Skrifaðu framhald fyrir þessa málsgrein - 17. september 2006 var Sgorbati skotinn niður fyrir utan barnasjúkrahúsið sitt rétt eftir kl. 12:30 þegar hún lauk kennslu og var að fara yfir veginn til að fara í gistingu systranna, þar sem þrjár aðrar nunnur biðu eftir að borða hádegismat með henni. Vörður hennar og ökumaður, Mohamed Osman Mahamud (faðir fjögurra barna) var einnig drepinn. Árásin var talið vera svar við umdeildum ummælum sem Benedikt XVI páfi hafði gert í Regensburg fyrirlestri sínu
, þótt þetta hafi aldrei verið staðfest né rökstutt. Dauði hennar átti sér stað rétt eftir ummæli harðlínukennarans Sheikh Abubakar Hassan Malin þann 15. september þar sem hann sagði trúmönnum í moskunni sinni að veiða og drepa alla þá sem móðguðu spámanninn Múhameð. Nokkrir hjálparstarfsmenn og kristnir sjálfboðaliðar voru drepnir á þessum tíma. Tveir byssumenn komu út úr leigubíl og skutu hana í bakið þrisvar eða fjórum sinnum eftir að fyrsta kúlan lenti í ljá hennar. Vörðurinn hennar verndaði hana og var drepinn eftir að hafa opnað skot með árásarmönnum. Einn kúlinn var kominn í bakiđ á henni og skar í æð sem olli alvarlegri og skyndilegri blķđrun. Sgorbati var fluttur á SOS sjúkrahús en lést síðar á skurðaðgerðarborðinu. Síðustu orð hennar voru "Ég fyrirgef, ég fyrirgef, ég fyrirgef" sem hún hvíslaði til systur Marzia Feurra. Það var klukkan þrjú að flugvél kom til að taka lík hennar til Nairobi þar sem það kom klukkan níu; lík hennar voru flutt til Lee Funeral Home.