En Zumalacárregui, sem var þekktur fyrir alvarlegt og þögult skap sitt og sterkar trúarlegar meginreglur sínar, var ósáttur við óreglulegt líf skæruliða og þegar regluleg her voru skipulögð í norðri gekk hann inn í 1. liðið í Gipuzkoa sem yfirmaður. Hann þjónaði í reglubundnu hernum það sem eftir var stríðsins. Bróðir hans Miguel Antonio de Zumalacárregui var í Cádiz þegar Cortes samþykkti stjórnarskrá 1812 og var kjörinn aðalfulltrúi Gipuzkoa. Tómas var síðan sendur með skilaboð til Regency í Cádiz og fékk skipun sína sem skipstjóri. Í þeirri röð hann var viðstaddur á
Barátta við San Marcial í ágúst 1813. Eftir endurreisn Ferdinands VII hélt hann áfram í hernum og er sagður hafa stundað vandlega rannsókn á stríðsfræði.