Andika mwendelezo wa aya hii - Cheptai alianza kufanya athari katika ngazi ya juu katika msimu wa 2013, akianza na kumaliza mbio za mbio za msalaba huko Cross Internacional de Itálica na nafasi ya tatu huko Cross Internacional Juan Muguerza. Nafasi ya pili kwa Margaret Muriuki katika michuano ya Kenya Cross Country Championships ilileta uteuzi wake kwa timu ya kitaifa ya wakubwa, na kumaliza nafasi ya kumi katika michuano ya michuano ya dunia ya 2013 IAAF World Cross Country
(ingawa ni wa tano tu kati ya timu ya Kenya iliyoshinda). Alishindana kwenye mzunguko wa mbio za IAAF Diamond League kwa mara ya kwanza mwaka huo na akafanikiwa kufanikiwa kwa dakika 8:56.20 na dakika 14:50.99 kwa mita 3000 na 5000.