Skreyttu áfram í þessa málsgrein - Á Ólympíuleikunum í Aþenu árið 2004 stækkaði Stojanovska áætlun sína og synti í þremur einstaklingsgreinum. Hún setti FINA A-staðal af 2:13.01 (200 m fiðrildi) frá Evrópumótaröðinni
í Madrid, Spáni, sem leyfir henni að taka 200 og 400 m frjáls í keppni hennar. Á öðrum degi leikjanna varð Stojanovska tuttugu og sjöunda í 400 m frjálsum. Hún synti í 2. hiti og náði 4:20 með tímanum 4:19.39 til að ná fjórða sæti yfir Janelle Atkinson frá Jamaíka. Daginn eftir endaði hún í 34. sæti á eftir Jana Myšková frá Tékklandi með 0.02 sekúndu í morgunkynningunni á 200 m frjálsum stíli með tímanum 2:04.64. Í lokakeppninni, 200 m fiðrildi, endaði Stojanovska Ólympíuleikana með tuttugu og sexta sæti og náði ekki að komast í undanúrslitin í fimmta sinn í röð frá árinu 2000. Hún synti í þriðja hlaupi og var í síðasta sæti af átta með tímanum 2:16.51, tæplega fjórum sekúndum fyrir utan landsmet Mirjanu Boševska.