في بداية عام 1953، تم نقلها إلى متحف فلسطين الأثري (المعروف باسم متحف روكفلر) في القدس الشرقية، وعبر نقلها عانت المزيد من التدهور والتلف. كان المتحف ناقص التمويل وكان لديه موارد محدودة لفحص المخطوطات، ونتيجة لذلك، ظروف "المخطوطات" ومساحة التخزين تركت غير خاضعة للسيطرة نسبيًا بالمعايير الحديثة. المتحف ترك معظم الشظايا والملفات بين زجاج النوافذ، ويحبس الرطوبة معهم، مما تسبب في تسريع عملية التدهور. خلال جزء من الصراع خلال حرب 1956
في الحرب التي شنتها اسرائيل وبريطانيا وفرنسا ضد مصر، تم تخزين مجموعة المخطوطات في متحف الآثار الفلسطيني في قبو البنك العثماني في عمان، الأردن. الظروف الرطبة من التخزين المؤقت للمجلدات في قبو البنك العثماني من عام 1956 إلى ربيع عام 1957 أدت إلى معدل تدهور أسرع للمجلدات. تسببت الظروف في تكوين العفن على المخطوطات والشظايا، وبعض الشظايا تدمرت جزئياً أو أصبحت غير قابلة للقراءة بسبب الغراء والورق من مظروف مانيلا التي تم تخزينها فيها أثناء الاحتفاظ بها. بحلول عام 1958، لوحظ أن ما يصل إلى 5٪ من بعض المخطوطات قد تدهورت تمامًا. كتير من النصوص اصبحت غير قابلة للقراءة و كتير من اللحافات اصبحت مظلمة بشكل كبير.