فيروسات متعددة الأشكال، ومع ذلك، يتم تعديل وحدة فك التشفير هذه في كل عدوى. وبالتالي فيروس متعدد الأشكال المكتوب بشكل جيد ليس لديه أجزاء تبقى متطابقة بين العدوى، مما يجعل من الصعب اكتشافه مباشرة باستخدام "التوقيع". برنامج مكافحة الفيروسات يمكنه اكتشافه عن طريق فك الفيروسات باستخدام محاكي، أو عن طريق نمط إحصائي لجسم الفيروس المشفر. لتمكين الفيروس متعدد الأشكال، يجب أن يكون له محرك متعدد الأشكال المتغير في مكان ما (يُسمى "محرك الفيروسات المختلفة" أو "محرك التشفير") ، والذي يحتوي على نسخ متعددة الأشكال من الفيروسات المتعددة الأشكال. هذا يجعله أكثر صعوبة للتحقيق من خلال برنامج مكافحة الفيروسات، لأنه يحتوي على عينة واحدة من الفيروسات المتعددة الأشكال، ويمكن استخدامه على سبيل المثال: ما هو الم
عندهم محرك متعدد الأشكال