Kamilisha sentensi ifuatayo: Müller alianza msimu wa 2013/14 chini ya meneja mpya Pep Guardiola kwa kucheza katika Kombe la Super la Ujerumani. Mnamo 5 Agosti, Müller alifunga hat-trick wakati Bayern ilishinda 5<unk>0 katika mchezo wa duru ya kwanza ya 2013<unk>14 DFB-Pokal dhidi ya Schwarz-Weiß Rehden. Katika mchezo wa ufunguzi wa Bayern wa 2013/14 Bundesliga, Müller alikosa penalti kwa mara ya kwanza. Sekunde chache baadaye, kuokoa kutoka adhabu flicked mkono wa Álvaro Domínguez ambayo ilisababisha adhabu nyingine ambayo David Alaba kubadilishwa. Baada ya hili, Müller alisema, "Bado ninafurahi kuchukua adhabu, lakini nadhani David Alaba ndiye mtu mkuu kwa mateke ya mahali kwa sasa". Yeye alicheza katika
Kombe Kuu la UEFA.