W pozostałej części wojny, dywizja znalazłaby się
walcząc na Morotai. W kwietniu 1945 roku dywizja prowadziła intensywne patrole w celu zniszczenia pozostałych sił japońskich na wyspie. W tym czasie większość Japończyków na Morotai znajdowała się wzdłuż zachodniego wybrzeża wyspy i generalnie pozostawała blisko rodzimych ogrodów. 93. Dywizja wylądowała z patrolami wzdłuż zachodniego i północnego wybrzeża Morotai od końca kwietnia, a te walczyły w rozproszonych potyczkach z małymi siłami japońskimi. Jednym z głównych celów dywizji było schwytanie pułkownika Ouchi, dowódcy 211. pułku, 32. dywizji, co zostało osiągnięte przez patrol z 25. pułku piechoty 2 sierpnia 1945 r. Ouchi był najwyższym oficerem japońskim, który został schwytany przed końcem wojny.