Ljúka eftirfarandi setningu: Eyjubítarstjórn (og sjálfstæði) lauk með innrás Mongóla í Sýrland árið 1260, þar sem Mongólar undir forystu Kitbuqa komu inn í borgina 1. mars 1260, ásamt konungi Armeníu, Hethum I, og prinsinum frá Antiokíu, Bohemond VI; þannig sáu borgarar Damaskus í fyrsta skipti í sex aldir þrjá kristna valdhafa ríða í sigri um götur þeirra. En eftir ósigur Mongóla í
Ain Jalut 3. september 1260, Damaskus var tekin fimm dögum síðar og varð höfuðborg Mamluk-sultanátsins, sem var stjórnað frá Egyptalandi, eftir að Mongólar drógu sig til baka. Eftir sigur sinn í orrustunni við Wadi al-Khaznadar, lögðu Mongólar undir forystu Ghazan borgina í umlög í tíu daga, sem gafst upp á milli 30. desember 1299, og 6. janúar 1300, þó að Citadel hennar hafi staðist. Ghazan dróst síðan til baka með flestum styrkjum sínum í febrúar, líklega vegna þess að mongólskir hestar þurftu á fóðri að halda og lét eftir sig um 10.000 reiðmenn undir stjórn mongólska hershöfðingjans Mulay. Um mars 1300 sneri Múlay aftur með riddurum sínum til Damaskus og fylgdi síðan Ghazan aftur yfir Eufrat. Í maí árið 1300 komu Mamluksar frá Egyptalandi aftur og réðu allt svæðið aftur án bardaga. Í apríl 1303 tókst Mamluksmönnum að sigra mongólska herinn undir forystu Kutlushah og Mulay ásamt armænskum bandamönnum sínum í bardaga við Marj al-Saffar, til að binda enda á innrásar Mongóla í Levant. Síðar drap svarti dauðinn 1348-1349 allt að helmingur íbúa borgarinnar.