Saleh lahir di desa Hafir Meshou, utara Dongola. Dia bersekolah di sekolah dasar Al-Hafir dari tahun 1990 sampai 1995, dan kemudian pindah ke Sekolah Pusat Al-Barqeeq untuk menerima pendidikan Mediterania. Dia belajar di sekolah menengah Dongola dari tahun 1964 sampai 1968. Dia lulus dari Akademi Militer Sudan dengan pangkat Letnan pada tahun 1973. Dia menjabat sebagai komandan Pasukan Khusus dari tahun 1985 hingga 1987 dan lagi dari tahun 1988 hingga 1989. Sebagai seorang perwira tentara, Saleh mengambil bagian dalam militer Juni 1989 yang membawa Omar al-Bashir berkuasa, dan ia menjabat sebagai anggota Dewan Komando Revolusioner untuk Keselamatan Nasional, yang memerintah Sudan setelah kudeta. Saleh memegang posisi terkemuka di lembaga keamanan Sudan. Dia menjabat sebagai Direktur Layanan Keamanan Nasional dari tahun 1990 hingga 1995, Menteri Dalam Negeri dari tahun 1995 hingga 1998, Perdana Menteri dari tahun 1998 hingga 2000, dan Perdana Menteri dari tahun 2000 hingga 2005.
Wakil Presiden Pertama