Francken został mianowany sekretarzem stanu ds. azylu i migracji w pierwszym gabinecie Charlesa Michela w 2014 r., gdzie stał się znany ze swojego kontrowersyjnego podejścia do zerowej tolerancji wobec nielegalnej imigracji w środku europejskiego kryzysu migracyjnego.
- Co? Francken i N-VA sprzeciwili się poparciu Belgii dla Globalnego Paktu na rzecz Migracji, co doprowadziło ich do wyjścia z rządu koalicyjnego w grudniu 2018 r., a tym samym spowodowało jego upadek.