26. janúar 2016 tilkynnti Falwell stuðning sinn við Donald Trump í framboði Repúblikana í forsetakosningunum árið 2016, sem varð til þess að nokkrir útskrifaðir nemendur Liberty University og aðrir evangelískir menn lýstu yfir áhyggjum um að Falwell hefði "selt sál sína". Það kom síðar í ljós í leyndarupptöku samtali við grínistann Tom Arnold að persónulegur lögmaður Trumps og "fixer" Michael Cohen, hafði hjálpað Falwell að endurheimta viðbrögð ljósmyndir áður en hann tryggði sér staðfestingu sína. 21. júlí 2016 á RNC ráðstefnu í Cleveland, Ohio
, Falwell Jr. kallaði Trump "Ameríku bláa kraga milljarðamæringja" og "einn af stærstu framtíðarsýn okkar tíma" í stuðningi sínum við frambjóðandann sem hann taldi líklegast til að verja "rétt til að bera vopn", "stoppa Íran... frá því að verða kjarnorkuveldi" og "nefna íhaldsmenn pro-life dómara í Hæstarétt".