Í 1989 keyrði hann nýja V10 Renault-knúna Williams FW12C. Byrjaði með Boutsen á bakfótum vegna mikils fyrir tímabilsprófunarslysa í Rio og vegna þess að gamall liðsfélagi hans Riccardo Patrese átti mikla endurvakningu í formi. Hins vegar á Kanadíska Grand Prix, keyrði Boutsen vel í blautum aðstæðum og tók frumsigur sinn eftir að Senna varð fyrir síðari vélbrot. Þótt þetta hafi verið kærkominn sigur (Boutsen varð fyrsti nýi sigurvegari í F1 síðan fyrrum Arrows liðsfélagi Gerhard Berger hafði unnið 1986 Mexíkó Grand Prix
fyrir Benetton. Þar til höfðu aðeins Senna, Prost, Nigel Mansell, Nelson Piquet og Berger unnið keppni), var það talinn heppinn sigur fyrir Belga þar sem hann hafði verið síðastur á einu stigi og hafði fullt 360 ° snúning, þó að hann náði að halda bílnum sínum frá veggjum. Hann náði að ná og fara framhjá Patrese sem var að þjást af lausum undirborði og tók forystuna 3 hringi frá endalokum þegar Honda V10 vélin í Senna &lt;a href="McLaren%20MP4/5"&gt;McLaren MP4/5&lt;/a&gt; gripið. Þrjú stig á stigamóti komu áður en Boutsen lauk árinu með öðrum sigri á regnhlípaða Austurríkisverðlauninu. Boutsen var einn af ökumönnunum sem mótmæltu um aðstæðurnar á brautinni fyrir keppnina.