Eftir að Mexíkó fékk sjálfstæði árið 1821 héldu margir spænskir hermenn áfram að herja á San Juan de Ulúa allt til ársins 1825. Það var síðasta svæðið í fyrrum nýlendu Nýja Spánar sem Spánverjar héldu og gafst upp fyrir mexíkóska hershöfðingjan Miguel Barragán í nóvember 1825. Rökstuðningur fyrir brottvísunarúrskurðinum sem forseti Vicente Guerrero gaf út var misheppnað tilraun þeirra til að vinna Mexíkó aftur. Síðan þá hefur San Juan de Ulúa þjónað sem hernaðarlegt og pólitískt tákn um andstöðu Mexíkó gegn erlendum innrásum og atvinnurekstri, þökk sé nokkrum þeirra sem áttu sér stað á nítjándu öldinni. Árið 1836 sprengdu Frakkar festinguna í Battle of Veracruz á meðan á Bakkeríustríðinu stóð, átökum sem varð vegna franska borgara í Mexíkó sem leitaði bóta fyrir meint skemmdar bakkeríbúð sína.
Frakkar réðust til borgarinnar í stríðinu, sem varð vegna ágreinings um ríkjandi lýðveldi Texas, og árið 1863 réðust Frakkar stuttlega í borgina þegar Maximilian I var settur sem keisar Mexíkó. Í stóran hluta nítjándu aldarins var festingin fangelsi, sérstaklega fyrir pólitíska fanga sem voru taldir vera andstæðingar ríkisstjórnarinnar. Margir áberandi stjórnmálamenn í Mexíkó voru hér á meðan þeir voru ekki við völd.