13. júlí 2011 var tilkynnt að Jonathan myndi yfirgefa Santos til að þjálfa með Serie A risum Inter Milan, þar til endurskoðun á flutningi. Tveimur dögum síðar, 15. júlí, varð hann opinberlega leikmaður Inter og skrifaði undir fjögurra ára samning. Jonathan gerði sitt Inter-debut 11. september 2011 í annarri viku 2011-12 Serie A.
Hann lék 90 mínútur í 4-3 tap gegn Palermo. Þremur dögum síðar gerði Jonathan leikur sinn í Meistaradeildinni og spilaði allan leikinn á leikdegi 1 gegn tyrkneska liðinu Trabzonspor í 0<unk>1 tapi á San Siro.