بعد الغزو النازي في عام 1941، توقفت جمعية الفلهارمونيا عن العمل، وتم تدمير معظم أرشيفها الثمين. خلال الاحتلال الألماني لكيف، تم تحويل مبنى الجمعية إلى "نادي الضباط الألمان". كان هذا واحد من الأسباب المهمة لعدم تدمير المبنى، والبقاء واحد من المباني القليلة الباقية من ما قبل الحرب في شارع خريشاتيك. بعد تحرير كييف
في عام 1944، استأنف بناء جمعية الفلهارمونية عمله بمجرد أن ابتعدت الأعمال العدائية عن كييف.