Pencipta serial Paul Scheuring menggambarkan musim kedua sebagai "The Fugitive times eight" dan menyamakannya dengan "separuh kedua The Great Escape". Para buronan berpisah dan melakukan perjalanan ke lokasi di seluruh negeri dengan pihak berwenang dekat di belakang mereka saat mereka masing-masing mengejar tujuan masing-masing. Brad Bellick dipecat dari penjara di mana ia bekerja sebagai penjaga utama dan mengejar para narapidana sendiri untuk mendapatkan uang hadiah. Beberapa buronan bersatu kembali untuk mencari tempat penyimpanan uang besar yang terkubur lama oleh narapidana lain di Fox River, Charles Westmoreland. Agen Federal Alexander Mahone ditugaskan untuk melacak dan menangkap delapan buronan, tetapi dirinya sendiri terungkap bekerja untuk The Company, yang menginginkan delapan orang mati. Ketika dia menemukan delapan orang yang melarikan diri, Gubernur Sara Tancredian menangkap ayahnya, Michael T.
Setengah