Kohustusliku pensionifondi  fondivalitsejale on ette nähtud kohustus kehtestada siseregulatsioon (vastavad sise-eeskirjad) kõigi vajalike protseduuride ja meetmetega vältimaks võimalikke huvide konflikte, pidades sealjuures eelkõige silmas kohustusliku pensionifondi osakuomanike huvide kaitset. Praktikas on huvide konfliktide oht erinevate majanduslike suhete kaudu fondivalitseja ja tema gruppi kuuluva ettevõtja vahel üsna kerge tekkima kuna enamus Eestis tegutsevaid pensionifondivalitsejaid kuuluvad mõne krediidiasutusega ühte  konsolideerimisgruppi. Seega peab ühelt poolt olema tagatud huvide konfliktide vältimine suhetes osakuomanike ning teiselt poolt organisatsiooni eri juhtimistasandite vahel. Selleks on sätestatud nõue kehtestada protseduurid, mis reguleerivad muuhulgas teabevahetust, kontrolli tegevisikute üle, tehinguid juhtide ja tema lähedaste vahel aga ka nn seotud isikute tasustamise põhimõtteid (lähtutud on väärtpaberituru seaduse vastavast regulatsioonist). Muudatustega on reguleeritud nö mitte-rahaliste tasude (nt tasuta  investeerimisanalüüsid vms) ning komplekstasude, kus mitme erineva teenuse eest võetavad tasud kajastatakse ühe tervikliku tasuna, maksmist. Välistatud peab olema olukord, kus fondi arvel makstakse teatud teenuse eest rohkem kui tavapärastes turutingimustes.