أكمل الجملة التالية: بايرن حقق رغبة غوارديولا في التوقيع مع ثياغو ألكانتارا من نادي برشلونة وموسم غوارديولا الأول بدأ بشكل جيد مع توسيع سلسلة مباريات الدوري غير المهزومة من الموسم الماضي إلى 53 مباراة. الخسارة النهائية لـ أوغسبورغ جاءت بعد يومين من مباراة بعد أن حصل بايرن بالفعل على لقب الدوري. خلال الموسم، فاز بايرن أيضاً بلقبين آخرين، كأس العالم للأندية FIFA وكأس العالم لكرة القدم.
كأس السوبر الأوروبي، وكان هذا الأخير آخر كأس رئيسي لم يفوزه النادي بعد. فاز بايرن بالكأس ليكملوا المضاعفة العاشرة في البلد، لكن خسروا في نصف النهائي من دوري أبطال أوروبا أمام ريال مدريد. في 13 مارس 2014، اتهم رئيس بايرن، أولي هوينيس، بالتهرب الضريبي، وحكم عليه بالسجن لمدة ثلاث سنوات ونصف. هونيس استقال في اليوم التالي. انتخب نائب الرئيس كارل هوفنر رئيسا في 2 مايو. قبل موسم 2014-15، بايرن اشترى روبرت ليفاندوفسكي بعد انتهاء عقده مع بوروسيا دورتموند، واستعاره زابي ألونسو من ريال مدريد. بايرن كمان ترك توني كروس يرحل لريال. أيقونات النادي باستيان شوينشتايغر وكلاوديو بيزارو رحلوا قبل موسم 2015/16. في هذين الموسمين، دافع بايرن عن لقب الدوري، بما في ذلك مضاعفة أخرى في 2015-16، لكن فشلوا في التقدم إلى ما بعد نصف النهائي في دوري أبطال أوروبا. على الرغم من أن قيادة النادي حاولت إقناع غوارديولا بالبقاء، إلا أن المدرب قرر عدم تمديد عقده لمدة ثلاث سنوات.