Setelah dibebaskan, Allen kembali ke New Hampshire Grants yang telah menyatakan kemerdekaan pada tahun 1777, dan ia melanjutkan aktivitas politik di wilayah itu, terus perlawanan terhadap upaya New York untuk menegaskan kontrol atas wilayah tersebut. Allen melobi Kongres
untuk pengakuan resmi negara bagian Vermont, dan ia berpartisipasi dalam negosiasi kontroversial dengan Inggris atas kemungkinan Vermont menjadi provinsi Inggris yang terpisah.