1220 krooniti ta keisriks, lubas paavstile, et läheb ristisõtta, kuid lükkas seda edasi. 1227 pani paavst ta kirikuvande alla, seetõttu korraldas ta VI ristisõja (1228-9) ja krooniti aasta hiljem Jeruusalemma kuningaks. 1226-1237 sõda Lombardia Liigaga (Itaalia linnriigid), Friedrich  allutas linnad riigile. 1230 leppis paavstiga ära ning vabastati kirikuvande alt - paavst sai Sitsiilias eriõigused. 1239 pani paavst ta kirikuvande alla,1245 kuulutas paavst ta ketseriks ja tagandatuks. Loomulikult säilitas ta oma võimu siiski edasi. 1221-1231 Sitsiilia ümberkorraldamine modernseks ametkondade, seadusandluse, riigi monopolide ja rahandusega riigiks. 1231 Melfi konstitustioon - Sitsiiilia seadused. 1254-1278 interreegnum - Saksamaal puudus nii kuningas kui ka keiser.