Wegener fékk stöðu sem veðurfræðingur í þýsku sjóvarðstöðinni (Deutsche Seewarte) og flutti til Hamborg með konu sinni og tveimur dætrum þeirra. Árið 1921 var hann ráðinn að æðstu lektor í nýju háskólanum í Hamborg. Frá 1919 til 1923 vann Wegener brautryðjandi vinnu við að endurreisa loftslag fortíðar (nú þekkt sem "paleoclimatology"), í nánu samstarfi við Milutin Milanković, og birti Die Klimate der geologischen Vorzeit (<unk>Loftslag í jarðfræðilegri fortíð) ásamt tengdaföður sínum, Wladimir Köppen, árið 1924.
eiginkonu hans og dætur þeirra tvær