Puhastamisel eemaldatakse vahenditelt mustus, tolm ja suurem osa mikroobidest. Puhastus seisneb eelnevalt keemilistes lahustes (näiteks glutaaraldehüüdis) leotatud instrumentide mehaanilises puhastamises harjade abil, millele järgneb loputamine puhtas voolavas vees. Puhastus viiakse läbi  mehhaaniliselt mustust eemaldava pindaktiivse aine abil.