Wiele kościołów w Chorwacji zostało uszkodzonych lub zniszczonych podczas wojny chorwackiej (1991<unk>95). Biskupi, kapłani i większość wiernych z eparchii zagrzebskiej, karlowacki, słowiańskiej i dalmackiej zostali uchodźcami. Te ostatnie trzy zostały prawie całkowicie opuszczone po wyjeździe Serbów z Chorwacji w 1995 r. (operacja Burza). Eparchia Dalmacji również miała swoją siedzibę tymczasowo przeniesioną do Knin po ustanowieniu samozwańczej protostatecznej Republiki Serbskiej Krajiny. Eparchię Slawonii przeniesiono z Pakrac do Daruwaru. Po operacji Burza
, szczególnie uszkodzono dwa klasztory, klasztor Krupa zbudowany w 1317 roku i klasztor Krka zbudowany w 1345 roku.