Halbertsma bjóst því við að vera ráðinn prófessor í hollensku máli og bókmenntum, og nokkrum sinnum virtist slíkur ráðningur næstum innan greipum hans, en í hvert skipti sló hann undan. Hreinn penni hans átti líklega þátt í þessu, en það voru líka aðrar ástæður. Árið 1830 missti hann af umsækjendaframlagi sem skolaði yfir Hollandi frá háskólum Belgíu, sem á þeim tíma hafði aðeins
Þjóðverjar skiluðu sér frá Bretlandi og eftir 1840 þurfti aðra tegund vísindamanna með sérhæfðari þekkingu en Halbertsma bauð. Að hann hafi fengið heiðursdoktor í bókmenntum frá Háskólanum í Leiden árið 1837 var honum lítil huggun. Að hluta til vegna þessara vonbrigða var Halbertsma lengi á brún útbrennslu og sérstaklega árið 1839, þegar hann var aftur yfirgefinn, fór hann í gegnum djúpa kreppu. Það var ekki fyrr en á sjöunda áratugnum, þegar hann var sjötugur, að hann virðist hafa náð andlegu ró.