Setelah satu tahun menandatangani kontrak untuk klub, Bajrami akhirnya membuat debutnya di Elfsborg, masuk sebagai pemain pengganti, dalam kekalahan 4-2 melawan Nordsjælland dalam pertandingan persahabatan pada 22 Januari 2016. Sebulan kemudian pada tanggal 27 Februari 2016, ia membuat penampilan pertamanya musim ini, masuk sebagai pemain pengganti di menit ke-73, dalam hasil imbang 3-3 melawan IFK Värnamo dalam pertandingan Svenska Cupen. Dua bulan kemudian pada 3 April 2016, Bajrami membuat debut pertamanya untuk klub, memulai pertandingan dan bermain 68 menit sebelum digantikan, dalam kekalahan 2-1 melawan BK Häcken dalam pertandingan pembukaan musim. Sejak bergabung dengan IF Elfsborg, ia mulai terlibat dalam tim utama dalam sejumlah pertandingan. Bajrami mencetak gol Elfsborg pertamanya sejak 2010 dan mencetak gol lain, dalam kemenangan 2-1 atas Falkenbergs pada 1 Mei 2016. Namun, ia terganggu dengan cedera sepanjang musim 2016. Pada akhir musim 2016
Pada musim ini, Bajrami membuat sembilan belas penampilan dan mencetak satu gol di semua kompetisi.