Í seinni heimsstyrjöldinni var dýragarðurinn sprengdur tvisvar.
, af Nasismönnum 1941 og Samfylkingunum 1944, sem skemmdu mannvirkjunum mjög og drap flest dýr. Dýragarðurinn missti einnig sjö hektara af landi. Sprengjuárás á dýragarðinn árið 1941 var lýst í "The Second World War" eftir Winston Churchill og í kvikmynd Emir Kusturica "Underground" árið 1995. Miodrag Savković, stjórnandi dýragarðsins í heimsstyrjöldinni, var handtekinn strax af nýjum kommúnistayfirvöldum og skotinn, þótt ákærurnar gegn honum eða hvíldarstaður hans séu þekktar.