Obama jók fjölda bandarískra hermanna í Afganistan á fyrstu kjörtímabili sínu áður en hann dró flest hermenn úr landi á seinni kjörtímabili sínu. Þegar Obama tók við embætti tilkynnti hann að hermenn Bandaríkjanna í Afganistan yrðu búnir að fjölga um 17.000 í sumar 2009, auk um 30.000 hermanna sem voru þegar í Afganistan í byrjun ársins 2009. Varnarmálaráðherra Robert Gates, utanríkisráðherra Hillary Clinton og yfirmaður herforingja Michael Mullen báðu allir um frekari hermenn og Obama sendi fleiri hermenn eftir langt endurskoðunarferli. Fjöldi bandarískra hermanna í Afganistan myndi ná hámarki á 100.000 árið 2010. Árið 2012 undirrituðu Bandaríkin og Afganistan samning um stefnumótandi samstarf þar sem Bandaríkin samþykktu að afhenda stórum bardagargerðum til afganskra herja. Sama ár tilnefndi Obama stjórnin Afganistan sem helstu bandamenn utan NATO. Árið 2014 tilkynnti Obama að flestir hermenn myndu yfirgefa Afganistan í lok árs 2016 en lítill styrkur yrði eftir á bandaríska sendiráðinu. Í september 2014 tók Ashraf Ghani við embætti Hamid Karzai sem forseti Afganistan eftir að Bandaríkin hjálpuðu til við að semja um valdshlutdeildarsamning milli Ghani og Abdullah Abdullah. Ūann 1. janúar 2015 hætti bandaríska herinn ađgerđina Enduring Freedom og hóf Resolute Support Mission
, þar sem Bandaríkin skiptust yfir í þjálfunarhlutverk, þó að sumir bardagargerðir héldu áfram. Í október 2015 tilkynnti Obama að bandarískir hermenn yrðu áfram í Afganistan um óákveðinn tíma til að styðja afganska ríkisstjórnina í borgarastyrjöldinni gegn Taliban, al-Qaeda og ISIL. Martin Dempsey, formaður herforingja, ákvað að halda hermönnum í Afganistan sem hluta af langtíma-herferð gegn hryðjuverkum sem nær yfir Mið-Asíu. Obama yfirgaf embætti međ um 8.400 bandarísku hermenn sem voru eftir í Afganistan.