写下这一段的继续 - 1999年7月,Jacoby被任命为联合参谋部的情报主任 (J2). 他开始领导情报部门的研究工作, 北方和南方观察行动继续执行禁止飞行区和对伊拉克的制裁. 此外,美国海军的EP-3侦察机在海南岛被中国人扣押,在南海行动期间与中国战斗机相撞,以及对"科尔"号的攻击.
发生在也门的亚丁. 这一事件促使对恐怖主义分析和对行动部队的支持进行了根本性的改变,该行动体现在拟议的联合情报工作组,打击恐怖主义 (JITF-CT) 作为国防情报局的一部分,在J-2联合参谋部的指导下运作. 杰科比在2001年9月10日下午与众议院常设情报委员会高级工作人员一起倡导增加JITF-CT的资金. 他是在五角大楼当它在2001年9月11日被袭击. 他领导了JITF-CT的阵营,积极参与全球反恐战争和阿富汗军事行动的情报规划,监督了阿富汗战斗行动的初始阶段的J-2活动,并在开发和倡导一个名为"2加7"的行动概念中发挥了重要作用,该概念成为美国拆除基地组织的行动的中心点,并攻击其集中领导和规划功能. 行动的重点是针对两名领导人和七名高级作战策划者. 结果是该组织的能力大幅下降. 杰科比在2002年7月完成了为期一年的J-2联合工作人员延期.