Í 1907, skrifaði Moulton undir fjögurra ára samning við Stanford með launum á $1,800 á ári. Árið 1911 skrifaði hann undir þriggja ára samning á 2.000 dollara á ári. Þegar samningurinn var tilkynndur árið 1911 greindi Los Angeles Times frá því: "Þótt Stanford hafi ekki haft farsælt ár í íþróttum, frá sjónarhóli sigra, er 'Pappa' jafn vinsæll og alltaf meðal nemenda. Hann er fastur í Stanford". Sumarið 1912 greindi Los Angeles Times frá því að nemendur hefðu komist að þeirri niðurstöðu að meiri árangur væri hægt að ná með yngri þjálfara, þó að Moulton væri líklega heimilt að vera í Stanford svo lengi sem hann vildi. Fyrir utan eitt ár árið 1915 þegar Moulton vann við Panama-Pacific alþjóðlega sýninguna.
Moulton hélt áfram að starfa við Stanford til dauðadags síns árið 1922.