Skrifaðu framhald fyrir þessa málsgrein - Á meðan Japönar réðu yfir Hollensku Austur-Indíulöndunum var ráðning fyrir embættismenn í keisarlega japanska flotann (IJN) haldin í Medan. Nasution gekk í ráðningaráætlunina og hlaut námskólanám í Bandung og Kyoto. Hann fékk loks stöðu liðsforingja og varð stýrimaður á Haraokamaru skipinum árið 1944. Hann tók þátt í Pacific Theater og barðist gegn bandarískum styrkjum í Sķlómonseyjum herferðinni.
og í herferðinni á Filippseyjum. Í sjóbaráttu á Filippseyjum varð skipið hans fyrir áfalli og kviknaði í því. Nasution meiddist og var næstum dauđur.