Riiklike  programmide eelarve määratakse igaks aastaks eraldi iga riigi kohta. Seejärel jagatakse see riigisiseselt sektorite (pangandus, privatiseerimine, keskkond jne) vahel ning selgitatakse välja konkreetsed projektid. Seega sõltub keskkonnaprojektidele eraldatav summa nii riikliku PHARE-programmi aastaeelarvest, sektorite omavahelisest vahekorrast kui ka keskkonnaprojektide suhtelisest tugevusest ning põhjendatusest. PHARE riikliku programmi koordinaator on ametikoha järgi rahandusminister. Regionaalsetes  programmides esindavad Eestit vastavate sektorite spetsialistid, Läänemere keskkonna regionaalprogrammis seega keskkonnaministeeriumi esindaja. Eestis on käigus ka PHARE Demokraatiaprogrammi projekt, mis on suunatud Eesti Rohelise Liikumise organisatsioonilise tugevdamise kaudu osalusdemokraatia edendamisele Eestis. Sarnane projekt toimib Rahvusvahelise Maa Sõprade (38) organisatsiooni Euroopa Koordinatsiooni vahendusel lisaks Eestile veel neljas Ida-Euroopa riigis.