Kiedy wojna zaczęła się źle rozwijać dla Rumunii jesienią 1916 roku, ministerstwo zaangażowało się w organizowanie oporu przeciwko okupacji prowadzonej przez Niemców, niszczenie infrastruktury naftowej, zatopienie złóż zboża na Dunaju i wysłanie rumuńskiego skarbu do Moskwy. Kiedy armia zaczęła się wycofywać na terytorium Mołdawii, Morțun został oskarżony o zarządzanie ewakuacją materiałów, w szczególności zaopatrzenia w zboże. Został również skrytykowany za to, że nie pracował z wyprzedzeniem, aby stworzyć sieć informatorów w potencjalnie okupowanych obszarach. Opuścił rząd zaraz po bitwie o Bukareszt.
W rezultacie stolica przepadła w ręce Mocarstw Centralnych, a krajowe przywództwo przeniosło się do Iași. W trakcie kolejnych kadencji prezesa Zgromadzenia nadzorował przyjęcie w czerwcu 1917 roku reform Konstytucji, przewidujących reformę wyborczą i gruntową, oraz ratyfikację w kwietniu 1918 roku unii Besarabii z Rumunią. Posiadał posiadłość w Broșteni, w hrabstwie Neamț, na obrzeżach Roman; podczas powstania chłopskiego w 1907 r. tłum około 400 chłopów zniszczył dom jego żydowskiego najemcy. Sam Morțun, który dożył wywłaszczenia większości swoich majątków, zmarł w Broșteni w 1919 roku i został pochowany w tym miejscu.