Po powrocie do Polski w 1784 roku, Kościuszko został mianowany generałem majorem w armii Rzeczypospolitej Polsko-Litwańskiej w 1789 roku. Po wojnie polsko-rosyjskiej w 1792 roku
W marcu 1794 r. dowodził powstaniem przeciwko Imperium Rosyjskiego, aż do czasu, gdy został schwytany w bitwie pod Maciejowicami w październiku 1794 r. Porażka powstania Kościuszkowego w listopadzie tego roku doprowadziła do trzeciego podziału Polski w 1795 roku, co położyło kres Wspólnocie. W 1796 roku, po śmierci cesarzowej Katarzyny II, Kościuszko został ułaskawiony przez jej następcę, cara Pawła I, i wyemigrował do Stanów Zjednoczonych. Bliski przyjaciel Thomasa Jeffersona, z którym dzielił ideały praw człowieka, Kościuszko napisał testament w 1798 roku, poświęcając swoje amerykańskie aktywa na edukację i wolność amerykańskich niewolników. W końcu Kościuszko wrócił do Europy i mieszkał w Szwajcarii aż do śmierci w 1817 roku. Wykonanie jego testamentu później okazało się trudne, a fundusze nigdy nie zostały wykorzystane do zamierzonego celu Kościuszko.