Í framhaldi af þessari málsgrein - Árið 1806 gerðu frönsk yfirvöld í Hollandi háskólann í Utrecht niður í "école secondaire" (háskóli), en eftir stofnun Sameinuðu konungsríkisins í Hollandi árið 1813 fékk hann aftur fyrri stöðu sína. Leiden, Leuven, Groningen, Utrecht og Ghent voru fimm háskólarnir () í nýja ríkinu. Tveir háskólarnir (Leuven og Ghent) urðu hluti af nýju belgíska ríkinu eftir að hver um sig greindist frá öðrum.
frá sameinuðu konungsríki Hollands árið 1830. Í kjölfarið varð Háskólinn í Utrecht einn af aðeins þremur háskólum í Hollandi. Á frönsku landnámstíðinni skipaði Louis Napóleon konungur fyrir byggingu höll í miðbæ Utrecht sem varð að lokum háskólabíbliotekið í miðbænum.