Frederiksberg var stofnað þegar Kristján III kongur flutti 20 hollenskar fjölskyldur frá Amager til svæðisins, sem varð þekkt sem "Ny Hollænderbyen" ("Ný hollenskur bær") eða Ny Amager ("Ný hollenskur bær"). Íbúar þessarar sveitar byggðu litla trékirkju árið 1653 handan við götuna frá núverandi Frederiksbergskirkju, gróflega þar sem Storm P. safnið stendur í dag. Hún var brennd af sænskum hermönnum árið 1658 í árásinni á Kaupmannahöfn.
í seinni norðurstríðinu. Eftir stríðið sneri hollenska samfélagið aftur til svæðisins en vegna mikils fátæktar var ekki lokið að byggja nýja kirkju fyrr en árið 1681.