Maguire telah sadar sejak usia 19 tahun setelah mengalami "suatu kesulitan" dengan alkohol di akhir masa remajanya. Maguire bertemu dengan perancang perhiasan Jennifer Meyer pada tahun 2003 saat dia sedang syuting film Seabiscuit di Universal Studios, dan mereka bertunangan pada bulan April 2006. Putri mereka lahir pada bulan November 2006. Maguire dan Meyer menikah pada tanggal 3 September 2007, di Hawaii. Anak kedua mereka, seorang anak laki-laki, lahir pada bulan Mei 2009. Pada tanggal 18 Oktober 2016, pasangan itu secara resmi mengumumkan perceraian mereka setelah sembilan tahun.
Kona, Hawaii