Í síðari heimsstyrjöldinni, sem yfirmaður Miðjarðarhafsflotans, leiddi Cunningham breska sjóhersins til sigurs í nokkrum mikilvægum sjóbaráttu í Miðjarðarhafi. Ūær voru til dæmis árásin á Taranto.
1940 í fyrstu algerlega flugvélarárás í sögunni og í slaginu við Cape Matapan árið 1941. Cunningham stjórnaði vörn viðbúnaðarleiða Miðjarðarhafsins í gegnum Alexandríu, Gibraltar og helstu tengi á Möltu. Hann stýrði einnig sjóstyrk fyrir ýmsum helstu landnámsförum bandamanna í vesturhluta Miðjarðarhafsins. Haustið 1943 var Cunningham efldur í First Sea Lord, faglega yfirmann Konunglega flotans, stöðu sem hann gegndi þar til hann hætti störfum árið 1946. Hann var ennóluð sem barónur Cunningham af Hyndhope árið 1945 og var gerður að viscount Cunningham af Hyndhope árið eftir. Eftir að hann hætti störfum var hann í nokkrum hátíðlegum stöðum, þar á meðal var hann Lord High Steward við krúnun Elísabetar II drottningar árið 1953. Hann lést 12. júní 1963 á 80 ára aldri.