Jackson hóf feril sinn í bandaríska hernum sem síðari liðsforingi í liðinu K í 1. bandarísku skotherherherherherherherherherherherherherherherherherherherherherherherherherherherliðinu, hélt áfram í gegnum Pennsylvaníu, niður Ohio og Mississippi ánna til New Orleans, og þaðan sigldu hermennirnir til Point Isabel í Texas og voru sendir til að berjast í Mexíkó-Amerískum stríði frá 1846 til 1848. Jackson var skipaður að tilkynna sér til Taylor hershöfðingja og fara strax í gegnum Matamoros og Camargo til Monterey og síðan til Saltillo. Fyrir slag Buena Vista var liðsforingi Jackson skipað að draga sig frá her Taylor her og fara til munns Rio Grande, þar sem þeir yrðu fluttir til Veracruz. Hann var í umfangi Veracruz.
og bardagana við Contreras, Chapultepec og Mexíkóborg, og fékk loks tvær forgangsgreinar og röđ í reglubundnu hernum sem fyrsti leytenantur. Það var í Mexíkó sem Thomas Jackson kynntist Robert E. Lee fyrst.