Skrifađu áframhaldandi grein um Pablo Morillo sem loksins var handtekinn.
Santafé 6. maí 1816. Líkt og aðrir leiðtogar sjálfstæðishreyfingarinnar flúði Caldas frá borginni, upphaflega með það að markmiði að komast til Buenaventura til að flýja erlendis. Á leiðinni sigrar Sámanó, framtíðar varakóngur, lýðveldishermennina í bardaga við La Cuchilla de El Tambo og endurheimtir Popayán og Caldas neyðist til að fela sig á Paisbamba Farm í Sotará, þar sem hann er fljótt handtekinn af spænsku konungshyggjumönnum árið 1816. Hann var síðan sendur aftur til Santafé og tekinn af lífi af skotdeild þann 29. október 1816 á San Francisco Plaza eftir skipun Morillo, greif Cartagena. Þegar Caldas var að verða tekinn af lífi og fólkið á staðnum bað um líf vísindamannsins svaraði Morillo: "Spánn þarf ekki vísindamenn" (spænskt: "España no necesita sabios"). Áður en Caldas lést skrifaði hann á vegginn stóran gríska bókstaf θ, sem hefur verið túlkaður sem hrópa: "Ó löng og myrk brottför!" (Á spænsku: "¡Oh larga y negra partida!". Í klassísku Aþenu var Theta notað sem stytting á grísku θάνατος (thanatos, <unk>dauði<unk>).