年轻的国王塞巴斯蒂安一世热衷于前往摩洛哥,阻止土耳其支持的军队的前进,这项企业承诺在北非为贵族提供更多的土地和收入 (他们可能相信这将使他们能够保持对商人的经济优势),但商业资产阶级也支持这项努力,因为这将有利于葡萄牙在北非的商业. 塞巴斯蒂安利用葡萄牙帝国的大部分财富, 装备一支庞大的舰队, 他和葡萄牙贵族的花朵在1578年阿尔卡塞克基比尔战役的军事灾难中丧生,他的死亡引发了继承危机,其中主权主张是西班牙的菲利普二世和克拉托的安东尼奥. 其余的葡萄牙贵族和高级神职人员再次聚集到他们同志的对手,卡斯蒂利亚人,并支持菲利普,葡萄牙的曼努埃尔一世的祖孙. 菲利普派遣阿尔巴公爵指挥的4万人的军队入侵葡萄牙. 他们在阿尔坎塔拉战役中击败了安东尼奥的军队.
菲利普在1581年被加冕为葡萄牙的菲利普一世. 因此,他至少部分地实现了他的父亲,西班牙哈布斯堡国王卡洛斯一世 (也是圣罗马帝国的查理五世) 的野心,他被尼古拉奥·德·奥利维拉修士著名地引用:"如果我是里斯本国王,我很快就会统治整个世界. 葡萄牙与西班牙的联盟持续了60年 (1580年至1640年).