Í upphafi borgarastyrjaldarinnar gekk Hays aftur í þjónustu sem alstjóri í 63. Pennsylvania sjálfboðaliða fótgöngudeildinni, einnig með röð skipstjóra í 16. bandarísku fótgöngudeildinni í reglubundnu hernum til dagsetningar frá 14. maí 1861. Menn hans þekktu hann fyrir að vera "djarfur eins og ljón". Í hálendisherferðinni var hann með herflokki sínum í fyrsta herflokki Kearny-deildar Heintzelmans III herdeildar. Hann barđist í orrustunum við Yorktown, Williamsburg, Seven Pines, Savage's Station
, og Malvern Hill. Að loknum sjö daga bardaga var hann skipaður liðsforingi í reglubundnu hernum fyrir gallantry í aðgerð, þar sem Hays hafði beint bajonettárás með herflokki sínu inn í óvinarlínur til að hylja afturhaldið á herflokki sínum. Hays fór í veikindaleyfi í stuttan tíma mánuði síðar, þjáðist af hálfblindni og lama á vinstri handlegg, meiðslum sem hann hlaut í bardaga.