Þegar borgarastyrjöldin braust út var Kirkland fyrst skipaður skipstjóri í her bandalagsins og síðan kjörinn fulltrúi í 11. sjálfboðaliðaflokki Norður-Karólínu, síðar 21. flokki Norður-Karólínu, í júní 1861. Hann skipaði herflokki sínu í Fyrsta Manassas sem hluti af herflokki Milledge Bonham, en var ekki verulega þátttakandi. Í október var 21. Norður-Karólína-herflokkurinn settur í lið Isaac Trimble og næsta vor tók hann þátt í herferð Stonewall Jackson í Shenandoah Valley. Kirkland var skotinn í gegnum báða mjaðmirnar í fyrra bardaga við Winchester.
Hann var ekki í verki í marga mánuði. Á meðan Kirkland var að jafna sig var hann yfirmaður Patrick Cleburne í herferðinni í Murfreesboro í desember 1862.