Í maí 1861 var hann ráðinn í 18. sjálfboðaliðaherherherherflugu Illinois og var ráðinn sem fyrsti yfirmaður hennar. Stjórnartími hans í Kentucky og Tennessee var umdeildur og "órdeal". Hann meiddist í bardaga við Fort Donelson. Í nóvember 1862 var hann ráðinn sem hershöfðingi og hafði stjórn á herdeild í annarri deild XIII herdeildarinnar. Hann barðist í Vicksburgherferðinni árið 1863. Hann leiddi menn sína í bardaga
Port Gibson, Champion's Hill og Big Black River Bridge. og í almennri árás 22. maí 1863 á Vicksburg MS, þar sem hermenn undir hans stjórn voru einu sambandslið til að fara inn í Confederate vinnur á járnbraut Redoubt þar sem þeir gróðursett bandaríska fánann.