Í upphafi bandarísku borgarastyrjaldarinnar aðstoðaði Poe við að skipuleggja sjálfboðaliða frá Ohio; síðar var hann gerður að starfsmanni hershöfðingi George B. McClellan í vestur-Virginia og tók þátt í Rich Mountain herferðinni. Hann fór með McClellan til Washington og aðstoðaði við að skipuleggja vörn höfuðborgarinnar. Hann var kynntur í fulltrúa sjálfboðaliða í september sama ár og var settur í stjórn 2. Michigan sjálfboðaliðaherjarliðaherjarliðaherjar. Hann stýrði þeim með góðum árangri frá Yorktown í gegnum Slaginn við Seven Pines
í herferðinni á hálendis; hann var næst gefinn svið fyrirmæli um sveit fyrir norður Virginia herferð 1862. Brígada hans var á hægri kantinum á línu sambandsliðsins í seinni Bull Run-baráttunni 29. og 30. ágúst en var aðeins létt í bardaga. Nokkrum dögum síðar, 1. september, tóku Poe og menn hans þátt í Slaginu við Chantilly. Brígada hans var til staðar, en ekki virk, í baráttunni við Fredericksburg í desember 1862.