Po wybuchu drugiej wojny światowej Honner 24 października 1939 r. wstąpił do Drugiej Australijskiej Sił Imperialnych (2nd AIF). W grudniu 1939 r. objął dowództwo kompanii "C" 2/11. batalionu piechoty Australii Zachodniej, z rangą kapitana. Honner i jego batalion wypłynęli na Bliski Wschód w kwietniu 1940 roku, przybywając w następnym miesiącu. Po podjęciu szkolenia w Palestynie, kompania Honnera rozpoczęła walkę w bitwach kampanii na Zachodniej Pustyni przeciwko Włochom w Bardia
, Tobruk i Derna przed wysłaniem do Grecji po inwazji niemieckiej w kwietniu 1941 r. W Grecji Honner poprowadził swoich ludzi przez szereg walczących wycofań, gdy zostali wypchnięci przez silniejsze siły niemieckie. Później zostali ewakuowani na Kretę, gdzie wzięli udział w ciężkich walkach wokół Retimo. Honner poprowadził następnie grupę przez wyspę, aby uniknąć schwytania, a po spotkaniu z okrętem podwodnym Royal Navy, zostali ewakuowani do Aleksandrii. Następnie został awansowany na majora, a za przywództwo podczas walk wokół Termopili w wcześniejszej kampanii greckiej został odznaczony Krzyżem Wojskowym.