USA kodusõjas oli Jacksonville algul tähtis keskus, mille kaudu Floridast kariloomi välja veeti Konföderatsiooni vägede toetuseks. Sellepärast alustasid põhjaosariigid sadama blokaadi, kasutades selleks lähedal asuvat Fort Clinchi, mis nende käes oli. Jacksonville'i pärast ei peetud kodusõjas küll ühtki lahingut, kuid omati käis linn sõjas mitu korda käest kätte ja see põhjustas pärast sõda linnas märkimisväärse korratuse.