Enn ákveðinn í að afsetja Kleópatru VII, sameinaðist Ptolómíus XIII við Arsinoe IV. Saman skipuðu þeir flokkum hers þeirra sem voru þeim trúir gegn þeim sem voru Kleópatru VII og tiltölulega litlu hluta hers hans sem hafði fylgt Caesar til Egyptalands. Bardaginn milli stríðandi flokka átti sér stað um miðjan desember árið 48 f.Kr. innan Alexandríu sjálfrar (Siege of Alexandria (47 f.Kr.)
), sem varð fyrir miklum tjóni. Um þetta leyti varð eldur í bókasafninu í Alexandríu.