W sierpniu 1845 roku Magruder zgłosił się na ochotnika do Corpus Christi w Teksasie, aby dołączyć do armii generała Zachary'ego Taylora, okupującej tamtejszą republikę; Stany Zjednoczone były na skraju wojny z Meksykiem w sprawie aneksji. Po rozpoczęciu działań wojennych 25 kwietnia 1846 roku, Magruder po raz pierwszy uczestniczył w bitwie pod Palo Alto.
14 dni później. W dniu 18 kwietnia 1847 roku Magruder służył z "gorliwością i umiejętnością" w ekspedycji generała Winfielda Scotta, pod ostrym ogniskiem i obrócił meksykańską artylerię przeciwko nim na Cerro Gordo, za co został chwalony przez swoich przełożonych i uznany za majora. Do 12 września siły amerykańskie zaczęły atakować Chapultepec, w jednym z serii zaangażowań w bitwie o Mexico City. Magruder - lekko ranny - rozkazał pierwsze strzały we wczesnym poranku 13 i zaoferował pościg, pomimo przewagi meksykańskiej liczby, aby zdobyć skrzyżowanie Anzures, Veronica i Belen - kluczowy skrzyżowanie dróg, które zablokowałoby wysiłki generała Santa Anny, aby uwolnić pałac.