Skrifaðu framhald fyrir þessa málsgrein - Eftir valdarásina í Nígeríu árið 1966
, var Shagari meðal ríkisstjórnarfulltrúa sem afhenti ríkisstjórnina yfir herforingjanum Aguiyi Ironsi. Hann sneri aftur til Sokoto til að stuðla að menntun. Hann starfaði sem framkvæmdastjóri menntamálarekstrarsjóðs Sokoto-héraðs árið 1967, þar sem hann byggði marga skóla í héraðinu. Hann var síðar ráðinn sem framkvæmdastjóri stofnunar og þjálfunar og starfaði einnig stuttlega sem framkvæmdastjóri menntamála í norðvestur-ríkjunum áður en hann var boðinn til að þjóna undir sambandsherstjórn Yakubu Gowon.