Í seinni heimsstyrjöldinni var Blamey yfirmaður 2. austurlensku keisaraherflokkins og 1. liðs í Mið-Austurlöndum. Í síðari hlutverkinu skipaði hann áströlskum og Samfylkingarstyrkjum í hörmulegu Grikklandsbaráttunni. Í fyrra hlutverki reyndi hann að vernda ástralska hagsmuni gegn breskum herforingjum sem leitast við að dreifa styrkjum hans á alls konar verkefnum. Hann var ráðinn varaforingja í Mið-Austur-foringjaherstöðinni og var efldur í hershöfðingja árið 1941. Árið 1942 sneri hann aftur til Ástralíu sem yfirmaður ástralska hersins og yfirmaður bandamanna í Suðvestur-Kyrrahafssvæðinu undir stjórn Douglas MacArthur hershöfðingja. Eftir fyrirmælum MacArthur og forsætisráðherra John Curtin tók hann persónulega stjórn á Nýja-Gíneu-sveitinni á meðan á Kokoda Track herferðinni stóð.
, og léttađ Sydney Rowell og Arthur Allen undir umdeildum kringumstæđum. Blamey skipulagði einnig og framkvæmdi mikilvæga og sigurríka Salamaua<unk>Lae herferðina. Hins vegar, í síðustu herferðum stríðsins stóð hann frammi fyrir háværri gagnrýni á árangur hersins. Hann skrifaði undir japanska uppgjörsbréfið fyrir hönd Ástralíu við athöfn Japans í Tókýóbakkanum 2. september 1945 og samþykkti síðar persónulega uppgjör Japana í Morotai 9. september. Hann var kynntur til feldmarshals í júní 1950.