Í september 2004 kvaðst Basayev bera ábyrgð á skotárásinni á Beslan skóla.
Í ūessum árásum létust yfir 350 manns, flestir börn, og hundruđ fleiri særđust. Rússneska ríkisstjórnin bauð upp á 300 milljónir rúbla (10 milljónir dollara) fyrir upplýsingar sem leiðu til handtöku hans. Basayev sjálfur tók ekki þátt í handtöku skólans, en sagðist hafa skipulagt og fjármagnað árásina, og hrósaði því að öll aðgerðin kostaði aðeins 8.000 evrur. Þann 17. september 2004 gaf Basayev út yfirlýsingu þar sem hann kvaðst bera ábyrgð á skotárásinni á skólann og sagði að Riyadus-Salihiin "Martyr Battalion" hans hefði framkvæmt þessa og aðrar árásir. Í skilaboðum sínum lýsti Basayev fjöldamorðinu í Beslan sem "hræðilegri hörmung" og gaf Rússneska forsetanum Vladimir Putin sökina á því.