Skrifaðu framhald fyrir þessa málsgrein - Hinn 31. ágúst 2010 samdi hann við ítalska Serie A liðið Bologna fyrir 2,1 milljónir evra (þar á meðal 5% samstöðuframlag til unglingadeildarfélaga). Ekki var áætlað að greiða gjald þann dag, en áætlað var að greiða tvær jafnar greiðslur þann 31. desember 2010 og 30. júní 2011. Í Bologna hefur hann unnið með öðrum uruguayskum landsliðsmönnum, Henry Damián Giménez, Gastón Ramírez og Miguel Britos, áður en þessi yfirgaf liðið til að ganga til liðs við S.S.C. Napoli. Í fyrsta tímabili Pérez í Serie A
Árið 2009 náði Bologna 16. sæti og endaði sex stigum frá niðurfellingu og staðfesti fjórða tímabilið í röð í ítölsku efstu deildinni. Hann náði einnig þremur stoðsendingum á meðan á keppninni stóð, sem er jafn flest í liðinu ásamt Riccardo Meggiorini.