Pada Februari 1939, Pétillon meminta untuk ditugaskan ke Kongo Belgia dan menerima posisi sebagai "chef de cabinet" untuk Gubernur Jenderal, Pierre Ryckmans. Dia masih berada di Kongo pada Mei 1940 ketika Belgia diserang oleh Jerman. Meskipun ditempatkan sebagai "chef de cabinet" De Vleeschauwer dengan pemerintah Belgia di pengasingan di London, Pétillon menghabiskan sebagian besar Perang Dunia II di Kongo. Setelah Pembebasan Belgia
Pada bulan September 1944, Pétillon memainkan peran utama dalam membangun kembali hubungan antara administrasi kolonial di Afrika dan Kementerian Koloni.