Namun, dengan dimulainya Perang Tiga Puluh Tahun pada tahun 1618, kekayaan intelektual dan fiskal universitas menurun. Pada tahun 1622, Bibliotheca Palatina yang terkenal di dunia (perpustakaan universitas) dicuri dari Katedral Universitas dan dibawa ke Roma. Upaya rekonstruksi setelah itu dikalahkan oleh pasukan Raja Louis XIV, yang hampir sepenuhnya dihancurkan pada tahun 1693. Sebagai konsekuensi dari Akhir Counter-Reformation, universitas Kristen Protestan kehilangan karakternya, dan disalurkan oleh Matthäus Merian yang mengajar di universitas. Ini menarik para cendekiawan dari seluruh benua dan berkembang menjadi pusat budaya dan akademik. Namun, dengan dimulainya Perang Tiga Puluh Tahun pada tahun 1618, kekayaan intelektual dan fiskal universitas menurun. Pada tahun 1773 mereka bergabung untuk mempersiapkan diri ke depan dari sekolah-sekolah politik yang didirikan di kota, di mana para profesor yang terpilih dari Universitas Jesuit, yang kemudian dikenal sebagai Theodorus Mayer, Direktur Sekolah Ilmu Pengetahuan dan Ekonomi, yang didirikan pada tahun 1773.
kekayaan intelektual dan fiskal universitas menurun