Tuliskan kelanjutan untuk paragraf ini - Setelah kudeta Nigeria 1966
, Aghanya ditangkap pada tanggal 18 Januari 1966 dan bersama dengan Letnan Kolonel Victor Banjo dituduh merencanakan untuk membunuh kepala militer negara Mayor Jenderal Johnson Aguiyi-Ironsi. Aghanya ditahan tanpa pengadilan di Penjara Keamanan Maksim Kirikiri dengan orang lain yang diduga terlibat dalam kudeta. Dia kemudian dipindahkan ke Enugu dan kemudian penjara Abakaliki. Dalam retrospeksi, mereka yang secara aktif terlibat dalam perencanaan dan pelaksanaan kudeta seperti Mayor Adewale Ademoyega telah membuktikan bahwa Aghanya dan Banjo tidak bersalah dalam memoar mereka. Setelah kudeta Nigeria tahun 1966 di mana Aguyi Ironsi dibunuh, Aghanya dibebaskan dari penjara pada Maret 1967 atas perintah gubernur Wilayah Timur saat itu, Kolonel (kemudian Jenderal) Odumegwu Ojukwu, menentang perintah kepala negara baru Kolonel (kemudian Jenderal) Yakubu Gowon. Sebagai tanggapan, Gowon mengumumkan pembebasan Aghanya dan yang lainnya setelah kejadian tersebut.