Skrifaðu framhald þessarar málsgreinar - Löhr tók við af hershöfðingi Walter Kuntze sem yfirhershöfðingi 12. hersins 3. júlí 1942. Hann var ráðinn yfirmaður Wehrmacht í Suðaustur-Evrópu 1. ágúst 1942 og frá 28. desember 1942 var staðan endurnefnd sem yfirmaður í Suðaustur-Evrópu. Herlið undir hans stjórn var einnig kallað herflokkur E og hann var ráðinn sem herforingi þess. Í þessu hlutverki stjórnaði Löhr öllum undirgefnum stjórnvöldum í suðaustur-Evrópu, þar á meðal yfirhershöfðingjanum í Serbíu (Paul Bader), hershöfðingjanum í Salóník-Egearhafssvæðinu, hershöfðingjanum í suðurhluta Grikklands, hershöfðingjanum á Krít, hershöfðingjanum í Egearhafinu, þýska fulltrúahöfðingjanum í Sjálfstæðisríki Króatíu, yfirhershöfðingjanum þýskra herja í Króatíu og hernaðarfulltrúa í Sófíu í Búlgaríu. Löhr skipulagði fjórðu og fimmtu árásina.
gegn Jķgóslavískum Partísanum árið 1943, en flestir þeirra sem voru teknir í fangelsi, þar á meðal særðu, voru myrtir á staðnum. Löhr var yfirmaður herflokks E og sá um herferðina á Dodecanese. Þann 26. ágúst 1944, þegar bandamennirnir voru að keyra á Þýskaland á þremur frontum, fyrirskipaði Hitler Löhr að fara að rýma herflokki E úr Grikklandi og flytja norður til að verja föðurland.