Aðeins nokkrum dögum fyrir lok Afríkubikarinnar 2010 í Angóla, lenti Issa Hayatou í deilum eftir að CAF frestaði Togo landsliðinu frá næstu tveimur Afríkubikarnum. Hayatou ákærði stjórnvöld í Togo fyrir að hafa blandað sér í málefni knattspyrnusambandsins í Togo þegar liðið dró sig út úr bikarnum árið 2010 áður en hann hófst. Togólska liðið varð fyrir vopnuðum árásum 8. janúar 2010
á ferð til Angóla í strætó fyrir upphaf bikarkeppninnar, sem leiddi til tveggja dauða í sendinefnd Togo. Togolese skipstjóri Emmanuel Adebayor og Togo þjálfari Hubert Velud gagnrýndi Hayatou sérstaklega fyrir ákvörðun CAF og kallaði hann til að segja af sér forseta CAF.