Ljúka eftirfarandi setningu: Háskólinn var skipt í tékkneska og þýska hluta árið 1882 og Náttúruvísindasvið varð aðskilin stofnun á árunum 1920-1939. Árið 1939 var skólinn lokaður af hernámsstyrkjum nasista Þýskalands og barst þá grimmileg ofsóknir gegn kennurum og nemendum. Eftir endalok landnámsins árið 1945 blómstraði listadeildin aftur í nokkur ár; þetta var nauðganlega lokið árið 1948 með kommúnistahruninu árið 1948. Virðingu háskólans minnkaði hratt í kjölfar þvingaðrar brottförar fjölda virtra kennara og innleiðingar marksískra-lenínískra náms. Á sjötta áratugnum hófst kennslustöðin hægt og rólega að opna sig fyrir frægum hugsuðum þess tíma, en þessi þróun var snúið við með
Sovétríkjanna tóku landið árið 1968, sem Jan Palach, nemandi við háskólann, mótmælti með því að kveikja í sér. Eftir að kommúnistastjórnin var fallin í Tékkóslóvakíu árið 1989 og fulltrúar hennar í kennaraflokknum fóru burt, var það endurreist sem einn af mest virtum háskólastöðvum landsins.