Kuandika mwendelezo kwa aya hii - On 18 Desemba 1855 Stephenson alijiunga Royal Navy, kuwa Naval Cadet katika HMS "St Jean d'Acre", amri na mjomba wake Henry Keppel, na kutumika katika Bahari ya Black wakati wa vita ya Crimea. Kuanzia Septemba 1856 hadi Aprili 1857 Stephenson alihudumu chini ya Keppel kama mwanafunzi katika HMS "Raleigh", akihudumu katika East Indies na China wakati wa Vita vya Pili vya Anglo-Kichina
, mpaka meli yake ilipozama karibu na Macau ilipogonga mwamba usiojulikana. Wafanyakazi wote waliokolewa. Mnamo Juni 1857 alihudumu kama Midshipman katika HMS "Pearl", akihudumu na "Pearl" Naval Brigade wakati wa uasi wa India wa 1857, wakati ambapo alitajwa katika Despatches mara tatu. Mnamo Juni 1861 alipandishwa cheo kuwa luteni katika HMS "Emerald", akitumikia katika Channel Squadron.