Þegar Ísraelsmenn, ásamt herflugvélum Bretlands og Frakklands, drógu
Egyptískir hermenn frá Sínaí hálendinu og Suez-rásinni - sem Nasser hafði þjóðnýtt árið 1956 - varð yfirmaður Egyptalands hersins, Abdel Hakim Amer, í panik og lagði til að gefast upp. Nasser neitaði og skipaði Boghdadi fyrir að skipuleggja andstöðu Egyptalands meðfram rásinni. Eftir Suez-stríðið var hann ráðinn aðalstjórnandi við endurbyggingu á námsvegasvæðinu og samkvæmt höfundi Said Aburish, "framkvæmdi hann vel". Hann var einnig gerður samskiptaráðherra og ásamt Zakaria Mohieddine og Amer var hann settur í nefnd sem myndi kanna frambjóðendur nýstofnaðs 350 manna þjóðþings. Boghdadi var kjörinn sem forseti fyrsta þjóðþingsins.