W wrześniu 2006 roku papież Benedykt XVI wygłosił przemówienie na Uniwersytecie w Regensburgu w Niemczech na temat "rozsądności" wiary chrześcijańskiej. Na wykładzie w Regensburgu
Mówił o racjonalności w wierze i cytował komentarze czternastowiecznego bizantyjskiego cesarza Manuela II Paleologa, który, jak powiedział papież, powiedział: "Pokażcie mi, co nowego przyniósł Mahomet, a tam znajdziecie rzeczy tylko złe i nieludzkie, takie jak jego rozkaz rozprzestrzeniania mieczem wiary, którą głosił". Cytat wywołał ostrą krytykę ze strony muzułmanów na całym świecie, w tym parlamentu Pakistanu, który potępił papieża za jego komentarze i zażądał od niego przeprosin. Po przemówieniu, w dniu 17 września Choudary poprowadził protest przed katedrą Westminster, gdzie powiedział dziennikarzom: "Ktokolwiek obrazi przesłanie Mahometa, będzie podlegał karze śmierci". Policja Metropolitalna zbadała jego komentarze, ale stwierdziła, że "żadne poważne przestępstwa" nie zostały popełnione podczas demonstracji. Sekretarz ds. wewnętrznych w cieniu, David Davis, który wezwał do podjęcia działań przeciwko Choudary, powiedział: "To jest całkiem haniebne. To przesyła muzułmańskim ekstremistom wiadomość, że my, jako kraj, nie mamy moralnej odwagi, by stawić im czoła". Istnieją jednak twierdzenia, że organy ścigania w Wielkiej Brytanii wielokrotnie dysponowały wystarczającymi dowodami, aby dokonać aresztowania Choudary. Zabroniono im tego, ponieważ był kluczowy dla dochodzeń prowadzonych przez brytyjskie służby bezpieczeństwa.