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  苔藓植物并不组成一个单系群,而是包含有三个类群:地钱门、角苔门和苔藓植物门。  现在对陆生植物的研究通常会显示出这两种图形的其中一种。在第一种图形里,地钱门是第一个分离的,接着是角苔门,而苔藓植物门和多孢植物(包含维管植物)最为接近。在第二种图形里,角苔门则是第一个分离出去的,第二个是维管植物,而苔藓植物门和地钱门之间的关系最为亲近。原本,这三个类群是在「苔藓植物门」里的三个纲,但因为它们形成了并系群,所以现在被放置在三个不同的门里面。

  此类植物平常为单倍体的配子体,只有偶尔才会出现双倍体的孢子体。因此,苔藓植物的性别模式和其他的植物是很不相同的。苔藓植物的性别模式主要有两种:  某些苔藓植物依著环境的不同可以是雌雄同株或是雌雄异株的。其他的物种则只属于两种模式的其中一种。  这和种子植物上所称的「雌雄异株」与「雌雄同株」不同,那是指一个孢子体植物会带有一种或两种的配子体。而苔藓植物上的则是指其为单性或双性的配子体植物。
苔藓植物,是非维管植物中的有胚植物:它们有组织器官以及封闭的生殖系统,但缺少运输水分的维管束。它们没有花朵也不制造种子,而是经由孢子来繁殖,也可以产生精子和卵,行受精作用,但精子仍需以水为媒介。