Van Erp membongkar dan membangun kembali tiga platform bulat atas dan stupa. Sepanjang jalan, Van Erp menemukan lebih banyak hal yang bisa dia lakukan untuk memperbaiki monumen; ia mengajukan proposal lain, yang disetujui dengan biaya tambahan 34.600 gulden. Sekilas, Borobudur telah dipulihkan ke kemuliaan lamanya. Van Erp melanjutkan dengan hati-hati dengan merekonstruksi puncak chattra (parasol tiga tingkat) di atas stupa utama. Namun, ia kemudian membongkar stupa, mengutip bahwa tidak ada cukup batu yang digunakan dalam prinsip-prinsip asli dalam merekonstruksi puncak Borobudur.
anastylosis