Ljúktu eftirfarandi setningu: Þegar stríðið var endurnýjað árið 1799, var Jourdan í forystu hersins á Reini, en aftur varð fyrir ósigri í höndum Charles erkihertoga í bardaga við
Ostrach og Stockach í lok mars. Vonbrigðilegur og heilbrigði hans skertur, afhenti hann herforingjanum André Masséna. Hann tók aftur við stjórnmálastörfum sínum og var áberandi andstæðingur hrunsins 18. brúmer, en eftir það var hann rekinn úr ráðinu. Fljótlega sætti hann sig formlega við nýja "regímanum" og tók við nýjum hernaðarlegum og borgaralegum störfum frá Napóleon. Árið 1800 varð Jourdan yfirlögregluþjónn hestamanna og gangandi og fulltrúi frönskra hagsmuna í Cisalpine lýðveldinni.