Pada bulan Maret 1799, Angkatan Darat Danube terlibat dalam dua pertempuran besar, keduanya di teater Jerman barat daya. Pada pertempuran sengit Ostrach
, 21-22 Maret 1799, pertempuran pertama Perang Koalisi Kedua, pasukan Austria, di bawah komando Archduke Charles, mengalahkan Tentara Jourdan dari Danube. Prancis menderita kerugian yang signifikan dan terpaksa mundur dari wilayah tersebut, mengambil posisi baru ke barat di Messkirch (Mößkirch, Meßkirch), dan kemudian di Stockach dan Engen. Pada pertempuran kedua, di Stockach, pada tanggal 25 Maret 1799, tentara Austria mencapai kemenangan yang menentukan atas pasukan Prancis, dan sekali lagi mendorong tentara Prancis ke barat. Jourdan menginstruksikan para jenderalnya untuk mengambil posisi di Hutan Hitam, dan dia sendiri mendirikan pangkalan di Hornberg. Dari sana, Jenderal Jourdan mengalihkan komando tentara ke kepala stafnya, Jean Augustin Ernouf, dan melakukan perjalanan ke Paris untuk meminta lebih banyak dan lebih baik pasukan dan, akhirnya, untuk meminta cuti medis.