Napisz kontynuację tego paragrafu - W czasie wojny z Rosją w 1654 i 1667 roku oraz podczas Wielkiej Wojny Północnej (1700 i 1721) Merkinė bardzo ucierpiała z rąk armii rosyjskiej i szwedzkiej i straciła swoje znaczenie strategiczne i gospodarcze. Merkinė została ponownie spalona przez armię rosyjską podczas powstania z 1794 roku
która próbowała wyzwolić Rzeczpospolitej Polsko-Litwańską od rosyjskiego wpływu. W 1794 roku w inwentaryzacji miasta wymieniono rzekę port przez rzekę Nemunas, również rzeki Nemunas i Merkys zostały ocenione jako odpowiednie do żeglugi. W XIX-wiecznych dokumentach Merkinė była wspominana jako centrum handlu rzecznego, w którym budowano statki handlowe.