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  作为一位狂热的罗马天主教会拥护者,1560年代,腓力二世基于宗教与利益因素,决议侵扰带有新教色彩的英国皇室政权。天主教会拒绝承认信奉新教的伊丽莎白一世为合法的英国君权,而伊丽莎白也以出席英国国教会宗教仪式作为对天主教会的反击,并下令禁止进行弥撒或诵其经文。英国同时着手于扶持新教在荷兰的势力,此举更使西班牙政权对英的敌意日益高涨。  于是,伊丽莎白的表侄女苏格兰女王玛丽一世因信仰天主教,而被腓力二世与天主教会认定是正统英国女王。1567年,玛丽因贵族叛变而遭到囚禁,并被迫将苏格兰王位让给她的幼子詹姆斯。惊险逃脱后,她迅速逃往英格兰,却又被伊丽莎白囚禁。此后直至玛丽过世的二十年间,伊丽莎白与詹姆斯的敌对者仍然不停地筹计将玛丽推上英苏二国的宝座。  英国在西班牙大陆美洲及大西洋的私掠行为(西班牙视其为海盗)严重影响西班牙的王室收入。英国的跨大西洋奴隶贸易——由约翰·霍金斯爵士于1562年发起——获得伊丽莎白的支持,无视于西班牙政府的控诉,指霍金斯在加勒比地区西属殖民地的贸易实已构成走私。  1568年9月,一支由霍金斯与法兰西斯·德瑞克爵士领导的奴隶买卖远征队遭到西班牙突击,造成数艘船舰于墨西哥韦拉克鲁斯沉船,即圣胡安战役。这场交战使英西二国关系迅速恶化,翌年英国便扣押了数艘西班牙派遣至荷兰支援军队的珍宝舰队。德瑞克与霍金斯则加强私掠以突破西班牙在大西洋贸易的垄断。  为达成宣扬新教的人生宗旨,伊丽莎白提供法国宗教战争与荷兰革命的新教势力援助、对抗西班牙政权。与此同时,腓力二世大力压制新教的传播,资助法国战争的天主教联盟、支持爱尔兰的第二次德斯蒙德战争(1579年-1583年),拥护爱尔兰天主教徒反抗伊丽莎白。  1585年,伊丽莎白与荷兰签订楠萨奇条约,同意供予人力、马匹与津贴。腓力二世将此视为伊丽莎白对西班牙政府宣战。

  战争于1585年爆发。德瑞克驶往西印度群岛,在圣多明哥、卡塔赫纳、佛罗里达州的圣奥古斯丁进行劫掠。英国投入八十年战争,站在早先宣布脱离西班牙统治而独立的荷兰新教联邦(即尼德兰联邦)一方。腓力二世决议入侵英国,但1587年4月德瑞克炸毁37艘在加的斯港口的西班牙船舰后计划受阻。同年,2月8日处决苏格兰女王玛丽一世触怒了欧洲的天主教徒,她的英国王权则(出于玛丽个人意愿)传交予腓力二世。7月29日,腓力二世获得教皇认同推翻伊丽莎白;庇护五世将伊丽莎白逐出教会,并安排任意人选接掌英国王权。
英西战争(英语:Anglo-Spanish War,)(1585年–1604年)是西班牙王国与英格兰王国之间未经正式宣战的断续性冲突。英西战争系由多场大范围战役组成,起于1585年英格兰在莱斯特伯爵指挥下远征荷兰、拥护荷兰议会抵抗哈布斯堡王朝的统治。