在圣地战争的支持之外,海军在热那亚与邻近的比萨共和国的竞争中发挥了重要作用,该共和国与热那亚在科西嘉和撒丁岛的影响力竞争. 意大利的海上国家常常掠夺对手的商船,热那亚海军被认为既抑制了这种做法,也参与了这种做法. 1119年,热那亚一支舰队袭击了比萨商人车队,开始了第一个热那亚-比萨战争. 战争的第一场结束得无结论,但导致了一个世纪的袭击和海盗,因为两座城市都争夺了科西嘉和撒丁岛. 在1230年代,第二次未宣战爆发,发生在热那亚和比萨之间,作为更广泛的瓜尔夫人-吉贝林人冲突的一部分. 圣罗马帝国皇帝在战争爆发时站在比萨一边, 迫使热那亚在国外寻找盟友. 共和国支持教皇 (当时与罗马帝国皇帝发生争端),并派舰队将格尔夫人军队运往罗马,以表达对教皇事业的支持. 吉贝林人发现了这一计划,并与皮萨斯舰队一起在吉利奥战役中拦截了热那亚海军
在1241年. 由于乘客和行李的负担, 热那亚海军失去了3艘沉船和27艘被俘. 第二次与比萨的战争在1243年以白人的和平结束.