Scott giftist Katherine Nina Grant Smith árið 1938. Hann þjónaði í síðari heimsstyrjöldinni og var skipaður sem síðari liðsforingi hjá 4. sýslu London Yeomanry í september 1939. The Yeomanry var send til Mið-Austurlands í byrjun árs 1941 og þaðan var flutt til Vestur-Dersert í júní 1942, þar sem Scott sá aðgerðir við bresku varnarlínurnar í Maabus er Rigel og var særður þegar tankur hans var skotinn af óvinaeldum. Hann var orðinn liðsforingi um miðjan 1942 og hlaut herskraust fyrir mikinn hugrekki í ágúst 1942. Hann var nefndur í skilaboðum í desember 1942 og tók við stjórn C-liðs í Yeomanry í febrúar 1943, en þá var hann með tímabundna röð skipstjóra. Í apríl 1943 tók Scott þátt í orrustunni við Wadi Akarit.
, ūar sem hann komst yfir tanka yfir mínasvæđi og fékk heiđursmerki fyrir herskraut sinn. Á síðari stigum herferðarinnar í Norður-Afríku voru hermenn undir stjórn Scott meðal þeirra fyrstu sem komu inn í Túnis þegar hún var tekin.