Þessi flokkun byggir mikið á notkun á röð ribosómum RNA gen til að afhjúpa tengsl milli lífvera (molekulari phylogenetics). Flestir menningarhæfar og vel rannsakaðar tegundir archaea eru meðlimir tveggja helstu ættkvísla, Euryarchaeota og Crenarchaeota. Aðrir hópar hafa verið tilraunalega stofnaðir. Til dæmis er sérstök tegund Nanoarchaeum equitans, sem var uppgötvuð árið 2003, hefur fengið sína eigin ættkvísla, Nanoarchaeota. Nýtt flokkunarkerfi Korarchaeota hefur einnig verið lagt til. Það er lítið af lífverum sem deila sameiginlegum rekstrareiginlegum eiginleikum og sameiginlegum forfeðrum.
Euryarchaeota og Crenarchaeota