Wypełnij następujące zdanie: 13 lipca 2011 roku ogłoszono, że Jonathan opuści Santos, aby trenować z Interem, do czasu sfinalizowania transferu. Dwa dni później, 15 lipca, oficjalnie został zawodnikiem Interu, podpisując czteroletni kontrakt. Jonathan zadebiutował w Interze 11 września 2011 roku w drugim tygodniu sezonu.
2011-12 Serie A, grając pełnych 90 minut w przegranej 4-3 na wyjeździe z Palermo. Trzy dni później Jonathan zadebiutował w Lidze Mistrzów, grając w całym meczu w pierwszym dniu meczu przeciwko tureckiej drużynie Trabzonspor w przegranej o 0:01 na San Siro.