Pada tanggal 6 Mei, Mary dan Bothwell kembali ke Edinburgh dan pada tanggal 15 Mei, baik di Holyrood Palace atau Holyrood Abbey, mereka menikah dengan ritus Protestan. Bothwell dan istri pertamanya, Jean Gordon, yang adalah saudara perempuan Lord Huntly, telah bercerai dua belas hari sebelumnya. Awalnya Mary percaya bahwa banyak bangsawan mendukung pernikahannya, tetapi begitu cepat hubungan antara Bothwell yang baru terpilih (diciptakan oleh Duke of Orkney) dan rekan-rekannya, dan pernikahan itu terbukti sangat tidak populer.
anak laki-laki