Clinton odegrała kluczową rolę w przekonaniu Obamy do
interweniować militarnie w Libii podczas libijskiej wojny domowej i uznał za warto interweniować ze względu na obawy przed kolejnymi okrucieństwami dyktatora Muammara Kaddafiego; wezwania do działania ze strony Wielkiej Brytanii, Francji i Ligi Arabskiej; i przekonanie, że libijska opozycja może rządzić po interwencji. Po zakończeniu libijskiej wojny domowej i upadku Kaddafiego w Libii nadal panowała przemoc między frakcjami, aż do wybuchu nowej wojny domowej w 2014 r. Grupy terrorystyczne znalazły schronienie w Libii, a duża liczba uchodźców uciekła do sąsiednich krajów i przez Morze Śródziemne. Zapytana o obronę swoich osiągnięć w Libii, Clinton nazwała to "klasycznym przypadkiem trudnego wyboru" i stwierdziła, że obalenie Kaddafiego reprezentuje "inteligentną władzę w najlepszym wydaniu". Kiedy powiedziano o wiadomościach o śmierci Kaddafiego przez asystenta między oficjalnymi wywiadami, Clinton śmiała się i odpowiedziała: "Przyjechaliśmy, zobaczyliśmy, umarł".