ÜRO egiidi all töötanud ekspertide värskes ettekandes hoiatatakse, et liiga äkiline ja laialdane biokütustele üleminek toob loodetud kasu asemel kaasa väga raskeid probleeme ning sel võivad olla tõsised tagajärjed nii inimeste heaolule kui ka keskkonnale.  UN Energy raportis Sustainable Bioenergy: A Framework for Decision Makers märgitakse, et kuigi biokütuste kasutamine iseenesest kujutab enesest keskkonnasõbralikumat alternatiivi fossiilsetele kütustele, võivad nende suuremahulisel tootmisel olla laialdased negatiivsed mõjud, kuna maha tuleks võtta hulganisti metsa, mitmel pool juba praegu väga tõsiseks probleemiks olev veekriis süveneks veelgi ning toiduhinnad teeksid tõenäoliselt läbi märkimisväärse tõusu.  Raportis tuuakse esile, et kuigi biokütuste tootmise laiendamine aitab kontrolli all hoida kasvavat energiakriisi ja loob hulganisti uusi töökohti, annab toiduainete, põllumajandusmaa ning -tarvikute hinna tõus kõige valusama löögi just vaeste riikide elanikele.  Näiteks 2006. ja 2007. aastal maailmaturul  aset leidnud maisi hinna tõusu üheks põhjuseks peetakse just nimelt biokütuste tootmise mahu suurenemist.  Suurem nõudlus biokütuste järele on juba kaasa toonud atmosfäärist süsinikku eemaldavate metsamassiivide vähenemise mitmes maailma piirkonnas, mis võib tekitada paradoksaalse olukorra, kus kasvuhoonegaaside vähendamiseks tehtavad jõupingutused hoopis tõstavad selle kogust atmosfääris.  Vaid üht tüüpi kultuurtaimede laialdane kasvatamine annab asjatundjate kinnitusel hoobi looduslikule  mitmekesisusele.  Ka kinnitavad eksperdid, et biokütuste kasvuhoonegaaside emissioone vähendav mõju ilmneb ennekõike kombineeritud energia- ja soojatootmise puhul ning transpordis see sama head efekti ei anna.  Nii Euroopa Liit kui ka  Ameerika Ühendriigid võtsid aga hiljuti eesmärgiks tõsta lähimate aastakümnete jooksul hüppeliselt just ennekõike transpordis kasutatava biokütuse osakaalu.  Olukorras, kus globaalne biokütuste toodang on viimase viie aastaga kahekordistunud ja kahekordistub prognooside kohaselt järgneva nelja aasta vältel taas, soovitavad ÜRO eksperdid maailma valitsustel antud küsimusse väga tõsiselt suhtuda.  Ühe regulatsioonivõimalusena soovitatakse kehtestada rahvusvaheline "rohelise" biokütuse sertifikaat, mis  tagab, et kõigis biokütuse valmistamise järkudes on lähtutud keskkonnasäästlikest põhimõtetest.    Vaata ka: