Wrócił do Norfolk na naprawy 1 stycznia 1847 roku, a następnie przybył do Veracruz 21 marca 1847 roku, niosąc Perry'ego, aby przejął dowództwo nad amerykańską flotą. Natychmiast ona i jej ludzie zanurzył się w
operacje amfibijne przeciwko Veracruz, dostarczając broń i załogę do lądowania dla baterii, która walczyła z miastem aż do kapitulacji w ciągu czterech dni. Przez resztę wojny, "Mississippi" przyczynił się z bronią, ludźmi i łodziami do serii nalotów przybrzeżnych na wschodnie wybrzeże Meksyku, biorąc udział w zdobyciu Tabasco w czerwcu 1847 roku.