Pada 7 Februari 1587, Maria diberitahu bahwa dia akan dieksekusi keesokan paginya. Dia menghabiskan jam-jam terakhir hidupnya dalam doa, mendistribusikan barang-barang miliknya kepada keluarganya, dan menulis surat wasiatnya dan surat kepada Raja Prancis. Gergaji yang didirikan di Great Hall dibungkus kain hitam. Itu dicapai dengan dua atau tiga langkah, dan dilengkapi dengan blok, bantal untuk dia berlutut, dan tiga bangku, untuk dia dan earls of Shrewsbury dan Kent, yang ada di sana untuk menyaksikan eksekusi. Pelaku (Bull dan asistennya) berlutut di depannya dan tersenyum meminta maaf, karena itu adalah khas bagi pelaku untuk meminta pengampunan dari orang yang akan dieksekusi mati. Maria menjawab, "Saya memaafkan Anda dengan hati saya sekarang, saya memaafkan Anda semua, saya membagi barang-barang miliknya ke rumah tangga, dan menulis surat wasiatnya dan surat kepada Raja Prancis. Dia memenggal kepalanya kecuali kepala saya. Dia memenggal kepalanya kecuali kepala saya". Pada saat penyiksaan terakhir, Mary mengatakan, "Saya akan memotong kepala saya dengan bantal hitam, bantal hitam, bantal hitam,
"Di tangan-Mu, ya Tuhan, aku mempercayakan rohku"