Skrifaðu framhald fyrir þessa málsgrein - Tilhneigðin til að leyna og falsa dagsetningar vekur efasemdir um réttmæti margra frumheimilda. Nokkrir sagnfræðingar hafa gert þá tilgátu að Jón II gæti hafa vitað um tilvist Brasilíu og Norður-Ameríku strax árið 1480, og skýrt þannig vilja hans árið 1494 við undirritun Tordesillas-samningsins, til að ýta áhrifalínunni lengra vestur. Margir sagnfræðingar gruna að hinir raunverulegu skjöl hafi verið sett á bókasafnið í Lissabon. Því miður, eldur í kjölfar jarðskjálftans í Lissabon 1755
eytt næstum öllum skrám bókasafnsins, en auka eintak sem var í boði í Goa var flutt til Tombó-turnsins í Lissabon, í næstu 100 árum. Corpo Cronológico (Chronological Corpus), safn handrita um rannsóknir og uppgötvanir Portúgalar í Afríku, Asíu og Latínu-Ameríku, var skráð á minningarskrá heimsins hjá UNESCO árið 2007 til viðurkenningar á sögulegu gildi þess "fyrir að öðlast þekkingu á pólitískri, diplómatískri, hernaðarlegri, efnahagslegri og trúarlegri sögu margra landa á þeim tíma sem Portúgalar uppgötvuðu".