Í ágúst 1940 var "York" send til Miðjarðarhafsflotans og gekk í hópinn 3. í Alexandríu í lok september eftir að hafa fylgst með fylgi um Góðrar vonarhöfn. Tveimur dögum síðar tók hún þátt í aðgerð MB.5, þar sem Miðjarðarhafsflotinn fylgdi léttum krossfaraskipum og þegar þau fluttu hermenn til Möltu. Á bardaga við Passero höfuð
York sökk óvirkan og yfirgefinn eyðimörkina þann 13. október eftir að eyðimörkin lenti í átökum við léttan krossinn kvöldið áður. Mánuði síðar framkvæmdu York og Miðjarðarhafsflotinn aðgerð MB8, flókna röð aðgerða, þar á meðal aðgerðina Judgment, þar sem skipið fylgdi flugvélaskipinu þegar flugvélar hennar réðust á ítalska flotann í Taranto á kvöldin 11.-12. nóvember. Nokkrum dögum síðar flutti York breska hermenn frá Alexandríu í Egyptalandi til Píreusar í Grikklandi. Þann 26. nóvember var York og restin af 3. skátrónunni farin til Möltu.