Þrátt fyrir að kirkjan í Skotlandi hefji rætur sínar aftur til fyrstu kristinna í Skotlandi, var einkennslan hennar einkum mótuð af skosku siðaskiptunum árið 1560. Á þeim tímapunkti brotnu margir í þáverandi kirkjunni í Skotlandi við Róm, í ferli protestantískrar umbótar sem meðal annars var stýrt af John Knox. Hún breytti kenningum sínum og stjórnarháttum, með því að taka til grundvallar meginreglum John Calvin sem Knox hafði verið útsettur fyrir meðan hann bjó í Genf í Sviss. Árið 1560 var samkoma sumra höfðingja, borgamanna og borgarmanna, auk nokkurra kirkjufólks, í andstöðu við drottninguna að vera skoskt þing, afnemaði páfalega lögsögu og samþykkti skotska trúarbrögðin, en samþykkti ekki mörg meginregla sem sett voru fram í fyrstu siðaskiptum Skotlands, sem m.a.t. fullyrtu að margir í þáverandi kirkju í Skotlandi brotnuðu við Róm, í ferli
1560