Satu hari sebelum penangkapan Mazar pada Agustus 1998, afiliasi bin Laden membom dua kedutaan AS
di Afrika, menewaskan 224 dan melukai 4.500, kebanyakan orang Afrika. AS menanggapi dengan meluncurkan rudal jelajah di kamp-kamp teroris yang dicurigai di Afghanistan, membunuh lebih dari 20 meskipun gagal membunuh bin Laden atau bahkan banyak Al-Qaeda. Mullah Omar mengutuk serangan rudal dan Presiden Amerika Bill Clinton. Arab Saudi mengusir utusan Taliban sebagai protes atas penolakan untuk menyerahkan bin Laden, dan setelah Mullah Omar diduga menghina keluarga kerajaan Saudi. Pada pertengahan Oktober Dewan Keamanan PBB dengan suara bulat melarang penerbangan pesawat komersial ke dan dari Afghanistan, dan membekukan rekening banknya di seluruh dunia.