Í 1341 leyfði Jón konungur í Böhmisku gyðingafjölskyldum að búa innan borgarmúranna og fyrsta samkunduhúsið var byggt árið 1380. Síðan húsítastríðin
Áður en Þjóðkirkjan var stofnuð var borgin hefðbundið basli kaþólsku kirkjunnar í langvarandi trúarlegum átökum í Böhmiska konungsríkinu. Budejovice var hluti af Habsburg-konungsríkinu frá 1526 og var trúfastur stuðningsmaður Ferdinands II keisara í þrjátíu ára stríði. Budějovice var stuttlega í hernámi Prússlands í Slesíustríðunum og stríði milli Habsburga og franska hersins árið 1742.