16. júlí 1942 var Kofman handtekinn af lögreglunni í Vichy á rafle du Vélodrome d'Hiver.
, ásamt um 13.000 öðrum Gyðingum, og flutt í fangabúð Drancy til að bíða eftir að vera vísað burt. Að sögn dóttur hans Sára frétti faðir hennar af hópnum í gegnum sögusagnir og hafði yfirgefið heimili sitt mjög snemma til að vara aðra Gyðinga við hættunni, áður en hann sneri heim, tilbúinn til að fórna sjálfum sér fyrir fjölskyldu sína. Hann var handtekinn klukkan fjögur eftir hádegi. Fjölskylda hans sá hann aldrei framar og fékk póstkort, skrifað af einhverjum öðrum, frá búðinni í Drancy. Hann var fluttur til Auschwitz með Convoi (Convoy) nr. 12 þann 29. júlí 1942. Eftir stríđiđ var sendar frá Auschwitz dánarvottorđ. Samkvæmt vitnisburði eftirlifandans frá Auschwitz á þessum tíma var Rabbi Kofman í herbúðinni í eitt ár áður en hann var myrtur af Kapo á Shabbat vegna þess að hann neitaði að vinna. Hann var barinn upp með spjóti og grafinn lifandi. Gerandinn, gyðingur, var kjötmaður sem kom aftur úr útlegð og opnaði verslun sína á Rue des Rosiers í Pletzl.