Eftir að hafa fengið léttan dóm í landi sínu um sex mánaða stöðvun, gekk Brunet aftur í franska herinn í febrúar 1870, með aðeins lítillega tap á eldri starfsaldri. Í Frakklandstríði 1870-1871 skildi hann sig á bardaga Spicheren
Mars la Tour og Gravelotte. Hann var tekinn í fangelsi í umsátri Metz. Í kjölfar stríðsins lék Brunet lykilhlutverk sem meðlimur í Versailles-hernum í niðursetningu Parísar kommúnunnar. Hann heimsótti Royal School of Military Engineering í Bretlandi í ágúst 1871, og síðar sama ár var hann gerður yfirmaður Légion d'honneur og ráðinn sem aide de camp við stríðsmálaráðherra, Ernest Courtot de Cissey.