Meskipun Ngô Đình Diệm secara pribadi dihormati karena nasionalismenya, stabilitas politik dan kebijakan yang memicu pertumbuhan ekonomi yang cepat, ia menjalankan pemerintahan nepotis dan otoriter. Pemilihan secara rutin dimanipulasi dan Diệm mendukung minoritas Katolik Roma dalam banyak masalah, percaya bahwa umat Katolik "lebih dapat dipercaya", lebih anti-komunis dan lebih tahan terhadap infiltrasi Viet Cong. Kebijakan agamanya memicu protes dari komunitas Buddha setelah demonstran dibunuh
pada Vesak, hari ulang tahun Buddha, pada tahun 1963 ketika mereka memprotes larangan bendera Buddha. Insiden ini memicu protes besar-besaran yang menyerukan kesetaraan agama. Kasus yang paling terkenal adalah Venerable Thích Quảng Đức, yang membakar dirinya sampai mati untuk memprotes. Gambar-gambar dari peristiwa ini menjadi berita utama di seluruh dunia dan membawa rasa malu yang ekstrim bagi Diệm. Ketegangan itu tidak terpecahkan, dan pada tanggal 21 Agustus, Pasukan Khusus ARVN yang setia kepada saudaranya dan penasihat utama Ngô Đình Nhu dan diperintahkan oleh Lê Quang Tung menyerbu pagoda Buddha di seluruh negeri, meninggalkan korban tewas diperkirakan mencapai ratusan orang. Di Amerika Serikat, pemerintahan Kennedy menjadi khawatir bahwa masalah pemerintah Diệm telah melemahkan upaya anti-Komunis AS di Asia Tenggara, dan meningkatnya perlawanan Diệm dan tidak bekerja sama dengan pemerintah Amerika. Pada tanggal 1 November 1963, dengan perencanaan dan dukungan CIA dan pemerintahan Kennedy, jenderal-jenderal Vietnam Selatan yang dipimpin oleh Dương Văn Minh merancang kudeta dan menggulingkan Ngô Đình Diệm, membunuh baik dia dan saudaranya Nhu. ("lihat juga Ngô Đình Cẩn")