Halsey wysłał TG 38.1 na południe, by zaatakować japońskie lotniska w tym rejonie podczas
Inwazja na Morotai, która rozpoczęła się 15 września, ale przywołała ich z powrotem, aby dołączyć do większości TF 38 przed planowanym atakiem na Maniłę 21 września. Samoloty Hornet uczestniczyły w drugiej fali ataków na zatokę Manili i zatopiły starego niszczyciela. Amerykańscy piloci twierdzili, że zestrzelili 110 samolotów i zniszczyli 95 na ziemi, chociaż Pierwsza Flota Lotnicza w rzeczywistości straciła mniej niż dwa tuziny samolotów z różnych przyczyn. TF38 twierdził, że zatopił lub uszkodził siedem tankowców naftowych, ale japońskie zapisy pokazują, że dziewięć z nich zostało zatopionych lub zniszczonych. Zła pogoda spowodowała odwołanie większości planowanych na drugi dzień nalotów, ale Halsey postanowił zaatakować zatokę Coron na wyspach Calamian, często używaną przez japońskich naftowców, po drugiej stronie Filipin z TG 38.1 i 38.3. Grupa lotnicza Hornet przeprowadziła połączony atak powietrzny, który zatopił dwa tankowce, sześć frachtowców, kilka eskort i tender hydroplanów. Następnie TG 38.1 popłynął do portu Seeadler, aby uzupełnić i wymienić grupę lotniczą 2 na grupę lotniczą 11. 1 października Clark w końcu opuścił Hornet.