في القرن التاسع عشر، بعدما أصبح البلدين مستقلين عن إسبانيا، شارك بيرو وتشيلي علاقات سلمية ناتجة عن تكوين روابط اقتصادية وسياسية شجعت العلاقات الجيدة. خلال حرب الكونفدرالية
(1836<unk>1839) ، تشيلي والبيرويون المنشقون شكلا تحالفًا عسكريًا لتحرير وإعادة توحيد جمهوريات جنوب بيرو وشمال بيرو من اتحاد بيرو بوليفي. في وقت لاحق، خلال حرب جزر تشينشا (1864<unk>1866) ، قادت بيرو وتشيلي جبهة موحدة ضد الأسطول الإسباني الذي احتل جزر تشينشا البيروفية وعطل التجارة في جنوب المحيط الهادئ. في السبعينات من القرن التاسع عشر، خلال الصراعات المبكرة قبل حرب المحيط الهادئ، سعت بيرو للتفاوض على حل دبلوماسي سلمي بين بوليفيا وتشيلي. بالرغم من أن بيرو كانت لديها تحالف دفاعي سري مع بوليفيا، إلا أن بيرو لم تعلن الحرب على تشيلي حتى بعد أن غزت تشيلي ميناء أنطوفاغستا البوليفي. الحرب لم تعلن رسمياً حتى أعلنت تشيلي الحرب على بيرو وبوليفيا في عام 1879. بيرو اعلنت الحرب على تشيلي في اليوم التالي. أدت الحرب إلى غزو تشيلي لبيرو وتدمير العديد من المباني والمدن البيروفية، وغارة كبيرة واحتلال عاصمة بيرو ليما لمدة عامين. النتيجة النهائية للحرب تركت ندبة عميقة على المجتمعات الثلاث المشاركة، وعلاقات بين بيرو وتشيلي تدهورت لأكثر من قرن، على الرغم من أن العلاقات استقر إلى حد ما بموجب معاهدة ليما عام 1929.