21. október 1861 var Taylor kynntur í hershöfðingi og skipaði Louisiana-liði undir stjórn Richard S. Ewell í Shenandoah Valley herferðinni sem Stonewall Jackson leiddi. Á vallarherferðinni notaði Jackson sveit Taylor sem úrvalsverkefni sem setti hraðan gang og beitti skjótum hliðarárásum. Í Slaginu við Front Royal 23. maí, Fyrsta Slaginu við Winchester
25. maí og loks í höfuðbaráttu í Port Republic 9. júní leiddi Taylor 9. infanteríflokkinn í tímabundnum árásum á sterkar stöður óvina.