4. mars 2017 var Aubameyang búinn að skora 20 mörk í Bundesliga í annað sinn í röð með tveimur mörkum í 6<unk>2 sigri gegn Bayer Leverkusen. Fjórum dögum síðar skoraði hann hat-trick í 4-0 sigri á Benfica og kom Dortmund í undanúrslit Meistaradeildarinnar. Þann 20. maí skoraði Aubameyang tvisvar í úrslitaleik Borussia gegn Werder Bremen og endaði tímabilið sem markahæsti leikmaður Bundesligans með 31 mark. Í úrslitum
Í DFB-pokal 2016/17 skoraði hann sigurmark á vítaspyrnu 27. maí 2017 þegar Dortmund vann Eintracht Frankfurt 2-1.