15. novembril 1992. aastal lahkub Jaan Tammsalu Kuressaare ja Kaarma koguduse hingekarjase kohalt. Lahkumise põhjuseks toob Jaan Tammsalu soovi jätkata poolelijäänud õpinguid EELK Usuteaduse Instituudis, mille ta lõpetas 1996.a. kevadel. Täielikud õpetaja õigused saab Jaan Tammsalu 24. juunil 1996.a. teenides EELK Viljandi-Jaani kogudust, mille hingekarjaseks ta määrati Konsistooriumi otsusega juba 1992.a.