Á næsta tímabili skrifaði Van Persie undir þriggja og hálfs árs atvinnusamninga við Feyenoord og skoraði fimm mörk í 6-1 KNVB bikarleik gegn AGOVV Apeldoorn 6. febrúar 2003. En vegna árekstra við stjórnanda sinn, Bert van Marwijk, var Van Persie dæmdur í varalið. Í leik með Feyenoord og Ajax var hann einn af nokkrum leikmönnum Feyenoord sem urðu fyrir árásum frá vandamönnum sem höfðu ráðist á völlinn. Rift Van Persie með Van Marwijk hélt áfram þegar hann var sendur heim á vordögum UEFA Super Cup 2002
Í úrslitakeppni gegn Real Madrid eftir að þjálfarinn var ósáttur með líkamstjáningu Van Persie eftir að hann var beðinn um að hita upp fyrir undankeppni Meistaradeildarinnar. Van Persie kláraði sitt fyrsta tímabil með því að skora átta mörk í 28 leikjum. Hann varð í öðru sæti í KNVB bikarnum.