O'Brien sagðist, þegar hann gagnrýndi frumvarp Alþingis um fósturfræði árið 2008, hafa verið með líffæragjafa. O'Brien þjáðist af hjartasjúkdómum og var settur í hjartsláttartæki eftir að hafa kvartað yfir þunglyndi og vanrækslu fyrir Passion Sunday Mass í mars 2008. Þegar hann tilkynnti að hann myndi ekki mæta
2013 conclave hann sagði "Nærri 75 ára og stundum í ólíðandi heilsu, ég lagði frá mér sem erkibiskup St Andrews og Edinborgar til Benedikt XVI páfa fyrir nokkrum mánuðum".