Tulis kelanjutan untuk paragraf ini - Morrison telah menjadi pendukung awal gerakan reformasi di Kanada Utara dan berpartisipasi dalam pertemuan untuk mendorong perubahan politik. Ia berulang kali berbicara menentang pemberontakan bersenjata dan mendorong William Lyon Mackenzie untuk terus meminta dukungan untuk reformasinya. Dia tidak berpartisipasi dalam Pemberontakan Upper Canada
dan tetap di rumahnya. Meskipun demikian, ia ditangkap dan dituduh melakukan pengkhianatan karena merencanakan dan mengeksekusi pemberontakan itu dan dinyatakan tidak bersalah pada persidangan berikutnya. Karena takut dituduh lebih banyak, Morrison melarikan diri ke Amerika Serikat dan kembali berlatih kedokteran. Ketika amnesti diberikan kepada sebagian besar peserta pemberontakan pada tahun 1843, ia kembali ke Toronto untuk melanjutkan praktik kedokterannya dan melayani di berbagai dewan kedokteran. Ia meninggal pada tanggal 19 Maret 1856, karena kelumpuhan di Toronto.