Po opuszczeniu prywatnej praktyki, Lynch pracował wyłącznie dla interesów kolejowych, w tym Connotton Valley Railroad i Pittsburgh, Akron & Western Railroad. Był także jednym z właścicieli kolejowej linii międzymiastowej Canton and Massilon Electric Railway. Po zabójstwie McKinleya
W 1901 roku Lynch był jednym z założycieli McKinley National Memorial Association, która była odpowiedzialna za budowę McKinley National Memorial. W latach 1903-1906 pełnił funkcję radnego miejskiego w Canton. Pracował jako adwokat aż do ostatniego dnia życia, 6 lutego 1907 roku, kiedy to zmarł w trakcie procesu w Lisbon w stanie Ohio.