Jego mianowanie na dowódcę 6 Dywizji oznaczało, że Mackay poprowadził jej i armię australijską w pierwszych bitwach wojny. Wątpliwości co do zdolności Mackaya zniknęły wraz z zaangażowaniem dywizji w Operację Kompas. Podczas bitwy pod Bardią
, w Libii w styczniu 1941 roku, 6 Dywizja zdobyła umocnione miasto wraz z 36 000 włoskich jeńców. Za ten sukces Mackay otrzymał tytuł Kawalera Dowódcy Orderu Imperium Brytyjskiego (KBE). W wojnie o szybkie ruchy na długich dystansach, Mackay wykazał się staranną planowaniem i uznał potrzebę wzmocnienia sukcesu. Imponujący był również sposób, w jaki dbał o życie żołnierzy. "Nie tylko chcę Tobruku szybko", powiedział swoim brygady, "ale chcę go również tanio". Po zwycięstwie pod Bardia nastąpiły sukcesy pod Tobrukiem, Derną i Benghazi.