Ketika pasukan Israel didukung oleh pesawat tempur Inggris dan Perancis mengusir
Pasukan Mesir dari Semenanjung Sinai dan Terusan Suez - yang telah dinasionalisasi oleh Nasser - pada tahun 1956, komandan angkatan bersenjata Mesir, Abdel Hakim Amer, panik dan menyarankan menyerah. Nasser menolak dan menempatkan Boghdadi yang bertanggung jawab untuk mengorganisir perlawanan Mesir di sepanjang kanal. Setelah Perang Suez, ia ditunjuk sebagai administrator umum untuk rekonstruksi area kanal dan menurut penulis Said Aburish, "berkinerja mengagumkan". Dia juga diangkat menjadi menteri komunikasi dan bersama dengan Zakaria Mohieddine dan Amer, ditempatkan di komite yang akan menyaring kandidat Majelis Nasional yang baru dibentuk dengan 350 anggota. Boghdadi terpilih sebagai Ketua Majelis Nasional Pertama.