Eftir að hafa yfirgefið einkaþjálfun var Lynch eingöngu í vinnu hjá járnbrautarfyrirtækjum, m.a. Connotton Valley Railroad og Pittsburgh, Akron & Western Railroad. Hann var einnig einn af eigendum Canton og Massilon Electric Railway, sem var milliborgarleið. Eftir morđ á McKinley
Árið 1901 var Lynch einn af stofnendum McKinley National Memorial Association, sem var ábyrgur fyrir byggingu McKinley National Memorial. Frá 1903 til 1906 starfaði hann sem borgarfulltrúi í Canton. Hann starfaði sem lögfræðingur fram á sinn síðasta dag, 6. febrúar 1907, þegar hann lést í miðri dómsmálsfundi í Lisbon í Ohio.