Skrifaðu framhald þessarar málsgreinar - Háskólinn var skipt í tékkneska og þýska hluta árið 1882 og Náttúruvísindasvið varð aðskilin stofnun á árunum 1920-1939. Árið 1939 var skólinn lokaður af hernámsstyrkjum nasista Þýskalands og barst þá grimmileg ofsóknir gegn kennurum og nemendum. Eftir endalok landnámsins árið 1945 blómstraði listadeildin aftur í nokkur ár; þetta var nauðganlega lokið árið 1948 með kommúnistahruninu árið 1948. Virðingu háskólans minnkaði hratt í kjölfar þvingaðrar brottförar fjölda virtra kennara og innleiðingar marksískra-lenínískra náms. Á sjötta áratugnum hófst kennaranámsskólinn hægt og rólega að opna sig fyrir áberandi hugsuðumenn þess tíma, en sú þróun var snúið við eftir sovéska landnámsárásina árið 1968.
, sem Jan Palach, nemandi í háskólanum, mótmælti með því að kveikja í sér. Eftir að kommúnistastjórnin var fallin í Tékkóslóvakíu árið 1989 og fulltrúar hennar í kennaraflokknum fóru burt, var það endurreist sem einn af mest virtum háskólastöðvum landsins.