Andika mwendelezo wa fungu hili - Rebane alitumikia akiwa ofisa katika Jeshi la Estonia hadi majeshi ya Sovieti yalipoimiliki nchi hiyo mwaka wa 1940. Wasovieti walivunja na kunyakua sehemu kubwa ya Jeshi la Kiestonia na kukamata na kutekeleza amri nzima ya juu ya Kiestonia. Maafisa wengi wadogo, kama vile Rebane, walifutwa kazi kwa sababu ya ukosefu wao wa "uaminifu wa kisiasa" na walikuwa chini ya uhamisho. Kwa muda fulani, Rebane alifanya kazi ya ujenzi, kisha akakimbilia msituni wakati Wasovieti walipoanza kuwahamisha watu wengi
mwaka wa 1941. Alianzisha na kuongoza kitengo cha Forest Brothers cha kupambana na Soviet huko Virumaa (Kaskazini mwa Estonia) mnamo Mei 1941.