Í framhaldi af þessari málsgrein - Spænska keisaradæmið sigraði svæðið á 16. öld og stofnaði staðkonungdæmi sem náði til flestra svæða í Suður-Ameríku, með höfuðborg sína í Lima. Háskólamenntun hófst í Ameríku með opinberri stofnun Háskólans í San Marcos í Lima árið 1551. Perú lýsti formlega yfir sjálfstæði árið 1821 og eftir herferðir José de San Martín og Simón Bolívar í útlöndum og afgerandi slaginn við Ayacucho lauk Perú sjálfstæði sínu árið 1824. Á næstu árum naut landið af tiltölulegum efnahagslegum og pólitískum stöðugleika, sem lauk skömmu áður en Kyrrahafsstríðið (1879-1884) við Chile. Á 20. öldinni urðu í Peru vopnuð landsmál, valdaránir, óeirðir og innri átök
, sem og tímabil stöðugleika og efnahagslegs uppsveiflu. Á tíunda áratugnum innleiddi landið nýfrjálshyggjusamlegt efnahagslíf sem enn er í notkun í dag. Síðan þá hefur Perú upplifað stöðugan hagvöxt og minnkað ójöfnuð.