Krisis suksesi tahun 1580, memulai periode enam puluh tahun dari monarki ganda di Portugal dan Spanyol di bawah Habsburg Spanyol. Ini disebut sebagai "Dominion Filipina" ("Domínio Filipino"), karena ketiga raja Spanyol selama periode itu disebut Philip ("Filipe"). Pada tahun 1589, Lisbon menjadi sasaran serangan Armada Inggris
dipimpin oleh Francis Drake, sementara Ratu Elizabeth mendukung seorang preman Portugis di Antonio, Prior Crato, tetapi dukungan untuk Crato kurang dan ekspedisi itu gagal. Perang Restorasi Portugis, yang dimulai dengan kudeta yang diselenggarakan oleh bangsawan dan borjuasi di Lisbon dan dieksekusi pada tanggal 1 Desember 1640, mengembalikan kemerdekaan Portugis. Periode dari tahun 1640 sampai 1668 ditandai dengan pertempuran berkala antara Portugal dan Spanyol, serta episode singkat peperangan yang lebih serius sampai Perjanjian Lisbon ditandatangani pada tahun 1668.