Kalakotkas elab pea kõigil mandritel. Meil pesitseb ta eelkõige Ida- ja Lõuna-Eestis ning levib tasapisi lääne poole. 2005. aasta seisuga pesitseb Eestis 50-55 paari kalakotkaid. Veel 1985. aastal teati meil pesitsevat ainult 5 paari, seega on veerand sajandiga kalakotka arvukus tõusnud 10 korda.