Tuliskan kelanjutan untuk paragraf ini - Zersenay gagal mencapai podium untuk kedua kalinya di Kejuaraan Dunia Cross Country 2006
, tetapi finis di tempat keempat memimpin tim Eritrea menuju medali perak dalam kompetisi tim. Bulan berikutnya, Zersenay mengalahkan Fabiano Joseph dan Boniface Kiprop untuk memenangkan Great Manchester Run. Dia berlari ke garis finish dengan waktu 27:36; sebuah rekor Eritrea dan kedua tercepat tahun itu. Pada bulan Agustus tahun itu, ia secara signifikan meningkatkan rekor 10.000 m terbaiknya di Memorial Van Damme; waktunya 26:37.25 mengetuk hampir tiga puluh detik dari rekor sebelumnya untuk menjadikannya orang tercepat ke-8 yang pernah ada, tetapi ia masih finis di belakang Micah Kogo yang baru muncul yang berlari tercepat kesepuluh sepanjang masa. Rekor terbaik baru 59:16 oleh Zersenay di Rotterdam Half Marathon menyamai rekor Samuel Wanjiru dan menjadi pertanda baik untuk balapan kejuaraan yang akan datang.