Eftir að Bandaríkin tóku þátt í stríðinu í Evrópu vorið 1917 beindi Magnes allri athygli sinni að herferðum gegn því. Hann varð einn af háttsettir leiðtogar hreyfingarinnar. Eins og flestir leiðtogar hans voru samúð hans með verkalýðsstéttinni. Fólk eins og Eugene Debs sem var dæmdur til tíu ára fangelsisvistar fyrir starfsemi sína; Norman Thomas; Roger Nash Baldwin; Scott Nearing; Morris Hillquit, sem fékk 22% atkvæða í borgarstjórnarkosningum í New York á stríðsandstöðunni; og Oswald Garrison Villard. Flestir ūessir menn voru í ūessu sem varð ađ Alþýđunefnd Bandaríkjanna fyrir lýđræđi og friđi međ Magnes sem fyrsta formanni hennar. Þann 30. maí 1917 flutti hann ræðu fyrir fimmtán þúsund manns í Madison Square Gardens.
Ég veit ūađ ekki. Eftirfylgjandi fundur í Minneapolis var bannaður og flýtt aftur í Chicago en her herþjónn hótaði að brjóta hann upp. Magnes flutti heim til Connecticut vegna andstöðu nágranna sinna og var yfirheyrður af lögreglumann frá dómsmálaráðuneytinu. Einn af samstarfsmönnunum hans frá "Joint", B.D. Bogen, var yfirheyrður af ríkissaksóknara um starfsemi Magnes. Magnes starfaði með nýstofnuðu borgaralegri frelsisstofnun sem varði friðarsinnaða og samviskusamþykktara. Í Ameríku voru yfir 2.000 ákærur höfðaðar gegn stríðsandstæðingum samkvæmt lög um herþjónustu eða leyfi um njósnir; Magnes forðast ákæru þar sem hann var yfir herþjónustualdri.