Milanković eyddi tveimur árum í að skipuleggja og skrifa "Canon". Handritið var sent til prentunar 2. apríl 1941 - fjórum dögum fyrir árás nasista Þýskalands og bandamanna þess á Júgóslavíu. Í
Við sprengjuárásina á Belgrad 6. apríl 1941 var prentsmiðjan þar sem verk hans voru prentuð eyðilögð, en nánast allt prentað blaðapappír var óskaddað í prentsmiðjunni. Eftir vel heppnaða hernám á Serbíu 15. maí 1941 komu tveir þýskir yfirmenn og jarðfræði nemendur til Milanković í húsi hans og færðu kveðjur frá prófessor frá Freiburg. Milanković gaf þeim eina fullkomna prentaða eintakið af "Canon" til að senda til Soergel, til að tryggja að verk hans yrði varðveitt. Milanković tók ekki þátt í starfi háskólans á meðan á hernámi stóð og eftir stríðið var hann endurnýjaður sem prófessor.