Í framhaldi af þessari málsgrein - Um miðbik 5. aldar, þegar Vestur-Rómverska keisaradæmið fór að hrynja, féll Þrakía úr valdi Rómverja og í hendur germönskra ættbálkahöfðingja. Með fall Vestur-Rómverska heimsveldisins breyttist Þrakía í slagsvæði fyrir meirihluta næstu 1000 ára. Sú austurhluti Rómaveldisins sem varðveittist á Balkanskaga, síðar þekktur sem Byzantíska keisaradæmið, hélt stjórn sinni yfir Þrakíu fram á 7. öld þegar norðurhluti alls svæðisins var samþætt í Fyrsta Búlgaríska keisaradæmið og restin var endurskipulagð í þrakíska þema. Ríkið endurheimti
Síđan á 10. öld fengu Búlgarar aftur stjórn á norđurhluta landsins í lok 12. aldar. Á 13. öld og fyrri hluta 14. aldar var svæðið í breytingum í höndum Búlgara og Byzantíska keisaradæmisins (nema í Konstantínópel). Árið 1265 varð svæðið fyrir árás Mongóla frá Gyllta Hörðunni, undir forystu Nogai Khan, og á árunum 1305 og 1307 var ráðist á það af katalönsku félaginu.