Pada tanggal 17 Maret 2003, Que ditangkap lagi setelah ia menulis serangkaian artikel tentang sensor media Vietnam, dengan rezim menuduhnya "spionase". Pada tanggal 29 Januari 2004, Pengadilan Rakyat Ho Chi Minh menemukan dia bersalah karena "menggunakan hak-hak demokratis untuk membahayakan kepentingan negara, dan hak-hak dan kepentingan yang sah dari organisasi sosial dan warga negara" dan dijatuhi hukuman penjara 30 bulan. Pada tanggal 22 September 2004, Que diam-diam dikirim ke kamp kerja keras (g) di Provinsi Thanh Hoa. Namun, ia diberikan amnesti pada tanggal 31 Januari 2005 untuk Tết, para pekerja Vietnam yang ditahan, bersama dengan para pembangkang lain, Nguyen Ly, Nguyen Ba Dinh, dan Nguyen Ba Huynh. Pada tanggal 6 Maret 2012, Presiden Amerika Serikat, Barack Obama, melaporkan bahwa ia telah ditangkap oleh pemerintah Vietnam untuk melakukan serangan terhadap kamp tahanan dan menyebarkan dokumen-dokumen yang bertentangan dengan demokrasi.
Apa yang