Faðir hans, sem einnig hét Isaac Newton, hafði dáið þremur mánuðum áður. Fæddur fyrir aldur, Newton var lítið barn; móðir hans Hannah Ayscoughly sagði að hann hefði getað passað inn í fjórðungskál. Þegar Newton var þriggja ára, móðir hans giftist aftur og fór að búa með nýjum eiginmanni sínum, séra Barnabas Smith, og lét son sinn í umsjá móður, Margery Ayscoughly.
1665