Ka Preisimaal pani Scharnhorst ette armee reformida, korraldades struktuurid, varustuse, operatiiv- ja taktikalised doktriinid ümber Prantsuse armee vaimus. Ent ettepanekud lükati tagasi. Ta ei kaotanud siiski kuninga soosingut, sest oli jätnud valitsejale kustumatu mulje, teades üksikasjaliselt üksuste struktuuri ja nende relvastust. Friedrich Wilhelm III pakkus Scharnhorstile tööd hooletusse jäetud kõrgema sõjalise hariduse vallas.