Andika mwendelezo wa aya hii - Issoufou alichukua nafasi ya nne (alipokea asilimia 7.60 tu ya kura) katika uchaguzi wa rais uliokuwa na kasoro na utata uliotokea tarehe 7-8 Julai 1996
ambayo ilimpa Maïnassara ushindi kamili. Pamoja na wagombea wengine watatu wa upinzani, Issoufou aliwekwa chini ya kifungo cha nyumbani siku ya pili ya uchaguzi na kuwekwa kwa wiki mbili. Baada ya hapo, alikataa kukutana na Maïnassara, akakata rufaa kwa Mahakama Kuu ili uchaguzi ufutwe, na PNDS iliita maandamano. Mnamo 26 Julai aliwekwa tena chini ya kifungo cha nyumbani, pamoja na mwanachama mwingine wa PNDS, Mohamed Bazoum; waliachiliwa kwa amri ya jaji mnamo 12 Agosti. Kufuatia maandamano ya kutetea demokrasia mnamo 11 Januari 1997, Issoufou alikamatwa pamoja na Ousmane na Tandja na kuwekwa hadi 23 Januari.