بعد ان وصل ادولف هتلر الى السلطة، قام بنك الدويتشه بطرد اعضاء مجلس اداره اليهود الثلاثة في عام 1933. في السنوات اللاحقة، شارك بنك الدويتشه في اريانية الشركات المملوكة لليهود. ووفقاً لمؤرخيه، كان البنك متورطاً في 363 مصادرة بحلول نوفمبر 1938. خلال الحرب، قام بنك الدويتشه بدمج بنوك اخرى سقطت في ايدي الالمان خلال احتلال أوروبا الشرقية. قام بنك الدويتشه بتوفير مرافق مصرفية لجستابو واقرض الأموال المستخدمة لبناء معسكر أوشفيتز ومرافق IG Farben القريبة. خلال الحرب العالمية الثانية، أصبح بنك الدويتشه مسؤولاً عن إدارة بنك الاتحاد البوهيمي في براغ، مع فروع في الحماية وفي سلوفاكيا، بنك الدويتشه في يوغسلافيا (الذي تم تقسيمه الآن إلى شركتين ماليتين، واحدة في
الرايخ الثالث