Pettus i jego dowódcy brali udział w kampanii w Atlancie w 1864 roku, walcząc w bitwie pod Kennesaw Mountain 27 czerwca,
Atlanta 22 lipca, Jonesborough od 31 sierpnia do 1 września. Począwszy od 17 grudnia tymczasowo dowodził dywizją w Armii Tennessee. Podczas kampanii w Karolinach w 1865 roku Pettus został wysłany do obrony Columbia w Południowej Karolinie i walczył w Bentonville od marca 19 do 21 roku. Pettus został ranny w tej walce, trafiony w prawą nogę w pierwszym dniu bitwy. 2 maja został zwolniony warunkowo z Salisbury w Północnej Karolinie, a cztery miesiące po kapitulacji Konfederacji, 20 października Pettus został ułaskawiony przez prezydenta Stanów Zjednoczonych Andrew Johnsona.