Í 2011 hjálpađi Flournoy, sem var varnarađili forsætisráðherra, ađ fá Obama forseta til ađ grípa inn í Líbíu.
, þrátt fyrir andstöðu þingmanna og helstu ráðgjafa Hvíta hússins, eins og Joe Biden, varaforseti; Tom Donilon, þjóðaröryggisráðgjafi; og Robert Gates, varnarmálaráðherra. Flournoy studdi NATO-leiðtogaða innleiðingu flugbanasvæðis yfir Líbíu til að reka andstæðingastjóra Muammar Gaddafi, sem var sakaður um að hafa gefið fyrirmæli um að drepa mótmælendur og lofað að "sækja uppreisnarmenn niður og sýna engin miskunn". Flournoy sagði að innleiðing flugvarnasvæðis þyrfti fyrst að eyðileggja loftvarnir Líbíu með bandarískum og breskum flugskeytum sem miða á líbíska eldflaugakerfið og bandarískar B-2 sprengjuflugvélar sem ráðast á líbíska flugvelli.