Wofford hafði áður kosið gegn aðskilnaði, en bauð þjónustu sína til ríkisins og Confederate Army. Hann var skipaður fulltrúi í Georgia State Militia, svo skipstjóri í 18. Georgia Infantry í apríl 1861. Þann 25. apríl var Wofford efldur í fulltrúa og þjónaði í Norður-Karólínu og Virgíníu áður en hann var settur í Texas-liðið undir stjórn brigðaforseta John Bell Hood. Hann lék í Yorktown, Eltham's Landing og Seven Pines.
í herferđinni á hálfjörđinni. Wofford og 18. herflokkurinn börðust einnig við Second Bull Run og Antietam, þar sem hann skipaði Texas-liði.