Næst í lok síðari heimsstyrjaldarinnar var borgin lýst sem festung og flestir borgarbúar flúðu eða voru rýmdir
, međan um 4000 manns kjósa ađ vera áfram. Í byrjun árs 1945 var Marienburg vettvangur hörðra bardaga nasista gegn Rauða hernum og var nánast alveg eyðilögð. Bardaginn stóð yfir til 9. mars 1945. Eftir að Rauði herinn tók borgina, hvarf hinn verandi borgaralegi íbúinn; 1.840 manns eru enn saknað. Í júní 1945 var borgin afhent pólskum yfirvöldum sem höfðu komið til bæjarins í apríl og endurnefndu borgina með núverandi pólska nafni, Malbork. Þýska íbúarnir í Marienburg sem höfðu ekki flúið voru reknir burt. Sögulegar minjar þýskumælandi íbúa voru eyðilögð.