Margaret urodziła się w Farleigh Hungerford Castle w Somerset, jako jedyna przeżyła córka George'a Plantageneta, pierwszego księcia Clarence, i jego żony Isabel Neville, która była starszą córką Richarda Neville'a, 16. hrabiego Warwick'a, i jego żony Anne de Beauchamp, 16. hrabiny Warwick. Jej dziadek ze strony matki zginął walcząc z jej wujkiem, Edwardem IV, w bitwie pod Barnet
- Co? Jej ojciec, już książę Clarence, został następnie mianowany hrabią Salisbury i Warwicku. Edward IV ogłosił, że młodszy brat Margaret, Edward, powinien być znany jako hrabia Warwick jako tytuł uprzejmości, ale nigdy nie stworzono dla niego równości. Margaret miałaby prawo do Earldomu Warwick, ale earldom został stracony na rzecz jej brata Edwarda.