在德国,2019年11月3日,Niko Kovač在5比1输给法兰克福之后,在双方同意下离开拜仁慕尼黑,他的助手Hansi Flick被晋升为临时教练. 2019年11月6日,拜仁在欧冠小组赛阶段以2比0击败奥林匹亚科斯.2020年4月,拜仁慕尼黑任命弗利克为常任教练,合同到2023年. 弗利克成功带领拜仁赢得了德甲,德甲杯和欧冠冠军联赛,从而在俱乐部历史上第二次完成了大陆三冠,下赛季,他带领拜仁赢得了2020年欧联超级杯.
在塞维利亚. 他还带领拜仁队赢得了2021年2月赢得俱乐部世界杯后的第一个六人制冠军.