Długotrwały konflikt wyczerpał gospodarkę Republiki, która polegała na lukratywnym handlu z Imperium Osmańskim. W latach sześćdziesiątych XX wieku, pomimo zwiększonej pomocy ze strony innych chrześcijańskich narodów, zaczęło się zmęczenie wojną. Z drugiej strony Turcy, którzy zdołali utrzymać swoje siły na Krecie i ożywili się pod zdolnym przywództwem rodziny Köprülü, wysłali ostatnią wielką ekspedycję w 1666 roku pod bezpośrednim nadzorem Wielkiego Wezyra. Tak rozpoczął się ostatni i najbardziej krwawy etap oblężenia Candia, który trwał ponad dwa lata. Zakończyła się ona negocjowaną kapitulacją twierdzy, zapieczętowaniem losu wyspy i zakończeniem wojny zwycięstwem Turków. W traktacie pokojowym Wenecja zachowała kilka odizolowanych fortec wyspiarskich u wybrzeży Krety i zdobyła terytorium w Dalmacji. Wenecjanie pragnęli zemsty, co 15 lat później doprowadziło do ponownej wojny.
, z którego Wenecja wychodziłaby zwycięska. Kreta pozostała jednak pod kontrolą Turków aż do roku 1897, kiedy to stała się państwem autonomicznym; ostatecznie w 1913 roku zjednoczyła się z Grecją.