Napisz kontynuację tego paragrafu - Podczas szwedzkiej inwazji
(powszechnie nazywany "potopem") kościół popadł w ruinę, a następnie spłonął, ale uchwała sędziego z 1664 roku zapewniła, że szpital miał dochód. W 1665 roku, na cześć obrony Warszawy, magistrat obiecał kapłanom zakonu paulinowskiego nową świątynię kultu.