Fëllt de folgende Saz aus: Nodeems de Staat Mississippi sech just virum Ufank vum Biergerkrich ofgetrennt huet, huet de Barksdale aus dem Kongress zréckgetrueden fir Adjutant General ze ginn, an duerno Quartiermeister General, vun der Mississippi Miliz, am Rang vum Brigadegeneral, mam Datum vum 1. Mäerz 1861. Den 1. Mee gouf hien zum Colonel an der Arméi vun de Konfederéierte Staaten vun der 13th Mississippi Infantry ernannt, e Regiment dat hien an der Éischter Schluecht vu Bull Run de Summer gefouert huet, an der Schluecht vu Ball's Bluff am Oktober. Am nächste Fréijoer huet hien säi Regiment op d'Virginia Hallefinsel geholl an an der Hallefinsel Kampagne an de Siwe Deeg Schluechte gekämpft. Wéi säin Brigadekommandant, de Brigadegenerol Richard Griffith, bei der
Juni 1862 huet de Barksdale de Kommando vun der Brigade iwwerholl an et an enger heldenhafter, awer bluddeger a vergeblecher Charge an der Schluecht vu Malvern Hill gefouert. D'Brigade gouf als "Barksdale's Mississippi Brigade" bekannt. August 1862 gouf hien zum Brigadegeneral gefördert.