Od lipca 1863 do stycznia 1864 r., kiedy odzyskiwał siły po ranie, służył w sztabie gubernatora Ohio Davida Tod'a i dowodził jednostkami milicji Ohio w odpowiedzi na nalot Morgana. Później dowodził 3. Brygadą 4. Dywizji XXIII Korpusu w Kentucky i Tennessee i uczestniczył w kampanii Shermana w Atlancie w bitwach pod Rocky Face Ridge i Resaca.
- Co? Runkle został honorowo odwołany 21 lipca 1864 r., a 29 sierpnia 1864 r. został mianowany podpułkownikiem w Korpusie Rezerwy Weteranów, gdzie dowodził 21. pułkiem aż do zakończenia wojny.