سلسلة من الانتفاضات اليعقوبية وقعت ايضا في اسكتلندا، حيث قام الفيسكونت دندي برفع قوات هيلاند وفاز في 27 يوليو 1689 في معركة كيلي كرانكي
لكن مات في المعركة وبعد شهر قامت القوات الاسكتلندية الكاميرونية بتخضع الانتفاضة في معركة دنكيلد. عرض ويليام على العشائر الاسكتلندية التي شاركت في الانتفاضة عفوا بشرط أن توقعوا على الولاء بحلول موعد نهائي، وعاقبت حكومته في اسكتلندا التأخير بمذبحة جلينكو عام 1692، والتي أصبحت سيئة السمعة في الدعاية اليعقوبية حيث وقع ويليام على الأوامر. انخضع ويليام للرأي العام، ورفض المسؤولين عن المذبحة، على الرغم من أنهم ما زالوا في صالحه؛ في كلمات المؤرخ جون دالبرج أكتون، "أحد أصبح عقيدًا، آخر فارسًا، ثالثًا جندًا، ورابعًا إيرل".