Pada awal musim 2013/14, Starke membuat penampilan pertamanya di musim melawan Borussia Dortmund di DFL-Supercup, di mana ia kebobolan empat gol, dalam kekalahan 4-2. Starke terus menjadi kiper pilihan kedua untuk tim di belakang Neuer untuk sebagian besar musim 2013-14. Pada tanggal 23 Februari 2014, ia membuat penampilan pertamanya di musim ini, dalam kemenangan 4-0 melawan Hannover 96. Sebulan kemudian pada tanggal 29 Maret 2014, Starke membuat penampilan ketiga musim ini dan kebobolan tiga gol, saat Bayern Munich bermain imbang 3-3 melawan mantan klubnya, TSG 1899 Hoffenheim. Namun, ia mengalami cedera siku selama latihan yang membuatnya absen selama sisa musim 2013-14. Meskipun demikian, Starke adalah anggota skuad Bayern Munich yang memenangkan Bundesliga, Piala Dunia FIFA, Piala Super UEFA
Dan DFB-Pokal. Pada musim keduanya di Bayern Munich, ia tampil tiga kali di semua kompetisi.