Ljúktu eftirfarandi setningu: Borgin var eyðilögð í þrjátíu ára stríðinu og fór síðan hægt og rólega að minnka. Eftir hörmulega ósigur Heilbronn-sambandsins á hendur Habsburga í
Nörlingen árið 1634, Eberhard III hertogi og dómstóll hans flúðu í útlegð til Strasbourg, og yfirgáfu hertogalandið til að ræna af pro-Habsburg styrkjum. Habsburgar höfðu aftur fullveldi í borginni í fjögur ár og á þeim tíma þurfti Stuttgart að bera byrði þess að hýsa hermenn Habsborga í Sveabíu. Ferdinand III, konungur Rómverja, kom inn í borgina árið 1634 og tveimur árum síðar, árið 1636, reyndi hann enn einu sinni að gera Württemberg aftur kaþólskt. Á næsta ári kom bólusóttin og eyðilagði íbúana. Hertoginn sneri aftur árið 1638 til ríkissvæðis sem var nokkuð skipt upp í kaþólska flokka á svæðinu og var gjörsamlega eyðilagt af stríðinu. Í hertogalandi sjálfu drógu stríð, hungursneyð, pest og stríð úr íbúum hertogalands úr 350.000 árið 1618 í 120.000 árið 1648 - um 57% af íbúum Württemberg. Endurreisn yrði hæg næstu áratugina, en hófst þó með fyrstu bókabúð borgarinnar árið 1650 og menntaskóla árið 1686. Þessi framfarir voru nánast algerlega felldir niður þegar frönskir hermenn undir stjórn Ezéchiel du Mas birtust fyrir utan borgarmúrana árið 1688 í níu ára stríði, en borgin var bjargað frá annarri söku vegna diplómatískra hæfileika Magdalena Sibylla, sem réð yfir Württemberg sem regent fyrir son sinn, Eberhard Ludwig.