Pinckney hjálpađi til viđ ađ mynda og leiđa St. James Mounted Riflemen sem átti ađ verja plöntanirnar á Santee-áfljótinu gegn árásum frá norđri. Hann notaði jörðin sína á Echaw plantaðnum til að byggja Battery Warren til að vernda járnbrautarbrú Samfylkingarinnar yfir Santee. Með tímanum voru hann og menn hans endurskipulagðir undir stjórn þáverandi Arthur Middleton Manigualt í McClellanville og síðar undir stjórn M. C. Butler hershöfðingja voru þeir sendir til Virginíu. Á
Baráttan um Haw's Shop Pinckney var tekin. Sem stríðsfangur var hann næstum látinn deyja úr hungri og haldið í eldlínunni á Morris-eyju af hermönnum sambandsins í hefnd fyrir meðferð hermanna sambandsins sem voru í haldi Confederacy. Hann og hinir sem voru meðhöndlaðir þannig urðu þekktir í Samfylkingunni sem hinir ódauðlegu sex hundruð vegna þess að þeir neituðu að sverja hollustu eið við Bandaríkin. Á endanum var Pinckney skipt út fyrir hermenn Bandalagsins og látinn fara.