Tulis kelanjutan untuk paragraf ini - Sekitar awal abad ke-16, setelah pembangunan Istana Ribeira di samping sungai Tagus, Istana Alcáçova mulai kehilangan pentingnya. Sebuah gempa bumi yang terjadi pada tahun 1531 lebih merusak kastil tua, berkontribusi lebih lanjut terhadap pembusukan dan pengabaiannya. Pada tahun 1569, Raja Sebastian memerintahkan pembangunan kembali apartemen kerajaan di kastil, dengan maksud untuk menggunakannya sebagai kediaman resminya. Sebagai bagian dari pembangunan kembali, pada tahun 1577 Filippo Terzi merobohkan salah satu menara di dekat fasad utama Gereja Loreto. Namun, banyak pekerjaan tidak pernah selesai setelah kematian raja muda yang jelas selama Pertempuran Alcácer Quibir
Aku tahu. Krisis dinasti Portugis berikutnya membuka jalan bagi pemerintahan Spanyol selama enam puluh tahun dan kastil diubah menjadi barak militer dan penjara. Pada tanggal 30 Desember 1642, Teodósio de Frias yang Muda ditunjuk sebagai kepala pembangun untuk melanjutkan pekerjaan yang dimulai oleh ayahnya, Luís de Frias, dan kakeknya, Teodósio de Frias. Ini adalah bagian dari rencana yang lebih besar oleh pasukan Spanyol untuk mengaktifkan kembali benteng.