Malaika giftist leikaranum og framleiðandanum Arbaaz Khan árið 1998 sem hún kynntist í kaffi auglýsingu. 28. mars 2016 tilkynntu þau aðskilnað með tilliti til samhæfingarmáls. Parið skilnaði opinberlega 11. maí 2017. Saman eiga þau son, Arhaan, sem fæddist 9. nóvember 2002. Forráð sonarins eftir skilnaðinn er hjá Malaika. Á meðan Arbaz hefur heimsóknarréttindi á syni sínum, samkvæmt uppgjöri sem náðst var í Bandra Family Court. Systir hennar er leikkonan Amrita Arora, og fyrrverandi bróðir hennar eru leikari Salman Khan og leikari og framleiðandi Sohail Khan.
11. maí 2017