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  玛丽亚生于摩拉维亚的布伦即现在捷克共和国的布尔诺。1849年12月15日,玛丽亚才5个月大时,父亲斐迪南就死于斑疹伤寒。她由母亲伊丽莎白女大公抚养长大。1868年2月20日,玛丽亚在维也纳奥古斯丁教堂嫁给巴伐利亚摄政亲王柳特波德的长子路德维希,即后来的巴伐利亚末代国王路德维希三世。  他们婚姻和谐,有13个子女:  从她母亲这边论,玛丽亚是西班牙国王阿方索十二世的王后玛丽亚·克里斯蒂娜的同母异父姐姐,还是奥匈帝国储妃斯特法妮、拿破仑亲王妃克莱门汀和奥尔良公爵夫人玛丽亚·多萝西娅的表姐。

  玛丽亚于1865年1月10日获得奥地利的繁星十字勋章。  1868年2月20日,玛丽亚在维也纳奥古斯丁教堂嫁给巴伐利亚摄政亲王柳特波德的长子路德维希亲王。首席证婚人是布尔诺主教安托尼乌斯·沙夫戈奇伯爵,他也正是为玛丽亚受洗的人。路德维希又是玛丽亚的伯母的侄子。之前一年路德维希代表堂弟巴伐利亚国王路德维希二世来奥地利的普芬斯滕参加表妹也是玛丽亚的朋友和本家姐姐马蒂尔德的葬礼时,他们就相爱并决定结婚了,这最初激怒了想把玛丽亚嫁给图斯卡尼大公费迪南多四世的皇帝。  玛丽亚婚后把大部分时间花在养育子女上。尽管她的丈夫是巴伐利亚王位的第二继承人,夫妇俩生活一直低调,不参与公务,靠在慕尼黑以南的洛伊茨特滕的大量农田度日。玛丽亚就在那里有了她著名的玫瑰花园。  1872年10月19日,玛丽亚成为巴伐利亚的特蕾莎勋章和圣伊丽莎白勋章的女首长。她还获得西班牙的玛丽亚·露易莎王后皇家勋章、奥地利的伊丽莎白一级勋章、巴伐利亚皇冠功绩勋章、1870/1871年度十字勋章、义务护理十字勋章、普鲁士红星二级奖章。她会说德语、匈牙利语、捷克语、法语和意大利语。  1913年玛丽亚时任摄政亲王的丈夫路德维希废黜精神失常的堂弟奥托,自称国王,即路德维希三世,玛丽亚从此成为巴伐利亚王后,也成为巴伐利亚王国于1806年建立以来第一位天主教王后。路德维希短暂的统治受到第一次世界大战的破坏。1914年,玛丽亚主持王室的欢庆活动,并和丈夫一同宣战。在第一次世界大战中,玛丽亚是一个伟大的爱国者,同时支持哈布斯堡的君主政治。她鼓励巴伐利亚妇女们以传奇女英雄为榜样为士兵们提供食物和衣服并看望伤兵,以此支持士兵作战。  1918年11月7日,路德维希被迫退位。为了躲避布尔什维克革命者,玛丽亚全家离开慕尼黑,在弗拉斯多夫附近的威尔登瓦尔特城堡避难。  此后,玛丽亚的身体状况恶化,1919年2月3日,她在子女陪伴下于威尔登瓦尔特城堡去世。9日,她的遗体被安放在当地教堂,1921年11月5日和丈夫的遗骨一同被转移到慕尼黑大教堂。

  玛丽亚是无子嗣的英格兰、苏格兰和爱尔兰王位的詹姆斯党继承人摩德纳公爵弗朗切斯科五世的侄女和继承人。因此在弗朗切斯科于1875年死后,她成为了继承人。她死后,她的儿子巴伐利亚王储鲁普雷希特继承了她的权利。和1807年之后的其他詹姆斯党继承人一样,她从未认真寻求这项权利。  玛丽亚是詹姆斯·弗朗西斯·爱德华·斯图亚特(1688年—1766年)后第一位能够称得上大不列颠公民的詹姆斯党继承人。虽然不像詹姆斯那样生在不列颠本土,她却也是汉诺威选侯夫人索菲亚的后人。根据《1705年索菲亚归化法案》,索菲亚及其所出后人被宣布为天生的不列颠人,无论出生于何地,除非是罗马天主教徒,否则都有潜在的继承权。该法案直到1948年才被撤销,在此之前,玛丽亚是该法案覆盖的对象。不过,根据1701年英国的《王位继承法》,由于她的天主教信仰,她实际上已丧失对英格兰和苏格兰王位的继承权。  1919年玛丽亚去世后,儿子鲁普雷希特继承了詹姆斯党的权利。和母亲一样,他和他的后人也没有要求不列颠王位。
奥地利-埃斯特的玛丽亚·特蕾西亚·亨丽埃特·多萝西(,1849年-7月2日-1919年-2月3日),巴伐利亚王后。她是奥地利-埃斯特的斐迪南大公和奥地利的伊丽莎白女大公夫妇的独生女。她是最后一位巴伐利亚王后。