Po Fort Donelson 41 Illinois został przydzielony do 1 Brygady w Stephen A. Hurlbut 4 Dywizji Armii Tennessee. Wkrótce po rozpoczęciu walk w
W bitwie pod Shiloh, dowódca 1 Brygady, pułkownik Nelson G. Williams został ciężko ranny i dowództwo brygady zostało przekazane Pugh. Pułkownik Pugh umiejętnie poprowadził brygadę przez dwa dni walki pod Shiloh w pobliżu "Krwawego Stawu".