Kloostrihoonestusse kuuluv kirik oli kuni 1716. aastani rootsi Püha Mihkli koguduse käes, siis sai sellest õigeusuliste Issanda Muutmise peakirik. 1720. aastast pärineb Ivan Zarudnõi valmistatud ikonostaas, üks silmapaistvamaid barokk-kunstiteoseid Tallinnas. Barokne on ka 1776. aastal valminud tornikiiver. Suuremad kiriku  välisilmet muutnud tööd toimusid aastatel 1827- 1830, kui kiriku fassaad sai klassitsistliku välimuse. Pärast Toompeal asuva Aleksander Nevski katedraali valmimist hakkas kirik kuuluma eesti õigeusu kogudusele.