Neagle átti sitt besta tímabil hjá Braves, hann var 20 á móti 5 með 2,97 ERA. Neagle byrjaði fyrir Braves í fyrsta venjulega leiknum á Turner Field, sem fór fram 4. apríl 1997. Hann hlaut annað All-Star valið og endaði þriðji í Cy Young verðlauna kosningu. Í leiknum 4 í
1997 National League Championship Series, Neagle kastaði full-leikur shutout.