Hún var fædd í Manchester og ættleidd af Constance og John William Winterson 21. janúar 1960. Hún ólst upp í Accrington í Lancashire og var alinn upp í Elim Pentecostal kirkjunni. Hún var alinn upp til að verða evangelísk kristin trúboði og hún byrjaði að boða fagnaðarerindið og skrifa prédikur á sex ára aldri. Þegar hún var 16 ára kom Winterson út sem lesbía og yfirgaf heimilið. Hún sótti fljótlega Accrington og Rossendale College og styrkti sig í ýmsum odd jobs meðan hún las ensku í St Catherine's College í Oxford.
St. Catherine's College í Oxford