W 1863 roku nowy pułk walczył na
Bitwa pod Grand Gulf, Bitwa pod Champion Hill, Bitwa pod Big Black River Bridge i oblężenie Vicksburg, gdzie pułk został schwytany w ramach kapitulacji Konfederacji. Mężczyźni z pułku przeszli wymianę więźniów i powrócili do armii konfederackiej, wciąż pod nazwą 1 i 4 Pułku Piechoty Missouri (Zjednoczone). W 1864 roku pułk brał udział w bitwie pod New Hope Church, bitwie pod Kennesaw Mountain, oblężeniu Atlanty, bitwie pod Allatoona i bitwie pod Franklin. W dniu 9 maja 1865 roku, pod koniec wojny, 1st i 4th Missouri Infantry (Consolidated) poddali się w bitwie pod Fortem Blakely, kończąc istnienie jednostki.