Í seinni árum minnkaði tengsl Sauber og Ferrari. Þeir stóðu með liðum sem ekki voru Ferrari yfir áætluðum reglubreytingum í lok tímabilsins 2004 og tóku einnig þátt í GPWC. Síðan ákváðu þeir að skipta yfir í Michelin dekk, en Ferrari hélt áfram að nota Bridgestone dekk. Á meðan, drykkjarfyrirtækið Red Bull yfirgaf Sauber árið 2005 þegar þeir stofnuðu sitt eigið lið, Red Bull Racing. Eignarhald BMW hófst 1. janúar 2006 með því að BMW keypti hlut Credit Suisse í liðinu. Síðasta Grand Prix Sauber áður en BMW yfirtók var Grand Prix Kína 2005
, međan Massa skorađi sæti í sjötta sæti til ađ klára sögu liđsins. Sauber hafði lokið sjálfstæðri ferli sínu í F1 með sex þriðja sæti og tvær fyrstu röð hefst sem bestu árangur þeirra. Meðal þekktra Sauber ökumanna voru Jean Alesi, Felipe Massa, sem var í öðru sæti í riðlakeppninni 2008, Johnny Herbert og 1997 heimsmeistari Jacques Villeneuve. Tveir fyrrverandi ökumenn Sauber keyrðu fyrir nýja BMW Sauber liðið árið 2006: Nick Heidfeld sem var Sauber ökumaður frá 2001 til 2003, og Villeneuve sem keyrði fyrir liðið árið 2005.