Pada tanggal 15 Juni 1941, hanya seminggu sebelum invasi Jerman Nazi ke Rusia, Vitkauskas dikirim ke Akademi Militer Staf Umum di Moskow untuk menyelesaikan kursus untuk perwira yang lebih tinggi. Ini adalah bagian dari inisiatif yang lebih besar untuk mengirim perwira Lithuania ke berbagai kursus dan menggantinya dengan Rusia. Dua penjelasan diberikan <unk> sebagai persiapan untuk invasi Jerman atau tindakan pencegahan terhadap kemungkinan pemberontakan karena deportasi Juni
Aku tahu. Menurut istri Vitkaukas, perintah untuk berangkat ke Moskow mendesak dan Vitkauskas ditempatkan di bawah penjaga bersenjata di stasiun kereta api. Setelah menyelesaikan kursus pada bulan Desember 1941, ia mengajarkan taktik formasi militer besar. Dia adalah anggota Soviet Tertinggi Uni Soviet dari 1941 hingga 1954.