Flestir bakteríur komast í lungun í gegnum litlar þráhyggjur lífvera sem búa í hálsi eða nefi. Helmingur eðlilegra fólks hefur þessar litlu þráhyggjur í svefni. Þótt hálsinn innihaldi alltaf bakteríur, eru hugsanlega smitandi þar aðeins á ákveðnum tímum og við ákveðnar aðstæður. Minnihluti af tegundum baktería eins og Mycobacterium tuberculosis og Legionella pneumophila komast í lungun í gegnum mengaðar loftdropa. Bakteríur geta einnig breiðst út í gegnum blóðið. Þegar þær eru komnar í lungun geta bakteríur ráðist inn í rýmið milli frumna og milli alveola, þar sem makrófagar og hlutfrumna (varnarhvítt blóðfrumur) reyna að gera bakteríurnar óvirkar.
í gegnum blóðið