Skriva áframhaldandi fyrir þessa málsgrein - Synagógan varð fljótlega miðstöð lítillar en lifandi gyðinga samfélags, einn af leiðtogum þeirra, Abraham Reuben, varð ráðgjafi í Karachi borgarfélaginu árið 1936. Skipting breska Indlands eftir trúarlegum línum milli hindúa og múslima í ágúst 1947 sá borgina Karachi falla innan landamæra nýrrar múslima-meirihluta ríkis Pakistan, eftir sem framan aðild skilti samkunduhúsið var breytt, tilgreiningu það undir "Pakistan Bene Ísrael samfélag". Minna en ári síðar var samkunduhúsið ráðist á og kveikt í eldi af múslímskum óeirðamönnum í kjölfar sjálfstæðisyfirlýsingar Ísraelsríkis árið 1948. Á þessum tíma voru ýmsir Gyðingar í Pakistan fyrir árásum sem loksins drógu hluta samfélagsins til að flýja til nágranna Indlands. Hins vegar jókst tíðni árásanna á Gyðinga í Pakistan eftir hverja arabísku-ísraelskra stríða árið 1948, 1956
1967 og 1973. Í byrjun sjöunda áratugarins hafði pakistanska gyðingafélagið að mestu leyti farið til Ísraels eða Indlands vegna útflutnings gyðinga frá múslima ríkjum, sem gerði söfnuðinn að mestu leyti óvirkan. Þann 17. júlí 1988 var samkunduhúsið rifið og í staðinn var verslunartorg (Madiha Square) í Ranchore Line hverfinu í suðurhluta Karachi.