Í upphafi stríðsins í seinni samfylkingunni árið 1799 var hann yfirmaður í Cisalpine lýðveldið sem starfaði sem Aide de Camp (ADC) til Jean Victor Marie Moreau, þá Barthélemy Catherine Joubert á meðan á herferðinni í Norður-Ítalíu stóð. Eftir dauða Jouberts í hörmulegu bardaga við Novi
Í 1800, flúði Balabio með hernum sínum og gekk til liðs við styrkjum undir stjórn André Masséna, og skildi sig sem ADC í umsátri Genóa 1800, sem hann var kveðinn á fulltrúa.