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  歼灭麻雀的结果使农田当中的害虫几乎没有天敌,而让次年的粮食严重欠收,发生极为严重的饥荒问题。不久后,包括郑作新在内的很多鸟类学者通过野外研究,证实了在麻雀的食谱中,人工种植的谷物仅占不到50%的比重,他们的研究成果甚至发表在中共中央的机关报《人民日报》上,这是绝无前例的研究。1959年11月27日,中国科学院党组书记张劲夫,综合生物学界的意见,写了一份“关于麻雀问题向主席的报告”。随即在1960年3月16日,毛泽东在为中央起草的关于卫生工作的指示中改变了消灭麻雀的决定,提出麻雀不打了,代之的是打臭虫,4月19日,这一包含修正后“除四害”的《农业发展纲》四十条,正式提请第二届全国人民代表大会第二次会议讨论通过,向全国公布。从“承受不起麻雀造成的粮食损失而轰麻雀”到“全面权衡利弊、宁可遭受粮食损失也要容忍麻雀”,最后还是肯定了麻雀的作用,改变了“轰麻雀”的做法。

  在数年后开始的“文革”中,这些反对打麻雀运动的科学家被扣上“利用麻雀做文章”来反对毛主席、反对“大跃进”、反对“最高指示”等种种“罪名”,受到残酷迫害。朱洗在1962年就已病逝,但此时仍被扣上把毛主席同腓特烈大帝相提并论、公开反对毛主席的罪状,因此受到红卫兵砸碑掘坟、曝其尸骨。

  1998年6月19日,位于重庆的西南农业大学通过海报发起了“除四害”活动,95%的家庭被要求消灭这些害虫。在此时的四害列表中,蟑螂取代了麻雀。1998年春天,北京也发起了同样的“除四害”活动,但反应平淡。
除四害运动是大跃进时期的第一场运动,在运动最开始四害的定义为:老鼠、麻雀、苍蝇以及蚊子,此后遭到动物学家一致反对后,1960年四害被重新定义为:老鼠、蟑螂、苍蝇以及蚊子。