Euroopa Parlament suutis mõjutada ka 1999. aasta reformi eeskätt tänu uuele pädevusele anda nõusolek struktuurifondide üldeeskirjadele. Euroopa Parlament väljendas oma arvamust eelkõige 19. novembri 1998. aasta resolutsioonis ning kuna nõukogu arvestas enamiku Euroopa Parlamendi seisukohtadega, oli Euroopa Parlamendil võimalik 6. mail 1999. aastal oma nõusolek anda. Rakendusmeetmete puhul saavutas ta juba enne Amsterdami lepingu jõustumist kaasotsustamismenetluse kohaldamise. Komisjoni poolt vastu võetud struktuuripoliitika rakendamise juhendit on laiendatud, nii et see hõlmab kõiki struktuurivahendeid (6. mai 1999).