Kate Sheppard var fædd Catherine Wilson Malcolm 10. mars 1848 í Liverpool, Englandi, af skoskum foreldrum Jemima Crawford Souter og Andrew Wilson Malcolm. Faðir hennar, fæddur í Skotlandi árið 1819, var lýst í ýmsum skjölum sem annaðhvort lögfræðingur, bankamaður, bjórritari eða lögfræðingur; hann giftist Souter í Inner Hebrides 14. júlí 1842. Catherine var nefnd eftir ömmu föður síns, einnig Catherine Wilson Malcolm, en vildi frekar stafa nafni hennar "Katherine" eða stytta það til "Kate". Hún hafði eldri systir Marie, fædd í Skotlandi, og þrjá yngri systkini <unk>, fædd í Birmingham, og Isabella og báðir, fæddir í London; fjölskyldan fluttist greinilega í London á þeim tíma.
Catherine Wilson Malcolm