Jefferson enggan untuk terlibat dalam konflik internasional apa pun, tetapi ia percaya bahwa kekuatan yang terbaik akan mencegah Negara-negara Barbary dari menuntut upeti lebih lanjut. Dia memerintahkan Angkatan Laut AS ke Laut Mediterania untuk membela diri dari Bajak Laut Barbary, memulai Perang Barbary Pertama
Aku tahu. Upaya awal pemerintahan sebagian besar tidak efektif, dan pada tahun 1803 fregat itu ditangkap oleh Tripoli. Pada bulan Februari 1804, Letnan Stephen Decatur memimpin serangan yang sukses di pelabuhan Tripoli yang membakar "Philadelphia", membuat Decatur menjadi pahlawan nasional. Jefferson dan angkatan laut Amerika muda memaksa Tunis dan Algiers untuk memecah aliansi mereka dengan Tripoli yang akhirnya memindahkannya keluar dari perang. Jefferson juga memerintahkan lima pemboman angkatan laut terpisah di Tripoli, yang memulihkan perdamaian di Mediterania untuk sementara waktu, meskipun Jefferson terus membayar Negara-negara Barbary yang tersisa sampai akhir masa kepresidenannya.