Filosoofilises plaanis on üks põhilisi opositsioone filmis ratsionalistliku ja religioosse maailmapildi vastuolu, õigemini viimase puudumine. Descartes'i alustatud projekt, mida jätkasid Voltaire ja teised valgustajad, tõi kaasa küll inimkonna vabanemise mõningatest  rigiidsetest kammitsatest, kuid seal, kus on valgus, on alati ka vari. "Märtreid" võikski näha kui selle valgustusaja projekti lõppfaasi ehk mandumist - ühiskonda, mis on religioosse maailmapildi asendanud teaduslikuga, spontaansuse ja empaatia naeruvääristanud ning hinge asendanud psüühikaga. See ei ole lihtsalt ühe inimese piinamine teise poolt, mida "Märtrid" kujutab, vaid kogu mõtlemise kriis ja mentaliteedi mädanemine. Ja veel olulisem on see, et "Märtrid" ei paku midagi selle maailmapildi asemele - lõpus  näeme vaid, et Mademoiselle, see ratsionalismi deemon, laseb endale kuuli pähe, mida võiks tõlgendada ka tema poolt esindatud maailmavaate läbikukkumisena. Ometi püüab ta ka lahkudes ratsionalismi lippu lehvimas hoida, küsides oma abiliselt: "Etienne, kas te suudate ette kujutada, mis tuleb pärast surma?" Ja kui abiline sellele eitavalt vastab, on Mademoiselle'i viimaseks sõnumiks: "Kahelge!" ehk siis: "Ärge lakage mõistusesse (ja sellel põhinevatesse meetoditesse) uskumast!"