Po zarażeniu się grypą, Hanyu wycofał się z
Japońskie Mistrzostwa Narodowe. Mimo to został wybrany do udziału w Mistrzostwach Czterech Kontynentów 2017 i Mistrzostwach Świata 2017. Na Mistrzostwach Czterech Kontynentów 2017 Hanyu zajął trzecie miejsce w krótkim programie z wynikiem 97,04 punktów, z powodu błędu w jego kombinacji. Podczas jazdy na łyżwach, pomimo silnego startu, ponownie popełnił błąd, co miało być czterokrotną-potrójną kombinacją. Następnie Hanyu improwizował swój układ w drugiej połowie programu, z powodzeniem zmieniając trzy z jego skoków na trudniejsze elementy, aby zmaksymalizować swój wynik po błędzie. Zajął pierwsze miejsce w zawodzie na łyżwach wolnych z wynikiem 206,67, ale ogólnie zajął drugie miejsce za Nathanem Chenem o około cztery punkty.