Zebley var sérstakur leynifulltrúi FBI sem vann hjá hryđjuverkasviđinu í sjö ár. Sem FBI-fulltrúi rannsakaði Zebley sprengjuárásir al-Qaeda á bandarískum sendiráðum í Austur-Afríku.
Árið 1998 og eftir árásirnar 11. september var hann settur í PENTTBOM-teymi FBI sem rannsakaði hryðjuverkamennina sem voru ábyrgir fyrir árásunum. Zebley var í handtökuliðinu sem handtók einn af sprengjuárásarmönnum sendiráðsins, Khalfan Khamis Mohamed, í október 1999 í Cape Town í Suður-Afríku. Zebley var einn af rannsķknarmönnum sem byggđi málinu gegn Zacarias Moussaoui, sem var dæmdur til lífstíđarfangelsis. Zebley var vitni í sakamálum Moussaouis og vitnaði um hvernig játning Moussaouis árið 2005 hefði getað hjálpað til við að rekja höggin 11. september mánuðinn fyrir árásirnar ef hann hefði veitt sannarlegar upplýsingar þegar hann var handtekinn í fyrsta skipti.