Berisha sai 1992. aastal Albaania esimeste demokraatlike valimiste tulemusena riigi presidendiks. Tema ametiajal viidi ellu mitmeid olulisi vabaturumajanduslikke reforme, kuid samuti lasti tegutseda spekulantidel. 1995 sai Albaania Euroopa Nõukogu liikmeks. Berisha ise sai tuntuks karmi käega valitsejana, kes nõudis opositsiooniliidri Fatos Nano vangistamist.