Í seinni heimsstyrjöldinni var bærinn undir þýsku hernámi
frá 5. september 1939 til 22. janúar 1945 var svæðið gert hluti af Reichsgau Wartheland. Pólverjar urðu fyrir ýmsum glæpum, þar á meðal morðum, flutningum í nasista fangabúðir og brottvísun. Íbúar Margonin voru meðal 41 Póllands sem myrtir voru í nágrenninu Morzewo þann 7. nóvember 1939. Þjóðverjar vísaðu mörgum pólskum íbúum til Varsjáumdæmis í almennri ríkisstjórn í þýska landnámsríki mið-Póllandi 10.-12. desember 1939. Þjóðverjar voru með nasistafangelsi í bænum og þvingavinnubúðir fyrir Gyðinga. Pólska neðanjarðarandstöðuhreyfingin var virk í Margonin og margir meðlimir hennar dóu í fangabúðum eftir að Þjóðverjar uppgötvuðu aðgerðir þeirra. Eftir síðari heimsstyrjöldina varð svæðið aftur hluti af Póllandi.