W czasie amerykańskiej wojny secesyjnej został pułkownikiem w 18. oddziale piechoty wolontariackiej Wisconsin pod dowództwem pułkownika Jamesa S. Albana. 18 Wisconsin został zorganizowany w lutym 1862, udał się do Tennessee w marcu, i został wrzucony do bitwy pod Shiloh
Dzień po ich przyjeździe. Beall został ranny w bitwie i jego noga została amputowana poniżej kolana. Pułkownik Alban został zabity, wraz z trzecim dowódcą pułku, majorem Josiahem W. Crane. Po wyzdrowieniu Beall był zastępcą dowódcy obozu dla jeńców wojennych w Elmira w stanie Nowy Jork, gdzie więźniowie nazywali go "stara noga" i oskarżali go o ciągłe okrucieństwo i nadużycia.