Riiklikest üli­koo­lidest on tuntuim 1877 tajatud Tokyo ülikool ja 1897 rajatud Kyoto ülikool. Seal on õppijate arv väik­sem, kuid õppejõude on  propotsionaalselt rohkem (Tokyos 19 000 õpilast ja 4000 õppejõudu). Erinevusi tea­duskonniti eriti pole, va see, et Tokyos on üldhariduslik teaduskond. Riiklikke ja munitsipaalülikoole sub­sideeritakse kohalikest ja riiklikest eelarvetest, eraülikoolid elavad õppemaksudest ja annetustest. Jaapani ülikoolil on riigi võimu suhtes autonoomia.