Andika mwendelezo wa aya hii - Baada ya msimu wa 2012, Scutaro na Giants walikubali mkataba wa miaka 3, $ 20 milioni ambayo ikawa rasmi mnamo Desemba 7, 2012. Mnamo mwaka wa 2013, Scutaro alikuwa mwanzilishi wa msingi wa pili, na Tony Abreu na Nick Noonan kama backups zake kuu. Katika michezo 81 katika nusu ya kwanza, Scutaro hit.316/.367/.400 na 2 HR, 22 RBI na 37 R, na aliitwa kwa 2013 MLB All-Star Game
.. na Scutaro alicheza mchezo wake wa mwisho wa 2013 mnamo Septemba 15, na alifungwa rasmi mnamo Septemba 24. Alifanyiwa upasuaji mnamo Septemba 27 ambao uliingiza pini kwenye kidole kidogo cha kushoto akirekebisha kidole chake cha nyundo, jeraha alilopata mnamo Juni 11 dhidi ya Pirates wakati alipopigwa na Tony Watson. Katika michezo 127 mnamo 2013, alipiga.297/.357/.369 na 2 HR, 31 RBI na 57 R.