اكتب استمرار لهذا الفقرة - في أوائل القرن السادس عشر، بعد بناء قصر ريبيرا بجانب نهر تاجوس، بدأ قصر ألكاسوفا يفقد أهميته. زلزال حدث في عام 1531 أضر بالقلعة القديمة، مما ساهم أكثر في تدهورها وإهمالها. في عام 1569، أمر الملك سيباستيان بإعادة بناء الشقق الملكية في القلعة، بقصد استخدامه كمقر رسمي له. كجزء من إعادة البناء، في 1577 هدم فيليبو تيرزي واحد من الأبراج بالقرب من الواجهة الرئيسية لكنسية لوريتو. ومع ذلك، كثير من الأعمال لم تكتمل بعد وفاة الملك الشاب الواضح خلال معركة ألكاسير كيبير
.. أزمة السلالة البرتغالية التالية فتحت الطريق لمدة ستين عاماً من الحكم الإسباني وتمت تحويل القلعة إلى ثكنات عسكرية وسجن. في 30 ديسمبر 1642، تم تعيين تيودوسيو دي فرياس الأصغر رئيسًا للبنائين لمواصلة الأعمال التي بدأها والده، لويس دي فرياس، وجده، تيودوسيو دي فرياس. كان هذا جزء من خطة أكبر من قبل القوات الإسبانية لإعادة تشغيل الحصن.