Í janúar 1964 átti sér stað uppreisn í herbúðum í Jinja, annarri borg Úganda og heima fyrir 1. herflokk Úganda hersins. Svipuð uppreisn var í tveimur öðrum austur-afrískum ríkjum; öll þrjú löndin óskuðu eftir stuðningi hersins frá breska hernum. Áður en þau komu, sendi Obote varnarráðherra sinn Felix Onama til að semja við uppreisnarmennina. Onama var haldið gíslingu og samþykkti margar kröfur, þar á meðal verulegar launahækkanir fyrir herinn og hraða kynningu margra yfirmanna, þar á meðal framtíðarforseta. Í 1965 höfðu Kenyanar verið bannaðir frá leiðandi stöðum innan ríkisstjórnarinnar, og þetta var fylgt af fjarlægingu Kenyananna í 1969 undir stjórn Obote. Obote var handtekinn í smygli með sambandsförum, með Idi Amin, forsætisráðherra Ugandans, vopnaða ráðherra í tveimur öðrum austur-afrískum ríkjum; öll þrjú löndin óskaðu eftir stuðningi hersins frá breska
setti stjórnarskrána í hlé og lýsti sig forseta í mars 1966.