Andika mwendelezo wa aya hii - Messier alijiandikisha katika Chuo Kikuu cha Jimbo la Michigan, akifuata nyayo za kaka yake mkubwa Mitch. Alicheza kwa Spartans kwa miaka minne na alikuwa CCHA Kwanza Team All-Star uteuzi katika mwaka wake wa mwisho katika 1991-92. Baada ya mwaka wake wa pili, Messier alichaguliwa na New York Rangers katika 1989 NHL Entry Draft
, 118 kwa ujumla. Wakati wake na Spartans baadhi ya wachezaji wenzake walijumuisha Rod Brind'Amour, Kip Miller, Jason Woolley, Bryan Smolinski na Rem Murray.