Doświadczenie zdobyte w 1964 i 1965 roku pozwoliło 7-litrowemu Mk II zdominować następny rok. W lutym GT40 ponownie wygrał w Daytonie. To był pierwszy rok, w którym Daytona była prowadzona w 24-godzinnym formacie, a Mk II ukończył pierwszą, drugą i trzecią pozycję. W marcu 1966 roku, na 12 godzinach Sebring, GT40 ponownie zdobyły wszystkie trzy pierwsze miejsca, z X-1 Roadsterem na pierwszym miejscu, Mk II na drugim i Mk I na trzecim. W czerwcu, podczas 24-godzinnej wyścigu w Le Mans
, GT40 osiągnął kolejny wynik 1<unk>2<unk>3.