17. juunil 1940 okupeeris Nõukogude Liit Eesti Vabariigi. 22. juunil 1940 tagandati Johan Laidoner Sõjavägede Ülemjuhataja ametikohalt ja saadeti erru. 19. juulil 1940 vangistati ta koos abikaasaga Tallinnas NKVD poolt ja mõlemad küüditati Venemaale Penzasse. Nad arreteeriti sealsamas 28. juunil 1941. 1942.  a. viidi Moskva kaudu Kirovi vanglasse. 1945-1952 oli Ivanovo vanglas, 1952 viidi Moskvasse, kus mõisteti Nõukogude Liidu Riikliku Julgeoleku Ministeeriumi Erinõupidamisel 25-ks aastaks vangi. Seejärel saadeti Vladimiri vanglasse, kus suri järgmisel aastal.