在1798年,巴伦被任命为指挥官,并参加了与法国的准战争. 第一次野蛮战争期间
他曾指挥在黎波里附近的爱德华普雷布尔. 在1804年至1805年的冬天,巴伦患有肝病,这是黄热病的后果. 对于中队的军官来说,巴伦的健康是持续关注和<unk>丧的主题......在1804年11月初,他搬到了岸上 - - 但他拒绝放弃指挥,并且从来没有停止希望他会恢复. 1805年,他将他的中队的指挥权交给了约翰·罗杰斯,并因健康不佳而返回美国. 他接着被任命为弗吉尼亚州戈斯波特造船厂的指挥官. 1810年10月29日,他的执行官罗伯特·亨利中尉向海军部长报告说:"我有痛苦的责任向你告知塞<unk>尔·巴伦号司令的死亡. 他昨天在汉普顿吃晚饭时, 显然身体健康, 巴伦将军在45岁时被埋葬在弗吉尼亚州的汉普顿.