Eestis on mudakonn haruldane ning teda võib leida vaid Kagu- ja Lõuna-Eestist. Mudakonna arvukuse langust põhjustab sobivate kudemispaikade vähesus - tänapäeval on väikeste tiikide tihedus maastikul langenud, hukutavalt mõjuvad ka lumeta karmid talved. Mudakonn on looduskaitse all.