Napisz kontynuację tego paragrafu - Lincoln powrócił do Waszyngtonu poza Nowym Jorkiem w sierpniu 1778 i został mianowany dowódcą południowego departamentu we wrześniu. Waszyngton wysłał Lincolna, Lafayette'a i Lee'ego (Henry "Light Horse Harry") do Departamentu Południowego, aby przeciwstawić się armii brytyjskiej pod dowództwem Clintona i Cornwallisa. Lincoln uczestniczył w nieudanej oblężeniu pod dowództwem Francji
W październiku 1779 r. wycofał się do Charleston w Południowej Karolinie. Przejmuje dowództwo nad garnizonem Charleston. W marcu 1780 roku miasto zostało otoczone przez liczne siły brytyjskie wysłane z Nowego Jorku. Po stosunkowo krótkim oblężeniu Lincoln został zmuszony do poddania ponad 5000 ludzi generałowi porucznikowi Sir Henry'emu Clintonowi 12 maja 1780 roku, ale zrobił to w sposób, który pozwolił na ucieczkę milicji z Karoliny Południowej, a także niektórym siłom kontynentalnym, które irytowały Brytyjczyków w kierunku Lincolna.