Junípero Serra eyddi átta árum í að byggja trúboðin, allt til ársins 1770. Þegar fjöldi sögulegra atburða, þar á meðal brottvísun jesúítanna, neyddist til að yfirgefa trúboðin. Serra flutti til Kaliforníu. Þegar Serra fór, var trúboðin látin í höndum reglulegra presta. Bæði á meðan á Mexíkósku sjálfstæðisstríðinu og Mexíkósku byltingunni stóð
, sendingarnar voru rændar og eyðilögð. Upphafleg endurreisnarvinna utan um trúboðskirkjurnar hófst á áttunda áratugnum. Á árunum 1991 til 1997 var unnið að innri verkum á altari, kórum, orglum og málverkum. Frekari vinna var styrkt af ríkinu á árunum 1997 til 2002. Verk á níunda áratugnum voru einnig unnin á torgum og minjum í kringum. Tilraunin til að skrá heimsendingarnar sem heimsminjasvæði hófst árið 2000 og náði loks árangri árið 2003, þegar þær voru bættar við á 27. fundi heimsminja nefndarinnar.