Selle rakendamiseks on välismaalaste seaduses sätestatud kaheastmeline halduse sisene vaidlustusmenetlus. Määrusega nähakse ette vaidlustusmenetluse käigus viisaregistrisse kantavate andmete loetelu, andmekogusse lisatavate andmete alusdokumentide loetelu, andmekogusse andmete sisestajate ülesanded ja juurdepääsuõigused andmekogu andmetele. Samuti nähakse ette, et andmekogusse  andmeandjaks on viisataotluse, viibimisaja pikendamise taotluse või avalduse esitanud välismaalane. Eelnõuga nähakse ette, millised andmed kannab viisaregistrisse politsei- ja piirivalveamet ja välisministeerium.