W listopadzie 2003 roku Paddick został awansowany na stanowisko zastępcy komisarza, a w kwietniu 2005 roku przejął zarządzanie policją terytorialną we wszystkich 32 londyńskich dzielnicach, odpowiadając za 20 000 funkcjonariuszy policji i personelu pomocniczego. Odpowiadał za zmniejszenie "poziomu przestępczości" w Londynie (wszystkie przestępstwa do i włącznie z gwałtem pod względem wagi) i zwiększenie liczby przestępców postawionych przed sądem. Przez półtora roku był krajowym kierownikiem służby policyjnej w sprawach niepełnosprawności i zdrowia psychicznego. Był również w centrum uwagi mediów jako starszy rzecznik Metropolitan Police Service dla
Pogrzeb Diany, księżniczki Walii i po zamachach bombowych w Londynie 7 lipca 2005 r.