W późniejszych latach związki Saubera z Ferrari słabły. Połączyli się z zespołami nie należącymi do Ferrari w związku z planowanymi zmianami zasad na koniec sezonu 2004 i dołączyli do GPWC. Następnie zdecydowali się przejść na opony Michelin, podczas gdy Ferrari nadal używało opon Bridgestone. Tymczasem firma Red Bull opuściła Saubera w 2005 roku i założyła własny zespół, Red Bull Racing. Własność BMW rozpoczęła się od dnia 1 stycznia 2006 r., gdy BMW kupiło udział Credit Suisse w zespole. Ostatnim Grand Prix Saubera przed przejęciem przez BMW był Grand Prix Chin 2005
/Massa zajął szóste miejsce, /które zakończyło historię drużyny. Sauber zakończył swój niezależny bieg w F1 z sześcioma trzecimi miejscami i dwoma startami z pierwszego rzędu, co było ich najlepszymi wynikami. Wśród wybitnych kierowców Saubera byli Jean Alesi, Felipe Massa, Johnny Herbert i Jacques Villeneuve, mistrz świata 1997 roku. Dwóch byłych kierowców Saubera jeździło w nowym zespole BMW Sauber w 2006 roku: Nick Heidfeld, który był kierowcą Saubera od 2001 do 2003 roku, i Villeneuve, który jeździł dla zespołu w 2005 roku.