Ljúktu eftirfarandi setningu: Sylvester Bonnaffon yngri, sem var nítján ára gamall, skráði sig til herþjónustu í Philadelphia í Pennsylvaníu 14. desember 1861 og var innrættur þar sama dag sem hermaður í fyrri herflokki 99th Pennsylvania Volunteer Infantry. Hann var fluttur til G-flokks í sömu herfylkingunni þann 18. desember og var síðan kynntur í röð liðsforingi þann 1. apríl 1862 og í röð liðsforingi mánuði síðar (1. maí). Hann var ráðinn sem síðari liðsforingi 1. ágúst sama árs og tók síðan þátt með herflokki sínu í nokkrum af öflugustu átökum bandarísku borgarastyrjaldarinnar sem hluti af Potomac-her Bandalagsins, þar á meðal í öðru slaginu við Bull Run (28. ágúst 1862) og bardaga við
Chantilly (1. september) og Fredericksburg (11. desember) 1863 Chancellorsville herferð (30 apríl-6 maí), Gettysburg (1 júlí-3) og Wapping Heights (23. júlí), Bristoe herferð og fyrsta orrustuna við Auburn (13. október) og seinni orrustuna við Rappahannock stöð (7 nóvember) og Mine Run herferð (27. nóvember-2 desember) og orrusturnar í Wilderness (5 maí), Spottsylvania House Court (8 maí-21 maí), North Anna (23 maí-26) og Cold Harbor (31. maí-12 júní). Hann tók þátt með herflokki sínu í umsátri við Pétursborg, þar á meðal í fyrstu og annarri baráttu við Deep Bottom (27.-29. júlí 1864 og 14. ágúst 1820), og var síðan færður í röð aftur og var skipaður yfirlögregluþjónn 27. september.