Í febrúar 1943, strax eftir að hann var tekinn þátt í hernaði bandamanna.
Í innrásinni í Norður-Afríku undir stjórn Terry Allen hershöfðings undirbúaði hann skýrslu þar sem hann lagði til breytingar á verkefnastjórnun árásardeilda og tillögur hans voru samþykktar við undirbúning aðgerðarinnar Husky, dulnefni bandamanna innrásarinnar á Sísíu. Hann var kynntur í einnar stjörnu hershöfðingja og var fljótt sendur til Bretlands, þar sem hann starfaði sem bandarískur ráðgjafi í sameinaðri hernaðardeild Evrópuherstöðvarinnar. Í því hlutverki hjálpaði Cota að hafa yfirumsjón með þjálfun fyrir landgangsaðgerðir.