Í restina af stríđinu myndi deildin finna sig
að berjast á Morotai. Í apríl árið 1945 fór deildin í mikla umferð með það að markmiði að eyða hinum japönsku styrkjunum á eyjunni. Á þessum tíma voru flestir Japönum á Morotai á vesturströnd eyjarinnar og bjuggu yfirleitt nálægt garðum heimamanna. 93. deildin landaði umferð meðfram vestur- og norðurströndum Morotai frá lok apríl og fram á við, og þær börðust við dreifða skermistöðvum með litlum japönskum styrkjum. Eitt helsta markmið deildarinnar var að fanga Colonel Ouchi, sem var yfirmaður 211. herflokks, 32. deildar, og það náðist með varðferð frá 25. herflokki 2. ágúst 1945. Ouchi var æðsti japanski yfirmaðurinn sem var tekinn fyrir lok stríðsins.