Kilpkonnad erinevad teistest roomajatest tunduvalt. Seetõttu paigutab suur osa evolutsiooniuurijad kilpkonnad omaette  rühmana kahepaiksete ja ülejäänud roomajate vahele. Fossiiliandmete põhjal ilmusid esimesed kilpkonnad Maale 230 miljonit aastat tagasi triiase ajastul. Aegade jooksul on see loomarühm väga vähe muutunud, iidse kilbikandja võiks kergesti tänapäevasega segi ajada.