Amudarja suurimad lisajõed on Bartang, Jazgulem ja Vahš. Ta toitub liustiku- ja lumesulaveest. Suurvesi on kevadel ja suvel. Jääkate on ainult deltas 2-2,5 kuud aastas. Laevaühendus on suudmest Türkmenabatini, korrapäratult Termezini.