في 10 يونيو، غادرت فرقة المقاتلات الأولى من تاويتاوي إلى باتجان استعداداً لعملية كون، هجوم مضاد مخطط له ضد الغزو الأمريكي لبيك.
.. بعد ثلاثة أيام، عندما تم إخطار الأدميرال سويمو تويودا، القائد العام للأسطول المشترك، بالهجمات الأمريكية على سايبان، تم إلغاء عملية كون وتم تحويل قوة أوجاكي إلى جزر ماريانا. التقت السفن الحربية بقوة أوزاوا الرئيسية في 16 يونيو. خلال معركة بحر الفلبين، رافقت ناغاتو حاملات الطائرات والناقلة الخفيفة. أطلقت قذائف شظايا مضادة للطائرات الحارقة من النوع 3 "سانكايدان" من 41 سم على الطائرات من الناقلة الخفيفة التي كانت تهاجم "جونيو" وادعت أنها أسقطت طائرتين من طراز غرومان TBF أفينجر. تم قصف السفينة من قبل الطائرات الأمريكية أثناء المعركة، لكنها لم تتضرر ولم تتعرض لأي إصابات. خلال المعركة، أنقذت "ناغاتو" الناجين من "هيو" الذين تم نقلهم إلى الناقلة بمجرد وصول السفينة إلى أوكيناوا في 22 يونيو. واصلت الى كوري حيث تم تجديدها مع الرادارات الإضافية وبنادق AA خفيفة. غير مدوكة في 8 يوليو، حملت "ناغاتو" فوج من فرقة المشاة 28 في اليوم التالي وسلمتهم إلى أوكيناوا في 11 يوليو. وصلت إلى لينجا عبر مانيلا في 20 يوليو.