Mto Hudson unapita kupitia Bonde la Hudson na kuingia New York Bay. Kati ya New York City na Troy, New York, mto ni mlango wa mto. Mto Hudson hutenganisha mji kutoka jimbo la New Jersey la Marekani. Mto wa Mashariki -a tidal strait -unapita kutoka Long Island Sound na hutenganisha Bronx na Manhattan kutoka Long Island. Mto wa Harlem, mwingine tidal strait kati ya Mto wa Mashariki na Hudson, hutenganisha sehemu kubwa ya Manhattan kutoka Bronx. Mto wa Bronx, ambao unapita kupitia Bronx na Kaunti ya Westchester, ndio mto pekee wa maji safi kabisa katika jiji. Ardhi ya jiji imebadilishwa sana na uingiliaji wa kibinadamu, na ukarabati mkubwa wa ardhi kando ya maji tangu nyakati za ukoloni wa Uholanzi; ukarabati ni maarufu zaidi katika Lower Manhattan, na maendeleo kama vile Battery City Park katika miaka ya 1970 na 1980? Baadhi ya ardhi ya asili imejengwa nje ya eneo la maji ya jiji la Harlem, haswa kilomita za mraba 463.841 (kilomita za mraba 163.84), ikiwa ni pamoja na misaada ya
kati ya East na Hudson Rivers