Malinina rozpoczęła sezon Grand Prix 1998/1999 z piątym miejscem na Skate America 1998. Wkrótce potem, w listopadzie 1998 roku, Malinina i Skorniakow osiedli w Dale City w stanie Wirginia, gdzie warunki szkoleniowe były lepsze. W grudniu Malinina zdobyła swój pierwszy tytuł Grand Prix w NHK Trophy 1998 i zakwalifikowała się do swojego pierwszego finału GPF. W lutym 1999 roku wzięła udział w pierwszych Mistrzostwach Czterech Kontynentów i została pierwszą kobietą, która zdobyła złoty medal. W następnym miesiącu pokonała Marię Butyrskaya i Irinę Slutskaya o złoty medal w finale Grand Prix, które odbyło się w Petersburgu. Zakończyła swój sezon, plasując najlepszą w karierze czwartą pozycję w
Mistrzostwa Świata.