Deild Banks tilheyrđi George McClellan ūrátt fyrir ađ vera sjálfstķr yfirvöld í Shenandoah-dalnum. Þann 14. mars 1862 gaf Lincoln forseti út tilskipun um að skipa alla hermenn í deild McClellan í herdeild. Banks varð þannig herforingi, yfirmaður eigin fyrrverandi deildar sinnar, sem nú var undir stjórn brigadegeneral Alpheus Williams, og deildar brigadegeneral James Shields, sem var bætt við stjórn Banks. Eftir að Stonewall Jackson var snúið aftur í fyrri orrustunni við Kernstown 23. mars var Banks í staðinn beðinn um að elta Jackson upp dalinn til að koma í veg fyrir að hann styrkti varnir Richmond. Ūegar menn Banks náđu sunnanverđa dalnum í endann á erfiđri veitingarlínu, kallađi forsetinn ūá aftur til Strasborgar í norđur enda. Jackson gekk síðan hratt niður viðliggjandi Luray-dalinn og mætti nokkrum af styrkjum Banks í Slaginu við Front Royal 23. maí. Þetta hvatti Banks til að draga sig til Winchester, þar sem Jackson árás aftur
Hinn 25. maí. Hermenn sambandsríkjanna voru illa búnir til varnar og drógu sig aftur í óskipulagi yfir Potomac ánna og aftur inn í Maryland. Tilraun til að fanga lið Jackson í hreyfingu (með styrkjum undir forystu John Frémont og Irvin McDowell) mistókst og Jackson gat styrkt Richmond. Banks var gagnrýndur fyrir að hafa misnotað hermenn sína og framkvæmt ófullnægjandi eftirlitsvinnu í herferðinni, en stjórnmálasamstarfsmenn hans reyndu að kenna stríðsráðuneytinu um mistökin.