W czasie inwazji na Polskę w stopniu kapitana brał udział w
Bitwa pod Modlinem. Zorganizował w Pomorzach rozdział Służby Zwycięstwu Polskiego (później przekształconego w Związek Walki Zbrojnej, a następnie w Armia Krajowa). Odgrywał kluczową rolę w koordynacji działań różnych polskich organizacji oporu w regionie Pomorza, dopóki większość z nich nie połączyła się z Armia Krajowa. Po śmierci Józefa Ratajczaka w maju 1940 roku był nieoficjalnym dowódcą polskiego oporu w Pomorzach. Od 1943 r. dowódca sztabu Komendy Okręgu Armii Krajowej Pomorze pod dowództwem Komendanta Okręgu Jana Pałubickiego (imię kodowe "Janusz"). W tym czasie mieszkał głównie w Toruniu, choć co kilka miesięcy podróżował do Warszawy na spotkania z dowódcami AK (Stefanem Roweckim i Tadeuszem Komorowskim).