Integratsiooni Sihtasutus ja Eesti Migratsioonifond liitusid tulenevalt Vabariigi Valitsuse 29.10.2009 korraldusest, asutajaõiguste teostajate Kultuuriministeeriumi ja Siseministeeriumi ning mõlema sihtasutuse nõukogu tehtud otsustest. MISA asutajaõiguse teostajaks on Kultuuriministeerium.