Í kjölfar yfirvofandi stríðs við Svíþjóð vildi danska ríkisstjórnin ráða hinn reynda og þekkta Schack í æðstu stöðu í danska hernum. Til þess að fullnægja kröfu Schacks um fastan embætti var hann árið 1658 skipaður yfirliðsforingi, liðsforingi í hest- og fótgönguliði, og var hann gerður aðili að stríðsráði. Hann varð einnig þjóðernisbundinn sem danskur höfðingja og fékk tvö herhús að kostnaðarlausu til æviloka; Riberhus og Møgeltønder (síðar Schackenborg-kastali). Schack var herforingi í Kaupmannahöfn á meðan Svíar lögðu borgarslag á.
frá árinu 1659. Fyrir vel heppnaða vörn borgarinnar var honum umbunað með forgang til feldmarshals. Haustið sama árs leiddi Schack dönsku hersveitirnar til sigurs á Svíum í bardaga við Nyborg.