Musim 2016 adalah musim ke-105 Malmö FF, musim ke-81 mereka di Allsvenskan dan musim ke-16 berturut-turut di liga. Mereka bersaing di Allsvenskan
di mana mereka finis pertama, 2015<unk>16 Svenska Cupen di mana mereka finis sebagai runner-up, dan 2016<unk>17 Svenska Cupen di mana mereka tersingkir di babak kedua. Musim dimulai dengan babak penyisihan grup Svenska Cupen pada tanggal 20 Februari, pertandingan liga dimulai pada tanggal 2 April dan musim berakhir dengan pertandingan liga terakhir pada tanggal 6 November.