Í upphafi síðari heimsstyrjaldarinnar var Protée skipuð 3. kafbátaflotadeildinni, með aðsetur í Toulon, ásamt systrum sínum, og. Í byrjun febrúar 1940 var 3. kafbátaflotadeild flutt til Casablanca til að fylgjast með Kanaríeyjum, þar sem nokkur þýsk vöruskip voru til staðar. Undirsjávarskipadeildin var síðan send til Miðjarðarhafsins þann 12. apríl, fyrst í Bizerte og síðan, án "Fresnel", í Beirut, undir stjórn breska yfirmanns í Alexandríu. "Protée" tók þátt í nokkrum umferðum á Dodecanese þar til vopnahlé var undirritað milli Frakklands og Þýskalands
22. júní 1940. Þann 25. júní, þegar vopnahlé tók gildi, hafnaði skipstjóri Protée fyrirmælum um að snúa aftur til Beirút og sigldi í staðinn til Alexandríu og varð hluti af Force X. skipstjóranum var refsað fyrir þetta atvik.