W styczniu 1966 roku, książę Sadruddin został mianowany Wysokim Komisarzem Narodów Zjednoczonych ds. Uchodźców po trzyletniej służbie jako zastępca Wysokiego Komisarza. W wieku 33 lat został najmłodszą osobą, która kiedykolwiek kierowała UNHCR. Przez następne dwanaście lat kierował agencją ONZ ds. uchodźców w jednym z najtrudniejszych okresów, koordynując międzynarodową reakcję na kryzys w Bangladeszu w 1971 roku.
W 1972 roku setki tysięcy Hutusów wyemigrowało z Burundi do Tanzanii, a w połowie lat siedemdziesiątych tragedia Wietnamczyków. W 1972 roku książę Sadruddin odegrał kluczową rolę w znalezieniu nowych domów dla dziesiątek tysięcy Azjatów z południa, wypędzonych z Ugandy przez Idi Amina.