Hann varð aðalritari árið 1960 og varð opinberlega helsta persónuleiki flokksins eftir Hồ Chí Minh. Eftir dauða Hồ tók Lê Duẩn við forystu Norður-Víetnam. Í Víetnamstríðinu frá 1955 til 1975 tók Lê Duẩn árásargjarna afstöðu og leit á árásina sem lykilinn að sigri. Þegar Suður-Víetnam var sameinað Norður-Víetnam árið 1976 og flokkurinn var endurskipulagður varð Lê Duẩn aðalritari flokksins. Lê Duẩn og félagar hans voru of bjartsýnir um framtíðina. Seinni fimm ára áætlunin (1976-1980) mistókst og setti víetnamska efnahagslífið í kreppu. Hann studdi innrás Víetnammanna í Kambódíu.
í desember 1978, sem miðaði að því að fella Khmer rauðu stjórnvöld sem voru styrkt af Kína. Þetta hafði alvarleg áhrif á samskipti Víetnam og Kína, þar sem Víetnam svaraði með brottflutningi kínverskra þjóða og Kína framkvæmdi þungt-tap refsiaðferð gegn Víetnam árið 1979. Frá þeim tíma hélt Víetnam nánari band við Sovétríkin og gekk í Comecon árið 1978.