Ljúktu eftirfarandi setningu: Eftir að Mississippi-ríki skildi sig frá rétt fyrir upphaf borgarastyrjaldarinnar, sagði Barksdale af sér í þinginu til að verða adjutant general, og síðan quartermaster general, í Mississippi-hermennsku, í röð brigadíestjóra, með dagsetningu 1. mars 1861. Þann 1. maí var hann skipaður fulltrúi í 13th Mississippi Infantry, regiment sem hann leiddi í fyrra slaginu við Bull Run það sumar og í slaginu við Ball's Bluff í október. Vorið eftir fór hann með herlið sitt til Virginia-hálendisins og barðist í hálendisherferðinni og sjö daga bardaga. Ūegar herforingi hans, Richard Griffith, var særđur í stríđinu
Barksdale tók við stjórn herdeildarinnar og leiddi hana í hetjulegri, en blóðugri og tilgangslausri árás í Slaginu við Malvern Hill. Sveitin varð þekkt sem "Barksdale's Mississippi Brigade". Hann var kynntur til hershöfðings 12. ágúst 1862.