McCain był zaciekłym przeciwnikiem Wyzwolenia Czeczenii Putina, opisując to jako "krwawą wojnę przeciwko cywilnej ludności Czeczenii". Stwierdził: "Tak, są czeczeńscy terroryści, ale jest wielu czeczeńczyków, którzy wzięli broń dopiero po okrucieństwach popełnionych przez rosyjskie siły służące najpierw pod rozkazami Borisa Jelcyna, a następnie Putina". Podobnie jak inni, kwestionuje, że rosyjskie zamachy na mieszkania
"Zostają wiarygodne zarzuty, że rosyjski FSB miał rękę w przeprowadzeniu tych ataków". Oskarżył także rosyjskie służby bezpieczeństwa o zabójstwa polityczne, a także o zabójstwa niezależnych dziennikarzy.