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  1735年,林奈在寓居荷兰期间初版了第一部《自然系统》。按照当时科学文献出版惯例,这本书以拉丁文写成。在书中,林奈阐述了自己的自然界等级划分原则,即将自然界分成动物界()、植物界()和矿物界()。  这一版的《自然系统》中列出了约一万种有机体,其中包括约六千种植物和四千二百三十六种动物。根据威廉·T·斯特恩所说:“即便在1753年他(林奈)认为全球所有植物很有可能超不过10,000种,他一生中光开花植物就命名了7,700种。”  林奈并不认为自己的植物界分类很自然,也不认为这能反映出上帝造物的神秘逻辑。他将有同样数目的雄蕊的物种分在一起,但尽管便捷,他自己却觉得太过武断。林奈相信上帝造物说,人们常说林奈曾说过“上帝创造,林奈管理”。  因为作品颇受欢迎,林奈继续创作并最终将只有11大页的第1版(1735年)扩写到了有2,400页的第12版(1766–1768)。同时其理念也在不断进步,例如第1版中鲸被当做鱼,而在第10版中被移到了哺乳纲下。而在这一版中,仿照1753年出版的《植物种志》,他将使用两部分名字的方法引入了动物命名中,而这便是二名法的前身。

  除了将自然界系统地分为动物界、植物界和矿物界外,《自然系统》还为二名法的创立奠定了基础,而二名法现被用于学名命名。他1753年出版的《植物种志》和1758年出版的《自然系统》第10版被认为是命名法的发端。作为命名动植物的先驱,他提供的学名后来都优先采用。唯一的例外是1757年卡尔·亚历山大·克莱克出版的《瑞典蜘蛛》,该书中的命名优先于林奈的命名。他的天才吸引了许多年轻学生慕名而来,林奈将他们送往国外帮助自己收集植物,这使得他的著作比同辈人更加有影响力。

  林奈做出的种属以上的命名至今只有在动物界可以找到一些痕迹,其中一些沿用至今,但其用法与林奈时已然不同。按照林奈的说法,动物界应该分为六个纲。在《自然系统》第10版中,它们是:

  根据他的《性别系统》(),林奈的植物纲、目从没想要代表自然的分类(这与他在《植物哲学》中的观点相抵触),而是只用来区别不同生物。这种方法直到19世纪还被称道。这些分类也书写在《自然分类》上,它们是:

  林奈的矿物分类法很早就已经不使用了,在第10版的自然系统中,林奈将矿物界分为:
《自然系统》(,亦作:)是瑞典植物学及动物学学家、医生卡尔·林奈(,1707-1778)的主要作品之一,这本书在植物及动物学两界引入了基于博安家的加斯帕尔和约翰而来的林奈分类法,即后来的二名法。第1版的《自然系统》在1735年出版,这本书林奈一共出了12版,其中以第10版最为重要。此书全称为“”,意为“基于纲目属种的、包含特征、差异、异名、地点的、含盖自然界三界的自然系统”。