خلال حرب التحالف الثاني، هوهنزوليرن خدم مرة أخرى في إيطاليا. قاد لواء تحت قيادة بال كراي في معركة ليجناجو في 26 مارس 1799. قاتل في معركة ماجنانو حيث قاد فرقة مؤقتًا. حاصر قلعة ميلان ابتداء من 30 أبريل وتلقى استسلامها في 24 مايو. في 12 يونيو، مع 4300 جندي، حاول منع قوة جاك ماكدونالد الفرنسية الأكبر بكثير في معركة مودينا، لكنه هزم بخسائر فادحة. كمان حارب في معارك تريبيا ونوفي
.. حصل على ترقية إلى Feldmarschal-Leutnant في أكتوبر 1799.