Wojna wybuchła we wrześniu 1939 roku, a Möller wstąpił do armii. Wznowił swoje obowiązki w Związku, choć wydaje się, że stowarzyszenie było dość nieaktywne do 1945 roku.
- Co? W tym roku Nirrnheim zmarł kilka dni po osiemdziesiątych urodzinach, a Möller wrócił z wojny do Hamburga, wznowił swoje obowiązki zarówno w Hamburskim Towarzystwie Historycznym, jak i jako starszy członek zespołu zarządzającego archiwum miejskim. W 1948 r. został mianowany dyrektorem (przewodniczącym) Przyjął urząd 1 stycznia 1948 r., ale na początku lutego 1948 r. został wysłany na urlop, narażony na możliwość zwolnienia.