Þann 16. september 1939 var kirkjan lokuð af þýska hernum.
Og trúbođsgarđurinn var notađur sem geymsla af þýskum herliđum og lögreglu. Byggingin var vanhelgað og búnađurinn stoleđ. Á meðan þeir voru að draga sig úr borginni kveikti þýskir hermenn í byggingunni þann 19. janúar 1945 sem stóð yfir í þrjá daga. Sovéthermennirnir sem komu á kirkjuna skaut kirkjunni með eldflaugum og skemmdu kúpunni verulega og ollu eldi í íbúðarhlutanum á háaloftinu.