Vastavalt EÜ asutamislepingu artikli 5 teisele lõigule saab teoreetiliselt subsidiaarsuse põhimõtte üle otsustada kohus. ELi institutsioonidel on aga  laialdane otsustusõigus põhimõtte kohaldamise vormi osas, ning Euroopa Kohus peab nende otsuseid tunnustama. Üldiselt võib öelda, et Euroopa Kohtu kontroll on pöördvõrdeline sellega, kuivõrd ulatuslik on liikmesriikide tulemuslik kaasamine otsuste tegemisse kaalutavate meetmete sisu ja ulatuse üle, kuivõrd põhjalikult on kaalutud meetmete vajalikkust ja arvesse võetud nendega seotud huve ning kas asjaomaste (sealhulgas riiklikust tasandist madalamal asuvate) institutsioonide ja juriidiliste isikutega on  põhjalikult konsulteeritud.