Napisz kontynuację tego paragrafu - Kolegium poniosło poważne straty ludzkie i kapitałowe podczas szwedzkiej inwazji w 1656 roku
i zaraza z 1710 roku, ale odzyskał. Po stłumieniu jezuitów w 1773 r. administrację uczelni przejęła Komisja Edukacji Narodowej. Po Trzecim Podziale Rzeczypospolitej Polsko-Litwańskiej, karmelitki z Kolainiai zarządzały szkołą od 1797 do 1817 roku. W 1817 r. władze carskie świeckali szkołę, zmieniły jej nazwę na gimnazjum, wprowadziły klasy nauki podstawowej i przeniosły jej administrację na Uniwersytet Wileński. W ten sposób liczba uczniów wzrosła i przekroczyła 400.