Andika mwendelezo wa fungu hili - Wasovieti walichukua udhibiti wa maisha ya kisiasa, kiuchumi, na kitamaduni katika majimbo hayo matatu. Walianza haraka kutekeleza sera mbalimbali za kuanzisha serikali za Sovieti: kuuza-uza biashara za kibinafsi, kurekebisha sheria za ardhi ili kutayarisha kuanzishwa kwa jamii, kukandamiza mashirika ya kisiasa, kitamaduni, na kidini. Maisha ya kiuchumi yavurugika na viwango vya maisha vikapungua. Wanaharakati wa kisiasa na watu wengine walioonwa kuwa "adui wa watu" walikamatwa na kufungwa. Mnamo Juni 1941, watu wapatao 17,000 wa Lithuania walihamishwa katika mkusanyiko wa kwanza
.. na Ukandamizaji zaidi ulizuiwa na uvamizi wa Nazi katika Muungano wa Sovieti. Baada ya juma moja, Lithuania ilikuwa chini ya utawala wa Nazi. Mwanzoni Wajerumani walikaribishwa kama wakombozi kutoka kwa utawala wa Sovieti wenye kukandamiza. Hata wakati ambapo Walithuania walivunjika moyo na utawala wa Nazi na kupinga kwa utaratibu, hasa Kamati Kuu ya Ukombozi wa Lithuania, Muungano wa Sovieti uliendelea kuwa "Adui wa Umma Namba Moja".