Liikmete arvult teine konfessioon Eestis on jätkuvalt õigeusk, mis levis eestlaste seas laiemalt seoses 1840. aastatel eriti Lõuna-Eestis ja saartel alanud massilise luterlaste õigeusku siirdumisega.  1990. aastatel registreeriti taas Eesti Apostlik-Õigeusu Kirik, mis oli loodud 1920. aastatel ja oli sunnitud nõukogude perioodil oma tegevust jätkama eksiilis. EAÕK valdavalt eestikeelsed kogudused läksid 1996. aastal jälle Konstantinoopoli patriarhaadi koosseisu. Seoses sellega on Eesti õigeusu kogudused 1990. aastatel kaheks jagunenud, kuna enamik venekeelseid kogudusi (valdavalt hilismigrantidest liikmeskonnaga) on jäänud truuks Moskva patriarhaadile ning teravalt on esile kerkinud vastuolud õigusliku  järjepidevuse ning õigeusu kiriku varade küsimuses. 2000. aastaks oli piiskop Stefanuse juhitavas Konstantinoopolile alluvas EAÕK-s 58 kogudust umbes 18 000 liikmega. Moskva patriarhaadiga oli seotuks jäänud paarkümmend registreerimata õigeusu kogudust. Siseministeeriumis registreeritud olid vaid Aleksander Nevski kogudus Tallinnas ja Pühtitsa nunnaklooster, mis on otseselt Moskva patriarhi alluvuses. Õigeusu kloostritest tegutseb edasi ka pärast Teist maailmasõda Venemaaga liidetud territooriumile jäänud  Petseri mungaklooster.