Pinckney var einnig æðsti prestur í Mother Emanuel A.M.E. í Charleston. Árið 2015 var Pinckney myrtur af Dylann Roof í
kynþáttaáhrif í skotárás á biblíunámskeiði í kirkjunni. Barack Obama forseti flutti minningarræðu og söng "Amazing Grace" í jarðarför Pinckney níu dögum síðar.