Ljúka eftirfarandi setningu: Árið 1341 leyfði Jón konungur í Böhmisku gyðingafjölskyldum að búa innan borgarmúranna og fyrsta samkunduhúsið var byggt árið 1380. Frá því
Húsítastríðin, var borgin hefðbundinn basli kaþólsku kirkjunnar á meðan á langvarandi trúarlegum átökum í konungsríki Bohemi var. Budejovice var hluti af Habsburg-konungsríkinu frá 1526 og var trúfastur stuðningsmaður Ferdinands II keisara í þrjátíu ára stríði. Budějovice var stuttlega í hernámi Prússlands í Slesíustríðunum og stríði milli Habsburga og franska hersins árið 1742.