Historia opowiada o przygodach pilota Garde Nagate Tanikaze, który od urodzenia mieszkał w podziemnej warstwie Sidonii i był wychowywany przez dziadka. Nigdy nie spotkał nikogo innego, codziennie trenuje się w starym symulatorze pilotów Guardianów, ostatecznie go opanowując. Po śmierci dziadka wyłania się na powierzchnię i zostaje wybrany jako pilot Guardianów, tak jak Sidonia jest ponownie zagrożona przez Gauna. Pytanie: Czym jest wybrany po śmierci dziadka?
Pilot Strażnika