Po szkoleniach i ćwiczeniach u wybrzeży Kalifornii, "Muskogee", załogowany przez załogę Straży Przybrzeżnej Stanów Zjednoczonych, wyruszył z San Pedro w Kalifornii 18 czerwca 1944 r. do Nouméa w Nowej Kaledonii, gdzie przybył 18 lipca 1944 r. w celu patrolowania i eskorty z Nouméi, a po jej zdobyciu, z Zatoki Humboldta w Nowej Gwinei. Do października 1944 r. jej głównymi obowiązkami były patrolowanie przeciwpodwodne i śledzenie statków działających wokół Nowej Gwinei. W dniu 18 października 1944 r. rozpoczął przegląd drugiej grupy wsparcia zmierzającej do nowo zaatakowanych
Leyte na Filipinach, przybywając do zatoki San Pedro 24 października, aby prześledzić transporty i statki zaopatrzeniowe pod liczne japońskie ataki powietrzne, czekając na grupę pustych statków tankowych do lądowania, aby przygotować się do powrotu. Wraz z wycofaniem się konwoju 26 października 1944 r. japońskie samoloty ponownie zaatakowały okręt, a "Muskogee" przyłączył się do zestrzelenia kilku samolotów wroga. Drugi rejs eskortowy do Leyte na początku listopada 1944 roku był mniej pełen wydarzeń.