Eftir tímabilið 2012 samþykktu Scutaro og Giants þriggja ára, 20 milljón dala samning sem varð opinber 7. desember 2012. Árið 2013 var Scutaro byrjunarliðsmaðurinn í annarri leikvöll, með Tony Abreu og Nick Noonan sem helstu varnarmenn hans. Í 81 leik í fyrri hálfleik sló Scutaro.316/.367/.400 með 2 HR, 22 RBI og 37 R, og hann var nefndur í 2013 MLB All-Star Game
Ég veit ūađ ekki. Scutaro spilaði sinn síðasta leik á árinu 2013 þann 15. september og var formlega lokað 24. september. Hann fór í skurðaðgerð 27. september þar sem var sett inn nála í vinstri pinkinn til að leiðrétta hamlafingur hans, meiðsli sem hann varð fyrir 11. júní gegn Pirates þegar hann var högginn af Tony Watson. Í 127 leikjum árið 2013 sló hann.297/.357/.369 með 2 HR, 31 RBI og 57 R.