Banyak klasifikasi yang lebih baru mencoba untuk menyajikan kelompok monofiletik berdasarkan informasi morfologi (terutama ultrastruktur), biokimia (kemotaxonomi) dan urutan DNA (penelitian molekuler). Namun, kadang-kadang ada ketidakselarasan antara penyelidikan molekuler dan morfologi; ini dapat dikategorikan menjadi dua jenis: (i) satu morfologi, beberapa garis keturunan (misalnya konvergensi morfologi, spesies kriptik) dan (ii) satu garis keturunan, beberapa morfologi (misalnya plastisitas fenotipik, beberapa tahap siklus hidup). Karena protista secara keseluruhan adalah sistem parafiletik, seringkali lebih mudah untuk menyingkirkan atau memecah kerajaan, alih-alih memperlakukan kelompok monofiletik sebagai garis eukotis yang terpisah.
tidak monofiletik