Pettus służył na zachodnim froncie amerykańskiej wojny domowej. Podczas kampanii w Stones River został schwytany przez żołnierzy Unii 29 grudnia 1862 roku i wymieniony krótko później na żołnierzy Unii. Pettus został ponownie schwytany 1 maja 1863 roku, podczas gdy część poddanego garnizonu broniła Port Gibson
W Missisipi. Udało mu się uciec i wrócić do swoich linii. Pettus został awansowany na pułkownika 28 maja i otrzymał dowództwo nad 20 Dywizjonem Alabamy.