Skrifa áframhaldandi fyrir þessa málsgrein - Þegar Sovétríkin hrundi
Tveimur árum eftir dauða Sakharov árið 1989 hélt Bonner áfram mannréttinda- og pólitískum athöfnum sínum. Hún studdi í upphafi ríkisstjórn Boris Jeltsíns forseta og starfaði í mannréttindanefnd hans, en varð gagnrýnin á ríkisstjórn hans í upphafi stríðsins í Tsjetsjeníu. Hún gagnrýndi einnig eftirmann Jeltsins, Vladimír Pútín, og var fyrsta manneskjan sem skrifaði undir undirskriftalögu gegn honum í mars 2010.