Na wybuchu wojny domowej dowodził 18. pułkiem piechoty Luizjany, gdzie okazał się surowym dyscyplinarnym, który był również przyjazny i towarzyski dla szeregowych. Zraniony w Szilo
, został dowódcą brygady pod dowództwem generała Richarda Taylora, z którym z powodzeniem przeszkodził wysiłkom Unii w zabezpieczeniu regionu Bayou Teche w południowej Luizjanie. W kampanii pod Red River Mouton zginął w bitwie pod Mansfield, prowadząc swoich ludzi w ataku kawalerii.