在2013年1月16日,宣布瓜迪奥拉将在2012年13赛季结束后接任德国联赛俱乐部拜仁慕尼黑的经理,取代尤普·海恩克斯. 2013年6月24日,他作为拜仁主教练的第一场新闻发布会以德语进行,两天后进行了他的第一次训练. 他的第一场官方比赛是德国超级杯对阵多特蒙德堡,拜仁输了4比2. 他与拜仁的第一座奖杯是2013年欧足联超级杯
击败长期对手穆里尼奥, 他刚刚回到切尔西教练. 拜仁在曼努埃尔·诺耶尔救出罗梅卢·卢卡库的<unk>后击败了切尔西的十人阵容.