Kamilisha sentensi ifuatayo: Fàbregas alimaliza ukame wake wa muda mrefu wa bao kwa klabu yake wakati alipofunga mabao yake ya kwanza ya ligi ya msimu huu na brace dhidi ya Sevilla katika ushindi wa 3 × 2 mbali. Kisha alifunga mabao matatu mwezi Oktoba, kuja katika ligi, Ligi ya Mabingwa na
Copa del Rey. Alifunga tena tarehe 25 Novemba katika ushindi wa 4 kwa 0 dhidi ya Levante. Mnamo 13 Januari 2013, Fàbregas alifunga katika ushindi wa 3-1 dhidi ya Málaga. Fàbregas alifunga hat-trick yake ya kwanza ya kazi yake dhidi ya Mallorca katika ushindi wa 5 kwa 0 mnamo 6 Aprili 2013. Alimaliza msimu wake wa pili huko Barcelona kwa kushinda taji la kwanza la ligi ya kazi yake, na rekodi ya alama 100. Hata hivyo, Barcelona waliondolewa katika nusu fainali ya Copa del Rey, kwa wapinzani Real Madrid, na Ligi ya Mabingwa, kwa washindi Bayern Munich. Fàbregas alimaliza msimu na mabao 14 na misaada 12 katika maonyesho 48 katika mashindano yote.