Í framhaldi af þessari málsgrein - 21. júní 2016 notaði Real Madrid endurkaupaákvæði sitt til að endurrita Morata frá Juventus fyrir 30 milljónir evra. Fyrsta keppnisleikur hans var 9. ágúst, þegar hann byrjaði í 3-2 sigri á Sevilla í UEFA Super Cup 2016.
, er skipt út fyrir Benzema eftir 62 mínútur. Fyrsta mark hans kom í 2-1 sigur á heimavelli gegn Celta þann 27. ágúst.