Skrifaðu framhald fyrir þessa málsgrein - Kovač fulltrúaði Króatíu á tveimur HM, 2002 og 2006, og hefur einnig tekið þátt í tveimur Evrópumótaröðunum, 2004
og 2008. Á HM 2006 lék hann vel í vörn, en eftir að hafa fengið annað gult gegn Japan missti hann af lokamótinu gegn Ástralíu vegna fjöðrunar. Án Kovač átti Króatía erfitt með að verja sig með Tomas sem kom í hans stað og gerði handbolta fyrir fyrsta mark Ástralíu með vítaspyrnu. Króatía gerði jafntefli 2<unk>2 við Ástralíu en var útrýmt úr mótinu. Með Króatíu, Leverkusen og Bayern var Kovač liðsfélagi með eldri bróður sínum Niko Kovač. Hann hætti í landsliðinu haustið 2009 eftir að hafa verið fyrirliði liðsins eftir að bróðir hans hætti í 2008.