Ettevalmistusi selleks oli tegelikult alustatud juba vahetult Eesti uue okupeerimise järel 1944. aastal, kuid paljuski tänu maal lokkavale partisanisõjale tundus aeg sedavõrd ulatusliku aktsiooni läbiviimiseks olevat veel ebasobiv. 1946. aastal arutati küsimust EKP Keskkomitees, järgnes paar aastat ettevalmistamist ning 1949. aasta märtsiks olid okupatsioonivõimud uueks küüditamiseks valmis.