أكمل الجملة التالية: في يوليو 1999، تم تعيين جاكوبي مدير الاستخبارات (J2) في الموظفين المشتركين. شغله بدأ بقيادة جهود الاستخبارات لدراسة العمليات في البلقان وكوسوفو. العمليات الشمالية والجنوبية واصلت تطبيق مناطق حظر الطيران والعقوبات ضد العراق. بالإضافة، طائرة استطلاع البحرية الأمريكية EP-3 تم احتجازها من قبل الصينيين في جزيرة هاينان بعد تصادم مع مقاتلة صينية خلال عمليات فوق بحر الصين الجنوبي والهجوم على
USS "كول" وقعت في عدن، اليمن. هذا الحدث الأخير دفع إلى تغيير أساسي في النهج لتحليل الإرهاب ودعم القوات التشغيلية التي تجسدت في القوة المشتركة المشتركة للمخابرات لمكافحة الإرهاب (JITF-CT) التي تعمل تحت إشراف هيئة الأركان المشتركة J-2 كجزء من وكالة الاستخبارات الدفاعية. جاكوبي كان يدافع عن زيادة التمويل لـ JITF-CT بعد ظهر يوم 10 سبتمبر 2001 مع كبار الموظفين في لجنة الاستخبارات الدائمة في مجلس النواب. كان في البنتاغون لما هوجم في 11 سبتمبر 2001. قاده القوة المشتركة للقوات المسلحة، وكان نشطا في التخطيط الاستخباراتي للحرب العالمية على الإرهاب والعمليات العسكرية في أفغانستان، أشرف على أنشطة جيه-2 خلال المرحلة الأولية من العمليات القتالية في أفغانستان وكان له دور فعال في تطوير وتحسين مفهوم عمليي يسمى "2 زائد 7" والذي أصبح نقطة مركزية للعمليات الأمريكية لتفكيك منظمة القاعدة ومهاجمة مهام القيادة والتخطيط المركزية. الجهد ركز على العمليات ضد الزعيمين السبعة المخططين التنفيذيين الكبار. النتيجة كانت تدهور كبير في قدرات المنظمة. جاكوبي اكمل تمديده لسنة واحدة كموظف مشترك جي-2 في يوليو 2002.