Rahandusministeeriumi hinnangul on kõige suurem kulu kogu erimärgistatud vedelkütuse tarneahela kontrollimine erimärgistusainete eemaldamise riskide vähendamiseks, samuti reidid teedel erimärgistatud vedelkütuse väärkasutamise avastamiseks ning kütusemüüjate igakuiselt esitatavate kütuse liikumise  ja müügiga seotud aruannete kontrollimine. Vedelkütuse erimärgistamisega kaasnevad kulud ka sellega otseselt või kaudselt kokkupuutuvatele kütusekäitlejatele.