Í júní 1944 var ákveðið að flytja 61 flokk frá Darwin-svæðinu til Nýja-Gíneu, þar sem hann myndi styðja við framfarir bandamanna í átt að Filippseyjum. Þessu var andvígt af flugfulltrúa sem skipaði Norður-Vestur-svæðinu, Air Vice Marshal Adrian Cole, sem vildi að flugan tæki þátt í aðgerð sem var áætluð til að ná Selaru-eyjunni í Hollensku Austur-Indíu (NEI); þessi aðgerð var hins vegar aflýst þann 7. júní. Flokkur nr. 61 yfirgaf Darwin í ágúst og kom til Morotai í NEI þann 18. september, þremur dögum eftir að her Bandaríkjanna hafði fyrst lent á eyjunni í
Barátta við Morotai. Flugvallarbyggingarsveitin nr. 14 lenti á Morotai 18. september og hóf vinnu við byggingu flugvallar næsta dag. Skömmu áður en aðgerðin hófst var rannsóknar- og hönnunardeild nr. 12 tekin upp í höfuðstöðvar 61 sveitarinnar þann 12. september.