Andika mwendelezo wa aya hii - Pamoja na kuzuka kwa Philippine-American War
Malone alihamishiwa kwenye Kikosi kipya cha 27 cha Jeshi la Walinzi katika Ufilipino katikati ya 1901 na alishiriki katika kumfuatilia kiongozi wa waasi Emilio Aguinaldo kwenye mabwawa na mabwawa ya Luzon. Aliamriwa kurudi Marekani, na kufuatia kupandishwa cheo kwake kuwa Kapteni mnamo Novemba 2, 1901, aliteuliwa kuwa mwalimu wa Kemia katika Chuo cha Kijeshi cha Marekani huko West Point, New York. Wakati katika uwezo huu, Malone kufundishwa baadaye Mkuu wa Jeshi na Medali ya Heshima mpokeaji, Douglas MacArthur.