Kwa mujibu wa baadhi ya vyanzo, Mohéli alirudi kwa udhibiti wa serikali mwaka wa 1998. Mwaka wa 1999, Anjouan alikuwa na migogoro ya ndani na Agosti 1 wa mwaka huo, rais wa kwanza mwenye umri wa miaka 80 Foundi Abdallah Ibrahim alijiuzulu, akihamisha madaraka kwa mratibu wa kitaifa, Abe Said. Serikali ilipinduliwa na mapinduzi ya jeshi na maofisa wa majini mnamo Agosti 9, 2001. Mohamed Bajouan aliinuka haraka kuwa kiongozi wa junta ambayo ilichukua na mwishoni mwa mwezi alikuwa kiongozi wa nchi hiyo. Licha ya majaribio ya miezi miwili ya mapinduzi ya waasi kwa nguvu, Umoja wa Afrika unasafirisha mazungumzo ili kuleta maridhiano.
Mwaka wa 1997