Í hvaða tilvikum sem er, "Zafiro" fór frá Hong Kong með liði Dewey í apríl 1898 og þjónaði með því sem kolver og birgðarskip í Slaginu við Manila Bay og Filippseyjarherferðinni sem fylgdi. Skortur á skjölum um starfsemi hennar árið 1898 og fyrri hluta ársins 1899 útilokar nánari frásögn um það tímabil. Líklega sigldi hún um Filippseyjar og flutti hermenn, vörur og sendingar á milli staða í eyjumálinu. Hún var með aðsetur í Cavite á Luzon og er þekkt fyrir að hafa sinnt slíkum verkefnum á tímabilinu frá júlí 1899 til júní 1904. Ūær hreyfingar sem styđjuđu her Bandaríkjanna sem var ađ kúga uppreisn á Filippseyjum
og herferđum gegn múslima Moro ættkvíslunum, fķr hún á fjölda framandi stađa og um eyjarnar.