Í upphafi borgarastyrjaldar í Spáni var hann fangelsaður á Ibizu og sleppt í ágúst 1936 þegar eyjan var aftur undir stjórn repúblikana. Í nóvember 1936 var hann kominn til Madrid og hafði tekið höll aristókrata (Palacio de Zabálburu) nálægt Retiro Park sem höfuðstöðvar Alianza de Intelectuales Anti-fascistas (Sambands andfasista-vitringanna), sem varð annað heimili Gerdu Taro. Á meðan á borgarastyrjöldinni stóð varð Alberti ljóðræn rödd vinstri manna og hann var í sífelldum útsendingum frá höfuðborginni meðan á umsátri Madrid stóð.
í herjum Franco, sem samdi ljóð til lofs fyrir verjendur borgarinnar. Það var varla útgáfa af XV alþjóðasveitarinnar dagblaði, "Freiboðaliði fyrir frelsi" sem innihélt ekki eitt ljóð hans. Í byrjun árs 1939 voru hann og eiginkona hans í Elda og rektu stórt sveitaheimili sem hótel, þar sem margir repúblikantar söfnuðust saman og íhugaði útlegð. Þar á meðal voru La Pasionara, Enrique Líster og Juan Modesto. Eftir ósigur Spænska lýðveldis hersins og upplausn lýðveldisins af uppreisnarflokknum flúðu Alberti og María til Parísar í gegnum Oran og fluttu í íbúð ásamt Pablo Neruda á Quai de l'Horloge. Þau bjuggu í París til loka ársins 1940 og unnu sem þýðendur fyrir franska útvarpið og sem útvarpsboðarar fyrir útsendingar "Paris-Mondial" í Latín-Ameríku. Eftir að Þjóðverjar réðust yfir Frakkland sigldu þeir frá Marseilles til Buenos Aires á SS Mendoza.