Juni 1861 huet de Baxter sech fir den Amerikanesche Biergerkrich engagéiert an huet sech der 12th Massachusetts Volunteer Infantry als Regimental Surgeon ugemellt. Hien huet bis Abrëll 1862 gedéngt, wéi hien als Brigadekirurg an der Arméi vum Potomac ernannt gouf. Hien huet un der Campagne vun der Hallefinsel deelgeholl, dorënner d'Schluechte vu Yorktown, Hannover Court House, an
Seven Pines.