Eftir 20 ára pólitíska þögn tilkynnti Mousavi þann 9. mars 2009 að hann ætlaði að bjóða sig fram í forsetakosningunum í Íran árið 2009.
Ég veit ūađ ekki. Hann sagði að helstu markmið hans væru: að stofnsetja félagslegt réttlæti, jafnrétti og sanngirni, tjáningarfrelsi, að útrýma spillingu og flýta stöðugri einkavæðingu Íran og færa Íran þannig frá því sem hann kallaði "álmsvæði". Mousavi gagnrýndi þáverandi íhaldssama forsetann, Mahmoud Ahmadinejad, fyrir meinta misstjórnun í efnahagsmálum og spurði, þegar Íran "var að græða á háu olíuverði, sá hann (Ahmadinejad) fyrir sér að verðið myndi falla?" Þann 16. mars 2009 dró fyrrverandi forseti Íran, Khatami sig úr kosningunum til stuðnings Mir-Hossein Mousavi.