Kamilisha sentensi ifuatayo: Mnamo 18 Septemba 2020, Müller alifunga bao lake la kwanza la msimu, na kutoa msaada mmoja, katika ushindi wa 8-0 dhidi ya Schalke 04. Baadaye alifanikiwa kushinda
UEFA Super Cup na DFL-Supercup kuwa nyara yake ya 27 ya kazi yake ya klabu; kwa hivyo, akawa mchezaji aliyepambwa zaidi katika historia ya Ujerumani, akivunja rekodi ya awali ya nyara 26 zilizoshinda na mwenzake wa zamani wa Bayern Bastian Schweinsteiger. Mnamo 11 Februari 2021, alipata virusi vya COVID-19 na akaenda kujitenga; kwa hivyo, hakuweza kucheza katika fainali ya Kombe la Dunia la Klabu la FIFA la 2020.