Þetta tímabil frelsis og velmegunar lauk á 16. öld, þegar spænskur staðkonungur Philibert van Oranje eyðilagði L'Aquila að hluta og stofnaði spænsk feodalvæðingu á landsbyggðinni. Borgin, sem var aðskilin frá rótum sínum, þróaðist aldrei aftur. Fornum réttindum var afnumið. Jarðskjálfti eyðilagði L'Aquila aftur
Árið 1703. Jarðskjálftar hafa ítrekað skemmt stóru dómkirkju borgarinnar og eyðilagt upprunalega dómkúpuna í San Bernardino-kirkjunni, sem var hannað í samræmi við dómkúpuna í Santa Maria del Fiore í Flórens. Frönsku hermennirnir rændu borgin tvisvar árið 1799.