Pada 3 November 2019, Niko Kovač meninggalkan Bayern Munich dengan persetujuan bersama setelah kalah 5-1 dari Eintracht Frankfurt, asistennya Hansi Flick, dipromosikan sebagai pelatih sementara. Pada pertandingan pertamanya, Bayern mengalahkan Olympiakos 2-0 di babak penyisihan grup Liga Champions UEFA pada 6 November 2019. Pada April 2020, Bayern Munich menunjuk Flick sebagai pelatih permanen dengan kontrak hingga 2023. Flick berhasil membimbing Bayern untuk memenangkan Bundesliga, DFB-Pokal dan UEFA Champions League, sehingga menyelesaikan treble kontinental untuk kedua kalinya dalam sejarah klub, musim berikutnya, ia memimpin Bayern untuk memenangkan Piala Super UEFA 2020.
Melawan Sevilla. Dia juga memimpin Bayern untuk memenangkan enam kali ganda pertamanya setelah memenangkan Piala Dunia Klub pada Februari 2021 dengan mengalahkan tim Meksiko Tigres.