Kamilisha sentensi ifuatayo: Mnamo 2016, Bagnaia alianza msimu na kumaliza podium huko Losail na kumaliza podium nyingine huko Jerez, kumaliza 3 katika hafla zote mbili. Katika mbio yake nyumbani nchini Italia Bagnaia alipata nafasi nyingine ya 3 kumshinda Niccolò Antonelli kwa sekunde 0.006. Kufuatiwa na ajali katika Barcelona, Bagnaia kupata yake ya kwanza Grand Prix ushindi katika kihistoria
Mzunguko wa Assen katika mbio yake ya 59 ya Moto3 na ilikuwa ushindi wa kwanza kwa Mahindra pia. Sasa alikuwa na podium 4 katika mashindano 8 ya kwanza ya msimu na alijikuta akipigania taji. Baada ya mbio mbili za wastani na ajali huko Brno, Bagnaia alipata nafasi yake ya kwanza ya pole katika Silverstone iliyoathiriwa na mvua na kumaliza wa pili nyuma ya Brad Binder katika mbio ya kusisimua. Bagnaia alishinda mbio yake ya pili msimu huu huko Sepang, akishinda mbio kwa raha na pengo kubwa baada ya Brad Binder, Joan Mir na Lorenzo Dalla Porta wote kuanguka kwenye kona moja mwanzoni mwa mbio, ambayo ilikuwa imejaa ajali nyingi. Alimaliza msimu na pointi 145 kuchukua nafasi ya 4 katika Mashindano ya Moto3 na jumla ya ushindi 2 na podiums 6. Bagnaia alikuwa na nafasi ya kumaliza 2 katika michuano ya dunia nyuma ya Brad Binder lakini kwa bahati mbaya alichukuliwa nje katika Phillip Island na Valencia na Gabriel Rodrigo. Rodrigo alimsukuma nje Fabio Di Giannantonio huko Australia ambaye alienda chini na kukusanya Bagnaia pamoja naye. Katika Valencia Rodrigo alifanya ajali highside juu ya mzunguko wa kwanza inakaribia kona ya mwisho, tena Bagnaia akaenda chini inevitably.