Eftir að hafa verið heilbrigður skraut fyrir fyrstu tvo leiki Bruins á tímabilinu 2008/09, var Alberts skipt til Philadelphia fyrir Ned Lukacevic og skilyrðilegan 2009 Draft val
13. október 2008. Útkoman á yngri varnarmanni Matt Hunwick var að hluta til ábyrg fyrir stækkun hans. Alberts varð óaðskiljanlegur hluti af varnarliði Flyers, sem leiddi liðið í höggum (157) og var í þriðja sæti í blokkaðum skotum (133). Tólf stoðsendingar og 13 stig voru æđisstig hans.