Í gegnum níunda áratuginn, eftir Golfstríðið, höfðu hryđjuverkasprengjur mikil áhrif á CENTCOM-liđin. Í kjölfar árásar eins og sprengjuárásarinnar á Khobar-turnunum árið 1996, þar sem 19 bandarískir flugmenn létust, hóf yfirstjórnin aðgerðina Desert Focus, sem ætlað var að flytja bandarísk aðstöðu á varnarhæfari staði (eins og Prince Sultan Air Base), draga úr "fótspor" Bandaríkjanna með því að útrýma ónauðsynlegum húsum og skila háðum til Bandaríkjanna. Árið 1998 réðust hryðjuverkamenn á sendiráð Bandaríkjanna í Kenía og Tansaníu og drápu 250 manns, þar á meðal tólf Bandaríkjamenn. Árásin á USS "Cole" í október 2000
, sem leiddi til dauða 17 bandarískra sjómanna, tengdist al-Qaida samtökum Osama bin Laden.