Skorzeny menghabiskan bulan Januari dan Februari 1945 memimpin pasukan reguler sebagai seorang jenderal utama, mengambil bagian dalam pertahanan provinsi Jerman Prusia Timur dan Pomerania, dan di Pertahanan Schwedt Bridgehead. Pada tanggal 17 Maret, ia menerima perintah untuk menyabotase jembatan terakhir yang masih utuh di Rhine di Remagen.
setelah penangkapannya oleh Sekutu, tetapi jembatan runtuh pada hari yang sama, dan pasukan pembongkaran angkatan laut yang disiapkan malah gagal menyerang jembatan ponton Sekutu yang berdekatan antara Kripp dan Linz. Hitler memberinya salah satu kehormatan militer tertinggi Jerman, Daun Oak untuk Knight's Cross.