161 aastat pärast Tartu Maarja kiriku pühitsemist pandi alus sihtasutusele, mis on seadnud oma eesmärgiks praegu Eesti Põllumajandusülikooli võimlana kasutuses oleva hoone taastamise kirikuna.  Tartu vanim tegutsev Maarja kogudus, millest on välja kasvanud Peetri ja Pauluse kogudus, on enam kui pool sajandit pidanud jumalateenistusi väljaspool oma kodukirikut. Teise maailmasõja ajal 12. juulil 1941 Tartu põlengus Maarja kirik hävis, sealhulgas kiriku  sisustus, muuseum ja arhiiv. Okupatsioonivõimud ei lasknud kirikut taastada ja 1961. aastal ehitati Maarja kiriku müüride vahele Eesti Põllumajandusakadeemia võimla. Hoone on seni kogudusele tagastamata.