São Tomé dan Príncipe berkompetisi di Olimpiade Paralimpiade Musim Panas 2016 di Rio de Janeiro, Brasil dari 7 hingga 18 September 2016. Partisipasi negara di Rio menandai penampilan debutnya dalam acara empat tahunan, meskipun telah berkompetisi di Olimpiade Musim Panas enam kali sejak Olimpiade 1996. Delegasi terdiri dari satu pelari jarak pendek Alex Anjos, yang dipilih sebagai pembawa bendera São Tomé dan Príncipe untuk upacara pembukaan
Aku tahu. Anjos didiskualifikasi dari 100 meter pria (T47) karena datang terlambat dan gagal maju ke final 400 meter pria (T47) setelah gagal menetapkan waktu putaran yang cukup cepat.