Lincoln gekk aftur til liðs við Washington utan New York í ágúst 1778 og var ráðinn yfirmaður Suðurnesja í september. Washington sendi Lincoln, Lafayette og Lee (Henry "Light Horse Harry") til Suður-deildarinnar til að andmæla breska hernum undir stjórn Clinton og Cornwallis. Lincoln tók þátt í misheppnaðri frönsku-leiðsögn
Umrás á Savannah í Georgíu í október 1779. Eftir það dró hann sig til Charleston í Suður-Karólínu. Hann tók fyrirliđ yfir herstöđinni í Charleston. Í mars 1780 var borgin umkringd af talsverðum breskum liðum sem voru sendir frá New York. Eftir tiltölulega stutta umsátur var Lincoln neyddur til að gefast upp á meira en 5.000 mönnum til liðsforingja Sir Henry Clinton 12. maí 1780, en gerði það á þann hátt að leyfði South Carolina hermenn að flýja auk sumra meginlands her, sem pirraði Bretum í átt að Lincoln.