Ljúka eftirfarandi setningu: Neuer byrjaði tímabilið með því að tapa í DFL-Supercup 2013 gegn Borussia Dortmund. Fyrir
2013 UEFA Super Cup, þann 30. ágúst 2013, bjargaði hann síðustu og afgerandi vítaspyrnu sem sá Bayern München vinna leikinn gegn Chelsea, og hefnaði sig fyrir tapaða úrslitaleik UEFA Champions League 2012. Í FIFA Club World Cup spilaði Neuer gegn Guangzhou Evergrande í undanúrslitum og Raja Casablanca í úrslitum. Neuer var kynntur sem markvörður ársins 2013. Þann 9. febrúar mætti Bayern Arsenal í úrslitakeppni Meistaradeildarinnar og Neuer bjargaði vítaspyrnu frá Mesut Özil í fyrri hálfleik. Bayern vann leikinn 2 - 0 í burtu. Þann 2. maí 2014 framlengdi Neuer núverandi samning sinn til sumars 2019. Neuer kláraði tímabilið með 31 leik í Bundesliga, fimm leikjum í þýska bikarnum, 12 leikjum í Meistaradeild Evrópu, einum leik í þýska Superbikarnum, einum leik í UEFA Superbikarnum, tveimur leikjum í FIFA klúbbheimsmeistaramótaröðinni í samtals 52 leikjum.