Amer memainkan peran utama dalam kudeta militer yang menggulingkan Raja Farouk pada tahun 1952 dan yang membawa Jenderal Muhammad Naguib dan Kolonel Gamal Abdel Nasser berkuasa. Tahun berikutnya, Amer dipromosikan langsung dari mayor ke mayor jenderal, melewati empat pangkat militer, dan menjadi Kepala Staf Umum Mesir. Pada tahun 1956, Amer ditunjuk sebagai komandan atas komando militer gabungan yang didirikan oleh Mesir dan Suriah. Dia juga memimpin pasukan Mesir melawan pasukan Israel dan sekutu Inggris-Perancis selama perang Suez 1956
Aku tahu. Setelah pertempuran berakhir, Amer menuduh Nasser memprovokasi perang yang tidak perlu dan kemudian menyalahkan militer atas hasilnya. Sebagai wakil Nasser di Suriah, Amer ditahan oleh pemberontak selama kudeta Suriah tahun 1961 dan dikirim kembali ke Kairo.