Í byrjun og miðjum áttunda áratugnum átti Cruise samband við eldri konur, þar á meðal Rebecca De Mornay, þremur árum eldri en hann, Patti Scialfa, níu árum eldri en hann og Cher, 16 árum eldri en hann. Cruise giftist leikkonunni Mimi Rogers 9. maí 1987. Þau skildu 4. febrúar 1990. Rogers kynnti Cruise fyrir Scientology kirkjunni. Hann hitti aðra eiginkonu sína, leikkonuna Nicole Kidman, á uppsetningu myndarinnar þeirra Days of Thunder (1990). Parið giftist 24. desember 1990. Cruise og Kidman ættleiddu tvö börn, Isabella Jane (fædd 1992) og Connor Antony (fædd 1995). Í febrúar 2001 sótti Cruise um skilnað frá Kidman meðan hún var óvitandi ólétt.
Febrúar 2001