5. Eelforeesi lõpus tuleb proovid denatureerida. Selleks kuumutada sekveneerimis-reaktsioone 75-95C juures 2-3 minutit ja kanda kohe geelile järjest A, C, G, T (3 l). Foreesi lastakse niikaua, kuni broomfenoolsinine on geelist välja jõudnud (tavaliselt 2,5 tundi 1800 V juures).