Torrijos lést 52 ára gamall þegar flugvél hans, DeHavilland Twin Otter (DHC-6), skráð sem FAP-205 í panamaska flughernum, hrundi á Cerro Marta, í Coclesito, nálægt Penonomé, Panama þann 31. júlí 1981. Flugvélin hvarf af radara í léttum veðri, en vegna takmarkaðrar náttúru radara umfjöllun Panamas á þeim tíma, var ekki tilkynnt um að vélin væri horfin í næstum dag. Loftsvæðið var staðsett nokkrum dögum síðar og líkami Torrijos var fundið af sérsveitum fyrstu dagana í ágúst. Fjórir aðstođarmenn og tveir flugmenn létust einnig í hruninu. Dauði hans olli þjóðargrátum um allt land, sérstaklega á fátækum svæðum. Eftir mikla þjóðlegu jarðarför var líkami Torrijos grafinn í stuttum tíma í kirkjugarði í Casco Viejo (gamla borginni í Panama) áður en hann var fluttur í mausoleum í fyrrum Canal Zone á Fort Amador.
nálægt Panama-borg. Florencio Flores ("de jure" var herforingi, þó að "de facto" hafi aldrei beitt völdum sem slíkur) tók við af honum sem yfirmaður þjóðvarðans og "de facto" leiðtogi Panamas, sem síðar gaf Rúben Darío Paredes. Staðurinn sem flugvélin féll á er nú þjóðgarður og húsið hans í Coclesito er nú safn.