Ljúka eftirfarandi setningu: Á tímabilinu 2016 hóf Shoji tímabilið þegar hann hjálpaði Kashima Antlers að halda tveimur hreinum lóðum í fyrstu tveimur deildarleikjum tímabilsins. Frá upphafi tímabilsins hélt Shoji áfram að endurheimta fyrsta liðsstað sinn og spilaði í miðverði. Það var ekki fyrr en 6. apríl 2016 þegar hann skoraði sitt fyrsta mark á tímabilinu, í 3-1 sigri gegn Nagoya Grampus í J.League Cup. Í lok fyrsta leiksins í J.League hjálpaði framlag Shoji til fyrsta liðsins liðinu að ljúka efst í töflunni. Eftir að hafa verið dæmdur í einn leik, kom hann aftur í byrjunarliðið, þegar Kashima Antlers tapaði 3-1 tap gegn Gamba Osaka þann 2. júlí 2016. Shoji hélt áfram að hjálpa liðinu að vera efst á töflunni í næstu ellefu leikjum. Það var ekki fyrr en 16. september 2016 þegar hann skoraði sitt annað mark á tímabilinu, í 3 <unk> 0 sigri gegn Júbilo Iwata. Á einhverjum tímapunkti í mánuðinum skrifaði hann undir samning við klúbbinn. Eftir að félagið komst í þriðja sæti í lok J.League síðari stigsins, hjálpaði Shoji félaginu að vinna deildina eftir að hafa spilað báða leiki til að vinna Urawa Red Diamonds 2<unk>2 á heildargengi með útileikjum. Shoji lék alla fjóra leiki í
FIFA Club World Cup, þar sem hann hjálpaði Kashima Antlers að komast í úrslitin, aðeins til að tapa 4 × 2 gegn Real Madrid. Þrátt fyrir að hafa tapað í úrslitakeppninni voru bæði Shoji og Naomichi Ueda með samstarf sem miðvörður hrósaðir af fjölmiðlum, bæði innan og utan Japans. Shoji hjálpaði félaginu einnig að komast í úrslit Keisarans bikar með því að vinna Kawasaki Frontale 2<unk>1. Í lok tímabilsins 2016 lék hann í fjörutíu og fimm leikjum og skoraði tvisvar í öllum keppnum. Fyrir frammistöðu sína á tímabilinu 2016 var Shoji nefndur J.League Best XI.