Na początku 1942 roku Imperium Japońskie zaatakowało Maluku w ramach kampanii holenderskich Indii Wschodnich podczas II wojny światowej, wypędzając Holendrów z regionu. Halmahera stała się siedzibą japońskiej bazy morskiej w Zatoce Kao. 2 lata później, siły amerykańskie i ich sojusznicy rozpoczęli bitwę pod Morotai.
bombardowanie wyspy w sierpniu i inwazja we wrześniu. Japońskie siły cesarskie utrzymały się na Morotai do 1945 roku, ale nie zdołały wypędzić alianckich najeźdźców. W drugiej połowie 1944 roku na Morotai wylądowało 61 tys. żołnierzy. Dwie trzecie z nich to inżynierowie, którzy szybko stworzyli obiekty, w tym porty i dwa pasy startowe oraz rozległe magazyny paliwa. Formalna kapitulacja II Armii Japońskiej miała miejsce w Morotai 9 września 1945 roku. Ostatni Japończyk z wojny, szeregowy Teruo Nakamura (Amis: Attun Palalin), został odkryty przez indonezyjskie siły powietrzne na Morotai i poddał się patrolowi poszukiwawczemu 18 grudnia 1974 roku.