Kiedy jedyny syn Władysława Ludwik został zabity w bitwie pod Mohács w 1526 roku, kończąc rządy dynastii Jagiellońskiej w Czechach, konwencja czeskich szlachciców wybrała jego szwagra, habsburskiego arcyksięcia Ferdynanda I z Austrii, na nowego króla czeskich ziem korony. Wraz z Arcyksiążęstwem Austrii i Królestwem Węgierskim utworzyli Monarchię Habsburgów, która w następnych stuleciach wyrosła z Świętego Cesarstwa Rzymskiego na odrębne europejskie mocarstwo. Próby budowy autonomicznej konfederacji przez czeskie protestanckie stany reformacyjne zostały rozbite w bitwie pod Białą Górą w 1620 roku
, po czym administracja została scentralizowana w Wiedniu. Ponadto władcy Habsburgów stracili Łużyckie na rzecz elektoratu saksońskiego po wojnie trzydziestoletniej w pokoju prażskim z 1635 r., a także większość Śląska z Kladsko na rzecz Królestwa Prus po pierwszej wojnie śląskiej w traktacie z Breslau z 1742 r.