Í framhaldi af þessari málsgrein - Bandaríska borgarastyrjöldin braust út í apríl 1861, og það ár Howell tilkynnt um borð í gufu fregat, sem var úthlutað Norður-Atlantshafs Blockading Squadron til að taka þátt í Union blokk af Confederate States of America. Þegar hann var um borð í Minnesota sá hann aðgerðir í Hatteras Inlet Batteries
Á ytri banka Norður-Karólínu 28. og 29. ágúst 1861.