بعد وفاة الملك هنري (31 يناير 1580) ، كان فرانسيس من البرتغال واحد من أعضاء الأرستقراطية العليا القلائل الذين دعموا بنشاط "دوم" أنطونيو كملك للبرتغال. تم تعيينه من قبل الملك الجديد كضابط له، وشاركوا معًا في معركة ألكانتارا (1580)
دافع عن لشبونة من الجيوش الإسبانية بقيادة دوق ألبا