W marcu 1861 roku Ferguson został mianowany kapitanem w milicji Południowej Karoliny, następnie został mianowany porucznikiem i aide-de-campem do generała brygady P. G. T. Beauregarda. Był jednym z oficerów, którzy otrzymali oficjalną kapitulację majora armii amerykańskiej Roberta Andersona w Fort Sumter, podnieśli pierwszą flagę Stanów Konfederacyjnych i rozmieścili pierwszych strażników w Fort Sumter. Po oblężeniu został wysłany, aby przedstawić pierwszą flagę Konfederacji trafioną przez strzał wroga do Tymczasowego Kongresu Stanów Konfederacji. Był podpułkownikiem i asystentem generała Beauregarda podczas bitwy pod Shiloh.
- Co? Podczas bitwy pod Farmingtonem był w 28. pułku kawalerii Missisipi. Dowodził jednostką podczas obrony Vicksburga i pomógł powstrzymać ataki amerykańskiego generała major William T. Shermana i amerykańskiego komodora Davida Portera.