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  科隆在罗马帝国时期称作"「克劳蒂亚·阿格里皮娜的殖民地」"("Colonia Claudia Ara Agrippinensium"),名称源自于小阿格里皮娜。自罗马时代就成立了教区,953年成为总教区,首任科隆总主教布鲁诺一世是神圣罗马帝国首任皇帝-奥图一世的弟弟;同时科隆总主教也获得了世俗领土的治理权,成为一方采邑总主教,此为科隆采邑总主教区之伊始。其涵盖了总主教区的世俗领土,包含位于莱茵河西岸的一整个狭长地区,其西滨临于利西公国;在莱茵河的另一侧则有西发里亚公国、伯格和马克等领地。  13世纪,选帝侯制度诞生,并因1356年的金玺诏书而确立,共有四个世俗诸侯和三个教会诸侯担任此职,其中包含了科隆总主教,此外科隆总主教也获得意大利大书记官(Archchancellor)的头衔。尔后科隆采邑总主教区就被称为科隆选侯国(Erzstift und Kurfürstentum Köln)。  1288年瓦林根之战后科隆从选侯国中独立为自由城市,因此科隆总主教被迫迁出科隆,改以波恩为选侯国首都。 自此科隆总主教只有科隆总教区的教会地位,而不再是科隆的政治领袖。不过选侯国依然保有科隆以外的领地。  在16世纪其间,有两个科隆总主教改宗新教,一个是赫尔曼·冯·威德,他改宗后就选择辞退总主教职位;另一个则是格布哈特·特鲁赫泽斯·冯·瓦尔德堡,然而盖布哈尔德于1582改宗加尔文派后,不打算放弃自己的领地,试图将科隆选侯国世俗化。这导致了科隆战争,教廷雇用了西班牙和意大利的佣兵,还有巴伐利亚也派出军队,以对抗为了保有新教选侯国的荷兰。1583年12月11月,科隆战争结束,新教的主教继承者放弃教区,并退休移居到斯特拉斯堡。这是一次成功的反宗教改革。最后由出自巴伐利亚公家族的继任了科隆总主教之位。从此之后到18世纪中叶,科隆总主教一席经常由维特尔斯巴赫王朝的巴伐利亚系成员担任。由于这段期间的科隆总主教也通常身兼明斯特和列日的采邑主教,因此科隆总主教成为了德国西北的重要领袖之一。  1795年,选侯国在莱茵河左岸的领土被法国占领,并于1801年被正式割让。随着1803年的而世俗化,采邑总主教区解散,西发里亚公国被分给黑森-达姆施塔特伯国。1824年,科隆再度成立总教区,只是总主教不再握有世俗政治权力,而是单纯的宗教领袖。现今主教座堂为知名的科隆大教堂。
科隆选侯国(),是神圣罗马帝国的一个存在于10世纪到19世纪初的采邑主教领国,由科隆总主教统治。在13世纪科隆总主教被封为选帝侯前被称为科隆采邑总主教区,是最早的七个选侯国之一,她包含有天主教科隆教区以及其他教会领地。1288年时因为和试图使科隆成为自由城市的市民团体冲突,因此科隆总主教将首都从科隆搬到波恩。1794年被法国军队入侵,最后在1803年世俗化。直到1824年才重新成立天主教科隆总教区。