Matsui secara pribadi menyumbangkan $500.000 untuk bantuan amal untuk korban gempa bumi Samudera Hindia 2004. Dia juga menyumbangkan $ 620.000 untuk upaya bantuan bagi korban gempa dan tsunami 2011
di wilayah Tōhoku Jepang. Pada tanggal 21 Maret 2015, Matsui dan mantan rekan setimnya Derek Jeter mengadakan acara amal bisbol untuk mendukung anak-anak yang terkena dampak gempa dan tsunami 2011, di Tokyo Dome. Acara tersebut termasuk klinik bisbol dan derby home run antara Matsui dan Jeter.