Í upphafi stríðsins var hún skipuð í þriðju eyðimörkudeild Eystrasaltsflotans. Međan Sovétríkin voru rýmd
frá Tallinn til Kronstadt í Barbarossa-herferðinni, var "Yakov Sverdlov" settur sem fylgdarmaður við flaggskipið. Í aðgerðinni lenti hún í minni og sökk nálægt Cape Juminda 28. ágúst 1941. Vrakkið var staðsett og auðkennt 16. júní 2018 en skipið er brotið í tvennt.