W 1846 roku został przydzielony do USS "Mississippi", flagowego okrętu Eskadry Zachodnioindyjskiej pod dowództwem komodora Matthew C. Perry. Podczas wojny meksykańsko-amerykańskiej brał udział w wyprawach przeciwko Alvarado, Tampico, Pánuco i Laguna de Términos, wszystkie z sukcesem w zaostrzeniu amerykańskiej kontroli nad wybrzeżem meksykańskim i przerwaniu operacji handlowych i dostaw wojskowych na wybrzeżu. Statek powrócił do Norfolk na naprawy 1 stycznia 1847 roku, gdzie Anderson został awansowany na porucznika. Mississippi powrócił do walki, przybywając do Veracruz 21 marca 1847 roku, niosąc Perry'ego, aby przejął dowództwo nad amerykańską flotą. Od razu ona i jej ludzie wyruszyli w amfibie przeciwko Veracruz.
Zbiór uzbrojenia i jego załóg został wywieziony na brzeg do baterii, która walczyła z miastem aż do kapitulacji w ciągu czterech dni. Przez resztę wojny "Mississippi" przyczynił się z bronią, ludźmi i łodziami do serii nalotów na wschodnie wybrzeże Meksyku, biorąc udział w zdobyciu Tabasco w czerwcu 1847 roku.