Na początku wojny domowej został mianowany kapitanem w dziesiątym oddziale piechoty Indiana i awansował na pułkownika w mniej niż miesiąc. Dowodził brygadą w Armii Ohio w bitwie pod Mill Springs w 1862 roku i został awansowany na generała brygady 24 marca 1862 roku, na podstawie swoich działań. Generał Manson został ranny w uda i schwytany przez siły Konfederacji w bitwie pod Richmond w Kentucky. Został wymieniony dwa miesiące później i walczył z Morganem podczas ataku na Ohio. W ciągu dwóch miesięcy Manson awansował z brygady na dywizję, a następnie na dowódcę XXIII Korpusu. Dowodził korpusem podczas kampanii Knoxville, widząc akcję na stacji Campbella i Knoxville. Generał Manson powrócił do dowództwa brygady w Armii Ohio podczas kampanii w Atlancie i został poważnie ranny w bitwie pod Resaca
Georgia.