Á meðan á bandarísku borgarastyrjöldinni stóð var hann ráðinn sem liðsforingi í 18. Wisconsin sjálfboðaliðafylkinginni undir yfirmanni James S. Alban. 18. Wisconsin var skipulögð í febrúar 1862, hélt áfram til Tennessee í mars og var kastað í bardaga við Shiloh
Daginn eftir komu ūeirra. Beall særðist í bardaga og var fótleggur hans amputeraður fyrir neðan hné. Alban ofursti var drepinn ásamt þriðja yfirmanni hersins, Josiah W. Crane herforingi. Eftir bata sinn var Beall næstkomandi í herfangabúðum í Elmira í New York, þar sem fangarnir kölluðu hann "gamla stanga" og sakaði hann um að hafa beitt honum hrotta og misnotkun ítrekað.