Setelah invasi Nazi tahun 1941, Philharmonic Society menghentikan pekerjaannya, dan sebagian besar arsipnya yang berharga dihancurkan. Selama pendudukan Jerman di Kyiv, gedung Persatuan diubah menjadi "Klub Perwira Jerman". Ini adalah salah satu alasan penting mengapa bangunan itu tidak hancur, tetap menjadi salah satu dari sedikit bangunan pra-perang yang masih ada di jalan Khreshchatyk. Setelah pembebasan Kyiv
, gedung Philharmonic Society kembali beroperasi pada tahun 1944 segera setelah permusuhan bergerak menjauh dari Kiev.