SA Innove juhtimist korraldab ning tegevust kavandab viieliikmeline nõukogu, kuhu kuuluvad Haridus- ja Teadusministeeriumi esindajad Andres Pung (nõukogu esimees), Margus Haidak ja Madis Lepajõe, Sotsiaalministeeriumist Egle Käärats ning Majandus- ja Kommunikatsiooniministeeriumist Anu Loigu.