Pen Ran menghilang selama genosida Khmer Merah pada akhir 1970-an dan nasibnya yang tepat tidak diketahui. Adiknya Pen Ram mengatakan bahwa dia selamat sampai invasi Vietnam
akhir 1978/awal 1979 ketika Khmer Merah meluncurkan serangkaian eksekusi massal terakhir mereka. Mengingat tujuan Khmer Merah untuk menghilangkan pengaruh asing dari masyarakat Kamboja, individualitas Pen Ran mungkin memastikan kematiannya. Dalam sebuah film dokumenter BBC 2015 tentang band Cambodian Space Project, yang telah menyanyikan banyak lagu Pen Ran, ia diduga oleh subjek wawancara bahwa ia ditipu oleh Khmer Merah untuk melakukan salah satu lagunya, setelah itu ia dibawa pergi dan dieksekusi.