Tulis kelanjutan untuk paragraf ini - Tak lama setelah pembentukan markas, ekspedisi dihapus dari judulnya karena alasan keamanan operasional. Setelah mengawasi kampanye di Tunisia, invasi Sisilia
dan invasi Italia dan tahap awal Kampanye Italia, Eisenhower meninggalkan AFHQ dan kembali ke Inggris pada akhir 1943 untuk mengambil alih komando pasukan yang berkumpul untuk Operasi Overlord, nama kode untuk pendaratan Sekutu di Prancis Utara. Dia digantikan di AFHQ oleh Field Marshal Sir Henry M. Wilson. Judul Wilson menjadi Komandan Tertinggi, Teater Operasi Mediterania, dan Pasukan Amerika kemudian berada di bawah Letnan Jenderal Jacob L. Devers, yang telah menjadi Komandan Jenderal, ETO sejak Mei 1943. Dengan demikian, Wilson menjalankan kontrol strategis atas kampanye di Italia. Dia sangat menganjurkan invasi Jerman melalui dataran Danube (bukan Operasi Dragoon, nama kode untuk invasi Sekutu di Prancis Selatan), tetapi ini tidak terjadi karena Angkatan Darat Sekutu di Italia (AAI) terus melemah untuk mendukung teater perang lainnya. Wilson berada di komando selama kurang dari setahun, sampai ia dikirim ke Washington pada bulan Desember 1944 sebagai kepala Misi Staf Gabungan Inggris. Wilson digantikan oleh Field Marshal Sir Harold Alexander yang merupakan Komandan Tertinggi dan komandan AFHQ sampai akhir perang.