Wypełnij następujące zdanie: Hardee zrezygnował ze służby w armii amerykańskiej 31 stycznia 1861, po tym jak jego rodzimy stan Georgia odłączył się od Unii. 7 marca wstąpił do armii Konfederacji jako pułkownik i otrzymał dowództwo nad fortami Morgan i Gaines w Alabamie. Następnie został awansowany na generała brygady (17 czerwca) i generała majorza (7 października). 10 października 1862 roku został jednym z pierwszych generałów lejtnantów Konfederacji. Jego początkowym zadaniem jako generała było zorganizowanie brygady pułków Arkansas i zaimponował swoim ludziom i kolegom oficerom przez rozwiązywanie trudnych problemów z zaopatrzeniem i gruntowne szkolenie, które dał swojej brygadzie. Otrzymał przydomek "Stary Niezawodny" podczas pełnienia tej funkcji. Hardee działał w Arkansas, dopóki nie został wezwany do przyłączenia się do Armii Centralnego Kentucky generała Alberta Sidney Johnstona jako dowódca korpusu. Johnston wycofałby się z Kentucky i Tennessee, do Missisipi, przed rozpoczęciem niespodziewanego ataku na
Bitwa pod Shiloh wiosną 1862. Hardee został ranny w ramię 6 kwietnia 1862 roku, podczas pierwszego dnia bitwy. Johnston został zabity w Shiloh, a korpus Hardee'ego dołączył do armii generała Braxtona Bragg'a z Tennessee przed oblężeniem Koryntu w stanie Mississippi, dopóki dowódca departamentu P.G.T. Beauregard nie ewakuował miasta i nie wycofał się do Tupelo. Beauregard został zastąpiony przez Bragg'a, który następnie przeniósł swoją armię do Chattanoogi przed rozpoczęciem ofensywy Konfederacji w Kentucky. Kampania ta zakończyła się bitwą pod Perryville w październiku 1862 roku, gdzie Hardee dowodził lewym skrzydłem armii Bragg'a.