Beberapa varian gen spesifik meningkatkan risiko dengan jumlah kecil hingga sedang. Gangguan gen tunggal yang mengakibatkan migrain jarang terjadi. Salah satunya dikenal sebagai migrain hemiplegik familial, sejenis migrain dengan aura, yang diwariskan secara autosomal dominan. Empat gen telah terbukti terlibat dalam migrain hemiplegik familial. Tiga dari gen ini terlibat dalam transportasi ion. Yang keempat adalah protein aksonal yang terkait dengan eksositosis kompleks. Gangguan genetik lain yang terkait dengan migrain adalah sindrom CADASIL atau autosomal dominan dengan infark subkortikal dan leukopathy.
langka