Dia kembali ke Mount Holyoke pada tahun 1872, mengajar matematika dan sejarah alam sebelum menjadi instruktur gimnastik perguruan tinggi dari tahun 1876 hingga 1891.Clapp melanjutkan studi pascasarjana yang luas di Louis Agassiz Anderson School of Natural History di Pulau Penikese, Buzzard's Bay, MA pada tahun 1874. Dia mengadopsi diktum Agassiz "Study nature, not books!" dan menerapkannya pada pengajaran sendiri.Dia memperkenalkan pengetahuan yang dipelajari melalui kursus embriologi di Mount Holyoke, digantikan oleh spesimen dari alumni di luar negeri. Bersama dengan ahli entomologi New England lainnya, Clapp mengumpulkan serangga dari White Mountains of New Hampshire pada musim panas 1875 dan dari negara-negara Atlantik tengah pada tahun 1877.
New Hampshire