W październiku 1944 roku, Trzecia Flota została wyznaczona jako "Siła Północna" w planie trzech sił do pokonania
Inwazja aliantów na Filipiny pod kontrolą Japończyków. Trzecia flota lotniskowca została pozbawiona wszystkich samolotów z wyjątkiem 108 i wysłana, aby zwabić flotę pod wodzą amerykańską z dala od ochrony statków lądowych. W dniu 25-26 października, w obliczu dużej siły, która obejmowała dziesięć lotniskowców USN, z 600-1000 samolotów, 3 Flota straciła 4 lotniskowce, jeden krążownik lekki i jeden niszczyciel w bitwie u Przylądka Engaño. Trzecia Flota faktycznie przestała istnieć i została oficjalnie rozwiązana 15 grudnia 1944 roku.