Sementara itu, di utara tanah air Manchu, petualang Vassili Poyarkov (1643-1646) dan Yerofei Khabarov (1649-1653) telah mulai menjelajahi lembah Sungai Amur untuk Tsar Rusia. Pada tahun 1653 Khabarov dipanggil kembali ke Moskow dan digantikan oleh Onufriy Stepanov, yang mengambil alih komando pasukan Cossack Khabarov. Stepanov pergi ke selatan ke Sungai Sungari, di mana ia menuntut "yasak" (upacara bulu) dari penduduk asli seperti Daur dan Duchers, tetapi kelompok-kelompok ini menolak karena mereka sudah membayar upeti kepada Kaisar Shunzhi ("Shamshakan" dalam sumber-sumber Rusia). Pada tahun 1654 Stepanov mengalahkan pasukan kecil Manchu yang telah dikirim dari Ningguta untuk menyelidiki kemajuan Rusia. Pada tahun 1655, komandan Qing lainnya, Minggadari Mongol (d. 1669), mengalahkan pasukan Stepanov di Fort Kumarsk di Amur, tetapi ini tidak cukup untuk mengejar Rusia. Namun pada tahun 1658, jenderal Manchu Šarhūda (1599<unk>1659) menyerang Stepanov dengan armada 40 atau lebih kapal yang berhasil membunuh atau menangkap sebagian besar orang Rusia. Kemenangan Qing ini sementara membersihkan lembah Amur dari kelompok Cossack, tetapi konflik perbatasan Sino-Rusia
akan berlanjut sampai 1689, ketika penandatanganan Perjanjian Nerchinsk menetapkan perbatasan antara Rusia dan Qing.