Pada saat yang sama, organisasi bin Laden bekerja dengan militan Syiah: "Setiap Muslim, dari saat mereka menyadari perbedaan dalam hati mereka, membenci Amerika, membenci Yahudi, dan membenci Israel. Ini adalah bagian dari keyakinan dan agama kami". Tampaknya terinspirasi oleh keberhasilan radikalisme Syiah seperti Revolusi Iran 1979, penerapan Syariah oleh Ayatollah Khomeini, dan serangan gelombang manusia yang dilakukan oleh remaja Syiah radikal selama Perang Iran-Irak tahun 1980-an. Simpatisan Syiah ini mungkin juga dipengaruhi oleh fakta bahwa ibu Bin Laden sendiri milik sekte Syiah. Sementara di Sudan, "manajer senior di al Qaeda mempertahankan kontak dengan" Syiah Iran dan Hizbullah, sekutu dekat Syiah "organisasi teroris di seluruh dunia.... Anggota Al Qaeda menerima saran dan pelatihan dari Hizbullah. "&lt;ref name="9/11 Commission Report, p.240"&gt;"9/11 Commission Report", p.240&lt;/ref&gt; di mana mereka dianggap telah meminjam teknik bunuh diri dan pemboman simultan. Karena perpecahan Syiah-Sunni, kolaborasi ini hanya bisa berjalan sejauh ini. Menurut Laporan Komisi 9/11 AS, Iran ditolak ketika mencoba untuk memperkuat hubungan dengan Al Qaeda setelah serangan Oktober 2000
pada, "karena Bin Laden tidak ingin mengasingkan pendukungnya di Arab Saudi".