Wraz z brazylijską reprezentacją piłkarską Júnior zdobył dziewiętnaście meczów międzynarodowych w latach 1996-2004, strzelając jeden gol, który trafił przeciwko Kostaryce w zwycięskiej kampanii Mistrzostw Świata FIFA 2002. Był również członkiem brazylijskiej drużyny, która wzięła udział w Złotym Pucharze CONCACAF 1998
i Copa América w 2001 roku.