在2008-09赛季,托蒂从上次伤病中恢复过来,并参加了2008年意大利超级杯
2008年8月24日的决赛;在补时赛后,国际米兰队以2比2平局,托蒂错过了他的点球,这使得哈维尔·扎内蒂以下一个点球为国际米兰赢得了比赛. 2008年11月8日,他在意甲第400场比赛中出场,在对阵博洛尼亚的1比1客场平局中,打进了比赛的首球. 在那个月晚些时候,他继续帮助他的球队在罗马德比中击败拉齐奥,助攻Júlio Baptista的比赛胜利进球. 托蒂的良好表现继续下去,他为米尔科·武奇尼奇提供了助攻,并在11月23日对莱切的联赛比赛中以3比0获胜,并在11月27日晚些时候在冠军联赛中对克鲁日队赢得了3比1的客场胜利,他获得了罚球. 他还在12月10日对波尔多队的2比0胜利中打进了第二球,这确保了罗马队作为小组冠军进入16强. 2009年4月19日,托蒂在主场3比2的胜利中,在利切队的比赛中,打入了他的第175个意甲进球,超过了阿梅迪奥·阿马迪,成为罗马队的有史以来最高进球者;凭借这球,托蒂也成为意甲历史上前十名进球者之一.