Eftir að hann kom aftur til Vínar í september árið 1791 hélt Baudin áfram að leggja áherslu á leiðangur undir keisaraflaginu til Indlandshafs og Kína og í janúar 1792 fékk hann skipstjóra í keisaraflotann í þessum tilgangi. Skipi, sem hét "Jardinière", var keypt og plöntufræðingarnir Franz Bredemeyer og Joseph van der Schot ráðnir í leiðangurinn. Eftir seinkingar vegna stríðsins milli Frakklands og Austurríkis
(apríl 1792), "Jardinière" fór frá spænsku höfninni Málaga 1. október 1792. Frá Góðrar vonarhöfðinu sigldi "Jardinière" yfir Indlandshafið að strönd Nýja-Hollands (Ástralíu), en tveir hríðarbylgjur í röð komu í veg fyrir að leiðangurinn gæti unnið þar og Baudin neyddist til að fara með skipið til Bombay til viðgerða.