Árið 1940 samþykkti Friedman stöðu við háskólann í Wisconsin í Madison, en hætti vegna ólíða við kennara um þátttöku Bandaríkjanna í seinni heimsstyrjöldinni. Friedman taldi að Bandaríkin ættu að ganga í stríðið. Árið 1943 gekk Friedman til liðs við deild stríðsrannsókna við háskólann í Columbia (á forystu W. Allen Wallis og Harold Hotelling), þar sem hann starfaði restina af seinni heimsstyrjöldinni sem stærðfræðingur, með áherslu á vandamál vopna hönnun, hernaðar taktík og málmfræðilegar tilraunir. Árið 1945 sendi Friedman inn tekjur frá sjálfstæðri faglegri starfsemi (samhöfundur með Kuznets og lokið árið 1940) til Columbia sem doktorsritgerð hans. Háskólinn veitti honum doktorspróf árið 1946. Friedman var kennsluárið 1945-1946 í háskólanum í Minnesota (þar sem vinur hans George Stigler var ráðinn).
Árið 1945