W 1991 Barghouti był delegatem na konferencji w Madrycie.
, która miała na celu zakończenie konfliktu izraelsko-palestyńskiego i pierwszej intifady. W 1996 r. nieudany kandydat na stanowisko ustawodawcze w pierwszych wyborach do Autonomii Palestyńskiej. W 2002 roku Barghouti opuścił Palestyńską Partię Ludową. W czerwcu 2002 roku Barghouti, Haidar Abdel-Shafi, Ibrahim Dakkak i Edward Said założyli Palestyńską Inicjatywę Narodową ("al-Mubadara al-Wataniyya al-Filistiniyya"), próbując zbudować reformistyczną, inkluzywną alternatywę zarówno dla ustanowionej Organizacji Wyzwolenia Palestyny, jak i dla islamskich grup bojowych, takich jak Hamas. Obecnie Barghouti pełni funkcję sekretarza generalnego Inicjatywy.