Ljúktu eftirfarandi setningu: Þegar borgarastyrjöldin hófst árið 1861 yfirgaf Magruder Bandalagsherinn til að taka við verkefni í Bandalaginu. Sem herforingi í hálendinu styrkti hann hálendinu í Virginíu og sigraði í bardaga við Big Bethel. Í hálendisherherferðinni stöðvaði hann Potomac-her McClellans fyrir utan Yorktown og leyfði hershöfðingi Joseph E. Johnston að koma með styrktarliði, skipuleggja afturhaldið og verja höfuðborg bandalagsins, Richmond. Magruder var gagnrýndur fyrir forystu sína í bardaga á
Savage's Station og Malvern Hill á sjö daga bardaga. Hann eyddi restinni af stríðinu við að stjórna héraði Texas, New Mexico og Arizona og deild Arkansas; í embætti hans lyfti Magruder sjóvarnarblokkuninni yfir Galveston og náði borginni aftur árið 1863.