في 16 يناير 2013، اعلن ان غوارديولا سيشغل منصب مدرب نادي البوندسليجا بايرن ميونخ بعد موسم 2012-13، ليحل محل جوب هايينكيس للموسم التالي. خطاب في أول مؤتمر صحفي كمدرب بايرن، في 24 يونيو 2013، باللغة الألمانية، وكان له أول جلسة تدريبية بعد يومين. أول مباراة رسمية له كانت في كأس السوبر الألماني ضد بوروسيا دورتموند، حيث خسر بايرن 4-2. أول كأس له مع بايرن كان كأس سوبر أوفا 2013
هزم خصمه القديم جوزيه مورينيو، الذي عاد لتوه لتدريب تشيلسي. بايرن هزمت تشيلسي بعشرة رجال بعد ان مانويل نيور انقذ ركلة روميلو لوكاكو.