1956年8月,当英国和法国准备对埃及国有化苏伊士运河的军事反应时,该中队搬到了塞浦路斯的阿克罗蒂里空军基地.
没有. 10月31日,英国和法国发动了"火枪手行动",对埃及目标发动了一系列重型空袭,随后于11月6日着陆. 第39中队的作用是保护塞浦路斯的重要机场免受埃及的潜在报复. 联合国的压力迫使埃及停火,英法部队在12月底前撤离,但在英国军队分散后,该中队仍留在塞浦路斯,飞行巡逻,阻止飞机被怀疑向反对塞浦路斯英国统治的EOKA部队投放物资. 舰队的主要成员于1957年3月返回马耳他,但在塞浦路斯保留了一支部队. 1958年5月,在黎巴嫩的紧张局势 (最终导致1958年7月至10月的黎巴嫩危机) 导致整个中队在1958年5月搬到塞浦路斯,但很快就回到马耳他,并于1958年6月30日解散.