Armavia asutati 1996. aastal ja alustas lende 2001. aastal. 2003. aastal ostis Venemaa firma Siberia Airlines (nüüd S7 Airlines) 68% Armavia aktsiatest. 2005. aastal osteti aktsiad S7 käest tagasi. Praegu on lennufirma aktsiate omanikeks Avifin (70%) ja MIKA Armenia Trading (30%).