Na Morotai, 2/17 skoncentrował się wraz z resztą 9 Dywizji, która została przydzielona do udziału w operacjach odzyskania Borneo w ramach Operacji Oboe. Zaangażowanie batalionu w ten plan spowodowało, że 10 czerwca 1945 roku wylądował na Brunei w ramach operacji Oboe Six. Przybywając na brzeg w pobliżu Brooketon, batalion wziął udział w zdobyciu stolicy, zanim wysłał kompanii do zabezpieczenia poszczególnych celów w odległych obszarach, gdy Australijczycy ruszyli wzdłuż wybrzeża w kierunku pól naftowych w Seria. W połowie lipca kompanii "D" przeprowadziła patrolowanie wzdłuż rzeki Baram na pokładzie HMAS "Tiger Snake". 13 sierpnia, po bombardowaniach atomowych Hiroszimy i Nagasaki, rozkaz o zaprzestaniu działań ofensywnych został otrzymany z dowództwa 20. Brygady, a dwa dni później wojna dobiegła końca.
Kapitulacja Japonii. Mimo to dopiero 10 września Japończycy na Borneo formalnie się poddali, a większość batalionu pozostała rozmieszczona do końca miesiąca. W tym czasie uczestniczyli w zapewnieniu wszystkim siłom japońskim na tym obszarze otrzymania instrukcji kapitulacji i ich przestrzegania, a także w zbieraniu i eskortowaniu kapitulowanych żołnierzy japońskich i byłych indyjskich jeńców wojennych, a ostatnia operacja batalionu została zakończona na początku października. Ostatnia kampania batalionu kosztowała 24 zabitych lub rannych.