Lee var í sambandi við Shaun Morgan, söngvara hljómsveitarinnar Seether, frá 2003 til 2005. Eftir að þau skildu vegna fíkniefna, skrifaði Lee "Call Me When You're Sober" um hann; lagið var gefið út sem fyrsta einstöku lagið úr The Open Door. Lee opinberaði í beinni útsendingu á MuchMusic 9. janúar 2007, þáttur af Live at Much að hún hefði trúlofað kvöldið áður. Hún staðfesti síðar á EvThreads.com að Josh Hartzler, sálfræðingur og langtímavinur, hafi kosið hana. Hún sagði í viðtali að lögin "Good Enough" og "Bring Me to Life" hafi verið innblásin af honum. Parið giftist 6. maí 2007 og fór í brúðkaupsferð nálægt Bahamas. Lee tilkynnti í gegnum samfélagsmiðla 18. janúar 2014 að hún væri ólétt.
Við Bahamas.