Hann þurfti að fara aftur til Norfolk í Virginíu til að gera viðgerðir og var enn þar þegar landgangarnir í Veracruz
átti sér stað. Endurkoma hans til Bandaríkjanna gaf yfirmönnum hans tækifæri til að gefa honum skipun um að taka við skipun Commodore Conner í stjórn heimilisflotans. Perry sneri aftur í flotann og skip hans styrkti umburðarásina á Veracruz frá sjó. Eftir fall Veracruz flutti Winfield Scott inn í landið og Perry flutti gegn hinum mexíkósku hafnarborgunum. Perry safnaði Moskítóflotanum og náði Tuxpan í apríl 1847. Í júlí 1847 réðst hann persónulega á Tabasco, leiddi 1.173 manna landnámsliði í land og réðst á borgina San Juan Bautista frá landi, sigraði mexíkósku hermennina og tók borgina.