Í upphafi borgarastyrjaldar 1861 flutti von Vegesack til Bandaríkjanna og gekk í her Bandalagsins. Hann varð skipstjóri í 58. Ohio-herherherherherflokknum. Sama ár var hann kynntur sem hershöfðingi í starfsliði John E. Wool. Fyrst var hann í Fort Monroe. Sem aðstoðarmaður Joseph K. Mansfield tók hann þátt í skotárásinni á Newport News. Árið 1862 lét hann af störfum en gekk síðan til liðs við hershöfðingja George B. McClellan í umburði hans á Yorktown. Sem ADC í Butterfield tók hann þátt í bardaga við Hanover Court House, Seven Pines og Fair Oaks
Ég veit ūađ ekki. Hann var í orrustunni við Mechanicsville, Gaines's Mill, Savage's Station og Malvern Hill. Vegesack var skipaður fulltrúi í 20. New York-sveitarherflugu, þýsku Turner-herfluganum. Hann var skipaður yfir 3. breskju í deild William Farrar Smith hershöfðings í 6. herliði. Hann tók þátt í seinni slaginu við Bull Run. Hann náði hæđunum fyrir utan Jefferson í Maryland. Hann sýndi hugrekki í Antietam. Vegesack var í bardaga við Fredericksburg. Í maí 1863 var herflokkur Vegesacks hluti af vinstri vængi Joseph Hooker í bardaga við Chancellorsville.