Phelps þjónaði um borð í "Bonita" og "Jamestown" í Mexíkó-Ameríku-stríðinu, og veitti flotastyrk til hers Winfield Scott í
Umrás Veracruz. Stór hluti tíma hans var einnig varið við að gæta mexíkósku strandarinnar í blokkadeild. Á skömmum tíma hafði Phelps þegar þróað sterkar skoðanir um hvernig stríðið ætti að fara fram og var ósáttur með að flotinn væri að lána mikið af þjónustu sinni til að vernda kaupskip á meðan sjómenn voru að koma niður með skúrbút vegna skorts á forsendum.