Ljúktu eftirfarandi setningu: Við útbrot borgarastyrjaldarinnar gekk Birney í her sambandsins 22. maí 1861 sem skipstjóri í 1. New Jersey-herfylkingunni. Hann lenti fyrst í bardaga í fyrsta slaginu við Bull Run. Hann var kynntur sem stjóri í 4. sjálfboðaliđsliđi New Jersey-liđsins. Hann tók þátt í slaginu við Bull Run.
Chantilly, Fredericksburg, og sem alfreðingi, Chancellorsville. Árið 1863-64 var hann ráðinn einn af þremur yfirstjórum sem réðust við að fá litaða hermenn til að starfa í herdeildinni og í því hlutverki skipulagði hann sjö herdeildir. Hann var nefndur alstjóri 22. liðs bandarískra litaðra herliða. Þann 9. júní 1863 var hann skipaður hershöfðingi sjálfboðaliða, og var sendur til Maryland til að ráða fleiri svörtu hermenn. Árið 1864 fór hann með herlið sitt til að berjast í Suður-Karólínu sem hluti af deild Suðurríkjanna. Þeim gekk illa, en unnu mun betur í herferðum í Flórída, þar á meðal í Slaginu við Olustee.