بعد حروب الاستقلال، سلسلة من الصراعات أظهرت أهمية البحرية للأمة. أول من هذه الصراعات كانت حرب الكونفدرالية
(1836-1839), حرب جزر تشينشا (1864-1866), وحرب المحيط الهادئ (1879-1883). تأسيس فورتي بولينز في مضيق ماجلان كان نقطة البداية لسلسلة من استكشافات البحرية التشيلية، بقيادة خبراء المياه البحرية، مثل فرانسيسكو فيدال جورماز وفرانسيسكو هدسون، في المنطقة المجهولة بين مضيق ماجلان وتشيلو. للتعامل مع هذا المجال الجديد من النشاط، أسست البحرية في عام 1874 المكتب الهيدروغرافي، الذي كان أول مدير له هو فرانسيسكو فيدال جورماز.