Ottaviani var einn af kjörkardínalunum sem tóku þátt í konklafi páfa árið 1963
, sem valdi Giovanni Battista Montini sem páfa Pál VI. Hann var einnig "protodeacon" (eldri kardinal-djákni) á samkomulagi, og sem slíkur tilkynnti hann kosningu Montini og krýndi hann þann 30. júní með triregnum.