Í 1860 kom Parnell til Bandaríkjanna og gekk í bandaríska herinn í Brooklyn, New York þegar bandaríska borgarastyrjöldin hófst árið eftir. Hann varð meðlimur 4. regiments New York sjálfboðaliða kavallerí, vinsælast þekktur sem "Dickel's Mounted Rifles", sem þjónaði fyrst og fremst með her Potomac. Á fyrstu tveimur árum stríðsins tók hann þátt í herferðum Louis Blenker alstjóra í Shenandoah-dalnum og Vestur-Virginíu. Hann lék einnig í átökunum við Cross Keys, Port Republic, Cedar Mountain og seinni slaginu við Bull Run. Með riddaraflokknum barðist hann einnig í bardaga við Fredericksburg, Beverly Ford, Brandy Station, Stoneman's Raid, Aldie og Middleburg. Þann 21. júní 1863 var hann tekinn eftir að hafa leitt misheppnaða riddaraárás í Baráttu Upperville og var geymdur sem stríðsfangur í stuttan tíma. Hann flúði tveimur mánuðum síðar og fór til Petersburg í Vestur-Virginíu þar sem hann var endurfundinn með herflokki sínum. Hann lék síðar í orrustunum í Wilderness, Spotsylvania, Trevilian Station, Petersburg, Lee's Mills, Winchester
og Cedar Creek meðal annarra verkefna.