Áður en höllin var byggð hafði biskupsdómur Kraków verið staðsettur á Wawel frá árinu 1000, þar sem leifar af eldri byggingum eru enn til staðar. Höllin, sem reist var á núverandi stað við ul. Franciszkańska 3 götu handan við franska kirkjuna í Krakóf, var nefnd í fyrsta sinn á 14. öld. Hún brann árið 1462 og var síðan endurbyggð. Páll var endurreistur með nýjum stigagang og rústicated portals af Piotr Gembicki biskup á árunum 1642-1647. Hann var endurnýjaður eftir innrás Svíþjóða.
árið 1655 og endurnýjað aftur 1817-1820 af Szczepan Humbert. Árið 1850 brann eldur í borginni og brann flest innrétting og sýningar á þjóðlegum minjagripum. Arkitektinn Tomasz Pryliński sá um endurnýjun höllarinnar á árunum 1881-1884. Þrátt fyrir órólega sögu sína, þar á meðal eldsvoða og ýmsar þjóðarhamfarir eins og skiptingar, þjónaði höllin alltaf upprunalegum tilgangi sínum.