W pierwszych dniach islamu, według źródeł islamskich, żydowskie plemię Arabii (patrz Banu Qurayza) zostało oskarżone o złamanie traktatu pokojowego z pierwszymi muzułmanami, w wyniku którego stracono ponad 700 Żydów. Wiele z ocalałych kobiet zostało następnie zabranych przez muzułmańskich żołnierzy; jedna z nich, Safiyya bint Huyayy, której mąż Kenana ibn al-Rabi również został zabity, została wzięta przez Mahometa za żonę. Były znane prześladowania Żydów, takie jak masakra w Fezu w 1033 r., masakra w Granadzie w 1066 r. i grabież Safed w 1834 r. Pod koniec XIX wieku ruch syjonistyczny dążył do przywrócenia żydowskiej ojczyzny w historycznym Izraelu, na terytorium historycznej Palestyny, znanej również jako Syjon, znany również jako Ziemia Święta. To spowodowało napięcia między palestyńskimi Żydami a palestyńskimi Arabami, co doprowadziło do wojny domowej, która rozpoczęła się w 1947 roku, a następnie do emigracji wielu palestyńskich Arabów i wielu Żydów z krajów muzułmańskich. W 1948 roku ogłoszono państwo Izrael, a wkrótce po ogłoszeniu niepodległości państwa arabskie wypowiedziały wojnę
W dniu, w którym zwyciężyli Izraelici. Po wojnie arabsko-izraelskiej w 1948 r. między państwami arabskimi a Izraelem toczyło się kolejne dwanaście wojen. Konflikt arabsko-izraelski poważnie osłabił stosunki islamsko-żydowskie.