Kufikia mwaka 1946 alikuwa mzalendo wa Kiarabu na akaanza kupata silaha za kuingizwa kwa siri katika mamlaka ya zamani ya Uingereza ya Palestina, kwa matumizi ya watu wasio wa kawaida katika Kamati ya Juu ya Kiarabu na Jeshi la majeshi ya Vita Takatifu. Wakati wa Vita vya 1948 vya Kiarabu-Israeli, Arafat aliondoka Chuo Kikuu na, pamoja na Waarabu wengine, alitafuta kuingia Palestina kujiunga na vikosi vya Kiarabu kupigana dhidi ya majeshi ya Kiarabu na uundaji wa serikali ya Israeli. Hata hivyo, badala ya kujiunga na safu za Wapalestina, Arafat alipigana pamoja na Umoja wa Ndugu za Kiislamu, ingawa hakujiunga na shirika hilo. Alichukua sehemu katika eneo kuu la mapigano ya Gaza mnamo 1956 (ambayo ilikuwa mapigano ya Kiarabu ya kuzunguka vikosi vya Waarabu wa Palestina).
Mwaka wa 1949