Eestlaste usuelust on vähe teateid, küll aga võib arvata, et katoliku kiriku tähelepanu nn. mittesakslastele oli vähemalt linnades üsna suur. Tallinnas peeti kõigis linna kirikutes ja kloostrites alamsaksakeelsete jutluste kõrval ka eestikeelseid. Teiste linnade kohta pole selgeid teateid, ent tõenäoliselt oli olukord seal samalaadne. Maal püsisid paganlikud kombed nagu mittekiriklikud abielud ja matused ning loodusobjektide austamine kogu keskaja vältel, ent hiljemalt 15. sajandiks  olid need tavad tugevasti põimunud katoliiklusega. Selleks ajaks hakkasid põliselanikud kasutama ka valdavalt kristlikke nimesid.