Zaczął 2013 r. zastępując zespoły USA i Niemiec podczas
2013 Hopman Cup jako zastępca John'a Isnera i Tommy'ego Haasa. Kokkinakis rywalizował w kwalifikacjach do Australian Open 2013, przegrywając z Steve'em Johnsonem 15<unk>17 w trzecim secie. Kokkinakis doznał złamania kręgosłupa podczas finału Australian Open dla chłopców, co uniemożliwiło mu udział w zawodach do połowy 2013 roku. Następnie powrócił do rywalizacji, grając w turniejach Futures w Republice Czeskiej, Kanadzie i Stanach Zjednoczonych, a najważniejszym wydarzeniem było ćwierćfinał turnieju Canada F5. We wrześniu i październiku Kokkinakis rywalizował w dwóch wyścigach Challenger w Stanach Zjednoczonych. Pierwszym był 2013 Napa Valley Challenger, gdzie zakwalifikował się i dotarł do drugiej rundy, przegrywając z Bradleyem Klahnem, mimo że prowadził setem. W 2013 roku zakwalifikował się do drugiej rundy. Znowu przegrał, mimo że prowadził setem przed Nickiem Kyrgiosem. W rezultacie jego pozycja wzrosła do najlepszego w karierze 655 miejsca. W październiku Kokkinakis połączył siły z Benjaminem Mitchellem i wygrał Melbourne Challenger pokonując w finale Alex Bolt i Andrew Whittingtona w setach. To zwiększyło jego ranking podwójny o 453 miejsca, co podniosło go do najwyższego w karierze numeru 505. Dotarł także do drugiej rundy w pojedynku. Wyglądał, jakby mógł wywołać wielkie zamieszanie po zdobyciu pierwszego seta przeciwko Matt'owi Ebden'owi, zanim przegrał następne dwa. Zakończył swój rok na 2013 Traralgon Challenger, gdzie przegrał w drugiej rundzie z Jamesem Duckworthem w setach.