W swojej karierze wojskowej, Humala był również zaangażowany w dwa główne peruwiańskie konflikty z ostatnich 20 lat, bitwę
przeciwko powstańczej organizacji Shining Path i wojnie Cenepa z Ekwadorem w 1995 roku. W 1992 roku Humala służył w Tingo María, walcząc z resztkami Świetlistej Ścieżki, a w 1995 roku służył w wojnie Cenepa na granicy z Ekwadorem.