Ljúktu eftirfarandi setningu: Happer fór á sjúkraleyfi í 1855 og
Seinni angló-kínverska stríðið seinkaði heimkomu Happer frá leyfi til 1859. Eftir stríðið stuðluðu samningarnir til frjálsrar og ótakmarkaðrar aðgangs að Kanton. Þetta leiddi til fjölgunar trúboða í Kantóninn með auknum umbreytingum í kristni. Á 6. áratugnum stofnaði Happer Fyrstu Presbyterian kirkjuna, fjölda innleggs- og dagskóla og þjálfunarskóla sem þjónaði prédikendum, kennurum og sölubólamönnum í Canton. Happer starfaði sem prestur í Fyrstu Presbyterian kirkjunni í Canton, sem var stofnuð árið 1862. Með því að stofna margvíslegar tegundir menntunarþjónustu, uppfyllti Happer verkefni sitt að koma kristinni háskólanámi til Kína, þó að stór hluti nemenda í þjálfunarskólanum hafi falið í sér þá sem unnu fyrir kirkjuna. Til þess að ná til kínverskra stjórnmálamanna í gegnum vestræna menntun, frá 1865 og 1867, stýrði Happer þýðandi háskóla kínversku ríkisstjórnarinnar í Canton og kenndi ensku og stærðfræði fyrir nemendur sem komu inn í ríkisþjónustu sem erlendir sérfræðingar. Með því að kynna kristnar kenningar á námskeiðum sínum hélt hann áfram trúboðsstarfi sínu og fylgdist með smám saman vaxandi fjölda Presbyterians í Canton. Þetta er styrkt af tölfræði frá Canton Mission sem segir að árið 1866 hafi 147 einstaklingar verið skráðir í trúboðsskóla.