Shoguni ja keisri väed kohtusid Kyoto lähedal Toba Fushimi all ning vaatamata 3:1 ülekaalule said Tokugawa väed hävitavalt lüüa. Saigo väed liikusid taganeva shoguni armee järel põhja suunas ning mais 1868 alistus Edo tingimusteta keisrile ning sama aasta novembris nimetati pealinn ümber Tokyoks. Peale Tokugawa Yoshinobu alistumist tunnistas enamus Jaapanit keisri võimu kuid  mõnede shogunaadile ustavate klannide vastupanu kestis veel 1869. aasta keskpaigani.