Ferð hans til og búsetu í Suðurríkjunum var fyrsta reynsla Du Bois með suðurræðishyggju, sem á þeim tíma fevndi um Jim Crow lög, andúð, kúgun svartra atkvæðagreiðslu, og lynchings; síðastnefnda náði hámarki á næsta áratug. Eftir að hafa fengið bachelor gráðu frá Fisk, hann sótti Harvard College (sem ekki samþykkja námskeið greiðslur frá Fisk) frá 1888 til 1890, þar sem hann var mjög undir áhrifum William James, prófessor hans, áberandi í bandarísku heimspeki.
Gustav von Schmoller, Adolph Wagner og Heinrich von Treitschke voru þeir fyrstu sem fengu að vita af þessu.