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  托木斯克大体上坐落在托米河的右岸,距离托米河流入鄂毕河处50公里,距离莫斯科的直线距离为3500公里。该市通过别雷亚尔—阿西诺—泰加铁路与西伯利亚大铁路相连接。该市还是托木斯克—尤尔加等公路的枢纽站,同时也是一个河运码头和较大的航空港。在托木斯克北12公里处坐落着保密行政区谢维勒斯克,苏联时期被称为托木斯克7号。城市面积——294.6平方千米。城市分四个城区:基洛夫斯基区,苏联区,列宁区,十月区。

  温带大陆性气候,年均气温:-0.6 °C。每年无霜期约为100-105天。冬季持久且严寒,有记录的最低温度为-55 °C(1969年1月)。一月平均气温为−19.2 °C,七月平均气温为+18.1 °C。年降水量435毫米。

  1604年1月20日,一群来自一个叫的鞑靼部落使者在其首领带领下来到了莫斯科沙皇的宫殿里,他们要求将部落移交莫斯科管辖,并且在托米河沿岸修建一座城市抵御他们的强敌吉尔吉斯人和卡尔梅克人的侵袭。  1604年3月25日,沙皇派遣以为首的哥萨克部队从和以为首的弓箭部队从托博尔斯克()出发,带着建筑要塞的任务来到托米河沿岸。在鞑靼人的领土上,他们将附近耕地收为国有,将周围居民登记为沙皇的子民。  木质结构的托木斯克堡垒被建在了耸立在托米河右岸距鄂比河河口60公里处的复活山的南山脚下,距离河注入托米河河口不远。到1604年10月7日,所有的建设工作都已经完成了,这一天被认为是托木斯克的生日(城市日是6月7日,因为秋天的坏天气常常打扰节日的庆祝)。托木斯克成为了主要的军事战略要地,17世纪在托木斯克多次击退游牧民族的袭击,保护了当地居民的安全。  18世纪,俄罗斯的边境向东和向南大大推进,当地的游牧民族被制服,托木斯克渐渐失去了自己的防御地位。从18世纪中叶一直到苏联时期,托木斯克一直是犯人流放地。这里曾经流放过。  1719年托木斯克被划归到省,1726年划归,在1782年获得总督管辖区的州级城市地位。

  到2006年托木斯克拥有六所国立大学和两所非国立大学。1878年在托木斯克建立了(1888年招生)西伯利亚地区第一所高等综合性大学——托木斯克国立大学。1886年建立了(1900年招生)西伯利亚地区第一所高等技术研究机构——技术学院(现在的托木斯克理工大学)。其它的一些高校: 私立大学: 除此之外,在托木斯克还设有十多个其它城市教育机构的分校,在此从事高等教育活动。其中有:  2005年高校在校生总人数为86100人,19个中等职业学校的人数为14600人,也就是说,学生人数占城市总人口的1/5,因此托木斯克是全俄学生比例最高的城市之一。同时远程教育正在快速发展中,外国学生的人数也在增加。在这座大学城里工作着882位博士和2727个副博士。

  托木斯克 – 俄罗斯重要的科学中心,在很大程度上得益于它培养人才的教育体系。这个城市拥有大量的技术密集型产业,和蓬勃发展的IT产业。  大学里的科研所:西伯利亚技术物理研究所、应用数学和力学科研所、托木斯克国立大学所属的生物和生物物理科研所、核物理科研所、高压科研所、托木斯克理工大学所属的电子内窥技术研究所以及托木斯克国立系统控制和无线电电子技术大学所属的自动化和电器科研所等十一家科研单位。  托木斯克科学中心包括9个科研机构,它们分别是:大气光学、石化、高精电子学、高强物理、材料学、大气监控和生态系统。  4931号小行星以托木斯克命名。2007年2月16日在托木斯克国立大学落户超级计算机“西伯利亚赛艇”,为目前东欧地区最快的计算机。这台超级计算机是世界上超级计算机100强之一。

  在本市拥有2个话剧剧院(州话剧院和音乐话剧院)、青年剧院、木偶剧院、托木斯克国立大学文艺剧院、音乐厅、文化宫、一些电影院、体育宫、俱乐部、交响乐队、儿童合唱团、图书馆网络、德国文化中心、波兰文化中心、鞑靼文化中心、体育场、游泳池、保龄球场和一些其他的体育设施。  地方志和艺术博物馆、艺术画廊、会展大厅、木质建筑博物馆、城市历史博物馆、大学博物馆(在托木斯克国立大学:大学历史博物馆、考古和人类学博物馆、植物标本博物馆、书籍博物馆等)、西伯利亚植物园、中学博物馆、天文馆等。  三圣教堂是托木斯克第一座教堂,始建于建市之时(1604),两年后完工,到1820年因破损而拆毁。复活节教堂建于1622年,后于1807年改建成石质,成为托木斯克最美丽的教堂之一。1804年在感恩节大教堂宣布建立托木斯克省。十月革命之前在托木斯克有31个东正教教堂,一些修道院。除此之外在本市还存在着旧教派教堂、波兰天主教教堂、路德教会、三个犹太教堂、两个清真寺。在苏维埃政权时期大部分的教堂遭到破坏,只有为数不多的教堂作为仓库、车间、档案室而保存下来。现在这些教堂已经修复并交还信徒。作为对2006年4月在托木斯克召开的俄德峰会的献礼,两个月内重新修建了1936年被毁坏的路德教会圣母玛利亚教堂。
托木斯克()是一座俄罗斯城市,是与其同名州和地区的行政中心。于1604年建城,人口57.4万人(2018年),在俄联邦城市中排第28位。它是西伯利亚地区教育和科学中心,其教授密度居全国第一。2005年俄罗斯政府首批划定六个经济特区,托木斯克因其在科技领域的优势而被定为技术型经济特区。