Pantanó var tilbúinn til að gera frumraun sinn í Formúlu 1 fyrir Jaguar en tveimur dögum áður en hann átti að skrifa undir samning við liðið gerðu þeir samning við Christian Klien sem fékk 10 milljónir dala í fjármagn frá Red Bull. Ítalinn skrifaði í staðinn fyrir Jordan Formula One liðið snemma árið 2004 og eftir lágmarks prófun reyndi tímabilið vandræðalegt. Hann endaði síðastur í fyrsta keppni sinni í Melbourne, en reynslumeiri liðsfélagi hans, Nick Heidfeld, hætti með flutningsvandamál. Hann hélt áfram að keppa, náði aldrei að komast í undankeppni eða klára hærra en í bakhlið vallarins og dró sig í burtu í nokkrum tilvikum og náði ekki að grípa mikla athygli. Hann var skipt út fyrir eina ferð af þýska frumsóknarmanninum Timo Glock (af fjárhagslegum ástæðum) á kanadíska Grand Prix.
, sem skoraði tvö stig og endaði í sjöunda sæti, fyrir framan liðsfélaga sinn Nick Heidfeld sem var í áttunda. Pantano kom aftur í sæti sitt í liðinu fyrir næsta keppni í Indianapolis, en fór út í fyrsta beygju eftir að hafa lent í árekstri við aðra ökumenn. Hann hélt áfram með meira vonbrigðum árangri þar til Ítalska Grand Prix á Monza, eftir sem hann var skipt út fyrir Timo Glock fyrir þrjú keppnir sem eftir voru á tímabilinu. Pantano upplýsti síðar að það hefði verið eigin val hans að hætta að keppa með Jordan vegna fjárhagslegrar byrði sem var lögð á fjölskyldu hans og eigin tilfinningar hans að liðið væri að greiða félaga sinn Heidfeld yfir hann. Pantano var tengdur við að snúa aftur til Formúlu 1 með Campos Meta en liðið staðfesti að Bruno Senna og Karun Chandhok myndu ganga í hópinn.