Konwent Matki Bożej, czyli królewski klasztor Enxobregas, został założony w 1509 roku z inicjatywy królowej D. Leonor, żony D. João II. W budynku dokonano kilku reform i renowacji za panowania D. Joana III, D. Piotra II, D. Joana V. Świątynia została częściowo zniszczona przez trzęsienie ziemi w 1755 roku.
- Co? Kościół został zamknięty dla kultu w 1868 roku z zamiarem przekształcenia świątyni w muzeum. Dopiero w latach 1957-1958 rozpoczęto prace nad realizacją tego projektu z okazji 500-lecia urodzin królowej Leonory. Muzeum zostało założone w 1965 roku, a pierwszym dyrektorem został Santos Simões.