EMSA loodi 2002. aastal pärast tankeriga "Erika" juhtunud õnnetust. Ametis töötab 230 inimest ning selle aastaeelarve on ligikaudu 50 miljonit eurot. 2006. aastast saadik asub EMSA Lissabonis ning on  üks ELi reguleerivaid asutusi. Ta abistab komisjoni ja liikmesriike meresõiduohutuse, meresõidu turvalisuse, laevade põhjustatud reostuse vältimise ja tõkestamise valdkonnas. EMSA peamine tegevus on: 1) jälgida ELi õigusaktide rakendamist liikmesriikides ja kolmandates riikides; 2) anda erialaseid tehnilisi teadmisi uute eeskirjade väljatöötamiseks ja nende rakendamiseks ning 3) pakkuda toimivaid teenuseid laevaseire ning reostuse vältimise ja tõkestamise valdkonnas. Komisjon on võtnud arvesse selliseid  hiljutisi arengusuundi poliitikavallas, nagu kolmanda meresõiduohutust käsitlevate meetmete paketi vastuvõtmine, ning võtnud oma ettepaneku aluseks 1) Meresõiduohutuse Ameti esimese välishinnangu, 2) EMSA haldusnõukogu soovitused ja 3) EMSA mitmeaastase strateegia, mis võeti vastu 2010. aasta märtsis.