Fontàs zadebiutował w pierwszej drużynie 31 sierpnia 2009 roku, zastępując innego absolwenta "La Masia", Gerarda Piqué, w ostatnich sześciu minutach wygranej 3<unk>0 La Liga przeciwko Sportingowi de Gijón. Na początku sezonu 2009/10 został powołany przez menedżera Pep Guardiolę do Super Pucharu Hiszpańskiego i Super Pucharu UEFA.
w pierwszych dwóch meczach, odpowiednio przeciwko Athletic Bilbao i FC Shakhtar Donetsk, ale ostatecznie nie znalazł się na ławce przy żadnej z tych okazji. Spędził większość sezonu w rezerwie.