Küberneetika Instituut on juhtiv instituut Eesti matemaatika  rakenduste valdkonnas. Instituudi uurimistöö sisuks on matemaatiliste struktuuride, meetodite ja mudelite edasiarendamine ja kasutamine erinevates teadusvaldkondades, sealhulgas arvutiteaduses, automaatjuhtimises, informaatikas, keeletehnoloogias, matemaatikas, mehaanikas,  rannikutehnikas ja süsteemibioloogias.