Lowry skipaði herflutninga- gufubađinum George Peabody, sem landađi herliđum í Baráttu Hatteras Inlet.
í ágúst 1861. Hann skipaði síðan byssubátnum frá október 1861 til febrúar 1862 og tók þátt í aðgerðum við Norður-Karólínu, í nóvember sökkvaði hann þrjú blokkskip við innganginn í Ocracoke Inlet, og síðan í febrúar 1862 tók hann fjandans festingar á Roanoke-eyju og tók síðan þátt í að ná Elizabeth City.