Tuliskan kelanjutan untuk paragraf ini - Dengan pecahnya Perang Filipina-Amerika
, Malone dipindahkan ke Resimen Infanteri ke-27 yang baru didirikan di Filipina pada pertengahan 1901 dan mengambil bagian dalam mengejar pemimpin pemberontak Emilio Aguinaldo ke rawa dan rawa-rawa Luzon. Dia diperintahkan kembali ke Amerika Serikat, dan setelah promosi menjadi Kapten pada tanggal 2 November 1901, ia ditunjuk sebagai instruktur Kimia di Akademi Militer Amerika Serikat di West Point, New York. Sementara dalam kapasitas ini, Malone mengajar seorang Jenderal Angkatan Darat masa depan dan penerima Medal of Honor, Douglas MacArthur.