Á þriðja áratugnum hjálpaði Bohr flóttamönnum frá nasisma. Eftir að Þjóðverjar réðu Danmörku
, átti hann fræga fundi međ Heisenberg, sem var orđinn yfirmaður kjarnorkuvopnaverkefnisins í Þýskalandi. Í september 1943 frétti Bohr að Þjóðverjar ætluðu að handtaka hann og flýði hann til Svíþjóðar. Þaðan var hann flogið til Bretlands, þar sem hann gekk til liðs við kjarnorkuvopnaverkefnið British Tube Alloys, og var hluti af breska verkefninu í Manhattan-verkefninu. Eftir stríðið kallaði Bohr eftir alþjóðlegu samstarfi um kjarnorku. Hann var þátttakandi í stofnun CERN og Rannsóknastofnunar Risø hjá danska kjarnorkueftirlitinu og varð fyrsti formaður Norrænu stofnunarinnar fyrir fræðilega eðlisfræði árið 1957.