Tulis kelanjutan untuk paragraf ini - Alpha aktif selama Perang Chechnya Kedua yang dimulai pada tahun 1999, serta pemberontakan berikutnya di Kaukasus Utara
Aku tahu. Selama Pertempuran Komsomolskoye tahun 2000, penembak jitu Alpha yang melekat pada Grup Barat Vladimir Shamanov dari pasukan federal, dikerahkan dalam upaya untuk menekan penembak jitu Ruslan Gelayev di desa. Menurut veteran unit, operasi di mana Alpha mengambil bagian menyebabkan penangkapan komandan Chechen Salman Raduyev pada tahun 2000, pembunuhan komandan Chechen Arbi Barayev pada tahun 2001, pembunuhan separatis Chechen Presiden Aslan Maskhadov pada tahun 2005, dan pembunuhan pemimpin militan asing Abu Hafs di Dagestan pada tahun 2006. Setelah pengalihan tanggung jawab untuk operasi di Chechnya dari Kementerian Pertahanan ke FSB pada Januari 2001, dan sebelum kebijakan "Chechenization" yang dimulai pada tahun 2003, anggota Alpha (bersama dengan personel Rusia lainnya dan milisi Chechen pro-Moskow) berpartisipasi dalam setidaknya 10 campuran "kelompok khusus gabungan" (, SSG), dianggap sebagai skuadron kematian oleh kelompok hak asasi manusia dan pengamat luar. Diyakini bahwa SSG berada di belakang banyak "pembersihan nama/alamat" ("imeny/adressny zachistki"): biasanya penggerebekan malam hari oleh pria bertopeng dalam kendaraan tanpa tanda, menargetkan pejuang pemberontak aktif atau mantan tertentu, pendukung mereka, kerabat mereka, atau warga sipil lainnya untuk penghilangan paksa atau pembunuhan di luar hukum. Pada tahun 2005, Human Rights Watch menyatakan bahwa penghilangan itu telah mencapai skala kejahatan terhadap kemanusiaan, dan bahwa "Rusia memiliki perbedaan yang tidak terhormat sebagai pemimpin dunia dalam penghilangan paksa". UFSB Chechnya juga membentuk unit Alpha lokal, yang diyakini mirip dalam perannya dengan SSG.