Nõukogude okupatsioon tegi tema unistusele kiire lõpu. 1944. aastal õnnestus tal põgeneda Saksamaale ning sama aastakümne lõpus sai temast Uue Testamendi professor Chicago luterlikus teoloogia koolis, kus  ta töötas kuni pensionini.  Suviti käis Võõbus uurimisreisidel Lähis-Idas, mille käigus ta fotografeeris süüria kirikutega seotud institutsioonides Süürias, Iraagis, Iisraelis, Liibanonis, Türgis, Iraanis ja Indias süüriakeelseid käsikirju või nende osi, mis sisaldasid teadusele enam huvi pakkuvaid ja seni tundmatuid tekste.  Arthur Võõbuse tegid kuulsaks tema raamatud ja kirjutised Süüria kristluse vaimuloo alal ning erakordse tähtsusega süüriakeelsete käsikirjade avastused Idamaadel. Süüria  käsikirjadega tegeles Võõbus alates 1935. aasta märtsist, kui ta esimest korda külastas Berliini riigiraamatukogu käsikirjade osakonda ning hiljem ka teisi kollektsioone Euroopas.  Sel ajal valmistas ta ette oma doktoriväitekirja munkluse ajaloost Lähis-Idas ja selle iseärasustest ning hakkas uurima vanimate süüriakeelsete piiblitõlgete tekstoloogiat.