Eftir innrás Axis í Júgóslavíu í apríl 1941 flutti Krek til Palestínu og síðan til London, sem meðlimur í Júgóslavíu ríkisstjórninni í útlegð, undir forystu Dušan Simović. Eftir dauða Fran Kulovec í loftárásinni á Belgrad
, varð Krek leiðtogi útlegðarflokksins, en Marko Natlačen varð leiðtogi flokksins í Slóveníu.