1 listopada 1864 roku José Luís został mianowany dowódcą 2. Dywizji w głównej armii brazylijskiej, która do tego czasu nazywała się "Armią Południa" i dowodzona była przez jego wuja, feldmarszałka João Propício Mena Barreto (później barona São Gabriel). Armia Południa zaatakowała Urugwaj 1 grudnia. José Luís brał udział w oblężeniu
z urugwajskiego miasta Paysandú, które upadło 2 stycznia 1865 roku. Wojsko brazylijskie i sprzymierzone siły Colorados obległy następnie urugwajską stolicę, Montevideo. Zanim można było rozpocząć atak na miasto, Blanco skapitulowali, kończąc konflikt.