Andika mwendelezo wa fungu hili - Vita vya Wenyewe kwa Wenyewe vya Marekani vilipoanza, Jones alijiunga na Jeshi la Muungano. Mnamo Julai 7, 1861, alijiunga na 37th New York Volunteers, inayojulikana kama "Rifles za Ireland", chini ya Kanali John H. McCunn. Mwanzoni alikuwa mtu binafsi lakini haraka alijikuta amechaguliwa kwa cheo cha luteni wa pili na wanaume katika jeshi. Alikuwa katika vita ya kwanza ya Bull Run, wiki mbili tu baada ya kujiandikisha, lakini hakuona hatua yoyote kama kitengo hicho kilifanyika katika hifadhi. Jones alionyesha "tabia ya ujasiri" wakati wa miaka yake ya kwanza na jeshi na hivi karibuni alipanda katika cheo cha luteni wa kwanza na msaidizi mnamo Novemba 4, 1861, na kisha mkubwa mnamo Januari 21, 1862. Yeye na "Irish Rifles" baadaye walijiunga na Jenerali Samuel P. Heintzelman's III Corps, kama sehemu ya Kikosi cha 3 cha Idara ya 3 chini ya Brigadier General Philip Kearny, wakati wa kampeni ya Peninsula na walishiriki katika Williamsburg, Seven Pines
na kampeni ya Siku Saba. Jones pia alikuwapo wakati wa 37 New York Volunteers, kisha attached kwa 3 Brigade ya 1 Division ya III Corps, walikuwa katika vita ya pili ya Bull Run. Mnamo Mei na Juni, alianza kuugua malaria na alilazwa hospitalini huko Washington, D.C. mnamo Septemba 26 akikaa huko hadi mwisho wa Oktoba. Pia alikuwa afisa kwa muda mfupi kwa Meja Jenerali Franz Sigel kabla ya kustaafu kwa Jenerali Ambrose Burnside na urekebishaji wa Jeshi la Potomac.