Historia rozgrywa się w roku 3394, tysiąc lat po tym, jak ludzkość ucieka z Ziemi po tym, jak została zniszczona przez rasę kosmitów zmieniających kształt <unk> Gauna (奇居子 ((ガウナ))), na pokładzie setek ogromnych statków kosmicznych stworzonych z pozostałości planety. Jednym z takich statków jest Sidonia, który opracował własną kulturę ludzką ściśle opartą na kulturze Japonii, gdzie klonowanie człowieka, reprodukcja bezpłciowa i ludzka inżynieria genetyczna, taka jak udzielanie ludziom fotosyntezy, są powszechne. Odkryto również, że najwyższe szczeble tego społeczeństwa zostały potajemnie przyznane nieśmiertelności. Z populacją ponad 500 000 osób, Sidonia jest prawdopodobnie ostatnią ludzką osadą, ponieważ losy pozostałych statków są nieznane.
Japonia