Pada tanggal 29 Juni 2015, Kári kembali ke negara asalnya, menandatangani kontrak dua setengah tahun dengan Malmö FF. Malmö FF menjual dua bek tengah awal mereka di jendela transfer yang sama, dan ia membentuk pasangan bek tengah baru dengan Rasmus Bengtsson. Tim terus berjuang dalam kampanye liga mereka, tetapi lolos ke babak penyisihan grup Liga Champions UEFA 2015-16. Dalam sebuah tim dengan banyak pemain baru yang ditandatangani, Kári dengan cepat menjadi pemimpin dan ditunjuk sebagai wakil kapten oleh Åge Hareide. Tim ini mampu kembali ke cara menang selama musim 2016
Aku tahu. Dengan cedera kapten Markus Rosenberg, Kári mengenakan gelang selama pertarungan gelar terakhir dan memimpin tim untuk mengamankan gelar Allsvenskan dengan dua pertandingan lagi.