Í lok september hófst harðbarátta um stjórn á hæđinni sem var yfir höfninni. Þjóðveldisins strandbatteríur skiptust á skotum við Royal Navy skip þar sem HMS "Prinsessa Royal" varð fyrir miklum missi í sprengingu á skotfæri, og þann 30. september lýðveldisins hermenn undir stjórn skipstjóra Napoleon Bonaparte náði hæðinni Pharon, aðeins að vera ekið frá daginn eftir af sameinaðri styrk breska, spænska, Neapolitan og Sardinian hermenn undir stjórn Lord Mulgrave. Í byrjun október hvettu Napólískar styrkingar til röð farsælla árásar á lýðveldishöfn, en síðar í mánuðinum áttu Hood og Lángara alvarlega deilur um stjórn umstæðunnar, Lángara fór svo langt að ógna flaggskipi Hood "Victory" áður en hann hætti að lokum. Í lok mánaðarins höfðu bandamennirnir safnað meira en 16.000 mönnum, þar á meðal 6.000 spænskum hermönnum. Breska framlaginu var rétt rúmlega 2000 menn, sem fækkaði vegna skuldbindinga Royal Navy annars staðar í Miðjarðarhafi. Búist var við miklum styrkjum frá Austurríki frá Genóa, en þeir voru hindraðir frá því að leggja af stað af samsetningu austurrísku óaðfinnanleika og reiði Genóa vegna brot Breta á hlutleysi þeirra í aðgerðinni 5. október 1793. Samfylkingarmenn voru svo skortir á herliðum að Hood réð 1.500 leigumönnum frá Knights of Malta, þó að þeir hafi ekki mætt áður en umsáturinn var lokið. Repúblikanaherin fjölgaði hratt á þessu tímabili þar sem styrktarliðar voru losnaðir eftir að Lyon-veltingin var lokið.
Ūegar herjķđin náđi umsáturum í Toulon voru um 33.000 hermenn undir forystu hershöfđingsins Jacques François Dugommier.