Wraz z wybuchem wojny domowej w kwietniu 1861, został mianowany oficerem flagowym Atlantic Blockading Squadron. W sierpniu został wysłany z oddziałami pod dowództwem generała Benjamina F. Butlera, aby zdobyć dwa przybrzeżne forty w pobliżu Przylądka Hatteras. W następnej bitwie
, fortyfikacje zostały zdobyte bez strat, choć nie bez pewnych trudności ze względu na pogodę, a flota powróciła do Fortu Monroe z powszechnym uznaniem. Jednakże wkrótce to ustąpiło miejsca krytyce Stringhama za to, że nie zbliżył swoich statków i kontynuował atak wzdłuż wybrzeża. Fakt, że jego okręty wyciągnęły zbyt dużo wody, aby wejść do płytkich wód przybrzeżnych i że otrzymał bezpośredni rozkaz natychmiastowego powrotu, ostatecznie się ujawnił, ale najwyraźniej zbyt późno, aby uspokoić jego podrażnienie, ponieważ w następnym miesiącu, na jego własną prośbę, został zwolniony z dowództwa. Jako niewielką rekompensatę 1 sierpnia 1862 roku został awansowany do rangi kontradmirała na liście emerytowanych.