Na Mistrzostwach Europy w luge Zöggeler zdobył osiemnaście medali. W tym cztery złoto (osobniki męskie: 2004
, 2008 i 2014; Zespół mieszany: 1994), sześć srebrnych medali (osoby męskie: 2006, 2012; Zespół mieszany: 1998, 2004, 2006 i 2013) i osiem brązowych (osoby męskie: 1994, 2000, 2002; Zespół mieszany: 1996, 2000, 2008, 2012 i 2014).