Í framhaldi af þessari málsgrein - Sem þjálfari byrjaði Deschamps feril sinn með Monaco og hjálpaði félaginu að vinna Coupe de la Ligue árið 2003 og komst í úrslit UEFA Champions League árið 2004 og var nefndur Ligue 1 þjálfari ársins árið 2004. Á tímabilinu 2006/07 hjálpaði hann fyrrum félagi sínu Juventus að vinna Serie B titilinn og snúa aftur til Serie A eftir niðurfellingu þeirra vegna þátttöku þeirra í Calciopoli-málefnum árið 2006 á síðasta tímabili. Hann stýrði síðan öðrum sínum fyrrum félögum, Marseille, þar sem hann vann Ligue 1 titilinn á tímabilinu 2009-10, auk þriggja í röð Coupe de la Ligue titla á milli 2010 og 2012 og í röð Trophée des Champions titla árið 2010.
og 2011.