Ljúktu eftirfarandi setningu: Massa byrjaði vel hjá Ferrari og varð í öðru sæti á fyrsta hlaupinu í
Bahrein, og kom úr 21. sæti í 5. sæti í Malasíu, og sigraði liðsfélaga sinn Michael Schumacher, sem byrjaði í 14. sæti. En í Bahrain, bæði í æfingum á laugardaginn og í keppninni, hélt Massa áfram að snúast og missti Fernando Alonso, sem varð sigurvegari keppninnar. Á Ástralska GP-keppninni hrundi hann Ferrari sínum í undankeppni, og lenti síðan í árekstri við Christian Klien og Nico Rosberg í fyrsta beygjunni í keppninni. Samt skoraði Massa sitt fyrsta stig á Nürburgring, endaði í þriðja sæti á eftir Michael Schumacher og Fernando Alonso. Hann setti einnig fljótasta hringinn í Barcelona árið 2006. Massa kom fjórum sinnum á pall árið 2006 og vann sína fyrstu F1-pólstöðu og sinn fyrsta F1-sigur á keppninni í Istanbul Park. Framtíðarstaða hans hjá Ferrari var tryggð þegar Michael Schumacher tilkynnti 10. september 2006 að hann myndi hætta í F1 í lok tímabilsins 2006. Þann 22. október vann Massa heimahlaup sitt á Interlagos, og var það í fyrsta sinn sem brasilískur ökumaður vann á Interlagos síðan Ayrton Senna árið 1993. Massa endaði tímabilið í þriðja sæti með 80 stig, á eftir heimsmeistaranum Fernando Alonso og liðsfélaga Ferrari Michael Schumacher.