Khawaja var nýlega kominn í lögmannslið fimm Bandaríkjamanna sem Pakistan handtók og var sakaður um aðild að Jaish-e-Mohammed. Skýrslur gefa til kynna ađ á líki hans hafi veriđ fest skilabođ sem segist bera ábyrgð á dauđa hans í nafni "Asíaþinglana" sem sumir hafa ítrekađ gert upp hugmyndafræði um ađ gætu veriđ brotnarflokkur stríđsmanna. Í minnisblaðinu var hann einnig sakaður um njósn fyrir Bandaríkin, og að hafa tekið stjórnvalda í 2007
Umrás á Lal Masjid. Í minnisblaðinu var ríkisstjórninni beitt fyrir að neita að semja um óskaða lausn pakistanskra hernaðarmanna.