Li Zongren urodził się w Xixiang Village (西鄉村), niedaleko Guilin w prowincji Guangxi, jako drugi najstarszy w rodzinie Han z pięciu chłopców i trzech dziewczynek. Jego ojciec, Li Peiying (李培英), był wiejskim nauczycielem. Po niepełnym wykształceniu Li zapisał się do prowincjonalnej szkoły wojskowej. Dołączył do Tongmenghui, rewolucyjnej partii Sun Yat-sena, w 1910 roku, ale w tym czasie niewiele rozumiał szerszych celów Sun w zakresie reform i narodowego zjednoczenia. Rodzimy prowincja Li Guangxi był również dom prowincji Taiping
Generał Li Xiucheng, z którym rodzina Li twierdziła, że jest spokrewniona.