في يناير وفبراير 1554، اندلعت تمرد وايات، ولكن سرعان ما تم قمعها. احضرت اليزابيث الى المحكمة، وتم استجوابها بخصوص دورها، وفي 18 مارس، سُجنت في برج لندن. احتجت اليزابيث بحماس على براءتها. على الرغم من أنه من غير المرجح أنها تآمر مع المتمردين، إلا أنه كان من المعروف أنهم اقتربوا منها. أقرب شخص معتمد لماري، سفير تشارلز الخامس، سيمون رينارد، جادل بأن عرشها لن يكون آمن طالما كانت اليزابيث حية؛ والكونسلر، ستيفن جاردينر، عمل على محاكمة اليزابيث. أقنع أنصار اليزابيث في الحكومة، بمن فيهم اللورد باجيت، ماري بأن تترك شقيقتها في غياب أدلة قوية ضدها. بدلاً من ذلك، في 22 مايو، نقلت اليزابيث من برج وودستوك إلى برج كراودستوك، حيث قضت حوالي سنة تحت مسؤولية السير
برج لندن