Tuliskan kelanjutan untuk paragraf ini - Lithuania kehilangan kemerdekaannya dan secara bertahap diubah menjadi republik sosialis soviet. Pada saat yang sama, tentara Lithuania secara bertahap berubah menjadi unit Tentara Merah. Pekerjaan di akademi militer dihentikan ketika pria dipanggil kembali ke unit mereka, tetapi Raštikis tidak diizinkan untuk mengundurkan diri. Dia ditugaskan ke Korps Rifle ke-29 dan ditunjuk sebagai wakil ketua komisi yang bertanggung jawab atas likuidasi militer Lithuania. Dia dibebaskan dari tugas aktif hanya pada tanggal 20 Desember. Pada tanggal 13 Februari 1941, karena takut ditangkap oleh NKVD sebagai "musuh rakyat", Raštikis meninggalkan istrinya dan tiga anak perempuannya di Kaunas dan berangkat menuju Jerman. Itu adalah terakhir kalinya ia melihat putrinya yang dideportasi ke Siberia
Pada bulan Juni. Ia melintasi perbatasan pada malam tanggal 19 Maret dan diterima dengan baik oleh Jerman. Dengan bantuan berbagai orang Lithuania, ia menetap di Berlin. Di sana ia bergabung dengan Kazys Škirpa dalam mengorganisir Lithuanian Activist Front (LAF). Secara khusus, ia mengedit undang-undang LAF dan menyusun rencana pembebasan Lithuania.