Eftir kommúníska valdarásina árið 1948 var Zenkl undir stöðugri eftirliti kommúnista ríkisöryggisins. Hann tókst þó að flýja með konu sinni vestur í ágúst 1948. Á næstu árum varð hann leiðtogi tékkóslóvakískrar pólitískrar útlegðarhreyfingar. Á árunum 1949-1974 var hann formaður útlegðarráðs Frjálsrar Tékkóslóvakíu, með aðsetur í Washington, D.C.. Eftir fall kommúnismans
Árið 1989 voru lík hans flutt frá Bandaríkjunum til Vyšehrad kirkjugarðsins í Prag. Í október 1991 var hann verðlaunaður, "in memoriam", með Order of Tomáš Garrigue Masaryk, II flokkur, af Václav Havel forseta.