Árið 1953 varð Dulles fimmti yfirrannsóknarstjóri undir Eisenhower forseta. John Foster Dulles, bróðir Dulles, var utanríkisráðherra Eisenhower. Undir stjórn DDP var Helms sérstaklega falið að verja stofnunina gegn hótun um árás frá Joseph McCarthy þingmanni, og einnig í þróun "sannleikaseðils" og annarra "heilastýringa" lyfja samkvæmt umdeildum MKUltra verkefni CIA. Frá Washington yfirsótti Helms Berlínartunnilinn, njķnsemi í árunum 1953-1954 sem síðar komst í blöđ. Varðandi starfsemi CIA taldi Helms að upplýsingar sem fengnar væru með njósn væru hagstæðari til lengri tíma en áhættusamari verkefni í leyndum aðgerðum, sem gætu haft afturvirkan pólitískan áhrifa. Undir stjórn yfirmanns hans og leiðbeinanda, DDP Wisner, stýrði CIA slíkum leynilegum aðgerðum, sem leiddu til stjórnarbreytinga í Íran 1953 og Gvatemala 1954 og afskipta í Kongó 1960. Á meðan á Suez-kreppunni stóð
og Ungverjalandi árið 1956 varð Wisner í uppnámi vegna trúleysis bandamanna og misstefninga á dýrmætum tækifæri í kalda stríðinu. Wisner hætti í 1958. Dulles skipađi Richard Bissell sem nũjan yfirmann, sem hafđi stjķrnađ njķsnarflugvélinni U-2.