W przeciwieństwie do brytyjskich lotniskowców, których paliwo lotnicze było przechowywane w oddzielnych cylindrach lub zbiornikach otoczonych wodą morską, wszystkie przedwojenne japońskie lotniskowce miały zbiorniki paliwa lotniczego zbudowane integralnie z kadłubem statku, a "Shōkaku" nie był wyjątkiem. Niebezpieczeństwo, jakie stwarzało to, nie stało się jednak oczywiste, dopóki doświadczenie wojenne nie wykazało, że często są one podatne na pęknięcia i wycieki, ponieważ wstrząsy i naprężenia uderzeń lub bliskich uderzeń w kadłub lotniskowcy były nieuchronnie przenoszone i wchłaniane przez zbiorniki paliwa. Po debacle w Midway
W połowie 1942 roku puste przestrzenie powietrzne wokół zbiorników paliwa lotniczego "Shōkaku", zwykle napełniane bezczynnym dwutlenkiem węgla, zostały zamiast tego wypełnione betonem w celu ochrony przed ewentualnymi uszkodzeniami. Jednak niewiele to zrobiło, by zapobiec rozprzestrzenianiu się lotnych oparów na pokłady hangarów w przypadku wystąpienia uszkodzeń, co zostało szczególnie zademonstrowane, gdy "Cavalla" została torpedowana i zatopiona. "Shōkaku" zwykle przechowywał 150 000 galonów Avgas do użytku operacyjnego.