21-aastasena läks Musashi pealinna  Kyotosse. Selleks ajaks oli ta juba omandanud mõõgavõitluse eksperdi maine. Kyotos pidas Musashi kolm kuulsat duelli Yoshioka klanni vendadega, tappes neist kaks. 29-aastasena oli Musashi rännanud ringi kogu Jaapanis ning pidanud vähemalt 60 kahevõitlust, võites neist kõik. Umbes sellest ajast alates hakkas Musashi duellidel kasutama ainult bokutô-d e. puumõõka. 1612. aastal avas ta Kyotos oma mõõgavõitluse kooli.