Mary alizaliwa tarehe 8 Desemba 1542 katika Linlithgow Palace, Scotland, kwa Mfalme James V na mke wake wa pili wa Kifaransa, Mary wa Guise. Alisema kuwa alizaliwa kabla ya muda na alikuwa mtoto pekee halali wa James 'kuishi kupitia yeye. Alikuwa mpwa mkubwa wa Mfalme Henry VIII wa Uingereza, kama babu yake wa baba, Margaret Tudor, alikuwa dada ya Henry VIII. Mnamo 14 Desemba, siku sita baada ya kuzaliwa kwake, alikua Malkia wa Scotland wakati baba yake alikufa, labda kutokana na athari za mshtuko wa neva kufuatia vita vya Solway Moss au kutokana na kunywa maji machafu wakati wa kampeni. Hadithi maarufu, iliyoandikwa kwanza na John Knox, inasema kwamba James, aliposikia juu ya kifo chake kwamba mkewe alikuwa amejifungua binti, alitangaza, "Ni wi' a gang na itakuwa wi' a wi' a wi' a msichana wa King James' alizaliwa kabla ya wakati wake na alikuwa mrithi wa haki ya kuishi kupitia watoto wa mfalme James.
taji