Po powrocie na Guam, 3. batalion rozpoczął szkolenia do lądowania na Miyako Jima, wyspie na południe od Okinawy. Nakazy te zostały ostatecznie anulowane, ale batalion nadal uczestniczył w niewielkich walkach w 1945 roku, biorąc udział w dwóch operacjach na Guam, mających na celu schwytanie japońskich żołnierzy nadal trzymających się w górach. Przeprowadzono je w kwietniu i grudniu 1945 roku. 3 Batalion rozpoczął również przygotowania do operacji Olympic, gdzie jako część V Korpusu Amfibijnego, miałby wylądować w Kushikino, Kagoshima, na Kyūshū. Po zrzuceniu bomb atomowych w sierpniu 1945 roku i kapitulacji Japonii
W listopadzie 1945 roku 3 batalion został oddzielony od 3 Dywizji Piechoty Morskiej i dezaktywowany następnego miesiąca, 20 grudnia 1945 roku. Wkrótce przed jego wyłączeniem, 3. batalion doznał wątpliwego zaszczytu śmierci ostatniego Amerykanina w II wojnie światowej, kiedy to W.C. Patrick Bates z kompanii Kilo został zastrzelony przez japońskiego snajpera 14 grudnia podczas operacji na Guam (trzy miesiące po formalnym zakończeniu działań wojennych).