Eftir að flotinn í Virginia var sameinaður við flotinn í Suðurríkjunum var Barron skipaður sem yfirmaður og ráðinn yfirmaður skrifstofu fyrirskipa og smáatriða 10. júní. Barron hélt því starfi fram til 20. júlí, þegar Stephen R. Mallory, þingmálaráðherra flotans, samþykkti beiðni Barrons um að vera ráðinn sem yfirmaður strandvarna í Virginíu og Norður-Karólínu, sem var mikilvæg höfn fyrir þingmenn í Pamlico Sound. Þegar Barron kom til höfuðstöðva síns á Fort Hatteras þann 28. ágúst, skipaði hann vörn á báðum höllunum.
Clark gegn Silas H. Stringham yfirmanni Bandalagsins í Baráttu Hatteras Inlet 28. og 29. ágúst. Barron var handtekinn eftir uppgjöf festnanna. Haldinn í Fort Columbus á Governors Island í New York höfn, þá í Ft. Warren, Boston-höfn, Barron var loksins sleppt í fangaskiptum næsta ár.