Eftir að flotinn í Virginia var sameinaður við flotinn í Suðurríkjunum var Barron skipaður sem yfirmaður og ráðinn yfirmaður skrifstofu fyrirskipa og smáatriða 10. júní. Barron hélt því starfi fram til 20. júlí, þegar Stephen R. Mallory, þingmálaráðherra flotans, samþykkti beiðni Barrons um að vera ráðinn sem yfirmaður strandvarna í Virginíu og Norður-Karólínu, sem var mikilvæg höfn fyrir þingmenn í Pamlico Sound. Kominn í höfuđstöđvar hans á Fort Hatteras.
Hinn 28. ágúst skipaði Barron vörn bæði Hatteras- og Clark-forðanna gegn Silas H. Stringham yfirmanni Bandalagsins í Baráttu við Hatteras Inlet þann 28.-29. ágúst. Barron var handtekinn eftir uppgjöf festnanna. Haldinn í Fort Columbus á Governors Island í New York höfn, þá í Ft. Warren, Boston-höfn, Barron var loksins sleppt í fangaskiptum næsta ár.