Í 1172 var Murcia sigruð af norður-Afríku Almohades, síðasta múslimaveldi til að stjórna suður Spáni, og eins og öfl kristinna Reconquista öðlast yfirhöndina, var höfuðborg lítillar múslima emirate frá 1223 til 1243. Með Alcaraz-samningnum árið 1243 gerði hinn kristni konungur Ferdinand III af Kastilíu Murcia að verndarríki og fékk aðgang að Miðjarðarhafi á meðan Murcia var verndað gegn Granada og Aragóníu. Kristni íbúar bæjarins urðu meirihluti þar sem innflytjendur streymdu inn frá nánast öllum hlutum Íberíska hálendisins. Kristnir innflytjendur voru hvattir til þess að stofna trúfastan kristinn grunn. Þessar ráðstafanir leiddu til múslímskrar þjóðarbyltingar.
1264 sem var knúið af James I af Aragón árið 1266, sem sigraði Murcia og kom með aragónska og katalönska innflytjendur með sér.