Í tímabilinu 2016-17 tókst Frankfurt að ljúka miðju töflunni í 11. sæti, auk þess að komast í úrslit DFB-Pokal 2017, fyrsta úrslit félagsins frá árinu 2006, þar sem Frankfurt tapaði 1<unk>2 gegn Borussia Dortmund. Á tímabilinu 2017/18 keppti Frankfurt um sæti í Evrópukeppni fyrir næsta tímabil. Kovač hefur venjulega notað 3<unk>4<unk>2<unk>1 skipulag með áherslu á varnarstöðugleika og vængleik. Hann tók Frankfurt í úrslit DFB-Pokal 2018
Hann vann í fyrsta leik sínum í Bayern München, og var annar í röð fyrir félagið. Með þessum sigri leiddi Kovač Frankfurt til síns fyrsta bikar síðan 1988. Hann endaði með 38 sigra, 20 jafntefli og 33 tap í 91 leik. Adi Hütter varð eftirmaður hans.