Vanalinnas säilinud teine haiglahoone on eelnevast tunduvalt suurem ja on ehitatud ligi paar sajandit hiljem. See on aastail 1526-1532 püstitatud Uue seegi hoone. Tallinna kahelööviliste saalide rühmas on seegi saal suurim - 36x15,2 meetrit. Hoone madalaid ristvõlve kannavad neli kaheksatahulist piilarit. Seegi akende esialgset vormi on muudetud 19. sajandil. Seegi varasemat, väiksemahulist eeskoja hoonet 17. sajandil  suurendati. See ehitati kahekordseks, teine korrus koos seegi pööninguga kasutati ära linna ketrusmajana. Ketrusmajja saadeti ketrama nii töövõimelisi seegielanikke kui ka linna elurõõmsaid daame. Ketrusmajas puhkes 1770. aastal tulekahju. Hävis vaid katus. Uus katus ehitati kaheosalise kelpkatusena. See vorm on säilinud tänaseni. 1710. aastast muudeti seek vene garnisonile õigeusu kirikuks. 1716. aastal vahetati rootsi kogudusele kuulunud Püha Miikaeli kloostri kirik antud kirikuga ümber ning Uue seegi saali  kasutati kuni 1944. aastani Püha Miikaeli kirikuna. Vahepeal kasutati spordisaalina, nüüd jälle kirikuna.