19. sajandi lõpul tekivad Eestis ka esimesed baptisti- ning seitsmenda päeva adventistide kogudused, 20. sajandi alguses lisanduvad neile metodistid ning nelipühilased. Luterlik kirik säilitab traditsioonilise kirikuna siiski oma juhtpositsiooni, 19. sajandi rahvusliku ärkamise ajajärgul mängivad olulist rolli paljud eesti soost kirikuõpetajad, ühildades oma jutlustes ja tegevuses Piibli põhimõtted rahvuslikkuse rõhutamisega. Erilisi teeneid selles vallas on näiteks Jakob Hurdal.