Setelah kudeta komunis tahun 1948 Zenkl berada di bawah pengawasan terus-menerus oleh aparat Keamanan Negara komunis. Namun, ia berhasil melarikan diri bersama istrinya ke Barat pada Agustus 1948. Pada tahun-tahun berikutnya ia menjadi pemimpin gerakan pengasingan politik Cekoslowakia. Pada 1949-1974 ia adalah ketua Dewan pengasingan Cekoslowakia Bebas, yang berbasis di Washington, D.C.. Setelah jatuhnya komunisme
Pada tahun 1989, jenazahnya dipindahkan dari Amerika Serikat ke Pemakaman Vyšehrad di Praha. Pada Oktober 1991 ia dianugerahi, "in memoriam", Orde Tomáš Garrigue Masaryk, kelas II, oleh Presiden Václav Havel.