Í fyrstu árum borgarastyrjaldarinnar voru norðurbarakkarnir notaðir til að halda yfirmönnum bandalagsins sem teknir voru sem stríðsfangar þar til þeir voru fluttir í önnur fangelsi Bandalagsins eins og Camp Johnson í Ohio, Fort Delaware eða Fort Warren í Boston Harbor. Fort Columbus og Castle Williams voru einnig tímabundin fangabúðir og fangelsisspítali fyrir Confederate fanga í stríðinu. William H. C. Whiting hershöfðingi (CSA) dó úr hægðahvötum í febrúar 1865 á sjúkrahúsinu skömmu eftir að hann gaf sig upp í
Barátta við Fort Fisher í Norður-Karólínu. Hann var æđsti herforingi Bandalagsins sem dķ sem herfangur.