Villalobos var einn af helstu leiðtogum byltingarher fólksins, eða "Ejército Revolucionario del Pueblo", hóps sem kom upp í El Salvador snemma á sjöunda áratugnum sem laus samband frumna með rætur í ýmsum marksískum og vinstri kaþólskum hópum. ERP var ein af fimm samtökum sem sameinuðust árið 1980 til að mynda Farabundo Martí National Liberation Front á meðan á
Salvadorska borgarastyrjöldin, þar sem vinstri gerillur börðust gegn hernaðarstjórn El Salvadors og bandarískum hægri stjórnvöldum. Villalobos, sem var stúdent í hagfræði og vinstri framboðsmaður, gekk til liðs við ERP árið 1971 þegar hann var 19 ára. Hann hefur síðan verið sakaður um þátttöku í morðinu á Roque Dalton árið 1975, byltingarskáldið og ERP leiðtogi félaga sem var skotinn af félaga sínum eftir valdabaráttu í hópnum leiddi til ásakanir um að hann væri njósnari CIA. Á þeim tíma leiddi morðið til klofningar og áreiti innan ERP og gagnrýni frá öðrum vinstri manna, en eftir 1980 reis Villalobos til að verða einn af helstu hernaðarfræðingum FMLN. ERP undir forystu hans hefur verið lýst sem "hæsta hernaðarfyrirtækið á Salvadorska vinstri" á meðan á borgarastyrjöldinni stóð, þar sem Villalobos þróaði "frægð fyrir brjálæðislega stefnumótandi snilld". Fréttablaðið Financial Times lýsti Villalobos sem "sannasta meistara latínamerískra skæruliðsstríða á 20. öld", ofar Che Guevara.