Setelah musim 2012, Scutaro dan Giants menyetujui kontrak 3 tahun, $ 20 juta yang menjadi resmi pada tanggal 7 Desember 2012. Pada tahun 2013, Scutaro adalah baseman kedua awal, dengan Tony Abreu dan Nick Noonan sebagai cadangan utamanya. Dalam 81 pertandingan di babak pertama, Scutaro memukul.316/.367/.400 dengan 2 HR, 22 RBI dan 37 R, dan ia dinobatkan ke 2013 MLB All-Star Game
Aku tahu. Scutaro memainkan pertandingan terakhirnya pada tahun 2013 pada tanggal 15 September, dan secara resmi ditutup pada tanggal 24 September. Dia menjalani operasi pada tanggal 27 September yang memasukkan pin di jari kelingking kirinya yang memperbaiki jari palu, cedera yang dideritanya pada tanggal 11 Juni melawan Pirates ketika dia dipukul oleh Tony Watson. Dalam 127 pertandingan pada tahun 2013, ia memukul.297/.357/.369 dengan 2 HR, 31 RBI dan 57 R.