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  牙签的正确历史至今仍无定论,但考古学家曾在史前人的牙齿中发现类似使用牙签的凹痕,亦曾在牙缝间发现小竹签的残余。原人茹毛饮血,吃的是生肉,肉屑经常附着在牙齿上,很可能用骨头、鱼刺等剔除肉渣。考古学家曾在公元前3000年美索不达米亚国王墓穴时,发现了金式的牙签。  1954年,中国洛阳市的一座古墓里出土了8枚战国时代的骨质牙签。《礼记·曲礼上》有云:“毋刺齿”,意思是说“吃饭时剔牙齿,没礼貌”,这是中国文献中最早关于剔牙的记载。西晋陆云在《与兄平原书》信中提到牙签:“近日复案行曹公器物,取其剔齿歼一个,今送以见兄。”信中提到曹操使用“剔齿歼”即是今日的剔牙用的牙签;要提醒的一点是中国古代也有“牙签”一词,其实是指书签,如唐朝韩愈《送诸葛亮觉往随州读书》云:“邺侯家书多,插架三万轴。一一是牙签,新若手未触”。中国的牙签大都是用竹子作的,特别是柳木,故牙签又名柳杖,《清朝野史大观》提到:“席间之柳木牙签,一钱可购十数枚,......”,何耳的《燕台竹枝词》有《柳木牙签》:“取材堤畔削纤纤,一束将来市肆筵。好待酒阑宾未散,和盘托出众人拈。”。可知在道光、咸丰年间,已经有专门从事制造与销售牙签的行业。过去中国所用的牙签除竹、木外,有些是金属甚至是象牙做的。牙签与牙签包装也是某些收藏家的特殊喜好。此外,亚洲使用的牙签往往比欧美使用的牙签要来的尖细。

  在美国,第一家提供牙签的餐厅是在麻州波士顿的海鲜餐厅「联合牡蛎屋」Union Oyster House,这家餐厅也是美国最老的餐厅之一。牙签有可能是某些哈佛学生「发明」的,发明牙签的企业家在当时很明显的企图以哈佛学生最为最佳客户,甚至于付钱让哈佛学生在该餐厅吃饭,只为了让他们试用牙签。  美国的第一台牙签制造机专利是1872年2月20日由马萨诸塞州Granville市发明家Silas Noble和J. P. Cooley所申请成功的。而美国的缅因州自称为世界牙签制造之王,宣称世界上有90%的牙签都产自缅因州(年产量约五百亿根的牙签,使得缅因州人有绰号为「大吃客(Down-Eaters)」)。此外,牙签也是美国人食道噎塞的主要物品之一。  今日由于环保意识的提升,牙签制造商渐渐的不用木头来制作牙签,而是使用一些可食用或可分解的材料来制作。如淀粉性塑料等。

  牙签不能取代刷牙,对牙缝的清洁效果也远不如使用牙线,而且尖锐的牙签容易使牙肉受伤,造成出血和发炎,所以牙医并不建议使用牙签清洁牙齿。要预防蛀牙及牙周病,应每天早晚刷牙及使用牙线清洁牙齿。
牙签,中国古代称为剔牙签,是一根小木片、细竹棒或细金属棒,用来在饭后清除牙齿缝中的食物,亦可做为餐叉的替代品刺取食物送入口中之用。