Porter var ráðinn sem hershöfðingi undir Gideon J. Pillow og hjálpaði til við að skipuleggja Provisional Army of Tennessee. Eftir að þessi her var settur undir stærri her sambandsríkjanna var Porter settur undir Benjamin F. Cheatham hershöfðingja. Sem stafstjóri Cheatham tók Porter þátt í bardaga við Belmont, Shiloh
, Chickamauga, Missionary Ridge, og umgengni við Atlanta.