Baffini maal on arktiline kliima saare põhjaosas ja lähisarktiline kliima saare lõunaosas. Nendele on iseloomulikud pikk ja külm talv ning udune ja pilvine suvi. Kevad saabub hiljem kui mujal põhjapöörijoonel. Lumi sulab kaguosas juuni algul, põhjarannikul juuli alguses või keskel. Lumesadu, isegi paks lumesadu võib esineda ükskõik mis kuus, ehkki juulis ja augustis juhtub seda harva. Lõunarannikul olevas Iqaluitis on aasta keskmine temperatuur −8,5 °C, võrreldes näiteks samal laiusel oleva Reikjaviki +5 °C-ga.