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  大约在公元9世纪时,圣西里尔进入居住了卢森尼亚人的喀尔巴阡山脉中传教。使大量斯拉夫民族成为了拜占庭礼基督徒,而在东西教会大分裂后,拜占庭礼教会(即东正教)就和罗马教廷分开了。不过在1646年,乌日霍罗德同盟建立后,大量斯拉夫拜占庭礼信徒改宗天主教,除了斯洛伐克希腊礼天主教会外,鲁塞尼亚礼天主教会也在此之内,这也使得这两个同为拜占庭传统的教会的经历有着大量的关联性。  随着第一次世界大战的影响捷克斯洛伐克独立为一个国家。大多数的鲁塞尼亚礼和斯洛伐克礼教会分布区域都被划分到该国中。也就是穆卡切沃(鲁塞尼亚礼)和普雷绍夫(斯洛伐克礼)。普雷绍夫教区成立于1818年9月22日。,在一战后,由国界变动导致匈牙利希腊礼天主教的豪伊杜多罗格教区有21个堂区被转移到普雷绍夫教区下,随即在1924年6月4日,与同样被划分到鲁塞尼亚礼天主教穆卡切沃教区的堂区合并为新的米什科尔茨宗座代牧区,使之回到匈牙利礼之下。  第二次世界大战后,在1950年4月捷克斯洛伐克因为苏联的推动而成了社会主义国家,随即该国的所有希腊礼天主教教会被迫招开会议签署文件宣告与罗马教廷的共融关系终结,而这些希腊礼天主教徒就转由俄罗斯正教会所管理,之后才成立了捷克斯洛伐克正教会。普雷绍夫主教保禄·伯多禄·格罗狄崔()则因为政治迫害而于1960年死于狱中。而他的辅理主教巴西尔·霍普托()则于1968年因布拉格之春治改革而得以出狱。这两位主教分别在2001年 和2003年 由教宗若望保禄二世列为真福品圣人。  希腊礼教会这样的立场被延续到了布拉格之春的政治改革,虽然许多教会的建筑物的持有权依然保留在正教会手下,但是在292个堂区中有205个堂区投下赞成票的情况下,斯洛伐克礼天主教终于回归她与罗马天主教的共融关系。而在1993年的天鹅绒分离后,捷克与斯洛伐克分为两个国家,许多教会建筑物的管理权也回到了斯洛伐克希腊礼天主教教会名下。1997年教宗若望保禄二世成立了科希策宗座代牧区。

  2008年教宗本笃十六世重组了斯洛伐克希腊礼天主教的架构,使之成为一个与教廷共融的自治教省。为此普雷绍夫教区被升格为教省总教区,科希策代牧区成为教区。此外另外自普雷绍夫教区内划分出布拉迪斯拉发教区。
斯洛伐克希腊礼天主教会(英语:Slovak Greek Catholic Church、拉丁语:Moravica Graecum Ecclesiae Catholicae、斯洛伐克语:Gréckokatolícka cirkev na Slovensku, "Greek-Catholic Church in Slovakia")又称斯洛伐克拜占廷礼天主教会,是罗马天主教的一部分,为拜占庭礼仪式传统的一个分支,是东仪天主教会的22个成员之一。该教会是完全与罗马天主教共融的。而它是直属罗马教廷。现任教会总主教为扬‧巴布亚克(英语:Ján Babjak)。