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  1181年初,源赖朝的政敌平清盛去世,赖朝堂亲源义仲于1182年7月入洛(进驻京都),后白河法皇倚重赖朝,引起义仲不满,赖朝派其弟源义经讨伐义仲。  1184年,义仲战死,赖朝入洛,并消灭平氏一族于濑户内海。  1185年10月,后白河法皇命令源义经讨伐源赖朝,事情被赖朝察觉,经过交战义经兵败逃亡至奥州,并于1189年自尽。1192年3月,后白河法皇去世,贵族势力衰落,亲赖朝的九条兼实控制朝廷,7月,后鸟羽天皇正式册封赖朝为“征夷大将军”。

  1199年正月,源赖朝去世,其子赖家即将军位。由于源赖家缺乏统治御家人的能力,又依靠外戚比企氏,引起有力御家人北条氏的不满。1203年,北条政子与北条时政共同废黜了赖家,拥立实朝为将军,北条氏自称“执权”。1219年,北条义时唆使赖家遗子公晓暗杀实朝,随后借此杀害公晓,源氏家族绝嗣,北条政子成为最高统治者,并拥立与源氏有血缘关系的藤原赖经为将军。  1221年,朝廷集结武士和畿内寺院僧兵,讨伐北条氏,史称承久之乱,但以失败告终,后鸟羽上皇院政被废止,后鸟羽、土御门、顺德三位上皇被流放。承久之乱后,公家政权开始衰落,武士阶层得到了前所未有的发展。北条时政去世后,政权逐步集中到北条泰时一人手中。1232年,北条氏制定了一部武士重要的法规《御成败式目》,作为武士裁判的准则。

  文永十一年(1274年),忽必烈派蒙古军、高丽联军3.3万余人,由朝鲜半岛进攻日本,元日战争正式爆发,史称“文永之役”,不料遭遇暴风雨天气,蒙古军死伤惨重,罢兵回国。弘安四年(1281年),忽必烈发动第二次侵日战争,史称“弘安之役”,不料再次遇到暴风雨。蒙古的侵略,使镰仓幕府背上了沉重的财政包袱,无力给予御家人土地和金钱上的赏赐,幕府与武士之间的关系日渐松懈,反抗幕府统治的实力逐渐形成。北条时赖执政时期,专制加强,家臣的“御内人”和被称为“外样”的一般御家人矛盾凸显,北条时宗去世后,御内人代表平赖纲与外样代表安达泰盛产生冲突,安达泰盛一族被全歼,史称“霜月骚动”。此后,镰仓幕府统治基础御家人制度逐步瓦解,镰仓幕府统治面临崩溃。

  1318年,后醍醐天皇即位,决心恢复皇室权威,废黜院政,开始亲征。正中元年(1324年),后醍醐天皇密谋倒幕,但计划被幕府得知,主要大臣遭到流放,第一次倒幕运动失败,史称「正中之变」。1331年,后醍醐天皇再次密谋倒幕,倒幕军被幕府军打败,史称「元弘之乱」,后醍醐天皇被流放,第二次倒幕运动失败。  元弘之乱后,近畿、东国为首的各地武士和农民的倒幕运动此起彼伏。1333年,各地豪族都开始倒幕,幕府派足利高氏前去平乱,足利高氏早已不满北条氏专制政权,途中倒戈,攻下了镰仓,最后一代执权北条高时自杀,镰仓幕府灭亡。

  镰仓时代是以镰仓为全国政治中心的武家政权时代。  幕府最初实行将军独裁统治,三代以后权力转归北条氏之手。承久之乱后,北条氏的合议制执权政治达于全盛。1232年(贞永元年),北条泰时制订法典《御成败式目》──最初仅适用于武家内部,后来适用于全国。镰仓政权(幕府)与京都政权(朝廷)并存,实行二元统治。幕府通过守护、地头掌握全国军、警权;朝廷(院)通过国司掌握全国一般行政权。起初势均力敌。承久之乱后朝廷被置于幕府经常严密监视之下,院政有名无实,二元统治实质走向一元化。  1274年(文永十一年)、1281年(弘安四年)在幕府执权北条时宗的领导下取得两次反元侵略战争的胜利,而战后受货币经济影响,无法恩赏抗元官兵,导致御家人的贫困与御家人制度的解体。北条氏实行一族独裁,加深御家人和非御家人武士的反感。地方武士和农民的联合武装团体到处进行反幕活动。幕府由盛转衰。后醍醐天皇乘机发动正中之变与元弘之变。倒幕号召得到各地武士响应。1333年5月新田义贞攻陷镰仓,幕府灭亡。  镰仓时代被认为是日本封建时代的开始阶段,也有人认为它是日本封建制度从贵族领主制形态向武士领主制形态演变的第一阶段。

  在北条时宗在位的时候,元世祖忽必烈曾两次侵日未果。
镰仓时代(1192年-1333年),是日本历史中以镰仓为全国政治中心的武家政权时代。始于1192年(建久三年)镰仓幕府成立,终于1333年(正庆二年,元弘三年)幕府灭亡,经历141年。