Maart 2017 huet den Aubameyang 20 Ziler an der Bundesliga fir déi zweet Saison mat zwee Ziler an enger 6<unk>2 Néierlag géint Bayer Leverkusen gespillt. Véier Deeg méi spéit huet hien en Hattrick an enger 4 zu 0 Victoire iwwer Benfica gemaach fir Dortmund an d'Véierelfinaler vun der Champions League ze setzen. Den 20ten Mee huet den Aubameyang zweemol an der leschter Dag-Néierlag vum Borussia géint de Werder Bremen geschoss fir d'Saison als Top-Scorateur vun der Bundesliga mat 31 Ziler ze ofschléissen. An der
D'Finale vun der DFB-Pokal 2016/17 huet hien den 27 Mee 2017 an engem Strofmaach gewonnen. Dortmund huet d'Eintracht Frankfurt mat 2:1 besiegt.