Inimene muudab hobust kasutusotstarbest sõltuvalt. Ka eesti hobune on pidevalt muutunud. Sajandite vältel kasutati teda sõjahobusena ning tema kuulsus ulatus kaugele Eestimaa piiridest. Sõjahobuselt nõuti eelkõige vastupidavust, kiirust, julgust ja vähenõudlikkust. Alates XIX sajandist kuni XX sajandi  seitsmekümnendate aastateni kasutati eesti hobust põhiliselt tööloomana ning aretati teda suuremaks ja raskemaks eelkõige ristamise teel, mille tulemusel hobukoosseis muutus ebaühtlaseks.  Tänapäeval on hobune kaotanud oma tähtsuse tööloomana, eesti hobust kasutatakse laste või hobiratsutajate hobusena, perehobusena, turismis ja spordis. Arvatavasti nii jääb see ka tulevikus. Eesti hobune on perspektiivne rakendihobune.  Mitmekülgse kasutusotstarbega hobustel peavad olema teatud ühised omadused: hea  iseloom, julgus, kuulekus, energilisus, hea liikumine, vähenõudlikkus, tugev, kuiv konstitutsioon ja proportsionaalne kehaehitus.  Kuid mitte igasugust hobust ei tasu säilitada, seega on eesmärgiks ka hobuste aretus: nende välimiku ja jõudlusomaduste parandamine.  Ohustatud tõu puhul ei saa kasutada samasuguseid aretusmeetodeid kui arvukas tõus, sest meetod, mis arvuka tõu puhul on progressiivne, võib hukutav olla piiratud genofondiga tõus.  Näiteks paremate täkkude laialdane kasutamine ja  tendents intensiivsele hobuste parandamisele ahendab genofondi, väheneb heterosügootsus ja suureneb inbriidingu koefitsient.  Vaatamata sellele, et eesti tõus on nii liinide kui ka täkkude arv aretustööks piisav, ei ole tegelik olukord sugugi hea. Nagu hetkeolukorra analüüsis öeldud, on erinevate liinide täkud üksteisega märade kaudu lähissugulased. Suur aretuslik tähtsus on märadel, kes põlvnevad kadunud liinidest või olemasolevate liinide vähemtähtsatest harudest. Need suhteliselt võõra põlvnemisega ja  täkuemadeks sobivad märad tuleb eraldi arvele võtta ja paaritada individuaalse paaritusplaani alusel nende liinide täkkudega, kellel ei ole liinijätkajat.  Vabapaaritus ja suured paaritusgrupid takistavad individuaalset paaridevalikut. Et individuaalset paaridevalikut saaks korraldada, tuleks teha selgitustööd hobuseomanike hulgas ning soovitavad paaridevalikud teostada käestpaarituse teel varakevadel enne karjatamisperioodi algust.