Arvioiden mukaan Punaiseen armeijaan värväytyi noin 60 000 liettualaista. Vuonna 1940 Neuvostoliiton viranomaiset järjestivät Liettuan armeijan perustalle 29. alueellisen kiväärijoukon. Elämänlaadun ja palvelusolosuhteiden heikkeneminen, kommunistisen ideologian pakollinen indoktrinointi aiheuttivat tyytymättömyyttä äskettäin neuvostostettuihin sotilasyksiköihin. Neuvostoliiton viranomaiset vastasivat 29. korpuksen liettualaisia upseereja vastaan, pidättivät yli 100 upseeria ja sotilasta ja teloittivat myöhemmin syksyllä 1940 noin 20. Tuohon aikaan 29. korpuksen 3200 upseeria ja sotilasta pidettiin "poliittisesti epäluotettavina". Korkean jännitteen ja sotilaiden tyytymättömyyden vuoksi 26. ratsuväkirykmentti purettiin. Kesäkuun 1941 karkotuksen aikana
Yli 320 upseeriä ja sotilasta pidätettiin ja karkotettiin keskitysleireille tai teloitettiin. 29. korpus romahti Saksan hyökkäyksen myötä Neuvostoliittoon: 25.-26. kesäkuuta kapina puhkesi sen 184. kivääridivisioona. Toinen divisioona, 179. kivääridivisioona, menetti suurimman osan sotilaistaan perääntymisen aikana. Alkuperäisestä noin 12 000 sotilaan joukosta alle 1500 sotilasta saapui Pskovin alueelle elokuuhun 1941 mennessä. Vuoden 1942 jälkipuoliskolla useimmat Neuvostoliiton joukossa jäljellä olevat liettualaiset sekä liettualaiset miehet sodan pakolaisina järjestettiin 16. kivääridivisioonaan sen toisen muodostumisen aikana. 16. Liettualaisdivisioona, joka oli virallisesti "liettualainen" ja jota johtivat enimmäkseen liettualaista alkuperää olevat upseerit, mukaan lukien Adolfas Urbšas, oli etnisesti hyvin sekoitettu, ja jopa 1/4 sen henkilöstöstä oli juutalaisia ja siten se oli Neuvostoliiton armeijan suurin juutalainen muodostus. Niiden vuosien suosittu vitsi sanoi, että 16. divisioonaa kutsutaan liettualaiseksi, koska sen riveissä on 16 liettualaista.