Napisz kontynuację do tego akapitu - Została nazwana na cześć ciotki ze strony ojca swojej matki, cesarzowej Eleonory, która była również jej matką chrzestną. Małżeństwo rodziców Eleonory zostało zawarte w celu wzmocnienia roszczeń gałęzi Nevers z Domu Gonzaga do księstw Mantua i Montferrat, gdy główna linia wyginie. Książę Nevers, wasał Królestwa Francji, musiał stawić czoła opozycji Ferranta II Gonzagi, księcia Guastalli, który liczył na poparcie Świętego Cesarstwa Rzymskiego, Królestwa Hiszpanii i Księstwa Savoii, a tym samym rozpoczął wojnę o sukcesję mantwańską
, podczas której niemowlę Eleonora, wraz z rodzicami i starszym bratem Karolem opuszczają Mantuę, ale wracają rok później po podpisaniu Traktatu z Cherasco (19 czerwca 1631), na mocy którego uznano prawa księcia Karola z Nevers do księstwa Mantua (jako najbliższego męskiego krewnego wymarłej głównej linii rodu Gonzaga) i Montferrat (ze względu na małżeństwo jego spadkobiercy z Marią Gonzaga, ostatnim żyjącym potomkiem głównej linii Gonzaga i spadkobierczynią tego księstwa, które było udowodnione dziedziczeniem przez kobiety, ponieważ Gonzaga zdobyli je przez małżeństwo z Margherita Paleologa w 1540 r.); jednak miesiąc później (30 sierpnia 1631 r.) ojciec Eleonory zmarł na gruźlicę, a rozpoczęła się seria konfliktów politycznych między księciem Karolem i jej synową, która zakończyła się wygnaniem Margherity (maryi Marii Savoy) z Mantuy.