September 1939, wärend der Invasioun op Polen, déi den Zweete Weltkrich ugefaang huet, hunn déi däitsch a polnesch Arméi an der Stad an hirer Géigend d'Schluecht vu Przemyśl gekämpft. No der Schluecht ass déi däitsch "Einsatzgruppe I" an d'Stad komm fir verschidde Gräueltaten géint d'Bevëlkerung ze begéinen, an d'"Einsatzgruppe zbV" ass an d'Stad komm fir déi polnesch Industrie ze iwwerhëlen. D'Schluecht gouf vun dräi Deeg vu Massaker gefollegt, déi vun den däitsche Zaldoten, der Police an der "Einsatzgruppe I" géint Honnerte vu Judden, déi an der Stad gelieft hunn, duerchgefouert goufen. Am Ganzen goufe méi wéi 500 Judden an der Stad a ronderëm d'Stad ëmbruecht an déi grouss Majoritéit vun der jüdescher Bevëlkerung vun der Stad gouf iwwer de San-Floss an den Deel vu Polen deportéiert, deen vun der Sowjetunioun besat gouf. D'Grenz tëscht den zwee Invasoren huet bis Juni 1941 duerch d'Mëtt vun der Stad laanscht de San River gefouert.
De Przemyśl op der lénkser Ufer, déi vun den Däitschen besat war, war Deel vum Kraków Distrikt vum Generalgouvernement. Membere vun der "Einsatzgruppe I" hunn d'lokal däitsch Police-Eenheet zesumme gegrënnt. November 1939 hunn d'Deutsche Masseverhaftunge vu Polen am lénke Przemyśl an der Grofschaft duerchgefouert, als Deel vun der "Intelligenzaktion". Déi polnesch Gefaangener goufen an der lokaler däitscher Police Prisong festgeholl, an duerno an e Prisong zu Krakau deportéiert, vun wou se schliisslech an den Auschwitz Konzentratiounslager deportéiert goufen. De sowjeteschen Deel vun der Stad gouf an d'Ukrainesch SSR integréiert an der Atmosphär vum NKVD-Terror wéi Dausende vu Judden deportéiert goufen. Et gouf en Deel vum nei gegrënnte Drohobych Oblast. Am Joer 1940 gouf d'Stad en administrativt Zentrum vum Peremyshl Uyezd mat dem Peremyshl Fortified District entwéckelt laanscht der Nazi-Sowjetesch Grenz virun der däitscher Attack géint d'USSR am Joer 1941.