W pierwszej połowie XVII wieku polska ludność została w większości przywrócona do katolicyzmu, ale kontynuowano ataki antyprotestanckie. Najczęściej przybierały one formę pisemnych, katolickich ulotek propagandowych oraz surowej cenzury Kościoła wobec poglądów odmiennych. Jednym wyraźnym przykładem aktywnego prześladowania mniejszości religijnej było wydalenie Braci Polskich, którzy podczas potopu szwedzkiego
silnie wspierał króla Karola Gustawa. Sejm z 1658 r. skazał tzw. aryjczyków na wygnanie, chyba że nawrócą się na katolicyzm. W rezultacie kilkaset rodzin (około pięciu tysięcy osób) opuściło Wspólnotę w 1660 roku, podczas gdy inni, zagrożeni karą śmierci i konfiskatą, udawali nawrócenie, aby poddać się dalszym prześladowaniom ustawowym. Bracia Polscy należeli do najbardziej oświeconych warstw społeczeństwa, a ich wydalenie miało bardzo szkodliwy wpływ na rozwój intelektualny kraju. Pozostałe wyznania protestanckie pozostały, przynajmniej formalnie, chronione przepisami Konfederacji Warszawskiej z 1573 roku. Wielu śląskich protestantów wstąpiło do Wspólnoty w celu uniknięcia rekatolizacji w Świętym Cesarstwie Rzymskim po pokoju w Westfalii w 1648 roku. Wkrótce jednak nastąpiły kolejne ograniczenia.