Í viðbrögðum við viðvörun utanríkisráðuneytisins árið 1996 um bin Laden og sprengjuárásir á bandarísku sendiráðunum í Austur-Afríku árið 1998
eftir að al-Qaeda (sem drap 224 manns, þar á meðal 12 Bandaríkjamenn), Clinton skipaði nokkrum hernaðarlegum verkefnum til að fanga eða drepa bin Laden, sem allir voru árangurslausir. Í ágúst 1998 skipaði Clinton flugskeytiárásum á hryðjuverkamenn í Afganistan og Súdán, þar sem skotmark var lyfjaverksmiðjan Al-Shifa í Súdán, sem var grunaður um að aðstoða bin Laden við að framleiða efnavopn, og þjálfunarbúðir bin Laden í Afganistan.