Setelah invasi gabungan Jerman-Soviet ke Polandia, yang memulai Perang Dunia II pada bulan September 1939, kota ini diduduki oleh Jerman
, yang melakukan kampanye genosida terhadap penduduk Polandia dan Yahudi setempat. Chełmża adalah salah satu lokasi eksekusi orang Polandia yang dilakukan oleh Jerman pada tahun 1939 sebagai bagian dari "Intelligenzaktion". Banyak orang Polandia lokal, terutama guru, juga dibantai di hutan Barbarka di Toruń saat ini, juga sebagai bagian dari "Intelligenzaktion". Negara Jerman pada saat itu menganggap orang Polandia dan Yahudi sebagai "untermenschen" dan merencanakan pemusnahan mereka sebagai kelompok nasional. Untuk menghindari nasib ini banyak orang Polandia lokal mengambil kelompok III dan IV Volksliste. Pada awal 1945, di Chełmża, buruh paksa Polandia yang dievakuasi dari Jajkowo secara paksa direkrut oleh Jerman ke Organisasi Todt, namun, beberapa berhasil melarikan diri. Akibat pembantaian dan penindasan Jerman, populasi kota ini menurun menjadi 10.000 pada Maret 1945.