Í mars 1941 var Stott sendur með 2. flokki til Egyptalands til að sameinast 1. flokki 2. deildarinnar sem hafði verið þar frá febrúar 1940 og síðan til Grikklands til að taka þátt í
vörn Grikklands. Nýja-Sjálendingar, ásamt öðrum bandamönnum, neyddust til að draga sig til eyjarinnar Krítar eftir að Þjóðverjar komu inn í Grikkland. Hann var særður og tekinn í fangelsi í stríðinu við Krít.