Eftir stríðið lærði Mackay eðlisfræði við Háskólann í Cambridge undir stjórn Ernest Rutherford áður en hann sneri aftur til Ástralíu og vann sem lektor við Háskólann í Sydney. Frá 1933 til 1940 var hann skólastjóri Cranbrook School í Sydney. Hann var áfram í milísunni á milli stríða og var hershöfðingi þegar seinni heimsstyrjöldin braust út. Hann var valinn til að stjórna 6. deildinni árið 1940 og leiddi hana í gegnum fyrstu bardaga ástralska hersins í stríðinu. Allar efasemdir um hæfileika hans hvarfu fljótlega með skuldbindingu deildarinnar í Vestur-eyðimörkherferðinni. Í Barðíuslaginu
Í janúar 1941 náði 6. deild borgarsvæđinu ásamt 36.000 ítölskum fķlki. Í bardaga um Grikkland varð hann eini ástralski hershöfðingi til að horfast í augu við "Waffen-SS" í bardaga. Hann lenti í ýmsum ósigrum í Grikklandi en heillaði hermenn sína með hugrekki sínu undir skotum. Hann var kallaður aftur til Ástralíu árið 1941 til að þjóna sem yfirmaður herþjónustunnar. Þann 6. apríl 1942 tók hann við stjórn á öðrum hernum. Á árinu 1943 skipaði hann tvisvar nýgínversku hernum í átökunum í nýgínversku herferðinni. Virka þjónustu hans lauk með ráðningu hans sem háfulltrúi til Indlands í nóvember 1943.