Kamilisha sentensi ifuatayo: Kufanya muungano wa kisiasa na Empress Dowager, na kuwa adui wa kudumu wa Guangxu Emperor, Yuan aliondoka mji mkuu mnamo 1899 kwa uteuzi wake mpya kama Gavana wa Shandong. Wakati wa utawala wake wa miaka mitatu, uasi wa wapiganaji wa ndondi uliibuka; Yuan alihakikisha kukandamizwa kwa wapiganaji wa ndondi katika jimbo hilo, ingawa vikosi vyake havikuchukua sehemu yoyote nje ya Shandong yenyewe. Yuan alichukua upande wa chama cha kuunga mkono wageni katika Mahakama ya Kifalme, pamoja na Prince Qing, Li Hongzhang, na Ronglu. Alikataa kuunga mkono Wapiganaji na kushambulia vikosi vya Muungano wa Mataifa Manane, akijiunga na magavana wengine wa China ambao waliamuru majeshi makubwa ya kisasa kama Zhang Zhidong ambao hawakushiriki katika Uasi wa Wapiganaji. Yeye na Zhang walipuuza tamko la Maliki Mjane Cixi la vita dhidi ya nguvu za kigeni na wakaendelea kukandamiza Wapiganaji. Kikundi hicho kilikuwa kinajulikana kama Ulinzi wa Pamoja wa Kusini-Mashariki mwa China. Mbali na kutopigana na Muungano wa Mataifa Manane na kukandamiza Wapiganaji katika Shandong, Yuan na jeshi lake (Kikosi cha kulia) pia walisaidia Muungano wa Mataifa Manane kukandamiza Wapiganaji baada ya
Muungano ulikamata Beijing mnamo Agosti 1900. Vikosi vya Yuan Shikai viliua makumi ya maelfu ya watu katika kampeni yao ya kupambana na Maboksi huko Zhili. Yuan alifanya kazi nje ya Baoding wakati wa kampeni, ambayo ilimalizika mwaka 1902.