Ljúka eftirfarandi setningu: Real Madrid hóf tímabilið 2012/13 með því að vinna Supercopa de España og sigra Barcelona með útileikjum. En súperbikarinn reyndist vera eini bikarinn þeirra á tímabilinu, þrátt fyrir að hafa verið nálægt því að vinna þá alla. Real endaði í öðru sæti eftir Barça í La Liga, með 85 stig, og komst í undanúrslit UEFA Meistaradeildarinnar þriðja árið í röð, þar sem þeir voru útrýmdir af Borussia Dortmund 3 × 4 í heild. Madrid kom einnig inn í
Copa del Rey í 32ja umferðinni, fara á eftirminnilegt hlaup í úrslitin, sem sá þá sigra Barcelona í undanúrslitunum áður en þeir töpuðu fyrir Atlético Madrid 1 <unk> 2 a.e.t. í hjörtubrotnum. Stór flutningur tímabilsins var að skrifa undir Luka Modrić frá Tottenham Hotspur fyrir gjald í svæðinu £ 33 milljónir. Eftir tap gegn Atlético Madrid í úrslitum Copa del Rey, tilkynnti Pérez að José Mourinho myndi fara í burtu í lok tímabilsins með "samkomulagi".