Transkriptsioon ja replikatsioon ei ole bakterirakus ajaliselt lahutatud. Eriti tihedalt on need protsessid seotud kiiresti kasvavates bakterirakkudes, kus korraga töötavad 6 või rohkem replikatsioonikahvlit. Replikatsiooni kiirus on transkriptsiooni kiirusest ligikaudu 20 korda suurem. Seega peaksid RNA-d ja DNA-d sünteesivad ensüümkompleksid omavahel kokku põrkuma. Eelistatult toimuvad replikatsioon ja transkriptsioon samasuunaliselt. Kui replikatsioonikahvel jõuab järele RNA polümeraasile, pühib ta selle teelt ning liigub edasi. Promootorilt toimub uus transkriptsiooni initsiatsioon. Kui replikatsioon ja transkriptsioon toimuvad vastassuunaliselt, on replikatsioonikahvli liikumine tugevasti pidurdatud ning ka sel juhul toimub RNA polümeraasi kõrvaldamine DNA ahelalt. Lisaks, kui replikatsioon ja transkriptsioon toimuvad vastassuunaliselet ning replikatsioon toimub operoni lõpust promootori suunas, on transkriptsioon inhibeeritud kogu selle aja vältel, mis kulub operoni replitseerumiseks. Seega on geenide avaldumise seisukohalt väga oluline, kas neid transkribeeritakse replikatsioonikahvli liikumisega samas suunas või sellele vastu. > 90% geenidest paiknevadki E. coli kromosoomis nii, et nende transkriptsioonisuund ühtib replikatsioonisuunaga. Eriti kehtib see geenide kohta, mille avaldumine on oluline rakkude kiire kasvu korral. Geenid, mille transkriptsioon toimub harva või neid transkribeeritakse kehvades kasvutingimustes, on kromosoomis juhuslikult orienteeritud.