- Saksan hyökkäyksen jälkeen Puolaan, - joka aloitti toisen maailmansodan syyskuussa 1939, - "SS-Totenkopf-Standarte Brandenburg" tuli kaupunkiin tekemään erilaisia rikoksia väestöä vastaan. Jo syyskuun lopussa 1939 saksalaiset murhasivat Kłodawan puolalaisia panttivangeita läheisessä Rzuchówin metsässä, ja yksi sodan aikaisista pormestareista, Władysław Zalewski, murhattiin marraskuussa 1939 Środa Wielkopolska. Natsi-Saksan miehityksen aikana
, kaupunki nimettiin Tonningeniksi (1940<unk>1945). Jo vuonna 1940 muodostettiin kaupungissa puolalainen maanalainen vastarintaliike ja järjestettiin myös salaista puolalaista koulunkäyntiä. Vuonna 1941 natsit tappoivat Chełmnon tuhoamisleirissä yli 1 500 klaudavalaista juutalaista. Vuonna 1943 saksalaiset pidättivät osa paikallisista puolalaisista vastarintaliikkeestä, jotka tuomittiin joko kuolemaan tai vankeuteen. Kłodawan seurakunnan pappi isä Teofil Choynowski tapettiin Dachau'n keskitysleirissä vuonna 1943. Puna-armeija vapautti Kłodovan lopulta 19. tammikuuta 1945 ja palautti sen Puolaan.