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  法兰西斯科出生后5天即在本城主教座堂由总主教施洗,前神圣罗马帝国皇帝、奥地利皇帝弗朗茨一世是他的教父,但由法兰西斯科的叔父斐迪南代理。  1824年1月10日,法兰西斯科的外祖父撒丁尼亚前国王维托里奥·埃马努埃莱一世去世,玛丽亚·碧翠丝继承了他对不列颠的权利,被詹姆斯党人奉为王,法兰西斯科也因而被他们称为“英格兰、苏格兰、法兰西和爱尔兰的弗朗西斯王子,康沃尔和罗撒西公爵,卡里克伯爵,伦弗鲁男爵,列岛领主,苏格兰亲王和上议院特别刑事审判长”。  1826年,法兰西斯科四世任克莱门特·科罗尼尼伯爵为儿子的教师,由后来成为卡皮和雷焦艾米利亚主教的唐·皮耶特罗·拉菲利辅助。1829年,厄内斯特·格兰男爵成为小法兰西斯科的新教师。  1836年9月15日,法兰西斯科成为奥地利金羊毛骑士团的一员,1839年获得尼德兰之狮勋位的大绶勋章。  1840年法兰西斯科的母亲去世后,法兰西斯科被詹姆斯党认为是英格兰、苏格兰和爱尔兰的王位继承人“弗朗西斯一世”。他死后,弟弟的女儿奥地利-埃斯特的玛丽亚·特雷西亚成为了詹姆斯党继承人。  1841年,法兰西斯科又获得萨伏伊至圣报喜勋位大链章。  1842年3月30日,法兰西斯科在慕尼黑王宫娶巴伐利亚国王路德维希一世和萨克森-希尔德堡豪森的特丽莎公主夫妇的第三女阿德尔冈德为妻。慕尼黑-弗莱兴总主教主持了他们的婚配圣事。他们只有一个孩子安妮·碧翠丝公主(1848年10月19日生于博尔察诺的格里斯 - 1849年7月8日卒于摩德纳)。  1846年1月21日,法兰西斯科四世去世,法兰西斯科继承了他,成为摩德纳公爵。作为哈布斯堡-洛林王朝的幼支后裔,他从出生起就拥有奥地利大公、匈牙利和波希米亚王室亲王的头衔,还从父亲处继承了雷焦艾米利亚公爵、米兰多拉公爵、马萨公爵、卡拉拉和卢尼吉亚纳亲王的头衔。  1847年12月18日,和法兰西斯科同一个曾祖父的法国皇后玛丽·路易莎去世,法兰西斯科又继承了她成为瓜斯塔拉公爵。  在1848年的革命浪潮中,法兰西斯科虽然召来奥地利军队保护自己,但仍然为起事者所迫逃离摩德纳,次年被奥地利军队复立。他起初表现得宽容,但当有人刺杀他后,他又恢复了暴政。  1855年,法兰西斯科创立了埃斯特之鹰勋章,自封为首领。  1859年,法军和皮德蒙特军队入侵摩德纳公国。在马真塔战役中,奥地利战败,被奥地利保护的法兰西斯科也于6月14日撤离摩德纳。1860年3月18日,在撒丁尼亚国王维托里奥·埃马努埃莱二世敕令下,摩德纳并入新成立的意大利王国。3月22日,法兰西斯科对此表示抗议。  1860年后,法兰西斯科在维也纳退隐,住在摩德纳宫。他在巴伐利亚的威尔登瓦尔特城堡也保有一处夏季定居点。他大部分时间在奥地利度过,偶尔旅行,1864年到过中东地区。  1861年3月7日,英国事实上的财政大臣威廉·格莱斯顿在下院言语攻击法兰西斯科。德比勋爵和诺曼比侯爵康斯坦丁·菲普斯证明对法兰西斯科的攻击是完全错误的。  1875年11月20日,法兰西斯科在维也纳去世,他的庞大产业大多留给了他的本家侄孙、后来的奥地利-埃斯特大公弗朗茨·斐迪南。他的遗体葬于维也纳嘉布遣会教堂。摩德纳公爵的头衔自此以后被两个家族持有,一是奥地利-埃斯特家族,二是法兰西斯科五世的姪女婿巴伐利亚国王路德维希三世及其后代。

  根据一份罕见的笔记,法兰西斯科和祖父也是曾外祖父奥地利-埃斯特的斐迪南同一天生日。
摩德纳、雷焦和瓜斯塔拉公爵法兰西斯科五世,奥地利-埃斯特大公、匈牙利和波希米亚王室亲王、摩德纳、雷焦和米兰多拉公爵、瓜斯塔拉公爵、马萨公爵、卡拉拉亲王,法兰西斯科·费迪南多·杰米尼亚诺·冯·哈布斯堡-洛林(1819年-6月1日-1875年-11月20日),是一位执政亲王。自1847年起是摩德纳、雷焦和米兰多拉公爵、瓜斯塔拉公爵,1846年至1859年间是马萨公爵和卡拉拉亲王。他的父母是摩德纳公爵法兰西斯科四世和萨伏伊公主玛丽亚·碧翠丝。他是摩德纳公国被并入意大利王国前最后的在任公爵。