Katika Januari 1964, uasi ulitokea katika kambi ya kijeshi huko Jinja, mji wa pili wa Uganda na nyumbani kwa Batalion ya 1 ya Jeshi la Uganda. Kulikuwa na uasi sawa katika majimbo mengine mawili ya Afrika Mashariki; nchi zote tatu ziliomba msaada wa vikosi kutoka kwa jeshi la Uingereza. Hata hivyo, kabla ya kufika, Obote alimtuma waziri wake wa ulinzi Felix Onama kujadili na waasi. Onama alichukuliwa mateka, na alikubaliana na mahitaji mengi, ikiwa ni pamoja na ongezeko kubwa la mshahara kwa jeshi, na kukuza haraka kwa maafisa wengi, pamoja na rais wa baadaye. Mnamo 1965, Wakenya walikuwa wamezuiliwa kutoka kwa nafasi za uongozi ndani ya serikali, na hii ilifuatiwa na kuondolewa kwa raia kutoka Uganda mnamo 1969, chini ya uongozi wa Obote. Waziri mkuu Obote alihusika katika njama ya uhamisho wa shirikisho, na Idi Amin, kamanda wa jeshi la Ugandan, aliongoza uchunguzi wa jeshi la Uingereza.
alisimamisha katiba na kujitangaza kuwa Rais Machi 1966,