Í febrúar 1243 fyrirskipaði Fríðrik keisari að hersveitir hans yrðu safnaðar 1. apríl. Hann hitti herinn í Capua og í maí hélt hann norður í átt að Róm, þar sem hann fór að ráðast á og eyðileggja castelli og valda eins miklu eyði og hann gat. Þeir tveir kardínallar sem enn voru í Róm flúðu til Anagni og nú þegar átta kardinallar voru komnir saman, báðu þeir keisarann sem samþykkti beiðni þeirra um að snúa aftur til ríki síns. Friðrik lét þá Jacobus de Pecorara, kardínál, sem hann hafði haldið í fangelsi síðan hann var tekinn í Slaginu við Giglio, sleppa.
í maí 1241. En Fríðrik konungur bjóst við því að kardínallarnir myndu vera samvinnulegir og framleiða páfa. Og samt neituðu þeir að hefja þing. Fríðrik sýndi reiði sína með því að senda her sinn gegn Róm. Rómverjar kvartuðu yfir því að það væri ekki þeirra sök að ekki væri valinn páfi eftir svo marga mánuði, heldur harðneskju og deilumennsku kardinála, sem voru í felum. Fríðrik beindi því her sínum á nýju móti eignarlöndum kardínála og kirkjunnar.