Kiernan nalegał, by dołączyć do szeregów bojowych, i w tym charakterze został mianowany majorem w 6 Missouri. W maju 1863 roku w Port Gibson
Został ranny w lewe płuco i zostawiony na boisku na śmierć. Po odnalezieniu i uwięzieniu uciekł z powrotem do sił Unii i zrezygnował ze stanowiska. 1 sierpnia 1863 został mianowany generałem brygady ochotników przez prezydenta Abrahama Lincolna; dowodził posterunkiem w Miliken's Bend nad Missisipi. Jednak złe zdrowie w wyniku ran na polu bitwy zmusiło go do rezygnacji 3 lutego 1864 r.