Murray var upphaflega stuðningsmaður sterkra stefnu Lord Lauderdale, og tók þátt í árás á Covenanters árið 1678, en hann missti tímabundið konunglega velþóknun með því að ráðleggja hófsemi varðandi ráðstafanir gegn þeim. En árið 1679 var hann viðstaddur í bardaga við Bothwell Bridge.
; í júlí 1680 var hann gerður að varaadmiráli Skotlands og árið 1681 forseti þingsins.