Ljúka eftirfarandi setningu: Að yfirgefa Minnesota sneri Clarke aftur til Philadelphia til að gegna hlutverki öldungadeildarforseta á tímabilinu 1992-1993, og starfaði sem leiðbeinandi fyrir unga fyrirbærið Eric Lindros á fyrstu tímabilinu hans. Clarke flutti skömmu síðar og tók við stöðu framkvæmdastjóra með stækkunarliðinu Florida Panthers, liði sem setti met í stækkunarliðinu fyrir sigra og stig á tímabili 1993-1994. Hann sneri aftur í hlutverk Flyers aðalstjóra fyrir tímabilið 1994-95 (Florida var bótaður með peningum og Philadelphia í annarri umferðinni í uppdráttinum í
1994 NHL Entry Draft), og hann endurbyggði liðið í bikarkeppni. Á seinni tímabili hans sem framkvæmdastjóri Flyers kom liðið í úrslitakeppnina 11 tímabil í röð en komst í úrslitakeppnina einu sinni (1997). Eftir slæma byrjun á tímabilinu 2006/07 sagði Clarke sig frá vegna mögulegrar útbrennslu og skorts á löngun. Clarke sneri aftur til fyrirtækisins 4. desember 2006 og var útnefndur aðal varaforseti.