FIE maksab käibemaksu juhul, kui ta on Maksu- ja Tolliametis käibemaksukohustuslasena registreeritud (omab käibemaksukohustuslasena registreerimise numbrit). Käibemaksu tasumise kohustus võib aga tekkida ka FIE-l, kes käibemaksukohustuslasena registreeritud ei ole, kuid kes soetab teisest Euroopa Liidu liikmesriigist uue transpordivahendi või aktsiisikauba (v.a siis, kui aktsiisikaup soetatakse isiklikuks otstarbeks).    Samuti  peab käibemaksu deklareerima ja tasuma FIE, kes ei ole käibemaksukohustuslane, kuid kes lisab enda poolt väljastatavale arvele käibemaksu. Arvestada tuleb aga seda, et käibemaksukohustuslasena registreerimata isikul ei ole sisendkäibemaksu mahaarvamise õigust.