Agron fæddist í Savannah, Georgia, og ólst upp í San Antonio, Texas, og San Francisco, Kaliforníu, dóttir Maríu (frú Barnes) og Ronald S. Agron, framkvæmdastjóra Hyatt hótela. Vegna starfs föður hennar, Agron sagði að hún og fjölskylda hennar hafi lifað á mismunandi hótelum uppvaxandi. Hún hefur yngri bróður, Jason. Faðir hennar fæddist í gyðingafjölskyldu, en móðir hennar breytti sér í gyðingdóm. Agron sótti hebreska skóla og átti Bat Mitzvah. Forfeður hennar voru gyðingar frá Austur-Evrópu sem upprunalega eftirnafn "Agronsky" var, samkvæmt henni, breytt af innflytjendafulltrúa á Ellis Island, en það virðist hafa breytt fjölskyldu nafni eftir að koma í Bandaríkjunum.
Hebreska skólinn