9. maí 2010 var Conte tilkynnt sem nýr yfirþjálfari Siena, með það að markmiði að leiða Toskana lið aftur í efstu flugi eftir fall til 2010-11 Serie B. Conte náði árangri í að tryggja kynningu fyrir Siena, sem myndi keppa í 2011-12 Serie A
árstíð.