Peale selle, et ta oli Böömi ja Määri Reichsprotektori asetäitja kohal oli ta ka ikka veel Reichssicherheitshauptamti juht. Sellega seotud oli konverents, mida ta juhatas 20. jaanuaril 1942, mis toimus Berlinis Villas Am Grossen Wannsee 56/58. Reichsmarschall Hermann Göring oli Heydrichi autoriseerinud, teha ettevalmistusi juudiküsimuse lahendamiseks. Teisiti kui pärast sõda väidetud on, ei olnud rahvussotsialistliku Saksamaa eesmärk mitte juudi rahva füüsiline hävitamine, vaid hoopis kõigis ühiskonnakihtides rõhuv juutide mõju. Juba kolmekümnendatel aastatel tegi valitsus koostööd juudi organisatsioonidega, et soodustada juudi kodanike väljarännet. Ma nimetan siin näidetena Haavara-kokkulepe " ja s Rublee-Wohlthat-kokkulepe". Täpsemate detailide saamiseks lugege Ingrid Weckert raamatut "Auswanderung der Juden aus dem Dritten Reich". Eriti SS oli sellise poliitika esindaja, mille eesmärgiks oli juutide väljarändamine. Need olid sõja tagajärjed  mitte Saksamaa poolt põhjustatud  mille süüks tuleb panna, et väljarändamine toimus nüüd veel vähesel määral. Sõja ajal tehti otsus mille kohasel tuli juudid evakueerida idas asuvatesse töölisasulatesse. Sellega seoses tuleks meeles pidada, et juudid kuulutasid juba märtsis 1933 Saksamaale sõja. Juutide evakueerimis abinõud, olid Wansee - konverentsi teemaks.