Keskkonna majandamise süsteemide (Environmental Management Systems, EMS) ISO 14001/14004 standardid on metsa sertifitseerimise seisukohalt olulised. Kuna hindamise objektiks on organisatsiooni majandamissüsteem, on need standardid täiendavad sellele tegevusele, mida käesolevas aruandes nimetatakse metsa sertifitseerimiseks (lisa 3). Metsa sertifitseerimise puhul on hindamise objektiks kindlaksmääratud metsapiirkond (metsaomand, piirkond või regioon) ning hinnatavad kriteeriumid kirjeldavad metsa majandamise kvaliteeti selles piirkonnas.  ISO 14001 sertifikaadid ei ole mõeldud kasutamiseks tootega kaasnevas (on-product) kommunikatsioonis, kuid on olulised vahendid tootest lahusolevas (off-product) kommunikatsioonis. Euroopa turu nõuete seisukohalt ei eelda ISO 14001 sertifikaadid (või samaväärne EU EMS-i registreerimine) metsa sertifitseerimise vajadust. Siiski, EMS võib olla oluline täiendav abivahend, saavutamaks metsa sertifitseerimist. Tõepoolest, ISO 14001 sertifitseerimist võib kombineerida metsa majandamise sertifitseerimisega kindlaksmääratud metsapiirkonnas, vastavalt metsa sertifitseerimise kriteeriumidele (teostamise standard).  Samuti sisaldab ISO 14000 seeria ökomärgistamise standardeid (ISO 14000 standardite seeria terviknimekiri on toodud lisas 5). Eriti olulised on ISO tingimused märgistusskeemidele (Raam 5).