Ljúka eftirfarandi setningu: 16. janúar 2013 var tilkynnt að Guardiola myndi taka við sem þjálfari Bundesliga félagsins Bayern München eftir tímabilið 2012-13 og koma í stað Jupp Heynckes fyrir næsta tímabil. Hann ávarpaði fyrsta blaðamannafundinn sinn sem þjálfari Bayern, þann 24. júní 2013, á þýsku og átti fyrsta æfingu sína tveimur dögum síðar. Fyrsti leikur hans var í þýska Superbikarnum gegn Borussia Dortmund en Bayern tapaði 4-2. Fyrsti bikar hans með Bayern var
2013 UEFA Super Cup, sigraði langvarandi andstæðinginn José Mourinho, sem var nýkominn til að þjálfa hjá Chelsea. Bayern sigraði tíu manna Chelsea í skotum eftir að Manuel Neuer bjargaði Romelu Lukaku.