在1990年代, 在海湾战争之后, 恐怖袭击对中央司令部部队产生了重大影响. 面对1996年霍巴尔塔爆炸事件等袭击事件,造成19名美国飞行员死亡,该指挥部发动了"沙漠焦点行动",旨在将美国设施迁移到更容易防御的地点 (如苏丹王子空军基地),通过消除不必要的宿舍来减少美国的前进"足迹",并将依赖者返回美国. 1998年恐怖分子袭击美国大使馆
在肯尼亚和坦桑尼亚, 造成250人死亡, 2000年10月对美国"科尔"号舰艇的袭击造成17名美国水手死亡,