Í mars 1941 varð Giffen yfirmaður krússaherflokks. Hann leiddi Neutrality Patrol í Norður-Atlantshafi í sívaxandi "stríðshyggjum" síðari hluta árs 1941. Þegar stríðið hófst formlega fyrir Bandaríkin í desember var hann yfirmaður yfirborðstríða sem fylgdi fylgiferðum og starfaði stundum með breska heimaflotanum. Í nóvember 1942 tók hann þátt í
Innrásin í Norður-Afríku, þar sem starfshópur hans réðst á frönskum herskipum og flugvélum við Casablanca í Marokkó.