30. juunil 1632 kinnitas Rootsi kuningas Gustav II  Adolf Academia Dorpatensise asutamisüriku. Esimesed üliõpilased immatrikuleeriti 20. ja 21. aprillil 1632. Academia Dorpatensise (Academia Gustaviana) pidulik avamine toimus 15. oktoobril 1632.  Läbi oma arenguloo elas ülikool läbi nii halvemaid kui paremaid aegu ja oli vahepeal vene võimu ajal sootuks suletud. Kuid 18. sajandi lõpul kattusid Vene keskvõimude hariduspoliitilised huvid baltisaksa eliidi taotlustega. 21.-22. aprillil 1802 taasavati Tartu ülikool  rüütelkondadest  sõltuva Balti (provintsiaal)ülikoolina. 12. detsembril 1802 Aleksander I poolt kinnitatud asutamisaktiga sai ülikoolist saksakeelne Vene riigiülikool (Kaiserliche Universität zu Dorpat; Imperatorski Derptski Universitet). Uuesti avatud kool vajas ka uut ning aja vaimule vastavat peahoonet.  Uus peahoone ehitatigi 1804-1809 ülikooli arhitekti Johann Wilhelm Krause projekti järgi endise  Maarja kiriku  varemetele. Peahoone avamise  pidulik aktus toimus 3. juulil 1809. Ülikooli peahoone on üks parimaid näiteid klassitsistliku arhitektuuri vallas.