Baldini var einnig heimsmeistari í hálfmaraþonhlaupi og vann titilinn í Palma de Mallorca.
árið 1996. Á Ólympíuleikunum 2004 varð Baldini fyrstur í maraþoni karla og vann gullverðlaun. Hann endaði á undan brasilísku Vanderlei de Lima, sem var að leiða maraþoninn þar til mótmælandinn Neil Horan ýtti honum af brautinni.