Ljúktu eftirfarandi setningu: Nagatomo byrjaði sitt annað Inter Milan tímabil með því að spila 62 mínútur í opnuninni
Serie A leikur gegn Palermo, endaði í 4 til 3 ósigri. Þann 27. september 2011 veitti Nagatomo Giampaolo Pazzini stoðsendingu með því að skalla Aleksei Berezutski áður en hann keyrði boltann yfir markið í 3×2 útileiknum gegn CSKA Moskvu í öðrum riðlakeppni Meistaradeildarinnar. Hann skoraði sitt fyrsta mark á tímabilinu 10. desember 2011 í 2<unk>0 heima sigri gegn Fiorentina á leikdegi 15 í Serie A. Hann var aftur í skálanum þremur dögum síðar þegar hann hélt heim Ricky Álvarez kross í 1<unk>0 sigri gegn Genoa. Í síðasta leik 2011 gegn Lecce á heimavelli framleiddi Nagatomo "maður leiksins" með því að veita tvær stoðsendingar í endanlegum 4 × 1 sigri.