499 eKr puhkes Väike-Aasia kreeka linnades ülestõus, mida õhutasid ka Joonia mere idakalda linnriigid, eriti Ateena ja Eretria. Seetõttu otsustas Dareios peale Väike-Aasia ülestõusu mahasurumist ka teisi kreeklasi karistada, kuid tema väimehe Mardoniose juhitud laevastik jäi Athose kaljude lähedal 492 eKr tormi kätte ning 490 eKr võitsid kreeklased pärslasi Maratoni lahingus. Nii kukkus Dareiose sissetung Kreekasse läbi, kuid Väike-Aasia linnad jäid endiselt tema kätte. Dareiose viimastel valitsusaastatel puhkes ülestõus Egiptuses, mistõttu kreeklaste karistamine jäi tema poja Xerxes I ülesandeks.