Tämä prosessi alkaa yleensä solujen lysisillä, jossa solun kalvo hajoaa ja sen sisäinen sisältö vapautuu liuokseen, joka tunnetaan nimellä raaka lysiaatti. Saatu seos voidaan puhdistaa ultra-sentrifugoimalla, joka jakaa erilaiset solujen komponentit jakeiksi, jotka sisältävät liukenevia proteiineja; kalvon lipidejä ja proteiineja; solujen organelleja ja nukleoihappoja. Precipitointi menetelmällä, joka tunnetaan suolattamisena, voi keskittää proteiineja tästä lysiaatista. Useita kromatografian tyyppejä käytetään sitten eristämään proteiini tai kiinnostavia proteiineja sellaisten molekyylipainon, nettomäärän ja sitovuuden perusteella. Puhdistuksen tasoa voidaan seurata käyttäen erilaisia soluja, joissa solun kalvo hajotaan ja sen sisäinen sisältö vapautuu liuokseen, joka tunnetaan nimellä raaka lysiaatti.
on puhdistettava muista solujen osista