Í mars 1937 var Schniewind fjarlægður frá stöðu sinni í háskólanum og í byrjun árs 1938 hófu yfirvöld refsilega rannsókn á tengslum hans við Confessing Church. Hann var neyddur til að taka 80% launadráttur. Margir heimildir gera ráð fyrir eða gefa til kynna að hann hafi verið sviptur prófessorastöðu sinni þar til stríðinu lauk.
í maí 1945, en nýleg rannsókn á starfsmannaskrám í skjalasöfnum Háskólans í Halle hefur sýnt fram á að prófessorskapur Schniewinds hafi verið rólega endurreistur í einhverri mynd síðar árið 1938. Engin tilkynning er um að sakamálin hafi náð stiginu ákæru. Samkvæmt einni heimild var hann, auk þess að halda fyrirlestra fyrir hönd trúarinnar, fær um að halda áfram að "meina nemendum sínum í einrúmi". Eftir 1939 sameinaði hann starfsemi sína við háskólann og vinnu sem herhjúkrunarprestur.