在1990年代, 在海湾战争之后, 恐怖袭击对中央司令部部队产生了重大影响. 面对1996年霍巴尔塔爆炸事件等袭击事件,造成19名美国飞行员死亡,该指挥部发动了"沙漠焦点行动",旨在将美国设施迁移到更容易防御的地点 (如苏丹王子空军基地),通过消除不必要的宿舍来减少美国的前进"足迹",并将依赖者返回美国. 1998年,恐怖分子袭击了美国在肯尼亚和坦桑尼亚的大使馆,造成250人死亡,其中包括12名美国人. 2000年10月对美国"科尔"号的袭击
导致17名美国水手死亡, 已与奥萨马·本·拉登的基地组织有联系.