Po wejściu Włoch w wojnę 10 czerwca 1940 roku, Waller był zaangażowany w poszukiwanie pól minowych u wybrzeży Afryki Północnej. Jako zręczny strzelec, osobiście wysadzał pływające miny za pomocą karabinu i kul przebijających pancerz. 21 czerwca "Stuart" ostrzelał włoskie miasto Bardia. W następnym miesiącu jego 10. Flotila niszczycieli uczestniczyła w bitwie o Kalabrię. Statki Wallera 17 sierpnia zbombardowały Fort Capuzzo, a tydzień później włoską bazę hydroplanów w Zatoce Bomba. We wrześniu został odznaczony Orderem Zasłużonej Służby (DSO) za "odwagę, przedsiębiorczość i oddanie obowiązkowi w ostatnich zajęciach", w szczególności za wskazanie wrogich pól minowych. W tym samym miesiącu przeniósł się na HMAS "Vampire", podczas gdy "Stuart" przeszedł na remont. W grudniu 1940 roku, kiedy wojska aliantów zaczęły kontratakować włoskie siły, dowódca floty śródziemnomorskiej, admirał sir Andrew Cunningham, powierzył Wallerowi dowództwo nad nowo utworzoną eskadrą Inshore, składającą się z niszczycieli, mianożerców i jednostek pomocniczych. W roli starszego oficera Cunninghama, Waller przejął dowództwo wsparcia morskiego w ataku na Bardia.
, która wpadła w ręce aliantów 5 stycznia 1941 roku. Wkrótce potem przekazał dowództwo nad eskadrą Inshore i przeniósł się na pokład "Stuarta".