Gdy statek został zbadany 5 listopada, jego system paliwa lotniczego wyciekał i wymagał naprawy. Pięć jej samolotów zostało przeniesionych na "Illustrious" do ataku 11 listopada na Taranto (operacja Judgement
), podczas gdy "Orzeł" pozostał w Aleksandrii. Jeden z "Orła" Swordfish został zestrzelony przez intensywny włoski ogień przeciwlotniczy. Statek obejmował wiele konwojów do Grecji i Malty przez resztę listopada. Sześć jej samolotów zbombardowało port w Trypolisie w nocy z 24 na 25 listopada bez strat. "Orzeł" spędził większość grudnia w Aleksandrii, ale jego samoloty wspierały wojnę lądową, zwłaszcza gdy obserwowano okręty pancerniki i podczas bombardowania Bardy 2 stycznia 1941 roku. W połowie stycznia statek przykrył konwój do Grecji, ale zła pogoda zahamuje plany ataku na włoskie bazy w drodze. Po jej powrocie, jej załogę lotniczą przeorganizowano w celu włączenia większej liczby myśliwców, ponieważ "Eagle" miał teraz wyłączną odpowiedzialność za osłonę myśliwców nad flotą po porażeniu "Illustrious" przez niemieckie bombowce nurkowe 11 stycznia. Aby zrobić miejsce dla myśliwców, jedna z eskadr Swordfish została wyniesiona i użyta do wspierania wojny lądowej. W połowie lutego, gdy "Orzeł" pokrywał kolejny konwój do Malty, statek przewoził dziewięć Fairy Fulmarów z 805 Eskadry, pięć Sea Gladiators i sześć Swordfish.