Ljúktu eftirfarandi setningu: Árið 1394 lagði Bayezid I, sultan Ottómana, í umlögðu í Konstantinópel. Manuel yfirgaf borgina árið 1399 til að ferðast um Vestur-Evrópu í leit að hernaðaraðstoð og fól Jóhanni VII að starfa sem regent í Konstantínópel og hafa umsjón með vörn hennar. Þrátt fyrir ásakanir um samsæri við Ottomannana hélt Jón VII borginni trúfastlega í allan tíma þriggja og hálfs árs ferðar Manuels og neitaði að gefa hana upp fyrir Bayezid. Hótunin gegn Konstantínópel endaði með ósigri Bayezid gegn Timurids á
Barátta við Ankara árið 1402. Í kjölfar þessa orrustunar gerði Jón VII samning við einn af sonum Bayezid, Süleyman Çelebi, sem tryggði að mikilvæg borg Sálóníka, sem tapaðist fyrir Ottomönum árið 1387 vegna aðgerða Manuels, væri aftur undir stjórn keisarans. Þrátt fyrir hollustu Jóns VII sendi Manuel hann burt í óvirðingu þegar hann kom aftur árið 1403 og voru þeir tveir enn á ný óvinir. Þessi ófriður reyndist vera stuttur, því að þeir voru sáttir nokkrum mánuðum síðar og nýr samningur var gerður, þar sem Jóhannes VII fékk að taka í eigu Thessaloniki og var viðurkenndur með fullum keisaratitli. Frá 1403 og fram til dauða síns árið 1408 stjórnaði Jón VII því í Þessaloníku sem "keisarinn yfir öllu Tessalíu" og hafði sinn sérstaka höll. Þessaloníkumenn töldu hann vera hæfan stjórnanda og hann var vel minntur fyrir störf sín í kirkjum á staðnum og fyrir að bæta varnarbyggingar borgarinnar.