Kingsley var fjórða af fimm börnum Charles Kingsley séra og konu hans Maríu. Hann fæddist í Barnack í Northamptonshire 14. febrúar 1826. Charles Kingsley og skáldsögumaðurinn Henry Kingsley voru bræður hans og rithöfundurinn Charlotte Chanter var systir hans. Hann hlaut menntun í King's College School í London, í Háskólanum í Edinborg, þar sem hann útskrifaðist sem læknir árið 1846, og í París, þar sem hann var létt særður í
Baríkadirnar frá 1848. Síðar árið 1848 var starfsemi hans í baráttunni gegn kólera í Englandi minnt af bróður hans Charles í portrett Tom Thurnall í "Two Years Ago".