Ljúktu eftirfarandi setningu: Þegar Sovétríkin tóku Litháen í júní 1940 heilsaði Aukštuolis ásamt öðrum ráðamönnum Vladimir Dekanozov, aðstoðarmanni Vyacheslav Molotov, á flugvellinum í Kaunas. Hann var áfram í Litháen þótt eiginkona hans flúði til Argentínu og hann notaði diplómatíska tengiliði sína til að hjálpa Martynas Yčas að flýja til Berlínar. Eftir sovéska yfirráðaskipunina missti Aukštuolis starf sitt í ráðuneytinu en með tilmæli frá Justas Paleckis (þeir unnu saman á Litháenska sendiráðinu í Riga) fékk hann starf sem kennari rússneskrar tungu í framhaldsskóla nr. 1 í Panevėžys. Hann var einn af 17.500 Litháumumönnum sem voru fluttir til Síberíu á
Útflutningur í júní 1941. Aukštuolis endaði ásamt nokkrum öðrum áberandi Litháumönnum, þar á meðal fyrrverandi forseta Aleksandras Stulginskis og ráðherra Stasys Šilingas, í Kraslag í Krasnoyarsk Krai. Árið 1942 var hann og 16 aðrir Litháeningar handteknir aftur og sakaðir um andsóvetna starfsemi. NKVD mælti með dauðadóm, en endanleg dómur um 25 ára fangelsi var tilkynnt aðeins í febrúar 1952 <unk> næstum þremur árum eftir dauða Aukštuolis af völdum bólgu og vannæringar í Dubravlag.