Í lok árs 1587 var hann handtekinn í boxtalandi í París. Hann var fundinn í rúmi međ konu og mađur þjónum jarlsins frá Essex. Í upphafi var hann settur í fangelsi biskupsins en handtakar hans íhugaði að senda hann aftur til Walsingham. Að lokum var hann fluttur í Bastille til að bíða dóms. Í yfirheyrsluskrá hans sést ađ hann reyndi ađ blanda Morgan og Paget í tvískiptum. Í ágúst 1589 var hann dreginn fyrir dóm og dæmdur til tuttugu ára fangelsisvistar fyrir að hafa beitt sér gegn hagsmunum kaþólsku kirkjunnar. Á þeim tíma var París undir stjórn kaþólska deildarinnar, sem hafði ríst gegn franska konunginum. Á meðan hann sat í fangelsi versnaði heilsa hans. Á
Í slaginu við Ivry í mars 1590 var her deildarinnar tortímt og konungur hélt í átt að París, ákveðinn í að svelta höfuðborgina til undirgefningar. Umsóttin varði til ágúst og olli hungursneyð. Gifford dó nokkrum mánuðum síðar, í nóvember 1590.