Nazywając atak 11 września 2001 aktem "piractwa lotniczego", Paul wprowadził Marque and Reprisal Act z 2001 roku. Listy nakazowe i represje, autoryzowane przez, mogłyby dotyczyć konkretnych podejrzanych o terroryzm zamiast wywoływać wojnę przeciwko obcemu państwu. Paul ponownie wprowadził to prawo jako Marque and Reprisal Act z 2007 roku. Głosował z większością za pierwotnym zezwoleniem na użycie siły wojskowej przeciwko terrorystom w Afganistanie. W kwietniu 2009, po porwaniu Maersk Alabama
, zaproponował wydanie nakazów na walkę z piractwem w Somalii.