Pakri saari eraldab Põhja-Eesti rannikust Kurkse väin ja Paldiski laht. Suur- ja Väike-Pakri pindala on vastavalt 11,6 km2 ja 12,9 km2. See tähendab, et Suur-Pakri on pindalalt väiksem kui Väike-Pakri. Valdavalt paese pinnasega saari ühendab sõjaväe rajatud teetamm. Taimkatte moodustavad peamiselt lehtmets ning võsa. Rannikualadel leidub rohkesti rannavalle. Suur- ja Väike-Pakri kõrgeimad tipud paiknevad põhjarannikul, kus jätkub Põhja-Eesti paekallas.