Leibnizi järgmine eesmärk oli saada õigusteaduse doktoriks. See nõudis tavaliselt kolmeaastase õppe läbimist ja vanemad tudengid takistasid tal oma lõutööd varem kaitsmast. Seetõttu lahkus Leibniz septembris 1666 Leipzigist ja jätkas õpinguid Altdorfi ülikoolis. Ta esitas peaaegu kohe oma doktoriväitekirja "Disputatio de Casibus perplexis in Jure", millest järeldub, et tõenäoliselt oli see juba varem Leipzigis valmis kirjutatud. Ta kaitses doktorikraadi sama aasta novembris ja talle pakuti kohe akadeemilist positsiooni Altdorfis, kuid Leibniz keeldus sellest.