Skrifaðu framhald fyrir þessa málsgrein - Eftir sovéska landnám Litháen í júní 1940 var Šliūpas boðaður (að líklegast í gegnum Mečislovas Gedvilas sem var meðlimur í Félagi siðferðilegrar menningar) til þjóðarstjórnar Litháen, en neitaði. Fyrrverandi forsætisráðherra Antanas Merkys stoppaði á heimili Šliūpas í Palanga þegar hann reyndi að flýja til útlanda. Ólíkt mörgum Litháenskum tímaritum var "Laisvoji mintis" ekki afnumin af nýju kommúnistastjórninni en Šliūpas var skipt út sem ritstjóri af. Fjárfestingar Šliūpas og aðrar eignir voru þjóðnýttar, en nýja ríkisstjórnin gerði sérstaka undantekningu sem leyfði honum að halda húsinu sínu í Palanga. Í júníflutningnum
, mág Šliūpas var fluttur til Síberíu og hann fékk viðvörun um að fjölskylda hans væri á lista yfir flóttafólk.