Eftir að stjarna miðjumanninn Javi Martínez flutti til FC Bayern München, var Athletic útrýmt úr 2012-13 Europa League riðlakeppninni og var sleppt úr Copa del Rey.
Eibar í þriðja deild. Niðurlæging var ógnun til loka tímabilsins og síðasta deildarleikurinn á "gamla" San Mamés endaði í ósigri. Athletic myndi fljótlega flytja á nýjan leikvang, þó að hann væri að hluta lokið. Bielsa færði unga franska varnarmanninn Aymeric Laporte í liðið, en sóknarmaðurinn Fernando Llorente kláraði frjálsan flutning til Juventus.