Fassbender er orðinn kaþólskur, en fer samt í kirkju til að kveikja á kertum. Hann er stuðningsmaður knattspyrnudeildar Liverpool. Árið 2010 bar þáverandi kærasta Fassbender, Sunawin Andrews, fram kæru gegn honum í Los Angeles County Superior Court, þar sem hún sagðist hafa "kastað mér yfir stól og brotið nefið á mér" árið 2009, og að hann hefði einnig dregið hana meðfram bílnum sínum, sært ökkla og hné, auk þess að hún hafi sprungið.
Ljósið á milli hafsins