Zeman wezwał do zjednoczonej zbrojnej operacji przeciwko Państwu Islamskiemu (ISIL) pod przewodnictwem Rady Bezpieczeństwa ONZ. W czerwcu 2015 roku Zeman skomentował, że: "Jeśli kraje europejskie przyjmą falę migrantów, wśród nich będą grupy terrorystyczne, o których ostrzegł również libijski minister. Przyjmując migrantów, ułatwiamy ekspansję Państwa Islamskiego do Europy". Zeman opisał
Bliskowschodni uchodźcy przybywający do Europy jako "zorganizowana inwazja". We wrześniu 2015 roku Zeman odrzucił propozycję Unii Europejskiej dotyczącą obowiązkowych kwot migrantów, mówiąc: "Tylko przyszłość pokaże, że to był wielki błąd".