20. janúar 2009 var Kennedy viðstaddur við setningu Barack Obama sem forseta
, en fékk áfall í hádeginu strax á eftir. Hann var fluttur í hjķlastķl frá Capitol byggingunni og svo međ sjúkrabíl til Washington Hospital Center. Læknar sögðu að þetta væri "einföld þreyta". Hann var látinn fara úr sjúkrahúsi næsta morgun og sneri heim til sín í Washington.