Kufuatia uvamizi wa Ujerumani ya Nazi na Urusi ya Poland, ambayo ilianza Vita vya Pili vya Dunia, Kolno ilichukuliwa na vikosi vya Ujerumani tarehe 8 Septemba 1939. Mnamo 12-13 Septemba 1939, Wajerumani "Einsatzgruppe V" waliingia mjini kufanya uhalifu mbalimbali dhidi ya wananchi. Mnamo Septemba 29 Wasovieti waliingia eneo hilo kulingana na Mkataba wa Ribbentrop-Molotov. Wasovieti waliwahamisha wakazi wengi hadi Urusi. Tayari katika 1939, harakati ya upinzani ya Kipolishi iliandaliwa katika Kolno na Stanisław Milewski. Jiji hilo liliendelea kuwa chini ya utawala wa Sovieti
hadi Operesheni Barbarossa (22 Juni 1941) wakati ilipinduliwa tena na Wehrmacht.