Halduskorraldus. Nagu enne, nii ka nüüd jäi Eesti ala jagatuks kahe kubermangu vahel. Põhja-Eesti neli maakonda (Lääne-, Harju-, Järva- ja Virumaa), mis olid Rootsi kätte läinud juba Liivi sõjas, moodustasid Eestimaa kubermangu. Poolalt vallutatud aladest, Lõuna-Eestist ning Põhja-Lätist kujunes Liivimaa kubermang, keskusega Riias. Eesti alalt kuulusid Liivimaa kubermangu Pärnu- ja Tartu maakonnad, mis olid tänapäevastest vastavatest maakondadest märksa suuremad, hõlmates kogu Lõuna-Eesti mandriosa. Saaremaa, mis liideti Rootsi valdustega alles 1645. aastal Taaniga sõlmitud Brömsebo rahuga, kuulus vormiliselt Liivimaa kubermangu, säilitades aga edaspidi teatud eriseisundi. Erinevalt teistest maakondadest oli Saaremaal oma asehaldur, rüütelkond, kirikuvalitsus(konsistoorium) ning Eesti- ja Liivimaast erinev maksusüsteem. Viimase Eesti alana läks Rootsi riigi alla 1660. aastal Oliva rahuga seni Kuramaa piirkonnale kuulunud Ruhnu saar. Rootsi võim ei ulatunud üksnes Eesti kagunurka Setumaale, mis jäi nagu keskajalgi Venemaa alla. Nii Eesti-, kui ka Liivimaa kubermangu kõrgeimaks valitsusametnikuks oli kuninga enda poolt määratud ning talle vahetult alluv kindralkuberner(elasid vastavalt Toompeal ja Riias). Nad kamandasid oma haldusalal asuvat sõjaväge, nimetasid ametisse ja kontrollisid riigiametnike tõid, jälgisid raha laekumist ja kulutamist kubermangus, kandes hoolt ka postiteenuse, teede ja sildade korrashoiu ning avaliku korra eest.