الجزيرة اسمها على اسم اميرال غاليسي في خدمة البرتغال (Xoán da Nova أو de Novoa بالجاليسية؛ João da Nova بالبرتغالية) الذي وصل إلى الجزيرة في عام 1501. الجزيرة لم تكن مأهولة قط عندما أصبحت ملكاً لفرنسا في عام 1897. في عام 1921، قررت فرنسا نقل إدارة خوان دي نوفا من باريس إلى تاناناريف في مستعمرة مدغشقر والإعتمادات. قبل استقلال مدغشقر، نقلت فرنسا الإدارة إلى سان بيير في جزيرة ريونيون. أصبحت مدغشقر مستقلة في عام 1960 وتدعي السيادة على الجزيرة منذ عام 1972. تم استغلال ودائع الغوانو (الفوسفات) من بداية القرن العشرين حتى عام 1970. تم التخلي عن الجزيرة خلال الحرب العالمية الثانية و زارها الغواصنة الألمانية.
عام 1960