W latach 1959-1962 Boelcke otrzymywał stypendium naukowe dla niemieckiej fundacji badawczej (Deutsche Forschungsgemeinschaft / DFG) z siedzibą w Bonn. W latach pięćdziesiątych granice polityczne i administracyjne między Berlinem Wschodnim i Zachodnim były stopniowo wzmacniane barierami fizycznymi, a mieszkańcom Berlina coraz trudniej było postrzegać swoje miasto jako jeden podmiot. Niemniej jednak, aż do nagłego powstania muru berlińskiego w sierpniu 1961 roku, Niemcy Wschodnie nie byli w stanie przekroczyć granicy do Berlina Zachodniego i stamtąd rozpocząć nową drogę do życia w Niemczech Zachodnich w dążeniu do większej wolności i dobrobytu. Między 1953 r.
W 1961 roku kilka milionów Niemców Wschodnich zrobiło dokładnie to, pozostawiając za sobą coraz większy niedobór siły roboczej. W pewnym momencie między 1959 a (prawdopodobnie) 1961 rokiem, Willi Alfred Boelcke został jednym z wewnętrznych emigrantów niemieckich. Źródła nie podają rozmiaru i czasu trwania przesłuchania. W 1967 r. uzyskał habilitację (wyższe wykształcenie uniwersyteckie) na Uniwersytecie w Stuttgarcie-Hohenheim. Jego tematem studiów tym razem była "Zmiany konstytucyjne i struktury gospodarcze" obejmujące okresy średniowieczne i nowoczesne, biorąc przykłady z tradycyjnie arystokratycznie rządzonych ziem środkowych Niemiec obejmujących około współczesnych terytoriów zidentyfikowanych w większości XX wieku jako Turyngia i Saksonia. W pozostałych przypadkach habilitacja otworzyła drogę do kariery na całe życie w sektorze uniwersytetów w Niemczech Zachodnich. W 1969 roku został profesorem historii ekonomicznej i społecznej na Uniwersytecie w Stuttgarcie-Hohenheim i pozostawał na tym stanowisku przez ponad ćwierć wieku, aż do 1994 roku.