Júnior Baiano vann 25 landsleiki með landsliðinu árið 1997 og 1998 og var meðlimur í landsliðinu sem tók þátt í HM 1998, CONCACAF Gold Cup 1998
, og sem vann 1997 FIFA Confederations Cup. Á HM 1998 lék Baiano lykilhlutverk í landsliðinu sem komst í úrslit HM 1998 í París, þó að í leiknum gegn Noregi sem Brasilía tapaði 2<unk>1, missti hann "próf af styrk" með Tore André Flo strax áður en sóknarmaðurinn sló boltann fyrir utan Claudio Taffarel til að jafna, og gerði einnig brot á sama leikmann nokkrum mínútum síðar, sem leiddi til að veita víti, þar sem Norðmenn skoruðu afgerandi mark.