Dia diangkat menjadi Menteri Keuangan pada bulan September 1936 dalam pemerintahan Francisco Largo Caballero. Sebagai menteri keuangan, ia membangun "Carabineros" (penjaga bea cukai), sebuah kekuatan 20.000 orang yang kemudian dijuluki "Satus Ribu Anak Negrín" (sebutan untuk Seratus Ribu Anak Saint Louis
), untuk mendapatkan kembali kontrol pos perbatasan Prancis, yang telah direbut oleh Confederación Nacional del Trabajo (CNT). Ia mengambil keputusan kontroversial untuk mentransfer cadangan emas Spanyol ke Uni Soviet dengan imbalan senjata untuk melanjutkan perang (Oktober 1936). Dengan nilai $ 500 juta pada saat itu ($ 240 juta lainnya telah dikirim ke Prancis pada bulan Juli), para kritikus berpendapat bahwa tindakan ini menempatkan pemerintah Republik di bawah kendali Joseph Stalin.