Þrátt fyrir fljótan sigur Pizarro hófst fljótlega uppreisn indíána og hélt áfram reglulega í gegnum landnámsöldina. Árið 1537 gerði Manco Inca, sem Spánverjar höfðu skipað sem dúkkukóngur, uppreisn gegn nýjum stjórnarmönnum og endurreisti "ný-Inka" ríki. Þetta ríki hélt áfram að áskora spænsk völd jafnvel eftir að Spánverjar lögðu undir uppreisnina og höggvuðust Túpac Amaru á torginu í Cuzco árið 1572. Síðari uppreisnir í Bólívíu hálendinu voru yfirleitt skipulögð af öldungum samfélagsins og héldu staðbundnum í eðli sínu, undantekning er mikil uppreisn
Túpac Amaru II á 18. öld.