Lima mendapatkan prestise setelah ditunjuk sebagai ibu kota Viceroyalty of Peru dan situs dari "Real Audiencia" pada tahun 1543. Selama abad berikutnya, kota ini berkembang sebagai pusat jaringan perdagangan yang luas yang mengintegrasikan Wakil Kerajaan dengan seluruh Amerika, Eropa dan Timur Jauh. Namun, kota ini tidak bebas dari bahaya; kehadiran bajak laut dan perampok di Samudra Pasifik menyebabkan pembangunan Tembok Lima antara tahun 1684 dan 1687. Gempa bumi Peru 1687
menghancurkan sebagian besar bangunan kota; gempa itu menandai titik balik dalam sejarah kota, karena bertepatan dengan resesi perdagangan dan persaingan ekonomi yang berkembang dengan kota-kota seperti Buenos Aires.