Ada kekhawatiran yang berkembang oleh beberapa peneliti bahwa antidepresan dapat meningkatkan psikosis, mania, dan siklus episode mood jangka panjang dalam gangguan. Ketika ada risiko bagi diri sendiri atau orang lain, biasanya pada awal pengobatan, rawat inap mungkin diperlukan. Rehabilitasi psikiatrik, psikoterapi, dan rehabilitasi vokasional sangat penting untuk pemulihan fungsi psikososial yang lebih tinggi. Sebagai kelompok, orang dengan gangguan skizoafektif yang didiagnosis menggunakan kriteria DSM-IV dan ICD-10 (yang sejak itu telah diperbarui) memiliki hasil yang lebih baik daripada orang dengan skizofrenia, tetapi memiliki hasil fungsi psikososial yang bervariasi individu untuk orang dengan gangguan mood, dari gangguan psikososial. Untuk orang dengan gangguan psikososial yang didiagnosis dengan DSM-IV, prevalensi DSM-IV diperkirakan kurang dari 0,5-0,8 persen dari pasien yang didiagnosis dengan gangguan skizoafektif karena data yang sama tidak tersedia dalam DSM-IV.
obat penstabil mood atau obat antidepresan, atau keduanya