Po Fort Donelson 41 Illinois został przydzielony do 1 Brygady w 4 Dywizji Stephena A. Hurlbuta z Armii Tennessee. Krótko po rozpoczęciu walk w bitwie pod Shiloh
, dowódca 1 Brygady pułkownik Nelson G. Williams został ciężko ranny i dowództwo brygady zostało przekazane Pugh. Pułkownik Pugh umiejętnie poprowadził brygadę przez dwa dni walki pod Shiloh w pobliżu "Krwawego Stawu".