Pada saat itu, banyak orang di gereja saat itu di Skotlandia berpisah dengan Roma, dalam proses reformasi Protestan yang dipimpin, antara lain, oleh John Knox. Ia mereformasi doktrin dan pemerintahannya, berdasarkan prinsip-prinsip John Calvin yang telah diekspos Knox saat tinggal di Jenewa, Swiss. Pada tahun 1560, sebuah majelis beberapa bangsawan, lairds dan burgesses, serta beberapa anggota gereja, mengklaim menentang Ratu untuk menjadi Parlemen Skotlandia, menghapuskan yurisdiksi kepausan dan menyetujui Scots Confession, tetapi tidak menerima banyak prinsip yang ditetapkan dalam Buku Pertama Knox tentang Disiplin, yang berpendapat, antara lain, bahwa semua aset gereja di Skotlandia pada saat itu putus dengan Roma, dalam proses reformasi Protestan yang dipimpin, antara lain, oleh John Knox. Dalam tahun 1560 Konsepsi Gereja Katolik yang baru muncul sebagai tanggapan atas keputusan yang tidak disetujui oleh Presiden James VI, tetapi juga ditolak oleh Raja Leith, yang akhirnya diangkat sebagai kepala gereja Katolik.
1560