Erakonna aukohtu valib  suurkogu. Erakond Isamaa ja Res Publica Liidu aukohtusse kuulub 9 liiget. Erakonna aukohus arutab erakonna liikmete ja organite vahelisi tüliküsimusi seoses erakondliku tegevusega, auhaavamise süüdistusi, annab omapoolseid hinnanguid erakonna valitavatele kogudele erakonna liikmete tegevuse kõlbelise sobivuse asjus ning tõlgendab põhikirja vastavalt erakonna volikogu poolt kehtestatud aukohtumenetluse korrale.