Misi pengintai terakhir yang ditugaskan Saint-Exupéry adalah untuk mengumpulkan intelijen tentang pergerakan pasukan Jerman di dan sekitar Lembah Rhône sebelum invasi Sekutu ke Prancis selatan
("Operasi Dragoon"). Meskipun ia telah dikembalikan ke skuadron lamanya dengan ketentuan bahwa ia hanya akan terbang lima misi, pada tanggal 31 Juli 1944, ia berangkat di sebuah P-38 tak bersenjata pada misi pengintaian kesembilan dari pangkalan udara di Korsika. Untuk kegairahan besar dari rekan-rekan skuadron, ia tidak kembali, menghilang tanpa jejak. Kabar hilangnya segera menyebar ke seluruh dunia sastra dan kemudian menyebar ke berita utama internasional. Sebuah mayat yang tidak dapat diidentifikasi dalam sisa-sisa seragam ditemukan beberapa hari setelah hilangnya di timur kepulauan Frioul di selatan Marseille dan dimakamkan di Carqueiranne pada bulan September.