Pada bulan Januari dan Februari 1554, pemberontakan Wyatt meletus; itu segera ditekan. Elizabeth dibawa ke pengadilan, dan diinterogasi mengenai perannya, dan pada tanggal 18 Maret, dia dipenjara di Tower of London. Elizabeth dengan bersungguh-sungguh memprotes ketidakbersalahannya. Meskipun tidak mungkin bahwa dia telah merencanakan dengan para pemberontak, beberapa dari mereka diketahui telah mendekatinya. Orang terdekat Mary, duta besar Charles V, Simon Renard, berpendapat bahwa takhtanya tidak akan pernah aman selama Elizabeth hidup; dan Kanselir, Stephen Gardiner, bekerja untuk mengadili Elizabeth. Pendukung Elizabeth di pemerintah, termasuk Lord Paget, meyakinkan Mary untuk mengampuni adiknya karena tidak ada bukti kuat terhadapnya. Sebaliknya, pada tanggal 22 Mei, Elizabeth dipindahkan dari Crowstock Tower ke Woodstock, di mana dia menghabiskan hampir setahun di bawah tanggung jawab Sir Henry Bedingfield.
Menara London