Dengan tim nasional, ia berpartisipasi di Piala Dunia FIFA 2018 dan bermain di dua turnamen Copa América: Centenario
dan Brasil 2019, yang terakhir di mana ia membantu menyelesaikan runner-up. Setelah mencetak 13 gol dalam 51 penampilan, Flores adalah pencetak gol terbanyak ketiga Peru.