W sierpniu 2006 roku powrócił do swojego byłego klubu, Scarlets, po tym jak został mianowany Dyrektorem Rugby. W swoim pierwszym sezonie w regionie doprowadził drużynę do czwartego miejsca w Lidze Celtic 2006/07, a także doprowadził drużynę do półfinału Pucharu Heineken 2006/07, przegrywając z Leicester Tigers 33-17. W sezonie 2007/08 Scarlets borykały się z problemami pod kierownictwem Davies'a, przegrywając wszystkie sześć meczów w Pucharze Heineken 2007/08 i spadając na szóste miejsce w Lidze Celtic 2007/08.
- Co? W kwietniu 2008 roku ogłoszono, że Scarlets zwolnił Davies'a, a 10 maja spotkanie z Edynburgiem będzie jego ostatnim. Po opuszczeniu Llanelli, pełnił funkcję doradcy trenera w Cardiff RFC od listopada 2008 do maja 2009 roku. Następnie został menedżerem Akademii Narodowej dla Walijskiej Rugby Union, gdzie był odpowiedzialny za rozwój międzynarodowej ścieżki w WRU. Wręcz przeciwnie, jego obowiązki jako głównego trenera drużyny U20 Walii zostały podwojone, gdy został mianowany w wrześniu 2008 roku.