Frá 1990 til 1992 var Berger í liði Ayrton Senna hjá McLaren. Koman hans var metin með mikilli von sem hann hafði sannað mikla form fyrir Benetton og Ferrari. McLaren-Honda virtist gefa Berger raunverulegt tækifæri á heimsmeistaratitlinum í fyrsta sinn. Þó að hann hafi yfirleitt verið hraðari en forveri hans Alain Prost í tengslum við Senna í undankeppninni (hann var oft í 2. sæti á eftir Senna), var hann sjaldan fær um að jafna hraða Brasilíumanna í keppnum. Hann vann ūrjá sinnum á ūremur tímabilum og vann Japanska Grand Prix árið 1991.
Senna; auk sigra í Kanada og Ástralíu árið 1992. Á þremur árum sínum hjá McLaren náði Berger einnig fjórum póllstöðum og vann Senna 8 sinnum.