Skrifaðu framhald fyrir þessa málsgrein - Einn af hópi þriggja, þekkt sem "Benjamínar Thugut" (trúna aðstoðarmenn utanríkisráðherra Johann Amadeus Francis de Paula, barón Thugut, á herferðinni 1799, Weyrother starfaði sem starfsmannastjóri Feldzeugmeister Pál Kray, þar sem hann skildi sig á Legnago (26. mars), Magnano (5. apríl) og, nú sem tengiliðsfulltrúi með rússneska feldmarshals Alexander Suvorov, á Novi
15. ágúst. Hann skipulagði síðan æpísku för rússneskra hersinna undir forystu Alexander Suvorov yfir Saint Gotthard Pass. Weyrother var færður í stöðu "Oberst" (fulltrúi) 5. febrúar 1800 og fékk stjórn yfir infanteríuflokk nr. 7 "Schröder", sem var hluti af hernum í Þýskalandi undir stjórn Pál Kray, en frekari meiðsli og þrengingar herferða leiddu til þess að hann yfirgaf herinn til að jafna sig. Hann var kallaður aftur á haustið 1800 og keisarinn Frans II skipaði hann aðalstjóra 18 ára gamla Jóns arkhertogsins af Austurríki, nýs herforingja í Bæjarlandi, og "Adlatus" hans (aðalráðgjafa) Franz von Lauer. Weyrother trúði að frönskur her Jean Moreau væri í afturhaldi og skipulagði árásargjarna eltingu í gegnum þungt skóglendi með fjórum kolumnum sem styðjast ekki. Í staðinn hélt Moreau sér stað, lagði á laggann og umlyktaði vinstri væng austurríkismannanna. Baráttan við Hohenlinden varð öflug fyrir Austurríkismenn og endaði í raun stríðið við aðra samfylkinguna. Weyrother var þó ráðinn hernaðarlegur ráðgjafi nýs utanríkisráðherra, Graf Ludwig Cobenzl, í viðræðunum eftir vopnahlé Steyr, sem leiddi til Luneville friðar árið 1801.