Ljúka eftirfarandi setningu: Hann lauk leikferli sínu hjá austurrísku félaginu Red Bull Salzburg, þar sem hann tók síðan hlutverk varaliðsþjálfarans sem ekki var leikmaður og varð á endanum aðstoðarmaður stjóra undir stjórn Ricardo Moniz. Í janúar 2013 tók Kovač við landsliðinu undir 21 ára og í október 2013 tók hann við landsliðinu eftir að Igor Štimac var rekinn. Kovač stýrði Króatíu á HM 2014 og varð síðan aðalþjálfari Eintracht Frankfurt árið 2016 og vann
2018 DFB-Pokal úrslit með félaginu. Í Bayern vann Kovač heimamót árið 2019 eftir sterka lokun á tímabilinu, en missti vinnuna síðar sama haust. Sumarið 2020 var Kovač ráðinn sem þjálfari Monaco.