W lipcu 2008 roku, jako gracz bez umowy, wrócił do Austrii na kolejny okres w FC Red Bull Salzburg, ale przed rozpoczęciem sezonu podpisał kontrakt z Udinese Calcio, gdzie zastąpił Antonio Chimenti'ego. Jednak w karierze krótkich ruchów pozostał z północno-wschodnim włoskim klubem tylko przez dwa tygodnie, zanim został podpisany przez Juventus jako rezerwa Gianluigi Buffona i Chimenti w sierpniu 2008 roku. Długotrwałe kontuzje Buffona spowodowały, że Manninger grał w pierwszej XI od początku października 2008 r. do końca lutego 2009 r. Podczas swojej kadencji w Juventusie Manninger wystąpił trzydzieści pięć razy we wszystkich zawodach, zdobywając uznanie mediów za swoje występy. Po kontuzji Buffona podczas Mistrzostw Świata w 2010 roku, Juventus podpisał kontrakt z Marco Storari z Mediolanu latem 2010 roku, a Manninger został zdegradowany do roli trzeciego bramkarza klubu. Został zwolniony pod koniec sezonu 2011/12
, po zwycięstwie Juventusu w lidze.