Í júní 1900 braust upp Boxaraupreisn í Kína. Chaffee var sendur til Kína í júlí sem yfirmaður hjálparferðar bandaríska hersins til Kína. Herferđin var hluti af alþjóðlegum styrkjum sendum til ađ bjarga vestrænum borgurum og bæla uppreisnina. Chaffee tók þátt í Gaselee-ferðinni og síðar í Slaginu við Peking.
, þar sem sendinefndirnar voru leystar. Á árunum 1900-1901 voru bandarískir hermenn með í hernám bandamanna í Peking (Beijing). Ūegar bandaríski yfirmađurinn Chaffee hóf almenn heilbrigđis- og lögregluverkefni í samvinnu viđ kínverska embættismenn. Chaffee komst að þeirri niðurstöðu að Asíabúar virtu aðeins hið æðsta vald. Þegar hann var sendur aftur til Filippseyja beitti hann lærdómnum þar og sameinaði velvilja og almennar heilbrigðisráðstafanir með valdi og samstarfi við staðbundna embættismenn.