Þann 3. febrúar 2020 útnefndu stuðningsmenn Rapid Wien Fountas sem besta leikmann ársins 2019 þökk sé frábærum frammistöðum hans með austurríska félaginu. Þann 16. febrúar skoraði hann tólfta markið á tímabilinu eftir að Thanos Petsos gerði mistök í 2<unk>0 heimaleik gegn WSG Swarovski Tirol. Þann 1. mars breytti Fountas fyrirgjöf frá Christoph Knasmüllner í annað markið í 3-1 heimaleik gegn SV Mattersburg. Hann skoraði aftur 7. mars, og nýtti sér alvarlega mistök Nemanja Rnić og endaði eftir að hafa unnið boltann fyrir 14. mark sitt á tímabilinu, í 2<unk>2 jafntefli gegn Wolfsberger AC. Þann 7. júní, eftir að COVID-19 heimsfaraldurinn hafði stöðvað deildina, skoraði hann aftur í 4<unk>0 sigri gegn SK Sturm Graz. Þremur dögum síðar skoraði hann mikilvæg mark í 1<unk>0 útilegu gegn LASK Linz. Viku síðar skoraði hann aftur og sigraði TSV Hartberg. Þann 24. júní skoraði hann seint mark eftir stoðsendingu Ercan Kara, í hörmungum 2<unk>7 tap á heimavelli gegn Red Bull Salzburg sem var meistari deildarinnar. Þann 1. júlí skoraði hann í fimmta leiknum sínum í röð og sigldi mikilvægan 3-1 sigur á heimaleik gegn LASK. Fountas hélt áfram með Rapid Vienna til loka Austurríkisku fótbolta deildarinnar 2019-20
Hann skoraði 19 mörk og hjálpaði félaginu að komast í undankeppni Meistaradeildar Evrópu. Fountas endaði tímabilið sem þriðji markahæsti leikmaður Bundesligans í Austurríki, aðeins á eftir Patson Daka (24 mörk, RB Salzburg) og Shon Weissman (30 mörk, Wolfsberger).