Bæta upp eftirfarandi setningu: Bonucci byrjaði tímabilið með því að vinna
Supercoppa Italiana 2012 með Juventus. Hann skoraði sitt fyrsta mark í Meistaradeildinni gegn Chelsea í riðlakeppninni og skoraði sitt fyrsta mark í keppninni gegn Shaktar Donetsk í október 2012 í 1<unk>1 jafntefli. Í desember 2012 var Bonucci gagnrýndur fyrir að stökkva í deildarleik gegn Palermo sem fjöldi blaðamanna lýsti sem "versta stökk nokkurn tíma". Hann var bókaður af dómara meðan á leiknum stóð og fékk síðar einleikbann og 2000 evra sekt af stjórnvöldum. Juventus lauk tímabilinu með því að vinna 2012-13 Serie A titilinn.