Januar 2009 huet den nei gewielte President Barack Obama de Panetta fir de Posten vum CIA-Direkter nominéiert. De Panetta gouf vum ganze Senat am Februar 2009 bestätegt. Als Direkter vun der CIA huet de Panetta d'Operatioun iwwerwaacht, déi den internationale Terrorist Osama bin Laden erofgeet. Den 28 Abrëll 2011 huet den Obama d'Nominatioun vum Panetta als Verdeedegungsminister ugekënnegt, fir de Robert Gates ze ersetzen, deen am Retraite war. Am Juni huet de Senat de Panetta unanim bestätegt an hien huet den Amt den 1 Juli 2011 iwwerholl. Den David Petraeus huet als Direkter vun der Central Intelligence Agency den 6 September 2011 iwwerholl.
Februar 2009