Eftir að Barbarossa-aðgerðin, þýska innrásin í Sovétríkin, hófst 22. júní 1941, leiddi Drozd herdeildina í minasettingum í Irbe-ströndinni og Finnlandshafi. Hann hafði umsjón með hreyfingu kreisara frá Riga-flóa til Tallinn og leiddi aðgerðina í vörn helstu herstöðvarinnar í síðari höfninni og útrýmingu hennar.
til Kronstadts. Drozd, sem var þekktur fyrir hugrakka forystu sína í þessum aðgerðum af miðstjórn kommúnistaflokksins í Sovétríkjunum, var kynntur sem varaadmirall þann 16. september og faður yfirmann Baltikflotans. Í þessari stöðu stjórnaði hann útrýmingu Hanko-sjóvarstöðvarinnar í október og leiddi flotann í vörn Leningrad. Drozd hlaut sína aðra Rauðafánarskrá árið 1942 og skoðaði viðgerðir á skipum flotans og bardagalæfingu starfsfólksins. Hann lést 29. janúar 1943 þegar bíll hans féll í gegnum ísinn milli Kronstadts og Leningrads í Finnlandshafi eftir að þýsk granat braut ísinn. Hann var grafinn á kommúnistahvelfingunni í Alexander Nevsky Lavra í Leningrad.