Eftir að Jinnah neitaði að samþykkja norður Arakan í Dominion Pakistan, stofnuðu nokkrir Rohingya öldungar sem studdu "jihad" hreyfingu, "Mujahid" flokkinn í norður Arakan árið 1947. Markmið Mujahid flokksins var að stofna sjálfstætt íslamskt ríki í Arakan. Á fimmta áratugnum fóru þeir að nota hugtakið "Rohingya" sem gæti verið framhald af hugtakinu Rooinga til að koma á skilgreindri auðkenni og bera kennsl á sig sem innfædd. Ūeir voru miklu virkari fyrir valdarásina í Búrma árið 1962.
Ne Win, hershöfđingi frá Búrma sem byrjaði herferil sinn í Japönsku í seinni heimsstyrjöldinni. Ne Win framkvæmdi hernaðaraðgerðir gegn þeim í tvo áratugi. Eitt þeirra var aðgerðin Dreka-konungur sem fór fram árið 1978 og varð til þess að margir múslimar á svæðinu flúðu til nágrannalands Bangladesh sem flóttamenn. Auk Bangladess flutti mikill fjöldi Rohingya einnig til Karachi í Pakistan. Rohingya mujahideen eru enn virkir á afskekktum svæðum í Arakan.