Ljúktu eftirfarandi setningu: Skömmu eftir að seinni heimsstyrjöldin braust út voru Morgensterns eignarlausnir og fluttir sem Gyðingar til
Í Póllandi voru þeir fangelsaðir í ghetto í Łódź. Þar lést Samuel Morgenstern af vökvaleysi í ágúst 1943. Hann var grafinn á kirkjugarđinu í gettķinu. Eiginkona hans, Emma, sem, eins og tengdabróðir hennar Wilhelm Abeles (sem einnig bjó í getóinu og lifði Auschwitz af) varð vitni að dauða eiginmanns síns, var líklega flutt til Auschwitz-Birkenau neyðarbúðarinnar sama mánuðinn. Þar sem það var venja í Auschwitz að senda flestar nýliðar, einkum aldraðar konur sem ekki gátu unnið, beint í gaskambur er hægt að telja dauða þeirra öruggan. Í samræmi við það úrskurðaði dómstóll í Vín í desember 1946 að þeir hefðu ekki getað lifað til loka stríðsins og lýst þeim dauðum, í samræmi við erindi sem bróðir þeirra Max Pragan hafði lagt fram.