W czerwcu 1945 roku Jones został awansowany na zastępcę kapitana RNR i przydzielony do Komendy Południowo-Wschodniej Azji pod dowództwem admirała Mountbatten. Został mianowany dywizyjnym oficerem transportu morskiego w Holenderskich Indiach Wschodnich, z siedzibą na Jawie w Batawii. Wojna w Azji zakończyła się w sierpniu 1945 roku kapitulacją Japonii.
ale nadal musieli zajmować się transportem powrotnym żołnierzy i zaopatrzenia, a także wysyłką cywilnych i wojskowych jeńców wojennych z japońskich obozów.