Quesnel var settur í virka þjónustu með Ítalíu hernum 6. febrúar 1799. Við upphaf stríðsins í seinni samfylkingunni leiddi Quesnel herdeild í deild Paul Grenier. Deildin samanstóð af þremur herflokkum hver af 17., 24. og 106. hálfbrigðum, ein herflokkur hver af 2. Helvetica herflokki og 1. pólskum herflokki, 450 hestamönnum og einum fótgangandi byssukluti. Hann leiddi herflokk sinn í slaginu við Verona 26. mars 1799, í slaginu við Magnano 5. apríl og í slaginu við Cassano 27.-28. apríl. Í slaginu við Bassignana 12. maí 1799 var hann skotinn í vinstri handlegginn. Í bardaga við Novi (1799)
Quesnel leiddi sveit í deild Pierre Garnier de Laboissière. Sveitin samanstóð af 17. léttri og 63. línusveitarflokki. Sársaukið í handleggnum neyddi hann loksins til að taka leyfi frá hernum. Frá og með 1. júní 1801 gegndi Quesnel herstöð í Cisalpine lýðveldið. Tveimur árum síðar tók hann við stjórn hermanna nálægt Faenza.