Fairbanks var einn af stofnendum Repúblikanaflokksins og fulltrúi frá Vermont í
Fyrsta alríkisþing repúblikana í 1856. Hann var 26. ríkisstjóri Vermont frá 1860 til 1861. Á seinni kjörtímabili sínu veitti hann verðmæt aðstoð við að útbúa og senda hermenn á fyrstu dögum bandarísku borgarastyrjöldarinnar.