Skreyttu framhald fyrir þessa málsgrein - Fjöldi Jakobíta uppreisnar átti einnig sér stað í Skotlandi, þar sem Viscount Dundee hækkaði Highland her og vann sigur 27. júlí 1689 í Slaginu við Killiecrankie
, en hann dķ í bardaga og mánuđ seinna réđust skoskir hermenn Camerons uppreisnina í Slaginu við Dunkeld. Vilhjálmur bauð skoskum ættkvíslum sem höfðu tekið þátt í uppreisninni fyrirgefningu að því tilskildu að þeir skrifuðu undir trúnað fyrir lokatíma og ríkisstjórn hans í Skotlandi refsaði frestun með Glencoe-massakrinu árið 1692, sem varð óþekkt í Jacobite áróðri þar sem Vilhjálmur hafði undirritað fyrirmælin. Vilhjálmur lét almennings skoðanir ráða og lét þá sem höfðu ábyrgð á fjöldamorðinu hverfa, þó að þeir væru ennþá í hans þágu. Að sögn sagnfræðingsins John Dalberg-Acton varð "ein þeirra fulltrúi, annar riddari, þriðji alþingismaður og fjórði jarl".