Sumarið 1981 gekk 28 ára gamli Filipović til liðs við S.L. Benfica, sem var núverandi meistari Portúgals, þar sem hann skoraði 28 mörk í 54 leikjum í deildinni á næstu þremur tímabilum. Zoran Filipović stýrði einnig félaginu Benfica í úrslitaleik UEFA-bikarins árið 1983.
gegn R.S.C. Anderlecht, sem var markahæsti leikmaður keppninnar á tímabilinu og skoraði eftirminnileg mörk fyrir Portúgalar í fjórðungsúrslitum gegn AS Roma og í undanúrslitum gegn Universitatea Craiova.