1989. aastal taasregistreeriti Eesti Islami Kogudus, üldkoosolekul valiti juhiks Gaiar Zarip. Oma liikmeskonnalt olid Eesti Islami Kogudus ja Tatari Kultuuri Selts algselt kattuvad  organisatsioonid. 1994. aastal reorganiseeriti Islami Kogudus ja selle eesmärgiks sai kõigi Eestis elavate moslemite usulise tegevuse liitmine ja korraldamine. Islami Koguduse liikmeskonda kuuluvad ka aserbaidžaanlased, usbekid, kirgiisid, kasahhid ja teised islami regioonist pärit inimesed.