Ljúka eftirfarandi setningu: Doherty byrjaði tímabilið 2012-13 með því að tapa 4<unk>5 fyrir Stuart Bingham í annarri umferð Wuxi Classic og 3<unk>5 fyrir Martin Gould í fyrstu umferð
Australian Goldfields Open. Hann kom loksins saman fyrsta opinbera 147 brot í ferli sínum á Paul Hunter Classic 2012 í Þýskalandi í fyrstu umferðinni gegn Julian Treiber. Hann komst áfram í undanúrslit og tapaði 0-4 fyrir Mark Selby. Doherty tapaði í undankeppni fyrir Shanghai Masters og 2012 UK Championship og náði ekki að komast lengra en í wildcard hringnum á alþjóðlegu meistaramótinu. Í fimmta European Tour mótinu, Scottish Open, sá hann undan eins og Luca Brecel og Ryan Day til að komast í undanúrslitin þar sem hann tapaði 2 × 4 gegn Ding Junhui. Doherty var útrýmdur í fyrstu umferð þýska meistaraflokksins af Peter Lines, en átti síðan besta keppni sína á tímabilinu á Welsh Open. Hann sigraði fjórfaldan heimsmeistara John Higgins 4<unk>1 og Tom Ford 4<unk>3 til að komast í undanúrslitin. Hann leiddi Stuart Bingham 2<unk>0, en röð af saknaðum pottum sá Doherty missa sjálfstraustið og hann fór að tapa 3<unk>5. Fyrrnefnd hlaup hans í undanúrslit Scottish Open hjálpaði honum að ljúka 16. á PTC Order of Merit til að komast í úrslitakeppnina sem einn af 26 bestu leikmönnum en hann tapaði 2<unk>4 fyrir Kurt Maflin í fyrstu umferðinni. Doherty náði næstum því að koma sér upp í einni af merkjum sínum gegn Matthew Selt í lokaumferð á undankeppni heimsmeistaramótsins þar sem hann jafnaði úr 4<unk>9 niður í 9<unk>9, en missti afgerandi ramman. Niðurstaðan þýddi að þetta var fyrsta tímabilið þar sem Doherty hafði ekki komið fram í neinum af þrífaldum kórónu mótum snookersins. Doherty hækkaði röðun sína um átta sæti á tímabilinu til að klára það í 27. sæti heimsins.