Lee var á móti innrás Víetnammanna í Kambódíu 1978. Stjórnvöld í Singapúr skipuðu alþjóðlega herferð til að fordæma Víetnam og veittu aðstoð Khmer Rouge sem var að berjast gegn víetnamska landnám í Kambódíu-Víetnamstríðinu.
frá 1978 til 1989. Lee sagði í minnisbókum sínum að árið 1982 hafi "Singapur gefið fyrstu nokkur hundruð AK-47 riffla, handsprengjur, skotfæri og fjarskiptabúnað" til Khmer Rouge andstæðismanna.