Stasiun ini, yang awalnya bernama Messina, diresmikan pada 12 Desember 1866, sebagai terminal kereta api ke Taormina, bagian pertama dari jalur Messina-Catania-Siracusa. Rusak parah setelah gempa bumi 1908
, itu diperbaiki beberapa tahun kemudian. Pada tahun 1939 akhirnya diperbarui dan digantikan oleh "Messina Centrale" modern, dengan bangunan stasiun yang diproyeksikan oleh arsitek Angiolo Mazzoni.