Ljúktu eftirfarandi setningu: Lima var þó ekki hættulaus. Á
Þann 20. október og 2. desember 1687 eyðilögðu öflug jarðskjálftar stóran hluta borgarinnar og nágrenna. Sjúkdóma og matarskortur sem fylgdu eftir hörmungina ollu því að íbúafjöldi fækkaði í undir 40.000 árið 1692. Önnur ógn var að sjóræningjar og sjóræningjar voru á Kyrrahafinu. Hollensk herferðalög undir forystu Jacques l'Hermite réðust á höfnina í Callao árið 1624 en Diego Fernández de Córdoba varstjóravaldi varði þeim. Á 16. áratugnum fjölgaði enskum sjóræningjum í vatni Kyrrahafsins þar til kaupmenn frá Lima réðu þeim út árið 1690. Sem varúðarráðstaða byggði Melchor de Navarra y Rocafull varakonungur borgarmúrinn í Lima á árunum 1684 og 1687.