Kiedy jednostka została wycofana ze służby, po upływie 90-dniowego terminu, Nugent przyjął stanowisko kapitana w regularnej armii. Został natychmiast przydzielony do 13 Pułku Piechoty, którego dowódca, pułkownik William Tecumseh Sherman, osobiście poprosił. Wziął urlop, by wrócić do Nowego Jorku i pomógł Thomasowi Franciskowi Meagher w organizowaniu Brygady Irlandzkiej. Nowo utworzony 69. pułk piechoty był pierwszą jednostką przypisaną do brygady irlandzkiej i, z Nugentem jako pułkownikiem, dowodził "Wojskowym 69." w bitwach pod Fair Oaks, Gaines Mill, Savage Station
, White Oak Swamp, Glendale i Malvern Hill.