Wkrótce po tym, Caodaism zaczął przyciągać uwagę różnych aktorów politycznych ze względu na swoje idee powstańcze, które ostatecznie widziały niektóre z jego frakcji uczestniczących w zbrojnym powstaniu przeciwko Francuzom, Japończykom i komunistom aż do lat pięćdziesiątych. W rezultacie religia została zdemilitaryzowana, jej przywódcy uwięzieni, a wyznawcy uciszani przez różne reżimy polityczne, co przyczyniło się do upadku jej wpływu w społeczeństwie. Kiedy komunistyczne siły przejęły całkowitą kontrolę po upadku Saigonu
W 1975 r. pogłębiły się prześladowania religijne wobec kaodaistów, a religia została oficjalnie zakazana. Ponieważ główna Stolica Święta w Tây Ninh i inne miejsca były głęboko militarizowane, a ich zewnętrzne praktyki religijne zabronione, prawie wydaje się, że religia zniknie bez kolejnych pokoleń przywódców, którzy ją poprowadzą. Wielu jej zwolenników poszło do podziemia, aby przetrwać, podczas gdy inni poszukiwali schronienia za granicą przed prześladowaniami religijnymi, tworząc społeczności diaspory w krajach na całym świecie. Po okresie reform gospodarczych w latach 90. kaodaizm był w stanie wskrzesić swoją obecność publiczną poprzez ponowne otwarcie swoich świątyń, ponieważ obecność religijna odzyskała legitymację państwa. Jednakże kontrowersyjna praktyka seansów pozostaje zakazana do dziś.