Setelah pulih, d'Hautpoul diberi komando kavaleri berat dari Tentara Sambre-et-Meuse di bawah Jenderal Paul Grenier. Setelah Neuwied, ia dipindahkan ke Angkatan Darat Inggris di bawah komando Lazare Hoche. Ketika Direktori Prancis meninggalkan gagasan invasi Inggris, ia kembali dikerahkan di depan Jerman, kali ini sebagai bagian dari Tentara Danube. Setelah kekalahan Prancis di Pertempuran Ostrach
, cadangan kavaleri nya melindungi mundur Perancis dari Pfullendorf. Beberapa hari kemudian, setelah gagal memimpin serangan tepat waktu di Pertempuran Stockach, ia ditangguhkan atas perintah komandan Angkatan Darat, Jean-Baptiste Jourdan, yang menyalahkan d'Hautpoul atas kekalahan. Dibebaskan oleh pengadilan militer di Strasbourg, d'Hautpoul melanjutkan tugasnya pada akhir Juli 1799, setelah melewatkan tindakan kritis di Pertempuran Zurich Pertama.