Ljúka eftirfarandi setningu: 4. nóvember 2012, skrifaði Peralta undir tveggja ára, $ 6 milljón samning, með klúbb valkostum fyrir 2015 og 2016. Andrew Friedman, framkvæmdastjóri Rays, framkvæmdastjóri Baseball Operations sagði um hann á þeim tíma, "Við elskum samkeppnishæfni Joel og áhrif hans á yngri pitchers í bullpen okkar". Hann lék 80 leiki árið 2013 og var þar með í forystu í Major-deildinni og setti félagsmet fyrir hægrihandar pitcher og þriðja tímabilið í röð þar sem hann lék 70 leiki. Hann var 3-8 með 3,41 ERA. Hann kastaði einu markalausu innri í
2013 American League Wild Card leikur gegn Cleveland Indians og gerði tvö markalaust leiki í 2013 American League Division Series gegn Boston Red Sox. Peralta lék í 69 leikjum árið 2014 og var 3-4 með 4,41 ERA.