1228. aastal pani paavst keisri kirikuvande alla. Selleks ajaks oli Friedrich aga abiellunud Jeruusalemma kuninganna Isabella II-ga ning kogunud piisavalt suure väesalga, et minna Palestiinasse. Nõnda asus ta kirikuvande all olles ristiretkele ning pärast läbirääkimisi sultan Al-Kamiliga saigi ta Jeruusalemma ja selle ümbruse enda kätte. Seega lõppes Kuues ristisõda kristlastele edukalt, kuid paavsti see ei lepitanud: keiser jäi kirikuvande alla. 1229. aastal krooniti Friedrich ka Jeruusalemma kuningaks, kuid andis peagi tiitli üle oma pojale Konrad IV-le.