Pomimo oficjalnej kapitulacji, był znaczący lokalny ruch oporu wobec japońskiej okupacji. Elementy armii filipińskiej kontynuowały swoją działalność i były w stanie wyzwolić wszystkie z pięćdziesięciu prowincji Filipin, z wyjątkiem dwunastu, podczas gdy inne grupy, takie jak Hukbalahap, były również zaangażowane. Prezydent Manuel L. Quezon reprezentował Filipiny aż do śmierci z powodu gruźlicy w 1944 roku. Amerykańskie siły pod dowództwem generała MacArthura powróciły w październiku 1944 roku, zaczynając od
Amfibia ląduje na Leyte.