W 1953 r. rząd komunistyczny skazał parę "in absentia" za "nielegalne wypoczynki" za granicą. W 1956 roku reżim zaprosił go z powrotem "z obietnicami wolności, aby robić wszystko, co chcę", powiedział Kubelík, ale odmówił zaproszenia. W liście do "The Times" z 1957 roku Kubelík powiedział, że poważnie rozważy powrót tylko wtedy, gdy wszyscy więźniowie polityczni w kraju zostaną uwolnieni, a wszyscy emigranci otrzymają taką samą wolność, jaką miałby on. Został ponownie zaproszony przez reżim w 1966 roku, ale ponownie odmówił; w 1968 roku, po zakończeniu Wiosny Praskiej przez sowiecką inwazję
, zorganizował międzynarodowy bojkot, w którym uczestniczyło wiele głównych klasycznych artystów Zachodu.