Ljúktu eftirfarandi setningu: 14. janúar 2012 vann Flanagan bandaríska Ólympíuleikana í Houston og setti met í hlaupinu á 2:25:38. Hún fór áfram til að fulltrúa Team USA á Ólympíuleikum kvenna maraþon í London, endaði í 10. sæti með tíma 2:25:51. Hún sigraði hágæða svið á Lissabon hálf maraþoninu í mars og skráði tíma 1:08:52. Hún kom í 25. sæti á
2012 IAAF heimsmeistaramót í hálfmaraþoni.