Kamilisha sentensi ifuatayo: Rowley alitumikia akiwa mkuu wa kikosi cha 13 cha jeshi la Pennsylvania kuanzia Aprili 25, 1861, hadi Agosti 6 mwaka huo. Baadaye akawa mkuu wa jeshi la 102 la Wanajeshi wa Kujitolea wa Pennsylvania. Alijeruhiwa katika
Vita vya Seven Pines, wakati akiongoza jeshi lake katika Jeshi la Potomac. Yeye (kwa muda mfupi) aliongoza kikosi katika VI Corps katika vita ya Fredericksburg. Alipandishwa cheo kuwa brigadier general kuanzia Novemba 29, 1862, Rowley aliamuru kikosi cha I Corps katika vita vya Chancellorsville. Alikuwa akifanya kazi ya kamanda wa Idara ya 3, I Corps mwanzoni mwa vita vya Gettysburg, wakati Maj. Jenerali Abner Doubleday alikuwa akifanya kazi ya kamanda wa jeshi. (Chapman Biddle aliongoza kikosi cha Rowley.) Mnamo Julai 1, 1863, kikosi hicho kilipata hasara kubwa katika mapigano dhidi ya washirika kutoka kwa jeshi la Maj. Jenerali Harry Heth. Alitupwa kutoka kwa farasi wake wakati wa kujiondoa wakati iliposimama kwa muda mfupi kwenye kijito. Ugonjwa na maambukizi kutoka majipu ukubwa wa mayai ya kuku juu ya matako yake ya ndani, alikuwa feverish, na hasira. Kufuatia mzozo kati ya Rowley na Brig. Jenerali Lysander Cutler juu ya mwenendo wa baadhi ya maafisa wa 7th Wisconsin, Cutler aliwasilisha mashtaka ya ulevi mnamo Aprili 1864. Akiwa na chini ya saa 24 za kutayarisha utetezi wa kesi, Rowley alihukumiwa na mahakama ya kijeshi ambayo mwandishi John F. Krumwiede anasema ilikuwa, "ikikikosa usawa na ikitembea kwa ngoma yake mwenyewe". Ingawa kurejeshwa kwa amri ya Waziri wa Vita Edwin M. Stanton na Rais Abraham Lincoln, Rowley alipewa tu amri ya wilaya katika magharibi mwa Pennsylvania, kutokana na ugomvi unaoendelea kati ya kamanda wa jeshi Jenerali George G. Meade na kamanda wa sasa wa jeshi Jenerali Gouverneur K. Warren. Kuzuiwa na vitendo vya Jenerali Darius N. Couch katika jaribio la kuzuia uvamizi wa 1864 wa Pennsylvania na Jenerali wa Confederate Jubal Early, alijiuzulu tume yake mnamo Desemba 29, 1864.