Í maí 1864 var hann fluttur til að stjórna skothernum í umsátri Petersburg. Þann 12. desember 1864 tilnefndi Abraham Lincoln forseti Abbot til ráðningar í stöðu brevet brigadírs hershöfðingja sjálfboðaliða til að skipa frá 1. ágúst 1864 og Bandaríkjaþing staðfesti ráðninguna 20. febrúar 1865. Í desember 1864 var hann settur í forystu yfir öllum árásarglabyssum í Potomac-hernum og James-hernum sem voru að herja um Petersburg. Í janúar 1865 bað Alfred H. Terry hershöfðingja Abbot um að fylgja leiðangursliði sínu til Fort Fisher. Abbot skipaði brígödu umstæðis umburðarstólverja í vel heppnuðu
Annað bardaga við Fort Fisher.