotkaristi 1. järguga.    Poliitiline tegevus