W 1996 roku eskadra osiągnęła wstępną zdolność operacyjną w F-16CJ. Kod ogona eskadry został jednocześnie zmieniony z "MJ" na "WW" w uznaniu dziedzictwa Wild Weasel skrzydła. W dniu 8 lipca tego roku, eskadra stała się pierwszą jednostką F-16 Sił Powietrznych Pacyfiku, która rozmieszczona była w celu wsparcia Operacji Southern Watch, egzekwując strefę zakazu lotów nad południowym Irakiem, w wyniku zmiany polityki umożliwiającej rozmieszczenie wszystkich jednostek. Podczas operacji Southern Watch, eskadra wykonała swoje pierwsze misje bojowe od incydentu w Mayaguez w 1975 roku.
- Co? Od 1996 r. 13th FS rozmieszczono w Afganistanie, Iraku i Jordanii dziesięć razy, ostatnio w 2014 r. w Jordanii, gdzie Pantery rozpoczęły amerykańską kampanię powietrzną przeciwko Państwu Islamskiemu. Ostatecznie ten wysiłek stał się znany jako Operacja Inherent Resolve (OIR).