Kui isik soovib oma tegevuse FIEna lõpetada, peab ta äriregistrile esitama avalduse tegevuse lõpetamise ja registrist  kustutamise kohta. Äriregistrist kustutatakse FIE tema avalduse alusel. Käibemaksukohustuslasest FIE peab aga enne äriregistrile kustutamise avalduse esitamist taotlema enda kustutamist käibemaksukohustuslaste registrist.