Liivi sõda (1558-83) purustas nii orduriigi kui ka piiskopkonnad ning Eesti ala jagati kolme riigi  Rootsi, Taani ja Poola  vahel. Rootsi sai Põhja-Eesti (umbes endise Läänemaa, Harjumaa, Järvamaa ja Virumaa), Poola Lõuna-Eesti alad ning Taani Saaremaa. Kuigi Rootsi vallutas Rootsi-Poola sõdades 17. sajandi endale ka Poola alad, jäi 1580tel aastatel kujunenud piir Põhja- ja Lõuna-Eesti vahelise piirina püsima kuni Esimese maailmasõjani.