اكتب استمرار لهذه الفقرة - في عام 2016، بدأ باغنايا الموسم بمنصب على منصة التتويج في لوسيل ومنصب آخر على منصة التتويج في خيريز، حيث أنهى المركز الثالث في كلتا المناسبتين. في سباق منزله في إيطاليا، حصل باغنايا على المركز الثالث بعد أن فاز على نيكولو أنطونيللي بفارق 0.006 ثانية. بعد تحطم في برشلونة، اكفل باجنايا أول فوز له في جائزة كبيرة في اسن التاريخية
حلبة في سباقه الـ59 في موتو3 وكان أول فوز لمهندرا ايضاً. حصل على 4 منصات في أول 8 سباقات الموسم ووجد نفسه يقاتل من أجل اللقب. بعد سباقين متوسطيين وتحطم في برنو، حصل باجنايا على أول مركز له في سيلفرستون المتأثر بالمطر وانتهى ثانيا خلف براد بيندر في سباق مثير. فاز باغنايا بسباقه الثاني من الموسم في سيبانج، فاز بالسباق بسهولة مع فجوة كبيرة بعد أن تعرض براد بيندر، جوان مير ولورينزو دالا بورتا للانهيار في نفس الزاوية خلال بداية السباق، والذي كان مليئاً بتعطلات متعددة. أنهى الموسم بـ 145 نقطة ليحتل المركز الرابع في بطولة موتو3 مع مجموع فوزين وستة منصات على المنصة. باغنايا كان لديه فرصة لانهاء المركز الثاني في بطولة العالم خلف براد بيندر لكن لسوء الحظ تم اخراجه في كل من جزيرة فيليب وفالنسيا من قبل غابرييل رودريجو. رودريجو طرد فابيو دي جانانتونيو في استراليا والذي هبط وجمع باجنايا معه. في فالنسيا، رودريجو حطم في الجولة الاولى قرب المنعطف الاخير، مرة اخرى سقط باغنايا بشكل حتمي.