Ljúka eftirfarandi setningu: Nebrija fæddist í "hidalgo" fjölskyldu í Nebrixa, bæ sem nú heitir Lebrija í héraði Sevilla. Foreldrar hans voru Juan Martínez de Cala og Catalina de Xarana. Hann var annar af fimm börnum. Það er nokkur óvissa um fæðingardag hans. Nebrija skrifaði að hann fæddist árið áður en
Slagsmál Olmedo árið 1445, með því að fæðingardagur hans sé 1444 en annars staðar gerir hann aðrar heimildir sem væru í andstöðu við þennan dagsetning. Hefð er fyrir því að hann fæddist árið 1444.