عند اندلاع الحرب مع فرنسا في عام 1793 تم تعيينه لقيادة سفينة هوتام الرائدة، 100 بندقية، ورأى العمل في حصار تولون. بعد استدعاء الأدميرال صموئيل هود في أواخر عام 1794، أصبح هوتام القائد الأعلى للأسطول المتوسطي، وأصبح هولواي قائده للأسطول. وبالتالي شارك في معركة جنوة
في مارس 1795 ومعركة جزر هيير في يوليو. في نهاية السنة استبدل هوتام بالأدميرال السير جون جيرفيس، وتم تعيين هولواي لقيادة 98 بندقية. كان حاضراً فيها في تمرد سبيثهيد في مايو 1797، وبعد ذلك، قاد أسطول القنال.