Harapan untuk pemberontakan yang sukses berkurang ketika Napoleon mengalahkan pasukan Austria Archduke Charles dari Austria dalam serangkaian pertempuran Teugen-Hausen, Abensberg
, Eckmühl, dan Ratisbon, setelah itu pasukan Austria menarik diri dari Tirol dan Hofer harus mundur ke pegunungan. Marsekal Prancis François Joseph Lefebvre bertanggung jawab atas teater Tirol, dan pasukan Bavaria dan Saxon di bawah komando Karl Philipp von Wrede pada tanggal 13 Mei mengalahkan Austria dalam pertempuran berdarah di Wörgl. Bavaria kembali menduduki Innsbruck pada tanggal 19 Mei. Namun, ketika sekutu Prancis mereka pergi, pemberontakan meletus lagi.