Setelah ditolak untuk beberapa promosi (untuk asisten direktur yang bertanggung jawab atas keamanan nasional pada tahun 1999 dan kepala kantor FBI di New York pada awal tahun 2000), O'Neill senang untuk ditugaskan sebagai komandan investigasi FBI ke USS "Cole" pemboman
Pada bulan Oktober 2000. Namun, setelah tiba di Yaman, ia mengeluh tentang keamanan yang tidak memadai. Saat timnya menyelidiki, O'Neill berkonflik dengan Barbara Bodine, duta besar AS di Yaman. Keduanya memiliki pandangan yang sangat berbeda tentang bagaimana menangani pencarian properti Yaman, dan wawancara dengan warga dan pejabat pemerintah, dan mereka hanya semakin terpisah seiring berjalannya waktu.