Juli 1861 gouf e Regiment bekannt als den Ingenieur Regiment vum Westen, deen haaptsächlech an de Staaten Illinois a Missouri rekrutéiert gouf, vum Colonel J. W. Bissell organiséiert, an den Henry Flad gouf Kapitän vun der Kompanie B. Am August vum selwechte Joer gouf hien vum General Frémont, deen de Kommando zu St. Louis hat, detailléiert fir de Service am Bau vu Befestigungen um Cape Girardeau, Missouri, wou hien e puer Méint bliwwen ass. Spéider am Joer, wéi de Frémont vum General Halleck gefollegt gouf, gouf de Kapitän Flad bestallt de General Pope am Südoste Missouri bäizefügen, an huet als Staff Offizéier duerch d'Kampagne vu New Madrid a Point Pleasant an d'Insel Nummer Zéng geholl, duerno ass hien nees bei sengem Regiment zu New Madrid. Hie war mat sengem Regiment bei Fort Pillow an Pittsburgh Landing
an an den Operatiounen virum Korinth. Am Summer 1862 war hien an der Reparatur vun der Mobile an Ohio Eisebunn, am Bau vu Festungen zu Korinth, an an der Reparatur vun der Mississippi Central Eisebunn beschäftegt. Hie war och bei der Avance vum Grant op Grenada engagéiert. Am Februar 1863 gouf hien op Young's Point agestallt, wou hien an Ingenieursaarbechten beschäftegt war, wéi hien méi spéit op Baxter Bayou, Lake Providence a Bayou Macon war.