Í sama ári var hann neyddur til að segja af sér stjórn fullorðinsfræðslu miðstöðvarinnar vegna uppreisnar nasista. Að beiðni stjórnar fulltrúa þýskra Gyðinga í Berlín gekk hann í stjórn þess, þar sem hann hafði aðallega að gera með stjórnsýslumál og félagsleg verkefni. Eftir nóvembersárásirnar
Eppstein fékk boð frá Englandi til að halda fyrirlestra í félagsfræði, sem hann neitaði því hann vildi ekki yfirgefa Þýskaland. Í næstu árum var hann handtekinn nokkrum sinnum af Gestapo.