Wypełnij następujące zdanie: Cooper został ponownie mianowany podpułkownikiem 4. kawalerii Kentucky 26 marca 1863 i został jej pułkownikiem w kwietniu; po rezygnacji pułkownika Baylesa. 4 czerwca 1863 roku Cooper został ranny, gdy koń spadł na niego w Franklin w stanie Tennessee. Dowodził pułkiem w bitwie pod Chickamauga we wrześniu 1864 roku. Cooper powrócił do Lexington, Kentucky w 1864 roku na urlop chorobowy. Potem Cooper poprowadził lokalne siły przeciwko najeźdźcom Johna Hunta Morgana. Odrzucił żądania Morgana o kapitulację Lexington 9 czerwca 1864 roku i odparł swoje oddziały. W kwietniu 1865 r. dowodził posterunkiem w Montgomery w Alabamie, a w maju i lipcu 1865 r. posterunkiem w Albany w Georgii. 21 sierpnia 1865 roku został honorowo odwołany do służby w Macon w stanie Georgia. Otrzymał odznaczenia bojowe za służbę w Shiloh, Koryncie, Richmond, Chickamauga, najazd Morgana na Kentucky, bitwę pod Resaca i najazd Wilsona na Montgomery. 2 marca 1867 r. otrzymał tytuł podpułkownika i pułkownika w Armii Regularnej za odważne i zasłużone służby w
W bitwie pod Resaca w Georgii i podczas zajęcia Montgomery w Alabamie.