Sebottendorf urodził się w Luksemburgu w austriackiej Niderlandach 17 lipca 1740 r. z rodziców Oberst (pułkownik) Johann Moritz Sebottendorf van der Rose (zm. 1760) i Maria Anna Bodek von Ellgau (zm. 1791). Po studiach wojskowych w Akademii Wiener-Neustadt wstąpił do austriackiego pułku piechoty "Waldeck" nr 35 w 1758 roku. W czasie wojny bawarskiej
awansował na kapitana. W 1779 r. został oskarżony o tchórzostwo. W 1784 został awansowany na majora, w marcu 1787 na oberst-leutnanta, a w październiku 1787 na obersta.