Greer został awansowany na porucznika i służył od 1862 do 1863, a następnie został przydzielony do eskadry Missisipi kontradmirała Davida Dicksona Portera. Dowodził żelaznymi okrętami, brał udział w bitwie pod Vicksburg i ostrzelał Grand Gulf.
jak również nieudanej ekspedycji na Czerwoną Rzekę na początku 1864.