Napisz kontynuację tego paragrafu - Pablo Morillo w końcu złapany
Santafé 6 maja 1816 roku. Podobnie jak inni przywódcy ruchu niepodległościowego, Caldas uciekł z miasta, początkowo z celem dotarcia do Buenaventury, aby uciec za granicę. Po drodze jednak przyszły wicekról Sámano zwycięża wojska republikańskie w bitwie pod la Cuchilla de El Tambo i odzyskuje Popayán, a Caldas jest zmuszony do ukrycia się na farmie Paisbamba w Sotará, gdzie wkrótce zostaje aresztowany przez hiszpańskich rojalistów w 1816 roku. Następnie został odesłany z powrotem do Santafé i stracony przez pluton egzekucyjny 29 października 1816 r. na placu San Francisco na rozkaz Morillo, hrabiego Cartageny. Kiedy Caldas miał zostać stracony, a ludzie obecni w tym miejscu zaapelowali o życie naukowca, Morillo odpowiedział: "Hiszpania nie potrzebuje uczonych" (hiszpański: "España no necesita sabios"). Przed śmiercią Caldas napisał na ścianie dużą grecką literę θ, która została zinterpretowana jako wykrzykiwanie: "O długie i mroczne odejście!" (Hiszpański: "¡Oh larga y negra partida!". W klasycznej Atenach Theta była używana jako skrócenie greckiego θάνατος (thanatos, <unk>śmierć<unk>).