Setelah Palpatine menunjuk dirinya sebagai kaisar seumur hidup, Obi-Wan memberi tahu Padmé bahwa suaminya telah beralih ke sisi gelap dan membunuh semua orang di Kuil Jedi. Tidak dapat mempercayai ini, Padmé melakukan perjalanan ke planet vulkanik Mustafar (dengan Obi-Wan sebagai stowaway di atas kapalnya). Padmé memohon pada Vader untuk melarikan diri dari cengkeraman Palpatine dan melarikan diri bersamanya, tetapi Vader bersikeras bahwa, bersama-sama, mereka dapat menggulingkan Palpatine dan memerintah galaksi. Padmé mundur dengan ketakutan, tetapi masih mencoba membujuknya untuk meninggalkan sisi gelap. Ketika Obi-Wan muncul dari kapalnya, Padmé menuduh Padmé mengkhianati dan menggunakan Force Vader untuk mencekiknya.
Padmé