Justiitsminister Paul Varul lükkab ümber avalikult kõlanud süüdistuse, et uue kohtute korralduse seaduseelnõuga püüab justiitsministeerium ahistada kohtute sõltumatust õigusemõistmisel. Riigikohtu esimees Rait Maruste on eelnõu teravalt kritiseerinud, nimetades seda hämmastavalt sarnaseks natsi-Saksamaa omaaegse kohtukorraldusega, mis muudaks kohtud täitevvõimu sõltlaseks, allutades nad totaalselt täitevvõimu kontrollile.