13 lipca 2011 r. ogłoszono, że Jonathan opuści Santos, aby trenować z Interem, do czasu sfinalizowania transferu. Dwa dni później, 15 lipca, oficjalnie został zawodnikiem Interu, podpisując czteroletni kontrakt. Jonathan zadebiutował w Interze 11 września 2011 roku w drugim tygodniu sezonu 2011/12 Serie A.
, grając pełne 90 minut w 4 do 3 przegranej w wyjeździe do Palermo. Trzy dni później Jonathan zadebiutował w Lidze Mistrzów, grając w całym meczu w pierwszym dniu meczu przeciwko tureckiej drużynie Trabzonspor w przegranej o 0:01 na San Siro.