Hún var nefnd eftir frænku móður sinnar, Eleonora keisarakonu Helga Rómverjaveldisins, sem var einnig guðmóðir hennar. Hjónaband foreldra Eleonoru var gert með það að markmiði að styrkja kröfur Nevers-greinar Gonzaga-ættarins til hertogahelgisins Mantua og Montferrat þegar aðallínan myndi deyja út. Hertoginn af Nevers, vasall konungsríkisins Frakklands, þurfti að mæta andstöðu Ferrante II Gonzaga, hertoga Guastalla, sem taldi stuðning frá Heilaga rómverska keisaradæminu, konungsríki Spánar og hertogaveldi Savoy og hóf þannig stríð um Mantúa-arftökuna
, þar sem Eleonora barn, með foreldrum sínum og eldri bróður sínum Charles yfirgefa Mantua, en kom aftur ári síðar eftir undirritun Cherasco sáttmálans (19 júní 1631), þar sem viðurkennd voru réttindi Charles hertoga af Nevers yfir hertogavíkjum Mantua (eins og nánasta karlkyns ættingi útdauðrar aðallínu Gonzaga hússins) og Montferrat (vegna hjónabands erfingja hans við Maria Gonzaga, síðasta eftirlifandi afkvæmi aðal Gonzaga línunnar og erfingja þess hertogavíkis, sem var sýnilega arfgengt af konum þar sem Gonzagas höfðu eignast það í gegnum hjónaband við Margherita Paleologa árið 1540); þó einn mánuð síðar (30 ágúst 1631), dó faðir Eleonora af smiti og hófst röð af pólitískum átökum milli Charles hertoga og tengda hennar, sem endaði með bann Margréttu Savoy (Maria móður) frá Mantua.