在纳粹德国和苏联入侵波兰后,第二次世界大战开始,科尔诺于1939年9月8日被德国军队占领. 1939年9月12日至13日,德国的"第五特遣部队"进入了这座城市,对民众犯下各种罪行. 9月29日,苏联根据里本特罗普-莫洛托夫条约进入该地区. 苏联对苏联居民进行大规模驱逐. 1939年,波兰抵抗运动在科尔诺由斯坦尼斯瓦夫·米勒夫斯基组织. 这座城市仍处于苏联占领之下.
在巴巴罗萨行动 (1941年6月22日) 之前,它再次被德军占领.