اكتب استمرار لهذا الفقرة - في 23 أغسطس 2015، ظهر بونافينتورا للموسم الأول عندما خسر ميلان 2-0 أمام فيورنتينا. في المباراة التالية ضد إمبولي، دخل بونافينتورا الملعب كبديل لسوسو في الدقيقة 55 وتمكن من مساعدة هدف لويز أدريانو للفوز من ركلة زاوية بعد 15 دقيقة. في 19 سبتمبر، ساعد بونافنتورا في هدف كارلوس باكا الأول وسجل مباشرة من ركلة حرة في فوز 3<unk>2 على باليرمو. كما حصل على مساعدة وهدف آخر في مباراة ميلان التالية، الفوز 2 × 3 على Udinese. مرّة أخرى، ساعد كل من أهداف كارلوس باكا وفيليب ميكس ضد لاتسيو في الفوز 3 × 1 في 1 نوفمبر. استمر في الأداء الجيد تحت قيادة مدرب الفريق سينيشا مياهايلوفيتش وأصبح لاعب أساسي لفريقه طوال الموسم. بعد ما فاتته تعادل 0-0 ضد فريقه السابق أتلانتا من خلال التعليق، سجل الهدف الافتتاحي في هزيمة 4-1 لسامبدوريا في 28 نوفمبر. سجل مرة أخرى في مباراته التالية في 1 ديسمبر، هزيمة كوبا إيطاليا 3-1 لكروتون، عن طريق ركلة حرة رائعة من 20 ياردة. في 20 ديسمبر ساعد هدف كارلوس باكا وسجل هدف متأخر عندما فاز ميلان على فروزينوني 4-2. في 17 يناير 2016، قدم مساعدة أخرى لكارلوس باكا عندما هزم الروسونيري فيورنتينا 2 <unk> 0. انهى الموسم بسبعة أهداف و ثمانية تسهيلات في كل المسابقات حيث انتهى ميلان في المركز السابع في البطولة.
وخسر في نهائي كوبا إيطاليا ضد يوفنتوس، بعد هزيمة 1<unk>0 في الوقت الإضافي.