Skrifaðu framhald fyrir þessa málsgrein - Yegipko sneri aftur til Sovétríkjanna í ágúst 1938, og tók við embætti forstöðumanna seinni kafbátaflotans á Svartahafinu. Hann gegndi þessari stöðu til desember 1939, þegar hann varð yfirmaður kafbátarbrigöðu Eystrasaltsflotans. Hann gegndi þessari stöðu í Sovétríkinu og hætti í maí 1940 til að hefja nám sitt á flotadeildinni. Hann útskrifaðist í apríl 1941 og var kynntur 26. apríl í skipstjóra 1. flokks. Frá þessum mánuði og fram í september var hann yfirmaður 1. kafbátaherdeildar Eystrasaltsflotans. Yegipko tók þátt í hernaðaraðgerðum í kjölfar innrásar Þjóðverja í Sovétríkin í júní 1941. Á meðan Sovétmenn rýmdu frá Tallinn
Í ágúst 1941 lenti kafbáti hans, S-5, í minju og Yegipko var sprengdur úr stjórnstöðinni út í vatnið. Hann var bjargađur međ mikinn heilaskjálfta af öðru skipi. Frá september til október 1941 var hann í boði herstjórnar Eystrasaltsflotans, áður en hann var ráðinn sem flotadeildarfulltrúi hjá sendiráði Sovétríkjanna í Bretlandi. Yegipko starfaði oft sem fylgdarmaður á breskum herskipum og sigldi um borð í breskum skipum í Arctic-samgöngum.