Í framhaldi af þessari málsgrein - Krísinn um erfðabreytingar árið 1580 hóf sextugs ára tímabil tvöfalda konungsríkis í Portúgal og Spáni undir stjórn Spánverja Habsburga. Þetta er kallað "Domínio Filipino" ("Dómíníum Filippseyinga"), þar sem allir þrír spænsku konungar á þessum tíma voru kallaðir Philip ("Filipe"). Árið 1589 var Lissabon skotmark innrásar Englands.
Francis Drake leiddi, á meðan Elísabet drottning studdi portúgalska forvitni í Antonio, foringi Crato, en stuðningur við Crato skorti og leiðangurinn var misheppnaður. Endurreisnarstríðið í Portúgal, sem hófst með valdarán sem skipulagt var af höfðingjum og borgarastéttinni í Lissabon og framkvæmd 1. desember 1640, endurreisti sjálfstæði Portúgal. Á árunum 1640 til 1668 urðu reglulega átök á milli Portúgal og Spánar, auk stuttra og alvarlegra stríðsátaka þar til Lissabon-samningurinn var undirritaður árið 1668.