Lisle menghabiskan tiga tahun berikutnya dengan tentara Royalist yang berbasis di Oxford, awalnya sebagai Letnan Kolonel Dragoon di bawah Arthur Aston. Dia mengambil bagian dalam Pertempuran Edgehill pada Oktober 1642 dan mendapatkan reputasi untuk keberanian dan keandalan, dilaporkan menolak untuk memakai baju besi pada kesempatan untuk meyakinkan anak buahnya. Pada tahun 1643, ia bertempur di Chalgrove pada bulan Mei, terluka di Newbury Pertama
pada bulan September dan dipromosikan menjadi kolonel tak lama setelah itu. Dia memimpin resimen infanteri di Cheriton pada bulan Maret 1644 dan selama kampanye di barat memerintahkan brigade atau tercio di Cropredy Bridge, Lostwithiel dan Newbury Kedua.