在苏联解体后,莫斯科中央足球俱乐部是新成立的俄罗斯顶级联赛的创始成员之一. 在前六个赛季,球队占据了排名中位. 在1998赛季,俱乐部获得了亚军,并在下一个赛季
在第三名. 在接下来的两个赛季中,莫斯科中央足球俱乐部再次占据了排名中位. 在2002赛季,瓦莱里·加扎耶夫的球队再次获得第二名,并赢得了俄罗斯杯. 2003年,该队赢得了俄罗斯英超历史上首个冠军. 在此之后,主教练瓦莱里·加萨耶夫 (Valery Gassayev) 意外被解雇,而葡萄牙教练阿图尔·霍尔赫 (Artur Jorge) 作为他的继任者签约. 在新教练的带领下,球队无法建立在上赛季的表现上. 在2004年7月降至第五名后,阿瑟·霍尔赫在俱乐部执教8个月后被解雇. 在瓦勒里·加萨耶夫的回归之后,CSKA能够挽救赛季并成为副冠军.