Wypełnij następujące zdanie: W następne lato, kapitan Cristiano Doni został wymieniony wśród podejrzanych o udział w skandalu związanym z ustawianiem wyników meczów (znanym również jako "Calcioscommesse"). /Atalanta dostała 6 punktów kary /w ostatniej rundzie.
Doni otrzymał trzy i pół roku zawieszenia ze wszystkich działań związanych z piłką nożną w dniu 19 sierpnia, skutecznie kończąc swoją karierę w wieku 38 lat. Obrońca Thomas Manfredini został również oskarżony o udział w skandalu i początkowo otrzymał trzyletni zakaz, choć później został uniewinniony. Również tego lata Atalanta podpisała kontrakt z Argentyńczykiem Germánem Denisem, który stał się jednym z najbardziej płodnych strzelców klubu z 56 bramkami w czterech i pół sezonu. Na początku sezonu Atalanta zdobyła 10 punktów w pierwszych czterech meczach, podczas gdy firma pracowała, aby bronić siebie i swoich graczy przed tymi oskarżeniami. Atalanta uzyskała 52 punkty przed karą sześciu punktów, ustanawiając nowy rekord klubu dla większości punktów w Serie A. Wynikało to z konsekwentnych występów w całym sezonie (26 punktów w każdej połowie) i czwartej najlepszej obrony w lidze z 43 strzelonymi bramkami, na równi z Bologną i Fiorentyną. Klub zapewnił sobie bezpieczeństwo w Serie A w przedostatnim dniu meczu, wygrywając z Fiorentyną 2:0, ale przegrał ostatnie trzy mecze z Milanem, Lazio i Juventusem.