Á 13. og 14. öld voru Byzansveldið, Despotate of Epirus, stjórnendur í Thessalia og Búlgaríska keisaradæmið á móti Makedóníu, en sífelldar breytingar á landamærum leiddu ekki til meiriháttar fólksflutningsbreytinga. Árið 1338 var það sigrað af Serbneska keisaradæmi, en eftir Baráttu Maritsa
Árið 1371 viðurkenndu flestir serbnesku höfðingjar Makedóníu yfirráð Ottomans. Eftir að Tyrkir náðu Skopje árið 1392 var stærsta hluti Makedóníu formlega settur í Ottómanska keisaradæmið.