Hajaasustus ja laiad metsased alad on  võimaldanud ilveste, metssigade, pruunkarude ja põtrade karjakaupa säilimist teiste loomade seas. Eesti huntide arv on arvatavasti umbes 200. Lindude hulgas on kaljukotkad ja valge-toonekured. Eestis on viis rahvusparki, neist suurim on Lahemaa Rahvuspark põhjarannikul. Soomaa Rahvuspark Pärnu lähedal on tuntud laiade märgalade tõttu. Matsalu Rahvuspargis on esindatud palju erinevaid linde.