Ten okres wolności i dobrobytu zakończył się w XVI wieku, kiedy hiszpański wicekról Philibert van Oranje częściowo zniszczył L'Aquila i ustanowił hiszpański feudalizm na wsi. Miasto, oddzielone od korzeni, nigdy się nie rozwinęło. Stare przywileje zostały cofnięte. L'Aquila ponownie zniszczyło trzęsienie ziemi
W 1703 roku. Kolejne trzęsienia ziemi wielokrotnie uszkadzały dużą katedrę miasta i zniszczyły oryginalną kopułę bazyliki San Bernardino, zaprojektowaną na wzór kopuły Santa Maria del Fiore we Florencji. W roku 1799 miasto zostało również dwukrotnie napadnięte przez francuskie wojska.