Po upadku Cromwella, Godolphin zdobył znaczną reputację wojskową. Wydaje się, że został powołany do dowództwa armii jako inżynier, korzystając z wiedzy na temat wydobycia cyny (które było głównym źródłem dochodów jego rodziny w Kornwalii). Jego najważniejszy wkład był w oblężeniu Boulogne.
- Co? Richard Carew w swoim "Survey of Cornwall" mówi o nim "Uniżył się bardzo dzielnie poza morzami, co wynika z blizn, które przyniósł do domu, nie mniej do upiększania jego sławy, niż do zniekształcania jego twarzy". Po zajęciu Boulogne został jego komornikiem w uznaniu za rolę, jaką odegrał w zwycięstwie, a także został uznany za rycerza. Był członkiem Rady Regency w latach 1547-1551, Wysokim Szeryfem Kornwalii w latach 1549-50 i 1568-9 oraz jej posłem ponownie w 1553 roku. Był także wicedyrektorem Stannaries i Custos Rotulorum z Kornwalii od 1562 do śmierci w 1570 roku.