Toukokuussa 1940 Weygand kutsuttiin takaisin armeijaan - ja otti komennon Ranskan armeijalle Saksan hyökkäyksen aikana. Useiden sotilaallisten takaiskujen jälkeen Weygand suositteli aselevon ja Ranska antautui. Hän liittyi Philippe Pétainin Vichyn hallitukseen puolustusministerinä ja palveli syyskuuhun 1940 saakka, jolloin hänet nimitettiin yleiseksi edustajaksi Ranskan Pohjois-Afrikkaan. Weygand suosi vain rajoitettua yhteistyötä Saksan kanssa, ja hänet erotettiin virastaan marraskuussa 1941 Hitlerin pyynnöstä. Liittoutuneiden Pohjois-Afrikan valloituksen jälkeen
marraskuussa 1942 saksalaiset pidättivät Weygandin ja vangitsivat hänet Itterin linnaan Itriin asti toukokuuhun 1945. Palattuaan Ranskaan hänet pidettiin yhteistyökumppanina Val-de-Grâce'ssa, mutta hänet vapautettiin vuonna 1946 ja syytökset poistettiin vuonna 1948. Hän kuoli tammikuussa 1965 Pariisissa 98-vuotiaana.