Duterte wznowił rozmowy pokojowe z Komunistyczną Partią Filipin w 2016 roku, ale odwołał wszystkie negocjacje w lutym 2017 roku po atakach i porwaniach żołnierzy przez członków NPA, oficjalnie uznając CPP-NPA za grupę terrorystyczną. Po okupacji Marawi przez grupę Maute
Duterte ogłosił stan wojenny na całym Mindanao, który został później przedłużony na dwa lata do 2019 roku w celu zapewnienia porządku na wyspie. Bitwa o Marawi trwała pięć miesięcy od 23 maja do 17 października 2017 r., dzień po śmierci przywódców bojowników Omara Maute i Isnilon Hapilon, a Duterte ogłosił Marawi "uwolnionym od wpływów terrorystów".