Jaava meres asuvad järgmised suuremad saared ja saarestikud:  Bangka-Belitungi provintsis Bangka, Belitung, Lepar, Liat ja Mendanau, Lõuna-Kalimantanil Laut, Laurot' saared ehk Laut Kecili saared ja Masalima saared, Lõuna-Sulawesil Sabalana ja Satengari saared ning Tanakeke, Ida-Jaaval Sakala saar, Kangeani saared, Raas, Sapudi, Madura, Karamian, Masalembu Besar ja Bawean, Kesk-Jaaval Karimunjawa saared, Lääne-Jaaval Rakit ning Jakarta provintsis Seribu saared. Sunda väinas asuvad Panaitan ja Krakatau saared, ent need mõlemad jäävad mere piirest napilt välja. [1]