أكمل الجملة التالية: "ألفا" كانت نشطة خلال الحرب الشيشانية الثانية التي بدأت في عام 1999، وكذلك الحرب الشيشانية اللاحقة
ثورة في شمال القوقاز. خلال معركة كومسومولسكويه عام 2000، تم نشر قناصة ألفا المرتبطة بالمجموعة الغربية للقوات الاتحادية بقيادة فلاديمير شمانوف في محاولة لقمع قناصة روسلان جيلييف في القرية. وفقاً لخبراء الوحدة، العمليات التي شاركت فيها ألفا أدت إلى اعتقال القائد الشيشاني سلمان رادوييف في عام 2000، وقتل القائد الشيشاني أربي باراييف في عام 2001، وقتل الرئيس الشيشاني الانفصالي اسلان ماسخادوف في عام 2005، وقتل زعيم المسلحين الأجانب أبو حفص في داغستان في عام 2006. بعد نقل المسؤولية عن العمليات في الشيشان من وزارة الدفاع إلى جهاز الأمن الفيدرالي في يناير 2001، وقبل سياسة "التششنة" التي بدأت في عام 2003، شارك أعضاء ألفا (جنبا إلى جنب مع الأفراد الروس الآخرين والميليشيات الشيشانية الموالية لموسكو) في ما لا يقل عن 10 "مجموعات خاصة مختلطة" (، SSGs) ، والتي تعتبر فرق الموت من قبل جماعات حقوق الإنسان والمراقبين الخارجيين. ويعتقد ان قوات الدفاع الوطني كانت وراء العديد من عمليات "تنظيف الاسم/العنوان" ("imeny/adressny zachistki"): عادة غارات ليلية من قبل رجال ملثمين في سيارات غير معروفة، واستهدفت مقاتلين متمردين نشطين او سابقين محددين، ومؤيديهم، وأقاربهم، أو غيرهم من المدنيين إما للإخفاء القسري أو القتل خارج نطاق القضاء. في عام 2005، أعلنت هيومن رايتس ووتش أن عمليات الاختفاء وصلت إلى مستوى جريمة ضد الإنسانية، وأن "روسيا لديها تميز غير مجيد كونها رائدة عالميا في عمليات الاختفاء القسري". الشيشانية UFSB شكلت ايضا وحدة الفا المحلية، يعتقد انها مشابهة في دورها لSSGs.