Pada bulan September 1259, William dari Villehardouin dikalahkan dan ditangkap, bersama dengan banyak bangsawannya, di Pertempuran Pelagonia, oleh pasukan kaisar Nicaean Michael VIII Palaiologos. Dua tahun kemudian, pasukan Nicea merebut kembali Konstantinopel, mengakhiri Kekaisaran Latin dan memulihkan Kekaisaran Bizantium. Pada titik ini, kaisar membuat perjanjian dengan pangeran yang ditawan: William dan anak buahnya akan dibebaskan dengan imbalan sumpah setia, dan untuk menyerahkan Monemvasia, Grand Magne, dan Mystras. Penyerahan itu dilakukan pada tahun 1262, dan sejak saat itu Mystras adalah kursi gubernur wilayah Bizantium di Morea. Awalnya gubernur ini ("kephale") diganti setiap tahun, tetapi setelah 1308 mereka mulai ditunjuk untuk jangka waktu yang lebih lama. Hampir segera setelah kembali ke Morea, William dari Villehardouin melepaskan sumpahnya kepada kaisar, dan perang pecah antara Bizantium dan Frank. Upaya Bizantium pertama untuk menundukkan Kepangeranan Achaea dikalahkan kembali dalam pertempuran Prinitsa dan Makryplagi
, tetapi Bizantium dengan kuat bersembunyi di Laconia. Perang menjadi endemik, dan orang-orang Bizantium perlahan-lahan mendorong orang-orang Franka mundur. Ketidakamanan yang ditimbulkan oleh serangan dan serangan balasan menyebabkan penduduk Lacedaemon meninggalkan kota mereka yang terbuka dan menetap di Mystras, di kota baru yang dibangun di bawah bayang-bayang benteng.