Andika mwendelezo wa aya hii - mkopo wa Courtois kwa Atlético uliongezwa ili kufidia msimu wa 2012-13. Mchezo wake wa kwanza wa upanuzi wa mkopo ulikuwa dhidi ya klabu ya wazazi Chelsea katika Kombe la Super la UEFA la 2012
fainali ya Monaco, ambayo ilimalizika kwa ushindi wa 4 kwa 1 kwa Atlético Madrid. Baadaye katika msimu huo Courtois aliweka rekodi mpya ya Atlético Madrid ya dakika 820 bila kupokea bao katika Estadio Vicente Calderon, ilimalizika kwa kupigwa katika hasara ya 1 hadi 0 dhidi ya Real Sociedad. Atlético ilifikia fainali ya Copa del Rey ya 2013, na Courtois alitajwa mtu wa mechi katika ushindi wa 2 kwa 1 dhidi ya Real, mara ya kwanza Atlético alikuwa amewapiga wapinzani wao wa jiji katika miaka 14.