Aðeins fimm dögum síðar, þegar Bórastríðið braust út, fékk Knox stjórn á 13. fótgönguliðsdeildinni við að herbeita 6. deild undir stjórn Kelly-Kenny hershöfðingja, sem var hluti af suður-afrískum herliðum. Í kjölfarið á Relief of Kimberley tók hann þátt í
Barátta við Paardeberg í febrúar 1900 og var alvarlega særður af skoti í brjóstið. Í mars 1902 var hann skipaður yfirmaður Bloemfontein-varnarinnar í Orange River-búðinni. Eftir að stríðið lauk í júní sama ár sneri Knox aftur til Bretlands í "SS Dunottar Castle", sem kom til Southampton í júlí 1902. Fyrir störf sín í stríðinu var hann þrisvar nefndur í sendingum, hlaut suður-afríska medalíu drottningarinnar og suður-afríska medalíu konungsins, var kveðinn upp í aðalhershöfðingja (dagsett 4. desember 1899) og gerður að riddara fyrir Order of the Bath (KCB) á heiðurslista Suður-Arica í apríl 1901 (skipunin var dagsett 29. nóvember 1900 og hann var aðeins fjárfestur sem slíkur eftir heimkomu sína, af King Edward VII í Buckingham Palace 24. október 1902).