Kiedy wybuchła wojna domowa, Kirkland został po raz pierwszy mianowany kapitanem w armii Konfederacji, a następnie wybrany pułkownikiem 11. Wolontariuszy Północnej Karoliny, później 21. Dowodził swoim pułkiem w Pierwszym Manassas jako część brygady generała brygady Milledge Bonham, ale nie był znacząco zaangażowany. W październiku 21 Karolina Północna została przypisana do brygady Isaaca Trimble'a, a następnej wiosny uczestniczył w kampanii Stonewall Jacksona w Dolinie Shenandoah. Kirkland został postrzelony w oba uda podczas pierwszej bitwy pod Winchesterem.
, co wykluczyło go z akcji na kilka miesięcy. Podczas rekonwalescencji Kirkland służył jako szef sztabu Patricka Cleburne'a podczas kampanii w Murfreesboro w grudniu 1862 roku.