Í lok síðari heimsstyrjaldar flúđi Chen til Japans og strax eftir formlega uppgjöf Japans
Hinn 9. september 1945 bað fulltrúi Kína, He Yingqin hershöfđingi, fulltrúa Japans, Okamura Yasuji hershöfđingi, um ađ framselja Chen Gongbo til Kína til réttar fyrir svik. Beiðnin var samþykkt af bandarískum hersveitum og Chen var fluttur aftur til Kína 3. október. Við réttarhöldin var hann að verja sig af krafti og fullyrti að sem forseti hefði hann hafnað samstarfi við Japanana í nokkrum mikilvægum málum og hefði aðeins starfað vegna hollustu sinnar við vin sinn, Wang Jingwei. Hann var samt sakfelldur fyrir landráðsglæp og dæmdur til dauða. Hann tók örlög sín rólega og sagði: "Strax mun ég sameinast Wang Jingwei í hinum heimi". Chen var tekinn af lífi í Suzhou, Jiangsu, þann 3. júní 1946.