Í mars 1938 komu þýskir hermenn inn í Austurríki, sem var fylgt af hraðri sameiningu, sem leiddi til "Stór-Þýskalands" sem tók saman tvö fyrrverandi aðskilin ríki. Nokkrum dögum eftir að hersveitirnar komu frá vestri var Franz Rauscher handtekinn af Gestapo, en hann var sleppt viku síðar. Hann fékk vinnu hjá Styrktarstofunni. Árið 1939 var hann hins vegar handtekinn aftur af Gestapo. Í þetta sinn var hann fluttur í Buchenwald-fangabúð: Hann var haldinn í ríkisfangelsi næstu sex árin. Á einhverjum tímapunkti seinni heimsstyrjaldarinnar, sem stóð yfir á þessum hluta Evrópu frá árinu 1939 til ársins 1945, var hann fluttur í Majdanek-sviðsbúðir í Póllandi.
Ég veit ūađ ekki. Skömmu áður en stríðið lauk var hann annaðhvort frelsaður af Rauða hernum eða slapp úr fangabúðinni þegar innviðir ríkisins í nasista Þýskalandi hrundu. Hann fór aftur til Austurríkis og kom til Salzburg 14. apríl 1945. Sovétríkjanna og vestrænu ríkisstjórnirnar höfðu þegar lýst sameiningu Þýskalands og Austurríkis ógildri árið 1938 og innan tveggja vikna eftir komu Rauschers á landamærin í Salzburg hafði flýtilega safnað í Vín undir forystu Renner, gert ráð fyrir kröfum nýrra meistara landsins með undirrituðum leiðtogum þriggja helstu stjórnmálaflokkanna (sem fól í sér sósíaldemókrata) 27. apríl 1945.