Í 1861 meldist Irwin til starfa um borđ í skrúfufregatinu. Bandaríska borgarastyrjöldin braust út í apríl 1861 og Irwin sá mikla aðgerð gegn bandalagsherjum um borð í "Wabash". Á meðan Irwin var á ferðinni tók Wabash þátt í
Hann tók Hatteras- og Clark-herstöðvarnar í Hatteras Inlet í Norður-Karólínu 29. ágúst 1861, áður en hann varð að flaggskipi Suður-Atlantshafsblokkunarherstöðvarinnar, sem var ein af þeim herstöðvum sem tóku þátt í blokkingu bandalagsins á höfnum bandalagsins. "Wabash" tók síðan þátt í tökum á Fort Walker, Fort Beauregard og Port Royal Sound í Suður-Karólínu í Slaginu við Port Royal 7. nóvember 1861. Irwin var síðar í stjórn báta haubitsar "Wabash" sett á land í Baráttu Port Royal Ferry, Suður-Karólínu, 1. janúar 1862, og var um borð í "Wabash" fyrir Baráttu Fort Pulaski á Cockspur Island, Georgíu, 10-11 apríl 1862. Hann var færður í stöðu liðsforingja 16. júlí 1862.