Ta abiellus 1496 Philipp Ilusaga, kes oli Saksa-Rooma keisri Maximilian I ja Burgundia pärijanna Marie (1460-1481) poeg. Philipp oli Juanast aasta vanem. Nende abielu oli õnnetu Philippi truudusetuse ja intriigide tõttu. Philipp soovis ise Hispaania kuningaks saada, kuid seda trooni taotles ka Juana isa Fernando. Lõpuks saavutas Philipp oma tahtmise ja krooniti Felipe I nime all Hispaania kuningaks - võimalus, et trooni pärib Juana, ei tulnud üldse jutukski.