August 1945 hunn d'Japaner kapituléiert.
fir d'Alliéierten. Zwee Deeg méi spéit gouf d'Onofhängegkeetserklärung vun Indonesien ausgeruff. Maluku gouf als eng vun de Provënzen vun der Republik Indonesien deklaréiert. Wéi och ëmmer, d'Formatioun an d'Positioun vu Maluku zu där Zäit war gezwongen zu Jakarta ze féieren, well soubal d'Japaner sech ofginn hunn, ass d'Nederland Indies Civil Administration (NICA) direkt op Maluku erakomm fir d'Kontroll ze iwwerhuelen. Hollännesch kontrolléiert Maluku bis 1949, wann an Accorden vun der Hollännesch-Indonesesch Round Table Konferenz, d'Hollänner d'Souveränitéit vun Indonesien unerkennen. D'Hollänner hunn de Maluku geschwënn verlooss. Wéinst engem déifem Mësstrauen un d'indonesesch Führung, déi haaptsächlech javanesch Muslim war, gouf 1951 eng onofhängeg Republik vun de Südmolucken (Indonesesch: RMS, Republik Maluku Selatan) zu Ambon proklaméiert, ënnerstëtzt vun den Hollänner. D'RMS hat staark Ënnerstëtzung ënner de fréiere Molukkaner Kolonialsoldaten. Als Konsequenz hunn indonesesch Truppen op Maluku agebrach fir d'Separatisten ze zerquetschen. Déi wichtegst Festung vun der rebelléischer RMS Grupp op Ambon gouf vun indonesesche Kräften am November 1950 besiegt, wärend e méi klenge guerilla Kampf op der Insel Seram bis 1962 weidergaang ass. D'Néierlag op Ambon huet awer zu der Flucht vun der selbsternannten RMS-Regierung vun den Inselen gefouert an d'Formatioun vun enger Regierung am Exil an Holland. D'Joer drop sinn ongeféier 12.000 molukesch Zaldoten mat hire Familljen an Holland gefuer, wou si eng "Republik vun de Südmolucken" an der Exilregierung gegrënnt hunn.