Do 1672 roku zaczął zapisywać swoje teologiczne badania w notatnikach, które nikomu nie pokazywał i które dopiero niedawno zostały zbadane. Wykazują one obszerną znajomość wczesnych pism kościelnych i pokazują, że w konflikcie między Atanasiuszem i Ariuszem, który zdefiniował Credo, stanął po stronie Ariusza, przegranego, który odrzucił konwencjonalny pogląd na Trójcę. Newton "uznał Chrystusa za boskiego pośrednika między Bogiem a człowiekiem, który był podporządkowany Ojcu, który go stworzył". Szczególnie interesował się proroctwem, ale dla niego "Kristus był apostazją trynitarską.
Była heretyką.