Ehkki järgmise põlvkonna biokütuste uuringud tunduvad paljutõotavad, on probleemiks ajakulu. Enamik eksperte kahtleb selles, et lignotselluloosil põhinevad tehnoloogiad oleksid järgmise 10-15 aasta jooksul olulises mahus äriliselt tasuvad. Kui  see ennustus on õige ja EL peab kinni oma 10 % siduvast eesmärgist, suureneb biokütuste tootmine kiiresti, tuginedes peamiselt agrokütustele. Sellel võivad olla tõsised tagajärjed toiduainetega kindlustatusele, bioloogilisele mitmekesisusele, samuti vihmametsae hävimiskiirusele.