Po 20 latach politycznego milczenia, 9 marca 2009 roku, Musawi ogłosił zamiar ubiegania się o udział w wyborach prezydenckich w Iranie.
- Co? Stwierdził, że jego głównymi celami są: instytucjonalizacja sprawiedliwości społecznej, równości i uczciwości, wolności wypowiedzi, wykorzenienie korupcji i przyspieszenie stagnacyjnego procesu prywatyzacji w Iranie, a tym samym odsunąć Iran od tego, co nazwał "gospodarką opartą na jałmużnie". Mousavi skrytykował ówczesnego konserwatywnego prezydenta, Mahmouda Ahmadineżada, za jego rzekome złe zarządzanie gospodarką, pytając, czy kiedy Iran "robił zyski z wysokich cen ropy, czy on (Ahmadinejad) przewidział sytuację, w której ceny spadną?" W dniu 16 marca 2009 r. były prezydent Iranu Khatami wycofał się z wyborów na poparcie Mir-Hossein Mousavi.