Sudan Selatan memperoleh kemerdekaannya dari Sudan pada tahun 2011, tetapi Perang Saudara Sudan Selatan membuat sulit bagi negara itu untuk mendapatkan dukungan dari lima federasi olahraga seperti yang diperlukan untuk Komite Olimpiade Nasional untuk mendapatkan pengakuan oleh Komite Olimpiade Internasional. Guor Marial, seorang pengungsi Sudan Selatan yang tinggal di Amerika Serikat, berkompetisi dalam maraton pria di Olimpiade Musim Panas 2012
, tetapi melakukannya sebagai Atlet Olimpiade Independen setelah menolak untuk bersaing untuk Sudan. Sudan Selatan menjadi anggota IOC ke-206 pada Agustus 2015, dengan afiliasi atletik, basket, sepak bola, bola tangan, judo, tenis meja, dan taekwondo. Bangsa memilih Marial sebagai pembawa bendera untuk kedua upacara pembukaan dan penutupan.