Ljúka eftirfarandi setningu: Fjölskylda Bačkis í Litháen var ofsótt af Sovétríkjunum; bróðir hans Juozas var
Hann var fluttur til Síberíu í júní 1941 og dó þar ári seinna. Klimas var handtekinn af Gestapo í september 1943 sem lét Bačkis æðsta diplómat í Frakklandi. Sama ár varði Bačkis doktorsritgerð sína um Litháanska samninginn (útgefið á Litháensku árið 2007). Eftir stríðið viðurkenndi Frakkland ekki opinberlega lýðræðisþjónustu Litháen, Lettlands eða Eistlands, en leyfði þeim að starfa óopinberlega. Bačkis hélt áfram að fræða ýmsa embættismenn um landnám Litháen og þrýsti fyrir því að viðurkenna ekki Litháenska SSR til að tryggja áframhaldandi ríkisstjórn. Hann gaf einnig út upplýsingablað um mál Litháeninga (þ.m.t. 33 tölu af "Questions Lithuaniennes", 8 tölu af "Bulletin Lithuanien" og bókina "Peuples opprimés. La tragédie des Etats Baltes"), aðstoðaði Litháensk flóttamenn o.fl. Árið 1948 hafði Bačkis samband við Juozas Lukša, andsóvetíska flokksmann sem náði að flýja járnforðann, og hjálpaði honum að dreifa upplýsingum um vopnaða baráttu. Árið 1949 stofnaði Evrópuhreyfingin nefnd um mið- og austur-evrópska lönd, undir forystu breska þingmannsins Harold Macmillan, sem fulltrúi ýmissa austur-evrópska ríkja. Bačkis varð varaformaður nefndarinnar árið 1951. Hann var einnig litvískur fulltrúi í Sambandi evrópskra sambandsmanna, gekk í hóp Nouvelles équipes internationales (Nýja alþjóðaliðshópar) og í ráðstefnu fangaðra evrópskra þjóða. Bačkis hvatti einnig til endurreisnar Litháenska kaþólsku vísindaakademíunnar og kynnti rannsóknarrit í fundum hennar. Árið 1950 fékk hann heiðursmerki heilags Gregors hins mikla frá Vatíkaninu.