Dia mengejar Pompey ke Alexandria, di mana Pompey dibunuh oleh seorang mantan perwira Romawi yang melayani di istana Raja Ptolemy XIII. Caesar kemudian terlibat dalam perang saudara Aleksandria antara Ptolemy dan saudara perempuannya, istri, dan ratu co-regent, Firaun Cleopatra VII. Mungkin sebagai akibat dari peran Ptolemy dalam pembunuhan Pompey, Caesar berpihak pada Cleopatra; ia dilaporkan telah menangis ketika melihat kepala Pompey, yang ditawarkan kepadanya oleh chamberlain Ptolemy Pothinus sebagai hadiah. Bagaimanapun juga, Caesar bertahan dari pengepungan Alexandria
dan terakhir ia mengalahkan pasukan Ptolemaic pada tahun 47 SM dalam Pertempuran Sungai Nil dan dipasang Cleopatra sebagai penguasa. Caesar dan Cleopatra merayakan kemenangan mereka atas perang saudara Aleksandria dengan prosesi kemenangan di Sungai Nil pada musim semi tahun 47 SM. Kapal barge kerajaan disertai oleh 400 kapal tambahan, memperkenalkan Caesar ke gaya hidup mewah para firaun Mesir.