Dengan pelatih baru Alfio Basile, Zanetti dipanggil untuk pertandingan persahabatan melawan Prancis pada 7 Februari 2007. Dia bermain dengan cemerlang dan membantu Javier Saviola mencetak satu-satunya gol dalam pertandingan yang memberi Argentina kemenangan pertama di bawah manajemen kedua Basile. Pada tahun yang sama, Zanetti adalah wakil kapten skuad Argentina untuk Copa América 2007, setelah sebelumnya tampil di 1995 Copa América.
, 1999 dan 2004 edisi turnamen, mencapai kedua berturut-turut final Copa América.