Kiedy Leoncio Prado miał 26 lat, wybuchła wojna z Chile w 1879 roku, tak zwana wojna Pacyfiku, więc młody oficer wrócił do Peru, aby bronić swojego kraju. Wstąpił do marynarki wojennej, a później do armii. Najpierw powierzono mu organizację łodzi torpedowych, które miały działać na wyspie Alacrán w porcie Arica przeciwko chilijskim siłom morskim. Później, włączając się do Armii Południa w 1880 roku, otrzymał zlecenie utworzenia korpusu wojskowego, z którym uczestniczył w bitwie pod Tacną.
W maju. Po porażce peruwiańskiej w tej bitwie prowadził wojnę partyzancką wokół Tacny, aż został schwytany przez Chilijczyków w Tatarze w lipcu. Ale potem zwolniono go pod warunkiem, że nie będzie walczył ponownie w wojnie, co nie spełnił. Później uczestniczył w kampanii Sierra, umierając wkrótce po bitwie pod Huamachuco w 1883 roku.