Andika mwendelezo wa aya hii - Wakati vita iliporejeshwa katika 1799, Jourdan alikuwa katika kichwa cha jeshi juu ya Rhine, lakini tena kuteseka kushindwa kwa mikono ya Archduke Charles katika vita ya Ostrach
na Stockach mwishoni mwa Machi. Akiwa amevunjika moyo na afya yake ikiwa imeharibika, alimkabidhi Jenerali André Masséna mamlaka. Alianza tena kazi zake za kisiasa na alikuwa mpinzani mashuhuri wa Mapinduzi ya 18 Brumaire, baada ya hapo alifukuzwa kutoka Baraza la Watu 500. Hata hivyo, punde si punde, alipatana rasmi na "utawala" huo mpya, na kukubali kazi mpya za kijeshi na za kiraia kutoka kwa Napoleon. Mnamo mwaka wa 1800, Jourdan akawa inspekta mkuu wa jeshi la wapanda farasi na askari wa miguu na mwakilishi wa maslahi ya Ufaransa katika Jamhuri ya Cisalpine.