Setelah menerima gelar Juris Doctor pada tahun 1973 dari University of Virginia School of Law, Mueller bekerja sebagai litigator di firma hukum Pillsbury, Madison dan Sutro di San Francisco sampai tahun 1976. Ia kemudian menjabat selama 12 tahun di kantor Kejaksaan Amerika Serikat. Ia pertama kali bekerja di kantor Kejaksaan AS untuk Distrik Utara California di San Francisco, di mana ia naik menjadi kepala divisi kriminal, dan pada tahun 1982, ia pindah ke Boston untuk bekerja di kantor Kejaksaan AS untuk Massachusetts sebagai Asisten Kejaksaan Amerika Serikat, di mana ia menyelidiki dan menuntut kasus-kasus penipuan keuangan besar, terorisme dan korupsi publik, serta konspirasi narkotika dan pencucian uang internasional. Setelah menjabat sebagai mitra di firma hukum Boston dan Barlow Hill, Mueller bekerja sebagai litigator di pemerintahan. Pada tahun 1991, ia kembali ke Departemen Kehakiman Amerika Serikat sejak tahun 1991, Mueller menjabat sebagai asisten Jaksa Agung untuk Departemen Kehakiman untuk Distrik Utara California di San Francisco, di mana ia naik menjadi kepala divisi kriminal, dan pada tahun 1993, ia menjadi asisten kepala litigator untuk Departemen Kehakiman Amerika Serikat untuk Departemen Hukum, di mana ia menjabat sebagai penasihat umum untuk Departemen Hukum, termasuk James Baker
Fakultas Hukum Universitas Virginia