在1983年12月1日,佩纳多斯被教宗约翰保罗二世任命为危地马拉市的第十七任大都主教和埃斯基普拉斯的主教. 在担任危地马拉大主教期间,佩纳多斯改变了天主教会对国家政治舞台的保守态度,当时危地马拉正在经历内战中最艰难的一些年份.
没有. 他在和平谈判中发挥了关键作用,谴责过去的军事政权和危地马拉军队侵犯人权的行为,并支持人权活动和危地马拉种族灭绝的受害者. 1990年,他创办了"危地马拉大主教办公室人权办公室".