Tulis kelanjutan untuk paragraf ini - Setelah jatuhnya partai komunis dari kekuasaan
Pada tahun 1989 Brontosaurus menjadi organisasi independen dan direstrukturisasi secara internal. Organisasi ini memutuskan untuk berkonsentrasi pada kegiatan waktu luang dan pendidikan dan menghindari keterlibatan dalam politik yang begitu populer di kalangan kelompok lingkungan lainnya di Republik Ceko. Pada tahun 1992 sekelompok anggota meninggalkan dan mendirikan independen "Asociace Brontosaura" ("Association Brontosaurus"). Pada tahun 1996, konflik antara dua kelompok di dalam Brontosaurus hampir mematahkannya; penemuan penggelapan lebih memperburuk situasi. Konflik sebagian besar diselesaikan selama musim gugur 1999 - 2000 tetapi organisasi hancur secara finansial (pencurian lain oleh mantan pemimpin ditemukan). Pemerintah melangkah dalam menyediakan lebih dari 80% dari anggaran pada tahun 2001.