Skrifaðu framhald þessarar málsgreinar - Sovétríkin stofnuðu kúgunarstjórn; flestir háttsettir borgaralegir og hernaðarlegir embættismenn, greindarfólk og iðnaðarmenn voru handteknir og yfirleitt teknir af lífi fljótlega eftir það. Sovésk kúgun náði hámarki sínu 14. júní 1941 með fjöldaflutningi um 11.000 manna til Síberíu, þar sem meira en helmingur þeirra fórst í ómannúðlegum aðstæðum. Þegar þýska Barbarossa-herförin, ásamt estneskum skæruliðum sem kölluð voru "skógarbræður", hófst gegn Sovétríkjunum 22. júní 1941 í svokölluðu "sumarkriginu" () voru um 34.000 ungir estneskir karlar þvingaðir í Rauða herinn, en færri en 30% þeirra lifðu stríðið af. Sovétríkin héldu upp á stefnu um að brenna jörðina. Pólitískir fangar sem ekki var hægt að flytja voru teknir af lífi af NKVD. Margir Eistlendingar fóru út í skóginn og hófu gerilluherferð gegn Sovétríkjunum. Í júlí náðu þýsku hersveitirnar Suður-Estlandi. Sovétríkin rýmdu frá Tallinn.
Í lok ágúst, með miklum tapum, og innrás í Eistlandi eyjum var lokið af þýskum styrkjum í október.