Setelah perang berakhir Hirszfeld dan istrinya kembali ke Warsawa, di mana ia mendirikan sebuah institut serum yang dimodelkan setelah Institut Ehrlich untuk Terapi Eksperimental di Frankfurt. Ia segera menjadi wakil direktur dan kepala ilmiah dari State Hygiene Institute di Warsawa dan, pada tahun 1924, profesor di sana. Pada tahun 1931 ia dinobatkan sebagai profesor penuh di Universitas Warsawa dan menjabat di banyak dewan internasional. Setelah pendudukan Polandia
oleh Angkatan Darat Jerman Hirszfeld dipecat sebagai "non-Aryan" dari Institut Higiene tetapi, melalui perlindungan teman-teman, berhasil melakukan pekerjaan ilmiah lebih lanjut di rumah sampai Februari 1941; namun, hampir tidak mungkin baginya untuk menerbitkan.