W międzyczasie, japońskie dowództwo uruchomiło swój plan obrony Filipin za pomocą floty połączonej. Japońskie okręty wojenne zostały podzielone na cztery grupy. Siły północne zostały zbudowane wokół pozostałych lotniskowców Floty Połączonej, teraz pozbawionych samolotów bojowych, i miały czekać jako przynęta na północ od Luzonu. Japonia miała nadzieję zwabić amerykański Fast Carrier Task Force do punktu wystarczająco odległego od zatoki Leyte, aby był poza akcją, podczas gdy pozostałe trzy siły cesarza, składające się z okrętów powierzchniowych, unicestwiły amerykańskie statki wspierające głowicę brzegową generała majora Douglasa MacArthura na Leyte. Tak więc mieli nadzieję, że amerykańscy najeźdźcy utkną na Leyte.
Tak jak żołnierze MacArthura zostali schwytani na Bataan jakieś trzy lata wcześniej. Najpotężniejsze z tych sił powierzchniowych miały przekroczyć Morze Sibuyan, przejść przez Cieśninę San Bernardino i zstąpić na zatokę Leyte z północy. Pozostałe dwa miały wyjść z Cieśniny Surigao i zaatakować najeźdźców w Zatoce Leyte z południa.