Dengan terciptanya Republik Cisalpine di bawah pendudukan Napoleon, Giovanni dinobatkan sebagai salah satu direktur pemerintah baru. Tapi perselisihan dengan Jenderal Brune menyebabkan pemecatannya. Dengan kembalinya pemerintahan Hapsburg, ia dipenjara di Benteng Cattaro. Setelah Pertempuran Marengo
, dan kekalahan Austria, ia dipanggil kembali ke pemerintah. Ia memegang berbagai posisi, termasuk presiden Senat pada tahun 1809, 1811, dan 1812. Dia mendukung tujuan Napoleon untuk mengklaim gelar raja Italia, dan sebagai hadiah diberikan gelar count, dan penghargaan dari Iron Crown dan Legion of Honor. Ia melobi tanpa berhasil untuk memiliki Eugène de Beauharnais yang dinobatkan sebagai raja republik Italia Utara. Dengan jatuhnya Napoleon, penghasilan utamanya adalah mengajar matematika.