W połowie 2002 roku został przeniesiony do Florida Marlins. Jego statystyki na ten sezon znacznie się poprawiły po wymianie. W następnym sezonie ponownie odegrał kluczową rolę w wygraniu Mistrzostw Świata w 2003 roku. W 6 meczu NLCS, Marlins byli pięć outów od eliminacji, kiedy kibic Cubs, Steve Bartman
, zapobiegł potencjalnemu złapaniu faulowej piłki, wyciągając ręce nad Moisésem Alou, podczas gdy Alou próbował złożyć pop-up. Następne trzyrunkowe podwójne uderzenie Mordecaia otworzyło grę, podkreślając historyczny upadek Cubs w tym, co czasami nazywane jest po prostu "The Inning". Mordecai wygrał swoją drugą World Series, gdy Marlins z łatwością pokonali Yankees w World Series.