Ramzi Yousef põgenes peale pommipanemist Pakistani, kuid ta arreteeriti 1995 aasta veebruaris Islambad'is ja saadeti tagasi Ameerika Ühendriikidesse kus teda ootas kohtuprotsess. Sheikh Omar Abdel Rahman mõisteti süüdi 1996. aastal seostades teda pommipanekuga ja paljude teiste kriminaalaktidega kogu eluks. Yousef ja Eyad Ismoli mõisteti samuti süüdi novembris 1997 pommiplahvatuste eest. Neli teist inimest mõisteti süüdi 1994 aasta maikuus.