Kuna Ava-Läänemere ja Botnia lahe vahel on Salpausselkä jätkuna moodustunud künnis, pääseb Botnia lahte peamiselt vaid Ava-Läänemere vähesoolast pinnakihi vett. Botnia lahe lõunaosa e. Selkämere vee soolsus on seetõttu väiksem kui Ava-Läänemeres ning ka kihilisus on nõrgem. Hapnik pääseb  põhjakihtidesse tänu enam-vähem korrapärasele sügis- ja kevadringlusele ja hapnikukadu ei toimu. Hapnikusisaldus Selkämere süvavees on sellegipoolest alanemas. Merekurgu (soome k. Merenkurkku, ingl.k. Quark) madalus omakorda takistab soolasema vee voolu Botnia lahe põhjaossa e. Perämerre, mistõttu Perämere hapnikutase püsib heana.