Järgnevatesse aastatesse kuuluvad Püha Franciscuse kuulsamad imeteod. Franciscus olevat armastanud loomi, mõistnud lindude keelt ja pidanud neile jutlusi.  Aastal 1224, kui Püha Franciscus oli eraldunud mägede üksildusse, et seal 40 päeva paastuda ja palvetada, ilmutas Franciscusele kuue tiivaga  seerav (mõne versiooni kohaselt Jeesus ise). Pärast seda tekkisid Franciscuse kehale stigmad ehk viis Kristuse haava. Jeesuse kätel, jalgadel, kehal olnud armid püsisid Franciscuse kehal kaks aastat - kuni tema surmani. 1228. aastal kuulutas paavst Gregorius IX (1227-1241) Franciscuse pühakuks. Tema säilmed asuvad Assisi Püha Franciscuse basiilikas, mida kaunistavad Giotto freskod.