Napisz kontynuację tego paragrafu - Nagatomo rozpoczął swój drugi sezon w Inter Milanie grając 62 minuty w pierwszej lidze Serie A
mecz z Palermo, zakończył się porażką 4 do 3. 27 września 2011 roku Nagatomo wykonał asystę Giampaolo Pazziniemu, uderzając Alekseja Berezutskiego, zanim przejechał piłkę przez bramę podczas wygranej 3×2 na wyjeździe z CSKA Moskwa w drugim meczu fazy grupowej Ligi Mistrzów. Pierwszy goł sezonu strzelił 10 grudnia 2011 roku w meczu z Fiorentyną w Serie A. 3 dni później ponownie trafił do listy strzelców, gdy w meczu z Genui strzelił Ricky'emu Álvarezowi. W ostatnim meczu 2011 roku przeciwko Lecce w domu, Nagatomo wykazał się "człowiekiem meczu", dostarczając dwie asysty w ostatecznej wygranej 4-1.