Pada tahun yang sama, ia bergabung dengan angkatan laut dalam Perang Konfederasi
di atas korvet "Libertad", yang menangkap "Socabaya", yang ditinggalkan di bawah komando nya. Setelah kembali ke Chili, ia dipromosikan menjadi kapten. Karena jasanya yang luar biasa dalam Pertempuran Casma, ia menerima medali dari gubernur Chili. Ia memimpin ketch "Magallanes" pada tahun 1846 dan kapal uap "Cazador" dari tahun 1851 hingga 1856, yang tenggelam dalam salah satu bencana laut terburuk di Chili.