Od 1958 roku różne rządy wojskowe w Sudanie ingerowały w proces sądowy. Po przejęciu władzy przez wojsko w 1989 r.
, na przykład, Narodowa Rada Rewolucyjnego Dowództwa (RCC) wydała dekret, który dał prezydentowi uprawnienia do mianowania i odwoływania wszystkich sędziów. Al-Bashir zwolnił wielu, najwyraźniej dlatego, że nie byli wystarczająco zaangażowani w stosowanie szariatu w swoich decyzjach, i zastąpił ich zwolennikami NIF. Sądownictwo stało się odpowiedzialne wobec prezydenta lub sił bezpieczeństwa.