Setelah invasi Nazi Jerman dan Soviet ke Polandia, yang memulai Perang Dunia II, Kolno diambil alih oleh pasukan Jerman pada tanggal 8 September 1939. Pada 12-13 September 1939, "Einsatzgruppe V" Jerman memasuki kota untuk melakukan berbagai kejahatan terhadap penduduk. Pada tanggal 29 September, Soviet memasuki daerah tersebut sesuai dengan Pakta Ribbentrop-Molotov. Uni Soviet melakukan deportasi massal penduduknya ke Uni Soviet. Pada tahun 1939, gerakan perlawanan Polandia di Kolno diorganisir oleh Stanisław Milewski. Kota ini tetap berada di bawah pendudukan Soviet
sampai Operasi Barbarossa (22 Juni 1941) ketika itu dikalahkan lagi oleh Wehrmacht.