Déi aktuell Klassifikatiounssystemer zielen dorop, d'Archaea an Gruppen vun Organismen ze organiséieren, déi strukturell Charakteristiken a gemeinsame Virfueren deelen. Dës Klassifikatioune vertrauen staark op d'Benotzung vun der Sequenz vun ribosomalen RNA Genen fir Bezéiungen tëscht Organismen (molekulare Phylogenetik) z'entdecken. Déi meescht kultivéierbar a gutt ënnersicht Archaea Spezies si Memberen vun zwee Haaptphyla, den Euryarchaeota an Crenarchaeota. Aner Gruppen goufen provisoresch erstallt. Zum Beispill, déi speziell Spezies Nanoarchaeum equitans, déi am Joer 2003 entdeckt gouf, huet säin eegene Phylum, den Nanoarchaeota.
Euryarchaeota a Crenarchaeota