في عام 1997، أعلنت جزر أنجوان وموهلي استقلالها عن جزر القمر. وفي نهاية الشهر 1999، نجحت محاولة للحكومة لاستعادة السيطرة على الجزر المتمردة بالقوة، وفي الوقت الحاضر الاتحاد الأفريقي يتوسط في المفاوضات لإحداث مصالحة. هذه العملية اكتملت إلى حد كبير، على الأقل من الناحية النظرية. وفقًا لبعض المصادر، عاد موهلي إلى سيطرة الحكومة في عام 1998. في عام 1999، كانت أنجوان تعاني من صراعات داخلية وفي 1 أغسطس من ذلك العام، استقال أول رئيس عمره 80 عامًا فوندي عبد الله إبراهيم، ونقل السلطة إلى منسق وطني، آبي سعيد. تم الإطاحة بالحكومة في انقلاب من قبل الجيش والقوات البحرية في 9 أغسطس 2001. سرعان ما تولى محمد باكاري قيادة المجلس الذي تولى السلطة وبحلول نهاية الشهر كان زعيمًا للبلاد. على الرغم من محاولات الثلاثة التي خاض
سنة 1997