Kirikukorralduse väljatöötamises tuli esile samasugune demokraatlik idealism nagu Eesti põhiseaduse koostamisel. Põhiliseks eesmärgiks oli murda kiriku härraskiriku maine ja anda kiriku haldamine rahva kätesse. See tähendas kiriku tugevat demokratiseerumist, mille väljundiks olid koguduste juurde loodud nõukogud. II kirikukongress vahetas välja kogu senise juhtkonna ja asendas selle rahvuslikku printsiipi rakendades üksnes eestlastest koosnevaga.