Hannigan byrjaði að leika í auglýsingum þegar hún var fjögurra ára. Hún fluttist til Hollywood þegar hún var ellefu ára. Hannigan bjó með móður sinni og gekk í North Hollywood High School. Hannigan fór í próf fyrir umboðsmenn á meðan hún heimsótti föður sinn í Santa Barbara. Eftir að hafa verið í North Hollywood High School gekk hún í California State University í Northridge, þar sem hún var meðlimur í Alpha Chi Omega stúlkafélaginu og fékk gráðu í sálfræði. Fyrsta stóra hlutverk Hannigan var í My Stepmother Is an Alien, vísindaskáldsögu gamanmynd sem kom út árið 1988; einn af meðleikurum hennar í myndinni var Seth Green, sem síðar gekk með henni í venjulegu leikaraflokki Buffy sem kærasti hennar á skjánum.
11