AU próbowała pośredniczyć we wczesnych etapach wojny domowej w Libii w 2011 roku, tworząc komitet ad hoc złożony z pięciu prezydentów (prezydenta Konga Denis Sassou Nguesso, prezydenta Mali Amadou Toumani Touré, prezydenta Mauretanii Mohamed Ould Abdel Aziz, prezydenta Republiki Południowej Afryki Jacob Zuma i prezydenta Ugandy Yoweri Museveni) w celu zawarcia rozejmu. Jednakże, początek interwencji wojskowej prowadzonej przez NATO
w marcu 2011 r. uniemożliwiła Komisji wyjazd do Libii na spotkanie z libijskim przywódcą Muammarem Kaddafim. Jako całość, AU zdecydowanie sprzeciwiała się decyzji Rady Bezpieczeństwa ONZ o utworzeniu strefy zakazu lotów nad Libią, chociaż kilka państw członkowskich, takich jak Botswana, Gabon, Zambia i inne, wyraziło poparcie dla rezolucji.