Í mars 1941 varð Giffen liðsforingi fyrirliđsmađur kryssaraflokka. Hann leiddi Neutrality Patrol í Norður-Atlantshafi í sívaxandi "stríðshyggjum" síðari hluta árs 1941. Þegar stríðið hófst formlega fyrir Bandaríkin í desember var hann yfirmaður yfirborðstríða sem fylgdi fylgiferðum og starfaði stundum með breska heimaflotanum. Í nóvember 1942 tók hann þátt í innrásinni í Norður-Afríku.
, þar sem starfshópur hans tók virkan þátt í frönskum herskipum og flugvélum fyrir framan Casablanca í Marokkó.