Karksi linnus  rajati põhiosas tõenäoliselt 14. sajandi jooksul, kuigi mingisugune kindlustus võis seal asuda juba 13. sajandil, sest Karksi foogtkonda on mainitud juba 1248. aastal. Linnus oli kastelli tüüpi äralõikelinnuseks, millel oli väga suur eeslinnus. 15. sajandil täeindati linnust oluliselt ja sellest sai Viljandi kõrval ilmselt üks Eesti ala võimsamaid linnuseid. Linnuses asus foogtkonna keskus, 1470. aastal resideeris seal ajutiselt ka komtuur. 1534. aastal liideti Karksi foogtkond aga ordumeistri valdustega.  Meister oli juba varem tihti Karksis peatunud, nüüd muutusid tema külaskäigud veelgi tihedamaks. Liivi sõjas langes linnus esialgu Poola kätte, seejärel vallutasid selle rootslased, siis venelased. Linnus ei saanud sõjas ilmselt oluliselt kannatada, sest oli veel 17. sajandi teisel poolel küllaltki heas korras. Tõenäoliselt purustati see Põhjasõja käigus.