21. október 1642 var Morgan gerður riddari af Charles í Southam, Warwickshire, og tveimur dögum síðar barðist hann í slaginu við Edgehill. Eftir dauđa hálfbrķđur hans, Thomas Morgan, sem var drepinn í bardaga við Newbury
Þann 20. september 1643 varð hann eigandi eignarhaldsins í Heyford og Clasthorpe í Northamptonshire og átti aðrar eignir í Momouthshire, Warwickshire og Westmoreland. Hann fór síðan erlendis en kom aftur árið 1648, en þrátt fyrir að lóðir hans hafi verið teknar af þinginu með reglugerð frá 5. janúar 1646 fangelsi hann nokkra leigjenda sína í Banbury-kastali fyrir að borga ekki leiguna til hans.