Baada ya kuhitimu mnamo Septemba 1864, Nietzsche alianza masomo ya theolojia na falsafa ya kawaida katika Chuo Kikuu cha Bonn kwa matumaini ya kuwa mhudumu. Kwa muda mfupi yeye na Deussen wakawa wanachama wa Burschenschaft Frankonia. Baada ya semestera moja (na kwa hasira ya mama yake), aliacha masomo yake ya theolojia na kupoteza imani yake. Mapema kama insha yake ya 1862 "Fate na Historia", Nietzsche alikuwa amedai kwamba utafiti wa kihistoria ulikuwa umepunguza mafundisho ya msingi ya Ukristo, lakini David Strauss's Kuhusu Maisha ya Yesu pia inaonekana kuwa na athari kubwa kwa kijana huyo. Kwa kuongezea, The Essence of Christianity ya Ludwig Feuerbach ilimathiri Nietzsche mchanga na hoja yake kwamba Mungu aliumba watu, na sio kinyume chake. Mnamo Juni 1865, akiwa na umri wa miaka 20, Nietzsche alimwandikia dada yake Elisabeth, ambaye alikuwa mchafu sana, alipoteza imani yake.
Septemba 1864