Tulis kelanjutan untuk paragraf ini - Keluarga Bačkis di Lithuania dianiaya oleh Soviet; saudaranya Juozas dideportasi ke Siberia
Juni 1941 di mana ia meninggal setahun kemudian. Klimas ditangkap oleh Gestapo pada bulan September 1943 yang meninggalkan diplomat senior Bačkis di Prancis. Pada tahun yang sama, Bačkis membela tesis PhD-nya tentang Concordat Lithuania (diterbitkan dalam bahasa Lithuania pada tahun 2007). Setelah perang, Prancis tidak secara resmi mengakui layanan diplomatik Lithuania, Latvia, atau Estonia, tetapi mengizinkan mereka untuk berfungsi secara tidak resmi. Bačkis terus mendidik berbagai pejabat tentang pendudukan Lithuania dan melobi untuk tidak mengakui SSR Lithuania untuk memastikan kontinuitas negara. Ia juga menerbitkan buletin informasi tentang urusan Lithuania (termasuk 33 edisi "Questions Lithuaniennes", 8 edisi "Bulletin Lithuanien", dan buku "Peuples opprimés. La tragédie des Etats Baltes"), membantu pengungsi Lithuania, dll. Pada tahun 1948, Bačkis melakukan kontak dengan Juozas Lukša, seorang partisan anti-Soviet yang berhasil melarikan diri dari Tirai Besi, dan membantunya menyebarkan informasi tentang perjuangan bersenjata. Pada tahun 1949, Komite untuk Negara-negara Eropa Tengah dan Timur, yang dipimpin oleh anggota parlemen Inggris Harold Macmillan dan mewakili berbagai negara Blok Timur, didirikan oleh Gerakan Eropa. Bačkis menjadi wakil ketua Komite pada tahun 1951. Ia juga merupakan perwakilan Lithuania untuk Union of European Federalists, bergabung dengan Nouvelles équipes internationales (Tim Internasional Baru), dan Assembly of Captive European Nations. Bačkis juga mendesak pembentukan kembali Lithuanian Catholic Academy of Science dan secara aktif mempresentasikan makalah penelitian di sesi-sesinya. Pada tahun 1950, ia dianugerahi Ordo St. Gregory the Great oleh Vatikan.