Jodl został wybrany przez Hitlera na szefa sztabu operacyjnego nowo utworzonego Oberkommando der Wehrmacht (OKW) 23 sierpnia 1939 roku, tuż przed niemiecką inwazją na Polskę. Jodl pełnił funkcję szefa sztabu podczas inwazji na Danię
i Norwegii. Po upadku Francji Jodl był optymistą co do sukcesu Niemiec nad Wielką Brytanią, pisząc 30 czerwca 1940 roku, że "Ostateczne zwycięstwo Niemiec nad Anglią jest teraz tylko kwestią czasu".