Tulis kelanjutan untuk paragraf ini - Ralston menjadi Wakil Ketua Kepala Staf Bersama pada tahun 1996. Dia adalah favorit untuk menjadi Ketua Kepala Staf Gabungan pada tahun 1997, namun setelah terungkapnya hubungan rahasia, dia tetap menjadi Wakil Ketua sampai Mei 2000. Dia kemudian menjadi Komandan Tertinggi Sekutu untuk Organisasi Perjanjian Atlantik Utara (NATO) di Eropa sampai Januari 2003 ketika ia pensiun. Bill Clinton menulis dalam memoarnya "My Life" bahwa Ralston digunakan untuk menyelesaikan situasi yang berpotensi lengket dengan Pakistan di mana AS akan menggunakan wilayah udara Pakistan untuk menyerang pertemuan organisasi Al-Qaeda di Afghanistan setelah pemboman Kedutaan AS
di Kenya dan Tanzania. Ada kekhawatiran AS bahwa layanan intelijen Pakistan akan memberi tahu target atau lebih buruk lagi menganggap rudal di atas Pakistan berasal dari India, berpotensi memicu konflik nuklir di benua India. Seperti yang ditulis Clinton di halaman 799 dari "My Life", "kami memutuskan untuk mengirim wakil ketua Kepala Staf Gabungan, Jenderal Joe Ralston, untuk makan malam dengan komandan militer Pakistan tertinggi pada saat serangan dijadwalkan. Ralston akan memberitahunya (Jenderal Pakistan) apa yang terjadi beberapa menit sebelum rudal kami menyerang wilayah udara Pakistan, terlambat untuk memperingatkan Taliban atau Al-Qaeda, tetapi tepat waktu untuk menghindari mereka ditembak jatuh atau memicu serangan balik ke India. "