Scott adalah anggota pertama dari kelompok ketiga astronot, yang seleksi diumumkan pada tanggal 18 Oktober 1963, untuk menerima penugasan kru utama. Lihat ditunjuk untuk memimpin Gemini 9. Sejak saat itu, setiap Gemini diperintahkan oleh anggota kelompok Armstrong, dengan anggota kelompok Scott sebagai pilot. Conrad akan menjadi cadangan Armstrong kali ini, dan Richard F. Gordon Jr. pilotnya. Armstrong menjadi warga sipil Amerika pertama di ruang angkasa. (Valentina Tereshkova dari Uni Soviet telah menjadi warga sipil pertama dan wanita pertama yang menumpang pesawat Vostok tiga tahun sebelumnya ketika ia diluncurkan pada tanggal 6 Juni 1963. Namun Slayton menunjuk David Scott sebagai pilot Gemini 8.
kendaraan target tanpa awak Agena