Thomas diperdagangkan ke New York Islanders pada tanggal 7 Februari 2013, dengan imbalan pilihan babak kedua yang bersyarat pada tahun 2014
atau 2015. Sebelum perdagangan, Bruins telah ditangguhkan Thomas karena tidak melaporkan ke kamp pelatihan. Thomas tidak bermain dengan organisasi Islanders sebelum kontraknya berakhir.