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  斐迪南二世出生于林兹。1547年,父亲斐迪南一世任命他统治波希米亚。1556年,斐迪南二世率军于匈牙利抵抗土耳其军队。  1557年,斐迪南二世暗中与一位奥格斯堡贵族的女儿菲莉宾·韦尔泽,但此婚姻只能于1559年在父亲斐迪南一世提出保密的条件下承认,他们的数名子女只能拥有「奥地利的」名衔,除非哈布斯堡王朝绝嗣,他们没有继承权,此乃贵庶通婚的后果。他们的子女获得「布尔高侯爵」名号,在斐迪南二世死后获得王子称号。  1564年,父亲斐迪南一世逝世。斐迪南二世根据遗嘱成为蒂罗尔及大奥地利的统治者。另一方面,他亦遵从兄长马克西米利安二世的意愿在布拉格留任为波希米亚总督直至1567年。在他统治下,斐迪南二世尽量使天主教的反宗教改革占上风。  斐迪南二世是一位狂热的艺术收藏家,因斯布鲁克附近著名的阿姆布拉斯城堡中的收藏品就是由他的时代开始收藏。他画廊中的画像及盔甲的收藏皆是价值连城,亦因此斐迪南二世债台高筑。现时这些收藏品皆存放在阿姆布拉斯城堡及维也纳的艺术史博物馆中。  1580年,其妻菲莉宾逝世。1582年,斐迪南二世娶了他的外甥女安妮·凯瑟琳,他的妹妹埃莉诺及其夫曼切华公爵威廉的女儿。  斐迪南二世于1595年1月24日逝世。因为他第一段婚姻的儿子没有继承权,而第二段婚姻只诞下女儿,所以蒂罗尔重新归于奥地利大公鲁道夫五世辖下。
斐迪南二世(1529年-6月14日-1595年-1月24日),哈布斯堡王朝的蒂罗尔及大奥地利执政(1564年-1595年)。斐迪南二世是奥地利大公和神圣罗马帝国皇帝斐迪南一世次子、神圣罗马帝国皇帝马克西米利安二世弟弟。