Świeccy muzułmanie i głównie niemuzułmańscy mieszkańcy Południa zdecydowanie sprzeciwiali się narzuceniu islamskiego prawa. Jeszcze przed wydaniem ustaw z września John Garang, przywódca Sudanu Ludowego Ruchu Wyzwolenia (SPLM) zbiegł z rządu i zaczął organizować południową opozycję, aby obalić Nimeiry. Wykonanie kary hudud, która obejmowała zbijanie i amputację rąk i stóp, wywołała szeroki sprzeciw wobec rządu Nimeiry. Po obaleniu Nimeiry'ego w 1985 r. rząd Swar al-Dahab zawiesił najcięższe kary hudud. Zarówno Swar al-Dahab, jak i jego demokratycznie wybrany następca, Sadiq al-Mahdi, popierali szariat, ale krytykowali metodę jego wdrażania przez Nimeiry. Na początku 1989 r. niechętny al-Mahdi wyraził chęć rozważenia uchylenia kontrowersyjnych praw szariatu. To spowodowało, że jego partner koalicyjny, al-Turabi i Narodowy Front Islamski (NIF), zrezygnowali z rządu w proteście. Al-Mahdi ogłosił, że gabinet rozważy projekt ustawy uchylającej ustawy wrześniowe w dniu 1 lipca 1989 r. i spotka się z przywódcami SPLM, aby pokojowo rozwiązać problem zakończenia wojny domowej. Wojskowy zamach stanu w czerwcu 1989 r.
Wydarzenie to miało miejsce zaledwie 24 godziny przed planowanym głosowaniem rządu al-Mahdi'ego w sprawie uchylenia ustaw z września.