Federer lahir di Basel, Swiss. Ayahnya, Robert Federer, adalah seorang Swiss-Jerman dari Berneck di Kanton St. Gallen, dan ibunya, Lynette Federer (née Durand), adalah seorang Afrikaner dari Kempton Park, Gauteng, di Afrika Selatan. Federer memiliki satu saudara, kakak perempuannya, Diana, yang merupakan ibu dari sepasang anak kembar. Karena ibunya adalah orang Afrika Selatan, ia memegang kedua kewarganegaraan Swiss dan Afrika Selatan. Ia dibesarkan di Birfelsden, Rhenie, dan kemudian Münchenstein, dekat perbatasan Prancis dan Jerman, dan ia berbicara Swiss Jerman, Jerman Standar, Inggris, dan Perancis dengan lancar, serta fungsional Italia dan Swedia; Swiss Jerman adalah bahasa asalnya.
Lynette