1956. aastal õnnestus Viiresel leevendunud oludes saada tööd Ajaloo Instituudis, kus ta töötas koos Harri Mooraga arheoloogiasektoris, alates 1968. aastast juhtis aga etnograafide rühma tööd. 1977. aastal moodustati eraldi etnograafiasektor, ent Viirest selle juhiks ei jäetud, sest taas meenutati tema sõjaaegseid "patte", pealegi ei astunud Viires NLKP-sse. Alles 1983. aastal õnnestus tal saada vastmoodustatud etnoloogiasektori juhiks, kelleks ta jäi 1988. aastani. Aastatel 1992-1997 oli ta Ajaloo Instituudi etnoloogia ja kunstiajaloo osakonna etnoloogia sektori kohusetäitja. 1996. aastal sai ta Eesti etnoloogia edendamise eest Riigivapi IV klassi teenetemärgi.