Kọ́kọ́ parí gbólóhùn tó wà nísàlẹ̀ yìí: Ní oṣù September ọdún 1796, Johnston di olùrànlọ́wọ́ fún Gómìnà John Hunter, ó sì gba oyè ọ̀gágun ní ọdún 1800. Ni ọdun kanna Johnston ti wa labẹ idaduro nipasẹ Igbakeji Gomina William Paterson lori ẹsun ti "san awọn ẹmi si sergeant bi apakan ti owo rẹ ati aiṣedede awọn aṣẹ". Johnston kò fara mọ́ kí wọ́n gbé e lọ sílé ẹjọ́ ológun ní àgbègbè náà, Hunter sì rán an lọ sí ilẹ̀ Gẹ̀ẹ́sì. Ìṣòro tó wà níbẹ̀ láti gbẹ́jọ́ kan pẹ̀lú àwọn ẹlẹ́rìí ní Ọsirélíà ló mú kí wọ́n dá ẹjọ́ náà dúró, Johnston sì padà sí New South Wales lọ́dún 1802. Ni ọdun 1803 Johnston gba aṣẹ igba diẹ ti New South Wales Corps lakoko aisan Paterson, o si kopa ninu rogbodiyan laarin King ati ologun. Ni March 1804 o sise pẹlu ipinnu nigbati ni aṣẹ ti awọn ologun rán lodi si diẹ ninu awọn
àwọn ẹlẹ́wọ̀n tó ṣọ̀tẹ̀ ní Castle Hill. Nígbà tí wọ́n rán Paterson lọ sí Port Dalrymple, Johnston di olórí àwọn ọmọ ogun New South Wales Corps.