Kamilisha sentensi ifuatayo: Mnamo 23 Agosti 2015, Bonaventura alifanya mechi yake ya kwanza msimu Milan ilipoteza 2<unk>0 kwa Fiorentina. Mechi iliyofuata dhidi ya Empoli, Bonaventura aliingia uwanjani kama mbadala wa Suso katika dakika ya 55 na aliweza kusaidia bao la ushindi la Luiz Adriano kutoka kwa kona dakika 15 baadaye. Mnamo Septemba 19, Bonaventura alisaidia bao la kwanza la Carlos Bacca na akafunga moja kwa moja kutoka kwa risasi ya bure katika ushindi wa 3<unk>2 dhidi ya Palermo. Pia alipata msaada mwingine na bao katika mchezo uliofuata wa Milan, ushindi wa 2 kwa 3 dhidi ya Udinese. Kwa mara nyingine tena, alisaidia malengo ya Carlos Bacca na Philippe Mexès dhidi ya Lazio katika ushindi wa 3-1 wa 1 Novemba. Aliendelea kufanya vizuri chini ya kocha wa timu Siniša Mihajlović na akawa mchezaji muhimu kwa timu yake katika msimu wote. Baada ya kukosa sare ya 0-0 dhidi ya timu yake ya zamani Atalanta kupitia kusimamishwa, alifunga bao la kufungua katika ushindi wa 4-1 dhidi ya Sampdoria mnamo Novemba 28. Alifunga tena katika mchezo wake wa pili mnamo 1 Desemba, ushindi wa 3-1 wa Coppa Italia dhidi ya Crotone, kupitia risasi ya bure ya yadi 20. Mnamo Desemba 20 alisaidia bao la Carlos Bacca na akafunga bao la marehemu wakati Milan ilipiga Frosinone 4-2. Mnamo 17 Januari 2016, alitoa msaada mwingine kwa Carlos Bacca wakati Rossoneri walipiga Fiorentina 2 kwa 0. Alimaliza msimu na mabao 7 na misaada 8 katika mashindano yote wakati Milan ilimaliza nafasi ya 7 katika
Serie A, na kupoteza katika fainali ya Coppa Italia dhidi ya Juventus, kufuatia kushindwa kwa 1: 0 katika muda wa ziada.