Farenholt komst í sjóinn sem sjómaður 24. apríl 1861, eftir 3 ár í kaupmannsþjónustu. Hann tók þátt í átökum og bardaga á
Barátta við Hatteras Inlet Batteries, Barátta við Port Royal, Barátta við Fort Pulaski og margar aðrar. Þann 22. október 1862 var Farenholt, venjulegur sjómaður, alvarlega særður í bardaga við Pocotaligo í Suður-Karólínu og var útskrifaður úr sjóhernum. Hann gekk aftur inn í bandaríska flotann í febrúar 1863 eftir að hann hafði náð bata og var úthlutaður til eftirlitsins og tók þátt í nánast daglegum átökum við varnir Charleston í Suður-Karólínu frá apríl 1863 til apríl 1864. Hann tók þátt í misheppnaðri hernámsferð á Fort Sumter í september 1863. Hann var ráðinn sem embættisfulltrúi liðsforingi 19. ágúst 1864 og var hann yfirmaður morðurskoðunar sem var tengd flokknum í Sounds of North Carolina síðar sama ár. Hann tók einnig þátt í endurheimtu Plymouth í Norður-Karólínu og nokkrum átökum á Roanoke, Chowan og Blackwater-fljótum auk þess sem hann tók Fort Fisher í Norður-Karólínu.