W następnym sezonie klub nie był w stanie zakwalifikować się do Ligi Mistrzów po przegranej z Arsenalem, ale awansował do szesnastki Ligi Europy 2011/12, gdzie został wyeliminowany przez holenderską drużynę AZ. Skończyli.
2011-12 Serie A na trzecim miejscu, najlepszym wyniku w historii klubu, równającym się sezonowi 1996-97 Alberto Zaccheroni, ponownie osiągając miejsce w rundzie kwalifikacyjnej do Ligi Mistrzów UEFA 2012-13. W swoim trzecim sezonie w Udinese, Guidolin ponownie nie udało się dotrzeć do Ligi Mistrzów właściwe, przegrywając na karnych do Bragi, ale tym razem również skończył na dole swojej grupy w 2012-13 UEFA Europa League. W klasyfikacji Serie A klub zajął piąte miejsce, osiągając po raz trzeci rundę kwalifikacyjną do Ligi Europy.