Jaapani saarestikku kuulub neli suuremat saart, ning arvukalt väiksemaid saari. Jaapani saarestiku peasaared põhjast lõunasse on Hokkaidō (77 982 km²), Honshū (227 963 km²), Shikoku (18 800 km²) ja Kyūshū (35 640 km²). Kokku moodustavad need neli saart 97% kogu Jaapani maismaa pindalast. Jaapanile kuuluvad ka Ryūkyū saared (tuntud ka Nansei saartena), nende seas Okinawa saar, mis paiknevad Kyūshū saarest lõuna pool, ulatudes Taiwani saareni. Kokku arvatakse Jaapani saarestiku suuruseks 6852 saart (lugedes saareks maismaad, mille läbimõõt on rohkem kui 100 m). Vaidluse all on nelja lõunapoolsema Kuriili saare staatus (Venemaal tuntud kui Lõuna-Kuriilid, Jaapanis kui Põhjaterritoorium): pärast Teist maailmasõda läksid Kuriili saared NSV Liidule, kuid tänase päevani pole Venemaa ja Jaapan jõudnud üksmeelele, millised saared täpsemalt Kuriilide alla kuuluvad [5].