Wkrótce po tym, kiedy Unia wezwała więcej ludzi, wrócił do armii Unii. Po utworzeniu i zorganizowaniu 7. Niezależnej Kompanii Strzeleckich z Ohio, Squire został mianowany kapitanem w 1862 roku. Służył w Siódmym Strzelcu Ohio aż do 1865 roku. Podczas wojny secesyjnej, Squire brał udział w bitwach pod Nashville, Chickamauga, Resaca
, i Missionary Ridge. Podczas ostatniej kampanii "Squire służył jako sędzia orędownik generalnych sądów wojennych. Później Squire został sędzią okręgu Tennessee, z siedzibą w Nashville. "Służył w sztabie generała Rousseau jako sędzia, a także pod generałem Thomasem podczas oblężenia i bitwy o Nashville". W 1865 r. został zwolniony ze służby w stopniu kapitana, a następnie został uznany za majora, podpułkownika i pułkownika.