Teaduslik taksonoomia püüab konstrueerida eluslooduse loomulikku süsteemi, mis põhineb homoloogilisel sarnasusel. Taksonoomias juba pikka aega kasutatud võrdlev-anatoomilisi, biogeograafilisi, paleontoloogilisi jm meetodeid täiendavad tänapäeval biokeemilised ja molekulaarbioloogilised meetodid. Homoloogiliselt lähedased liigid ühendatakse perekonnaks, perekonnad sugukonnaks, lähedased sugukonnad moodustavad seltsi jne. Taksonoomia põhimõtetele ja terminoloogiale pani aluse Karl Linné.