Japanin ja Malesian välisissä suhteissa tarkoitetaan kahden maan, Japanin ja Malesian, välisiä kahdenvälisiä ulkosuhteita. Varhaisin merkitty historiallinen suhde maiden välillä on Malacca-sulttaanin ja Ryūkyū-kuningaskunnan väliset kauppasuhteet 1500-luvulla. Pienet määrät japanilaisia siirtolaisia muuttivat nykyisen Malesian eri osiin koko 1800-luvulla. Tämä jatkui hyvin 1900-luvulle asti, kunnes suhteet saavutti äkillisen pohjan Japanin valtakunnan nousun ja sen jälkeisen hyökkäyksen myötä.
Britannian Malaian ja Borneon miehitys toisen maailmansodan aikana, jolloin paikallinen väestö kärsi usein japanilaisten julmasta sotilasvallasta.