Innönü starfaði sem forsætisráðherra Tyrklands í nokkra kjörtímabil og hélt áfram kerfinu sem Mustafa Kemal hafði komið á fót. Hann starfaði eftir allar helstu kreppur (eins og uppreisn Sheikh Said eða morðtilraun í İzmir gegn Mustafa Kemal
) til að koma friði á landið. Í október 1923 lagði hann til að gera Ankara að höfuðborg Tyrklands, sem var samþykkt af þinginu. Hann hætti sem forsætisráðherra á árunum 1923 og 1924. Hann tók við af forsætisráðherranum Fethi Okyar á þeim tíma sem tyrkneska ríkisstjórnin gerði sér grein fyrir alvarleika ástandsins í kringum uppreisn Sheikh Said vorið 1925. Á meðan hann fjallaði um uppreisn Sheikh Said lýsti hann yfir tyrkneskri þjóðernisstefnu og hvatti til tyrkneskunar óturkneska íbúa. Í september 1925, eftir að uppreisn Sheikh Said var dregin niður, stjórnaði hann umbótaráði fyrir austan () sem undirbjó skýrsluna um umbót í austan () sem mælti með því að hindra stofnun kurdskra elíta, banna óturknesk tungumál og stofna svæðisbundna stjórnsýslueiningar sem kallast Inspectorates-General, sem áttu að stjórnast með hernaðarlögum. Í kjölfar þessarar skýrslu voru stofnuð þrjú yfirstjórnendur á kurdísku svæðunum sem samanstendur af nokkrum héraðum.