W 1994 Unser ponownie wygrał w Indy
Tym razem z Penske Racing. Jego kolegami z drużyny byli Emerson Fittipaldi, człowiek, z którym walczył pięć lat wcześniej, i Paul Tracy. Unser wygrał osiem z 16 wyścigów na drodze do swojego drugiego mistrzostwa CART, a także został nazwany przez ABC Wide World of Sports Athlete of the Year w tym roku. W 1995 roku Unser, wraz z kolegą z drużyny Emersonem Fittipaldi, nie zakwalifikował się do Indianapolis, a później wskazał na to jako wydarzenie wyzwalające jego upadek do alkoholizmu i rozpadu małżeństwa. W 1995 r. zajął drugie miejsce za Jacque'em Villeneuve'em w punktach mistrzostw CART. W 1996 roku zajął czwarte miejsce, mimo że miał szansę na wygranie mistrzostwa do końca sezonu.