Diponegoro lahir pada tanggal 11 November 1785 di Yogyakarta, dan merupakan putra sulung Sultan Hamengkubuwono III dari Yogyakarta. Selama masa mudanya di istana Yogyakartan, kejadian besar seperti pembubaran VOC, invasi Inggris ke Jawa
, dan kembalinya ke pemerintahan Belanda terjadi. Selama invasi, Sultan Hamengkubuwono II, disingkirkan dalam kekuasaannya pada tahun 1810 untuk mendukung ayah Diponegoro, menggunakan gangguan umum untuk mendapatkan kembali kendali. Namun pada tahun 1812 ia sekali lagi dikeluarkan dari takhta dan diasingkan dari Jawa oleh pasukan Inggris. Dalam proses ini, Diponegoro bertindak sebagai penasihat ayahnya dan tampaknya telah memberikan bantuan kepada pasukan Inggris sampai Raffles menawarkan kepadanya gelar "Sultan" yang ia tolak, mungkin karena fakta bahwa ayahnya masih memerintah.