1991. a asutati Eestimaa Looduse Fond. 1993. a lisandus Eestimaa kaardile kolm rahvusparki: Valgeraba, Ördi, Kuresoo ja Kikepera sookaitsealade ning Halliste puisniidu baasil moodustati Soomaa rahvuspark, Karula maastikukaitseala baasil moodustati Karula rahvuspark, Vilsandi looduskaitsealast sai Vilsandi rahvuspark. 1994. a lisandusid kaitsealade kaardile Alam-Pedja looduskaitseala, mis moodustati ulatuslikul alal metsa-, soo- ja niidukoosluste ning kaitsealuste liikide elupaikade kaitseks ning Naissaare looduspark, mis moodustati saare loodusväärtuste kaitseks ja puhkevõimaluste hoidmiseks.