Þegar Jósef tók við krúnunni í Spáni árið 1808 fór Merlín með honum og var settur í her Jósefs í Spáni sem hershöfðingi. Hann barðist við Talavera, Almonacid og Ocaña árið 1809. Eftir að hann kom aftur í frönsku þjónustu árið 1814 leiddi hann riddaraflokk í Gué-à-Tresmes, Laon, Reims
Fère-Champenoise og París. Árið 1815 leiddi hann hermenn á Rín. Hann gegndi stjórn í friðartímum til ársins 1825 þegar hann hætti en var aftur ráðinn frá 1830 til 1836. Eftirnafn hans er eitt af nöfnunum sem eru skrifuð undir Triumfskífunni, á Stólpi 30.