Ljúktu eftirfarandi setningu: Hardee lét af störfum í bandaríska hernum 31. janúar 1861, eftir að Georgia, heimaríki hans, skildi sig frá Bandalaginu. Hann gekk til liðs við hersveit Bandalagshéraðsríkjanna sem liðsforingi 7. mars og fékk stjórn á Morgan- og Gaines-herstöðvunum í Alabama. Hann var síðar kynntur í hershöfðingi (17 júní) og hershöfðingi (7 október). 10. október 1862 var hann einn fyrsti liðsforingjahershöfðingi. Fyrsta verkefni hans sem hershöfðingja var að skipuleggja herdeild Arkansas-herdeilda og hann heillaði menn sína og herforingja með því að leysa erfiðar ábótavandamál og fyrir nákvæma þjálfun sem hann gaf herdeild sinni. Hann fékk viðurnefnið "Old Reliable" (gamli áreiðanlegur) á meðan hann var í stjórn. Hardee starfaði í Arkansas þar til hann var kallaður til að ganga til liðs við Albert Sidney Johnston her í Mið-Kentucky sem liðsforingi. Johnston myndi draga sig frá Kentucky og Tennessee, inn í Mississippi, áður en hann hóf óvart árás á
Barátta við Shiloh vorið 1862. Hardee var særður í handlegginn 6. apríl 1862, á fyrsta degi bardaga. Johnston var drepinn í Shiloh og her Hardees gekk í lið Braxton Bragg hersherra í Tennessee áður en umrásin á Corinth í Mississippi var haldin, þar til yfirmaður deildarinnar P.G.T. Beauregard rýmdi úr bænum og dró sig til Tupelo. Beauregard var skipt út fyrir Bragg, sem flutti síðan her sinn til Chattanooga áður en hann hóf árás Confederate Heartland í Kentucky. Herferðinni lauk með Slaginu við Perryville í október 1862, þar sem Hardee skipaði vinstri vængnum í her Bragg.