Barney został mianowany porucznikiem w marynarce Konfederacji 2 lipca 1861. Dowodził CSS "Jamestown" podczas bitwy pod Hampton Roads, słynnej bitwy z Brytyjczykami, podczas której zdobył dwie brygdy i szkuner Accomac u wybrzeży Newport News Point, podczas gdy CSS "Virginia" przyciągał uwagę Marynarki Wojennej Unii. Po ewakuacji Konfederacji z Norfolk, "Jamestown" został zatopiony, aby zablokować rzekę James w Drewry's Bluff. W kolejnej bitwie pod Drewry's Bluff
, w którym konfederacyjne baterie lądowe odepchnęły siły marynarki wojennej Unii zmierzające w kierunku Richmond, armaty "Jamestown" były uważane za główny czynnik odpychania okrętów wroga. Po bitwie otrzymał pochwałę od Kongresu Konfederacji i został awansowany na dowódcę.