Jones, często nazywany "Jenk", zaciągnął się w 1862 roku do 6. Baterii Armii Wolontariuszy Wisconsin. Jego służba wojskowa obejmowała bitwy pod Vicksburg, Missionary Ridge, Chattanooga, Lookout Mountain
i Atlantę. Złamał sobie nogę na Wzgórzu Misjonarskim, przez co przez resztę życia musiał chodzić z laską. Doświadczenia z wojny przekonały go, że ludzie muszą znaleźć inny sposób rozwiązywania sporów. Po odejściu z wojska Jones stał się otwartym pacyfistą.