Konflikt zbrojny nasilił się w ostatniej fazie II wojny światowej, kiedy to Irgun ogłosił bunt w lutym 1944 roku, kończąc przerwę w działaniach, które rozpoczęły się w 1940 roku. Począwszy od zabójstwa Barona Moyne przez Lehi w 1944 roku, Hagana aktywnie przeciwstawiała się Irgunowi i Lehi, w okresie walki między Żydami znanym jako Sezon Polowania, skutecznie powstrzymując powstanie. Jednak jesienią 1945 r., po zakończeniu II wojny światowej zarówno w Europie (kwiecień-maj 1945 r.) jak i w Azji (wrzesień 1945 r.), kiedy stało się jasne, że Brytyjczycy nie zezwolą na znaczną imigrację żydowską i nie mają zamiaru natychmiast ustanowić państwa żydowskiego, Hagana rozpoczęła okres współpracy z dwoma innymi organizacjami podziemnymi. Wspólnie utworzyli Żydowski Ruch Oporu. Haganah powstrzymała się od bezpośredniej konfrontacji z siłami brytyjskimi i skoncentrowała swoje wysiłki na atakowaniu brytyjskiej kontroli imigracyjnej, podczas gdy Irgun i Lehi atakowały cele wojskowe i policyjne. Ruch Oporu rozpadł się w lipcu 1946 roku, po zamachu bombowym na hotel King David. Irgun i Lehi zaczęli działać niezależnie, podczas gdy główna podziemna milicja, Haganah, nadal działała głównie w celu wsparcia imigracji żydowskiej. Hagana ponownie krótko pracowała nad stłumieniem operacji Irgun i Lehi, ze względu na obecność komisji śledczej ONZ w Palestynie. Po uchwaleniu rezolucji ONZ dotyczącej planu podziału w dniu 29 listopada 1947 r.
między palestyńskimi Żydami i Arabami zaćmiły poprzednie napięcia obu z Brytyjczykami. Jednak siły brytyjskie i syjonistyczne nadal zderzały się przez cały okres wojny domowej aż do zakończenia brytyjskiego mandatu nad Palestyną i deklaracji niepodległości Izraela 14 maja 1948 r.