Pinturault gat ekki byrjað tímabilið í Sölden í október 2012, þar sem hann meiddist á ökkla í tennis og þurfti að hætta í þrjá mánuði. Í desember vann hann sitt annað heimsmeistaramót í slalómi í Val-d'Isère, þar sem hann heillaði heimamenn með frábæru öðru hlaupi undir floodlights til að hækka úr sjötta sæti. Hann sigraði Felix Neureuther frá Þýskalandi með hálfri sekúndu og verðandi heimsmeistari Marcel Hirscher, sem leiddi með 0,57 sekúndum eftir fyrsta hlaupið. Þriðji sigur Pinturault var á ofur-samsettum í Wengen, Sviss, þar sem yfirburðaríkar færni hans í slalom voru lykillinn. Eftir að hafa staðið í 22. sæti í niðurföllum endaði hann 1.15 sekúndur á undan Ivica Kostelić frá Króatíu. Æfingahlaupið fyrir niðurgönguna var í fyrsta sinn á skíðum í nokkra mánuði, þar sem hann missti af hraðaþjálfun fyrir tímabilið eftir aðgerð á vinstri ökkla í ágúst til að gera við liðbönd sem skemmdust við að spila tennis. Pinturault vann ekki verðlaun á heimsmeistaramóti árið 2013
, en var í fjórum topp sex úrslitum. Viku seinna vann hann fjórða heimsmeistaratitilinn, sinn fyrsta í risaslalómi, í Garmisch í Þýskalandi. Í öðru sæti eftir fyrsta hlaupið var heildartími Pinturault 0,60 sekúndur á undan Hirscher sem var í öðru sæti. Þann 15. mars var hann heiðraður sem 2013 Longines Rising Star, sem besti ungur kappreiðamaður (undir 23) tímabilsins.