Wybuchy wulkanów zmieniają klimat na całym świecie poprzez wprowadzanie popiołu i gazów do atmosfery, co zmniejsza ilość światła słonecznego docierającego do Ziemi, często powodując zimną pogodę i niewydolność upraw. Lato 1601 roku było jednym z najzimniejszych na półkuli północnej w ciągu ostatnich sześciu stuleci, a jego wpływ mógł być porównywalny do tego z 1815 roku Tambora, 1453 Kuwae, 1257 Samalas
i 536 erupcji Ilopango. Inne wulkany mogły wybuchnąć obok Huaynaputiny i również przyczyniły się do anomalii pogodowych; kilka dużych erupcji wulkanicznych miało miejsce w dziesięcioleciach poprzedzających i następujących po erupcji Huaynaputiny.