Ubaydallah's rule over Egypt pada awalnya dipertanyakan oleh pemerintah pusat Abbasiyah, yang masih mencoba untuk pulih dari hilangnya otoritas yang telah ditanggung karena perang saudara
antara para khalifah saingan al-Amin dan al-Ma'mun pada tahun 811-813, dan tak lama setelah naik takhta ia terpaksa berurusan dengan invasi oleh Khalid ibn Yazid al-Shaybani, yang telah didelegasikan oleh al-Ma'mun untuk merebut komando negara. Ubaydallah memutuskan untuk menawarkan perlawanan, dan bahkan dengan Ibn al-Jarawi memberikan bantuan kepada Khalid ia mampu memenangkan pertempuran melawan yang terakhir di pinggiran Fustat. Selama beberapa bulan berikutnya kedua belah pihak bertempur beberapa kali; akhirnya Ibn al-Jarawi menarik dukungannya dan posisi Khalid menjadi sangat terdegradasi, dan pada awal 823 ia akhirnya dikalahkan dan ditangkap oleh Ubaydallah. Setelah menguasai Fustat, Ubaydallah kembali ke ibukota dan kemudian membebaskan Khalid, yang memungkinkannya untuk mundur dari provinsi ke Mekah.