Bourdais prófaði verulega fyrir Toro Rosso liðið í vetur, þó að hann væri óviss um akstur á nýju ári. Hinn 6. febrúar 2009 var hann staðfestur sem bílstjóri Toro Rosso í annað árið, með sveissneska nýliða Sébastien Buemi. Þrátt fyrir tvö stig á árinu á Austurríkisverðlauninu
Og í Mķnaķ átti Bourdais erfitt međ ađ jafna sig viđ liđfélaga sinn sem var ķreyndur. Í Spáni sló Bourdais bíl Buemi þegar sviðið reyndi að forðast Jarno Trulli á fyrsta hringnum og endaði keppnin fyrir báða ökumennina. Á breska Grand Prix sló Bourdais saman við McLaren ökumanninn Heikki Kovalainen og endaði keppnin fyrir báða. Í þýska Grand Prix fékk hann vélrænni bilun eftir að hafa verið síðastur í keppninni um rúma sekúndu.