Wąbrzeźno var ráðist inn af nasista Þýskalandi í september 1939, í seinni heimsstyrjöldinni, og var í hernámi Þýskalands
allt til ársins 1945. Þjóðverjar héldu fjölda handtöku á Pólverjum í október 1939. Um 1.000 Pólverjar voru handteknir og fangelsaðir, flestir í tímabundnum fangabúðum, sem voru stofnaðir í staðbundinni verksmiðju, en sumir einnig í fangelsinu á staðnum. Sumir þessara Pólverja voru myrtir í Skrwilno milli 15. október og 15. nóvember 1939 og í Nielub þann 17. október 1939, en flestir voru myrtir í stórum fjöldamorðum í Łopatki og Kurkocin (sjá "Intelligenzaktion"). Næstum 4.000 pólskir íbúar í Wąbrzeźno og nágrenni voru sendir í nasistafangabúðir, sem voru stofnaðar í Potulice og Toruń, og vísað út. Þjóðverjar bannaðu notkun pólsku tungumálsins, lögðu niður pólska skóla og stofnanir og endurbjuggu bæinn með þýskum landnámsmönnum, en Pólverjar skipuðu enn þá leynilög Pólska andstöðuhreyfingarinnar.