O'Malley var ráðinn aðstoðarbiskup biskupsdæmisins Saint Thomas 30. maí 1984 af Jóhannes Páli II. Hann fékk biskupsvígslu sína 2. ágúst eftir það af Edward John Harper biskup, með James Hickey erkibiskup og Eugene Marino biskup sem voru meðvígendur.
Erkibiskupinn