في عام 1260، قام بايبارس وجيشه المملوك بتدمير الكنيسة أثناء هجومهم على الناصرة. تمكن عدد قليل من الفرنسيسكان من البقاء في الناصرة حتى سقوط عكا في عام 1291. في القرون الثلاثة التي تلت ذلك، كان الفرنسيسكان يدخلون ويخرجون من الناصرة، اعتماداً على الوضع السياسي المحلي، والذي كان في تغير مستمر. تسجل روايات الفرنسيسكان لهذه الفترة طردهم في عام 1363، وعودتهم في عام 1468 ومذبحة بعض أعضائهم في عام 1542. ساعدت العائلات المسيحية المحلية بدعم الفرنسيسكان في رعاية الكنيسة خلال هذه الفترة أيضًا. منح الأمير فكر الدين الفرنسيسكان الإذن بالعودة في عام 1620، في ذلك الوقت قاموا ببناء هيكل صغير لحجرة الكهف المقدس الذي يُكرّم كمنزل مريم. في عام 1730، سمح زاهير عمر ببناء كنيسة مسيحية جديدة، والتي أصبحت كنيسة
عام 1954