Setelah enam tahun bertugas aktif, termasuk sebagai perwira polisi militer, Hatton bergabung dengan FBI di New Orleans pada tahun 1985, dan bekerja sebentar di sebuah kantor kecil di Louisiana. Pada tahun 1991, ia ditugaskan ke New York City sebagai anggota tim investigasi yang bekerja pada kasus perampokan bank. Pekerjaan utama Leonard Hatton adalah seorang spesialis FBI dalam bahan peledak dan pemulihan bukti, di mana ia bekerja sampai kematiannya. Selain memecahkan sejumlah perampokan bank dan kasus penculikan profil tinggi, ia menyelidiki serangan teroris internasional seperti 1993 World Trade Center pemboman, 1998 Amerika Serikat pemboman kedutaan, dan 2000 USS Cole pemboman
Aku tahu. Tiga bulan sebelum serangan 11 September, ia telah bersaksi dalam persidangan seorang pengikut kelompok teroris Islam al-Qaeda.