Pinckney var einnig æðsti prestur í Mother Emanuel A.M.E. í Charleston. Árið 2015 var Pinckney myrtur af hvítum yfirhöndlun Dylann Roof í kynþáttavæddum hryðjuverkamönnum.
í biblíunámskeiði í kirkjunni sinni. Barack Obama forseti flutti minningarræðu og söng "Amazing Grace" í jarðarför Pinckney níu dögum síðar.