Neis valdkondades pole komisjon mitte ainult nõukogu töösse täielikult kaasatud, vaid võib samuti nagu  liikmesriigid konsulteerida nõukogu mis tahes ettepaneku osas vastavalt Euroopa Liidu lepingu artiklile 22 ja artikli 34 lõikele 2. Lissaboni lepinguga sätestatud liidu välisasjade ja julgeolekupoliitika kõrgest esindajast saab komisjoni asepresident. Seega suureneb komisjoni roll välispoliitikas. Mis puudutab endisi kolmanda samba valdkondi, siis enamik neist viiakse üldise õigusloomealase menetluse alla.