Pari gbolohun ti o tẹle: Ṣiṣe ajọṣepọ oselu pẹlu Empress Dowager, ati di ọta ti o pẹ ti Emperor Guangxu, Yuan fi olu-ilu silẹ ni ọdun 1899 fun ipinnu tuntun rẹ gẹgẹbi Gómìnà ti Shandong. Lakoko ọdun mẹta ti o wa ni ipo ni Idarudapọ Boxer (1899<unk>1901) bẹrẹ; Yuan rii daju pe idilọwọ awọn Boxers ni igberiko, botilẹjẹpe awọn ọmọ-ogun rẹ ko ṣe ipa lọwọ ni ita Shandong funrararẹ. Yuan gba ẹgbẹ́ tí ó fẹ́ràn àjèjì nínú Ilé Ọba, pẹ̀lú Prince Qing, Li Hongzhang, àti Ronglu. Ó kọ̀ láti dara pọ̀ mọ́ àwọn agbófinró kí ó sì gbógun ti àwọn ọmọ-ogun Ìṣọ̀kan Orílẹ̀-èdè mẹ́jọ, tí ó darapọ̀ mọ́ àwọn gómìnà China mìíràn tí wọ́n pàṣẹ fún àwọn ọmọ-ogun tí wọ́n ṣe òde òní bíi Zhang Zhidong tí kò kópa nínú Ìdìtẹ̀ agbófinró. Òun àti Zhang kò kọbi ara sí ìkéde ogun tí Empress Dowager Cixi ṣe lòdì sí àwọn agbára àjèjì, wọ́n sì ń bá a lọ láti tẹ àwọn Boxers rì. Orúkọ tí wọ́n ń pe ẹgbẹ́ yìí ni Ẹgbẹ́ Tó Ń Dáàbò Bo Ìlà Oòrùn Gúúsù Ṣáínà. Ni afikun si ko ja awọn Eight-orilẹ-ede Alliance ati suppressing awọn Boxers ni Shandong, Yuan ati awọn oniwe-ogun (The Right Division) tun ran awọn Eight-orilẹ-ede Alliance suppress awọn Boxers lẹhin
àjọ Alliance gba ìlú Beijing ní August 1900. Àwọn ọmọ ogun Yuan Shikai pa ẹgbẹẹgbẹ̀rún èèyàn nígbà tí wọ́n ń gbógun ti àwọn tó ń ja ìjàkadì ní Zhili. Ilẹ̀ Baoding ni Yuan ti ń ṣiṣẹ́ nígbà ogun náà, èyí tó parí lọ́dún 1902.