Í október 1861 varð Scott liðsforingi í 68. flokk Ohio-hermenn og yfirmaður í flokknum árið 1862. Hann þjónaði í Tennessee, þar sem hann skipaði framgangi deildar hershöfðings John A. Logan á leiðinni inn í Mississippi. Hann var trúlofaður á
Í Port Gibson, Raymond og Champion Hill.