Í 1991 var Batistuta valinn til að spila fyrir Argentínu í Copa América sem var haldin í Chile, þar sem hann lauk mótinu sem markahæsti leikmaður með sex mörkum þar sem Argentína skoraði til sigurs. Árið eftir vann hann FIFA-deildarbikarinn með Argentínu og endaði sem markahæsti leikmaður mótsins. Árið 1993 lék Batistuta í sínu öðru Copa América
, í þetta sinn haldið í Ekvador, sem Argentína vann með Batistuta skora báða mörkin í 2 til 1 sigri á Mexíkó í úrslitaleiknum.