在2013年德甲超级杯比赛中,诺伊尔以输给多特蒙德的比赛开始了赛季. 2013年欧洲杯超级杯
2013年8月30日,他挽救了最后一个决定性的点球,拜仁慕尼黑赢得了对阵切尔西的比赛,为失败的2012年欧冠决赛报复. 在FIFA俱乐部世界杯中,诺伊尔在半决赛中对阵广州恒大,在决赛中对阵拉贾卡萨布兰卡. 2014年1月7日,诺伊尔被宣布为2013年世界门将. 2月9日,拜仁在冠军联赛淘汰赛阶段面对阿森纳,诺伊尔在上半场挽救了梅苏特·奥齐尔的罚球. 拜仁队在客场以2比0获胜. 2014年5月2日,诺伊尔将他的现任合同延长至2019年夏天. 诺伊尔完成了本赛季31次德甲比赛,5次德国杯比赛,12次欧冠联赛比赛,1次德国超级杯比赛,1次欧联超级杯比赛,2次国际足联俱乐部世界杯比赛,共52次比赛.