Á næsta tímabili lék Wilkinson 18 leiki í
Pro12, nũtt nafn deildarinnar, hefst í 15 leikjum. Það tímabil sá einnig Connacht hæfa sig í fyrsta sinn í Heineken Cup, og Wilkinson spilaði sinn fyrsta leik á hæsta stigi evrópskrar rugby á móti Harlequins á Stoop. Hann byrjaði á öllum sundleikjum Connacht, þar á meðal fyrsta Heineken Cup sigur þeirra í endurleiknum gegn Harlequins á Sportsground. Á tímabilinu 2012-13 lék Wilkinson 18 leiki í Pro12. Connacht hlaut aftur sæti í Heineken Cup, en Wilkinson byrjaði í þremur af sex leikjum héraðsins og var í staðinn í tveimur öðrum.