Od 1990 do 1992 Berger dołączył do Ayrtona Senny w McLarenie. Jego przybycie spotkało się z wielką oczekiwaniem, ponieważ udowodnił świetną formę dla Benetton i Ferrari. McLaren-Honda wydawał się oferować Berger prawdziwą szansę na mistrzostwa świata po raz pierwszy. Chociaż w kwalifikacjach był szybszy od swojego poprzednika Alaina Prosta w stosunku do Senny, rzadko był w stanie dorównać tempie Brazylijczyka podczas wyścigów. Zdobył trzy zwycięstwa w tych trzech sezonach, zdobył Grand Prix Japonii w 1991 roku.
Jak również zwycięstwa w Kanadzie i Australii w 1992 roku. W ciągu trzech lat spędzonych w McLarenie Berger zdobył cztery pole positiony i 8 razy wyprzedził Sennę.