Teise töörühma liikmed (ministeeriumide ja allasutuste esindajad) pidasid KMH rakendumise peamiseks takistuseks puudulikku seadusandlust. Eelkõige peeti silmas reguleerivaid akte ja juhendeid, mis aitaksid korrastada KMH protseduuri tervikuna või mõne selle etapi läbiviimist (näiteks mõju suuruse/olulisuse/ulatuse hindamist, keskkonnaaruande koostamist jt). Arvati, et juhendeid ei ole seepärast, et puudus on kompetentsetest ekspertidest. Infovahetuse puudumine valitsusasutuste ja kohalike omavalitsuste vahel või selle ebaregulaarsus on üks tegur, mis takistab pädevate otsuste tegemist riigi eri otsustustasandeil. Kuivõrd KMH aruandes esitatud seisukohad on otsusetegijale enamasti soovituslikud, ehitusprojekti või planeeringu üle otsustavad aga poliitikud, siis peeti viimaste keskkonnaalast harimist väga vajalikuks. KMH protseduuri kohaselt peavad otsusetegijad (kohalik omavalitsus või valitsus) üldjuhul kaasama üldsuse. Leiti, et üldsuse kaasamiseks ja edaspidiseks suunamiseks (mida teha siis, kui huvigruppe on palju ja nende arvamused ristuvad) ei ole metoodikat ega kogemusi. Vähene järelevalve arendaja tegevuse või KMH aruandes prognoositud keskkonnamõju realiseerumise üle pärast ehitusloa väljastamist oli töörühma liikme arvates üks tegur, mis ei võimalda hinnata KMH efektiivsust ega kvaliteeti. Uuringud otsustuskriteeriumide, keskkonnamõju prognooside ja tegeliku olukorra kohta võimaldaksid teha pädevamaid otsuseid.