Ljúktu eftirfarandi setningu: Þann 1. desember 1983 var Penados skipaður sem XVII metropolitain erkibiskup Guatemala City og prelat of Esquipulas af John Paul II páfi. Á árunum sem hann starfaði sem erkibiskup í Gvatemala breytti Penados íhaldssömri nálgun kaþólsku kirkjunnar gagnvart pólitískum vettvangi þjóðarinnar, sem á þeim tíma var að þjást af nokkrum erfiðustu árum heimsstyrjaldarinnar.
Borgarastyrjöld. Hann átti lykilhlutverk í friðarviðræðunum með því að fordæma mörg mannréttindabrot á undanförnum herstjórnartímum og af guatemalaska hernum og með stuðningi sínum við mannréttindaátak og fórnarlömb guatemalaska þjóðarmorðsins. Hann var stofnandi "Oficina de Derechos Humanos del Arzobispado de Guatemala" (ODHA / skrifstofa um mannréttindi erkibiskupsins) árið 1990.