Setelah kematian Cromwell dan runtuhnya rezim, Charles II dipulihkan pada tahun 1660 dan Skotlandia kembali menjadi kerajaan independen. Skotlandia mendapatkan kembali sistem hukumnya, parlemen dan gereja, tetapi juga para Lord of the Articles (dengan mana mahkota mengelola parlemen), uskup dan seorang raja yang tidak mengunjungi negara itu. Dia memerintah sebagian besar tanpa merujuk ke Parlemen, melalui serangkaian komisaris. Ini dimulai dengan John, Earl of Middleton dan berakhir dengan saudara dan pewaris raja, James, Duke of York (dikenal di Skotlandia sebagai Duke of Albany). Undang-Undang Navigasi Inggris mencegah orang Skotlandia terlibat dalam perdagangan yang menguntungkan dengan koloni-koloni Inggris. Pemulihan episkopat menjadi sumber masalah, terutama di barat daya negara itu, sebuah daerah dengan simpatisan Presbiterian yang kuat. Meninggalkan gereja resmi, banyak penduduk mulai menghadiri kebaktian lapangan ilegal, yang dikenal sebagai konventikel. Upaya resmi untuk menekan ini menyebabkan pemberontakan pada tahun 1679, yang dikalahkan oleh James, Duke of Monmouth, putra haram Raja, di Pertempuran Bothwell Bridge
Aku tahu. Pada awal tahun 1680-an, fase penganiayaan yang lebih intens dimulai, yang kemudian disebut "Waktu Membunuh". Ketika Charles meninggal pada tahun 1685 dan saudara lelakinya, seorang Katolik Roma, menggantikannya sebagai James VII dari Skotlandia (dan II dari Inggris), keadaan menjadi semakin buruk.