Kiedy wiadomość o wojnie domowej dotarła do Minnesoty, Bloomer i jego kuzyni dołączyli do Stillwater Guards, lokalnej grupy milicji. Strażnicy zostali zebrani do Pierwszego Regimentu Ochotniczej Piechoty Minnesoty w Fort Snelling 29 kwietnia 1861 roku, tworząc rdzeń Kompanii B. Bloomer otrzymał początkowo stopień kapral i uczestniczył we wszystkich głównych starciach regimentu aż do bitwy pod Antietam. Został lekko ranny w głowę w bitwie pod Bull Run. W trakcie
W bitwie pod Savage's Station 29 czerwca 1862 roku, która była częścią kampanii półwyspowej, Bloomer został awansowany na sierżanta. W środku walki, jego sztandarmen został zabity. Bloomer wziął kolory i został oddzielony od regimentu na pięć godzin. Wrócił do pułku i został awansowany za odwagę.