Ljúka eftirfarandi setningu: Í júlí 1861 var regiment þekkt sem verkfræðinga regiment vestur ráðinn aðallega í ríkjum Illinois og Missouri, var skipulögð af Colonel J. W. Bissell, og Henry Flad var gerður að skipstjóra B Company. Í ágúst sama árs var hann útnefndur af Frémont hershöfðingja, þá í stjórn í St. Louis, til að starfa við uppbyggingu festinga í Cape Girardeau, Missouri, þar sem hann var í nokkra mánuði. Síðar á árinu, þegar Frémont var aflöguð af Halleck hershöfðingjanum, var Flad skipstjóri skipaður að ganga til liðs við Pope hershöfðingja í suðaustur-Missouri og starfaði sem starfsmaður í gegnum herferðina við New Madrid og Point Pleasant og að taka eyjuna númer tíu, eftir það gekk hann aftur til liðs við hershöfðingja sína í New Madrid. Hann var međ herflokki sínum í Fort Pillow og
Pittsburgh Landing og í aðgerðum fyrir Corinth. Sumarið 1862 var hann að gera við Mobile og Ohio járnbrautina, að byggja festingar í Corinth og að gera við Mississippi Central járnbrautina. Hann var einnig í framgöngu Grants á Grenada. Í febrúar 1863 var hann sendur til Young's Point, þar sem hann var ráðinn í verkfræði, eins og hann var síðar í Baxter Bayou, Lake Providence og Bayou Macon.