Í kjölfar kosninganna í desember 1965 var blóðug hernaðarstjórn 15. janúar 1966.
, sem stofnar herstjórn. Olowofoyeku var handtekinn og tekinn í gæsluvarðhald af herstjórninni 30. janúar 1966 og var í haldi í sex mánuði. Hann var fyrst handtekinn í Agodi í Ibadan og síðar fluttur til KiriKiri í Lagos. Hann fékk mjög takmarkaða heimild til að heimsækja fjölskyldu sína í gegnum pólitíska fangelsisvist sína í KiriKiri.