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  1669年9月23日神圣罗马帝国皇帝,国王,哈布斯堡王朝的利奥波德一世签署法令批准在皇家自治城市萨格勒布建立一个耶稣会学院。  学院由耶稣会管理直至1773年。  1776年,女大公兼女王玛丽亚·特蕾西亚签署法令成立皇家科学学会(),该学会在萨格勒布一直运作到1874年。

  1861年,Josip Juraj Strossmayer主教向克罗地亚议会提议在萨格勒布建立一所大学,1869年弗朗茨·约瑟夫一世签署法令建立萨格勒布大学,1874年议会通过建校法案并由皇帝于同年1月15日批准。1874年10月19日举行创校仪式,令萨格勒布大学成为奥匈帝国外莱塔尼亚地区内的第三所大学。  在克罗地亚独立国时期 (1941–1945), 学校被称为克罗地亚大学(Hrvatsko sveučilište)。

  自1874年以来,萨格勒布大学共计培养超过20万名本科生,1万8千名硕士和8千名博士。
萨格勒布大学(, )是克罗地亚最大的大学,同时也是维也纳以南的中欧地区及东南欧持续办学时间最长的大学。该国的国家图书馆萨格勒布国家和大学图书馆同时也是该大学的中央图书馆。2011年,该校位列上海交通大学世界大学学术排名500强之列 。