Áhrif Malagridas á höllinni í Lissbónu mættu mikilli andstöðu forsætisráðherra, Carvalho, framtíđarkís Pombal. Carvalho var að reyna að endurreisa Lissabon eftir
Jarđskjálftiđ 1755 sem Malagrida talađi um var refsing réttláts Guðs á syndugum mönnum. Carvalho var ósáttur við óbeina gagnrýni á ríkisstjórnina og sannfærði José konung um að vísa Malagrida til Setúbal í nóvember 1756 og lét fjarlægja alla jesúíta frá höllinni.