Delapan tahun setelah berkompetisi di Olimpiade terakhirnya, Ndjissipou lolos ke tim Afrika Tengah untuk ketiga kalinya, sebagai pria berusia 31 tahun, dalam maraton pria.
di Olimpiade Musim Panas 2004 di Athena dengan menerima tempat dari Kejuaraan Dunia IAAF di Paris. Dia menyelesaikan balapan dengan waktu empat puluh empat tempat di 2:21:23, tertinggal di belakang pelari Italia dan peraih medali emas Stefano Baldini dan Vanderlei de Lima dari Brasil (yang balapannya telah ditenggelamkan dan didorong oleh pengunjuk rasa Irlandia Cornelius Horan) dengan perkiraan sepuluh detik. Membangun tonggak sejarahnya sendiri sebagai atlet Olimpiade tiga kali, Ndjissipou ditunjuk oleh Komite Olimpiade Nasional (NOC) untuk membawa bendera Afrika Tengah dalam upacara pembukaan.