Wypełnij następujące zdanie: Stewart został mianowany generałem brygady 8 listopada i przydzielony do dowodzenia 2. Brygadą, 2. Dywizją, Dystryktu Columbus, w Departamencie Konfederacji nr. Dwa (poprzednik Departamentu Tennessee), pod Leonidas Polk. Stewart zajmował to stanowisko od 16 listopada do grudnia, kiedy jego brygada została przeniesiona do Pierwszej Dywizji Geograficznej Departamentu, aż do lutego 1862 roku. Jego brygada została zwrócona do zachodniego Kentucky, krótko połączona z dywizją Johna P. McCowna, prowadzącą obronę miasta w bitwie pod Nowym Madrytem, zanim McCown rozkazał jej ewakuację i wycofał się w dół rzeki Missisipi. 1 kwietnia, ludzie Stewarta dołączyli do dywizji Charlesa Clarka, w korpusie Leonidasa Polka, z Armii Missisipi Alberta Sidney Johnstona, w samą porę do
Bitwa pod Shiloh. Tam Stewart poprowadził swoją brygadę w pierwszym dniu ataków na obszar "Gniazda sroni" w środku linii Unii.