Na pokładzie "Missouri" admirał Halsey poprowadził Trzecią Flotę do Zatoki Tokijskiej 29 sierpnia 1945 roku. 2 września 1945 roku, dokumenty kapitulacji Imperium Japońskiego
"Zakończenie wojny" zostało podpisane na pokładzie "Missouri". Trzecia Flota pozostała w wodach japońskich aż do końca września 1945 roku, kiedy to jej okręty zostały skierowane na zachodnie wybrzeże Stanów Zjednoczonych. 7 października 1945 r. Trzecia Flota została uznana za flotę rezerwową i wycofana z aktywnego statusu.