W 1949 roku Rada Społeczności Żydowskiej w Pradze pozostałej społeczności żydowskiej na czeskich ziemiach przekazała kontrolę nad muzeum reżimowi komunistycznemu. W dniu 4 kwietnia 1950 roku zmieniono nazwę na Państwowe Muzeum Żydowskie, instytucję kulturalną rozmieszczoną na sześciu synagogach, sali ceremonialnej i cmentarzu, ustanowioną jako "pamięć, agencja konserwacji historycznej i instytut badawczy". Komuniści stłumili judaizm, zakazali kontaktów z zagranicznymi badaczami, a jedyne dozwolone wystawy to dziecinne rysunki z Terezín. Po sowieckiej inwazji w 1968
, niewiele nowych wystaw odbyło się. Chociaż muzeum było największą atrakcją turystyczną w Czechosłowacji, przyciągając rocznie 700.000 zwiedzających, kolekcja Judaica była znana tylko uczonym w tej dziedzinie.