Maksukorralduse seaduse (MKS) muudatuste paketi olulisim muudatus puudutab maksude tasumist ja tasaarvestamist (MKS § 105). Kui seni tasus maksumaksja igat maksuliiki eraldi viitenumbri abil, siis alates 2009. aastast asendus see ettemaksukontoga, millel peetakse kõikide maksude  koondarvestust, ja maksumaksja ei saa enam ise valida, millist maksu ta maksab. Enammaksed ja maksuvõlad tasaarvestatakse automaatselt ning maksuvõlad kantakse kontole vastavalt seaduses sätestatud tasumistähtpäevadele ja MKS-is toodud maksude järjekorrale. Intressi viivitatud maksusummadelt ei arvutata edaspidi maksuliikide lõikes ega jagata maksu saajate vahel.    Praktikas tähendab see muuhulgas, et käibemaksu enammakseid hakatakse kontrollima enne enammakse kande tegemist e-maksuameti isikukontol.