在内战爆发时, 伯尼于1861年5月22日作为第一新泽西步兵团的队长加入联邦军队. 他第一次见到战斗在牛跑的第一战役. 他被提升为新泽西第4志愿步兵团的少校,
<unk>蒂利,弗雷德里克斯堡, 和,作为一个上校, 在1863年至1864年,他被任命为负责招募有色人种部队的三名督察之一,并以此身份组织了七个团. 他被任命为美国第22色兵团的上校. 1863年6月9日,他被任命为志愿者准将,从1863年5月22日开始,并被派往马里兰州招募更多的黑人部队. 1864年,他将自己的团带到南卡罗来纳州作战,作为南方部的一部分. 他们的战绩不佳,但在佛罗里达州的战役中表现得更好,包括奥拉斯蒂战役.