1526. aastal olid Saksa protestantlikud  vürstid, kasutades ära Karli viibimist Itaalias, kuulutanud esimesel Speyeri riigipäeval välja aadelliku usuvabaduse ehk alamad pidid järgima seda usku, mida tunnistas nende valitseja. 1529. aastal korraldas Ferdinand Karli nõudmisel teise Speyeri riigipäeva, kus püüti Wormsi edikti reaalselt ellu rakendada ehk luterlust illegaalseks muuta. Seepeale esitasid luterlikud vürstid protesti ning teenisid nõnda protestantide nimetuse. Kompromissi püüti leida 1530. aastal Augsburgi riigipäeval, kus Philipp Melanchthon esitas Augsburgi usutunnistuse. Karl sellega ei leppinud ning nõudis protestantide "tõelisesse" kirikusse tagasipöördumist. Ta oli valmis ka mõningaid vürstide nõudmisi kaaluma, et lülitada neid kirikureformi, kuid protestandid jäid kangekaelselt endale kindlaks ning ka paavst polnud nõus järele andma. See põhjustaski esimese tõsise konflikti keisri ja protestantide vahel: viimased lõid 1531. aastal oma usu kaitseks Schmalkaldeni liiga. Kuid et Karlil oli soov minna pühasse sõtta türklaste vastu, siis oli ta sunnitud ajutiselt protestantidega leppima. 1530. aasta Augsburgi riigipäev oli lõppenud sisuliselt kompromissiga, luterlikud vürstid võisid kuni kirikukoguni uue usu juurde jääda. Siiski ei rahuldanud see kokkulepe kedagi ja protestandid muutusid keisri suhtes üha jultunumaks ning seda enam, mida kaugemal Karl oli. Kohati hakkasid nad rüüstama katoliiklaste alasid ning nood vastasid samaga..[8] Nii tekkisid sisekonfliktid, kuid ametlikku sõda keisri ja protestantide vahel ei tulnud veel 15 aasta jooksul.