Rahvusarhiivi ja EELK Konsistooriumi vahel sõlmiti praegu kehtiv koostööleping 2005. a mais. Koostööd arendatakse kolmes suures valdkonnas: arhivaalide hoiutingimuste ja füüsilise seisundi parandamine; arhivaalide kasutamine ja juurdepääs; arhiivide moodustamine ja asjaajamise korraldamine.