Ljúka eftirfarandi setningu: 23. ágúst 2015, Bonaventura gerði tímabilið sitt fyrsta þegar Milan tapaði 2<unk>0 fyrir Fiorentina. Í næsta leik gegn Empoli kom Bonaventura inn á völlinn sem varamaður fyrir Suso á 55. mínútu og náði að aðstoða sigurmark Luiz Adriano frá hornspyrnu 15 mínútum síðar. Þann 19. september gerði Bonaventura aðstoð við fyrsta mark Carlos Bacca og skoraði beint úr aukaspyrnu í 3<unk>2 sigri á Palermo. Hann fékk einnig aðra aðstoð og mark í næsta leik Milan, 2 × 3 sigri á Udinese. Aftur aðstoðaði hann bæði Carlos Bacca og Philippe Mexès marki gegn Lazio í 3-1 útileiknum þann 1. nóvember. Hann hélt áfram að standa sig vel undir stjórn Siniša Mihajlović þjálfara liðsins og varð grundvallarleikmaður liðsins á tímabilinu. Eftir að hafa misst af 0<unk>0 jafntefli gegn fyrri liði sínu Atalanta með fjöðrun skoraði hann opnunarmarkið í 4<unk>1 ósigri gegn Sampdoria þann 28. nóvember. Hann skoraði aftur í næsta leik sínum 1. desember, 3-1 Coppa Italia ósigur gegn Crotone, með frábærum 20 jarða fríspyrnu. Þann 20. desember gerði hann aðstoð í marki Carlos Bacca og skoraði seint mark þegar Milan sigraði Frosinone 4-2. Þann 17. janúar 2016 veitti hann aðra stoðsendingu fyrir Carlos Bacca þegar Rossoneri sigraði Fiorentina 2 - 0. Hann endaði tímabilið með 7 mörkum og 8 stoðsendingar í öllum keppnum þar sem Milan endaði í 7. sæti í
Serie A, og tapaði í úrslitum Coppa Italia gegn Juventus, eftir 1-0 tap í framlengingu.