Í júní 1862 gekk Jewett í her Bandalagsins til að berjast í borgarastyrjöldinni og var skipaður sem síðari liðsforingi í 9. Vermont-fylkingunni. Þann 3. ágúst var hann handtekinn og var föngur Bandalagsins í 25 daga. Jewett var færður í stöðu yfirlögregluþjóna í maí 1863. Á meðan hann starfaði tók hann þátt í bardaga við Harper's Ferry (13. og 15. september 1862), Newport Barracks (2. febrúar 1864), Chaffin's Farm (29. september 1864) og
Fair Oaks (27. október 1864). Hann lét af störfum í nóvember 1864 og sneri aftur til Vermont.