W marcu 1941 roku Stott został wysłany z 2. dywizją do Egiptu, aby dołączyć do 1. dywizji 2. dywizji, która była w tym kraju od lutego 1940 roku, a następnie do Grecji, aby wziąć udział w
obrony Grecji. Nowozelandczycy, wraz z innymi siłami aliantów, zostali zmuszeni do wycofania się na wyspę Kreta po niemieckiej interwencji w Grecji. Został ranny i schwytany podczas późniejszej bitwy pod Kretą.