Na Letnich Igrzyskach Olimpijskich w 2016 roku oczekiwania były wysokie, że doda tytuł olimpijski do złotego medalu na Mistrzostwach Świata w 2015 roku, podążając śladami Fanny Blankers-Koen, która zdominowała wydarzenia sprint na Letnich Igrzyskach Olimpijskich w 1948 roku, zdobywając cztery złoto. Jednak w biegu na 100 metrów zajęła piąte miejsce.
Zwyciężyła w finale i zdobyła srebrny medal na 200 metrów za Elaine Thompson, która stała się pierwszą kobietą od 28 lat, która ukończyła olimpijski sprint podwójny. Po porażce na 200 metrach Schippers przez jakiś czas pozostała opuszczona na poboczu toru, zdjęła kolce i z frustracji rzuciła je na bok. "Przyszedłem tu po złoto" - powiedziała dziennikarzom, pokazując na twarzy rozczarowanie. "Nie jestem zadowolony ze srebra". Holenderska drużyna sztafetowa została wyeliminowana w rozgrywkach z powodu nieudanej wymiany sztafetu pomiędzy Samuelem i Schippersem.