W latach trzydziestych Bohr pomagał uchodźcom z nazistów. Po okupacji Danii przez Niemców
, miał słynne spotkanie z Heisenbergiem, który został szefem niemieckiego projektu broni jądrowej. We wrześniu 1943 roku Bohr dowiedział się, że Niemcy mają go aresztować i uciekł do Szwecji. Stamtąd poleciał do Wielkiej Brytanii, gdzie dołączył do brytyjskiego projektu broni jądrowej Tube Alloys i był częścią brytyjskiej misji w Projekcie Manhattan. Po wojnie Bohr wezwał do międzynarodowej współpracy w dziedzinie energii jądrowej. Był zaangażowany w tworzenie CERN i Instytutu Badawczego Risø w duńskiej Komisji Energii Atomowej i został pierwszym przewodniczącym Nordic Institute for Theoretical Physics w 1957 roku.