Skrifa áfram í þessa málsgrein - Frá nóvember 1999 til nóvember 2001 var hann forstöðumaður fyrir alþjóðlegar ógnir hjá National Security Council (NSC), þar sem hann var ábyrgur fyrir samhæfingu og framkvæmd bandarískrar stefnu í baráttunni gegn hryðjuverkum. Á þessum tíma stýrði hann viðbrögðum Bandaríkjastjórnar við hryðjuverkaskjálftanum, árásinni á USS Cole.
, og árásirnar 11. september. Á tíma sínum í NSC kallaði Cressey eftir að stíga fram gegn al-Qaeda og Bin Laden, sem var að mestu hunsað fyrr en 11. september.