Nimelt alates 1793. aastast oli Saksamaa mässitud esmalt koalitsioonisõdadesse, seejärel Napoleoni sõdadesse. Reinist lääne pool olevad alad kaotati Prantsusmaale. 1803. aastal viidi läbi territoriaalreform. Kirik kaotas palju privileege ja senised 289 pisiriiki koondati 112-ks suuremaks haldusüksuseks. Mõned nendest nagu Baierimaa, Baden, Saksimaa ja Württemberg toetasid Napoleoni sõjas Austria vastu ja 1806 lakkas Saksa Rahvuse Püha Rooma Keisririik olemast. Baierimaa, Baden, Saksimaa ja Württemberg said kuningriigi õigused ning Napoleon lõi Jena jõe lahingus Preisimaad ja Prantusmaa okupeeris riigi.