Wpływ Malagridy na dwór w Lizbonie spotkał się z głęboką wrogością ze strony premiera, Carvalho, przyszłego markiza Pombal. Carvalho próbował odbudować Lizbonę po trzęsieniu ziemi z 1755 roku
, które Malagrida głosił, była karą sprawiedliwego Boga na grzesznych ludzi. Carvalho oburzył się na skrytykowanie rządu i przekonał króla José do wygnania Malagridy do Setúbal w listopadzie 1756 roku i usunięcia wszystkich jezuitów z dworu.