Flores var vinstri framherji og gerði sitt fyrsta leiki fyrir Hondúras í lok áttunda áratugarins og hefur spilað 42 landsleiki og skorað 6 mörk. Hann hefur fulltrúað landi sínu í 12 undankeppni fyrir HM og spilað á UNCAF Nations Cup 1993.
sem og á CONCACAF gullbikarunum 1991 og 1993.