Nelja aasta eest avaldas Pääbo miljoni aluspaari põhjal esimese neandertallaste DNA põhjal tehtud töö. Peagi ilmnes, et uuritud DNA oli tegelikult saastunud tänapäeva inimeste DNAga ja luudel elanud mikroobidelt pärit DNAga. Nii leidis üks Pääbo tulemusi kontrollinud töörühm, et saastust oli isegi kuni 80 protsenti. Pääbo võttis  seepeale omaks, et saastuse määr võis olla 11- 40 protsenti.