Üheahelalise DNA molekuli elektroforeetiline liikuvus mittedenatureerivas geelis sõltub nii tema suurusest kui ka konformatsioonist. Molekuli konformatsiooni määravad tema koostisesse kuuluvate lämmastikaluste vahel moodustuvad sidemed, mille tekkimine  on omakorda otseses sõltuvuses nukleotiidsest järjestusest. Muutus uuritava DNA fragmendi ühesainsas nukleotiidis võib muuta moodustuvat konformatsiooni nii, et see on detekteeritav elektroforeesil selle DNA fragmendi liikuvuse muutumise tõttu. Elektriväljas liiguvad erinevad konformatsioonid geelis erineva kiirusega (joon. 4).