17. janúar 1999, eftir þrjá og hálfan tímabil með Panthers, var Jovanovski skipt í sjö leikmanna samningi við Vancouver Canucks. Hann var sendur með Dave Gagner, Mike Brown, Kevin Weekes og fyrsta umferðarval árið 2000.
(Nathan Smith) í skiptum fyrir Pavel Bure, Bret Hedican, Brad Ference og þriðja umferð val árið 2000 (Robert Fried). Jovanovski gekk til liðs við Canucks í miðri endurreisnartímabil fyrir vörsluna, og var fljótur að staðfesta sig sem topp varnarmaður í uppstillingu Vancouver. Geta hans til að taka þátt í hlaupi sem varnarmaður fullkomnaði upp-tempo leikstíl Canucks.