Vonir um árangursríka uppreisn minnkuðu þegar Napóleon sigraði austurrísku hermenn Karls erkihertoga Austurríkis í röð bardaga við Teugen-Hausen, Abensberg
, Eckmühl og Ratisbon, eftir sem austurrísku hermennirnir drógu sig úr Tyröllandi og Hofer þurfti að draga sig aftur í fjöllin. Franski hershöfðinginn François Joseph Lefebvre tók við stjórn Tyrólska sviðsins og báversk og Saksnesk lið undir stjórn Karl Philipp von Wrede 13. maí sigruðu Austurríkismenn í blóðugu átökum við Wörgl. Bávarar tóku aftur Innsbruck 19. maí. En þegar frönsku bandamennirnir fóru, kviknaði uppreisnin aftur.