Ljúktu eftirfarandi setningu: Stewart var ráðinn að hershöfðingi 8. nóvember og var falið að stjórna 2. brígöðu, 2. deild, Columbus District, í deild nr. Tveir (fyrirsögnin að deild Tennessee), undir stjórn Leonidas Polk. Stewart gegndi þessari stöðu frá 16. nóvember og fram í desember, þegar herdeild hans var flutt í fyrstu landfræðideild deildarinnar, fram í febrúar 1862. Brígada hans var skilað aftur til vestur Kentucky og var stuttlega bætt við deild John P. McCown, sem leiddi vörn bæjarins í Slaginu við New Madrid áður en McCown skipaði því að rýma og draga sig niður Mississippi ánna. Ūann 1. apríl gengu menn Stewarts í deild Charles Clark, í liđi Leonidas Polk, í herdeild Albert Sidney Johnstons í Mississippi, rétt í tíma fyrir
Barátta um Shiloh. Þar leiddi Stewart sveit sína í fyrstu árásum á "Hornet's Nest" svæðið í miðju línu sambandsins.