أكمل الجملة التالية: في يونيو 1861، تم تكليف أونيل كقائد وقيادة ثلاث فرق من الجنود. عند وصوله إلى ريتشموند، تم تعيينه رائد في الفوج التاسع مشاة ألاباما وتم ترقيته إلى ملازم كولونيل في الخريف. في مارس 1862، تم تعيينه كولونيل في كتيبة المشاة 26 في ولاية ألاباما، وقام بقيادة هذه الكتيبة خلال حملة شبه الجزيرة. في معركة سبعة الصنوبر، تم قتل حصانه تحت ظهره، وأصيب بجروح خطيرة من شظية قذيفة. حصل على اشادة عالية عن أدائه في معركة تشانسلرزفيل. في عام 1863، قاد لواء في فرقة الرائد الجنرال روبرت إي رودس، وقادها في معركة جيتيسبرغ، ومعركة ماناساس غاب وفي
معركة مين رن. في أوائل عام 1864، تم إرسال فوجه إلى ألاباما لتجنيد صفوفه المستنزفة، ولكن تم إرساله بسرعة إلى دالتون، جورجيا، حيث تولى أونيل قيادة لواء العميد جيمس كانتي في جيش تينيسي. أونيل قاد هذه اللواء خلال بقية حملة أتلانتا. بعد ما تم إعطاء اللفتنانت جنرال جون بيل هود قيادة جيش تينيسي، تم تخفيف أونيل وخدم في مهمة منفصلة لبقية الحرب. تم تعيينه لواء في 6 يونيو 1863، لكن تم تعيين هذا التعيين من قبل الجنرال روبرت إي لي وتم إلغاء الترقية من قبل الرئيس الكونفدرالي جيفرسون ديفيس.