Natura 2000 võrgustiku eesmärk on säilitada või vajadusel taastada üle-euroopaliselt ohustatud liikide ja elupaikade soodne seisund. Liikide ja elupaikade seisundi määramiseks on välja töötatud metoodiline juhend. Selle juhendi järgi hindasid 25 EL liikmesriiki loodusdirektiivi elupaikade ja liikide seisundit esmakordselt 2007. aastal. Analüüsi tulemusena leiti, et üle-euroopaliselt on soodsas seisundis vaid 17% ühenduse tähtsusega elupaikadest ja liikidest. Ülejäänud liikide ja elupaigatüüpide seisund hinnati ebapiisavaks, halvaks või on neid liike ja elupaiku nii vähe uuritud, et seisund on teadmata.