Á háskólanum skrifaði hann í Straits Times undir dulnefninu "C.H.E". og nemendablaði, þar sem hann stuðlaði hörðum höndum að málsneskum réttindum, svo sem að endurheimta málsneskt sem opinbert tungumál. Á meðan Mahathir starfaði sem læknir í Al Setor, varð Mahathir virkur í UMNO; við fyrstu almennum kosningum fyrir sjálfstætt ríki Malaya árið 1959, var hann formaður flokksins í Kedah. Þrátt fyrir frægð sína í UMNO, var Mahathir ekki valdandi frambjóðandi frambjóðandi í 1959 kosningum, í kjölfar ósamræmis við forsætisráðherra Malaya? Hann sagði sig hins vegar vera "málefnalegur leiðtogi" í Singapúr, eftir að hann hafði misst sæti sitt sem forsætisráðherra í Singapúr, eftir að hann hafði verið valinn forsætisráðherra í Singapúr. Hann var þó ekki nógu talsverður til að koma aftur inn í ríkisstjórn Malaya, eftir að hann hafði verið valinn forsætisráðherra. "
Mahathir