- Szacuje się, że w czasie jej funkcjonowania było tam przetrzymywanych około 52.000 więźniów. Więźniowie byli głównie z ruchów oporu na terenach okupowanych przez Niemców. Był to obóz pracy, obóz przejściowy, a w czasie wojny miejsce egzekucji. Niektórzy zmarli z powodu ciężkiej pracy i niedożywienia. Szacuje się, że w obozie zginęło 22 tysiące osób, łącznie z siecią podobozów. Wielu więźniów zostało przeniesionych do innych obozów; w szczególności w 1944 r. byłego szefa obozu koncentracyjnego Auschwitz przywieziono, aby ewakuować więźniów z Natzweiler-Struthof do Dachau, gdy armie aliantów
Zbliżają się. Tylko niewielki personel nazistowskich SS pozostał do czasu wyzwolenia obozu przez francuską Pierwszą Armię pod dowództwem szóstej grupy armii USA 23 listopada 1944 r.