Í kjörtímabili Trajkovski var mikill spenna á milli þjóðernisþjóða Makedóníu og albaníska minnihluta lýðveldisins. Afleiðingar kosvóastríðsins leiddu til mánuða af ofbeldisfullum vopnuðum átökum.
Alþýðusveitirnar eru að vísu að vísu að vísu að vísu að vísu að vísu að vísu að vísu að vísu. Þrátt fyrir að vald hans hafi verið takmarkað og hlutverk hans að mestu leyti hátíðlegt, stjórnaði hann friðarsamkomulagi með milligöngu NATO árið 2001 sem lauk ofbeldi og kom í veg fyrir fullum borgarastyrjöld í lýðveldinu Makedóníu. Hann var talinn vera hóflegur í þjóðernisviðræðum og talaði fyrir aukinni innihaldi þjóðernisálbönum og hefur verið talinn vera lykilpersóna í lausn á deilunni. Vinur Boris Trajkovski og ráðgjafi var starfsmannastjóri hans, Zoran Jolevski, sem var sendiráðherra Makedóníu í Bandaríkjunum og viðræðumaður um nafn ríkisins í Makedóníu nafnaskil.