§31. 1) Rektori valib eestseisus kolmeks aastaks teadusliku kraadiga isikute hulgast. Valimise korra kehtestab eestseisus. Rektori tegevusele annab hinnangu EMK kirikuvalitsus ja eestseisus.  2) Rektor kinnitatakse ametisse ja vabastatakse ametist eestseisuse ettepanekul EMK  aastakonverentsi otsusega.  3) Rektori tagasiastumise või surma korral täidab tema ülesandeid kuni uue rektori valimiseni teoloogiateaduskonna dekaan.