Rootsi ajal saabus meie maale hulgaliselt rootsi soost kirikuõpetajaid. Pilt, mis neile avanes, oli enam kui trööstitu. Suur osa kirikuitest oli purustatud, paljud maakohad ka rahvast tühjaks jäänud ning ellujäänutel puudusid sageli ristiusust algelisemadki teadmised. Rootsi esindajad iseloomustas suhtumine möödunud sõjasse kui Jumala karistusse, Rootsi kuningat seevastu peeti sõjaviletsusist päästjaks, kelle vastu tuleb üles näidata tänulikkust ja kuulekust. Eestimaa piiskoppidest tuleks ära märkida Johannes Rudbecki ja Joachim Jheringi tegevus 17. sajandi esimesel poolel, kelle eestvõtmisel asuti siinset kirikuelu (ümber)korraldama. Maa jaotati praostkondadeks, töötati välja visitatsioonikord ning kirikuõpetajatele anti juhised rahvale katekismuse õpetamiseks. Kirikuelu korraldamisel Liivimaal mängis olulist rolli superintendent Herman Samson (1622-1643), kellel tuli sageli kogeda, et Liivimaa talupojad teavad tänu jesuiitide tegevusele hoopis rohkem katoliku õpetusest, kui Lutheri katekismusest.