Í 1672 hafði hann byrjað að skrá guðfræðilegar rannsóknir sínar í minnisbókum sem hann sýndi engum og sem aðeins hafa verið skoðaðar nýlega. Þeir sýna mikla þekkingu á frumsamdum ritum kirkjunnar og sýna að í átökum Athanasius og Arius sem skilgreindi trúarbrögðin tók hann hlið Arius, sem tapaði, sem hafnaði hefðbundinni sjónarmiði um þrenninguna. Newton "kenndi Krist sem guðlegan milligöngu milli Guðs og mannsins, sem var undirgefinn föður sem skapaði hann". Hann var sérstaklega áhugasamur um spámennsku, en fyrir honum var Kristur "trúarfallinn trinitarian.
var trúleysingi.