GT-Einn myndi keppast aðeins einu sinni enn, einn þátttakandi birtist í Le Mans Fuji 1000km 1999. Þrátt fyrir að kappreiðarnar væru að mestu leyti japanskar liðir, og þannig hafi flestir framleiðendur sem keppt höfðu á Le Mans, þurfti Toyota samt að keppa við keppinautann Nissan, sem einnig tók þátt með R391. Í lokin myndi GT-One falla stutt enn einu sinni, enda 2nd og aðeins einn hring á eftir sigur R391. Toyota sigraði hins vegar í LMGTP flokknum (R391 er LMP), sem hefði veitt þeim sjálfkrafa þátttöku í 24 tíma keppni Le Mans árið 2000.
hefđu ūeir haldið áfram GT-One áætluninni.