Teiseks anabaptistide iseärasuseks oli riigi ja kiriku lahususe taotlemine. Ametlik reformatsioon sai toimide peamiselt tänu sellele, et kiriku ja ilmalik võim oli koondunud nn magistraatidesse, mis valitsesid suhteliselt väikeste vürstkondade või  linnriikide üle. Reformeeritud kiriku huvides oli oma mõjuala puhastada katoolsetest mõjudest ning ka radikaalidest ja hereetikutest (viimased kaks olid ametliku reformnatsiooni seisukohalt samased).