Pada musim berikutnya, Van Persie menandatangani kontrak profesional tiga setengah tahun dengan Feyenoord, dan mencetak lima gol dalam pertandingan Piala KNVB 6-1 melawan AGOVV Apeldoorn pada 6 Februari 2003. Namun, bentrokan dengan manajernya Bert van Marwijk membuat Van Persie diturunkan ke skuad cadangan. Selama pertandingan yang menampilkan cadangan Feyenoord dan Ajax, ia adalah salah satu dari beberapa pemain Feyenoord diserang oleh para preman yang telah menyerang lapangan. Perpecahan Van Persie dengan Van Marwijk berlanjut ketika ia dikirim pulang pada malam Piala Super UEFA 2002
final melawan Real Madrid setelah pelatih tidak senang dengan bahasa tubuh Van Persie setelah diminta untuk pemanasan untuk kualifikasi Liga Champions. Van Persie menyelesaikan musim penuh pertamanya yang penuh gejolak dengan tim utama yang telah mencetak delapan gol dalam total 28 penampilan, selain finis sebagai runner-up di Piala KNVB.