Po dwóch dość udanych sezonach bez występów w rozgrywkach, w połowie sezonu w 2004 roku Astros mieli kłopoty. Przed sezonem Astros dodali gwiazdorów Andy'ego Pettitte'a i Rogera Clemensa do zespołu, który już obejmował gwiazdy takie jak Lance Berkman i Jeff Kent, a także jądro Bagwella i Biggio. Szybko stali się faworytami do wygrania Ligi Narodowej. Jednak w przerwie do All-Stars, ich wynik był 44 na 44, głównie z powodu niezdolności do zdobycia punktów i słabego wyniku w meczach o jeden punkt. Po wygwizdaniu na All-Star Game w 2004 roku w Minute Maid Park, podczas pełnienia funkcji trenera w National League, Williams został zwolniony i zastąpiony przez Phila Garnera, który był gwiazdą drużyny Astros, która wygrała drugą dywizję w 1986 roku. Chociaż wielu ludzi było bardzo sceptycznych wobec Garnera, który miał przeciętny rekord w swoich poprzednich rolach menadżerskich w Milwaukee i Detroit, z tylko jednym zwycięskim sezonem na każdym z przystanków (w 1992 roku), zespół odpowiedział na Garnera, który doprowadził drużynę do 46 do 26 rekordów w drugiej połowie i Wild Card w National League. Wygrali swoją pierwszą serię playoffów w ośmiu próbach, pokonując Braves w pięciu meczach National League Division Series, aby awansować do
Mistrzostwa Narodowej Ligi po raz trzeci. Jednak przegrali z St. Louis Cardinals w siedmiu meczach, najbardziej dramatycznie na walk-off home run Jima Edmondsa w 12 inningie meczu 6.