Wraz z wybuchem II wojny światowej w Europie, SSRNVR zwiększyła rekrutację głównie tubylców do siły, aby wzmocnić lokalną obronę, ponieważ zasoby Royal Navy były potrzebne w Europie. Członkowie SSRNVR zostali wezwani do czynnej służby, a siły zostały wzmocnione przez członków sekcji Royal Navy Malay. Stanowiło to podstawę marynarki wojennej w Malezji, zwanej marynarką malajską, obsługiwaną przez rodzimych Malajczyków. (Podobnie, Malajowie zostali zrekrutowani do nowo powstałego Regimentu Malajskiego utworzonego w 1936 roku). Marynarka Malezji liczyła 400 żołnierzy, którzy otrzymali szkolenie na HMS Pelandok, placówce szkoleniowej Royal Navy w Malezji. Zwiększono liczbę rekrutów, a w 1941 roku, gdy wybuchła wojna w Azji, marynarka malajska liczyła 1450 żołnierzy. W czasie II wojny światowej marynarka malajska służyła siłom alianckim na terenie Indii i Pacyfiku. Kiedy wojna zakończyła się kapitulacją Japonii
W 1945 roku tylko 600 żołnierzy z marynarki malezyjskiej zgłosiło się do wojska. Powojenne ograniczenia gospodarcze doprowadziły do rozwiązania marynarki malajskiej w 1947 roku.