Dia dipromosikan menjadi "général de brigade" pada tahun 1805, setelah pembentukan Kekaisaran Prancis, dan menjadi "général de division" pada tahun 1807. Mouton membedakan dirinya dalam pertempuran Jena, Landshut
dan Aspern-Essling. Pada tahun 1810, ia diangkat menjadi count Lobau sebagai pengakuan atas perannya dalam pertempuran Aspern.