Po uzyskaniu przez Meksyk niepodległości w 1821 roku duża grupa wojsk hiszpańskich nadal okupowała San Juan de Ulúa aż do 1825 roku. Była to ostatnia miejscowość w byłej kolonii Nowej Hiszpanii, która została zajęta przez Hiszpanów i została poddana meksykańskiemu generałowi Miguel Barragán w listopadzie 1825 roku. Uzasadnieniem nakazu wydalenia wydanego przez prezydenta Vicente Guerrero była ich nieudana próba ponownego podboju Meksyku. Od tego czasu San Juan de Ulúa służył jako wojskowy i polityczny symbol meksykańskiego oporu wobec zagranicznych inwazji i okupacji, dzięki którym kilka z nich miało miejsce w XIX wieku. W 1836 roku Francuzi zbombardowali twierdzę w bitwie pod Veracruz podczas wojny cukierniczej, konfliktu wynikającego z obywatela francuskiego w Meksyku poszukującego odszkodowań za rzekomo uszkodzoną cukiernię; podczas wojny meksykańsko-amerykańskiej Stany Zjednoczone założyły oblężenie
W 1863 roku Francuzi krótko okupowali miasto, kiedy ustanowili Maksymiliana I na cesarza Meksyku. Przez większą część XIX wieku fort służył jako więzienie, zwłaszcza dla więźniów politycznych uznanych za opozycjonistów. Wielu wybitnych meksykańskich polityków spędzało tu czas, kiedy nie byli u władzy.