Katika msimu wa 2006/07, Terry alikosa mechi za Chelsea kwa sababu ya shida ya mgongo inayorudiwa. Mnamo Desemba 26, 2006, José Mourinho mwenyewe alisema kuwa nahodha wake anaweza kuhitaji upasuaji kurekebisha shida hiyo. Katika kutokuwepo kwa Terry Chelsea ilicheza 2<unk>2 nyumbani kwa Reading na Fulham wakati wa Krismasi, sare ambazo zilikuwa muhimu katika hatima ya taji la Ligi Kuu kwa msimu huo. Mnamo Desemba 28, Chelsea ilitoa taarifa kwa waandishi wa habari ikisema Terry alikuwa na upasuaji wa mgongo: "Upasuaji wa kuondoa diski ya lumbar intervertebral ulifanikiwa". Ingawa alitarajiwa kurudi kwenye mechi dhidi ya Wigan Athletic, ambayo Chelsea ilishinda 3<unk>2 shukrani kwa lengo la marehemu kutoka kwa winger Arjenben, Terry alikosa tena, kwa sababu ya shida ya mgongo inayorudiwa. Alirudi katika ushindi wa 1<unk>0 dhidi ya Charlton Athletic mnamo Februari 3 2007 dhidi ya Terry Reading na Fulham wakati wa Krismasi, Chelsea ilicheza 2<unk>2 nyumbani dhidi ya Reading na Fulham, sare ambazo zilikuwa muhimu katika hatima ya taji
£131,000 na £135,000 kwa wiki