Kamilisha sentensi ifuatayo: Mnamo 16 Januari 2013, ilitangazwa kuwa Guardiola atachukua nafasi ya meneja wa klabu ya Bundesliga Bayern Munich baada ya msimu wa 2012/13, akibadilisha Jupp Heynckes kwa msimu uliofuata. Alizungumza katika mkutano wake wa kwanza wa waandishi wa habari kama meneja wa Bayern, mnamo 24 Juni 2013, kwa Kijerumani, na alikuwa na kikao chake cha kwanza cha mafunzo siku mbili baadaye. Mechi yake ya kwanza rasmi ilikuwa Kombe la Super la Ujerumani dhidi ya Borussia Dortmund, na Bayern kupoteza 4-2. Tuzo yake ya kwanza na Bayern ilikuwa
2013 UEFA Super Cup, kumshinda mpinzani wa muda mrefu José Mourinho, ambaye alikuwa amerejea tu kufundisha Chelsea. Bayern iliwashinda Chelsea kwa mabao kumi baada ya Manuel Neuer kuokoa risasi ya Romelu Lukaku.