Dari delapan spesies pohon conifer yang didokumentasikan, hutan Lodgepole Pine mencakup 80% dari total area hutan. Conifer lainnya, seperti Subalpine Fir, Engelmann Spruce, Rocky Mountain Douglas-fir dan Whitebark Pine, ditemukan di semak-semak yang tersebar di seluruh taman. Pada tahun 2007, pinus whitebark terancam oleh jamur yang dikenal sebagai karat lecet pinus putih; namun, ini sebagian besar terbatas pada hutan di utara dan barat. Di Yellowstone, sekitar tujuh persen dari spesies pinus whitebark telah terkena dampak jamur, dibandingkan dengan infestasi yang hampir lengkap di Montana utara.
Subalpine Fir, Engelmann Spruce, Rocky Mountain Douglas-fir dan Whitebark Pine