Fyrsta kirkjan á Omø var trékirkja byggð 1601. Áður var lítil kapella á eyjunni og eyjamenn þurftu að ferðast til meginlandsins til að sinna stærri kirkjulegum athöfnum. Kirkjan varð smám saman slitin niður vegna vinds og veðurs. Á meðan á ensku stríðunum stóð
Árið 1801-1814 var kirkjan breytt í festing þrátt fyrir slæmt ástand. Núverandi kirkja var byggð árið 1828. Hún samanstóð af kirkjuskipi og turn, en turninn var einnig verönd kirkjunnar. Kirkjan var endurnýjuð árið 1851.