رأس ماسوسبونديلوس الصغير كان تقريباً نصف طول الفخذ. فتحات عديدة في الجمجمة خففت من وزنه وفرت مساحة لتثبيت العضلات والأعضاء الحسية. كانت هذه الفتحات موجودة في أزواج، واحدة على كل جانب من الجمجمة. في مقدمة الجمجمة كان هناك اثنين من الأنف البيضاوي الكبير، والتي كانت تقريباً نصف حجم المدارات. كانت المدارات أكبر نسبياً في ماسوسبونديلوس من الأجناس ذات الصلة، مثل Plateosaurus. كانت الفتحات الأمامية، الأصغر من تلك التي شوهدت في Plateosaurus، تقع بين العينين والأنف. في الجزء الخلفي من الجمجمة كان هناك زوجين آخرين من الفتحات الزمنية: الفتحات الزمنية وراء العين، والتي كانت على شكل "Tondilus fenestrae" في كل جانب من الجمجمة.
العيون والأنف