Í september 1796 var Johnston skipaður aðstoðarmaður John Hunter ríkisstjóra og árið 1800 fékk hann brevet-stöðuna sem herforingi. Sama ár var Johnston handtekinn af William Paterson, liðsstjóra ríkisstjórnarinnar, með ásakanir um að hafa "borgað liðsforingi fyrir áfengi sem hluta af laun hans" og óhlýðni við fyrirmæli. Johnston mótmælti því að hann yrði dæmdur fyrir herrétt í nýlendunni og Hunter sendi hann til Englands. Þar leiddu erfiðleikar við að fara í réttarhöld með vitnum í Ástralíu til þess að málsmeðferðinni var hætt og Johnston sneri aftur til Nýja Suður-Wales árið 1802. Árið 1803 tók Johnston tímabundið stjórn á New South Wales Corps meðan Paterson var veikur og varð þátttakandi í átökum milli konungs og hersins. Í mars 1804 hafđi hann ákveđna framkvæmd ūegar hann skipađi hernum gegn dæmdum sem hefđu uppreisn á Castle Hill.
Ég veit ūađ ekki. Þegar Paterson var sendur til Port Dalrymple varð Johnston yfirmaður New South Wales-liðsins.