Atentaadi uurimise muutsid raskeks Ağca pakutud erinevad vastuolulised versioonid. Esmalt  kinnitas ta, et on PVO liige, seejärel seostas oma tegevust Bulgaaria eriteenistusega, Itaalia salateenistusega ja CIAga. Tema tegevust on seostatud ka Nõukogude Liidu poliitikaga ja Vatikani panga reformimispüüetega.