Rebić dołączył do Eintracht Frankfurtu na wypożyczenie na cały sezon w dniu 11 lipca 2016 r., połącząc się z byłym menedżerem drużyny narodowej Niko Kovačem. Po krótkiej walce z mononukleozą, Rebić zadebiutował 17 września przeciwko Bayer Leverkusen, wchodząc jako substytut i asystując Marco Fabián do zwycięskiego gola w zwycięstwie 2-1. 5 lutego 2017 r. strzelił swój pierwszy bramkę dla nowej drużyny, aby zakończyć zwycięstwo 2-0 nad drużyną Hessy SV Darmstadt 98 na Commerzbank Arena. 27 maja wyrównał w finale Pucharu DFB 2017
, chociaż Frankfurt przegrał 2 do 1 z Borusją Dortmund.