Dia terpilih untuk skuad nasionalnya di Copa América Centenario
dan bagian dari tim Argentina yang mencapai final. Bek itu bermain di final di mana Chile menang 4-2 pada adu penalti setelah pertandingan berakhir imbang tanpa gol. Dia tidak terpilih sebagai salah satu dari empat penalti pertama. Funes Mori mencetak gol internasional pertamanya pada 6 Oktober 2016 dalam hasil imbang 2-2 melawan Peru dalam pertandingan yang ia juga kebobolan penalti.