Skrifaðu framhald þessarar málsgreinar - Cooper var endurkjörinn sem liðsforingi í 4. Kentucky riddaraflokknum 26. mars 1863 og varð þá fulltrúi í apríl eftir að Bayles ofursti. Þann 4. júní 1863 slasaðist Cooper þegar hestur féll á hann í Franklin í Tennessee. Hann skipaði herflokknum í bardaga við Chickamauga í september 1864. Cooper sneri aftur til Lexington í Kentucky árið 1864 í veikindaleyfi. Ūá leiddi Cooper sveitarmenn gegn árásarmönnum John Hunt Morgan. Hann neitaði kröfum Morgans um að Lexington gefist upp 9. júní 1864 og kveðst hafa dregið hermenn sína frá. Í apríl 1865 skipaði hann stöðu Montgomery í Alabama og í maí og júlí 1865 stöðu Albany í Georgíu. Hann var heiðurslega tekinn út 21. ágúst 1865 í Macon í Georgíu. Hann hlaut heiðursmerki fyrir störf sín í Shiloh, Corinth, Richmond, Chickamauga, Morgan's Raid inn í Kentucky, Battle of Resaca og fyrir Wilson's Raid á Montgomery. Hann var brevetted til liðsforingi og fulltrúi í Regular Army 2. mars 1867, fyrir gallant og verðug þjónustu í Battle of Resaca
í Georgíu og í tökum á Montgomery í Alabama.