اكتب استمرار لهذه الفقرة - بعد سقوط الموصل
في 17 يونيو 2014، تم أخذ رفات القديس توماس من الكنيسة من قبل نيقوديموس داود شرف، رئيس أساقفة الموصل الأرثوذكس السرياني، ونقلها إلى دير القديس ماثيو. استخدمت الكنيسة كسجن من قبل مقاتلي الدولة الإسلامية حتى تحرير المدينة في عام 2017.