Valgamaa metskonna metsamaa pindalast 15% moodustavad rangelt kaitstavad ja 17% majandamispiirangutega  metsad ( Tabel 2 ). Vääriselupaigad moodustavad metskonna metsamaa pindalast 1,4% ehk 644 ha. Metskonna maadel on registreeritud 5 I kategooriasse ja 31 II kategooriasse kuuluvat kaitsealust liiki. Täpsem ülevaade metskonna maadel esinevate kaitsealuste liikide kohta on esitatud  Tabelis 3 .