Árið 2013 tókst AFP að stöðva árásir Moro National Liberation Front í Zamboanga City-krísunni þegar þeir hófu árás til að lýsa yfir sjálfstæði Bangsamoro Republik. Í febrúar og nóvember 2016 komst AFP í átök við Maute-hópinn í Butig. Árið 2017 sló AFP einnig saman við IS-hermenn í Marawi.
, kalla á Duterte forseta til að lýsa yfir hernaðarástandi samkvæmt yfirlýsingu nr. 216.