Muzzi bergabung dengan Udinese selama musim 1999-2000 dan menghabiskan empat musim lagi dengan "zebrette"; total, ia bermain 103 pertandingan untuk klub, mencetak 39 gol, memenangkan Piala UEFA Intertoto 2000, yang memungkinkan tim Friuli lolos ke Piala UEFA musim berikutnya. Dia kemudian kembali ke Roma untuk bergabung dengan Lazio untuk musim 2003-04; meskipun dia bukan anggota tim utama reguler, penampilannya sering terbukti menentukan di lapangan, seperti yang ditunjukkan oleh golnya yang memungkinkan Lazio untuk menghindari degradasi selama musim 2004-05; selama waktunya dengan klub, ia memenangkan 2003-04 Coppa Italia, juga mencapai semifinal Piala UEFA 2003-04, tetapi terlewat dari Supercoppa Italiana 2004.
ke Milan. Pada bulan September 2005, ia bergabung dengan tim Serie B Torino, dan merupakan salah satu protagonis dalam "granata" kembali ke papan atas. Musim kedua dengan Torino, sekarang di Serie A, Muzzi hanya mencetak 3 gol.