Stone barđist í stórum bardaga í borgarastyrjöldinni á
Savage stöð, Antietam, Chancellorsville og Gettysburg. Eftir að hafa hlotið alvarlegt meiðsli í Antietam var hann settur í stöðu annað leyniforingja. Eftir þriðja meiðsli hans í Gettysburg var hann settur í stjórnsýslustörf í Philadelphia.