Kalonji menjabat sebagai delegasi untuk Kartel Katanga (sebuah aliansi antara FEDEKA, BALUBAKAT, dan ATCAR) di Konferensi Meja Bulat Belgia-Kongo pada awal 1960. Setelah itu ia menjalankan kantor kartel di Belgia selama beberapa bulan dan menghadiri Konferensi Meja Bulat Ekonomi sebagai pengamat. Pada bulan Mei ia terpilih sebagai wakil provinsi di Provinsi Katanga dan kemudian pada tanggal 12 Juni sebagai senator dengan tiket FEDEKA yang tidak biasa. Kalonji menjatuhkan kantor sebelumnya untuk memegang yang terakhir. Perdana Menteri Patrice Lumumba mencalonkannya sebagai Komisaris Negara untuk Provinsi Kasaï di pemerintahan pertama Kongo merdeka. Senat menolak semua nominasi Lumumba untuk komisaris negara dengan alasan bahwa pemerintah provinsi belum dikonsultasikan secara memadai mengenai pemilihan. Ketika negara jatuh ke dalam krisis
, posisi Kalonji dalam politik nasional menjadi lemah karena etnisitas campuran dan fakta bahwa ia mematuhi keyakinan Lumumba. Dia menentang pemisahan Katangese. Pada bulan Oktober ia menjadi anggota komisi yang dibentuk oleh Lumumba (kemudian digulingkan) yang bertugas mengelola hubungannya dengan Operasi PBB di Kongo.