Setelah bintang gelandang Javi Martínez pindah ke FC Bayern Munich, Athletic tersingkir dari fase grup Liga Europa 2012/13 dan tersingkir dari Copa del Rey.
oleh klub Basque Eibar dari tingkat ketiga. Penurunan peringkat adalah ancaman sampai akhir musim, dan pertandingan liga terakhir di "tua" San Mamés berakhir dengan kekalahan. Athletic akan segera pindah ke stadion baru, meskipun dalam keadaan sebagian selesai. Bielsa mempromosikan bek muda Prancis Aymeric Laporte ke tim, sementara striker Fernando Llorente menyelesaikan transfer gratis ke Juventus.