Struktuurivahendite kasutamiseks on igal  liikmesriigil loodud rakendussüsteem ning välja töötatud alusdokumendid.    Perioodil 2004-2006 lähtuti struktuurivahendite jaotamisel "Eesti Riiklikust Arengukavast 2004-2006" ja selle programmitäiendist, perioodil 2007-2013 asendab neid Riiklik struktuurivahendite kasutamise strateegia 2007-2013. Eestis vastutab struktuurivahendite rakendamise eest korraldusasutusena Rahandusministeerium.    Struktuuritoetuse jaotamise aluseks olevad ning riiklikust  struktuurivahendite strateegiast lähtuvad rakenduskavad (inimressursi, elukeskkonna ja majanduskeskkonna arendamise rakenduskavad) on ette valmistatud ministeeriumite poolt. Rakenduskavades toodud sisuliste eesmärkide täitmise eest lasub vastutus rakendusasutustel (ministeeriumid ja riigikantselei).    Rakendusüksused (riiklikud ametid ja inspektsioonid, riigi sihtasutused, riigi aktsiaseltsid, nt SA Innove, EAS) menetlevad toetuse taotlusi, kontrollivad väljamaksetaotlusi ning kulude abikõlblikkust, teevad väljamakseid, teostavad järelevalvet projektide üle ning nõustavad toetuse saajaid.    Kuidas toimub struktuuritoetuse eraldamine?