Obasanjo flaug aftur til Nígeríu í janúar 1966 til að finna landið í miðjum hernaðarupphlaupi.
Í forystu liðsforingja Emmanuel Ifeajuna. Nánast allir þeir sem tóku þátt í að skipuleggja valdarásina voru frá Igbo fólki í suðurhluta Nígeríu. Obasanjo var einn þeirra sem varaði við því að ástandið gæti orðið að borgarastyrjöld. Hann bauðst til að vera milligöngumaður milli valdaránarsinnar og borgaralegrar ríkisstjórnar, sem hafði flutt völdin til herforingja Johnson Aguiyi-Ironsi. Þegar valdaráninu mistókst hitti Olusegun Ironsi í Lagos. Ironsi endaði fljótlega sambandshyggjuna í Nígeríu með sameiningartilskipun sinni í maí 1966, eitthvað sem kveikti á þjóðernisspennu. Í lok júlí átti sér stað annað valdarán. Í Ibadan gerðu hermenn af norður-nígerískum uppruna uppreisn og drápu Ironsi og slátruðu einnig um tvö hundruð Igbo hermenn. General Yakubu Gowon tók völdin.