Na początku 1863 roku, 6th Missouri został przeniesiony do Grand Gulf, Mississippi, gdzie regiment pomaga budować fortyfikacje. Pułk uczestniczył w bitwie pod Grand Gulf 29 kwietnia. Wraz z wieloma innymi żołnierzami z Pierwszej Brygady Missouri, 1 maja 6th Missouri został przeniesiony do Port Gibson w stanie Mississippi, aby przeciwdziałać lądowaniu Unii. W bitwie pod Port Gibson
, które miało miejsce 1 maja, 6 Missouri było używane do wspierania prawego skrzydła linii Konfederacji. Kiedy oddziały Unii zagroziły odcięciem konfederackiej drogi odwrotu, 6 Missouri kontratakowało. Opłata wjechała głęboko w linię Unii, ale została zmuszona do wycofania się na pewną odległość, gdy napotkała posiłki Unii. 6 Missouri zostało odizolowane od reszty sił Konfederacji, zaczęła brakować mu amunicji i została zmuszona do odwrotu, aby połączyć się z głównymi siłami Konfederacji, które się wycofały.