Kuanzia katikati ya miaka ya 1990 Taliban walimpa hifadhi Osama bin Laden, raia wa Saudi ambaye alipigana nao dhidi ya Sovieti, na kutoa msingi kwa mashirika yake na mengine ya kigaidi. Baraza la Usalama la Umoja wa Mataifa liliwaadhibu mara kwa mara Taliban kwa shughuli hizi. Bin Laden alitoa msaada wa kifedha na kisiasa kwa Taliban, kama vile Pakistan na Saudi Arabia, hadi shinikizo la Amerika liliwalazimisha kuacha msaada wao wa umma kwa Taliban baada ya Septemba 11, 2001. Bin Laden na kundi lake la al Qaeda walishtakiwa kwa kulipua mabalozi ya Marekani
katika Nairobi na Dar Es Salaam mwaka 1998, na mwezi Agosti 1998 Marekani ilizindua mashambulizi ya makombora dhidi ya kambi ya kigaidi ya bin Laden nchini Afghanistan. Bin Laden na al Qaeda wanaaminika kuwa na jukumu la mashambulizi ya Septemba 11, 2001 nchini Marekani, pamoja na uhalifu mwingine.