Od 1983 do 1993 roku Arafat stał w Tunezji i zaczął zmieniać swoje podejście od otwartego konfliktu z Izraelczykami do negocjacji. W 1988 r. uznał prawo Izraela do istnienia i dążył do rozwiązania konfliktu izraelsko-palestyńskiego w postaci dwóch państw. W 1994 roku powrócił do Palestyny, osiadł w mieście Gazy i promował samorząd dla terytoriów palestyńskich. Zaangażował się w szereg negocjacji z rządem izraelskim w celu zakończenia konfliktu między nim a OWP. Wśród nich była konferencja w Madrycie w 1991 r.
, porozumieniach z Oslo z 1993 r. i szczycie w Camp David w 2000 r. W 1994 roku Arafat otrzymał Pokojową Nagrodę Nobla, wraz z Yitzhakem Rabinem i Shimonem Peresem, za negocjacje w Oslo. W tym czasie poparcie dla Fatahu wśród Palestyńczyków spadło wraz z rozwojem Hamasu i innych bojowych rywali. Pod koniec 2004 roku, po tym, jak przez ponad dwa lata został zamknięty w swoim kompleksie w Ramallah przez izraelską armię, Arafat wpadł w śpiączkę i zmarł. Przyczyna śmierci Arafata pozostaje przedmiotem spekulacji, ale dochodzenia rosyjskich i francuskich zespołów ustaliły, że nie było żadnej zbrodni.