Aastatel 1645-1647 õppis Huygens Leideni ülikoolis õigusteadust ning matemaatikat. Tema õpetajaks sai siin Frans van Schooten. Huygens jätkas õpinguid samadel erialadel 1647-1649 Bredas, kus teda matemaatika alal juhendas John Pell. Umbes samal ajal algas Huygensi iseseisev kirjavahetus Mersenne'iga.