Þegar borgarastyrjöldin hófst fékk Battle embætti sem maíor í 3. Alabama-flóttaherflogi 28. apríl 1861 og var sendur með regimentinu til Norfolk í Virginíu. Þann 31. júlí var hann færður í stöðu liðsforingi. Hann barđist í Slaginu við Sjö Pína.
Hann var kynntur í fulltrúa 31. maí 1862. Hann missti af sjö daga bardaga, en sneri aftur í herinn í tíma fyrir Maryland herferðina, í september 1862, sem barðist í bardaga við South Mountain og Antietam. Hann meiddist eftir að hafa fallið af hesti sínum rétt fyrir herferðina í Chancellorsville og neyddist til að gefa af sér stjórn. Þó að hann tók aftur við stjórnina aðeins daginn síðar versnuðu meiðslin hans þegar hesturinn hans stökk í skurð og neyddi hann til að skila stjórninni aftur.