1991. aastal sai Zagrebist Jugoslaaviast eraldunud Horvaatia pealinn. Aastatel 1991-1995 peetud Horvaatia iseseisvussõja ajal esines ajuti Jugoslaavia rahvaarmee barakkide ümbruses lahinguid, kuid linna oluliselt kannatada ei saanud. 1995. aasta mais korraldasid serblased Zagrebile kaks raketirünnakut, milles sai surma seitse tsiviilisikut.