在抵达时,斯托克顿加入了第七舰队的部队, 为了入侵海军海军的洛斯尼格罗斯岛. 她参加了初始轰炸,为2月29日的登陆铺平了道路,并在该地区停留了三天,巡逻并为岸上的部队提供火力支持. 从3月9日至13日,她在西德勒港进行了类似但较小的登陆. 随着美国军队沿着新几内亚北部海岸飞跃,斯托克顿在4月22日在洪堡湾和5月17日在瓦克德登陆期间充当防空和反潜<unk>查船;她为比亚克登陆提供了火力支持.
在5月27日. 在比亚克,她在5月28日被海岸电池的炮弹击中时受到轻微损伤,并在6月12日,她拖入洪堡湾,在那艘驱逐舰被一枚炸弹击中船中之后被固定.