Osadele võõrandatud mõisahoonetele leiti uued funktsioonid koolimajadena, hooldekodudena, rahvamajadena, asundustalude kõrvalhoonetena jms; palju jäi siiski aga kasutuseta ning ajapikku lagunes või lammutati (nt 17. sajandist pärinev Kloostri mõis Lihula lähedal; 18. sajandi algusest pärinev barokne ning rikkaliku ajalooga Saare mõis Palamuse lähedal; neogooti stiilis Kaali mõis Saaremaal jpt). Sellist saatust soosis suuresti tollase Eesti  Vabariigi ametlik negatiivne suhtumine baltisakslastesse kui "eestlaste rõhujatesse" ja sellega seoses ka kogu baltisaksa pärandisse, arvestamata selle arhitektuurilist ja kultuurilist väärtust.