Kuigi assotsiatsioonileping on kujunenud ajendiks, on tagasiastumise põhjused sügavamad. Alar Laats tõi välja, et kui teda umbes kaks aastat tagasi valiti Usuteaduse Instituudi rektoriks, oli üheks olulisemaks talle püstitatud ülesandeks säilitada Usuteaduse Instituut kui ülikool. Kuid kogu rektoriks oleku aja jooksul pole ta tundnud selleks piisavat konsistooriumi-poolset toetust. «Ma ei ole kindel, kas EELK tegelikult tahab  endale Usuteaduse Instituuti kui ülikooli. Olen korduvalt konsistooriumilt küsinud, kuid vastuseks on olnud vaid kahevahelolek.»