Á tíma Barić voru flestir leikmenn úr "gullnu kynslóð" liðinu smám saman skipt út fyrir yngri leikmenn í undankeppni EM 2004. Króatía komst áfram í riðlakeppnina með sigri gegn Slóveníu í undankeppninni, og vann 2<unk>1 í heildina eftir mark Dado Pršo í seinni leiknum. Á úrslitaleiknum
í Portúgal gerði Króatía jafntefli 0<unk>0 við Sviss og 2<unk>2 við Frakkland en tapaði fyrir Englandi 2<unk>4 og varð aftur úr leik í riðlakeppninni. Tveggja ára samningur Barić lauk í júní 2004 og var ekki endurnýjaður. Fyrrverandi landsliðsmaður Króatíu Zlatko Kranjčar, sem var ráðinn til að taka við Barić í júlí 2004, leiddi liðið í gegnum undankeppni HM 2006 án þess að tapa einu leik og toppnaði í hópnum fyrir ofan Svíþjóð og Búlgaríu. Staðbundnir fjölmiðlar ákærðu hann fyrir ættingjaskap fyrir að velja son sinn Niko Kranjčar í liðið. Á HM 2006 tapaði Króatía í upphafsleiknum gegn Brasilíu og gerði jafntefli 0<unk>0 við Japan eftir að Darijo Srna missti af vítaspyrnu í fyrri hálfleik. 2<unk>2 jafntefli við Ástralíu þar sem þrír leikmenn voru sendir út staðfesti útgöngu Króatíu í riðlakeppninni. Leikurinn innihélt mistök dómara Graham Poll sem gaf þremur gulu spjöldum til króatíska varnarmannsins Josip Šimunić, sem ekki sendi hann út eftir annað brot hans. Hann sagði síðar að hann hefði mistekist Šimunić fyrir ástralska leikmann vegna ástralska hreimunar hans. Poll var gagnrýndur fyrir að missa stjórn á leiknum og dró sig úr dómstörfum í kjölfarið.