Paragrahvid 10 ja 11 sätestavad komisjoni sekretäri kohustused ja õigused. Komisjoni aseesimehele lisaks osaleb komisjoni otsuste ettevalmistamisel komisjoni sekretär - Välisministeeriumi personaliosakonna personalibüroo direktor. Tema ülesandeks on leida koosoleku toimumiseks sobiv aeg, edastada komisjoni liikmetele vajaminevad materjalid, protokollida koosolek ja otsused, arhiveerida komisjoni tööga seotud materjalid jne. Komisjoni sekretäril on õigus teha ettepanekuid koosoleku päevakorra kohta ning küsida materjalide ettevalmistamiseks vajalikku teavet nii Välisministeeriumi struktuuriüksustelt kui ka teistelt ministeeriumidelt.