M. A. Rashid kembali ke Pakistan pada tahun 1970, dan bergabung dengan Universitas Quaid-i-Azam sebagai profesor. Rashid, di tengah Perang Musim Dingin 1971
, adalah seorang peneliti di Universitas Quaid-i-Azam ketika Dr. Abdus Salam telah memintanya untuk bergabung dengan Komisi Energi Atom Pakistan (PAEC). Munir Ahmad Rashid, bersama dengan Fayyazuddin, menghadiri "Pertemuan Multan" yang terkenal pada Januari 1972. Di sinilah Salam mendelegasikan banyak matematikawan di Universitas Quaid-i-Azam untuk berpartisipasi dalam program penelitian nuklir. Rashid mulai bekerja dengan dr. Kelompok Asghar Qadir di PAEC dan membentuk kelompok penelitian fisika matematika. Ia kemudian dipindahkan ke Grup Fisika Teoritis Riazuddin (TPG) di mana ia telah bekerja sama dengan Riazuddin dalam pengembangan senjata nuklir.