Dwa utwory, które zostały włączone do oryginalnego albumu - tradycyjna piosenka ludowa Liverpoolu "Maggie Mae" i improwizowany utwór "Dig It" - zostały wycięte, ponieważ "były w porządku dla albumu ścieżki dźwiękowej [...], ale nie pasowały wygodnie do koncepcji albumu prosto", według remikser albumu Allan Rouse. "Don't Let Me Down" Lennona zostało dodane do kolejności, chociaż "Naked" zawiera kompozytywną edycję dwóch wersji z koncertu na dachu
, a nie B-side z singla "Get Back". "I've Got a Feeling" zostało również zaprezentowane w nowej kompozycyjnej edycji dwóch koncertów na dachu. Na "The Long and Winding Road", producenci "Naked" wykorzystali ostatni ujęcie, nagrane pięć dni po szorstkim przebiegu, który Spector wybrał na oryginalny album.