Mereka 1999 24 Jam Le Mans dimulai pahit setelah tim yang terganggu oleh beberapa kegagalan ban Michelin, situasi menjadi agak mengingatkan pada tahun 1998, ketika No. 1 dan No. 2 mobil yang pensiun. Martin Brundle di No. 1 Toyota mengalami tusukan pada kecepatan tinggi di Mulsanne Straight, suspensi belakang mobil rusak parah dan dia tidak dapat kembali ke pit. No. 2 Toyota yang dikendarai oleh Thierry Boutsen adalah yang berikutnya untuk pergi ketika ia menderita kecelakaan kecepatan tinggi di bawah jembatan Dunlop karena deflasi yang cepat. Mobilnya hancur dan Boutsen mengalami cedera pada punggung bawahnya. Pada fajar, BMW No. 15 hampir satu lap di depan No. 3 Toyota yang telah diam-diam jelajah di sekitar dengan kecepatan yang stabil. Dengan bau kemenangan ini Ukyo Katayama menempatkan kaki di Toyota dan menetapkan putaran tercepat dari perlombaan. Dia mempersempit selisih kurang dari satu menit sampai lagi ban meledak menimpa tim Toyota lagi. Katayama bagaimanapun dapat kembali ke pit untuk ban baru dan melanjutkan. Dia berhasil finis di posisi kedua setelah melakukan upaya yang gagah berani menempati posisi pertama di kelas GT-P. Namun, mereka gagal meraih kemenangan secara keseluruhan di Le Mans, yang akan membuat mereka hanya produsen Jepang kedua untuk mendapatkan kemenangan secara keseluruhan (Mazda menjadi yang pertama di
1991).