Fischer er fæddur í Höchst á Main, sem er nú borgarhverfi í Frankfurt. Foreldrar hans voru Dr. Eugen Fischer, framkvæmdastjóri fyrirtækisins Kalle & Co, Wiesbaden, og Privatdozent við Technical High School, Stuttgart, og Anna Herdegen. Hann fór í grunnskóla í Stuttgart, og síðar í "Humanistisches Gymnasium" í Wiesbaden, matriculated árið 1899. Hann las efnafræði og læknisfræði, fyrst við Háskólann í Lausanne og síðan í Marburg. Hann útskrifaðist árið 1904, og árið 1908 hann hæfir fyrir M.D. Spurning: Eugene fischers sonur sótti hvaða tvo háskóla?
Háskólinn í Lausanne og svo í Marburg