Do czasu, gdy Margaret, jej syn i synowa (Anne) byli gotowi do powrotu z Warwickem do Anglii, sytuacja znów zmieniła się na korzyść Yorkistów, a hrabia został pokonany i zabity przez powracającego króla Edwarda IV w
Bitwa pod Barnetem 14 kwietnia 1471 r. Margaret została zmuszona do poprowadzenia własnej armii w bitwie pod Tewkesbury 4 maja 1471 r., w której siły Lancasterów zostały pokonane, a jej siedemnastoletni syn, Edward z Westminster, został zabity. Okoliczności śmierci Edwarda nigdy nie zostały wyjaśnione; nie wiadomo, czy zginął w walce, czy został stracony po bitwie przez księcia Clarence'a. W ciągu poprzednich dziesięciu lat Margaret zyskała reputację agresywnej i bezwzględnej, ale po porażce w Tewkesbury i śmierci jej jedynego syna, została całkowicie złamana w duchu. Po tym, jak została schwytana przez Williama Stanleya pod koniec bitwy, Margaret została uwięziona na rozkaz króla Edwarda. Najpierw została wysłana do zamku Wallingford, a potem przeniesiona do bezpieczniejszej Tower of London. Henryk VI został również uwięziony w Tower w następstwie Tewkesbury i zmarł tam w nocy 21 maja; przyczyna jego śmierci jest nieznana, chociaż podejrzewano o królewskość. W 1472 roku została przekazana pod opiekę swojej byłej damy w oczekiwaniu Alice Chaucer, księżnej Suffolk, gdzie pozostała aż do wykupienia przez Ludwika XI w 1475 roku.