Brooks walczył w II wojnie Seminole oraz w wojnie meksykańsko-amerykańskiej. Uczestniczył w bitwach
Bitwa pod Palo Alto i bitwa pod Resaca de la Palma w 1846 roku. Wystąpił w bitwie pod Monterrey i otrzymał tytuł kapitana za "odważne i zasłużone zachowanie". W następnym roku Brooks brał udział w oblężeniu Vera Cruz, bitwie pod Cerro Gordo, szkirmidzie pod Ocalaca, bitwie pod Contreras i bitwie pod Churubusco. 20 sierpnia 1847 otrzymał awans na majora za dzielny i zasłużony sposób postępowania w Contreras i Churubusco. Przez resztę wojny służył w sztabie generała Davida E. Twiggsa.