Lizarazu spilaði 97 leiki fyrir Frakkland (fyrsta sinn 14. nóvember 1992 gegn Finnlandi), skoraði tvö mörk og hjálpaði þeim að vinna HM 1998 og EM 2000, en hann byrjaði í úrslitum beggja mótanna. Hann hætti í alþjóðlegum fótbolta eftir að Frakkland var óvart útrýmt af endanlegum sigurvegurum Grikklands á
Evróu 2004.