Hann var skipt út hjá Ferrari fyrir Gerhard Berger frá Austurríki fyrir og hann flutti til McLaren sem númer tvö ökumaður á eftir tvöfalda og ríkjandi heimsmeistara Alain Prost. McLaren voru ekki jafn samkeppnishæfir árið 1987 eins og þeir höfðu verið 1984-1986, með Prost aðeins að bæta við þremur sigrum til hans tally (og slá met um 27 Grand Prix sigra sem var haldið af Jackie Stewart með 28. sigri hans í
Portúgal) og ekki ná að verja meistaratitil sinn. Fleiri pallborðsstöðvar fylgdu fyrir Svíann og Johansson endaði í sjötta sæti í riðlaraflokknum. Staða Stefan Johanssonar hjá McLaren var af mörgum talin vera bara stöðvunarsamningur hjá liðsforingjanum Ron Dennis sem hafði ekki náð að lokka Ayrton Senna frá Lotus vegna þess að hann var í samningi til loka ársins 1987 og ætlaði alltaf að skrifa undir brasilískan. Johansson kláraði þýska Grand Prix árið 1987 á þremur hjólum eftir að hafa fengið punktur á síðasta hring. Hann endaði einnig í öðru sæti á eftir Prost í Belgíu og bætti við frekari pallborð í Brasilíu, Spáni og Japan. Þrátt fyrir ellefu pallborð á þremur tímabilum var Johansson ennþá ósigraður og var ekki óskaður af toppliði (hann hafði vonast til að ganga til liðs við Williams árið 1988 sem staðgengil fyrir fráfarandi heimsmeistara 1987 Nelson Piquet en Williams skrifaði undir Riccardo Patrese í staðinn). Hann sneri aftur til McLaren sem prófakstur árið 1991, og prófaði Honda V12 vélina á Suzuka í Japan.