Í framhaldi af þessari málsgrein - Þegar Hoffman var 25 ára fór hann í herþjónustu í borgarastyrjöldinni. Eftir að hafa skráð sig í Philadelphia 10. ágúst 1861 hóf hann þá opinberlega störf þann sama dag sem einkaliði með Company E af 72. Pennsylvania Infantry (einnig þekktur sem "Fire Zouaves"). Hann var fluttur með herflokki sínu til Virginíu, hann sá aðgerðir í Slaginu við Ball's Bluff (21 október 1861), tók þátt í framgangi hersins undir stjórn Nathaniel P. Banks á Winchester og Yorktown, og barðist í sjö daga bardaga við Seven Pines.
(einnig þekktur sem Fair Oaks, 31. maí til 1. júní 1862), Savage's Station (29. júní 1862) og Malvern Hill (1. júlí 1862) áður en hann tók þátt í bardaga við Antietam (17. september 1862), Fredericksburg (12.-15. desember 1862) og Chancellorsville (30 apríl til 6. maí 1863). Þann 1. október 1863 var hann fluttur í 143. lið 2. liðsins, U.S. Veteran Reserve Corps (einnig þekkt sem öryrkjarlið), og var síðan heiðurslega settur út.