但利马并没有摆脱危险. 在10月20日
1687年12月2日, 强烈的地震摧毁了大部分城市及其周边地区. 灾难后的疾病和粮食短缺导致1692年人口减少到4万以下. 第二个威胁是太平洋海盗和海盗. 荷兰的海军远征队由雅克·赫尔米特领导,在1624年袭击了卡拉奥港,但被副国王迪戈·费尔南德斯·科尔多瓦击退. 1680年代,英国海盗在太平洋水域繁殖,直到1690年被利马商人赶走. 作为预防措施,纳瓦拉和罗卡富尔的副国王梅尔科尔在1684年至1687年之间建造了利马城墙.