Á 9. febrúar 1995 var Desjardins færður til Philadelphia Flyers ásamt John LeClair og Gilbert Dionne í skiptum fyrir Mark Recchi og 3. umferð í
1995 NHL Entry Draft (Martin Hohenberger). Hann var tekinn inn til að styrkja vörn Flyers og það gerði hann þegar hann vann fyrsta af sjö Barry Ashbee Trophies, verðlaun sem eru veitt árlega til Flyers efsta bláliner. Hann lék það sem eftir var af ferli sínum með Flyers, og náði tveimur NHL öðru liði All-Star val (1999, 2000) og tveimur fleiri All-Star leikur (1996, 2000). 396 stig hans með Flyers eru í öðru sæti á meðal varnarmanna, aðeins á eftir 480 Mark Howe í sögu liðsins. Á tímabilinu 1999-2000 varð Desjardins fyrirliði Flyers þegar Eric Lindros var sviptur fyrirliði vegna kvörtunar sinnar á sjúkraliði Flyers.