Eicke menjabat sebagai komandan kedua kamp konsentrasi Dachau dari Juni 1933 hingga Juli 1934, dan bersama dengan adjutannya Michael Lippert, adalah salah satu pembunuh Kepala SA Ernst Röhm selama pembersihan Malam Pisau Panjang. Pada tahun 1939, Eicke menjadi komandan Divisi SS Totenkopf dari Waffen-SS, memimpin divisi selama Perang Dunia II di Barat.
dan Timur, dan terus memperluas dan mengembangkan sistem kamp konsentrasi.