Í ágúst 2005 sneri hann aftur til Serie A með flutningi til Internazionale á fjögurra ára samningi fyrir greint € 16 milljónir gjald. Hann byrjaði ævintýri sitt með því að vinna Supercoppa Italiana árið 2005.
gegn Juventus, kom inn á 63. mínútu þar sem "Nerazzurri" vann í framlengingu þökk sé sigurvegara Verón. Síðar, 13. september, gerði hann deildardebut sitt fyrir nýja liðið sitt 21. september með því að byrja í 1-0 útileiknum gegn Chievo. Þann 24. nóvember, í riðlakeppni Meistaradeildarinnar gegn Petržalka, lék Samuel í 11 erlendum leikmönnum á vellinum, þar sem Luís Figo var eini evrópumaðurinn. Hann lauk fyrsta tímabili sínu hjá Inter með því að spila 42 leiki í öllum keppnum, með liðinu að vinna meistaratitilinn eftir fall Juventus vegna leikskipulags, og Coppa Italia með því að sigra Roma 4 × 2 í heildina, þar sem Samuel spilaði í báðum úrslitum, og lauk því ófyrirsjáanlegum innlendum þríleik.