W marcu 1862 roku Waddell został mianowany porucznikiem w marynarce Konfederacji. Wysłany do Nowego Orleanu, został przydzielony do niekompletnego pancernego CSS "Mississippi" aż do jego zniszczenia pod koniec kwietnia. W następnym miesiącu, będąc oficerem artylerii na lądzie, wziął udział w bitwie
/między konfederacyjnymi bateriami lądowymi /i okrętami pancernymi /w Drewry's Bluff w Wirginii. Do końca 1862 i do początku 1863 roku służył w Charleston w Południowej Karolinie. W marcu 1863 r. pierwszy porucznik Waddell został wysłany za granicę, stacjonując w Anglii w oczekiwaniu na dostępność pozycji morskiej.