Stærð Indónesíu, hitabeltisloftslag og landfræðilega staða eyja stuðlar að miklum líffræðilegum fjölbreytileikum. Flóra og dýralíf er blanda af Asíu og Austur-Asíu tegundum. Eyjar Sundahólfsins (Sumatra, Java, Borneo og Bali) voru einu sinni tengdar meginlandi Asíu og eru ríkar af Asíu dýralíf. Stórar tegundir eins og Sranumatara tígur, hrínós, orangutan, Asíu fíll og leoparður voru einu sinni ríkar eins langt austur og Bali, en fjöldi og dreifing hefur minnkað verulega. Sulawesi, Nusa Tenggara og Maluku <unk> hafa lengi verið aðskilin frá landmass<unk> hafa þróað sína eigin einstaka flóru og dýralíf. Papua var hluti af minni ástralska landmassinu og er heimili einstaks dýralífs og flóru sem tengist Austurlandi náið, þar með talið yfir 600 tegundir fugla.
70%