Dziennikarze stwierdzili, że mógł on "grać wiodącą rolę w zorganizowaniu" zwycięstwa wyborczego Ahmadineżada i że mógł być "kluczową postacią w zorganizowaniu represji przeciwko antyrządowym protestującym" w czerwcu 2009 roku i bezpośrednio dowodził paramilitarną grupą Basij, pomimo tego, że jego nazwisko zostało ukryte w prasie reżimu. W liście otwartym Mehdi Karroubi, były przewodniczący Majlis (parlamentu) i reformistyczny kandydat w wyborach prezydenckich w 2009 roku
, wyraźnie oskarżył Mojtaba Khamenei o udział w spisku mającym na celu sfałszowanie wyborów, odnosząc się do nielegalnej ingerencji "sieci".