第二次世界大战再次挑战了博加蒂雷茨的民族归属,导致他支持与俄罗斯东正教团结. 在北布科维那被占领后, 他留在苏联领土.
但最终被迫流亡. 他在纳粹德国和罗马尼亚生活到1941年,当时德国领导的入侵允许他回到Cernăuți (Chernivtsi). 三年来,他协助大都会主教蒂特·西梅德雷亚,并在西梅德雷亚离开布科维纳时接管了教区的有效领导. 他于1944年底加入乌克兰教务局,欢迎苏联回归,但从1949年开始被边缘化. 他的最后工作是作为一个地区教会的历史学家通过其各种行政形象.