W styczniu 1942 roku, Houghton został zastępcą dowódcy 40 Commando, i uczestniczył w nieudanym
19 sierpnia 1942 r. Podobnie jak większość jego jednostki, został schwytany przez Niemców w fiasku. Jako jeńca wojennego, Houghton został uwięziony przez 411 dni i pozostał w niewoli do końca wojny. Następnie został odznaczony Krzyżem Wojskowym za odwagę w Dieppe i wytrwałość jako więzień wojenny.