Ljúka eftirfarandi setningu: Eftir að Þjóðverjar réðust inn í Póllandi, sem hóf seinni heimsstyrjöldina í september 1939, komu "SS-Totenkopf-Standarte Brandenburg" inn í bæinn til að fremja ýmis glæpi gegn íbúum. Þegar í lok september 1939 myrtu Þjóðverjar pólska gísla frá Kłodawa í nágrenninu Rzuchów skóg, og einn af borgarstjórum fyrir stríðið, Władysław Zalewski, var myrtur í nóvember 1939 í Środa Wielkopolska. Á meðan
Eftir að Þjóðverjar réðust yfir borgina var hún endurnefnd "Tonningen" (1940-1945). Þegar árið 1940 var stofnuð pólsk neðanjarðarandstöðuhreyfing í bænum og einnig var skipulagt leynilegt pólskt skólastarf. Árið 1941 voru meira en 1.500 Kłodawan gyðingar drepnir af nasista Þjóðverjum í útrýmingarbúðinni Chełmno. Árið 1943 handtóku Þjóðverjar sumir af pólskum andstæðingamönnum sem voru þá dæmdir til dauða eða fangelsis. Klódava-presturinn, faðir Teofil Choynowski, var drepinn í fangabúðinni í Dachau árið 1943. Kłodawa var að lokum frelsað 19. janúar 1945 af Rauða hernum og endurreist til Póllands.