Jakovlev wrócił do Komitetu Centralnego do pracy nad ideologią i propagandą, i opublikował kilka antyamerykańskich książek. W lipcu 1960 roku uzyskał stopień kandidat nauk, równoważny doktoratowi. W lipcu 1965 roku został mianowany pierwszym zastępcą szefa Departamentu Propagandy Komitetu Centralnego KPSU przez Leonida Breżniewa. W sierpniu 1968 roku, Jakovlev został wysłany do Pragi jako przedstawiciel Komitetu Centralnego KPSU, i był świadkiem
Wejście czołgów do miasta. Później wypowiedział się przeciwko usunięciu Dubceka. W tym samym roku został dowódcą grupy odpowiedzialnej za przygotowanie nowej konstytucji. Jakowlew pełnił funkcję redaktora kilku publikacji partyjnych i awansował na kluczową pozycję szefa Wydziału Ideologii i Propagandy KPSU w latach 1969-1973. W styczniu 1970 roku ponownie odwiedził Stany Zjednoczone i spotkał się z Ronaldem Reaganem, Henrykiem Kissingerem i Jane Fondą, którzy ostrzegali go, że Moskwa "nie docenia pełnego niebezpieczeństwa amerykańskiego militaryzmu". Ta wycieczka nie zmieniła jego negatywnego wrażenia na nas.