Johnson dobrze rozpoczął sezon 2016 z sześcioma pierwszymi 10 miejscami w pierwszych dziesięciu zawodach. Po dwóch finałach poza pierwszą dziesiątką, był bliski wygrania turnieju Memorial, kończąc jeden strzał za ostatecznym zwycięzcą Williamem McGirtem. Tydzień później zdobył kolejne miejsce w pierwszej dziesiątce w FedEx St. Jude Classic. Johnson wygrał US Open 2016
19 czerwca 2016 w swoim 29 występie. Zwycięstwo było jednak otoczone kontrowersjami, ponieważ Johnson otrzymał karę jednego strzału po zakończeniu jego ostatniej rundy z powodu incydentu na piątym greenie. Kiedy przygotowywał się do uderzenia piłki, jego piłka lekko się poruszyła. Johnson odszedł, mówiąc, że nie mówił do piłki. Po rozmowie z urzędnikiem ds. regulaminu powiedziano mu, aby kontynuował strzał, który z powodzeniem wykonał. Wygrał trzy uderzenia przed Shane'em Lowry'm, Scottem Piercy'm i Jimem Furykem. Incydent z ruchem piłki wywołał oburzenie wśród wielu najlepszych golfistów na świecie, a gracze tacy jak Jordan Spieth, Rory McIlroy, Rickie Fowler i Webb Simpson krytykowali w mediach społecznościowych USGA za jego decyzję. Johnson awansował o trzy pozycje w rankingu OWGR na trzecią pozycję po tym zwycięstwie.