1. juulil 1962 lõhenes valitsuspartei rivaalitsevateks rühmitusteks. Monrovia rühm koosnes mõõdukatest läänemeelsetest  tutsidest ja hutudest hutu Paul Mirerekano juhtimisel, Casablanca rühm radikaalsetest tutsidest. Esialgu pääses mõjule Monrovia rühm, kust tulid peaministrid André Muhirwa ning 18. juunist 1963 Pierre Ngendandumwe. Kui kuningas Mwambutsa IV viis läbi nelja hutust ministri vabastamise, astus Ngendandumwe peaministri ametist tagasi. Ta asendati radikaalse tutsi Albin Nyamoyaga, kes moodustas 6. aprillil 1964 uue valitsuse. Nyamoya loobus oma eelkäijate läänemeelsest poliitikast ning toetus Hiina Rahvavabariigile. Tekkisid piiritülid Kongo DV-ga. Kui detsembris leiti suuremal hulgal Hiina päritolu relvi, kaotas Nyamoya kuninga usalduse. 8. jaanuaril 1965 vabastati ta ametist. Tema asemele nimetati tema eelkäija Ngendandumwe, kelle aga 15. jaanuaril mõrvas rühm radikaalseid tutsisid. Kuningas nimetas uueks peaministriks UPRONA esimehe Joseph Bamina. 10. mail 1965 toimusid esimesed parlamendivalimised pärast iseseisvuse väljakuulutamist. UPRONA saavutas 64% häältega veenva võidu. Radikaalne tutside Rahvapartei sai 30% häältest ning läks UPRONA-ga konfrontatsioonile. Hoolimata valmisvõidust sundis kuningas hutust peaministri Bamina tagasi astuma. 24. juulil kuulutas kuningas välja erakorralise seisukorra. Uueks valitsusjuhiks sai 13. oktoobril 1965 kuninga erasekretär, Bezi sugukonda kuulunud tutsi Léopold Biha. Nii radikaalsed tutsid kui ka võimust ilma jäetud hutud üritasid oktoobris 1965 riigipööret. Tutsidest koosnev armee tappis seoses sellega üle 5000 hutu, sealhulgas endise valitsusjuhi Bamina ja UPRONA endise esimehe Mirerekano. Diskrediteeritud kuningas suundus Euroopasse. Riik oli kodusõja äärel. 24. märtsil 1966 määras kuningas regendiks prints Charles Ndizeye. Tegeliku võimu pärast riigis võitlesid armee ülemjuhataja Michel Micombero ja prints Charles Ndizeye.