Í febrúar 2005 ákvað Shaul Mofaz varnarmálaráðherra að framlengja ekki störf Ya'alons sem yfirmanns liðsins um annað ár. Þetta markaði hápunkt spennu milli Mofaz og Ya'alon, sem hafði komið upp að hluta til vegna andmæla Ya'alon við Gaza aðskilnað áætlun
Ég veit ūađ ekki. Þann 1. júní 2005 dró Ya'alon sig úr hernum og Dan Halutz, eftirmaður hans sem yfirmaður herforingja, sá um að fjarlægja herinn.