Ljúka eftirfarandi setningu: 4. mars 2017, Aubameyang komst yfir 20 mörk í Bundesliga í annað sinn í röð með tveimur mörkum í 6 til 2 tap Bayer Leverkusen. Fjórum dögum síðar skoraði hann hat-trick í 4-0 sigri á Benfica og kom Dortmund í undanúrslit Meistaradeildarinnar. Þann 20. maí skoraði Aubameyang tvisvar í úrslitaleik Borussia gegn Werder Bremen og endaði tímabilið sem markahæsti leikmaður Bundesligans með 31 mark. Í
Í úrslitum DFB-pokalsins 2016-17 þann 27. maí 2017 skoraði hann sigurmark, vítaspyrnu, þegar Dortmund vann Eintracht Frankfurt 2-1.