Clemente eyddi miklum hluta af tíma sínum í góðgerðarstarfi. Þegar Managua, höfuðborg Níkaragva, varð fyrir miklum jarðskjálfta
þann 23. desember 1972 hóf Clemente (sem heimsótti Managua þremur vikum fyrir skjálftann) strax vinnu við að skipuleggja neyðarflug til hjálpar. Hann komst þó fljótlega að því að spilltir embættismenn Somoza-stjórnarinnar höfðu afskipt hjálparpakkana á fyrstu þremur flugunum og þeir náðu aldrei til þolenda skjálftans. Hann ákvað að fylgja fjórða hjálparfluginu í þeirri von að viðvera hans myndi tryggja að aðstoðin yrði afhent þeim sem lifðu af. Flugvélin sem hann leigði fyrir flug á gamlárskvöld, Douglas DC-7 flutningsflugvél, hafði sögu um vélræn vandamál og ófullnægjandi fjölda flugfólks (missir bæði flugverkfræðingur og aðstoðarflugmaður), og var ofhlaðin af. Hún hrundi í Atlantshafið við strendur Isla Verde í Puerto Rico strax eftir að hún tók á lofti þann 31. desember 1972 vegna vélarbilunar.