Następnie wojsko niemieckie zwróciło uwagę na zachód i w kwietniu 1940 roku zaatakowało Danię.
- Co? "Schleswig-Holstein" został przydzielony do morskiej części sił inwazyjnych. Podczas inwazji statek został krótko zakotwiczony w Wielkim Pasie, na zachód od Agersø. Po operacji został ponownie przeniesiony do zadań szkoleniowych jako okręt flagowy szefa jednostek szkoleniowych. Pod koniec 1943 roku ponownie rozważano reaktywację "Schleswig-Holstein". Na jej korzyść był fakt, że zachowała kilka kotłów węglowych, biorąc pod uwagę coraz gorszą sytuację dostaw ropy naftowej. W ten sposób 1 lutego 1944 roku został ponownie oddany do użytku, początkowo jako statek szkoleniowy dla kadetów, a później w tym samym roku dokował w Gotenhafen (Gdynia) w celu przebudowy. Miała zostać przekształcona w konwojowy statek eskorty z znacznie ulepszonym uzbrojeniem przeciwlotniczym, ale po trzykrotnym uderzeniu przez bombowce Royal Air Force 18 grudnia 1944 r. ostatecznie zatonęła na płytkich wodach. Ponieważ statek został trwale wyłączony, załoga została wysłana na brzeg, aby pomóc w obronie Marienburga.