Lisle eyddi næstu þremur árum í hernum í Oxford, í upphafi sem liðsforingi í drakónum undir stjórn Arthur Aston. Hann tók þátt í orrustunni við Edgehill í október 1642 og hlaut orðspor fyrir hugrekki og áreiðanleika, og neitaði að sögn að klæðast herklæði í einhverjum tilvikum til að tryggja menn sína. Árið 1643 barðist hann við Chalgrove í maí, var særður í fyrsta Newbury
Í september og var kynntur í fulltrúa stuttu seinna. Hann leiddi fótgöngulið í Cheriton í mars 1644 og í herferðinni í vestri skipaði hann liði eða tercio á Cropredy Bridge, Lostwithiel og Second Newbury.