也许最著名和最有效的萨拉菲主义圣战组织是基地组织. 基地组织的发展源于"服务办公室" (MAK) 组织, 它由乌萨马·本·拉登和阿卜杜拉·尤瑟夫·阿扎姆在巴基斯坦的佩沙瓦成立. 一些"圣战者"呼吁扩大他们的行动,包括在世界其他地区的伊斯兰斗争, 一个成员必须发誓 ("bayat") 遵循自己的上级. 基地组织强调对"远方敌人"进行圣战, 1996年,它宣布圣战驱逐外国军队和利益从他们认为的伊斯兰土地, 在1998年, 它发布了法特瓦呼吁穆斯林杀死美国人和他们的盟友, 其中最引人注目的暴力行为是1998年美国大使馆爆炸事件
2001年9月11日的袭击造成近3000人死亡, 造成数十亿美元的损失.