W 1640 roku Portugalia odzyskała niepodległość, ale Ceuta zdecydowała się pozostać w Hiszpanii, co zostało oficjalnie uznane w Traktacie z Lizbony (1668). Później Portugalia utrzymała tylko trzy enklawy w Afryce Północnej - Tanger, Casablankę i El Jadida. Tangier został przekazany Anglii w 1661 roku na mocy Traktatu Małżeńskiego jako część posagu Katarzyny Braganzańskiej, a Casablanca została opuszczona po trzęsieniu ziemi w Lizbonie
z 1755 roku. Pod oblężeniem Muhammada III, El Jadida została ewakuowana 10 marca 1769 roku, kończąc obecność Portugalczyków w Afryce Północnej.