Kiedy rozpoczęła się Operacja Barbarossa 22 czerwca 1941 r., ówczesny major Seryugin dowodził pułkiem na froncie południowo-zachodnim, prowadząc go w bitwach granicznych na zachód od Stanisława i w sektorze Winicy na południe od Umana. We wrześniu otrzymał dowództwo nad 124. dywizją strzelcową, ale nie przejął dowództwa, ponieważ 124. dywizja została złapana w otoczeniu. Serjugin został zamiast tego mianowany szefem sztabu 212. Dywizji Strzeleckiej, z którą walczył w obronie Donbasu i
Barvenkovo <unk> Lozowaja ofensywa w ramach 6. Armii Frontu Południowo-Zachodniego. W maju 1942 r. ówczesny pułkownik Sierujgin został mianowany zastępcą dowódcy dywizji, jednocześnie nadal pełniąc funkcję szefa sztabu. Walczył z nim w II bitwie pod Charkowem, podczas której dywizja została otoczona. Na początku czerwca Sierugien wyłamał się z okrążenia i przeszedł na wschodni brzeg Sewerskiego Doniec z resztkami 212.