Halbertsma bjóst því við því að verða prófessor í hollensku tungumáli og bókmenntum og nokkrum sinnum virtist slíkur ráðningur næstum innan greipsins, en í hvert skipti glöddist hann frá. Hreinn penni hans átti líklega þátt í þessu, en það voru líka aðrar ástæður. Árið 1830 missti hann af umsækjendaframlagi sem renndi yfir Hollandi frá háskólum Belgíu, sem á þeim tíma var nýbúið að aðskilja sig frá sameinuðu konungsríki Hollands.
, og eftir 1840 var óskað eftir annarri tegund vísindamanna, með sérhæfðari þekkingu en Halbertsma skipaði. Að hann hafi fengið heiðursdoktor í bókmenntum frá Háskólanum í Leiden árið 1837 var honum lítil huggun. Að hluta til vegna þessara vonbrigða var Halbertsma lengi á brún útbrennslu og sérstaklega árið 1839, þegar hann var aftur yfirgefinn, fór hann í gegnum djúpa kreppu. Það var ekki fyrr en á sjöunda áratugnum, þegar hann var sjötugur, að hann virðist hafa náð andlegu ró.