Hann starfaði fyrst á skrifstofu bandaríska saksóknara fyrir norðurhluta Kaliforníu í San Francisco, þar sem hann varð yfirmaður glæpsamlega deildarinnar, og árið 1982 flutti hann til Boston til að vinna á skrifstofu bandaríska saksóknara fyrir Massachusetts sem aðstoðarmaður bandarísks saksóknara, þar sem hann rannsakaði og ákæraði helstu fjármálasvik, hryðjuverk og opinberar spillingar, auk fíkniefna samsæris og alþjóðlegra peningaþjóna. Eftir að hafa starfað sem samstarfsaðili hjá lögmannsstofunni í Boston og Barlow Hill, vann Mueller við ríkisstjórnina til San Francisco til 1976. Hann starfaði síðan 12 ár í saksóknaraembættum Bandaríkjanna. Hann vann fyrst á skrifstofu bandaríska saksóknara fyrir norðurhluta Kaliforníu í San Francisco, þar sem hann varð yfirmaður glæpsamlega deildarinnar, og árið 1982 flutti hann til Boston til að vinna á skrifstofu bandaríska saksóknara fyrir Massachusetts sem aðstoðarmaður bandarísks saksóknara, þar sem hann rannsakaði og ákæraði stór fjármá
Lögfræðiskólinn í háskólanum í Virginia