Flestir bakteríur komast í lungun í gegnum litlar þráhyggjur lífvera sem búa í hálsi eða nefi. Helmingur eðlilegra fólks hefur þessar litlu þráhyggjur í svefni. Þótt hálsinn innihaldi alltaf bakteríur, eru hugsanlega smitandi þar aðeins á ákveðnum tímum og við ákveðnar aðstæður. Minnihluti bakteríutýpa eins og Mycobacterium tuberculosis og Legionella pneumophila ná í lungun í gegnum mengaðar loftdropa. Bakteríur geta einnig breiðst út í gegnum blóðið. Þegar þær eru komnar í lungun geta bakteríur ráðist inn í rýmið á milli frumna og á milli alveola, þar sem makrófagar og hlutfrumna (varnarhvítt blóðfrumur) reyna að gera bakteríurnar óvirkar.
Makrófagar og hlutlausir blóðkornar (varnarhvít blóðkorn) reyna að gera bakteríurnar óvirkar.