Blaðamenn sögðu að hann gæti "hafið leikið aðalhlutverk í að skipuleggja" kosningasigur Ahmadinejad og að hann gæti verið "lykillpersóna í að skipuleggja aðför gegn mótmælendum gegn ríkisstjórninni" í júní 2009 og beint ábyrgur fyrir Basij hálfherliðahópnum, þrátt fyrir að nafn hans hafi verið þurrkað í fjölmiðlum stjórnarinnar. Í opnu bréfi Mehdi Karroubi, fyrrverandi formaður Majlis (þing) og umbótasinnaður frambjóðandi í forsetakosningunum 2009.
, ákærði Mojtaba Khamenei fyrir að taka þátt í samsæri til að svindla kosningunum og vísaði til ólöglegrar truflunar "netverks".