Jako delegat junty, poprowadził nieszczęśliwą kampanię w Paragwaju. Jego wojska zostały pokonane przez Bernardo de Velasco w bitwach pod Campichuelo i
Paragwajski. Chociaż został pokonany, kampania zapoczątkowała łańcuch wydarzeń, które doprowadziły do niepodległości Paragwaju w maju 1811. Odszedł do okolic Rosario, aby umocnić ją przed ewentualnym atakiem rojalistów ze wschodniego pasma rzeki Urugwaj. Tam stworzył flagę Argentyny. Pierwszy triumwirat nie zatwierdził flagi, ale z powodu powolnej komunikacji Belgrano dowiedział się o tym dopiero wiele tygodni później, wzmacniając Armię Północy w Jujuy. Tam, wiedząc, że jest w strategicznej niekorzystnej sytuacji wobec armii rojalistów pochodzących z Górnego Peru, Belgrano rozkazał wygnanie Jujuy, które ewakuowało całą populację prowincji Jujuy do San Miguel de Tucumán. Jego kontrofensywa w bitwie pod Tucumán doprowadziła do kluczowego zwycięstwa strategicznego, a wkrótce po niej nastąpiło całkowite zwycięstwo nad rojalistyczną armią Pío Tristán w bitwie pod Salta. Jednak jego głębsze wtargnięcia do Górnego Peru doprowadziły do porażek w bitwie pod Vilcapugio i Ayohuma, co doprowadziło do tego, że Drugi triumwirat nakazał jego zastąpienie na stanowisku dowódcy Armii Północy przez nowo przybyłego José de San Martín. Do tego czasu Asamblea del Año XIII zatwierdziła użycie flagi Belgrano jako flagi wojennej.