Uurides prokarüootsete organismide rRNA 16s subühikuid, näitas Woese, et osa prokarüoote on teistest silmnähtavalt erinevad ning paljude tunnuste alusel fülogeneetiliselt isegi lähedasemad eukarüootidele. Nende andmete põhjal postuleeris ta, et eukarüoodid ja arhed pärinevad ühisest eellasest ja bakterid on fülogeneetiliselt varem lahknenud, mistõttu prokarüootide rühm pole monofüleetiline võrreldes eukarüootidega. Hilisemad uuringud kinnitasid seda arvamust (näiteks arhede ja eukarüootide rakumembraani biokeemiline koostis ja viburi ehitus on sarnasem kui bakteritel ja arhedel). Bakterite ja arhede vahelisi erinevusi on veel - DNA replikatsiooni- ja transkriptsioonimehanismid arhedel ja bakteritel on erinevad, näiteks koosneb bakterite RNA-polümeraas vaid 4 subühikust, samal ajal kui arhedel koosneb RNA-polümeraas 16 subühikust, mis on tunduvalt sarnasem eukarüootidele. Lisaks esineb arhedel DNA pakkevalke - histoone, mida seni oli omaseks peetud vaid eukarüootidele. Sellest tulenevalt tehti ettepanek võtta kasutusele riigist kõrgem takson ning jaotada elusloodus kolmeks domeeniks. Selline klassifikatsioon võeti kiiresti omaks ja on praegu valdav.