Kliima on enamasti parasvöötme kontinentaalne kliima, päevased ja aastaajalised temperatuuride amplituudid on väga suured. Mongoolia talved  on pikad ja karmid. Vahete-vahel esineb zud - äärmuslikult külm talv. Kesk- ja kaguosa kõrbetes on kõrbekliima, esineb tihti põuda, tolmutorme.