2003. aasta ühinemislepingu artiklis 24 on nende lisade loetelu, kus on esitatud meetmed, mida kohaldatakse uute liikmesriikide suhtes neis lisades sätestatud tingimustel. Vee kvaliteedi osas kehtestati Eestile üleminekuperiood vaid nõukogu direktiivi 91/271/EMÜ ja direktiivi 98/83/EÜ rakendamiseks. Direktiivi 91/271/EMÜ artiklites 3 ja 4 ning artikli 5 lõikes 2 sätestatud asulareovee kogumissüsteeme ja puhastamist käsitlevaid nõudeid ei kohaldata Eestis kuni 31. detsembrini 2010. Reoveekogumisaladel reostuskoormusega üle 10 000 inimekvivalendi tagab Eesti vahe-eesmärgina direktiivi nõuete täitmise 31. detsembriks 2009.