Áhrif Malagrida á höllinni í Lissbónu mættu mikilli andstöðu forsætisráðherra Carvalho, framtíđarkís Pombal. Carvalho var að reyna að endurbyggja Lissabon eftir jarðskjálftann árið 1755
, sem Malagrida boðađi var refsing réttláts Guðs á syndugum mönnum. Carvalho var ósáttur við óbeina gagnrýni á ríkisstjórnina og sannfærði José konung um að vísa Malagrida til Setúbal í nóvember 1756 og lét fjarlægja alla jesúíta frá höllinni.