Í framhaldi af þessari málsgrein - Á meðan Þjóðverjar réðust inn í Pólland, sem hóf síðari heimsstyrjöldina, var Gostyń tekin af Wehrmacht þann 6. september 1939. Á tímum landnáms Þjóðverja í Póllandi
Gostyń varð staður opinberra aftakanna, handtöku og brottvísana pólskra. Fyrstu fjölda handtöku og aftakanir voru framkvæmdar þegar í september 1939. Þann 21. október 1939 voru um 30 borgarar bæjarins, sem voru skráðir í "Sonderfahndungsbuch Polen" (sérstök ákæru bók-Póllandi) sem gerð var af þýska minnihluta á staðnum, teknir af lífi af Einsatzkommando. Meðal þeirra sem voru myrtir voru borgarstjóri Gostyń Hipolit Niestrawski, pólskir athafnarmenn, embættismenn, smiðirnir og fyrrverandi uppreisnarmenn Stórpólverja. Þetta var einn af mörgum fjöldamorðum á Pólverjum sem Þýskaland framdi 20.-23. október 1939 víða um svæðið í tilraun til að friða og hræða pólska íbúa. Fjölmenningar útvísingar hófust 4. desember 1939, þar sem allt að 2000 pólverjar voru fluttir til General Government eftir skipun SS-Standartenführer Ernst Damzog sem var stödd í Poznań. Á milli vorsins 1940 og 15. mars 1941 voru 3.222 fleiri sendir úr landi., pólskur yfirmaður og forseti fyrir stríðið í staðbundnum fótboltafélagi Kania Gostyń, var myrtur af Sovétríkjunum í Katyn fjöldamorðinu árið 1940.