Objektiivseks raskuseks on ka, et väite efektiivsuse hindamisel tuleb funktsionaalse toidu kõrval kasutada platseebot e. kontrolltoitu, milles suure tõenäosusega on mitmeid samu komponente, aga mille kontsentratsiooni on funktsionaalses toidus märkimisväärselt suurendatud suunatud toime saavutamiseks. Ravimitööstuses võrreldakse uut preparaati mingi üheainsa indifferentse aine (tärklis, agar, zelatiin) manustamisel saadud  efektiga, mis ei sobi aga funktsionaalse toidu puhul. EFSA püüab toidutooteid eristada ravimitest, kuid kasutab samas meelevaldselt kliiniliste katsete hindamiseks samu printsiipe, mis ravimuuringute puhul. EFSA NDA paneel pole suutnud toidu jaoks uusi kriteeriume luua ja seetõttu on hindamisprotsess kas takerdunud või väljastatakse praktiliselt ühesuguse tekstiga negatiivseid arvamusi.