Dezember 1990 goufen den Alomar an de Joe Carter un d'Toronto Blue Jays am Austausch fir de Fred McGriff an den Tony Fernández gehandelt. Et war zu Toronto, datt hien sech zu engem Premier Offensiv zweete Baseman entwéckelt huet, kombinéiert e.300-plus Batting Duerchschnëtt mat Kraaft an héich Enn Geschwindegkeet op de Basen. 1991 huet hie mat 11 Triplets an 53 gestohlene Basen seng Geschwindegkeet kapitaliséiert an d'Team zu hirem éischte vun dräi Playoff-Appearances gefouert. D'Joer drop huet hien 105 Runs gemaach, 87 Walks gemaach an e.405 On-Base Prozentsaz. Am Joer 1993 huet den Alomar seng bescht Saison mat den Blue Jays, 17 Home Runs (HR), 93 Runs (RBI) an 55 gestohlene Basen, wärend hien.326 gespillt huet, drëtt an der American League hannert Teamkollegen John Olerud a Paul Molitor. Hie war eng zentral Figur an der Weltmeeschterschaft vun Toronto an 1992 an 1993; am Spill 6 vun der 1992 World Series huet hien de Serie-gewënnende Laf op dem Dave Winfield säi zwee-Run-Doppel an der 11. Alomar's Match-Bindung, neunten Inning Home Run géint Oakland Relief Ace Dennis Eckersley, am Spill 4 vun der 1992 American League Championship Series
(ALCS), gëtt vu villen als dee wichtegste Hit an der Geschicht vum Club ugesinn, well d'Team seng dräi virdrun Reesen an d'ALCS an Enttäuschung ofgeschloss haten; hie gouf den Most Valuable Player (MVP) vun der Serie genannt. Am Joer 1995 huet hien 104 Konsekutiv Spiller gespillt ouni e Feeler ze maachen, an huet en AL Rekord fir zweet Basemen gesat. An all vu sengen fënnef Saisonen mat de Blue Jays, gouf den Alomar an den All-Star-Team ernannt an huet de Gold Glove Award gewonnen.