苏联建立了一个压迫的政权;大多数高级民政和军事官员,知识分子和工业家被捕,通常很快被处决. 苏联的镇压在1941年6月14日以大规模的驱逐结束
其中一半以上在不人道的条件下丧生. 1941年6月22日,在所谓的"夏季战争"中,德国巴巴罗萨行动在爱沙尼亚游击队士兵的陪同下开始对抗苏联,约有34,000名爱沙尼亚年轻人被强行招募到红军中,其中不到30%的人幸存下来. 苏联的毁灭营开始了烧毁地球政策. 那些无法撤离的政治犯被NKVD处决. 许多爱沙尼亚人走进森林, 开始反苏游击战. 德军在7月份抵达爱沙尼亚南部. 苏联在8月底撤离了塔林,损失巨大,德国军队在10月份完成了对爱沙尼亚岛屿的占领.