Hún heimsótti einnig átakssvæði til að hjálpa til við að sinna særðum og fékk tvö mjaðmasár á bardaga Seven Pines.
Ūann 31. maí 1862 fékk hún varanlega halla. Fyrir þessa aðgerð var hún tilnefnd til og fékk seinna, meira en öld síðar, heiðursmerki sambandsríkjanna. Á þessum tíma fékk hún viðurnefnið "Florence Nightingale of the South". Sama ár sameinađi Bandalag sjúklinga á smærri sjúkrahúsum í stærri sjúkrahús annars staðar. Wilson réðst yfir Alabama í mars og apríl 1865 og neyddist Hopkins fjölskyldan til að flýja landið og leita skjóls í Newman í Georgíu.