Ma dipindahkan bersama saudaranya Ma Fulu dan beberapa sepupunya sebagai perwira di bawah Jenderal Dong Fuxiang ke Beijing pada tahun 1898. Selama Pemberontakan Boxer, pasukan Muslim dikenal sebagai "Kansu Braves" dan bertempur melawan Aliansi Delapan Bangsa. Ma Fuxiang membunuh banyak orang asing dalam pertempuran. Ma memimpin serangan kavaleri terhadap tentara Aliansi Delapan Bangsa asing di Pertempuran Langfang, mengalahkan mereka dan memaksa orang Eropa untuk melarikan diri. Dia dan Ma Fulu secara pribadi merencanakan dan memimpin serangan, mengepung pasukan asing dengan gerakan pincer. Invasi asing di Beijing tergelincir oleh upaya mereka selama sebulan lagi. Pasukan Muslim terlibat dalam pertempuran sengit di Gerbang Zhengyang di Beijing. Ma Fulu, dan empat sepupunya tewas dalam aksi pada tahun 1900 di Beijing selama Pertempuran Peking (1900)
, total seratus tentara dari kampung halamannya tewas dalam pertempuran di Zhengyang. Dia telah memerintahkan brigade, dan Ma Fuxiang mengambil alih posisi setelah kematian saudaranya. Untuk sisa Pemberontakan Boxer, unitnya terlibat dalam Pengepungan Legasi Internasional (Pemberontakan Boxer). Dia mengantar keluarga kekaisaran ke Xi'an.