Esimese kuberneri määras  Portugal Timorisse 1702. Kuberneri asukohaks sai Lifau, alates 1769 Dili. Halduskeskuse vahetuse põhjustasid kohalike hõimude rünnakud Lifaule. Samal aastal vallutas Lääne-Timori Holland ja seda aastat ongi vahel nimetatud sisulise koloniseerimise aastaks. Portugal tunnistas Ida-Timori kuulumist Hollandile alles 1859 Lissaboni rahulepinguga ja piir määratleti 1916 Haagi rahulepinguga. 1916. aasta piir ongi tänapäeva Ida-Timori ja Indoneesia vaheline piir.