Ralston varð varaformaður herforingja í 1996. Hann var í uppáhaldi til að verða formaður sameiginlegra herforingja árið 1997, en eftir afhjúpningar á leynilegum ástarsambandi var hann varaformaður fram til maí 2000. Hann varð síðan æðsti hershöfðingi bandalagsins fyrir Norður-Atlantshafsbandalagssamtök (NATO) í Evrópu til janúar 2003 þegar hann hætti. Bill Clinton skrifar í minnisbókum sínum "My Life" að Ralston hafi verið notaður til að leysa hugsanlega klístraða stöðu með Pakistan þar sem Bandaríkin myndu nota pakistanska loftrýmið til að slá á fund Al-Qaeda samtakanna í Afganistan í kjölfar sprenginga á bandaríska sendiráðið.
í Kenía og Tansaníu. Bandaríkjamenn voru áhyggjufullir um að leyniþjónusta Pakistans myndi gefa vísbendingu um markmiðin, eða enn verra, að eldflaugarnar yfir Pakistan hefðu komið frá Indlandi, sem gæti valdið kjarnorkustríði á indversku undirmálinu. Eins og Clinton skrifar á bls. 799 í "My Life", "ákveðjum við að senda varaformaðinn í sameiginlegum herforingjum, hershöfðingjan Joe Ralston, til að borða kvöldmat með æðsta herforingi Pakistan á þeim tíma sem árásirnar voru áætlaðar. Ralston myndi segja honum (pakistaníska hershöfðingjanum) hvað væri að gerast nokkrum mínútum áður en eldflaugar okkar réðust inn í pakistaníska loftrýmið, of seint til að vara Taliban eða Al-Qaeda, en í tíma til að koma í veg fyrir að þeir væru skotnir niður eða kveikja á mótárás á Indlandi. "