Napisz kontynuację do tego akapitu - Od 1903 roku Misczenko był dowódcą zabajkańskiej brygady kozackiej. Podczas wojny rosyjsko-japońskiej w latach 1904-1905 dowodził oddzielną Brygadą Kozaków Wschodnio-Baikalijskiej, która uczestniczyła w wielu bitwach tej wojny. Początkowo jego siły znajdowały się w Korei, z instrukcjami, aby utrudnić lądowanie japońskiej Pierwszej Armii i jej marsz w kierunku Mandżurii. Jednak po kilku drobnych potyczkach, Misczenko wycofał się na drugą stronę rzeki Jalu. Odgrywał niewielką rolę w bitwie nad rzeką Yalu.
, a także była częścią rosyjskiej obrony w bitwie pod Hsimucheng i bitwie pod Te-li-Ssu. W bitwie pod Liaoyangem i w bitwie pod Shaho dowodził rosyjskimi formacjami kawalerii, kryjącymi straż tyłu rosyjskiego odwrotu. W październiku 1904 r. awansował na generała-porucznika, a w grudniu 1904 r. został mianowany dowódcą nowego Korpusu Kawalerskiego i 6 stycznia 1905 r. poprowadził duży nalot na południe z 6000 jeźdźcami w misji zniszczenia zapasów japońskich magazynowanych w Niuchang. Misja okazała się katastrofą, a siły wróciły dwanaście dni później z ogromnymi stratami. Został ranny w nogę podczas bitwy pod Sandepu i chociaż został przywrócony na stanowisko dowódcy Korpusu Kawalerskiego w marcu 1905 roku, nie brał udziału w bitwie pod Mukden.