Branch gekk í her Bandalagsríkjanna í maí 1861 sem hermaður í Raleigh rifflinum. Síðar sama mánuð tók hann við embætti yfirmanns ríkisins, en lét af því til að starfa á vettvangi. Í september var hann kjörinn alstjóri 33. Hann var ráðinn að hershöfðingi í janúar 1862. Eftir Slag um New Bern var sveit hans sett í deild A.P. Hill í Stonewall Jackson's Corps. Hann var yfirliđshöfđingi í deild Hill. Brígada Branch barðist í bardaga við Hanover Courthouse, sjö daga bardaga, Cedar Mountain, Second Manassas, Chantilly
og Harper's Ferry