Fontaine memainkan pertandingan terakhirnya pada bulan Juli 1962, dipaksa untuk pensiun lebih awal (28 tahun dan 11 bulan) karena cedera berulang. Dia sempat melatih tim nasional Prancis pada tahun 1967, tetapi diganti setelah hanya dua pertandingan, kedua pertandingan persahabatan yang berakhir dengan kekalahan. Sebagai pelatih Maroko, ia memimpin Atlas Lions ke tempat ketiga di Piala Afrika 1980.
, mengawasi munculnya pemain seperti Badou Zaki, Mohammed Timoumi dan Aziz Bouderbala. Maroko mencapai tahap akhir kualifikasi Piala Dunia 1982 tetapi dikalahkan oleh Kamerun.