Í júní 2014 var Beckenbauer bannaður af siðanefnd FIFA í 90 daga frá öllum fótbolta tengdum starfsemi vegna þess að hann neitaði að samstarfa við rannsókn á spillingu sem tengdist úthlutun á heimsmeistaramótum 2018 og 2022.
til Rússlands og Katar. Hann mótmælti banninu, enda hafði hann óskað eftir því að spurningarnar sem honum voru lagðar yrðu á þýsku og skriflegar. Bannið var aflétt eftir að Beckenbauer samþykkti að taka þátt í rannsókn FIFA. Í febrúar 2016 var Beckenbauer sektaður um CHF 7,000 og varaður af siðanefnd FIFA fyrir að hafa ekki unnið með rannsókninni árið 2014.