Ljúktu eftirfarandi setningu: Bourdais prófaði verulega fyrir Toro Rosso liðið í vetur, þó að hann væri óviss um akstur á leið inn í nýja árið. Hinn 6. febrúar 2009 var hann staðfestur sem bílstjóri Toro Rosso í annað árið, með sveissneska nýliða Sébastien Buemi. Þrátt fyrir að hafa náð tveimur stigum á árinu á Austurríkisverðlauninu og í Monaco, átti Bourdais erfitt með að jafna sig við sinn óreynda liðsfélaga. Í
Spain Bourdais sló bíl Buemi þegar sviðið reyndi að forðast Jarno Trulli á fyrsta hringnum og endaði keppnina fyrir báða ökumennina. Á breska Grand Prix sló Bourdais saman við McLaren ökumanninn Heikki Kovalainen og endaði keppnin fyrir báða. Í þýska Grand Prix fékk hann vélrænni bilun eftir að hafa verið síðastur í keppninni um rúma sekúndu.