Finantsinspektsiooni spetsialistid osalesid 2009. aastal ka MiFID (The Markets in Financial Instruments Directive) kolmanda tasandi ekspertgrupi töös. 2009. aastal oli kõige olulisemaks küsimuseks kauplemiseelse läbipaistvuse kohustuste teema. Viidi läbi arvukalt CESR-i sisemisi menetlusi liikmesriikide kauplemiseelsete läbipaistvuse kohustuste loobumises taotluste alusel vastavalt direktiivile. Töögrupi töö tulemusel valmis ka raport võlakirjade, struktureeritud finantsinstrumentide ja krediidituletisväärtpaberite turgude läbipaistvuse küsimustes, samuti analüüsiti MiFID-i mõju aktsiate järelturu toimimisele. Töögrupp uuendas ka tehingute raporteerimise juhendit eelkõige tehingu täideviimise määratlemise täpsustamise küsimustega.