كتب استمرار لهذه الفقرة - واحد من مجموعة من ثلاثة، معروفة باسم "بنجامين ثوغوت" (مساعدين موثوقين لوزير الخارجية يوهان أماديوس فرانسيس دي بولا، بارون ثوغوت، خلال حملة عام 1799، خدم وايروثر كقائد موظفين لفيلدزيغميستر بال كراي، حيث تميز نفسه في ليجناجو (26 مارس) ، ماغنانو (5 أبريل) ، والآن يعمل كضابط اتصال مع المارشال الروسي ألكسندر سيفوروف، في نوفي
في 15 أغسطس. بعدين خطط للمسيرة الملحمية للقوات الروسية تحت قيادة ألكسندر سيفوروف عبر ممر سان غوتارد. تمت ترقيته إلى "أوبيرست" (كولونيل) في 5 فبراير 1800، وأُعطي وايروثر قيادة فوج المشاة رقم 7 "شرودر"، الذي كان جزءًا من الجيش في ألمانيا تحت قيادة Pál Kray، ولكن إصابة أخرى وتوترات الحملات أدت إلى مغادرته للجيش للتعافي. استدعاه الامبراطور فرانسيس الثاني في خريف عام 1800 ليصبح رئيس الموظفين لرئيس الدوقة يوحنا من النمسا، القائد الجديد للجيش في بافاريا، و"أدلتوس" (المستشار الرئيسي) فرانز فون لاور. معتقدًا أن جيش جان موريو الفرنسي كان يتراجع، نظّم ويروثر ملاحقة عدوانية عبر أرض غابات كثيفة بواسطة أربعة أعمدة غير داعمة لبعضها البعض. بدلًا من ذلك، ثبّت موريو موقفه، وقام بمكيدة، وحاصر الجناح الأسترالي الأيسر. معركة هوهينليندين الناتجة كانت كارثة للنمساويين، والتي أنهت حرب التحالف الثاني. ومع ذلك، تم تعيين وايروتر كمستشار عسكري لوزير الخارجية الجديد، الكونت لودفيغ كوبنزل، في المفاوضات التي أعقبت هدنة ستاير، والتي أدت إلى سلام لونفيل في عام 1801.