Ketika Charles menggantikan takhta Spanyol, kepemilikan luar negeri Spanyol di Dunia Baru didasarkan di Karibia dan Spanyol Utama dan terdiri dari populasi pribumi yang menurun dengan cepat, sedikit sumber daya yang berharga bagi mahkota, dan populasi pemukim Spanyol yang jarang. Situasi berubah secara dramatis dengan ekspedisi Hernán Cortés, yang, dengan aliansi dengan negara-kota yang bermusuhan dengan suku Aztec dan ribuan prajurit pribumi Meksiko, menaklukkan Kekaisaran Aztec
Pada tahun 1521. Mengikuti pola yang ditetapkan di Spanyol selama Reconquista dan di Karibia, pemukiman Eropa pertama di Amerika, para penakluk membagi penduduk pribumi menjadi "encomiendas" milik pribadi dan mengeksploitasi tenaga kerja mereka. Meksiko Tengah dan kemudian Kekaisaran Inca Peru memberi Spanyol populasi pribumi baru yang luas untuk masuk agama Kristen dan memerintah sebagai vasal mahkota. Charles mendirikan Dewan Hindia pada tahun 1524 untuk mengawasi semua kepemilikan Castile di luar negeri. Charles menunjuk seorang wakil raja di Meksiko pada tahun 1535, membatasi pemerintahan kerajaan dari pengadilan tinggi, "Real Audiencia", dan pejabat perbendaharaan dengan pejabat kerajaan tertinggi. Setelah penaklukan Peru, pada tahun 1542, Charles juga menunjuk seorang wakil raja. Kedua pejabat berada di bawah yurisdiksi Dewan India. Charles memberlakukan Hukum Baru 1542 untuk membatasi kekuatan kelompok penakluk untuk membentuk aristokrasi keturunan yang mungkin menantang kekuasaan mahkota.