Ljúktu eftirfarandi setningu: Heiligenstadt var fyrst sett fyrir meira en 5000 árum. Einnig hafa fundist spor eftir rómverskum byggðum. Árið 1872 fundust leifar af vegg í Heiligenstadt sem sannar að rómverskur turn, hluti af limes, stóð einu sinni á þessu svæði. Rómarkirkjugarður hefur einnig fundist nálægt Jakobskirche (St. James<unk> kirkja), sem og Avar gröf frá 6. öld. Frankarnir fylgdu þeim eftir og settust í Heiligenstadt í fyrsta sinn um 900. Upphaflega var byggð á svæðinu í kringum nútíma Pfarrplatz og þar var fyrsta kirkjan. Íbúar voru bændur sem stóðu að mestu leyti undir eigin afurðum. Þeir veiddu einnig krabba og fisk í vesturhluta Dónabíunnar (þar sem Heiligenstädter Straße er í dag). Vín var framleitt til sölu; vínkjallar má enn í dag finna í hliðinni á hæðinni við Heiligenstädter Straße. Klosterneuburg klaustrið átti víngarða í Heiligenstadt allt frá árinu 1250. Árið 1304 gaf biskup Weinhardt von Passau klausturnum rétt til að taka yfir Heiligenstadt sóknarprestinn eftir dauða sóknarprestsins. Á miðöldum var Heiligenstadt ein ríkasta byggðin á svæðinu. Skóli er skráður árið 1318; hann var líklega eini skólinn á svæðinu. Eins og margar aðrar borgir í útjaðri Vínar varð Heiligenstadt fyrir miklum óróa á 15. og 16. öld. Matthias Corvinus lagði Heiligenstadt í rúst árið 1484, en tyrkneska ræningjan í fyrstu
Í Vínarbeldi árið 1529 skemmdist Jakobskirche og Michaelskirche (kirkja heilags Mikaels). Það var þó hægt að endurheimta síðarnefnda árið 1534 þökk sé gjöfum frá íbúum Döbling, Grinzing, Nußdorf og Heiligenstadt (sem allir tilheyrðu þessu sóknarfé).