Þann 29. september 1938 var Thomas kallaður aftur til starfa og gekk í áhöfn herskipsins. Þann 13. ágúst 1939 gekk hann til liðs við krossinn, þar sem hann þjónaði þegar seinni heimsstyrjöldin braust út. Hann var færður í foringja þann 27. júní 1940. Eftir ađ Ítalir sökktu hana í
Í árás á Souda Bay var hann settur á HMS "Nile", strandstöð Royal Navy í Egyptalandi, og starfaði á starfsfólki yfirmanns, Miðjarðarhafsflotans. Hann giftist í annað sinn 10. september 1941 Mary Fedora Douglas-Watson, píanóleikara og tónskáld. Hún var ekkja námsmanna, yfirmanns Francis Douglas-Watson, og dóttir fyrrverandi ástralska þingmannsins Anthony St Ledger.