W 1991 roku Batistuta został wybrany do reprezentacji Argentyny w Copa América, która odbyła się w Chile, gdzie zakończył turniej jako najlepszy strzelec z sześcioma gole, gdy Argentyna rozkręcała się do zwycięstwa. W następnym roku wygrał Puchar Konfederacji FIFA z Argentyną, kończąc jako najlepszy strzelec turnieju. W 1993 roku Batistuta zagrał w swojej drugiej Copa América
, tym razem odbyła się w Ekwadorze, w której Argentyna wygrała, a Batistuta zdobył obie bramki w zwycięstwie 2 do 1 nad Meksykiem w finale.