Eftir að Colts unnu sitt fyrsta NFL-meistaratitil setti liðið 9 á móti 3 í tímabilinu 1959 og sigraði aftur Giants í NFL-meistaratitlinum.
til ađ fá sinn annan titil í bak-á-bak tísku. Eftir að hafa unnið meistaratitilinn árið 1958 og 1959 komu Colts ekki aftur í NFL Championship í fjögur tímabil og skiptust út fyrir Don Shula árið 1963. Á annarri leiktíð Shula voru Colts með 12 á móti 2, en töpuðu fyrir Cleveland Browns í NFL-meistaramótinu. Árið 1968 komu Colts aftur með áframhaldandi forystu Unitas og Shula og unnu þriðja NFL-meistaratitil Colts og komu fram í Super Bowl III.