ENLi kõrgeimaks otsustusorganiks on üldkoosolek, mis koosneb ENLi täisliikmete esindajatest. ENLi korralised üldkoosolekud toimuvad kaks korda aastas, mais ja novembris. Korralise üldkoosoleku kutsub vastavalt põhikirjale kokku ENLi juhatus 40 päeva enne üldkoosoleku toimumist.    Peamisteks ülesanneteks sügisesel üldkoosolekul on ENLi järgmise aasta tegevusplaani ja eelarve kinnitamine ning kevadisel üldkoosolekul juhatuse liikmete valimine ja eelneva majandusaasta aruande kinnitamine.