Seán Patrick O'Malley er fæddur sem Patrick O'Malley 29. júní 1944 í Lakewood í Ohio, sonur Theodore og Mary Louise (f. Reidy) O'Malley. Báðir foreldrarnir voru af írskum uppruna. O'Malley, systir hans og eldri bróðir hans ólust upp í South Hills í Pittsburgh og Reading í Pennsylvaníu. Þegar hann var 12 ára gekk hann inn í St. Fidelis Minor Seminary í Herman, sem var innleggsskóli fyrir nemendur sem voru að íhuga að ganga í fransiskana.
29. júní 1944