W 1529 roku, cztery lata po hiszpańskim podboju
San Mateo Ixtatán (wtedy znany pod nazwą "Ystapalapán") został podany w "encomienda" konkwistadorze Gonzalo de Ovalle, towarzyszowi Pedro de Alvarado, wraz z Santa Eulalia i Jacaltenango. W 1549 roku odbyła się pierwsza redukcja San Mateo Ixtatán, nadzorowana przez dominikańskich misjonarzy.