Ljúka eftirfarandi setningu: Að gera pólitískt bandalag við vígkonu keisarans og verða varanlegur óvinur Guangxu keisarans yfirgaf Yuan höfuðborgina árið 1899 til nýrrar ráðningar sem ríkisstjóri Shandong. Á þriggja ára tímabili hans braust út Boxer uppreisn (1899-1901); Yuan sá um að kúga Boxers í héraðinu, þó að hermenn hans tóku ekki virkan þátt utan Shandong sjálft. Yuan tók hliðina á framandi flokknum í keisarastólnum ásamt Qing prins, Li Hongzhang og Ronglu. Hann neitaði að standa með Boxers og ráðast á átta þjóða bandalag styrkjum, sameinast öðrum kínverskum ríkisstjórum sem skipaði umtalsverðum nútímavæddum herjum eins og Zhang Zhidong sem tók ekki þátt í Boxers uppreisn. Hann og Zhang hunsuðu stríðsyfirlýsingu Cixi dömu keisarkonunnar gegn erlendum öflum og héldu áfram að kúga Boxers. Þessi hópur var þekktur sem "Mútuel vernd Suðaustur-Kína". Auk þess að berjast ekki við Samfylkingin átta þjóða og kúga Boxers í Shandong, Yuan og herinn hans (Hægri deild) hjálpaði einnig Samfylkinginni átta þjóðum að kúga Boxers eftir
Samfylkingin náði Peking í ágúst 1900. Herir Yuan Shikai myrtu tugþúsundir manna í átökunum gegn Boxurum í Zhili. Yuan starfaði frá Baoding í herferðinni, sem lauk árið 1902.