Tulis kelanjutan untuk paragraf ini - Meskipun pendukung William mendominasi pemerintahan, tetap ada pengikut yang signifikan untuk James, terutama di Highlands. Penyebabnya, yang dikenal sebagai Jacobitisme, dari bahasa Latin (Jacobus) untuk James, menyebabkan serangkaian pemberontakan. Upaya militer Jacobite awal dipimpin oleh John Graham, sekarang Viscount Dundee. Pasukannya, hampir semua orang Highlanders, mengalahkan pasukan William di Pertempuran Killiecrankie
pada tahun 1689, tapi mereka mengalami kerugian besar dan Dundee terbunuh dalam pertempuran. Tanpa kepemimpinannya, pasukan Jacobite segera dikalahkan di Pertempuran Dunkeld. Kekalahan lengkap James di Irlandia oleh William di Pertempuran Aughrim (1691), mengakhiri fase pertama dari upaya militer Jacobite. Setelah kekalahan Jacobite pada tanggal 13 Februari 1692 dalam insiden yang dikenal sebagai Pembantaian Glencoe, 38 anggota Klan MacDonald dari Glencoe dibunuh oleh anggota Earl of Argyll's Regiment of Foot, yang telah menerima keramahan mereka, dengan alasan bahwa mereka tidak cepat berjanji setia kepada raja-raja baru.