Vonir um vel heppnaða uppreisn minnkuðu þegar Napóleon sigraði austurrísku hertoga Karla Austurríkis í röð bardaga við Teugen-Hausen.
Abensberg, Eckmühl og Ratisbon, eftir að austurrísku hermennirnir drógu sig úr Tyröllandi og Hofer varð að draga sig aftur í fjöllin. Franski hershöfðinginn François Joseph Lefebvre tók við stjórn Tyrólska sviðsins og báversk og Saksnesk lið undir stjórn Karl Philipp von Wrede 13. maí sigruðu Austurríkismenn í blóðugu átökum við Wörgl. Bávarar tóku aftur Innsbruck 19. maí. En þegar frönsku bandamennirnir fóru, kviknaði uppreisnin aftur.