Masur var giftur þrisvar og átti samanlagt fimm börn. Í fyrsta hjónabandi hans við Brigitte Stütze eignaðist hann þrjú börn, tvo syni og dóttur, en það endaði með skilnaði árið 1966. Hann og önnur eiginkona hans, Irmgard Elsa Kaul, eignuðust dóttur, Carolin Masur, sem varð óperusöngkona. Irmgard Masur dó árið 1972 í bílslysi þar sem Masur varð alvarlega slasaður. Árið 1975 giftist hann þriðju eiginkonu sinni, sopranó og fiðluleikara, Tomoko Sakurai: þau eignuðust einn son, Ken-David, klassískt söngvara og stjórnandi.
þrjú