Magistriõppes on võimalik spetsialiseeruda konkreetsemalt kas arvutisüsteemide projekteerimisele või automaatikale ja süsteemitehnikale. Magistrikraadiga lõpetajate ettevalmistus võimaldab neil valida ka teadlasekarjääri, jätkates õpinguid kas TTÜ või mõne teise ülikooli doktoriõppe programmis.