Mathews og hermenn hans gegndu einnig lykilhlutverki í lokin á Anglo-Zanzibar stríðinu
sem kom út úr tilraun til að komast framhjá kröfunni um að nýir sultanir þurfi að vera skoðaðir af breska ráðherra. Á meðan hann var forsætisráðherra hélt Mathews áfram að taka þátt í hernum og var hluti af tveimur stórum herferðum, einum til Witu og öðrum til Mwele.