Naprzód japoński na Pacyfiku został zatrzymany na początku 1943 roku przez australijskie wojska w Nowej Gwinei i wojska amerykańskie na Guadalcanalu, po czym alianci przejęli ofensywę, przechodząc przez Nową Gwineę i Wyspy Salomona w kierunku Filipin. W 1944 roku alianci zaczęli planować odzyskanie Borneo. Za planowanie operacji odpowiadała Kwatera Generalna Południowo-Zachodniego Obszaru Pacyfiku gen. Douglasa MacArthura, ale ze względu na zaangażowanie sił amerykańskich w odzyskanie Filipin, zadanie odzyskania Borneo zostało przydzielone przede wszystkim australijskim siłom lądowym. Operacje aliantów na Borneo obejmowały lądowania w Tarakan, Labuan
, i Balikpapan. Początkowo MacArthur zamierzał wykorzystać Borneo jako punkt wyjścia do odzyskania Jawy, ale operacja ta została później odwołana, a odpowiedzialność za Holenderskie Indie Wschodnie została przekazana dowództwu południowo-wschodniej Azji pod kierownictwem Brytyjczyków. W fazie planowania dowódca australijskich sił zbrojnych, generał Thomas Blamey, zalecił nie lądowanie w Balikpapan, uważając, że nie służy to żadnemu celowi strategicznemu. Po długich rozważaniach, rząd australijski zgodził się dostarczyć siły do tej operacji. Połączone Szefów Sztabów USA również miały obawy dotyczące strategicznej konieczności operacji, ale według historyka Garth Prattena, MacArthur zmanipulował zarówno rząd australijski, jak i połączone sztaby do zatwierdzenia zajęcia Balikpapan. Według historyka Chrisa Coultharda-Clarka celem operacji było "zabezpieczenie portu i pól naftowych w okolicy oraz ustanowienie bazy, z której można było rozpocząć" przyszłe operacje. Dodatkowo, kontrola rządowa nad Holenderskimi Indiami Wschodnimi zostanie przywrócona.