詹姆斯·康纳作为南卡罗来纳州民兵部队蒙哥马利卫队的队长参加了萨姆特堡的轰炸. 在内战开始时,他拒绝担任南方联邦地区检察官. 他成为汉普顿军团的队长,并在第一场牛跑战役 (第一马纳萨斯) 战斗,在韦德·汉普顿上校受伤后临时指挥军团. 1861年7月21日,康纳被任命为汉普顿军团的少校. 七松城战役之后
在半岛战役期间, 他指挥北卡罗来纳州第22志愿步兵团. 在七日战役期间,他的腿被一颗步枪弹在盖恩斯米尔战役中折断. 经过两个月的康复期,他回来领导他的团在Chancellorsville战役和盖蒂斯堡战役.