Skrifaðu framhald þessarar málsgreinar - Rowley þjónaði sem fulltrúi 13. Pennsylvania-sveitarliðsins frá 25. apríl 1861 til 6. ágúst sama árs. Hann varð þá fulltrúi 102. sjálfboðaliða Pennsylvania-sveitarherherflugs. Hann særðist í bardaga við Seven Pines.
, á međan hann var í forystu fyrir regiment sitt í Potomac hernum. Hann leiddi (stutta stund) herdeild í VI liði í Slaginu við Fredericksburg. Rowley var kjörinn að hershöfðingi frá 29. nóvember 1862 og skipaði síðan herdeild I liðsins í bardaga við Chancellorsville. Hann var starfandi yfirmaður 3. deildar, I liðsins í upphafi Gettysburg-baráttu, á meðan Abner Doubleday var starfandi yfirmaður liðsins. (Chapman Biddle leiddi lið Rowley.) Þann 1. júlí 1863 varð sveitinni mikið í bardaga við bandalagsmenn frá deild Harry Heth herforingi. Hann féll af hesti sínum ūegar hann stoppađi í læknum. Sjúk af sýkingu frá bólgum stærð hænsna egg á innri leggjum hans, hann var hita, og skapandi. Eftir ágreining milli Rowley og Lysander Cutler herforingi yfir hegðun sumra af 7th Wisconsin lögreglumönnum, skráði Cutler ákærur fyrir drykkju í apríl 1864. Rowley fékk minna en 24 klukkustundir til að undirbúa vörn fyrir réttarhöldin og var dæmdur af herdómstól sem höfundurinn John F. Krumwiede segir að hafi verið "óhlutdrægur og að ganga að eigin trommu". Þó að hann hafi verið endurnýjaður eftir skipun hermálaráðherra Edwin M. Stanton og Abraham Lincoln forseta, var Rowley aðeins úthlutað umdæmisstjórn í vesturhluta Pennsylvaníu, vegna áframhaldandi átaka milli herforingja George G. Meade og núverandi herforingja Gouverneur K. Warren. Hann lét af störfum Darius N. Couch hershöfðings í tilraun til að stöðva innrás Jubal Early hershöfðings í Pennsylvaníu árið 1864. Hann lét af störfum 29. desember 1864.