Pada tanggal 6 Juli 2013, Fernández terpilih untuk mewakili Marlins untuk tim National League All-Star. Dia melemparkan inning ke-6 yang sempurna di All-Star Game 2013
di mana dia memukul Dustin Pedroia, membuat Miguel Cabrera keluar, dan memukul Chris Davis. Dengan penampilan ini, Fernández adalah salah satu dari hanya tiga pitcher dalam sejarah All-Star Game yang memukul dua pemukul sebelum ulang tahun ke-21 mereka untuk debut All-Star mereka, dua lainnya adalah Dwight Gooden dan Bob Feller.