Bayern uppfyllti ósk Guardiola um að fá Thiago Alcântara frá FC Barcelona og fyrsta tímabil Guardiola byrjaði vel með Bayern sem framlengdi ósigraða deildarleikja frá síðasta tímabili í 53 leiki. Að lokum tap Augsburg kom tveimur leikjum eftir að Bayern hafði þegar krafist deild titilinn. Á tímabilinu hafði Bayern einnig unnið tvo aðra titla, FIFA Club World Cup og UEFA Super Cup.
, síðastnefnda er síðasta stóra bikarinn sem félagið hafði ekki enn unnið. Bayern vann einnig bikarinn til að ljúka tíunda heimamótinu, en tapaði í undanúrslitum Meistaradeildarinnar fyrir Real Madrid. Hann var einnig aðalframkvæmdastjóri Bayern München á tímabilinu 2007-2013. Hoeneß lét af störfum daginn eftir. Varaforseti Karl Hopfner var kjörinn forseti 2. maí. Fyrir tímabilið 2014-15 tók Bayern Robert Lewandowski eftir að samningur hans var búinn hjá Borussia Dortmund og lánaði Xabi Alonso frá Real Madrid. Bayern lét líka Toni Kroos fara til Real. Bastian Schweinsteiger og Claudio Pizarro yfirgáfu félagið fyrir tímabilið 2015/16. Á þessum tveimur tímabilum varði Bayern deildartitil sinn, þar á meðal annað tvöfalt í 2015-16, en náði ekki að komast framhjá undanúrslitum í Meistaradeildinni. Þrátt fyrir að forystu félagsins hafi reynt að sannfæra Guardiola um að vera áfram, ákvað þjálfarinn að framlengja ekki þriggja ára samning sinn.