Skrifađu áframhaldandi grein eftir ađ McKinley var myrtur.
Í september 1901 breytti Long um skoðun og lét Roosevelt forseta fá uppsögn sína 1. maí 1902. Nákvæmar ástæður þess eru óljósar en ýmsir þættir hafa líklega átt þátt í því. Í fyrsta lagi átti Roosevelt náið samband við pólitíska andstæðing Longs, Lodge, var þekktur fyrir að vera ósammála Long í sjómálefnum og var ekki ánægður með nærveru hans í Hvíta húsinu. Í öðru lagi hafði rannsókn á athöfnum Winfield Scott Schley við Santiago de Cuba í júlí 1898 leitt til mikillar gagnrýni á hlutverk Longs í stríðinu. Í þriðja lagi dó ein dóttir hans í október 1901, innan við mánuð eftir að McKinley var myrtur. Þessi mál drógu Long í þunglyndi og ástandið versnaði enn frekar þegar Roosevelt deildi við hann um upphaf stríðsins og gerði síðan fréttaverð yfirsókn um nokkrar ákvarðanir hans. Sagnfræðingurinn Wendell Garrett segir að Roosevelt hafi haft mikinn persónulegan áhuga á flotnum og hafi átt erfitt með að vinna með eftirfarandi ráðherrum.