Kamilisha sentensi ifuatayo: Msimu uliofuata Nesta alifunga brace yake ya kwanza kwa Milan katika ushindi wa 2 kwa 1 dhidi ya Chievo katika Serie A. Alianza kuibuka tena kama mwanzilishi wa kilabu na alikuwa mmoja wa wachezaji thabiti wa Milan katika msimu mzima wa 2009-10 chini ya Leonardo. Nesta aliendelea ushirikiano wake bora na mwenzake centerback Thiago Silva wakati wa msimu wa 2010-11 chini ya Massimiliano Allegri, akifanya jozi kubwa ya kujihami, akipokea mabao 24 tu katika michezo 38 wakati wa ushindi wa Milan
Kampeni ya Serie A. Milan pia imefanikiwa kufikia nusu fainali ya Coppa Italia, lakini kwa mara nyingine tena waliondolewa kwa kusikitisha katika raundi ya 16 ya Ligi ya Mabingwa. Katika msimu wa 2010-11, uvumi ulionyesha kuwa Nesta angestaafu mwishoni mwa msimu. Hata hivyo, baadaye alithibitisha kwamba alitaka kucheza msimu mmoja zaidi huko Milan kabla ya kustaafu na kusaini upanuzi wa mkataba mnamo 18 Mei 2011, ambayo ilimfanya awe kwenye kikosi cha Milan hadi msimu wa joto wa 2012. Nesta alichaguliwa kuwa sehemu ya Timu ya Mwaka ya Serie A kwa maonyesho yake wakati wa mafanikio ya Milan ya kichwa cha msimu huo.