W tym czasie Sparta zbudowała flotę (z pomocą Persów), aby zakwestionować ateńską nadrzędność morską, i znalazła błyskotliwego przywódcę wojskowego w Lysandrze, który przejął inicjatywę strategiczną, zajmując Hellespont, źródło importu zboża Aten. Zagrożone głodem Ateny wysłały ostatnią z pozostałych flot do walki z Lisandrem, który ostatecznie pokonał ich w bitwie pod Aegospotami
(405 p.n.e.). Utrata floty groziła Atenom bankructwem. W 404 r. p.n.e. Ateny złożyły wniosek o pokój, a Sparta podyktowała im przewidywalnie surowe rozwiązanie: Ateny straciły swoje mury miejskie, flotę i wszystkie swoje zagraniczne posiadłości. Lizander zniósł ateńską demokrację i powołał na jej miejsce trzydziestoosobową radę, która miała rządzić Atenami.