Euroopa Liidu küsimuste siseriiklikku koordineerimist juhib peaminister. Kõik Eesti seisukohad olulisemate Euroopa Komisjoni algatuste osas ning positsioonid nõukogus kiidetakse heaks valitsuse istungitel. Seisukohad koostavad ministeeriumid lähtuvalt oma valitsemisalast.