Kuwasili kwa meneja mpya Julen Lopetegui mnamo Agosti 2018 kumemwona Modrić akirudi kwenye timu ya kwanza kama mbadala kwa sababu ya ukosefu wake wa mafunzo ya kabla ya msimu baada ya Kombe la Dunia la 2018. Hii ni pamoja na kuonekana badala katika timu yake 2 4 hasara baada ya muda wa ziada dhidi ya Atlético Madrid katika UEFA Super Cup
.. na Mwanzo wake wa kwanza wa msimu ulikuja mnamo 1 Septemba katika ushindi wa nyumbani wa 4-1 dhidi ya Leganés, ambapo alisaidia bao la tatu la timu yake, lililopigwa na Karim Benzema. Maonyesho yake ya 100 katika mashindano ya klabu ya UEFA yalikuja mnamo 19 Septemba katika ushindi wa nyumbani wa 3 kwa 0 dhidi ya Roma, ambapo alisaidia bao la pili, lililosainiwa na Gareth Bale. Mnamo 22 Desemba, Modrić alishinda Kombe la Dunia la Klabu ya FIFA ya tatu, akifunga bao la kwanza na kusaidia kwa tatu katika fainali dhidi ya Al Ain. Mnamo 13 na 19 Januari 2019, Modrić kwa mara ya kwanza alifunga katika mechi mbili mfululizo za ligi kwa Real Madrid, katika ushindi wa 1<unk>2 dhidi ya Real Betis na 2<unk>0 nyumbani dhidi ya Sevilla. Katika mwezi huo huo alijumuishwa katika Timu ya Mwaka ya UEFA (2018) kwa mara ya tatu katika kazi yake. Kuanzia 27 Februari hadi 5 Machi, Modrić alipitia kile alichoelezea kama "wiki ngumu zaidi ya maisha yake ya mpira wa miguu", na Real Madrid kupoteza kwa Barcelona mara mbili na Ajax na kuanguka nje ya Copa del Rey, mbio za jina na Ligi ya Mabingwa, mtawaliwa. Licha ya kuwa na msimu wa chini, kwa mara ya tano mfululizo alijumuishwa katika FIFA FIFPro World XI.