Centeno memainkan pertandingan pertamanya untuk tim nasional sepak bola Kosta Rika pada tanggal 27 September 1995 melawan Jamaika. Dia telah menjadi pemain tetap untuk tim selama tiga belas tahun terakhir, bermain di Pan American Games yang diadakan di Mar del Plata, Argentina, pada tahun 1995; turnamen Copa América tahun 1997
, 2001 dan 2004; ditambah Piala Dunia FIFA pada tahun 2002 dan 2006. Pada tanggal 1 April 2009, ia melampaui rekor caps untuk Kosta Rika (yang dipegang oleh Luis Marín, 124 caps, 5 gol) pada tanggal 18 November 2009 ia memiliki 137 caps dan 24 gol. Dia adalah kapten tim nasional sepak bola Kosta Rika untuk bagian terakhir kualifikasi Piala Dunia FIFA 2010. Rodrigo Kenton, manajer yang ditunjuk menggantikan Hernan Medford yang dipecat, memilihnya untuk menutupi peran penting ini dalam tim karena pengalamannya, pengeras dan kepemimpinannya. Centeno memainkan pertandingan terakhirnya di tim nasional pada tanggal 18 November 2009, di mana mereka bermain imbang 1-1, di mana ia mencetak gol. Pertandingan itu berarti bahwa Kosta Rika tidak akan berada di Piala Dunia 2010. Gol Centeno adalah gol terakhirnya sebagai pemain internasional, dan juga menandai gol terakhir dari tahap kualifikasi Piala Dunia FIFA 2010.