Kuid  McClure hülgas kokkuleppe ja alustas enda kavandatud missiooni. Tõenäoliselt lummas teda mõte ülesanne kiiresti ja edukalt lahendada ning nii võttiski ta kursi tundmatutele ja jäärohketele vetele. Septembris jõudis laev Barringi saareni (hiljem ristiti see saar ümber Banksi saareks loodusteadlase Joseph Banksi järgi).  McClure juhtis laeva piki Banksi saart lõunasse, kuni paakjää selle septembri lõpus oma haardesse võttis. Kuu aega hiljem, enne kui päike kolmeks kuuks täielikult peitu puges, tegi McClure  koos kuue mehega koerterakenditega retke üle Banksi saare, liikudes kirde suunas. 200 meetri kõrguselt künkalt silmasid nad laevatatavat väina (nimetati hiljem M'Clure´i väinaks), mis jäi neist põhja poole Melville´i saare suunas ning 31. oktoobril 1850 tehti logiraamatusse esimene Loodeväila olemasolu tõendav sissekanne.  Investigator takerdus jäässe kümneks kuuks, kuid 1851. aasta juulis vabanes ta lõpuks jäävangist ning liikus järgmise kahe kuu jooksul, kuni järgmise talve tulekuni, aeglaselt piki  Banksi saare läänerannikut põhja poole. Selle asemel, et liikuda koos triiviva paakjääga kirdesse Melville´i saare suunas, püüdis McClure septembris varjuda lahes Banksi saare põhjaküljel ja hoolimata sellest, et laht ristiti Mercy (halastuse) laheks, sai see otsus talle saatuslikuks. Nimelt ei lahkunud Investigator ja mõned meeskonnaliikmed sellest lahest enam kunagi.  McClure ja tema selleks ajaks väljakurnatud meeskond veetsid ligi kaks aastat Mercy lahes ja tegid koerterakenditega mitu retke  Melville´i saare suunas, püüdes leida teisi inglise laevu, kellelt abi paluda, ja otsides võimalikke tähiseid ja avariivarude hoidlaid ning ehk isegi teateid Franklinilt ja tema meestelt. Võimalused jahti pidada olid tagasihoidlikud ning kuna meeskonna tervislik seisund küll aeglaselt, kuid järjekindlalt halvenes, hakkas McClure kavandama laevalt evakueerumist. 1853. aasta aprillis andis alla esimene meeskonnaliige. Kuid parajasti siis, kui meeste moraal oli langenud täielikku madalseisu, ilmus nende juurde üks  koerterakend. Sellel liikuvad mehed olid pärit brittide teiselt päästeekspeditsioonilaevalt nimega HMS Resolute, mis oli talvitunud Melville´i saare läheduses. See õnnelik sündmus toimus McClure ja tema meeskonna jaoks parimal ajal.  Aprilli keskpaiku viis ta 28 meeskonnaliiget turvaliselt Resolute´i pardale ja pöördus siis oma alusele tagasi, et võtta sealt kaasa viimased ning kõige nõrgemad mehed. 3. juunil lahkusid nad Investigatori pardalt viimast korda, olles enne seda rajanud randa laevalt  päästetud vara hoidla koos tähisega ning märgistanud selleks ajaks juba kolme surnud meeskonnaliikme hauad.  Kuid Investigatori meeskonna katsumused ei olnud veel lõppenud. Resolute´i pardal jõudsid nad Bathursti saareni, kus veel kaks meest surid juba enne seda, kui Resolute ja teda saatev laev Intrepid jäässe kinni külmusid.  McClure´il ja tema meestel tuli üle elada veel üks halastamatu talv kuni 40 kraadise pakasega arktilises pimeduses, enne kui nad liikuma pääsesid ja Devoni saare läheduses olnud  North Stariga kaasasõidu osas kokkuleppele jõudsid. Alles 1854. aastal võtsid nad lõpuks kursi Inglismaale. Nad jõudsid koju oktoobris, peaaegu viis aastat pärast teeleasumist. Nagu tava oma laeva maha jätnud kapteni puhul ette nägi, tuli ka McClure´il astuda mereväekohtu ette. Kuid ta mõisteti peatselt õigeks ning ta jagas oma meestega ära 10 000 naela auhinnaraha, mis oli välja pandud sellele, kes Loodeväila leiab ja esimesena selle läbib. McClure tõsteti hiljem aadliseisusesse ja ülendati leitnandist  kapteniks. Ta ei pöördunud enam kunagi Arktikasse tagasi, kuid tema nimi jääb alatiseks seotuks Loodeväila avastamisega.