W amerykańskiej wojnie secesyjnej Geddes służył w armii Unii, jako szeregowy w 8. Piechoty Iowa. Został awansowany na kapitana, a następnie na podpułkownika, a po lutym 1862 r. na pułkownika ochotników. Brał udział w walce w
Shiloh, gdzie został ranny i schwytany. Przez pewien czas był więziony w Madison w stanie Georgia oraz w więzieniu Libby w Richmond w stanie Wirginia. Po wymianie walczył pod Vicksburg i Jackson. W październiku 1863 r. otrzymał dowództwo nad brygadą i został wysłany do Brownsville w Teksasie. Następnie pełnił funkcję prefekta marszałka federalnie okupowanego Memphis w stanie Tennessee, który uratował przed zajęciem przez konwój konfederacji pod dowództwem Nathana Bedforda Forresta. Dowodził brygadą w kampanii mobilnej i walczył z wyróżnieniem w bitwie pod Fortem Hiszpańskim. 13 stycznia 1866 roku prezydent Andrew Johnson nominował Geddesa do stopnia brygady generała ochotników od 5 czerwca 1865 roku, a Senat Stanów Zjednoczonych potwierdził mianowanie 12 marca 1866 roku.