Eftir ađ borgarastyrjöldin braust út var Brooks skipađur hershöfđingi sjálfboðaliđanna í september 1861. Hann skipaði 2. brígöðu, 2. deild IV liðsins í hálendisherferðinni og 2. brígöðu, 2. deild VI liðsins í sjö daga bardaga, þar sem hann var særður í bardaga við Savage's Station.
Ég veit ūađ ekki. Eftir að hafa batnað tók hann aftur við stjórn herdeildarinnar í herferðinni í Maryland og leiddi menn sína í Crampton's Gap, þar sem þeir náðu í herfangi Confederate sem tilheyrði 16. Virginia infanteri. Í Slaginu við Antietam var breska herflokkur Brooks aðallega í varaliði, þó að hann hafi verið undir "gallandi eldgeislum bæði af skotfæri og skarpskytum" í 48 klukkustundir.