Täytä seuraava lause: Lima ei kuitenkaan ollut vaaraton. Käynnistetty
20. lokakuuta ja 2. joulukuuta 1687 voimakkaat maanjäristykset tuhosivat suurimman osan kaupungista ja sen ympäristöstä. Katastrofin jälkeiset tautipurkaukset ja elintarvikkeiden puute aiheuttivat väestön vähenemisen alle 40 000:een vuoteen 1692 mennessä. Toinen uhka oli merirosvojen ja yksityiskansalaisten läsnäolo Tyynenmeren alueella. Jacques l'Hermiten johtama hollantilainen laivasto hyökkäsi Callaon satamaan vuonna 1624, mutta varakuningas Diego Fernández de Córdoba torjui sen. 1680-luvulla englantilaiset merirosvot lisääntyivät Tyynenmeren vesillä, kunnes Liman kauppiaat ajoivat heidät pois vuonna 1690. Varotoimenpiteenä varakuningas Melchor de Navarra y Rocafull rakensi Liman kaupungin muurit vuosina 1684 ja 1687.