Hins vegar getur aukin notkun sýklalyfja leitt til þróunar á sýklalyfjaþolnum straumum af bakteríum. Val á sýklalyfjum veltur í fyrstu á einkennum viðkomandi einstaklings, svo sem aldri, undirliggjandi heilsu og staðsetningu sýkingarinnar var öðlast.
þriðju og fjórðu kynslóðar sefalósporín, karbapenem, flúórkínólón, aminóglykósíðir og vankomýcin