Instituudi praegune struktuur: Polli Aiandusuuringute Keskus, Limnoloogiakeskus, Rõhu katsejaam, Aianduse osakond, Botaanika osakond, Keskkonnakaitse osakond, Maastikuarhitektuuri osakond, Maastikukorralduse ja loodushoiu osakond, Mullateaduse ja agrokeemia osakond, Mükoloogia osakond, Taimefüsioloogia osakond, Taimekaitse osakond, Taimekasvatuse ja rohumaaviljeluse osakond, Zooloogia osakond.