Keskkonnaprogramm jaguneb mitmeteks  alamprogrammideks, mille raames on võimalik keskkonnaalastele projektidele toetust küsida kohalikel omavalitsustel, keskkonnakaitsega seotud organisatsioonidel, MTÜ-del ja sihtasutustel, äriühingutel ning teadus- ja haridusasutustel.