Sõja käigus lisandusid Himmlerile veel mitmed ametid. 7. oktoobril 1939 määrati Himmler Hitleri salajase määrusega "Saksa rahvalikkuse kaitse komissariks". Selles ametis oli ta vastutav hõivatud Poola alade saksastamise eest. Seega oli ta vastutav poola ja juudi-poola rahva ümberasustamise ning rahvasakslaste asemele asustamise eest hõivatud aladel Poolas.