Pada tahun 1921 ia diangkat menjadi dosen senior di Universitas Hamburg yang baru. Dari 1919 hingga 1923 Wegener melakukan pekerjaan perintis dalam merekonstruksi iklim era-era yang lalu (sekarang dikenal sebagai "paleoklimatologi"), bekerja sama erat dengan Milutin Milanković, menerbitkan Die Klimate der geologischen Vorzeit (<unk>The Climates of the Geological Past<unk>) bersama dengan mertuanya, Wladimir Köppen, pada tahun 1924.
istrinya dan dua anak perempuannya