Jordan był przydzielony do zachodniej granicy do 1846 roku, kiedy został awansowany na porucznika. W wojnie meksykańsko-amerykańskiej, służył w bitwie pod Palo Alto.
i Resaca de la Palma. W 1847 został awansowany na kapitana i pełnił funkcję kwatermistrza. Pozostał w Vera Cruz przez rok po wojnie w roli administracyjnej. Następnie przeniesiono go do różnych garnizonów na Południu i na wybrzeżu Pacyfiku.