Jefferson vildi ekki blanda sér í neina alþjóðlega átök, en hann taldi að það væri best að nota valdi til að hindra Barbary ríkin í að krefjast frekari gjalda. Hann skipaði bandarísku sjóhernum í Miðjarðarhafið til að verja sig gegn Barbary sjóræningjum, sem hóf fyrsta Barbary stríðið
Ég veit ūađ ekki. Fyrstu viðleitni stjórnarinnar tókst að mestu leyti ekki og árið 1803 var fregatinn tekinn af Tripoli. Í febrúar 1804 leiddi liðsforingi Stephen Decatur árangursríka árás á höfn Tripoli sem brenndi "Philadelphia" og gerði Decatur að þjóðhetju. Jefferson og ungur bandarískur flotinn neyddust Túnis og Alger til að brjóta band sitt við Tripoli sem loksins flutti það út úr stríði. Jefferson skipaði einnig fimm aðskildum bátabyltingum á Tripoli, sem endurreistu frið í Miðjarðarhafi um stund, þó að Jefferson hélt áfram að borga hinum Barbary-ríkjunum til loka forsetatíð sinnar.