Pada tanggal 27 Januari 2015 juara Swedia Malmö FF mengumumkan bahwa mereka telah menandatangani Yotún dengan kontrak tiga tahun. Dia tiba di Malmö sebagai bek kiri, di mana ia bermain untuk musim 2015. Setelah menjadi pilihan ketiga yang tertinggal di belakang baru tiba Behrang Safari dan Pa Konate selama musim 2016
, Yotún dimainkan di berbagai posisi gelandang, di mana ia unggul. Yotún muncul sebagai pemain kunci selama paruh pertama musim 2017, dan terpilih sebagai pemain Malmö FF bulan ini oleh para pendukung pada bulan Juli.