Amer lék aðalhlutverk í hernaðarstjórnarsviptingu Farouk konungs árið 1952 sem kom Muhammad Naguib hershöfðingjanum og Gamal Abdel Nasser yfirstjóra til valda. Á næsta ári var Amer kynntur beint úr herforingi í herforingi, þar sem hann komst yfir fjórar herstöður og varð yfirmaður herforingja í Egyptalandi. Árið 1956 var Amer ráðinn yfirmaður sameiginlegs herforingja sem stofnað var af Egyptum og Sýrlandi. Hann leiddi einnig Egyptalandsliði gegn bæði Ísraelsmönnum og bandamönnum Bretlands og Frakklands í Suez-stríðinu árið 1956.
Ég veit ūađ ekki. Eftir að átökunum lauk ákærði Amer Nasser fyrir að kveikja á óþarfa stríði og síðan að kenna hernum um niðurstöðuna. Sem fulltrúi Nasser í Sýrlandi var Amer handtekinn af uppreisnarmönnum í Sýrlandi árið 1961 og sendur aftur til Kaíró.