Ta tunnustas tsistertslaste riitust. Tsistertslaste ordus abstinentsi pärast tekkinud vaidluses kinnitas Aleksander VII novembris 1657 Prièresi tsistertslaste kloostri abtile Sixtus IV otsuse toore liha kasutamise kohta. Vaidluse jätkudes kutsus paavst 26. jaanuaril 1662 tsistertslasi probleemi arutamiseks Rooma. Ühisobservandid saatsid Rooma Claude Vaussini, ranged observandid Val-Richeri abti ja La Trappe'i klooster Armand Jean de Rancé. 19. aprillil 1666 avaldatud bullas 'In suprema' lõpetas Aleksander VII vaidluse ja moodustas mõnest tsistertslaste kloostrist ühisobservandid, kuid ranged observandid jäid Cîteaux' abti jurisdiktsiooni alla. Paavst sätestas, et visitatsioonid peavad olema regulaarsed, tsistertslased peavad elama kloostrites, kloostrites tuleb kinni pidada öörahust ja ta kohustas tsistertslasi kasutama tonsuuri.