Eftir sameiginlega þýsk-sóveríska innrásina í Póllandi, sem hóf seinni heimsstyrjöldina í september 1939, var bærinn hersettur af Þýskalandi
, sem framkvæmdi þjóðarmorð gegn pólskum og gyðingum á staðnum. Chełmża var einn af stöðum þar sem Þjóðverjar framkvæmdu aftökur á Pólverjum árið 1939 sem hluti af "Intelligenzaktion". Margir Póllendingar, sérstaklega kennarar, voru einnig drepnir í Barbarka skóginum í Toruń í dag, einnig sem hluti af "Intelligenzaktion". Þýska ríkið á þeim tíma taldi Pólverja og Gyðinga vera "untermenschen" og ætlaði að útrýma þeim sem þjóðernisflokkum. Til að komast undan þessari örlögum tóku margir Póllendingar III og IV hópur Volksliste. Í byrjun árs 1945 í Chełmża voru pólskir þvingaðir verkamenn fluttir frá Jajkowo þvingaðir af Þjóðverjum til Organisation Todt, en sumum tókst að flýja. Í kjölfar þýskrar útrýmingar og kúgunar fækkaði íbúum bæjarins í 10.000 í mars 1945.