Emory służył jako dowódca brygady w Armii Potomacu w 1862 roku, i został przeniesiony do zachodniego teatru. Został awansowany na generała brygady ochotników 17 marca 1862. Później dowodził dywizją w kampanii w Port Hudson. Następnie powrócił na Wschód jako dowódca XIX Korpusu, służąc we wszystkich głównych bitwach w kampanii doliny Shenandoah w 1864 roku.
, zwłaszcza w bitwie pod Cedar Creek, gdzie działania Emory'ego pomogły uratować armię Unii przed katastrofalną porażką, aż do przybycia generała majora Philipa Sheridana.