Júnior Baiano zdobył 25 meczów w reprezentacji Brazylii w latach 1997 i 1998 i był członkiem reprezentacji Brazylii, która wzięła udział w Pucharze Świata 1998, Pucharze Złota CONCACAF 1998
, która wygrała Puchar Konfederacji FIFA w 1997 roku. Podczas Mistrzostw Świata w 1998 roku Baiano odegrał kluczową rolę w drużynie Brazylii, która dotarła do finału Mistrzostw Świata w 1998 roku w Paryżu, chociaż w meczu z Norwegią, w którym Brazylia przegrała 2<unk>1, stracił "wyzwanie siły" z Tore André Flo bezpośrednio przed uderzeniem napastnika w piłkę poza zasięgiem Claudio Taffarel, aby wyrównać, a także popełnił faul tego samego gracza kilka minut później, co zaowocowało przyznaniem rzutów karnych, z których Norwegowie zdobyli decydujący bramkę.