Die russische Verwaltung war nicht an dem im rigischen  Schloß befindlichen Archiv interessiert, nur die Beschäftigung der Deutschbalten rettete die Archivalien vom Untergang. Auf Antrieb der Gesellschaft der Geschichte und Altertumskunde in Riga begann man mit den Ordnungsarbeiten. Als derer Ergebnis erschien 1908 der sogenannte Bienemannsche Katalog aus dem Druck.  Während des I. Weltkriegs wurde das Archiv 1915 nach Rjazan evakuiert, dem Dorpaten Friedensvertrag gemäß brachte man das Archiv 1921 nach Dorpat. Die Frage der Zugehörigkeit des Archivs war  ein Komponent in den komplizierten Verhältnissen zwischen den Estnischen und Lettischen Republiken. Dramatisch genug griff in das Schicksal des LRKkA der II. Weltkrieg ein. Die Einheite wurden zwischen zweien Jerwischen Gutskellern geteilt, eine solcherartige Teilung blieb bis heutige Tage festlegend. Ein Teil blieb in Dorpat, der zweite ist seit dem Ende von 1945 in Riga. Die Nachkriegsjahre waren für das Estnische Historische Archiv dramatisch, ein ziemlich großer Teil von Archivmaterialien, darunter das  LRKkA, war von der Überführung nach Riga bedroht. Als Folge der entschlossenen und iniziativhaften Tätigkeit des damaligen Archivcheffs Voldemar Miller blieb das LRKkA jedoch in Dorpat.