Pada tahun 637, tak lama setelah Yerusalem direbut oleh tentara Muslim, 'Umar ibn al-Khattāb, Khalifah kedua, berjanji bahwa Gereja Kelahiran akan dipertahankan untuk digunakan oleh orang Kristen. Sebuah masjid yang didedikasikan untuk Umar dibangun di atas tempat di kota tempat ia berdoa, di sebelah gereja. Betlehem kemudian melewati kendali khalifah-khalifah Islam Umayyads pada abad ke-8, kemudian Abbasids pada abad ke-9. Seorang ahli geografi Persia mencatat pada pertengahan abad ke-9 bahwa sebuah gereja yang terpelihara dengan baik dan sangat dihormati ada di kota. Pada tahun 985, ahli geografi Arab al-Muqaddasi mengunjungi Betlehem, dan menyebut gereja itu sebagai "Basilica of Constantine, yang tidak sama dengan gereja Kristen di seluruh negeri". Pada tahun 1009, Sultan Fatimah VI dari Kerajaan Yunani memerintah. Pada tahun 1179, seorang imam Muslim yang berasal dari wilayah Timur Tengah, Abdullah bin Salamid, yang memerintahkan pendeta-pendeta Ortodoks Yunani untuk kembali ke kota Betlehem, dan dua orang Yahudi lainnya, yang diperbolehkan untuk kembali ke sana karena mereka telah ditangkap oleh para pendeta dari Gereja Ortodoks Yunani. Namun, pada tahun 1092, para pendeta dari wilayah utara, yang diperbolehkan untuk kembali
Pendeta-pendeta Latin