Andika mwendelezo wa aya hii - Utawala wa Rais William J. Clinton baadaye ulifanya kazi ya kutenganisha Sudan. Wakati wa katikati ya miaka ya 1990, ilianzisha sera ya Mstari wa Mbele wa Mataifa ya shinikizo dhidi ya Khartoum kwa msaada wa Uganda, Ethiopia, na Eritrea. Kuongezeka kwa kutoridhika na sera za Sudan na habari za tishio la kigaidi zilizolenga Wamarekani nchini Sudan, ambazo nyingi zilikuwa za uwongo, zilifanya Marekani katika chemchemi ya 1996 kuhamisha Wamarekani wote kutoka ubalozi wa Khartoum kwenda Ubalozi wa Marekani huko Nairobi. Ubalozi huko Khartoum uliendelea kuwa wazi lakini uliendeshwa na Wasudan na mara kwa mara na Wamarekani kutoka Kenya. Kwa msukumo wa Marekani, Sudan ilimlazimisha Osama bin Laden kuondoka nchini Mei 1996, lakini Washington haikufuata maendeleo haya kwa kujaribu kuboresha uhusiano na Sudan. Uhusiano huo ulipungua sana mnamo Agosti 1998, siku chache tu baada ya mabomu ya mabalozi ya Marekani
katika Dar es Salaam, Tanzania, na Nairobi, Kenya, wakati meli ya jeshi la majini la Marekani ilipozindua makombora dhidi ya kiwanda cha dawa huko Khartoum kwa misingi ya mashaka kwamba kilikuwa na uhusiano na utengenezaji wa silaha za kemikali.