Kiernan hélt áfram ađ taka þátt í bardaga og var ūannig skipađur mađur í 6. Í maí 1863 á
Í Port Gibson í Missouri var hann særđur í vinstra lungna og var látinn eftir á vellinum. Eftir að hann var handtekinn flúði hann aftur til sambandsliðsins og lét af störfum. Þann 1. ágúst 1863 var hann skipaður brigadegeneral sjálfboðaliða af Abraham Lincoln forseta og hafði yfirráð yfir stöðu í Miliken's Bend við Mississippi. Sjúkdómur vegna meiðsla á vígvellinum neyddi hann til að segja af sér 3. febrúar 1864.