Początkowo świątynia została założona jako ośrodek medytacji, po tym jak Maechi Chandra i właśnie wyświęcony mnich Luang Por Dhammajayo nie mogli już pomieścić rosnącej liczby uczestników swoich działań w Wat Paknam Bhasicharoen. Centrum stało się oficjalną świątynią w 1977 roku. Świątynia rosła w sposób wykładniczy w latach 80., kiedy to programy szkoleniowe stały się powszechnie znane wśród miejskiej klasy średniej. Wat Phra Dhammakaya rozszerzył swój obszar i rozpoczęto budowę ogromnej "stupy" (pagody). Jednak w okresie azjatyckiego kryzysu gospodarczego świątynia stała się przedmiotem krytyki, ponieważ Luang Por Dhammajayo został oskarżony o defraudację i usunięty z urzędu opata. W 2006 roku został oczyszczony z tych zarzutów i został przywrócony jako opat. Świątynia dalej się rozwijała i stała się znana ze swojej działalności w dziedzinie edukacji, promocji etyki i projektów stypendialnych. Pod rządami wojskowej "junty" z 2014 r.
, opat i świątynia zostały ponownie poddane śledztwu, a Luang Por Dhammajayo został oskarżony o otrzymywanie skradzionych pieniędzy za pośrednictwem darowizn od zwolennika. Świątynia jest uważana za jedyną wpływową organizację w Tajlandii, która nie została jeszcze podporządkowana przez rządzącą juntę, która zamknęła większość opozycji, odkąd przejęła władzę. Procesy sądowe przeciwko opatom i świątyni od lat 90. doprowadziły do wielu debat dotyczących procedur i roli państwa w stosunku do religii, debaty, która nasiliła się podczas zamknięcia świątyni przez juntę w 2017 r. Od 2017 r. władze nie znalazły Luang Por Dhammajayo, a w 2018 r. Phrakhru Sangharak Rangsarit został przydzielony jako oficjalny opat.