Mnamo Oktoba 1, 2003, mashirika matatu yaliunganishwa ili kuunda JAXA mpya: Taasisi ya Japani ya Nafasi na Sayansi ya Anga (ISAS), Maabara ya Kitaifa ya Anga ya Japani (NAL), na Wakala wa Kitaifa wa Maendeleo ya Anga ya Japani (NASDA). JAXA iliundwa kama Taasisi ya Usimamizi Binafsi inayosimamiwa na Wizara ya Elimu, Utamaduni, Michezo, Sayansi na Teknolojia (MEXT) na Wizara ya Mambo ya Ndani na Mawasiliano (MIC). Kabla ya kuunganishwa, ISAS ilikuwa na jukumu la utafiti wa nafasi na sayari, wakati NAL ililenga utafiti wa anga. NASDA, ambayo ilianzishwa mnamo Oktoba 1, 1969, ilikuwa imeunda makombora, satelaiti, na pia iliunda Moduli ya Majaribio ya Kijapani ya zamani. Makao makuu ya NASDA yalikuwa katika tovuti ya sasa ya Kituo cha Anga, kwenye Kisiwa cha Tanegashima, kilomita 115 kusini mwa Aerospace. Waziri Mkuu wa Japan (NAL) aliongoza JAXA kama Taasisi ya Kitaifa ya Maendeleo ya Anga, ambayo ili
Oktoba 1, 2003