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  即位时因年幼而未亲政,由贵族姻亲鲍里斯·莫罗佐夫摄政。  由于莫罗佐夫的政策是加强国家的财政压榨,1648年莫斯科爆发了反对征收高额盐税的市民起义。1649年召开的全俄缙绅会议批准了新的法典(《会议法典》)。根据这部法典,追捕逃亡农奴的期限为无限期。贵族和修道院所有的享有免税待遇的村落也被征收赋税。在这种情况下,1650年发生了普斯科夫和诺夫哥罗德的起义。  阿列克谢·米哈伊洛维奇时期的经济政策,一般是维护商人的利益,振兴工业活动。可是对农民的剥夺日益强化,财政搜刮也加强了。1662年莫斯科发生铜币起义,1670—1671年发生了斯捷潘·拉辛的农民起义。1654年起全俄罗斯东正教大牧首尼孔开始宗教改革,反对宗教改革的旧礼仪派(分离派)遭到主流派的清除。  对外方面,1654年获得左岸乌克兰,由此爆发与波兰的战争。最终确立了对东乌克兰的宗主权和影响力。但是与此同时对波罗的海方向的扩张则没有获得成功。  阿列克谢·米哈伊洛维奇虔信宗教,但是前后两个妻子所生的儿女并不和睦。
阿列克谢·米哈伊洛维奇(Алексей Михайлович Тишайший;1629年-3月19日-1676年-1月29日,1645年-1676年在位),是俄国沙皇米哈伊尔一世的长子。