Kereta api transportasi tiba di Westerbork setiap hari Selasa dari Juli 1942 hingga September 1944, dan dideportasi sekitar 97.776 orang Yahudi selama periode tersebut. Para tahanan Yahudi dideportasi bergelombang ke kamp konsentrasi Auschwitz (65 kereta api yang memuat 60.330 orang), Sobibor (19 kereta api yang memuat 34.313 orang), ghetto Theresienstadt, dan kamp konsentrasi Bergen-Belsen (9 kereta api yang memuat 4.894 orang). Hampir semua dari 94.643 orang yang dideportasi ke Auschwitz dan Sobibor di Polandia yang diduduki Jerman
terbunuh saat tiba.