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  该圣殿在过去数世纪中从一个基督教的秘密聚会点(公元一世纪)变成一座雄伟的宗座圣殿(公元六世纪),显示出天主教渐大的合法性及势力。

  在2世纪,一位拜日教的成员建了一个小寺庙献给密特拉神。这小寺庙一直都用于入会仪式的用途(直到三世纪)。此外,寺庙的中心安放了一座大理石祭坛,祭坛四面都雕有浅浅的浮雕,分别为克勒蒙斯正在杀一只公牛,持火炬者们及一条蛇。

  在Fr. Joseph Mullooly于1980年代的多次挖掘中,发现原来该圣殿被遗忘 及古老的建筑物位于中世纪那座的下方。在基督教于390年代成为罗马国教后,建筑师们开始扩建原本的小教堂。他们把教堂的房间及庭院建得更复杂一些,并于原本教堂的位置上建了一个中殿,他们也在之前的太阳式洞上建了一个后殿。  此外,这所建筑物曾为会议的举行地(由教宗佐西于417年及教宗圣西玛克于499年担任主席)。而最后一个于这所建筑物举行的重要活动为于1099年举行的教宗选举(由教宗巴斯加二世当选)。

  我们现在所见的该圣殿于1099年开始重建,并于1120年完工。直到今天,这所建筑物也是众多罗马教堂中其中一座最华丽的教堂。它的入口原本为列柱走廊(图纸上的B点,并由拱廊环绕着),但这些列柱走廊现今用为回廊(由女修道院建筑物包围)。后面的教堂被拱廊分为三个中殿。而十二世纪建成的诗班席(图纸上的E点)就结合了旧建筑的大理石元素。此外,在圣殿的长老会里有一座有盖祭坛(图纸上的H点)。而圣殿的主教座位位于后殿,座位的正上方镶有以十字架的胜利(Triumph of the Cross)为主题的马赛克。  从1667年开始,多明我会成为圣殿的管理人。 教宗乌尔巴诺八世让他们留在圣殿,假如他们给神职者们住所使他们能在罗马学习及教学。  在圣殿中庭的其中一幅墙上,有一块教宗格肋孟十一世加上的匾,赞美圣格肋孟圣殿「这座古老的教堂对抗过岁月的摧残」。此外,他也定下了对这古老建筑的修复工程(他选了Carlo Stefano Fontana作这次工程的建筑师,并于1719年完工)。在旁边的一个小堂里,安葬了发明格拉哥里字母及传教给斯拉夫人的圣西里尔。若望·保禄二世有时候也会在这小堂里为波兰及斯拉夫国家祷告。
拉特朗圣格肋孟圣殿 ()位于意大利罗马的圣若望拉特朗街,是天主教的一个宗座圣殿与司铎级枢机领衔教堂,献给教宗克肋孟一世。