Skipið sneri aftur til Japans í miðjan nóvember til viðgerða. Skortur á eldsneyti og efni gerði það að verkum að ekki var hægt að taka hana aftur í notkun og hún var breytt í fljótandi loftvarnarher. Funnellinn og aðalmastinn voru fjarlægðir til að bæta eldfjöðrun á AA byssunum, sem voru bætt við tveimur Type 89 og níu þreföldum 25 mm byssum. Hinn fremri tvenna byssa hennar var fjarlægður í bætur. Kálbrennandi asnaboiler var settur upp á bryggjunni til að hita og elda mat og umbreytt kafbátaskip var fest við hliðina til að veita gufu og rafmagn; flugvélavarnarbyssur hennar skortir fullan afl og voru aðeins að hluta í notkun. Þann 20. apríl var Nagato settur í geymslu. Í júní 1945 voru allar aukavopn hennar og um helmingur af loftvarnarvopnunum færðir á land ásamt fjarlægðarmælingum og leitljósum. Mannskapur hennar minnkaði því niður í minna en 1000 lögreglumenn og hermenn. Þann 18. júlí 1945 var á þunglega dulbúið skipinu ráðist af loðuflugvélum og torpedo-loðuflugvélum. "Nagato" var skotinn af tveimur sprengjum og eldflaug sem drap 35 menn og skemmdi fjögur 25 mm byssur. 30. ágúst, nokkra daga fyrir formlega afhendingu.
Bandarískir sjómenn náđu stjķrn á skipi.