Pada tahun 805, pulau ini disumbangkan oleh Charlemagne ke biara Tre Fontane di Roma, dan kemudian secara berturut-turut menjadi milik keluarga Aldobrandeschi, Pannocchieschi, Caetani, dan Orsini, dan kotamadya Perugia. Pada tahun 1241, armada Sisilia dan Pisan dari Kaisar Frederick II menghancurkan armada Genoa dalam Pertempuran Giglio
Aku tahu. Dari tahun 1264, Isola del Giglio adalah sebuah dominion Pisan, dari mana ia beralih ke keluarga Medici. Kota ini mengalami beberapa serangan Saracen, yang berakhir hanya pada tahun 1799.