أكمل الجملة التالية: في موسم 2008/09، توتي تعافى من الإصابة السابقة، وشارك في
نهائي سوبر كوبا إيطاليا 2008 في 24 أغسطس 2008؛ بعد تعادل 2<unk>2 مع إنتر بعد وقت إضافي، فوت توتي ركلة جزاء في المباراة، والتي سمحت لخافيير زانيتي للفوز بالمباراة مع إنتر. في 8 نوفمبر 2008، ظهر في مباراته الـ 400 في الدوري الإيطالي، في مباراة تعادل 1×1 في رحلته ضد بولونيا، حيث سجل الهدف الافتتاحي للمباراة. في وقت لاحق من ذلك الشهر، ذهب لمساعدة فريقه على هزيمة لاتسيو في دوري روما، حيث ساعد جوليو باتيستا في تحقيق هدف الفوز. استمر تشغيل توتي من الشكل الجيد لأنه قدم مساعدات لميركو فوسينيتش وسجل هدف في فوز 3 <unk> 0 في مباراة الدوري ضد ليتشي في 23 نوفمبر، في حين أنه سجل ركلة حرة في فوز 3 <unk> 1 ضد CFR Cluj في دوري الأبطال في وقت لاحق من ذلك الأسبوع، في 27 نوفمبر. كما سجل الهدف الثاني في فوز 2<unk>0 ضد بوردو في 10 ديسمبر، والذي ضمان مرور روما إلى دور ال 16 من المسابقة كفائزين في المجموعة. في 19 أبريل 2009، سجل توتّي هدفه الـ175 في الدوري الإيطالي في مباراة فازت فيها على ليتشي بنتيجة 3<unk>2، متجاوزًا أميديو أمادي كأفضل هداف في تاريخ روما.