W listopadzie 1576 roku Hiszpanie
Plądrowali i palili Antwerpię, co oznaczało koniec jej dominacji jako centrum handlowego i najbogatszego miasta w Europie, a Plantin musiał zapłacić niezwykle wysoki okup, aby chronić swoje drukarnie. Założył oddział swojej firmy w Paryżu. W 1583 roku holenderscy stany poszukiwały typografa do nowo powstałego uniwersytetu w Leiden. Plantin przeniósł się tam po tym, jak zostawił znacznie zmniejszony biznes w Antwerpii swoim zięcom Johnowi Moerentorfowi i Fransowi van Ravelingen (Raphelengius). Plantin zostawił swoje lejdńskie biuro Rafaelengiowi i powrócił do Antwerpii, po jej zdobyciu przez księcia Parmy w 1585 roku. Plantin pracował w Antwerpii aż do śmierci.