15 sierpnia 1945 roku Japończycy poddali się.
do sił sojuszniczych. Dwa dni później ogłoszono Proklamację Niepodległości Indonezji. Maluku zostało uznane za jedną z prowincji Republiki Indonezji. Jednak formacja i pozycja Maluku w tym czasie musiały odbyć się w Dżakarcie, ponieważ zaraz po kapitulacji Japończyków, Niderlandzkie Administracje Cywilne (NICA) natychmiast wkroczyły na Maluku, aby przejąć kontrolę. Holendrzy kontrolowali Maluku do 1949 roku, kiedy to w porozumieniach holendersko-indonezyjskiej konferencji okrągłego stołu, Holendrzy uznają suwerenność Indonezji. Holendrzy wkrótce opuścili Maluku. Ze względu na głęboką nieufność do indonezyjskiego przywództwa, które było w przeważającej mierze muzułmańskie, w 1951 r. w Ambonie ogłoszono niezależną Republikę Południowych Małukasów (Indonezyjski: RMS, Republik Maluku Selatan), wspieraną przez Holendrów. RMS miało silne poparcie wśród byłych żołnierzy kolonialnych Moluków. W rezultacie siły indonezyjskie zaatakowały Maluku, aby zmiażdżyć separatystów. Główna twierdza grupy buntowniczej RMS na Ambon została pokonana przez siły indonezyjskie w listopadzie 1950 roku, podczas gdy mniejsza walka partyzancka trwała na wyspie Seram do 1962 roku. Porażka na Ambon doprowadziła jednak do ucieczki samozwańczego rządu RMS z wysp i utworzenia rządu na uchodźstwie w Holandii. W następnym roku około 12.000 żołnierzy z wysp Molucków wraz z rodzinami udało się do Holandii, gdzie ustanowili "Republikę Południowych Molucków" jako rząd na uchodźstwie.