Parajanov lést af krabbameini í Jerevan, Armeníu, 20. júlí 1990, 66 ára að aldri, og lét þetta síðasta verk, The Confession, ófullbúið. Það lifir í upprunalegu neikvæði sínu sem Parajanov: Síðasta vorið (mynd), sett saman af nánum vini hans Mikhail Vartanov árið 1992. Federico Fellini, Tonino Guerra, Francesco Rosi, Alberto Moravia, Giulietta Masina, Marcello Mastroianni og Bernardo Bertolucci voru meðal þeirra sem syrgðu opinberlega dauða hans. Þeir sendu telegramm til Rússlands með eftirfarandi yfirlýsingu: "Kvikmyndaheimurinn hefur misst töframa". Spurning: Hversu gamall var Parajanov þegar hann lést?
66