Sekretariat adalah staf layanan profesional dan umum IAEA. Sekretariat dipimpin oleh Direktur Jenderal. Direktur Jenderal bertanggung jawab untuk penegakan tindakan yang disahkan oleh Dewan Gubernur dan Konferensi Umum. Direktur Jenderal dipilih oleh Dewan dan disetujui oleh Konferensi Umum untuk masa jabatan empat tahun yang dapat diperbarui. Direktur Jenderal mengawasi enam departemen yang melakukan pekerjaan aktual dalam melaksanakan kebijakan IAEA: Energi Nuklir, Keselamatan dan Keamanan Nuklir, Ilmu dan Aplikasi Nuklir, Perlindungan, Kerjasama Teknis, dan Manajemen. Pertanyaan: Siapa yang mengawasi kantor sekretaris?
Direktur Jenderal