Í 1991 var Walkinshaw ráðinn sem verkfræðistjóri Benetton F1 liðsins sem vann síðan 1995 Formula One World Championship. Hann var þátttakandi í ráðningu Michael Schumacher hjá Benetton eftir frumraun Þjóðverjans í Formúlu 1
með Jordan liðið. Sem verkfræðistjóri var hlutverk hans einnig skoðað þegar liðið var rannsakað vegna gruns um tæknileg brot á tímabilinu 1994, þar á meðal hugsanlega notkun bannsömra rafrænna hjálpartækja og óheimilra breytinga á bensínútbúnaði sem notaður var á bílum. Þó að ólöglegur hugbúnaður hafi fundist í Benettons, hafði FIA enga sönnunargögn um að það hefði einhvern tíma verið notað í keppni og engin aðgerð var tekin gegn liðinu.