Unser kontynuował swoje postępy na torze CART, kończąc na czwartym miejscu w klasyfikacji punktów w 1986, trzecim w 1987, drugim w 1988 i ostatecznie wygrywając serię po raz pierwszy w 1990. W 1989 roku Unser był na skraju wygrania swojego pierwszego wyścigu Indianapolis 500, ale walcząc z Emersonem Fittipaldi o przewagę, oba koła się dotknęły i Unser wywrócił się, uderzając w ścianę i kończąc swoje szanse. Ten wyścig jest zapamiętany za niezwykły pokaz sportowego ducha, gdy Mały Al wyszedł ze swojego rozbitego samochodu wyścigowego i dał Fittipaldiemu "kciuki w górę", gdy przejeżdżał przez Unser pod ostrzeżeniem. Unser miałby swój dzień w Indy w 1992
, jednak pokonał Scotta Goodyear'a o 0.043 sekundy, co jest najbliższym wynikiem w historii Indianapolis 500.