Inne akty przemocy, które nie zawsze są popełniane przeciwko wyznawcom określonych religii, takie jak wojna, tortury i czystki etniczne, mogą przybierać cechy prześladowań religijnych, gdy jedna lub więcej stron, które w nich uczestniczą, charakteryzuje się ich religijną homogennością; przykład tego występuje, gdy konfliktowe populacje należące do różnych grup etnicznych należą również do różnych religii lub wyznań. Różnica między tożsamością religijną i etniczną może być czasami niejasna (patrz Etnoreligious); Niemniej jednak przypadki ludobójstwa w XX wieku nie mogą być w pełni wyjaśnione przez cytowanie różnic religijnych. Mimo to, przypadki takie jak ludobójstwo w Grecji
, ludobójstwo Ormian i ludobójstwo Asyryjczyków są czasami postrzegane jako przypadki prześladowań religijnych i w rezultacie granice między przemocą etniczną i religijną są czasami niewyraźne.