Wypełnij następujące zdanie: Po zintegrowaniu floty Wirginii z marynarką Konfederacji, 10 czerwca Barron otrzymał mandat dowódcy i został mianowany szefem Biura Rozkazów i Szczegółów. Barron pozostanie na tym stanowisku do 20 lipca, kiedy to sekretarz marynarki wojennej Konfederacji Stephen R. Mallory zgodził się na prośbę Barrona o przydzielenie go na stanowisko dowódcy obrony przybrzeżnej Wirginii i Karoliny Północnej, ważnego portu dla korsarzy konfederackich z Pamlico Sound. Przybywając do swojej kwatery głównej w Fort Hatteras 28 sierpnia, Barron dowodził obroną fortów Hatteras i Clark przeciwko oficerowi Silas H. Stringham podczas wojny w Fort Hatteras.
Bitwa nad zatoką Hatteras 28-29 sierpnia. Barron został schwytany po kapitulacji dwóch twierdz. Odbyła się w Fort Columbus na Governors Island w Nowym Jorku, następnie w Ft. W następnym roku Barron został uwolniony w ramach wymiany więźniów.