Clarke var innlagður á sjúkrahús vegna þreytingar og hjartasjúkdóms árið 1943. Eftir að hann kom heim úr sjúkraleyfi starfaði hann frá janúar til október 1944 sem yfirmaður starfsmanna í hermennskuhermennsku hermanns, Atlantshafsflotans, sem þjálfaði áhöfn fyrir landgang á Sísílíu, Anzio, Normandíu og suðurhluta Frakklands.
Ég veit ūađ ekki. Ráðherra hersins, James Forrestal, skrifaði undir tilnefningu sem veitir Clarke gullstjörnu í stað annarrar Verðlaunaflokks fyrir störf hans í þessu "uppgáfu af mikilvægu máli... stofnun og viðhald háa stríðsviðbúnaðar af bátsskipum og handverki".