في السادس عشر من سبتمبر عام 1939، أغلق الجيش الألماني الكنيسة
والمسار التبشيري استولى عليه ليتم استخدامه كمستودع من قبل القوات والشرطة الألمانية. البناية تم تدميرها، ومعداتها مسروقة. خلال انسحابهم من المدينة، أحرقت القوات الألمانية المتراجعة المبنى في 19 يناير 1945، والذي استمر ثلاثة أيام. أطلقت القوات السوفيتية القادمة قذائف مدفعية على الكنيسة، مما أدى إلى تلف كبير للقبة وتسبب في حريق آخر في الجزء السكني من العلية.