Ljúka eftirfarandi setningu: Í stríðinu við Rússland 1654<unk>1667 og í Norðurstríðinu mikla (1700<unk>1721) þjáðist Merkinė mikið af rússneskum og sænskum herjum og missti stefnumótandi og efnahagslega þýðingu sína. Merkinė var brennd aftur af rússneska hernum á
1794 Uppreisn sem reyndi að frelsa Pólska-Lítavíuveldið frá rússneskum áhrifum. Árið 1794 er nefnt í bæjarskrá ánnahafnar Nemunas, einnig voru Nemunas og Merkys ár metnar sem hentugar fyrir siglingu. Í heimildum frá 19. öld var Merkinė nefnd sem miðstöð árversverslunnar þar sem smíðað voru árverslunarskip.