Saksa ajakirjanik Jutta Rabe oli ammu kahtlustanud, et Estonia pardal oli keelatud last. Jutta Rabe arvates algasid sündmused siis, kui USA valitsus omandas kahtlaste tehingutega delikaatset kaupa. Müüjad võisid olla korrumpeerunud ametiisikutega ja kuritegelike grupeeringutega  seotud Vene ärimehed. USA korraldas koostöö Rootsi kõrgete võimukandjatega, kes pidid hoolitsema selle eest, et Stockholmi sadamasse jõudnud Estonialt toimetatakse salalast ühele Rootsi lennuväljale, kus see paigutatakse USA sõjalennukile.  Seda teooriat kinnitab eluga pääsenud Carl Övbergi tunnistus. Ta ütles, et just enne seda, kui parvlaev Estonia 27. Septembril Tallinast väljus, suleti ajutiselt reisijate pääs sadamesse; selle blokeerisid sõjaväelased, arvatavasti Eesti kaitsejõudude üksus. Veelgi enam.  Siis sõidutati autotekile kaks veokit, mis võisid kanda strateegilist lasti, ja alles pärast seda jätkus tavapärane pardaleminek.  Kahtlase lasti kohta on arvatud, et see võis olla Nõukogude salastatud kosmosetehnika, osmium, koobalt, plutoonium või bioloogilised toimeained.  Kriitikud, iseäranis JAIC, naeruvääristasid lakkamatult salalasti teooriat ja nimetasid seda fantaasiaks. 2004. Aastal, kümme aastat pärast katastroofi, jäid need kritiseerijate hääled äkki vait, kui pensionil Rootsi  tolliametnik katkestas vaikimise ja avaldas informatsiooni, mis tõestas, et parvlaev Estonia oli tõepoolest kahel reisil vedanud Vene sõjaväeseadmeid. Kõrgemalt poolt tulnud käskude kohaselt tuli loobuda niisuguse lasti tavapärasest kontrollimisest ning see läbi lasta.  Rootsi valitsuse käsul korraldatud uurimisel selgus, et parvlaev Estonia oli 1994. Aastal septembris kahel korral tõepoolet vedanud Vene sõjalist varustust, kuid mitte hukkumise ööl. Rootsi võimud teatasid, et nende lastis polnud lõhkeaineid  ega relvi, kuid keeldus avaldamas, millega oli tegemist, kellele oli saadetis määratud, miks lasti see läbi tollikontrollita ning miks lubati sõjatarbeid rahvusvahelisel liinil sõitvale reisiparvlaevale. Need üksikasjad salastati 70 aastaks.