Lowry var yfirmaður herflutnings bátsins "George Peabody" sem sendi hermenn í land í
Barátta við Hatteras Inlet Batteries í ágúst 1861. Hann skipaði síðan byssubátnum frá október 1861 til febrúar 1862 og tók þátt í aðgerðum við Norður-Karólínu, í nóvember sökkvaði hann þrjú blokkskip við innganginn í Ocracoke Inlet, og síðan í febrúar 1862 tók hann fjandans festingar á Roanoke-eyju og tók síðan þátt í að ná Elizabeth City.