Plasmiidne DNA denatureeritakse NaOH-ga (supertsirkulaarne vorm denatureerub seejuures pöördumatult) neutraliseeritakse Na-atsetaadiga, ja sadestatakse etanooliga. Sadet pestakse 70-80%-lise etanooliga, et vabastada seda sooladest, ning lahustatakse bidestilleeritud vees (ddH2O).  Sellele lisatakse sekveneerimispuhvrit ja praimerit, ning lastakse praimeril seonduda DNA matriitsiga, "primer annealing".