Clarke var einn áhrifamesti og kjarsmatískasti franska-írski herforinginn í franska hernum á Napóleons tímabili. Hann var í nánum tengslum viđ Írsku liđsliđ Frakka. Faðir hans þjónaði í Dillon's Regiment (þar sem Clarke sjálfur þjónaði um tíma) og faðir móður hans og nokkrir frændur þjónaði í Clare's Regiment. Þegar franska byltingin braust út þjónaði Clarke í fyrstu frönsku byltingarstyrjöldunum í hernum við Rín og árið 1793 var hann orðinn "général de brigade". Árið 1795 var Clarke handtekinn í stuttan tíma. Eftir lausn sína bjó Clarke í Elsass þar til Lazare Carnot sendi hann til Ítalíu til að þjóna sem yfirmaður landfræðistofnunar Napóleons Bonaparte, þar til hann var sendur til Sardiníu. Eftir 18 Brumaire starfaði Clarke sem yfirmaður jarðfræðistofu, ráðherra ríkisins, ríkissáttasemjara fyrir herinn og flotann. Í stríðinu gegn Austurríki árið 1805 var Clarke ráðinn landstjóri Vínar og í stríðinu gegn Prússlandi
Árið 1806 var hann landstjóri í Erfurt og Berlín.