Í 1958 hóf Alam störf hjá Pakistan Atomic Energy Commission sem rannsóknarmaður og var honum falið að ganga til liðs við Institute of Nuclear Science and Technology (PINSTECH), sem er staður rannsóknarstofunnar í Nilore, árið 1970. Á stríđinu gegn Indlandi
Árið 1971 fékk Alam áhuga á tölvunarfræði og stærðfræði og skrifaði tölvuforrit á meðan hann vann að vandamálum sem tengdust rökfræði og stærðfræði. Alam átti þátt í stofnun tölvudeildar við Stofnun kjarnavísinda og tækni áður en hann flutti til eðlisfræðideildar.