Marinatos byrjaði feril sinn á Krít sem forstöðumaður Heraklion safnsins ásamt Georgia Andrea árið 1929 þar sem hann hitti Sir Arthur Evans. Hann stundaði nokkrar uppgröft á Krít á Dreros, Arkalochori, Vathypetro og Gazi, sem öll leiddu til stórkostlegra fundra. Árið 1937 varð hann forstjóri fornleifadeildarinnar í Grikklandi í fyrsta sinn. Stuttu síðar varð hann prófessor við Háskólann í Aþenu. Hann beindi athygli sinni síðan til Míkeninga og taldi þá vera fyrstu Grikkja. Hann gróðursetti marga staði Míkeníumanna á Peloponnesos, þar á meðal óplöntuð konungleg gröf í Routsi, nálægt Pylos. Hann gróf einnig í Thermopylae og
Marathon ađ uppgötva stađina ūar sem frægu bardagarnir áttu sér stað.