Aastal 1717 läks Bach Köthenisse, kus temast sai Anhalt-Kötheni prints Leopoldi õukonna kapellmeister ja kammermuusikadirektor. Viimane tähendas seda, et Bach juhtis kogu õukonnamuusikat. Prints oli suur muusikasõber ning ta pidas Bachist lugu ja hindas teda kõrgelt. Peagi hakkab Bachi häirima aga see, et õukonnas valitsenud kalvinistlik usutunnistus meelelahutust ei soosinud. See tähendab, et Bach ei tohtinud kirjutada kirikukantaate, orelit ei tohtinud ta isegi mängida, rääkimata orelimuusika kirjutamisest. Seepärast pärinevadki sellest perioodist peamiselt kontserdid ja teosed klavessiinile. Muuhulgas kirjutas Bach Köthenis kuus Brandenburgi kontserti, Hästitempereeritud klaviiri esimese vihiku, viiulikontserdid a-moll ja e-moll, Tšellosüidid,  Kontserdi kahele viiulile d-moll, keelpillidele ja basso continuole, Orkestrisüidid ning Sonaadid ja partiitad sooloviiulile. Kirikumuusika ebasoosing oli ka üheks põhjuseks, miks Bach 1723. aastal Köthenist lahkus.