Benavides mulai bekerja untuk hak asasi manusia dan perdamaian pada tahun 1970-an. Setelah kudeta militer di El Salvador pada tahun 1979 dan pecahnya Perang Saudara Salvador
, ia menjadi pemimpin Komite Ekumenis untuk Bantuan Kemanusiaan, sebuah kelompok yang disponsori oleh Uskup Agung Óscar Romero. Romero dibunuh pada tahun 1980. Pada tahun 1982 Benavides pergi ke pengasingan di Meksiko dan Amerika Serikat, dan melanjutkan usahanya dari sana.