بعد عودته إلى كندا، تزوج مارتن من إلين هيل، أو "كاراكوينيه" (يعني "الشمس المتحركة"). التحق أيضًا بكلية الطب في تورونتو في عام 1863. تخرج من بكالوريوس الطب في عام 1865 و دكتوراه في الطب في عام 1866. في عام 1866، خدم أيضا في بنادق الملكة الخاصة خلال معركة ريدجواي، واحدة من الصراعات المسلحة في الغارات الفينية
من الولايات المتحدة في تلك السنة.