Menulis kelanjutan untuk paragraf ini - Pada bulan September 1796, Johnston ditunjuk sebagai aide-de-camp untuk Gubernur John Hunter, dan pada tahun 1800 menerima gelar brevetnya sebagai mayor. Pada tahun yang sama Johnston ditangkap oleh Letnan Gubernur William Paterson atas tuduhan "membayar minuman keras kepada seorang sersan sebagai bagian dari gajinya" dan ketidakpatuhan terhadap perintah. Johnston keberatan untuk diadili oleh pengadilan militer di koloni, dan Hunter mengirimnya ke Inggris. Di sana, kesulitan dalam melakukan persidangan dengan saksi di Australia menyebabkan prosesnya dihentikan, dan Johnston kembali ke New South Wales pada tahun 1802. Pada tahun 1803 Johnston mengambil komando sementara Korps New South Wales selama penyakit Paterson, dan menjadi terlibat dalam konflik antara Raja dan militer. Pada bulan Maret 1804 ia bertindak dengan keputusan ketika di komando militer dikirim terhadap beberapa narapidana yang telah memberontak di Castle Hill
Aku tahu. Ketika Paterson dikirim ke Port Dalrymple, Johnston menjadi komandan Korps New South Wales.