Cruise menikah dengan aktris Mimi Rogers pada tanggal 9 Mei 1987. Mereka bercerai pada tanggal 4 Februari 1990. Rogers memperkenalkan Cruise ke Gereja Scientology. Dia bertemu dengan istri keduanya, aktris Nicole Kidman, di lokasi syuting film Days of Thunder (1990). Pasangan itu menikah pada tanggal 24 Desember 1990. Cruise dan Kidman mengadopsi dua anak, Isabella Jane (lahir 1992) dan Connor Antony (lahir 1995). Pada bulan Februari 2001, Cruise mengajukan gugatan cerai dari Kidman saat dia tidak sadar hamil. Kehamilan berakhir dengan keguguran. Pada tahun 2007, Kidman mengklarifikasi rumor keguguran dalam pernikahannya awal dengan Cruise, mengatakan dalam sebuah wawancara, "Dilaporkan bahwa dia salah", dan menjelaskan bahwa dia memiliki kehamilan ekto Urban. Sebelum menikah dengan Tom Cruise, ia masih sangat mencintainya. Dan ketika dia bertanya kepada semua orang, "Sebelum menikah dengan Tom Cruise, aku masih sangat mencintainya".
Februari 2001