Eicke var annar yfirmaður Dachau-fangabúðarinnar frá júní 1933 til júlí 1934, og ásamt aðstoðarmanni sínum Michael Lippert, var hann einn af þeim sem framkvæmdi dauðadráp Ernst Röhm, yfirmanns SA-liðsins, á meðan á hreinsuninni á nóttinni með löngum hnífum stóð. Árið 1939 varð Eicke yfirmaður SS-deildar Totenkopf í Waffen-SS, og leiddi deildina í seinni heimsstyrjöldinni á
Vestur- og Austur-andspyrnur og áframhaldandi stækkun og þróun á fangabúðakerfinu.