Í seinni heimsstyrjöldinni réđst Japanska herinn inn í Japan.
og réđst í Malaíu, Norður-Borneo, Sarawak og Singapúr í meira en þrjú ár. Á þessum tíma vakti þjóðernisspennan og þjóðernishugmyndin jókst. Stuðningur almennings fyrir sjálfstæði jókst eftir að Bandalagsherjar tóku aftur Malaya. Eftirstríðsáætlun Breta um að sameina stjórnsýslu Malaya undir einu krúnubúaríki sem kallað var "Malayan Union" mætti mikilli andstöðu frá Malaysum, sem voru á móti veikingu Malay stjórnenda og veitingu ríkisborgararéttar til kínverskra þjóða. Malayan Union, sem var stofnað árið 1946 og samanstóð af öllum breskum eignarlöndum á Malay hálendinu að undanskildum Singapúr, var fljótt leyst upp og skipt út 1. febrúar 1948 af Samband Malaya, sem endurreisti sjálfstæði stjórnenda Malay ríkjanna undir breskri vernd.