Eurooplased ei hõivanud Tšiilit korraga, vaid vähehaaval. Maputšed olid  väikesearvulised, kuid avaldasid visa vastupanu. 1553. aastal alanud ülestõusu käigus tapsid nad Valdivia ja hävitasid hulga eurooplaste asundusi. Järgmised suured ülestõusud toimusid 1598 ja 1655. Iga ülestõus lõppes koloonia lõunapiiri nihutamisega kaugemale põhja poole. Vangistatud maputšedest ei olnud tööjõuna kasu ja nii aitas maputšede vastupanu kaasa orjanduse keelustamisele Tšiilis Hispaania kuninga poolt 1683. Sellest hoolimata jäid hispaanlaste ja maputšede suhted pingelisteks.