Andika mwendelezo wa aya hii - Čech alianza katika mechi ya kwanza ya Chelsea ya msimu wa 2012-13, Shield ya Jumuiya ya 2012 dhidi ya Manchester City, lakini alishindwa kuweka safu safi wakati Chelsea ilipungua 3<unk>2 kwa mabao kutoka Yaya Touré, Carlos Tevez na Samir Nasri. Yeye pia alionekana katika mwisho UEFA Super Cup
ilichezwa katika Uwanja wa Stade Louis II wa Monaco, ambapo alifunga mabao manne wakati Chelsea ilipoteza 4 kwa 1 kwa washindi wa Ligi ya Europa ya UEFA Atlético Madrid. Mnamo Oktoba 2012, Čech alichukua mkanda wa kapteni wakati nahodha wa kawaida wa Chelsea John Terry aliondolewa na marufuku ya mechi nne.