W 1935 roku Stany Zjednoczone, zgodnie ze swoją obietnicą pełnej suwerenności Filipin, ustanowiły Wspólnotę Filipin po ratyfikacji konstytucji z 1935 roku, która również przywróciła prezydencję. Odbyły się pierwsze krajowe wybory prezydenckie, a Manuel L. Quezon (1935-1944) został wybrany na sześcioletnią kadencję, bez możliwości reelekcji, jako drugi prezydent Filipin i pierwszy prezydent Wspólnoty Narodów. Jednak w 1940 roku konstytucja została zmieniona, aby umożliwić ponowne wybory, ale skrócono kadencję do czterech lat. Zmiana w rządzie nastąpiła trzy lata później, kiedy to zorganizowano Drugą Republikę Filipin wraz z uchwaleniem konstytucji z 1943 roku, którą Japonia nałożyła po okupacji Filipin w 1942 roku podczas II wojny światowej. José P. Laurel działał jako marionetkowy prezydent nowego japońskiego rządu; jego prezydencja "de facto", nie uznana prawnie do lat sześćdziesiątych, pokrywała się z prezydentem Wspólnoty Narodów, który wyjechał na wygnanie. Druga Republika została rozwiązana po kapitulacji Japonii.
do aliantów w 1945 roku; Wspólnota została przywrócona na Filipinach w tym samym roku z Sergio Osmeña (1944-1946) jako prezydent.