Barry Zito spędził jeszcze dwa sezony z A's po wymianie Hudsona i Muldera. W sezonie 2006 Zito zakończył z wynikiem 16-10, 3,83 ERA i 151 strikeoutami, pomagając A's zdobyć tytuł AL West. Zito miał silny występ dla A's w pierwszym meczu ALDS, gdyż oddał tylko jeden przebieg w ośmiu inningach, aby doprowadzić A's do wygranej 3-2 nad Minnesota Twins w pierwszym meczu. A's wygrali następne dwa mecze, by pokonać Twins i awansować do ALCS 2006 po raz pierwszy od
1992, wygrywając również pierwszą serię po sezonie od 1990 roku. Zito wziął udział w pierwszym meczu ALCS przeciwko Detroit Tigers, ale stracił pięć punktów w 3,2 inningów, gdy A's przegrali z Tigers 5-1. A's przegrali następne trzy mecze i zostali pokonani przez Tigers w ALCS.