Í kjölfarið tók Honner að sér þjálfunarhlutverk og starfaði sem yfirmaður ástralska þjálfunarherflugs í Mið-Austurlöndum, sem hann var sendur til í október 1941. Honner kom aftur til Ástralíu í maí 1942. Eftir að hafa verið endursaminn konu sinni var hann kynntur í liðsforingja og sendur til Papua þar sem hann fékk stjórn á 39. sveitinni, sem var í örvæntingarfullri herferð gegn japönskum styrkjum sem börðust meðfram Kokoda Track
Ég veit ūađ ekki. Honner kom til Isurava 16. ágúst 1942 með fyrirmæli um að stöðva framrás Japana. Þegar Honner kom að stöðu hersveitarinnar komst hann að því að ný stjórn hans var þegar orðin þreytt vegna hitabeltis sjúkdóma og fyrri átaka og var talsvert færri.