Paekivi on tekkinud läbi aegade mere madalas, rannalähedases osas. Sügavamas meres moodustusid mergel ja domeriit. Tekkelt kuulub paekivi biokeemiliste setendite hulka: on kujunenud siinsetes meredes elanud organismide elutegevuse kaasabil. Eesti paekivi on ladestunud Baltika  ürgmandrit katnud laugepõhjalises Paleobalti meres 472-417 miljonit aastat tagasi ning on seotud peamiselt Ordoviitsiumi ja Siluri ajastuga. Põhja-Eestis tekkis esialgu glaukoniiti ja raudooide sisaldav paas. Lühikesel perioodil järgnes Lasnamäe ehituslubjakivi nimetuse all tuntud puhaste lubjakivide teke. Mere sügavnemine Kesk-Ordoviitsiumi lõpul tingis savikate lubjakivide ladestumise. Hilis-Ordoviitsiumis tekkisid läbilõikesse põlevkivikihid. Põlevkivi moodustumisele järgnes Baltika mandriga külgnevais ookeanides  intensiivse vulkaanilise tegevuse periood, paekivisse on moodustunud vulkaanilise tuha vahekihid. Paleobalti meri madaldus ja sügavnes perioodiliselt. Üks madaldumisetapp on seotud Eesti vanimate rifimoodustiste tekkega Vasalemma piirkonnas, millele järgnes väga puhaste afaniitsete lubjakivide kujunemine. Ordoviitsiumi vanusega paekivides võime kivististena näha rikkalikku ja mitmekesist mereelustikku: sammalloomi, koralle ja kihtpoorseid. Arvukalt esines ka käsijalgseid (brahhiopoode), lülijalgseid  (trilobiite), põhjale kinnitunud okasnahkseid (meriliiliad, merikerad). Baltika manner paiknes Ordoviitsiumi ajastul lõunapoolkeral, kus kliima oli soe ja mereline. Ajastu lõpuks kliima jahenes järsult. Jäätumine lõunapoolusel tõi kaasa ookeanipinna alanemise 50 kuni 100 meetri võrra. Põhja-Eesti madalmeres moodustusid sel ajal kohati rifikompleksi kivimid, millega on seotud ka ehituskivina hästi tuntud Röa dolokivi. Lõuna-Eestis, kus meri oli sügavam, settisid Ordoviitsiumi ajastul tunduvalt savikamad setted,  mis tasemeti on punase värvusega.