Eftir að stríðið lauk, sneru Hirszfeld og eiginkona hans aftur til Varsjár, þar sem hann stofnaði sýrustofnun eftir fyrirmynd Ehrlich-stofnunarinnar í Frankfurt. Hann varð fljótlega aðstoðarforstjóri og vísindastjóri Ríkisstofnunar hreinlætis í Varsjá og árið 1924 prófessor þar. Árið 1931 var hann útnefndur að fullu prófessor við Háskólann í Varsjá og starfaði í mörgum alþjóðlegum stjórnum. Eftir landnám Póllands
Hirszfeld var rekinn frá Heilbrigðisstofnuninni af þýska hernum sem "ekki-aríur" en með vernd vina náði hann að vinna frekari vísindalega vinnu heima til febrúar 1941; það var þó nánast ómögulegt fyrir hann að gefa út.