Jordan var sendur á vesturlandamæri allt til 1846, ūegar hann var kynntur í liðsforingja. Í Mexíkósku-Ameríska stríđinu vann hann í Palo Alto-stríðinu.
og Resaca de la Palma. Árið 1847 var hann kynntur í skipstjóra og starfaði sem hússtjóri. Hann var í Vera Cruz í eitt ár eftir stríðið í stjórnsýsluhlutverki. Hann var næst sendur til ýmissa herstöðva í Suðurríkjunum og á Kyrrahafsströndinni.