Facchetti spędził całą swoją karierę zawodową w Inter, później stając się kapitanem drużyny, po Armando Picchi, Mario Corso i Sandro Mazzola, podczas jego ostatniego sezonu w klubie, między 1977 a 1978. Z klubem Facchetti wygrał cztery scudetti w 1963, 1965, 1966 i 1971; jeden Puchar Włoch w 1978; dwa Puchary Europy w 1964 i 1965; i dwa Puchary Interkontynentalne w 1964 roku.
i 1965 roku. Ze względu na swoje występy w Interze, Facchetti również przegapił szansę, aby zostać pierwszym obrońcą, który wygrał Złotą Piłkę, zajmując drugie miejsce w 1965 roku, po tym, jak w tym roku przegapił trzykrotny sezon z Interem; Inter wygrał Serie A i Puchar Europy, ale został pokonany w finale Pucharu Włoch w 1965 roku przez Juventus. Facchetti zdobył 59 bramek w Serie A, co czyni go najbardziej płodnym obrońcą w historii włoskiej ligi.