Katika miaka ya mapema hadi katikati ya miaka ya 1980, Cruise alikuwa na mahusiano na wanawake wakubwa, ikiwa ni pamoja na Rebecca De Mornay, miaka mitatu mzee wake; Patti Scialfa, miaka tisa mzee wake; na Cher, miaka 16 mzee wake. Cruise aliolewa na mwigizaji Mimi Rogers mnamo Mei 9, 1987. Waliachana mnamo Februari 4, 1990. Rogers alianzisha Cruise kwa Kanisa la Scientology. Alikutana na mke wake wa pili, mwigizaji Nicole Kidman, kwenye seti ya filamu yao Siku za Ngurumo (1990). Wanandoa hao waliolewa mnamo Desemba 24, 1990. Cruise na Kidman walichukua watoto wawili, Isabella Jane (aliyezaliwa mnamo 1992) na Connor Antony (aliyezaliwa mnamo 1995). Mnamo Februari 2001, Cruise aliwasilisha talaka kutoka kwa Kidman wakati alikuwa mjamzito bila kujua. Mimba ilimalizika kwa kuharibika kwa mimba. Mnamo 2007, Kidman alifafanua uvumi wa kuharibika kwa mimba mapema katika ndoa yake na Cruise, akisema katika mahojiano, "Ilikuwa inaripotiwa kuwa alikuwa na makosa", na kuelezea kuwa alikuwa na ujauzito mkubwa wa Urban. Na kabla ya kuachana na
Februari 2001