Þremur árum síðar, árið 1159, settu Yoshitomo og Fujiwara no Nobuyori Go-Shirakawa í húseignarvist og drápu starfsmann hans, fræðimanninn Fujiwara no Michinori, í því sem kallast Heiji uppreisn. Að lokum sigraði Taira no Kiyomori, til stuðnings Go-Shirakawa, Yoshitomo. Á meðan hann flýði frá Kyoto, var Yoshitomo neyddur til að drepa son sinn Tomonaga. Síðar var Yoshitomo svikin og drepinn í baðinu sínu. Þrír synir hans, Yoritomo, Minamoto no Yoshitsune og Minamoto no Noriyori, voru síðar sparaðir og flúðir af Kiyomori.
sverð úr tré