Bagaza, kes võttis osa frankofoonia tippkonverentsist  Kanadas, kukutati septembris 1987 sõjaväelise riigipöördega major Pierre Buyoya juhtimisel. Ta saatis opositsiooniparteid laiali, peatas põhiseaduse kehtivuse ning asutas oma Sõjaväelise Komitee Rahvuslikuks Päästmiseks (CSMN)[14]. Buyoya ohjeldas repressioone ja tegi lõpu Bagaza katoliiklusevastasele poliitikale. 1988 viisid kasvavad pinged valitsevate tutside ja enamusrahva hutude vahel vägivaldsete kokkupõrgeteni sõjaväe, hutu opositsiooni ja konservatiivsete tutside vahel[14]. Augustis puhkesid lahingud. Tol aastal tapeti hinnanguliselt 150 000 (teisel hinnangul 20 000[viide?]) inimest[14]. Naabermaadesse, eriti Rwandasse[viide?], voolas kümneid tuhandeid põgenikke[14]. Kumbki pool süüdistas teist sõja alustamises. Buyoya moodustas komisjoni rahutuste põhjuste uurimiseks ja demokraatlike reformide kavandamiseks[14]. Oktoobris 1988 moodustati uus valitsus. Peaministriks määrati hutu ja esimest korda olid hutud valitsuses enamuses.