Japanska keisaradæmið réðst inn á Maluku snemma árs 1942 sem hluti af herferð sinni í Hollensku Austur-Indíu í seinni heimsstyrjöldinni og varpaði Hollendingum úr svæðinu. Halmahera varð staður japansks flotstöðvar í Kao Bay. Tveimur árum seinna, byrjuðu bandarískir hermenn og bandamenn þeirra slaginn við Morotai.
Í ágúst sprengdu ūeir eyjuna og réđust inn í hana í september. Japanska keisarherinn hélt áfram að herja á Morotai til ársins 1945 en tókst ekki að reka innrásaraðila bandamanna burt. Síðari hluta ársins 1944 komu 61.000 manns til Morotai. Tveir þriðju þeirra voru verkfræðingar sem fengu fljótt að koma upp mannvirkjum á borð við höfn og tvo flugbrautir auk mikilla eldsneytisaðstöðva. Formleg uppgjöf seinni japanska hersins átti sér stað í Morotai 9. september 1945. Síðasti Japanski hermaðurinn frá stríðinu, Teruo Nakamura (Amis: Attun Palalin), var uppgötvaður af indónesískum flugherjum á Morotai og gafst upp fyrir leitarsveit 18. desember 1974.