Í framhaldi af þessari málsgrein - Eftir stríðið hélt O'Doherty áfram í hollustu sinni við krúnuna en árið 1608, eftir deilur við nýja landstjóra í Derry, reis O'Doherty í uppreisn með kastalann sem höfuðstöðvar sínar. Brennsla í Derry
í apríl, sem kallađ var uppreisn O'Doherty. Í viðbrögð til þess sendu yfirvöld í Dublin hermenn til að ráða yfir Inishowen-hjarðlandi O'Doherty. Eftir umsátur náðu þeir Burt Castle og leystu fanga sem voru í Derry og voru geymdir þar. Skömmu síðar var O'Doherty drepinn í bardaga við Kilmacrennan og uppreisnin hrundi.