Hoolikas puhastamine on eelduseks õnnestunud desinfektsioonile ja sterilisatsioonile. Instrumendid tuleks puhastada kohe pärast nende kasutamist. Kui süljel, verel jm orgaanilisel mustusel lastakse instrumentide pinnal ära kuivada' pole sterilisatsioon täielik, kuna orgaanilise mustuse kiht moodustab kaitsva kihi mikroobidele. Puhastusele peaks eelnema desinfitseerimine, nii eemaldub mustus hõlpsamini ning väheneb risk saada infektsiooni. Instrumente puhastatakse kas käsitsi või masinaga.