Setelah penggantian Pellew oleh Laksamana William O'Bryen Drury, "Doris" dikirim untuk melayani di Selat Malaka, dalam misi untuk mendapatkan hubungan kerja dengan pemerintah Spanyol di Filipina. Untuk usahanya yang berhasil ia diberi komando fregat HMS "Caroline" pada tahun 1809 dan tahun berikutnya diberi komando sebuah skuadron untuk menyerang Kepulauan Molucca dengan komisi gratis. Berlayar ke pulau Banda Neira yang dipertahankan dengan baik, Cole merencanakan serangan berani pada 10 Agustus 1810, pasukannya menyerbu benteng dan berhasil merebutnya. Tahun berikutnya ia mengambil peran utama dalam perencanaan invasi Jawa
, yang berhasil diselesaikan di bawah Rear-Admiral Robert Stopford. Untuk jasanya, ia dinobatkan sebagai ksatria pada Mei 1812, dianugerahi medali khusus dan diberikan gelar doktor kehormatan oleh Universitas Oxford.