Schreift eng Fortsetzung fir dëse Paragraph - Am Joer 1341 huet de Kinnek John vu Böhmen jiddesche Familljen erlaabt bannent de Stadmaueren ze wunnen, an déi éischt Synagoge gouf am Joer 1380 gebaut; awer verschidde Pogrome sinn am spéiden 15. an Ufank vum 16. Joerhonnert geschitt. Zënter den Hussitenkricher
, war d'Stad traditionell e Bollwerk vun der kathoulescher Kierch wärend de laang dauerhafte reliéise Konflikter am Kinnekräich Böhmen. Als Deel vun der Habsburger Monarchie zënter 1526 ass Budejovice e loyale Supporter vum Keeser Ferdinand II. am Drësseg Joer Krich bliwwen. Budějovice huet eng kuerz Besatzung vu Preussen wärend de Schlesesche Kricher, an de Krich tëscht de Habsburger an der franséischer Arméi am Joer 1742 erlieft.