Khan krafðist opinberlega afsökunar frá Pakistan fyrir hryðjuverkin sem gerð voru í Bangladesh árið 1971.
, hann kallaði 1971 aðgerðina "mistök" og líkti henni við meðferð Pashtuns í dag í stríði gegn hryðjuverkum. Hins vegar gagnrýndi hann ítrekað stríðsglæp í Bangladess í þágu sakborninganna. Khan er oft gerður að gríni sem "Taliban Khan" vegna friðarsinnaðar afstöðu hans til stríðsins í norðvestur-Pakistan. Hann trúir á samningaviðræður við Taliban og að Pakistan her fari úr FATA (Federally Administered Tribal Areas). Hann er á móti bandarískum drónaárásum og hyggst draga Pakistan úr stríði Bandaríkjanna gegn hryðjuverkum. Khan er einnig andvígur nánast öllum hernaðaraðgerðum, þar á meðal umsátri Lal Masjid.