Andika mwendelezo wa aya hii - Kroos alirudi katika hali ya kufaa kwa mwanzo wa msimu wa 2013/14 na, alicheza katika Kombe Kuu la Ujerumani na Kombe Kuu la UEFA
.. na Mnamo 4 Oktoba 2013, alifunga bao lake la kwanza la msimu katika sare ya 1 kwa 1 dhidi ya klabu yake ya zamani Bayer Leverkusen katika Bundesliga. Alianza mechi mbili kwa Bayern katika Kombe la Dunia la Klabu la FIFA la 2013. Ya kwanza dhidi ya Guangzhou Evergrande katika ushindi wa nusu fainali 3<unk>0 mnamo 17 Desemba 2013, na katika fainali wakati timu ilipiga Raja Casablanca 2<unk>0.