McKinnon fæddist og ólst upp á Long Island í bænum Sea Cliff í New York. Hún á yngri systur, Emily Lynne. Faðir hennar dó þegar hún var 18 ára. Sem barn spilaði McKinnon nokkur hljóðfæri. Hún byrjaði að spila á píanó þegar hún var 5 ára, á selló þegar hún var 12 ára, og kenndi sér að spila á gítar þegar hún var 15. Hún útskrifaðist frá North Shore High School árið 2002 og frá Columbia University árið 2006 með gráðu í leikhúsinu, þar sem hún var meðstofnandi gamanflokks, Tea Party, sem einbeitti sér að tónlistarlegum gamanleikjum.
Te-veisla