أكثر من 1,700 نوع من الأشجار والنباتات الأوعية الأخرى هي أصلية في الحديقة. 170 نوع آخر يعتبر أنواع غريبة وغير أصلية. من بين ثمانية أنواع من أشجار الصنوبر الموثقة، غابات الصنوبر اللجدي تغطي 80٪ من إجمالي المساحات الغابات. الصنوبر الأخرى، مثل الصنوبر الفرعي، الصنوبر إنجلمان، الصنوبر روكي ماونتن دوغلاس، الصنوبر الأبيض، توجد في أشجار متناثرة في جميع أنحاء الحديقة. اعتبارًا من عام 2007، الصنوبر الأبيض مهدد من قبل فطر يعرف باسم صنوبر البقع الأبيض؛ ومع ذلك، يقتصر هذا في الغالب على الغابات الواقعة في الشمال والغرب. في يلوستون، حوالي سبعة في المئة من أنواع الصنوبر الأبيض قد تأثرت بالفطريات، مقارنةً بالعدوى الكاملة تقريبًا في شمال مونتانا.
الصنوبر من جبال السوبالبان، الصنوبر من جبال إنجلمان، الصنوبر من جبال روكي من جبال دوغلاس، الصنوبر من جبال وايتبارك