Januar 2013 gouf ugekënnegt, datt de Guardiola no der Saison 2012/13 den Trainer vum Bundesliga-Club Bayern München iwwerhëlt, an den Jupp Heynckes fir d'nächst Saison ersetzt. Hien huet seng éischt Pressekonferenz als Bayern Manager, am 24 Juni 2013, op Däitsch adresséiert, an huet seng éischt Trainingssitzung zwee Deeg méi spéit. Säin éischte offizielle Match war den däitsche Supercup géint de Borussia Dortmund, wou de Bayern 4-2 verluer huet. Seng éischt Trophäe mam Bayern war d'UEFA Super Cup 2013
, huet de laangjärege Géigner José Mourinho besiegt, dee just zu Chelsea zréckkomm ass fir ze trainéieren. Bayern huet Chelsea an engem Shootout mat zéng Mann geschloen, nodeems de Manuel Neuer de Kick vum Romelu Lukaku gerett huet.