Vaktsiinid on väga tõhusad - tänu neile on teatud nakkushaigustesse haigestumine oluliselt vähenenud või üldse kadunud. Enamus lapseeas tehtavatest vaktsineerimistest kujundavad immuunsuse 90-99%-l vaktsineeritutest. Mõnevõrra väiksem tõhusus on läkaköhavaktsiinil (ligikaudu 85%) ja tuberkuloosivaktsiinil (kuni 80%). Kui mingi haiguse vastu  vaktsineeritud laps seda haigust ka põeb, teeb ta seda kergemal kujul.