16. sajandil langes linn Portugali võimu alla; ülemvõimu pärast Somaali poolsaarel toimusid sagedased kokkupõrked Türgi sõduritega. 1871. aastast kuulus Muqdisho Sansibari sultanile, kes rentis selle 1892 Itaaliale. 1905 ostis Itaalia linna sultanilt lõplikult ära ja tegi sellest Itaalia Somaalimaa keskuse. 26. veebruaril 1941 vallutasid linna Teises maailmasõjas Suurbritannia väed. 1952 tagastasid britid Muqdisho itaallastele ja Somaalia iseseisvudes sai sellest 1960 riigi pealinn.