تظهر هذه العلاقة الجينية أقوى في الصداع النصفي مع الهالة من الصداع النصفي بدون الهالة. عدد من المتغيرات الجينية المحددة تزيد من الخطر بمقدار صغير إلى معتدل. اضطرابات الجينات الفردية التي تؤدي إلى الصداع النصفي نادرة. واحد من هذه المعروفة باسم الصداع النصفي النصفي العائلي، وهو نوع من الصداع النصفي مع الهالة، والذي يرث بطريقة ذاتية السيطرة. تم إثبات أربعة جينات ليشارك في الصداع النصفي النصفي العائلي. ثلاثة من هذه الجينات تشارك في نقل الأيونات. الرابع هو بروتين محوري مرتبط بمعقدة exocytosis. اضطراب وراثي آخر مرتبط بمرض الصداع النصفي هو متلازمة CADASILAS أو التشوه النصفي النصفي ذاتية السيطرة مع النوبات الدماغية تحت القشرة والتهاب الدموية الدموية.
نادر