Ljúktu eftirfarandi setningu: Tveimur mánuðum fyrir 29 ára afmæli sitt, J. Wallace Scott varð einn af fyrstu viðbrögð Pennsylvania til Abraham Lincoln forseta kalla fyrir sjálfboðaliða til að verja Washington, D.C. eftir apríl 1861 fall Fort Sumter til Confederate States Army. Eftir að hafa skráð sig í herþjónustu í West Chester 4. júní 1861 hóf hann herþjónustu sem einkahermaður í A-herflokki 1. Pennsylvania Reserve Regiment (einnig þekktur sem 30. Hann var kynntur í röð liðsforingja snemma í starfi sínu og hann og menn hans tóku tvo vörubíla óvinarins á meðan þeir voru sendir til að standa á vörðunum meðfram Annapolis járnbrautarlínu í Virgíníu í ágúst 1861. Vagnarnir voru dregnir af tveimur hrossum hvorum og voru hlaðnir gullstykkum og silki að verðmæti 5.000 dollara sem ætluð var að nota í hernaðarbúning og fána CSA, auk kíníns sem ætluð var læknum CSA. Hann var með herflokki sínu í sjö daga bardaga nálægt Richmond í Virginia frá 25. júní til 1. júlí 1862, þar á meðal bardaga við Beaver Dam Creek (26. júní), Gaines's Mill (27. júní),
Savage's Station (29. júní), Glendale (30 júní) og Malvern Hill (1. júlí). Hann barðist síðan í seinni slaginu við Bull Run (28. ágúst) og slagunum við South Mountain (14. september) og Antietam (17. september). Hann var færður í stöðu liðsforingja og var útskrifaður 23. október til að taka við nýrri stöðu í annarri herflokki.