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  茅子元是天台宗门下的弟子,崇慕慧远白莲社之遗风,又受天台宗派观念的影响,因而改造了兴于民间,成员关系松散的在家佛教“莲社”,在庶民中组织起一有师承、有教义,倡导念佛往生的社团。这个团体不但有出家弘法的僧人,也有在家信徒;并且,为使教法更普及于大众,白莲宗允许在家弟子从事吸纳门徒、宣传教法、化缘建佛堂等,按佛教传统只能由僧人进行的活动,这样便形成了僧、俗两个传法系统。这一组织架构是白莲宗最大的特色,但也与佛教的传统相对立,在实践中产生了种种弊端,因此被佛教界所非议。  白莲宗不杀生、不饮酒,禁食葱乳,严守护生之戒,因此宗徒号称「白莲菜」,又称「茹茅<unk>梨菜」。外人则称之为「吃菜事魔」。茅子元去世后,有小茅<unk>梨继承茅子元之教,使之盛行南方,由于出家僧众对在家俗众并无强制约束力,对冒称白莲道人触犯刑法者,亦无从管制,又混杂民间信仰,因而日久渐生风俗坏乱之弊,“庶俗僭称活佛如来,妇人擅号佛母大士”,妄谈般若,乱说灾祥。因此常被取缔。也因此流传不广,故影响不大。  而后,在教义上,白莲宗受到弥勒教影响,从崇奉极乐世界的阿弥陀佛改信奉兜率内院的「当来下生娑婆世界」的弥勒佛,以净土宗的譬喻「火中生白莲」为象征,并混合了明教的内容。

  白莲宗以弥勒佛将会来救世的传说,作为号召,动辄宣称弥勒佛下生,起兵造反,自然也开始反抗元朝统治。元世祖至元十七年(1280年)春,江西都昌县杜万一(又名杜可用)号称“杜圣人”,以白莲宗组织发动起事,后自称「天王」,改元「万乘」。这是白莲宗诞生后策动的第一次民变;但因为白莲宗与白莲教在历史上界定区分并不明确,因此也被认为是白莲教第一次民变。  元武宗至大元年(1308年),因皇帝认为此等人物「有妻子,身已不清净」,勅禁白莲社。时有庐山东林寺普度(?—1330年),自承慧远留下的千年正教,致力于复教运动,撰写《庐山莲宗宝鉴》10卷,阐明了子元所倡白莲宗的真义,上奏朝廷。于是白莲宗于元仁宗皇庆元年(1312年)得以复教。普度受命为教主,世称优昙宗主。在宗教政策宽松白莲教可以公开传播时期,白莲教宣扬“弥勒佛下生”、“明王出世”,其势力渗透到河南、江淮和长江流域地区。但是,宗门的情弊仍未改善,复有社会反对分子潜入,故元英宗至治二年(1322年)后又遭禁断。  此后该教的僧人渐渐远离“白莲宗”的名号,回归到正统佛教当中,而民间仍在继续流传,并进一步与弥勒教、白云教、明教等相混合,称为白莲教,成为民间秘密宗教。泰定二年(1325年),河南息州白莲教赵丑厮、郭菩萨宣传「弥勒佛当有天下」,聚众起事。元顺帝至元三年(1337年),河南陈州白莲教胡闰儿(棒胡)称弥勒佛已经降生,聚众烧香起事。顺帝至元四年(1338年),江西袁州彭莹玉、周子旺组织白莲教起事。  顺帝至正十一年(1351年),元朝政府强征民夫堵塞黄河缺口,引发了全国规模的红巾军大起义,红巾军即与白莲教有密切的关系,元末朱元璋依附“明教”起义,宣称“黑暗即将过去,光明将要到来”,其实也受到白莲教影响。至此,弥勒教正式融入白莲教。

  元朝末年红巾军领袖,韩山童父子便是以家传白莲教聚众起事,宣传口号为“弥勒降生”、“明王出世”。后朱元璋亦以“明”为国号。朱元璋成为皇帝之后,知道白莲教会对其帝国构成威胁,纳李善长之议,多次取缔白莲教,《大明律》规定“为首者绞,从者各杖一百,流三千里。”明成祖永乐十八年二月(1420年)山东白莲教女教首唐赛儿发动起义,旋即失败。  成化十八年(1482年),山东即墨军人罗思孚在北直隶创立了罗教,提倡「真空家乡,无生父母」的教义,认为人终究必须回到「无生父母」的身边,而「无生父母」成为最高阶的主神。「无生父母」此一概念,演变为惟一的神「无生老母」,无生老母为白莲教等等教派所接受,几乎皆以「无生老母」为主神,并有三教合流的姿态,宣扬「无生老母」将派遣弥勒佛下凡拯救世人。  万历年间,有所谓的闻香教,“蓟州人王森得妖狐异香,倡白莲教,自称闻香教主。其徒有大小传头及会主诸号,蔓延畿辅、山东、山西、河南、陕西、四川。森居滦州石佛座,徒党输金钱称朝贡,飞竹筹报机事,一日数千里。......四十二年,森复为有司所摄。越五岁,毙于狱。” 王森伏诛后,信徒山东巨野的徐鸿儒、北直武邑的于弘志分别发动武装叛乱,均遭明朝镇压。  万历十五年(1587年),都察院左都御史辛自修奏:“白莲教、无为教、罗教,蔓引株连,流传愈广,踪迹诡秘。北直隶、山东、河南颇众。”,万历二十五年刑部侍郎吕坤奏称:“白莲结社,遍及四方,教主传头,所在成聚。倘有招呼之首,此其归附之人。” 万历四十三年,白莲教发展至高峰,“近日妖僧流道聚众谈经,醵钱轮会。一名涅槃教,一名红封教,一名老子教。又有罗祖教、南无教、净空教、悟明教、大成无为教,皆讳白莲之名”。

  清兵入关统一中国后,白莲教又与许多民间宗教融合,如老官斋、八卦教,其名目繁多,加上旧有支派,竟高达百余种,教义更加芜杂。清朝的白莲教徒以反抗为己任,倡言“日月复来”,举起反清复明的旗帜,从而遭到清朝镇压。  清顺治、康熙、雍正、乾隆时期,白莲教活动频繁。到了乾隆后期,清朝国力开始下降,是白莲教鼎盛时期,在东北和南方各省广泛流行,其中又以大乘教流行最广。乾隆三十九年(1774年)清水教徒王伦聚众起义。  嘉庆年间白莲教与地方人民结合,引发川楚教乱颇伤清朝国力,之后在嘉庆十八年 (1813年) 发生的天理教之乱是最后一次白莲教名义的叛乱,之后逐渐消失于历史。  光绪二十四年(1898年),山东义和团之扶清灭洋运动的主要团队、有部分追溯起源于白莲教的分支派八卦教。
白莲教,是跨越多个中国史上朝代的一个秘密民间宗教组织,发展过程中融入了包括弥勒教在内的其他组织的内容,但一般认为主源是源于宋高宗绍兴三年(1133年),由茅子元创立的佛教净土宗分支白莲宗。因其教徒禁食葱乳,受持五戒,不杀生不饮酒,其派神职人员不出家,多娶妻生子,常被视为附佛外道和邪教而遭朝廷查禁。白莲教作为一个秘密民间宗教组织,在历史上发动多次民变,屡次受到镇压。