Riigimetsas on vääriselupaikade kaitse korraldatud metsaseaduse ja FSC standardiga, erametsades aga korraldatud vabatahtlikkuse alusel, kusjuures kui metsaomanik soostub oma metsas leiduvat vääriselupaika kaitsma, siis hüvitab riik talle saamata jäänud tulu. Tänane kaitseskeem ei suuda siiski tagada vääriselupaikades leiduvate kaitseväärtuste säilimist. ELFi poolt 2010. a. läbi  viidud uuringu kohasel oli raietega kahjustatud 6,1% inventeeritud vääriselupaikadest. Alates eelmisest aastast arvestatakse vääriselupaiga lepingu alusel saadavalt hüvitiselt maha tulumaks, mis vähendab veelgi eraomanike soovi vääriselupaikade kaitseks vabatahtlikke lepinguid sõlmida.