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  1034年,马尔科姆的曾外祖父马尔科姆二世(肯尼思之子马尔科姆)驾崩,马尔科姆的父亲邓肯一世(克里南之子邓肯,Donnchad mac Crínáin)作为马尔科姆二世的外孙继位为苏格兰国王。据后来为威廉·莎士比亚创作戏剧《麦克白》带来灵感的编年史作者富尔顿的约翰所述,马尔科姆的母亲是诺森布里亚伯爵希华的一个侄女,但一份早期的国王列表中给她取了盖尔语名苏珊。其他的来源资料称,无论是女儿或是侄女都年龄太小而不适合结婚,因此,邓肯的母亲是希华自己的妹妹西比尔更可靠些,西比尔的名字转化成盖尔语可能为苏珊。  邓肯统治很不得人心,1040年8月15日邓肯在与麦克白塔德(芬莱克之子) 交战时被后者杀死。尽管莎士比亚的戏剧《麦克白》 将马尔科姆描述成了一个成年男子并把邓肯描述成了一位老者,但到邓肯被杀害时,马尔科姆还很幼小,马尔科姆和弟弟唐纳德·班都还只是孩子。1045年,马尔科姆的家人试图推翻麦克白塔德,但马尔科姆的祖父邓凯尔德的克里南在尝试中被打死。  邓肯死后不久,他两个年幼的儿子被送往安全的地方,具体位置尚无定论。一说马尔科姆(年龄大约9岁)被送往英格兰,他的弟弟唐纳德·班被送往小岛。基于富尔顿的约翰所述,人们认为在麦克白塔德长达十七年的统治中,马尔科姆在英格兰王国艾德沃德三世的宫廷里度过。  根据另一个版本,马尔科姆的母亲带着两个儿子去奥克尼伯爵索芬·西古德松的宫廷流亡,也许是邓肯的婚姻,使得奥克尼伯爵与麦克白塔德为敌。  1054年,英格兰军队在诺森布里亚伯爵希华的领导下入侵苏格兰。以将"坎布里亚国王之子马尔科姆"推上王位为目的。该马尔科姆历来被认为就是后来的马尔科姆三世。这种解释源于十四世纪富尔顿的约翰的苏格兰编年史,以及早期来源资料如马姆斯伯里的威廉的记述。后者报道称麦克白塔德同希华作战时被杀死,但事实上希华死在麦克白早死了两年。A.A.M.邓肯2002年在著作中,用《盎格鲁-撒克逊编年史》作为其辩论的事实依据,认为后世历史学家竟天真的把"马尔科姆"和后来成为苏格兰国王的马尔科姆三世当成一个人。 邓肯的说法随后得到了数个当代历史学专家的赞同,例如理乍得·奥拉姆、道韦特·布罗恩和亚历克斯·伍尔夫等。也有人认为,那个马尔科姆是不列颠斯特拉思克莱德国王欧文二世之子。那个马尔科姆的母亲可能是苏格兰国王马尔科姆二世的女儿。  1057年的各种编年史报告称在1057年8月15日,麦克白塔德在阿伯丁郡隆发南死于马尔科姆之手。麦克白塔德的继承人是他的继子卢拉赫,他大约在1057年9月8日在斯昆加冕为王。 。1058年3月23日,“众叛亲离”的卢拉赫在亨特利附近被马尔科姆杀死。在此之后,马尔科姆成为国王。据富尔顿的约翰记述,马尔科姆可能在1058年4月25日加冕。

  威廉·鲁弗斯在他父亲去世后不久成为英格兰国王,马尔科姆没有干预罗贝尔的叛乱。在1091年,威廉·鲁弗斯 没收爱德加在英格兰的土地后爱德加逃离北上苏格兰。 5月,马尔科姆南下,并没有掠夺袭击,但围攻罗贝尔在1080年建成的纽卡斯尔。这似乎是一个为了促进边境南部的特维德河 向蒂斯河推进。这对英格兰的威胁足以让一直和罗贝尔·柯索斯战斗的威廉·鲁弗斯返回诺曼底。在9月,威廉·鲁弗斯率军回师,马尔科姆撤回英国北部。这次不像在1072年马尔科姆准备攻打英格兰,但由于罗贝尔·柯索斯和埃德加的干扰,马尔科姆不得不称承认英格兰的地位。  在1092年,和平被打破。威廉·鲁弗斯想要得到坎布里亚郡的领土,于是准备率领农民去攻打。但是几乎不可能成功,马尔科姆牢牢地控制着坎布里亚,威廉·鲁弗斯以坎布里亚是他父亲征服者威廉的他应该顺理成章的得到。马尔科姆派使者来讨论这个问题,威廉·鲁弗斯同意会谈。马尔科姆南下格洛斯特,在威尔顿修道院来看望他的女儿伊迪丝和嫂子克里斯蒂娜。马尔科姆在1093年8月24日来到了会谈的地点,威廉·鲁弗斯却拒绝谈判,坚决要得到坎布里亚。马尔科姆拒绝接受,并立即回到了苏格兰。  威廉鲁弗斯想要挑起战争, 但是,盎格鲁-撒克逊记载战争来临: 马尔科姆和他的继承人爱德华都参加了这场战争, 在这场战争在,诺森比亚的苏格兰人满目疮痍。

  马尔科姆率军向北进攻之时,被诺森比亚伯爵 罗伯特·德·诺布雷击中,他的土地已经满目疮痍,1093年11月13日在阿尼克 附近被阿尔科·莫雷尔在巴姆伯格堡杀死。这次战争史称阿尼克之战. 马尔科姆之子爱德华在这场战争中也身受重伤不久就死了。 阿尔斯特编年史记载:  马尔科姆的尸体被送往泰恩茅丝修道院安葬。他的儿子亚历山大统治时将他到北迁葬,可能葬在邓弗姆林修道院,也可能葬在爱奥那岛。  在1250年6月19日,教宗英诺森四世封马尔科姆第二任妻子玛格丽特为圣人。玛格丽特的遗体被挖出迁往邓弗姆林修道院安葬。马尔科姆和玛格丽特葬在一起。

  马尔科姆和因加有三个儿子:  马尔科姆和玛格丽特有六个儿子,两个女儿:
马尔科姆·麦克邓肯(中世纪盖尔语:Máel Coluim mac Donnchada,现代盖尔语:Maol Chaluim mac Dhonnchaidh,意为邓肯之子马尔科姆。?—1093年11月13日)是苏格兰国王(1058年–1093年11月13日在位),邓肯一世的长子。大多数现代的苏格兰君主列表简称其为马尔科姆三世。