Í framhaldi af þessari málsgrein - Árið 1998 hafði O'Neill einbeitt sér að Osama bin Laden og stofnað skrifstofu Al-Qaeda í deild sinni. Í ágúst 1998 voru sprengdar tvær sendiráð Bandaríkjanna
í fljótu röð í samtíma árásum í Nairobi í Kenía og Dar es Salaam í Tansaníu. O'Neill vonađi ađ taka þátt í rannsķkninni af ūví hann hefđi öðlast mikla vitneskju um al-Qaeda hryđjuverkalínuna. Hann sannfærði Freeh FBI-stjóra um að láta skrifstofu sína sjá um málið og Mary Jo White saksóknari sagði síðar: "John O'Neill, í rannsóknum á sprengjuárásum á sendiráðum okkar í Austur-Afríku, skapaði fyrirmynd fyrir farsælar rannsóknir á alþjóðlegum hryðjuverkum um allan heim".