W marcu 1937 roku Schniewind został usunięty ze stanowiska na uniwersytecie, a na początku 1938 roku władze wszczęły śledztwo karne w związku z jego zaangażowaniem w Kościół Wyznający. Został zmuszony do zniesienia wynagrodzenia o 80%. Wiele źródeł przypuszcza lub sugeruje, że pozbawiono go profesury do końca wojny.
W maju 1945 roku, ale niedawne badania dokumentacji personelu przechowywanych w archiwach na Uniwersytecie w Halle wskazały, że profesor Schniewind został po cichu przywrócony w jakiejś formie później w 1938 roku. Nie ma żadnych doniesień o tym, że sprawa karna osiągnęła etap oskarżenia. Według pewnego źródła, oprócz wykładów wygłaszanych w imieniu Kościoła Wyznawczego, był w stanie kontynuować "prywatne pouczanie swoich uczniów". Po 1939 r. połączył działalność na uniwersytecie z pracą kapelana w szpitalu wojskowym.