Ljúka eftirfarandi setningu: Háskólinn varð fyrir miklum mannlegum og fjármagnslegum tapi á
Sænska innrásin 1656 og pestin 1710, en endurheimtust. Eftir að jesúítar voru teknir úr gildi árið 1773 tók framkvæmdastjórn háskólans við stjórn menntanefndarinnar. Eftir þriðju skiptingu Póllands og Litháen stjórnuðu Karmelitar frá Kolainiai skólann frá 1797 til 1817. Árið 1817 settu keisaravaldsmenn skólann í veraldlegt kerfi, breyttu nafni skólans í leikskólann, settu inn grunnskóla og fluttu stjórnsýslu skólans til Vilnius háskólans. Nemendafjöldi jókst og náði yfir 400.