Baffini saare rannikumeres on lugematul hulgal väikseid saari. Suurim neist on põhjarannikul asuv 1905 meetri kõrgune Byloti saar. Edelarannikul on samuti suuri saari: loodest kagusse lugedes Kroonprints Frederiki saar, Jens Munki saar, Kochi saar, Rowley saar, Bray saar, Lõuna-Spiceri saar, Prints Charlesi saar ja Air Force'i saar. Hudsoni väin on samuti saarerikas: läänest ida poole on seal Nottinghami saar, Salisbury saar, Charlesi saar ja Big Island. Baffini saare kagutipu juures on Loki maa, Edgelli saar ja Resolutioni saar.