Ljúktu eftirfarandi setningu: Stuttu eftir stofnun höfuðstöðvarinnar var expeditionary strikað úr titlinum af öryggisástæðum. Eftir að hafa haft yfirumsjón með herferðinni í Túnis,
Eisenhower yfirgaf AFHQ og sneri aftur til Englands í lok árs 1943 til að taka við stjórn styrkjanna sem voru að safna saman fyrir Operation Overlord, dulnefni bandamanna í Norður-Frakklandi. Hann var aflöguð á AFHQ af Field Marshal Sir Henry M. Wilson. Wilson varð æðsti hershöfðingi á herstöðinni í Miðjarðarhafi og bandarísku herliðunum var síðan falið að stjórna Jacob L. Devers, sem hafði verið yfirmaður hershöfðingsins í ETO frá maí 1943. Sem slíkur hafði Wilson stefnumótandi stjórn á herferðinni í Ítalíu. Hann taldi sterklega fyrir innrás í Þýskaland í gegnum Dónáflötina (í stað Operation Dragoon, dulnefn fyrir innrás bandamanna í Suður-Frakklandi), en þetta átti ekki sér stað þar sem bandamannaherirnir á Ítalíu (AAI) voru stöðugt veikir til að styðja aðra stríðsstaði. Wilson var í stjórn í tæpt ár, þar til hann var sendur til Washington í desember 1944 sem yfirmaður breska sameiginlegu herstöðvarinnar. Wilson varð eftirmaður Field Marshal Sir Harold Alexander sem var æðsti yfirmaður og yfirmaður AFHQ til loka stríðsins.