Sungai Nahanni Selatan berasal dari lereng barat Gunung Christie di Pegunungan Mackenzie, pada ketinggian 1.600 meter (5,200 ft). Sungai ini mengalir ke selatan di perbatasan Yukon <unk> Northwest Territories selama 10 kilometer (6 mi), kemudian berbelok ke tenggara ke Wilayah Barat Laut di Moose Ponds. Sungai ini mengalir melalui Pegunungan Selwyn, di mana ia menerima air Sungai Nahanni Kecil, di selatan Sapper.
di lereng barat Gunung Christie dari Pegunungan Mackenzie