Napisz kontynuację tego paragrafu - Prkačin był członkiem chorwackiej reprezentacji młodzieżowej do 22 lat. Jego debiut w głównym turnieju w reprezentacji Chorwacji nastąpił podczas EuroBasket 1997. Następnie zagrał w reprezentacji Chorwacji w następujących głównych turniejach FIBA: EuroBasket 1999, EuroBasket 2001, EuroBasket 2003, EuroBasket 2005 i EuroBasket 2007. Reprezentował również Chorwację na Letnich Igrzyskach Olimpijskich 2008.
i EuroBasket 2009. Prkačin był dwukrotnie kapitanem chorwackiej drużyny.