Eftir þrjú tímabil hjá Panthers var hann skiptur til Calgary Flames 8. mars 2004 fyrir val í annarri umferð drafta.
(notaður til að velja David Booth). Í sínu fyrsta tækifæri til að spila í úrslitakeppni Stanley Cup komst Nilson í úrslitakeppnina og skoraði 11 stig í 26 leikjum í úrslitakeppni. Hann lék í þrjú ár í viðbót hjá Calgary.