Í 1971 í tilraun til að koma í veg fyrir mögulega uppgjör milli hernaðarins og fólksins í Austur-Pakistan, þann 23. mars 1971, hitti Khan ásamt öðrum pákistönskum stjórnmálamönnum í sameiningu við Sheikh Mujibur Rahman. Þeir buðu Mujib stuðning við myndun ríkisstjórnar, en það var þegar of seint að brjóta kyrrsetuna þar sem Yahya Khan hafði þegar ákveðið að ráðast í fullum hernaðarmælum. Vaxandi veikleiki Pakistans og útbreidd alþjóðleg reiði gegn hernámsátökum skapaði ástand sem leiddi til stríðs.
milli Pakistan og Indlands. Þessi stríð reyndist hörmulegt og náði hámarki sínu með því að vopnuð her Pakistans var sigrað í Austur-Pakistan og nýr ríki Bangladess var stofnað. Yahya Khan var hneykslaður yfir ósigrinum og sagði af sér embætti og hernað. Undir forystu Gul Hassan Khans var Zulfikar Ali Bhutto fluttur heim frá Ameríku og útnefndur borgaralegur yfirmađurslögstjóri og forseti.