Ülikooli tegevus katkes 1656. aastal, kui venelased linna tungisid, selle rüüstasid ja põletasid. Seejärel läks aega 1689. aastani. Käisid mitteametlikud läbirääkimised, et viia ülikool üle Narva. See mõte kohtas vastuseisu, kuna Narva linn leiti olevat täis armatsejaid ja kaubitsejaid ning seega polnud seal tudengeile sobivmiljöö. Ülikooli hilisem periood oli lühiajaline. Juba 1699. aastal ähvardas  Tartut uus kallaletung ning ülikool koliti Pärnusse, kus see tegutses kuni 1710. aastani.