Í herferli sínum var Humala einnig þátttakandi í tveimur helstu stríðum Perú á síðustu 20 árum, slaginu
gegn uppreisnarhópnum Shining Path og Cenepa-stríðinu við Ekvador 1995. Árið 1992 þjónaði Humala í Tingo María sem barðist við leifar Shining Path og árið 1995 þjónaði hann í Cenepa stríðinu á landamærunum við Ekvador.