Ellis zgłosił się na ochotnika do służby i został powołany do 15 Pułku, 2 Brygady, 4 Dywizji Armii Tennessee, w Freeport, Illinois. 15. Pułk brał udział w bitwie pod Fort Donelson w pobliżu Clarksville, Tennessee, przed bitwą pod Shiloh
- Co? W dniu 6 kwietnia 1862 roku, podczas pobytu w Hornet's Nest, po awansie do stopnia zastępczego pułkownika, Ellis został wielokrotnie trafiony przez ogień wroga, ale kontynuował dowodzenie swoimi oddziałami, dopóki nie trafiła go śmiertelna kula. Po bitwie, jego ciało zostało odzyskane z pola bitwy i jego szczątki zostały wysłane do Rockford na pogrzeb. Po skomplikowanym pogrzebie Ellis został pochowany na rodzinnej działce, którą kupił zaledwie kilka lat wcześniej po śmierci jednej ze swoich córek.