Kiedy 22 czerwca 1941 roku rozpoczęła się operacja Barbarossa, wtedy major Seryugin dowodził pułkiem na froncie południowo-zachodnim, prowadząc go w bitwach granicznych na zachód od Stanisława i w sektorze Winicy na południe od Umana. We wrześniu otrzymał dowództwo nad 124. dywizją strzelcową, ale nie przejął dowództwa, ponieważ 124. dywizja została złapana w otoczeniu. Zamiast tego Seryugin został mianowany szefem sztabu 212. Dywizji Strzelców, z którą walczył w ofensywie na Donbasie i Barvenkovo-Lozovaya
jako część 6. Armii na południowo-zachodnim froncie. W maju 1942 r. ówczesny pułkownik Sierujgin został mianowany zastępcą dowódcy dywizji, jednocześnie nadal pełniąc funkcję szefa sztabu. Walczył z nim w II bitwie pod Charkowem, podczas której dywizja została otoczona. Na początku czerwca Sierugien wyłamał się z okrążenia i przeszedł na wschodni brzeg Sewerskiego Doniec z resztkami 212.