Pada tahun 1999, Anjouan mengalami konflik internal dan pada tanggal 1 Agustus tahun itu, presiden pertama berusia 80 tahun Foundi Abdallah Ibrahim mengundurkan diri, mentransfer kekuasaan ke koordinator nasional, Abeid Said. Pemerintah digulingkan dalam sebuah kudeta oleh tentara dan angkatan laut pada tanggal 9 Agustus 2001. Mohamed Bajouan segera menjadi pemimpin junta yang mengambil alih dan pada akhir bulan itu ia adalah pemimpin negara. Meskipun dua bulan upaya pemberontakan atas pulau-pulau pemberontak gagal, dan saat ini Uni Afrika sedang melakukan negosiasi untuk melakukan rekonsiliasi. Proses ini sebagian besar selesai, setidaknya dalam teori. Menurut beberapa sumber, Mohéli memang kembali ke kontrol pemerintah pada tahun 1998. Pada tahun 1999, Anjouan memiliki konflik internal dan pada tanggal 1 Agustus tahun itu, presiden pertama berusia 80 tahun Foundi Abdallah Ibrahim mengundurkan diri, mentransfer kekuasaan ke koordinator nasional, Abeid Said. Pemerintah digulingkan dalam sebuah kudeta oleh tentara dan angkatan laut pada tanggal 9 Agustus 2001. Mohamed Bajouan segera menjadi pemimpin junta yang mengambil alih dan pada akhir bulan itu ia menjadi pemimpin negara pada tahun 2002.
Tahun 1997