Arreteerimisele järgnes viis kuud ülekuulamisi vaimse ja füüsilise surve all Pagari tänava sisevanglas ning kuus kuud Patareis erinõupidamise otsuse ootel. Kõige suuremat meelekindlust näitas ülekuulamistel üles SKO aktiivne abistaja Lehte Tammistu. Ta keeldus üle­kuulajatele tunnistusi andmast ja eitas kõike: "Mingit sidet bandiitidega mul ei olnud ja mingit koostööd ma nõukogudevastases tegevuses kellegagi ei teinud. Mingitest nõukogudevas­tastest organisatsioonidest ma midagi ei tea. Mingisuguseid  tunnistusi ma selles küsimuses anda ei saa." Ta jäi sellele kindlaks lõpuni. Ka vastastamisel Adamsoni ja Lepaga ta eitas kõike.  Koos SKO liikmetega olid uurimise all ja mõisteti süüdi ka kolm Rakverest pärit vabadusvõitlejat: Georg Sepp, Ilmar Elvre ja Voldemar Jürgen. Nemad ei olnud SKO liikmed, kuid kuna G. Sepp oli 1947./48. õppeaastal olnud Võru Keskkoolis õpetaja ning oli kaudselt SKO-ga seotud, siis ühendati nende süüasi SKO omaga.  NSVL Riikliku Julgeoleku Ministeeriumi juures asuva  erinõupidamise otsusega määrati 13.09.50 ja 29.11.50 SKO juhtidele 25 ja liikmetele tavaliselt 10 aastat vangilaagrit.  Kompartei funktsionääre šokeeris eriti see, et SKO juhtide ja liikmete hulgas oli terve rida komnoori. Komsomoli aga astuti sellepärast, et jäiga vastuseisu tõttu sellele oleks endale tõmmatud liigset tähelepanu, pealegi võimaldas see saada informatsiooni komsomolis toimuva kohta. SKO liikmete arreteerimisest oli juttu isegi EK(b)P Keskkomitee VIII pleenumil 1950. aasta märtsis. ENSV  haridusminister kaotas selle tõttu oma koha.