Hann eyddi meirihluta stríđsins í ýmsum starfsmannastörfum og giftist Victoire Marion Williams-Freeman árið 1942. Hann var kynntur sem liðsforingi og var ráðinn sem yfirmaður 1. liðsflokks Manchester-herherflugs í mars 1944. Flokkurinn (áður 6. flokk, landhelgisher áður en hann var endurnefndur sem 1. flokk í maí 1942) var vélbyssuflokk 53. (Welsh) fótgöngudeildar, fyrsta línusveit TA undir stjórn Robert Ross hershöfðingi, var illa þjálfaður og nánast óhæfur til starfa, en Harington kom honum fljótt í fullri bardagaviðbúnað. Flokkurinn, ásamt móðurdeild sinni, lenti í Normandíu, Frakklandi, í lok júní, þremur vikum eftir landnám í Normandíu, og var í hörðum átökum í Normandíustríðinu og flestum seinni átökum í Vestur-Evrópu.
, þar til Harington lét af embætti um miðjan september 1944, þegar hann varð aðalstöðvarstjóri 1. flokks (GSO1) með 53. deildinni. Hann varðveitti þessa stöðu til maí 1945. Fyrir störf sín sem yfirmaður 1. manchesters var Harington verðlaunaður með Distinguished Service Order DSO í byrjun 1945.