Juni 1861 huet de Baxter sech fir den Amerikanesche Biergerkrich ageschriwwen an huet sech der 12th Massachusetts Volunteer Infantry als Regimental Chirurg ugemellt. Hien huet bis Abrëll 1862 gedéngt, wéi hien als Brigadekirurg an der Arméi vum Potomac ernannt gouf. Hien huet un der Campagne op der Hallefinsel deelgeholl, dorënner d'Schluechte vu Yorktown, Hannover Court House, a Seven Pines
.