Dua peneliti, Chris Bennett (1996) dan David Peters (2000), telah menemukan pterosaurus sebagai protorosaurus atau terkait erat dengan mereka. Peters menggunakan teknik yang disebut DGS, yang melibatkan penerapan fitur pelacakan digital dari perangkat lunak pengeditan foto ke gambar fosil pterosaurus. Bennett hanya memulihkan pterosaurus sebagai kerabat dekat dari protorosaurus setelah menghapus karakteristik anggota belakang dari analisisnya, dalam upaya untuk menguji gagasan bahwa karakter ini adalah hasil evolusi konvergen antara pterosaurus dan dinosaurus. Namun, analisis berikutnya oleh Dave Hone dan Michael Benton (2007) tidak dapat mereproduksi hasil ini. Hone dan Benton menemukan pterosaurus terkait erat dengan dinosaurus bahkan tanpa anggota belakang. Mereka juga mengkritik studi sebelumnya oleh David, yang menimbulkan pertanyaan tentang apakah ada bukti utama untuk menafsirkan bahwa pterosaurus adalah akses ke fosil pterosaurus.
kelompok saudara dari Scleromochlus atau berada di antara itu dan Lagosuchus pada pohon keluarga ornithodiran