1903. a. jaanuaris ilmus "Teataja" esiküljel kuulutus, et küllaldase hulga soovijate korral tahab kunstnik Tallinnas "figura-maalimise,  joonistuse- ja maalimisekursust " anda. Esialgu oli kursus kavandatud kaheksanädalasena, kuid ühtlasi märgitud, et seda soovi korral pikendatakse. Juhendamist lubati iga päev, "nii kaua kui valge on, misläbi igaühel võimalik on oma töötundisid ja nende kestvust enda tahtmise järgi valida". Kirjad osavõtu sooviavaldustega ei jäänud tulemata ja ümberasumine Tallinnasse oli seega otsustatud. Märtsikuu lõpus koliski Laikmaa Tallinnasse ning üüris endale Pikal tänaval von Nottbecki majas kohased töö- ja  eluruumid. Tema kasutuses olid teisel korrusel asuvad nelja suure aknaga avar võlvlaega saal, mis sobis hästi ateljeeks, ja samas kõrval asuvad söögi- ja magamistuba. Esimeseks asjaks Tallinnas oli korraldada Steinfelsi kunstikaupluses oma töödest väljapanek, millest informeeriti ka "Teataja" lugejaid. See väljapanek sai suurem kui tavaliselt: tervenisti kolmteist portreed, millest osa küll visandid ja stuudiotööd. Nii tahtis Laikmaa tähistada oma Tallinnasse asumist ja kunstikursuste algust. Üldmulje pidi olema  küllaltki imponeeriv - väljapandud tööde hulgas olid ka autoportree, "Lääne neiu" ja Edith Schlaffi portree. Kohe järgmisel nädalal alustati Pikal tänaval ka joonistus- ja maalimiskursustega. Õpilasi oli kogunenud kakskümmend: oli seitse sakslast, nende seas paar-kolm aadlikku, üks venelane, kaheteistkümne eestlase hulgas leidus ametnike, õpetajate ja kodanlikest perekondadest preilide kõrval ka linnakehvistust pärit noor inimesi. Et selles äärmiselt kirevas õpilaskogus saavutada vastastikkust arusaamist,  koostöövaimu või teatavat kokkukuuluvustunnet, oli tarvis Laikmaa-taolist tugevat isiksust ja tõelist entusiasti. Ta suutis end nende nii erinevate inimeste seas maksma panna mitte üksnes oma vaieldamatu erialase autoriteediga, vaid samavõrra ja vahest enamgi oma innustuse, esinemislusti, suhtlemise sundimatuse ning nakatava huumoriga - inimliku kütkestavusega.Elav osavõtt kursusest julgustas Laikmaa muutma selle 1903. a. sügisest ateljeekooliks. Võrreldes varasemate saksa kunstiõpetajate joonistustundidega  oli Tallinnasse nüüd tekkinud midagi sootuks uut: sisuliselt oli tegu eesti esimese kunstiõppeasutusega. Muidugi mõista võis Laikmaa anda oma kasvandikele üksnes kunstilist algharidust, avada neile ukse edasisteks õpinguteks, aga eelkõige seda oligi tarvis.     Tööd alustati sügisel seitsmeteistkümne õpilasega, pärast aastavahetusel toimunud edukat õpilastööde näitust lisandus veel viis uut. 1904. a. sügisel üüriti suurem korter Niine tänava alguses Kotke majas, kus oli õppetöö jaoks  kolm ruumi, sellele lisaks oma toad. Maja asus vastu Rannavärava mäge, akendest avanesid ilusad vaated lahele, vanalinnale ja Toompeale. Need olid Laikmaale väga hoogsad, sisukad ja tegevusrikkad ajad nii kunstipedagoogina kui ka loova kunstnikuna. Ateljeekoolis õppimine oli tasuline, kuid et tõsiste eeldustega noored rahapuuduse tõttu kõrvale ei peaks jääma, kehtis viimastele nn. priikool. 1904. a. sügisest tõusiski eestlastest õpilaste osatähtsus ja nad said ateljeekoolis valdava koha, vastavalt sellele  pääses ikka selgemini maksvusele ka rahvuslik meelsus. Sellest aga ei sugenenud mingit sallimatust: sakslastest õpilasi ei peletatud eemale, vaid koheldi samavõrdselt eestlastega. Laikmaa regulaarsed kunstikursused ei sarnanenud mõistagi kooliga selle tavalises mõistes - polnud fikseeritud õppeplaani, ei õpetatud üldhariduslikke aineid, ei peetud kunstiajaloo loenguid. Ainsaks õpetajaks oli kunstnik ise ja kogu õppetegevus seisnes praktilises töös, harjutamise ja juhendamise, tulemuste ühise arutlemise ning  vestluse vormis. Toda kooli võiks võrrelda vanade renessansimeistrite ateljeedega. Iga õpilast püüdis kunstnik juhendada vastavalt selle võimetele ja arengutasemele, ergutada temas iseseisvat loomingulist alget ja kõigepealt kasvatada kunstientusiasmi. Mingit diplomit polnud ateljeekooli lõpetamisel ette nähtud: ainult omandatud võimed ja saavutatud tulemused said olla hindamise mõõdupuuks. Kunsti õppimise tuum Laikmaa käsitluses seisnes eeskätt vaimsete jõudude treeningus - eesmärgiks omandada võime  kujutatavat süvendatud tajumisega, kogu nägemis- ja ruumimeelega haarata. Tuli lahti saada harjumusest näha kujutatavat esijoones kontuuri kaudu ja õppida nägema vormi. Laikmaa õpetas oma kasvandikke töötama pilguga ja mitte niivõrd paberil. Alles siis, kui vorm on läbi uuritud, tema struktuur ja olemus tabatud, tuleb see julge ning kindla käega paberile panna. Töötati ateljeekoolis peamiselt söega, ent kuna õppemeetod pidas silmas eeskätt maalilisust, siis polnud üleminek pastelli või pintsli kasutamisele enam  niivõrd sisuliseks probleemiks, kuivõrd puhttehnilise vilumuse saavutamise küsimus. Laikmaa pidas väga oluliseks, et tehtav töö ei jääks üksnes väikese grupi omaette harrastuseks, vaid et selle tulemused jõuaksid ka laiema avalikkuse ette. Nii korraldaski ta juba 1903.-1904. a. vahetusel Provintsiaalmuuseumi ruumides oma ateljeekooli esimese näituse, kus välja pandud rohkem kui kahesaja töö hulgas olid esitatud ka tema enese uuemad teosed. Näitus äratas tähelepanu ja leidis täit tunnustust ajakirjanduses.  Mõlemal järgneval aastal korraldas kunstnik õpilastööde näituse oma ateljees ja korteris, mis leidsid elavat külastamist ning pälvisid taas esiletõstvaid kirjutisi ajalehtedes. Laikmaa ateljeekooliga oli eesti kultuuriellu tulnud tõsiselt arvestatav tegur, mis äratas lootusi rahvusliku kunsti tuleviku suhtes ja pani mõtteid uues suunas liikuma. Seda oligi kunstnik oma üritusega eelkõige silmas pidanud. Varasemate õpilaste hulgast oli üks andekamaid neiu V. Grüner, kelle suhtes kunstnikul tekkinud sügavamaid  tundmusi ja kaugemaleulatuvaid lootusi. Tema tunded ei jäänud ilmselt ühepoolseks, kuid oma seisuslikus kõrkuses äärmuseni šokeeritud perekond tunnistas neiu nõdrameelseks ja ta saadeti viivitamata Saksamaale "ravile". See seik heitis oma varje Laikmaa kogu edasisele isiklikule elule: tuli ridamisi varieeruvaid vahekordi, kiindumusi või ka pealiskaudsemaid seltskonnaseiklusi. Kindlamat ja püsivamat pidepunkti ei suutnud mees oma tundeelule enam leida. Väga andekas ja loomupäraselt sarmikas oli kursusi  neljateistkümneaastaselt alustanud "gorodskoi" koolipoiss Aleksander Uurits, voorimehe poeg kaugest agulist. Temast sai peagi nii maestro enda kui ka õpingukaaslaste lemmik ja teda hakati kutsuma Printsiks. Kuigi ta hiljem oma kunstiõpinguid Peterburis jätkas ja loomingus väljapaistvat võimekust ilmutas, ei piisanud paraku tema seesmistest jõuvarudest kõigi raskuste ületamiseks, tõeliseks eneseteostuseks kunstnikuna.Teistest Laikmaa varasematest õpilastest, kellele sai osaks pärastpoole eesti kunstis koht leida,  tuleb nimetada J. Greenbergi ja L. Oskarit, nendele lisandusid peagi P. Burman, O. Krusten ja O. Kallis. Ka N. Triik ja A. Tassa võtsid lühemat aega osa ateljeekooli tööst.