Tulis kelanjutan untuk paragraf ini - Adam Stanislaus Krasinski diusir dari keuskupan sebagai akibat dari Pemberontakan 1863
, namun tetap terus memerintah keuskupan sampai 1883, ketika ia mundur ke Kraków. Penggantinya, Charles Hrynieweki, diasingkan ke Jaroslav setelah dua tahun menjadi uskup, dan pada tahun 1890 mengundurkan diri dan mundur ke Galicia. Selama pengasingan Ludovic Zdanowicz memerintah keuskupan sebagai wakil patriark. Pada tahun 1890, Anthony Francis Audziewicz, seorang kanon dari Saint Petersburg dan seorang teolog terpelajar, diangkat menjadi Uskup Vilnius. Dia meninggal pada tahun 1895; keuskupan kemudian diperintah oleh Louis Zdanowicz, Uskup tituler Dionysias. Pada tahun 1897 Kanon Stephen Alexander Zwerowicz berhasil, dan dipindahkan pada tahun 1902 ke Sandomir. Tempatnya diambil oleh Baron Edward Ropp, yang mulai mengorganisir gerakan Katolik di keuskupan, sehingga menimbulkan permusuhan Pemerintah Rusia. Uskup Ropp dibuang ke Pskov, keuskupan dipercayakan kepada Casimir Nicholas Michalkiewicz sebagai administrator Apostolik.