Kuna Eesti territoorium oli üle ujutatud okupatsioonivägedest ja NKVD tegevus muutus üha ulatuslikumaks, olnuks avalik või relvastatud vastupanu selge enesetapp. See pidi jääma soodsamaid aegu ootama. Neis tingimustes oli mõeldav üksnes põrandaalune tegevus  ja sedagi nende isikute poolt, kes seni ei olnud ühiskondlikus elus silma paistnud. Endistel riigi- ja poliitikategelastel hoiti NKVD poolt teraselt silma peal ning neil oli mõeldamatu midagi üritada. Nii kujuneski välja, et põrandaaluse vastupanuliikumise kandjaks said peamiselt koolinoortest koosnevad salaorganisatsioonid. Ent oli ka mitmeid organisatsioone, mille liikmed olid koolipoisieast ammu väljas.  Põrandaalused vastupanugrupid tekkisid vahetult pärast Eesti okupeerimist ja tegutsesid kuni  Saksa vägede saabumiseni. (Mõned rühmitused tegutsesid ka Saksa okupatsiooni ajal ning nende tegevus jätkus pärast Eesti taasvallutamist Punaarmee poolt.)  Rahvusarhiivi filiaali Parteiarhiivis säilitatavate NKVD toimikutes sisalduvatest süüdistusmaterjalidest nähtub, et suurem osa süüdimõistvaid otsuseid käsitles osalemist "kontrrevolutsiooniste mässuorganisatsiooni" või "nõukogudevastase natsionalistliku organisatsiooni" tegevuses. Esimesi süüdistati kavatsuses kukutada nõukogude võim Eestis, teiste  puhul oli tegemist vaid nõukogudevastase natsionalistliku propagandaga. Vastavalt sellele diferentseerusid ka karistused: mässuorganisatsioonide liikmete puhul kohaldati sageli "sotsiaalse kaitse kõrgemat määra" - surmanuhtlust mahalaskmise läbi, samal ajal kui nõukogudevastasesse organisatsiooni kuulumise eest võis pääseda 2-5 aastaga.  Seega oli enamus "kontrrevolutsioonilisi mässuorganisatsioone" NKVD looming. Rikkaliku repressioonipagasiga NKVD nägi igas rahulolematuse ilmingus rezhiimi kukutada  üritavat vandenõu ning püüdis tegelikke ja kujutletavaid "klassivaenulikke elemente" eos likvideerida. Kui märgati mõnd kahtlast seltskonda, püüti sinna oma agente sokutada.  Tshekistide küüsi sattunute kohta käibis põhimõte: "leidus inimene, leiame talle ka paragrahvi." Tõrksate suhtes rakendati kogu NKVD uurijate piinamisarsenali, mida on kujukalt kirjeldanud Aleksandr Solzhþenitsõn Gulagi arhipelaagis. Enamasti sellest piisas, et panna ülekuulatavaid omaks võtma ükskõik kui absurdseid süüdistusi, et  ainult päästvasse vangikongi tagasi pääseda. Nagu allpool näeme suutis vaid mõni üksik piinakonveierile sattunu kindlaks jääda, mitte reeta kaaslasi või omaks võtta ilmseid valesüüdistusi. Suuremal osal vangistatutest käis see üle jõu.  Mitte alati ei jõudnud NKVD uurijad eesmärgile kondimurdmismeetoditega. Tihti kasutati meelitamist ja arreteeritule lubati igasuguseid kergendusi tingimusel, et ta süü üles tunnistaks ja kaasosalised üles annaks. See aga oli aeganõudev meetod, mida kasutati suhteliselt  harva.