Ukończ następujące zdanie: Pod koniec czerwca 1861, Hotchkiss podpisał kontrakt jako konfederacyjny woźnica, by przynosić zaopatrzenie do kawalerii Churchville w Rich Mountain, Zachodnia Wirginia. Hotchkiss zaoferował swoje usługi jako mapista generałowi brygady Richardowi B. Garnettowi, którego brygada Konfederacji działała w zachodniej Wirginii. Hotchkiss służył na Rich Mountain i tworzył mapy dla planowanej kampanii generała Roberta E. Lee w górach. Wziął krótki urlop medyczny po tym, jak zachorował na tyfus, ale powrócił do służby w marcu 1862 jako główny inżynier topograficzny Valley District, podlegając generałowi Stonewallowi Jacksonowi. Po początkowej klęsce w bitwie pod Kernstown
Kampania Dolinowa 1862 26 marca 1862 Jackson wezwał Hotchkissa do swojej kwatery głównej w Narrow Passage w pobliżu Woodstock i polecił mu, aby "zrobił mi mapę Doliny, od Harper's Ferry do Lexington, pokazując wszystkie punkty ofensywy i obrony [sic] w tych miejscach". Hotchkiss natychmiast zalecił, że linia Jacksona na Stony Creek w Woodstock jest nie do obrony i że Jackson powinien wycofać się na Rude's Hill, mały wybrzeże na południe od Mt. Jackson, proszę. To właśnie na Rude's Hill Jackson zreorganizował swoje dowództwo na resztę swojej udanej kampanii 1862 w dolinie Shenandoah.