Panis átti möguleika á stórri keppnistímabili á árinu 2000 þegar hann keyrði fyrir Alain Prost, sem keypti Ligier. Á Bridgestone-dekkjum vann hann fyrsta stigatöflu dekkjafyrirtækisins í Brasilíu. Hann var í öðru sæti í Argentínu áđur en hann hætti. Eftir 6 keppni var hann í þriðja sæti í meistaramótinu þökk sé öðru stigamóti með öðru sæti í Spáni. Sigur hefði getað verið mögulegur í þessu hlaupi ef hann hefði ekki verið haldinn uppi að hringja bakmarkera í sjö hringi, og tapaði honum samtals 6 sekúndum fyrir leiðtoga Jacques Villeneuve. Á Kanadíska Grand Prix 1997 braut hann báða fæturna í hraðakstursslys, sem varð til þess að hann missti af næstu sjö keppnum tímabilsins. Jarno Trulli tók sæti hans í liðinu þar til hann kom aftur í síðustu þrjú keppni tímabilsins. Hann kom í sjötta sæti í Luxembourg.
og virtist sýna að hann hefði náð sér að fullu eftir slysið, eins og hann keyrði eins vel og hann hafði gert fyrir hrun. Þrátt fyrir að missa af hálfu ársins náði hann samt 9. sæti í meistaramótinu með 16 stig.