W czasie wojny meksykańsko-amerykańskiej, armia meksykańska przeniosła tu mnichów, by bronić Meksyku przed najeźdźcami. Meksykanie wzmocnili budynek, włączając w to budowę parapetu. W tamtym czasie kompleks był daleko poza granicami miasta. 20 sierpnia 1847 r.
Wojna pod Churubusco. Kiedy Meksykanom skończyła się amunicja, bitwa przerodziła się w walkę wręcz. Kiedy Meksykanie zostali pokonani, amerykański generał David Twiggs poprosił generała Pedro Marię de Anaya, by oddał mu amunicję. Anaya odpowiedziała: "Gdyby była, nie byłoby cię tutaj". Była to również ostatnia baza batalionu Świętego Patryka, regimentu składającego się głównie z irlandzkich dezerterów z armii amerykańskiej. Przy głównym wejściu umieszczono tabliczkę w ich cześć. W 1869 r. prezydent Benito Juárez ogłosił to miejsce zabytkiem narodowym na cześć bitwy, co zostało potwierdzone w 1933 r. Jednakże nie zmieniło to go w muzeum. W latach 1876-1914 służył jako szpital wojskowy, specjalizujący się w chorobach zakaźnych. W latach dwudziestych był szkołą sztuki, a od 1920 do 1960 był magazynem. W latach sześćdziesiątych i siedemdziesiątych XX wieku budynek ten był nieoficjalnie znany jako Muzeum Transportu, ponieważ przechowywano tam dużą liczbę starych pojazdów. W końcu w 1985 roku kolekcja ta została wysłana do Zacatecas.