Fyrsta skriflega minning um Pomuk er frá árinu 1144 þegar nýtt cistercian klaustur var byggt í nágrenninu. Klossið var eyðilagt af
Húsítarher árið 1420 og nú er þar þorpið Klášter. Árið 1384 var Pomuk sameinað við nágrannannann Přesanice og nafnið Nepomuk sem fékk bæjarstöðu árið 1413.