Skrifaðu framhald fyrir þessa málsgrein - Þrátt fyrir mjög góða 89 mörk í 165 leikjum fyrir "Bianconeri" var Inzaghi fljótt settur á bekkinn í þágu David Trezeguet og 2. júlí 2001 skrifaði undir fyrir AC Milan fyrir greint 70 milljarða líra, eða 45 milljarða líra í reiðufé auk Cristian Zenoni. (Sky Sports greindi frá minni heildarfjölda, 17 milljónir punda) fyrir keppnina 2001-02 af þjálfara Fatih Terim. Juventus tilkynnti að sölu Inzaghi skilaði fjármagnstekjum á 31,1 milljónir evra til félagsins, sem gerir raunverulegt flutningsgjald miklu meira en þessi tala. Inzaghi meiddist í hné og missti af fyrri hluta tímabilsins. Eftir að hann kom aftur var hann fær um að skapa sterka markmannasamstarf með Andriy Shevchenko og hann hlaut fljótlega áhrifamikinn bikartali með "Rossoneri" undir nýjum stjóra Carlo Ancelotti, þar á meðal Meistaradeildina 2002-03 (þar sem Milan sigraði fyrri lið sitt, Juventus, í úrslitakeppninni á vítateigjum), ásamt Coppa Italia 2002-03 (skoraði í 2-2 jafntefli í seinni leiknum), UEFA Super Cup 2003, Supercoppa Italiana 2004
, og 2003-04 "Scudetto". Í keppninni í Meistaradeildinni 2002/03 skoraði hann sitt þriðja hat-trick í Meistaradeildinni gegn Deportivo de La Coruña í riðlakeppninni og markmið í undanúrslitum gegn Ajax, samtals 12 mörk í Evrópu á tímabilinu. Í nóvember 2004 skrifaði hann undir framlengingu á samningi við félagið.