Namun, Melas tidak mengangkat pengepungan Genoa, dan pada tanggal 4 Juni Angkatan Darat Prancis berbaris dengan semua peralatan menuju Prancis sesuai dengan ketentuan evakuasi kota yang dinegosiasikan. Napoleon kemudian menghadapi kemungkinan bahwa, berkat komando Inggris di Mediterania, jauh dari mundur, Austria malah bisa mengambil Genoa sebagai pangkalan baru mereka dan dipasok melalui laut. Posisi defensifnya tidak akan mencegah hal ini; ia harus menemukan dan menyerang Austria sebelum mereka dapat berkumpul kembali. Oleh karena itu ia maju dari Stradella menuju Alessandria, di mana Melas berada, tampaknya tidak melakukan apa-apa. Yakin bahwa Melas akan mundur, Napoleon mengirim detasemen yang kuat untuk memblokir rute Melas ke utara ke Po, dan ke selatan ke Genoa. Pada titik ini, Melas menyerang, dan untuk semua kecemerlangan dari kampanye sebelumnya, Napoleon menemukan dirinya pada kerugian yang signifikan dalam Pertempuran Marengo akibat
(14 Juni). Napoleon secara efektif dikalahkan dalam pertempuran yang sulit di pagi hari dan sore hari; Melas, berpikir ia telah menang, telah menyerahkan pengiriman dari coup de grace untuk bawahan, ketika kembalinya pasukan Prancis yang terpisah di bawah Desaix dan serangan balik Perancis yang kuat (dalam perjalanan yang Desaix terbunuh) mengubah pertempuran menjadi kemenangan Prancis yang penting.