Torrijos zmarł w wieku 52 lat, kiedy jego samolot, DeHavilland Twin Otter (DHC-6), zarejestrowany jako FAP-205 w siłach powietrznych Panamy, rozbił się na Cerro Marta, w Coclesito, niedaleko Penonomé, Panama, 31 lipca 1981 roku. Samolot zniknął z radaru w pogodę, ale z powodu ograniczonego zasięgu radarowego Panamy w tym czasie, samolot nie został zgłoszony jako zaginiony przez prawie dzień. Miejsce katastrofy zostało zlokalizowane kilka dni później, a ciało Torrijos zostało odzyskane przez zespół Sił Specjalnych w pierwszych dniach sierpnia. Czterech pomocników i dwóch pilotów zginęło w katastrofie. Jego śmierć spowodowała żałobę w całym kraju, zwłaszcza w biednych rejonach. Po wielkim pogrzebie państwowym, ciało Torrijos zostało krótko pochowane na cmentarzu w Casco Viejo (Starym Mieście Panamy), zanim zostało przeniesione do mauzoleum w byłej strefie kanału na Fort Amador
W pobliżu Panama City. Jego następcą na stanowisku dowódcy Gwardii Narodowej i "de facto" przywódcy Panamy został Florencio Flores ("de jure" był przywódcą wojskowym, jednak "de facto" nigdy nie sprawował władzy jako jeden), który później ustąpił Rubén Darío Paredes. Miejsce, gdzie rozbił się samolot, jest teraz parkiem narodowym, a jego dom w Coclesito jest teraz muzeum.