W listopadzie 1988 roku Judit i jej siostry, wraz z Ildikó Mádl, reprezentowały Węgry w sekcji kobiecej 28. olimpiady szachowej
w Salonikach. Międzynarodowa Federacja Szachowa nie pozwoliła Polgarom grać przeciwko mężczyznom w zawodach zespołowych. Przed turniejem, Eduard Gufeld, radziecki GM i trener zespołu radzieckich kobiet, odrzucił Polgarów: "Wierzę, że te dziewczęta stracą dobrą część szybko zdobytego wizerunku na 28. olimpiadzie... Później dowiemy się, czy węgierskie siostry są geniuszami, czy tylko kobietami!" Jednakże drużyna kobieca Węgier wygrała mistrzostwo, co oznaczało, że po raz pierwszy nie wygrał go Związek Radziecki. Judit grała na stole 2 i zakończyła turniej z najwyższym wynikiem 121⁄2 <unk>1⁄2 i zdobyła indywidualny złoty medal. Zdobyła też nagrodę za świetność w meczu z Pawliną Angelovą.