Þegar bandaríska borgarastyrjöldin hófst árið 1861 bauðst Jones sjálfboðaliði til að þjóna í Union Army. Þann 3. október var hann kjörinn skipstjóri 53. Ohio-sveitarflokksins, og sá aðgerðir sem slíkar í Slaginu við Shiloh og Slaginu við Korintu. Þann 2. maí 1862 varð Jones yfirmaður 53. Ohio-herflokksins og yfirmaður hans. Hann leiddi herflokknum sínum í umburðinum á Vicksburg og í bardaga við Missionary Ridge, bæði árið 1863. Jones sá frekari aðgerðir í Atlantaherferðinni árið 1864, og barðist við Resaca, Dallas, Kennesaw Mountain og Atlanta
Ég veit ūađ ekki. Í ágúst var Jones ráðinn til að stjórna herdeildinni þegar yfirmaður hans, Joseph A. J. Lightburn, var særður og lét af störfum eftir stríðinu. Jones yfirmaður leiddi nú 2. breskju í 2. deild William B. Hazen í XV liði í Jonesboro. Að tilviljuninni tilheyrði var 1. brígötu þessarar deildar einnig stjórnað af öðrum "Jones-liðsforingi", Theodore Jones frá 30. Wells Jones tók þátt í marsferðinni til sjávar árið 1864 og var særður í aðgerðum í kringum Fort McAllister í Georgíu 13. desember.