Peagi sai selgeks, et ka relva jõul pole võimalik protestantlust maha suruda. 1551. aasta lõpus algas protestantlike vürstide uus vastuhakk keisrile, mida juhtis Saksi Moritz. Nad sõlmisid liidu Prantsusmaaga ja nende vägi marssis 1552. aasta alguses Tirooli. Keiser pääses vaid üle noatera vangi langemisest, põgenedes üle mägede Villachisse. Sama aasta augustis pidi ta Moritzi ja teiste protestantidega sõlmima Passau lepingu, millega protestantlus sisuliselt legaliseeriti. Keiser pidas seda lahendit siiski veel ajutiseks ja tegi ettevalmistusi uueks konfliktiks. Kuid tema sõda Prantsusmaaga kulges ebaedukalt ja ka Saksa-Rooma riigis jätkusid siserahutused, mida juhtis Kulmbachi markkrahv Albrecht Alkibiades ja mille ohvrina langes ka Saksi Moritz. Uueks tõsiseks jõukatsumiseks protestantidega polnud keisril enam vahendeid ega tahet. 1555. aastal lasi ta vend Ferdinandil sõlmida Augsburgi usurahu, mis põlistas Saksamaa konfessionaalse killustatuse. See sündmus oli ilmselt ka viimaseks piisaks keisri kannatustekarikasse ning ta otsustas vana, haige, murtud ja pettunud mehena oma ilmalikust aujärjest loobuda. Teda oli juba aastaid vaevanud podagra, mis vahetevahel peaaegu teovõimetuks muutis, samuti oli äärmiselt intensiivne eluviis ta ilmselt lihtsalt läbi kulutanud.[10]