Andika mwendelezo wa aya hii - Bayern ilitimiza matakwa ya Guardiola ya kusaini Thiago Alcântara kutoka FC Barcelona na msimu wa kwanza wa Guardiola ulianza vizuri na Bayern kupanua mfululizo wa mechi za ligi zisizoharibika kutoka msimu uliopita hadi mechi 53. Kushindwa kwa mwisho kwa Augsburg kulikuja siku mbili za mechi baada ya Bayern tayari kudai jina la ligi. Wakati wa msimu, Bayern pia alikuwa alidai majina mengine mawili, FIFA Club World Cup na UEFA Super Cup
, mwisho kuwa kubwa ya mwisho kombe klabu alikuwa bado alishinda. Bayern pia alishinda kombe kukamilisha mara yao ya kumi ya ndani, lakini walipoteza katika nusu fainali ya Ligi ya Mabingwa kwa Real Madrid. Nje ya uwanja, rais wa Bayern Uli Hoeneß alipatikana na hatia ya wizi wa kodi tarehe 13 Machi 2014 na kuhukumiwa miaka mitatu na nusu gerezani. Hoeneß alijiuzulu siku iliyofuata. Makamu wa Rais Karl Hopfner alichaguliwa kuwa rais tarehe 2 Mei. Kabla ya msimu wa 2014-15, Bayern walimchukua Robert Lewandowski baada ya mkataba wake kumalizika huko Borussia Dortmund, na wakampa mkopo Xabi Alonso kutoka Real Madrid. Bayern pia ilimruhusu Toni Kroos kuondoka kwenda Real. Icon za klabu Bastian Schweinsteiger na Claudio Pizarro waliondoka kabla ya msimu wa 2015-16. Katika misimu hii miwili, Bayern walitetea taji lao la ligi, ikiwa ni pamoja na mara mbili nyingine mnamo 2015-16, lakini walishindwa kuendelea zaidi ya nusu fainali katika Ligi ya Mabingwa. Ingawa uongozi wa klabu hiyo ulijaribu kumshawishi Guardiola kubaki, kocha huyo aliamua kutoongeza mkataba wake wa miaka mitatu.