Aðeins eins og faðir hans var andvígur því að Bandaríkin tóku þátt í fyrri heimsstyrjöldinni, var Phil La Follette, eins og flestir aðrir Bandaríkjamenn, mjög andvígur því að Bandaríkin tóku þátt í síðari heimsstyrjöldinni. Þegar stríð var lýst yfir yfirgaf hann andstöðu sína og gekk í her Bandaríkjanna og starfaði hjá Douglas MacArthur herforingi. Hann var síðar forseti fulltrúa á fulltrúaráðstefnu Repúblikana í 1948
ađ styđja frambođ MacArthur til forsetaembættisins.