Andika mwendelezo wa fungu hili - Lithuania ilipoteza uhuru wake na ikabadilishwa hatua kwa hatua kuwa jamhuri ya kisoshalisti ya sovieti. Wakati huohuo, jeshi la Kilithuania lilibadilishwa hatua kwa hatua kuwa vikosi vya Jeshi Nyekundu. Kazi katika chuo cha kijeshi ilikoma wakati wanaume walipoitwa kurudi kwenye vitengo vyao, lakini Raštikis hakuruhusiwa kujiuzulu. Alipewa mgawo katika Kikosi cha 29 cha Bunduki na kuteuliwa kuwa naibu mwenyekiti wa tume inayohusika na uharibifu wa jeshi la Kilithuania. Aliachiliwa kutoka kazi ya kazi tu mnamo Desemba 20. Mnamo Februari 13, 1941, akiogopa kukamatwa na NKVD kama "adui wa watu", Raštikis alimwacha mkewe na binti zake watatu wadogo huko Kaunas na kuondoka kuelekea Ujerumani. Hiyo ilikuwa mara ya mwisho kuwaona binti zake waliokuwa wamehamishwa kwenda Siberia
mwezi Juni. Alivuka mpaka usiku wa Machi 19 na akapokelewa vizuri na Wajerumani. Kwa msaada wa watu kadhaa wa Lithuania, alihamia Berlin. Huko alijiunga na Kazys Škirpa katika kuandaa Lithuanian Activist Front (LAF). Hasa, alihariri kanuni ya LAF na iliyoandaliwa mipango juu ya ukombozi wa Lithuania.