Í 2011 hjálpađi Flournoy, sem var varnarađili forsvarsráðherra, ađ sannfæra Obama forseta um ađ
að grípa inn í Líbíu þrátt fyrir andstöðu þingmanna og ráðgjafa Hvíta hússins, eins og Joe Biden, varaforseta, Tom Donilon, ráðgjafa þjóðaröryggis og Robert Gates, varnarmálaráðherra. Flournoy studdi NATO-leiðtogaða innleiðingu flugbanasvæðis yfir Líbíu til að reka andstæðingastjóra Muammar Gaddafi, sem var sakaður um að hafa gefið fyrirmæli um að drepa mótmælendur og lofað að "sækja uppreisnarmenn niður og sýna engin miskunn". Flournoy sagði að innleiðing flugvarnasvæðis þyrfti fyrst að eyðileggja loftvarnir Líbíu með bandarískum og breskum flugskeytum sem miða á líbíska eldflaugakerfið og bandarískar B-2 sprengjuflugvélar sem ráðast á líbíska flugvelli.