Spalletti var ráðinn þjálfari Roma í annað sinn 13. janúar 2016, eftir að fyrrverandi þjálfari Rudi Garcia var rekinn vegna lélegra árangurs liðsins. Þann 21. febrúar gagnrýndi Francesco Totti Spalletti opinberlega vegna skorts á leiktíma sínum eftir að hann komst aftur úr meiðsli. Í kjölfarið var Totti sleppt af Spalletti fyrir 5 - 0 sigur Roma á Palermo, með ákvörðun sem olli uppnámi meðal stuðningsmanna og fjölmiðla. Eftir fyrstu deilur þeirra, Spalletti byrjaði að nota Totti sem strax áhrifa staðgengill, sem reyndist vera árangursrík ákvörðun, eins og Totti endurfundir formi hans og stuðla með fjórum mörkum og aðstoða eftir að koma af bekknum í fimm samfelldum Serie A
Leikni. Í kjölfarið var Spalletti fær um að leiða Roma frá miðju töflunni í annað sæti í Serie A, og vann undankeppni Meistaradeildarinnar.