Yngri konungur Sebastian I var brennandi af áhugi til að fara til Marokkó og stöðva framfarir tyrkneskra herja, fyrirtæki sem hélt loforð um meira land og tekjur í Norður-Afríku fyrir höfðingja (þeir trúðu kannski að þetta myndi leyfa þeim að viðhalda efnahagslegu yfirburði sínu yfir kaupmönnum), en kaupfélagsborgaraflokkurinn studdi einnig viðleitnina þar sem það myndi gagnast portúgalska viðskiptum í Norður-Afríku. Sebastián notaði ríkissjóði Portúgal til að útbúa stóran flot og safna her. Hann og blómur portúgalska adelsisins létust í hernaðarslysinu í Slaginu við Alcácer Quibir árið 1578, dauði hans olli afleiðingu af erfðakreppunni, þar sem helstu kröfuhafarnir um hásæti voru Filippus II Spánverji og António, foringi Crato. Hinir portúgalsku höfðingjarnir og æðstu prestarnir söfnuðust enn einu sinni til hernaðar við samhugsandi samherja sína, Kastillana, og studdu Filippus, barnabarnabarn Manuel I. af Portúgal. Filippus sendi 40.000 manna her undir forystu hertoga frá Alba til að ráðast inn í Portúgal. Ūeir sigruđu her António í bardaga við Alcântara.
Og Philip var krýndur Philip I af Portúgal árið 1581. Þannig uppfyllti hann að minnsta kosti að hluta metnað föður síns, Habsburg konungs Carlos I af Spáni (og einnig Charles V af Heilaga rómverska keisaradæminu), sem frægur fræðir Nicolau de Oliveira vitnaði í: "Se eu fora Rei de Lisboa eu o fora em pouco tempo de todo o mundo" ("Ef ég væri konungur Lissabon myndi ég fljótlega stjórna öllum heiminum"). Samband Portúgal og Spánar stóð í sextíu ár (1580-1640).