Ljúktu eftirfarandi setningu: 9. september 1939 var Wejherowo tekið af Wehrmacht. Eftir innrásina í Póllandi, sem markaði upphaf síðari heimsstyrjaldarinnar, var Wejherowo fylgt við Nasista Þýskaland og var stjórnað sem hluti af Regierungsbezirk Danzig í héraðinu Reichsgau Danzig-Vestur-Prússland. Flestir gyđinga í bænum voru drepnir af nasismannunum í
Á sama tíma urðu margir Pólverjar á svæðinu einnig fórnarlömb útrýmingarstefnu nasista.