Kui rootsi aja algul viidi Eestimaal läbi uus administratiivne jaotus, siis Läänemaa ranniku aladest koos Haapsalu linnuse ja linnaga moodustati omaette üksus - 1628 läks koos rea mõisatega Haapsalu läänis müügi teel Rootsi riigimarssal krahv 1652 läks Haapsalu linn koos muude sama lääni valdustega üle tema pojale 1665. a. sunnitud need valdused pantima oma väimehele krahv Otto Wilhelm von Königsmarckile. Pandivahetuskord muutus pärisomandiks. 1680. aastail Eesti- ja Liivimaad tabanud mõisate reduktsioon, mille tagajärjel ka Rootsi kõrgaadlikke valdusse langenud Balti väikelinnad jälle otseselt Rootsi keskvalitsuse alluvusse üle läksid, Haapsalut ei tabanud, sest nimetatud linn koos rea ümbruskonna mõisatega olid omal ajal Jakob De la Gardie'le müüdud, mitte doneeritud. Ka Königsmarckidele olid valdused hiljem müügiteel üle läinud     Vanad 1594. Linnale laevasõiduõigus.  Riik lubas ülal pidada kahte kirikuõpetajat, kooli ja vaestemaja. Mahapõlenud kinnistute taastamiseks anti endistele omanikele või nende pärijatele piisavalt aega. 17. sajandi algul laastasid linna nälg, mis ei võimaldanud realiseerida ka linnale antud soodsaid privileege. 1629. a. vastu tulles Tallinna linna nõudmistele, andis kuningas korralduse sulgeda tollikontor. 26. juulil 1654 lubas Axel Julius De la Gardie kaubelda Haapsalu kodanikel Hiiumaal. Linnale eriti soodne periood olid aastad 1665. aastast lubas riik jätta Haapsalul pool kogutud seitse raeliiget.1628. a. kui moodustati krahvkond jäid linnas võimu teostama krahv De la Gardie määratud lossikohus. Raad lõpetas sisulise tegevuse. kaotati bürgermeistri amet ja rae koosseisu kärbiti poole võrra. Linn asunud käsitöölised ei pruukinud taotleda kodanikuõigusi. 1648. a. kaebasid linnakodanikud kuninganna Kristinale linna õiguste rikkumise üle krahvi ametnike poolt. Kaebuse tagajärjel moodustas krahv komisjoni, mis moodustas linna jaoks erilise põhikorra. Muuhulgas oli selles ka nimekiri isikutest, kes pidid astuma linnakodanikeks, kui nad ka edaspidi soovisid kasutada linnas töötamise ja elamise õigusi. Kodanikuks saamisega kaasnes ka vastav maks. Kuni 1655. aastani oli see üks riigitaaler, kuid alates bürgermeister Christian von Huseni ajast neli riigitaalrit.1665. aastal oli kodanikuraha tõusnud kaheksa riigitaalrini. bürgermeistri amet ning sellele kohale määrati linnakodanikele vastumeelne Christian von Husen. Bürgermeister Heinrich Kohl(1664-1667) suutis teha viljakat koostööd krahv kinkis linnale raekoja ehitamiseks 1627. a. elas oletuste põhjal Haapsalus umbes sakslased, vähem oli rootslasi. 1658. a. kodanike ja linnaelanike nimekirjas on 22 kodanikku, 11 isikut, kes polnud veel kodanikud ja 14 leske. 17. sajandi 90ndatel aastatel arvatakse Haapsalus elanud olevat umbes 600 inimest.. See oli ka rootsiaegse Haapsalu elanike arvu ülempiir, sest peagi saabus raske nälja-, sõja- ja katkuaeg.