Í mars 1865 mælti þingfulltrúi Vermont fyrir Henry að þjóna sem bandarískur Marshal fyrir Vermont. Hann var ráðinn í júlí 1865 og starfaði þar til dauðadags. Á meðan hann sat, reyndi Fenian Bræðralag, samtök írska repúblikana, að ráðast á
Breska yfirráðasvæđi Kanada frá stöđum í Vermont. Henry gerði ráðstafanir til að koma í veg fyrir að Fenians fengu vopn eða ferðast til Kanada, og stjórnaði síðar dreifingu þeirra og brottför frá ríkinu.