Waddell hélt áfram herþjónustu sinni hjá indversku læknissveitinni. Hann var í Kína á meðan á Boxer uppreisn (1898<unk>1901), þar á meðal Relief of Peking
Í ágúst 1900 var hann nefndur í skilaboðum, hlaut Kínverska stríðsverðlaunin (1900) og var árið 1901 skipaður félagi í Order of the Indian Empire (CIE). Í lok árs 1901 hafði hann flutt til Norður-Vestur-svæðisins og var viðstaddur í Mahsud-Waziri-blokkuninni, 1901-1902. Hann var í Malakand árið 1902 og tók þátt í Tíbet-sendingunni til Lhasas 1903-1904, sem hann var aftur nefndur í skilaboðum, fékk medalíu með loka og var skipaður Companion of the Order of the Bath (CB). Waddell sneri síðan aftur til Englands, þar sem hann varð stutt prófessor í tíbetnesku við háskólann í London (1906-1908).