Ljúktu eftirfarandi setningu: Í desember 1944, þegar sameinaðir hermenn Filippseyja og Bandaríkjanna héldu áfram að halda áfram að rýna til að frelsa Filippseyjar frá japönskum herjum, var ríkisstjórn Seinni lýðveldis Filippseyja, þar á meðal Aquino, flutt til Baguio. Í kjölfarið var flogið til Japan þar sem með öðrum embættismönnum voru meðlimir þess handteknir og fangelsaðir í Sugamo fangelsinu þegar
Japönar gefast upp. Þann 25. ágúst 1946 var Aquino flogið aftur til Filippseyja til að fara í réttarhöld á Alþýðudómstólnum vegna þess að hann var ákærður fyrir svik; nokkrum vikum síðar var hann sleppt laus á borð.