Katika mahojiano ya mwaka 2011 alisema, "Leo waigizaji wamekuwa wazi zaidi na vyombo vya habari. Lakini hii imesababisha shida kwa waigizaji kama mimi kwa sababu ikiwa sitafanya hivyo, basi nitamalizika kuitwa mkali. Kwa hivyo sasa nimejibadilisha na ninaweza kufikiwa kwa urahisi. " Mukerji ameshirikiana mara kwa mara na kudumisha urafiki wa karibu na waigizaji Shah Rukh Khan na Aamir Khan, na mtengenezaji wa filamu Karan Johar. Asili ya uhusiano wa Mukerji na mtengenezaji wa filamu Aditya Chopra ilikuwa mada ya ripoti ya uharamia nchini India, ingawa alikataa kuzungumza juu yake hadharani. Mnamo Aprili 21, 2014, alioa Chopra katika sherehe ya kibinafsi huko Italia. Mnamo Desemba 9, 2015, alijifungua mtoto wao wa kike aliyeitwa Adira. Swali: Jina la mtoto wao ni nani?
Adira