Ljúka eftirfarandi setningu: Nikephoros fæddist árið 1002 til Michael Botaneiates og eiginkonu hans, meðlimir Botaneiates fjölskyldunnar, áberandi hernaðarfjölskyldu frá Anatolic Theme. Samkvæmt Attaleiates voru afa Nikephoross Nikephoros og faðir Michael báðir sem hershöfðingjar undir Basil II () meðan á herferðum hans gegn Georgíum og hans
Athleates er eina heimild sem gefur þessar upplýsingar. Attaleiates segir einnig að fjölskylda Botaniati hafi verið í ætt við Byzantneska keisaran Nicéphore II Phocas og Phocas fjölskylduna. Þetta var næstum vissulega notað af Nikephoros til að bæta lögmæti við seinni stjórn hans, og þetta er staðfest af Psellos, sem kallar Nikephoros III "Phocas" í endurmyndun sinni af bréfi bysantíska keisarans Michael VII Doukas til hans. Á óþekktum tíma giftist Nikephoros konu að nafni Vevdene, en síðar giftist hann Maríu frá Alania, fyrrverandi eiginkonu Míkeils VII. Hann virðist hafa átt að minnsta kosti eitt barn með Vevdene, eins og Anna Komnene nefnir barnabarn hans í "Alexiad". Lítið annað er vitað um líf Nikephoross fyrir 1053, annað en að hann starfaði sem hershöfðingja undir keisarans Konstantínos IX Monomachos í Pecheneg uppreisn 1048 <unk> 1053.