Ukończ następujące zdanie: Doherty rozpoczął sezon 2012/13 przegrywając 4<unk>5 ze Stuartem Binghamem w drugiej rundzie Wuxi Classic i 3<unk>5 z Martinem Gouldem w pierwszej rundzie Australian Goldfields Open. Dotarł do ćwierćfinału wydarzenia, przegrywając 0-4 z Markiem Selbym. Doherty został pokonany w kwalifikacjach do Mistrzostw Szanghaju i Mistrzostw Wielkiej Brytanii w 2012 roku i nie awansował poza rundę dzikiej karty Mistrzostw Międzynarodowych. Na piątym wydarzeniu European Tour,
W Scottish Open pokonał takich zawodników jak Luca Brecel i Ryan Day, aby dotrzeć do półfinału, gdzie przegrał 2 do 4 z Ding Junhui. Doherty został wyeliminowany w pierwszej rundzie German Masters przez Petera Linesa, ale potem miał swój najlepszy sezon w Welsh Open. Pokonał czterokrotnego mistrza świata Johna Higginsa 4 do 1 i Toma Forda 4 do 3, aby przejść do ćwierćfinału. Prowadził Stuarta Binghama 2-0, ale po serii nieudanych potów Doherty stracił pewność siebie i przegrał 3-5. Jego wyżej wspomniany przebieg do półfinału Scottish Open pomógł mu ukończyć 16. na Order of Merit PTC, aby zakwalifikować się jako jeden z 26 najlepszych graczy do finału, ale przegrał 2 do 4 z Kurtem Maflinem w pierwszej rundzie. Doherty prawie wyciągnął jeden ze swoich znakomitych powrotów przeciwko Matthew Selt w ostatniej rundzie kwalifikacji do Mistrzostw Świata, ponieważ z 4 do 9 w dół wyrównał się na 9 do 9, ale stracił decydujący klatkę. Rezultat oznaczał, że był to pierwszy sezon, w którym Doherty nie wystąpił w żadnym z wydarzeń Triple Crown w snookerach. Doherty podniósł swój ranking o osiem miejsc w trakcie sezonu, aby zakończyć go na 27. miejscu na świecie.