Í innrásinni í Póllandi, sem hóf seinni heimsstyrjöldina, árið 1939 var bærinn fyrst tekinn af Sovétríkjunum 24. september 1939. Sejny var rænt og síðan 13. október 1939 flutt til Nasista Þýskalands. Hann var ennþá í gangi.
af Þjóðverjum fram í ágúst 1944.