Messier skráđi sig í Michigan State háskķla í fótspor Mitch eldri brķđur síns. Hann lék fyrir Spartans í fjögur ár og var í fyrsta liði CCHA All-Star valinu á eldri árinu 1991-92. Eftir annað ár í háskólanum var Messier valinn af New York Rangers í 1989 NHL Entry Draft
, 118. í heild. Á tíma sínum með Spartans voru nokkrir af liðsfélögum hans Rod Brind'Amour, Kip Miller, Jason Woolley, Bryan Smolinski og Rem Murray.