Andika mwendelezo wa kifungu hiki - Barney aliteuliwa kuwa luteni katika Jeshi la Wanamaji la Marekani mnamo Julai 2, 1861. Yeye aliamuru CSS "Jamestown" wakati wa vita ya Hampton Roads, vita maarufu na, wakati ambao yeye alitekwa brigs mbili na Accomac schooner mbali Newport News Point wakati CSS "Virginia" uliofanyika Navy Umoja wa tahadhari. Baada ya kuondolewa kwa jeshi la Confederate kutoka Norfolk, "Jamestown" ilizama ili kuzuia Mto James huko Drewry's Bluff. Katika vita ya baadaye ya Bluff ya Drewry
Wakati wa vita vya kwanza vya Marekani, ambapo vikosi vya pwani vya Confederate vilipigana na kikosi cha Navy cha Muungano kilichokuwa kikielekea Richmond, bunduki za "Jamestown" zilichukuliwa kuwa sababu kuu ya kuondoa meli za adui. Baada ya vita, alipokea sifa kutoka Congress Confederate na alipandishwa cheo kuwa kamanda.