خط الصدع سان أندرياس والخلل هايوارد المجاورين مسؤولين عن نشاط زلزالي كبير، على الرغم من أنهما لا يمران فعلياً عبر المدينة نفسها. سبب خط الصدع سان أندرياس الزلازل في عامي 1906 و 1989. تحدث الزلازل الصغيرة بشكل منتظم. خطر الزلازل الكبرى يلعب دوراً كبيراً في تطوير البنية التحتية للمدينة. قامت المدينة ببناء نظام إمدادات مياه مساعد ورفعت مراراً وتكراراً رموز البناء، مما يتطلب إعادة تجهيز للمباني القديمة ومعايير هندسية أعلى للبناء الجديد. ومع ذلك، لا يزال هناك آلاف المباني الأصغر التي لا تزال عرضة للتلفات الزلازلية. أصدرت USGS نموذج توقعات الزلازل في كاليفورنيا والذي يتوقع حدوث الزلازل في كاليفورنيا. خط الساحل في سان فرانسيسكو نمت إلى ما وراء حدودها الطبيعية.
المواد التي تم تجفيفها من الخليج وكذلك المواد الناتجة عن حفر نفق يربا بوينا