Hann átti að berjast við hugenótaherinn í nokkur ár. Hann barðist í Arques-baráttunni árið 1589. Sama ár var Karl Emmanúel landstjóri í París þegar hugenóttuhermenn undir forystu Henríks af Navarra lögðu París í umsátur. Í umsátri fórst Henrik III franska konungur og Henrik af Navarra lýsti sér fljótlega út sem Henrik IV franska konungur. Karl Emmanúel slapp og barðist gegn nýútnefndum konungi við Ivry.
1590 sem var afgerandi tap fyrir kaþólska deildina. Sama ár var hann yfirmaður kaþólskra hersinna í umsátri Parísar og varði borgina með góðum árangri.