Á miðjum níunda áratugnum var orðið ljóst að alvarlegasta ógn við völd Mahathirs var leiðtoga metnaður vara hans, Anwar. Anwar byrjaði að fjarlægja sig frá Mahathir, opinskátt að kynna æðri trúarleg trúarleg skilyrði hans og virðist benda til að hann stuðla að losa takmarkanir á borgaraleg frelsi sem hafði orðið einkenni forsetastjórnar Mahathirs. Mahathir hélt áfram að styðja Anwar sem eftirmaður hans þar til samband þeirra hrundi verulega í gegnum Asíu fjármálakreppuna. Staða þeirra greindist smám saman, með Mahathir að yfirgefa þrengri peninga- og fjármálastefnu hvatt af IMF. Á aðalfundi UMNO árið 1998, leiðandi stuðningsmaður Anwar, Ahmad Zahid Hamidi, gagnrýndi ríkisstjórnina fyrir að gera ekki nóg til að berjast gegn spillingu og krónunni.
Flýttu á sviðið og sannfærðu hann með tárum um að vera