Ketika Lithuania diduduki oleh Uni Soviet pada Juni 1940, Aukštuolis bersama para pejabat lainnya menyambut Vladimir Dekanozov, wakil Vyacheslav Molotov, di Bandara Kaunas. Ia tetap tinggal di Lithuania meskipun istrinya melarikan diri ke Argentina dan ia menggunakan kontak diplomatiknya untuk membantu Martynas Yčas melarikan diri ke Berlin. Setelah pengambilalihan Soviet, Aukštuolis kehilangan pekerjaannya di kementerian tetapi dengan rekomendasi dari Justas Paleckis (mereka bekerja bersama di legasi Lithuania di Riga) mendapatkan pekerjaan mengajar bahasa Rusia di Sekolah Menengah No. 1 di Panevėžys. Dia adalah salah satu dari 17.500 orang Lithuania yang dideportasi ke Siberia selama deportasi Juni
pada tahun 1941. Bersama dengan beberapa orang Lithuania terkemuka lainnya, termasuk mantan presiden Aleksandras Stulginskis dan menteri Stasys Šilingas, Aukštuolis berakhir di Kraslag di Krasnoyarsk Krai. Pada tahun 1942, ia dan 16 orang Lithuania lainnya sekali lagi ditangkap dan dituduh melakukan kegiatan anti-Soviet. NKVD merekomendasikan hukuman mati, tetapi hukuman terakhir 25 tahun penjara diumumkan hanya pada Februari 1952 <unk> hampir tiga tahun setelah kematian Aukštuolis karena tuberkulosis dan kekurangan gizi di Dubravlag.