Skrifaðu framhald fyrir þessa málsgrein - Nagatomo byrjaði annað tímabilið sitt hjá Inter Milan með því að spila 62 mínútur í opnun Serie A
Leikurinn gegn Palermo endađi í 4 á 3 í útivelli. Þann 27. september 2011 veitti Nagatomo Giampaolo Pazzini stoðsendingu með því að skalla Aleksei Berezutski áður en hann keyrði boltann yfir markið í 3×2 útileiknum gegn CSKA Moskvu í öðrum riðlakeppni Meistaradeildarinnar. Hann skoraði sitt fyrsta mark á tímabilinu 10. desember 2011 í 2<unk>0 heima sigri gegn Fiorentina á leikdegi 15 í Serie A. Hann var aftur í skálanum þremur dögum síðar þegar hann hélt heim Ricky Álvarez kross í 1<unk>0 sigri gegn Genoa. Í síðasta leik 2011 gegn Lecce á heimavelli framleiddi Nagatomo "maður leiksins" með því að veita tvær stoðsendingar í endanlegum 4 × 1 sigri.