- W 1937 roku Flota Połączona stała pod bezpośrednim dowództwem Cesarskiego Sztabu Generalnego. Wraz z rozpoczęciem wojny na Pacyfiku z atakiem na Pearl Harbor przeprowadzonym przez "Kido Butai" z Połączonej Floty (1st Air Fleet), Połączona Flota stała się prawie synonimem Japońskiej Marynarki Wojennej Cesarskiej, pod dowództwem admirała Isoroku Yamamoto do kwietnia 1943 roku, kiedy to zmarł po tym, jak jego samolot został zestrzelony przez siły powietrzne USA nad wyspą Bougainville. Składała się z pancerników, lotniskowców, samolotów i elementów składających się na główne siły bojowe IJN. Po raz pierwszy został zmobilizowany w całości do bitwy pod Midway. Po niszczycielskich stratach lotniskowców w Midway i na Wyspach Salomona
, marynarka została zorganizowana na szereg "Flot Obszarowych" dla lokalnej kontroli operacyjnej różnych stref geograficznych. Połączona Flota ewoluowała w organizację bardziej administracyjną.