Järgnes Eesti riikluse kavakindel hävitamine. Toimusid massilised arreteerimised, eraettevõtted riigistati, enamik kodanikuühendusi ja seltse suleti, väljapaistvaid kultuuri- ja riigitegelasi hakati taga kiusama. 14. juunil 1941 viidi läbi esimene massküüditamine Siberisse, mis puudutas kogu Eesti Vabariigi poliitika-, majandus- ja kultuurieliiti.