Skrifaðu framhald fyrir þessa málsgrein - Eftir að hafa verið sigraður í uppreisninni, flúði Caldas, sem óttaðist hefndir, til Popayán, en fann að það hafði verið náð af konunglegum herliðum undir stjórn framtíðar viceroy Juan Sámano, fór þá til héraðs Antioquia. Antioquia hafði lýst yfir sjálfstæði sem "ríki Antioquia" eða "frjálst og fullvalda ríki Antioquia". Antioquia ríkið hafði skipað Juan del Corral sem einræðisherra og del Corral bauð Caldas velkominn og skipaði hann til að stofna herskóla og sem framkvæmdastjóri riffilverksmiðja og yfirverkfræðingur, auk þess að gefa honum röð fulltrúa. Sem verkfræðingur var Caldas ábyrgur fyrir uppbyggingu bygginga, púðursmiðja og byssuverksmiðja auk þess að prenta mynt. Hann kenndi einnig í verkfræðistofnuninni í Medellín árið 1814. Á árunum 1813 og 1814 tók hann að sér styrktarverkin við Cauca-á og uppsetningu riffil- og púðursverksmiðju. Í lok árs 1814 var Nariño sigraður og handtekinn af spænsku krúnunni og Bolívar og herinn hans höfðu neytt Cundinamarca til að falla undir sameinaða héraðin. Alríkisstjórn sambandsríkisins, sem var stofnuð í Santafé, með vaxandi áhyggjur af möguleika á spænskum endurvinna
Eftir að Morillo hóf herferðina kallaði hann Caldas til að skipa honum að stofna svipaðan herskóla og byggja brúar, skurði og festingar í kringum borgina. Hann var sendur í norðurherinn og til að styrkja vegi í Quindío.