Melas hafði hins vegar ekki hleypt umsátri Genúa og 4. júní gekk franska herinn út með allan búnað til Frakklands samkvæmt skilmálum um viðræðuna um rýmingu borgarinnar. Napóleon stóð síðan frammi fyrir þeirri möguleika að, þökk sé bresku yfirráðinu á Miðjarðarhafi, fjarri því að falla til baka, gætu Austurríkismenn í staðinn tekið Genóa sem nýja grunnstöð sína og verið útbúnir með sjó. Varnarstöðu hans kom ekki í veg fyrir þetta; hann þurfti að finna og ráðast á Austurríkismenn áður en þeir gátu endurskipulagt sig. Hann gekk því frá Stradella í átt að Alessandria, þar sem Melas var, og gerði greinilega ekkert. Napóleon var sannfærður um að Melas væri við það að draga sig til baka og sendi sterka lið til að hindra leið Melas norður til Po-fljóts og suður til Genóa. Á þessum tímapunkti réðst Melas á, og þrátt fyrir alla snilld fyrri herferðar, fann Napóleon sig í verulegum óhag í eftirfarandi Baráttu Marengo
14. júní Napóleon var árangursríkur sigraður í hörðum bardaga á morgnana og snemma eftir hádegi; Melas, sem hélt að hann hefði þegar unnið, hafði skilað afhendingu coup de grace til undirgefandi, þegar fljótur aftur afskekktur franska styrk undir Desaix og öflugur franska mótsókn (í framhaldi sem Desaix var drepinn) breytt bardaga í mikilvægum franska sigur.