Wraz z wybuchem wojny domowej, Brooks został mianowany generałem brygady ochotników we wrześniu 1861. Dowodził 2. brygadą, 2. dywizją IV Korpusu w kampanii półwyspowej oraz 2. brygadą, 2. dywizją VI Korpusu w bitwie o Siedem Dni, gdzie został ranny w bitwie pod Savage's Station.
- Co? Po odzyskaniu zdrowia, ponownie przejął dowodzenie brygadą w kampanii w Maryland i poprowadził swoich ludzi do Crampton's Gap, gdzie zdobyli konfederacką flagę bojową należącą do 16. oddziału piechoty Wirginii. W bitwie pod Antietam, brygada Brooksa była głównie w rezerwie, chociaż przez 48 godzin była pod ostrym ogniem zarówno artylerii, jak i snajperów.