Proses ini biasanya dimulai dengan lisis sel, di mana membran sel terganggu dan isinya dilepaskan ke dalam larutan yang dikenal sebagai lisat mentah. Campuran yang dihasilkan dapat dimurnikan dengan menggunakan ultracentrifugasi, yang membelah berbagai komponen seluler menjadi fraksi yang mengandung protein yang larut; lipid dan protein membran; organel seluler, dan asam nukleat. Precipitasi dengan metode yang dikenal sebagai salting out dapat memusatkan protein dari lisat ini. Berbagai jenis kromatografi kemudian digunakan untuk mengisolasi protein atau protein yang menarik berdasarkan afinitas molekul, berat dan ikatan net. Tingkat pemurnian dapat dipantau dengan menggunakan berbagai jenis lisis sel, jika membran sel terganggu dan isinya dilepaskan ke dalam larutan yang dikenal sebagai lisat mentah.
harus dimurnikan dari komponen seluler lainnya