Pettus og forystu hans tóku þátt í Atlantaherferðinni árið 1864 og börðust í Kennesaw-fjallinu 27. júní, Atlanta
22. júlí og í Jonesborough frá 31. ágúst til 1. september. Frá og með 17. desember leiddi hann tímabundið deild í hernum í Tennessee. Í herferðinni í Karólínu árið 1865 var Pettus sendur til að verja Columbia í Suður-Karólínu og barðist við Bentonville frá mars 19-21. Pettus særðist í baráttunni og fékk högg í hægri fótinn á fyrsta degi bardaga. Þann 2. maí var hann gefinn laus á skilyrði frá Salisbury í Norður-Karólínu og fjórum mánuðum eftir að Suðurríkin gáfu sig, var Pettus fyrirgefinn af Andrew Johnson, forseta Bandaríkjanna, þann 20. október.