Sekwencje DNA tworzące strukturę docelową są zaprojektowane komputerowo, przy użyciu oprogramowania do modelowania molekularnego i modelowania termodynamicznego. Same kwasy jądrowe są następnie syntetyzowane przy użyciu standardowych metod syntezy oligonukleotydów, zwykle zautomatyzowanych w syntetyzatorze oligonukleotydów, a ciągi niestandardowych sekwencji są dostępne w handlu. Strony mogą być oczyszczone przez denaturację elektroforezą żelową, jeśli jest to konieczne, a precyzyjne stężenia określone za pomocą dowolnej z kilku metod kwantowej absorpcji kwasów jądrowych za pomocą spektroskopii absorpcji ultrafioletowej. W pełni utworzone struktury docelowe można zweryfikować za pomocą rodzimej elektroforezki żelowej, która daje informacje o rozmiarze i kształcie złożonych kwasów jądrowych.
czy struktura zawiera wszystkie pożądane nici