Hann barđist međ einingunni í Fort Henry, Fort Donelson, Corinth, Shiloh og Hatcher's Run. Hann veiktist síðan af týfúsfengi og var útskrifaður 1. ágúst 1862. Hann sneri aftur eftir bata með Chicago Mercantile Independent Battery Light Artillery, þar sem hann barðist við Arkansas Post, Port Gibson
, Champion Hill, Big Black River Bridge, Vicksburg og Mansfield. Í Mansfield var sveitin tekin og Arnold tekinn í fangelsi. Hann var fangelsisfanginn í Fordbúđ í Texas í fjórtán mánuði.