W dążeniu do ustanowienia własnej legitymacji, Zhu Di unieważnił panowanie cesarza Jianwen i rozpoczął szeroko zakrojone wysiłki, aby zniszczyć lub sfałszować zapisy dotyczące jego dzieciństwa i buntu. Obejmowało to masową czystkę konfucjańskich uczonych w Nanjing i udzielenie nadzwyczajnej władzy pozalegacznej eunuchowej tajnej policji. Jednym z nich był Zheng He, który wykorzystał swoją władzę do rozpoczęcia wielkich ekspedycji w południowym Pacyfiku i Oceanie Indyjskim. Trudności w Nanjing doprowadziły również do tego, że cesarz Yongle ponownie ustanowił Beiping (dzisiejszy Pekin) jako nową stolicę cesarską. Naprawił i ponownie otworzył Wielki Kanał, a w latach 1406-1420 kierował budową Zakazanego Miasta. Był również odpowiedzialny za Porcelanową Wieżę w Nanjing, uważaną za jeden z cudów świata przed jej zniszczeniem przez rebeliantów Taiping
W 1856 roku. W ramach ciągłej próby kontrolowania konfucjańskich uczonych-urzędników, cesarz Yongle znacznie rozszerzył również cesarski system egzaminacyjny w miejsce osobistej rekomendacji i mianowania przez ojca. W czasie jego panowania naukowcy ci ukończyli monumentalną "Encyclopaedia Yongle".