Neogeeni kliima, taimestik ja loomastik sarnanesid üldjoontes nüüdisaegsetega, kuid miotseenis oli soojem: Lõuna-Euroopas kasvasid nt. palmid, mirdid, mammutipuud ja sooküpressid. Pliotseenis tekkisid tänapäevased taimkattevööndid (peale tundravööndi).