هناك عدد من الأسباب غير المعدية للالتهاب في الجهاز الهضمي. بعض من الأسباب الأكثر شيوعًا تشمل الأدوية (مثل الأدوية المضادة للالتهابات غير الستيرية) ، وبعض الأطعمة مثل اللاكتوز (في أولئك الذين يعانون من عدم التسامح) ، والغلوتين (في أولئك الذين يعانون من مرض القولون). مرض كرون هو أيضًا مصدر غير معدي لعدوى الجهاز الهضمي (في كثير من الأحيان شديدة). يمكن أن يحدث أيضًا أمراض ثانوية للسموم. بعض الحالات المرتبطة بالطعام المرتبطة بالغثيان والقيء والإسهال تشمل: التسمم بسبب استهلاك سمك مفترس ملوث، والكابحات المرتبطة باستهلاك أنواع معينة من الأسماك المسمومة، والتسمم بواسطة السموم من استهلاك الأسماك المنتفخة وغيرها، وعادة بسبب الغذاء غير المحفوظ بشكل صحيح. في الولايات المتحدة، انخفضت معدلات استخدام
السموم