الشكل الأكثر شيوعًا للتقاطع الكروموسومي هو التجميع المتجانس، حيث يتشارك الكروموسومان المشاركون في التسلسلات المماثلة. التجميع غير المتجانس يمكن أن يكون ضارًا للخلايا، لأنه يمكن أن ينتج عن التحولات الكروموسومية والتشوهات الجينية. يتم تحفيز تفاعل التجميع المتجانس بواسطة أنزيمات تعرف باسم التجميعات المتجانسة، مثل RAD51. الخطوة الأولى في التجميع المتجانسة هي التمزيق المزدوج الذي يسبب إما من قبل النيوكلياز أو الضرر في نهاية الحمض النووي. يمكن أيضًا أن تشارك التجميع الجيني في إصلاح الحمض النووي، وخاصة في استجابة الخلية للكسران المزدوجين.
هيكل التقاطع الرباعي