16. september 2008 lék Puyol 400. leik sinn fyrir Barcelona í riðlakeppni Meistaradeildarinnar gegn Sporting CP. Á deildartímabilinu, þrátt fyrir meiðsli, kom hann fram í 28 leikjum og hjálpaði þeim að vinna annað deildartitil. Eina markið hans kom gegn Real Madrid í "El Clásico" á Santiago Bernabéu þann 2. maí 2009 sem lauk með miklum 6 × 2 sigri, og hann fagnaði marki sínu með því að kyssa katalónska fánann hans fyrir framan reiða stuðningsmenn Madrid. Hann var mikilvægur fyrir liðið sem vann Copa del Rey 2009, Meistaradeild 2009 og UEFA Super Cup 2009.
og 2009 FIFA Club World Cup til að ljúka fordæmalausu sexfaldur, sem birtist í næstum 100 opinberum leikjum.