Menulis kelanjutan untuk paragraf ini - Akhir perang sipil pada musim semi tahun 1865 memberikan dorongan besar kepada Fenians, karena jumlah tentara Irlandia-Amerika yang dibubarkan dan bersemangat untuk melihat layanan di tempat lain. Uang mengalir ke kas Fenian; mungkin $ 500.000 telah ditandatangani antara tahun 1860 dan 1867. Banyak perbedaan terjadi antara O'Mahony dan James Stephens dan Dewan Pusat terkait kebijakan yang harus diikuti untuk mencapai tujuan mereka, tetapi O'Mahony tetap menjadi presiden organisasi selama beberapa tahun. Dia tidak mengambil bagian secara pribadi dalam upaya pemberontakan di Irlandia atau dalam serangan di Kanada
, meskipun nasehatnya banyak dihitung di perusahaan-perusahaan ini.