Hernández er þekktur fyrir langt ljóshærð hár sitt, nummar 15 treyju og viðurnefnið "El Matador". Hann spilaði sinn fyrsta landsleik gegn Úrúgvæ 1. febrúar 1995. Hernández skoraði sitt fyrsta landslið 16. nóvember 1995 gegn Júgóslavíu. Hernández varð þekktur á
1997 Copa América, þar sem hann skoraði sex mörk og varð markahæsti leikmaður mótsins. Á HM 1998 endaði hann meðal markahæstu leikmanna keppninnar með fjögur mörk og varð fyrsti mexíkóski leikmaðurinn til að skora meira en tvö mörk í sögu HM. 35 mörk sem hann skoraði fyrir Mexíkó tengja hann með Carlos Hermosillo til að fylgja Cuauhtémoc Blanco (39 mörk), Jared Borgetti (46 mörk) og Javier Hernandez (51 mörk) sem fjórði hæsti markmaður þjóðarinnar.