Þann 1. október 2003 sameinuðust þrjár stofnanir til að mynda nýja JAXA: Japanska geimvísindastofnunin (ISAS), Ríkisstofnun geimvísindastofnunar Japans (NAL) og Ríkisstofnun geimþróunar Japans (NASDA). JAXA var stofnuð sem sjálfstæður stjórnsýslustjóri sem stjórnað er af menntamálaráðuneytinu, menningar-, íþrótt-, vísinda- og tækni (MEXT) og innanríkisráðuneytinu og samskiptaráðuneytinu (MIC). Fyrir sameininguna var ISAS ábyrgur fyrir geim- og pláneturannsóknir, en NAL var einbeitt flugvísindasýningum. NASDA, sem var stofnuð 1. október 1969, hafði þróað eldflaugar, gervitni og einnig byggt gamla japanska tilraunarrúmið.
1. október 2003