历史学家Nick Cullather写道, 通过推翻阿本兹, 历史学家斯蒂芬·斯特里特指出, 虽然美国通过任命"易变"的卡斯蒂略·阿马斯担任总统实现了某些战略目标, 他还指出, 虽然卡斯蒂略·阿马斯可能会在没有美国的存在的情况下犯下侵犯人权的行为, 1960年开始的左翼叛乱在农村地区发生. 这引发了危地马拉内战
在美国支持的危地马拉军事政府和左翼叛乱分子之间, 这场冲突持续到1960年至1996年, 尽管双方都对平民犯下罪行, 这些违法行为包括20世纪80年代针对玛雅原住民的种族灭绝运动. 历史学家将内战的暴力归因于1954年的政变,以及它产生的"反共偏执".