Andika mwendelezo wa aya hii - Mnamo Septemba 1796, Johnston aliteuliwa kuwa msaidizi wa kambi kwa Gavana John Hunter, na mnamo 1800 alipokea cheo chake cha brevet kama mkuu. Katika mwaka huo huo Johnston aliwekwa chini ya kukamatwa na Luteni Gavana William Paterson kwa mashtaka ya "kulipa roho kwa sergeant kama sehemu ya malipo yake na kutotii amri". Johnston alipinga kusikilizwa na mahakama ya kijeshi katika koloni hiyo, na Hunter akamtuma Uingereza. Huko magumu ya kuendesha kesi kwa mashahidi huko Australia yalifanya kesi iache kusikilizwa, na Johnston akarudi New South Wales mwaka wa 1802. Katika 1803 Johnston alichukua amri ya muda wa New South Wales Corps wakati wa ugonjwa wa Paterson, na akawa kushiriki katika mgogoro kati ya Mfalme na kijeshi. Mnamo Machi 1804 alitenda kwa uamuzi wakati akiwa na amri ya kijeshi kutumwa dhidi ya baadhi ya wafungwa ambao walikuwa wameasi katika Castle Hill
.. na Paterson alipotumwa Port Dalrymple, Johnston akawa kamanda wa Kikosi cha New South Wales.