Napisz kontynuację do tego paragrafu - MacRae zaciągnął się jako szeregowy w Monroe Light Infantry, i został wybrany na kapitana, kiedy to stał się Kompanią B, Piętnasty Północna Karolina pułk piechoty. W kwietniu 1862 został awansowany na podpułkownika. Podczas kampanii na Półwyspie i w II Manassas jego pułk był częścią brygady Howella Cobba. Podczas bitwy pod Antietam, MacRae dowodził brygadą, która została zredukowana do 250 mężczyzn podczas walk w ciągu kilku poprzednich tygodni. Brygada MacRae'a odparła trzy ataki Unii, ale wycofała się, gdy pozostało mu tylko 50 osób i jego zapasy amunicji zostały wyczerpane. W Fredericksburgu walczył ze swoim pułkiem w Marye's Heights. Bezpośrednio po bitwie 15 Karolina Północna została przeniesiona do brygady generała Johna Rogersa Cooke'a z Karoliny Północnej. Cooke został ciężko ranny w Fredericksburg i nie wrócił do brygady do kwietnia 1863 roku. W lutym 1863 roku MacRae awansował na pułkownika. Brygada ta służyła w Północnej Karolinie i południowo-wschodniej Wirginii aż do zakończenia kampanii getysburskiej. W lutym 1863 r. otrzymał tytuł pułkownika, a w 1864 r. został general-brygadyerem. Po ponownym dołączeniu do Armii Północnej Wirginii, MacRae został odznaczony za odwagę w bitwie pod Bristoe Station. Po tym, jak generał brygady William Whedbee Kirkland został ranny w bitwie pod Cold Harbor, MacRae został tymczasowo awansowany do rangi generała brygady i przydzielony do dowództwa brygady Kirkland (była to również dawna brygada generała brygady J. Johnstona Pettigrew). Na stacji Ream's
Brygady MacRae'a, Lane'a i Cooke'a wypędziły z ich frontów II Korpus Winfielda Scotta Hancocka i zdobyły baterię artyleryjską. Po zasłużonej służbie w bitwie pod Boydton Plank Road MacRae pozostał w armii przez kampanię Appomattox.