Z Toronto, Cone był 4-3 z 2.55 ERA i 47 strikeoutów. W połączeniu z 214 strikeoutami, które miał z Mets, jego 261 strikeoutów było największe w karierze. Cone po raz drugi w karierze trafił do post-seasonów, gdy Blue Jays wygrali American League East. Jays pokonali Oakland Athletics w
1992 American League Championship Series i Atlanta Braves w World Series, aby dać Cone'owi swój pierwszy pierścień World Series i stać się pierwszą kanadyjską drużyną, która wygrała World Series. Z drugiej strony, Cone zdobył 1<unk>1 z 3.22 ERA w post-season.