Piirikaitserügemendid formeeriti 1944. a mobiliseeritud 1904.-1923. aastakäigu meestest. Mobilisatsioonikorralduse andis Heinrich Himmlerile alluv riigikomissariaadi Ostland kõrgem SS- ja politseijuht Friedrich Jeckeln, mobilisatsiooni kuulutas välja H. Mäe ja selle läbiviimise eest vastutas Eesti SS-üksuste kindralinspektor Johannes  Soodla. Administratiivselt allusid piirikaitserügemendid Ostlandi kõrgemale SS- ja politseijuhile, kellele Eestis allus Eesti SS- ja politseijuht Hinrich Möller. Operatiivselt allusid piirikaitserügemendid väegrupi Nord 18. armee ja armeegrupi Narva diviisidele ja suurematele väekoondistele. Alguses oli rügementide ametlik nimetus Eesti Piirikaitserügement, hiljem Eesti SS-Piirikaitserügement (Estnische SS-Grenzschutz-Regiment), ehkki mehed kandsid Wehrmachti mundreid ja neil olid Wehrmachti auastmed. Rügemendid  formeeriti julgestusüksuste koosseisuskeemi järgi 2500-mehelistena, nende tulejõud oli nõrgem kui tavalistel jalaväerügementidel.