Í september 2006 flutti Benedikt XVI páfi fyrirlestur í Háskólanum í Regensburg í Þýskalandi um hvort kristin trú væri "rökstudd". Í fyrirlestri í Regensburg
Hann talađi um skynsamleika í trú og vitnađi í ummæli frá Manuel II Palaiologos, keisara Byzans á fjórtándu öld, sem, eins og páfinn orđi ūađ, sagđi: "Vís mér bara hvađ Mohamed kom međ sem var nýtt, og ūar finnurđu bara illa og ómannlegt, eins og fyrirskipun hans um ađ dreifa trúinni sem hann boðađi međ sverđi". Þetta tilvitnunarefni fékk harða gagnrýni frá múslímum um allan heim, þar á meðal frá þingi Pakistan, sem fordæmdi páfa fyrir ummæli hans og bað hann afsökunar. Eftir ræðu sína leiddi Choudary 17. september mótmæli fyrir utan Westminster-kirkjunnar þar sem hann sagði við blaðamenn: "Hver sem móðgar boðskap Mohammeds mun sæta dauðarefsingu". Lögreglan rannsakaði ummæli hans en komst að þeirri niðurstöðu að "engir alvarlegir brot" hefðu verið framin á mótmælinu. Innanríkisráðherrann í skugga, David Davis, sem hafði kallað eftir aðgerðum gegn Choudary, sagði: "Þetta er alveg skammarlegt. Það sendir boðskap til öfgafullra múslima um að við, sem land, höfum ekki siðferðilegt hugrekki til að standa gegn þeim". Hinsvegar eru fullyrðingar um ađ Choudary og lögreglan í Bretlandi hafi í mörgum tilvikum haft nķg sönnunargögn til ađ handtaka hann. Ūeir fengu ekki ađ gera ūađ af ūví hann var kjarni rannsķknar breskra öryggissviđanna.