Andika mwendelezo wa aya hii - Nikephoros alizaliwa mnamo 1002 kwa Michael Botaneiates na mkewe, wanachama wa familia ya Botaneiates, familia mashuhuri ya kijeshi kutoka Anatolic Theme. Kulingana na Attaleiates, babu yake Nikephoross Nikephoros na baba Michael wote walitumikia kama makamanda chini ya Basil II () wakati wa kampeni zake dhidi ya Georgia na ushindi wake wa Bulgaria
Attaleiates ni chanzo pekee ambacho hutoa habari hii. Attaleiates pia anasema kwamba familia ya Botaniati ilikuwa na uhusiano na Maliki wa Byzantine Nicephorus II Phocas na familia ya Phocas. Hii ilikuwa karibu hakika kutumika na Nikephoros kuongeza uhalali kwa utawala wake baadaye, na hii ni kuthibitishwa na Psellos, ambaye wito Nikephoros III "Phocas" katika uzalishaji wake wa Byzantine Mfalme Michael VII Doukas 'barua kwake. Katika tarehe isiyojulikana, Nikephoros alimwoa mwanamke aitwaye Vevdene, lakini baadaye alimwoa Maria wa Alania, mke wa zamani wa Michael VII. Inaonekana alikuwa na angalau mtoto mmoja na Vevdene, kama Anna Komnene anataja mjukuu wake katika "Alexiad". Ni mambo machache yanayojulikana kuhusu maisha ya Nikephoross kabla ya mwaka wa 1053, isipokuwa kwamba aliwahi kuwa kamanda chini ya Maliki Konstantino wa Tisa Monomachos wakati wa uasi wa Pecheneg wa 1048-1053.