Lengkapi kalimat berikut: Rowley menjabat sebagai kolonel Infantri Pennsylvania ke-13 dari 25 April 1861 hingga 6 Agustus tahun yang sama. Ia kemudian menjadi kolonel dari Resimen Infanteri Relawan Pennsylvania ke-102. Dia terluka di
Pertempuran Seven Pines, saat memimpin resminya di Army of the Potomac. Dia (selama singkat) memimpin brigade di Korps VI di Pertempuran Fredericksburg. Dipromosikan ke pangkat brigadir jenderal untuk pangkat dari 29 November 1862, Rowley selanjutnya memerintahkan brigade I Korps di Pertempuran Chancellorsville. Dia bertindak sebagai komandan Divisi ke-3, Korps I pada awal Pertempuran Gettysburg, sementara Mayor Jenderal Abner Doubleday bertindak sebagai komandan korps. (Chapman Biddle memimpin brigade Rowley.) Pada tanggal 1 Juli 1863, brigade menderita kerugian berat saat menghadapi Konfederasi dari divisi Mayor Jenderal Harry Heth. Dia terlempar dari kudanya saat mundur saat berhenti di sungai. Sakit dengan infeksi dari bisul ukuran telur ayam di paha bagian dalam, ia demam, dan temperamental. Setelah konfrontasi antara Rowley dan Brigjen Lysander Cutler atas perilaku beberapa perwira Wisconsin ke-7, Cutler mengajukan tuduhan mabuk pada bulan April 1864. Diberi waktu kurang dari 24 jam untuk mempersiapkan pembelaan untuk persidangan, Rowley dihukum oleh pengadilan militer yang menurut penulis John F. Krumwiede, "tidak memiliki sikap tidak memihak dan berbaris sesuai dengan kendaraannya sendiri". Meskipun dikembalikan atas perintah Menteri Perang Edwin M. Stanton dan Presiden Abraham Lincoln, Rowley hanya ditugaskan sebagai komando distrik di Pennsylvania barat, karena perseteruan yang sedang berlangsung antara komandan tentara Jenderal George G. Meade dan komandan korps sekarang Jenderal Gouverneur K. Warren. Diblokir oleh tindakan Jenderal Darius N. Couch dalam upaya untuk menghentikan invasi 1864 di Pennsylvania oleh Jenderal Konfederasi Jubal Early, ia mengundurkan diri dari jabatannya pada 29 Desember 1864.