Í seinni Schleswig-stríðinu árið 1864 skipaði Werner korvettum gegn dönskum hersveitum. Werner barđist með heiđursmerki í Jasmund-baráttunni.
, undir stjórn Eduard von Jachmann; Skipi Werners,, var illa skemmt í átökunum og áhöfn hennar varð fyrir 13 mannfalli. Danir hindruðu þó með góðum árangri tilraun Prússinga til að brjótast í gegnum dönsku blokkadan og neyddu þá til að snúa aftur til Swinemünde. Werner og restin af flotnum sem var staðsettur þar voru í höfn í restina af stríðinu.