Andika mwendelezo wa aya hii - Katika majira ya joto ya 2003, Pancaro alihamishwa kwa AC Milan kwa kubadilishana na Demetrio Albertini, ambapo alicheza kwa misimu miwili. Utaratibu wake na kiwango cha kazi ilimfanya kuwa sehemu muhimu ya kikosi cha Milan, kwani alishinda taji lake la pili la Serie A, na pia Kombe la Italia.
, pia kufikia fainali ya 2004-05 UEFA Champions League, hasa kufunga bao katika ushindi wa mbali dhidi ya Brescia katika 2003. Mnamo 2004, alisaini upanuzi wa mwaka mmoja kwa klabu hiyo.