W 1656 roku ponownie pojawiły się napięcia między protestantami i katolikami, które doprowadziły do wybuchu pierwszej wojny w Villmergen. Katolicy odnieśli zwycięstwo i utrzymali swoją polityczną dominację. Wojna Toggenburg
W 1712 r. doszło do konfliktu między kantonami katolickimi i protestanckimi. Zgodnie z pokojem z Aarau z 11 sierpnia 1712 r. i pokojem z Badenu z 16 czerwca 1718 r. wojna zakończyła się końcem hegemonii katolickiej. Wojna Sonderbund z 1847 roku również była oparta na religii.