Järvamaal puuduvad suured veekogud. Üle 10 ha pindalaga  looduslikke järvi on kolm: Väinjärv (35,9 a), Seli järv (17,6 ha) ja Tagajärv (10,5 ha). Järvamaad liigendavad rohkearvulised jõed, maakonda läbivate pikimate jõgedena võib nimetada Pärnu, Põltsamaa, Jägala ja Navesti jõge. Pärnu ja Põltsamaa jõgikonna ülemjooksu jõed on tuntud ka forellijõgedena.