Usundiõpetuse arengut taasiseseisvunud Eestis on saatnud poolt- ja  vastuargumendid. Suurema «tondina» on väidetud, et aine kultiveerib õpilastega manipuleerimist, usku «pööramist».  Dr Olga Schihalejev,  Tartu ülikooli religioonipedagoogika teadur:  Kui tugineda uuringutele, pole taolistel hirmudel alust. 2006. aastal viis uuringu läbi firma SaarPoll ning taolist tendentsi ei täheldatud. Samuti osales Eesti aastail 2006-2009 suures Euroopa uuringus «Religioon hariduses - panus dialoogiks või konfliktifaktor muutuvates Euroopa  ühiskondades». Ka selle uuringu tulemusena puudub igasugune alus väita, et õpilased, kes õpivad usundiõpetust, muutuvad seeläbi rohkem usklikuks.  Küll aga võib selle põhjal ütelda, et usundiõpetust õppivatel noortel arenes sallivam hoiak teistsuguse maailmavaatega inimeste suhtes. Nii religioosse kui mittereligioosse suhtes, ühtviisi nii uskliku kui mitteuskliku taustaga lastel. Erinevus usundiõpetust õppinud ja mitteõppinud õpilaste vahel ilmnes eelkõige suhtumises usundiõpetusse ja sallivuse küsimuses. Samas  usklikkuse määras õpilaste vaadete ja usulise praktika aspektist usundiõpetuse õppimine muutusi kaasa ei toonud.  Koolikontekstis on oluline arendada kultuurist arusaamist, valmisolekut dialoogiks endast erinevalt nägevate inimestega ja kriitilist mõtlemist, need on usundiõpetuse ainekavas olulised märksõnad.