Ülejäänud alad hakkasid kuuluma Liivi ordule (alates 1237. aastast). Kõige olulisemaks ordulinnuseks Eesti alal oli Viljandi. Ametlikult kuulusid Eesti alad, välja arvatud Taanile kuulunud Põhja-Eesti, ka Püha Rooma keisririigi (Saksa-Rooma riigi) koosseisu. See side oli siiski väga nõrk ja ei mänginud tavaelus peaaegu mingit rolli.