- Þrátt fyrir að hafa verið mikið hrósaður af almenningi fyrir meðhöndlun hans á ríkistjórnmálinu á meðan á hörmungum 1906 stóð
, Pardee hélt áfram að hafa spennt samband við Southern Pacific Railroad, sem hafði verið í gangi frá 1890 á meðan hann var borgarstjóri Oakland. Hlutverk Pardee í vaxandi framsóknarhreyfingu sem treysti ekki stórum einokun fyrirtækja, sem og viðleitni hans til að varðveita og vernda ríkisskógana, var áfram þyrni fyrir stjórnendur Suður-Kyrrahafssvæðisins. Löng og beisk barátta um hafnarvöllinn í Oakland, þar sem Pardee hélt því fram fyrir hönd Oakland að hafnarvöllurinn væri sveitarfélag en ekki einkafyrirtæki, dró út stóran hluta ríkisstjórnar hans. Hæstiréttur Kaliforníu ákvað málið árið 1906 í þágu Oakland. Pardee hvatti einnig til stofnunar nýrra járnbrautarfélaga til að brjóta einokun á Suður-Kyrrahafinu.