Hann var dæmdur fyrir fimm af sex ákærum um glæpi gegn mannkyni og stríðsglæpi á réttarhöldum sínum hjá ICT, 5. febrúar 2013. Meðlimur Al-Badar milísíu á meðan á frelsunarstríðinu stóð.
Molla var dæmdur fyrir morđ á 344 borgurum og fleiri glæpum. Pakistanir hafa styrkt opinberan aftöku hans. Hann var dæmdur í lífstíðarfangelsi. Strax í kjölfar dómsins hófust mótmælin í Shahbag árið 2013 þar sem mótmælendur kröfðust dauðarefsingar fyrir alla þá sem voru í réttarhöldum. Mótmælin dreifðust frá Dhaka til annarra hluta landsins. Mótmælendur kölluðu eftir því að þeir sem voru dæmdir fyrir stríðsglæpi yrðu dæmdir til dauðarefsingar og einnig að banna Jamaat-e-Islami. Jamaat-e-Islami hóf ofbeldisfull mótmæli í landinu og krafðist lausnar á dæmdum og ákærðum leiðtogum sínum.