Júnior var með landsliðinu í Brasilíu á níutján leikjum á milli 1996 og 2004 og skoraði eitt mark gegn Kosta Ríka í heimsmeistaramótinu 2002. Hann var einnig áður meðlimur brasilísku liðsins sem tók þátt í CONCACAF Gold Cup 1998
og Copa América árið 2001.