Napisz kontynuację tego paragrafu - Po tym jak McKinley został zamordowany
We wrześniu 1901, Long zmienił zdanie i złożył rezygnację prezydentowi Rooseveltowi 1 maja 1902. Dokładne przyczyny tego nie są jasne, ale prawdopodobnie przyczyniło się do tego kilka czynników. Po pierwsze, Roosevelt miał bliskie relacje z politycznym rywalem Longa, Lodge'em, był znany z tego, że nie zgadzał się z Longem w sprawach marynarki wojennej i nie przyjmował jego obecności w Białym Domu. Po drugie, śledztwo w sprawie działań admirała Winfielda Scotta Schleya w trakcie lipcowej bitwy pod Santiago de Cuba w 1898 r. spowodowało znaczną ilość krytyki roli Longa w wojnie. Po trzecie, jedna z jego córek zmarła w październiku 1901, niecały miesiąc po zabójstwie McKinleya. Sprawy te doprowadziły Longa do depresji, a sytuacja pogorszyła się, gdy Roosevelt kłócił się z nim o początek wojny, a następnie uchylił niektóre z jego decyzji. Historyk Wendell Garrett zauważa, że Roosevelt osobiście interesował się Marynarką Wojenną i miał trudności z pracą z kolejnymi sekretarzami.