Lääne sõjakäigu alguses sai Heydrichist lendur ja Me 110 piloot. Norra sõjakäigu ajal tegi ta Me 110-ga Stavangerist mitmeid luurelende Inglismaale ja Šotimaale. Oma kangelasliku tegevuse eest autasustati teda pronksist Rindelennunaastuga ja II klassi Raudristiga. Mai  keskel 1940 asus ta taas tagasi Berlini. 1. jaanuaril 1941 sai ta NS-kehaliste harjutuste vehklemise riigijuhiks. Idasõjakäigu ajal lendas Heydrich taas hävituslendurina Lõuna-Venemaal ja teda autasustati hõbedase rindelennunaastuga ja I klassi raudristiga.