Mõistekaardi meetodi oluline koostisosa on mõistekaartide analüüs. Analüüs võib lihtsamal juhul olla aluseks vaid arusaamisraskuste kindlakstegemisel. Siiski on võimalik mõistekaartide abil hinnata ka õpilaste teadmisi. Sealjuures võivad mõistekaaritde tulemused kõrgelt korreleeruda teiste teadmiste testide tulemustega. (Mikelskis, 1999).  Mõistekaarte saab analüüsida lähtuvalt kolmest põhilisest kriteeriumist (Reiska, 2005):