Sagan fjallar um ævintýri flugmannsins Nagate Tanikaze, sem bjó í neðanjarðarlaginu í Sidonia frá fæðingu og var alin upp af afa sínum. Eftir að hafa aldrei hitt neinn annan þjálfar hann sig í gömlum flugmannssímulátori Guardian á hverjum degi og nái að ná tökum á honum. Eftir dauða afa síns kemur hann upp á yfirborðið og er valinn sem flugmaður Guardian, rétt eins og Sidonia er enn einu sinni ógnað af Gauna. Spurning: Hvað er hann valinn sem eftir að afi hans er farinn?
Flugmaður verndarmannsins