Pühakoja asutamise idee kuulub ülempreester  Sergi Ivannikovile, toonasele Narva Ülestõusmise peakiriku eestseisjale. 1996. aasta sügisel moodustas ja registreeris grupp isikuid eesotsas isa Sergiga Narva Kultuurilis-heategeva Mittetulundusühingu. Nimetatud ühing omandas maatüki aadressil Rakvere tänav 39. 7. septembril 1998 andis Eesti ja Tallinna peapiiskop Kornelius ehitusele oma õnnistuse. Sama aasta sügisel alustati ehitustöid. Esialgne projekt nägi ette kahekordse kivist pühakoja ehitamist, aga hiljem otsustati ehitada ülemine korrus puidust. Uue  projekti tegi arhitekt Pavel Grigorjev. Palkidest hooneosa valmistati Ivangorodis Püha Kolmainu kiriku juures asuval platsil. 2000. aasta mais toodi hoone osad Narva ja juunis algasid montaaitööd. 14. augustis 2000 pandi paika kiriku tornid koos ristidega. Aasta pärast kaeti kellatorn ja kuplid lehtvasega. 10. novembril 2001 toimus pühakoja sisseõnnistamine ja pühendamine püha Joann Krontadskile. Uuel kogudusel seisab ees pühakoja ülemise korruse ehituse lõpetamine, mis on pühendatud Narva Jumalaema  ikoonile. Ehitustöid finantseeritakse vabatahtlike annetustest.