Móðir hans, Isabel Fenton, úr fjölskyldu sem hafði þjáðst af tengslum við Stuart uppreisn, ákvað að hann ætti að fá fyrsta flokks menntun, og sendi hann fyrst í sóknarskóla og síðan í Montrose Academy, þar sem hann var áfram til óvenjulega aldurs sjö og hálfs. Hann gekk síðan í Háskólann í Edinborg, þar sem hann skildi sig sem grískur fræðimaður. Í október 1789, hann var vígður sem ráðherra í kirkjunni í Skotlandi, en hitti með litlum árangri. Samkvæmt John Stuart Mill's sjálfsævisögu, faðir hans, þó "fræðin í skotska skógerðarmannsskóla, hafði gefið út tuttugu eigin skógerðarmannsskóla, og leiddi hann sjálfur í gegnum sína eigin metnaðarfulla rannsóknir.
Millur