Isomery o różnych właściwościach medycznych są powszechne; na przykład, umieszczenie grup metylowych. W zastąpionych ksantynach, teobromina, występująca w czekoladzie, jest wazodilatatorem o niektórych efektach wspólnych z kofeiną; ale jeśli jedna z dwóch grup metylowych jest przeniesiona w inne położenie na rdzeń z dwoma pierścieniami, izomerem jest teofilina, która ma różnorodne skutki, w tym bronchodomilację i działanie przeciwzapalne. Inny przykład tego występuje w stymulujących lekach na bazie fenetyloaminy. Fentermina jest związkiem niechiralnym o słabszym działaniu niż amfetamina. Jest stosowany jako lek zmniejszający apetyt i ma łagodne lub nie ma właściwości stymulujące. Jednakże, daje inny układ atomowy dekstrometaminy, która jest silniejszące działanie stymulujące niż amfetamina, która występuje w czekoladzie.
teobromina