W dniu 11 kwietnia 2017 r. w pobliżu autobusu zespołu, który jechał na mecz Ligi Mistrzów przeciwko AS Monaco w Signal Iduna Park, doszło do trzech wybuchów. Obrońca Marc Bartra został ranny i zabrany do szpitala. Dortmund przegrał mecz 2 do 3 z AS Monaco. Menedżer Dortmundu, Thomas Tuchel, obwinił porażkę za nieświadomą decyzję UEFA. UEFA stwierdziła, że zespół nie miał nic przeciwko grze i że decyzja została podjęta zgodnie z klubowym i lokalnym organem ścigania. W drugiej rundzie Dortmund przegrał 1-3, pozostawiając wynik 3-6 i wyeliminowany z Ligi Mistrzów. W dniu 26 kwietnia Dortmund pokonał Bayern Monachium 3<unk>2 w Monachium, aby awansować do finału Pucharu DFB 2017
, czwarty z rzędu finał Dortmundu i piąty w sześciu sezonach. 27 maja Dortmund wygrał 2016-17 DFB-Pokal 2-1 nad Eintrachtem Frankfurcie, wygrywając z kary Pierre-Emericka Aubameyang.