Hotchkiss skipstjķri starfađi undir Jackson alla ævi hans. Hann gerði mikið af nákvæmum, ítarlegum og jafnvel fallegum kortum og hjálpaði hershöfðingjanum einnig með því að stjórna persónulega flutningi hersins um landið sem hann hafði orðið svo kunnugur. Heiti Jackson fyrir eldingarhreyfingar og óvænt árásir, sem rugla óvini hans, á að þakka kortun Hotchkiss. Saman unnu þeir í Valley herferðinni, Northern Virginia herferðinni (þar með talið Cedar Mountain, Second Battle of Bull Run, og
Chantilly), Maryland herferðin (þar á meðal Harpers Ferry og Antietam) og bardaginn við Fredericksburg. Í Slaginu við Chancellorsville í maí 1863 bað Jackson Hotchkiss um átta kort af svæðinu vestan Fredericksburg og uppgötvaði ásamt íbúum á staðnum leiðina sem liði Jackson tók í fræga hliðarferðinni gegn her sambandsins. Þann nótt var Jackson særður dauðafæri og dó innan tveggja vikna síðar.