Frá júlí 1863 til janúar 1864, á meðan hann var að jafna sig eftir sár, starfaði hann í starfsliði David Tod, ríkisstjóra Ohio og leiddi Ohio-hermenn í viðbrögð við árás Morgan. Hann skipaði síðar 3. breskju 4. deildar XXIII liðsins í Kentucky og Tennessee og tók þátt í Atlanta herferð Shermans í Rocky Face Ridge og Resaca.
Ég veit ūađ ekki. Runkle var heiðurslega tekinn út 21. júlí 1864 og 29. ágúst 1864 var hann skipaður liðsforingi í Veteran Reserve Corps þar sem hann skipaði 21. herflokknum þar til stríðið lauk.