5. desember 1941 yfirgaf I-66 Samah til að hefja það sem yrði fyrsta stríðsferð hennar. Ūegar Japanir réđust inn í Malaya
"I-66" var í Suður-Kínahafi fyrir utan Trengganu, Bretlandssýslu Malaya, og starfaði á varðlínu með kafbáta,,, og. Þann 15. desember 1941 voru "I-66" og "I-65" fjarlægðar frá þessari skyldu til að stunda eftirlitsvinnu við nálgunina að Kuching til stuðnings innrásinni í Sarawak í breska Norður Borneo, sem hófst 16. desember 1941. Undirbátarnir tveir fengu viðvörun um að undirbátar bandalagsins væru að störfum við Kuching. Þegar hún var að undirbúa sig til að fara á yfirborð til að hlaða rafhlöðurnar norðvestur af Kuching þann 24. desember 1941 sá I-66 kafbát Hollandsneska flotans á yfirborðinu á hægri borð á bilinu. Eftir að hafa komist undir vatn skaut I-66 einni torpédó kl. 10:28. Hún skall á "K XVI", sem brotnaði í tvennt og sökk með 36 manns í áhöfn. Þann 4. október 2011 fundu ástralskir dýfar mannvirki "K XVI", brotinn í tvennt og á dýpi.