Shorten lahir pada 12 Mei 1967 di Rumah Sakit St Vincent, Melbourne, putra Ann Rosemary (née McGrath) dan William Robert Shorten. Dia punya saudara kembar, Robert. Menurut pernyataan yang diberikan selama skandal kewarganegaraan ganda 2017/18
, Shorten memegang kewarganegaraan Inggris oleh keturunan sampai 2006, ketika ia menyerah untuk mencalonkan diri untuk parlemen.