W 480 r. p.n.e. perski król Kserkses poświęcił 1000 bydła w sanktuarium Ateny Ilias podczas marszu przez region Hellespontu w kierunku Grecji. Po porażce Persów w 480/479, Ilion i jego terytorium stały się częścią kontynentalnych posiadłości Mitylenii i pozostały pod kontrolą Mitylenian aż do nieudanej rewolty Mitylenian.
W 428 na 427. Atena wyzwoliła tak zwane miasta aktejskie, w tym Ilion, i włączyła te społeczności do Ligi Delian. Wpływ ateński na Helespont słabnął po oligarchijnym zamachu stanu w 411 roku, a w tym roku spartański generał Mindaros naśladował Kserksesa, podobnie poświęcając Atene Ilias. Od około 410-399 Ilion znajdował się w sferze wpływów lokalnych dynastów w Lampsacus (Zenis, jego żona Mania i uzurpator Meidias), którzy administrowali regionem w imieniu perskiego satrapa Farnabazus.