Í framhaldi af þessari málsgrein - Þegar eini sonur Vladislas, Louis, var drepinn í Slaginu við Mohács árið 1526 og Jagiellon dynastíunni var lokið í Bæhemíu, kjörðu ráðstefna bóhemískra höfðingja mág hans, Habsburg-arkhertoginn Ferdinand I af Austurríki, sem nýjan konung Bæhemíu krúnalandanna. Ásamt Austurríki og ungverska konungsríkinu mynduðu þeir Habsburg-konungsríkið sem á næstu öldum varð að sérstökum evrópskum ríki. Tilraunir bóhemskra mótmælenda til að byggja upp sjálfstætt samband voru brugðnar í orrustunni við Hvítfjallið árið 1620
, eftir sem stjórnsýsla var miðstýrð í Vín. Auk þess misstu Habsburgarnir Lúsatias til kjósendakonungs í Sakslandi eftir þrjátíu ára stríðið í 1635 Friði í Prag, og einnig flest af Slesíu með Kladsko til Prússlands konungsríkis eftir fyrsta Slesíska stríðið í 1742 Breslau sáttmáli.