Ljúktu eftirfarandi setningu: 13. apríl 1796 var Willot fluttur í "her Rhin-et-Moselle". Hann tók við stjórn 8. herdeildar 25. júlí sama ár. Þetta var í Marseilles þar sem hann sagðist vera hlutlaus en náði að móðga Jakobínum. Napóleon Bonaparte átti áhrif á að fá hann burt. Á þessum tíma gekk hann til liðs við konungshyggjuflokknum. Augljóslega voru pólitískar tilhneigingar hans vel þekktar vegna þess að Pierre Augereau blöskraði að Willot í Marseille hefði næstum eyðilagt
Arcole-herferðinni með því að ná ekki að styrkja "Ítalíu-herinn". Willot var kjörinn í Fimmhundraðarráðið 11. apríl 1797. Hann var kjörinn fyrir Bouches-du-Rhône með 102 af 203 atkvæðum. Hann varð ritari ráðsins og síðar eftirlitsmaður.