在1798年,乔丹任命他为观察军的参谋长. 埃尔努夫与观察军一起穿越莱<unk>河,英国历史学家称这是违反了坎波福米奥条约,导致第二次联盟战争. 3月2日,该军改名为多<unk>河军,并向上斯瓦比亚行军,在那里在奥斯特拉赫与查尔斯大公的哈布斯堡军队交战.
在3月21日,并在3月25日在Stockach. 在这两场战斗中,哈布斯堡人力比法国人数分别高出三比一和二比一,压倒了法国阵线;陆军指挥官约尔丹无法将他的部队集中到足以抵消哈布斯堡人数,并在3月下旬撤退到黑森林. 埃尔努夫接管了多<unk>河陆军的指挥,而约尔丹则返回巴黎要求更多的部队. 他被安德烈·马塞纳 (André Masséna) 取代为多<unk>河陆军的指挥官,并在1799年的瑞士战役中担任马塞纳的参谋长,在此期间他看到在苏黎世和瑞士中部的行动;他再次在苏黎世参加法国战胜亚历山大·林斯基-科尔萨科夫.