Ný herstjórn, sem kallaði sig Proceso de Reorganización Nacional, reyndi í fyrstu að binda enda á herferðir skæruliða, en þjóðin lenti fljótt í ófriði. Hryðjuverkasamtök og skæruliðahreyfingar voru oft mætt með blöndu af ríkishræðslu og almennum ofsóknarleysi. Borgarbúar voru nú fastir í lögreglu ríki milli paranoid og grimmur herræðisherra og ofbeldisfulla mótmælenda kommúnista skæruliða. PRN nefndi þetta tímabil "Dirty War" - hugtak sem lögfræðingar neituðu að nota í réttarhöldunum á Juntas árið 1985. Batallón de Inteligencia 601 (601. leyniþjónustuherlið) varð illræmdur á þessu tímabili. Ūetta var sérstök leyniþjónusta sem var stofnuđ í lok sjöunda áratugarins.
og Operation Condor, og var leyst upp árið 2000. Starfsmenn hans söfnuðu upplýsingum um gerillahópa og mannréttindasamtök og innfiltruðu sig í þá og samræmdu morð, mannrán og önnur ofbeldi. Einingin tók einnig þátt í þjálfun Nicaraguan Contras með aðstoð Bandaríkjanna, þar á meðal frá John Negroponte.