Í ágúst 1999 var innri átök í Anjouan og 1. ágúst það ár sagði 80 ára gamli fyrsti forseti Foundi Abdallah Ibrahim af sér og færði vald yfir til landsfulltrúa, Abeid Said. Stjórnin var felld í valdarán af her og sjóforingjum 9. ágúst 2001. Mohamed Bajouan varð fljótlega leiðtogi junta sem tók við og í lok mánaðarins var hann leiðtogi landsins. Þrátt fyrir tvær tilraunir til að endurheimta stjórn á uppreisnar eyjunum með valdi féllst ekki og nú er Afríkusambandið að ganga í gegnum viðræður til að ná sáttum. Þetta ferli er að mestu lokið, að minnsta kosti í kenningu. Samkvæmt sumum heimildum, kom Mohéli aftur undir stjórn ríkisins árið 1998.
Árið 1997