Nii suurejoonelised kui kavatsused ka olid, läks nende täitmine ometigi raskeks. Sõjaväekolooniad kavatsetud kujul osutusid võrdlemisi vähepüsivaks. Et mitte ainult  kolooniate asutamine, vaid ka nende edasikestmine küsitavaks muutus, selle peamiseks põhjuseks oli kahtlemata lahkekäeline riigimõisate doneerimine eraisikuile, mis lõppes sellega, et 1630. a. oli terve Liivimaa haritud pindala väheste erandi­tega kroonult võõrandatud. Neil Rootsi kohapealsetel või­mumeestel, kes pidid korraldama Tartu koloonia asutamist, oli juba algusest peale raskusi, sest nende teadmata mitmel korral koloonia jaoks reserveeritud maade kohta tehti kuninga ja keskvalitsuse poolt  kinkeakte. Siiski läks alul kuidagiviisi korda vähemalt osaliselt asunduse maa-ala alal hoida. Nüüd tekkisid aga teised raskused.