Í 1953 sakfelldi kommúnistastjórnin hjónin "í fjarveru" fyrir að "taka ólöglegt leyfi" erlendis. Árið 1956 bauð stjórnin honum til baka "með loforðum um frelsi til að gera allt sem ég vildi", sagði Kubelík, en hann hafnaði boði. Í bréfi til The Times árið 1957 sagði Kubelík að hann myndi íhuga að snúa aftur aðeins þegar allir pólitískir fangar landsins væru lausir og allir útlendingar fengu jafn mikið frelsi og hann hefði átt. Hann var boðaður aftur af stjórninni árið 1966 en hafnaði aftur; árið 1968, eftir að Pragvorið var lokið með innrás Sovétríkjanna
, skipulagði hann alþjóðlegt boykót, þar sem margir helstu klassískra listamanna Vesturlanda tóku þátt.