Halsey został mianowany dowódcą Obszaru Południowego Pacyfiku i dowodził siłami aliantów w trakcie bitwy o Guadalcanal (1942-1943) i walki w górę łańcucha Salomona
(1942-1945). W 1943 r. został dowódcą III Floty, stanowisko to zajmował przez resztę wojny. Brał udział w bitwie o zatokę Leyte, największej bitwie morskiej II wojny światowej i według niektórych kryteriów największej bitwie morskiej w historii. W grudniu 1945 został awansowany na admirała floty, a w marcu 1947 wycofał się ze służby.