Skreyttu áframhaldandi fyrir þessa málsgrein - Ólíkt breskum flugskipum, sem geymdu flugeldsneyti í aðskildum sílindrum eða kassa-dæmum sem voru umkringdar sjóvatni, höfðu allir japönsk flugskip fyrir stríðið flugeldsneyti þeirra sem byggð voru innbyrðis með skipinu og "Shōkaku" var engin undantekning. Hættan sem þetta skapaði varð hins vegar ekki augljós fyrr en reynslan í stríðstímum sýndi fram á að það var oft líklegt til að springa og leka þar sem áfall og álag frá höggum eða næstum höggum á skrokkinn var óhjákvæmilega flutt yfir í eldsneytistankana og tekið upp af þeim. Eftir misheppnina á Midway
Um miðjan 1942 voru tómum loftrúmum í kringum flugeldsneyti tankanna á "Shōkaku", sem venjulega voru pumpaðir fullir af óvirkum koltvísýringi, í staðinn fyllt með steypu í tilraun til að vernda þá gegn hugsanlegum skemmdum. En það kom lítið í veg fyrir að flóttamikil reykir dreifðust yfir á hangarþekkin ef tjóni átti sér stað, einkum þegar "Cavalla" var torpedóað og sökk. "Shōkaku" geymdi venjulega 150 þúsund lítra af avgas til notkunar.