Skrifaðu framhald fyrir þessa málsgrein - Eftir dauða Batory árið 1586 hjálpaði Zamoyski Sigismund III Vasa að ná pólskum hásæti og barðist í stuttu borgarastyrjöldinni gegn styrkjum sem studdu Habsburg archduke Maximilian III frá Austurríki. Sigismund fékk stuðning frá Zamoyski en Maximilian fékk stuðning frá Zborowski-fjölskyldunni. Zamoyski varnaði Kraków og sigraði her Maximilians í Byczynska bardaga.
Árið 1588. Í þessu bardaga, sem Sławomir Leśniewski lýsir sem "einu mikilvægasta í pólskri sögu og mikilvægasta í herferli Zamoyski", var Maximilian tekinn í fangelsi og í Bytom- og Będzin-sáttmálanum frá 1589 varð hann að gefa upp allar kröfur um pólska krúnuna. Síðar sama ár lagði Zamoyski til breytingar á kosningum til konungs, sem tókst ekki að samþykkja í Sejm. Zamoyski lagði fram á þingi frumvarp um að ef núverandi konungur myndi deyja án afkomenda ætti enginn nema frambjóðandi nokkurra Sláva að eiga rétt á pólskum hásæti. Þetta var verkefni sem gat jafnvel ímyndað sér möguleika á einhvers konar sameiningu milli kaþólskra Póllands, rétttrúnaðar Moskovy og hálf-próstétantíska Bohemi. Reyndar var þetta misvísandi og óþægileg andsvörun gegn hagsmunastefnu Habsburginga.