Setelah habilitasi di sana pada tahun 1928 ia mengajar teori politik dan sosiologi. Sementara di Austria Voegelin mulai persahabatan jangka panjang dengan Alfred Schütz dan dengan F. A. Hayek. Sebagai hasil dari Anschluss Austria dengan Jerman pada tahun 1938, Voegelin dipecat dari pekerjaannya. Sempet menghindari penangkapan oleh Gestapo, dan setelah tinggal sebentar di Swiss, ia tiba di Amerika Serikat. Ia mengajar di berbagai universitas sebelum bergabung dengan Departemen Pemerintah Louisiana State University pada tahun 1942. Voegelin tetap tinggal di Baton Rouge pada tahun 1958 ketika ia menerima tawaran oleh Munich Ludwig-Mailians-Universität untuk mengisi kursi Max Weber di Munich.
Tahun 1920