Í lok ágúst 1862 leiddi hershöfðingi Kearny deild sína í hörmulegu öðru slaginu við Bull Run, þar sem herdeildarsveitir sambandsríkjanna urðu fyrir höggum og nánast eyðilögð af herdeildarsveitum Robert E. Lee í Norður-Virginíu. Her Bandalagsins dró sig til baka í átt að Washington og barðist við fylgjandi bandalagsherjarinnar undir stjórn Stonewall Jackson 1. september 1862, í Slaginu við Chantilly
Ég veit ūađ ekki. Í ofbeldi með eldingar og rigningu ákvað Kearny að rannsaka gat í línu sambandsins. Hann svaraði viðvörunum frá undirmanni sínum og sagði: "Þeir hafa ekki enn búið til kúlu uppreisnarmanna sem getur drepið mig". Þegar Kearny mætti herliðum bandalagsins, hunsaði hann kröfu um að gefast upp og þegar hann reyndi að flýja á hestum, "skutu hálft dusen musketar" og hann var skotinn með Minié kúlu sem kom inn í mjaðmir hans og kom út úr öxlinni, og drap hann strax. A.P. Hill, hershöfđingi bandalasveitanna, ūegar hann heyrđi skothljķđ, hljóp ađ líkinu međ lyktuna og hrópađi: "Ūiđ hafiđ drepiđ Phil Kearny, hann átti betri örlög skiliđ en ađ deyja í leđinu". Lee hershöfđingi sendi lík hans til Bandalagsins međ samúđarkveđju. Á ūessum tíma voru sögur í Washington um ađ Abraham Lincoln forseti væri ađ hugsa um ađ skipta út George B. McClellan fyrir "Kearny the Magnificent". Líkinn var borinn aftast eftir að bandalagsmenn gerðu sér grein fyrir að yfirmaður hefði verið drepinn. Hermenn bandalagsins fóru fljótt að taka af Kearny föt, stígvél, vasarúr, pappír og aðra verðmæti. En eftir að það kom í ljós hver hinn látni var, lét Robert E. Lee skila öllum eignum sínum til baka þrátt fyrir andmæli illa klæddra hermanna sem mótmæltu því að dauður maður þyrfti ekki lengur hlýja kápu og skó. Skjöl Kearny voru gefin Lee til skoðunar, en þau voru eingöngu persónuleg bréf til eiginkonu hans og innihéldu engin gagnleg hernaðargögn; Lee brenndi þau fljótt.