Í seinni áföngum flugprófsáætlunarinnar sýndu flutterprófanir að vængirnir voru sveiflaðir við ákveðnar aðstæður. Þessi erfiðleiki var að hluta leystur með því að draga úr stífleika sumra vængjahlutverka. Hins vegar var sérstaklega alvarlegt hárhraða fluttervandamál leyst aðeins með því að setja þrengt úran mótvægis sem ballast í útrásarvélarnar á fyrri 747s. Þessi aðgerð olli kvíða þegar þessar flugvélar hrundu, til dæmis El Al Flight 1862 í Amsterdam árið 1992 með 282 kíló (622 lb) af úraníum í halaflugvélinni (horisontal stabilizer). Flugprófsáætlunin var hamlað af vandamálum með JT9D vélum 747s.
vélarfall sem stafar af hraðri hreyfingu dælunnar og beygingu á turbínuhólfum eftir stuttan rekstur