Po japońskim ataku na Pearl Harbor i wejściu Stanów Zjednoczonych do II wojny światowej, Foster został wezwany do czynnej służby z rangą komandora w Rezerwie Marynarki Wojennej i otrzymał zadanie bezpośrednio od prezydenta Franklina D. Roosevelta, aby przeprowadzić specjalne inspekcje marynarki wojennej. Jedną z jego pierwszych misji było prowadzenie śledztwa w strefie Kanału Panamskiego.
Po serii skarg od generała Daniel Van Voorhis, dowódcy Karibskiego Dowództwa Obronnego, na współpracę armii i marynarki.