Setelah Adolf Hitler berkuasa, mendirikan Reich Ketiga, Deutsche Bank memecat tiga anggota direksi Yahudi pada tahun 1933. Pada tahun-tahun berikutnya, Deutsche Bank mengambil bagian dalam aryanisasi bisnis milik Yahudi; menurut sejarawan sendiri, bank terlibat dalam 363 penyitaan tersebut pada bulan November 1938. Selama perang, Deutsche Bank menggabungkan bank-bank lain yang jatuh ke tangan Jerman selama pendudukan Eropa Timur. Deutsche Bank menyediakan fasilitas perbankan untuk Gestapo dan meminjamkan dana yang digunakan untuk membangun kamp Auschwitz dan fasilitas IG Farben di dekatnya. Selama Perang Dunia II, Deutsche Bank menjadi bertanggung jawab untuk mengelola Bohemian Union Bank di Praha, dengan cabang di Protectorate dan di Slowakia, Bank Credinverein di Yugoslavia (yang sekarang terbagi menjadi dua perusahaan keuangan, satu di Serbia dan satu di Amsterdam di Kroasia), Bank Barry de Bucharstverein di Bucharest, Bank Komersial Nasional Rumania yang juga terkait dengan kekuasaan Hitler di Athena, Hungaria, dan Bank Komersial Jerman di Istanbul.
Reich Ketiga