Skrifa áframhaldandi fyrir þessa málsgrein - Í janúar uppreisn
Árið 1863 urðu hörð átök í borginni en Mikhail Muravyov, sem var kallaður "Heljarinn" af íbúum vegna margra aftöku sem hann skipulagði, friðaði þær grimmilega. Eftir uppreisnina voru öll borgaraleg frelsi tekin úr gildi og notkun pólskra og litháenskra tungumála bannað. Vilnius hafði líflegan gyðingafjölda: samkvæmt rússneskum manntölum árið 1897, af heildarfjölda 154.500 manna, voru gyðingar 64.000 (um 40%). Á fyrri hluta 20. aldar voru litvískumælandi íbúar í Vilnius aðeins lítill minnihluti, þar sem pólskir, jiddís og rússneskir töluðu meirihluta íbúa borgarinnar. Þann 4. og 5. desember 1905 fór fram Stóra þingið í Vilnius í núverandi húsnæði Litháenska þjóðarsveitarfélagsins með yfir 2000 þátttakendum. Þetta var fyrsti nútímaþing þjóðarinnar í Litháen. Þingið ákvað að krefjast víðtæks stjórnmálastjórnvalds innan Rússlandsveldisins og ná því með friðsamlegum hætti. Það er talið mikilvægt skref í átt að sjálfstæðislögum Litháen, sem samþykkt voru 16. febrúar 1918 af Litháenska ráðinu, þar sem Seimas lagði grunninn að stofnun sjálfstæðra Litháenskra ríkja.