Hann hóf feril sinn í baráttu gegn byltingarherjum Frakklands. Í fyrri hluta stríðsins við fyrstu samfylkinguna vann hann sigur við Neerwinden árið 1793, áður en hann var sigraður við Wattignies 1793 og Fleurus 1794. Árið 1796, sem yfirmaður allra austurrískra hersinna við Rínið, sigraði Karl Jean-Baptiste Jourdan við Amberg og Würzburg, og vann síðan sigur við Emmendingen sem neyddi Jean Victor Marie Moreau til að draga sig aftur yfir Rínið. Hann sigrađi einnig andstæðinga í Zürich, Ostrach
, Stockach og Messkirch árið 1799. Hann breytti hernum í Austurríki þannig að þeir tóku upp meginregluna um að þjóðin væri í vopnum. Árið 1809 tók hann þátt í stríði fimmtu samfylkingarinnar og gerði Napóleon fyrsta stóra bakslag sitt við Aspern-Essling, áður en hann varð fyrir ósigri í blóðuga bardaga við Wagram. Eftir Wagram sá Karl engar meiri verulegar aðgerðir í Napóleonastríðunum.