Í lok árs 1587 var hann handtekinn í boxtalandi í París. Hann var fundinn í rúmi með konu og þjónum jarlsins af Essex. Í upphafi var hann settur í fangelsi biskupsins en handtakar hans íhugaði að senda hann aftur til Walsingham. Að lokum var hann fluttur í Bastille til að bíða dóms. Í yfirheyrsluskrá hans sést ađ hann reyndi ađ blanda Morgan og Paget í tvískiptum. Í ágúst 1589 var hann dreginn fyrir dóm og dæmdur til tuttugu ára fangelsisvistar fyrir að hafa beitt sér gegn hagsmunum kaþólsku kirkjunnar. Á þeim tíma var París undir stjórn kaþólska deildarinnar, sem hafði ríst gegn franska konunginum. Á meðan hann sat í fangelsi versnaði heilsa hans. Í bardaga við Ivry
Í mars 1590 var liđsliđsherjarnir tortímdir og konungur hélt í átt til Parísar, ákveđinn í ađ svelta höfuđborgina til undirgefningar. Umsóttin varði til ágúst og olli hungursneyð. Gifford dó nokkrum mánuðum síðar, í nóvember 1590.