9. janúar 1942 fór Jintsū frá Davao til innrásar á Celebes-eyjum og fylgdi flutningum sem héldu Sasebo nr. 1 sameinaða sérstakra sjóvarlendsstyrkja (SNLF). Þann 17. janúar skaut Kawanishi E7K2 "Alf" eftirlitsflugvél frá "Jintsū" niður hollenska Lockheed Hudson léttri sprengjuvél nálægt Menado, en var skotið niður áður en hún gat snúið aftur. Í byrjun febrúar var "Jintsū" settur í innrásarherinn fyrir Ambon, og síðan bæði hollenska og portúgalska Timor
og Austur-Java. Þann 20. febrúar, þegar hún var við Alor-eyju, réðst hún án árangurs á bandarískan kafbáta.