Lyons var í Boston College í stuttan tíma, áður en hann var ráðinn rektor Gonzaga College. Hann tók við embættinu 27. desember 1908 og tók við af Joseph J. Himmel. Skömmu eftir að hann tók við embætti, jarðskjálfti
Skólinn hélt hátíðlega helgistund fyrir fórnarlömbin, sem var haldin af Diomede Falconio biskupi og söngin af Bonaventura Cerretti. Denis J. O'Connell biskup, Charles Joseph Bonaparte dómsmálaráðherra, Joseph Himmel, sendiherra Ítalíu í Bandaríkjunum, og prestar úr dominíkönskum, fransískum og pólískum trúfélögum voru viðstaddir. Veiting var haldin til heiðurs nýjum forseta 10. febrúar, sem var sótt af þingmanni William Bourke Cockran. Stjórnartíð Lyons lauk 8. júlí 1909 þegar Eugene DeL tók við af honum. McDonnell. Ég veit.