Skrifaðu framhald fyrir þessa málsgrein - Þegar Grikkland gekk inn í seinni heimsstyrjöldina eftir ítalska innrásina
Árið 1940 lokađi skķlin og skķlasvæđiđ var notađ sem herspítala. Þegar Þjóðverjar réðust inn í Grikkland tóku Þjóðverjar yfir háskólasvæðið sem aðalstöðvar fyrir Balkanskaga. Afhendingargögn Grikkja voru undirritað í aðalbyggingu skólans, Makedóníuhöllinni. Á árunum 1944-45 var háskólasvæðið tekið yfir af breska hernum (síðustu einingarnar fóru ekki fyrr en 1949).