Nieznany, ale ważny, główny powód zwolnienia Schlesingera, to jego nieposłuszeństwo wobec prezydenta Forda. Podczas incydentu "Mayaguez"
Ford rozkazał kilka ataków odwetowych na Kambodżę. Schlesinger powiedział Fordowi, że pierwszy atak został przeprowadzony, ale Ford później dowiedział się, że Schlesinger, który nie zgodził się z rozkazem, nie wykonał żadnego z nich. Według książki Boba Woodwarda "Shadow" z 1999 roku, Ford pozwolił na ten incydent, ale kiedy Schlesinger dopuścił się dalszego nieposłuszeństwa w innych sprawach, Ford ostatecznie go zwolnił. Woodward zauważa: "Stany Zjednoczone po raz pierwszy przegrały wojnę. (...) To, że prezydent i sekretarz obrony nie mogli się zgodzić na to, kto jest odpowiedzialny, było przerażające... [To] niepublikowane załamanie w wojskowym łańcuchu dowodzenia było... być może najważniejszym skandalem prezydentury Forda. " Schlesinger również nie posłuchał Forda, gdy został poproszony o wysłanie jak największej liczby samolotów wojskowych do ewakuacji Wietnamu Południowego. Schlesinger nie zgodził się na to i nie wysłał samolotu. Woodward twierdzi, że prezydent wybrany, czego Ford nie był, nigdy by nie tolerował nieposłuszeństwa.