Bonaga gerði sitt fyrsta leik fyrir Panama í undanúrslitum UNCAF Nations Cup 2009 sem kom inn sem varamaður á síðustu stundu gegn Honduras þann 30. janúar 2009 og hefur frá 1. maí 2015 unnið samtals 23 landsleiki og skorað 1 mark. Hann var landsliðsmaður í tveimur undankeppni heimsmeistaramótsins og spilaði á
2011 og 2013 CONCACAF gullbikar. Þann 10. janúar 2013 skoraði hann gegn Gvatemala í vináttuleik á 67. mínútu.