Lowry dowodził parowcem transportowym George'a Peabody'ego, lądującym podczas bitwy pod Hatteras.
W sierpniu 1861. Następnie dowodził łodzią działową od października 1861 do lutego 1862 roku, a w ramach eskadry blokady północnoatlantyckiej brał udział w operacjach u wybrzeży Karoliny Północnej, w listopadzie zatopił trzy okręty blokadowe przy wejściu do zatoki Ocracoke, a następnie w lutym 1862 roku zdobył fortyfikacje wroga na wyspie Roanoke, a następnie wziął udział w późniejszym zdobyciu Elizabeth City.