Setelah peristiwa itu, Ombudsman Hak Asasi Manusia Guatemala, Ramiro de León Carpio, berhasil menjadi presiden, sesuai dengan konstitusi. Ia menunjuk Pérez sebagai kepala staf kepresidenannya, posisi yang ia pegang sampai tahun 1995. Dianggap sebagai pemimpin faksi Angkatan Darat Guatemala yang mendukung resolusi negosiasi dari Perang Saudara Guatemala yang berlangsung selama 30 tahun.
, Pérez mewakili militer dalam negosiasi dengan pasukan gerilya. Mereka mencapai Perjanjian Perdamaian 1996.