Ljúktu eftirfarandi setningu: Á öðru ári Latimers í námi braut borgarastyrjöldin út og Latimer yfirgaf VMI til að þjóna Suðurnesjum. Hann starfaði fyrst sem æfingaleiðbeinandi í Richmond Hampden byssuríkinu vorið og sumarið 1861. Í haust var hann ráðinn sem fyrsti liðsforingi og sá aðgerðir með deild Richard S. Ewell í Shenandoah Valley herferðinni árið 1862. Eftir ađ hafa skarađ sér upp í slagum eins og
Fyrst Winchester og Cedar Mountain, Latimer var kynntur sem yfirmaður liðsins sem áður hafði tilheyrt A. R. Courtney. Eftir að hafa verið fyrirliði liðsins í Fredericksburg í desember 1862 var Latimer efldur í aðalsveitarstjóra í mars 1863. Ewell nefndi hann "ungann Napóleon", en samtímamenn hans nefndu æsku hans og litla, litla statur með því að kalla hann "Boy Major". Hann varð liðsforingi í liðsforingi Richard Snowden Andrews í deild Edward "Allegheny" Johnson.