Menulis kelanjutan untuk paragraf ini - Setelah kejuaraan NFL pertama Colts, tim sekali lagi memposting rekor 9<unk>3 selama musim 1959 dan sekali lagi mengalahkan Giants di NFL Championship Game
untuk mengklaim gelar kedua mereka dalam mode back to back. Setelah dua kejuaraan pada tahun 1958 dan 1959, Colts tidak kembali ke NFL Championship selama empat musim dan melihat transisi dari pelatih kepala Ewbank ke Don Shula muda pada tahun 1963. Pada musim kedua Shula, Colts mengumpulkan rekor 12-2, tetapi kalah 27-0 dari Cleveland Browns di Kejuaraan NFL. Pada tahun 1965 Colts bermain Green Bay Packers dalam playoff untuk menentukan siapa yang akan pergi ke pertandingan Kejuaraan NFL. Colts memimpin 10-7 atas Green Bay Packers dengan dua menit tersisa untuk bermain ketika kicker Packers, Don Chandler tampaknya hampir tidak melewatkan field goal. Namun, wasit menyebutnya bagus, dan Packers melanjutkan untuk memenangkan pertandingan dalam perpanjangan waktu. Kesalahan tersebut memicu perubahan aturan: NFL memutuskan dua wasit akan menilai gol lapangan di masa depan, dan bahwa tiang harus ditinggikan tiga meter. Pada tahun 1968 Colts kembali dengan kepemimpinan yang berkelanjutan dari Unitas dan Shula dan melanjutkan untuk memenangkan Kejuaraan NFL ketiga Colts dan tampil di Super Bowl III. Pada tahun 1968, Unitas terluka dan digantikan oleh Earl Morrall yang menjadi MVP liga.