20. ágúst skoraði Higuaín sigurmarkið í fyrsta leik sínum í Juventus í opnunarleik þeirra gegn Fiorentina í 2<unk>1 heimasigur. Þann 10. september skoraði hann brace í 3-1 sigri gegn Sassuolo. Þann 29. október skoraði hann sigurmark gegn fyrrum liði sínu, Napoli, en fagnaði ekki marki sínu, í 2<unk>1 sigur á heimavelli. 5. apríl 2017 skoraði Higuaín tvisvar gegn Napoli í seinni hálfleik Coppa Italia 2016-17 til að koma Juventus í úrslitin 5-4 í heildina, þrátt fyrir tap 3-2. Í næstu viku varð hann fyrsti leikmaðurinn til að skora meira en 20 mörk í fyrsta tímabili sínu fyrir Juventus síðan John Charles og Omar Sívori höfðu náð sama árangri á Serie A 1957-58.
Hann skorađi gegn Chievo. Þann 15. apríl skoraði Higuaín bæði mörkin í 2-0 útileigu gegn Pescara, en þar á meðal var 200. mark hans í Evrópu. Þann 3. júní byrjaði Higuaín í úrslitum Meistaradeildarinnar, en Juventus var sigrað 4-1 af Real Madrid sem varði meistara; hann setti tímabundið jafntefli Mario Mandžukić í fyrri hálfleik.