W 1341 roku król Jan z Czech zezwolił rodzinom żydowskim na zamieszkanie w obrębie murów miasta, a pierwsza synagoga została zbudowana w 1380 roku; jednak kilka pogromów miało miejsce pod koniec XV i na początku XVI wieku. Od wojen husyckich
, miasto było tradycyjnie bastionem Kościoła katolickiego podczas długotrwałych konfliktów religijnych w Królestwie Czech. Budejovice należały do Monarchii Habsburgskiej od 1526 roku i pozostawały lojalnym zwolennikiem cesarza Ferdynanda II w czasie wojny trzydziestoletniej. Budějovice przeżyły krótką okupację Prus podczas wojen śląskich i wojny między Habsburgami a armią francuską w 1742 roku.