W lipcu 1936 roku rodzina uciekła do Madrytu. Kiedy rodzina przybyła, miasto było pod kontrolą sił republikańskich, które wytrzymały próbę inwazji ze strony nacjonalistów. W październiku jednak siły nacjonalistyczne postanowiły oblegać miasto.
Julián został zaciągnięty do rezerwy Republikanów i dowodził grupą mułów, która transportowała zaopatrzenie. Tymczasem Bahamontes, wraz z matką i siostrami, uciekł do wioski Villarrubia de Santiago z powodu nasilających się nalotów w Madrycie. Po wojnie dołączył do nich Julián, ale rodzina nadal walczyła; ponieważ był z Republikanami, stroną przegraną, ojciec Bahamontesa nie otrzymał emerytury i został zmuszony do łamania kamieni na budowę dróg, aby zarobić wystarczającą ilość pieniędzy dla rodziny. Młody Bahamontes uciekał się do kradzieży, aby utrzymać siebie i rodzinę; skakał z mostu na drogę do przyczep ciężarówek, zanim napełnił worek jedzeniem z przyczepy. Wykopał też prawdziwą amunicję z okopów wojny domowej, by sprzedać ją jako złom.