Y-kromosoomi dekodeerimine oli eriti raske, kuna see kromosoom on täis palindroome - DNA lõike, mille järjestus on nii ettepoole kui tahapoole lugedes sama - ja korduvaid järjestusi, mis ajavad dekodeerivad seadmed segadusse. Tulemuse saamiseks läks inimese Y-kromosoomi puhul 13 aastat, šimpansi puhul kaheksa aastat.