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  教宗玛尔定五世宣告成立一个宗座秘书处,设秘书数人管理外交文件和接待各国使节之事务。一开始人数并无规定,之后教宗嘉礼三世将人数订为六人;之后在1487年12月31日,教宗诺森八世发布了宗座宪章《Non Debet Reprehensibile》将秘书人数增至二十四人,并在其中选择一人任命为宫廷秘书(Secretarius Domesticus),专门管理重要文件和处理重大案件。  尔后教宗良十世又另行设立了一个职位「Secretarius Intimus」,任命一位枢机担当,专门管理教宗国内事务以及外部信件,与宗座大使在一段时间内往往是教宗的亲信(如姪子外甥),授予枢机职后接任此职。到了宗教改革时代,受到此风影响,教宗诺森十二世于1692年6月22日正式废除「Secretarius Intimus」。由于在此之前教宗诺森十世在1678年对宗座秘书处进行过改组,因此该职位被废除后期职责就正式移交给了圣座国务院。  1814年7月19日,教宗庇护七世成立了非常教务部(Sacred Congregation for the Extraordinary Ecclesiastical Affairs)专门管理非常教务。尔后教宗庇护十世将国务院分为三个部分,非常教务部就形成其中的第一个部分,另外两个部门分别是普通教务部和文书处。1967年圣座组织法修改,非常教务部改组到国务院之外成为教会公共事务委员会。  1988年6月28日,教宗若望保禄二世颁布宗座宪章《善牧 (宗座宪章)》,改革了圣座的组织规划。1989年3月1日实施后,国务院的组织结构形成一般事务及对外事务两个部门至今。

  教宗若望保禄二世发布《善牧 (宗座宪章)》宪章改革圣座组织后,国务院被设立为下分两个部门:一般事务处和各国关系部门。

  圣座国务院的首长为国务枢机卿负责管理圣座对外的外交关系及国内事务,是教宗的首席副手,他某些时候也是教宗的代表。此外也有一位副国务卿及一位秘书长分别协助管理两个部门。

  一般事务处的主管职称为副国务卿。现任副国务卿为埃德加·佩纳-帕拉,处长为。  一般事务处负责处理圣座的一般事务,包括筹措罗马教廷所举办的活动、发布官方通告、管理教宗的文件、和外国驻圣座大使馆接洽,并管理密函和教宗的渔人权戒,管理官方媒体《罗马观察报》、梵蒂冈广播电台、梵蒂冈电视中心(),统计数据等业务。

  各国关系部门会由一位秘书长担任主管,由于各国关系部门的职责为和各国政府往来,因此秘书长也常被视为圣座的外交部长。现任秘书长为保禄·加拉格尔 (主教),副秘书长(双边外交事务)为,副秘书长(多边关系事务)为女士。  该部门职责大多是外交事务,如和各国建立邦交关系、在各国际组织(如联合国)派任观察员等。
国务院(,原意为「国务秘书处」)是圣座的行政机构——罗马教廷内历史最悠久的罗马教廷部门,创始于15世纪,主要功能为处理圣座和梵蒂冈城国的内部行政及外交之事务。其首长为国务枢机卿。