Esimene islami kogudus Eesti Vabariigis registreeriti ametlikult 1928. aastal Narvas (Narva Muhamedi Kogudus). Korjanduste abil osteti Narvas Kiriku tänavale maja, millest kujundati mošee. Narva kogudus oli ka aktiivne tatarlaste rahvusliku identiteedi säilitaja. Teine islami kogudus registreeriti 1939. aastal Tallinnas (Tallinna Muhamedi Usuühing). 1940. aastal keelustas Nõukogude võim islami koguduste tegevuse. Mõlema koguduse hooned hävisid 1944. aastal sõjatules.