Shackleton fæddist í Kilkea, Kildare í Írlandi. Hann flutti til Sydenham í Suður-Londúnum þegar hann var tíu ára. Fyrsta reynsla Shackletons af pólsvæðunum var sem þriðji liðsforingi á "Discovery" leiðangri Robert Falcon Scott 1901-1904, en hann var sendur snemma heim af heilsufarsástæðum, eftir að hann og félagar hans Scott og Edward Adrian Wilson settu nýtt suðurlandsmeti með því að fara á 82° suðurbreidd.
Árið 1907-1909 setti hann og þrír félagar nýjan met á lengstu suðurbreiddargráðu á 88°S, aðeins 97 landfræðilegar mílur (112 löggiltar mílur eða 180 kílómetrar) frá Suðurpólnum, stærsta framfarir til pólsins í rannsóknarsögunni. Einnig klifraði lið hans upp á Erebus-fjallið, virkasta eldfjallið í Suðurskautslandinu. Shackleton var gerður riddari af Edvard VII konungi þegar hann sneri heim fyrir þessi árangur.