في العالم المتقدم، بكتيريا هي السبب الرئيسي في التهاب المعدة البكتيري، مع نصف هذه الحالات المرتبطة بالتعرض للدواجن. في الأطفال، البكتيريا هي السبب في حوالي 15 ٪ من الحالات، مع أنواع الأكثر شيوعًا هي أنواع Escherichia coli و Salmonella و Shigella و Campylobacter. إذا أصبح الغذاء ملوثًا بالبكتيريا وبقي في درجة حرارة الغرفة لفترة من عدة ساعات، فإن البكتيريا تتكاثر وتزيد من خطر العدوى في أولئك الذين يستهلكون الغذاء. بعض الأطعمة الشائعة المرتبطة بالمرض تشمل اللحوم الخام أو غير المطبوخة بدرجة كافية، الدواجن، المأكولات البحرية، والبيض الخام؛ البراعم؛ الحليب غير المبستر والجبن الرخو؛ والفواكه والخضروات الخضراوة. في العالم، وخاصة في أفريقيا جنوب الصحراء وآسيا، الكوليرا هو سبب شائع للإصابة
ممكن يحدث ايضا عند من استخدموا المضادات الحيوية.