Ühtekuuluvusfondi eesmärgiks on viia keskkonnasektori seisukord vastavusse Euroopa Liidu nõuetega ning saavutada hea transpordiühendus Euroopa Liidu liikmesriikide vahel. Näiteks käib Via Baltica finantseerimine Ühtekuuluvusfondi kaudu.