خلال التسعينات، بعد حرب الخليج، كانت الهجمات الإرهابية لها تأثير كبير على قوات القيادة المركزية. في مواجهة هجمات مثل تفجير أبراج خوبار في عام 1996، والذي قتل 19 طيار أمريكي، أطلقت القيادة عملية تركيز الصحراء، والتي تم تصميمها لنقل المنشآت الأمريكية إلى مواقع أكثر دفاعًا (مثل قاعدة الأمير سلطان الجوية) ، وتقليل "بصمة" الأمريكية الأمامية عن طريق القضاء على المساكن غير الضرورية، وإعادة المعالين إلى الولايات المتحدة. في عام 1998 هاجم الارهابيون السفارات الامريكية
في كينيا وتنزانيا، قتل 250 شخص، بمن فيهم 12 أمريكيين. الهجوم في اكتوبر 2000 على السفينة "كول"، والذي أسفر عن مقتل 17 بحار أمريكي، كان مرتبط بتنظيم القاعدة في أسامة بن لادن.