Parajanov meninggal karena kanker di Yerevan, Armenia, pada tanggal 20 Juli 1990, pada usia 66 tahun, meninggalkan karya terakhirnya, The Confession, yang belum selesai. Film ini bertahan dalam negatif aslinya sebagai Parajanov: The Last Spring (film), yang disusun oleh teman dekatnya Mikhail Vartanov pada tahun 1992. Federico Fellini, Tonino Guerra, Francesco Rosi, Alberto Moravia, Giulietta Masina, Marcello Mastroianni dan Bernardo Bertolucci adalah di antara mereka yang secara terbuka meratapi kematiannya. Mereka mengirim telegram ke Rusia dengan pernyataan berikut: "Dunia bioskop telah kehilangan seorang penyihir".
66