Musim kelima Navas di Real Madrid dimulai dengan kedatangan Thibaut Courtois yang sangat diantisipasi untuk bersaing untuk posisi penjaga gawang nomor 1. Meskipun Courtois tiba, Navas terpilih untuk bermain di Piala Super UEFA 2018
yang mengakibatkan kekalahan 2-4 dari rival kota Atlético Madrid. Navas kemudian memulai pertandingan pembukaan La Liga, dengan nyaman menjaga clean sheet pertamanya musim ini dengan kemenangan 2-0 atas Getafe CF. Penampilannya dalam kampanye Liga Champions terakhir membuatnya terpilih sebagai Kiper Liga Champions UEFA 2017/18 Musim ini mengalahkan pesaing dari kiper Roma saat itu Alisson Becker dan kiper Juventus Gianluigi Buffon. Pada tanggal 9 Januari 2019 Navas membuat penampilan ke-150 di semua kompetisi untuk Madrid dalam kemenangan kandang 3-0 mereka melawan Leganés di Copa del Rey. Pada 6 April 2019 Navas menjadi kiper non-Spanyol pertama yang mencapai 100 penampilan La Liga untuk Real Madrid.