W czasie wojny służył jako dowódca uzbrojenia w Armii Potomacu, Departamencie Ohio i Armii Cumberland. Odznaczał się w bitwie pod Fortem Pulaski w Georgii, w bitwie pod Chickamauga, w bitwie pod Wilderness i w bitwie pod Fortem Pulaski.
Druga bitwa o stację Ream's (New Market Heights). 26 czerwca 1902 lub 8 lipca 1902 roku Porter otrzymał Medal Honoru za bitwę pod Chickamauga, jak opisano w cytacie poniżej. W ostatnim roku wojny służył w sztabie gen. Ulysses S. Granta, później napisał żywe wspomnienia z tego doświadczenia, "Campaigning With Grant" (1897).