Napisz kontynuację tego paragrafu - Clemens wychodzi z emerytury, podpisując roczny kontrakt z jego adoptowanym rodzinnym Houston Astros 12 stycznia 2004, dołączając do bliskiego przyjaciela i byłego kolegę z Yankees Andy Pettitte. 5 maja 2004 roku Clemens zarejestrował swój 4.137 strikeout w karierze, co umieściło go na drugim miejscu na liście wszech czasów za Nolanem Ryanem. Został wybrany na startera drużyny National League All-Star, ale ostatecznie był przegranym rzucającym w tym meczu po dopuszczeniu sześciu przebiegów na pięciu trafieniach, w tym trzykrokowy home run dla Alfonsa Soriano. Clemens zakończył sezon z wynikiem 18 na 4 i otrzymał siódmą nagrodę Cy Young, stając się najstarszym graczem, który kiedykolwiek wygrał Cy Young w wieku 42 lat. To uczyniło go jednym z sześciu rzucaczy, którzy wygrali nagrodę w obu ligach, dołączając do Gaylorda Perry'ego, Pedro Martíneza i Randy'ego Johnsona, a później dołączyli Roy Halladay i Max Scherzer. Clemens przegrał z Astros w siódmym meczu 2004 NLCS
przeciwko St. Louis Cardinals, pozwalając na 4 przebiegi w 6 inningów pracy. Chociaż dobrze rzucał, zmęczył się w szóstej rundzie, oddając wszystkie cztery przebiegi.