Ka protestantluse saavutusi eestlaste kristianiseerimise alal ei tule üle hinnata. Oma peatselt dogmatismi ja õigeusklusse takerduva külmu­sega jäi ta tegelikult võõraks laiematele hulkadele. Distants kiriku ja rahva vahel püsis pärast reformatsiooni vahest selgemaltki kui katoliiklu­ses. Isandatekirikuna jäi ta ka  protestantiseerununa edasi kleerusekirikuks, keda juhtisid käsikäes mõisnik ja kirikhärra. Viimaseid omakorda huvitas esmajoones vaid masside truualamlik kuule­kus ja oma huultemoraaliga nad polnud võimelisedki rajama "õitsevaid viinamägesid" Maarjamaale. Arusaadav, et vennastekoguduse teadli­kuma kristluse programm ei leidnud säärase kiriku juhtkonnas üksmeelset tunnustamist.