Í maí 1940 var Weygand kallaður aftur til starfa og tók yfir franska herinn í hernámi Þjóðverja. Eftir röð hernaðarlegra áfalla ráðlagði Weygand vopnahlé og Frakkland gafst í kjölfarið. Hann gekk til liðs við Vichy-stjórn Philippe Pétain sem varnarmálaráðherra og starfaði þar til í september 1940 þegar hann var ráðinn aðalfulltrúi í frönsku Norður-Afríku. Weygand vildi aðeins takmarkað samstarf við Þýskaland og var rekinn úr starfi í nóvember 1941 að kröfu Hitlers. Í kjölfar
Samfylkingarinnar réðust inn í Norður-Afríku í nóvember 1942 en Weygand var handtekinn af Þjóðverjum og fangelsaður í Itter-kastali í Austurríki til maí 1945. Eftir að hann kom aftur til Frakklands var hann haldinn sem samstarfsmaður í Val-de-Grâce en var sleppt árið 1946 og hreinsaður af ákæru árið 1948. Hann lést í janúar 1965 í París á 98 ára aldri.