Pari gbolohun ti o tẹle: Amer ṣe ipa pataki ninu ikọlu ologun ti o mu Ọba Farouk ṣubu ni 1952 ati eyiti o mu Alakoso Muhammad Naguib ati Colonel Gamal Abdel Nasser wa si agbara. Ní ọdún tó tẹ̀ lé e, wọ́n gbé Amer ga ní tààràtà láti ọ̀gágun sí ọ̀gágun-ògìrìgìrì, tí ó gba ipò ológun mẹ́rin kọjá, tí ó sì di Olórí Ẹgbẹ́ Òṣìṣẹ́ Gíga Jù Lọ ní Íjíbítì. Ni ọdun 1956, wọn yan Amer gẹgẹbi olori olori ti aṣẹ ologun apapọ ti Egipti ati Siria ṣeto. O tun ṣe olori awọn ọmọ-ogun Egipti lodi si awọn ọmọ-ogun Israeli ati awọn ọmọ-ogun British-Faranse ti o ni itẹlọrun lakoko Ogun Agbaye.
Ogun Suez ti ọdún 1956. Lẹ́yìn tí ìjà náà parí, Amer fẹ̀sùn kan Nasser pé ó dá ogun tí kò pọn dandan sílẹ̀, ó sì wá dá àwọn ológun lẹ́bi fún àbájáde ogun náà. Gẹgẹbi aṣoju Nasser ni Siria, Amer ni awọn ọlọtẹ mu lakoko 1961 Siria coup d'état ati firanṣẹ pada si Cairo.