Hann var valinn í landslið sitt á Copa América Centenario.
og var hluti af argentínsku liðinu sem komst í úrslitin. Varnarmaðurinn lék í úrslitakeppninni þar sem Chile vann 4<unk>2 á vítaspyrnum eftir að leikurinn lauk með markalausu jafntefli. Hann var ekki valinn sem einn af fyrstu fjórum brotthvarfum. Funes Mori skoraði sitt fyrsta landsliðsmóti þann 6. október 2016 í jafntefli 2 á 2 gegn Perú í leik þar sem hann fékk einnig seint vítaspyrnu.