W sierpniu 1945 roku Brown został mianowany zastępcą szefa sztabu szóstej armii pod dowództwem generała Waltera Kruegera. Jako doświadczony oficer sztabowy, brał udział w planowaniu operacji Downfall, planowanej inwazji na Japonię. Jednakże
Imperium Japońskie poddało się 2 września 1945 roku, a operacja została odwołana. Brown został odznaczony Medalem Brązowej Gwiazdy za udział w planowaniu. Pełniąc tę funkcję, brał również udział w okupacji Japonii.