Havanna liggur á norðurströnd Kúbu, sunnan við Florida Keys, þar sem Mexíkóflóa lendir í Atlantshafi. Borgin nær mest vestur og suður frá fjörunni, sem er inn í gegnum þröngt hafnarlög og sem skiptist í þrjár helstu höfn: Marimelena, Guanabacoa og Atarés.
Flórídasund