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  1544年,马克西米利安来到他伯父查理五世的布鲁塞尔皇宫,开始受到西班牙天主教的影响,跟随查理五世参加了1544年对法国的战争和1546年至1547年的施马尔卡尔登战争,这是查理五世与新教派诸侯的施马尔卡尔登联盟之间的一场战争,查理五世为了捍卫天主教的利益,极力阻止对新教的认可。随后马克西米利安开始参与帝国的管理事务。  1548年,马克西米利安同自己的堂妹、查理五世的女儿玛丽亚结婚。同年开始作为帝国的代表摄政西班牙,直至1550年12月返回德意志,参与帝国继承权的讨论。

  在此前的1531年,德意志选侯已经选举查理五世的弟弟斐迪南(也就是马克西米利安的父亲)为“罗马人民的国王”,使他成为查理五世皇位的继承者。查理五世在1550年提出希望他的儿子腓力(后来的西班牙国王腓力二世)继承他的皇位,但这一建议受到马克西米利安的反对。双方达成了一项协议,仍由斐迪南接替查理五世,腓力将继承斐迪南,但是在腓力接任皇帝后,马克西米利安将作为罗马人民的国王统治德意志。这项安排最终并没有实施,但由于查理五世在继承权问题上的固执表现,哈布斯堡家族两个分支之间原本和谐的关系遭到了严重的破坏了。马克西米利安对查理五世的举动也耿耿于怀,逐渐开始反对查理五世。  与此同时,马克西米利安将府邸搬到了维也纳,并投身于对奥地利的管理,以抵御土耳其人。

  马克西米利安是哈布斯堡王朝中唯一一位与天主教保持距离的皇帝,他更加倾向于新教,究其原因可能是受到他早期教育的影响,他曾师从于马丁·路德的学生沃尔夫冈·席弗尔(Wolfgang Schiefer),一直到1538年。受到良好教育的马克西米利安是维也纳人文主义的坚定拥护者,他同新教派诸侯联系频繁。在维也纳期间,他还和路德新教传道士塞巴斯蒂安·普福泽(Sebastian Pfauser)关系密切。马克西米利安在宗教信仰上的态度引起了父亲斐迪南的担忧,他害怕马克西米利安最终会彻底放弃天主教。  加之马克西米利安与查理五世因为先前继承权矛盾所形成的对立,使得他与新教派诸侯,以及不满查理五世的天主教派诸侯结成了政治联盟。1552年的诸侯叛乱后,马克西米利安曾在萨克森公爵莫里茨与查理五世之间斡旋。  马克西米利安二世对于帝国中立和和平的政策,使得帝国内罗马天主教和新教的争斗在第一次宗教改革后获得了短暂的停息。但他对新教的同情引起了他叔父查理五世和他父亲斐迪南一世越来越大的不信任,并威胁到了他的继任。斐迪南在1558年成为皇帝后,教皇保罗四世威胁斐迪南一世,如果他选一位支持新教的皇位继承人,教皇将不承认他的皇帝地位,这引起了哈布斯堡家族内部的矛盾。家族对马克西米利安的压力越来越大,而与此同时,新教派诸侯却没有向马克西米利安发出支援的信号,马克西米利安最终妥协,在1560年对外宣布自己信仰天主教,同意流放塞巴斯蒂安·普福泽,并开始参加天主教的宗教活动。

  1562年马克西米利安被选为罗马人民的国王,同年继任,他向天主教派选侯表明了自己对天主教的忠诚,同时又向新教派选侯保证,在成为皇帝后会公开表示接受新教。在他宣誓效忠天主教后,他的地位得到了教皇的认可。1563年马克西米利安又被选为匈牙利国王,1564年父亲斐迪南一世去世后,加冕为神圣罗马帝国皇帝,同时上任波希米亚国王和匈牙利国王。从哈布斯堡家族他只继承了上奥地利、下奥地利、波希米亚和匈牙利西部(Restungarn),其他领地分给了他的兄弟查理二世大公和斐迪南二世大公。  刚刚加冕的马克西米利安相信,彻底的宗教改革是必须的,他有意准许神职人员结婚,但并没有获得教皇庇护五世的同意。在1566年3月的奥格斯堡帝国议会上,人们普遍预计马克西米利安会站在新教派的一边,但他却拒绝了新教派诸侯提出的要求,虽然广泛讨论了日益严重的宗派主义,但却没有采取真正的压制措施。这次会议的唯一一个结果是支持并援助再次爆发了的土耳其战争。集结了大规模的军队后,马克西米利安出兵保卫疆土,德土两国展开了规模颇大的西盖特瓦尔战役。双方的主力未及决战,敌方年迈的苏里曼大帝却在1566年9月病逝。帝国军此时遭受瘟疫的折磨,战力大减,加上马克西米利安并非优秀的统帅,因此战役仍由土耳其军获胜;但土军因苏丹病逝,两方于1568年休战,帝国继续向土耳其苏丹进贡(新任苏丹为苏里曼之子塞利姆二世,绰号「酒鬼」),以换取哈布斯堡王朝控制下的匈牙利王国西部和北部的和平。马克西米利安1568年再次试图说服新教和天主教言和,以失败告终。在奥地利,他给予新教派贵族以宗教信仰自由,不惜拒绝接受天主教大公会议通过的法令。  与此同时,腓力二世的儿子的去世,使得马克西米利安或者他的儿子有可能继承西班牙的王位。马克西米利安同腓力二世的关系因此所缓和改善,马克西米利安也越来越谨慎处理宗教事务。1570年马克西米利安将女儿安娜嫁给了腓力二世,成为他的第四个妻子。  1570年在施派尔举行的帝国议会上,新教派的宗教诉求仍旧没有得到满足,容忍的政策并没有给奥地利带来和平。马克西米利安请求各诸侯帮助帝国加强东部防御,并削减由于外族军队途经德意志而产生的混乱,但是与会者并不愿意强固帝国的疆域,新教派诸侯反而将其看作是要阻止他们得到有着相同信仰的法兰西和尼德兰的帮助。会议并没有促成实质性的进展,马克西米利安只赢得了一小部分愿意保卫奥地利的援助。马克西米利安的力量毕竟是非常有限的,而当1571年前后教皇庇护五世要求他出兵攻打土耳其时,虽然并非出于他的自愿,他却无法置身事外。帝国在东北欧的疆土受到威胁时,马克西米利安仍旧保持克制。  马克西米利安曾参选波兰国王失败,先是他的儿子恩斯特(Ernst)在1573年输给了法国瓦卢瓦王朝的亨利三世,随后1575年马克西米利安自己又输给了斯特凡·巴托里。  1576年10月12日马克西米利安在雷根斯堡去世,临终时拒绝接受天主教的最后一次圣礼,以此表明他的个人真实信仰,是受到路德新教的深刻影响的。马克西米利安和妻子玛丽亚生有9个儿子和6个女儿,其中鲁道夫二世和马蒂亚斯后来都成为了神圣罗马帝国皇帝,女儿伊丽莎白嫁给了瓦卢瓦王朝的法国国王查理九世。

  1548年9月13日马克西米利安与玛丽亚结婚,玛丽亚是查理五世和葡萄牙的伊莎贝拉的女儿。马克西米利安与玛丽亚共有16个孩子:

  "马克西米利安二世,蒙上帝恩典,神圣罗马帝国皇帝当选人,永远的奥古斯都,罗马人民的国王、匈牙利国王、波西米亚国王、达尔马提亚国王、克罗地亚国王、斯洛文尼亚国王、奥地利大公、勃艮第公爵、布拉班特公爵、施蒂里亚公爵、克拉尼斯卡公爵、卢森堡公爵、上与下西里西亚公爵、布尔高领主、摩拉维亚藩侯、上与下卢萨蒂亚藩侯、哈布斯堡伯爵、蒂罗尔伯爵、费雷特伯爵、戈里齐亚伯爵、阿尔萨斯领地伯爵。"
马克西米利安二世(Maximilian II.,1527年-7月31日-1576年-10月12日)是哈布斯堡王朝的神圣罗马帝国皇帝(1564年—1576年在位)。