Ljúktu eftirfarandi setningu: Í júní 1861 var O'Neal skipaður skipstjóri og skipaði þremur herflokkum. Þegar hann kom til Richmond var hann ráðinn að maíór í 9. regimi Alabama-slóðherja og var kynntur í liðsforingi í haust. Í mars 1862 var hann skipaður fulltrúi í 26. Alabama-fylkingunni og skipaði þessari herflokki í herferðinni á hálendis. Í Slaginu við Seven Pines var hesturinn hans drepinn undir honum og hann særðist alvarlega af skotbrotinu. Hann hlaut mikla lof fyrir frammistöðu sína í bardaga við Chancellorsville. Árið 1863 skipaði hann herdeild í deild Robert E. Rodes hershöfðings og leiddi hana í Gettysburg-baráttu, Manassas Gap-baráttu og í
Baráttan um Mine Run. Í byrjun árs 1864 var herflokkur hans sendur aftur til Alabama til að ráða í tæma liði en var fljótt skipaður til Dalton í Georgíu, þar sem O'Neal tók við stjórn herdeildar James Cantey í herdeild Tennessee. O'Neal skipaði þessum liði í restinni af Atlantaherferðinni. Eftir að liðsforingi John Bell Hood var veitt stjórn á hernum í Tennessee, var O'Neal leystur úr starfi og starfaði í einstöku starfi það sem eftir var stríðsins. Hann var ráðinn að hershöfðingi 6. júní 1863, en Robert E. Lee hershöfðingi hætti við ráðninguna og Jefferson Davis, forseti Bandalagsins, aflýsti kynningunni.