Emory var herforingi í Potomac-hernum árið 1862 og var fluttur til Vesturlands. Hann var kynntur í hershöfðingi sjálfboðaliða 17. mars 1862. Seinna skipaði hann deild í herferðinni í Port Hudson. Hann sneri síðan aftur til Austurlands sem yfirmaður nítjándu herdeildarinnar, og þjónaði í öllum helstu bardaga í Shenandoah Valley herferðinni árið 1864.
, sérstaklega í Slaginu við Cedar Creek, þar sem aðgerðir Emory hjálpuðu til við að bjarga her Bandalagsins frá eyðileggjandi ósigri þar til að Philip Sheridan kom.