Í framhaldi af þessari málsgrein - Árið 1580, í kjölfar dynastískrar kreppunnar árið 1580, tók biskupinn í Guarda, D. João, afstöðu til sjálfstæðis Portúgal og var á móti Filippseyjum. Biskupinn hafnaði svo úrslitum Alcântara-baráttunnar.
og hélt áfram að standa með António, foringi Crato, þvert á alla aðra portúgalska biskupa. Þann 18. mars 1582 fordæmdi páfinn "ofurlæti" D. João, biskups Guarda, og hann dó árið 1592 undir stjórn Filippusar II. af Spáni (Filippus I. af Portúgal).