W 1986 roku Colón de Carvajal i jego osobisty kierowca zostali zabici przez baskijską grupę separatystów Euskadi Ta Askatasuna (ETA), która otworzyła ogień do samochodu, w którym podróżowali, i wrzuciła do środka granat ręczny w pobliżu Paseo de la Castellana w Madrycie w Hiszpanii. Wraz z zabójstwem Carrero Blanco
W 1973 roku był najważniejszą postacią, która została zamordowana przez tę organizację.