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  波吉亚家族发迹于西班牙的巴伦西亚,据家族声称,他们是阿拉贡王室的后代。家族第一位发迹的人是阿方索·德·博尔哈(Alfonso de Borja,1378-1458),他是巴伦西亚一位地主的儿子,他于列伊达学习并于之后在那教授法律,在他30多岁时被阿方索五世聘为私人秘书,阿方索·德·博尔哈曾于1429年协助的退位,作为回报,他成为了巴伦西亚大主教。

  阿方索于1455年被选为教宗嘉礼三世,他上任后积极规划讨伐鄂图曼土耳其人,虽曾在几次战役中获胜,但因未普遍得到欧洲列强的支持,最后以失败告终。  嘉礼三世因为是个西班牙人,在当时教宗普遍都是意大利人的时代来看是少有的,再加上他大量的任用自己的亲信以及加泰罗尼亚人,招到罗马城内普遍的反弹。尽管只在位3年,嘉礼三世在任内积极的利用裙带关系提升家族的势力,他任命自己的外甥罗德里哥·波吉亚(即后来的亚历山大六世,原姓Llançol利安索尔,在舅舅嘉礼三世当选教宗后改姓波吉亚)及为枢机,并任命另一个外甥,罗德里哥的弟弟为、奇维塔韦基亚侯爵、及圣天使堡城主。

  在嘉礼三世死后的34年,他的外甥罗德里哥·波吉亚枢机在1492年当选为教宗,名号为「亚历山大六世」,他是一位颇具争议的文艺复兴教宗,他是第一位公开承认自己有私生子的教宗,更是第一位任命自己的亲生儿子(切萨雷·波吉亚,也是第一位在任内辞职的枢机)为枢机的教宗。他有多位情妇,包括瓦诺莎·卡塔内、茱莉娅·法尔内塞及其他未被记载的人,这些情妇至少为他生下了7位私生子女,其中瓦诺莎·卡塔内所生的4位子女最广为人知,长子切萨雷·波吉亚卸下枢机职位后联盟法兰西王国侵略意大利,威震一时;次子乔瓦尼·波吉亚是一位西班牙公爵,但于1497年遭人暗杀;三女卢克雷齐亚·波吉亚是一位可敬的文艺复兴公爵夫人,曾先后嫁给了3位势力强大的贵族;四子乔弗雷·波吉亚则成为了一位西班牙亲王。  除了积极的为自己的孩子牟利外,他也如同他的舅舅一般积极的利用裙带关系,任命了十几位亲属为枢机。除了参与了多个战争及政治事件,亚历山大六世的其他事迹包括委托画家绘制波吉亚寓所内的一系列壁画及在1493年为葡萄牙与西班牙的划定了殖民扩张分界线,即「教皇子午线」。

  1503年8月中,已在位11年的亚历山大六世身染重病,于几天后去世,枢机团于教宗选举秘密会议中选了一位中庸的教宗庇护三世,但新任教宗只在位26日便去世了,亚历山大六世的儿子切萨雷此时控制着大多数西班牙枢机,但他为了保住军衔与家族最大的敌人德拉·罗维雷家族的儒利安·德拉罗韦雷枢机达成协议,支持切萨雷的西班牙枢机们会将选票投给儒利安,前提是儒利安当选后必须保住切萨雷的军衔并帮他收复部分叛乱的意大利失土。儒利安顺利地当上教宗,名号为「儒略二世」,但他并没有兑现他的承诺,儒略二世于教宗加冕礼举行后3日便指控切萨雷参与多个谋杀案并将之逮捕入狱,切萨雷虽然于1504年顺利出狱但于没多久便被西班牙军队逮捕并再一次入狱。切萨雷于1506年成功逃狱并前往纳瓦拉王国投奔他的小舅子胡安三世,最终于1507年在一场战役中战死。

  家族最有权势的两人死后,波吉亚家族的政治影响力已大不如前,幸好亚历山大六世的女儿,费拉拉公爵夫人卢克雷齐亚·波吉亚仍然扮演着完美的文艺复兴女性,积极的赞助各种艺术活动,得到后世许多正面的评价。  亚历山大六世次子乔瓦尼·波吉亚的孙子在将公爵爵位传予长子后投身教会,他于1670年被封为圣人。  而亚历山大六世最小的儿子斯奎拉切亲王乔弗雷·波吉亚的后代持续统治斯奎拉切至16世纪末,并借由联姻将头衔传给乔瓦尼·波吉亚的后代,这个支系最终于18世纪初绝嗣。

  不少证据不充份的指摘,称他们是犹太裔,或谓「马拉诺人」(即中世纪时,在西班牙和葡萄牙境内,被迫改信基督教而暗地依然信奉原来宗教的犹太人或摩尔人。「马拉诺」的意思即是「猪」,或谓邋遢的人、下流的人;普遍用于表示「住在伊比利半岛上的犹太人」)。这些言论为政敌们所谣传,并于后来于大众文化中广为流传。  去除政治上的评价,家族对艺术的赞助可说是为人称道的,家族曾赞助过、、米开朗基罗、提齐安诺及耶罗尼米斯·波希,达芬奇甚至帮助过切萨雷·波吉亚建造战争器具。

  

  在翁布里亚有个名为波吉亚-苏尔皮吉(Borgia-Sulpizi)的波吉亚家族分支,这个分支是由切萨雷·波吉亚的私生子吉罗拉莫(Girolamo Borgia,约1501年-?)与伊莎贝拉·皮萨贝尔纳尼(Isabella Pizzabernani,?-?)的女儿伊波丽塔·波吉亚(Ippolita Borgia,?-?)的后代所产生的,家族在特拉西梅诺湖旁有座名为的城堡。

  历史学家尚无法确定此家族的早期历史,只知道此家族可能是第三代胡安·德·波吉亚·安立奎兹·德·露纳(Juan de Borja y Enríquez de Luna)的第9子费利佩·曼努埃尔·德·波吉亚(Felipe Manuel de Borja,死于1587年)的后代,该家族在叙拉古有一宫殿,现在仍为家族所有。

  在韦莱特里有一支也名为波吉亚的贵族,这个家族来自巴伦西亚哈蒂瓦,于12至13世纪便已迁至意大利,与亚历山大六世所属的波吉亚家族是远亲。这个家族较著名的成员是枢机及马耳他骑士团大教长。

  意大利还有些名为波吉亚的家族与西班牙的波吉亚家族并无关系,他们可能是发源自阿尔巴尼亚的夫罗勒、比利什特及,这几个地方的发音与意大利文Borgia都有些类似,来自这几个地方的阿尔巴尼亚人在迁到意大利后基于各种原因使原来的姓氏演变为Borgia。
波吉亚家族(,),又译博尔贾、博基亚、波奇亚,西班牙称博尔哈家族。欧洲中世纪的贵族家族,发迹于西班牙的巴伦西亚,在意大利文艺复兴时期开始显赫。