Duterte hóf friðarviðræður aftur við kommúnistaflokkinn á Filippseyjum árið 2016, en aflýsti öllum viðræðum í febrúar 2017 í kjölfar árásar og mannráns hermanna af hálfu NPA-aðila, og lýsti CPP-NPA opinberlega yfir hryðjuverkasamtökum. Eftir að Maute Group stjórnaði Marawi hefur Duterte lýst yfir hernaðarlögum um allt Mindanao sem síðar var framlengt í tvö ár til 2019 í tilraun til að tryggja röð í eyjunni. Baráttan við Marawi
Marawi var í fimm mánuði frá 23. maí til 17. október 2017, daginn eftir dauða stríðsmanna Omar Maute og Isnilon Hapilon, þar sem Duterte lýsti Marawi sem "frjálsum frá hryðjuverkum".