II taotlusvoor keskendub põlevkivi kaevandamise ja kasutamisega seotud temaatikale: põlevkivi kadudeta ja keskkonnasäästlik kaevandamine, CO2 -vaba põlevkivielektri tootmise arendamine, uute põlevkiviõli tootmistehnoloogiate  väljatöötamine, põlevkiviõli ja elektrienergia koostootmise tehnoloogia väljatöötamine, põlevkivist diiselkütuse või selle komponentide tootmine, põlevkivi töötlemise käigus tekkivate jäätmete - tuhk, aheraine - rakendusalade arendamine, soojusressursi senisest parem ärakasutamine.