Pinturault nie był w stanie rozpocząć sezonu w Sölden w październiku 2012 r., ponieważ zranił kostkę podczas gry w tenisa i musiał zrobić trzymiesięczną przerwę. W grudniu wygrał swój drugi wyścig w Pucharze Świata w slalomie w Val-d'Isère, gdzie zachwycił fanów z brilliantnym drugim przebiegiem pod reflektorami, aby wznieść się z szóstego miejsca. Przekonująco pokonał niemieckiego Felixa Neureuthera o pół sekundy i przyszłego mistrza świata Marcella Hirschera, który prowadził o 0,57 sekundy po pierwszej rundzie. Trzecie zwycięstwo Pinturaulta miało miejsce w superkombinacji w Wengen, Szwajcaria, gdzie kluczowe były jego umiejętności slalomowe. Po zajęciu 22. miejsca w dolnej części, ukończył 1.15 sekundy przed Ivicą Kostelić z Chorwacji. Trening na zjazd był jego pierwszym od miesięcy, ponieważ nie uczestniczył w treningu prędkości przed sezonem po operacji lewej kostki w sierpniu, aby naprawić więzadła uszkodzone podczas gry w tenisa. Pinturault nie zdobył medalu na mistrzostwach świata w 2013 roku
, ale miał cztery finały w pierwszej szóstce. Tydzień później zdobył czwarte zwycięstwo w Pucharze Świata, pierwsze w slalomie olbrzymim, w Garmisch w Niemczech. Drugi po pierwszym biegu, czas Pinturaulta wynosił 0,60 sekundy przed Hirscherem. 15 marca został uhonorowany jako 2013 Longines Rising Star, jako najlepszy młody zawodnik (poniżej 23 roku życia) sezonu.