W 1805 roku został profesorem medycyny w Kiel (wtedy w Danii i w części księstwa Holstein) z tytułem radcy sprawiedliwości, a później radcy stanu. To były trudne lata dla Danii, która stanęła po stronie Francji w wojnach napoleońskich.
przeciwko Anglii (i jej sojusznikom), aby zachować jej morskie imperium. Pieniądze były problemem, a Wiedemann wykorzystał własne zasoby, aby założyć klinikę położniczą zaproponowaną jako jeden z jego obowiązków jako profesora.