W 1943 roku japoński rząd okupacyjny utworzył Defenders of the Fatherland Army, siłę pomocniczą składającą się z Indonezyjczyków, które miały pomóc Japończykom, gdyby alianci zaatakowali Indonezję. Podobnie jak wielu współczesnych mu żołnierzy, Panggabean dołączył. W przypadku Panggabeana jednak, wydawało się, że udało mu się tylko przejść przez szkolenie wojskowe i podstawowe szkolenie zanim Japończycy się poddali.
i przywódcy narodowi Sukarno i Mohammad Hatta ogłosili niepodległość Indonezji.