Teise maailmasõja ajal oli 1939-1944 Saksa vägede poolt okupeeritud. See aeg oli linlastele eriti raske, sest umbes 40% linnaelanikest moodustasid juudid ja Lublinisse toodi juutide hävitamise programmi operatsioon Reinhardt keskus. Pärast hõivamist Punaarmee poolt kuulutati Lublinis välja Poola Rahvavabariik ja Lublin oli riigi pealinn, kuni jaanuaris 1945 vabastati sakslastest ka Varssavi.