Í byrjun árs 1948 starfaði Henkin á skrifstofu Sameinuðu þjóðanna í utanríkisráðuneytinu í Bandaríkjunum, þar sem hann var einn af þeim einstaklingum sem voru ábyrgir fyrir samningnum um stöðu flóttamanna árið 1951, samningi sem setti á fót alþjóðlega samþykkta skilgreiningu á því hvað felur í sér flóttamann og setti kröfur um að lönd gætu veitt hæli til einstaklinga sem voru svo tilnefnd. Hann yfirgaf utanríkisráðuneytið árið 1956 til að kenna í eitt ár við háskólann í Columbia um kjarnavopnalausn sem varð að efni bókar hans frá 1958 "Vopnaeftirlit og skoðun í bandarískum lögum". Hann kenndi í Háskólanum í Pennsylvaníu frá árinu 1958 og hélt áfram verki sínu sem var gefið út sem "The Berlin Crisis
og Sameinuðu þjóðunum" árið 1959 og bókinni "Disarmament: The Lawyer's Interests", sem kom út árið 1964.