Pada musim 2008/09, Totti pulih dari cedera sebelumnya, dan mengambil bagian dalam 2008 Supercoppa Italiana
final pada 24 Agustus 2008; setelah hasil imbang 2-2 dengan Inter setelah perpanjangan waktu, Totti melewatkan penalti dalam shootout yang dihasilkan, yang memungkinkan Javier Zanetti untuk memenangkan pertandingan untuk Inter dengan tendangan spot berikut. Pada tanggal 8 November 2008, ia membuat penampilan ke-400 di Serie A, dalam hasil imbang tandang 1-1 melawan Bologna, mencetak gol pembuka pertandingan. Kemudian bulan itu, ia melanjutkan untuk membantu timnya mengalahkan Lazio di derby Roma, membantu gol kemenangan pertandingan Júlio Baptista. Performa bagus Totti berlanjut saat ia memberikan assist untuk Mirko Vučinić dan mencetak gol dalam kemenangan 3-0 dalam pertandingan liga melawan Lecce pada 23 November, sementara ia mencetak tendangan bebas dalam kemenangan 3-1 melawan CFR Cluj di Liga Champions akhir pekan itu, pada 27 November. Dia juga mencetak gol kedua dalam kemenangan 2-0 melawan Bordeaux pada 10 Desember, yang memastikan Roma lolos ke babak 16 besar kompetisi sebagai pemenang grup. Pada 19 April 2009, Totti mencetak gol ke-175 Serie A dalam kemenangan kandang 3-2 atas Lecce, melampaui Amedeo Amadei sebagai pencetak gol terbanyak sepanjang masa Roma; dengan gol itu, Totti juga menjadi salah satu dari sepuluh pencetak gol terbanyak dalam sejarah Serie A.