Jako pałacowiec, arcyksiążę Aleksander Leopold początkowo kierował umiarkowanym rządem. Jednakże zmienił swoją politykę po konspiracji jakobinowskiej w 1794 roku, która pozostawiła go głęboko rozczarowanym. Celem spisku było uzyskanie przez Węgry niepodległości od monarchii habsburskiej, z Aleksanderem Leopoldem jako królem. Surowo karał buntowników i zastępował umiarkowanych dygnitarzy, stosując politykę represji. W tym samym roku, Tadeusz Kościuszko, chcąc zapewnić neutralność Austrii podczas powstania przeciwko Cesarskiej Rosji i Królestwu Prus
, zaoferował koronę Polski arcyksięciu Aleksandrowi Leopoldowi. Oferta została odrzucona.