أكمل الجملة التالية: في سبتمبر 1796، تم تعيين جونستون مساعدًا للمحافظ جون هنتر، وفي عام 1800 حصل على رتبته كرائد. في نفس السنة تم اعتقال جونستون من قبل نائب الحاكم ويليام باترسون بتهمة "دفع المشروبات الروحية إلى رقيب كجزء من أجره" وعدم طاعة الأوامر. اعترض جونستون على المحاكمة من قبل المحكمة العسكرية في المستعمرة، وأرسله هانتر إلى إنجلترا. هناك صعوبات في إجراء محاكمة مع شهود في أستراليا أدت إلى إسقاط الإجراءات، وعاد جونستون إلى نيو ساوث ويلز في عام 1802. في عام 1803، تولى جونستون قيادة مؤقتة لجيش نيو ساوث ويلز خلال مرض باترسون، وتورط في الصراع بين الملك والجيش. في مارس 1804، تصرف بقرار عندما كان قائد الجيش الذي ارسله ضد بعض
المدانين الذين تمردوا في كاسل هيل. عندما تم إرسال باترسون إلى بورت دالريمبل، أصبح جونستون قائد فيلق نيو ساوث ويلز.