Napisz kontynuację tego paragrafu - W ciągu 5 wieku, Zachodnie Imperium zostało zaatakowane przez inwazje germańskich plemion. Jednak prefektura Włoch została zachowana przez nowe Królestwo Ostrogotów, które nadal było "de jure" częścią Imperium, a król Ostrogotów Teodoryk Wielki nawet przywrócił prefekturę Galii w niewielkiej części Galii, którą podbił w latach 50. Po odzyskaniu Afryki Północnej przez Imperium Wschodnie podczas wojny wandalicznej
W roku 533-534 nowe prowincje zostały zgrupowane przez cesarza Justyniana I w nową prefekturę pretoriańską Afryki, która później została przekształcona w Ekzarchię Afryki. Prefektura pretoriańska we Włoszech została również przywrócona po zakończeniu wojny gotyckiej, zanim również przekształciła się w egzarchię. Na Wschodzie prefektury funkcjonowały aż do połowy VII wieku, kiedy to utrata większości prowincji wschodnich w wyniku podboju muzułmańskiego i na Bałkanach w ręce plemion słowiańskich doprowadziła do stworzenia systemu tematycznego. W międzyczasie jednak reformy pod rządami Herakleusza pozbawiły prefekta szeregu podległych mu biur finansowych, które zostały utworzone jako niezależne działy pod logotetem. Ostatni raz prefekt Wschodu jest bezpośrednio poświadczony w prawie z 629 roku. Według niektórych uczonych jednak ślady systemu przetrwały do początku IX wieku: Ernst Stein wykazał, że niektóre aspekty prefektury iliryjskiej przetrwały w administracji Tesaloniki, podczas gdy John Haldon, w oparciu o dowody sygilograficzne i odniesienia w bizantyjskiej "Taktika", udokumentował przetrwanie wcześniejszej cywilnej administracji prowincjonalnej w ramach systemu tematycznego, z prefektem w Konstantynopolu prawdopodobnie w funkcji nadzorczej, aż do lat 840.