Ljúka eftirfarandi setningu: Alpha var virkur á meðan á annarri Tékkneskri stríði sem hófst árið 1999, sem og síðari
Uppreisn á Norður-Kafkausi. Á meðan á Komsomolskoye-baráttu stóð árið 2000 voru Alpha-sniparar í vesturhóp Vladimir Shamanov af sambandsstyrkjum sendir í tilraun til að bæla niður sniparum Ruslan Gelayev í þorpinu. Samkvæmt gömlu starfsmönnum einingarinnar leiddu aðgerðir sem Alpha tók þátt í til handtöku sjetenska yfirmannsins Salman Raduyev árið 2000, morð sjetenska yfirmannsins Arbi Barayev árið 2001, morð sjetenska aðskilnaðarmannsins Aslan Maskhadov forseta árið 2005 og morð erlends hernaðarmanns leiðtoga Abu Hafs í Dagestan árið 2006. Eftir að ábyrgð á aðgerðum í Tsjetsjeníu var flutt frá varnarmálaráðuneytinu til FSB í janúar 2001 og áður en stefna "tsjetsjeniseringar" hófst árið 2003 tóku Alpha-aðilar (samt öðrum rússneskum starfsmönnum og pro-Moskvu tsjetsjenísku milísunni) þátt í að minnsta kosti 10 blönduðum "samsettum sérstökum hópum" (, SSG), sem taldir voru dauðadælingar af mannréttindasamtökum og ytri fylgismönnum. Talið er að SSG hafi staðið að baki fjölda "nafn- og heimilisfangshreinsinga" ("imeny/adressny zachistki"): yfirleitt næturárásir af grímum mönnum í ómerktum ökutækjum, sem miða að ákveðnum starfandi eða fyrrverandi uppreisnarherjum, stuðningsmönnum þeirra, ættingjum þeirra eða öðrum borgurum fyrir ýmist nauðungar hvarf eða hreint án dóms. Árið 2005 lýsti Human Rights Watch því yfir að hvarf fólks hefði orðið glæpur gegn mannkyninu og að "Rússland hafi þann óvirtulega heiður að vera leiðandi í heiminum í nauðungnum hvarfum". UFSB í Tsjetsjeníu stofnaði einnig staðbundna Alpha einingu, sem talið er að sé svipuð hlutverki sínu og SSG.