تصنيف الأركيا، والبروكاريوتات بشكل عام، هو مجال سريع الحركة ومثير للجدل. تهدف أنظمة التصنيف الحالية إلى تنظيم الأركيا في مجموعات من الكائنات الحية التي تتشارك في الخصائص الهيكلية والأجداد المشتركين. تعتمد هذه التصنيفات بشكل كبير على استخدام تسلسل جينات RNA الريبوزومي للكشف عن العلاقات بين الكائنات الحية (الجنسية الجزيئية). معظم الأنواع القابلة للزراعة والمحققة جيدًا من الأركيا هي أعضاء من مجموعتين رئيسيين، أوراياراكيوتا و كريناراكيوتا. تم إنشاء مجموعات أخرى بشكل مؤقت. على سبيل المثال، تم إعطاء النوع الخاص Nanoarchaeum equitans، الذي تم اكتشافه في عام 2003، إلى فصيلته الخاصة، فصيلته Nanoarchaeota. تم اقتراح نظام تصنيف جديد أيضًا فصيلته Korarchaeota.
يورياركيوتا وكريناركيوتا