Í maí 1942 tók Shiga liðsforingi yfir flugvélaskipinu Jun'yō's, sem hann gegndi fram í desember 1942. Á ūessum tíma leiddi Shiga veiđimenn flutningsmannsins í bardaga um Hollenska höfnina
og Santa Cruz eyjunum. Í síðari bardaganum réðst hann á bandarísku flutningaskipin og, þar sem fyrri var síðar sökkt, en "Enterprise" var mikið skemmt. Hann skipaði flugvélaskipinu "Hiyō's" frá desember 1942 til janúar 1943 meðan flugvélaskipið var í höfn í Japan.