Pada musim panas itu, ia mengambil komando dari sidewheel gunboat dan memimpin dia dalam sejumlah keterlibatan dengan pasukan Konfederasi. Pada tahun 1864, ia kembali ke blokade Atlantik sebagai perwira eksekutif "Powhatan". Saat ditugaskan di kapal itu, Bache berpartisipasi dalam serangan yang gagal dan berhasil
pada Fort Fisher, dilakukan pada bulan Desember 1864 dan Januari 1865. Dalam serangan terakhir, ia terluka tetapi tidak parah.