Eftir að Adolf Hitler komst til valda og stofnaði Þriðja ríkið, þá lét Deutsche Bank þrjá gyðinga í stjórnarnefndinni í 1933. Á næstu árum tók Deutsche Bank þátt í árísku viðskiptafyrirtækja í eigu gyðinga; samkvæmt eigin sagnfræðingum var bankinn þátttakandi í 363 slíkum afnámum í nóvember 1938. Á meðan á stríði stóð, sameinaði Deutsche Bank aðra banka sem féllu í hendur Þjóðverja í Austur-Evrópu. Deutsche Bank veitti Gestapo bankaaðstöðu og lánaði fjármunum sem notaðir voru til að byggja Auschwitz-búðirnar og nálægar IG Farben aðstöðu. Á meðan á seinni heimsstyrjöldinni stóð, varð Deutsche Bank ábyrgur fyrir stjórnun Bohemian Union Bank í Prag, með útibúum í verndarsvæðinu og í Slóvakíu, Bank Credinverein í Júgóslavíu (sem nú hefur verið skipt í tvö fjármálafyrirtæki, eitt í Serbíu og eitt í Amsterdam í Króatíu), Bankin Barry de Bucharest in Bucharest, Bank
Þriðja ríkið