166:5.4 Abneri õnnetuseks oli tal lahkhelisid kõigi varakristliku kiriku juhtidega. Peetruse ja Jaakobusega (Jeesuse vennaga) läks ta tülli haldusalaste ja Jeruusalemma kiriku jurisdiktsiooni küsimuste pärast; Paulusega läksid ta teed lahku filosoofia ja teoloogia alaste erimeelsuste tõttu. Abner pooldas filosoofias pigem babüloonia kui helleeni koolkonda ja seisis vastu kõigile Pauluse katsetele Jeesuse õpetusi sel moel ümber teha, et need juutidele ja seejärel kreeka-rooma müsteeriumidesse uskujatele vähem vastumeelsed oleksid.