وبحلول القرن الخامس عشر، أصبحت الإمبراطورية دولة مسلمة، عندما تحول ملك بروناي إلى الإسلام، وجاء بها الهنود المسلمون والتجار العرب من أجزاء أخرى من جنوب شرق آسيا البحرية، الذين أتوا للتجارة ونشر الإسلام. سيطرت على معظم شمال بورنيو، وأصبحت مركزا هاما لنظام التجارة العالمي الشرقي والغربي. يفترض المؤرخون المحليون أن إمبراطورية بروناي كانت إمبراطورية تالاسوقراطية كانت تستند إلى القوة البحرية، مما يعني أن نفوذها كان مقصورا على المدن الساحلية والموانئ ومصبات الأنهار، ونادراً ما دخلت بعمق داخل الجزيرة. يبدو أن ملوك بروناي قد أقاموا تحالفًا مع شعوب لاوت وباجو التي شكلت أسطولهم البحري.
دلتا نهر كابوس