Allen alizaliwa Januari 21, 1953, katika Seattle, Washington, kwa Kenneth Sam Allen na Edna Faye (née Gardner) Allen. Allen alihudhuria Lakeside Shule, shule binafsi katika Seattle, ambapo alishirikiana na miaka miwili-mdogo Bill Gates, ambaye alishiriki shauku kwa ajili ya kompyuta. Walitumia Lakeside ya Teletype terminal kuendeleza ujuzi wao wa programu juu ya mifumo kadhaa ya kompyuta wakati-sharing. Pia walitumia maabara ya Idara ya Sayansi ya Kompyuta ya Chuo Kikuu cha Washington, kufanya utafiti binafsi na programu ya kompyuta; angalau mara moja katika 1971 walikuwa marufuku kutoka maabara kwa ajili ya matumizi mabaya ya haki zao huko. Kulingana na Allen, katika miaka yao ya ujana yeye na Bill Gates kwenda dumpster-diving kwa ajili ya programu ya kompyuta. Baada ya kuacha na kupata kamilifu SAT ya 1600, Allen akaenda Chuo Kikuu cha Jimbo la Washington, ambapo alijiunga na Theta Thern, ambaye alishiriki shauku kwa ajili ya kompyuta.
Chuo cha Harvard