Hann hóf árið 2013 með því að fylla í á bandaríska og þýska liðin á 2013 Hopman Cup
Í staðinn fyrir John Isner og Tommy Haas sem særðust. Kokkinakis keppti í undankeppni Opna Ástralíu 2013 en tapaði fyrir Steve Johnson 15<unk>17 í þriðja setti. Kokkinakis varð fyrir álagsbrotum í baki í úrslitaleiknum á Opna Ástralíu fyrir stráka sem hélt honum frá keppni fram til miðju árs 2013. Hann sneri síðan aftur til keppni sem spilaði Futures mót í Tékklandi, Kanada og Bandaríkjunum með hápunkti sem var fjórðungs úrslit Kanada F5 atburði. Í september og október keppti Kokkinakis í tveimur Challenger mótum í Bandaríkjunum. Fyrsti var Napa Valley Challenger árið 2013 þar sem hann komst í undankeppni og komst í aðra umferð, fór niður til Bradley Klahn þrátt fyrir að leiða með setti. Í Sacramento Challenger árið 2013 komst hann í seinni umferð. Hann tapaði aftur þrátt fyrir að leiða með set gegn Nick Kyrgios. Í kjölfarið hækkaði röðun hans í ferilnum sem bestur númer 655. Í október vann Kokkinakis með Benjamin Mitchell og vann Melbourne Challenger þar sem hann sigraði Alex Bolt og Andrew Whittington í úrslitakeppninni í beinum settum. Þetta bætti röðun hans í tvíliðaleikjum um 453 sæti, sem setti hann upp í ferilshæsta 505 sæti. Hann náði einnig í aðra umferð í einleikum. Hann leit út eins og hann myndi valda miklum uppnámi eftir að hafa tekið fyrsta sett gegn Matt Ebden áður en hann tapaði næstu tveimur settum. Hann lauk árinu á 2013 Traralgon Challenger þar sem hann tapaði í annarri umferð til James Duckworth í beinum settum.