وُلد ديبونيغورو في 11 نوفمبر 1785 في يوجياكارتا، وكان الابن الاكبر للسلطان هامينغكوبوونو الثالث من يوجياكارتا. خلال شبابه في بلاط يوغياكارتان، وقعت أحداث كبرى مثل تفكك اللجنة الشعبية البريطانية، الغزو البريطاني لجاوا
وعاد بعد ذلك إلى الحكم الهولندي. خلال الغزو، سلطان هامينغكوبوانو الثاني، الذي تم إبعاده عن السلطة في عام 1810 لصالح والد ديبونيغورو، استخدم الاضطراب العام لاستعادة السيطرة. لكن في عام 1812، تمت إزاحته من العرش مرة أخرى ونفي من جاوة من قبل القوات البريطانية. في هذه العملية، عمل ديبونيغورو كمستشار لوالده وكان على ما يبدو قد قدم المساعدة للقوات البريطانية إلى درجة أن رافلز عرض عليه لقب "السلطان" الذي رفضه، ربما بسبب حقيقة أن والده كان لا يزال يحكم.