Andika mwendelezo wa aya hii - Amer alicheza jukumu kubwa katika mapinduzi ya kijeshi yaliyomwondoa Mfalme Farouk mwaka 1952 na ambayo yalileta Jenerali Muhammad Naguib na Kanali Gamal Abdel Nasser madarakani. Mwaka uliofuata, Amer alipandishwa cheo moja kwa moja kutoka kwa mkuu hadi kwa mkuu wa jeshi, akizunguka safu nne za kijeshi, na akafanywa Mkuu wa Wafanyakazi Mkuu wa Misri. Mnamo 1956, Amer aliteuliwa kuwa kamanda mkuu wa amri ya pamoja ya kijeshi iliyoanzishwa na Misri na Syria. Pia aliongoza vikosi vya Misri dhidi ya vikosi vya Israeli na washirika wa Uingereza na Ufaransa wakati wa vita vya Suez vya 1956
.. na Baada ya mapigano kumalizika, Amer alimshutumu Nasser kwa kusababisha vita visivyohitajika na kisha akalaumu jeshi kwa matokeo. Kama mwakilishi wa Nasser nchini Syria, Amer alikamatwa na waasi wakati wa mapinduzi ya 1961 ya Syria na kurudishwa Cairo.