Nõukogu töö tugineb kahele alalisele komisjonile, mis keskenduvad teadus- ja arendus ning innovatsioonipoliitikale. Komisjone juhivad vastavalt haridus- ja teadusminister ning majandus- ja kommunikatsiooniminister, kes esitavad Teadus- ja Arendus­nõukogule vähemalt üks kord aastas aruande poliitika­komisjonide töö tulemuslikkuse kohta ning  järgmise perioodi tegevuskava. Alalise komisjoni sujuva töö ning ülesannete igapäevase täitmise eest vastutab ministeeriumi poliitikanõunik. Vajadusel luuakse spetsiifiliste ülesannete lahendamiseks täiendavaid komisjone.