Í ágúst 1845 fór Magruder sjálfboðaliði í verkefni í Corpus Christi, Texas, til að taka þátt í her Zachary Taylor her þar, sem réð fyrrverandi lýðveldið; Bandaríkin voru á mörkum stríðs við Mexíkó yfir spurningu um viðtöku. Eftir að átök hófust 25. apríl 1846 sá Magruder fyrst bardaga í Slaginu við Palo Alto.
, 14 dögum seinna. Þann 18. apríl 1847 þjónaði Magruder með "þrek og hæfileika" í leiðangri Winfield Scott hershöfðingja undir þungum eldgosum og beindi mexíkóskum skotverjum gegn þeim í Cerro Gordo, sem hann var hrósaður fyrir af yfirmönnum sínum og var brevetted að stór. Þann 12. september höfðu bandarískir hermenn byrjað að ráðast á Chapultepec, í einni af röð átaka í Slaginu um Mexíkóborg. Magruder, sem var létt særður, skipaði fyrstu skotunum snemma á morgnana þann 13. og bauð að elta, þrátt fyrir yfirburða mexíkóskra manna, til að ná Anzures, Veronica og Belen gatnamótum - mikilvægu gatnamótum sem myndi hindra viðleitni Santa Anna hershöfðingja til að leysa höllina.