Greer var kynntur í liðsforingja og þjónaði í Mississippi frá 1862 til 1863, og var síðan settur í liðsforingja David Dixon Porter. Ūar sem hann var í stjórn járnplata og, tók hann þátt í Vicksburg herferðinni og skotárásinni á
Grand Gulf og misheppnaða leiðangursferð Union Red River í byrjun árs 1864.