Í 1238 myndaði Gregúr 9. páfi bandalag Genóa og Feneyja gegn keisaradæminu og þar með gegn Pisa líka. Ári síðar bannfór hann Fríðrik II. úr kirkjunni og boðaði til ráðstefnu í Róm árið 1241 gegn keisaradæmi. Þann 3. maí 1241 réðst sameinaður flot af skipum frá Pisan og Sísílíu, undir forystu Enzo sonar keisara, á Genóa-samgönguflokk sem flutti prelata frá Norður-Ítalíu og Frakklandi, við eyjuna Giglio (Battle of Giglio
), fyrir framan Toskana; Genuverjar töpuðu 25 skipum, á meðan um þúsund sjómenn, tveir kardínallar og einn biskup voru teknir í fangelsi. Eftir þennan mikla sigur féll ráðstefnan í Róm en Pisa var bannfærð. Þessi gríðarlega úrræði var aðeins aflétt árið 1257. En tóskanska borgin reyndi að nýta sér hagstæða stöðu til að sigra Aleria á Korsíku og jafnvel leggja Genóa í umlög árið 1243.