Í næstu sex árum var Bogdanov helsta persónan meðal fyrstu bolsjevíkanna, næst aðeins eftir Vladimir Lenin í áhrifum. Árið 1904-1906 gaf hann út þriggja bindi heimspekilegu ritgerðarinnar "Empiriomonizm" ("Empiriomonism"), þar sem hann reyndi að sameina marxisma með heimspeki Ernst Mach, Wilhelm Ostwald og Richard Avenarius. Verk hans höfðu síðar áhrif á fjölda rússneskra marksískra fræðimanna, þar á meðal Nikolai Bukharin. Árið 1907 hjálpaði hann til við að skipuleggja bankabrot í Tiflis árið 1907.
Bæði með Lenin og Leonid Krasin.