Í seinni heimsstyrjöldinni þjónaði MacMillan fyrst í Englandi og setti í gang varnarstefnu gegn hugsanlegri innrás Þjóðverja. Hann var ráðinn aðalstöðvarstjóri IX herdeildar í desember 1941 og var í þessari stöðu á meðan á Landnámi í Norður-Afríku og fram að fall Tunis í maí 1943. Hann var skipaður yfir 152. brígötu í júní 1943 og leiddi hana í farsælu herferðinni á Sísíu.
Ég veit ūađ ekki. Þegar hann kom aftur til Bretlands var honum falið að stjórna 15. skosku deildinni. Hann leiddi deildina í Normandí-baráttunni, í aðgerðum Epsom og Bluecoat, en var særður í lok þeirra. Eftir að hann hafði náð sér aftur var hann aftur fluttur til meginlands Evrópu í nóvember 1944 sem 49 (West Riding) deild GOC nálægt Nijmegen. Eftir dauða Thomas Rennie hershöfðings tók hann við stjórn 51. (Highland) deildarinnar strax eftir að hafa farið yfir Rín 23. mars 1945.