Maldonado wycofał się z pierwszego wyścigu, z powodu problemów z napędem. W 2016 roku nie udało mu się dotrzeć do Q2 w kwalifikacjach i ponownie wycofał się z wyścigu. W Chinach zajął pierwsze miejsce, osiemnaste. W tym czasie po raz pierwszy dotarł do Q3, ostatecznie kwalifikując się na dziewiątej pozycji do wyścigu. W Monako ponownie dostał się do Q3, jako ósmy w kwalifikacjach, a w wyścigu leżał na szóstym miejscu z pięcioma okrążeniami do końca, kiedy zderzył się z Lewisem Hamiltonem, usuwając go z wyścigu. Potem wyjechał z bardzo mokrego wyścigu w Kanadzie. Następnie nadal miał imponujące tempo kwalifikacyjne z kiepskim tempem wyścigowym w Wielkiej Brytanii, Niemczech i na Węgrzech, w tym karę przejazdu na tym ostatnim za przekroczenie prędkości w pit lane. W kwalifikacjach w Spa, Maldonado był zamieszany w incydent z Lewisem Hamiltonem na okrążeniu po tym, jak Hamilton przycisnął go, gdy obaj byli na gorącym okrążeniu. Maldonado zdaje się przechodzić przez Hamilton, gdy zmierzali w kierunku Eau Rouge. Maldonado otrzymał pięć punktów kary za swoje działania, a Hamilton nagany. Ale w wyścigu zdobył swój pierwszy punkt w Formule 1 na dziesiątym miejscu. Maldonado nie zdobył kolejnych punktów przez resztę sezonu, ani nie dotarł do Q3 przez resztę sezonu. Jego kiepski koniec sezonu został pogłębiony w
Abu Dhabi; gdzie zakwalifikował się na 17. miejscu i rozpoczął 23. (po karze dziesięciu miejsc za użycie 9. silnika), a później 30-sekundową karę czasu po wyścigu, zarówno za ignorowanie niebieskich flag.