Cabrera aloitti vuoden 2013 Padresin lyhytpelaajana ja aloitti 69 ottelua peräkkäin ennen kuin hän meni 15-päiväiseen invalidi luetteloon kesäkuun puolivälissä. Cabrera teki 14. toukokuuta Padresin historian 60.000:nnen lyönnin. Hänet valittiin All-Star -joukkueeseen.
Varainhoitovuoden aikana hänellä oli 291 lyöntiarvoa, 373 turvaprosenttia ja 34 varastettua tukia.