Í 1963 stofnaði þjóðin sambandsríki með Azikiwe sem fyrsta forseta hennar. Ójafnvægi og sýnd spilling í kosninga- og stjórnmálaferlinu leiddi til tveggja hernaðarstjórahruns í 1966. Fyrsta valdarásin var í janúar 1966
Og var stjórnað mest af Igbo hermenn undir Major Emmanuel Ifeajuna og Chukwuma Kaduna Nzeogwu. Stjórnmálamönnum tókst að myrða Sir Ahmadu Bello og Abubakar Tafawa Balewa ásamt áberandi leiðtogum á norðanverðu svæðinu og einnig forsætisráðherra Samuel Akintola á vesturhluta svæðisins, en stjórnmálamennirnir glímdu við að mynda miðstjórn. Forseti öldungadeildarinnar, Nwafor Orizu, afhenti stjórn ríkisstjórnarinnar til hersins, undir stjórn annars Igbo yfirmanns, Johnson Aguiyi-Ironsi hershöfðingja. Síðar, viðbótarstyrjöldin árið 1966, sem fyrst og fremst voru styrkt af herforingjum norðursins, auðveldaði uppstigningu Yakubu Gowon sem herforingi ríkisstjórnarinnar. Spennan jókst á milli norðurs og suðurs; Igbos í borgum í norðri þjáðist ofsókna og margir flúðu til austurhluta.