أكمل الجملة التالية: كليوباترا وشقيقها الأصغر بطليموس الثالث عشر انضموا إلى العرش كحكام مشتركين، لكن التداعيات بينهما أدت إلى حرب أهلية مفتوحة. هربت كليوباترا لفترة وجيزة إلى سوريا الرومانية في 48 قبل الميلاد، لكنها عادت في وقت لاحق من تلك السنة مع جيش لمواجهة بطليموس الثالث عشر. كدولة عميلة رومانية، خطط رجل الدولة الروماني بومبي العظيم لمصر البطلمية كملاذ بعد خسارته معركة فارسالوس في اليونان ضد منافسه يوليوس قيصر في حرب قيصر الأهلية. ومع ذلك، قتل بطليموس الثالث عشر بومبي في بيلوزيون وأرسل رأسه المقطوع إلى قيصر، بينما احتل الأخير الإسكندرية في مطاردة بومبي. باستخدام سلطته كقنصل للجمهورية الرومانية، حاول قيصر المصالحة بين بطليموس الثالث عشر وكليوباترا. ومع ذلك، رأى كبير مستشاري بطليموس الثالث عشر، بوتينوس، شروط قيصر على أنها تفضل كليوباترا. لذا قواته، بقيادة أخيلاس أولاً وبعدها غانيميدس تحت قيادة أرسينو الرابع (أخت كليوباترا الصغرى)
حاصرت كل من قيصر وكليوباترا في القصر. رفعت التعزيزات الحصار في أوائل 47 قبل الميلاد ومات بطليموس الثالث عشر بعد فترة وجيزة في معركة النيل. ارسينو الرابع تم نفيه في نهاية المطاف إلى أفسس وقيصر، الآن ديكتاتور منتخب، أعلن كليوباترا وشقيقها الأصغر بطليموس الرابع عشر حكام مشتركين لمصر. ومع ذلك، حافظ قيصر على علاقة سرية مع كليوباترا والتي أنتجت ابنًا، قيصريون (لاحقا بطليموس الخامس عشر) ، قبل أن يغادر الإسكندرية إلى روما.