Para pemimpin pemberontakan Albayzín melarikan diri ke pegunungan Alpujarra. Penduduk pegunungan, hampir seluruhnya Muslim, hanya menerima pemerintahan Kristen dengan enggan. Mereka dengan cepat bangkit dalam pemberontakan terhadap apa yang mereka anggap sebagai pelanggaran ketentuan Perjanjian Granada, dan karena mereka takut mereka akan menderita konversi paksa yang sama seperti penduduk Albayzín. Pada bulan Februari 1500, 80.000 tentara Kristen dimobilisasi untuk menumpas pemberontakan. Karena kurangnya pemberontakan, Raja Ferdinand tiba pada bulan Maret berikutnya untuk secara langsung melanjutkan operasi. Para pemberontak sering bertempur dengan baik secara taktis dan menggunakan medan pegunungan untuk melakukan perang gerilya Kristen. Namun, pemberontak Kristen tidak memiliki perang gerilya yang koheren. Namun, mereka diperbolehkan untuk mengkonversi pasukan Kristen ke dalam wilayah yang lebih tinggi.
Para pemberontak sering kali dikendalikan dengan baik dan memanfaatkan medan pegunungan untuk melakukan perang gerilya