Flores menyerukan pertemuan antara pejabat Cebu dari Republik Filipina pada tanggal 10 Februari 1899 untuk membahas perang melawan pasukan Amerika. Clímaco ditunjuk untuk tugas persiapan perang. Pada tanggal 21 Februari 1899, ketika pasukan Amerika mendarat di Cebu dan menuntut penyerahan diri, Clímaco memberikan dukungan pada pemberontakan anti-Amerika
dipimpin oleh Jenderal Arcadio Maxilom dan melakukan perjalanan ke Samar untuk mengumpulkan senjata. Flores, bersama dengan Julio Llorente, yang kemudian ditunjuk sebagai gubernur pertama oleh orang Amerika, setuju untuk menyerah provinsi.