Ljúka eftirfarandi setningu: 28. ágúst 1941, rúmlega tveimur mánuðum eftir að Barbarossa-herferðinni, þýsku innrásinni í Sovétríkin, hófst, var Pukhov skipaður að skipta um foringja 304 byssudeildar 38. hersins; þetta var hans fyrsta vettvangsforingja síðan byssudeildin um 15 árum áður. Í byrjun september var hún flutt til Kozelshchyna svæðis, þar sem hún varð fyrir miklum tapi í þungum varnarbaráttu þar til 17. september og dróst aftur til austurs í svæði Sanzhery, Reshetylivka og Poltava. 304. herflokkurinn barðist síðan í varnarherferðinni í Donbass í október og var síðan dregið til vara í Snezhny Kut svæðinu. Pukhov gegndi þessari stöðu til 20. janúar 1942, þegar hann fékk stjórn 13. hersins, sem hann gegndi fram til miðju árs 1946. Fram til miðjan árs 1942 hélt herinn, sem var hluti af Bryansk Front, varnarstöðvar á línu Skorodnoye og Kolpny. Herinn barðist í
Barátta við Voronezh um miðjan 1942 og Voronezh-Kastornensk árásarher í byrjun 1943. Þann 14. febrúar var Pukhov efldur í hershöfðingi. Í Kursk-baráttunni í júlí var herinn með stöður á norðurhlið Kursk-bólunnar og barði af sér sex daga þýskra árásir í hörðum átökum, sem hindraði þýska framfarir og takmarkaði þýska framfarir til 10 til 12 kílómetra. Þegar sovésku hermennirnir skiptust yfir í árás eftir að hafa sigrað þýska hersveitina afgerandi, barðist 13. her í aðgerðinni Kutuzov.