Þegar borgarastyrjöldin í Spáni braust út í júlí 1936 tók Juan Guilloto þátt í árásinni á Cuartel de la Montaña og barðist í Guadarrama-slaginu í Guadarrama-fjöllum. Hann var einn af leiðtogum fimmtu regimentsins og varð yfirmaður hans frá október 1936. Hann barđist í Talavera de la Reina.
, Santa Olalla og Illescas (september 1936), vörn Madrid og annað bardaga Corunna Road, svo og í Bardaga Jarama (febrúar 1937).