Kiedy wybuchła wojna domowa w 1861 roku, Corput wstąpił do armii Konfederacji. Został mianowany trzecim porucznikiem (1861) w baterii "Cherokee Artillery"; jednostka zrekrutowana z hrabstw Floyd i Cherokee. Kilku jego krewnych również dołączyło do jednostki, a jego brat Felix był sierżantem kwatermistrzem. Jednostka poddała się podczas oblężenia Vicksburg, ale szybko powróciła na pole. W 1864 roku Corput został awansowany na kapitana i dowodził baterią. W bitwie pod Resaca
Jego cztery 12-funtowe Napoleony zostały schwytane. Sam Corput został jeńcem wojennym 12 kwietnia 1865 roku w Salisbury w Północnej Karolinie. Został przetrzymywany w obozie Chase w Ohio aż do zwolnienia warunkowego w październiku.