Riigimetsast koristati 2002. aastal 1128 tonni prügi, kõige reostatumad piirkonnad Eesti metsadest asuvad Harju-, Lääne- ja Raplamaal. Suureks probleemiks on väiksemate kohalike prügilate sulgemisega tekkinud omavolilised prügimäed  riigimetsas. Probleemsed on ka metsa viidud ohtlikud jäätmed (autokummid, akud, õlitünnid, külmkapid jne), mille käitlemine on tavajäätmetest kulukam ja mis kujutavad endast suurt reostusohtu keskkonnale.