Lee var látinn fara frá stöðu sinni í Tyrklandi í mars 1941 og fljótlega eftir að hann kom til Egyptalands var hann ráðinn yfirmaður stjórnsýslu hjá Air Vice Marshal John D'Albiac, sem var yfirmaður breska flughersins í Grikklandi, sem studdi Grikkja eftir
Ítalsk innrás. Þrátt fyrir fyrri árangur setti inngrip Þjóðverja samtökin fljótlega í varnarstöðu og Bretar voru loksins reknir út, fyrst til Krítar og síðan til Egyptalands. Í restina af árinu 1941 starfaði Lee sem starfsmannsfulltrúi (aðgerðir) í höfuðstöðvum RAF Mið-Austur-stjórnar, síðan sem aðstoðarmaður æðsta starfsmanns í Desert Air Force.