خلال الحرب الأهلية، الميناء كان القاعدة الرئيسية للاتحادية والخاصة الحصار الركاب، الذي سلمت الإمدادات المطلوبة بشدة من إنجلترا. الاتحاد وضع حصار لتقليص البضائع التي تصل للجنوب. تم الاستيلاء على المدينة من قبل قوات الاتحاد في معركة ويلمنجتون في فبراير 1865, بعد شهر تقريبا من سقوط فورت فيشر.
اغلقوا الميناء. وبما أن كل العمل العسكري تقريباً وقع على مسافة من المدينة، نجت العديد من المنازل السابقة للحرب والمباني الأخرى من سنوات الحرب.