Sumir af fyrstu samskiptum Mohammed V við þjóðernissinnaðra komu fram í kreppunni sem var orsakað af svokölluðum "Berber Dahir". Meðal annars á þessum tíma tók sultaninn á móti sendinefnd frá Fez sem kynnti lista yfir kvartanir um nýja franska stefnuna og átti viðræður við Allal al-Fassi þar sem hann lýsti því yfir að hann hefði verið villandi af frönsku búsetu þegar hann skrifaði undir það og lofaði að afsala ekki frekari réttindum lands síns. Sultanið hætti því að tengjast þjóðernissamtökunum opinberlega á þriðja áratugnum en stóðst samt frönskum tilraunum til að breyta skilmálum verndarríkisins á milli stríðsáranna. Hann staðfesti trúfesti Marokkó við Frakkland árið 1939, í upphafi síðari heimsstyrjaldarinnar. Eftir að Frakkland féll í hendur Þjóðverja og Vichy-stjórnin kom til valda lagði sultan þó í vaxandi mæli sína eigin stefnu og dró fram nokkur frumkvæði um umbætur í tengslum við menntun, jafnvel þótt Vichy-stjórnin hvatti hann til að fara í nokkrar vel auglýstar ferðir til útlanda til að styrkja lögmæti sitt og nýlendukerfisins. Árið 1942 lönduðu bandamenn á atlantshafsströnd Marokkó.
sem hluti af innrás þeirra í Norður-Afríku gegn atvinnu Axis. Þessi mikilvæga breyting gaf sultanum einnig meiri pólitíska svigrúm og á Anfa ráðstefnunni árið 1943, sem leiðtogar bandalagsins sóttu, var Mohammed V eftir einn á einu sinni með Roosevelt forseta, sem lýsti stuðningi við sjálfstæði Marokkó eftir stríðið. Fundurinn var fyrsti fundur sultanins við annað þjóðhöfðingja án þess að frönsk embættismenn hafi verið viðstaddir. Haustið sama árs hvatti sultaninn til að stofna opinbera Istiqlal ("sjálfstæðis") flokkinn og að semja Manifesto of Independence sem kallaði eftir stjórnarskrárríki með lýðræðislegum stofnunum.