Andika mwendelezo wa aya hii - Hata hivyo, Muungano ulileta upinzani miongoni mwa makundi kadhaa katika nchi zote mbili ambazo zilichukizwa na kupunguzwa kwa utambulisho wa kitaifa na nchi jirani. Wanasiasa wengi wa Peru waliopinga wazo la Muungano walikimbilia Chile, ambapo walipokea msaada na hii ilisababisha Vita vya Muungano
Chile ilitangaza vita Desemba 28, 1836, nayo Argentina ikafanya vivyo hivyo Mei 9, 1837. Kikosi cha kijeshi cha Chile dhidi ya Santa Cruz, kilichoongozwa na Admiral Manuel Blanco Encalada, kilishindwa na kulazimika kujisalimisha kwa saini ya Mkataba wa Paucarpata, mnamo Novemba 17, 1837.