Większość z tych, którzy zginęli podczas bitwy, została pochowana na morzu. Były okręt flagowy Horatio Nelsona został holowany do zatoki Rosia 28 października 1805. Później szczątki Nelsona zostały przetransportowane do Anglii, gdzie został pochowany w krypcie katedry św. Pawła. Ofiary bitwy zostały przywiezione do Gibraltaru; ci, którzy zmarli później z powodu ran, zostali pochowani na cmentarzu św. Jago, na północ od muru Karola V. Wiele grobów na cmentarzu Trafalgar przedstawia ofiary trzech epidemii żółtej gorączki. Te epidemie na Gibraltarze były najcięższe w latach 1804, 1813 i 1814. Na cmentarzu Trafalgar pochowani są również marynarze, którzy zginęli w innych bitwach francuskiej rewolucji i wojen napoleońskich, w tym w pierwszej bitwie pod Algeciras
W 1801 r. i konfliktach przy Kadyksie i Maladzie w 1810 i 1812 r.