Duterte hóf friðarviðræður aftur við kommúnistaflokkinn á Filippseyjum árið 2016, en aflýsti öllum viðræðum í febrúar 2017 í kjölfar árásar og mannráns hermanna af hálfu NPA-aðila, og lýsti CPP-NPA opinberlega yfir hryðjuverkasamtökum. Eftir að Maute-hópurinn réði Marawi
Duterte hefur lýst yfir herlögum um allt Mindanao sem var síðar framlengt í tvö ár til 2019 í tilraun til að tryggja röð í eyjunni. Barátta Marawi stóð yfir í fimm mánuði frá 23. maí til 17. október 2017, daginn eftir dauða stríðsmanna Omar Maute og Isnilon Hapilon, þar sem Duterte lýsti Marawi sem "frjálsum frá hryðjuverkum".