Mahajaana Instituuti kureerib kümneliikmeline nõukogu koosseisus Linnart Mäll (esimees), Peeter Vähi (aseesimees), Sven Grünberg, Andres Herkel,Tiina Jokinen, Märt Läänemets, Andres Zelmin, Teet Toome, Yoko Alender-Leht ja Taivo Org; selle tööd korraldab viieliikmeline juhatus, mille esimeheks on Sven Grünberg.