Henchoz spilaði 72 leiki fyrir Sviss frá því að hann byrjaði árið 1993. Hann lék fyrir landið á EM 96 og
Evróu 2004. Hann átti að spila á HM 2006, en vegna heilsufarsvandamála dró sig úr alþjóðlegum fótbolta 31. mars 2006.