Í millitíðinni var japanska yfirstjórnin búin að virkja áætlun sína um að verja Filippseyjar með sameinaðri flotunni. Japanskir herskip voru skipulögð í fjóra hópa. Norðursveitin var byggð upp í kringum flugvélaskip Sameinaða flotans, sem nú voru án herflugvéla, og átti að bíða sem blekking norðan Luzon. Japan vonaði að lokka bandarísku hraðflutningaherliðinu til nokkurs punkts sem væri nógu langt frá Leyte-flóa til að það væri úr verki á meðan hinar þrjár styrkir keisarans, sem samanstóð af yfirborðs herskipum, tortímdu bandarísku skipum sem studdu yfirhöfðingja Douglas MacArthur á Leyte. Ūannig vonuđust ūeir ađ leggja bandaríska innrásarmennina á Leyte.
MacArthur hermenn höfðu verið handteknir á Bataan um þremur árum áður. Hægri af þessum yfirborðsstyrkjum átti að fara yfir Sibuyan-hafið, yfir San Bernardino-sundina og niður á Leyte-flóa frá norðri. Hinir tveir áttu að koma frá Surigao-sundinni og ráðast á innrásarmenn í Leyte-flóa frá suðri.