W sierpniu 2015 roku Frederiksen został mianowany menedżerem drużyny Danii U-21, podpisując dwuletni kontrakt. W jego pierwszym meczu za kierownictwo przegrali z Niemcami o 1:2 na stadionie Lohmühle w Lubece w Slezwiku-Holstynie. Pod kierownictwem Frederiksena Dania zakwalifikowała się do Mistrzostw Europy U21 w 2017 roku.
i 2019, gdzie zostali wyeliminowani w fazie grupowej, kończąc odpowiednio na trzecim i drugim miejscu.