Wybuchła amerykańska wojna domowa w kwietniu 1861. W tym roku Howell zgłosił się na pokładzie fregaty parowej, która została przydzielona do eskadry blokady północnoatlantyckiej, aby wziąć udział w unijnej blokadzie Konfederacji Stanów Ameryki. Podczas pobytu na pokładzie "Minnesota" uczestniczył w bitwie o Baterie Zatoki Hatteras
na Outer Banks w Północnej Karolinie 28-29 sierpnia 1861.