Dia mendapatkan cap pertamanya dalam pertandingan persahabatan melawan Spanyol pada 12 September 1990, dan bermain sedikit untuk Brasil pada awal 1990-an, membuat daftar Piala Dunia 1994 sebagai pengganti. Dia tampil di final melawan Italia, menyusul cedera Jorginho di menit ke-22. Setelah itu, Cafu segera menjadi pemain reguler di starting eleven saat Brasil memenangkan Copa América pada tahun 1997.
dan 1999, Piala Konfederasi FIFA 1997, dan mencapai final Piala Dunia 1998.