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  在1570年第三次法国宗教战争后,出现过和平的可能。天主教主战鹰派代表吉斯家族在宫廷里失宠,取而代之的是主张以和平方式解决问题的温和派天主教徒。由于1570年8月签订的圣日耳曼和平敕令,结盟宗新教势力获得了强大的军事优势。他们控制加固的城镇拉罗歇尔、拉夏里泰、科尼亚克和蒙托邦。凯瑟琳太后希望通过策略婚姻取得和平,曾提议她的儿子安茹公爵(即后来的国王亨利三世)和英格兰女王伊丽莎白一世联姻。  但是和平的希望终于1571年被粉碎。鲁昂三月的一个星期天,在天主教徒游行期间,40个结盟宗信徒因为拒绝向圣体下跪而被当成异端杀害。由此结盟宗信徒和天主教徒的关系恶化。  吉斯派系被排斥出宫廷。而结盟宗领袖科利尼提督在1571年9月被参议院重新接纳。除了因新旧教斗争外,吉斯家族对科利尼亦因家族血债私仇而恨之入骨—后者被认为有份参与于1563年对第二代吉斯公爵弗朗索瓦·德·洛林的暗杀。  天主教徒于哈布斯堡皇朝一代名将奥地利的唐胡安统领之下,于1571年勒班陀战役中全歼鄂图曼帝国海军,同时亦向基督教世界展示哈布斯堡皇帝腓力二世领导天主教崛起称霸的决心。同时,在低地战线的八十年战争中,尼德兰叛军海上乞丐连连报捷,于1562年4月控制布里勒(靠近鹿特丹的小镇),进而趋向控制整个尼德兰。这亦在新旧教分裂的法国国内构成压力,天主教势力视尼德兰为大逆不道的叛军反贼,主张与西班牙联手镇压或袖手旁观西班牙剿灭叛军;而新教势力却视尼德兰为反抗哈布斯堡天主教霸权压迫的友邦义士,主张法国增援尼德兰义军以对抗西班牙。作为新教徒领袖的科利尼提督,自然支持出兵支援尼德兰,而这亦有可能令法国对西欧天主教友邦西班牙兵戎相见。  为减轻新教徒和天主教徒的敌意(其代表分别为波旁家族和吉斯家族),凯瑟琳太后安排波旁家族的继承人亨利·波旁(结盟宗的领袖)与其幼女、法国国王查理九世之妹玛格丽特公主共偕连理。婚礼给予了将结盟宗最重要的人聚集在一个地方的机会。  凯瑟琳王太后作为出身天主教名门美第奇家族的虔诚教徒,眼见其子查理九世即将听从科利尼提督谏言,出兵援助尼德兰对抗西班牙,自然对与天主教盟主西班牙开战极度反感,加上其认为与西班牙此等强国开战是拿法国的国运冒险,决心诛除科利尼和准备参战的胡格诺教徒。  凯瑟琳在执行屠杀前必须说服王儿查理九世,但这并非易事,因德科利尼本人为法王的密友。查理九世在漫长的争论中激动到掌掴他的母亲,但他最终还是决定执行屠杀,而且因忧虑报复的缘故下令斩草除根,以免除后患。

  1572年,在亨利·波旁和玛格丽特·德·瓦卢瓦的婚礼后发生一系列有内在关联的事件。8月22日凯瑟琳·德·美第奇指使天主教徒刺杀巴黎结盟宗的领袖,海军将军科利尼。但是仅仅使他受了伤。这次行动激怒了结盟宗。在8月24日圣巴托罗缪日黎明前的几个小时,科利尼和其他的12个结盟宗领袖在巴黎被暗杀,这一系列的暗杀只可能是由高层策划的,同时这也是普遍屠杀的信号。8月24日到9月17日,巴黎的暴徒自发的掀起了屠杀结盟宗信徒的浪潮。  从8月到10月,屠杀结盟宗信徒的行动扩散到其他的城镇。图卢兹、波尔多、里昂、布尔日、鲁昂、和奥尔良都被波及。在安茹,屠杀在蒙索罗男爵的主持下展开,很快借索米尔扩散到整片区域。现在估计死伤者在五千人至三万人之间。  教皇额我略十三世当选教皇的过程依赖西班牙相助,对此非常高兴。教皇委托艺术家乔尔乔·瓦萨里在萨拉雷吉亚画三幅壁画,描绘了科利尼的死亡。大屠杀被解释为神圣报复的行为;科利尼被认为是对基督教世界的威胁。随着事件性质逐渐为人所知,教皇的疑虑也随之增加。教皇谴责了这次屠杀行径,并且拒绝接见凶手。  1997年8月23日,屠杀纪念日前夕,教宗若望保禄二世发表简短的道歉启示,承认“基督徒作的事,福音在审判”。

  大仲马在1845年根据这段历史并结合了浪漫和冒险的元素写了《玛歌王后》(法文:"La Reine Margot")。1994年上映的同名电影取得商业上的成功。  好莱坞早期著名导演大卫·格里菲斯的史诗巨作《党同伐异》(1916年)也描述了这次屠杀。
圣巴多罗买大屠杀(),又称圣巴多罗买之夜、圣巴托罗缪节大屠杀,发生于1572年法国宗教战争期间,由宫廷内部针对新教结盟宗新教徒(又称雨格诺派、胡格诺派,属于法国加尔文归正主义)领袖的刺杀行动引发,之后发生天主教徒针对结盟宗新教徒的暴动。传统上认为此事件是由查理九世的母后凯瑟琳·德·美第奇煽动。屠杀发生于国王的妹妹玛格丽特·德·瓦卢瓦与新教徒亨利·波旁(未来的亨利四世)婚礼的五天之后。这场婚姻导致了绝大部分众多最有权势、最富有的结盟宗人物在以天主教徒为主的巴黎聚集,成为了天主教徒将其集体清洗的契机。