Ühisinstitutsioonid on ministrite nõukogu, suursaadikute komitee ja parlamentaarne ühisassamblee. Uues lepingus nimetatakse endine ühisassamblee selle organi parlamentaarse olemuse rõhutamiseks ümber parlamentaarseks ühisassambleeks. Parlamentaarse ühisassamblee ülesannete hulgas on regulaarsete kontaktide korraldamine mitte ainult majandusettevõtjate ja ühiskondlike osalejatega  nagu eelmises Lomé konventsioonis, vaid ka kodanikuühiskonnaga (artikkel 17). Peamine uuendus ministrite ühisnõukogus on volituste laiendamine, juhtimaks pidevat dialoogi sotsiaal- ja majanduspartnerite esindajatega ning kodanikuühiskonna teiste liikmetega (artikkel 15).