Í 1856 varð Kekulé Privatdozent við Háskólann í Heidelberg. Árið 1858 var hann ráðinn sem fullur prófessor við Háskólann í Ghent, síðan árið 1867 var hann kallaður til Bonn, þar sem hann var í restina af starfsferlinum. Að byggja hugmyndir sínar á þeim forverum eins og Williamson, Edward Frankland, William Odling, Auguste Laurent, Charles-Adolphe Wurtz og fleiri, Kekulé var aðal formúlari kenningar um efnafræðilega uppbyggingu (1857<unk>58). Þessi kenning út frá hugmynd um atóm valence, sérstaklega tetravalence af kolefni (sem Kekulé tilkynnti seint árið 1857) og getu kolefnisatóma til að tengja hvert annað (kynnti í ritgerð sem birt var í 1858), enn hann var ráðinn sem fullur prófessor við Háskólann í Ghent, síðan árið 1867 var hann kallaður til Bonn, þar sem hann var áfram í verki fyrir restina af forverum hans.
efnafræðileg uppbygging