Pada usia empat tahun, Hannigan mulai tampil dalam iklan. Dia pindah ke Hollywood pada usia 11 tahun. Tinggal bersama ibunya dan menghadiri Sekolah Menengah North Hollywood, dia berhasil mengikuti audisi untuk agen saat mengunjungi ayahnya di Santa Barbara. Setelah menghadiri Sekolah Menengah North Hollywood, dia menghadiri Universitas Negeri California, Northridge, di mana dia adalah anggota dari Alpha Chi Omega sorority dan mendapatkan gelar dalam bidang psikologi. Peran film utama pertama Hannigan adalah dalam My Stepmother Is an Alien, sebuah komedi fiksi ilmiah yang dirilis pada tahun 1988; salah satu co-starnya dalam film itu adalah aktor Seth Green, yang kemudian bergabung dengannya dalam pemeran reguler Buffy sebagai pacarnya di layar.
11.