Í desember 1992 hélt Bill Clinton, kjörinn forseti, efnahagsráðstefnu í Little Rock í Arkansas, en Munnell sótti hana. Clinton brást vel við nokkrum stefnuframboðum Munnell. Ūegar Clinton var settur í embætti 20. janúar 1993
Munnell var talinn líklegur kostur fyrir stöðu aðstoðarmanns fjármálaráðherra í efnahagsmálum. Þremur dögum síðar tilkynnti fjármálaráðherra Clinton, Lloyd Bentsen, um ráðningu hennar í embætti sem starfandi. Munnell þurfti að vera staðfestur af öldungadeild Bandaríkjanna til að gegna embættinu formlega. Nokkrir þingmenn repúblikana brugðust neikvætt við tilnefningunni og nefndu sjónarmið hennar um skattlagningu lífeyris. Lífeyrissjóðsfyrirtækin gagnrýndu einnig tilnefninguna. Hún fékk þó stuðning frá nokkrum þingmönnum repúblikana, þar á meðal David Durenberger, æðstu þingmanni fjárlaganefndarinnar, og var staðfestingarfundur hennar fyrir nefndinni í maí 1993 ekki umdeildur. Hún var staðfest síðar sama mánuð með atkvæðagreiðslu eftir umræðu í gólfi þar sem nokkrir repúblikanar ítrekuðu andmæli gegn skattframboði lífeyris.