Rannsóknir Doppler voru truflaðar af byltingatilburðum 1848. Á meðan
Hann flúđi til Vínar eftir Ungversku byltinguna. Þar var hann ráðinn yfirmaður Stofnunar tilraunafræðilegrar eðlisfræði við Háskólann í Vín árið 1850. Þar hafði Doppler, ásamt Franz Unger, áhrif á þróun ungs Gregor Mendel, stofnföður erfðagreiningarinnar, sem var nemandi við Háskólann í Vín frá 1851 til 1853.