Pada tahun 1973, pemerintahan Bhutto memecat pemerintah negara bagian di Balochistan yang mengakibatkan gerakan separatis lain, yang memuncak serangkaian tindakan tentara di provinsi terbesar di negara itu yang berakhir pada tahun 1977. Dengan bantuan militer yang diterima dari Iran termasuk transfer Bell AH-1 Cobra ke Korps Penerbangan, konflik berakhir dengan pemerintah Pakistan menawarkan amnesti umum kepada separatis pada 1980-an. Mengenai masalah konflik Baloch, militer Pakistan tetap terlibat dalam perang saudara Oman yang mendukung pemerintah Oman sampai pemberontak dikalahkan pada tahun 1979. Komisi Penyelidikan Perang mencatat kurangnya strategi besar bersama antara empat cabang militer selama pertama, kedua, dan ketiga
perang dengan India, merekomendasikan pembentukan Komite Kepala Staf Bersama untuk menjaga komunikasi militer strategis antara antar-layanan dan pemerintah federal, yang akan dipimpin oleh Ketua Kepala Staf Bersama yang ditunjuk sebagai penasihat militer utama pemerintah. Pada tahun 1976, Ketua Kepala Staf Gabungan pertama ditunjuk dari tentara dengan Jenderal Muhammad Shariff mengambil alih kepresidenan, tetapi mengundurkan diri setahun kemudian. Pada tahun 1975, Perdana Menteri Zulfikar Ali Bhutto secara kontroversial menggantikan setidaknya tujuh jenderal senior tentara untuk dipromosikan menjadi Letnan Jenderal. Zia-ul-Haq ke pangkat bintang empat, menunjuknya sebagai Kepala Staf Angkatan Darat (COAS) meskipun ada rekomendasi tentara yang diteruskan ke pemerintah federal.