Setelah pensiun, Ishii menjadi pelatih Kashima Antlers pada tahun 1999. Ia melayani sebagai pelatih fisik. Pada Juli 2015, manajer Toninho Cerezo dipecat dan Ishii menjadi manajer baru. Dia adalah manajer Jepang klub untuk pertama kalinya dalam 21 tahun sejak Masakatsu Miyamoto pada tahun 1994 (Kecuali penjaga Takashi Sekizuka pada tahun 1998 dan 1999). Pada bulan Oktober, klub memenangkan juara J.League Cup 2015. Pada tahun 2016, klub memenangkan juara J1 League dan lolos ke Piala Dunia Klub 2016.
Aku tahu. Dia juga terpilih sebagai Manajer J.League of the Year. Di Piala Dunia Klub, klub menjadi tim Asia pertama yang mencapai final Piala Dunia Klub. Di final, setelah bermain imbang 2-2 melawan juara Eropa Real Madrid setelah 90 menit, mereka dikalahkan 4-2 setelah perpanjangan waktu. Namun kinerja klub buruk pada tahun 2017, ia dipecat pada Mei 2017.