W 1938 r. francuski rząd mianował go gubernatorem Indji Francuskiej, kolonii wstrząśniętej niepokojami w fabrykach włókienniczych. W trakcie francuskiej wojskowej klęski podczas II wojny światowej, Bonvin telegrafował do rządu francuskiego (wtedy w Bordeaux) w dniu 20 czerwca 1940 r., deklarując wolę mieszkańców Indie francuskiej do kontynuowania wojny po stronie aliantów. Jednak po podpisaniu zawieszenia broni z 22 czerwca 1940 r.
, natychmiast uznał rząd marszałka Petaina. Wkrótce potem, pod naciskiem pułkownika Schomberga, brytyjskiego konsula w Pondicherry, który ostrzegł go, że brytyjska armia indyjska zajmie kolonię, jeśli nie zadeklaruje się na rzecz generała de Gaulle'a, zmienił swoją decyzję. W apele do narodu z 27 czerwca 1940 roku Bonvin ogłosił, że francuskie imperium kolonialne (a zatem francuskie zakłady w Indiach) "pozostanie po stronie Brytyjczyków aż do ostatecznego zwycięstwa". 12 lipca gubernator Bonvin, za pośrednictwem Brytyjczyków, zapewnił de Gaulle'a o współpracy Indji francuskiej.