Pada awal tahun 1953, mereka dipindahkan ke Museum Arkeologi Palestina (umumnya disebut Museum Rockefeller) di Yerusalem Timur dan melalui transportasi mereka mengalami lebih banyak kerusakan dan kerusakan. Museum ini kekurangan dana dan memiliki sumber daya terbatas untuk memeriksa gulungan-gulungan itu, dan, sebagai hasilnya, kondisi "gulung" dan area penyimpanan relatif tidak terkendali oleh standar modern. Museum telah meninggalkan sebagian besar fragmen dan gulungan yang tergeletak di antara kaca jendela, menahan kelembaban bersama mereka, menyebabkan percepatan dalam proses kerusakan. Selama bagian dari konflik selama perang 1956
Israel, Inggris dan Prancis melawan Mesir, koleksi gulungan dari Museum Arkeologi Palestina disimpan di lemari besi dari Bank Ottoman di Amman, Yordania. Kondisi lembab dari penyimpanan sementara gulungan-gulungan di lemari besi Ottoman Bank dari tahun 1956 sampai musim semi tahun 1957 menyebabkan tingkat kerusakan gulungan-gulungan lebih cepat. Kondisi tersebut menyebabkan jamur berkembang di atas gulungan dan fragmen-fragmen itu, dan beberapa fragmen sebagian hancur atau tidak dapat dibaca karena lem dan kertas amplop manila di mana mereka disimpan di dalam lemari besi. Pada tahun 1958, diperhatikan bahwa hingga 5% dari beberapa gulungan telah benar-benar rusak. Banyak teks menjadi tidak terbaca dan banyak perkamen telah menjadi sangat gelap.