Pada tahun 1958, Alam bergabung dengan Komisi Energi Atom Pakistan sebagai peneliti, dan diarahkan untuk bergabung dengan Institut Sains dan Teknologi Nuklir (PINSTECH), situs laboratorium nasional di Nilore, pada tahun 1970. Selama perang dengan India
Pada tahun 1971, Alam mulai tertarik dengan komputasi dan matematika, menulis program komputer sementara mengerjakan masalah yang berkaitan dengan logika dan matematika. Alam berperan penting dalam mendirikan departemen komputer di Institut Sains dan Teknologi Nuklir sebelum pindah ke Divisi Fisika.