W XVI wieku, w okresie hiszpańskiego podboju Gwatemali, na brzegu jeziora odbyła się bitwa, w której Hiszpanie i ich sojusznicy Kaqchikel pokonali Tz'utujils. Po hiszpańskim podboju Gwatemali
Wkrótce potem franciszkanie założyli kościół i klasztor w Panajachel i wykorzystali miasto jako centrum konwersji rdzennych mieszkańców regionu na wiarę rzymskokatolicką. Oryginalna fasada kościoła wciąż stoi i jest uważana za jeden z klejnotów stylu kolonialnego w Gwatemali.