Põllumajanduslikul nõuandesüsteemil seisavad ees mitmed väljakutsed: järelkasvu toomine nõuandesüsteemi ja nõustajate motivatsiooni hoidmine, kahesuunalise info liikumise vahendamise tulemuslik korraldamine, nõuande kvaliteedi kindlustamine, teadusuuringute operatiivne viimine klientideni, klientide vajaduste väljaselgitamine, nõustamisvaldkondade laiendamine (maamajanduse  mitmekesistamine, metsandus, maaehitus, töötervishoid, külaelu ja kogukond …)