22. detsembril 1985 tegi Mihhail Gorbatšov Jeltsinile ettepaneku hakata Viktor Grišini asemel Moskva parteijuhiks. 24. detsembril 1985 vabastas NLKP Moskva Linnakomitee pleenum, millel võttis sõna Mihhail Gorbatšov, Viktor Grišini tema kohalt "omal soovil ja seoses pensionile minekuga" ning valis ühehäälselt Jeltsini uueks esimeseks sekretäriks. Jeltsin jäi sellele kohale 1987. aastani. 18. veebruaril 1986 valiti Jeltsin NLKP Keskkomitee pleenumil NLKP Keskkomitee Poliitbüroo liikmekandidaadiks ning jäi sellele kohale 1988. aasta kevadeni. Pärast Poliitbüroo liikmekandidaatide seast väljaarvamist jäi ta NLKP Keskkomitee liikmeks.