W styczniu 1942 roku Houghton został zastępcą dowódcy 40 Commando i uczestniczył w nieudanym ataku aliantów na Dieppe.
19 sierpnia 1942. Podobnie jak większość jego jednostki, został schwytany przez Niemców w fiasku. Jako jeńca wojennego, Houghton został uwięziony przez 411 dni i pozostał w niewoli do końca wojny. Następnie został odznaczony Krzyżem Wojskowym za odwagę w Dieppe i wytrwałość jako więzień wojenny.