Skömmu eftir að hann yfirgaf þingið í lok kjörtímabilsins árið 1986 var Naylor kjörinn formaður Repúblikanaflokksins í Kaliforníu og sat þar frá 1987 til 1989. Sem formaður flokksins stýrði hann tilraunum Repúblikana til að vinna Kaliforníu í forsetakosningunum árið 1988, sem reyndist vera í síðasta sinn sem repúblikönum hefur tekist að vinna í fylkinu í forsetakosningum. Naylor hefur verið fulltrúi Kaliforníu á tíu landsfundum Repúblikanaflokksins, meðal annars árin 1972, 1976 og 1980 (hann var varafulltrúi á árinu 2008).
)