Skrifa áfram í þessa málsgrein - Sameinađur flotinn komst undir beina stjórn höfuðstöđva keisaraveldisins 1937. Með upphafi Kyrrahafsstyrjaldarinnar með árásinni á Pearl Harbor sem unnin var af "Kido Butai" í Combined Fleet (1. loftflotinn) varð Combined Fleet nánast samheiti við Imperial Japanese Navy, undir stjórn Isoroku Yamamoto-admiralsins til apríl 1943 þegar hann dó eftir að flugvél hans var skotin niður af bandarískum loftstyrjöldum yfir Bougainville-eyjunni. Það samanstóð af herskipum, flugvélar, flugvélum og þeim hlutum sem myndaði helstu bardaga styrk IJN. Hún var fyrst safnað saman í slaginu við Midway. Eftir eyðileggjandi missir á flutningsskipum í Midway og í herferðinni á Sķlómonseyjum
Árið 1945 var flotinn endurskipulagður í fjölda svæðisflotna til að stjórna ýmsum svæðum á staðnum. Sameinaður flotinn þróaðist síðan í meiri stjórnsýslufyrirtæki.