Kostnaðarsamar stríðir gegn Feneyjum og eyðileggjandi áhrif svarta dauðans minnkuðu styrk flotans í Genóa. Uppgangur stærri þjóðríkja minnkaði einnig getu tiltölulega litlu borgarríkjanna til að keppa hernaðarlega. Genóa (með frönskum stuðningi) hóf krossferð
gegn Túnis árið 1390, í þeim tilgangi að vernda verslunarbyggðir Genoa frá múslima sjóræningjum. Á meðan á stríðinu stóð veitti genóa-flotinn skipum á meðan frönskir riddarar settu högg á Mahdi-höllina. Stríðið var vel heppnað af hálfu kristinna styrkjanna, en leiddi einnig til þess að Frakkar fengu pólitísk áhrif í Genóa, sem var þrýst til að lýsa sér yfir sem frönsku trúfé árið 1396. Genóa-flotinn var færður undir frönsku stjórn og 7. október 1403 var hann sigraður af Feneyjum í Slaginu við Modon eftir að genóa-flotinn réðst á venesska verslunarsamfélög. Lýðveldið öðlaðist sjálfstæði frá Frakklandi árið 1409, en virðing hersins hafði verið alvarlega skemmd og borgin var áfram eftirsótt pólitískt landnám fyrir bæði Frakkland og Aragóníu. Árið 1435 var genóa-flotinn sendur að beiðni Mílanó til bæjarins Gaeta, sem var umkringdur af Aragóníu. Á þeim tíma börðust hertoga Mílanó og konungur Aragóníu um það hver myndi stjórna konungsríki Sísílíu. Flót Genuva kom til Gaeta og sigraði fjölmennari flot Aragóníu í Slaginu við Ponza. Flaggskipið Aragóníu neyddist til að gefast upp og Alfonso V konungur Aragóníu var tekinn í fangelsi. Þrátt fyrir þennan bakslag sigraði Aragónía í átökunum og Sísília varð undir stjórn Aragóníumanna, sem gerði leiðina í gegnum Messina-sundina erfiða og truflaði enn frekar sjóverkefni Genóa.