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  与其他大部分真核生物不同,纤毛虫有两种大小不同的核,一种是二倍体的小核,负责基因重组;另一种是多倍体的大核,负责一般细胞调控。

  食物通过胞吞作用,经过胞口胞咽进入食物泡,通过溶酶体分解使其颗粒变小,能通过膜扩散入细胞质中,残留在食物泡中的物质在胞肛处以胞吐作用排出。 大多数纤毛虫也具有一个或多个突出的收缩泡,收集和排出水以维持细胞内渗透压,以及维持离子平衡。在某些属中(如草履虫),收缩泡有着明显的星状造型,每个星芒都是一个收集管。

  纤毛虫都可以进行无性繁殖和有性繁殖。无性繁殖二分裂方式进行,小核发生有丝分裂,大核伸长并分为两半,然后该细胞一分为二。两个新细胞各获得一个大核和一个小核。 与此相反,有性繁殖涉及两个不同交配型(类似性别,但也存在两个以上的交配型)个体之间的结合和遗传物质的交换,这往往发生在食物短缺的时候。

  “纤毛虫门”分为两个亚门:

  "Genus Cryptocaryon"(但WoRMS认为属于前口纲前管虫目裸口虫科,只有 "Cryptocaryon irritans" 一个物种。)
纤毛虫是纤毛虫门(学名:)生物的通称,是一类较复杂的原生动物,主要特点是以纤毛作为运动器,细胞核一般分化出大核(营养)、小核(生殖)、摄食胞器等,无性生殖为横二分裂,有性生殖为接合生殖,生活在淡水或海水中,也有寄生的。代表生物有草履虫,小瓜虫等。