O'Neill var ánægður með að fá að vera yfirmaður rannsóknar FBI á
Sprengjuárás á USS "Cole" í október 2000. En þegar hann kom til Jemen kvartaði hann yfir ófullnægjandi öryggi. O'Neill komst í átök viđ Barbara Bodine, sendiherra Bandaríkjanna í Jemen. Þau tvö höfðu mjög ólíkar skoðanir á því hvernig ætti að fara með leit á eignum í Jemen og viðtöl við borgara og embættismenn ríkisins, og þeir urðu aðeins frábrugðnari eftir því sem leið á.