Ljúktu eftirfarandi setningu: 5. desember 1990, voru Alomar og Joe Carter skiptir til Toronto Blue Jays í skiptum fyrir Fred McGriff og Tony Fernández. Það var í Toronto að hann þróaðist í fremsta sóknarlega seinni baseman, sameina.300-plús batting meðaltali með krafti og háa enda hraða á stöðum. Árið 1991 vann hann á hraða sínum með 11 þríleikjum og 53 stolið grunn, og leiddi liðið í fyrsta af þremur leikjum í röð. Árið eftir skoraði hann 105 hlaup, tók 87 göngur og var með.405 hlutfall á grundvelli. Árið 1993 átti Alomar sitt besta tímabil með Blue Jays, þar sem hann skoraði 17 heimahlaup (HR), 93 hlaup (RBI) og 55 stolið grunn, á meðan hann sló.326, þriðja í American League á eftir liðsfélögum John Olerud og Paul Molitor. Hann var aðalpersónan í heimsmeistaramótum Toronto árið 1992 og 1993; í leik 6 í heimsmeistaramótum 1992 skoraði hann sigurleikinn á tveggja hlaupa tvöfalda Dave Winfield í 11. inningunni. Alomar komst í jafntefli í níunda innings gegn Dennis Eckersley í leiknum 4.
1992 American League Championship Series (ALCS), er talið af mörgum sem mikilvægasta árangur í sögu félagsins, þar sem þrjár fyrri ferðir liðsins til ALCS höfðu endað í vonbrigðum; hann var nefndur verðmætasti leikmaður (MVP) seríunnar. Árið 1995 lék hann 104 leiki í röð án þess að gera mistök, og setti AL met fyrir aðra basemen. Í hverjum fimm tímabilum sínum með Blue Jays var Alomar nefndur í All-Star liðinu og vann Gullhansaverðlaunin.