W maju 1859 roku Austria poniosła wojskową klęskę w bitwie pod Varese, a w czerwcu w bitwie pod Magenta.
przeciwko połączonym siłom Francji i Sardynii. Cesarz odmówił uznania powagi sytuacji, która powodowała wielkie trudności w domu, i przejął bezpośrednie dowodzenie armią, choć nie był zawodowym żołnierzem. Później tego samego miesiąca kolejna klęska pod Solferino zapieczętowała los Austrii, a cesarz musiał przyjąć warunki Napoleona pod Villafranką. Austria zgodziła się oddać Lombardię, a władcy państw środkowych Włoch mieli zostać przywróceni. Jednak to ostatnie nigdy się nie wydarzyło, a w następnym roku w plebiscytach wszystkie dołączyły do Królestwa Sardynii-Piedmont. W kwietniu 1860 roku Garibaldi zaatakował i szybko podbił Sycylię, a w lutym 1861 roku Królestwo Dwóch Sycylii przestało istnieć, Franciszek i Maria uciekli do Austrii.