Andika mwendelezo kwa aya hii - Katika c. 800, Abd al-Malik pia aliwekwa kama mwalimu juu ya mwana wa Harun al-Qasim. Umaarufu wake na ushawishi wake katika jeshi ulimfanya Harun asimwamini na mwaka wa 803 alikamatwa na kutupwa gerezani. Sababu halisi bado haijulikani, ingawa vyanzo vingi vinakubaliana kwamba mwanawe mwenyewe, Abd ar-Rahman, alimjulisha Khalifa kwamba alikuwa akipanga kumwangusha. Abd al-Malik alibaki gerezani hadi kifo cha Harun miaka sita baadaye, wakati Khalifa al-Amin (r. 809<unk>813) alimwachilia. Urithi wa Al-Amin ulipingwa
na ndugu yake wa kambo mzee al-Ma'mun, na kulikuwa na machafuko nchini Syria. Abd al-Malik bado alikuwa na ushawishi mkubwa juu ya vikosi vya mpaka, na kwa hivyo aliteuliwa kuwa gavana wa Syria na Upper Mesopotamia na alipewa jukumu la kupata mikoa hii kwa al-Amin na kuongeza vikosi vya kukabiliana na al-Ma'mun. Hata hivyo, muda mfupi baada ya kufika kwenye makao yake huko Raqqa, Abd al-Malik aliugua na kufa. Kaburi lake lilibomolewa miaka michache baadaye na al-Ma'mun mwenye ushindi, kwa madai kwamba Abd al-Malik alikuwa ameapa kutokubali utawala wa al-Ma'mun.