Põhikirja täiendati ja kinnitati 18. veebruaril 1999. a EAA üldkoosolekul.    Mittetulundusühingute ja sihtasutuste registri registrikaart avati Eesti Agraarökonomistide Assotsiatsioonile eelnäidatud registreerimisnumbriga vastavalt Tartu Linnakohtu otsusele 08. juunil 1999.a. (registrikood  80094009).