Í framhaldi af þessari málsgrein - Árið 1933, eftir að nasistar tóku völdin, vann Baeck að því að verja gyðingafélagið sem forseti Reichsvertretung der Deutschen Juden, regnhlífarsamtaka sem sameinaði þýska gyðingdóminn frá 1933 til 1938. Eftir að Reichsvertretung var leyst upp í nóvember-pogrómnum
, námsmennirnir söfnuđu aftur saman meðlimum ráđsins undir stjórn ríkisins, Reichsvereinigung. Leo Baeck var forseti samtakanna ūar til hann var sendur úr landi. Þann 27. janúar 1943 var hann fluttur í þrengingarbúðirnar í Theresienstadt.