Mayorkas var meðlimur í forsetaskip Barack Obama áður en hann
Hann tók við starfi í janúar 2009 þar sem hann leiddi teymið sem var ábyrgt fyrir glæpsamlega deild dómsmálaráðuneytisins. Mayorkas var ráðinn af Obama forseta sem forstöðumaður ríkisborgararéttar og innflytjendastofnunar Bandaríkjanna (USCIS). Þann 20. maí 2009 var tilnefningin borin til þingsins; þann 7. ágúst 2009 var tilnefningin staðfest af þinginu með atkvæðagreiðslu. Sem forstöðumaður USCIS leiddi Mayorkas ríkisborgararétt Bandaríkjanna með skilvirkni stjórnsýslu og fjárhagslegri ábyrgð og varðveitti hollustu innflytjendakerfisins. Hann setti í framkvæmd frestaða aðgerð vegna barna sem komu til landsins (DACA) á sextíu dögum. Hann stýrði viðleitni Bandaríkjastjórnar til að bjarga munaðarlausum börnum eftir jarðskjálftann á Haítí í janúar 2010 og leiddi framfarir brotaþolaeiningar sem í fyrsta sinn leiddi til þess að stofnunin gat veitt lögboðinn hámarksfjölda vegabréfsáritun til brotaþola.