Jako menedżer, Deschamps rozpoczął swoją karierę w Monako, i pomógł klubowi wygrać Coupe de la Ligue w 2003 roku, i dotarł do finału Ligi Mistrzów UEFA w 2004 roku, został nazwany Menedżerem Roku w Ligue 1 w 2004 roku. W sezonie 2006/07 pomógł swojemu byłemu klubowi Juventus zdobyć tytuł Serie B i powrócić do Serie A po ich zejściu z tytułu udziału w skandalu Calciopoli w 2006 roku w poprzednim sezonie. Następnie kierował kolejnym z jego byłych klubów, Marsylią, gdzie zdobył tytuł Ligue 1 w sezonie 2009/10, a także trzy kolejne tytuły Coupe de la Ligue w latach 2010-2012, a także kolejne tytuły Trophée des Champions w 2009/10.
2010 i 2011.