Pada pecahnya perang dengan Perancis pada tahun 1793 ia ditunjuk untuk komando kapal utama Hotham, 100-gun, melihat tindakan di pengepungan Toulon. Menyusul penarikan kembali Laksamana Samuel Hood pada akhir 1794, Hotham menjadi Panglima Angkatan Laut Mediterania, dan Holloway menjadi Kapten Angkatan Lautnya. Dengan demikian ia mengambil bagian dalam Pertempuran Genoa
pada bulan Maret 1795 dan Pertempuran Hyères Islands pada bulan Juli. Pada akhir tahun itu Hotham digantikan oleh Laksamana Sir John Jervis, dan Holloway ditunjuk untuk memimpin 98-gun. Dia hadir di kapal itu pada Pemberontakan Spithead pada Mei 1797, dan setelah itu memerintahkan, yang melekat pada Channel Fleet.