Fassbinder fæddist í litlum bænum Bad Wörishofen 31. maí 1945. Hann fæddist ūremur vikum eftir ađ bandarískt her réđi bæinn og skilyrđulaus uppgjöf Þjóðverja.
Ég veit ūađ ekki. Eftirverkanir síðari heimsstyrjaldarinnar höfðu mikil áhrif á æsku hans og fjölskyldu hans. Í samræmi við óskir móður sinnar fullyrti Fassbinder síðar að hann væri fæddur árið 1946, til að staðfesta sig betur sem barn eftirstríðsins. Raunverulegur aldur hans var afhjúpaður skömmu áður en hann dó. Hann var eini sonur Liselotte Pempeit (1922-1993), þýðanda, og Helmut Fassbinder, læknis sem vann frá íbúð hjónanna í Sendlinger Straße, nálægt rauðu ljósið hverfi München. Þegar hann var þriggja mánaða gamall var hann látinn vera hjá frænda og frænku föður síns á landsbyggðinni þar sem foreldrar hans óttuðust að hann myndi ekki lifa veturinn af hjá þeim. Hann var einu ári gamall þegar hann var sendur aftur til foreldra sinna í München. Móðir Fassbinders kom frá Fríborg Danzig (nú Gdańsk, Pólland), þar sem margir Þjóðverjar höfðu flúið eftir síðari heimsstyrjöldina. Margir ættingjar hennar komu til þeirra í München.