De néngzéng Joer ale Sylvester Bonnaffon Jr. huet sech den 14 Dezember 1861 zu Philadelphia, Pennsylvania, fir de Militärdéngscht ageschriwwen an huet sech de selwechten Dag do als e Privatschëff mat der Company I vun der 99th Pennsylvania Volunteer Infantry opgeholl. Den 18 Dezember gouf hien an d'Firma G bannent dem selwechte Regiment transferéiert, duerno gouf hien den 1 Abrëll 1862 zum Rang vum Korporal gefördert an e Mount méi spéit (den 1 Mee) zum Rang vum Sergeant. August vum selwechte Joer als zweete Leutnant ernannt, huet hien sech mat sengem Regiment an e puer vun den intensivsten Aktiounen vum amerikanesche Biergerkrich als Deel vun der Arméi vum Potomac vun der Unioun engagéiert, dorënner d'Zweete Schluecht vu Bull Run (28.
(September 1) an Fredericksburg (Dezember 11<unk>15); 1863 Chancellorsville Kampagne (April 30<unk>May 6), Schluechte vu Gettysburg (Juli 1<unk>3) a Wapping Heights (Juli 23), Bristoe Kampagne an hir éischt Schluecht vun Auburn (Oktober 13) an zweet Schluecht vun Rappahannock Station (November 7), an d'Mine Run Kampagne (November 27<unk>Dezember 2); an 1864 Schluechte vun der Wilderness (Mai 5<unk>7), Spottsylvania Court House (Mai 8<unk>21), Anna North (Mai 23<unk>26), a Cold Harbor (Mai 31<unk>Juni 12). Mat sengem Regiment huet hien d'Belagerung vu Petersburg, dorënner déi éischt an zweet Schluecht vum Deep Bottom (27.-29. Juli 1864 an 14.08.1820), an duerno gouf hien erëm am Rang gefördert mat enger Kommissioun zum éischte Leutnant den 27.