Í 1260 eyðilögðu Baybars og Mamluk-her hans kirkjuna við árás sína á Nasaret. Lítill fjöldi fransískra manna tókst að vera í Nasaret þar til Akre féll árið 1291. Í þremur öldum sem fylgdu voru fransískar í og úr Nasaret, allt eftir pólitískri stöðu á staðnum, sem var stöðugt í breytingum. Fransískir frásagnir frá þessu tímabili skrá útvísun þeirra árið 1363, endurkomu þeirra árið 1468 og fjöldamorð á sumum meðlimum þeirra árið 1542.
Árið 1954