Skrifaðu framhald fyrir þessa málsgrein - Að yfirgefa Minnesota, Clarke sneri aftur til Philadelphia til að taka að sér hlutverk Senior Vice President á tímabilinu 1992-1993, og starfaði sem leiðbeinandi fyrir unga fyrirbæri Eric Lindros á fyrstu tímabilinu hans. Clarke flutti skömmu síðar og tók við stöðu framkvæmdastjóra með stækkunarliðinu Florida Panthers, liði sem setti met í stækkunarliðinu fyrir sigra og stig á tímabili 1993-1994. Hann sneri aftur í hlutverk Flyers aðalstjóra fyrir tímabilið 1994-95 (Florida var bótaður með peningum og Philadelphia í annarri umferðinni í 1994 NHL Entry Draft
), og hann byggði liðið upp í bikarkeppni. Á seinni tímabili hans sem framkvæmdastjóri Flyers kom liðið í úrslitakeppnina 11 tímabil í röð en komst í úrslitakeppnina einu sinni (1997). Eftir slæma byrjun á tímabilinu 2006/07 sagði Clarke sig frá vegna mögulegrar útbrennslu og skorts á löngun. Clarke sneri aftur til fyrirtækisins 4. desember 2006 og var útnefndur aðal varaforseti.