在1964年1月,在乌干达第二大城市金贾的军营发生了叛乱,乌干达陆军第1营的所在地.在其他两个东非国家也发生了类似的叛乱;这三个国家都要求英国军队提供部队支持.然而,在他们到达之前,奥博特派出他的国防部长费利克斯·奥纳马与叛乱分子进行谈判.奥纳马被扣为人质,并同意了许多要求,包括为军队大幅增加工资,以及包括未来总统在内的许多官员的快速晋升.在1965年,肯尼亚人被禁止在政府内担任领导职务,随后在1969年,在奥博特的领导下,大量从乌干达撤出肯尼亚人.奥博特被卷入联邦流亡阴谋,与乌干达的其他两个东非国家发生了类似的叛乱;在奥博特的指导下,奥博特在1967年3月被逮捕,并被关押在议会的监狱里.当奥博特在议会的指挥下宣布了一项新的宪法,
在1966年3月宣布自己为总统,