Falcao missti af fyrsta La Liga leik ársins 2013 vegna vöðvaþreytu, en kom aftur í öðrum leik gegn Real Zaragoza 13. janúar, þar sem hann skoraði víti í 2-0 sigri. Í fyrri umferð Copa del Rey
í undanúrslitum gegn Betis skoraði Falcao höfuðleik í 2 til 0 sigri þann 18. janúar. Hann meiddist í vöðva meiðsli í leik þann 20. janúar, sem varð til þess að hann missti af þremur leikjum, þar á meðal seinni liði Copa del Rey fjórðungs úrslita gegn Betis og fyrsta liði undanúrslita gegn Sevilla. Falcao kom aftur í seinni leikinn til að skora gegn Sevilla í 2 <unk> 2 jafntefli og hjálpaði Atlético að komast í úrslitin með 4 <unk> 3 heildarmarki. Falcao skoraði tvöfalt gegn Granada í þægilegum 5 til 0 sigri þann 14. apríl. Annað markið var 200. mark Falcao í ferlinum (það telja bæði félag og þjóð). Viku síðar skoraði Falcao eina markið í 0<unk>1 sigur gegn Sevilla á Ramón Sánchez Pizjuán leikvanginum.