Í 16. öld, á tíma spænskra landnáms í Gvatemala, var strönd vatnsins vettvangur bardaga þar sem Spánverjar og Kaqchikel bandamenn þeirra sigruðu Tz'utujils. Eftir landnám Spánverja í Gvatemala
Í hópi þeirra, sem voru aðalmenn Fransiskanskirkjunnar, stofnuðu þeir kirkju og klaustur í Panajachel fljótlega eftir það og notuðu bæinn sem miðstöð til að umbreyta frumbyggjum svæðisins í rómversk-kaþólska trú. Upprunalegur anddyri kirkjunnar stendur enn og er talinn einn af perlum nýlendustílsins í Gvatemala.