Kościan został schwytany przez Szwedów podczas
Szwedzka inwazja na Polskę ("szwedzki potop") w 1655 roku, ale wkrótce została odzyskana przez jednostkę partyzancką kierowaną przez Krzysztofa Żegockiego. Miasto cierpiało na kolejne najazdy szwedzkie i rosyjskie w XVIII wieku, a w 1793 roku zostało zaanektowane przez Prusy w ramach drugiego podziału Polski. W Kościanie rozpoczęło się powstanie Wielkopolskie w 1794 roku. W 1807 roku miasto stało się częścią krótkotrwałego polskiego księstwa warszawskiego, zanim zostało ponownie zaanektowane przez Prusy w 1815 roku, a po odzyskaniu niepodległości w 1918 roku zostało przywrócone do Polski.