Makhanda var stofnað sem Grahamstown árið 1812 eftir fjórða Xhosa stríð
sem herforingjavarðstöð af liðsforingi John Graham sem hluti af herferð til að tryggja austurlandamæri Cape Colony. Í upphafi ákvað Graham alstjóri að setja höfuðstöðvar sínar á Noutoe útlánsbúðinni, nú þekkta sem Table Farm, en að tillögu Andries Stockenströms var það flutt í búð De Rietfontein, sem tilheyrði Lucas Meyer. Bygging á nýjum höfuðstöðvum, sem var staðsett á staðnum sem nú er kirkjusvæðið, hófst því í júní 1812.