Rząd jest totalitarny, mówiąc ludności, że to, co jest w rzeczywistości niebezpiecznie toksyczne regiony są rezerwaty dzikiej przyrody, i używa swoich sił policyjnych, Technological Crimes Task Force (TCTF), aby stłumić opozycję. Postać gracza, o nazwie kodowej Konoko (głos Amanda Winn-Lee), pełna nazwa później podana jako Mai Hasegawa, rozpoczyna grę pracując dla TCTF. Wkrótce dowiaduje się, że jej pracodawcy trzymają tajemnice o jej przeszłości.
TCTF