Sagan gerist árið 3394, þúsund árum eftir að mannkynið flýgur frá Jörðinni eftir að hún var eyðilögð af kynslóð formbreytandi geimvera <unk> Gauna (奇居子 ((ガウナ))), um borð í hundruðum stórfelldra geimskipa sem sköpuð voru úr leifum plánetunnar. Eitt slíkt skip er Sidonia, sem hefur þróað sína eigin menningu sem byggir á menningu Japans þar sem klónun manna, kynlaus frjóvgun og erfðabreyting manna, svo sem að veita mönnum ljósmyndun, eru algeng. Einnig kemur í ljós að efstu stigum þessa samfélags hefur leynilega verið veitt ódauðleiki. Með íbúafjölda yfir 500.000 manna er Sidonia hugsanlega síðasta mannlega byggð sem eftir er þar sem örlög annarra skipa eru óþekkt. Spurning: Skipið Sidonia byggðist að mestu á hvaða menningu?
Japan