Pada 14 Februari, Kovačić membuat debut Eropa-nya di depan penonton tuan rumah di San Siro dalam pertandingan Liga Europa UEFA melawan CFR Cluj. Dia memberikan assist kemenangan untuk Rodrigo Palacio, yang membuatnya 2<unk>0 untuk Inter, mengesankan penonton dengan penampilannya, dan diberi tepuk tangan berdiri saat digantikan di menit ke-89. Dia juga bermain 90 menit penuh dalam kemenangan 3<unk>0 tandang melawan CFR Cluj saat Inter melanjutkan ke babak berikutnya dari Liga Europa 2012-13 UEFA. Kovačić membuat debut liga domestik pertamanya untuk Inter di babak berikutnya dari Serie A1 dalam kekalahan 1<unk>4 melawan Fiorentina.
Andrea Stramaccioni