Po krótkim okresie odpoczynku, 2/1 rozmieszczona w Nowej Gwinei, przybywając tam we wrześniu 1942 r.,
Kampania Kokoda Track zaczęła się odwracać na korzyść aliantów. Batalion dołączył następnie do sojuszniczego pościgu za wycofującymi się Japończykami na północ w kierunku ich plaż wokół Buna<unk>Gona, a podczas kontrofensywy 2/1 batalion był zaangażowany w główne bitwy pod Eora Creek, a następnie pod Gorari, a następnie pod Sananandą między październikiem a końcem listopada 1942 r. Podczas kampanii batalion poniósł duże straty, z czego ponad 60 procent zostało zabitych, rannych lub ewakuowanych chorych. Po kampanii w Kokoda, 2/1st powrócił do Australii, aby odbudować. W tym czasie otrzymali dużą partię posiłków z 49 batalionu, batalionu milicji, który walczył wokół Sananandy, zanim został rozwiązany.