Tulis kelanjutan untuk paragraf ini - Pada tahun 1998, O'Neill telah menjadi fokus pada Osama bin Laden dan menciptakan sebuah meja al-Qaeda di divisi nya. Pada Agustus 1998, dua kedutaan Amerika Serikat dibom
dalam serangkaian serangan serentak di Nairobi, Kenya, dan Dar es Salaam, Tanzania. O'Neill berharap untuk terlibat dalam penyelidikan karena ia telah memperoleh pengetahuan yang luar biasa dari jaringan teroris Osama bin Laden al-Qaeda. Dia membujuk Direktur FBI Freeh untuk membiarkan kantornya menangani kasus ini, dan jaksa Mary Jo White kemudian mengatakan, "John O'Neill, dalam penyelidikan pemboman kedutaan kami di Afrika Timur, menciptakan template untuk penyelidikan sukses terorisme internasional di seluruh dunia".