Setelah dibebaskan, pada tahun 1995 Jabari mulai bertindak sebagai komandan di sayap militer Hamas. Selain itu, ia berurusan dengan organisasi amal gerakan dan bertanggung jawab untuk mengkoordinasikan antara pengumpulan uang dan kegiatan militer. Pada pertengahan 1990-an, Jabari secara langsung terlibat dalam merencanakan pemboman bunuh diri terhadap warga Israel. Kemudian, karena keterlibatannya dalam kegiatan militer di Jalur Gaza, Jabari ditangkap oleh Pasukan Keamanan Pencegahan Otoritas Palestina pada Oktober 1998 atas dugaan perannya dalam serangan bus Kfar Darom. Ia dibebaskan pada akhir 1999. Setelah dibebaskan, ia menjadi asisten Salah Shehadeh dan Mohamed Aldahef, komandan sayap militer, yang bertanggung jawab atas peningkatan tindakan militer. Dengan demikian, ia adalah bagian dari kepemimpinan militer peringkat tinggi Hamas selama intifada pertama.
dan sel Intifada pertama.