Sophie Amalienborg var byggð í stað Garðs drottningarinnar, sem var viðbótargarður við Garð konungsins fyrir utan Vesturbæjargáttina, sem hafði verið eyðilagt af sænsku herliðunum í umsátri þeirra á Kaupmannahöfn
í seinni norðurstríðinu á árunum 1658-60.