Hann lék með Argentínu á heimsmeistaramóti FIBA 2006, þar sem lið hans endaði í 4. sæti. Ginóbili var fánahaldari Argentínu á opnunarhátíð Sumarólympíuleikanna 2008, sem voru haldnir í Peking í Kína. Í körfuboltamóti á Ólympíuleikunum í Peking 2008
Í leiknum gegn Litháen vann hann bronsverðlaunin, en skyttavarðurinn spilaði ekki í leiknum eftir meiðsli sem hann hlaut í undanúrslitum. Í apríl 2010 tilkynnti Ginóbili að hann myndi ekki taka þátt í 2010 FIBA heimsmeistaramótinu, vegna fjölskylduástæða. Hann keppti þó fyrir liðið á Ólympíuleikunum í London árið 2012, þar sem Argentína missti af bronsverðlaununum í bronsverðlaunaleiknum gegn Rússlandi. Hann lék sín síðustu alþjóðlega leiki á Ólympíuleikunum í Rio 2016, þar sem Argentína endaði í 8. sæti.