Parlament on esitanud Euroopa Kohtule mitmeid kaebusi. 6. mai 1999. aasta institutsioonidevahelises kokkuleppes on siiski säilinud kohustuslike ja mittekohustuslike kulude eristamine, kuid samas kinnitatakse ja arendatakse edasi Euroopa Parlamendi ja nõukogu vahelise  eelarvealase kaasotsustamise põhimõtet.