Mary flúði frá Loch Leven árið 1568 en eftir annan ósigur flúði hún yfir landamærin til Englands, þar sem hún hafði einu sinni verið tryggð stuðningi Elísabetar. Fyrsta innsæi Elísabetar var að endurheimta samkonung sinn, en hún og ráðið hennar ákváðu í staðinn að spila öruggt. Í stað þess að hætta á að skila Maríu til Skotlands með enskum her eða senda hana til Frakklands og kaþólskum óvinum Englands, héldu þeir hana í Englandi, þar sem hún var fangelsað næstu nítján ár.
Elísabet