Til að framkvæma in vitro greiningu þarf að hreinsa prótein frá öðrum frumuþáttum. Þetta ferli hefst venjulega með frumuleysi, þar sem frumuskinn frumuskinns er rofið og innra efni þess losnað í lausn sem kallast hráa lýsat. Niðurstöðuflögun getur verið hreinsað með ultracentrifugation, sem brotnar ýmsum frumuþáttum í brot sem innihalda leysanleg prótein; membrana lipids og prótein; frumuskinns organellar, og kjarnsýrur. Precipitation með aðferð sem þekkt er sem salting út getur einbeita prótein frá þessu lýsat. Ýmsar tegundir af litmyndun eru síðan notuð til að einangra prótein eða prótein af áhuga á grundvelli lífræna þyngd, nettó og bindandi.
verður að hreinsa frá öðrum frumulegum hlutum