Pada tahun 1929, Khomeini menikahi Khadijeh Saqafi, putri seorang ulama di Teheran yang berusia 16 tahun. Menurut semua laporan pernikahan mereka harmonis dan bahagia. Dia meninggal pada tahun 2009. Mereka memiliki tujuh anak, meskipun hanya lima yang selamat dari masa bayi. Anak-anak perempuannya semua menikah dengan keluarga pedagang atau ulama, dan kedua putranya memasuki kehidupan keagamaan. Mostafa, putra sulung, meninggal pada tahun 1977 saat diasingkan di Najaf, Irak bersama ayahnya dan dikabarkan oleh pendukung ayahnya telah dibunuh oleh SAVAK. Ahmad Khomeini, yang meninggal pada tahun 1995 pada usia 50 tahun, juga dikabarkan menjadi korban permainan kotor, tetapi di tangan rezim.
Khadijeh Saqafi