Po zakończeniu napraw, "Fanshaw Bay" kontynuował działalność jako okręt flagowy Dywizji Lotniczo-Nosicielskiej 25, obecnie pod dowództwem kontradmirała Cliftona A. F. Sprague'a. Po opuszczeniu Pearl Harbor dotarł na wyspę Manus, należącą do Wysp Admiralicji. "Fanshaw Bay", wraz z pięcioma innymi lotniskowcami eskortowymi i ośmioma eskortowanymi niszczycielami, zostało przydzielone do grupy zadaniowej 77.1, która wspierała
lądowania na Morotai. W szczególności, jej kontyngent samolotów został wymieniony, a teraz była gospodarzem składanej eskadry 66 (VC-66). Wyjechał z Manus 10 września i rozpoczął operacje wsparcia lotniczego 15 września. 17 września dwa Avengers, jeden z "Fanshaw Bay", zderzyły się podczas przemieszczania się w formacji na patrolu przeciwpodwodnym. Z sześciu zaangażowanych mężczyzn tylko jeden przeżył. W dniu 19 września "Fanshaw Bay" straciła kolejny samolot, z jednym z jej Wildcats, nurkującym na Zero, zaginionym i wybuchającym w kontakcie z wodą. W dniu 27 września zniszczono kolejne dwa myśliwce i jeden bombowiec torpedowy.