Läänesaarte veemajandusprojekt jagunes kaheks alamprojektiks - Saare ja Hiiu maakonna alamprojektiks - ning hõlmas 17 omavalitsust. Saaremaa alamprojektis osales 14 omavalitsust: Kuressaare linn, Orissaare vald, Muhu vald, Pöide vald, Valjala vald, Pihtla vald, Kaarma vald, Leisi vald, Kärla vald, Mustjala vald, Kihelkonna vald, Lümanda vald, Salme vald ja Ruhnu vald. Hiiumaa alamprojekt hõlmas kolme omavalitsust:  Kärdla linn, Käina vald ja Pühalepa vald.