De Stewart gouf den 8 November zum Brigadegeneral ernannt an huet d'Kommando vun der 2ter Brigade, 2ter Divisioun, Columbus District, vum Konfederéierte Departement Nr. Zwee (de Virgänger vum Departement Tennessee), ënner dem Leonidas Polk. De Stewart huet dës Positioun vum November 16 bis Dezember gehalen, wéi seng Brigade op d'Departement First Geographical Division transferéiert gouf, bis Februar 1862. Seng Brigade gouf zréck an de Weste vu Kentucky bruecht, kuerz Zäit zu der Divisioun vum John P. McCown bäigefüügt, an huet d'Verdeedegunge vun der Stad an der Schluecht vu New Madrid gefouert ier de McCown et evakuéiert huet an erof de Mississippi River zréckgezunn huet. Den 1. Abrëll koumen d'Männer vum Stewart bei der Divisioun vum Charles Clark, am Korps vum Leonidas Polk, vun der Arméi vum Mississippi vum Albert Sidney Johnston, just rechtzäiteg fir d'
Schluecht vu Shiloh. Do huet de Stewart seng Brigade an den éischten Dag Attacke op d' "Hornet's Nest" Gebitt am Zentrum vun der Unioun Linn gefouert.