Klasifikasi ini sangat bergantung pada penggunaan urutan gen RNA ribosom untuk mengungkapkan hubungan antara organisme (filogenetik molekuler). Sebagian besar spesies archaea yang dapat dikulturkan dan diselidiki dengan baik adalah anggota dari dua filum utama, Euryarchaeota dan Crenarchaeota. Kelompok lain telah dibuat secara tentatif. Misalnya, spesies aneh Nanoarchaeum equitans, yang ditemukan pada tahun 2003, telah diberi filum sendiri, Nanoarchaeota. Filum baru A. Korarchaeota juga telah diusulkan.
Euryarchaeota dan Crenarchaeota