Kufuatia uvamizi wa pamoja wa Ujerumani na Urusi wa Poland, ambayo ilianza Vita vya Kidunia vya pili mnamo Septemba 1939, Augustów ilichukuliwa
na Muungano wa Sovieti hadi 1941. Wakazi wengi walipelekwa uhamishoni nchini Kazakhstan, ambapo baadhi yao waliweza kurudi baada ya miaka 6. Mnamo Juni 22, 1941, kabla ya Wajerumani kukamata mji, Soviets waliua karibu wafungwa 30-34 wa Kipolishi huko Augustów kama sehemu ya mauaji ya wafungwa wa NKVD. Majeshi ya Nazi ya Ujerumani yalichukua Augustów hadi 1944, na kuendesha kambi ya kazi ya kulazimishwa katika mji. Vita vya Pili vya Dunia ilileta uharibifu wa karibu 70% ya mji na kifo au kuondoka kwa wengi wa wakazi wake, kati yao jamii ya Wayahudi elfu kadhaa ambao walifungwa gerezani katika ghetto iliyoko kati ya mfereji na mto. Wajerumani waliwaua karibu wote kabla ya kuondoka. Mnamo mwaka wa 1945 Wasovieti walifanya kampeni ya kukamata watu karibu na mji wa Augustów - kampeni ya pekee dhidi ya wapiganaji wa zamani wa Armia Krajowa waliopinga ukomunisti.