Í Þýskalandi, þann 3. nóvember 2019, yfirgaf Niko Kovač Bayern München eftir samkomulag eftir 5<unk>1 tap gegn Eintracht Frankfurt, aðstoðarmaður hans Hansi Flick, kynntur sem tímabundinn þjálfari. Í fyrsta leiknum sínum sem þjálfari vann Bayern Olympiakos 2-0 í riðlakeppni Meistaradeildar Evrópu þann 6. nóvember 2019. Í apríl 2020 skipaði Bayern München Flick sem fastan þjálfara með samning til ársins 2023. Flick leiddi Bayern með góðum árangri til að vinna Bundesliga, DFB-Pokal og UEFA Champions League, þannig að ljúka heimsálfu þrífaldur í annað sinn í sögu félagsins, næsta tímabil, leiddi hann Bayern til að vinna 2020 UEFA Super Cup
gegn Sevilla. Hann leiddi Bayern einnig til að vinna fyrsta sexfalda sinn eftir að hafa unnið Club World Cup í febrúar 2021 með því að sigra mexíkóska liðið Tigres.