W 1815 roku rosyjsko-niemiecki legion został zintegrowany z armią pruską, a Clausewitz ponownie wstąpił do służby pruskiej jako pułkownik. Wkrótce został mianowany szefem sztabu III Korpusu Johanna von Thielmanna. W tym charakterze służył w bitwie pod Ligny i
Bitwa pod Wavre podczas kampanii pod Waterloo w 1815 roku. Armia dowodzona osobiście przez Napoleona pokonała Prusów pod Ligny (na południe od Mont-Saint-Jean i wioski Waterloo) 16 czerwca 1815 roku, ale wycofali się w dobrym porządku. Niepowodzenie Napoleona w zniszczeniu sił pruskich doprowadziło do jego porażki kilka dni później w bitwie pod Waterloo (18 czerwca 1815), kiedy to siły pruskie przybyły na jego prawą flankę późnym popołudniem, aby wesprzeć siły anglo-holendersko-belgijskie naciskające na jego front. Napoleon przekonał swoje oddziały, że szare mundury to mundury granaderów marszałka Grouchy'ego. Jednostka Clausewitza walczyła w Wavre (18-19 czerwca 1815), uniemożliwiając dużemu zespołowi posiłków dotarcie do Napoleona pod Waterloo. Po wojnie Clausewitz pełnił funkcję dyrektora "Kriegsakademie", gdzie służył do 1830 roku. W tym roku powrócił do czynnej służby wojskowej. Wkrótce potem wybuch kilku rewolucji w Europie i kryzys w Polsce wydawały się zapowiadać kolejną wielką wojnę w Europie. Clausewitz został mianowany szefem sztabu jedynej armii, którą Prusa była w stanie zmobilizować w tej sytuacji awaryjnej, która została wysłana na polską granicę. Jego dowódca, Gneisenau, zmarł na cholerę (w sierpniu 1831 r.), a Clausewitz przejął dowództwo nad wysiłkami armii pruskiej, aby zbudować budynek dla powstrzymania wielkiej epidemii cholery (po raz pierwszy cholera pojawiła się w nowoczesnej Europie, powodując panik na całym kontynencie). Sam Clausewitz zmarł na tę samą chorobę wkrótce potem, 17 listopada 1831 roku.