بعد اندلاع الحرب الأهلية الأمريكية، انضم جونز لجيش الاتحاد. في 7 يوليو 1861، انضم إلى 37th New York Volunteers، المعروف باسم "Irish Rifles"، تحت قيادة الكولونيل جون ماكان. كان في البداية جندي، لكن سرعان ما انتخب في رتبة ملازم ثان من قبل الرجال في الفوج. كان حاضراً في معركة بول ران الأولى، بعد أسبوعين فقط من التجنيد، لكن لم يشهد أي عمل لأن الوحدة كانت تحتفظ بالاحتياطي. أظهر جونز "سلوك شجاع" خلال السنوات الأولى مع الفوج وسرعان ما ارتفع في رتبة الملازم الأول والمساعد في 4 نوفمبر 1861، ثم الرائد في 21 يناير 1862. انضم هو و "الآيرلنديين" لاحقاً إلى الفيلق الثالث للجنرال صموئيل بي هنتزلمان، كجزء من اللواء الثالث للفرقة الثالثة تحت قيادة اللواء فيليب كيرني، خلال حملة شبه الجزيرة وشارك في ويليامزبرغ، سبع الصنوبر
وحملة سبعة أيام. كان جونز حاضر أيضًا عندما كان متطوعو نيويورك الـ 37، المرتبطون بعد ذلك باللواء الثالث من الفرقة الأولى من الفيلق الثالث، في معركة بول ران الثانية. في مايو ويونيو، بدأ يعاني من الملاريا و دخل المستشفى في واشنطن العاصمة في 26 سبتمبر، وبقي هناك حتى نهاية أكتوبر. كان أيضا ضابط لجنرال فرانز سيجل قبل تقاعد الجنرال أمبروز بيرنسايد وإعادة تنظيم جيش بوتوماك.