Eftir að stríðið var lokið voru kommúnista samtökin lögleidd og Pekkala var endurkjörinn á þing í þingkosningunum 1945 sem fulltrúi Finna lýðræðisflokksins. Á árunum 1945-1946 starfaði hann sem menntamálaráðherra og 1946-1948 sem dómsmálaráðherra. Á árunum 1946-1947 var Pekkala meðlimur í sérstökum dómstólnum í stríðsábyrgðarprófum.
sett af bandamönnum. Pekkala hætti í stjórnmálum árið 1948 og starfrækti lögmannsstofu í Helsinki þar til hann dó í september 1956.