اكتب استمرار لهذا الفقرة - ومع ذلك، خلق الاتحاد مقاومة بين العديد من المجموعات في كلا البلدين الذين استاءوا من تخفيف الهويات الوطنية والبلدان المجاورة. العديد من السياسيين البيروفيين المعارضين لفكرة الكونفدرالية هربوا الى تشيلي، حيث حصلوا على الدعم، وهذا أدى إلى حرب الكونفدرالية
تشيلي أعلنت الحرب في 28 ديسمبر 1836، وأرجنتين تبعتها في 9 مايو 1837. فشلت الحملة العسكرية التشيلية ضد سانتا كروز، بقيادة الأدميرال مانويل بلانكو إنكالادا، واضطرت إلى الخضوع لتوقيع معاهدة باوكارباتا، في 17 نوفمبر 1837.