Andika mwendelezo wa fungu hili - Familia ya Bačkis nchini Lithuania iliteswa na Wasovieti; ndugu yake Juozas alihamishwa kwenda Siberia
Juni 1941 ambapo alikufa mwaka mmoja baadaye. Klimas alikamatwa na Gestapo Septemba 1943 ambayo kushoto Bačkis mwandamizi wa kidiplomasia nchini Ufaransa. Mwaka huo huo, Bačkis alitetea thesis yake ya PhD juu ya Concordat ya Kilithuania (iliyochapishwa kwa Kilithuania mnamo 2007). Baada ya vita, Ufaransa haikutambua rasmi huduma za kidiplomasia za Lithuania, Latvia, au Estonia, lakini iliwaruhusu kufanya kazi bila rasmi. Bačkis aliendelea kuelimisha maafisa mbalimbali kuhusu Lithuania ya uvamizi na kushawishi kwa ajili ya kutokubali Lithuanian SSR ili kuhakikisha mwendelezo wa serikali. Pia alichapisha taarifa za habari juu ya mambo ya Kilithuania (ikiwa ni pamoja na masuala 33 ya "Maswali Lithuaniennes", masuala 8 ya "Bulletin Lithuanien", na kitabu "Peuples opprimés. La tragédie des Etats Baltes"), alisaidia wakimbizi wa Kilithuania, nk. Mnamo 1948, Bačkis alifanya mawasiliano na Juozas Lukša, mpinzani wa Soviet ambaye alifanikiwa kutoroka pazia la chuma, na kumsaidia kueneza habari juu ya mapambano ya silaha. Katika 1949, Kamati ya Nchi za Ulaya ya Kati na Mashariki, iliyoongozwa na Mbunge wa Uingereza Harold Macmillan na kuwakilisha mataifa mbalimbali ya Mashariki, ilianzishwa na Harakati ya Ulaya. Bačkis akawa makamu mwenyekiti wa Kamati katika 1951. Pia alikuwa mwakilishi wa Kilithuania kwa Umoja wa Wafadhili wa Ulaya, alijiunga na Nouvelles équipes internationales (Timu Mpya za Kimataifa), na Mkutano wa Mataifa ya Ulaya ya Uhamisho. Bačkis pia alisisitiza kuanzishwa tena kwa Lithuanian Catholic Academy of Science na kwa bidii aliwasilisha karatasi za utafiti katika vikao vyake. Mnamo 1950, alipewa Tuzo ya Mtakatifu Gregory Mkuu na Vatikani.