من المعتقد ان عائلة الحيتان الزرقاء انفصلت عن العائلات الاخرى من فرع Mysticeti منذ فترة طويلة مثل منتصف العصر الأوليغوسيني (28 م م م). انفصلت سلالة الحيتان الزرقاء عن الحيتان الزرقاء الاخرى خلال العصر الميوسيني، بين 7.5 و 10.5 م م م. ومع ذلك، يبدو ان التدفق الجيني بين الأنواع استمر بعد ذلك التاريخ. الحيتان الزرقاء لديها أكبر تنوع جيني من أي حيتان البالين، وتنوع أعلى من المتوسط بين الثدييات الحديثة.
الحوت الحدباء، الحوت الزعنفي، حوت برايد، الحوت الساي، والحوت المينك