Ljúktu eftirfarandi setningu: Jefferson vildi ekki blanda sér í neina alþjóðlega átök, en hann taldi að það væri best að beita valdi til að hindra Barbary ríkin frá því að krefjast frekari gjalda. Hann fyrirskipađi bandaríska flotann ađ fara í Miđjarđshafiđ til ađ verja sig gegn Barbary sjķræningjunum.
Fyrsta Barbaríustríðið. Fyrstu viðleitni stjórnarinnar tókst að mestu leyti ekki og árið 1803 var fregatinn tekinn af Tripoli. Í febrúar 1804 leiddi liðsforingi Stephen Decatur árangursríka árás á höfn Tripoli sem brenndi "Philadelphia" og gerði Decatur að þjóðhetju. Jefferson og ungur bandarískur flotinn neyddust Túnis og Alger til að brjóta band sitt við Tripoli sem loksins flutti það út úr stríði. Jefferson skipaði einnig fimm aðskildum bátabyltingum á Tripoli, sem endurreistu frið í Miðjarðarhafi um stund, þó að Jefferson hélt áfram að borga hinum Barbary-ríkjunum til loka forsetatíð sinnar.