Seuraavana kaudella Wilkinson pelasi 18 kertaa Pro12:ssä.
, uusi nimi, joka annettiin liigalle, alkaen 15 ottelusta. Tuona kaudella Connacht pääsi myös ensimmäiseen Heineken Cup -otteluun, ja Wilkinson pelasi ensimmäisen ottelunsa Euroopan korkeimmalla tasolla Harlequinsia vastaan Stoopissa. Hän aloitti jokaisen Connachtin uima-altaan ottelun, mukaan lukien heidän ensimmäinen Heineken Cup -voitto vastaottelussa Harlequinsia vastaan Sportsgroundilla. Kaudella 2012/13 Wilkinson pelasi 18 ottelua Pro12:ssä. Connacht jälleen pääsi Heineken Cupille, ja Wilkinson aloitti kolmesta provinssin kuudesta ottelusta ja esiintyi korvikkeena kahdessa toisessa.