Ljúktu eftirfarandi setningu: Með aðskilnaði ellefu ríkja í Suðurríkjunum og upptökum borgarastyrjaldarins gekk Miller í her sambandsins. Þann 27. ágúst 1861 skipaði Oliver P. Morton ríkisstjóri Miller sem alstjóra í 29. infanteríflokk Indiana. Eftir þjálfun var regimentinu úthlutað Kirk's Brigade í deild Alexander M. McCook í Buell's Army of the Ohio og hélt til Tennessee. Miller sá í verki á öðrum degi
Slag um Shiloh, sem og í umsátri Korintu. Miller leiddi herlið sitt í gegnum norðurhluta Alabama og Tennessee og elti Braxton Bragg í gegnum Kentucky. Miller skipaði herflokki undir stjórn James Negley í orrustunni við Stones River í lok desember 1862. Á öðrum degi orrustunnar leiddi Miller andsókn Bandalagsins yfir Stones River sem varði árás Bandalagsins á John C. Breckinridge. Í árásinni var Miller særður í háls.