Setelah menjadi instruktur di Inggris, Plagis kembali beraksi pada bulan September 1943 sebagai komandan Skuadron No. 64, menerbangkan Spitfire Mk VC di atas Prancis utara. Ia mengambil komando No. 126 (Lempongan Persia) Skuadron pada bulan Juni 1944, dan memimpin banyak serangan terhadap posisi Jerman selama invasi Prancis dan kampanye yang diikuti; ia ditembak jatuh di atas Arnhem selama Operasi "Market Garden"
, tapi hanya sedikit terluka. Setelah beralih ke Mustang III, ia memimpin sebuah sayap yang berbasis di RAF Bentwaters yang mendukung misi pengeboman. Dia menyelesaikan perang dengan pangkat pemimpin skuadron dan tetap bersama RAF setelahnya, mengoperasikan Gloster Meteor di kepala No. 266 (Rhodesia) Squadron.