Í upphafi borgarastyrjaldar gekk Birney í her sambandsins 22. maí 1861 sem skipstjóri í 1. New Jersey-herherherherherherherherherherherherherherherherherherherflugu. Hann lenti fyrst í bardaga í fyrsta slaginu við Bull Run. Hann var kynntur sem major í 4. sjálfboðaliðaherherherflogi New Jersey og tók þátt í slaginu við Second Bull Run, Chantilly.
, Fredericksburg, og, sem fulltrúi, Chancellorsville. Árið 1863-64 var hann ráðinn einn af þremur yfirstjórum sem réðust við að fá litaða hermenn til að starfa í herdeildinni og í því hlutverki skipulagði hann sjö herdeildir. Hann var nefndur alstjóri 22. liðs bandarískra litaðra herliða. Þann 9. júní 1863 var hann skipaður hershöfðingi sjálfboðaliða, og var sendur til Maryland til að ráða fleiri svörtu hermenn. Árið 1864 fór hann með herlið sitt til að berjast í Suður-Karólínu sem hluti af deild Suðurríkjanna. Þeim gekk illa, en unnu mun betur í herferðum í Flórída, þar á meðal í Slaginu við Olustee.