Skömmu eftir uppbrot seinni heimsstyrjaldarinnar í september 1939 skipađi Thomas Blamey liđhershöfđingi Vasey í starfsliđ 6. deildarinnar. Í mars 1941 tók Vasey við stjórn 19. fótgönguliðsdeildarinnar, sem hann leiddi í Grikklandsbaráttunni og Krítarbaráttunni. Þegar Vasey kom aftur til Ástralíu árið 1942 var hann efldur í hershöfðingi og varð aðstoðarforingi hershöfðings. Í september 1942 tók hann við stjórn 7. deildarinnar og barðist gegn Japönum í Kokoda-herferðinni.
og orrustuna við Buna-Gona. Árið 1943 hóf hann aðra herferð sína í Nýja-Gíneu, þar sem hann leiddi 7. deildina í landnámi við Nadzab og í næstu herferð í Finisterre Range.