Ülikoolide juures on ter­ve rida teaduslikke uurimiskeskusi, mis on suht väikese teadurite arvuga (2 - 4). Uurimisgruppide süs­teem on köitnud ka teisi ülikoole, neid on hakatud looma ka seal, ehkki seal on säi­linud fakulteedi- ja ka­tee­d­risüsteem. Kokku on Jaapanis umbes 400 ülikooli 2 miljoni üliõpilasega ja 125 000 õppejõuga.