Tartu esimene õitseaeg lõppes Liivi sõjaga. 1558-1582 kuulus linn venelastele, seejärel 1583-1625 Poolale vaheajaga 1601-1603, mil linn kuulus Rootsile. 1625 läks linn jällegi rootslastele. Sagedased sõjad purustasid enamuse endisest hiilgusest, lisaks küüditati 1571 kogu saksa soost elanikkond Venemaale.