Ammoonium on ainuke anorgaaniline ühend, mida bakterid saavad orgaaniliste ühendite (aminohapped) sünteesiks otseselt kasutada. Teiste anorgaaniliste ainete (näiteks nitraadid) koostises olev lämmastik tuleb eelnevalt viia ammooniumiks. Vastavat protsessi nimetatakse denitrifitseerimiseks. Kirjeldatud on ka vastupidist protsessi - nitrifitseerimist, kus ammoonium konverteeritakse nitraadiks ja nitritiks. Osa baktereid kasutavad nitraate näiteks hapniku asemel terminaalsete elektroniaktseptoritena. Nitraatne hingamine on bioloogiliselt oluline energia tootmiseks anaeroobsetes tingimustes.