Pulau ini dinamakan menurut versi bahasa Spanyol dari seorang Laksamana Galicia yang bertugas di Portugal (Xoán da Nova atau de Novoa dalam bahasa Galicia; João da Nova dalam bahasa Portugis) yang datang ke pulau ini pada tahun 1501. Pulau ini tidak pernah dihuni ketika menjadi milik Prancis pada tahun 1897. Pada tahun 1921, Prancis memutuskan untuk memindahkan administrasi Juan de Nova dari Paris ke Tananarive di koloni Madagaskar dan Dependensi. Sebelum kemerdekaan Madagaskar, Prancis memindahkan administrasi ke Saint-Pierre di Pulau Réunion. Madagaskar merdeka pada tahun 1960 dan mengklaim kedaulatan atas pulau ini sejak tahun 1972.
Tahun 1960