Lengkapi kalimat berikut: Pada tahun 2016, Bagnaia memulai musim dengan podium di Losail dan podium lain di Jerez, finis di posisi ke-3 pada kedua kesempatan. Pada balapan kandangnya di Italia Bagnaia mengamankan posisi ketiga lainnya mengalahkan Niccolò Antonelli dengan 0,006 detik. Diteruskan oleh kecelakaan di Barcelona, Bagnaia mengamankan kemenangan Grand Prix pertamanya di ajang bersejarah
Sirkuit Assen dalam balapan Moto3 ke-59 dan itu adalah kemenangan pertama untuk Mahindra juga. Dia sekarang memiliki 4 podium di 8 balapan pertama musim ini dan menemukan dirinya berjuang untuk gelar. Setelah dua balapan rata-rata dan kecelakaan di Brno, Bagnaia mendapatkan posisi pertama di Silverstone yang terkena hujan dan finis kedua di belakang Brad Binder dalam balapan yang mendebarkan. Bagnaia memenangkan balapan kedua musim ini di Sepang, memenangkan balapan dengan nyaman dengan selisih besar setelah Brad Binder, Joan Mir dan Lorenzo Dalla Porta semuanya terjatuh di tikungan yang sama selama awal balapan, yang dipenuhi dengan beberapa tabrakan. Ia menyelesaikan musim dengan 145 poin untuk menempati posisi ke-4 di Moto3 Championship dengan total 2 kemenangan dan 6 podium. Bagnaia memiliki kesempatan untuk menempati posisi 2 di Kejuaraan Dunia di belakang Brad Binder tetapi sayangnya tersingkir di Phillip Island dan Valencia oleh Gabriel Rodrigo. Rodrigo mendorong Fabio Di Giannantonio di Australia yang pergi ke bawah dan mengumpulkan Bagnaia bersamanya. Di Valencia Rodrigo membuat kecelakaan tinggi pada putaran pertama mendekati tikungan terakhir, sekali lagi Bagnaia jatuh tak terelakkan.