Í framhaldi af borgarastyrjöldinni í Líbíu árið 2011 buðu Bandaríkin og bandamenn þeirra Muammar Gaddafi ofursti og aðstoðarmönnum hans um að velja hvort þeir færu frá völdum eða sætu alþjóðlegum viðbrögðum. Rice lagði fram einhverja af hörðustu málflutningi gagnvart Gaddafi og gagnrýndi neitun hans á grimmd gegn eigin borgurum sínum sem "satt sagt, blekkingarkennd". Á fundi öryggisráðsins fyrir lokuðum dyrum í apríl 2011 sagði Rice að Gaddafi trúmenn hefðu beitt sér fyrir grimmd, þar á meðal að hræða íbúana með kynferðislegu ofbeldi, og að hermenn Gaddafi hefðu fengið Viagra. Rannsóknir Amnesty International, Human Rights Watch og Lækna án landamæra andmæltu Rice og sögðu að þeir hefðu ekki fundið sönnunargögn úr fyrstu hendi um að fjölda nauðganir hefðu átt sér stað eins og Rice hafði fullyrt. Ásamt Samantha Power í alríkisöryggisráði sem var búinn að styðja bandarísku hernám í Líbíu.
, og utanríkisráðherra Hillary Clinton, sem kom til að styðja það, þrír sigruðu innri andstöðu frá varnarmálaráðherra Robert Gates, öryggisráðgjafi Thomas E. Donilon, og ráðgjafi gegn hryðjuverkum John Brennan, til að stjórnsýsla framkvæma tillögu Sameinuðu þjóðanna um að setja flugbanasvæði yfir Líbíu og heimila aðrar hernaðarlegar aðgerðir eftir þörfum.