Inter ilmoitti virallisella verkkosivustollaan 2. kesäkuuta 2008, että se on nimittänyt entisen Porto- ja Chelsea-pelaajan José Mourinhon uudeksi päävalmentajaksi ja Giuseppe Baresin apulaiseksi. Tämä teki Mourinhon ainoaksi ulkomaalaiseksi valmentajaksi Italiassa kauden 2008/09 alussa. Mourinho teki vain kolme lisäystä joukkueeseen vuoden 2008 kesän siirtoikkunan aikana Mancinin, Sulley Muntarin ja Ricardo Quaresman muodossa. Mourinhon ensimmäisellä kaudella Interin päävalmentajana "Nerazzurri" voitti Italian Super Cupin.
ja neljäs peräkkäinen mestaruus, mutta myös eliminoitu mestaruuskilpailusta kolmannen peräkkäisen kerran, häviämällä Manchester Unitedille. Voittaessaan mestaruuden neljännen kerran peräkkäin Inter liittyi Torinon ja Juventuksen joukkueisiin ainoina, jotka ovat saavuttaneet tämän ja ensimmäisinä, jotka ovat saavuttaneet tämän saavutuksen viimeisten 60 vuoden aikana.