Í 1779 var Johnstone boðið og samþykkti stöðu sem kommodór á Lisbon Station þrátt fyrir fyrri árásir hans á ráðuneytið og stuðning hans við sáttamiðlun um hernaðaraðgerð. Hann réttlæti sig með rökum um að þar sem Frakkland hefði tekið þátt í stríðinu á amerísku hliðinni gæti hann ekki lengur staðið að því að halda sig utan stríðsins. Honum var lofað verkefni á portúgalska stöðinni, áður en hann sigldi við frönsku ströndina í flaggskipi sínu, að leita að sönnunargögnum um undirbúning innrásar. Fljótlega komst í ljós að flotanir Frakka og Spánverja ætluðu sér að sameinast og mynda einn stóran flot til að ráðast á Englandi.
Ég veit ūađ ekki. Johnstone tók "Romney" með sér til að ganga til liðs við flotu Sir Charles Hardy í Kanalflotunni og þrýsti hann á að leita að bardaga. Hardy vildi frekar forðast aðgerðir í fyrstu, þreyta óvinarflotann á sjó á meðan hans eigin hélt áfram að endurbúa og endurbúa frá sjóvarstöðvum meðfram enskri strönd. Taktík Hardy tókst vel og í stað þess að berjast við nýjan og vel útbúinn breskan flot, yfirgaf óvinarflotinn áform sín og sneri aftur til frönskra höfn.