Andika mwendelezo wa aya hii - Jefferson alikuwa na mashaka ya kujihusisha na aina yoyote ya mzozo wa kimataifa, lakini aliamini kwamba nguvu ingezuia bora Mataifa ya Barbary kutoka kudai ushuru zaidi. Aliamuru Jeshi la Wanamaji la Marekani liingie katika Bahari ya Mediterania ili kulilinda dhidi ya Maharamia wa Barbary, na hivyo kuanza Vita vya Kwanza vya Barbary
.. na Jitihada za awali za serikali hazikuwa na matokeo, na mwaka wa 1803 meli hiyo ilichukuliwa na mji wa Tripoli. Mnamo Februari 1804, Luteni Stephen Decatur aliongoza uvamizi uliofanikiwa kwenye bandari ya Tripoli ambayo ilichoma "Philadelphia", na kumfanya Decatur kuwa shujaa wa kitaifa. Jefferson na jeshi jipya la majini la Marekani waliwalazimisha Tunisia na Algiers kuvunja muungano wao na Tripoli ambao mwishowe uliwaondoa katika vita. Jefferson pia aliamuru mabomu matano tofauti ya baharini ya Tripoli, ambayo ilirudisha amani katika Mediterania kwa muda, ingawa Jefferson aliendelea kulipa majimbo ya Barbary iliyobaki hadi mwisho wa urais wake.