在内战开始时, 科尔奎特被任命为佐治亚第六步兵团的队长. 后来他升为上校, 在半岛战役中领导他的团. 在七松
在加布里埃尔·雷恩斯 (Gabriel Rains) 准将受伤后,他接管了该旅的指挥,并在七日战役中领导了旅. 他曾在南山战役,安提坦战役,弗雷德里克斯堡战役和钱塞勒斯维尔战役中领导他的旅. 科尔奎特在安提坦幸免于伤亡,尽管旅中的几乎所有其他军官都被杀或受伤. 战斗结束后,他立即被提升为准将,从9月1日起.