Jinnahs fjölskylda var frá Gujarati Ismaili bakgrunn, þó Jinnah síðar fylgdi Twelver Shi'a kenningum. Eftir dauða hans, ættingjar hans og aðrir vitni fullyrtu að hann hefði breytt síðar í líf til Sunni sekt. Trú hans á tímum dauða hans var deilt í dómsmálum. Jinnah var frá ríkum kaupmann bakgrunn, faðir hans var kaupmaður og fæddist líklegast árið 1876, til Jinnahbhai Poonja og konu hans Mithibai, í leigu íbúð íbúð á annarri hæð Wazir Mansion nálægt Karachi, nú í Sindh, Pakistan en þá innan Bombay forsetastjórn breska Indíu.
Kutchi og ensku