Namun, masalah flutter kecepatan tinggi yang sangat parah hanya dapat diselesaikan dengan memasukkan penimbang uranium yang terkuras sebagai ballast di nacelles mesin luar dari 747 awal. Langkah ini menyebabkan kecemasan ketika pesawat-pesawat ini jatuh, misalnya El Al Flight 1862 di Amsterdam pada tahun 1992 dengan 282 kilogram (622 lb) uranium di tailplane (stabilisator horizontal). Program uji terbang ini terhambat oleh masalah dengan mesin JT9D 747. Kesulitan termasuk yang disebabkan oleh gerakan throttle mesin yang cepat dan distorsi casings turbin setelah periode layanan singkat. Masalah ini sebagian dipecahkan dengan mengurangi kekakuan beberapa komponen sayap. Namun, ketika pesawat Boeing 747 pertama kali diperkenalkan ke lapangan pada tanggal 20 Desember 1969, pesawat tersebut mengalami beberapa kesulitan saat pesawat tersebut mengalami kerusakan parah di lapangan terbang Renton Air Show. Pada tanggal 28 Desember 1969, ketika pesawat Boeing 747 pertama kali diperkenalkan ke lokasi uji coba, pesawat tersebut mengalami beberapa kesulitan saat pesawat tersebut ditarik keluar dari landasan dan tidak dapat dipasang di tempat uji coba.
mati mesin yang disebabkan oleh gerakan cepat throttle dan distorsi casing turbin setelah periode layanan singkat