Uus valitsus asus Jaapanit moderniseerima. Kõik endised daimyo-te feodaalvaldused koondati keisri kätte ning Jaapan jagati prefektuurideks, loodi  läänelik õigussüsteem ja konstitutsiooniline valitsus koos parlamendiga, reformiti haridussüsteem ning viidi sisse üldine koolikohustus. Tasapisi kaotati valitsenud klassisüsteem. 1873. aastal tekkisid Saigo Takamoril lahkarvamused ülejäänud kabinetiga kahel teemal: Jaapani läänestumine ning Korea okupeerimine, mida Saigo tuliselt pooldas. Selle tulemusena astus Saigo valitsusest tagasi, naases Kagoshimasse ja asutas seal samurai-akadeemia.