- Í september 1939 braust út stríð og Möller gekk í herinn. Hann tók aftur við störfum sínum hjá Alþýðusambandinu, en samtökin virðast hafa verið nokkuð óvirk til ársins 1945.
Ég veit ūađ ekki. Það ár dó Nirrnheim nokkrum dögum eftir áttatíu ára afmæli sitt og Möller sneri aftur frá stríði til Hamborgs og tók aftur við störfum sínum bæði hjá Hamborgs sögufélagi og sem æðsti meðlimur stjórnarliðsins í borgarskjalasafninu. Árið 1948 var hann ráðinn sem framkvæmdastjóri (höfðingja) í eftirfylgni við. Hann tók við embætti 1. janúar 1948, en var síðan sendur í leyfi snemma í febrúar 1948, þar sem hann stóð frammi fyrir möguleika á uppsögn.