Ljúka eftirfarandi setningu: Í september 1796 var Johnston ráðinn aðstoðarmaður John Hunter ríkisstjóra og árið 1800 fékk hann brevet-stöðuna sem herforingi. Sama ár var Johnston handtekinn af William Paterson, liðsstjóra ríkisstjórnarinnar, með ásakanir um að hafa "borgað liðsforingi fyrir áfengi sem hluta af laun hans" og óhlýðni við fyrirmæli. Johnston mótmælti því að hann yrði dæmdur fyrir herrétt í nýlendunni og Hunter sendi hann til Englands. Þar leiddu erfiðleikar við að fara í réttarhöld með vitnum í Ástralíu til þess að málsmeðferðinni var hætt og Johnston sneri aftur til Nýja Suður-Wales árið 1802. Árið 1803 tók Johnston tímabundið stjórn á New South Wales Corps meðan Paterson var veikur og varð þátttakandi í átökum milli konungs og hersins. Í mars 1804 hann virkaði með ákvörðun þegar í stjórn her send á móti sumum
Dæmdir sem gerđu uppreisn á Castle Hill. Þegar Paterson var sendur til Port Dalrymple varð Johnston yfirmaður New South Wales-liðsins.