Fjodor sai tsaariks vaid 16-aastaselt, kuid  juba siis oli ta tervis niivõrd vilets, et ta ei lahkunud Kremli müüride vahelt ega saanud kahest abielust järeltulijaid. Tema haiguse asjus täit selgust pole, ent ilmselt olid tema füüsilised puuded kaasasündinud. Võimalik, et neile lisandusid edaspidi pikaajalised haigused, näiteks skorbuut.