Kosztowne wojny z Wenecją i niszczycielski wpływ Czarnej Śmierci znacznie zmniejszyły siłę marynarki genueńskiej. Wzrost wielkości dużych państw narodowych osłabił również zdolność stosunkowo małego miasta-państwa do konkurowania militarnie. Genua (z poparciem Francji) rozpoczęła krucjatę
przeciwko Tunezji w 1390 roku, z zamiarem ochrony kolonii handlowych Genui przed muzułmańskimi piratami. Podczas wojny marynarka żeglugowa Genui dostarczała statków, podczas gdy francuscy rycerze oblegali twierdzę Mahdi. Wojna była sukcesem dla sił chrześcijańskich, ale również spowodowała, że Francuzi zyskali wpływy polityczne w Genui, która została zmuszona do ogłoszenia się francuskim pionie w 1396 roku. Marynarka żeglugowa Genui znalazła się pod kontrolą Francji, a 7 października 1403 roku została zdecydowanie pokonana przez Wenecję w bitwie pod Modon po tym, jak flota genuejska najechała na weneckie kolonie handlowe. Republika uzyskała niepodległość od Francji w 1409 roku, ale prestiż wojska został poważnie uszkodzony, a miasto pozostało pożądanym podbojem politycznym zarówno dla Francji, jak i Aragonii. W 1435 roku flota genuejska została wysłana na prośbę Mediolanu do miasta Gaeta, które było oblężone przez Aragonii. W tym czasie książę Mediolanu i król Aragonii walczyli o to, kto będzie rządził Królestwem Sycylii. Flota genuejska przybyła do Gaety i pokonała licznie przewyższającą ją flotę aragońską w bitwie pod Ponzą. Aragonski okręt flagowy został zmuszony do kapitulacji, a król Alfonso V został schwytany. Pomimo tej porażki, Aragonia zwyciężyła w konflikcie, a Sycylia znalazła się pod kontrolą Aragonii, utrudniając przejście przez Cieśninę Mesyńską i zakłócając działalność marynarki żeglugowej Genui.