Viimast süstemaatika perioodi, mis hakkas arenema peale 1859. a., mil Charles Darwinilt ilmus tema evolutsiooniõpetust esitav teos "Liikide tekkimine loodusliku valiku teel", on nimetatud loomulike süsteemide perioodiks. Siin tuleks täpsustada, et mõiste "loomulik rühm" või "loomulik süsteem" on sageli vanemas kirjanduses jäänud lahti mõtestamata. Terminil "loomulik süsteem" on kindel sisu ainult siis, kui me vastandame teda kunstlikele süsteemidele. Viimaste aluseks on ju see, et klassifitseerimise e. rühmitamise aluseks võetakse mingi üksik, kunstlikult tervikust välja rebitud tunnus. Linné taimede süsteemis on selleks näiteks tolmukate arv, või nagu Parmasto toob oma raamatus tabavalt näiteks, võib mõnes raamatukogus raamatute rühmitamisel selliseks tunnuseks olla raamatu formaat. Loomulike süsteemide puhul on aluseks mitte ükskõik milline, vaid oluline tunnus või tunnused. Kui aga rääkida mitte süsteemidest üldiselt, vaid eluorganismide süsteemidest, siis tänapäeval saame loomulikeks pidada ainult neid süsteeme, mis peegeldavad organismide omavahelist sugulust ja nende ajaloolist arengut. Fülogeneetilisusele pretendeerivaid süsteeme nii taimede, loomade kui teiste organismide kohta, samuti kogu elusa looduse arengut hõlmavaid süsteeme on käesoleval sajandil pakutud kümnete teadlaste poolt. Enim kasutatud taimesüsteemide autoritest vöiks nimetada Berliini ülikooli professorit Englerit (1844-1930), Viini ülikooli professorit Wettsteini (1862-1931) ning endise NL tuntud taimeteadlast Tahtadzhjani.