في بداية الحرب الثلاثين السنوية في عام 1618، تراجعت الثروة الفكرية والمالية للجامعة. في عام 1622، سرق مكتبة البابلوثيكا بالاتينا (مكتبة الجامعة) الشهيرة عالمياً في ذلك الوقت من كاتدرائية الجامعة ونقلها إلى روما. تم تخطي جهود إعادة الإعمار بعد ذلك من قبل قوات الملك لويس الرابع عشر، والتي دمرتها بالكامل في عام 1693. نتيجة للإصلاح المضاد في أواخر القرن العشرين، فقدت الجامعة البروتستانتية طابعها، وأصبحت تحت إشراف شخصيات مثل بول شيد، جان غروتر، مارتن أوبيتز، وماتسيوس ميريان الذين درسوا في الجامعة. جذبت العلماء من جميع أنحاء القارة وأصبحت مركزًا ثقافيًا أكاديميًا وأكاديميًا. ومع بداية حرب الثلاثين سنة في عام 1618، تراجعت الثروة الفكرية والمالية للجامعة
الثروة الفكرية والمالية للجامعة انخفضت