Ljúka eftirfarandi setningu: Niyonkuru var fyrstur í alþjóðlegum keppnum á IAAF World Cross Country Championships árið 2005. Hann keppti í hlaupinu hjá yngri körlum og endaði í 33. sæti af 133 íþróttamönnum á tíma 25 mínútna og 32 sekúndna. Á Jeux de la Francophonie 2005 keppti Niyonkuru í 10.000 metra hlaupi. Niyonkuru varð fjórði á tíma 29 mínútna og 18.08 sekúndna, aðeins 0.03 sekúndum á eftir silfurverðlaunahafi, marokkanska Abderrahim Goumri. Niyonkuru keppti síðan á heimsmeistaramóti unglinga árið 2006. Hann varð fimmti í 10.000 metra hlaupi á 28 mínútum og 59,92 sekúndum. Hann var 6,63 sekúndur á eftir sigurvegaranum, Ibrahim Jeilan frá Eþíópíu. Árið 2007 keppti Niyonkuru á heimsmeistaramótinu í langrennsli 2007 í yngri körlum. Hann endađi í 13. sæti á 24 mínútum og 56 sekúndum. Hann endaði 49 sekúndur á eftir gullverðlaunahafi, Kenyan Asbel Kiprop. Á heimsmeistaramótinu í frjálsíþróttum árið 2009 vann Niyonkuru silfurverðlaun í 10.000 metra hlaupi. Tími hans var 29 mínútur og 37,14 sekúndur og var 23,67 sekúndur á eftir gullverðlaunahafa, Essa Ismail Rashed frá Katar. Niyonkuru var 4,97 sekúndur á undan bronsverðlaunahafi, Túnis El Akhdar Hachani. Niyonkuru vann Auray-Vannes hálfmaraþoninn árið 2015 á tíma einni klukkustund, þremur mínútum og tuttugu sekúndum. Á Ólympíuleikunum 2016 keppti Niyonkuru í
Marathon karla þann 21. ágúst 2016, en kláraði ekki hlaupið. Árið 2017 keppti hann í maraþoni karla á heimsmeistaramótinu í frjálsíþróttum 2017 og varð 71. í 2:42:27.