Ljúktu eftirfarandi setningu: Hún var nefnd eftir frænku móður sinnar, Eleonora keisarakonu Helga Rómverjaveldisins, sem var einnig guðmóðir hennar. Hjónaband foreldra Eleonoru var gert með það að markmiði að styrkja kröfur Nevers-greinar Gonzaga-ættarins til hertogahelgisins Mantua og Montferrat þegar aðallínan myndi deyja út. Hertoginn af Nevers, vasall konungsríkisins Frakklands, þurfti að mæta andstöðu Ferrante II Gonzaga, hertoga Guastalla, sem taldi stuðning frá Heilaga rómverska keisaradæminu, konungsríki Spánar og hertogaveldi Savoy og hóf þannig
Mantua-arfsásarstríð, þar sem Eleonora, með foreldrum sínum og eldri bróður sínum Karli, yfirgaf Mantua, en sneri aftur ári síðar eftir undirritun Cherasco-sáttmálans (19 júní 1631), þar sem réttindi Karls hertoga af Nevers voru viðurkennd yfir hertogaveldinum Mantua (eins og nánasti karlkyns ættingi útdauðrar aðallínu Gonzaga-ættarinnar) og Montferrat (vegna hjónabands erfingja hans við Maríu Gonzaga, síðasta eftirlifandi ættingja aðal Gonzaga-ættarinnar og erfingja þess hertogaveldis, sem var sýnilega arfgengt af konum þar sem Gonzagas höfðu eignast það í gegnum hjónaband við Margherita Paleologa árið 1540); þó mánuð síðar (30 ágúst 1631), dó faðir Eleonora af tuberkulósu og hófst röð af pólitískum átökum milli Karls hertoga og tengda hennar, sem endaði með bannningu dóttur Savoy frá Margréttu (Maria