Pada bulan Januari 1964, pemberontakan terjadi di barak militer di Jinja, kota kedua di Uganda dan rumah bagi Batalyon 1 Angkatan Darat Uganda. Ada pemberontakan serupa di dua negara Afrika timur lainnya; ketiga negara tersebut meminta dukungan pasukan dari militer Inggris. Namun, sebelum mereka tiba, Obote mengirim menteri pertahanannya Felix Onama untuk bernegosiasi dengan pemberontak. Onama ditahan sebagai sandera, dan menyetujui banyak tuntutan, termasuk kenaikan gaji yang signifikan untuk tentara, dan promosi cepat banyak perwira, termasuk presiden masa depan. Pada tahun 1965, orang-orang Kenya telah dilarang dari posisi kepemimpinan dalam pemerintah, dan ini diikuti oleh penghapusan orang-orang secara massal dari Uganda pada tahun 1969, di bawah bimbingan Obote. Perdana Menteri Obote terlibat dalam rencana penyelundupan pengasingan federal, bersama dengan Idi Amin, wakil komandan angkatan bersenjata Ugandan. Pada bulan Maret 1967, Obote ditangkap dengan tuduhan melakukan penyelidikan terhadap konstitusi baru yang dibuat oleh parlemen, dan ketika Obote sendiri ditangkap dengan tuduhan melakukan penyelidikan terhadap parlemen, beberapa anggota parlemen yang ingin menggulingkan kekuasaan dan menggulingkan kekuasaan.
menunda konstitusi dan menyatakan dirinya Presiden pada bulan Maret 1966,