Reformacja protestancka i kontrreformacja rzymskokatolicka wywołały szereg prześladowań chrześcijan przez innych chrześcijan i europejskich wojen religijnych, w tym wojnę osiemdziesięcioletnią, francuskie wojny religijne, wojnę trzydziestoletnią, wojny trzech królestw, wojny sawojarskie-waldenskie i wojnę toggenburską
- Co? Na początku nowożytnego okresu miały miejsce fałszywe oskarżenia o czary i liczne procesy czarownic.