Í ár 2000 var hann ráðinn til að stjórna tyrkneska landsliðinu í fótbolta. Tyrkland komst í þriðja sæti á HM 2002. Güneş hlaut verðlaunin UEFA þjálfari ársins fyrir árið 2002. Eftir HM fékk hann mörg tilboð frá Grikklandi, Brasilíu og Spáni, en hann vildi vera hjá Tyrklandi. Eftir að landsliðinu tókst ekki að komast á EM 2004
Güneş var rekinn sem framkvæmdastjóri.