Japanska framganga í Kyrrahafinu var stöðvuð í byrjun árs 1943 af austurrískum hermönnum í Nýja-Gíneu og bandarískum hermönnum á Guadalcanal, eftir það fóru bandamennirnir í sókn, fram í gegnum Nýja-Gíneu og Salómónseyjar í átt að Filippseyjum. Á árinu 1944 byrjuðu bandamenn að skipuleggja að endurheimta Borneo. Aðalstöðvar Douglas MacArthurs í Suðvestur-Kyrrahafssvæðinu voru ábyrgar fyrir að skipuleggja aðgerðina, en vegna skuldbindingar bandarískra hersveita við endurheimtu Filippseyja var verkefnið að endurheimta Borneo fyrst og fremst úthlutað áströlskum landherjum. Samfylkingarherferðir í Borneo samanstóð af lendingum í Tarakan, Labuan
, og Balikpapan. Upphaflega hafði MacArthur ætlað að nota Borneo sem bráðabirgðasvæði til að endurheimta Java, en þessi aðgerð var síðar felld niður og ábyrgð á Hollensku Austur-Indíulöndunum færð yfir í suðaustur-Asíu-foringjaherræðið undir stjórn Breta. Í skipulagsáfanga mælti yfirmaður ástralska hersins, hershöfðingi Thomas Blamey, gegn lendingu í Balikpapan, þar sem hann taldi að það myndi ekki þjóna neinum stefnumótandi tilgangi. Eftir mikinn umhugsun samþykkti ríkisstjórn Ástralíu að veita styrkjum fyrir þessa aðgerð. Sameiginlegir herforingjar Bandaríkjanna höfðu einnig áhyggjur af stefnumótandi nauðsyn aðgerðarinnar, en samkvæmt sagnfræðingnum Garth Pratten, MacArthur stjórnaði bæði ástralska ríkisstjórninni og sameiginlegum herforingjum til að samþykkja að taka Balikpapan. Að sögn sagnfræðingsins Chris Coulthard-Clark var yfirlýstur tilgangur aðgerðarinnar að "tryggja höfnina og olíulindirnar á svæðinu og koma á grundvelli til að hefja" framtíðar aðgerðir. Auk þess yrði ríkisstjórn Hollensku Austur-Indíulands endurreist.