Eftir ađ hafa veriđ hafnađ í margs konar kynningum (að aðstođarstjķri í stjķrn á alríkisöryggi 1999 og yfirmanni skrifstofu FBI í New York snemma árs 2000) var O'Neill ánægđur ađ fá ađ vera yfirmađur rannsķknar FBI á sprengju USS "Cole"
í október 2000. En þegar hann kom til Jemen kvartaði hann yfir ófullnægjandi öryggi. O'Neill komst í átök viđ Barbara Bodine, sendiherra Bandaríkjanna í Jemen. Þau tvö höfðu mjög ólíkar skoðanir á því hvernig ætti að fara með leit á eignum í Jemen og viðtöl við borgara og embættismenn ríkisins, og þeir urðu aðeins frábrugðnari eftir því sem leið á.