Setelah perang kemerdekaan, serangkaian konflik menunjukkan pentingnya angkatan laut bagi bangsa. Pertama dari konflik ini adalah Perang Konfederasi
(1836-1839), Perang Kepulauan Chincha (1864-1866), dan Perang Pasifik (1879-1883). Pendirian Fuerte Bulnes di Selat Magellan menandai titik awal dari serangkaian eksplorasi Angkatan Laut Chili, yang dipimpin oleh hidrografer angkatan laut, seperti Francisco Vidal Gormaz dan Francisco Hudson, di zona yang tidak diketahui antara Selat Magellan dan Chiloé. Untuk menangani bidang kegiatan baru ini, angkatan laut mendirikan pada tahun 1874 Kantor Hidrografi, yang direktur pertamanya adalah Francisco Vidal Gormaz.