الملك الشاب سيباستيان الأول كان يحترق من الحماسة للذهاب إلى المغرب ووقف تقدم الجيوش المدعومة من تركيا، وهي مشروع كان يحمل وعدًا بمزيد من الأراضي والإيرادات في شمال أفريقيا للنبلاء (ربما كانوا يعتقدون أن هذا سيسمح لهم بالحفاظ على تفوقهم الاقتصادي على التجار) ، لكن البرجوازية التجارية دعمت أيضًا الجهد لأنه سيستفيد من التجارة البرتغالية في شمال أفريقيا. سباستيان استخدم الكثير من ثروة البرتغال الإمبراطورية لتجهيز أسطول كبير وجمع جيش. هو وزهرة النبلاء البرتغاليين قتلوا في الكارثة العسكرية لمعركة ألكاسر كيبير في عام 1578، وأثار موته أزمة الخلافة، حيث كان المطالبين الرئيسيين على العرش هو فيليب الثاني ملك إسبانيا وأنطونيو، رئيس كراتو. جمع باقي النبلاء البرتغاليين والكهنة العليا مرة أخرى إلى ذراع نظرائهم ذوي التفكير المماثل، القشتليين، ودعموا فيليب، حفيد مانويل الأول من البرتغال. أرسل فيليب جيش من 40,000 رجل تحت قيادة دوق ألبا لغزو البرتغال. هزموا قوات انطونيو في معركة الكنتارا
و فيليب اتوج فيليب الأول من البرتغال في 1581. وبالتالي قام جزئياً بتحقيق طموح والده، ملك هابسبورغ كارلوس الأول من إسبانيا (وكذلك كارلوس الخامس من الإمبراطورية الرومانية المقدسة) ، الذي اقتبسه الراهب نيكولاو دي أوليفيرا: "إذا كنت ملك لشبونة، فسأحكم العالم كله قريباً". اتحاد البرتغال مع اسبانيا استمر ستين سنة (1580-1640).