12. aprillil 2007 esitas filosoofiateaduskonna nõukogu Margit Sutropi Tartu Ülikooli rektori kandidaadiks. Teda toetasid lisaks sotsiaal- ja filosoofiateaduskonnale 22 professorit[1]. 31. mail 2007 toimunud rektorivalimistel sai ta valimiskogus 69 häält, millega ta jäi 3. kohale [1].