Kuandika mwendelezo kwa aya hii - Februari 9, 1995, Desjardins ilibadilishwa kwa Philadelphia Flyers pamoja na John LeClair na Gilbert Dionne badala ya Mark Recchi na 3 raundi kuchagua katika 1995 NHL Entry Draft
(Martin Hohenberger). Aliletwa ili kuimarisha ulinzi wa Flyers na alifanya hivyo kwani alishinda ya kwanza ya kile ambacho kitakuwa vikombe saba vya Barry Ashbee, tuzo iliyotolewa kila mwaka kwa blueliner ya juu ya Flyers. Alicheza sehemu iliyobaki ya kazi yake na Flyers, kufikia uchaguzi wa timu ya pili ya NHL All-Star (1999, 2000) na maonyesho mawili zaidi ya All-Star Game (1996, 2000). Pointi zake 396 pamoja na Flyers ni wa pili kati ya watetezi wa timu hiyo baada ya alama 480 za Mark Howe. Wakati wa msimu wa 1999/2000, Desjardins akawa nahodha wa Flyers baada ya Eric Lindros kuondolewa uongozi kwa malalamiko yake juu ya wafanyikazi wa matibabu wa Flyers.