Andika mwendelezo wa aya hii - Mei 17, 2017, Werner alitajwa katika kikosi cha Ujerumani kwa Kombe la FIFA Confederations 2017 lililofanyika nchini Urusi. Alionekana kama mbadala wa Sandro Wagner katika mchezo wa timu ya ufunguzi wa mashindano dhidi ya Australia, kabla ya kufunga mabao yake mawili ya kwanza ya kimataifa wakati alichaguliwa kuanza katika mechi ya mwisho ya kundi la Ujerumani dhidi ya Cameroon mnamo Juni 25. Siku nne baadaye, Werner alifunga bao la tatu la Ujerumani katika ushindi wa nusu fainali ya 4-1 dhidi ya Mexico. Mnamo 2 Julai 2017, Werner alisaidia bao la kushinda la Lars Stindl katika fainali ya Kombe la Confederations ya 2017
dhidi ya Chile. Kwa mabao matatu na usaidizi mbili, Werner alipewa tuzo ya Golden Boot ya mashindano hayo.