Frá árinu 2002 var Shchekochikhin meðlimur í Sergei Kovalev-nefndinni sem rannsakaði ásakanir um að sprengjuárásirnar í Moskvu árið 1999
var skipulögð af rússnesku öryggisstofnuninni FSB til að afla stuðnings fyrir stríðið.