Í ágúst 2015 var Frederiksen útnefndur sem stjóri U21-landsliðs Danmerkur og skrifaði undir tveggja ára samning. Í fyrsta leiknum hans sem stjórnandi félagsins töpuðu þeir 1<unk>2 fyrir Þýskalandi í vináttuleik á Stadion Lohmühle í Lübeck, Schleswig-Holstein. Undir stjórn Frederiksen komst Danmörk í undankeppni EM U21 árið 2017.
og 2019, þar sem þeir voru drepnir út í riðlakeppninni, en enduðu í þriðja og öðru sæti.