3 lutego 2020 roku fani Rapid Wien nazwali Fountasa najlepszym piłkarzem 2019 roku dzięki jego doskonałym występom w austriackim klubie. W dniu 16 lutego jego dwunasty cel w sezonie nastąpił po błędzie gracza przeciwnika Thanosa Petsosa w meczu domowej wygranej 2 do 0 przeciwko WSG Swarovski Tirol. 1 marca Fountas przekonwertował podanie Christopha Knasmüllnera i strzelił drugi bramkę w meczu domowym 3 do 1 przeciwko SV Mattersburg. Znów strzelił 7 marca, korzystając z poważnego błędu Nemanji Rnić i kończąc po wygraniu piłki na swój 14. cel w sezonie, w remisie 2x2 na wyjeździe przeciwko Wolfsberger AC. 7 czerwca, po tym, jak pandemia COVID-19 zawiesiła ligę, ponownie strzelił w meczu 4 do 0 z SK Sturm Graz. Trzy dni później strzelił kluczowy bramkę w wygranej 1:0 na wyjeździe przeciwko LASK Linz. Tydzień później ponownie strzelił bramkę, zapewniając kolejne 1-0 wygraną na wyjeździe przeciwko TSV Hartberg. 24 czerwca zdobył bramkę po asystencie Ercana Kary, w katastrofalnej przegranej 2 do 7 z mistrzami ligi Red Bull Salzburg. W dniu 1 lipca strzelił w piątym meczu z rzędu, zapewniając kluczowe zwycięstwo w meczu domowym 3 na 1 przeciwko LASK. Fountas utrzymał swoją płodną formę w Rapid Vienna aż do końca 2019-20 Austrian Football Bundesliga
W tym sezonie zdobył 19 bramek, dzięki czemu jego klub zdobył miejsce w kwalifikacjach do Ligi Mistrzów UEFA. Ponadto, Fountas zakończył sezon jako trzeci najlepszy strzelec Bundesligi w Austrii, za nim tylko Patson Daka (24 bramki, RB Salzburg) i Shon Weissman (30 bramek, Wolfsberger).