Pod przywództwem Benjamina Netanjahu pod koniec lat 90. Izrael wycofał się z Hebronu i podpisał Memorandum Wye River, dając większą kontrolę Palestyńskiej Autonomii Narodowej. Ehud Barak, wybrany na premiera w 1999 roku, rozpoczął nowe tysiąclecie wycofaniem sił z południowego Libanu i prowadzeniem negocjacji z przewodniczącym Autonomii Palestyńskiej Jaserem Arafatem i prezydentem Stanów Zjednoczonych Billem Clintonom na szczycie w Camp David w 2000 roku. Podczas szczytu Barak zaproponował plan ustanowienia państwa palestyńskiego. Proponowane państwo obejmowało całą Strefę Gazy i ponad 90% Zachodniego Brzegu z Jerozolimą jako wspólną stolicą. Każda ze stron obwiniała drugą za porażkę rozmów. Po kontrowersyjnej wizycie przywódcy Likudu, Ariela Szarona na Wzgórzu Świątynnym, rozpoczęła się Druga Intifada. Niektórzy komentatorzy twierdzą, że powstanie zostało zaplanowane przez Arafata z powodu załamania rozmów pokojowych. Sharon został premierem w wyborach specjalnych w 2001 roku. Podczas swojej kadencji, Sharon zrealizował swój plan jednostronnego wycofania się
Z Strefy Gazy i poprowadził budowę bariery na Zachodnim Brzegu, kończąc Intifadę. Do tego czasu zginęło 1100 Izraelczyków, głównie w zamachach samobójczych. Liczba palestyńskich ofiar śmiertelnych w latach 2000-2008 wyniosła 4791 zabitych przez izraelskie siły bezpieczeństwa, 44 zabitych przez izraelskich cywilów i 609 zabitych przez Palestyńczyków.