Napisz kontynuację tego paragrafu - 15 lutego 2006 roku papież Benedykt XVI mianował go nuncjuszem apostolskim w Egipcie i delegatem do Ligi Państw Arabskich, co było jego pierwszym stanowiskiem dyplomatycznym. Był jednym z niewielu nuncjuszy, którzy nie uczęszczali do Papieskiej Akademii Kościelnej. Według BBC: "Decyzja niemieckiego papieża wywołała zamieszanie. Obserwatorzy Watykanu próbują ustalić, czy to degradacja, czy uznanie specjalnych talentów arcybiskupa". Fitzgerald powiedział: "Moje doświadczenie w arabskich i islamskich badaniach jest prawdopodobnie uważane za przydatne w tej chwili dla rozwoju stosunków z Egiptem i resztą świata islamskiego". Jeden korespondent Watykanu nazwał przeniesienie Fitzgeralda "najgorszą decyzją papieża do tej pory", a jego nieobecność została zauważona przez prasę, gdy papież Benedykt obraził muzułmanów swoim wykładem w Regensburgu
we wrześniu 2006 r. Przeniesienie Fitzgeralda okazało się częścią restrukturyzacji przez Benedykta XVI wydziałów kurialnych w celu ponownego ukierunkowania dyskusji międzyreligijnych z niechrześcijanami poprzez połączenie roli prezesa PCID z funkcją Papieskiej Rady ds. Kultury, restrukturyzacji, którą Benedykt rozpoczął w marcu 2006 r. i odwrócił w czerwcu 2007 r.