Võib olla, et imetajate evolutsioon on peaaegu täielikult rekonstrueeritud (mis puutub tänapäeval elavatasse rühmadesse). Ei tohiks kahtlust olla, et kukrulised on sõsarrühmaks pärisimetajatele (Phillips & Penny, 2003) ja need mõlemad omakorda (i. e. Theria) sõsarrühmaks ainupilulistele. Loodetavasti on platsentaalide jaotamine nelja suurde rühma (Afrotheria, Xenarthra, Euarchontoglires, Laurasiatheria) samuti korrektne. Eksisteerivad siiski mõned  vastuolud. Nimelt paljud uuringud on näidanud, et   Euarchontoglires võib olla parafüleetiline teiste platsentaalide suhtes. Sellistele järeldustele on jõudnud enamik mitokondri genoomi järjestusel põhinevatest analüüsidest (e. g. Arnason et al., 2002) . Kuid on avaldatud  arvamust, et mitokondriaalne DNA evolutsioneerub liiga kiiresti lahendamaks imetajate varajast fülogeneesi (Corneli, 2002). Siiski on ka mõned rakutuuma geenidel põhinevad analüüsid jõudnud sarnastele järeldustele mitokondri genoomi omadega (Asher et al., 2003; Misawa & Janke, 2003) . Samas jõudsid Reyes et al. (2004), kes lisasid analüüsidesse veel kaks närilise järjestust, mitokondri genoomi kasutades sarnastele järeldustele enamike tuumageenidega. Nende kõrvalekallete (e. g. Arnason et al., 2002;  Asher et al., 2003; Misawa & Janke, 2003) põhjuseks on tõenäoliselt kas ebasobivate molekulaarsete fülogneesi meetodite ja mudelite kasutamine (õige molekuli järjestuse evolutsiooni mudeli kasutamine on oluline siis, kui mõned analüüsides kasutatavad taksonid näitavad ebatavalist nukleotiidset koostist või nukleotiidide asendumiskiirus on erinev võrreldes teistega) või väike taksoni valim (Springer et al., 2004). Hiljuti ilmunud ülevaade (Springer et al., 2004) on kenasti kokku võtnud platsentaalide molekulaarse fülogeneesi uuringud ning autorid on veendunud, et pärisimetajate evolutsioonipuu on praktiliselt rekonstrueeritud. Väitele, et imetajate fülogenees on seltsi tasemel peaaegu kindlaks tehtud, lisavad olulist toetust mobiilsete geneetiliste elementide (retrotransposoonide) analüüsid (Nishihara et al., 2005; 2006; Kriegs et al., 2006). Kõik peamised geenijärjestuste analüüside põhjal kindlaks tehtud uued klaadid (Afrotheria, Euarchontoglires,  Laurasiatheria, Boreoeutheria)  leidsid kinnitust, kui uuriti erinevate retrotransposoonide paiknemist pärisimetajate genoomides (Nishihara et al., 2005; 2006; Kriegs et al., 2006). Igat nimetatud nelja klaadi defineerib vähemalt 6-11 spetsiifilist retrotransposooni kindlas kromosoomi lookuses. Vastavalt nendele uutele tulemustele tuleks ülaltoodud joonist mõningates kohtades modifitseerida: Afrotheria sees tuleks kuldmutid ja tenrekid tõenäoliselt ühendada toruhambulistega (Nishihara et al., 2005), Xenarthra ei pruugi olla sõsarrühmaks  Boreoeutheria klaadile (Kriegs et al., 2006) ning  Laurasiatheria sees võivad käsitiivalised (Chiroptera) üllataval kombel olla sõsarrühmaks Pholidota+Carnivora+Perissodactyla klaadile (Nishihara et al., 2006) .   Käsitiivaliste (Chiroptera), kabjaliste (Perissodactyla) ja Ferae (soomusloomalised+kiskjalised) klaadile on pandud huvitav nimi: Pegasoferae (Pegasus on kreeka mütoloogias lendav hobune) (Nishihara et al., 2006) .