Setelah kematian Raja Henry (31 Januari 1580), Francis dari Portugal adalah salah satu dari beberapa anggota aristokrasi atas yang secara aktif mendukung "Dom" António sebagai Raja Portugal. Dia ditunjuk oleh Raja baru sebagai Konstabelnya, dan mereka berpartisipasi bersama dalam Pertempuran Alcântara (1580)
, mempertahankan Lisbon dari tentara Spanyol, yang dipimpin oleh Duke of Alba.