Menulis kelanjutan untuk paragraf ini - Salah satu dari kelompok tiga orang, yang dikenal sebagai "Thugut's Benjamins" (asisten terpercaya kepada Menteri Luar Negeri Johann Amadeus Francis de Paula, Baron Thugut, selama kampanye tahun 1799, Weyrother menjabat sebagai kepala staf Feldzeugmeister Pál Kray, di mana ia membedakan dirinya di Legnago (26 Maret), Magnano (5 April) dan, sekarang melayani sebagai petugas penghubung dengan Marshal Rusia Alexander Suvorov, di Novi
tanggal 15 Agustus. Dia kemudian merencanakan pawai epik pasukan Rusia di bawah Alexander Suvorov melintasi Saint Gotthard Pass. Dipromosikan menjadi "Oberst" (kolonel) pada tanggal 5 Februari 1800, Weyrother diberi komando atas Infanterie-regiment Nr. 7 "Schröder", yang merupakan bagian dari tentara di Jerman di bawah Pál Kray, tetapi luka lebih lanjut dan ketegangan kampanye menyebabkan dia meninggalkan tentara untuk pulih. Dikembalikan pada musim gugur tahun 1800, Kaisar Francis II menugaskannya sebagai kepala staf Archduke John dari Austria yang berusia 18 tahun, komandan baru tentara di Bavaria, dan "Adlatus" (penasihat utamanya) Franz von Lauer. Percaya tentara Prancis Jean Moreau sedang mundur, Weyrother mengorganisir pengejaran agresif melalui medan yang sangat berhutan oleh empat kolom yang tidak saling mendukung. Sebaliknya, Moreau bertahan, menyergap, dan mengepung sayap kiri Austria. Pertempuran Hohenlinden yang dihasilkan ternyata menjadi bencana bagi Austria, yang secara efektif mengakhiri Perang Koalisi Kedua. Meskipun demikian, Weyrother ditunjuk sebagai penasihat militer untuk Menteri Luar Negeri baru, Graf Ludwig Cobenzl dalam negosiasi menyusul Gencatan Senjata Steyr, yang mengarah pada Perdamaian Luneville pada tahun 1801.