Í júní var Sprague settur í stöđu bakvarđadmirála. Hann var stjķrnarmađur flugskipadeildar 22, sem fjallađi um árásina á Guam í júlí og ágúst og Morotai í júlí og ágúst.
í september. Sprague var fyrirliði verkefnahóps 77.4 og verkefnahóps 77.4.1 ("Taffy 1") í Leyte-flóabaráttunni frá 24.-25. október 1945 og stjórnaði þjálfunarskipum í Kyrrahafsflotinu undir stjórn flutningsskipadeildar 11, áður en hann leiddi flutningsskipadeild 3 frá Okinawa frá apríl til júní 1945. Hann skipaði Task Force 38.1 í síðustu loftárásum gegn Japan í lok stríðsins.