Ljúka eftirfarandi setningu: 11.-14. september 1939, í innrásinni í Pólland, sem hóf seinni heimsstyrjöldina, barðust þýsku og pólsku hersveitirnar í Przemyśl-stríðinu í borginni og í nágrenni. Eftir bardagann kom þýska "Einsatzgruppe I" inn í borgina til að fremja ýmis grimmd gegn íbúum og "Einsatzgruppe zbV" kom inn til að taka yfir pólska iðnaðinn. Í kjölfarið voru þrír dagar af fjöldamorðum gerð af þýskum hermönnum, lögreglu og "Einsatzgruppe I" gegn hundruðum Gyðinga sem bjuggu í borginni. Alls voru rúmlega 500 Gyðingar myrtir í borginni og nágrenni hennar og langflestir Gyðinga í borginni voru fluttir yfir Sanfljót í þann hluta Póllands sem Sovétríkin réðu yfir. Landamærin milli innrásarmanna fóru í gegnum miðju borgarinnar meðfram Sanfljóti fram í júní 1941.
Przemyśl var hluti af Kraków-héraði almennra ríkisstjórnar. Meðlimir "Einsatzgruppe I" stofnuðu staðbundna þýska lögreglu. 10. nóvember 1939 gerðu Þjóðverjar fjölda handtöku pólskra í vinstri banka Przemyśl og sýslunni, sem hluti af "Intelligenzaktion". Pólverjar sem voru handteknir voru handteknir í fangelsi þýsku lögreglunnar á staðnum og síðan fluttir í fangelsi í Kraków, en þaðan voru þeir loksins fluttir til Auschwitz-fangabúðarinnar. Hinn rétta banka hluti borgarinnar sem Sovétríkin héldu yfir var innlimaður í Úkraínska SSR í andrúmslofti NKVD hryðjuverka þar sem þúsundum Gyðinga var skipað að vera flutt. Það varð hluti af nýstofnuðu Drohobych-héraði. Árið 1940 varð borgin stjórnsýslumiðstöð Peremyshl Uyezd með Peremyshl styrktarumdæmi sem var stofnað meðfram nasista-sóveríska landamærunum fyrir þýsku árásina á Sovétríkin árið 1941.