Napisz kontynuację tego paragrafu - Bourdais testował znacząco dla zespołu Toro Rosso podczas zimy, chociaż był niepewny o jazdy w kierunku nowego roku. 6 lutego 2009 roku został potwierdzony jako kierowca Toro Rosso na drugi rok, partnerem szwajcarskiego nowicjusza Sébastiena Buemi. Pomimo dwóch punktów w roku w Grand Prix Australii i Monako, Bourdais walczył, aby dorównać jego mniej doświadczonego kolegę z drużyny. Hiszpania
Bourdais uderzył w samochód Buemi, gdy pole próbowało uniknąć skręconego Jarno Trulli na pierwszym okrążeniu, kończąc wyścig dla obu kierowców. Na Grand Prix Wielkiej Brytanii Bourdais zderzył się z kierowcą McLarena Heikkiem Kovalainenem, ponownie kończąc wyścig dla obu. Na Grand Prix Niemiec doznał awarii mechanicznej po kwalifikacji ostatni o ponad sekundę.