Í 1861-62 var Kimberly á báti fregatans í West Gulf Blockading Squadron, og tók þátt í aðgerðum á Mississippi River í Port Hudson, Grand Gulf
, og Vicksburg, og hlaut forgang í liðsforingja 16. júlí 1862. Árið 1863-1864 starfaði hann sem framkvæmdastjóri á gufu slúpunni, og sá aðgerðir í Slaginu við Mobile Bay, eftir það var hann lofnað fyrir hugrakka og skilvirka þjónustu sína. Eftir stríðið gekk hann til liðs við hernaðarhersetningu trúfasta herflokks Bandaríkjanna.