Wofford sebelumnya telah memilih melawan pemisahan diri, tetapi menawarkan layanannya kepada negaranya dan Angkatan Darat Konfederasi. Dia diangkat sebagai kolonel di Militia Negara Bagian Georgia, kemudian menjadi kapten di Infantri Georgia ke-18 pada bulan April 1861. Pada tanggal 25 April Wofford dipromosikan menjadi kolonel, dan bertugas di North Carolina dan Virginia sebelum ditugaskan ke Brigjen John Bell Hood's Texas Brigade. Dia melihat aksi di Yorktown, Eltham Landing, dan Seven Pines
selama Kampanye Semenanjung. Wofford dan ke-18 juga bertempur di Second Bull Run dan Antietam, di mana ia memerintahkan Brigade Texas.