Caesar varð síðan þátttakandi í borgarastyrjöld í Egyptalandi milli barnfáraósins og systur hans, eiginkonu hans og meðstjórnandi drottningarinnar, Kleópatru. Sennilega vegna þess að faraóinn átti þátt í morðinu á Pompeíusi lagði Caesar sig á hlið Kleópatru. Hann stóðst umslag Alexandríu
Síđar sigrađi hann her Faraós í Nílstríðinu árið 47 f.Kr. og setti Kleópatru í völd. Caesar og Kleópatra fögnuðu sigri sínum með sigurferð á Nílnum vorið 47 f.Kr. Við konungsbátinn fylgdu 400 fleiri skip og Ceasar fékk að kynnast glæsilegu lífstíli egypskra faraóna.