Pardo zadebiutował w reprezentacji Meksyku w 1996 roku, grając w Pucharze Stanów Zjednoczonych przeciwko USA. Od tego czasu, Pardo dowodził swoim krajem przy kilku okazjach i odgrywał ważną rolę w drużynie narodowej przez wiele lat, pomagając jego krajowi wygrać 1998
oraz turnieje Pucharu Złotego CONCACAF 2003 i Pucharu Konfederacji FIFA 1999. Grał w reprezentacji Francji 98, w Copa América 1997 i 1999 oraz w Pucharze Konfederacji 2005 i Pucharze Świata 2006.