Pada tanggal 1 Oktober 2003, tiga organisasi digabungkan untuk membentuk JAXA baru: Institut Ilmu Antariksa dan Astronautik Jepang (ISAS), Laboratorium Aerospace Nasional Jepang (NAL), dan Badan Pengembangan Antariksa Nasional Jepang (NASDA). JAXA dibentuk sebagai Lembaga Administratif Independen yang dikelola oleh Kementerian Pendidikan, Kebudayaan, Olahraga, Sains dan Teknologi (MEXT) dan Kementerian Dalam Negeri dan Komunikasi (MIC). Sebelum penggabungan, ISAS bertanggung jawab untuk penelitian ruang angkasa dan planet, sementara NAL berfokus pada penelitian penerbangan. NASDA, yang didirikan pada tanggal 1 Oktober 1969, telah mengembangkan roket, satelit, dan juga membangun Modul Eksperimen Jepang yang lama. Kantor pusat NASDA berada di lokasi Pusat Antariksa Tanegashima, 115 kilometer di selatan Tanegashima, Kyūshū.
1 Oktober 2003