Baada ya Euro 2000, Nesta's ilibaki kuwa kituo cha kwanza cha uchaguzi kwa Italia chini ya meneja mpya Giovanni Trapattoni, akionyesha sana wakati wa kampeni ya kufuzu Kombe la Dunia ya 2002. Wakati wa Kombe la Dunia la 2002, alishirikiana na Fabio Cannavaro katika ulinzi wa kati, na kuweka safu safi katika ushindi wa ufunguzi dhidi ya Ecuador, lakini tena, jeraha lilimzuia kucheza katika raundi ya pili, na Nesta hakuonekana katika ushindi wa mzunguko wa pili wa utata kwa mwenyeji mwenza Korea Kusini. Nesta alionekana sana wakati Italia iliongoza kundi lao la kufuzu Euro 2004. Italia iliendelea kutamaushwa katika mashindano makubwa wakati wa Euro 2004
, hata hivyo, ambapo walikuwa kuondolewa katika raundi ya kwanza baada ya tatu-kuelekea tano pointi sare na Denmark na Sweden, tu kuondolewa juu ya kukutana moja kwa moja. Nesta alifanikiwa kubaki bila majeraha na kucheza kwa dakika 90 kamili katika michezo yote mitatu ya kikundi, na kusaidia Italia kuweka safu safi katika sare ya ufunguzi dhidi ya Denmark.