Kipindi cha pili huanza saa nane baada ya kutoroka, kwa kuzingatia hasa watu wanane waliokimbia. Muumbaji wa mfululizo Paul Scheuring anaelezea msimu wa pili kama "Mkimbizi mara nane" na analinganisha na "nusu ya pili ya The Great Escape". Wakimbizi wanagawanyika na kusafiri kwenda maeneo kote nchini na mamlaka karibu nyuma yao wakati kila mmoja anafuatilia malengo yao ya kibinafsi. Brad Bellick anafukuzwa kutoka gerezani ambapo alifanya kazi kama mlinzi mkuu na anafuatilia wafungwa mwenyewe kwa pesa za tuzo. Wafungwa kadhaa wanaungana tena kutafuta pesa kubwa iliyozikwa zamani na mfungwa mwingine wa Fox River, Charles Westmoreland.
Nusu