Po rozpoczęciu amerykańskiej wojny domowej w 1861 roku, siły Konfederacji użyły kopuły rezydencji Windsor jako platformy obserwacyjnej i stacji sygnalizacyjnej. Wiosną 1863 roku, w ramach kampanii w Vicksburgu, Ulysses S. Grant i 17 000 żołnierzy Unii wylądowali w porcie Bruinsburg i przejęli kontrolę nad rezydencją Windsorów. Po bitwie pod Port Gibson
, rezydencja była używana przez wojska Unii jako szpital i stacja obserwacyjna. Rodzina Daniell mogła mieszkać na trzecim piętrze rezydencji podczas okupacji Unii.