Mathews na vikosi vyake pia walicheza jukumu muhimu katika kumaliza vita vya Anglo-Zanzibar
ya 1896 ambayo ilitokea kutokana na jaribio la kuzunguka mahitaji kwamba Sultans mpya lazima kuthibitishwa na British Consul. Wakati wa kipindi chake kama waziri wa kwanza Mathews aliendelea kushirikiana na jeshi na alikuwa sehemu ya kampeni mbili kubwa, moja kwa Witu na nyingine kwa Mwele.