Í framhaldi af þessari málsgrein - Pérignon lenti í smyglaviðskiptum og var látinn hætta af ungri konu sem var spion konungsherra. Árið 1798 var hann kallaður til baka og sendur í herinn í Liguríu þar sem hann var ráðinn til að stjórna vinstri vængnum. Sáraður og tekinn í fangelsi af herjum annarrar samfylkingarinnar í bardaga við Novi
Hann sneri aftur til Frakklands árið 1800.