W sierpniu 1945 r. japoński rząd zignorował żądania kapitulacji określone w Deklaracji Potsdamskiej. Z poparciem większości swoich doradców, Truman zatwierdził harmonogram wojskowych planów zrzucenia bomb atomowych na japońskie miasta Hiroszimę i Nagasaki. 6 sierpnia zbombardowano Hiroszimę, a trzy dni później Nagasaki, co spowodowało śmierć około 135.000 osób; w ciągu następnych pięciu lat kolejne 130.000 zmarło na chorobę promieniowania i inne choroby związane z bombami. Japonia zgodziła się na kapitulację.
10 sierpnia, pod jednym warunkiem, że cesarz Hirohito nie będzie zmuszony do abdykacji; po pewnych wewnętrznych debatach, administracja Trumana zaakceptowała te warunki kapitulacji.