W 2006 roku Heidfeld zdobył kilka punktów dla swojej nowej drużyny. W Melbourne był drugi, aż do pojawienia się samochodu bezpieczeństwa. Ostatecznie zajął czwarte miejsce. W Indianapolis został wyeliminowany w spektakularnym wypadku na pierwszym okrążeniu, w którym wypadli także inni kierowcy: Scott Speed, Jenson Button, Kimi Räikkönen i Juan Pablo Montoya. Samochód Heidfelda wpadł w czterokrotny strzał, ale on i inni kierowcy uciekli bez szwanku. Grand Prix Węgier
Heidfeld dał BMW Sauber ich pierwsze miejsce na podium i najlepszy wynik roku, kiedy ukończył trzeci, mimo że był tylko dziesiąty na startówce.