San Andreas Fault menyebabkan gempa bumi pada tahun 1906 dan 1989. Gempa bumi kecil terjadi secara teratur. Ancaman gempa bumi besar memainkan peran besar dalam pembangunan infrastruktur kota. Kota ini membangun sistem pasokan air tambahan dan telah berulang kali meningkatkan kode bangunannya, membutuhkan perbaikan untuk bangunan yang lebih tua dan standar rekayasa yang lebih tinggi untuk konstruksi baru. Namun, masih ada ribuan bangunan kecil yang tetap rentan terhadap kerusakan gempa. USGS telah merilis model perkiraan gempa bumi California yang memprediksi terjadinya gempa bumi di California. Jalur pantai San Francisco telah tumbuh melampaui batas alaminya.
bahan yang digali dari teluk serta bahan yang dihasilkan dari penggalian Terowongan Yerba Buena