Andika mwendelezo wa aya hii - Kovač aliwakilisha Croatia katika Kombe mbili za Dunia, 2002 na 2006, na pia ameshiriki katika Mashindano mawili ya Ulaya, 2004
na 2008. Katika Kombe la Dunia 2006 alicheza vizuri katika ulinzi, hata hivyo baada ya kuchukua manjano ya pili dhidi ya Japan alikosa mechi ya mwisho ya kundi dhidi ya Australia kupitia kusimamishwa. Bila Kovač, Croatia ilijitahidi katika ulinzi na badala yake Tomas akifanya mpira wa mikono kwa lengo la kwanza la Australia kupitia risasi ya adhabu. Croatia hatimaye ilicheza sare 2 kwa 2 na Australia lakini waliondolewa kwenye mashindano hayo. Pamoja na Croatia, Leverkusen, na Bayern, Kovač alikuwa wachezaji wenzake na kaka yake mkubwa Niko Kovač. Alijiuzulu kutoka timu ya taifa katika vuli ya 2009, baada ya kuwa nahodha wa timu baada ya ndugu yake kustaafu katika 2008.