Eftir sjálfstæðisstríðin sýndu ýmsar átök mikilvægi flotans fyrir þjóðina. Fyrsta af ūessum átökum var stríđ sambandsins.
(1836-1839), Chincha-eyjarstríðið (1864-1866) og Kyrrahafsstríðið (1879-1883). Stofnun Fuerte Bulnes í Magellan-sundinu markaði upphaf í röð rannsókna Chileanska sjóhersins, undir forystu sjóhersins vatnsfræðinga, eins og Francisco Vidal Gormaz og Francisco Hudson, í óþekkta svæðinu milli Magellan-sundar og Chiloé. Til að sinna þessu nýja starfssviði stofnaði sjóherslan árið 1874 Hydrographic Office, en fyrsti stjórnarmaður þess var Francisco Vidal Gormaz.