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  医院骑士团成立于1099年,最初是由法国贵族Gerard和几名同伴在耶路撒冷的施洗者圣约翰教堂附近的医院里成立,主要目的是照料伤患和朝圣者。由于朝圣者无私的付出让医院修会迅速发展,从1110年起修会同意将分散耶路撒冷的领土的财产,可以交给医院骑士团。1113年,教廷承认他们是独立的修会,并赐予他们一系列的经济、政治特权,如无需缴纳十一税,无需接受任何政权的领导,只受教宗节制。  医院骑士团的会规以奥思定会的会规为基础制定。骑士团的成员分为教士、骑士和士官,以及会友或受赠者。骑士团由一位大团长(Grand Master)统治,并有教士会议和八位法官协助。其组织和圣殿骑士团十分相似,但对于慈善事业上表现更为显著。  医院骑士团成立时只是单纯行善的组织,从1120年才开始作为一个军事修会进行活动,以武力保护朝圣者不受异教徒攻击,并发展成为耶路撒冷王国的一支重要的军事力量,对耶路撒冷的政局也有很大的影响力。它在耶路撒冷王国拥有七座大要塞,还有其他140多座建筑。耶路撒冷王国国王鲍德温四世去世后,当时医院骑士团的大团长罗杰·德·穆兰反对居伊继任,可惜没有成功。后来在1187年哈丁战役中,医院骑士团也派出主力参战,由于指挥上的失误,包括医院骑士团及圣殿骑士团在内的基督教军队几乎全军覆没,医院骑士团大团长罗杰·德·穆兰战死。

  由于巴勒斯坦的基督教王国被阿拉伯人击败,骑士团于1291年放弃巴勒斯坦并前往塞浦路斯,在当地他们获得了塞浦路斯国王赐予的科洛西城堡(Kolossi Castle)及附近的甘蔗种植园和糖厂。1309年,在大团长富尔克· 德· 维拉雷(Foulques de Villaret,1305—1319 年在位)的率领下,骑士团从拜占庭帝国手中夺取了罗德岛及12群岛部分岛屿。在罗得岛,骑士团用海军阻止了穆斯林向东地中海地区的扩张。当1453年君士坦丁堡落入土耳其人的手里时,罗得岛上的圣若望骑士团是整个东地中海地区唯一的基督教力量。在罗得岛的抵抗一直持续到1522年。那一年,苏莱曼一世指挥20万军队乘坐着400艘战舰来到罗得岛,而岛上的骑士团只有7000名士兵,虽然实力对比悬殊,但骑士团依然独立坚守了六个月,土耳其军队至少有五万人在战斗中丧生。最后骑士团与土耳其人达成协议,骑士团撤出罗得岛,返回欧洲。

  

  在欧洲的七年时间里,他们多次迁徙,居无定所。到1530年,奉教皇克雷芒七世和神圣罗马帝国皇帝查理五世的命令,医院骑士团来到马耳他岛,每年象征性地向西西里王国缴纳一马耳他鹰币作为租金,骑士团在岛上建立了马耳他主权骑士团(Sovereign Military Order of Malta,缩写为S.M.O.M)。  土耳其人对骑士团的卷土重来显然很不安,苏莱曼一世于1565年派出大军进攻马耳他。这场大战一开始和上次在罗得岛的大战很相似:骑士团苦苦支撑,绝大多数城市都被摧毁,骑士团成员有一半战死。此时从西班牙来了一支援军,战场局势顿时扭转,土耳其军队仓惶撤退,损失达到三万余人,这次大胜使马耳他骑士团国获得了一段时间的和平局面。  1571年,土耳其人认为海军已茁壮,便再次起兵,企图消灭骑士团。不过这次他们败得更惨,还没到马耳他,在海上就遇上了以基督教国家组成,由西班牙王国的无敌舰队为主力的神圣同盟舰队于勒班陀海域展开了勒班陀战役,土耳其舰队几乎全被击沉或俘虏。此后,马耳他骑士团国进入鼎盛时期,帆上标有马耳他八角十字的战船在地中海横行无阻。

  骑士团在马耳他岛的统治一直持续到18世纪。1798年,当时法国大革命后成立的共和国政府,与英国为敌,法国决定派遣大军远征埃及,以干扰英国与海外最大殖民地印度的连系,当时远征军的统帅是后来成为法国皇帝的拿破仑。当大军出发往埃及途中,途经马耳他附近,拿破仑下令夺取战略地位重要的马耳他。他先派人要求进港进行补给。当船只安全进入瓦莱塔港后,拿破仑的战舰将炮口转向他们的招待者。马耳他骑士团团长以骑士团不会与信仰天主教的国家交战为由,向拿破仑投降。拿破仑在马耳他只停留数日,这段时间中他劫掠了岛上很多财富,并建立起傀儡政权统治。然后拿破仑留下部分驻军后,大军就继续埃及远征。骑士团的大部分成员后来前往俄罗斯,俄罗斯沙皇保罗一世给予他们庇护,而骑士团则选举保罗一世为新的骑士团大团长。  离开了马耳他岛之后,骑士团就此失去了领土,但作为一个组织仍然存在,虽然骑士团在马耳他岛的主权权利透过1802年亚眠条约的签订而得到英法等国的承认,但骑士团却从未被允许回到该岛。1815年,马耳他正式成为英国属地。其后骑士团于1834年在罗马重建总部,终于再次稳定下来。骑士团的军事使命已经完结,此后主要从事慈善事业。今天,马耳他骑士团在联合国享有永久观察员的地位,它设在罗马的总部马耳他宫是其唯一的领土,也是世界上最小的国家之一。

  宗教革命后,以德意志为首的新教国家的医院骑士团从骑士团总部独立出去(比如英国),但仍然保持圣若望(或译为圣约翰)骑士团的称号。英国的圣约翰骑士团在19世纪演变出圣约翰救伤队,并且扩散到几乎所有英联邦的国家(包括已经退出英联邦的香港)。可以说,坚持信仰天主教的马耳他圣约翰骑士团是医院骑士团的直系继承人,而新教国家的各种圣约翰组织则是派生支系。

  医院骑士团的口号是“守卫信仰,援助苦难!(Defence of the faith and assistance to the suffering)”。医院骑士团最初的标志是黑底白色的八角十字(条顿骑士团也使用该十字),到13世纪中期开始则普遍使用红底白色的八角十字,这种八角十字也因骑士团之名被称为“马耳他十字”。
医院骑士团(英语:Knights Hospitaller),亦名罗得骑士团或圣约翰骑士团,全称耶路撒冷、罗得岛及马耳他圣约翰主权军事医院骑士团(Sovrano Militare Ordine Ospedaliero di San Giovanni di Gerusalemme di Rodi e di Malta),最后演变成马耳他骑士团,成为联合国观察员的「准国家」组织持续至今,是最为古老的天主教修道骑士会之一,为历史上著名的三大骑士团之一。成立于第一次十字军东征之后,本为本笃会在耶路撒冷为保护其医护设施而设立的军事组织,后来演变成为天主教在圣地的主要军事力量之一,其影响一直持续至今日。医院骑士团的口号为「"守卫信仰,援助苦难!"(Defence of the faith and assistance to the suffering)」