Skrifaðu áframhaldandi fyrir þessa málsgrein - Lima var þó ekki laus við hættur. Hinn 20. október
og 2. desember 1687, öflugir skjálftar eyðilögðu mestan hluta borgarinnar og nágrenna. Sjúkdóma og matarskortur sem fylgdu eftir hörmungina ollu því að íbúafjöldi fækkaði í undir 40.000 árið 1692. Önnur ógn var að sjóræningjar og sjóræningjar voru í Kyrrahafinu. Hollensk herferðalög undir forystu Jacques l'Hermite réðust á höfnina í Callao árið 1624 en Diego Fernández de Córdoba varstjóravaldi varði þeim. Á 16. áratugnum fjölgaði enskum sjóræningjum í vatni Kyrrahafsins þar til kaupmenn frá Lima réðu þeim út árið 1690. Sem varúðarráðstaða byggði Melchor de Navarra y Rocafull varakonungur borgarmúrinn í Lima á árunum 1684 og 1687.