ÕTÜ asutati 22. novembril 1980. aastal. Oma hiilgeaegadel koondas see ühing ligi 500 teadushuvilist noort inimest, kellest mitmetest on tänaseks saanud tuntud ja lugupeetud teadurid. Ühingul olid oma õpilasjuhid, traditsioonilised ettevõtmised (kevad- ja sügiskonverents, suveseminar Viitnal ja Balti Õpilaste Teaduslike Ühingute teaduskonverents) ning anti välja mitmeid kogumikke. 90ndate keskel ühingu tegevus aga vaikselt hääbus. Selle  peamiseks põhjuseks oli tolleaegne kriis eesti teadusmaastikul: paljud teadurid kolisid Eestist minema ja need, kes kohale jäid, tegelesid pigem siinsetes kehvades oludes ellujäämisega.  Need ajad on aga õnneks möödas ja tänu ÕTÜ vilistlaste aktiivsele tegevusele ja riigipoolsele toele taaskäivitati 2004. aastal Õpilaste Teaduslik Ühing. Tänaseks on peaaegu kõik traditsioonilised üritused taastatud ja õpilasteaduse vastu on hakanud huvi tundma järjest enam noori*.  Ülevaade ÕTÜ ajaloost pärineb ÕTÜ  liikme Maari Põimu kirjutisest "Õpilaste Teaduslik Ühing - mitte oivikute targutamis- ja etlemisklubi, vaid enesearendus mõtlevale noorele".