Dia dan rekan-rekan sipilnya dihapus dari jabatan dalam kudeta militer 15 Januari 1966
, dan dia adalah politisi paling menonjol untuk menghindari pembunuhan setelah kudeta. Azikiwe adalah juru bicara untuk Biafra dan menasihati pemimpinnya, Chukwuemeka Odumegwu Ojukwu, selama Perang Biafra (1967 <unk> 1970). Dia beralih kesetiaannya kembali ke Nigeria selama perang, dan mengajukan banding kepada Ojukwu untuk mengakhiri perang dalam pamflet dan wawancara. "The New York Times" mengatakan tentang politiknya, "Sepanjang hidupnya, aliansi Dr. Azikiwe dengan orang-orang utara membuatnya berselisih dengan Obafemi Awolowo, seorang pemimpin yang cenderung sosialis dari Yoruba, kelompok selatan penting lainnya di negara itu".