在与葡萄牙建立王朝联盟后,阿尔伯特于1583年成为王国及其海外帝国的第一位副国王. 同时,他被任命为教皇的代表和葡萄牙的大法官. 作为葡萄牙的副国王,他参与了1588年大舰队的组织,并击退了英国的反击.
在里斯本于1589年. 1593年,菲利普二世召回他回马德里,在那里他将在西班牙君主制的政府中发挥主导作用. 两年后,反叛的泰龙伯爵休·奥尼尔和休·罗·奥唐纳向阿尔伯特提供了爱尔兰王冠,希望获得西班牙人支持他们的事业.