Aastal 1558 korraldas ta mälestusjumalateenistuse oma isa ja vanaisa hingede auks, mida on sageli valesti tõlgendatud leinamissa-müsteeriumina tema enese mälestuseks. Varsti pärast seda ta tervis halvenes (võimalik, et ta sai rabanduse) ning ta suri sama aasta sügisel 58-aastasena. Esialgu maeti ta kloostri juurde, kuid tema pojapoeg Felipe III lasi ta Madridi lähedale ümber matta.