Í upphafi borgarastyrjaldar yfirgaf Capehart læknastarf sitt í Bridgeport og gekk í her sambandsins. Hann var skipaður regimental skurðlæknir 1. Vestur-Virginía Kavallerí 18. september 1861. Í seinni hluta ársins 1863 tók hann þátt í Gettysburg, Bristoe Station og Mine Run.
Ég veit ūađ ekki. Að tillögum hershöfðingsins Judson Kilpatrick og annarra var Capehart gerður að fulltrúi og tók við af Nathaniel P. Richmond sem sagði af sér vegna heilsufarsvandamála sem hershöfðingi regimentsins 22. febrúar 1864.