Meningkatnya apresiasi terhadap perubahan ancaman yang dihadapi Departemen Angkatan Laut di abad ke-21, yang berpuncak pada terorisme
Pemboman di Yaman dan serangan pada 11 September 2001, menyebabkan NCIS mengubah Pusat Peringatan Anti-Teroris menjadi Multiple Threat Alert Center (MTAC) pada tahun 2002.