Pada bulan Desember 1941, sekolah ini ditangguhkan karena invasi Jepang ke Malaya
dan dibuka kembali pada tahun 1945 setelah pendudukan Jepang di Malaya. Pada saat itu, lembaga bekerja secara menyeluruh. Sekolah Dasar Jit Sin dan beberapa sekolah lainnya berada di bawah istilah umum institusi, Chung Hwa School ((中华学校), yang memiliki beberapa sekolah di lokasi lain di sebuah wilayah. Untuk Sekolah Dasar Jit Sin, itu terletak di pabrik paket susu di Aston Road, yang berada di belakang bangunan Asosiasi Han Chiang. Karena kekurangan pendidikan selama masa perang, pendidikan yang diberikan gratis dan jumlah siswa sangat besar. Untuk kampus cabang Jit Sin ada lebih dari 1000 siswa. Pada akhir tahun 1945, sekolah kembali ke mode aslinya. Sekolah Dasar Jit Sin secara resmi dibuka kembali pada tahun 1946.