Dinasti ini mulai berkuasa pada tahun 1510 ketika Muhammad al-Qa'im dinyatakan sebagai pemimpin suku-suku di lembah Sous dalam perlawanan mereka terhadap Portugis yang menduduki Agadir dan kota-kota pesisir lainnya. Putra Al-Qai'm, Ahmad al-Araj, mengamankan kendali Marrakesh pada tahun 1525 dan, setelah periode persaingan, saudaranya Muhammad al-Shaykh merebut Agadir dari Portugis dan akhirnya merebut Fez dari Wattasids, mengamankan kendali atas hampir seluruh Maroko. Setelah pembunuhan Muhammad al-Shaykh oleh Ottoman pada tahun 1557, putranya Abdallah al-Ghalib menikmati pemerintahan yang relatif damai. Namun, para penerusnya bertempur satu sama lain, yang berpuncak pada Pertempuran Ksar el-Kebir pada tahun 1578.
(atau "Pertempuran Tiga Raja"), di mana intervensi militer Portugis atas nama Muhammad II al-Mutawakkil secara menyeluruh dikalahkan oleh pasukan Saadian. Setelah kemenangan ini, Ahmad al-Mansur menjadi sultan dan memimpin puncak kekuasaan Saadian. Pada paruh akhir pemerintahannya ia meluncurkan invasi yang sukses terhadap Kekaisaran Songhai yang menghasilkan pendirian Pashalik yang berpusat di Timbuktu. Namun, setelah kematian Al-Mansur pada tahun 1603, putra-putranya berperang dalam konflik sengit untuk suksesi yang membagi negara dan melemahkan kekuasaan dan prestise dinasti. Sementara kerajaan Saadian dipersatukan kembali pada akhir konflik pada tahun 1627, faksi-faksi baru di wilayah itu bangkit untuk menantang otoritas Saadian. Sultan Saadian terakhir, Ahmad al-Abbas, dibunuh pada tahun 1659, membawa dinasti berakhir. Moulay al-Rashid kemudian menaklukkan Marrakesh pada tahun 1668 dan memimpin dinasti Alaouite untuk berkuasa di Maroko.