W 2013 roku AFP udało się powstrzymać ataki Frontu Wyzwolenia Narodowego Moro w kryzysie miasta Zamboanga, kiedy rozpoczęli atak na proklamowanie niepodległości Bangsamoro Republik. W 2016 r. w lutym i listopadzie 2016 r. AFP weszło w konflikt z grupą Maute na Butig. W 2017 r. AFP starło się również z bojownikami ISIS w Marawi
, wzywając prezydenta Duterte do ogłoszenia stanu wojennego zgodnie z proklamacją nr 216.