Nakajima tók þátt í 80 Formula One Grand Prix, sem var fyrsta keppni hans í Brasilíu
12. apríl 1987 og færði Honda vélar til Lotus liðsins. Hann var 34 ára gamall í fyrsta keppni sinni, sem gerir hann að einum elsta frumkvöðla Formúlu 1 í nútímanum. Hann endaði í sjötta sæti og skoraði þannig stig í aðeins öðru keppni sinni, Grand Prix San Marino 1987. Á fyrsta tímabili sínu var Nakajima yfirburðaður af liðsfélaga sínum, Ayrton Senna, og margir efast um stað Nakajima í F1, þar sem hann segir að ef ekki væri fyrir Honda hefði hann ekki verið þar á verðleikum.