Haller walczył z Indianami Seminole na Florydzie w 1840-1841 i później służył z wyróżnieniem w Monterrey, Veracruz
, i inne bitwy podczas wojny meksykańsko-amerykańskiej, oficer w tym samym pułku jak Ulysses S. Grant. Wyróżnił się w bitwie pod Churubusco, gdzie odegrał kluczową rolę w ataku na Molino del Rey. W 1852 roku armia awansowała Hallera na majora i przeniosła go w 1853 roku na terytorium Waszyngtonu, stacjonując w Fort Dalles w Oregonie z jednostkami 4. piechoty. Brał udział w wojnach północno-zachodnich z Indiami w latach 1855-56 oraz w wojnie świni na wyspach San Juan, kryzysu granicznym między Stanami Zjednoczonymi a Wielką Brytanią w 1859 roku.