Ketika perang berakhir, organisasi Komunis disahkan, dan Pekkala terpilih kembali ke Parlemen pada pemilihan parlemen 1945 mewakili Liga Demokratik Rakyat Finlandia. Pada tahun 1945-1946, ia menjabat sebagai Menteri Pendidikan, dan 1946-1948 sebagai Menteri Kehakiman. Pada tahun 1946-1947, Pekkala adalah anggota pengadilan khusus dari percobaan-tanggung jawab Perang
diatur oleh Sekutu. Pekkala meninggalkan politik pada tahun 1948, dan menjalankan sebuah firma hukum di Helsinki sampai kematiannya pada bulan September 1956.