MacRae skráđi sig sem herliđ í Monroe-liđin og var kjörinn skipstjķri ūegar hún varð B-herliđ, 15. liđ Norður-Carolina. Í apríl 1862 var hann kynntur sem liðsforingi. Í herferðinni á hálendinu og í seinni Manassas var regiment hans hluti af liði Howell Cobb. Í Slaginu við Antietam var MacRae í stjórn liðsins sem hafði verið fækkað í 250 menn í átökunum síðustu vikur. Sveit MacRae varði þremur árásum bandalagsins en féll til baka þegar hann hafði aðeins 50 manns eftir og skotfæri hans voru tæmt. Í Fredericksburg barðist hann með herflokki sínu í Marye's Heights. Strax eftir bardagann var 15. Norður-Karólína-liðið flutt yfir í Norður-Karólínu-liðið undir stjórn hershöfðingja John Rogers Cooke. Cooke hafði verið illa særður í Fredericksburg og mundi ekki snúa aftur til herliðsins fyrr en í apríl 1863. Í febrúar 1863 var MacRae kynntur í fulltrúa. Þessi herflokkur þjónaði í Norður-Karólínu og suðaustur-Virginíu þar til eftir Gettysburgherferðina. Í febrúar 1863 var hann settur í liðsforingja og árið 1864 var hann settur í herflokksforingja. Eftir að hann gekk aftur til liðs við her Norður-Virginíu var MacRae sæmdur fyrir hugrekki í Slaginu við Bristoe Station. Eftir að William Whedbee Kirkland varð særður í Cold Harbor-baráttu var MacRae tímabundið kveðinn upp í röð alþingissveitarstjóra og var settur í stjórn Kirkland-liðsins (þetta var einnig fyrrverandi liðsstjóri J. Johnston Pettigrew). Á Ream-stöðinni
MacRae, Lane, og Cooke's brigöður keyrðu 2. deild John Gibbon's af Winfield Scott Hancock's II Corps frá innsiglingum sínum í framan þeirra og hertökuðu eldflaugartæki. Eftir verðugri þjónustu í Baráttu Boydton Plank Road var MacRae áfram með hernum í gegnum Appomattox herferðina.