Cleopatra og yngri bróðir hennar, Ptolemy XIII, tóku við hásæti sem sameiginlegir stjórnarmenn, en ágreiningur milli þeirra leiddi til opinbers borgarastyrjaldar. Kleópatra flúði stutt til Sýrlands árið 48 f.Kr. en sneri aftur síðar sama ár með her til að berjast við Ptólemeus XIII. Rómverski ríkismaðurinn Pompeíus hinn mikli skipulagði Ptólemaíus Egyptalandið sem hæli eftir að hafa tapað Baráttu Pharsalus í Grikklandi árið 48 f.Kr. gegn andstæðingi sínum Júlíusi keisara í borgarastyrjöld Caesar. Ptolomeus XIII lét hins vegar drepa Pompeíus í Pelousion og sendi höfuð hans til Cæsars, en hann tók Alexandria í leit að Pompeíusi. Cæsar notaði völd sín sem ráðherra í Rómverska lýðveldinni til að reyna að sætta Ptólemeus XIII við Kleópatru. Hins vegar taldi Potheinos, ráðgjafi Ptolemaíusar XIII, að skilmálar Ceasar væru í þágu Kleópatru. Her hans, fyrst undir stjórn Akilláss og síðan Ganymedes undir stjórn Arsinoe IV (yngri systur Kleópatru), setti bæði Caesar og Kleópatru í umgengni við höllina.
Ég veit ūađ ekki. Styrktarliðar lyftu umsátri snemma árið 47 f.Kr. og Ptolomeus XIII dó stuttu síðar í Slaginu við Níl. Arsinoe IV var loksins flúið til Efesus og Caesar, sem nú var kjörinn einræðisherra, lýsti Kleópatru og yngri bróður hennar Ptolemaíusi XIV sem sameiginlegum stjórnendum Egyptalands. En César átti trúnað við Kleópatru og eignaðist son, Césarion (seinna Ptolémé XV), áður en hann fór frá Alexandríu til Rómar.