الشكل الأكثر شيوعًا للتقاطع الكروموسومي هو التجميع المتجانس، حيث يتشارك الكروموسومان المشاركون في التسلسلات المماثلة. التجميع غير المتجانس يمكن أن يكون ضارًا للخلايا، لأنه يمكن أن ينتج تحويلات كروموسومية وتشوهات وراثية. يتم تحفيز تفاعل التجميع المتجانس بواسطة أنزيمات تعرف باسم التجمعات المتجانسة، مثل RAD51. الخطوة الأولى في التجميع المتجانسة هي التمزق مزدوج الناتج إما عن طريق التشويش النووي أو التلف النووي الغربي. يمكن أن يؤدي التجميع المتجانس إلى إعادة تجميع الناتج النووي أثناء التشويش النووي عبر التشويشويش النووي الشمالي الشرقي، في حين أن التجميع المتجانس الناتج الناتج النووي يسبب في إعادة تجميع الناتج النووي خلال التشويش النووي.
انشقاق المفصل وإعادة الربط