Tuliskan kelanjutan untuk paragraf ini - Yegipko kembali ke USSR pada Agustus 1938, mengambil jabatan komandan Brigade Kapal Selam Kedua Armada Laut Hitam. Ia memegang posisi ini sampai Desember 1939, ketika ia menjadi komandan brigade kapal selam Armada Baltik. Ia memegang jabatan ini selama Perang Soviet-Finlandia, meninggalkan pada Mei 1940 untuk melanjutkan studinya di Akademi Angkatan Laut. Ia lulus pada bulan April 1941, dan dipromosikan pada tanggal 26 April menjadi kapten pangkat pertama. Dari bulan itu sampai September ia adalah komandan dari 1st Submarine Brigade dari Baltik Armada. Yegipko mengambil bagian dalam operasi militer setelah invasi Jerman ke Uni Soviet pada Juni 1941. Selama evakuasi Soviet dari Tallinn
Pada bulan Agustus 1941, kapal selamnya, "S-5", menabrak ranjau, dan Yegipko ditiup dari menara pengendali ke air. Dia diselamatkan, sangat terguncang, oleh kapal lain. Dari September hingga Oktober 1941 ia berada di bawah kendali Dewan Militer Armada Baltik, sebelum diangkat sebagai atase angkatan laut di kedutaan Soviet di Inggris. Sebagai atase angkatan laut, Yegipko sering bertindak sebagai pengamat di kapal perang Inggris, dan berlayar di atas kapal Inggris dalam tugas konvoi Arktik.