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  Windows CE 1.0最早于1996年推出,是单色的Windows 95简化版本。  1997年Fall Comdex大会上公布的Windows CE 2.0仍是基于Win95的操作系统,效率远高于1.0版。  Windows CE 3.0是微软的Windows Compact Edition,已摆脱旧有的Windows 95简化格式,是一套全新的操作系统,支持5种CPU:x86、PowerPC、ARM、MIPS、SH3/4。并且改名为Windows for Pocket PC,简称Pocket PC。  2002年1月微软又推出Windows CE.Net,即Windows CE 4.0。  2004年5月份推出Windows CE 5.0,开放有250万行源代码。  2006年11月,微软推出Windows Embedded CE 6.0。  2010年10月,微软推出 Windows Phone 7,Windows Embedded Compact 7。  Windows CE可以使用在各式各样的系统上,最有名的是Pocket PC以及微软的SmartPhone。其他较不为人知的装置包括微软的车载电脑、机顶盒、生产线上的控制设备、公共场所的资讯站(Kiosk)、电子辞典及导航仪等等,有些装置甚至没有任何人机接口。  Windows CE并非从台式电脑的Windows(NT,98,XP......)修改缩小而来,而是使用一套完全重新设计的核心,所以它可以在功能非常有限的硬件上执行。虽然核心不同,但是它却提供了高度的Win32 API软件开发接口的相容性,功能有内存管理、文件操作、多线程、网络功能等。因此,开发台式电脑软件的人可以很容易编写甚或直接移植软件到Windows CE上。  一个与其他微软操作系统的差异是Windows CE提供源代码,首先已经提供了源代码给部分厂商,让厂商能够依照他们自己的硬件架构修改源代码, 例如在Windows CE的开发IDE软件Platform Builder中就提供了许多开放原码的常用软件元件,但是一些与硬件架构的软件元件仍然以二进制档案形式来提供。

  CE v3.0是Pocket PC 2002的基础. CE v3.0的下代为CE.net. "PocketPC [是]核心Windows CE OS上的一整层程序... Pocket PC以Windows CE为基础,但分发的方式不太一样.". Pocket PC的使用证书禁止修改WinCE的程序.

  停产前最新的Windows CE为Windows CE 7.0,这个版本在核心部分支援:  在开发环境上,微软也提供相容于.NET Framework的开发元件:.NET Compact Framework,让正在学习.NET或已拥有.NET程序开发技术的开发人员能迅速而顺利的在搭载Windows CE.NET系统的装置上开发应用程序。  用于掌上电脑Pocket PC以及智能手机Smart Phone上的Windows CE系统称为Windows Mobile,目前成熟的最新版本为Windows 10 Mobile。  在2009年10月6日,Windows Mobile亦正式改名为Windows Phone.

  Windows CE可支援MFC,ATL,STL,COM,ActiveX,以及.NET Compact Framework。开发工作可以分为:
Windows Embedded Compact(曾被称为Microsoft Windows CE),为微软研发的嵌入式操作系统,可以应用在各种嵌入式系统,或是硬件规格较低的电脑系统(例如很少的内存,较慢的中央处理器等)。微软并未定义CE缩写由来,一般解释则有Compact Edition、Customer Embedded、Consumer Electronics等等。在2008年4月15日举行的嵌入式系统大会上,微软宣布将Windows CE更名为Windows Embedded Compact,与Windows Embedded Enterprise、Windows Embedded Standard和Windows Embedded POSReady组成Windows Embedded系列产品。