Ljúka eftirfarandi setningu: Rakitić byrjaði La Liga tímabilið 2012-13 með því að veita aðstoð í opnunarleiknum gegn Getafe. Þann 12. september gerði hann aðra stoðsendingu fyrir Piotr Trochowski á heimavelli í 1-0 sigri á Real Madrid. Hann skoraði sitt fyrsta mark á tímabilinu á leikdegi 5 gegn Deportivo de La Coruña. Rakitić skoraði tvö mörk á fyrstu 20 mínútunum í öðru Sevilla derby tímabilsins gegn Real Betis. Þetta var þriðja mark hans á tímabilinu gegn Sevilla, miðað við þá staðreynd að hann hafði einnig skorað í fyrsta Sevilla derby tímabilsins, þegar Sevilla fagnaði 5-1 sigri. Í leiknum gegn Real Sociedad bætti Rakitić tveimur mörkum við markið sitt, en sá seinni var sjálfsmark, sem jafnaði leikinn á 1<unk>1 eftir að hann skoraði fyrsta markið til að gefa félaginu 1<unk>0 forystu. Fram til loka tímabilsins lék hann alls 42 leiki fyrir félagið og skoraði 12 mörk fyrir liðið, þrjú kom í
Kópa konungsins. Hann lauk tímabilinu með tíu stoðsendingar í deildinni. Tölfræði sýndi að Rakitić skapaði 100 færi í heildina, sem var fjórði leikmaður í Evrópu á tímabilinu.