Skrifaðu framhald fyrir þessa málsgrein - Tilhneigðin til að leyna og falsa dagsetningar vekur efasemdir um réttmæti margra frumheimilda. Nokkrir sagnfræðingar hafa gert þá tilgátu að Jón II hafi getað vitað um tilvist Brasilíu og Norður-Ameríku þegar árið 1480 og skýrt þannig vilja hans árið 1494 við undirritun Tordesillas-samningsins til að ýta áhrifalínunni lengra vestur. Margir sagnfræðingar gruna að hinir raunverulegu skjöl hafi verið sett á bókasafnið í Lissabon. Því miður, vegna elds í kjölfar jarðskjálftans 1755
Á árinu 1620 var nánast öll skráning bókasafnsins eyðilögð, en auka eintak sem var í boði í Goa var flutt til Tombó-turnsins í Lissabon á næstu 100 árum. Corpo Cronológico (Chronological Corpus), safn handrita um rannsóknir og uppgötvanir Portúgalar í Afríku, Asíu og Latínu Ameríku, var skráð á minningarskrá heimsins hjá UNESCO árið 2007 í viðurkenningu á sögulegu gildi þess "til að öðlast þekkingu á pólitískri, diplómatískri, hernaðarlegri, efnahagslegri og trúarlegri sögu fjölda landa á þeim tíma sem Portúgalar uppgötvuðu".