Poola esimene võimuperiood Tartus lõppes 1600. aasta detsembri lõpus, kui Rootsi väed vallutasid tormijooksuga linna. 29. detsembril 1600 võeti tartlastelt truudusvanne Rootsi kroonile ja hertsog Karlile. 1602. aasta lõpul hakkasid Poola väed hetman Jan Karol Chodkiewiczi juhtimisel Tartut  piirama. 3. veebruaril 1603 Rootsi garnison alistus. Poola võimud taastasid linnas 1600. aasta vallutuse eelse olukorra. Pärast Jan Zamoyski surma sai Tartu uueks staarostiks J. K. Chodkiewicz. Viimase vahetas 1621. aastal välja Ernst Dönhoff.