Þegar fréttir af borgarastyrjöldinni bárust til Minnesótu, gengu Bloomer og frændur hans í Stillwater-vörðurnar, milísíuhóp. Varðherrarnir voru settir í fyrstu sjálfboðaliðaþjónustur í Minnesotastjórn í Snelling þann 29. apríl 1861 og mynduðu kjarna félags B. Bloomer fékk í upphafi röð liðsforingi og tók þátt í öllum helstu átökum regimentsins þar til við bardaga við Antietam. Hann særðist lítillega í höfuđiđ í slaginu við Bull Run. Á bardaga við Savage's Station
Hinn 29. júní 1862, sem var hluti af Peninsula herferðinni, var Bloomer kynnt til liðsforingja. Í miðri átökunum var fánavarđinn drepinn. Bloomer hlaut liðin og var skilinn frá regimentinu í fimm tíma. Hann skilađi liđunum fķlkiđ og fķr fyrir hugrekki sitt.