Skrifaðu framhald fyrir þessa málsgrein - Eftir innrás þýskra nasista og sovétmanna í Póllandi, sem hóf seinni heimsstyrjöldina, var Kolno tekið yfir af þýskum styrkjum þann 8. september 1939. Þann 12.-13. september 1939 kom þýska "Einsatzgruppe V" inn í bæinn til að fremja ýmis glæpi gegn íbúum. Þann 29. september komu Sovétmenn inn á svæðið í samræmi við Ribbentrop-Molotov-samninginn. Sovétmenn fluttu fjölda íbúa til Sovétríkjanna. Árið 1939 var Stanisław Milewski búinn að skipuleggja pólska andstöðuhreyfinguna í Kolno. Bærinn var áfram undir hernámi Sovétríkjanna.
Fram að Barbarossa-herferðinni (22. júní 1941) þegar Wehrmacht réðst aftur yfir það.