Margareta fæddist í Farleigh Hungerford-kastali í Somerset, hún var eina dóttir Georgs Plantagenets, 1. hertogs Clarence, og Isabel Neville, konu hans, sem var eldri dóttir Richard Neville, 16. jarls Warwick, og konu hans, Anne de Beauchamp, 16. greifdóttur Warwick. Afi hennar varð drepinn í bardaga gegn frænda hennar, Edvarði IV, í Barnet-bardaga.
Ég veit ūađ ekki. Faðir hennar, sem var nú þegar hertogi af Clarence, var þá gerður jarl af Salisbury og Warwick. Edvard IV lýsti því yfir að yngri bróðir Margrétar, Edvard, ætti að vera þekktur sem jarl af Warwick sem kurteisiheiti, en enginn parihlutverki var nokkurn tímann skapaður fyrir hann. Margrét hefði átt rétt á jarldómi Warwick, en jarldómið var glatað vegna þess að bróðir hennar, Edvard, hlaut það.