Dnia 29 września 1938 roku Thomas został wezwany do czynnej służby i dołączył do załogi pancernika. 13 sierpnia 1939 r. wstąpił na krążownik, gdzie służył, gdy wybuchła II wojna światowa. 27 czerwca 1940 r. awansował na stanowisko dowódcy. Po tym jak został zatopiony przez Włochów w
Podczas ataku na zatokę Souda, został przydzielony do HMS "Nile", brzegowego zakładu Royal Navy w Egipcie, i służył w sztabie dowódcy naczelnego floty śródziemnomorskiej. Po raz drugi ożenił się 10 września 1941 roku z Mary Fedorą Douglas-Watson, pianistką i kompozytorką. Była wdową koleżanki oficera marynarki, komandora Francis Douglas-Watson, i córką byłego australijskiego senatora Anthony'ego St Ledger.