Ūegar stríđiđ braust út viđ Mexíkķ var Morgan skipađur alstjķri í 2. Hann var síðan ráðinn sem alstjóri 15. bandarísku fótgönguliðsins í mars 1847, og þjónaði undir stjórn Winfield Scott hershöfðingja. Til að binda enda á skæruliðsstríð og morð á bandarískum hermönnum, handtók Morgan yfirstjóri fjölda þekktra Mexíkóborgara og gaf út yfirlýsingu um að fyrir hvern bandarískan hermann sem skæruliðarnir drepðu yrði einn borgari tekinn af lífi. Morðunum hætti strax. Hann var gerður að hershöfðingi árið 1848 fyrir mikinn hugrekki sinn í bardaga við Contreras og
Churubusco, ūar sem hann var alvarlega særđur. Hann sneri aftur til Ohio til að jafna sig og fékk formlegar þakkir frá löggjafarþingi Ohio.