Í öðru tímabili Guardiola sem þjálfari skipti Barcelona um Samuel Eto'o og 46 milljónir evra í skiptum fyrir Zlatan Ibrahimović frá Inter Milan. Margir leikmenn yfirgáfu félagið á sama félagaskiptaglugganum <unk> Eiður Guðjohnsen var seldur til Monaco; Samningar Sylvinho og Albert Jorquera lauk; og aðrir leikmenn voru lánaðir út, þar á meðal Alexander Hleb til VfB Stuttgart, Martín Cáceres til Juventus, Alberto Botía til Sporting de Gijón og Víctor Sánchez til Xerez. Barcelona byrjaði tímabilið með því að sigra Athletic Bilbao í Supercopa de España og Shakhtar Donetsk í UEFA Super Cup
Ég veit ūađ ekki. Þann 25. september 2009 vann Guardiola 50. sigur sinn sem atvinnumaður á útivelli gegn Málaga og þann 19. desember 2009 varð liðið meistari í klúbbheimsmeistaramóti FIFA í fyrsta sinn í sögu liðsins.