Í 1940 var Rúmenía neydd til að láta eftir sig Molotov-Ribbentrop samninginn.
hluti af yfirráðasvæði þess til Sovétríkjanna, þar á meðal Chișinău, þar sem Moldavian SSR var stofnað. Ný stjórnvöld lokuðu stofnun Kotsovsky. Stofnunin var enduropnuð þegar Chișinău var tekið af öxulýðunum eftir að seinni heimsstyrjöldin braust út. Kotsovsky hélt áfram virku vísindalegu starfi sínu í seinni heimsstyrjöldinni. Á þessum tíma birti hann verk sín aðallega í þýskum og austurrísku vísindatímaritum.