Eftir að bandaríska borgarastyrjöldin hófst árið 1861 notuðu hermenn bandalagsins Windsor mansion-kúpuna sem skoðunarstöð og merkistöð. Vorið 1863, sem hluti af Vicksburg herferð hans, Ulysses S. Grant og 17.000 hermenn Bandalagsins landaði í höfn Bruinsburg og tók stjórn á Windsor mansion. Eftir bardaga við Port Gibson
Á árinu 1640 var höllin notuð af herliðum sambandsins sem sjúkrahús og sem skoðunarstöð. Daniell-fjölskyldan fékk að búa á þriðju hæð herbergisins meðan á hersetningu sambandsins stóð.