Kuna kohalik õppejõudude kaader puudus, loodi see Tartusse kutsutud professoritega, kes säilitasid oma senised teaduskontaktid. Seetõttu kujunes ja arenes ka Tartu Ülikool oma õppetegevuses ühises Euroopa kultuuriruumis. Abi oli ka Lundi Ülikoolist. Õppeained filosoofiateaduskonnas jagunesid pärisfilosoofilisteks (metafüüsika, loogika, dialektika, retoorika, eetika, poliitika) ning natuurfilosoofiaks, mis oli seotud loodusteadustega.