W czerwcu 1945 roku Jones został awansowany na zastępcę kapitana RNR i przydzielony do dowództwa w Azji Południowo-Wschodniej pod dowództwem admirała Mountbatten. Został mianowany dywizyjnym oficerem transportu morskiego w Holenderskich Indiach Wschodnich, z siedzibą na Jawie w Batawii. Wojna w Azji zakończyła się w sierpniu 1945 roku.
Japońska kapitulacja, ale nadal musieli zajmować się transportem powrotnym żołnierzy i zaopatrzenia, a także wysyłką cywilnych i wojskowych jeńców wojennych z japońskich obozów.