W 1938 r. francuski rząd mianował go gubernatorem Indji Francuskiej, kolonii wstrząśniętej zamieszkami w fabrykach tekstylnych. W trakcie francuskiej wojskowej klęski podczas II wojny światowej, Bonvin telegrafował do rządu francuskiego (wtedy w Bordeaux) w dniu 20 czerwca 1940 r., deklarując wolę mieszkańców Indie francuskiej do kontynuowania wojny po stronie aliantów. Jednakże, po podpisaniu
Po zawieszeniu broni 22 czerwca 1940 r. natychmiast uznał rząd marszałka Pétain'a. Wkrótce potem, pod naciskiem pułkownika Schomberga, brytyjskiego konsula w Pondicherry, który ostrzegł go, że brytyjska armia indyjska zajmie kolonię, jeśli nie zadeklaruje się na rzecz generała de Gaulle'a, zmienił swoją decyzję. W apele do narodu z 27 czerwca 1940 roku Bonvin ogłosił, że francuskie imperium kolonialne (a zatem francuskie zakłady w Indiach) "pozostanie po stronie Brytyjczyków aż do ostatecznego zwycięstwa". 12 lipca gubernator Bonvin, za pośrednictwem Brytyjczyków, zapewnił de Gaulle'a o współpracy Indji francuskiej.