Í næstu tímabilum hélt Muldoon áfram að vera lykilmaður Connacht-liðsins. Hann lék í 19 leikjum fyrir héraðið í 2005-06 Celtic League og byrjaði í öllum sjö leikjum liðsins í 2005-06 Challenge Cup, en á næsta tímabili byrjaði hann í 19 leikjum í deildinni og fjórum af sex leikjum liðsins í Challenge Cup. Í báðum tímabilunum fékk Muldoon gult spjald í tveimur leikjum í deildinni. Á tímabilinu 2007/08 lék Muldoon 17 leiki í Celtic League
, 15 þeirra byrja og byrjuðu á fjórum leikjum í áskorunarbikarnum á árinu.