Dołączył do sudanowskich sił powietrznych w 1973 roku. Hussein ukończył prestiżowy uniwersytet Cranfield w Wielkiej Brytanii, uzyskując tytuł magistra inżynierii lotniczej w 1982 roku. Odgrywał główną rolę w sudanowskim zamachu stanu w 1989 roku.
, a następnie w 1990 r. został sekretarzem generalnym Rady Rewolucyjnego Dowództwa ds. Zbawienia Narodowego; rządzącej władzy w Sudanie w latach 1989-1993.