Skrifa áframhaldandi fyrir þessa málsgrein - stríð lokið
Í maí 1945 var vesturhluti Þýskalands skipt í fjögur hernámssvæði. Bandaríkin réđust á Bavaria. Árið 1946 stóð Johannes Müller frammi fyrir réttarhöldum fyrir Bavarian Commissioner um kynþátta, trúarbrögð og pólitískar ofsóknir. Müller, sem nú er orðinn 80 ára gamall, var "dæmdur" sem alvarlegur stríðsglæpamann ("Hauptschuldiger") vegna "Hitlers í ræðu og riti" ("Verherrlichung von Hitler in Wort und Schrift"). Dómurinn var umdeildur vegna þess að Müller hafði aldrei verið meðlimur í nasistaflokknum og hafði ekki verið hernaðarlega þátt í því sem virtist þýða að það væri engin lagaleg grundvöllur fyrir sakfellingu. Sambærileg umsókn um að Schloss Elmau ætti að verða tekin felldi, í fyrstu vegna þess að Elsa Countess of Waldersee, sem var enn hluti eigandi þess, neitaði að selja hlut sinn. Müller neitaði að verja sig fyrir framkvæmdastjóra, en varanleg yfirtöku á Schloss Elmau var ekki framkvæmd. Müller viðurkenndi opinskátt að hann hefði haft rangt fyrir sér í mati sínum á Hitler og hann fjarlægði sig þjóðfélagshyggjunni, en í öðrum hlutum stóð hann við "kennslu" sína.