Kabla ya New Horizons 'flyby, kulikuwa na nadharia mbili zinazopingana kuhusu muundo wa ndani wa Charon: baadhi ya wanasayansi walidhani Charon kuwa mwili tofauti kama Pluto, na msingi wa miamba na vazi la barafu, wakati wengine walidhani ingekuwa sawa. Ushahidi wa kuunga mkono msimamo wa zamani ulipatikana mnamo 2007, wakati uchunguzi wa Gemini Observatory wa matangazo ya maji ya amonia na fuwele za maji kwenye uso wa Pluto ulidokeza kuwa kuna fuwele za jua zinazofanya kazi.
Pluto