W sezonie 1998/99, Butyrskaja powtórzyła jako mistrz Europy. Zdobyła srebro za Tatjaną Malininą z Uzbekistanu w finale Grand Prix tego roku po dwukrotnym upadku w długim programie. Butyrskaya zdobyła złoto na Mistrzostwach Świata w 1999 roku.
, wyprzedzając obecną mistrzynię świata Michelle Kwan. Otrzymała wszystkie pierwsze miejsca w programach krótkich i długich, zdobywając siedem potrójów w długim programie i otrzymując siedem 5.9 za prezentację.