Í næstu keppni sem haldin var í Bretlandi þar sem McLaren kom með endurskoðaða útgáfu af bílnum, McLaren MP4/11B, náði Häkkinen fyrsta stigamóti tímabilsins með þriðja sæti. Hins vegar hætti hann við næsta keppni sem haldin var í Þýskalandi vegna bilunar í gírkassa. Þetta markaði tímaskeið í tímabili Häkkinens þar sem hann kláraði næstu þrjár keppnir, þar á meðal þriðja sæti í röð í Belgíu
og Ítalíu. Í september var tilkynnt að Häkkinen yrði áfram hjá McLaren árið 1997, eftir að hafa áður verið tengdur við Williams og Benetton. Hann hætti í fyrri síðustu umferðinni í Portúgal sem varð til vegna áreksturs við liðsfélaga sinn Coulthard, sem skaðaði framhlið Häkkinen og leiddi til þess að hann hætti í 52. hring keppninnar. Hann endaði tímabilið með þriðja sæti í lokamóti tímabilsins sem haldið var í Japan. Häkkinen endaði tímabilið í fimmta sæti í riðlaraflokki og skoraði 31 stig.