1940. a 16. detsembrist hakkas Eestis ka formaalselt kehtima Vene NFSV kriminaalkoodeks, mida oli praktikas kohaldatud juba suvest alates. Tagasiulatuvalt kohaldati seda ka enne 21. juulit 1940 toime pandud tegude suhtes. Nüüd alustati Ülemkohtu ja ringkonnakohtute liikmete väljavahetamist juba NSV Liidust Eestisse toodud juristidega. 31. märtsil 1941 nimetati Tartu ringkonnakohtu esimehe I asetäitjaks Ivan Haritonov ja 28. aprillil 1941 Viljandi ringkonnakohtu esimeheks Johannes  Evertson, Rakvere ringkonnakohtu esimeheks Bernhard Rosenbaum ning Tallinna ringkonnakohtu esimeheks Theodor Unt. Märtsis ja juunis 1941 nimetati Tallinna ringkonnakohtu liikmeteks Ljudmilla Vallner ja Aleksei Vassiljev, märtsis 1941 Rakvere ringkonnakohtu esimehe I asetäitjaks Vassili Zaitsev jt. Juunis 1941 nimetati ENSV Ülemkohtu esimeheks Leonid Jürgens ja liikmeks Vassili Gussev; 1940. a lõpus oli Ülemkohtu esimehe I asetäitjaks nimetatud Aleksei Korotkov. Need kohtunikud olid Eestisse toodud NSV Liidust.  1941. aasta aprillis nimetati ENSV Ülemkohtu liikmeks juriidilise hariduseta endine sitsivabriku ketraja ja töölisliikumise tegelane Nadežda Tihhanova-Veimer (ENSV kergetööstuse rahvakomissari Arnold Veimeri abikaasa).  Seaduste rakendamine tagasiulatuvalt ning otsuste langetamine tribunalides ja erinõupidamiste poolt võimaldas muuta potentsiaalseteks kriminaalkurjategijateks Eesti Vabariigi riigiteenistuses olnud isikud, poliitikud, sõjaväelased, ühiskonnaelu tegelased, ühiskondlike organisatsioonide  liikmed, ettevõtjad, talupidajad, kes saadeti vangilaagritesse või mõisteti surma peaasjalikult Vene NFSV kriminaalkoodeksi § 58 (kontrrevolutsioonilised kuriteod) alusel. Represseeritute perekonnaliikmed deporteeriti Venemaa ja Siberi kaugematesse kolgastesse. NSV Liidu ideoloogid põhjendasid Eesti, aga ka teiste 1939.-1940. a okupeeritud riikide ja territooriumide elanike represseerimist teooriaga "kontrrevolutsioonilisest vaheetapist (selle all mõeldi Eesti, Läti ja Leedu omariikluse aega ning Lääne-Ukraina,  Lääne-Valgevene, Põhja-Bukoviina ja Bessaraabia vastavalt Poola, Tšehhoslovakkia ja Rumeenia koosseisu kuulumise aega) nõukogude võimu kehtestamisel."