Po wybuchu wojny z Japonią, Allen wrócił do Australii w marcu 1942 roku, a w sierpniu przejął dowodzenie operacjami przeciwko
Japończycy atakują wzdłuż szlaku Kokoda. Pomimo sukcesu, Allen spotkał się jednak z niesprawiedliwą krytyką ze strony dowódcy aliantów w południowo-zachodnim rejonie Pacyfiku, generała USA Douglasa MacArthura i dowódcy sił lądowych aliantów, australijskiego generała Sir Thomasa Blamey, za zbyt powolne posunięcie w pościgu za Japończykami przez Owen Stanley Ranges. Został zwolniony z dowództwa 29 października 1942 r. Nastąpiły mniejsze nominacje, ale w październiku 1944 roku Blamey zalecił, aby Allen został mianowany Rycerzem Dowódcą Orderu Imperium Brytyjskiego, chociaż Allen nigdy nie został mianowany.