Fyrirtækið hélt áfram í restina af árinu 1945 og 1946 og flutti hermenn. Samt sem áður lækkaði farþegafjöldi og heildartekjur um meira en fimmtíu prósent. Örlög járnbrautarinnar urðu ákveðin eftir jarðskjálftann á Aleut-eyjum árið 1946
og sjķfarbylgjuna sem varð í kjölfariđ 1. apríl 1946.