23 sierpnia 1951 roku Wisner zastąpił Allena W. Dullesa i został drugim zastępcą dyrektora ds. planów, a Richard Helms jego szefem operacji. W tej pozycji, był instrumentalny w wspieraniu sił pro-amerykańskich, które obaliły
Mohammed Mossadegh w Iranie w 1953 i Jacobo Arbenz Guzmán w Gwatemali w 1954. Kolejnym projektem, w który był zaangażowany, był związany z przywódcami Brygady Białorusi, jednostki włączonej do niemieckiej dywizji SS, którzy otrzymali pomoc w Stanach Zjednoczonych po II wojnie światowej, głównie dzięki jego wysiłkom. Wbrew prawu federalnemu, John Loftus twierdził, że Biuro Koordynacji Polityki pomogło uzyskać wizy dla nazistowskich kolaborantów z Białorusi, którzy prawdopodobnie ułatwili liczne okrucieństwa dokonywane przez nazistowskie Niemcy. Według Loftusa, to wszystko było częścią planu zimnej wojny, aby prowadzić wojnę partyzancką w okupowanej przez Sowietów Europie, w której nazistowscy kolaboranci mieli odegrać kluczową rolę. Kiedy projekt się zawalił, Białorusini szybko się osiedlili i uzyskali amerykańskie obywatelstwo, a agencje wywiadowcze chroniły ich przed ujawnieniem przez dziesięciolecia.