Í upphafi síðari heimsstyrjaldarinnar réðust Nasista-Þýskaland og Sovétríkin inn í Pólland og borgin var í upphafi undir Sovétríkjum.
, í kjölfar Molotov-Ribbentrop-samningsins. Það var tekið inn í Hvíta-Rússneska SSR frá 1939 til 1941 sem höfuðborg Belastok svæðis. Pólverjar voru sendir út í Sovétríkin (Sýberíu, Kasakstan, Norðurslóðir). Á meðan á hernám Þjóðverja í Sovétríkjunum árið 1941 stóð var Białystok hertekinn af þýska hernum 27. júní 1941 í slaginu um Białystok <unk> Minsk, og borgin varð höfuðborg Bezirk Białystok, sérstaks svæðis í þýska hersetningu Póllands, til ársins 1944. Þjóðverjar brenndu stóra samkundunni 27. júní 1941 með um 2.000 Gyðingum inni.