Panis memiliki potensi untuk musim yang besar saat mengemudi untuk Alain Prost, yang telah membeli Ligier. Dengan ban Bridgestone, ia mengambil podium pertama perusahaan ban di Brasil. Dia menempati posisi kedua di Argentina sebelum pensiun. Setelah 6 balapan, ia menempati posisi ketiga di kejuaraan berkat podium lain dengan posisi kedua di Spanyol. Kemenangan bisa saja dimungkinkan dalam balapan itu jika dia tidak ditahan mengelilingi backmarkers selama tujuh putaran, kehilangan total 6 detik dari pemimpin Jacques Villeneuve. Pada Grand Prix Kanada 1997, ia patah kedua kakinya dalam kecelakaan kecepatan tinggi, menyebabkan dia melewatkan tujuh balapan berikutnya musim ini. Tempatnya di tim diambil oleh Jarno Trulli, sampai ia kembali untuk tiga balapan terakhir musim ini. Dia meraih tempat keenam di Luxembourg
dan tampaknya menunjukkan bahwa ia telah sepenuhnya pulih dari kecelakaan, seperti ia mengemudi juga seperti yang telah ia lakukan sebelum kecelakaan. Meskipun melewatkan setengah tahun, ia masih berhasil 9 di kejuaraan dengan 16 poin.