Katika Januari 2009, Rais Barack Obama aliteuliwa Panetta kwa nafasi ya Mkurugenzi wa CIA. Panetta alithibitishwa na Seneti kamili mnamo Februari 2009. Kama mkurugenzi wa CIA, Panetta alisimamia operesheni ambayo ilimshinda mhalifu wa kimataifa Osama bin Laden. Mnamo Aprili 28, 2011, Obama alitangaza uteuzi wa Panetta kama Katibu wa Ulinzi, kuchukua nafasi ya Robert Gates aliyestaafu. Mnamo Juni Seneti ilithibitisha Panetta kwa kauli moja na alichukua ofisi mnamo Julai 1, 2011. David Petraeus alichukua nafasi ya Mkurugenzi wa Shirika la Upelelezi wa Kati mnamo Septemba 6, 2011. Tangu kustaafu kama Katibu wa Ulinzi mnamo 2013, Panetta amekuwa Mwenyekiti wa Taasisi ya Panetta ya Sera ya Umma, iliyoko katika Chuo Kikuu cha Jimbo la California, Monterey Bay, chuo cha Chuo Kikuu cha Jimbo la California ambacho alisaidia kuanzisha wakati wa uongozi wake kama Kongamano. Taasisi hiyo imejitolea kuandaa maisha na kuhamasisha watu kwa huduma na kuwasaidia kuwa na sera ya kidemokrasia.
Januari 2009