Lee został zwolniony ze stanowiska w Turcji w marcu 1941 roku i wkrótce po przybyciu do Egiptu został mianowany starszym oficerem administracji powietrza wice marszałkiem Johnem D'Albiac, dowódcą brytyjskich sił powietrznych w Grecji, wspierającym Greków po włoskiej inwazji
- Co? Pomimo wczesnych sukcesów interwencja Niemców wkrótce postawiła siły aliantów w defensywie, a Brytyjczycy zostali ostatecznie wypędzeni, najpierw na Kretę, a następnie do Egiptu. Przez resztę 1941 roku Lee służył jako oficer sztabowy (operacje) w siedzibie dowództwa RAF na Bliskim Wschodzie, a następnie jako zastępca starszego oficera sztabu lotniczego w Siłach Powietrznych Pustyni.