19. apríl 2012, eftir að hafa hjálpað Olympiacos að endurnýja forystu sína í deildinni, tilkynnti Valverde ákvörðun sína um að fara af fjölskylduástæðum. Þann 3. desember kom hann aftur til spænsku fótboltans með því að vera ráðinn í Valencia til loka keppnistímabilsins, í staðinn fyrir Mauricio Pellegrino sem var rekinn. Fyrsti leikur hans átti sér stað fimm dögum síðar, 1 - 0 sigur á Osasuna, og seinni leikurinn gegn sama andstæðingnum fyrir spænska bikarinn.
, kom með annan sigur í Reyno de Navarra (2<unk>0).