Toivo Prela ehitas üles hästi toimiva struktuuri, tema juhtimisel on viimase kümne aasta jooksul toimunud oluline edasiminek Eesti hüdrograafia ja navigatsioonimärgistuse valdkonnas, näiteks digitaalkartograafia tehnoloogilise protsessi  juurutamine, kodumaise signaaltöötlusega lehviksonari kasutuselevõtt Veeteede Ameti mõõdistuslaevadel, sisevetele kolme uue töölaeva ehitamine, poilaeva EVA-316 ümberehitamine mitmeotstarbeliseks laevaks, navigatsioonimärkide infosüsteemi, sh aparatuurse reaalajaseire süsteemi väljaehitamine, navigatsioonimärkide infosüsteemi viimine internetipõhiseks ja ühendamine AIS tugivõrguga, hüdrograafia infosüsteemi loomine, samuti enamiku navigatsioonimärkide varustamine kaasaegsete valgusdioodlaternatega, uute  mitmeaastaste jääpoide juurutamine ja palju muud. Igapäevast hoolt jagus Toivo Prelal ka Eesti ainukese jäämurdja, 48-aastase TARMO töökorras hoidmisele.