Sofonisba Anguissola fæddist í Cremona í Lombardíu árið 1532. Hún var elsta af sjö börnum, sex þeirra stúlkur. Faðir hennar, Amilcare Anguissola, var meðlimur í Cremonese höfðingja, og móðir hennar, Bianca Ponzone, var einnig af höfðingja bakgrunni. Fjölskyldan bjó nálægt staðnum þar sem frægur bardagur átti sér stað á 2. öld f.Kr., bardaginn við Trebbia.
, milli Rómverja og Karthaga, og nokkrir meðlimir Anguissola fjölskyldunnar voru nefndir eftir fornri Karthaga sögulegum persónum: Amilcare nefndur fyrsta dóttir hans eftir hörmulega Karthaga mynd Sophonisba, og eini sonur hans Asdrubale eftir stríðsherra Hasdrubal Barca. Amilcare Anguissola, innblásinn af bók Baldassare Castiglione, Il Cortigiano, hvatti allar dætur hans (Sofonisba, Elena, Lucia, Europa, Minerva og Anna Maria) til að rækta og fullkomna hæfileika sína. Fjórar af systrunum (Elena, Lucia, Europa og Anna Maria) urðu málarar en Sofonisba var með öllu hæfust og þekktust og kenndi yngri systkinum sínum. Elena Anguissola (ca. 1532 <unk> 1584) hætti að mála til að verða nunna. Anna María og Europa gáfu upp listina þegar þau giftu sig, en Lússia Anguissola (1536 eða 1538 <unk> 1565 <unk> 1568), besta málarinn af systrum Sofonisbu, dó ung. Hin systir, Minerva, varð rithöfundur og latínukennari. Asdrubale, bróðir Sophonisba, lærði tónlist og latínu, en ekki málverk.