Andika mwendelezo wa aya hii - Mnamo 18 Septemba 2020, Müller alifunga bao lake la kwanza la msimu, na kutoa msaada mmoja, katika ushindi wa 8-0 dhidi ya Schalke 04. Baadaye alifanikiwa kushinda Kombe la Super la UEFA
na DFL-Supercup kuwa kombe lake la 27 la kazi yake ya kilabu; kwa hivyo, alikua mchezaji aliyepambwa zaidi katika historia ya Ujerumani, akivunja rekodi ya awali ya nyara 26 zilizopatikana na mwenzake wa zamani wa Bayern Bastian Schweinsteiger. Mnamo 11 Februari 2021, alipata virusi vya COVID-19 na akaenda kujitenga; kwa hivyo, hakuweza kucheza katika fainali ya Kombe la Dunia la Klabu la FIFA la 2020.