Í 58 f.Kr. fylgdi Kleópatra væntanlega föður sínum, Ptolemaios XII Auletes, í útlegð til Róm eftir uppreisn í Egyptalandi (Rómverskt viðskiptaveldi) sem leyfði dóttur hans Berenice IV að krefjast hásætisins. Berenice var drepin árið 55 f.Kr. þegar Ptolemaíus sneri aftur til Egyptalands með hernaðarlegri aðstoð Róma. Þegar hann dó árið 51 f.Kr. hófst sameiginleg ríkisstjórn Kleópatru og bróður hennar Ptolemaíusar XIII, en ágreiningur milli þeirra leiddi til opinbers borgarastyrjaldar. Eftir að hafa tapað Baráttu Pharsalus í Grikklandi árið 48 f.Kr. gegn andstæðingnum sínum Júlíusi Caesar (rómverskum einræðisherra og ráðherra) í borgarastyrjöld Caesar flúði rómverski stjórnmálamaðurinn Pompey til Egyptalands. Pompeíus hafði verið pólitískur bandamaður Ptolemaíus XII en Ptolemaíus XIII lét áhalda sér um það af höllumörkum sínum og lét drepa Pompeíus áður en Kesar kom og tók Alexandria. Seasar reyndi síðan að sætta andstæðinganna, systkini Ptólemeusar, en Potheinos, ráðgjafi Ptólemeusar, taldi skilmála Seasar vera í þágu Kleópatru, þannig að her hans setti hana og Sezar í umgengni við höllina.
Ég veit ūađ ekki. Skömmu eftir að hernám var aflétt af styrkjum dó Ptolemaíus XIII í Nílsstríðinu árið 47 f.Kr. Arsinoe IV, hálfsystur Kleópatru, var loks flutt til Efesus fyrir hlutverk sitt í að framkvæma hernám. Sesar lýsti Kleópatru og bróður hennar Ptólemeusi XIV sameiginlegum stjórnarmönnum en hélt áfram einkamálum með Kleópatru sem eignaðist son, Caesarion. Kleópatra ferðaðist til Rómar sem viðskiptavinarkonungur á árunum 46 og 44 f.Kr., þar sem hún dvaldi í villa Caesars. Eftir morðin á Caesar og (á hennar skipun) Ptolemy XIV árið 44 f.Kr. nefndi hún Caesarion meðstjórnandi.