Höfuðstöðvar sjóvarliđs voru upphaflega settar upp í hafnarstöđinni í Dacca í Austur-Pakistan árið 1971 en fluttar í Karachi eftir þriðju stríđiđ.
með Indlandi. Árið 1990 voru sjóvarnir skipulagðir í PNS Himalaya í upphafi, en skipulagsstjórn var flutt í Manora Fort sem var staðsett í PNS Qasim sem var endurnefnt sem Qasim Marine Base árið 1995. Allsherjar herstjórn og lóðfræði fyrir sjóhersins eru rekin frá Qasim Marine Base í Karachi.