Po pięciu latach w IRFU, Clarke wrócił do Ulster w 2012 jako asystent Marka Anscombe'a. Clarke kontynuował tę rolę pod następcami Anscombe'a, Neilom Doakiem i Lesem Kissem. Podczas swojego drugiego pobytu w Ulsterze Doak nadal był zaangażowany w irlandzką reprezentację, pełniąc funkcję głównego trenera Emerging Ireland podczas ich udanej 2015 Tbilisi Cup.
kampanii.