Á landi átti Alexeyev alvarlegar og sífelldar deilur viđ herforingjann Kuropatkin, fyrrverandi stríđsráðherra, um stefnuna gegn Japönum. Alexeyev neyddi Kuropatkin til að taka árásargjarnari afstöðu, þrátt fyrir að Kuropatkin þrýsti á að halda varnarstríð þar til Trans-Siberian járnbraut var lokið, sem myndi koma með styrkjum og birgðum. Eftir beina fyrirmæli frá Tsarinn yfirgaf Alexeyev Port Arthur 5. maí 1904 til Mukden, og eftir ósigur Rússana í Slaginu við Shaho
(5 til 17 október 1904, nýr stíl), var leystur úr stjórn sinni og skipaður aftur til Pétursborgar 12. október 1904.