Í framhaldi af þessari málsgrein - Árið 1989 tók Janša þátt í stofnun eins af fyrstu andstöðuflokkum í Slóveníu, Slóveníska lýðræðisflokksins (SDZ) og varð fyrsti varaformaður hans og síðar formaður flokksráðsins. Eftir fyrstu frjálsu kosningarnar í maí 1990 varð hann varnarmálaráðherra í ríkisstjórn Lojze Peterle, stöðu sem hann gegndi á meðan á sjálfstæðisstríðinu stóð.
í júní og júlí 1991. Janša var, ásamt innanríkisráðherra Igor Bavčar, aðal skipuleggjandi stefnu Slóveníu gegn Júgóslavískum fólksher.