Næsta skip Molloy var 64 byssur, sem hann gaf í notkun árið 1781. Hann var með Sir George Brydges Rodney í herferðinni til Hollensku Vestur-Indíu snemma árið 1781 og var viðstaddur við innrásina á Sint Eustatius 3. febrúar og í
Barátta við Fort Royal 29. og 30. apríl. Hann sneri aftur til Norður-Ameríku með flot Sir Samuel Hood og var viðstaddur í Slaginu við Chesapeake 5. september 1781. Molloy var hrósaður fyrir viðleitni sína í bardaga og var lýst sem að hafa "uppförst mjög gallantly" og fyrir að hafa aðstoðað. Molloy sneri aftur til Vestmannaeyja með Hood og kom þangað 5. desember 1781. Hann tók þátt í Baráttu St. Kitts 25. og 26. janúar 1782. Eftir að hafa þjónað í mörgum sjóbardaga í bandaríska sjálfstæðisstríðinu sigldi Molloy til Jamaíka í maí það ár og síðan aftur til Bretlands með fylgisveit, þar sem hann greiddi "Intrepid" í ágúst.