Í mars 1862 var Waddell skipaður liðsforingi í flotinu. Hann var sendur til New Orleans og var settur á ófullkomna járnpúðaskipið CSS "Mississippi" þar til skipið var eyðilagt í lok apríl. Næsta mánuđ, ūar sem hann var byssuforingi á landi, tók hann þátt í bardaga.
Á milli landbatteríanna og járnskipa í Drewry's Bluff í Virginíu. Hann sá fleiri landbatteríþjónustu í Charleston í Suður-Karólínu í restinni af 1862 og inn í 1863. Waddell var sendur til útlanda í mars 1863 og var staðsettur í Englandi þar til hann gat fengið sæti á sjó.