Japończycy wkroczyli do wojny w grudniu 1941 roku, a gdy ruszyli na południe w kierunku Papui, 49 oddział znalazł się pod atakiem powietrznym. W całej
Podczas kampanii Kokoda Track, podjęto próbę przeniesienia elementów batalionu do Kokoda, aby wesprzeć 39 Batalion podczas bitwy pod Kokoda, ale okazało się to nieudane. Później żołnierze z 49 Batalion dołączyli do Honner Force, jednostki ad hoc, której zadaniem było prowadzenie patroli dalekiego zasięgu wzdłuż rzeki Goldie, aby zapobiec przecięciu przez Japończyków toru, podczas gdy reszta batalionu prowadziła patrole między rzekami Goldie i Laloki. Chociaż nie nawiązano kontaktu z Japończykami, rola walki pomogła poprawić perspektywy żołnierzy i poprawić morale. W ciągu poprzednich miesięcy siła batalionu została zwiększona, a do września 1942 r. liczyła 37 oficerów i 818 innych rang, w tym 12 oficerów, którzy zostali wysłani z doświadczonych jednostek Drugiego Australijskiego Sił Imperialnych w sierpniu. Batalion kontynuował ekspansję w październiku i listopadzie, do tego czasu ponad połowa jego personelu zgłosiła się na ochotnika do przeniesienia do AIF. Jednakże możliwości szkolenia były ograniczone, nawet gdy przygotowywano się do wysłania jednostki do walki. W tym czasie oddzielono kompanii karabinów maszynowych batalionu i w połączeniu z kilkoma innymi kompanii karabinów maszynowych Milicji, został wykorzystany do utworzenia 7. batalionu karabinów maszynowych.