Kedatangan manajer baru Julen Lopetegui pada Agustus 2018 membuat Modrić kembali ke tim utama sebagai pengganti karena kurangnya pelatihan pra-musim setelah Piala Dunia 2018. Ini termasuk penampilan pengganti dalam kekalahan 2-4 timnya setelah perpanjangan waktu melawan Atlético Madrid di Piala Super UEFA
Aku tahu. Awal musim pertamanya datang pada 1 September dalam kemenangan kandang 4-1 melawan Leganés, di mana ia membantu gol ketiga timnya, yang dicetak oleh Karim Benzema. Penampilannya yang ke-100 dalam kompetisi klub UEFA datang pada 19 September dalam kemenangan kandang 3-0 melawan Roma, di mana ia membantu gol kedua, yang dicetak oleh Gareth Bale. Pada 22 Desember, Modrić memenangkan Piala Dunia Klub FIFA ketiga, mencetak gol pertama dan membantu untuk ketiga di final melawan Al Ain. Pada tanggal 13 dan 19 Januari 2019, Modrić untuk pertama kalinya mencetak gol dalam dua pertandingan liga berturut-turut untuk Real Madrid, dalam kemenangan 1-2 tandang melawan Real Betis dan kemenangan 2-0 di kandang melawan Sevilla. Pada bulan yang sama dimasukkan ke dalam Tim UEFA of the Year (2018) untuk ketiga kalinya dalam karirnya. Dari 27 Februari hingga 5 Maret, Modrić mengalami apa yang ia gambarkan sebagai "minggu tersulit dalam kehidupan sepak bolanya", dengan Real Madrid kalah dari Barcelona dua kali dan Ajax dan tersingkir dari Copa del Rey, perburuan gelar dan Liga Champions, masing-masing. Meskipun memiliki musim yang kurang memuaskan, untuk kelima kalinya berturut-turut ia dimasukkan ke dalam FIFA FIFPro World XI.