في 6 يوليو 1948، عاد جناح إلى كويتة، ولكن بناء على نصيحة الأطباء، سرعان ما سافر إلى مكان أعلى في زيارات. كان جناح مترددًا دائمًا في الخضوع للعلاج الطبي، ولكن بعد أن أدركت أن حالته كانت تزداد سوءًا، أرسلت الحكومة الباكستانية أفضل الأطباء الذين تمكن من العلاج به. أكدت الاختبارات السل، وأظهرت أيضًا أدلة على سرطان الرئة المتقدم. تم علاجه بـ "دواء المعجزة" الجديد، ولكن لم يساعد. استمرت حالة جناح في التدهور على الرغم من صلوات عيد شعبه. تم نقله إلى المنطقة المنخفضة من كويتة في 13 أغسطس، عشية يوم الاستقلال، والتي تم إصدار بيان مكتوب له. على الرغم من الشهية في كراتشي (كان وزنه يزيد عن 36 كيلوغرام) ، كان من الواضح أنه مات في ليموزين في كراتشي. ومع ذلك، بعد وصوله إلى هناك في صباح 11 سبتمبر 1948
مرض السل