Ljúka eftirfarandi setningu: 18. september 2020 skoraði Müller sitt fyrsta mark á tímabilinu og gaf eina stoðsendingu í 8-0 sigri á Schalke 04. Hann náði seinna að vinna
UEFA Super Cup og DFL-Supercup til að vera hans 27. bikar í klúbb feril hans; þar af leiðandi varð hann mest skreyttur leikmaður í þýskri sögu, sem braut fyrri met 26 bikar unnið af fyrrverandi liðsfélaga Bayern Bastian Schweinsteiger. Þann 11. febrúar 2021 greindi hann jákvætt fyrir COVID-19 og fór í sóttkví; þar af leiðandi gat hann ekki spilað í úrslitaleiknum í FIFA Club World Cup 2020.