Kõik ühinemisega kaasnev ei pruugi olla ainult positiivse alatooniga. Sisuliselt luuakse täiesti uus organisatsioon, millel on loomise hetkel välja kujunemata väärtused, organisatsiooni-kultuur ning maine. Sellest tingituna võib üleminekuperioodil omavalitsuse juhtimises tekkida teatud seisak, mille jooksul elanikele  võib tunduda, et võim on neist kaugenenud ja teenuste kvaliteet lubatu asemel hoopis langenud. Seisaku pikkust on raske prognoosida, see sõltub peamiselt juhtimise kvaliteedist ja poliitikute tahtest luua tugev, konkurentsivõimeline omavalitsus. Samuti võivad teatud piirkonnad tunda, et nende ajalooline identiteet on kadunud ning uus süsteem ei arvesta ajalooliste halduspiiridega.