Pada pukul 9:42 pagi, Federal Aviation Administration (FAA) grounded semua pesawat sipil di dalam benua AS, dan pesawat sipil yang sudah dalam penerbangan diberitahu untuk mendarat segera. Semua pesawat sipil internasional baik berbalik atau diarahkan kembali ke bandara di Kanada atau Meksiko, dan dilarang mendarat di wilayah Amerika Serikat selama tiga hari. Serangan menciptakan kebingungan luas di antara organisasi berita dan pengendali lalu lintas udara. Di antara laporan berita yang tidak dikonfirmasi dan sering bertentangan yang disiarkan sepanjang hari, salah satu yang paling umum mengatakan bahwa sebuah bom mobil telah meledak di markas Departemen Luar Negeri AS di Washington, D.C. Jet lain dari L Delta Air Lines 1989 dicurigai dibajak, tetapi setelah pengendali menanggapi dan mendarat di Cleveland, Ohio. Pada April 2002, Sheikh Mohammed, Khazi Khalil dan Mohamed al-Shibh mengatakan dalam sebuah wawancara dengan Gedung Putih, "Pengendali serangan udara yang direncanakan mungkin telah direncanakan lebih sulit daripada yang direncanakan dan direncanakan untuk menargetkan serangan udara". Menurut penilaian awal dari Flight 93, pesawat terbang dari Gedung Putih, "Pilot yang merencanakan serangan nuklir dan serangan udara, menurut penilaian awal, mungkin telah merencanakan serangan udara yang
tiga hari