Mary og Bothwell komu aftur til Edinborgar 6. maí og 15. maí, annaðhvort í Holyrood Palace eða Holyrood Abbey, giftust þau í protestantísku athöfnum. Bothwell og fyrsta eiginkona hans, Jean Gordon, sem var systir Lord Huntly, höfðu skilnað fyrir tólf dögum. Mary trúði upphaflega að margir höfðingjar studdu hjónaband hennar, en svo fljótt urðu sambandin á milli nýkjörins Bothwell (hertog Orkney) og jafningja hans, og hjónabandið reyndist vera djúpt óvinsælt.
sonur