Messier mendaftar di Michigan State University, mengikuti jejak kakaknya Mitch. Dia bermain untuk Spartans selama empat tahun dan merupakan tim All-Star pertama CCHA pada tahun seniornya pada 1991-92. Setelah tahun kedua, Messier terpilih oleh New York Rangers dalam Draft NHL 1989.
, ke-118 secara keseluruhan. Selama waktunya bersama Spartans, beberapa rekan setimnya termasuk Rod Brind'Amour, Kip Miller, Jason Woolley, Bryan Smolinski dan Rem Murray.