Andika mwendelezo wa aya hii - Shirikisho la Peru na Bolivia lilipingwa na nchi jirani tangu kuanzishwa kwake, haswa Chile na Argentina, kama tishio la kijeshi na kiuchumi linalowezekana, na kwa msaada wake kwa wapinzani walio uhamishoni. Vita ya Muungano
ulianza muda mfupi baada ya kuanzishwa kwake wakati Chile na Argentina kwa kujitegemea zilipovamia nchi hiyo. Argentina ilishindwa mnamo 1837, lakini jeshi la pamoja la wapinzani wa Chile na Kaskazini mwa Peru lililojulikana kama Jeshi la Urudisho la Umoja lilikuwa mshindi katika Vita vya Yungay mnamo Januari 1839, ambayo "de facto" ilimaliza muungano huo wakati Peru na Bolivia zilirudishwa kama majimbo huru, na Santa Cruz alikimbilia uhamishoni. Peru-Bolivia Confederation ilitangazwa rasmi kufutwa tarehe 25 Agosti 1839, na Jenerali Agustín Gamarra baada ya kuteuliwa kama Rais wa Peru.