Halsey var gerður yfirmaður Suður-Kyrrahafssvæðisins og leiddi bandamannaher á Guadalcanal (1942-1943) og
sem berst upp í Sķlómons keðju (1942-1945) Árið 1943 var hann gerður að yfirmanni þriðja flotans, stöðu sem hann hélt í gegnum restina af stríðinu. Hann tók þátt í slaginu við Leyte-flóa, stærsta sjóbaráttu síðari heimsstyrjaldarinnar og, eftir sumum viðmiðum, stærsta sjóbaráttu sögunnar. Hann var kynntur í flotadmiral í desember 1945 og hætti í mars 1947.