Maart 1861 gouf de Ferguson als Kapitän an der Miliz vu South Carolina ernannt, duerno gouf hien zum Lieutenant an Aide-de-Camp vum Brigadegeneral P. G. T. Beauregard ernannt. Hie war ee vun den Offizéier, déi de formelle Kapitulatioun vum US Army Major Robert Anderson zu Fort Sumter kritt hunn, déi éischt Konfederéiert Staatenflagge gehäit hunn, an déi éischt Wächter zu Fort Sumter posten. No der Belagerung gouf hie geschéckt fir déi éischt Konföderierte Fändel ze presentéieren, déi vum Feind geschoss gouf, dem Provisoresche Kongress vun de Konföderierte Staaten. Hie war e Lieutenant-Colonel an Aide-de-Camp vum General Beauregard während der
Schluecht vu Shiloh. Wärend der Schluecht vu Farmington war hien am 28. Hien huet d'Eenheet während der Verteidegung vu Vicksburg kommandoen, an huet gehollef Attacke vum US Major-General William T. Sherman an US Commodore David Porter ze stoppen.