Jaanuaris 1920 kolis 33aastane Rahamägi Kaarmalt Tartusse. Temast sai süstemaatilise teoloogia õppejõud ning ülikooli koguduse õpetaja. Kuid selleks ajaks oli ta pidanud juba praostiametit Saaremaal ning olnud mitme koguduse õpetaja.  Mandril läks  tema karjäär ülesmäge. Olles ennast täiendanud Berliinis, kaitses ta 1924. aastal doktoriväitekirja eestlaste sündimuse teemal. Aastatel 1924-1925 oli ta Friedrich Karl Akeli ja Jüri Jaaksoni valitsuses haridusminister. 1923. aastal valiti Rahamägi ka kirikuvalitsuse liikmeks ja temast sai piiskop Jakob Kuke (1870-1933) lähedane kaastööline.  Kolme usulis-kirikupoliitilise voolu väljakujunemine  1920. aastad olid noore rahvakiriku tormiline kujunemisaeg, vaieldi tuliselt nii usu- kui  kirikukorraldusküsimuste üle. Tekkisid usulis-kirikupoliitilised voolud - konservatiivne, liberaalne ja kiriklik-konfessionaalne.  Konservatiivide eesotsas oli Kose koguduse õpetaja Harald Põld (1874-1939), kes toimetas Eesti Misjoni Seltsi väljaannet Meie Kirik, mis hakkas ilmuma juba 1920. aastal. 1922. aastast alates muutus Meie Kirik liberaalteoloogia suhtes avalikult kriitiliseks. Erilise ägedusega võitles Põld selle eest, et kiriku põhikirjast jäetaks välja liberaalidele meelepärane lisandus, et Piiblit ja  usutunnistuskirju tuleb tõlgendada «protestantismuse vaimule vastavas mõttes».  Liberaalse ehk protestantliku tiiva väsimatu ja kirglik eestkõneleja oli Tallinna Pühavaimu koguduse õpetaja Theodor Tallmeister (1889-1947). 1923. aastal hakkas tema toimetamisel kord kuus ilmuma ajakiri Protestantline Ilm, mis esindas «vabameelset usuteadust».  Tallmeister seisis üksikkoguduste autonoomia eest - sõltumatus kirikuvalitsusest lubas tal oma vaateid segamatult viljeleda - ja toetas Riigikogu liikmena 1925.  aastal vastu võetud usuühingute seaduse sätet, mis lubas kogudustel ühes oma varadega üldkirikust lahkuda. Arusaadavalt valmistas see paragrahv konsistooriumile meelehärmi.  Mõlemale tiivale vastukaaluks organiseerus kiriklik-konfessionaalne suund. Seda nimetati ka «koondavaks vooluks», kuna see seisis kiriku ühtsuse ja terviklikkuse eest. Selle suuna juhtfiguuriks sai Rahamägi.  Ajaleht Eesti Kirik kui kiriku häälekandja  Liberaalidel ja konservatiividel oli juba oma väljaanne, seepärast  vajasid ka kirikuvalitsus ja mõlema tiiva vahele jäävad kirikutegelased oma häälekandjat. Selleks kutsuti assessor Rahamäe eestvedamisel ellu ajaleht Eesti Kirik. Uue lehe prooviväljaanne ilmus 1923. aasta detsembris. Peatoimetaja Rahamägi kirjutas lugejatele suunatud pöördumises:  ««Eesti Kirik» tahab terve Eesti evang.-lutheruse kiriku ühendajaks ja koondajaks saada; ta seisab täiesti positiivselt evangeeliumi alusel; ta tahab kartmata tõe teenistuses seista; ta ei võta mitte sellepärast kõiki minevikust  vastu, et see minevikust on, ei hõiska ka mitte kõigile moodsusele vastu sellepärast, et see uudne on, vaid ta püüab nii usu, kiriku ja riigi elu evangeeliumi valgusesse tõsta ja neis asjus Kristuse meelsuse järele küsida. Temale on tähtsam kõigepealt usuline elu ja siis usuline õpetus, mitte aga enne usulised laused ja sõnad, vaatamata, kas seal sisu on. «Eesti Kirik» tahab igalpool küsida: Mida ütleb Jumal oma evangeeliumis meile meie kiriku kaudu tänapäev?»  Siin kajastub selgesti Rahamäe  positsioon - mõõdukas alalhoidlikkus ning rõhuasetus usu praktilisele küljele, mitte niivõrd dogmadele või liberaal­sele piiblikriitikale. Rahamäele oli tähtis ristiusu sotsiaalne külg ja evangeeliumi sõnumi ajakohane rakendamine.  Eesti Kiriku ilmuma hakkamine sundis nii Protestantliku Ilma kui Meie Kiriku toimetajat oma positsiooni selgitama ja täpsustama. Põld pidas vajalikuks rõhutada, et Meie Kirik jätkab misjoni ja kodumisjoni häälekandjana. Ta möönis, et «meie leht ei saa terve kiriku häälekandja olla ja  et ta ainult ühte usuvoolu meie kirikus, ja nimelt seda kõige vanameelsemat ja alalhoidlikumat, tahab esitada» (MK nr 49, 1923, lk 386-387).  Kommenteerides uue lehe taotlust olla kiriku ametlik häälekandja ning saada kõikide voolude «ühendajaks ja koondajaks», märkis Tallmeister, et Protestantlise Ilma eesmärk on usuteaduse populariseerimine ja usuliste probleemide selgitamisele kaasa aitamine (PI nr 1, 1924, lk 11-12). Ta avaldas lootust, et Eesti Kiriku ja Protestantlise Ilma vahekord kujuneb  sõbralikuks. Paraku jäid Tallmeistri ja Rahamäe suhted kirikupoliitiliste ja teoloogiliste eriarvamuste tõttu pingeliseks kuni 1934. aastani.  Eesti Kirik esindas kiriku juhtkonna ja «koondava voolu» vaateid. Rahamägi püsis peatoimetaja kohal 1923-1931. Vastutav toimetaja oli esialgu assessor Artur Sommer, 1926. aastast Jakob Aunver (1891-1978). Alates 1924. a jaanuarist ilmus leht igal neljapäeval. Selle lisadeks olid lasteleht Laste Sõber ja õigusaktide avaldamiseks mõeldud bülletään Kiriku Teataja.  1930. aastad  1931. aastal astus Rahamägi tagasi nii konsistooriumi liikme kui peatoimetaja kohalt. Hiljem seletas ta, et soovis muuta kirikukorraldust, kuid pidas paremaks nõuda reforme kirikuvalitsusse kuulumata.  Kirikupäev valis üheks assessoriks konservatiivide esindaja Jaak Variku (1882-1941), kellest sai ühtlasi kirikulehe peatoimetaja. Tallmeister kurtis, et tegelikult juhib nüüd kirikuelu Harald Põld.  1934. aastal algas kirikuelus uus ajajärk. Juunis valiti prof Rahamägi kaaluka  häälteenamusega EELK teiseks piiskopiks. Tema esimesed sammud keskendusid riigi ja kiriku suhetele ning kiriku ühtsuse taastamisele. «Protestantide skisma» lõpetati ning Tallmeister ja Voldemar Kuljus võeti ühes oma kogudustega tagasi kiriku osadusse. 1935 töötati Rahamäe eestvedamisel välja põhimäärused, mis andsid piiskopile ja kirikuvalitsusele rohkem õigusi ja tsentraliseerisid kiriku juhtimise.  Eesti Kiriku peatoimetajaks sai Jakob Aunver, keda võiks nimetada ka Rahamäe kirikuvalitsuse  «propagandaülemaks». Kirikuleht toetas ja selgitas kiriku juhtkonna poliitikat ning kiitis ajastule omaselt Konstantin Pätsi poliitilist kurssi. Riigivõim oli kiriku suhtes vastutulelik, kuid ootas kirikult omakorda avalikku toetust võimude tegevusele «rahva ravimisel».  Pätsi režiimi ajal viljeldi riigi elus «positiivseid» ja «ülesehitavaid» meeleolusid. Ka kirikuleht püüdis positiivsest küljest näidata kiriku juhtkonna saavutusi nii kirikuelu edendamisel kui välissuhete arendamisel.  Piiskopi 50. sünnipäeva  puhul (1936) andis Eesti Kirik välja Aunveri toimetatud esindusliku juubelialbumi, milles kajastati Rahamäe laiahaardelist tegevust kiriku hüvanguks.  «Piiskopisõda»  Kuid 1939. aastal lahvatas kirikus kriis. Rahamäe tsentraliseeriv ja mõnede meelest «katoliseeriv» kirikupoliitika oli tekitanud vastasrinna, kes ühendas jõud pärast seda, kui sai avalikuks piiskopi kavatsus oma abielu lahutada. Kuid ilma riigivõimu abita poleks nad ilmselt suutnud Rahamäge tagandada, sest viimasel oli kirikus  täiesti arvestatav toetuspind.  Avalik skandaal piiskopi ümber kogus hoogu 1939. aasta talvel ja kevadel, eriti kuumaks läks võitlus suvel, kui kaheksa praosti nõudsid piiskopi tagasiastumist. Eesti Kirik selles võitluses esialgu kaasa ei löönud, kuid ilmalik ajakirjandus vahendas mõnuga teateid «piiskopisõja» rindelt.  14. septembril, kui kriis oli jõudnud haripunkti, peatas vabariigi valitsus siseminister Richard Veermaa ettepanekul piiskopi, konsistooriumi ja kirikukogu tegevuse. Eesti Kiriku endine  peatoimetaja, Rahamäe-vastase opositsiooni üks liidreid Jaak Varik nimetati EELK hooldajaks. Tema ülesandeks oli kiriku juhtimine kuni uue piiskopi valimiseni.  Võimupööre kirikus kajastus ka Eesti Kiriku juhtimises. Kui 14. septembri numbris avaldati piiskopi otsus kolme vastasrinda kuuluva praosti tagandamise kohta, siis 21. septembri lehenumbri päises seisis juba uue peatoimetaja Albert Soosaare nimi ja esilehel oli avaldatud Jaak Variku artikkel «Mis peame meie tegema?». Kriis lahenes alles Johan  Kõpu valimisega piiskopiks 1939. a detsembris.  Viimaks olgu märgitud, et viiest sõjaeelsest Eesti Kiriku peatoimetajast kaks - Rahamägi ja Varik - hukkusid nõukogude võimu ohvritena 1941. aastal. Mõlemad olid enne kirikujuhiks saamist juhtinud kirikulehte. Aunver oli paguluses ajakirja Eesti Kirik toimetaja. Soosaar oli pärast sõda Hageri ja Tallinna Jaani koguduse õpetaja. 1940. aastal lühikest aega peatoimetaja olnud Anton Eilart täitis 1944 piiskopi kohusetäitja ülesandeid, ta arreteeriti ja  saadeti asumisele.  Veiko Vihuri kaitses 2007. a Tartu ülikoolis doktoritöö «Hugo Bernhard Rahamägi, Eesti Evangeelse Luterliku Kiriku teine piiskop 1934-1939».