Kemikaalide kui kaupade vaba liikumise alavaldkonna õigusaktide rakendamise eest vastutavad Sotsiaalministeerium, Majandus- ja Kommunikatsiooniministeerium, Kemikaalide Teabekeskus, Tervisekaitseinspektsioon ja Tarbijakaitseamet. Kemikaalide turu järele valvavad Tervisekaitseinspektsioon (hulgikaubandus), Tarbijakaitseamet (jaekaubandus) ning Maksu- ja Tolliamet (keelatud ja kasutamispiirangutega kemikaalide ekspordi- ja impordinõuete täitmine). Kemikaaliohutuse valdkonna nõuandev ekspertorgan on Kemikaaliohutuse Komisjon.