Maldini byrjaði næsta tímabil með því að lyfta
2004 Supercoppa Italiana sem fyrirliði eftir að Milan sigraði Lazio. Milan endaði í öðru sæti í Serie A fyrir Juventus þá tímabilið og komst í úrslit Meistaradeildarinnar, en tapaði á vítaspyrnum fyrir Liverpool, þó að Maldini hafi opnað skora á fyrstu mínútu. Árið 2005 var Maldini kjörinn í UEFA-lið ársins í annað sinn á ferlinum og var einnig kjörinn í FIFPro World XI í fyrsta sinn á ferlinum. Á næsta tímabili endaði Milan í öðru sæti á eftir Juventus í Serie A enn einu sinni og náði í undanúrslit Meistaradeildarinnar, en var sigrað af Barcelona. Bæði Juventus og Milan voru síðar dregin frá stigum fyrir að vera þátt í 2006 "Calciopoli" leikjabrotinu, og titillinn var veittur Internazionale, en Juventus var fallinn niður, en Milan endaði í þriðja sæti eftir stigadráttur. Á tímabilinu skoraði Maldini sitt fyrsta og eina tvöfalt í ferlinum gegn Reggina. Þann 25. september 2005 sló Maldini met Dino Zoff í Serie A eftir að hafa spilað 571 leik sinn gegn Treviso. Sjö dögum áður hafði hann spilað 800 leik sinn í öllum keppnum fyrir Milan.