Í júní 1945 var Jones settur í embætti skipstjóra RNR og sendur til Suðaustur-Asíu undir stjórn Mountbatten. Hann var ráðinn sem skipstjóri í sjóflutninga hjá Hollensku Austur-Indíulöndunum, með aðsetur í Java í Batavia. Stríđinni í Asíu lauk í ágúst 1945 ūegar Japan lét sig gefa.
En ūeir urđu enn ūurfađir ađ sjá um flutning á herliđum og vörum og umskipti borgaralegra og hernaðarlegra stríđsfangna út úr japönskum búđum.