Maguire amekuwa mwangalifu tangu umri wa miaka 19 baada ya kupata "ugumu fulani" na pombe katika miaka yake ya mwisho ya ujana. Maguire alikutana na mtengenezaji wa vito vya mapambo Jennifer Meyer mnamo 2003 wakati alikuwa akipakua filamu ya Seabiscuit huko Universal Studios, na walifunga ndoa mnamo Aprili 2006. Binti yao alizaliwa mnamo Novemba 2006. Maguire na Meyer walifunga ndoa mnamo Septemba 3, 2007, huko Hawaii. Mtoto wao wa pili, mtoto, alizaliwa mnamo Mei 18, 2016, baada ya miaka tisa ya kutengana.
Kona, Hawaii