Na początku wojen napoleońskich Marcognet był generałem dowodzącym brygadą w korpusie marszałka Francji Michela Neya. W 1805 r. dowodził swoimi oddziałami w Günzburgu, Elchingen i Scharnitz. W kampanii 1806-1807 dowodził swoją brygadą w Jenie, Magdeburgu, Eylau, Guttstadt-Deppen i Friedland. Po przeniesieniu korpusu Neya do Hiszpanii, walczył pod Tamames.
, Alba de Tormes, Ciudad Rodrigo, Almeida, Bussaco, Torres Vedras, Casal Novo i Fuentes de Onoro.