اخر عام 1798 وبداية عام 1799 كانت بداية حرب التحالف الثاني. في غضون سنة من تأسيسه، أصبح الفيلق حوالي 10,000. ومع ذلك، أثبتت السلسلة الجديدة من الصراعات أنها أكثر صعوبة، حيث تقدم التحالف المناهض لفرنسا على إيطاليا، والتي تفتقر الآن إلى وحدات النخبة الفرنسية التي كانت مع نابليون في مصر. عموماً، 1799 شهدت خسائر كبيرة للجيوش. في منتصف عام 1799، قاتل الفيلق الأول بقيادة الجنرال ديبروسكي ضد الروس في تريبيا (17-19 يونيو 1799) ، حيث عانى من خسائر فادحة (فقط اثنين من الكتائب الخمسة نجوا من المعركة، وجرح ديبروسكي). قاتلت الفيلق البولندي أيضًا في معركة نوفي (15 يوليو 1799) ، ومعركة زيوريخ الثانية
(26 سبتمبر).