Í kjölfar ósigurs á þjóðaratkvæðagreiðslunni um fyrri Lissabon-samninginn var Mullen skipaður í undirnefnd um evrópsk málefni sem var falið að rannsaka pólitískan kyrrstöðu. Mullen var ósammála endanlegri skýrslu undirnefndarinnar og vitnaði í það að undirnefndin hefði ekki tekið alvarlega hugsanlegar árekstrar á milli ESB-laga og írskra stjórnarskrárlaga um félagsleg og siðferðisleg málefni sem ástæðu fyrir því. Mullen lagði til að til þess að Lissabon-samningurinn yrði samþykktur með þjóðaratkvæðagreiðslu þyrftu að vera löglega bindandi tryggingar í tengslum við samninginn þar sem fullveldi Írlands varðandi stjórnarskrárlega afstöðu Írlands til réttar ófæddra barna til lífs, fjölskyldu, menntunar og trúarbragða yrði staðfest. Hann lagði jafnframt til að bæði Evrópuréttur og stjórnarskrá Írlands settu slíkar takmarkanir til að koma í veg fyrir "sveiflu á völdum" í framtíðinni. Tillagan um löglega bindandi tryggingar var að lokum tekin upp af írskri ríkisstjórn í viðræðum sínum við ESB í undirbúningi að annarri tilraun til þjóðaratkvæðagreiðslu. Þegar seinni þjóðaratkvæðagreiðslan í Lissabon var haldin
Ríkisstjórnin hafði tryggt tryggingarnar en engin önnur stjórnarskrárbreyting var lögð fram sem hluti af þjóðaratkvæðagreiðslunni. Lissabon-samningurinn var samþykktur í seinni umferð með 67,1% atkvæðum gegn 32,9% atkvæðum.