Dobrze wiedząc o obfitości talentów w systemie Pittsburgha, Murtaugh poprosił o odzyskanie stanowiska menadżera po tym, jak Larry Shepard został zwolniony w ostatnim tygodniu sezonu. Po uzyskaniu uznania medycznego, ponownie został kapitanem Piratów. (Tylko kilka godzin po tym ponownym zatrudnieniu 9 października Don Hoak, jego trzeci bazman w Piratesie mistrzowskim w World Series w 1960 roku i menedżer w systemie farmowym Piratesów w 1969 roku, zmarł na atak serca po przekonaniu, że był wiodącym kandydatem do zarządzania klubem macierzystego.) Jego pierwsze dwa kluby wygrały w 1970/71 tytuły National League East Division. Chociaż drużyna spadła w tym sezonie
W 1971 roku Pirates Murtaugh'a pokonali San Francisco Giants w NLCS, a następnie zdobyli World Series w 1971 roku z niezapomnianym powrotem z deficytu dwóch gier do żadnego przeciwko faworyzowanym Baltimore Orioles. Te World Series zostały naznaczone wspaniałym występem przyszłego członka Baseball Hall of Fame Roberto Clemente, który uderzył.414 z 12 hitami i doprowadził swoją drużynę do mistrzostwa.