Á leiðinni á Ólympíuleikana í Sydney tók Wouda þátt í Evrópumeistaramóti í vatnsíþróttum árið 2000.
Í Helsinki í Finnlandi vann hann bronsverðlaun í 4x200 m frjálsum stíl ásamt Martijn Zuijdweg, Mark van der Zijden og Pieter van den Hoogenband. Wouda vann bronsverðlaun í 4×200 m frjálsri stafíu á Ólympíuleikunum 2000 í Sydney, Ástralíu ásamt Martijn Zuijdweg, Johan Kenkhuis og Pieter van den Hoogenband. Einstaklingslega endaði hann í 5. sæti í 200 m einstaklings hlaupi og í 13. sæti í 100 m brjósthlaupi. Með 4×100 m samkeppni liðinu endaði hann í 4. sæti og missti bara út fyrir medalíu ásamt Klaas-Erik Zwering, Joris Keizer og Pieter van den Hoogenband. Í kjölfar Ólympíuleikanna í Sydney sagði Wouda sig úr sundinu. Sex mánuðum seinna skrifaði blaðamaður frá hollenska dagblaðinu NRC Handelsblad, Mark Hoogstad, bók sem lýsti endurreisn hollenskrar sund í höndum ferils Wouda.