W 1971 roku, próbując zapobiec ewentualnej konfrontacji między wojskiem a ludem wschodniego Pakistanu, 23 marca 1971 roku, Khan, wraz z innymi pakistańskimi politykami, spotkali się wspólnie z szejkem Mujibur Rahmanem. Zaoferowali Mujeebowi wsparcie w tworzeniu rządu, ale było już za późno, aby przełamać impas, ponieważ Yahya Khan już zdecydował o pełnowymiarowych działaniach wojskowych. Rosnąca wrażliwość Pakistanu i powszechne oburzenie międzynarodowe wobec wojskowych represji ostatecznie stworzyły sytuację, która doprowadziła do wojny.
między Pakistanem a Indiami. Wojna ta okazała się katastrofalna i zakończyła się klęską pakistańskich sił zbrojnych w Pakistanie Wschodnim i utworzeniem nowego państwa Bangladeszu. Wstrząśnięty porażką, Yahya Khan zrezygnował z urzędu i wojska. Pod rządami generała Gul Hassan Khan, Zulfikar Ali Bhutto został przywieziony z Ameryki i mianowany prezydentem.