Andika mwendelezo wa aya hii - Mnamo Oktoba 2018 ilithibitishwa kuwa Nakagami angebaki katika LCR Honda kwenye mashine ya vipimo vya 2018 kwa msimu wa MotoGP wa 2019
kando ya mwenzake Cal Crutchlow. Katika nusu ya kwanza ya msimu yeye mara kwa mara mafanikio ya juu 10 kumaliza, lakini ajali nzito katika Uholanzi TT na baadaye jeraha bega imesababisha kushuka kwa fomu. Alichagua kumaliza msimu wake mapema baada ya Grand Prix ya nyumbani kwake kufanyiwa upasuaji ili kurekebisha bega lake lililoharibiwa na kupona kabla ya msimu wa 2020. Alibadilishwa kwa raundi tatu za mwisho na Johann Zarco wa KTM. Nakagami mwishowe alimaliza msimu katika nafasi ya 13 na alama 74, zaidi ya mara mbili msimu wake wa rookie.