Í júní 1985 dró Ísrael flest hermenn sína úr Líbanon og lét eftir sitja eftirstöðvar ísraelskra styrkja og milísa með stuðningi Ísraelsmanna í Suður-Líbanon sem "öryggissvæði" og buffer gegn árásum á norðurhluta landsins. Síðan þá barðist IDF í mörg ár gegn Shia samtökunum Hezbollah, sem varð vaxandi ógn við Ísrael. Í júlí 1985 var verðbólga í Ísrael, sem var styrkt af flóknu vísitölu á laun, komin í 480% á ári og var sú hæsta í heiminum. Peres innleiddi neyðareftirlit á verðlagi og skerði ríkisútgjöld og náði að ná tökum á verðbólgunni. Gjaldeyrið (þekkt sem gamli ísraelskur sikill) var skipt út og kallað nýr ísraelskur sikill með gjaldmiðli 1.000 gamli sikils = 1 nýr sikill. Í október 1985 svaraði Ísrael palestínskum hryðjuverkaárásum á Kýpur með því að sprengja höfuðstöðvar PLO í Túnis. Vaxandi byggðir Ísraelsmanna og áframhaldandi landnám á Vesturbakkanum og Gaza-svæðinu leiddu til fyrstu palestínsku Intifadas
(upprás) árið 1987, sem stóð til Oslo samninganna árið 1993, þrátt fyrir tilraunir Ísraels til að bæla hana. Mannréttindabrot ísraelsmanna leiddu til þess að hópur Ísraelsmanna stofnaði B'Tselem, samtök sem helgaði sér að auka vitund um mannréttindaskilyrði í Ísrael.