Andika mwendelezo wa aya hii - Mnamo 20 Agosti, Higuaín alifunga bao la ushindi kwenye mechi yake ya kwanza ya Juventus katika mechi yao ya ufunguzi dhidi ya Fiorentina ya ushindi wa 2 kwa 1. Mnamo 10 Septemba, alifunga brace katika ushindi wa nyumbani wa 3-1 dhidi ya Sassuolo. Mnamo Oktoba 29, alifunga bao la ushindi dhidi ya timu yake ya zamani, Napoli, lakini hakusherehekea bao lake, katika ushindi wa nyumbani wa 2-1. Mnamo Aprili 5, 2017, Higuaín alifunga mara mbili dhidi ya Napoli katika 2016-17 Coppa Italia nusu fainali ya pili ya kuweka Juventus hadi mwisho 5-4 kwa jumla, licha ya kupoteza 3-2. Wiki iliyofuata, akawa mchezaji wa kwanza kufunga zaidi ya mabao 20 katika msimu wake wa kwanza kwa Juventus tangu John Charles na Omar Sívori walifanikiwa kufanya hivyo wakati wa 1957-58 Serie A
msimu, wakati alifunga brace dhidi Chievo. Mnamo Aprili 15, Higuaín alifunga mabao yote mawili katika ushindi wa 2 kwa 0 dhidi ya Pescara, ambayo ilijumuisha bao lake la 200 la ligi huko Uropa. Mnamo 3 Juni, Higuaín alianza katika fainali ya Ligi ya Mabingwa, lakini Juventus walishindwa 4 kwa 1 na mabingwa wa kutetea Real Madrid; aliweka alama ya usawa wa muda wa Mario Mandžukić katika nusu ya kwanza.