Beltrán de la Cueva er best þekktur fyrir að hafa átt í ástarsambandi við aðra eiginkonu Henry, Joan frá Portúgal. Það var talið að eina barn Henry, Joan var faðir Beltrán og ekki af konunginum sjálfum, sem gæti hafa verið vanmætti. Þessi sögusagnir leiddu til fjögurra ára stríðs um Kastilíu.
, sem var unnið af Isabella I, hálfsystur Henriks. Það er ólíklegt að sagnfræðingar nái samkomulagi um líklegt föðurskap Jóans, þar sem ekki er nægilegt um að stuðla að hvoru tveggja mögulega föður með vissu. Flestir þeirra heimilda sem enn eru til um vald Henriks eru grunsamlegir, þar sem króníkur hans voru annaðhvort skrifaðar eða endurskoðaðar undir áhrifum Ísabellu, sem hafði mikinn áhuga á eftirfylgni konungs og gerði sér mikið fyrir að halda því fram að Jóhanna væri ólögráða. Isabella beindi miklu af athygli sinni til Henriks til þess að skaða orðspor hans til að styrkja lögmæti eigin valdatíðar sinnar. Spurningin um föðurskap Jóhannesar hefur því heillað sagnfræðinga um aldir: Ef Jóhanna var í raun ekki dóttir Beltrans og var í raun lögmæt, hefði mikil áhrif ríkisstjórnar Ísabellu verið ólögleg eignarnám.