W lecie 1981 roku 28-letni Filipović dołączył do portugalskiej drużyny S.L. Benfica, gdzie w ciągu następnych trzech sezonów strzelił 28 bramek w 54 meczach ligowych. Zoran Filipović poprowadził także klub Benfica do finału Pucharu UEFA w 1983 roku.
W meczu z RSC Anderlecht, był najlepszym strzelcem w tym sezonie i strzelił niezapomniane bramki dla Portugalczyków w ćwierćfinale przeciwko AS Roma i w półfinale przeciwko Universitatea Craiova.