Proteaase kasutatakse samuti valkude eemaldamiseks ja nukleaaside inaktiveerimiseks. Kõige enam kasutatakse  Proteinaas K-d, millel on lai toimespekter; samuti on Proteinaas K stabiilne SDS-i, uurea ja EDTA suhtes ning inaktiveerub alles 65°C juures.