ماغواير كان نباتي منذ عام 1992؛ في عام 2009، أصبح نباتي. أعلنت منظمة PETA أنه أكثر نباتي جنسيًا في العالم في عام 2002. قام بتغييرات في نظامه الغذائي إما لزيادة أو فقدان الوزن لأدوار السينمائية: خفض بشكل كبير من استهلاك السعرات الحرارية لـ Seabiscuit، تليها زيادة سريعة لاستعادة الوزن لـ Spider-Man 2. ماغواير كان رصين منذ سن 19 بعد أن واجه "بعض الصعوبات" مع الكحول في أواخر سن المراهقة. التقى ماغواير مصمم المجوهرات جينيفر ماير في عام 2003 أثناء تصوير فيلم Seabiscuit في استوديوهات يونيورسال، وتزوجوا في أبريل 2006. ولدت ابنتهما في نوفمبر 2006. ماغواير و ماير تزوجوا في 3 سبتمبر 2007 في هاواي. ولد ابنهما الثاني في مايو 2009. في 18 أكتوبر 2016، بعد تسع سنوات من انفصالهما، أعلنوا رسميا عن زواجهما
كونا، هاواي