Í 1916 eftir að Rúmenía tók þátt í fyrri heimsstyrjöldinni sneri Rainer aftur til Búkarests og gekk aftur til liðs við Martu og var kallaður til sjúkraþjónustu sem alstjóri. Á andsókn 1916 settu Rainers upp skurðaðgerðardeildir á sjúkrahúsunum sem voru orðnir fullir af særðum frá Baráttu Turtucaia.
og árás Zeppelin á Búkarest. Síðar, þegar miðveldin hertók Búkarest, stofnaði Francisc Rainer tímabundin sjúkrahús í skólum. Hann hélt áfram að kenna undir þýsku stjórninni, svo að nemendur hans myndu ekki missa af ári, en var einnig skylt að kenna sérstök námskeið fyrir þýska nemendur. Honum tókst að koma í veg fyrir að yfirvöld réðu eignir háskólans. Rainers voru taldir vera pólitískir grunaðir og voru þeir dæmdir til fangelsisvistar í Búlgaríu, en sparaðir af inngripi Minovici fyrir hans hönd. Marta Rainer, sem stýrði stríðsspítölum, skipulagði hópa skurðlækna til að hjálpa til við að takast á við mannúðarkreppuna, og starfaði óaðfinnanlega í mjög kaldan vetur 1917-1918.