Võrumaa metskonna metsamaa pindalast 13% moodustavad rangelt kaitstavad ja 12% majandamispiirangutega metsad ( Tabel 2 ). Vääriselupaigad moodustavad metskonna metsamaa pindalast  1,3% ehk 560 ha. Metskonna maadel on registreeritud 5 I kategooriasse ja 34 II kategooriasse kuuluvat kaitsealust liiki. Täpsem ülevaade metskonna maadel esinevate kaitsealuste liikide kohta on esitatud  Tabelis 3 .