Po przywróceniu do służby, Warmoth połączył się ze swoim pułkiem. Dowodził w bitwie pod Lookout Mountain.
Pod Chattanoogą, brał udział w kampanii Shermana w Atlancie, i wzmocnił generała Nathaniel'a Banks'a w Red Cedar. Później został mianowany sędzią w Departamencie Sądu Provost w Zatoce Perskiej.