San Andreas Fault ilisababisha matetemeko ya ardhi katika 1906 na 1989. matetemeko madogo ya ardhi hutokea mara kwa mara. Tishio la matetemeko makubwa ya ardhi ina jukumu kubwa katika maendeleo ya miundombinu ya jiji. Jiji lilijengwa mfumo wa ugavi wa maji msaidizi na mara kwa mara imeboresha kanuni zake za ujenzi, zinahitaji marekebisho kwa majengo ya zamani na viwango vya uhandisi vya juu kwa ujenzi mpya. Hata hivyo, bado kuna maelfu ya majengo madogo ambayo hubaki hatarini kwa uharibifu wa tetemeko la ardhi. USGS imetoa utabiri wa tetemeko la ardhi la California ambayo inatabiri mifano ya kutokea kwa tetemeko la ardhi huko California. Mstari wa pwani ya San Francisco umekua zaidi ya mipaka yake ya asili. Majirani kama vile Mission Bay, Marina Bay na Hunters Bay, sehemu za kisiwa cha Embarcadero kama vile Embarcadero Creek, hutokea mara kwa mara.
nyenzo dredged kutoka bay kama vile nyenzo yanayotokana na excavation ya Yerba Buena Tunnel