Pada awal Perang Austria-Prusia, Clam-Gallas, yang masih memimpin Korps I, diberi komando unit (60.000 orang) yang terpisah dari "Tentara Utara", yang disebut "Tentara Iser" dan terdiri dari Korps I sendiri, Korps Angkatan Darat Saxon Kerajaan yang mundur, brigade Austria yang dievakuasi dari Holstein, dan divisi kavaleri ringan Austria. Selama Perang, ia menderita kekalahan di Podol, Münchengrätz
dan Jičín. Setelah menyatukan kembali pasukannya dengan "Tentara Utara" di bawah Ludwig von Benedek, ia kembali menjadi komandan Korps I. Dia dibebaskan dari komando dan digantikan oleh Count Leopold Gondrecourt pada pagi hari tanggal 3 Juli 1866 dan dengan demikian tidak mengambil bagian dalam kekalahan tentara utama Austria di Königgrätz pada hari itu.