McCain ylennettiin komentajaksi heinäkuussa 1973 - ja hän kävi National War Collegessa Fort McNairissa Washingtonissa 1973-1974 lukuvuonna. Siellä hän tutki tarkemmin Vietnamin historiaa ja Ranskan ja Amerikan sotaa.
, ja kirjoitti "The Code of Conduct and the Vietnam Prisoners of War", pitkän artikkelin Vietnamin sotavankien kokemuksista USA:n käyttäytymissääntöjen testinä. Kun hän valmistui, hän tuli siihen tulokseen, että amerikkalaisten poliittisten ja sotilaallisten johtajien tekemät virheet olivat tuominneet sotaponnistuksen. Hän hyväksyi sodanvastaisen liikkeen oikeuden Yhdysvalloissa käyttää vapauttaan protestoida, ja hän omaksui asenteen elää ja antaa elää niille, jotka olivat vältelleet värväystä. Häntä ei myöskään, kuten monia muita entisiä sotavankeja, häirinnyt se, että hänen poissaolonsa aikana oli tapahtunut valtavia muutoksia amerikkalaisissa yhteiskunnallisissa tapoissa. McCain palasi Saigoniin marraskuussa 1974; hän ja muutama toinen entinen sotavanki saivat Vietnamin kansallisen ritarikunnan, tuon maan korkeimman kunnianosoituksen. Hän puhui myös Etelä-Vietnamin sotaopistoon viisi kuukautta ennen Saigonin kukistumista. McCain päätti olla tulematta "ammattimaiseksi sotavankeeksi", vaan jatkaa eteenpäin ja rakentaa elämänsä uudelleen. Harva uskoi McCainin pystyvän taas lentämään, mutta hän oli päättänyt yrittää, ja tämän ajanjakson aikana hän joutui yhdeksän kuukautta uuvuttavaan, tuskalliseen fysioterapiaan, varsinkin saadakseen polvet taipumaan.