اكتب استمرار لهذه الفقرة - عندما تم تجديد الحرب في عام 1799، كان جوردان في رأس الجيش على نهر الراين، لكنه عانى مرة أخرى من الهزيمة على أيدي الدوق تشارلز في معارك اوستراك
و ستوكاش في نهاية مارس. خاب ظنه وكسر في الصحة، سلّم القيادة للجنرال أندريه ماسينا. استأنف واجباته السياسية وكان معارض بارز للانقلاب في 18 برومير، وبعد ذلك طرد من مجلس الخمسمائة. لكن سرعان ما مصالح رسميًا مع "النظام" الجديد، وقبل من نابليون وظائف عسكرية ومدنية جديدة. في عام 1800، أصبح جوردان مفتشًا عامًا للفرسان والمشاة وممثلًا للمصالح الفرنسية في جمهورية سيزالبين.