Andika mwendelezo wa fungu hili - Mnamo Desemba 1941, shule ilisimamishwa kwa uvamizi wa Kijapani wa Malaya
na kufunguliwa tena mwaka 1945 baada ya uvamizi wa Kijapani wa Malaya. Wakati huo, taasisi kazi kama nzima ((统筹统办). Shule ya Msingi ya Jit Sin na shule zingine kadhaa zilikuwa chini ya jina la jumla la taasisi, Shule ya Chung Hwa ((中华学校), ambayo ilikuwa na shule kadhaa katika maeneo mengine katika mkoa. Kwa Shule ya Msingi ya Jit Sin, ilikuwa katika kiwanda cha pakiti ya maziwa katika Barabara ya Aston, iliyokuwa nyuma ya jengo la Chama cha Han Chiang. Kwa sababu ya ukosefu wa elimu wakati wa vita, elimu iliyotolewa ilikuwa ya bure na idadi ya wanafunzi ilikuwa kubwa sana. Kwa chuo cha tawi cha Jit Sin kulikuwa na wanafunzi zaidi ya 1000. Mwishoni mwa mwaka wa 1945, shule hizo zilirudi katika hali yao ya awali. Shule ya Msingi ya Jit Sin ilifunguliwa rasmi mwaka wa 1946.