Podczas Konfederacji ich komornik miał zamek na prawym brzegu Limmat, kontrolując dostęp do mostu. Od 1426 do około 1712 roku w Badenii wielokrotnie odbywały się posiedzenia szwajcarskiej diety, dzięki czemu Baden stał się rodzajem stolicy Szwajcarii. Wieżę Rządową ('), w której odbywały się posiedzenia Sejmu, można odwiedzić. W ciągu XV wieku miasto odzyskało swoją popularność jako ośrodek uzdrowiskowy ('). W tym mieście od 21 maja do 18 czerwca 1526 roku odbyła się słynna debata na temat transsubstancjacji. Chociaż Zwingli odmówił udziału osobiście, drukował arkusze przez cały czas jej trwania i wysłał swojego asystenta Johannesa Oecolampadiusa, aby debatował z Johannem Eckem i Tomaszem Murnerem. W końcu większość zdecydowała przeciwko reformatorom, ale pojawił się również znaczny blok w ich imieniu. Johann Pistorius zorganizował dysputowanie w mieście w 1589 roku. Stein został ponownie umocniony między 1658 a 1670 rokiem, ale twierdza została opuszczona w 1712 roku. W 1714 roku traktaty z Rastatt i Baden zakończyły wrogość między Francją a Habsburgami, ostatnim teatrem wojny o sukcesję hiszpańską. Kolejny traktat z Badenu zakończył wojnę Toggenburg
wśród protestanckich i katolickich kantonów szwajcarskich w 1718 roku. Baden był stolicą kantonu Baden od 1798 roku do 1803 roku, kiedy to utworzono kanton Aargau.