Suurem osa Jaapani jõgedest on lühikesed (alla 300 km) kiirevoolulised mäestikujõed. Enamasti on nad mittelaevatatavad, see-eest kujutavad nad endast väärtuslikku hüdroenergia allikat. Jaapani pikim jõgi on 367 km pikkune Shinano jõgi, mis läbib Nagano ja Niigata prefektuure  ning suubub Jaapani merre. Suurim mageveejärv on Kyōtost kirdes paiknev Biwa järv.