On kasulik meeles pidada, et mutatsiooni mõiste on sügavam, kui lihtsalt muudatus mingis kindlas geenilookuses - tüüpiliselt punktmutatsioon, mis asendab ühe nukleotiidi teisega. Kuivõrd enamus meie geenidest on vähemasti kahes eksemparis (kaks alleeli) ja paljud ka enamate alleelidena, on võimalik ka rekombineerumine. Siiski märgime, et paljalt koopiate olemasolu ei taga rekombineerumist: nii näiteks on metazoa mtDNA koopiate arv rakus väga suur - keskmiselt 1000 ja munarakus kogunisti vast 100 000, kuid nad ei rekombineeru (vähemasti valdavalt). Samuti ei rekombineeru näiteks suurem osa Y kromosoomist - siin on aga seletus lihtsam - ta on ühes koopias ja pole, millega rekombineeruda (v.a. väike osa, mis on homoloogne X kromosoomiga) Seega, kuigi ka rekombineerumine on mutatsioon, on ta sedavõrd erimoodi mutatsioon ja sedavõrd spetsiifiliste mehhanismidega tagatud, et on kasulikum mitte kasutada tema puhul üldmõistet.