Ajutisel Valitsusel oli riigiaparaadi  kujundamisel suuri raskusi, sest puudus ettekujutus, millised peaksid olema riiklikud valitsusasutused ning kust leida riigivalitsemise kogemustega inimesi neid juhtima. Korralikult ministeeriumid tööle hakata ei saanudki, sest Eesti oli veel okupeeritud. Alles pärast Saksa sõjaväe lahkumist Eesti territooriumilt 1918. aasta novembris, said loodud ministeeriumid iseseisvalt tööle hakata.