Wypełnij następujące zdanie: W kampanii Vicksburg Granta, Logan dowodził 3. Dywizją XVII Korpusu Jamesa B. McPhersona, która jako pierwsza weszła do miasta Vicksburg w lipcu 1863 roku po jego zdobyciu. Logan był wtedy gubernatorem wojskowym miasta. W listopadzie 1863 r. zastąpił Williama Tecumseha Shermana na dowództwie XV Korpusu.
Bitwa pod Atlantą (22 lipca 1864), po śmierci Jamesa B. McPhersona w ciągu dnia, przejął dowództwo armii Tennessee. Krótko potem zastąpił go Oliver O. Howard. Powrócił do Illinois na wybory w 1864 roku, ale powrócił do armii i dowodził XV korpusem w kampanii Shermana w Karolinach.