اكتب استمرار لهذه الفقرة -- بحلول عام 1998، ركز أونيل على أسامة بن لادن وأنشأ مكتب تنظيم القاعدة في قسمه. في أغسطس 1998، تم تفجير سفارتين أمريكيتين
في سلسلة سريعة من الهجمات المتزامنة في نيروبي، كينيا، و دار السلام، تنزانيا. أونيل كان يأمل ان يشارك في التحقيق لأنه اكتسب معرفة هائلة عن شبكة القاعدة الإرهابية لأسامة بن لادن. اقنع مدير مكتب التحقيقات الفيدرالي فريه بأن يترك مكتبه يتولى القضية، وقالت المدعية ماري جو وايت في وقت لاحق، "جون أونيل، في التحقيق في تفجيرات سفاراتنا في شرق أفريقيا، خلق القالب للتحقيقات الناجحة في الإرهاب الدولي في جميع أنحاء العالم".