Vastavalt direktiivile võib Eesti eraldada üleminekuperioodil tasuta lubatud heitkoguse ühikuid siin asuvatele Euroopa Liidu heitkogustega kauplemise süsteemi kuuluvatele elektritootjatele, mis olid tegevad 31. detsembril 2008 või alustasid asjakohast investeerimist  hiljemalt 31. detsembril 2008. Investeeringute kavasse arvamist võib taotleda elektritootja mitte ainult enda poolt elluviidavatele investeeringutele, vaid teha ettepanekuid ka teiste välisõhu kaitse seaduse nõuetele vastavate investeeringute lisamiseks.