Po powrocie do Australii batalion otrzymał 24-dniowy okres urlopu przed ponownym zgrupowaniem się w marcu w Ravenshoe w Queensland, aby rozpocząć przygotowania do następnej fazy wojny. Batalion doświadczył dużej rotacji personelu, a kiedy ponownie wszedł do walki w połowie 1945 roku, pozostało tylko 141 osób, które zostały rozmieszczone na Bliskim Wschodzie w 1940 roku. W maju 1944 roku przybył nowy dowódca, podpułkownik Noel Simpson, wraz z dużą partią innych posiłków, zastępując wielu mężczyzn, którzy nadal cierpieli na malarię z poprzedniej kampanii. Nastąpił długi okres szkolenia, ponieważ istniała pewna niepewność co do roli armii australijskiej w przyszłych operacjach na Pacyfiku po tym, jak wojsko USA przejęło główną odpowiedzialność za operacje bojowe na tym teatrze. Niemniej jednak, w ostatnich miesiącach wojny 2/43 wzięła udział w wysiłkach, aby odzyskać Labuan.
i Północnego Borneo w ramach Operacji Oboe Six.