Pärast EL-ga liitumist 1.mail 2004.a on Eesti kaasatud täieõigusliku (s.t hääleõigusliku) liikmena EL-i otsustusprotsessi. Osalemine otsustusprotsessis tähendab ministeeriumi poolt määratud ametnikele ja ekspertidele osalemist erinevates EL-i töögruppides. Euroopa Komisjoni töögruppides valmivad uued algatused ehk eelnõud ning Euroopa Liidu Ministrite Nõukogu töögruppides ja komiteedes kujundavad liikmesriigid ühiste läbirääkimiste tulemusel eelnõude lõpliku sisu.