Matsui gaf persónulega 500.000 dollara til hjálparsöfnuðar fyrir fórnarlömb jarðskjálftans í Indlandshafi 2004. Hann gaf einnig 620.000 dollara til hjálparstarfs fyrir fórnarlömb jarðskjálftans og tsunami árið 2011
í Tōhoku svæðinu í Japan. Hinn 21. mars 2015 héldu Matsui og fyrrum liðsfélagi hans Derek Jeter hátíðlega baseball góðgerðarviðburði til að styðja börn sem urðu fyrir áhrifum af jarðskjálftinum og sjónáminum árið 2011 í Tokyo Dome. Viðburðurinn innihélt baseball klíníku og heimsmót derby milli Matsui og Jeter.