Ljúka eftirfarandi setningu: 16. september 2008 lék Puyol 400. leik sinn fyrir Barcelona í riðlakeppni Meistaradeildarinnar gegn Sporting CP. Á deildartímabilinu, þrátt fyrir meiðsli, kom hann fram í 28 leikjum og hjálpaði þeim að vinna annað deildartitil. Eina markið hans kom gegn Real Madrid í "El Clásico" á Santiago Bernabéu þann 2. maí 2009 sem lauk með miklum 6 × 2 sigri, og hann fagnaði marki sínu með því að kyssa katalónska fánann hans fyrir framan reiða stuðningsmenn Madrid. Hann var nauðsynlegur fyrir liðið sem vann einnig 2009 Copa del Rey, 2009 Meistaradeild,
2009 UEFA Super Cup og 2009 FIFA Club World Cup til að ljúka fordæmalausu sexfaldri, sem birtist í næstum 100 opinberum leikjum.