Wraz z wybuchem wojny domowej Brooks został mianowany generałem brygady ochotników we wrześniu 1861. Dowodził 2. Brygadą, 2. Dywizją IV Korpusu w kampanii na Półwyspie, a 2. Brygadą, 2. Dywizją VI Korpusu w bitwie o Siedem Dni, gdzie został ranny w bitwie o
Bitwa o Stację Savage'a. Po odzyskaniu zdrowia, ponownie przejął dowodzenie brygadą w kampanii w Maryland i poprowadził swoich ludzi do Crampton's Gap, gdzie zdobyli konfederacką flagę bojową należącą do 16. oddziału piechoty Wirginii. W bitwie pod Antietam, brygada Brooksa była głównie w rezerwie, chociaż przez 48 godzin była pod ostrym ogniem zarówno artylerii, jak i snajperów.