Tulis kelanjutan untuk paragraf ini - Namun, Lima tidak bebas dari bahaya. Pada tanggal 20 Oktober
dan 2 Desember 1687, gempa bumi yang kuat menghancurkan sebagian besar kota dan sekitarnya. Wabah penyakit dan kekurangan makanan yang mengikuti bencana menyebabkan penurunan populasi menjadi kurang dari 40.000 pada tahun 1692. Ancaman kedua adalah kehadiran bajak laut dan perompak di Samudra Pasifik. Ekspedisi angkatan laut Belanda yang dipimpin oleh Jacques l'Hermite menyerang pelabuhan Callao pada tahun 1624 tetapi ditolak oleh Viceroy Diego Fernández de Córdoba. Pada tahun 1680-an, bajak laut Inggris berkembang biak di perairan Pasifik sampai mereka dihalau oleh pedagang Lima pada tahun 1690. Sebagai tindakan pencegahan, Wakil Raja Melchor de Navarra y Rocafull membangun Tembok Kota Lima antara tahun 1684 dan 1687.