Kiedy wieści o wojnie domowej dotarły do Minnesoty, Bloomer i jego kuzyni dołączyli do Stillwater Guards, lokalnej grupy milicji. Strażnicy zostali zebrani do Pierwszego Regimentu Ochotniczej Piechoty Minnesoty w Fort Snelling 29 kwietnia 1861 roku, tworząc rdzeń Kompanii B. Bloomer otrzymał początkowo stopień kapral i uczestniczył we wszystkich głównych starciach regimentu aż do bitwy pod Antietam. Został lekko ranny w głowę w bitwie pod Bull Run. Podczas bitwy pod Stacją Savage'a
29 czerwca 1862 roku, w trakcie kampanii na Półwyspie, Bloomer awansował na sierżanta. W środku walki, jego sztandarmen został zabity. Bloomer wziął kolory i został oddzielony od regimentu na pięć godzin. Wrócił do pułku i został awansowany za odwagę.