Komisjoni tööd juhib komisjoni esimees , kes valitakse komisjoni liikmete poolt kaheks aastaks. Komisjoni esimehe tegevust toetab aseesimees, kes valitakse samuti kaheks aastaks. Komisjoni esimees juhib komisjoni istungeid ning esindab komisjoni seisukohti meediaga ja valitsusega suhtlemisel.    Alates 2007. aastast tegutseb säästva arengu komisjoni sekretariaadina Riigikantselei strateegiabüroo .Strateegiabüroo tagab komisjoni töö tehnilise teenindamise (korraldab koosolekuid, leiab ruumid, aitab korraldada muid komisjoni tegevusega seotud üritusi) ja toetab komisjoni otsuste ettevalmistamist (aitab leida uuringute ja analüüside läbiviijaid, aitab koostada lähteülesandeid, sõlmib lepinguid, rahastab uuringuid ja analüüse, korraldab fookusteemade arutelusid jne).