Lima öðlaðist virðingu eftir að hafa verið tilnefnd höfuðborg Viceroyalty of Peru og staður "Real Audiencia" árið 1543. Á næstu öld blómstraði hún sem miðstöð víðtæks verslunarnetverks sem tengdi víseríkisins við restina af Ameríku, Evrópu og Fjarðausturlöndum. Borgin var þó ekki laus við hættur; piratar og sjóræningjar í Kyrrahafinu leiddu til byggingar veggja Lima á árunum 1684 og 1687. Jarðskjálftinn í Perú 1687
jarðskjálftinn markaði tímamót í sögu borgarinnar þar sem hann féll saman við verslunarhruns og vaxandi efnahagslega samkeppni við borgir eins og Buenos Aires.