Tuliskan kelanjutan untuk paragraf ini - Rebane bertugas sebagai perwira di Angkatan Darat Estonia sampai pasukan Soviet menduduki negara itu pada tahun 1940. Uni Soviet membubarkan dan menyerap sebagian besar Angkatan Bersenjata Estonia dan menangkap dan mengeksekusi seluruh komando tinggi Estonia. Banyak perwira junior, seperti Rebane, dipecat karena kurangnya "kepercayaan politik" dan dapat dideportasi. Untuk sementara, Rebane bekerja di konstruksi, kemudian melarikan diri ke hutan ketika Soviet mulai deportasi massal
pada tahun 1941. Dia mendirikan dan memimpin unit Forest Brothers anti-Soviet di Virumaa (Estonia Utara) pada Mei 1941.