Dwa utwory, które zostały włączone do oryginalnego albumu - tradycyjna piosenka ludowa z Liverpoolu "Maggie Mae" i improwizowany utwór "Dig It" - zostały usunięte, ponieważ "były w porządku dla albumu ścieżki dźwiękowej [...] ale nie pasowały wygodnie do koncepcji albumu prosto", według remikser albumu Allan Rouse. "Don't Let Me Down" Lennona zostało dodane do kolejności, chociaż "Naked" zawiera kompozytywną edycję dwóch wersji z
Koncert na dachu, zamiast strony B singla "Get Back". "I've Got a Feeling" zostało również zaprezentowane w nowej kompozycyjnej edycji dwóch koncertów na dachu. Na "The Long and Winding Road", producenci "Naked" wykorzystali ostatni ujęcie, nagrane pięć dni po szorstkim przebiegu, który Spector wybrał na oryginalny album.