Andika mwendelezo wa aya hii - Katika 1798, Jourdan alimteua kama mkuu wa wafanyakazi kwa ajili ya Jeshi la Uchunguzi. Ernouf alikuwa pamoja na Jeshi la Uchunguzi wakati lilipovuka mto Rhine, katika kile wanahistoria wa Uingereza wameita ukiukaji wa Mkataba wa Campo Formio, na kusababisha Vita vya Muungano wa Pili. Mnamo Machi 2, Jeshi hilo liliitwa Jeshi la Danube, na lilikwenda Upper Swabia, ambapo lilikutana na nguvu ya Archduke Charles wa Habsburg huko Ostrach
Machi 21, na tena Machi 25 katika Stockach. Katika mapigano yote mawili, nguvu za kibinadamu za Habsburg, bora kuliko idadi ya Wafaransa kwa tatu kwa moja na mbili kwa moja, zilizidi mistari ya Ufaransa; Jourdan, kamanda wa Jeshi, hakuweza kuunganisha vikosi vyake vya kutosha kupambana na idadi ya Habsburg, na akajiondoa kwenda Msitu Mweusi mwishoni mwa Machi. Ernouf alichukua amri ya Jeshi la Danube wakati Jourdan alirudi Paris kuomba askari zaidi. Alibadilishwa kama kamanda wa Jeshi la Danube na André Masséna, na alihudumu kama mkuu wa wafanyakazi wa Massena katika kampeni ya Uswisi ya 1799, wakati ambapo aliona hatua katika Zurich na Uswisi ya kati; alikuwa tena huko Zurich kwa ushindi wa Ufaransa dhidi ya Alexander Rimsky-Korsakov.