Ljúktu eftirfarandi setningu: Johnston var áhugasamur um útbrot Mexíkó-Ameríku stríðsins. Hann var í starfsliði Winfield Scott liðsforingi í
Umrás Veracruz, eftir að hafa verið valinn af Scott til að vera embættismaður sem ber kröfu um gefast fyrirfram til héraðsstjóra. Hann var í forystu hreyfingarinnar inn á land undir stjórn David E. Twiggs og var alvarlega særður af þrúguþotum þegar hann var að rekja eftirlit áður en Cerro Gordo-baráttan átti sér stað. Hann var útnefndur liðsforingi fyrir aðgerðir sínar á Cerro Gordo. Eftir að hafa batnað á herspítalanum gekk hann aftur í herinn í Puebla. Á framrásinni í átt að Mexíkóborg var hann næstkomandi í "U.S. Regiment of Voltigeurs", einingu sem samanstóð af léttum fótgönguliðum eða skirmishers. Hann skildi sig á Contreras og Churubusco, var særður aftur í Chapultepec og fékk tvær bréfþróun fyrir síðari tvö átök, endaði stríðið sem bréfstjóri sjálfboðaliða. (Eftir endann á fjandskapunum var hann aftur í friðaraldri sínu sem skipstjóri í landfræðinga.) Winfield Scott sagði gamansamt að "Johnston væri frábær hermaður, en hann hefði óheppilega hæfileika til að láta skjóta sig í næstum öllum átökum". Stærsta þjáning Johnstons í stríðinu var dauði frænda hans, Preston Johnston. Þegar Robert E. Lee tilkynnti Johnston að Preston hefði verið drepinn af mexíkóskum skotskúlum í Contreras, grét báðir lögreglumennirnir og Johnston syrgði það sem eftir var af lífi hans.