Bat Ayin var stofnað af sjö fjölskyldum undir forystu Rabbi Yitzchak Ginsburg árið 1989, á landi sem var upphaflega keypt af Gyðingum áður en
1948, sem undir Jórdanískri stjórn til 1967, var meðhöndluð sem "óvinar eign". Að lokum var stórum lóðum úthlutað til um 40 fjölskyldna. Fólkið í byggðinni kom ekki frá stofnuninni. Margir þeirra sem fyrst komu til landsins voru aldir upp á "höllunum". Hún hlaut orðspor fyrir að vera sérlega öfgafull og mjög harðlát gagnvart Palestínumönnum á staðnum, en enginn þeirra mátti fara nálægt byggðinni. Í kosningunum í byrjun ársins 2000 lýsti helmingur kjósenda Bat Ayin yfir því að þeir vildu Herut frambjóðandann Baruch Marzel. Árið 1993 stofnuðu Motti Karpel og Chaim Nativ hreyfinguna "Chai Vekayam" (Líf og vel) í Bat Ayin, en í skjal hennar, "Sjálfsskírteini", segir skýrt að lög Ísraelsríkis séu ekki bindandi fyrir landnámsmenn á Vesturbakkanum. Einhver íbúi segir í viðtali að Ísrael sé aðeins fyrir Gyðinga, sem eru "kjörin þjóð" og Palestínumenn séu skyldir að þjóna þeim, samkvæmt orðum Tóru: "Fólk mun vinna fyrir þig, þjóðir munu beygja sig fyrir þig". Sögð er að byggðin hafi útvíkkunarhagsmunir og hafi stofnað ólöglega útivistarsvæði sem heitir Vestur-Vestur Bat Ayin.