Lefferts pomógł Padresom wygrać 1984 National League pennant
Giants zdobyli tytuł zachodniej ligi w 1987 roku i sztandar ligi w 1989. Zimą 1985 roku został zaproponowany do New York Mets w zamian za obrońcę Lenny Dykstra, ale menedżer generalny Mets Frank Cashen odrzucił ofertę. W 83 meczach, w których rzucił w 1986 roku, nie tylko prowadził National League, ale pozostaje rekordem pojedynczego sezonu Padres.