Krótko pod rządami rodu Jagiellonów w personalnej unii z Królestwem Węgier aż do bitwy pod Mohacs, ziemie czeskie były następnie rządzone w personalnej unii z Królestwem Węgier i Archduchy Austrii przez cesarzy Habsburgów Świętego Cesarstwa Rzymskiego, ostatecznie przestając "de facto" (ale nie "de jure") istnieć jako oddzielne królestwo i stając się częścią Monarchii Habsburgów, po stłumieniu powstania czeskiego w bitwie pod Białą Górą
- Co? Po kolejnym stuleciu większa część regionu została odcięta od reszty ziem Korony Czeskiej, kiedy to Monarchia Habsburgów przegrała wojny śląskie z Królestwem Pruskim pod wodzą Fryderyka Wielkiego, zostając w ten sposób zmuszona do ustąpienia większości tego regionu (z wyjątkiem austriackiego Śląska) w traktatach w Breslawie i Berlinie, a także strategicznie ważnego Kraju Kłodzkiego, części podstawowego terytorium Królestwa Czeskiego. Jednakże ten ostatni obszar pozostawał częścią rzymskokatolickiej archidiecezji prackiej aż do 1972 roku.