Átta árum eftir að Ndjissipou keppti í síðustu Ólympíuleikum sínum, komst hann í þriðja sinn fyrir mið-afríska liðið, sem 31 árs gamall, í maraþon hlaupinu fyrir karla.
á Sumarólympíuleikunum 2004 í Aþenu með því að fá sæti á heimsmeistaramóti IAAF í París. Hann lauk hlaupinu með fjörutíu og fjórða sæti á tíma 2:21:23, og var á eftir ítalska hlauparanum og gullverðlaunahafi Stefano Baldini og Brasilíu Vanderlei de Lima (sem hlaupið hafði verið greppt og ýtt af írska mótmælandanum Cornelius Horan) með áætlun um tíu sekúndur. Ndjissipou var þrisvar sinnum Ólympíumeistari og var skipaður af Ólympíunefndinni () til að bera mið-Afríkufánann á opnunartíðahöldunum.