W 2002 roku został skazany przez Specjalny Trybunał ds. Duchowieństwa za szereg zarzutów, w tym "rozpowszechnianie kłamstw, obrażanie islamskich świętości". Został usunięty ze stanowiska przez Islamską Republikę i odsiedział cztery lata więzienia przed i po skazaniu. Podczas tłumienia protestów w związku z wyborami prezydenckimi w 2009 r.
w Iranie, Eshkevari uciekł do Niemiec, aby uzyskać azyl polityczny.