Kodanike komiteede liikumise massiliseks muutumine tähendas sisuliselt iseseisvustaotluste kiiret levikut rahva hulgas, mis kohutas ametlikku võimu. EKP võttis algusest peale kodanike komiteede suhtes üheselt eitava hoiaku. Eesti NSV Ülemnõukogu Presiidium mõistis kodanike komiteede liikumise hukka 18. aprillil 1989 vastu võetud avalduses, kus interliikumine ja kodanike komiteed seati samale pulgale. Mõlemale heideti ette separatismi, mis olla ENSV konstitutsiooni vastane ning "mis võib viia Eestimaa poliitilisse ummikusse ja sulgeda tee tema demokraatlikule uuenemisele." Kodanike komiteesid süüdistati ebaseaduslike, ebademokraatlike vahendite kasutamises, mis võivat muuta sündmuste arengu juhitamatuks ja "tuua kaasa väga raskeid tagajärgi, seada ohtu kõik uuenduste läbi saavutatu."