Na początku II wojny światowej "Athos II" był jeszcze na trasie Dalekiego Wschodu, ale 1 lutego 1940 roku w Colombo, Celyon dołączył do konwoju australijsko-nowozelandzkiego, oznaczonego jako US1 ze względu na tajemnicę i transportował około 13 500 żołnierzy do Afryki Północnej, pod eskortą prowadzoną przez. Po przejściu przez Kanał Sueski i powrocie do Francji "Athos II" rozpoczął służbę w Marsylii, Egipcie i Syrii do 22 czerwca 1940 r.
Gdy statek został ułożony w Aleksandrii w Egipcie wraz z innymi francuskimi statkami przejętymi w Kanale Sueskim i wodach egipskich. Oprócz okrętów handlowych znajdowały się siły francuskiej marynarki wojennej, Force X, pod dowództwem admirała Rene-Emile Godfroy, które działały z brytyjską flotą z Aleksandrii. Po upadku Francji z kontrolowaną przez Niemców Francją Vichy kontrolującą francuskie porty, Francuzi stanęli przed opcją kontynuowania współpracy z aliantami pod dowództwem generała de Gaulle'a, zdemilitaryzowania lub zatopienia przez Brytyjczyków. Akcja brytyjska przeciwko francuskiej flocie w Oran zatrzymała demilitaryzację, ale po dalszych negocjacjach wznowiono ją, w wyniku czego wymagane było zmniejszenie siły ludzkiej francuskiej floty, około 4000 mężczyzn, do jednej trzeciej. Dwa tysiące francuskich marynarzy opuściło już Aleksandrię, kiedy "Athos II" został dopuszczony do wypłynięcia 13 lipca 1940 roku z 1000 pozostałymi członkami personelu Force X i niektórymi członkami załogi statku handlowego do Francji. We wrześniu 1940 r. przywiózł do kraju francuskie wojska z Syrii, a następnie stał się statkiem strażniczym w Algierze, aż do czasu przejęcia przez aliantów w listopadzie 1942 r. podczas operacji Torch.