Poliitilisi repressioone koordineerisid NSV Liidu NKVD operatiivgrupid, kasutades selleks esialgu sisekaitseülemale kaitseseisukorra seadusega antud pädevust ja kommunistidega mehitatud poliitilist politseid. Süüdimõistvaid otsuseid langetati hoopis mitmesuguste erikohtute (tribunalide) ja erinõupidamiste poolt Vene NFSV kriminaalkoodeksi alusel.1940. a oli Eesti Riigikohtus 16 liiget. Kohtu kauaaegne esimees Kaarel Parts suri 5. detsembril 1940. a loomulikku surma ning 1940. a suri veel üks  riigikohtunik. 6 riigikohtunikku vangistati 1940-1941, kõik nad hukkusid vangilaagrites, kaks vangistati pärast sõda, üks riigikohtunik hukkus 1944. a sügisel Läänemerel Eestist põgenemisel. 5 riigikohtunikku pääsesid vangistamisest.