Początkowo świątynia została założona jako centrum medytacji, po tym jak Maechi Chandra i właśnie wyświęcony mnich Luang Por Dhammajayo nie mogli już pomieścić rosnącej liczby uczestników działań w Wat Paknam Bhasicharoen. Centrum stało się oficjalną świątynią w 1977 roku. Świątynia rosła w sposób wykładniczy w latach osiemdziesiątych, kiedy programy świątyni stały się szeroko znane wśród miejskiej klasy średniej. Wat Phra Dhammakaya rozszerzył swój obszar i rozpoczęto budowę ogromnej "stupy" (pagody). W okresie azjatyckiego kryzysu finansowego w 1997 r. świątynia była przedmiotem szerokiej krytyki za metody zbierania funduszy i nauki, ponieważ Luang Por Dhammajayo został oskarżony o defraudację i usunięty z urzędu opata. W 2006 roku zarzuty zostały wycofane, a on został przywrócony jako opat. Świątynia rozwijała się dalej i stała się znana z wielu projektów w dziedzinie edukacji, promocji etyki i nauki. Świątynia stała się również częścią głównego nurtu Tajlandzkiej Sanghy (społeczności monastycznej). Podczas junty wojskowej w 2014 r.
, opat i świątynia zostały ponownie poddane kontroli, a Luang Por Dhammajayo został oskarżony o otrzymywanie skradzionych pieniędzy od zwolennika i pranie pieniędzy. Świątynia jest uważana za jedyną wpływową organizację w Tajlandii, która nie została jeszcze podporządkowana przez rządzącą juntę, która od czasu objęcia władzy zamknęła większość opozycji. Procesy sądowe przeciwko opatom i świątyni od lat 90. doprowadziły do wielu debat dotyczących procedur i roli państwa w stosunku do religii, debaty, która nasiliła się podczas zamknięcia świątyni przez juntę w 2017 r. Od 2017 roku miejsce pobytu Luang Por Dhammajayo było nadal nieznane, a w 2018 roku Phrakhru Sangharak Rangsarit został wyznaczony na oficjalnego opatę.