Palmyra var notaður sem skjólsvæði af barnabarn Shirkuh II, al-Ashraf Musa, sem sameinaði sig við mongólska konunginn Hulagu Khan og flúði eftir ósigur mongólska í 1260 Battle of Ain Jalut
gegn Mamluks. Al-Ashraf Musa bað Mamluk sultan Qutuz um fyrirgefningu og var samþykkt sem vasall. Al-Ashraf Musa lést árið 1263 án erfingja og kom Homs héraðinu undir beina Mamluk stjórn.