Comey er fæddur 14. desember 1960 í Yonkers í New York, af foreldrum Joan Marie Comey og J. Brien Comey. Afi hans, William J. Comey, var lögreglumaður og síðar lögreglustjóri í Yonkers. Fjölskyldan flutti til Allendale í New Jersey í byrjun sjöunda áratugarins. Faðir hans vann í fasteignasölum og móðir hans var tölvukonsultant og heimilisstjóri. Comey er af írskum uppruna. Hann gekk í Northern Highlands Regional High School í Allendale; árið 1977 voru hann og bróðir hans fórnarlömb innrásar á heimili af glæpamann sem kallast "The Ramsey Rapist". Comey útskrifaðist frá College of William and Mary árið 1982 með háskólapróf í efnafræði og trú.
Juris Doctor (JD)