Ülikoolil, kelle  autonoomia lahutamatu õigus oli see olnud, jäi vaid nõuandev roll. Tartu Ülikool, kes oli ikka valmistanud kaadrit ka teistele impeeriumi ülikoolidele, polnud sellises allasurutud seisundis veel olnud. Ministeeriumi eesmärk oli muuta Tartu Ülikool üheks provintsiülikooliks, mis toodaks talle ettekirjutatud eeskirjade järgi tüüpettevalmistusega juriste ja teisi impeeriumis vajalikke haritlasi. Peeti sobivaks, et teaduskonna õppejõud oleksid Moskva ja Peterburi ülikooli kavandike hulgast, sest neid usaldas  keskvõim rohkem. Asi oli muidugi ka puht praktiline. Tartu ülikoolis ei olnud seni peaaegu olnud vene rahvusest õppejõude.