Tema Eestis olek langes keerulistele aegadele, kui siin toimus laulev revolutsioon ja taasiseseisvumise protsess. Nendel Eestile rasketel aegadel, kui idapoolne jõu kasutamine oli rohkem kui võimalik, oli just Dudajev ja ta suhtumine selleks, mis hoidis ära vene sõjaväepoolse jõu kasutamise "Eesti separatistide" vastu. Ka oma kodumaal läks ta looma iseseisvust, kuid saatus ei olnud helde ei tema ega ta rahva vastu. Tema suhtumine Eesti laulvasse revolutsiooni oli soosiv ning pärast  tema hukkumist paigutati praeguse Barclay hotelli, tema endise tööhoone ukse kõrvale mälestustahvel.