Sebelum dimulainya musim 2005/06, Bayern pindah dari Olympiastadion ke Allianz Arena baru, yang dibagikan klub dengan 1860 Munich. Di lapangan, kinerja mereka pada 2006/07 tidak menentu. Berada di belakang di liga dan kalah dari Alemannia Aachen di piala sekali lagi, pelatih Magath dipecat segera setelah istirahat musim dingin.Hitzfeld kembali sebagai pelatih pada Januari 2007, tetapi Bayern menyelesaikan musim 2006/07 di posisi keempat, sehingga gagal lolos ke Liga Champions untuk pertama kalinya dalam lebih dari satu dekade. Kekalahan tambahan di DFB-Pokal dan DFB-Liga-pokal meninggalkan klub tanpa kehormatan untuk musim ini. Pertanyaan: Bayern di mana konstruksi baru diadakan untuk musim 2005/06?
Allianz Arena