Skrifa áframhaldandi grein fyrir þessari málsgrein - 9. september 1939 var Wejherowo tekið af Wehrmacht. Eftir innrásina í Póllandi, sem markaði upphaf síðari heimsstyrjaldarinnar, var Wejherowo fylgt við Nasista Þýskaland og var stjórnað sem hluti af Regierungsbezirk Danzig í héraðinu Reichsgau Danzig-Vestur-Prússland. Flestir gyðinga í bænum voru myrtir af nasistunum á meðan á hernáminu stóð.
, á meðan margir Póllendingar á staðnum voru einnig fórnarlömb útrýmingarstefnu nasista.