Eftir sjálfstæði sitt árið 1956 hafði Súdán orðið fyrir fjölmörgum innri átökum vegna stjórnmála-, þjóðernis- og trúarlegra mála. Árið 1983 sameinuðust byltingamenn og aðskilnaðarsinnar frá kristinni og líflausri suðurhluta landsins og hófu uppreisn gegn ríkisstjórn sem hefðbundið var stjórnað af múslimum úr norðri. Uppreisnarmennirnir skipuðu sig sem "Fjölskyldufrelsisherinn í Súdan" (SPLA) undir forystu John Garang og uppreisnin þróaðist að lokum í fullt borgarastyrjöld sem einnig hafði áhrif á austur og vestur Súdan. Samningaviðræður milli ríkisstjórnarinnar og SPLA leiddu næstum til friðsællrar lausnar á átökunum, en lauk eftir valdarán 1989.
sem kom National Islamic Front (NIF) undir stjórn Omar al-Bashir til valda. Ný stjórn var ákaflega andvíg hvers konar samkomulagi og var staðráðin í að knúsast algerlega SPLA og öllum öðrum stjórnarandstöðuhópum. Ofbeldið jókst í kjölfarið.