Cabrera membuka 2013 sebagai Padres shortstop dan mulai 69 pertandingan berturut-turut di posisi sebelum ia pergi ke daftar cacat 15 hari pada pertengahan Juni dengan cedera hamstring. Pada 14 Mei, Cabrera mengumpulkan hit ke-60.000 dalam sejarah Padres. Dia terpilih untuk tim All-Star
sebagai cadangan, memiliki rata-rata pemukul.291,.373 pada persentase basis, dan 34 basis dicuri pada istirahat.