Skrifaðu framhald fyrir þessa málsgrein - 18. september 2020 skoraði Müller sitt fyrsta mark á tímabilinu og veitti eina stoðsendingu í 8<unk>0 sigri á Schalke 04. Síðar náði hann að vinna UEFA Super Cup.
og DFL-Súperbikarinn til að vera 27. bikarinn í klúbbferli hans; þar með varð hann mest verðlaunaður leikmaður í þýskri sögu og braut fyrri metinn um 26 bikar sem fyrrverandi liðsfélagi hans í Bayern, Bastian Schweinsteiger, vann. Þann 11. febrúar 2021 greindi hann jákvætt fyrir COVID-19 og fór í sóttkví; þar af leiðandi gat hann ekki spilað í úrslitaleiknum í FIFA Club World Cup 2020.