Agnes sündis albaania ehitusettevõtja Nikollë ja itaalia päritolu ema Dranafille Bojaxhiu perekonda kolmanda lapsena. Agnese oli kümneaastane, kui suri tema isa. 12-aastaselt otsustas ta hakata nunnaks. 18-aastaselt lahkus ta kodunt ja ühines Loretto õdede orduga.