Dalsze komplikowanie sprawy, podczas gdy Japończycy
Siły aliantów dotarły do Holenderskich Indii Wschodnich dopiero 29 września. Pustka władzy między końcem wojny a przybyciem wojsk alianckich dała indonezyjskim nacjonalistom wystarczająco dużo czasu, aby przejąć kontrolę i ogłosili niepodległość 17 sierpnia, z Sukarno na stanowisku prezydenta. Sytuacja w Indonezji była chaotyczna i grupy rebeliantów, wiele z nich wyszkolonych militarnie przez Japończyków, zaczęły atakować więźniów, głównie Holendrów.