Tartu Ülikool osaleb järgmistes ülikooli kui tervikut hõlmavate koostöövõrgustike tegevuses:    Coimbra grupp (Coimbra Group of Universities)  Utrechti võrgustik (Utrecht Network)  Euroopa Ülikoolide Assotsiatsioon (European University Association - EUA)  Läänemere regiooni ülikoolide koostöövõrgustik (The Baltic Sea Region University Network - BSRUN)