Honshu er fjallað og eldfjallað og upplifir oft jarðskjálfta (Jarðskjálftinn í Kantō skaðaði Tokyo í september 1923 og jarðskjálftinn í mars 2011
hreyfði norðausturhluta eyjarinnar af mismunandi magn eins mikið og þegar valdið eyðileggjandi tsunamis). Hæsti tindurinn er virk eldfjöllin Mount Fuji á, sem gerir Honshu sjöunda hæstu eyju heims. Þar eru margar ár, þar á meðal Shinano-ár, langstærsta ár Japans. Japansku Alparnir ná yfir breidd Honshu, frá strönd "Japanska sjávarins" til Kyrrahafsstrandar. Loftslag er almennt blautt subtrópískt í vesturhluta Japans og blautt meginland í norðri.