Eestimaa kubermangu neljale maakonnale (Lääne, Harju, Järva ja Viru) lisandus Paldiski maakond, mis jäi püsima asehalduskorra lõpuni (1796). Samal aastal (1583) sai Paldiski ka linnaõigused.  Liivimaal moodustati juba olemasolevate Pärnu- ja Tartu maakonna kõrvale veel ka Viljandi- ja Võru maakond. 1784. aastal anti Võrule Katariina II poolt linnaõigused.  Narva linn koos lähima ümbruskonnaga jäi edasi  Peterburi ja Setumaa Pihkva kubermangu.  1784. aastal said kõik maakonnakeskused linnaõigused. Siitpeale oli Eesti alal kuni Vene aja lõpuni 12 linna.