Napisz kontynuację tego akapitu - W 1861 roku Hawkins pomógł zebrać 9. New York Infantry, pułk w stylu Zouave, popularnie znany jako "Hawkins Zouaves" do służby w wojnie secesyjnej. Hawkins został mianowany pułkownikiem pułku 4 maja 1861 roku i służył z wyróżnieniem w Karolinie Północnej na początku wojny. Brał udział w wyprawie Benjamina F. Butlera do zdobycia Fort Hatteras.
W 1861 roku. Oczekując awansu na generała brygady za służbę w Fort Hatteras, został zwolniony z dowództwa za nieposłuszeństwo. W dniu 8 października 1861 roku niezadowolony Hawkins napisał: "generałowie brygady są obecnie stworzeni z tak dziwnych rzeczy, że nie powinienem uważać za wielki zaszczyt zostać jednym z nich". W 1866 roku Hawkins otrzymał awans na generała brygady, a rangę otrzymał 13 marca 1865 roku. Pomimo jego agresji, wczesne przesłanie Hawkins'a przyciągnęło uwagę prezydenta Abrahama Lincolna. Hawkins został zaproszony do Białego Domu, by spotkać się z prezydentem i naczelnym generałem George'em B. McClellanem. W tym miejscu odegrał kluczową rolę w przekonaniu dowództwa Unii o możliwości połączonej operacji przeciwko Pamlico Sound w Północnej Karolinie.