Zebley adalah agen khusus FBI bekerja untuk Biro Divisi Kontra Terorisme selama tujuh tahun. Sebagai agen FBI, Zebley menyelidiki al-Qaeda
pemboman kedutaan AS di Afrika timur pada tahun 1998, dan setelah serangan 11 September ditugaskan ke tim PENTTBOM FBI, yang menyelidiki teroris yang bertanggung jawab atas serangan. Zebley adalah anggota tim penangkapan yang menangkap salah satu pembom kedutaan, Khalfan Khamis Mohamed, pada Oktober 1999 di Cape Town, Afrika Selatan. Zebley adalah salah satu penyelidik yang membangun kasus terhadap Zacarias Moussaoui, yang akhirnya dijatuhi hukuman penjara seumur hidup. Zebley adalah saksi ringkasan dalam proses hukuman Moussaoui, bersaksi tentang cara pengakuan Moussaoui pada tahun 2005 dapat membantu melacak pembajakan 11 September di bulan sebelum serangan jika dia memberikan informasi yang benar ketika pertama kali ditangkap.