W marcu 1862 Waddell został mianowany porucznikiem w marynarce Konfederacji. Wysłany do Nowego Orleanu, został przydzielony do niekompletnego pancernego CSS "Mississippi" aż do jego zniszczenia pod koniec kwietnia. W następnym miesiącu, pełniąc funkcję oficera artylerii na lądzie, wziął udział w
Bitwa pomiędzy konfederacyjnymi bateriami lądowymi a federalnymi pancernikami w Drewry's Bluff, Virginia. Do końca 1862 i do początku 1863 roku służył w Charleston w Południowej Karolinie. W marcu 1863 r. pierwszy porucznik Waddell został wysłany za granicę, stacjonując w Anglii w oczekiwaniu na dostępność pozycji morskiej.