Hann gekk í sædanesku flugherinn árið 1973,.Hussein útskrifaðist frá virtu Cranfield háskólanum í Bretlandi með meistaragráðu í flugvélaverkfræði árið 1982. Hann lék stórt hlutverk í valdaráninu í Súdán árið 1989.
, og síðar árið 1990 varð aðalritari byltingarstjórnarráðsins fyrir þjóðarsalann, stjórnarvaldsins í Súdan á árunum 1989 til 1993.