13. apríl 1796 var Willot fluttur í "Rhin-et-Moselle her". Hann tók við stjórn 8. herdeildar 25. júlí sama ár. Þetta var í Marseilles þar sem hann sagðist vera hlutlaus en náði að móðga Jakobínum. Napóleon Bonaparte átti áhrif á að fá hann burt. Á þessum tíma gekk hann til liðs við konungshyggjuflokknum. Augljķst var ađ pólitískar tilhneigingar hans væru vel þekktar af ūví Pierre Augereau sagđi ađ Willot í Marseille hefđi næstum gert upp á Arcole-baráttuna.
herferðinni með því að styrkja ekki "her Ítalíu". Willot var kjörinn í Fimmhundraðarráðið 11. apríl 1797. Hann var kjörinn fyrir Bouches-du-Rhône með 102 af 203 atkvæðum. Hann varð ritari ráðsins og síðar eftirlitsmaður.