Red Deer Rebels valdi Phaneuf í þriðju umferð WHL Bantam Draft árið 2000. Eitt ár síðar gekk hann til liðs við Rebels fyrir tímabilið 2001-02 og skoraði 32 stig í 67 leikjum. Hann bætti við tveimur stoðsendingum í 21 leik þegar Rebels töpuðu í úrslitum WHL gegn Kootenay Ice. Hann bætti sig í 3o mörk og 42 stig á tímabilinu 2002/03 þegar Rebels komust aftur í úrslit WHL, en töpuðu aftur, að þessu sinni fyrir Kelowna Rockets. Þróun Phaneuf skilaði honum samanburði við Hall of Famer Scott Stevens, þar sem hann var hrósaður af skátum fyrir líkamlegan stíl sinn og getu til að skara fram úr bæði varnarlega og sóknarlega. Þá-Calgary Flames yfirmaður Darryl Sutter metur Phaneuf svo hátt í 2003 NHL Entry Draft
Hann reyndi ađ skipta upp úr níunda valinu, en án árangurs. Engu að síður gat hann valið Phaneuf með fyrsta vali Calgary í uppdráttinum.