Maguire hefur verið skítugur síðan hann var 19 ára eftir að hafa upplifað "nokkra erfiðleika" með áfengi í seinni hluta unglingsáranna. Maguire hitti skartgripasmíðkonuna Jennifer Meyer árið 2003 þegar hann var að skjóta myndina Seabiscuit í Universal Studios og þau trúlofuðust í apríl 2006. Dóttir þeirra fæddist í nóvember 2006. Maguire og Meyer giftust 3. september 2007 í Hawaii.
Kona á Hawaii