Rebić gekk til liðs við Eintracht Frankfurt á tímabilslöngum láni þann 11. júlí 2016 og sameinaði sig við fyrrverandi landsliðsstjóra Niko Kovač. Eftir stutta baráttu við mononukleósu gerði Rebić sitt fyrsta leik 17. september gegn Bayer Leverkusen, kom inn sem varamaður og aðstoðaði Marco Fabián fyrir sigurmark í 2<unk>1 sigri. Þann 5. febrúar 2017 skoraði hann sitt fyrsta mark fyrir sitt nýja lið til að ljúka 2<unk>0 sigri á félaga Hessen lið SV Darmstadt 98 á Commerzbank Arena. Þann 27. maí jafnaði hann í úrslitum DFB-pokalsins 2017.
, þó að Frankfurt tapaði 2 til 1 fyrir Borussia Dortmund.