Segada 1 l PCR produkti (~100 ng) 1 l  denatureerimislahusega (98% formamiidi, 0,05% broomfenüülsinist, 0,05% ksüleentsüanooli) ja inkubeerida 3 min 95C juures. Asetada proovid kiiresti jäävanni ja lasta seal mõned minutid jahtuda. Geelile on soovitatav kanda ka üks kuumutamata kontrollproov, mis näitab kaheahelalise DNA fragmendi asukohta.