Í júlí 1936 flúði fjölskyldan til Madrid. Þegar fjölskyldan kom var borgin í valdi lýðveldismanna sem höfðu staðist tilraun til innrásar frá þjóðernissinnar. En í október ákváðu þjóðernissveitirnar að leggja borgina í umsátur.
Og Julián var tekinn í varaliði Repúblikana og leiddi múlasveit sem fluttist með birgðir. Á meðan á Bahamontes, ásamt móður sinni og systur, flúði til þorpsins Villarrubia de Santiago vegna aukinna loftárásar í Madrid. Julián gekk til liðs við þá eftir stríðið, en fjölskyldan hélt áfram að berjast; þar sem hann hafði verið með repúblikönum, tapandi hliðinni, fékk faðir Bahamontes enga lífeyri og hann var neyddur til að brjóta steina fyrir vegagerð til að græða nóg fyrir fjölskylduna. Yngri Bahamontes fór í þjófnað til að sjá fyrir sér og fjölskyldu sinni; hann stökk úr brú yfir veginn og stökk í bílbíla sem fylgdi með sér áður en hann fyllti pokann með mat úr bílbílnum. Hann gróf líka út skotfæri úr skķpunum í borgarastyrjöldinni til ađ selja sem skraut.