Ljúktu eftirfarandi setningu:
gefst upp fyrir bandamönnum. Tveimur dögum síðar var lýst yfir sjálfstæði Indónesíu. Maluku var lýst sem einn af héraðum Indónesíu. Hins vegar var myndun og staða Maluku á þeim tíma neydd til að eiga sér stað í Jakarta, því um leið og Japanir gáfu sig, gekk hollenska Indlands ríkisstjórn (NICA) strax inn í Maluku til að taka stjórn. Hollendingar réðu Maluku til ársins 1949, þegar í samningum Hollensku-Indónesíska hringborðsráðstefnunnar viðurkenndu Hollendingar fullveldi Indónesíu. Hollendingar fóru fljótlega frá Maluku. Vegna mikils vantrausts við indónesíska forystuna, sem var að mestu Javanesiskur múslimi, var árið 1951 lýst yfir sjálfstæðri lýðveldi Suður-Molukkaeyja (Indónesískt: RMS, Republik Maluku Selatan) í Ambon, ásamt stuðningi Hollendinga. RMS hafði sterkan stuðning meðal fyrrum Molukans nýlendu hermaður. Í kjölfarið réðust indónesísk hermenn inn á Maluku til að berja niður aðskilnaðarsinnar. Helstu vígstöð uppreisnarhópsins RMS á Ambon var sigrað af indónesískum styrkjum í nóvember 1950, en smærri gerillustríði hélt áfram á Seram-eyjunni til 1962. Þrotin á Ambon leiddi hins vegar til flótta sjálfskipaðrar ríkisstjórnar RMS frá eyjunum og stofnun ríkisstjórnar í útlegð í Hollandi. Árið eftir fóru um 12.000 hermenn frá Mólúkkum ásamt fjölskyldum sínum til Hollands þar sem þeir stofnuðu "Lýðveldi Suður-Mólúkkalands" í útlegð.