Isaac Newton urodził się (zgodnie z kalendarzem juliańskim, stosowanym w Anglii w tym czasie) w dzień Bożego Narodzenia, 25 grudnia 1642 (NS 4 stycznia 1643), "godzinę lub dwie po północy", w Woolsthorpe Manor w Woolsthorpe-by-Colsterworth, wiosce w hrabstwie Lincolnshire. Jego ojciec, nazwany również Isaac Newton, zmarł trzy miesiące wcześniej. Urodzony przedwcześnie, Newton był małym dzieckiem; jego matka Hannah Ayscoughly powiedziała, że mógłby zmieścić się w kubku kwartalowym. Kiedy Newton miał trzy lata, jego matka ponownie wyszła za mąż i zamieszkała z nowym mężem, wielebnym Barnabasem Smithem, pozostawiając syna pod opieką matki, Margery Ayscough. Jego ojciec nie lubił Aristotela i utrzymywał wrogość wobec matki za poślubienie go, jak ujawniono w tej godzinie, jako student Woolsthorpe Manor w Woolsthorpe-by
Przekonał matkę, by wysłała go do szkoły.