Kuuenda raamprogrammi läbirääkimiste ajal esitas Euroopa Parlament mitu olulist ettepanekut, mis jõudsid ka vastuvõetud õigusaktidesse. Kuna ELi institutsioonid olid programmi kogueelarve suhtes kohe alguses kokku leppinud, koondusid Euroopa Parlamendi  jõupingutused programmi prioriteetide rõhutamisele, suurendades vajaduse korral neile eelarvest eraldatud vahendeid. Peamiselt puudutasid need programmi ülesehitust (raskemate haiguste, sealhulgas vähkkasvaja ja vaesusega seotud nakkushaiguste vastu võitlemist käsitleva jao lisamine esimesse temaatilisse eelisvaldkonda); rahastamisvahendeid (tippteadmisteni viiva trepi kontseptsioon, mille abil anti väiksematele osalejatele juurdepääs uuenduslikele teadusprojektidele); osalemiseeskirju (vastutust käsitlevate  sätete kaotamine, kuna need oleksid võinud väiksemaid osalejaid heidutada; pehmete hindamiskriteeriumide kehtestamine erineva haridusega osalejate kaasamiseks; ühiskonna kui terviku kaasamine; naiste üha suurenev roll teadustegevuses) ja toetust programmile "Teadus ja ühiskond" ning rahvusvahelistele koostöötegevustele.