McKay samþykkti ráðningu undir Dorothea Dix sem sjúkrahúsþjálfari og hóf sjúkrahúslíf sitt í Frederick, Maryland, í mars 1862, þar sem henni var treyst á umönnun fjölda slasaðra frá fyrsta bardaga Winchester
Ég veit ūađ ekki. Í september 1862 var borgin fyllt í tvo til ūrjá daga af liđ Stonewall Jackson á leiđ til South Mountain og Antietam. Uppreisnarmenn náđu yfir spítalanum og fylltu hann um tíma međ sjúkum og særđum mönnum sínum. Andstaða var gagnslaus, og McKay meðhöndlaði uppreisnarmennina og mennina kurteislega, og gerði það sem hún gat fyrir sjúka; höfðingsemi hennar og góðvild voru viðurkennd og hún var meðhöndluð af virðingu. Eftir bardaga við Antietam voru Frederick City og sjúkrahús þess full af særðum, en um leið og særðunum var farið að jafna sig fór hún til Washington, D.C. og var sett til starfa í sjúkrahúsum höfuðborgarinnar. Í janúar fór hún til Falmouth í Virginíu og fékk vinnu sem hjúkrunarfræðingur á sjúkrahúsi þriðja liðsins. Hún breytti fljótlega spítalanum úr því að vera hið versta til þess að verða það besta sjúkrahúsið á framlínunni. David B. Birney hershöfðingi og eiginkona hans styrktu og hvetjuðu hana til að bæta það.