W sierpniu Butler dowodził siłami ekspedycyjnymi, które wraz z Marynarką Wojenną Stanów Zjednoczonych
Forty Hatteras i Clark w Północnej Karolinie. Ten ruch, pierwsze znaczące zwycięstwo Unii po Pierwszym Bull Run, został chwalony w Waszyngtonie i zdobył Butlera od prezydenta Lincolna. Butler został następnie wysłany z powrotem do Massachusetts, aby zebrać nowe siły. To wpędziło Butlera w walkę o władzę z gubernatorem Andrew, który nalegał na utrzymanie władzy powoływania oficerów pułkowych, odmawiając (między innymi) zlecenia bratu Butlera Andrew i kilku bliskim współpracownikom generała. Spór wywołał wojnę rekrutacyjną pomiędzy Butlerem i organizacją milicji stanowej. Spór opóźnił powrót Butlera do Wirginii, ale w listopadzie został zamiast tego przydzielony do dowództwa wojsk lądowych do operacji w Luizjanie.