Ljúka eftirfarandi setningu: Í Vicksburg herferð Grant, Logan skipaði 3. deild XVII liðs James B. McPherson, sem var fyrstur til að ganga inn í borgina Vicksburg í júlí 1863 eftir að hún var tekin. Logan starfaði síðan sem herstjórinn í borginni. Í nóvember 1863 tók hann við William Tecumseh Sherman sem yfirmaður XV liðsins.
Í Atlanta-baráttu (22. júlí 1864) tók hann við stjórn Tennessee-hersins eftir að James B. McPherson lést um daginn. Oliver O. Howard tók við af honum skömmu síðar. Hann sneri aftur til Illinois fyrir kosningarnar árið 1864 en gekk aftur í herinn eftir það og skipaði XV liði sínu í herferð Shermans í Karólínu.