Í 1949 afhenti Gyðingafélagsmálaráð í Prag, það sem eftir var af Gyðingum í Tékklandi, stjórn á safninu til kommúnista. Þann 4. apríl 1950 var það breytt í Gyðingasafnið, menningarstofnun sem dreifðist yfir sex samkundur, hátíðarsal og kirkjugarð, stofnað sem "minnisvarði, söguleg varðveislu stofnun og rannsóknastofnun". Kommúnistarnir kúguðu gyðingdóminn, bönnuðu samskipti við erlenda vísindamenn og einu sýningarnar sem voru leyfðar voru teikningar barna frá Terezín. Eftir innrás Sovétríkjanna 1968
, voru fáar nýjar sýningar. Þrátt fyrir að safnið væri stærsta ferðamannastaður Tékkóslóvakíu, þar sem 700.000 gestir komu árlega, þekktu aðeins fræðimenn á sviði safnsins safnið af Judaica.