Neuer byrjaði tímabilið með því að tapa í DFL-Supercup 2013 fyrir Borussia Dortmund. Fyrir UEFA Super Cup árið 2013
Þann 30. ágúst 2013 bjargaði hann síðasta og afgerandi vítaspyrnunni sem gerði Bayern München sigur í leiknum gegn Chelsea og hefndi fyrir tap í úrslitaleiknum í Meistaradeild Evrópu 2012. Í FIFA Club World Cup spilaði Neuer gegn Guangzhou Evergrande í undanúrslitum og Raja Casablanca í úrslitum. Neuer var kynntur sem markvörður ársins 2013. Þann 9. febrúar mætti Bayern Arsenal í úrslitakeppni Meistaradeildarinnar og Neuer bjargaði vítaspyrnu frá Mesut Özil í fyrri hálfleik. Bayern vann leikinn 2 - 0 í burtu. Þann 2. maí 2014 framlengdi Neuer núverandi samning sinn til sumars 2019. Neuer kláraði tímabilið með 31 leik í Bundesliga, fimm leikjum í þýska bikarnum, 12 leikjum í Meistaradeild Evrópu, einum leik í þýska Superbikarnum, einum leik í UEFA Superbikarnum, tveimur leikjum í FIFA klúbbheimsmeistaramótaröðinni í samtals 52 leikjum.