Með fall Frakklands árið 1940, í seinni heimsstyrjöldinni, varð Franska verndarsvæðið í Marokkó undir lögsögu Vichy-stjórnarinnar, sem setti sína eigin landstjóra. Sultani Muhammad V var ekki hneiginn til nýrra meistara sinna. Þótt hann væri almennt valdalaus neitaði sultan Vichy kröfum þegar hann gat, þar á meðal að hann hafi vísað frá kröfum Vichy árið 1941 um að samþykkja gyðingahaturlög, þar sem hann kvaðst vera ósammengur við marokkósk lög. Muhammad V fagnaði landkomu bandamanna í nóvember 1942
í Marokkó, hafnaði Vichy fyrirmælum um að flytja höll sína inn í land. Muhammad V var gestgjafi leiðtoga bandalagsins, Winston Churchill og Franklin Delano Roosevelt á Casablanca ráðstefnunni í janúar 1943, þar sem Churchill lokkaði Roosevelt í hliðarferð til Marrakesh. Tilvist bandamanna í Marokkó hvatti þjóðernissinnaðarhreyfingar, sem voru færðar undir nýjan regnhlífshóp, "Hizb al-Istiqlāl" (Sjálfstæðisflokkurinn) árið 1943. Istiqlal-tilkynningu til bandamanna sem óskaði eftir skuldbindingu við sjálfstæði Marokkó eftir stríð var hins vegar notuð af frönskum yfirvöldum til að ráðast gegn Istiqlal árið 1944. Frakkar sóttu og handtóku forystumenn hennar á fölsuðum ásökunum um að aðstoða þýska stríðsátakið, sem olli bylgju af mótmælum í ýmsum borgum sem voru ofbeldislega niðrandi.