Pada tahun 1995 Jugović dibeli dari Sampdoria oleh Juventus, yang pelatihnya saat itu adalah Marcello Lippi. Pada musim pertamanya, Juventus menempati posisi runner-up di Serie A. Pada Final Liga Champions UEFA 1996, ia masuk sebagai pengganti Antonio Conte dan mencetak gol penalti yang menentukan bagi Juventus melawan Ajax, setelah hasil imbang 1-1 setelah perpanjangan waktu. Dalam sebuah wawancara tahun 2017 dengan "Goal.com", ia mengingat bahwa ia merasa tenang sebelum mengambil penalti melawan kiper Ajax Edwin van der Sar. Setelah perannya dalam kemenangan Liga Champions mereka, Jugović bermain untuk Juventus untuk satu musim lagi, di mana ia tampil di Piala Interkontinental 1996.
, yang dimenangkan Juventus 1-0 atas Riverplate. Musim itu, Juventus melanjutkan untuk memenangkan gelar Serie A 1996-97, setelah Jugović pergi ke Lazio. Secara total, ia membuat 77 penampilan untuk klub yang berbasis di Turin, mencetak 10 gol.