Frá október 1863 til júní 1865, var Brannan yfirmaður skotvarnar í deild Cumberland, þar sem hann sá um varnirnar í Chattanooga. Hann var í orrustunni við Missionary Ridge og í Atlanta herferðinni þar sem hann tók þátt í orrustunni við Resaca, orrustunni við Dallas og orrustunni við Kennesaw Mountain. Hann var líka í umfangi og uppgjöri Atlanta.
Ég veit ūađ ekki. Hann var skipaður brevet major general í bæði reglulegum hernum og í sjálfboðaliða styrkjum fyrir Gallant og Meritorious Services í Atlanta herferðinni og á vettvangi meðan á uppreisn stóð.