W czasie II wojny światowej Ford był szefem oddziału fotograficznego w Biurze Służb Strategicznych i tworzył filmy dokumentalne dla Departamentu Marynarki Wojennej. Został mianowany dowódcą w Rezerwie Marynarki Wojennej Stanów Zjednoczonych. W tym czasie zdobył jeszcze dwie nagrody Akademii, jedną za pół-dokument "Bitwa o Midway" (1942), a drugą za film propagandowy "" (1943). Ford nakręcił japoński atak na Midway
z elektrowni na Sand Island i został ranny w ramię.