Í kjölfar þess að William O'Bryen Drury var settur í stað Pellews var Doris send til að starfa í Malacca-sundinni í því skyni að ná samstarfi við spænska ríkisstjórnina á Filippseyjum. Fyrir vel heppnaða viðleitni sína fékk hann stjórn á fregatinu HMS "Caroline" árið 1809 og árið eftir var honum falið stjórn á skvadrónu til að ráðast á Mólúkureyjar á frjálsri framkvæmd. Cole sigldi til Banda Neira eyjunnar sem var vel varin og skipulagði djarfa árás þann 10. ágúst 1810 þar sem hermenn hans réðust á festinguna og náðu að taka hana. Á næsta ári gegndi hann forystuhlutverki í skipulagningu innrásarinnar í Java.
, sem var lokið með góðum árangri undir Rear-Admiral Robert Stopford. Fyrir þjónustu sína var hann gerður að riddara í maí 1812, hlaut sérstaklega myntinn heiðursmerki og fékk heiðursdoktorsgráðu frá Háskólanum í Oxford.