Hann var "hijo náttúrulegur" (ólöglegur sonur) af höfðingja Álvaro Yáñez de Lugo og frændi fyrsta, þegar fjarlægð af Alonso Fernández de Lugo, sem sigraði síðasta af Kanaríeyjum: La Palma og Tenerife. Francisco de Lugo fæddist í Medina del Campo í héraði Valladolid og ferðaðist til Mexíkó sem "conquistador" ásamt hundinum sínum. Hann varð dyggur stuðningsmaður Hernán Cortés, sem hann stóð með gegn Pánfilo de Narváez í maí 1520. Síðar sama ár var hann einn af leiðtogum framvarðarinnar í "Noche Triste", þegar spænska herinn var rekinn út úr Tenochtitlan, og einn af undirritendum bréfsins Segura de la Frontera. Eftir fall Tenochtitlan
Árið 1521 gekk hann með leiðangri Cristóbal de Olid til Hondúras og settist síðar að í Coatzacoalcos í Veracruz ásamt Gonzalo de Sandoval. Hann dó um 1532 af náttúrulegum ástæðum.