12. mars 2011 eftir jarðskjálfta og sjónám í norðausturhluta Japans
, flogið Kan í þyrlu til að fylgjast með Fukushima I kjarnorkuverinu og var mjög þátt í viðleitni til að bregðast skilvirkt við Fukushima Daiichi kjarnorkuslysið. Naoto Kan tók sífellt meiri afstöðu gegn kjarnorku í mánuðunum eftir Fukushima-slysinu. Í maí lét hann loka eldri kjarnorkuverinu í Hamaoka vegna ótta um jarðskjálfta og sjónám og sagði að hann myndi frysta áætlanir um byggingu nýrra virkjana.