Eftir að hafa skrifað undir hjá félaginu í eitt ár, gerði Bajrami loksins fyrsta leik sinn með Elfsborg, og kom inn sem varamaður í 4-2 tap gegn Nordsjælland í vináttuleik þann 22. janúar 2016. Mánuði síðar, 27. febrúar 2016, kom hann í fyrsta leik sinn á tímabilinu, og kom inn sem varamaður á 73. mínútu, í jafntefli gegn IFK Värnamo í Svenska bikarkeppninni. Tveimur mánuðum síðar, 3. apríl 2016, byrjaði Bajrami í leik sínum í fyrsta skipti fyrir félagið og spilaði 68 mínútur áður en hann var skiptur út í 2<unk>1 tap gegn BK Häcken í upphafsleik tímabilsins. Eftir að hann gekk til liðs við IF Elfsborg byrjaði hann að taka þátt í fyrsta liðinu í nokkrum leikjum. Bajrami skoraði sitt fyrsta mark fyrir Elfsborg síðan 2010 og skoraði annað mark í 2-1 sigri á Falkenbergs 1. maí 2016. Hins vegar var hann plágaður af meiðslum á tímabilinu 2016. Í lok tímabilsins 2016
Á síðasta tímabili fór Bajrami í nítján leiki og skoraði einu sinni í öllum keppnum.