Teaduslik ateism on üldjoontes jagatud järgmisteks alaliikideks: 1. Religiooni teaduslik uurimine a) religioonifilosoofia b) religioonisotsioloogia c) religioonipsühholoogia d) religioonilugu 2. Religioonikriitika 3. Ateistliku hariduse teooria 4. Ateismiajalugu