Undir stjórn Maurizio Sarri, nýs stjóra Napoli, sneri Hamšík aftur til að spila sem miðjumaður á vinstri í þriggja manna miðjunni Napoli fyrir tímabilið 2015-16, sem hann lýsti sem uppáhaldshlutverki sínu. Þann 23. ágúst 2015 skoraði Hamšík fyrsta markið í 2-1 tapinu gegn Sassuolo í upphafsleik Serie A tímabilsins.
Ég veit ūađ ekki. Þann 17. september skoraði hann í 5-0 sigri gegn Club Brugge í riðlakeppninni í Evrópudeildinni. Hann gerði 300. leik sinn í Serie A þann 6. janúar 2016, þar sem hann skoraði í 2 til 1 sigri á heimavelli gegn Torino. Í næsta deildarmótinu, 10. janúar, gerði hann 300. þátttöku sína í Serie A fyrir Napoli í 5-1 útileigu gegn Frosinone, þar sem Napoli lauk fyrri hluta tímabilsins sem óopinber "vetrarmeistari". Hann markaði tilefnið með því að skora mark, sitt 80. í Serie A, sem öll voru skoruð með Napoli.