Ketika Raja Henry IV meninggal pada tahun 1474, Isabella menyatakan dirinya sebagai ratu pengganti, memperdebatkan hak Juana la Beltraneja (putri raja berusia 13 tahun dan keponakannya) untuk naik takhta. Selama perang saudara berikutnya
antara pengikut Isabella dan Juana, ada juga konflik dengan Portugal karena Raja Alfonso V dari Portugal berpihak pada keponakannya Juana. Gonzalo berjuang untuk Isabella di bawah Alonso de Cárdenas, grand master Ordo Santiago. Pada tahun 1479 ia berperang dalam pertempuran terakhir melawan Portugis memimpin 120 penembak tombak. Cárdenas memujinya untuk layanannya. Ketika perang berakhir, Isabella dan suaminya Ferdinand adalah penguasa Kastilia dan Aragon.