Skrifaðu framhald fyrir þessa málsgrein - Litháen missti sjálfstæði sitt og var smám saman breytt í sovéska sósíalista lýðveldi. Á sama tíma var litauíski herinn smám saman breytt í einingar Rauða hersins. Starfið í herskólanum hætti þegar menn voru kallaðir aftur í sínar einingar, en Raštikis fékk ekki að segja af sér. Hann var ráðinn í 29. skotherlið og var ráðinn varaformaður nefndarinnar sem hafði umsjón með niðurfellingu Litháenskra hersins. Hann var ekki útskrifaður frá virkri þjónustu fyrr en 20. desember. Þann 13. febrúar 1941 óttaðist Raštikis handtöku NKVD sem "óvin fólksins" og yfirgaf eiginkonu sína og þrjár ungar dætur í Kaunas og hélt til Þýskalands. Það var í síðasta sinn sem hann sá dætur sínar sem voru fluttar til Síberíu.
í júní. Hann fór yfir landamærin aðfaranótt 19. mars og var vel tekið á móti Þjóðverjum. Með aðstoð ýmissa Litháana settist hann að í Berlín. Þar tók hann þátt með Kazys Škirpa í skipulagningu Litháenska virkjunarfrontarinnar (LAF). Sérstaklega ritstýrði hann lögum um LAF og dró upp áætlanir um frelsi Litháen.