Napisz kontynuację tego paragrafu - Hamšík rozpoczął w 2012 Supercoppa Italiana
, która odbyła się w Pekinie 11 sierpnia; jednak Napoli przegrało z Juventusem 4 do 2 w czasie dodatkowym. Później tego samego miesiąca, w pierwszym meczu sezonu 2012/13 w Serie A, Hamšík strzelił pierwszy bramkę klubu i asystał na uderzenie Christiana Maggia w ostatecznej porażce Palermo o 3:0. W meczu klubu z Chievo 28 października 2012 roku brakowało Edinsona Cavani'ego, Hamšík połączył się na krzyżu Juana Camilo Zúñigy, aby dać Napoli zwycięstwo o 1:0. 6 stycznia 2013 roku zagrał swój 200. mecz w serii A, wygrywając z "Romą" 4-1. W przedostatnim meczu sezonu Serie A, Hamšík odebrał przepustkę od Gorana Pandeva i odbił piłkę do domu w 93. minucie, ratując zwycięstwo 2 do 1 nad Sieną, potwierdzając miejsce klubu w fazie grupowej Ligi Mistrzów, a jednocześnie skazując Sienę na zejście. Słowak wystąpił w każdym meczu Serie A dla Napoli w sezonie 2012/13, dostarczając 11 bramek i 14 asyst, gdy "Partenopei" zajął drugie miejsce za mistrzem Juventusem, sezon, który okazał się ostatnim dla menedżera Waltera Mazzarriego w klubie, gdyż później tego lata został trenerem Internazionale.