Fontaine lék sinn síðasta leik í júlí 1962 og var neyddur til að hætta snemma (28 ára og 11 mánaða gamall) vegna endurtekins meiðsla. Hann stýrði franska landsliðinu í stutta stund árið 1967, en var skipt út eftir aðeins tvo leiki, báðir vináttuleikarnir enduðu í ósigri. Sem þjálfari Marokkó leiddi hann Atlas Lions til 3. í Afríkubikarnum 1980
, sem hefur haft umsjón með uppkomu leikmanna eins og Badou Zaki, Mohammed Timoumi og Aziz Bouderbala. Marokkó komst í lokastig undankeppni heimsmeistaramótsins árið 1982 en var slegið af Kamerún.