Naiskogu eesmärgiks  on aidata kaasa Eesti riigi demokraatlikumaks ja inimkesksemaks muutmisele ja naiste ning meeste võrdõiguslikkuse edendamisele väärtustades ühiskonna tasakaalustatud arengut, osalusdemokraatiat ja inimestevahelist solidaarsust.  Naiskogu loomulikuks liitlaseks on Sotsiaaldemokraatlik Erakond, kellega naiskogu jagab ühiseid sotsiaaldemokraatlikke aateid. Naiskogu teeb koostööd ka teiste kodanikeühendustega, kellel on naiskoguga samad eesmärgid.