Pada tanggal 24 Juli 1567, ia dipaksa untuk mengundurkan diri untuk mendukung anaknya yang berusia satu tahun. Setelah upaya yang gagal untuk mendapatkan kembali takhta, ia melarikan diri ke selatan mencari perlindungan dari sepupunya yang pertama, Ratu Elizabeth I dari Inggris. Mary pernah mengklaim takhta Elizabeth sebagai miliknya sendiri dan dianggap sebagai penguasa Inggris yang sah oleh banyak peserta Katolik, termasuk dalam pemberontakan yang dikenal sebagai pemberontakan Elizabeth Utara.
Maria