في عام 1939، بعد غزو بولندا، قوات الاحتلال الالمانية النازية
اغلقوا الجامعة. كان مطلوب من الذكور القادرين على العمل، لذلك من 1940 إلى 1944 عمل Wojtyła بشكل مختلف كرسول لمطعم، وعامل يدوي في محجر الحجر الجيري ومصنع Solvay الكيميائي، من أجل تجنب الترحيل إلى ألمانيا. في فبراير 1940، التقى جان تيرانوفسكي الذي عرفه على الروحانية الكرملية وجماعات الشباب "الروزي الحي". في نفس السنة، تعرض لحادثين كبيرين، عانى من كسر الجمجمة بعد أن صدمه ترام واصيب بجروح تركت له كتف واحد أعلى من الآخر وارتكاب دائم بعد أن صدمته شاحنة في محجر. مات والده، وهو ضابط سابق في الجيش البولندي، بسبب أزمة قلبية في عام 1941، تارك Wojtyła كعضو الوحيد الباقي على قيد الحياة في العائلة المباشرة. "لم اكن عند وفاة امي، ولم اكن عند وفاة اخي، ولم اكن عند وفاة ابي،" قال، بالتفكير في هذه الأوقات من حياته، بعد ما يقرب من أربعين عاماً، "في العشرين، كنت قد فقدت بالفعل كل الناس الذين أحببتهم".