لاندې جمله بشپړه کړئ: په 13 جولای 2011 کې ، دا اعلان شو چې جوناتن به سانټوس پریږدي ترڅو د لیږد نهایی کیدو پورې د سیري A لویانو انټر میلان سره روزنه وکړي. دوه ورځې وروسته ، د جولای په 15 ، هغه په رسمي ډول د انټر لوبغاړی شو ، او د څلور کلن تړون یې لاسلیک کړ. جاناتان د 2011 کال د سپتمبر په 11 په دویمه اونۍ کې خپل انټر پیل وکړ.
د 2011-12 Serie A ، د پالرمو په وړاندې د 4<unk>3 له لاسه ورکولو کې بشپړ 90 دقیقې لوبیدل. درې ورځې وروسته جاناتان د چیمپینز لیګ کې خپله لومړۍ لوبه ترسره کړه ، د میچ په لومړۍ ورځ یې د ترکیې اړخ ترابزونسپور پروړاندې په سان سیرو کې د 0 <unk> 1 ماتې کې ټوله لوبه ترسره کړه.