Setelah insiden penembakan di sebuah gereja bersejarah Afrika-Amerika di Charleston
Pada tanggal 17 Juni 2015, Graham membatalkan semua acara kampanye untuk kembali ke South Carolina. Menanggapi pertanyaan dari pers mengenai seruan dari beberapa orang untuk menghapus bendera Konfederasi di sebuah peringatan perang di lapangan Capitol Negara Bagian South Carolina, Graham mengatakan, "Yah, pada akhirnya sudah waktunya bagi orang-orang di South Carolina untuk meninjau kembali keputusan itu. [Itu] tidak apa-apa bagiku, tetapi ini adalah bagian dari diri kita". Dia melanjutkan, "Bendera mewakili bagi beberapa orang perang saudara, dan itu adalah simbol dari satu sisi. Bagi orang lain itu adalah simbol rasis, dan itu telah digunakan oleh orang-orang - itu telah digunakan dengan cara rasis. " Tentang penembak yang bertanggung jawab atas insiden itu, Graham berkata, "Kami tidak akan memberi orang ini alasan tentang buku yang mungkin dia baca, atau film yang dia tonton, atau lagu yang dia dengarkan, atau simbol di mana saja. Ini dia... bukan bendera. "