Farenholt wstąpił do marynarki jako marynarz 24 kwietnia 1861, po 3 latach w służbie handlowej. Brał udział w walkach i bitwach w bitwie o Hatteras Inlet Batteries.
, Bitwa pod Port Royal, Bitwa pod Fort Pulaski i wiele innych. 22 października 1862 r., gdy służył jako członek załogi dział haubicowych na pokładzie, zwykły marynarz Farenholt został ciężko ranny w bitwie pod Pocotaligo w Południowej Karolinie i został zwolniony z marynarki wojennej. W lutym 1863 roku po uzdrowieniu ponownie wstąpił do marynarki wojennej USA i został przydzielony do monitorowania, biorąc udział w prawie codziennych starciach z obroną Charleston w Południowej Karolinie od kwietnia 1863 do kwietnia 1864 roku. Uczestniczył w nieudanym ataku na Fort Sumter we wrześniu 1863. Wyróżniająca się służba doprowadziła do mianowania go na zastępcę chorąży 19 sierpnia 1864 roku, a później w tym samym roku dowodził szkunerem moździerzowym przyłączonym do eskadry w Sounds of North Carolina. Uczestniczył również w odzyskaniu Plymouth w Północnej Karolinie i kilku zaangażowaniach na rzekach Roanoke, Chowan i Blackwater, a także w zdobyciu Fort Fisher w Północnej Karolinie.