W latach 1861-62 Kimberly służył na pokładzie fregaty w Eskadrze Blokadającej Zachodnią Zatokę, biorąc udział w operacjach na rzece Missisipi w Port Hudson, Grand Gulf
, i Vicksburg, i otrzymał awans na porucznika 16 lipca 1862. W latach 1863-1864 służył jako oficer wykonawczy parowca, widząc akcję w bitwie pod Mobile Bay, po której został serdecznie pochwalony za swoją dzielną i wydajną służbę. Po wojnie wstąpił do Military Order of the Loyal Legion of the United States.