En emirinn fékk aðeins tímabundið hlé. Þegar borgarastyrjöldin í Rússlandi minnkaði sendi Moskva styrktarliði til Mið-Asíu. Þann 2. september 1920 réðust vel agaðir og vel útbúnir hermenn Rauða hersins undir stjórn bolsjevíkska hershöfðingja Mikhail Frunze á borgina.
Ég veit ūađ ekki. Eftir fjögurra daga átök var örk Bukhara eyðilögð, rauði fáninn hækkaður ofan af Kalyan Minaretinu og Emír Alim Khan neyddist til að flýja til grunnstöðvar sinnar í Dushanbe (í Tajikistan í dag) og loks til Kabúl í Afganistan, þar sem hann lést árið 1944. Hann er grafinn á Shuadoi Solehin kirkjugarðinum.