Vuonna 1800 Loison nimitettiin reserviarmeijaan - 5300 miehen divisioonan komentajaksi ja ylitti Great St Bernard Passin Napoleonin kanssa. Hän haavoittui johtamassa epäonnistunutta hyökkäystä Fort Bardiin 25. toukokuuta 1800. Pian toipumalla hän johti divisioonaan Guillaume Philibert Duhesmen joukkoja Josef Philipp Vukassovichin komennossa. Hän ei nähnyt Marengon taistelua.
Hänen miehensä valloittivat Milanon ja Cremonan ja ajoivat itään itävaltalaisia takaa.