Quintero membuat penampilan pertamanya di musim ini pada 16 Juli, mencetak satu gol dalam kemenangan 2-0 melawan Chiapas dalam pertandingan pembukaan Apertura 2016. Dia akan mencetak gol lagi di pertandingan berikutnya América, kemenangan 3-0 atas Venados F.C. di Apertura 2016 Copa MX. Quintero meraih assist pertamanya pada 23 Juli dalam kemenangan 3-1 melawan Toluca. Pada 6 Agustus, ia mencetak satu gol dan mencatat dua assist untuk membantu América meraih kemenangan 4-1 atas Veracruz. Pada tanggal 3 September, diumumkan bahwa Quintero menderita tromboflebitis di kaki kanannya. Perkiraan awal adalah bahwa ia akan keluar selama tiga sampai enam bulan dan kehilangan sisa musim. Quintero berhasil kembali tepat waktu untuk pertandingan final Apertura, mencatat dua assist dalam hasil imbang 3-3 dengan Pachuca pada 19 November. Selama leg pertama perempat final Liguilla, América dan Guadalajara bermain imbang 1×1. Quintero akan mendapatkan assist di leg kedua untuk mengirim "Las Águilas" melalui ke semifinal. Setelah mengalahkan Necaxa, América akan berhadapan dengan Tigres UANL di final. Quintero turun dari bangku cadangan di leg pertama, tetapi tidak tampil di leg kedua karena Tigres menang dalam perpanjangan waktu. Di Piala Dunia Klub FIFA 2016
Quintero membantu América mengalahkan Jeonbuk Hyundai Motors di pertandingan pertama mereka sebelum jatuh ke Real Madrid di semifinal. Mereka akan kalah dari Atlético Nacional pada penalti di pertandingan tempat ketiga.