Í janúar 1966 var Sadruddin prinsur skipaður hæsta ráðherra Sameinuðu þjóðanna fyrir flóttamenn eftir að hafa starfað í þrjú ár sem aðstoðarmaður hæsta ráðherra. Hann var 33 ára og varð yngsti maður sem hefur foryst UNHCR. Næstu tólf árin stýrði hann flóttamannastofnun Sameinuðu þjóðanna í gegnum einn erfiðasta tímabil hennar, og samræmdi alþjóðlega viðbrögð við Bangladesh-kreppunni árið 1971.
sem rjúfaði fólk upp úr rótum, flótta hundruð þúsunda Hutu frá Burundi til Tanzaníu árið 1972 og víetnamska bátamannatragöðina um miðjan sjöunda áratuginn. Árið 1972 gegndi Sadruddin prins lykilhlutverki í því að finna ný heimili fyrir tugþúsundir Suður-Asíaþjóða sem Idi Amin var að reka úr Úganda.