W 1861 roku Irwin zgłosił się do służby na pokładzie fregaty śrubowej. W kwietniu 1861 roku wybuchła amerykańska wojna domowa, a Irwin był świadkiem wielu działań przeciwko siłom Konfederacji na pokładzie "Wabash". Podczas trasy Irwina, "Wabash" wziął udział w
zdobycie Fortów Hatteras i Clark w Hatteras Inlet w Północnej Karolinie w dniu 29 sierpnia 1861 r., zanim stał się flagowym okrętem Eskadry Blokadającej Południowy Atlantyk, jednej z eskadr zaangażowanych w unijną blokadę portów Konfederacji. Następnie "Wabash" wziął udział w zdobyciu Fort Walker, Fort Beauregard i Port Royal Sound w Karolinie Południowej w bitwie pod Port Royal 7 listopada 1861 roku. Później dowodził haubicami "Wabash" umieszczonymi na brzegu podczas bitwy pod Port Royal Ferry w Karolinie Południowej 1 stycznia 1862 roku i był na pokładzie "Wabash" podczas bitwy pod Fortem Pulaski na wyspie Cockspur w Georgii 10-11 kwietnia 1862 roku. Został awansowany na porucznika 16 lipca 1862 roku.