9. ágúst 2016 sneri Farnerud aftur til heimalandsins og skrifaði undir langtímasamning við BK Häcken og gekk aftur til liðs við æskuvin sinn Rasmus Lindgren í nýja félaginu sínu. Hann lék 11 leiki og skoraði þrjú mörk í fyrstu leiktíð sinni.
, og fór að veita átta aðstoð á tímabili sínu áður en hann fékk alvarlegt hnémeiðsli í leik gegn IK Sirius þann 22. júlí 2017; vegna endurtekinna líkamlegra veikinda hans valdi hann að fara með gagnkvæmu samþykki í nóvember.