Rannsóknaráhugamál Tauxe fela í sér bakteríusjúkdóma, faraldsfræði og sjúkdómsgerð smitsjúkdóma, faraldsfræðilegar og klínískar afleiðingar erfðabreytingar baktería, notkun sýklalyfja og viðnám gegn sýklalyfjum og kennslu á faraldsfræðilegum aðferðum. Hann hefur tekið þátt í fjölmörgum innlendum og erlendum faraldsfræðilegum rannsóknum um allan heim, einkum Rajneeshee lífræna hryðjuverkaárásinni árið 1984.
, salmonellósusýkingunni í Bandaríkjunum árið 2008, kólera-sýkingunni á Haítí á árunum 2010-2013, stofnun Pulsenet og Ebola-veirufaraldrinum í Vestur-Afríku.