Í ágúst 1940 var "York" send til Miðjarðarhafsflotans og gekk í hópinn 3. í Alexandríu í lok september eftir að hafa fylgst með fylgi um Góðrar vonarhöfn. Tveimur dögum síðar tók hún þátt í aðgerð MB.5, þar sem Miðjarðarhafsflotinn fylgdi léttum krossfaraskipum og þegar þeir fluttu hermenn til Möltu. Í orrustunni við Passero-höfði sökkti York skipið þann 13. október eftir að skipið hafði lent í átökum við léttan krossinn kvöldið áður. Mánuði seinna framkvæmdu York og Miðjarðarhafsflotinn MB8 aðgerðina, flókna röð aðgerða, þar á meðal Operation Judgment
, þar sem skipið fylgdi flugskipinu þegar flugvélin hennar réðst á ítalska flotann í Taranto að kvöldi 11.-12. nóvember. Nokkrum dögum síðar flutti York breska hermenn frá Alexandríu í Egyptalandi til Píreusar í Grikklandi. Þann 26. nóvember var York og restin af 3. skátrónunni farin til Möltu.