Í árinu 1997 til 1998 átti hann sæti í Formúlu 1 hjá nýstofnuðu Stewart Grand Prix liðinu, sem var að hluta í eigu gamla F3 yfirmannsins hans Paul Stewart. Stofnandi liðsins, Jackie Stewart, lýsti honum einu sinni sem "hægi ungi ökumaður sem hefur komið fram síðan Ayrton Senna", en frammistaða hans var vanhæf. Hann skoraði eina meistaraverðlaunapunktinn sinn í síðasta keppni sinni í F1, 1998 Canadian Grand Prix
; fyrir restina af tímabilinu var hann skipt út fyrir Jos Verstappen. Magnussen byrjaði 24 GP, einn færri en hann tók þátt í, vegna þess að bíllinn hans var skemmdur í slysi við upphaf Brasilíu Grand Prix 1997 sem varð til þess að hann hætti áður en hann byrjaði aftur.