Setelah lulus pada bulan September 1864, Nietzsche memulai studi teologi dan filologi klasik di Universitas Bonn dengan harapan menjadi seorang menteri. Untuk waktu yang singkat ia dan Deussen menjadi anggota Burschenschaft Frankonia. Setelah satu semester (dan kemarahan ibunya), ia menghentikan studi teologinya dan kehilangan imannya. Pada awal esainya tahun 1862 "Takdir dan Sejarah", Nietzsche berpendapat bahwa penelitian historis telah mendiskreditkan ajaran sentral Kekristenan, tetapi David Strauss mengenai Kehidupan Yesus juga tampaknya memiliki efek mendalam pada pemuda itu. Selain itu, The Essence of Christianity karya Ludwig Feuerbach mempengaruhi Nietzsche muda dengan argumennya bahwa Tuhan menciptakan orang-orang, dan bukan sebaliknya. Pada Juni 1865, pada usia 20, Nietzsche menulis kepada saudaranya Elisabeth, yang sangat religius, surat yang berisi pernyataan berikut tentang hilangnya imannya. Ketika Nietzsche selesai sekolah, ia menulis:
September 1864