Eftir að hann var látinn laus sneri Allen aftur til New Hampshire Grants sem hafði lýst yfir sjálfstæði árið 1777 og hann héldi áfram pólitískri starfsemi á svæðinu og hélt áfram að standa gegn tilraunum New York til að ná tökum á svæðinu. Allen lagði undir þingið
fyrir opinberri viðurkenningu á Vermont og hann tók þátt í umdeildum viðræðum við Breta um möguleika Vermont á að verða aðskilin bresk hérað.