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  自从索马里原政府在1991年被推翻后,一些奉行沙里亚法规的伊斯兰法庭逐渐成为当地主要的司法系统。后来这些法庭开始提供其它服务,例如教育及医疗。它们也担当地方警察,经费来自当地商人的缴费。伊斯兰法庭除了负责制止劫案及打击毒品交易外,也禁止当地电影院播放被它们认为是色情的电影。索马里人口几乎全是穆斯林,这些措施为伊斯兰法庭取得不少民众的支持。有些伊斯兰法庭开始寻求互相合作,逐渐发展为民兵组织「联合伊斯兰法庭」。

  经过数星期战斗后,该组织于2006年6月击败美国支持的军阀联盟,攻占了首都摩加迪沙,到9月已控制了索马里中部及南部大部分地区。  有报道称该组织得到沙特阿拉伯的暗中支持。  2006年12月,埃塞俄比亚开始大规模介入索马里内战,派出大批士兵进入索马里境内,并出动空军助战,支持索马里过渡政府反击联合伊斯兰法庭,后者节节败退,在12月28日放弃摩加迪沙,在2007年1月初基本上已失去全部占领区,然而外界相信联合伊斯兰法庭没有完全被瓦解,只是化整为零。  该组织被指与恐怖份子有关,美国海军曾利用巡航导弹袭击他们的据点。

  失去占领区后,ICU发生分裂,强硬派继续坚持武装斗争,成立了诸如伊斯兰青年党(Al-Shabaab)和伊斯兰党(Hizbul Islam)等组织,在索马里南部和西部继续作战,逐渐恢复战力,并在2009年重新攻入摩加迪沙。  同时,较为温和的部分ICU人员在谢赫·谢里夫·谢赫·艾哈迈德等人的领导下,在邻国厄立特里亚成立索马里再解放联盟。2008年,谢赫·谢里夫·谢赫·艾哈迈德决定与索马里临时政府展开和谈,遭到索马里再次解放联盟中部分强硬派的反对,被开除出党。2009年初,谢赫·谢里夫·谢赫·艾哈迈德当选索马里临时总统。
伊斯兰法庭联盟(,,英语:Islamic Courts Union,缩写:ICU),或译联合伊斯兰法庭、伊斯兰法院联盟,是东非国家索马里的一个泛部族武装组织,与当时得到国际普遍承认的索马里过渡政府对立。