Mulai dari krisis penyanderaan teater Moskow pada tahun 2002, Rusia menghadapi peningkatan tingkat terorisme Islam. FSB, sebagai lembaga utama yang bertanggung jawab atas operasi kontra-teroris, berada di garis depan dalam perang melawan teror. Selama pengepungan teater Moskow dan pengepungan sekolah Beslan
, unit Spetsnaz FSB Alpha Group dan Vympel memainkan peran kunci dalam operasi pembebasan sandera. Namun, kinerja mereka dikritik karena tingginya jumlah korban sandera. Pada tahun 2006, FSB meraih kesuksesan besar dalam upaya kontra-terorisme ketika berhasil membunuh Shamil Basayev, dalang di balik tragedi Beslan dan beberapa aksi teroris profil tinggi lainnya. Menurut FSB, operasi itu direncanakan selama enam bulan dan dimungkinkan karena peningkatan kegiatan FSB di negara-negara asing yang memasok senjata kepada teroris. Basayev dilacak melalui pengawasan perdagangan senjata ini. Basayev dan militan lainnya bersiap untuk melakukan serangan teroris di Ingushetia ketika agen FSB menghancurkan konvoi mereka; 12 militan tewas.