Wstąpił do armii Unii w maju 1861 roku, otrzymał mandat oficera w 9. New York Volunteer Infantry Regiment, popularnie znany jako "Hawkins' Zouaves", a później IX Korpus Armii, gdzie służył pod dowództwem generała Benjamina Butlera w bitwie pod Big Bethel i
Ekspedycja w zatoce Hatteras. W 1862 roku towarzyszył Armii Potomacu w wyprawie generała Ambrose'a Burnside'a do Roanoke i wziął udział w bitwach pod Hatteras Inlet, wyspą Roanoke, South Mountain, Antietam i Fredericksburg. Dwukrotnie ranny podczas kampanii, Jardine został awansowany do stopnia majora za "odważne zachowanie" i krótko dowodził 89 Pułkiem Piechoty Nowego Jorku.