Ljúktu eftirfarandi setningu: Um aldamótin 1500 fór höllin í Alcáçova að missa gildi sitt eftir að Ribeira höllin var byggð við Tajo. Jarðskjálfti sem varð árið 1531 skaðaði gamla kastala enn frekar og stuðlaði enn frekar að hnignun hans og vanrækslu. Árið 1569 skipaði Sebastian konungur að endurreisa konunglegar íbúðir í kastalanum og ætlaði að nota hann sem opinbera búsetu sína. Árið 1577 lagði Filippo Terzi niður einn turnanna nálægt aðal anddyri Loreto-kirkjunnar sem hluti af endurbyggingunni. Margir verkanna voru þó aldrei lokið eftir dauða unga konungsins á
Barátta við Alcácer Quibir. Eftirfarandi portúgalska dynastísk kreppa opnaði veginn fyrir sextíu ára spænsk stjórn og var kastalinn breytt í herbúðir og fangelsi. Þann 30. desember 1642 var Teodósio de Frias yngri skipaður byggingarmeistari til að halda áfram verkum sem faðir hans, Luís de Frias, og afi hans, Teodósio de Frias, hófu. Þetta var hluti af stærri áætlun spænskra hersins um að endurnýja festinguna.