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  出生于杜塞尔多夫本拉特宫。父亲是普法尔茨选帝候,诺伊堡的普法尔茨伯爵和于利希-贝尔格公爵菲利普-威廉,母亲是黑森-达姆施塔特的伊丽莎白·阿玛莉。她的童年在诺伊堡度过。她最大的姐姐艾莉奥诺拉·玛格达伦纳是利奥波德一世的第三任妻子。  1685年5月,路易十四要求由奥尔良公爵继承普法尔茨的领土,遭到了普法尔茨选帝候菲利普-威廉的拒绝。法军于1688年挥兵进攻海德堡,挑起了普法尔茨继承人战争,在1689年撤军之前,摧毁了海德堡的大部分地区,以及另外20个城镇和众多村庄。法军在1693年还入侵了莱茵兰的大部分地区。这使玛丽亚·安娜产生了厌法和亲奥的情绪,是尔后被选为西班牙卡洛斯二世配偶的重要因素之一。

  卡洛斯二世的第一任妻子玛丽·路易丝于1689年2月12日早逝,没有留下子嗣。此时卡洛斯也变得更加病态。他需要再婚,否则哈布斯堡王朝将无人继承。他的母亲兼摄政王奥地利的玛丽亚·安娜为他选择了配偶——诺伊堡的玛丽亚·安娜。1689年8月,他们通过代理人举办了代行婚礼,1690年5月在巴利亚多利德举行了正式婚礼。  可以说,诺伊堡的玛丽亚·安娜的大部分权力将源自作为未来君主母亲的地位。然而,她最不愿看到的事情还是发生了。由于哈布斯堡王朝近亲结婚的缘故,卡洛斯二世身患多种遗传病以及智障和癫痫。因此他的第二次婚姻也没有留下孩子。最后的尸检报告也证明,他只有萎缩的睾丸,毫无性能力。  当时的西班牙政治势力分为亲奥地利和亲法国派系。其中,亲法国派系由托莱多红衣大主教路易斯·费尔南德斯·波托卡雷罗领导,而亲奥派系则由摄政王奥地利的玛丽亚·安娜领导,并实际控制着国家。1690年,西班牙加入了反法的奥格斯堡同盟,参与了九年战争,但这实际上是一个错误的决定:西班牙于1692年宣布破产,而法国却占领了加泰罗尼亚的大部分地区。议会内部开始反对亲奥政党,卡洛斯也驱逐了玛丽亚·安娜来自奥地利的随从。  1696年,摄政王奥地利的玛丽亚·安娜去世;1698年,卡洛斯二世病倒,他的死也就是迟早的事。10月11日,英国、法国和荷兰签署了“海牙条约”,又称“第一次分区条约”,试图解决西班牙和奥地利哈布斯堡王朝的继承问题。承认巴伐利亚的约瑟夫·斐迪南亲王为西班牙王位和除意大利以外西班牙领土的继承人;法国得到西西里和那不勒斯,奥地利得到米兰。约瑟夫·斐迪南是卡洛斯二世侄女奥地利的玛丽亚·安东尼娅和丈夫马克西米利安二世·埃曼努埃尔唯一的儿子。对于诺伊堡的玛丽亚·安娜来说,这是一个可以接受的折衷方案。他和埃曼努埃尔都属于维特尔斯巴赫王朝。西班牙皇室当然不想看到帝国分裂的那一天。1698年11月14日,卡洛斯二世公开了遗嘱,将西班牙所有的完整领土全部留给巴伐利亚的约瑟夫·斐迪南。  1699年2月,斐迪南突然死亡,年仅6岁。1700年3月,法国,英国和荷兰于签订了“伦敦条约”,又称“第二次分割区条约”。承认卡尔大公为西班牙王位和除意大利以外西班牙领土的继承人;法国得到西班牙在意大利的领土。卡洛斯二世在临死前宣布了最后的遗嘱,指定安茹公爵腓力为继承人,再次强调了西班牙殖民帝国不可分割的完整性。  1700年11月,卡洛斯二世去世,安茹公爵腓力于1700年11月16日成为西班牙国王。

  在腓力成为国王后,她被流放到托莱多,一直居住在托莱多城堡。1706年,卡尔大公重新占领了托莱多。她热情地欢迎了卡尔军队的到来,激怒了腓力五世。她又被流放到北巴斯克的巴约讷。在那里,她有100多个随从,每年的退休金约为5万达克特,过着几乎被人遗忘的生活。1739年才被允许返回西班牙,之后来到瓜达拉哈拉的因凡塔多宫。1740年7月16日在那里去世,后来被埋葬在埃斯科里亚尔修道院。
诺伊堡的玛丽亚·安娜(,,1667年-10月28日-1740年-7月16日)是西班牙哈布斯堡王朝的最后一位君主卡洛斯二世的第二任妻子,1689年至1700年的西班牙王后。