Eftir að Martin kom aftur til Kanada giftist hann Ellen Hill, eða "Karakwineh" (sem þýðir "hreyfjandi sól"). Hann skráði sig einnig í Toronto School of Medicine árið 1863. Hann útskrifaðist með B.M. árið 1865 og M.D. árið 1866. Árið 1866 þjónaði hann einnig í Queen's Own Rifles í Ridgeway-baráttu, einni af vopnuðum átökum Fenian Raids
frá Bandaríkjunum á árinu.