Lynch hefur unnið fjölda verðlauna fyrir hlutverk sitt sem Sue. Á 14. Satellite verðlaununum vann hún Satellite verðlaunin fyrir bestu leikkonu í hlutverki - seríu, miniseríu eða sjónvarpsmynd. Árið eftir vann hún Primetime Emmy-verðlaun fyrir framúrskarandi leikkonu í stuðningshlutverki í gamanþáttum á 62. Primetime Emmy-verðlaununum fyrir frammistöðu sína í þættinum "The Power of Madonna". Hún hlaut TCA-verðlaunin fyrir einstaklingsverkefni í gamanleik á 26. TCA-verðlaununum, auk viðurkenningar fyrir leikara í gamanleikjaflokki á WIN-verðlaununum. Lynch var hluti af leikaraflokki Glee sem hlaut Screen Actors Guild-verðlaunin fyrir framúrskarandi árangur í gamanþáttum.
16. verðlaun Skjáleikarafélagsins. Hún var nefnd uppáhalds kvenkyns sjónvarpsstjarna (Comedy) á Lesbian / Bi People's Choice Awards, sem er rekin af lesbískum fjölmiðlavef AfterEllen.com, og vann sjónvarpsframkvæmd ársins: tónlistar- eða gamanleikjaverðlaun á upphaflegum Dorian verðlaunum, sem endurspeglar hommaáhugi á sjónvarpsbransanum. Árið eftir var Lynch jafn í sama flokki með meðleikara sínum Chris Colfer. Árið 2011 hlaut Lynch einnig Golden Globe verðlaun fyrir bestu leikkonu í hlutverki <unk> seríu, miniseríu eða sjónvarpsmynd á 68. Golden Globe verðlaununum og verðlaun fyrir uppáhalds sjónvarpsleikkonu við 37. People's Choice verðlaunin.