Diponegoro fæddist 11. nóvember 1785 í Yogyakarta, og var elsti sonur Hamengkubuwono III sultanans í Yogyakarta. Á æskuárum hans á Yogyakartan dómstóli, miklar atburðir eins og upplausn VOC, breska innrás Java
, og síðar var komið aftur undir hollenska stjórn. Á meðan á innrásinni stóð nýtti sultaninn Hamengkubuwono II, sem var ýtt til hliðar í völdum sínum árið 1810 í þágu föður Diponegoro, almennar truflanir til að endurheimta stjórn. Árið 1812 var hann aftur fjarlægður frá hásætinu og fluttur út af Java af breskum styrkjum. Í þessu ferli starfaði Diponegoro sem ráðgjafi föður síns og hafði greinilega veitt aðstoð við bresku styrkin að því marki að Raffles bauð honum titilinn "Sultan" sem hann hafnaði, kannski vegna þess að faðir hans var enn að ríkja.