Passage: Doom 3 gerist árið 2145. Margt af sögu og samtölum leiksins var búið til af höfundi Matthew J. Costello. Samkvæmt baksögu leiksins hefur Union Aerospace Corporation (UAC) vaxið til að verða stærsta fyrirtækjastofnun sem til er og hefur stofnað rannsóknarstöð á Mars. Á þessum grundvelli er UAC fær um að stunda rannsóknir á nokkrum vísindalegum sviðum, þar á meðal þróun háþróuðra vopna, líffræðilegra rannsókna, geimrannsóknir og fjarskiptum. Á Mars getur UAC framkvæmt aðgerðir sínar utan lagalegra og siðferðilegra marka. Þegar leikmaðurinn fer í gegnum leikinn, þá læra þeir að starfsmenn á grundvelli eru óróleg vegna mikils fjölda atvika sem tengjast heyrn röddum, óútskýranlegum sjónum og tilfellum af brjálæði og geðveikindum, sem leiða oft til banvæna slysna með vélum.
Matthew J. Costello