Fëllt de folgende Saz aus: Nom Ausbroch vum amerikanesche Biergerkrich huet de Jones sech der Arméi vun der Unioun zougemaach. Juli 1861 huet hien sech bei de 37 New York Volunteers, populär bekannt als "Irish Rifles", ënner dem Colonel John H. McCunn ageschriwwen. Hie war am Ufank e Geheimdéngschtler, mee gouf séier vun de Männer am Regiment zum Second Lieutenant gewielt. Hie war an der Éischter Schluecht vu Bull Run, nëmmen zwou Wochen no senger Enlistement, awer huet keng Aktioun gesinn, well d'Eenheet an der Reserve gehalen gouf. De Jones huet während sengen éischte Joren mat dem Regiment "gallant Verhalen" gewisen an ass geschwënn op 4 November 1861 zum éischte Leutnant an Adjutant an duerno zum Major am 21 Januar 1862 opgewuess. Hien an d '"Irish Rifles" hunn sech spéider dem General Samuel P. Heintzelman säi III Corps bäigedroen, als Deel vun der 3ter Brigade vun der 3ter Divisioun ënner dem Brigadegeneral Philip Kearny, wärend der Hallefinselkampagne an hunn un Williamsburg deelgeholl,
Seven Pines an d'Seven Days Kampagne. De Jones war och präsent, wéi d'37th New York Volunteers, déi dann un d'3rd Brigade vun der 1st Division vum III Corps ugeschloss waren, bei der Second Battle of Bull Run waren. Am Mee a Juni huet hien ugefaang mat Malaria ze leiden a gouf am September 26 zu Washington, D.C. hospitaliséiert, wou hien bis Enn Oktober bliwwen ass. Hie war och kuerz e Offizéier vum Generalmajor Franz Sigel virun der Pensioun vum General Ambrose Burnside an der Reorganisatioun vun der Arméi vum Potomac.