Federasi Anarkis Prancis, yang anggotanya terwakili dengan baik di antara kontributor "Le Libertaire", mengalami perpecahan sendiri pada awal 1950-an. Pada bulan Mei 1953, setelah pengambilalihan oleh dan pengecualian atau keberangkatan dari mereka yang menentang itu, Federasi Anarkis residual berganti nama menjadi Federasi Komunisme Libertarian (FCL) dan kelompok ini dalam gerakan yang semakin terfragmentasi yang sekarang memiliki judul "Le Libertaire". Dimulai dengan nomor 378, tanggal 3 Desember 1953, halaman depan surat kabar menampilkan subjudul "Organe de la Fédération Communiste Libertaire". Pada saat ini, perang di Aljazair
cepat naik ke agenda politik dan "Le Libertaire" mendukung kemerdekaan Aljazair. FCL sekarang menemukan dirinya di bawah serangan dari pemerintah di pengadilan, dan membangun beban melumpuhkan utang hukum. Edisi mingguan "Le Libertaire" menghilang pada bulan Juli 1956, tiga tahun setelah perpecahan anarkis yang melahirkan FCL dan kendali surat kabarnya. Dewan nasional FCL memutuskan untuk "menangguhkan" "Le Libertaire" pada 17 Juli 1956. Pada saat itu, edisi 486, edisi terakhir dari seri, telah muncul pada tanggal 5 Juli 1956. Peran surat kabar itu akhirnya akan diambil oleh "Le Monde libertaire", yang diterbitkan oleh federasi anarkis yang dibentuk kembali yang akan mengambil obor "Le Libertaire".