Nõukogude Eestis illegaalselt tegutsenud uskkondadest on 1990. aastatel liikmeskonna kasvu poolest edukaimad olnud kristlusest lähtunud Jehoova tunnistajad, keda Nõukogude Eestis eriti karmilt taga kiusati. Nende tegevus oli Eestis alanud juba 1920. aastatel.6  2000. aastaks oli usuasjade osakonna andmeil Eesti Jehoova Tunnistajate Koguduste Liidus 11 registreeritud kogudust. Eesti Jehoova Tunnistajate Koguduste Liidu büroo andmetel olnud Eestis 2000. aastal koguni 46 Jehoova tunnistajate kogudust. Umbes pooled neist olid eesti- ja pooled venekeelsed. Enamikku neist 46-st võib siiski pidada pigem osakondadeks kui iseseisvateks kogudusteks.