15. júní 1941, rétt viku fyrir innrás nasista Þýskalands í Rússland, var Vitkauskas sendur í herskólanum í Moskvu til að ljúka námskeiðum fyrir æðstu yfirmenn. Það var hluti af stærra frumkvæði til að senda Litháenska yfirmenn á ýmis námskeið og skipta þeim út fyrir Rússum. Tvær skýringar eru gefnar <unk> sem undirbúningur fyrir þýsku innrásina eða varúðarráðstafanir gegn hugsanlegri uppreisn vegna útrásar í júní
Ég veit ūađ ekki. Að sögn eiginkonu Vitkaukas voru skipunin um að fara til Moskvu brýnn og Vitkauskas var settur undir vopnaða vörslu á lestarstöðinni. Eftir að hafa lokið námskeiðunum í desember 1941 kenndi hann aðferðir stórra hersveitar. Hann var meðlimur Hæstaráðs Sovétríkjanna frá 1941 til 1954.