Na początku 1863 roku pułk został przeniesiony na Wielką Czarną Rzekę, gdzie strzegł mostu. W marcu pułk przeniósł się do Grand Gulf w stanie Mississippi, gdzie mężczyźni zbudowali fortyfikacje, wzmacniając obronę Vicksburg w stanie Mississippi. 5 kwietnia 3 Pułk Piechoty Missouri, jako część większego oddziału, został przeniesiony przez rzekę Missisipi do Luizjany, gdzie rozbili obóz w pobliżu Bayou Vidal w parafii Tensas. 8 kwietnia jednostka walczyła w niewielkiej akcji na pobliskiej plantacji Jamesa. Próba sił rozpoznawczych, aby zadać poważny cios siłom Unii okupującym ten obszar 15 kwietnia, zawiodła, gdy element zaskoczenia dla planowanego ataku został utracony. 17 kwietnia przybycie okrętów marynarki wojennej Unii zmusiło Konfederację do powrotu do Mississippi. Pułk połączył się z obroną w Grand Gulf. W bitwie o Grand Gulf
29 kwietnia 3 Pułk Piechoty Missouri bronił linii dziur, rozciągającej się pomiędzy dwoma głównymi fortyfikacjami Konfederacji. Pozycja jednostki pozwalała mężczyznom strzelać w otwory statków marynarki wojennej Unii ostrzelających pozycję Konfederacji. Pułk stracił jednego zabitych i trzech rannych w bitwie. Zwycięstwo Konfederacji uniemożliwiło generałowi majorom Unii Ulysses S. Grantowi wylądowanie sił w tym punkcie, chociaż Grant był w stanie wylądować silne siły na południe od pozycji. Generał brygady John S. Bowen, dowódca Konfederacji w Grand Gulf, odpowiedział na lądowanie Unii, wysyłając siły do Port Gibson w stanie Mississippi, aby przechwycić Granta.