Lisaks tribunalidele suunas prokuratuur asju koos karistusettepanekuga otsustamiseks ka NSVL Liidu NKVD Erinõupidamisele Moskvas. Tsiviilkohtutest oli poliitiliste süütegude menetlemine võimalik ainult kõrgeima astme kohtus, ENSV Ülemkohtus. Seegi oli pigem erand. Küll langetasid Eestist NSVL Liitu evakueeritud vangide suhtes otsuseid sealsete oblastikohtute kriminaalkolleegiumid.