بعد ان بدأ مسيرته الادارية في عام 2003 مع عدة فرق ايطالية اصغر، ساعد الليجري ساسولو في الحصول على الترقية الى البطولة الايطالية للمرة الاولى في تاريخهم، وفاز ببطولة البطولة الايطالية C1 وكأس السوبر في نفس العام. من عام 2008 إلى عام 2010، كان مدرب كالياري في البطولة الالمانية، قادهم لأفضل نهايتهم في البطولة خلال 15 سنة. أدائه كمدرب لـ كالياري كسب له انتقاله إلى ميلان في عام 2010، حيث بقي حتى يناير 2014؛ فاز بـ "سكوديتو" في عام 2010<unk>11
أول لقب لميلان منذ 2004، و لقب سوبر كوبا إيطاليا في 2011. بين عامي 2014 و 2019، كان أليجري مسؤولًا عن فريق يوفنتوس، والذي فاز به بـ 11 لقبًا: خمسة ألقاب متتالية في الدوري (من 2015 إلى 2019) ، وأربعة ألقاب في كأس إيطاليا على التوالي (من 2015 إلى 2018) وألقابين في كأس إيطاليا السوبر (2015 و 2018) ؛ كما وصل أيضًا إلى نهائي دوري أبطال أوروبا مرتين (2015 و 2017). عاد إلى يوفنتوس في عام 2021، بعد سنتين من الإدارة.