Torres var valinn til að byrja af nýjum stjóra Chelsea José Mourinho gegn Hull City á opnunardegi 2013-14 tímabilsins, þar sem hann vann fimmta mínútu vítaspyrnu. Hann skoraði sitt fyrsta mark á tímabilinu í 2013 UEFA Super Cup
gegn Bayern München. Þann 28. september 2013 var hann sendur út eftir að hafa fengið tvö gul spjöld í 1×1 leik Chelsea í ensku úrvalsdeildinni gegn Tottenham Hotspur á White Hart Lane.