W sierpniu 1990 roku Irak zaatakował Kuwejt, wywołując wojnę w Zatoce Perskiej między Irakiem a dużymi siłami sprzymierzonych, prowadzonymi przez Stany Zjednoczone. Irak zaatakował Izrael 39 rakietami Scud. Izrael nie odpowiedział na prośbę Stanów Zjednoczonych, obawiając się, że jeśli Izrael odpowie na atak na Irak, inne kraje arabskie mogą opuścić sojuszniczą koalicję. Izrael dostarczył maski przeciwgazowe zarówno dla ludności palestyńskiej, jak i dla obywateli Izraela, podczas gdy Holandia i Stany Zjednoczone rozmieszczyły baterie obronne Patriot w Izraelu jako ochronę przed Scudami. W maju 1991 roku w ciągu 36 godzin 15 tysięcy Beta Izraelczyków (Etiopskich Żydów) zostało potajemnie przeniesionych do Izraela. Zwycięstwo koalicji w wojnie w Zatoce Perskiej otworzyło nowe możliwości dla regionalnego pokoju, a w październiku 1991 roku prezydent USA, George H.W. Bush, i premier Związku Radzieckiego, Michaił Gorbaczow, wspólnie zwołali historyczne spotkanie w Madrycie
Izraelczyków, Libanu, Jordanii, Syrii i palestyńskich przywódców. Shamir sprzeciwił się tej idei, ale zgodził się w zamian za gwarancje kredytowe, aby pomóc w absorpcji imigrantów z byłego Związku Radzieckiego. Jego udział w konferencji doprowadził do rozpadu jego (prawicowej) koalicji.