Kesulitan dari kampanye militer mengambil korban fisik yang besar pada Cornwallis, dan ia berusaha untuk kembali ke Inggris. John Shore, penggantinya, tidak tiba sampai Maret 1793, dan Cornwallis tetap sampai Agustus untuk membantu dalam transisi. Dia juga mengawasi penangkapan pos Perancis di Pondicherry setelah kedatangan berita bahwa perang telah pecah lagi
di Eropa. Pada tanggal 14 Agustus 1793, tanpa upacara, ia diam-diam berlayar dari Kalkuta ke Madras, dan pada tanggal 10 Oktober ia akhirnya berlayar ke Inggris di atas kapal "Swallow".