Hann gekk til liđs í hernum sem einingur í E-herflokki 49. sjálfboðaliđsliđsins í New York í júní 1861. Með her Potomac tók eining hans þátt í bardaga sem voru Young's Mill, Yorktown, Williamsburg, Mechanicsville, Fair Oaks
, Gaines's Mill, Savage's Station, Malvern Hill, Second Bull Run, South Mountain, Antietam, Fredericksburg, Williamsport, Gettysburg, Mine Run, Wilderness, Cold Harbor, Petersburg og fleiri. Walsh var tekinn í fangelsi í aðgerðum gegn Welden Railroad skömmu áður en ráðningartími hans rann út og var fangi á Belle Isle, Libby Prison, Andersonville, Savannah, Castle Pinckney og Florence Stockade, áður en hann var skiptur og skilað til Annapolis, Indiana, þar sem hann var heiðurslega útskrifaður 5. maí 1865. Á einhverjum tímapunkti eftir þetta, hann eyddi átta árum að vinna á "Wisconsin State Journal" í Madison.