Branch masuk ke Angkatan Darat Konfederasi, Mei 1861, sebagai serdadu di Raleigh Rifles. Kemudian bulan itu ia menerima jabatan quartermaster umum negara bagian, tetapi mengundurkan diri untuk melayani di lapangan. Pada bulan September ia terpilih sebagai kolonel dari Carolina Utara ke-33. Dia diangkat menjadi brigadir jenderal pada Januari 1862. Setelah Pertempuran New Bern, brigade-nya ditambahkan ke Divisi A.P. Hill dari Korps Stonewall Jackson. Dia adalah brigadir jenderal senior di divisi Hill. Brigade Branch bertempur di Pertempuran Hanover, Pertempuran Tujuh Hari, Cedar Mountain, Manassas Kedua, Chantilly
, dan Harper Ferry