Sejarawan Nick Cullather menulis bahwa dengan menggulingkan Árbenz, CIA akhirnya melemahkan tujuan awal mereka sendiri yaitu sebuah pemerintahan Guatemala yang stabil. Sejarawan Stephen Streeter menyatakan bahwa sementara AS mencapai tujuan strategis tertentu dengan menginstal Castillo Armas sebagai presiden, hal itu dilakukan dengan mengorbankan institusi demokrasi Guatemala. Dia lebih lanjut menyatakan bahwa, meskipun Castillo Armas mungkin akan melakukan pelanggaran hak asasi manusia yang dia lakukan bahkan tanpa kehadiran AS, Departemen Luar Negeri AS pasti telah membantu dan mendukung proses tersebut. Kemunduran kebijakan progresif dari pemerintah sipil sebelumnya mengakibatkan serangkaian pemberontakan kiri di pedesaan dimulai pada tahun 1960. Ini memicu Perang Saudara Guatemala
antara pemerintah militer Guatemala yang didukung AS dan pemberontak kiri, yang sering membanggakan pengikut yang cukup besar di kalangan warga. Konflik yang berlangsung antara tahun 1960 dan 1996, mengakibatkan kematian 200.000 warga sipil. Meskipun kejahatan terhadap warga sipil dilakukan oleh kedua belah pihak, 93 persen dari kekejaman tersebut dilakukan oleh militer yang didukung AS. Pelanggaran-pelanggaran ini termasuk kampanye genosida bumi hangus terhadap penduduk asli Maya selama tahun 1980-an. Para sejarawan telah mengaitkan kekerasan perang saudara dengan kudeta tahun 1954, dan "paranoia anti-komunis" yang dihasilkannya.