Í framhaldi af þessari málsgrein - Stríðið braust út í september 1939 og fyrir flesta Parísar voru fáar breytingar strax. Það var hins vegar ekki reynsla nokkurra þúsunda þýskra pólitískra flóttamanna sem höfðu leitað skjóls undan ofsóknum með því að flytja til Parísar. Leo Bauer var međal þeirra sem voru handteknir í París í september 1939. Hann var haldiđ í fjöldamörgum fangabúđum frá ūessum tíma og fram ađ vopnahléi Frakklands og Þũskalands.
í júní 1940. Í júlí 1940 tókst honum ađ flũja til Sviss međ flokksfélaga sínum. Í Sviss bjó hann ólöglega undir nafninu bankafulltrúi í Genf og nafni "Paul-Eric Perret". Hann varð upplýsingagjafi / tengiliður kommúnistaflokksins ("Vertrauensmann") í Vestur-Sveitslandi og tók þátt í "landamærastörfum" sem tengdust landamærum Frakklands og Sviss.