Eftir þriðja sæti í Austurríkisverðlauninu 2016 tók Vettel þátt í Bahrain.
endaði án þess að byrja þegar bíllinn hans bilaði á skipulagshring. Á, Vettel lenti í árekstri við liðsfélaga sinn Räikkönen á fyrsta hringnum, en báðir gátu haldið áfram. Hann gaf Daniil Kvyat, bílstjóra Red Bull, sökina á árekstrinum og kallaði hann "geðveikann" og lýsti yfirfararherferði hans sem "sjálfsvígslu". Á, Vettel hættir í fyrsta hring eftir tvær samfelldar árekstrar við Kvyat. Á keppninni reyndi Vettel að ná Max Verstappen, en eftir að Verstappen hljóp af brautinni og komst aftur á undan honum, sótti Vettel hann og keppnisstjóra Charlie Whiting munnlega, sem hann baðst síðar afsökunar á. Vettel blokkeraði Ricciardo með því að flytja í bremsusvæðinu og fékk tíu sekúndna refsingu og tvö stig á leyfi sínu. Þrátt fyrir að hann hafi náð sjö stigamótum á tímabilinu vann Vettel ekki keppni árið 2016.