Setelah tiga musim penuh dengan Panthers, dia ditukarkan ke Calgary Flames pada 8 Maret 2004, untuk putaran kedua draft
(digunakan untuk memilih David Booth). Dalam kesempatan pertamanya untuk bermain di playoff Piala Stanley, Nilson mencapai final dan mencatat 11 poin dalam 26 pertandingan playoff. Dia akan bermain selama tiga tahun lagi dengan Calgary.