Napisz kontynuację tego akapitu - Po śmierci Batory'ego w 1586 roku Zamojski pomógł Zygmuntowi III Wazie zdobyć polski tron, walcząc w krótkiej wojnie domowej przeciwko siłom wspierającym habsburskiego arcyksięcia Maksymiliana III Austrii. Obóz wspierający Zygmunta zgromadził się wokół Zamojskiego, natomiast Maksymiliana wspierała rodzina Zborowskich. Zamoyski bronił Krakowa i pokonał siły Maksymiliana w bitwie pod Byczyną
W 1588 roku. W tej bitwie, którą Sławomir Leśniewski opisuje jako "jedną z najważniejszych w historii Polski i najważniejszą w karierze wojskowej Zamoyskiego", Maksymilian został wzięty do niewoli i w wyniku traktatu Bytom i Będzin z 1589 roku musiał zrezygnować z wszelkich pretensji do korony polskiej. Później w tym samym roku Zamojski zaproponował reformę wyborów królewskich, która nie została przyjęta przez Sejm. Zamoyski przedstawił Sejm projektowi, że w przypadku śmierci obecnego króla bez potomstwa, tylko kandydat z jakiegoś słowiańskiego pochodzenia powinien być odtąd uprawniony do tronu polskiego. Był to projekt, który mógł nawet wyobrazić sobie możliwość jakiegoś związku między katolicką Polską, prawosławnym Moskowem i półprotestancką Czeską. W rzeczywistości była to niezręczna i niezdarna kontrpropozycja przeciwko prohabsburskiej polityce.