Johannes Paulus II nõudis 1979 jesuiitide ülemkindralilt Pedro Arrupelt sekularismi likvideerimist jesuiitide seast ja vabastusteoloogia toetamise lõpetamist. 21. septembril 1979 saatis paavst kirja jesuiitide juhtkonnale. 1981 sai Arrupe ajurabanduse, tema tegevus ülemkindralina peatati ning jesuiidid määrasid tema asemele kohusetäitjaks generaalvikaar Vincent O'Keefe. Paavst ei tunnustanud O'Keefe ametit, vaid määras oma esindajateks Paolo Dezza ja Joseph Pittau. Paavst saatis 27. veebruaril 1982 kirja jesuiitide provintsiaalidele. Märtsis 1982 peeti Frascatis jesuiitide kongregatsioon. Dezza otsustas kokku kutsuda üldkongregatsiooni, kus 13. septembril 1983 valiti uueks ülemkindraliks Peter Hans Kolvenbach. Paavsti tegevust taunisid mitmed teoloogid, nagu Karl Rahner.