Í febrúar 1943, strax eftir að hann tók þátt í innrás bandalagsins í Norður-Afríku.
Í ágúst 1943 undir stjórn Terry Allen hershöfðings undirbjó hann skýrslu þar sem hann lagði til breytingar á verkefnastjórnun árásardeilda og tillögur hans voru samþykktar við undirbúning aðgerðarinnar Husky, sem var dulnefni bandamanna á Sílíu. Hann var kynntur í einnar stjörnu hershöfðingja og var fljótt sendur til Bretlands, þar sem hann starfaði sem bandarískur ráðgjafi í sameinaðri hernaðardeild Evrópuherstöðvarinnar. Í því hlutverki hjálpaði Cota að hafa yfirumsjón með þjálfun fyrir landgangsaðgerðir.