Dia ditunjuk pada bulan Maret 811 oleh khalifah al-Amin, menggantikan Hatim ibn Harthamah ibn A'yan. Namun tak lama setelah itu ia dipaksa untuk berhadapan dengan pecahnya perang saudara
antara al-Amin dan saudaranya al-Ma'mun, dan tidak lama kesetiaannya yang terus menerus kepada yang pertama telah membuatnya bertentangan dengan faksi "jund" lokal yang dipimpin oleh al-Sari ibn al-Hakam, yang lebih suka mengakui al-Ma'mun sebagai khalifah. Pada musim semi tahun 812, "jund", dengan dorongan al-Ma'mun, secara terbuka beralih kesetiaan mereka dan memberontak, dan Jabir digulingkan dari jabatannya. Seorang pendukung al-Ma'mun, Abbad ibn Muhammad ibn Hayyan, kemudian mengambil alih jabatan gubernur dan mengambil alih kekuasaan di Fustat, tetapi bagian lain Mesir terus setia kepada al-Amin di bawah anti-gubernur Rabi'ah ibn Qays ibn Zubayr al-Jurashi.