في 1 أكتوبر 2003، تم دمج ثلاث مؤسسات لتشكيل JAXA الجديدة: معهد اليابان للعلوم الفضائية والفلكية (ISAS) ، ومختبر الفضاء الوطني الياباني (NAL) ، ووكالة تطوير الفضاء الوطني اليابانية (NASDA). تم تشكيل JAXA كمؤسسة إدارية مستقلة تديرها وزارة التعليم والثقافة والرياضة والعلوم والتكنولوجيا (MEXT) ووزارة الشؤون الداخلية والاتصالات (MIC). قبل الاندماج، كانت ISAS مسؤولة عن أبحاث الفضاء والكواكب، بينما ركزت NAL على أبحاث الطيران. كان NASDA، التي تأسست في 1 أكتوبر 1969، قد طورت الصواريخ والقمر الصناعي، وبنيت أيضًا وحدة التجريب اليابانية القديمة. كان مقر NASDA موجودًا في موقع مركز الفضاء التنشيجي الحالي، على جزيرة تنشيما، ومختبرة 115 كيلومتر جنوبًا من ك
1 اكتوبر 2003