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  德国生物学家格奥尔格·奥古斯特·戈德弗斯在1830年第一次将原生生物与其它生物区分开来,他使用“protozoa”(原生动物)一词来指代例如纤毛虫和珊瑚等生物。这一生物分类在1845年被扩展到包含所有单细胞动物,例如有孔虫门和变形虫等。19世纪60年代英国生物学家约翰·霍格第一次提出了"Protoctista"这一正式的生物分类学,他认为原生生物应该包括在他看来原始的单细胞动物和植物。霍格将原生生物定义为“自然界的第四界”,其它三界分别为植物界、动物界和矿物质界。在1866年,德国生物学家恩斯特·海克尔将矿物质界移出了生物分类学,并将原生生物命名为“protists”,使当时的生物分类为植物界、动物界和代表“原始生命界”的原生生物界。那时原生生物依据其与"更高一级"的界的生物的相似性而被分为多个类别:「类似动物」的原生动物(Protozoa)、「类似植物」的叶状植物(Thallophyte,主要是指单细胞藻类)、「类似真菌」的黏菌(slime molds)或水霉(water molds)或原生菌类。这种基于共同点,缺乏深度的分类方式被基于系统发生学(演化过程中生物的相关性)的分类方式所取代。但是这类术语至今仍然被用于描述这些生物的形态学和生态学特征。  一个世纪后,美国生物学家赫伯特·克普兰恢复了霍格的命名方法,他认为“Protoctista”字面意思为“最先建立的生命”,同时他还抱怨称海克尔的命名“protista ”还包括了如细菌在内的无核微生物,而他自己的“Protoctista”命名不包括这类生物。克普兰的命名指代了含有细胞核的真核生物,例如硅藻、绿藻和真菌。基于这一理论美国生物学家罗伯特·惠特克建立了包含了真菌界、动物界、植物界和原生生物界的四界分类系统。此后为了与原核生物进行区分,原生生物界只代表真核微生物,而原核生物则被分入原核生物界,这形成了五界分类系统。这一分类系统一直被广为接受,直到20世纪末。那时分子系统发生学开始得到发展,人们开始意识到原核生物和原生生物两者均不是一类具有相关性生物的集合(他们不是单系群)。

  目前“protist”这一术语被用来指代一系列的单细胞真核生物,这些生物可能以单独细胞的形态或者以群落的形式存在,并且没有分化出特别的组织。而“protozoa”则被用来指代原生生物中不形成丝状结构的异营生物。这两个属于已经不再在现代生物分类学中使用,而仅仅是用来非正式指代其所代表的生物。  生物分类学中对原生生物的分类依旧在发生变化,较新的分类尝试基于超微结构、生物化学和基因学层面使其指代单系群的生物。由于原生生物整体来看是并系群,因此如上所述的分类方法会使现有的界分类分裂或者被弃用,而不能将原生生物作为真核生物里的一个单独的支线。由Adl "et al." (2005)最近提出的一个方案既不会干扰生物分类学的正式分类,又可以将生物体编入一个分级编目中,这使得生物分类在相当长的一段时间内可以变得更稳定并易于更新。原生生物分类中有一些被认为是门分类的已经在本文右侧的信息框中列出,其中有很多被认为是单系群,但是目前仍缺乏证实。例如古虫界生物可能不是单系群的,又例如只有当定鞭藻门和隐藻门被排除在外时,囊泡藻界生物才能说是单系群的。

  常见的原生生物包括纤毛虫(ciliates)、变形虫、疟原虫、粘菌、浮游生物、海藻,也有光自营的单细胞游动微生物,如眼虫等。

  单细胞原生生物虽没有细胞分化,为了执行各种生物学功能,结构更为复杂。结构复杂、变异多样的始祖原生差异巨大,逐渐发展为现今的植物、真菌和动物。

  几乎所有的原生生物都进行有氧呼吸。他们的营养方式也是真核生物中变异最大的,有些为自营,有些为异营,还有些为混合营养的,可行光合作用和异养。  也可以根据类似的分类进行分类:

  真核生物除动物、植物、真菌三界之外统称原生生物,为并系群。  注:以上真核生物列表不完全,尚包括有其他一些未归类原生生物。
原生生物(学名:,)统称真核生物域中,不属于植物、动物和真菌,一般个体微小、多数为单细胞、有细胞核和原生质膜包围的细胞器真核生物。原生生物谱系是一个并系群而非单系群,因为它们并不是一个自然类群,各个大类群之间差异很大且不知道他们的派生关系,过去单纯为了研究方便,将这些细胞结构、繁殖和生活史等方面表现出很大的差异的生物暂时归为一类。