Jordan var ráðinn á vesturlandamæri allt til 1846, þegar hann var færður í stöðu yfirlögreglustjóra. Í Mexíkósku-Amerískum stríđinu vann hann í orrustunum í
Palo Alto og Resaca de la Palma. Árið 1847 var hann kynntur í skipstjóra og starfaði sem hússtjóri. Hann var í Vera Cruz í eitt ár eftir stríðið í stjórnsýsluhlutverki. Hann var næst sendur til ýmissa herstöðva í Suðurríkjunum og á Kyrrahafsströndinni.