W sezonie 2011/12 Júlio César rozegrał swój 200. mecz w Serie A 1 października 2011 roku, przegrywając z Napoli 3:0 w pierwszej połowie, ratując rzut karny. Później, 22 listopada, Júlio César zagrał swój 50. występ w Lidze Mistrzów UEFA w remisie 1×1 przeciwko Trabzonspor w czwartym dniu meczu Grupy B Ligi Mistrzów UEFA 2011/12. Ta remis wystarczyła Interowi, by zdobyć miejsce w szesnastce. W dniu 18 marca 2012 roku osiągnął stulecie bramek w Serie A, grając w remisie bez bramek przeciwko Atalancie w dniu meczu 28. Ta remis oznaczała, że Inter wygrał tylko jeden z ostatnich dziewięciu meczów w lidze. 300 występów Júlio Cesara we wszystkich zawodach dla Interu nastąpił 6 maja w przedostatnim tygodniu Serie A przeciwko Mediolanie, w którym Inter wygrał 4-2. Przyznał kontrowersyjny wyrok karny Kevinowi-Princowi Boatengowi i został włączony do słownej konfrontacji z Zlatanem Ibrahimovićem, który następnie przeliczył wyrok karny. Został zarezerwowany za karę, która sprawiła, że przegapił ostatni mecz sezonu przeciwko Lazio. Zakończył swój siódmy sezon w Interze, zdobywając 40 występów we wszystkich zawodach, a Inter zajął szóste miejsce w
Zespół zaledwie pięć brakuje go, by wyrównać najgorszą porażkę w historii Serie A. W Lidze Mistrzów zespół został wyeliminowany w szesnastce przez Marsylię na podstawie reguły bramkowej i został wyeliminowany z Pucharu Włoch przez Napoli. Niektórzy krytycy uważają, że Júlio César stracił formę od sezonu 2009/10, Inter podpisał kontrakt ze słoweńskim bramkarzem Samirem Handanovićem z Udinese, aby objął stanowisko bramkarza pierwszego wyboru.