W czasie japońskiej okupacji Holenderskich Indii Wschodnich, w Medan odbył się rekrutacja oficerów Japońskiej Marynarki Wojennej. Nasution dołączył do programu rekrutacji i przeszedł szkolenie marynarki w Bandung i Kioto. W końcu otrzymał stopę porucznika i został sterowcą statku Haraokamaru w 1944 roku. Brał udział w wojnie na Pacyfiku i walczył przeciwko siłom amerykańskim w kampanii na Wyspach Salomona.
i w kampanii na Filipinach. Podczas bitwy morskiej na Filipinach, jego statek został uderzony i zapalił się. Nasution został ranny i prawie umarł.