Stallman lahir pada 16 Maret 1953, di New York City, dari keluarga keturunan Yahudi. Orang tuanya adalah Alice Lippman, seorang guru sekolah, dan Daniel Stallman, seorang broker pers cetak. Stallman memiliki hubungan yang sulit dengan orang tuanya, karena ayahnya memiliki kebiasaan minum dan secara verbal menyalahgunakan ibu tirinya. Dia kemudian menggambarkan orang tuanya sebagai "tiran". Dia tertarik pada komputer pada usia muda; ketika Stallman adalah pra-remaja di kamp musim panas, dia membaca manual untuk IBM 7094.
Departemen biologi di Universitas Rockefeller