Í ágúst 1945 var Brown ráðinn aðstoðarforingi í sjötta hernum undir stjórn Walter Krueger hershöfðingja. Sem reynslumikill starfsmaður tók hann þátt í skipulagningu á Operation Downfall, áætlaðri innrás í Japan. Hins vegar ríkið Japan
Hann gafst upp 2. september 1945 og ađgerđinni var aflýst. Brown hlaut bronsstjörnuverðlaun fyrir þátttöku sína í skipulaginu. Á meðan hann þjónaði í þessu hlutverki tók hann einnig þátt í landnáminu í Japan.