Skrifaðu framhald þessarar málsgreinar - Háskólinn var skipt í tékkneska og þýska hluta árið 1882 og Náttúruvísindasvið varð aðskilin stofnun á árunum 1920-1939. Árið 1939 var skólinn lokaður af hernámsstyrkjum nasista Þýskalands og barst þá grimmileg ofsóknir gegn kennurum og nemendum. Eftir endalok landnámsins árið 1945 blómstraði listadeildin aftur í nokkur ár; þetta var nauðganlega lokið árið 1948 með kommúnistahruninu árið 1948. Virðingu háskólans minnkaði hratt í kjölfar þvingaðrar brottförar fjölda virtra kennara og innleiðingar marksískra-lenínískra náms. Á sjötta áratugnum hófst kennaranámsskólinn hægt og rólega að opna sig fyrir áberandi hugsuðumenn þess tíma, en þessi þróun var snúið við eftir sovéska landnámsárásina árið 1968, sem Jan Palach, nemandi við kennaranámsskólann, mótmælti með því að kveikja í sér. Eftir fall kommúnistastjórnarinnar í Tékkóslóvakíu
Árið 1989 og eftir að fulltrúar félagsins í kennaraflokknum létu af störfum, var það endurreist sem einn af virtustu háskólastofnunum landsins.