Í framhaldi af þessari málsgrein - Frá árinu 1170 var stjórn Goryeo í raun stjórnað af fjölda öflugra fjölskyldna úr stríðsmannaflokknum, einkum Choe-fjölskyldunni, í herræðisherræði sem líkist "shogunate". Á herstjórnarárunum stóð Goryeo gegn innrás mongólska heimsveldisins.
í næstum 30 ár, þar til stjórnarhöfðinginn í Choe fjölskyldunni var myrtur árið 1258 af andstæðingum í dómstólnum, eftir það var vald endurreist í konungsveldi og friður var gerður við Mongols; en valdabarátta hélt áfram í dómstólnum og herstjórn lauk ekki fyrr en 1270. Frá þeim tíma varð Goryeo hálf sjálfstæð "svína-þjóð" mongólsk-leiðandi Yuan-ættarinnar með konunglegum hjónaböndum og blóðböndum. Sjálfstæði var endurheimt undir stjórn Gongmin um miðja 14. öld, og eftir það hækkuðu hershöfðingjarnir Choe Yeong og Yi Seong-gye til frægðar með sigrum á innrásarherjum Rauðturbans frá norðri og Wokou marauders frá suðri. Árið 1388 var Yi Seong-gye sendur til að ráðast inn í Ming-veldisins í Liaodong, en hann sneri styrkjum sínum við og sigraði Choe Yeong í "ríkistyrjöld"; árið 1392 skipti hann Goryeo út fyrir nýja ríkið Joseon, og endaði 474 ára stjórn Goryeo á Kóreu.