Kogu nõukogude perioodi asus konsistoorium majas Kiriku tn 8, kus oli kasutada 1 auditoorium; kuni taasiseseisvuseni oli instituudi rektoriks piiskop (hiljem peapiiskop), praktilist õppetööd korraldas dekaan. Kuigi pikka aega oli instituudis antav haridus ebaühtlane, hinnati seda 1970. aastatel kõrgeks, eriti, mis puudutas filosoofiat,  1980ndatel aga parimaks kogu NLis. Kahjuks ei aktsepteerinud riik seal antavat haridust, õppijail ei olnud lubatud end avalikult üliõpilaseks nimetada.