NRA dibentuk dari Komisi Keselamatan Nuklir, yang berada di bawah otoritas Kabinet, dan Badan Keselamatan Nuklir dan Industri, yang berada di bawah Kementerian Ekonomi, Perdagangan dan Industri (METI). Setelah bencana nuklir Fukushima setelah gempa 11 Maret 2011,
, langkah-langkah keamanan pemerintah dianggap tidak memadai. Juga, NISA, berada di bawah payung METI, yang juga bertanggung jawab untuk mempromosikan penggunaan tenaga nuklir, dilihat sebagai konflik kepentingan. Akibatnya, lembaga baru didirikan di bawah Kementerian Lingkungan Hidup.