بعد إعلان قرار نقل رئاسة الاتحاد، قال الزعيم الليبي معمر القذافي إنه حان الوقت لوضع الاتحاد "في الثلاجة". هذا أثار تساؤلات حول موقف ليبيا تجاه الاتحاد. كان القلق هو أن ليبيا سيكون لها تأثير سلبي على الطريقة التي ستترأس بها المنظمة. علاوة على ذلك، التنافسات التقليدية بين المغرب والجزائر، والمسألة غير المحلولة عن سيادة الصحراء الغربية، أوقفت اجتماعات النقابات منذ أوائل التسعينيات على الرغم من عدة محاولات لإعادة إطلاق العملية السياسية. الصحراء الغربية، وهي مستعمرة إسبانية سابقة جنوب المغرب "تم إعادة دمجتها" من قبل مملكة المغرب، أعلنت الاستقلال باسم جمهورية الصحراء العربية الديمقراطية. في أحدث مؤتمر رفضته المغرب في منتصف عام 2005، رفضت المغرب مسألة الصحراء الغربية، بسبب دعم الجزائر للاتحاد. كما رفضت محاول
المغرب