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  有氧呼吸产生能量(ATP)是需要氧气的。尽管糖类、脂肪和蛋白质都可以作为反应物而被处理和消耗,然而在糖酵解作用下降解成的丙酮酸却是首选;并且丙酮酸为了被三羧酸循环完全氧化,它还需要进入线粒体。这个过程中由底物水平磷酸化、还原型烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(NADH)和还原型黄素腺嘌呤二核苷酸(FADH)所产生的能量是在以ATP(三磷酸腺苷)的形式储存起来。  糖类参与的有氧呼吸简化反应如下(反应条件从略):  部分教材会在左边加上6个HO(水),右边生成的HO相应为12,以表示每消耗1个葡萄糖分子就有6个水分子参与中间反应,但实际上有氧呼吸的过程复杂得多,中间参与反应的也不只有水,故此处将6HO约去。  自由能变(ΔG)是负值说明此反应可自发进行。  NADH与FADH中的还原势通过电子传递链将电子送达作为“最终电子受体”的氧气并被转换为更多的ATP。大多数由有氧呼吸产生出来的ATP是由氧化磷酸化所制造。这个工作是由消耗丙酮酸所产生的能量以推动将质子泵入线粒体膜间隙所产的H浓度梯度所完成的。接下来这个化学渗透势驱使ATP合酶将腺苷二磷酸以及无机磷酸合成三磷酸腺苷。生物书上常称在细胞呼吸中每氧化一分子葡萄糖可以生成32个ATP分子(两个来自于糖酵解,两个来自于三羧酸循环以及大约34个来自于电子传递系统)。然而,这个最大产量由于质子损失(内膜渗漏)以及推动丙酮酸进入线粒体基质的因素而永远无法达到,现在估计的是每一分子葡萄糖可以生成29～30个ATP分子。  有氧代谢能量转换效率约为40%,大约比无氧代谢(每摩尔葡萄糖大约生成2摩尔ATP)的效率要高19倍。他们都有糖酵解这一起始途但有氧代谢继续进行了三羧酸循环以及氧化磷酸化步骤。糖酵解后反应发生在真核细胞的线粒体以及原核细胞的胞浆中。  葡萄糖是生物体内基本的能量来源,葡萄糖的有氧分解是呼吸作用的典型,因此下面用葡萄糖作为例子讲解。

  在糖解作用中,一分子葡萄糖经过一系列反应,最终生成了两分子的丙酮酸(CHCOCOOH),以及两分子ATP。此反应在细胞质中进行,并不需氧气参与。糖解作用又可粗略分为两阶段,第一阶段是葡萄糖转变成3-磷酸甘油醛,过程中消耗了2分子ATP,此为投资阶段。第二阶段是甘油醛三磷酸转变成丙酮酸,过程中产生了4分子ATP和两分子NADH,是为放能阶段,最后反应净得2分子ATP和2分子NADH。

  在这一过程中,一分子的丙酮酸(CHCOCOOH)脱去一个羧基,生成一分子的二氧化碳和一分子的乙酰辅酶A。

  二碳的乙酰辅酶A与四碳的草酰乙酸结合,生成了六碳的柠檬酸。柠檬酸经过一系列脱羧和脱氢的酶促反应,最终仍变成四碳的草酰乙酸。草酰乙酸不被消耗,仅仅用于生成中间产物而已。

  经过上述的分解过程,产生的能量只是很少的一部分,还有大量能量随着分解过程被转移到几种辅酶所携带的质子也就是还原性氢上。这些携带还原性氢的辅酶在细胞线粒体内膜上经过一系列被称做电子传递链的酶,将氢经过不同的细胞色素最终传递给氧原子生成水分子。  线粒体穿梭

  电子传递链是细胞线粒体内膜上一系列通道蛋白和酶的总称,在某些原核细胞中,细胞以细胞质膜内褶完成类似的活动。 电子传递链的实质是将高能电子经过一系列受体传递,电位逐渐降低,最后与质子和氧原子结合生成水。化学渗透假说较好的解释了ATP合成:电子通过线粒体内膜被传递的同时,导致了膜内外的电势差,引起质子的穿膜移动推动ATP合成酶合成ATP,这一过程通过内膜上的通道蛋白和一个ADP磷酸化的过程耦联,当电子被传递,可以导致生成ATP,这一过程被称为氧化磷酸化。

  某些细菌(例如:放线菌)电子传递链最终的电子接受者并非氧气,而是硝酸根或硫酸根之类的氧化态物质,以氧化磷酸化合成ATP。发酵作用没有氧气参与,许多版本的高中以下教科书,将无氧呼吸与发酵作用混为一谈。但是某些领域中,发酵作用与无氧呼吸仍作为同义词。  发酵作用

  细胞行无氧呼吸的其中一条路径,丙酮酸(CHCOCOOH)在脱羧过程后不生成乙酰辅酶A,而是生成乙醛,乙醛接受还原性氢被还原为酒精。在该过程中,糖酵解将一分子的葡萄糖分解成两分子的丙酮酸,丙酮酸在酶的作用下释放出二氧化碳后转变成乙醛,乙醛再被NADH还原成乙醇(酒精)。  这里的NAD之再生可供应糖酵解作用所需。  过程:

  一些生物的呼吸过程,典型的是我们熟知的乳酸菌,是细胞行无氧呼吸的另一条路径。在乳酸发酵中,丙酮酸直接生成乳酸,这是一个被还原的过程,同时间使NADH被氧化为NAD,这样糖解作用才有材料进行。人体内也存在这一过程,剧烈运动时肌肉供氧不足,便会通过这一过程还原作用所需材料,再透过糖解得到持续的能量,生成的乳酸可以在人体里短时间累积,等到又有氧气了,乳酸会被再次转化为丙酮酸盐,然后通过有氧的方式释放出全部的能量。  过程:  过程中,糖酵解将一分子的葡萄糖分解成两分子的丙酮酸,丙酮酸直接被NADH还原形成乳酸盐(lactate)暂存,而没有二氧化碳释出。

  

  脂类物质水解生成脂肪酸和甘油。其中,甘油经磷酸基的活化和酶促反应转化为磷酸二羟丙酮,后脱水变为丙酮酸,丙酮酸参加上述的呼吸过程。脂肪酸长链分子则是反复被脱去一端的两个碳原子生成乙<unk>辅酶A,参加克氏循环。

  各种氨基酸可以分别经过脱氨基或脱羧基作用被氧化,脱氨基生成的氨对细胞有毒害作用,必须被排出体外或转化为其他无害物质。含碳部分的转化根据氨基酸的不同而各异,但最终都是通过某些途径成为柠檬酸循环中的物质参与循环。 可见,各种营养物质的氧化路线到最后都是相同的。生物体内的诸多能量代谢具有相当高的一致性。
呼吸作用,又称为细胞呼吸(英语:Cellular respiration),是生物体细胞把有机物氧化分解并转化能量的化学过程,也称为释放作用。无论是否自养,细胞内完成生命活动所需的能量,都是来自呼吸作用。真核细胞中,线粒体是与呼吸作用最有关联的胞器,呼吸作用的几个关键性步骤都在其中进行。