W 1806 roku francuskie władze okupacyjne Niderlandów obniżyły poziom Utrecht University do "école secondaire" (szkoły średniej), ale po ustanowieniu Zjednoczonego Królestwa Niderlandów w 1813 roku odzyskała swój poprzedni status. Leiden, Leuven, Groningen, Utrecht i Gent to pięć uniwersytetów nowego państwa. Dwa z uniwersytetów (Leuven i Gent) stały się częścią nowego państwa belgijskiego po oddzieleniu ich odpowiednich prowincji.
z Zjednoczonego Królestwa Niderlandów w 1830 r. W rezultacie Uniwersytet w Utrechcie pozostał jednym z zaledwie trzech holenderskich uniwersytetów. Podczas okupacji francuskiej król Ludwik Napoleon nakazał budowę pałacu w centrum Utrechtu, który ostatecznie stał się Biblioteką Uniwersytecką w centrum miasta.