Whistler służył w wojnie meksykańsko-amerykańskiej, od 1846 do 1848, angażując się w oblężenie Veracruz, od 9 do 29 marca 1847, bitwę pod Cerro Gordo, 17-18 kwietnia 1847, bitwę pod Contreras, 19-20 sierpnia 1847, bitwę pod Churubusco
, 20 sierpnia 1847 roku. Został mianowany pierwszym porucznikiem 20 sierpnia 1847 r. za "odważne i zasłużone zachowanie" w bitwach pod Contreras i Churubusco w Meksyku.