Í október 2018 var staðfest að Nakagami myndi vera áfram hjá LCR Honda á vélinni 2018-spec fyrir 2019 MotoGP tímabilið.
ásamt liðsfélaga sínum, Cal Crutchlow. Í fyrri hluta tímabilsins náði hann reglulega 10 efstu úrslitum, en mikill hrun á hollenska TT og í kjölfarið skaða á öxlinni leiddi til lækkunar á formi. Hann valdi að ljúka tímabili sínu fyrir aldur eftir Grand Prix heima sinn til að fara í skurðaðgerð til að laga skaðað öxl og jafna sig fyrir tímabilið 2020. Hann var skipt út fyrir síðustu þrjár umferðir af KTM-útlegð Johann Zarco. Nakagami endaði tímabilið í 13. sæti með 74 stig, meira en tvöfalda nýliða tímabilið sitt.