Pada tanggal 7 Maret 2008, ketika Goto berusia 17 tahun, ia memulai debutnya untuk tim nasional Jepang melawan Kanada. Pada bulan November, ia terpilih sebagai tim nasional U-20 Jepang untuk Piala Dunia U-20 2008. Dia juga merupakan anggota untuk Piala Dunia U-20 2010
Aku tahu. Pada bulan September 2013, ia terpilih kembali menjadi tim nasional Jepang. Dia bermain di Piala Asia 2014 dan Jepang memenangkan kejuaraan. Dia bermain 7 pertandingan dan mencetak 2 gol untuk Jepang sampai 2014.