Islamimaailmas harva ettetuleva nähtusena tegutsevad ühes koguduses koos nii sunniidid kui šiiidid. 1995. aaastal eraldus kogudusest kolmeteistkümne inimese suurune grupeering ning registreerus iseseisva juriidilise isikuna ühenduseks Eesti Muhameedlaste Sunniitide Kogudus. Selle rühma lahkumine ei pingestanud Eesti Islami Koguduse siseseid suhteid sunniitide ja siitide vahel. l. jaanuari 2000. a. seisuga kuulub Eesti Islami Kogudusse veidi üle 1400 inimese. Koguduse juhatuse esimees on alates 1994. aastast Timur Seifullen. Juhtiva vaimulikuna viis koguduses 18 aastat religioosseid protsessioone läbi mulla Hasjan Murtazin, pärast tema surma aga on Koguduse peaimaam/Eesti ülemmufti on Ildar Muhamedšin.