Komisjon on oma tegevuses üsnagi sõltumatu. Tema  ülesanne on seista Euroopa Liidu ühishuvide eest ja ta ei tohi kuuletuda ühegi liikmesriigi valitsusele. Olles nö lepingute valvur, peab ta hoolitsema nõukogu ja parlamendi määruste ja direktiivide elluviimise eest liikmesriikides. Vastasel juhul võib komisjon, selleks et kohustada rikkujat järgima ühenduse õigustikku, esitada kaebuse Euroopa Kohtule.