Eftir innrás nasista árið 1941 hætti Fílarmóníufélagið starfi sínu og flest dýrmæti skjalasafn þess var eyðilagt. Á tímum þýskrar landnáms í Kýjev var hús félagsins breytt í "þýska hermannaklúbb". Þetta var ein mikilvæg ástæða þess að byggingin var ekki eyðilögð og var ein af fáum eftirlifandi byggingum fyrir stríðið á Khreshchatyk-stræti. Eftir frelsun Kýjev
, hóf Filharmoníufélagið starfsemi sína aftur árið 1944 um leið og fjandskapurinn fluttist frá Kyiv.