Den 13 Juli 2011 gouf ugekënnegt datt de Jonathan Santos verloosse géif fir mam Serie A Riesen Inter Mailand ze trainéieren, bis den Transfer ofgeschloss ass. Zwee Deeg méi spéit, den 15. Juli, gouf hien offiziell en Inter-Spiller, deen e véier Joer Kontrakt ënnerschriwwen huet. De Jonathan huet säin Inter-Debut den 11 September 2011 an der zweeter Woch vun der Serie A 2011/12 gemaach.
, déi voll 90 Minutte gespillt hunn an engem 4-3 Verloscht géint Palermo. Dräi Deeg méi spéit huet de Jonathan säin Debut an der Champions League gemaach, a gespillt de ganze Match op Matchdag 1 géint déi tierkesch Säit Trabzonspor an enger 0<unk>1 Verloscht um San Siro.