Potheinos, menilai bahwa perjanjian ini benar-benar menguntungkan Cleopatra atas Ptolemy XIII dan bahwa pasukan terakhir 20.000, termasuk Gabiniani, kemungkinan besar bisa mengalahkan tentara Caesar 4.000 pasukan unsupported. Dia memutuskan untuk memiliki Achillas memimpin pasukan mereka ke Alexandria untuk menyerang kedua Caesar dan Cleopatra. Pengepungan istana yang dihasilkan
dengan Caesar dan Cleopatra terjebak di dalam berlangsung ke tahun berikutnya dari 47 SM. Ini termasuk pembakaran kapal Caesar di pelabuhan yang menyebarkan api dan berpotensi membakar bagian dari Perpustakaan Alexandria. Caesar berhasil mengeksekusi Potheinos setelah ia mencoba komplotan pembunuhan terhadapnya. Arsinoe IV bergabung dengan Achillas dan dinyatakan sebagai ratu. Segera setelah itu, ia menyuruh guru Ganymedes membunuh Achillas dan mengambil posisinya sebagai komandan pasukannya. Ganymedes kemudian menipu Caesar untuk meminta kehadiran Ptolemy XIII, yang sebelumnya ditawan, sebagai negosiator, hanya untuk membuatnya bergabung dengan tentara Arsinoe IV. Dengan pengetahuannya yang terperinci tentang istana, Ganymede memompa air laut ke waduk melalui pipa air, tetapi Cleopatra dan Caesar melawan ini dengan memerintahkan pembangunan sumur air tawar.