Czisny zajął trzecie miejsce na Skate Canada International 2008 w serii Grand Prix 2008/09 za Joannie Rochette i Fumie Suguri. Na Mistrzostwach Stanów Zjednoczonych 2009
, wygrała krótki program o ponad pięć punktów. W programie długim ukończyła trzecie miejsce, ale zdobyła złoty medal dzięki przewadze w programie krótkim. Czisny zdobyła swój pierwszy tytuł narodowy, wyprzedzając Rachael Flatt i Caroline Zhang. Zdobyła swoją drugą wycieczkę na Cztery Kontynenty i Mistrzostwa Świata, w których zajęła odpowiednio dziewiąte i jedenaste miejsce.