Toledost sai El Grecole kodu. Säilinud lepingutes mainitakse teda  alates 1585. aastast kui üürnikku Marquis de Villenale kuuluvas kompleksis, mis koosnes kolmest korterist ja 24-st toast.[34] Just nendes korterites, kus asusid ka tema töökojad, veetis ta oma ülejäänud elu maalides ja õppides. Tema elustiil oli küllaltki märkimisväärne - mõnikord tellis ta endale õhtusöögi kõrvale meeleolu looma muusikud. See, kas ta elas oma hispaanlannast kaaslase Jerónima de Las Cuevasega, kellega ta tõenäoliselt ei abiellunud, ei ole kinnitust leidnud. Naine oli tema ainsa poja Jorge Manueli (sündinud 1578) ema. Pojast sai samuti maalikunstnik, kes abistas oma isa ning jätkas tema kompositsioonide kordamist ka mitmeid aastaid pärast stuudio pärimist. 1604. aastal sündis Jorge Manueli ja Alfonsa de los Moralesi poeg ja El Greco lapselaps Gabriel, kelle ristis Toledo valitseja ning kunstniku isiklik sõber Gregorio Angulo.