Kama karne ya 16 alikuwa kupita, humanism marehemu aliingia kando ya Calvinism kama shule kubwa ya mawazo; na takwimu kama Paul Schede, Jan Gruter, Martin Opitz, na Matthäus Merian kufundishwa katika chuo kikuu. Ni kuvutia wasomi kutoka bara lote na maendeleo katika kituo cha utamaduni na kitaaluma. Hata hivyo, pamoja na mwanzo wa miaka thelathini vita katika 1618, utajiri wa kiakili na kifedha wa chuo kikuu ilipungua. Katika 1622, basi dunia-maarufu Bibliotheca Palatina (maktaba ya chuo kikuu) aliibiwa kutoka Chuo Kikuu Cathedral na kuchukuliwa Roma. kujengwa upya juhudi baada ya hapo walikuwa kushindwa na askari wa Mfalme Louis XIV, ambaye karibu kabisa kuharibiwa katika 1693. Kama matokeo ya marehemu Counter-Mageuzi, Protestant kazi chuo kikuu waliopotea tabia yake, na channeled na Old Chuo Kikuu.
utajiri wa kiakili na kifedha wa chuo kikuu imeshuka