Í framhaldi af þessari málsgrein - Auk þess að styðja við stríð á Heilaga landi, hafnarherinn gegndi mikilvægu hlutverki í Genova andstæðingskap með nálægum lýðveldi Pisa, sem keppti við Genova um áhrif á Korsíku og Sardiníu. Það var algengt fyrir ítalska sjómannalögin að rýna á verslunarskip samkeppnismanna sinna, og var Genoa-flotinn þekktur fyrir að bæði kúga og taka þátt í þessari venju. Árið 1119 réðst genóverskur herflokkur á kaupmannaskeyti frá Pisan, og þar með hófst fyrsti genóversk-pisanski stríðið. Fyrsta stríðið endaði ekki með úrslitum, en leiddi til hundrað ára árásar og sjóræningja þar sem báðar borgirnar börðust um Korsíku og Sardiníu. Á 12. áratug síðustu aldar braust út annað óyfirlýst stríð milli Genóa og Pisa sem hluti af breiðari Guelphs-Ghibellines átökum. Heilagur rómverski keisari tók Pisa lið þegar stríðið braust út og neyddi Genóa til að leita sér bandamanna erlendis. Lýðveldið lagði sig á hlið páfans (sem var á þeim tíma í deilum við keisara heilagra rómverja) og sendi flot til að flytja her Guelph til Rómar til að sýna stuðning sinn við páfa. Ghibellínar uppgötvuðu áætlunina og náðu, ásamt písönskum flotum, að handtaka flotinn í Genóa í bardaga við Giglio.
Árið 1241. Genuversk sjóherska missti þrjú galíur sem sökkt voru og 27 fangaðar. Annað stríð við Pisa lauk með hvítu friði árið 1243.