Í fyrstu áratugum Abbasid stjórn Medina var af og til vettvangur Alid uppreisnarhreyfingar, en þetta voru yfirleitt minni mál og voru auðveldlega sett niður af stjórnvöldum. Stutt lifandi uppreisn Muhammad al-Nafs al-Zakiyya árið 762, sem var bráðlega sigruð þrátt fyrir að hafa fengið sterkan stuðning meðal elítunnar í Medina, þjónaði sérstaklega sem sýnishorn um hversu langt borgin hafði minnkað hvað varðar raunverulegt pólitískt áhrif, og val Muhammad um að byggja uppreisnina í Medina var sérstaklega gagnrýnt af múslimskum sagnfræðingum fyrir að forgangsraða trúarlegri þýðingu borgarinnar yfir einhverjum heilbrigðum stefnumótandi sjónarmiðum. Síðari uppreisn al-Husayn ibn Ali al-Abid, frænda Múhameðs, var einnig stutt og endaði í ósigri í Fakhkh-stríðinu við Mekka árið 786, en handtök Medina af liðsforingi Alid uppreisnarmannsins Abu al-Saraya al-Sari ibn Mansur árið 815 í fjórðu Fitna
var einnig tímabundið og borgin var fljótlega endurreist til Abbasid stjórn.