1998 aasta kevadel sai EMK Teoloogilisest Seminarist riiklikult akrediteeritud rakenduslik erakõrgkool. Oleme Eestis üheks viiest teoloogilist haridust pakkuvast kõrgkoolist. 2000 aastal alustas tegevust ka kaugõppe osakond, mis on järjest suuremat populaarsust võitmas. Metodistide kõrval on aasta-aastalt järjest rohkem õppimas ka luterlasi, baptiste, nelipühikiriku, vabakirikute jt. kirikute liikmeid.