Á 15. öld varð keisaradæmið múslimskt ríki, þegar konungur Brúneí breytti um til íslam, flutt af múslimskum indíánum og arabísku kaupmönnum frá öðrum hlutum Suðaustur-Asíu, sem komu til að versla og breiða út íslam. Það stjórnaði meirihluta norður Borneo, og það varð mikilvægur miðstöð fyrir austur og vestur heimsins viðskiptakerfi. Staðbundnir sagnfræðingar gera ráð fyrir að Borneí keisaradæmi hafi verið thalassocratic keisaradæmi sem byggðist á sjóvaldi, sem þýðir að áhrif þess var takmörkuð við strandarbæir, höfn og árnar, og sjaldan komst djúpt inn í innland eyjunnar.
Deltan á Kapuas