Rahvusarhiivi loomisel 1999. aastal moodustati säilitusosakond Tartus ajalooarhiivis  ning Tallinnas riigiarhiivis seni samasisulist tööd teinud personali baasil. Rahvusarhiivi säilitusosakonna struktuuri kuulusid konserveerimis- ja tagatisfonditalitus. Osakonna põhiülesanneteks oli rahvusarhiivi säilitusstrateegia väljatöötamine, kasutus- ja tagatisfondi loomine, arhivaalide konserveerimise korraldamine ning maa-arhiivide ja arhiivimoodustajate nõustamine säilitusküsimustes.