Andika mwendelezo wa aya hii - The Flight of the Earls in 1607 left him as one of the most senior Gaelic figures remaining in Ulster. Katika 1608 wakati Sir Cahir O'Doherty ilizindua O'Doherty ya Uasi kwa kuchoma Derry
, MacDonnell hakuwa na kuzingatia kuunganisha vikosi pamoja naye. O'Doherty, aliyekuwa mshikamanifu wa zamani kwa Ufalme alikuwa amekasirishwa na jinsi alivyotendewa na maofisa wa eneo hilo. O'Doherty alishindwa na kuuawa katika vita vya Kilmacrennan na uasi ukaanguka. Baada ya uasi huo, serikali iliamua kuanzisha Shamba la Ulster lenye ukubwa mkubwa zaidi kuliko ulivyokuwa umepangwa awali. Hii haikuathiri sana MacDonnell kama Counties Antrim na Down walikuwa kutengwa kutoka Plantation, kama kubwa Scottish makazi alikuwa tayari unafanyika huko.