Püha Vaimu kogudus soovis oma kirikut, et vabaneda raehärrade võimu alt. Alustati oma kiriku ehitamist. Kui 1867. a Püha Johannese (Jaani) kirik valmis sai, siis mindi Püha Vaimust uude kirikusse üle pidulikus rongkäigus. Väiksem osa liikmetest läks mujale, näit Kaarli kogudusse, mis oli taasasutatud 1862. a ja kasutas Toomkirikut niikaua, kui Kaarli kirik 1870. a valmis.