Á meðan Þjóðverjar réðust inn í Sovétríkin árið 1941 var Rall skipaður yfirmaður austurvarnarstöðvarinnar þann 25. júní og hafði umsjón með uppsetningu strandbatterí á eyjum Bolshoy Tyuters og Lavensaari og lagningu minasvæða í Finnshafi. Hann fékk þá það verkefni að taka þátt í flóknu aðgerðinni til að rýma skipum Eystrasaltsflotans frá umstýrðu Tallinn.
og koma ūeim til Kronstadt. Rall fékk forystu yfir bakvörđinni. Rall ráðlagði að fara suðasta leiðina, enda voru þrjár mögulegar útrýmingarleiðir. Þó að þetta hafi farið í gegnum grunnt vatn og meðfram 200 mílur af yfirráðinni strönd með óvinarlegum strandbatteríum, benti Rall á að strandbatteríurnar væru aðallega úr léttum vígpylsum, sem auðveldlega gætu verið niðrandi af sovésku hersveitartölvunni, og að 200 skip hefðu gert leiðina án vandræða. Marskalinn Kliment Voroshilov, yfirmaður Leningrad-framliðsins, hafnaði ráðum Rall og yfirmanns hans, admírals Vladimir Tributs, en hann var áhyggjufullur um að lettnesk og estnesk áhöfn og jafnvel sovéskir sjómenn gætu flúið til andstæðinganna og skipaði þeim að fara miðju leiðinni, þrátt fyrir að hún hefði verið mikið minjuð af óvininum. Flóttamannaferðirnar fóru fljótlega að verða fyrir miklum tjóni vegna minna og loftárásar. Stjórnarskip Rall, Kalinin, lenti í minni og fór að sökkva. Skipið "Volodarskiy" kom við hliðina til að taka mannskapinn af, en lenti einnig í minni og sökk. Rall, sem var særður og með heilaskjálfta, var fluttur um borð í skæri. Hann var loksins fluttur aftur til Kronstadt ásamt þeim sem lifðu af brottförinni. Þótt stjórn Sovétríkjanna segist hafa unnið sigur í að rýma fjölda hermanna og flóttamanna, sagði Rall að þetta hefði verið "Second Tsushima", en hann vísaði til þungs ósigurs í Slaginu við Tsushima í rússnesku-japanska stríðinu.