Áđur og í borgarastyrjöldinni var Pennsylvanía skipt ríki. Þótt Pennsylvanía hefði bannað þrælahald, töldu margir íhaldsmenn í Pennsylvaníu að ríkisstjórnin ætti ekki að blanda sér í þrælahald. Einn slíkur einstaklingur var demókrati James Buchanan, síðasti forseti fyrir borgarastyrjöldina. Flokkur Buchanan hafði yfirleitt unnið forsetakosningar og stjórnarkosningar í Pennsylvaníu. Fyrsta ráðstefna hins nýstofnađa Repúblikanaflokks
Í kosningunum árið 1860 vann Repúblikanaflokkurinn forsetakosningar í fylkinu og embætti landstjķra. Eftir að Crittenden-samningurinn misheppnaðist, aðskilnaður Suðurríkjanna og bardaginn við Fort Sumter hófst borgarastyrjöldin með Pennsylvaníu sem lykilfélaga sambandsins. Þrátt fyrir sigur repúblikana í kosningunum árið 1860 héldu demókratar áfram að vera öflugir í ríkinu og nokkrir "koparhöfuð" kölluðu til friðar í stríðinu. Lýðræðisflokkurinn náði aftur stjórn á löggjafarþingi fylkisins í kosningunum árið 1862, en Andrew Curtin, núverandi ríkisstjóri Repúblikana, hélt stjórn á ríkisstjórninni árið 1863. Í kosningunum árið 1864 sigraði Lincoln George B. McClellan, sem fæddist í Pennsylvaníu, með örlítilli sigri.