Berger juga menasihati Presiden mengenai pemboman Menara Khobar dan tanggapan terhadap teroris
pemboman kedutaan Amerika di Kenya dan Tanzania. Pada tahun-tahun terakhir pemerintahan Clinton, memerangi terorisme adalah prioritas kebijakan luar negeri yang paling utama; Berger mengatakan dalam wawancara sejarah lisan Maret 2005 di Miller Center UVA, "Saya mengatakan kepada Condoleezza Rice selama transisi... bahwa masalah nomor satu yang akan dia tangani sebagai penasihat keamanan nasional adalah terorisme secara umum dan al-Qaeda secara khusus".