Sylvester Bonnaffon Jr., sem var nítján ára gamall, skráði sig í herþjónustu í Philadelphia í Pennsylvaníu 14. desember 1861 og var innrættur þar sama dag sem hermaður í 1. flokki 99th Pennsylvania Volunteer Infantry. Hann var fluttur til G-flokks í sömu herfylkingunni þann 18. desember og var síðan kynntur í röð liðsforingi þann 1. apríl 1862 og í röð liðsforingi mánuði síðar (1. maí). Hann var ráðinn sem síðari liðsforingi 1. ágúst sama árs og tók síðan þátt með herflokki sínu í nokkrum af öflugustu átökum bandarísku borgarastyrjaldarinnar sem hluti af Potomac-her Bandalagsins, þar á meðal í öðru slaginu við Bull Run (28. ágúst 1862) og bardaga við Chantilly.
(1. september) og Fredericksburg (1. desember) Chancellorsville herferðin 30. apríl til 6. maí, Gettysburg (1. júlí til 3. júlí) og Wapping Heights (23. júlí), Bristoe herferðin og fyrsta Auburn-herferð hennar (13. október) og önnur Rappahannock-herferð (7 nóvember) og Mine Run herferðin (2. nóvember til 27. desember) og herferðir Wilderness (5 maí), Spottsylvania Court House (8 maí), Anna North (23 maí til 26. maí) og Cold Harbor (31. maí til 12. júní). Hann tók þátt með herflokki sínu í umsátri við Pétursborg, þar á meðal í fyrstu og annarri baráttu við Deep Bottom (27.-29. júlí 1864 og 14. ágúst 1820), og var síðan færður í röð aftur og var skipaður yfirlögregluþjónn 27. september.