1945 aastal lõi Monsenjöör Costa lahku rooma-katoliku kirikust ja lõi iseseisva uskkonna. See ei olnud mitte liturgiline või teoloogiline eraldumine, vaid põhjused olid Vatikani poliitikas seostes vaeste õigustega Ladina-Ameerikas. Järgneva 15 aasta jooksul aitas ta üles ehitada veel teisigi Rahvuslikke Katoolseid Apostellikke Kirikuid Ladina-Ameerikas. Ta pühitses piiskoppideks Salamao Ferraze ja Luis Fernando Castillo-Mendezi.