Katika karne tatu zilizofuata, Franciscans walikuwa ndani na nje ya Nazareth, kulingana na hali ya kisiasa ya ndani, ambayo ilikuwa katika mabadiliko ya mara kwa mara. Taarifa za Franciscan za kipindi hiki zinaonyesha kufukuzwa kwao mnamo 1363, kurudi kwao mnamo 1468 na mauaji ya baadhi ya wanachama wao mnamo 1542. Familia za kikristo za eneo hilo zilizo na msaada wa Franciscan zilisaidia kutunza kanisa pia wakati huu.Emir Fakr ad-Din aliwapa ruhusa Franciscans kurudi mnamo 1620, wakati ambao walijenga muundo mdogo wa kuzunguka pango takatifu ambalo linaheshimiwa kama nyumba ya Maria. Mnamo 1730, Zahir al-Umar aliruhusu ujenzi wa kanisa jipya la Kikristo, ambalo lilikuja kuwa basilika kuu ya Nazareti kwa miaka 1291.
Mwaka wa 1954