Frá apríl til maí 1862 hélt Greene áfram að starfa sem framkvæmdastjóri á "Monitor" í bardaga við Drewry's Bluff
á James River, Virginia, og veitti seinna sjóstyrkjum McClellan hershöfđings á landi við James River. Greene var um borð í skipinu þegar það sökk í stormi 20 mílur frá Cape Hatteras 31. desember - 1. janúar 1863, sem Greene lifði eftir að hafa verið dreginn í björgunarbát af skurðlækni skipsins, Dr. Grenville M. Weeks.