Ljúka eftirfarandi setningu: Nesta byrjaði næsta tímabil með því að sigra fyrrum lið sitt Lazio til að ná
Supercoppa Italiana árið 2004. Milan komst einnig í úrslit Meistaradeildarinnar árið 2005, en tapaði fyrir Liverpool á vítaspyrnum, en í Serie A enduðu þeir á eftir meistarunum Juventus. Þrátt fyrir að enda í öðru sæti bæði í Serie A og Meistaradeildinni var Nesta kjörinn í FIFPro World XI árið 2005 í fyrsta skipti í ferlinum fyrir frammistöðu sína.