在19世纪,随着两国从西班牙独立,秘鲁和智利之间建立了和平关系,经济和政治联系进一步促进了良好关系. 在南方战争期间
(1836年至1839年),智利和持不同政见的秘鲁人组成了一个军事联盟,从秘鲁-玻利维亚联邦中解放和统一南秘鲁和北秘鲁共和国. 后来,在辛恰群岛战争 (1864年至1866年) 期间,秘鲁和智利联合起来对抗占领秘鲁辛恰群岛的西班牙舰队,破坏了南太平洋的贸易. 在1870年代,在太平洋战争之前的早期冲突中,秘鲁试图在玻利维亚和智利之间谈判和平外交解决方案. 虽然秘鲁与玻利维亚有着秘密的防御联盟,但即使智利入侵玻利维亚的安托法加斯塔港,秘鲁也没有向智利宣战. 在智利1879年对秘鲁和玻利维亚宣战之前,战争没有正式宣布. 秘鲁在第二天向智利宣战. 战争导致智利入侵秘鲁,摧毁了秘鲁的建筑和城市,并对秘鲁首都利马进行了大规模的袭击和为期两年的占领. 战争的最终结果给这三个社会留下了深刻的伤痕,秘鲁和智利之间的关系恶化了一个多世纪,尽管关系在1929年利马条约中得到了一定程度的稳定.