Lundqvist bermain dalam sembilan pertandingan untuk IF Mölndal Hockey di Swedia tingkatan kedua Allsvenskan sebelum bergabung dengan tim junior Frölunda di J20 SuperElit pada bulan Desember. Setelah permainannya yang buruk di Allsvenskan dan awal yang sulit di J20 SuperElit, ia mengizinkan enam gol dalam pertandingan pameran melawan Kanada. Pelatih tim nasional junior Bo "Kulon" Lennartsson dan Mikael Tisell khawatir dan memutuskan untuk berbicara dengan Lundqvist, di mana mereka mempertanyakan motivasinya. Titik balik Lundqvist datang pada pergantian tahun di Kejuaraan Hoki Es Junior Dunia 2001
di Moskow, di mana ia memimpin tim nasional junior Swedia untuk finis di tempat keempat di turnamen. Dia menghabiskan sisa musim di J20 SuperElit di mana ia bermain 18 pertandingan, memimpin liga dalam menit yang dimainkan oleh seorang kiper. Di babak playoff, ia memimpin Frölunda meraih kemenangan kedua berturut-turut di Piala Anton, yang datang dalam kemenangan 5-2 atas Leksands IF di final di Stockholm Globe Arena.