Barney var skipaður liðsforingi í flotinu 2. júlí 1861. Hann skipaði CSS "Jamestown" í Battle of Hampton Roads, fræga bardaga við, þar sem hann tók tvo brigs og Accomac skúner frá Newport News Point á meðan CSS "Virginia" hélt athygli Union Navy. Eftir að Suðurríkishermenn rýmdu úr Norfolk var "Jamestown" sökkt til að loka James ánni við Drewry's Bluff. Í eftirfarandi
Í Slaginu við Drewry's Bluff, þar sem strandbatteríur Bandalagsins keyrðu burt flotastyrk Bandalagsins sem var á leið í átt að Richmond, voru byssur "Jamestown" taldar aðalþátturinn í því að hrekja óvinarskip. Eftir bardagann hlaut hann hrós frá þinginu og var kynntur sem hershöfðingi.