Księżniczka Margrethe urodziła się 16 kwietnia 1940 roku w Pałacu Fryderyka VIII, rezydencji jej rodziców w kompleksie pałacowym Amalienborg, głównej rezydencji duńskiej rodziny królewskiej w dzielnicy Frederiksstaden w centrum Kopenhagi. Była pierwszym dzieckiem księcia i księżniczki (później króla Fryderyka IX i królowej Ingrid). Jej ojciec był starszym synem ówczesnego króla Chrześcijańskiego X, a matka była jedyną córką księcia koronnego Szwecji (późniejszego króla Gustafa VI Adolfa). Urodziła się zaledwie tydzień po inwazji nazistowskich Niemiec na Danię.
9 kwietnia 1940 roku.