Neill var færður í liðsforingja í umsátri Béxar og tíu dögum síðar var hann settur yfir herstöð Texas í borginni. Í janúar voru íbúar farnir að rýma á undan styrkjum Santa Anna. Neill bað Houston um að bæta hermenn, búnað og vopn. Eftir að Texianar höfðu gengið til liðs við Matamoros-herferðina höfðu Neill aðeins um 100 menn eftir. Á þeim tímapunkti leit Houston á Béxar sem hernaðarlega ábyrgð og vildi ekki að framfararher Santa Anna fengi stjórn á öllum eftirliggjandi hermönnum eða skotfæri. Hann sendi Bowie međ fyrirmæli um ađ fjarlægja eldflaugina og láta verjendur yfirgefa Alamo-uppgönguna.
Og eyđa henni. Eftir komu sína 19. janúar og eftirfarandi viðræður við Neill ákvað Bowie að verkefnið væri rétti staðurinn til að stöðva mexíkóska herinn. Hann var eftir og hjálpađi Neill ađ undirbúa sig fyrir árásina. William B. Travis liðsforingi kom með styrktarliði 3. febrúar. Þegar Neill fékk leyfi til að sinna fjölskyldumálum þann 11. febrúar tók Travis við stjórn verkefnisins og þremur dögum síðar samþykktu hann og Bowie sameiginlega stjórn. Santa Anna fór yfir Rio Grande 16. febrúar og árás mexíkóska hersins á Alamo hófst 23. febrúar. Juan Seguín skipstjóri yfirgaf verkefnið 25. febrúar og bar bréf frá Travis til Fannin í Goliad þar sem hann óskaði eftir frekari styrkjum. Santa Anna bauð Tejanos frið í festingunni; Enrique Esparza, sem lifði af en var ekki í bardaga, sagði að flestir Tejanos hafi farið þegar Bowie ráðlagði þeim að taka tilboðið. Í viðbrögð við bréfi Travis frá 24. febrúar til fólksins í Texas, stofnuðu 32 sjálfboðaliðar milísíu Gonzales Ranging Company of Mounted Volunteers og komu til Alamo þann 29. febrúar.