Niilus algab Ida-Aafrikast Virunga mägedest Kagera jõena, mis suubub Victoria järve, sealt väljub Victoria Niilusena, läbib Kyoga järve ja suubub Alberti järve (endine nimi Mobutu Sese Seko järv). Viimasest allavoolu kuni parempoolse lisajõe Aswa suudmeni nimetatakse teda Alberti Niiluseks, edasi vasakpoolse lisajõe Baḩr al-Ghazāli suudmeni Baḩr al-Jabaliks, sellest allavoolu Valge Niiluseks ehk Al-Baḩr al-Abyaḑiks ja pärast parempoolse lisajõe Sinine Niiluse suuet Hartumis Niiluseks. Suured lisajõed on ka 'Aţbarah' jõgi Põhja-Sudaanis ja Sobat Lõuna-Sudaanis. 'Aţbarah'st suudmeni voolab Niilus 2700 km ühegi lisajõeta läbi kõrbe, tema org (laius kuni 20 km) moodustab maailma suurima oaasi. Üldiselt voolab ta põhja poole ja moodustab Põhja-Egiptuses lõpuks laia delta. Niilus läbib Burundit, Tansaaniat, Ugandat, Sudaani ja Egiptust, lisaks Rwandat piirijõena.