Í 1580 réðst Filippus II, konungur Spánar, inn í Portúgal eftir að Sebastian, konungur Portúgal, dó í hörmulegri árás Portúgalar á Alcácer Quibir.
í Marokkó árið 1578. Á Cortes of Tomar árið 1581 var Filippus krýndur sem Filippus I af Portúgal og sameinaði krónurnar tvær og erlend ríki undir spænskum Habsburg stjórn í dynastískum Íberíulífi. Í Tomar lofaði Filippus að halda ríkjunum lögbundið aðskildum og láta stjórn Portúgalska keisaradæmisins í höndum portúgalskra ríkisborgara, með staðstjórnanda Portúgals í Lissabon til að sjá um hagsmuni hans. Filippus flutti jafnvel höfuðborgina til Lissabon í tveggja ára tímabil (1581-83) vegna þess að það var mikilvægasta borg Íberíska hálendisins. Öll nýlendur Portúgalar samþykktu nýja stöðu mála nema Asórar, sem héldu áfram fyrir António, portúgalska keppinauta kranskröfu sem hafði fengið stuðning Katrínar Medici Frakklands í skiptum fyrir loforð um að afsala Brasilíu. Spænskir hermenn náðu eyjunum árið 1583.