Pada akhir 1826, Bonaparte dan keluarganya kembali ke Eropa. Dia mengunjungi Jerman, di mana ia bertemu Philipp Jakob Cretzschmar, dan Inggris, di mana ia bertemu John Edward Gray di British Museum, dan memperbaharui kenalan dengan Audubon. Pada tahun 1828, keluarga menetap di Roma. Di Italia, ia adalah pendiri beberapa kongres ilmiah, dan mengajar dan menulis secara luas tentang ornitologi Amerika dan Eropa dan cabang-cabang lain dari sejarah alam. Antara 1832 dan 1841, Bonaparte menerbitkan karyanya tentang hewan-hewan di Italia, Iconografia della Fauna Italica. Dia juga telah menerbitkan Specchio Comparativo delle Ornithologie di Roma e Filadelfia di Filadelfia (Pisa, 1827), yang membandingkan antara garis lintang burung Philadelphia dan spesies Italia. Dia menyebut genus Bonaparte, bernama Zena Bonaparte, untuk replika burung yang hidup di British Museum, dan memperbaharui kenalan dengan Audubon. Pada tahun 1849, ia dipilih untuk meninggalkan negara itu oleh saudara laki-lakinya yang bernama Napoleon. Ketika Louis Wilson dikalahkan, ia kembali bergabung dengan pasukan anti-paradis untuk menghormati Napoleon. Pada Juli 1849, ia dipilih untuk bergabung dengan
Audubon