W czasie II wojny światowej obszar ten był silnie zaangażowany w rozwój i produkcję rakiet V-1 i V-2, aż do przeniesienia produkcji do Nordhausenu. Doce wsi były wykorzystywane przez statki, które odzyskały wrak V-2 z próbnych wystrzałów nad Morzem Bałtyckim. Niemieccy naukowcy, tacy jak Wernher von Braun, którzy pracowali w obiekcie V-2, byli znani jako "Peenemünders". Grupa oporu wokół księdza Heinricha Maiera przekazała plany rakiet V-1, V-2 i stacji badawczej Peenemünde aliantom. Grupa oporu, odkryta później przez Gestapo, była w kontakcie z Allenem Dullesem, szefem amerykańskiej służby tajnej OSS w Szwajcarii. Sojusznicze bombowce były w stanie przeprowadzić precyzyjne ataki powietrzne z szkicami obiektów produkcyjnych. Informacje były ważne dla operacji Crossbow i Hydra.
Obie misje są przygotowane do operacji Overlord. Podczas operacji Hydra obiekt badawczy został poważnie dotknięty atakiem dowództwa bombowego RAF na Peenemünde w nocy z 17 na 18 sierpnia 1943 r. Atak przeprowadził łącznie 596 bombowców (324 Avro Lancaster, 218 Handley Page Halifax, 54 Short Stirling). Pojawiły się rozległe zniszczenia, a wystrzelenie prototypu rakiety V-2 zostało opóźnione o około dwa miesiące. Zginęło 123 osób, w tym naukowiec Walter Thiel. Wernher von Braun zdołał się uratować w bunkrze.