Ljúka eftirfarandi setningu: 17. maí 2017 var Werner nefndur í landslið Þýskalands fyrir FIFA-keppnina 2017 sem haldin var í Rússlandi. Hann lék sem varamaður fyrir Sandro Wagner í opnunarleik liðsins á mótinu gegn Ástralíu, áður en hann skoraði sín fyrstu tvö mark þegar hann var valinn til að byrja í lokaleik Þýskalands gegn Kamerún þann 25. júní. Fjórum dögum síðar skoraði Werner þriðja mark Þýskalands í 4-1 sigur á Mexíkó í undanúrslitunum. Þann 2. júlí 2017 var Werner að aðstoða Lars Stindl í sigurmarki í mótinu.
2017 FIFA Samfylkingarkeppni úrslitaleikur gegn Chile. Með þremur mörkum og tveimur stoðsendingum hlaut Werner gullskórinn á mótinu.