Juba Liivi sõja ajal oli Saare-lääne piiskopkond koos teiste Vana-Liivimaa konfõderatsiooni riikidega lagunenud. Läänemaa sai samuti Rootsi kuningriigi Liivimaa provintsi üheks osaks, kaotades oma poliitilise ja majandusliku iseseisvuse. Sõjad, mida Rootsi selle ajastu kestel pidas Baltimail poolakate ja venelastega, ei ulatunud otseselt Läänemaale, mõjutasid küll oma kaasnähtustega, nagu katku, moonastamissurve ja näljahädadega, ka Läänemaa elu ja arengut.    Lähtudes kolmest tähtsamast keskaegsest halduskeskusest jagati maakond kolmeks - Haapsalu, Koluvere ja Lihula linnuselääniks. Nüüd kujunes uus halduskorraldus. Läänemaa sai üheks Eestimaa neljast kreisist, Rootsi aja lõpuks sai kihelkond senisest puhtkiriklikust organist haldusühikuks.Erilaadse haldusühiku moodustas Haapsalu krahvkond, Nimelt müüs Gustav II Adolf 1625. a. terve Haapsalu lääni koos Haapsalu linna ja lossiga krahv Jakob De la Gardie'le.Viimane ühendas selle ostu ja oma muud maavaldused Lääne- ja Harjumaal Haapsalu krahvkonnaks. Krahvkonna koosseisu kuulus Haapsalu linn ühes oma lähema ümbrusega, Käbla, Uuemõisa ja Võnnu mõis Ridalast, Taebla ja Uugla mõis Nigulast, Ehmja, Keskvere, Ohtla, Patsu ja Putkaste mõis Martnast, peaaegu terve Noarootsi kihelkond ühes samanimelise saarega, Vormsi saar ja umbes ¾ Hiiumaast. Väljaspool endist Haapsalu lääni kuulus krahvkonda Piirsalu mõis Kullamaalt ja Kolga ning Kiiu mõis Kuusalust Harjumaal. Krahvkonna haldamist juhtis De la Gardie'de nimel nende asehaldur, kes resideeris Haapsalus. Haapsalu krahvkond püsis kuni mõisate reduktsioonini. Krahvkonna likvideerimise ajaks oli see küll läinud pärimise teel krahv Königsmarcki valdusesse. võõrandas riik ordu-, piiskopi-, toomkapiitli- ja kloostrimõisad, läänistades neid heldelt eelkõige rootsi aadlikele, kuid ka Rootsi poole üle tulnud vene aadlikele. Riigimaade läänistamine tähendas Rootsi riigikassale suurte sissetulekute kaotust ning vastavalt Rootsi riigipäeva otsusele algas riigile 65 mõisat 133-st. Tagastatud mõisad jäid soodsale rendile senistele omanikele. Pearõhk mõisates oli Rootsi ajal kadusid pea täielikult vabatalupojad, v.a. rannarootslaste asualadel. Talupojad pidid lisaks kurnavale teotööle suutma maksta andameid riigile, mõisale ja kirikule; talu pidi andamite näol loovutama 50-80% sissetulekutest. Enamikku Liivi sõjas purustatud linnustest ei ehitatud kaitserajatistena enam kunagi üles. Näiteks 14. saj. algul kastelllinnusest konvendihooneks ümberehitatud Koluvere piiskopilinnus, millele 16. sajandil ehitati juurde suurtükitorn, minetas oma sõjalise tähtsuse ja sai 17. sajandil mõisakeskuseks, mis 1637. a. läänistati Löven'ite perekonnale. Tähtis oli, et mõisas oleksid olemas aidad, tallid, veskid, rehehooned. Kõik muu, k.a. mõisaomaniku enda elutingimused, oli vähemalt esialgu teisejärguline ning allutatud peamisele eesmärgile - tootmisele. Rootsi riigi võimu alla minek 16. saj. lõpul tähendas luterluse lõpliku kinnistumist. Luterlik kirik asus eestlasi luterlasteks kujundama ja see polnud kergem ega vähem aega nõudev kui nende pööramine paganlusest. Maakirikute visiteerija David Dubberch, püüdis Liivi sõja järel kihelkondades mingit kindlamat kiriklikku korraldust juurutada, kuigi peale ränka sõdadeperioodi oli kirikusüsteemi uus ülesehitamine väga raske ülesanne. Tema poolt visiteeritud Läänemaa kihelkondade ja koguduste seas olid Läänemaal (tollastes piirides Mandri-Läänemaal) Haapsalu (Hapsola), Martna (S. Martini), Noarootsi (Nucköö), Vormsi (Vormsöö), Ridala (Röthel), Lääne-Nigula (Pönel), Lihula (Leola), Jaani (S. Johannis), Kirbla (Kyrefer), Mihkli (S. Michaelis), Karuse (Karrhusen), Hanila (Haneel), Varbla (Werpel), Kullamaa (Lode eller Goldenbeck), Märjamaa (Mariae Moha), Vigala (Fickel), Pärnu (Pernow), Pärnu-Jakobi (S.Jacobi). Just sellest ajast säilinud visitatsiooniprotokollid aitavad praeguses ajas saada ülevaadet tollasest olukorrast kirikus. Kirikute majanduslik olukord oli teadagi kehv. Dubberch kaebas, et Karuse kirikul pole ei katust ega ust, aknaid ega pinke. Mõisapidajad ei ole midagi teinud ega teegi midagi kiriku kordaseadmiseks. Altarivarustus on äärmiselt vaene: peale ühe tinast karika ja kotiriide lõngadest kujutud altarilina ei ole midagi olemas. Armetus seisukorras olevat olnud ka kirikuaed: puudub tara, nii et härgadel, lehmadel ja sigadel on vaba voli seal päeval ja öösel pidutseda ning inimeste luude ja kontidega nõnda toimida, et seda on valus näha ja taluda. (Karuse visitatsiooniprotokoll, 1593). Duberch kurdab, et paljud aadlikud ja muudki isikud Lääne-, Harju- ja Virumaal võlgnevad kirikule suuri summasid. Rahu ja jõukuse ajal varustati ja ehiti mõisad ja majad kiriku rahadega toredasti, nüüd aga vaikitakse sellest kõigest, olles arvamises, et kõik on juba aegunud ja külmunud. Ja ega ju meie Issand Jumal ei teadvat, kuipalju temale ja tema jumalakodadele aastate eest võlgu jäänud. Ja eks Jumal ole pealegi väga helde ja vaga võlausaldajana võla tasumise juba ammu kviteerinud. Kiriku maadegi lugu ei ole palu parem. Siin-seal on nemad (s.o. aadlikud ja teised) kiriku põllud vaestelt jumalakodadelt ära näpistanud, kurdab Duberch Karusel (1593). Usulise kasvatuse esmaülesandeks sai surnute matmine. Visitatsiooniprotokollides kurdetakse, et mõneski kohas on võimutsenud "loomalik ja ebakristlik" komme, et surnute laibad pannakse kohe peale "hinge heitmist maa sisse nagu mõistmata tõprad". Sageli eelistati surnud matta põldudele, metsa või mujale, aga mitte kristlikult pühitsetud mulda. Lääne-Nigula pastor teatas veel 1645. a., et külades käib suur nõidumine, ennustamine ja lausumine. <b style="mso-bidi-font-weight: normal>Tsentraliseeritud kirikukorraldus suudeti kehtestada alles 17. saj. lõpul, mil rakendati ellu Rootsi 1686. a. kirikuseadus, mis oli jõus veel vene ajal, kuni 1832. aastani. Rootsi kirikuseaduse kohaselt on luterlus riigiusk ja kuningas riigikiriku pea, kes nimetab ametisse piiskopid. Viimased vastutavad ainult kuninga ees. Toomkapiitlid ja konsistooriumid koosnevad ainult vaimulikest, praostid valib piiskop praostkonna õpetajate esitatud kandidaatide hulgast. Oluline oli õpetajate ametisse kinnitamise kord. Nn. kuninglikes ringkondades oli õpetajate ametisse kutsumine kuninga eesõigus (tavaliselt arvestati siin piiskopi soovitust), ülejäänutes kehtis patronaadiõigus, mille kohaselt patrooni (mõne tähtsama mõisniku) soovitatud kandidaadi arvestamine oli piiskopile peaaegu kohustuslik.