Setelah pembentukan Republik Sosialis Soviet Lithuania pada bulan Juli 1940, Gens dipecat dari pekerjaannya. Dia tidak dapat memperoleh izin kerja dan tidak diizinkan untuk terus tinggal di Kaunas. Dia pergi untuk tinggal bersama saudaranya, Solomon, di Vilnius, dan meskipun Gens ada dalam daftar untuk dikirim ke kamp kerja Soviet, ia berhasil mendapatkan pekerjaan yang tidak terdaftar di departemen kesehatan Vilnius melalui seorang kolega militer lama, Kolonel Juozas Ūsas. Gens tidak berada di daftar gaji resmi, yang berarti bahwa petugas politik yang melekat di rumah sakit tidak perlu diberitahu tentang pekerjaannya. Selama Juni 1941, ketika ribuan elit Lithuania diasingkan ke Siberia
, Gens tetap bersembunyi dan tidak dideportasi.