nuklease adalah enzim yang memotong untaian DNA dengan mengkatalisis hidrolisis ikatan fosfodiester. Nuklease yang menghidrolisis nukleotida dari ujung untaian DNA disebut eksonuklease, sedangkan endonuklease memotong dalam untaian. Nuklease yang paling sering digunakan dalam biologi molekuler adalah endonuklease pembatasan, yang memotong DNA pada urutan tertentu. Misalnya, enzim EcoRV yang ditunjukkan di sebelah kiri mengenali urutan 6-basa 5′-GATC-3′ dan membuat pemotongan pada garis horizontal.
6-base sequence 5′-GATATC-3