W styczniu 1941 roku brygada została zaangażowana w kampanię na Zachodnią Pustynię, wchodząc po raz pierwszy w akcję wokół Bardia
, który został przejęty od Włochów w ciągu kilku dni. Później w tym miesiącu nastąpiło zajęcie Tobruku, gdzie pozostała 16. brygada, podczas gdy pozostałe dwie brygady 6. dywizji, 17. i 19. brały udział w innych akcjach wokół Derny i Benghazi. W marcu dywizja skupiła się wokół Amiriji, przygotowując się do rozmieszczenia w Grecji w odpowiedzi na oczekiwaną inwazję niemiecką. Podczas bitwy o Grecję, 16-ta brygada zajęła Seria, zanim założyła się w przełęczy Veria. Gdy rozpoczął się niemiecki atak, 2/1 batalion zapewnił osłonę tyłu, podczas gdy brygada wycofała się wraz z Nowozelandzką 4. brygadą. Przełom niemiecki w wąwozie Tempe doprowadził do dalszego wycofania się, podczas którego 2/2 i 2/3 batalion zapewnił bezpieczeństwo tyłu, gdy Korpus Anzac wycofał się przez Larissę. Po tym brygada otrzymała rozkaz ewakuacji, a elementy zostały wycofane drogą morską w Kalamata. Większość brygady została ewakuowana z powrotem do Egiptu, a następnie ponownie utworzona w Palestynie; jednak elementy brygady wylądowały na Krecie. Wylądowała cała 2/1st i została rozmieszczona do obrony lotniska w Retimo, podczas gdy elementy 2/2nd i 2/3rd zostały utworzone w 16th Brigade Composite Battalion. Podczas walk 2/1 został w dużej mierze zniszczony podczas krótkiej bitwy pod Kretą, a większość została wzięta do niewoli.