أزمة الخلافة في 1580، بدأت فترة ستين عاماً من الملكية المزدوجة في البرتغال وإسبانيا تحت حكم هابسبورغ الإسبانية. يشار إلى هذا باسم "الدومينية الفلبينية" ("Domínio Filipino") ، لأن جميع الملوك الإسبان الثلاثة خلال تلك الفترة كانوا يسمى فيليب ("فيليب"). في عام 1589 كانت لشبونة هدفاً لغزو من قبل الأسطول الإنجليزي
بقيادة فرانسيس دريك، بينما دعمت الملكة إليزابيث متطالب برتغالي في أنطونيو، رئيس كراتو، لكن دعم كراتو كان مفقودًا وكانت الحملة فشلًا. حرب الترميم البرتغالية، التي بدأت بانقلاب دولي نظمه النبلاء والبرجوازية في لشبونة وأعدم في 1 ديسمبر 1640، أعادت الاستقلال البرتغالي. تميزت الفترة من 1640 إلى 1668 بمناوشات دورية بين البرتغال وإسبانيا، بالإضافة إلى حلقات قصيرة من الحرب الأكثر خطورة حتى تم توقيع معاهدة لشبونة في 1668.