Spænskir landvinnarar undir forystu Hernán Cortés sigruðu höfuðborg Azteka, Tenochtitlan
(á staðnum sem nú er Mexíkóborg) árið 1521, og franska trúboðarnir fylgdu skömmu síðar, árið 1524. Sahagún var ekki í þessum fyrsta hópi tólf trúsystkina, sem kom til Nýja Spánar árið 1524. Sahagún gerði grein fyrir deilunni á spænsku og náhuatl, sem þessir franska munkar áttu í Tenochtitlan fljótlega eftir komu sína, árið 1564, til að vera fyrirmynd fyrir komandi trúboða. Þökk sé fræðilegu og trúarlegu mannorði sínum var Sahagún ráðinn árið 1529 til að taka þátt í trúboðsstarfinu í Nýja Spáni. Hann átti eftir að eyða næstu 61 ár þar.