Skrifaðu framhald fyrir þessa málsgrein - Árið 1365<unk>66 og 1384<unk>85 var bærinn skjólstaður fyrir biskupinn í Constance þegar hann var rekinn úr Constance. Fyrir 1324 og á árunum 1371-86 var borgin veðsetin til utanaðkomandi eigenda sem trygging fyrir lán. Frá 1359 til 1403 var kastalinn í eigu heimamanna. Árið 1374 fengu þeir undanþágu frá stríðsgjöldum. Biskupsstjórnin var veik eftir að yfirgangur yfir yfirráð frá Habsburg til Baden-héraðs árið 1415. Vegna staðsetningar sinnar á trúarlegum landamærum var Kaiserstuhl mikilvægur brúarhöfuð fyrir kaþólska svæðin. Bæði í fyrri Villmergenstríðinu 1655/56 og Toggenburgstríðinu
(eða önnur Villmergen-stríð), árið 1712, var þorpið tekið af Zürich. Á meðan á trúarstríðunum stóð þurfti umferð til Kaiserstuhl að fara yfir Reinið á svæðum sem Zürich stjórnaði. Þar sem borgin hafði ekki rétt til að skattleggja skipsumferð um Rín, kostaði þessi tap á landumferð bæinn mestan hluta tolla tekna. Bærinn varð þó velgenginn vegna vínræktunar og dýrahald, með lánsveitingu og bankaþjónustu og með erlendri þjónustu. Velmegun þeirra endurspeglast í stórkostlegum húsum sem byggð voru á þessum tíma. (Gasthaus zur Krone árið 1550, stjórnsýsluhöll St. Blaise klaustursins árið 1563 og 1612, og "Marschallhaus" árið 1764). Byggingarnar sem gerðu Kaiserstuhl kleift að virka sem svæðismiðstöð voru á hægri kantinum á Rín, og voru glataðar árið 1798 með stofnun Baden-kanton. Eftir að Frakkar eyðilögðu brúina árið 1799 var umferð landamæra um Kaiserstuhl hætt í næstum tvo áratugi.