Setelah deportasi Rizal, banyak nasionalis Filipina mendirikan Katipunan, sebuah masyarakat rahasia lainnya, tetapi kali ini dengan tujuan memperoleh kemerdekaan dari Spanyol melalui revolusi. Terinspirasi oleh karya-karya Rizal, Katipunan mengorganisir perlawanan bersenjata terhadap pemerintahan Spanyol, yang dipimpin oleh Andrés Bonifacio. Setelah kegiatan Katipun ditemukan pada Agustus 1896, Revolusi Filipina dimulai. Anggota Katipunan memberontak di Caloocan, mendirikan Republik Tagalog dan menyatakan revolusi bersenjata nasional. Rizal, yang tidak memiliki bagian dalam revolusi itu sendiri, diadili oleh pengadilan militer karena pemberontakan, pemberontakan dan konspirasi. Dia dihukum atas semua tuduhan dan dieksekusi oleh regu tembak. Pada tahun 1897, Bonifacio digulingkan dan dieksekusi oleh Emilio Aguinaldo, yang mengambil kepemimpinan gerakan revolusioner. Setelah mengusir Spanyol dari kepulauan itu, Aguinaldo kemudian mendirikan kediktatoran dan menyatakan kemerdekaan. Namun, perjanjian Paris secara resmi menyerahkan Filipina ke Amerika Serikat, yang memicu konflik bersenjata
dengan Republik Filipina Pertama yang baru didirikan.