W lipcu 1813 roku, zmotywowany zwycięstwem nad federalistami, generał Nariño rozpoczął intensywną kampanię wojskową przeciwko pozostałym siłom hiszpańskim i rojalistycznym na południu, zamierzając dotrzeć do Pasto, a ostatecznie do Quito. Siły Nariño, znane jako Armia Południa, liczące 1500 do 2000 ludzi, zdołały zdobyć Popayán w styczniu 1814 roku, ale zostały całkowicie pokonane w Pasto w maju 1814 roku, a Nariño został aresztowany, a następnie wysłany do królewskiego więzienia w Kadyksie przez Quito. Federaliści wykorzystali to, aby zaatakować Bogotę, co pozwoliło generałowi Simón Bolívar z Zjednoczonych Prowincji na narzucenie warunków w grudniu 1814 roku. Jednak w połowie 1815 roku Pablo Morillo przybył z dużą armią hiszpańską i poddał ten region
odtąd odrestaurowanego Ferdynanda. Kampania Morilla zakończyła się zajęciem Santafé 6 maja 1816 roku.