Andika mwendelezo wa aya hii - Anajulikana kwa nywele zake ndefu za rangi ya manjano, jersey namba 15 na jina la utani la "El Matador", Hernández alikuwa na mechi yake ya kwanza ya kimataifa dhidi ya Uruguay mnamo Februari 1, 1995. Hernández alifunga bao lake la kwanza la kimataifa mnamo Novemba 16, 1995 dhidi ya Yugoslavia. Hernández alipata umaarufu wakati wa 1997 Copa América
, ambapo alifunga mabao sita na akawa mfungaji bora wa mabao wa mashindano hayo. Katika Kombe la Dunia la FIFA la 1998, alimaliza kati ya wachezaji wa juu wa mashindano hayo na mabao manne, na akawa mchezaji wa kwanza wa Mexico kufunga zaidi ya mabao mawili katika historia ya Kombe la Dunia. Mabao 35 aliyofunga kwa ajili ya Mexico yanamlinganisha na Carlos Hermosillo kumfuata Cuauhtémoc Blanco (mabao 39), Jared Borgetti (mabao 46) na Javier Hernandez (mabao 51) kama mshambuliaji wa nne wa juu kabisa wa taifa wakati wote.