Vaktsineerimisele on vähe vastunäidustusi. Kui on  teada, et inimesel on mõnele vaktsiinile või vaktsiini koostisosale anafülaktilist e. kiiret tüüpi ülitundlikkus, siis seda vaktsiini ei või manustada. Raseduse ajal ja väga tõsise immuunpuudulikkuse korral on vastunäidustatud elusvaktsiinid.  Kui inimene põeb palavikuga haigust või ilma palavikuta, kuid raske kuluga haigust, lükatakse vaktsineerimine edasi kuni seisundi paranemiseni. Kergekujuline haigus (näiteks nohu) ei ole vaktsineerimisele vastunäidustuseks.