ومع ذلك، في بعض الأحيان هناك اختلافات بين التحقيقات الجزيئية والشكلوية؛ يمكن تصنيفها على نوعين: (i) مورفولوجيا واحدة، سلالات متعددة (مثل التقارب الجزيئي، الأنواع السرية) و (ii) سلالة واحدة، مورفولوجيا متعددة (مثل التكامل النموذجي، مراحل متعددة في دورة الحياة). لأن البروتويستات ككل هي أنظمة بارافايلية، فغالباً ما يكون من السهل استبعاد أو تقسيم المملكة الجديدة، بدلاً من معاملة المجموعات البروتويستية على أنها سلاسل منفصلة من البروتويستات.
ليس أحادي