W 1940 roku, obawiając się zagrożenia ze strony Imperium Japońskiego podczas II wojny światowej, neutralne Stany Zjednoczone rozpoczęły wzmocnienie Dutch Harbor, co zaowocowało budową bazy operacyjnej marynarki wojennej Dutch Harbor i Fort Mears, która została w całości ukończona do września 1941 roku, trzy miesiące przed niespodziewanym atakiem na Pearl Harbor, który spowodował wejście USA do wojny. W dniu 3 czerwca 1942 roku miasto zostało zaatakowane przez japońskie siły powietrzne w bitwie pod Dutch Harbor
, część kampanii na Aleutach. Po ataku i japońskiej okupacji Kiska i Attu, prawie wszyscy rdzenni mieszkańcy wyspy Amaknak zostali ewakuowani. Wielu z nich zostało przetrzymywanych w nędznych warunkach w obozach na południowo-wschodniej Alasce przez cały czas trwania wojny; znaczna liczba internowanych zmarła podczas uwięzienia.