Francescoli lauk tímabili sínu með River Plate með ósigri í 1996 Intercontinental Cup
úrslitaleik gegn ítalska liðinu Juventus. River Plate hafði tækifæri til að jafna Boca Juniors með tveimur Intercontinental Cup titlum, en í lokin tapaði fyrir ítölsku liðinu sem aðdáandi Francescoli spilaði fyrir. Zinedine Zidane sagði: "Þegar ég sá Francescoli spila, var hann leikmaðurinn sem ég vildi vera. Hann var leikmaðurinn sem ég sá og dáðist að hjá Olympique de Marseille, ídķllinn minn þegar ég spilaði gegn honum þegar ég var í Juventus... Enzo er eins og guđ". Í lok ársins ákvað Francescoli að koma út úr alþjóðlegri eftirlaun til að hjálpa Úrúgvæ í að komast í undankeppni fyrir komandi HM í Frakklandi.