13 Dywizja została początkowo podniesiona w mieście Takada w dzisiejszym Jōetsu, Niigata z ludzi w prefekturze Niigata pod dowództwem generała-porucznika Haraguchi Kensai. Zostało mu powierzone niezależne zadanie okupacji Sachalin.
przed zawarciem Traktatu z Portsmouth, lądowanie na Sachalinie 7 lipca 1905 roku, zaledwie trzy miesiące po utworzeniu, i zabezpieczenie wyspy do 1 sierpnia 1905 roku. W wyniku udanej operacji Japonia otrzymała południowe Karafuto w trakcie Traktatu z Portsmouth, jednego z niewielu terytorialnych zysków Japonii podczas wojny.