Nõukogude võimu kehtestamisega Eestis 1940. a. kadus vajadus kinnistusametite järele, kuna kinnisvarade põhiliik - maa - muutus riigi omanduseks ega võinud olla enam ostu-müügi, pantimise jms. tehingute objektiks. ENSV Kohtu Rahvakomissariaadi määrusega  29. detsembrist 1940. a. nad likvideeriti. Saksa okupatsiooni  ajal taastati kinnistusametite tegevus Eesti Omavalitsuse justiitsdirektori määrusega 23. septembrist 1941. a. Lõplikult likvideeriti nad pärast Eesti NSV vabastamist 1944. a.