Pada tanggal 16 September 1939, gereja ditutup oleh tentara Jerman
dan lorong misionaris diambil alih untuk digunakan sebagai gudang oleh pasukan Jerman dan polisi. Bangunan itu dirusak, peralatan dicuri. Selama penarikan mereka dari kota, pasukan Jerman yang mundur membakar bangunan pada tanggal 19 Januari 1945, yang berlangsung selama tiga hari. Pasukan Soviet yang masuk menembakkan peluru artileri ke gereja, merusak kubah dan menyebabkan kebakaran lain di bagian perumahan loteng.