Eftir þjálfun og æfingar fyrir framan strönd Kaliforníu, "Muskogee", mannaður af áhöfn Landhelgisgæslu Bandaríkjanna, fór frá San Pedro, Kaliforníu, þann 18. júní 1944, til Nouméa, Nýja-Kaledóníu, þar sem hún kom 18. júlí 1944, til að vakta og fylgja eftir Nouméa og, eftir að hún var tekin, Humboldt Bay, Nýja-Gíneu. Skipið var fyrst og fremst í undirsjóvarvarferð og var að leita að skipum sem voru að sigla um Nýja-Gíneu í október 1944. Hinn 18. október 1944 var hún farin að fylgjast með annarri styrktarhóp sem var á leið til nýlega innrásarlands.
Leyte á Filippseyjum, kom í San Pedro Bay þann 24. október til að skima flutninga- og birgðarskip undir fjölmörgum japönskum loftárásum á meðan bíður eftir hópi af tómum tanka landskipum til að mynda upp fyrir afturgöngu. Þegar fylgi hennar hætti siglingu 26. október 1944 réðust japönsk flugvélar aftur á hana og Muskogee tók þátt í að skjóta nokkur flugvélar óvina. Önnur fylgdarferð til Leyte í byrjun nóvember 1944 var ekki eins viðburðarrík.