Pada tanggal 21 Desember 1801, ketika Fanny berusia tujuh tahun, Godwin menikahi Mary Jane Clairmont, seorang tetangga dengan dua anak sendiri: Claire berusia tiga tahun dan Charles berusia enam tahun. Dia tidak pernah menikah dan mencari, seperti Godwin, untuk stabilitas keuangan. Meskipun Clairmont terdidik dengan baik dan bepergian dengan baik, sebagian besar teman-teman Godwin membenci dia, menemukan dia vulgar dan tidak jujur. Mereka terkejut bahwa Godwin bisa menggantikan Mary Wollstonecraft dengan dia. Fanny dan saudara tirinya Mary tidak menyukai ibu tiri mereka dan mengeluh bahwa dia lebih suka anak-anaknya sendiri untuk mendidik mereka. Pada tanggal 28 Maret 1803, William lahir. Meskipun Godwin mengagumi tulisan Wollstone, dia tidak setuju dengan muridnya bahwa dia harus menerima pendidikan wanita seperti yang ditulis oleh Godwin. Oleh karena itu, dia berargumen tentang bagaimana Mary Clairmont, yang sebelumnya telah mengajarkan Shelley untuk mendapatkan pendidikan wanita, seperti yang ditulis oleh ayahnya sendiri. Oleh karena itu, ia berpendapat bahwa Shelley harus mengambil pendidikan yang sama dari anak-anaknya, seperti yang diajarkan oleh ayahnya. Menurut buku-buku yang ditulis oleh Lady Mary Wollstone, ia telah mengajarkan Shelley untuk
vulgar dan tidak jujur