Jones był 14. wyborem w 2002 roku na drafcie NBA przez Indiana Pacers. Został wybrany przez Isiah Thomasa. Grał oszczędnie jako nowicjusz, średnio tylko 1,2 punktu na mecz w 19 występach, grając za Reggie'm Millerem. Średnia ta wzrosła do prawie 5 punktów na mecz w drugim roku, występując w 81 meczach. W sezonie 2004/05 zwiększył średnie wyników do 10,6 ppg, częściowo dzięki zawieszeniu na cały sezon kolegę z drużyny i małego napastnika Rona Artesta za udział w
Incydent z Malice w The Palace. W swoim pierwszym starcie po incydencie, Jones zdobył najwyższy wynik w karierze, 31 punktów przeciwko Orlando Magic, ustanawiając się jako jedną z głównych broni zdobywania punktów zespołu.