Freese vann All-Star endanlega atkvæðagreiðslu árið 2012 og gekk í All-Star lista með liðsfélögum Lance Lynn, Carlos Beltrán, Rafael Furcal og Yadier Molina fyrir National League í MLB All-Star leiknum 2012. Freese var með.294 meðaleinkunn ásamt 13 heimahlaupum og 50 RBIs á fyrri hluta tímabilsins. Eftir að hafa verið meiðsli í fyrri árum, spilaði Freese í 144 leikjum árið 2012, en hann lauk tímabilinu með 79 RBIs, 20 heimahlaupum og.293 meðaltal. Í 2012 NLCS
gegn San Francisco Giants, Freese hitti tvö hlaup á Madison Bumgarner í leiknum 1. Á þessum tímapunkti í leikferli sínum hafði Freese spilað 25 leiki og sló.386 með 11 tvílið, sex heimahlaupum, 25 RBIs og.739 slugging hlutfall í 100 plötum. Aðeins Carlos Beltrán (.824) og Babe Ruth (.744) voru með hærri slugging hlutfall meðal leikmanna með 100 eða fleiri plötuþátttöku í eftirsíðunni. Hins vegar hrundi hann eftir þennan leik og sló aðeins.192 fyrir seríuna þar sem Giants unnu í sjö leikjum og komust áfram í World Series 2012.