Gamarra lék fyrir landslið Paraguay 110 sinnum, skoraði 12 mörk, frá 1993 til 2006, fulltrúi liðsins á 10 stórmótum og var fyrirliði liðsins á seinni hluta ferils síns. Hann er annar leikmaður landsliðsins sem hefur spilað flestar leiki. Paulo da Silva sló met hans árið 2013. Gamarra spilaði fyrir Paragvæ á þremur FIFA heimsmeistaramótum (1998, 2002 og 2006), fimm Copa América mótum (1993, 1995, 1997).
, 1999 og 2004), og tvisvar á Ólympíuleikunum (1992 og 2004, þar sem Paragvæ hlaut silfurverðlaun í síðari). Gamarra var útnefndur sem paraguaguagíski knattspyrnumaður ársins árið 1997 og 1998 og var einnig tekinn upp í 1998 FIFA World Cup Team of the Tournament.