Aastad 1804 ja 1805 tähendasid Scharnhorstile valmistumist sõjaks. Kui sõda 1806. aastal lõpuks puhkes, asus Scharnhorst staabiülemana Braunschweigi hersogi teenistusse. Ta sai 14. oktoobril 1806 Auerstadti all  kergelt haavata ning näitas üles kangelaslikkust taandumislahingutes. Läbikukkunud kampaania viimastel nädalatel liitus Scharnhorst Blücheriga ning läks viimasega koos pärast Preisimaa kapituleerumist Ratekaus 7. novembril 1806 sõjavangi. Vabanedes vangide vahetamise läbi, mängis ta olulist rolli Vene tsaari teenistusse astunud Anton Wilhelm von L'Estocq'i Preisi korpuse juhtimises.