Setelah mengalami percobaan yang tidak berhasil dengan Barcelona pada usia 15, Balotelli ditandatangani oleh Inter Milan pada tahun 2006 dengan pinjaman dengan harga yang telah ditetapkan sebesar € 150.000 untuk menjadi pemilik bersama pemain. Pada bulan Juni 2007, Inter menggunakan opsi dan membeli setengah lainnya untuk tambahan € 190.000. Pada 8 November 2007, sebagai bagian dari perayaan ulang tahun ke-150 Sheffield FC, Balotelli tampil dalam pertandingan persahabatan antara kedua belah pihak di Sheffield United's Bramall Lane. Pertandingan berakhir 5-2 untuk Inter, dengan Balotelli mencetak dua gol. Dia membuat debut tim utama dan Serie A pada 16 Desember 2007, menggantikan David Suazo dalam kemenangan 2-0 melawan Cagliari. Tiga hari kemudian, ia tampil di starting lineup dalam pertandingan Coppa Italia melawan Reggina, mencetak dua gol dalam kemenangan 4-1. Balotelli mendapatkan perhatian nasional setelah ia mencetak dua gol melawan Juventus di leg kedua perempat final Coppa Italia, menjadi instrumen dalam kemenangan 3-2 untuk Inter. Gol pertamanya di Serie A kemudian datang pada bulan April 2008 dalam kemenangan tandang 2-0 melawan Atalanta. Inter melanjutkan untuk memenangkan 2007-08 Serie A. Balotelli adalah pemain pengganti di 2008
Supercoppa Italiana final melawan Roma, masuk sebagai pengganti Luís Figo dan mencetak gol di menit ke-83. Inter melanjutkan untuk memenangkan final 6 <unk> 5 pada penalti setelah pertandingan berakhir 2 <unk> 2.