Setelah pemilihan Pemerintah Abe pada tahun 2012, Koizumi ditunjuk sebagai Wakil Menteri Rekonstruksi, berfokus pada wilayah timur laut Jepang yang hancur oleh tsunami Maret 2011.
dan bencana nuklir berikutnya. Dia secara terbuka menentang seruan ayahnya agar Jepang segera meninggalkan energi nuklir. Pada tahun 2019, Perdana Menteri Shinzo Abe menunjuk Koizumi ke Kabinet sebagai Menteri Lingkungan Hidup, peran yang ia pertahankan ketika Yoshihide Suga menggantikan Abe sebagai Perdana Menteri pada September 2020.