Katika mwaka wa 1929, Khomeini aliolewa na Khadijeh Saqafi, binti mwenye umri wa miaka 16 wa kasisi huko Tehran. Kwa akaunti zote ndoa yao ilikuwa ya amani na furaha. Alikufa mwaka wa 2009. Walikuwa na watoto saba, ingawa watano tu waliokoka utoto. Binti zake wote waliolewa katika familia za wafanyabiashara au wa kidini, na wanawe wote waliingia katika maisha ya kidini. Mostafa, mwana mkubwa, alikufa mwaka wa 1977 wakati wa uhamisho huko Najaf, Iraq na baba yake na aliripotiwa na wafuasi wa baba yake kuuawa na SAVAK. Ahmad Khomeini, ambaye alikufa mwaka wa 1995 akiwa na umri wa miaka 50, pia aliripotiwa kuwa ni mwathirika wa mchezo mbaya, lakini mikononi mwa serikali.
Khadijeh Saqafi