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  现在的研究所始建于1956年,时称中国科学院武汉微生物研究室。  1956年6月5日,中国科学院决定同武汉大学、华中农学院合作在武汉建立一个微生物研究室。该研究室的筹备工作由武汉大学教务长、微生物教研组主任高尚荫主持。研究室分下列四个组进行研究工作: 1961年11月更名为中国科学院中南微生物研究所。1962年10月更名为武汉微生物研究所。1966年中国科学院的地方分院撤消后归属湖北省科委领导,更名为湖北微生物研究所。1978年科技大会前回归中国科学院,更名为中国科学院武汉病毒所。

  

  2020年4月,诺贝尔医学奖得主、艾滋病病毒发现者吕克·蒙塔尼耶接受法国医学媒体采访时表示,他们用数学模式对病毒基因研究得出的结果,确认了印度学者提出的新冠病毒带有艾滋病基因的发现。他认为该病毒上所具有的艾滋病病毒基因只有可能是在实验室实现,其传播是中国武汉病毒研究所在开发艾滋病疫苗时意外泄露所导致。 然而,BBC新闻反驳此说,认为并无根据。
中国科学院武汉病毒研究所建于1956年,是从事病毒学基础研究及相关技术创新的综合性研究机构。同时拥有P4生物实验室。截止2016年12月,研究所共有在职职工266人(科研岗位189人);在读研究生253人(博士生124人,硕士生129人);拥有博士后流动站1个、二级学科博士点2个、二级学科硕士点2个、专业硕士点1个。