27. júlí 2012, var Scutaro skipt, ásamt peninga, til San Francisco Giants fyrir Charlie Culberson. Í leik gegn St. Louis Cardinals á Busch Stadium þann 8. ágúst 2012, keyrði Scutaro í ferilshæstu sjö hlaupum, þar á meðal Grand Slam. Hann sló.306 fyrir reglulega tímabilið, þar á meðal.362 sem Giant, og hjálpaði Giants að vinna National League West titilinn. Hann var verðlaunaður NLCS MVP eftir að jafna NLCS met með 14 höggum og einnig að slá.500 (14 fyrir 28) með sex hlaup skorað og fjögur hlaup skorað í á sjö leikja seríu gegn Cardinals
Ég veit ūađ ekki. Þann 28. október, í tíunda inningi 4. leiksins í World Series 2012, keyrði Scutaro í Ryan Theriot til að vinna hlaupið, þegar Giants sveif Detroit Tigers.