9 stycznia 1942 roku "Jintsū" opuścił Davao w kierunku inwazji na Celebes, eskortując transporty przewożące Sasebo nr 1 Combined Special Naval Landing Force (SNLF). W dniu 17 stycznia samolot pływający rozpoznawczy Kawanishi E7K2 "Alf" wystrzelony z "Jintsū" zestrzelił holenderskiego lekkiego bombowca Lockheed Hudson w pobliżu Menado, ale został zestrzelony zanim mógł wrócić. Na początku lutego "Jintsū" został przydzielony do sił inwazji na Ambon, a następnie zarówno holenderski, jak i portugalski Timor.
i wschodniej Jawie. 20 lutego, w pobliżu wyspy Alor, bezskutecznie zaatakował amerykański okręt podwodny.