Po zakończeniu napraw "Fanshaw Bay" nadal pełnił funkcję okrętu flagowego dywizji lotniskowców 25, teraz pod dowództwem kontradmirała Cliftona A. F. Sprague'a. Po opuszczeniu Pearl Harbor dotarł na wyspę Manus, należącą do Wysp Admiralicji. "Fanshaw Bay", wraz z pięcioma innymi lotniskowcami eskorty i ekranem ośmiu eskort niszczycieli, został przydzielony do grupy zadaniowej 77.1, która będzie wspierać lądowania
na Morotai. W szczególności, jej kontyngent samolotów został wymieniony, a teraz była gospodarzem składanej eskadry 66 (VC-66). Wyjechał z Manus 10 września i rozpoczął operacje wsparcia lotniczego 15 września. 17 września dwa Avengers, jeden z "Fanshaw Bay", zderzyły się podczas przemieszczania się w formacji na patrolu przeciwpodwodnym. Z sześciu zaangażowanych mężczyzn tylko jeden przeżył. W dniu 19 września "Fanshaw Bay" straciła kolejny samolot, z jednym z jej Wildcats, nurkującym na Zero, zaginionym i wybuchającym w kontakcie z wodą. W dniu 27 września zniszczono kolejne dwa myśliwce i jeden bombowiec torpedowy.