Í lok júní 1861, skrifađi Hotchkiss undir sem bílaferđamađur Bandalagsins til ađ flytja vörur til Churchville-hestamanna í Rich Mountain í Vestur-Virginíu. Hotchkiss bauð upp á þjónustu sína sem kortagerðarmaður til Richard B. Garnett hershöfðingi, sem var með sveitarstjórnarliði í Vestur-Virginíu. Hotchkiss þjónaði á Rich Mountain og bjó til kort fyrir herferð Robert E. Lee í fjöllunum. Hann fór í stutta sjúkraleyfi eftir að hafa fengið týfús, en sneri aftur til starfa í mars 1862 sem yfirfræðingur í Valley District, og tilkynnti Stonewall Jackson hershöfðingja. Eftir upphaflega ósigur í Slaginu við Kernstown á vallarherferðinni árið 1862
, þann 26. mars 1862, kallaði Jackson Hotchkiss til höfuðstöðva síns í Narrow Passage nálægt Woodstock og beindi honum að "gera mér kort af dalnum, frá Harper's Ferry til Lexington, þar sem allir punktar sóknar og varnar [sic] á þessum stöðum". Hotchkiss mælti strax með því að lína Jackson á Stony Creek í Woodstock væri óverjanleg og að Jackson ætti að draga sig til Rude's Hill, varnaraðstöðu sem var lítið fjall suður af Mt. Ég er í Jackson. Það var á Rude's Hill sem Jackson endurskipulagði stjórn sína fyrir restina af vel heppnuðu herferð sinni árið 1862 á Shenandoah Valley.