في يناير 1964، وقعت تمرد في الثكنات العسكرية في جينجا، ثاني مدينة في أوغندا وموطن للكتيبة الأولى من جيش أوغندا. كانت هناك تمردات مماثلة في دولتين أخريين في شرق أفريقيا؛ طلبت الدول الثلاث دعم القوات من الجيش البريطاني. قبل وصولهم، أرسل أوبوتي وزير دفاعه فيليكس أوناما للتفاوض مع المتمردين. تم احتجاز أوناما كرهينة، ووافق على العديد من المطالب، بما في ذلك زيادات كبيرة في الأجور للجيش، والترقية السريعة للعديد من الضباط، بما في ذلك الرئيس المستقبلي. في عام 1965، تم منع الكينيين من المناصب القيادية داخل الحكومة، وتبع ذلك إزالة الكينيين بشكل جماعي من أوغندا في عام 1969، تحت إشراف أوبوتي. تم إلقاء القبض على رئيس الوزراء أوبوتي في مؤامرة تهريبية فيدرالية، مع إدي أمين، نائب أوبوتي،
علقت الدستور واعلن نفسه رئيسا في مارس 1966