Margir USAAF sprengjuflugvélar voru undir stjórn NEA í byrjun 1942, þar á meðal A-24 Banshees af 8. sprengjuflokk frá Port Moresby, og B-17 Flying Fortresses af 435. sprengjuflokk (fyrst þekktur sem "Kangaroo Squadron") frá Townsville. Frá og með 20. apríl var yfirráðin yfir öllum bardagaaðstöðu RAAF, þar á meðal svæðisstjórn, lögð í nýstofnaða höfuðstöðvar bandamannaflokka (AAF) undir South West Pacific Area Command (SWPA). Eitt af afleiðingunum var samþætting USAAF og RAAF starfsfólks á höfuðstöðvum svæðisins. Samkvæmt opinberri sögu RAAF, þótt "meira diplómatísk aðgerð en hagnýt aðferð stríðsfyrirkomulags", gaf það starfsfólki frá báðum þjónustum tækifæri til að koma sér fljótt að hvoru öðru og "í norðausturhverfi, til dæmis, var andrúmsloftið glaðlegt og starfsfólkið mjög samstarfsmikið". Eftir bardagann við Kóralhaf
í maí voru einingar USAAF ekki lengur undir stjórn RAAF í NEA heldur voru þær beint undir stjórn æðstu bandarískra yfirmanna AAF; heildareftirlit fyrir aðgerðarstörf í NEA var flutt til AAF í lok júlí.