Í 1811 eftir að Frakkland hafði tekið Holland undir sig í Napóleonstríðinu þurfti Raffles ekki að velja annað en að yfirgefa landið. Hann hóf herför.
gegn Hollendingum og Frökkum í Java, í Hollensku Austur-Indíu. Stríðið var fljótt leitt af Robert Stopford, Frederick Augustus Wetherall og Robert Rollo Gillespie, sem leiddi vel skipulagðan her gegn hernum sem var að mestu franska herþjónustu og hafði lítið af leiðtoga.