Pada tahun 1969, ia kembali ke Nairobi untuk melanjutkan studi di University College of Nairobi sebagai asisten dosen. Pada bulan Mei, ia dan Mwangi Mathai menikah. Kemudian tahun itu, ia hamil dengan anak pertamanya, dan suaminya berkampanye untuk kursi di Parlemen, kalah tipis. Selama pemilihan, Tom Mboya, yang telah berperan penting dalam mendirikan program yang mengirimnya ke luar negeri, dibunuh. Hal ini menyebabkan Presiden Kenyatta secara efektif mengakhiri demokrasi multi-partai di Kenya. Tak lama setelah itu, putra pertamanya, Waweru, lahir. Pada tahun 1971, ia menjadi wanita Afrika Timur pertama yang menerima gelar PhD, gelar doktor dalam anatomi veterinar, dari University College of Nairobi, yang menjadi Universitas Nairobi tahun berikutnya. Dia menyelesaikan disertasi tentang perkembangan dan diferensiasi gonad pada sapi. Putrinya, Wanjira, lahir pada bulan Desember 1971. Pertanyaan: Apa yang terjadi dengan Waweru?
dia menjadi wanita Afrika Timur pertama yang menerima gelar PhD