W następnym sezonie Fernandinho zagrał w zwycięstwie nad Tavriya Simferopol 4 lipca. 18 lipca zdobył gola wyrównawczego w remisie 1 do 1 z Metalurhem Zaporożyją. 7 sierpnia zdobył bramkę otwierającą mecz w zwycięstwie 5:0 nad Sewastopol. Brał również udział w 1<unk>0 UEFA Super Cup.
28 sierpnia. Ucierpiał złamaną nogę w porażce 1-0 z Obolonem Kijowskim 10 września, co miało wykluczyć go na cały sezon. W końcu powrócił 1 kwietnia 2011 roku po prawie siedmiu miesiącach nieobecności w walce w zwycięstwie 3 do 1 nad Illichivets Mariupol. W ostatniej 94 minucie strzelił zwycięski bramkę w zwycięstwie 2 do 1 nad Tavriya, jego pierwszym bramką od powrotu z kontuzji. 25 maja zagrał pełnych 90 minut w zwycięstwie Shakhtara w finale Pucharu Ukrainy 2:0 nad Dynamo Kijów. Pod koniec sezonu Shakhtar wygrał mistrzostwo, a Fernandinho przyczynił się do zdobycia trzech bramek w 15 występach w lidze. Udało im się zdobyć trzy nagrody (Premier League, Puchar i Puchar Super).