Eftir ađ borgarastyrjöldin braust út var hann fyrirliđsmađur 18. liđs í Louisiana-herherherstöđinni. Hann var strangur agafullur og líka mjög vinalegur og félagslyndur. Sáraður í Síló
Ári eftir að hann varð hershöfðingi, var hann gerður að hershöfðingi undir stjórn Richard Taylor hershöfðings, og með honum hindraði hann árangursríkt tilraunir Bandalagsins til að tryggja Bayou Teche svæðið í suðurhluta Louisiana. Í herferðinni á Rauðu ánni var Mouton drepinn í Slaginu við Mansfield, þegar hann leiddi menn sína í riddaraárás.