Wnętrze kościoła jest mieszanką polskiej gotyku i imponującej polskiej barokowej architektury z takimi cechami strukturalnymi, jak duży pozłacany barokowy ołtarz główny, ambona w kształcie łodzi (1750) i organ. Kościół został ograbiony, a wnętrze całkowicie spustoszone przez żołnierzy szwedzkiej inwazji z 1655 roku (potopu).
), co wyjaśnia przewagę baroku w jego obecnej dekoracji. Mówi się, że w kościele znajduje się jeden z najpiękniejszych barokowych stołów chórów w Europie Środkowej. Bartolommeo Berrecci, renesansowy artysta, który zaprojektował kaplicę Zygmunta na Wawelu, jest tam pochowany.