Í febrúar 1939 óskaði Pétillon eftir að vera sendur til Belgíska Kongó og fékk stöðu sem "chef de cabinet" fyrir Pierre Ryckmans, aðalstjórann. Hann var enn í Kongó í maí 1940 þegar Þjóðverjar réðust inn í Belgíu. Þrátt fyrir að hafa verið settur sem "chef de cabinet" De Vleeschauwer hjá belgísku ríkisstjórninni í útlegð í London, eyddi Pétillon meirihluta seinni heimsstyrjaldarinnar í Kongó. Eftir
Frelsun Belgíu í september 1944 lék Pétillon stórt hlutverk í að endurræsa samskipti milli nýlendustjórnar í Afríku og ráðuneytisins um nýlendur.