Eftir að hafa flutt til Jakarta, byrjaði Latuharhary einnig að vinna fyrir Japana undir innanríkisráðuneytinu til að stjórna Moluccans í Java, og hafði ábyrgð á aðgerðum þeirra. Árið 1944 var hópur Ambonese, þar á meðal Latuharhary, handtekinn af Kenpeitai og fluttur til Bogor þar sem þeir voru grunaðir um njósn fyrir bandamenn og vegna þess að Latuharhary hafði að hluta til notað stöðu sína innan japanskrar stjórnsýslu í pólitískum tilgangi. Konunni hans og tveimur öðrum tókst þó aftur að sannfæra yfirmann japanska hersins um að láta þá lausna. Í lok árs 1944 var hann handtekinn aftur eftir að Molukkafangill flúði úr fangelsi. Japönsk yfirvöld á þeim tíma voru sérstaklega grunsamleg um Ambonese eftir Baráttu Morotai.
og stefnumķtleg sprengjuárás á Ambon árið 1944, sem var frekara kveikt af njķsnarstarfi Bandalagsríkjanna á Molukkaeyjum undir forystu Ambonese Julius Tahija.