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  目前解释黑死病成因的主要理论是鼠疫论。鼠疫杆菌是1894年由巴斯德研究所(Pasteur Institute)的法国医生和细菌学家亚历山大·耶尔辛在香港鼠疫大流行时发现的,当时传染至印度的瘟疫病因。腺鼠疫(Bubonic plague)与败血性鼠疫(septicaemic plague)会经由与跳蚤的直接接触而传染,其中最主要的一类跳蚤是鼠类身上的印度鼠蚤。许多细菌生活在这些跳蚤的身体中,阻塞跳蚤的胃部并使其变得饥饿。由于无法得到饱足导致跳蚤不断地叮咬宿主。在叮咬与进食的期间,跳蚤胃里的细菌便经由血液流动到开放的伤口中,使得细菌散布到新的宿主身上。此外被感染的跳蚤最后会死于饥饿。然而中世纪时代的黑死病真实菌种与成因已经不可考。  人类的肺炎性鼠疫(pneumonic plague)有不同的传染方式。这类鼠疫是经由血液或肺部受到感染者所咳出的唾液来散布,而这些部位的感染,可能是始于淋巴腺类型鼠疫。以空气为传播方式的细菌,可能被附近的人吸入,造成肺部与喉咙的直接感染,而不需经过淋巴腺。  鼠疫杆菌生活在泥土中,以皮外寄生(ectoparasites)的方式生存于啮齿类与人类身上。Michel Drancourt将这些细菌的生态整理出散布模型。对于草原土拨鼠所做的动物鼠疫(epizootic plague)观察显示,被细菌感染的动物尸体,可能比跳蚤更适合用来解释疾病的传染方式。  关于欧洲地区鼠疫的出现、散布与消失有一种假设:带有跳蚤并受到感染的啮齿类,能够将疾病传给不同物种。最早因贸易活动而经由黑鼠("Rattus rattus")自亚洲传入欧洲;但是到了欧洲之后,又经由褐鼠("Rattus norvegicus")进行更进一步的扩散。棕色的老鼠似乎没有传染性的功能,也没有能力将跳蚤病传染至人类身上而将其致死。老鼠的生态学中有很多错综复杂的事物,例如:老鼠的储液囊竟能和人类的互相影响。所以说起间接性的传染,或者非跳蚤的传染病,储液囊就能分析出病毒的暴发与散播,而导致几个世纪的鼠疫。

  根据历史学家巴尼·斯隆(Barney Sloane)的说法,黑死病的致病源头并非一般所认为的鼠疫耶尔森氏菌("Yersinia pestis"),他举出几个例子以支持他的说法:

  中世纪的人们称14世纪的灾难为“大瘟疫”。丹麦的年鉴第一次用“黑色的”来描述这一事件,不只是因为患者晚期的皮肤会因皮下出血变黑,更确切的是指此事件给人带来灰暗可怕的黑色恐怖阴霾。

  “鸟嘴医生”是黑死病肆虐时期,欧洲各地专门医治患者的医师。他们会戴着具有防传染功能的鸟喙状面具来治疗病患,因此被称为“鸟嘴医生”。这些瘟疫医师往往没受过多少医学训练,也缺乏临床诊断能力;然而由于当时欧洲人手奇缺,因此这些医生是各个城镇相当珍贵的资产。  “鸟嘴医生”身穿长袍,会使用一种木制的拐杖碰触病人治病。也用于鞭打病人以赦免他们的罪,因为当时的人们相信罹患黑死病是不受上帝庇祐的恶人,而唯有透过鞭笞,病人才能从上天的惩罚中获得救赎。
黑死病(英语:Black Death)是人类历史上极严重的瘟疫之一。一般认为起源于亚洲,一说起源于中亚, 一说起源于喜马拉雅山区,一说起源于黑海城市卡法,约在14世纪40年代散布到整个欧洲,而「黑死病」之名是当时欧洲的称呼。这场瘟疫在全世界造成了大约7500万人死亡,根据估计,瘟疫爆发期间的中世纪欧洲约有占人口总数30%-60%的人死于黑死病。