Flyers aloitti kauden 2009-10 muutoksilla, jolloin maalivahdit Martin Biron ja Antero Niittymaki lähtivät vapaasta agenttiasemasta, ja heidän tilalleen otettiin entinen Ottawan nettisijoittaja Ray Emery ja entinen Flyer Brian Boucher, ja puolustusta parannettiin merkittävästi Chris Pronger Anaheimista. Prongerille tuli kuitenkin hinta, joka maksoi Flyersille Joffrey Lupulin, Luca Sbisan ja Flyersin ensimmäisen kierroksen draftin valinnat sekä 2009 että 2010
- Mitä? Kausi alkoi vakavasti, mutta lopulta John Stevens menetti uransa joulukuussa. Peter Laviolette palkattiin hänen tilalleen palauttaakseen Flyersille vastuullisuuden ja menestyksen, vaikkakaan tulokset eivät olleet välittömiä; Flyers kärsi 2<unk>7<unk>1 venytyksen heti hänen saapumisensa jälkeen. Loukkaantumiset olivat Flyersille suuria, ja Blair Betts, Daniel Briere, Jeff Carter, Simon Gagne ja Kimmo Timonen menettivät kaikki merkittävän määrän pelejä, vaikka mikään asema ei ollut läheskään niin paljon vammoja kuin maalivahti. Emery loukkaantui lanteessa joulukuussa, pelasi sporadisesti sen jälkeen ja lopulta joutui kauden lopettavaan leikkaukseen. Boucher loukkaantui kädessä pian sen jälkeen, mikä mahdollisti maalivahdin Michael Leightonin astumisen ja välittömän vaikutuksen. Leighton meni 8<unk>0<unk>1 ensimmäisissä kymmenessä startissaan, mukaan lukien 2<unk>1 ylityskauden tappio 2010 Winter Classicissa Bostonissa Fenway Parkissa uudenvuoden päivänä. Leighton joutui kuitenkin lähtemään joukkueesta maaliskuussa, kun hänen nilkkansa oli vääntynyt, mikä vaati Boucherin paluuta aloitusryhmään. Kaiken kaikkiaan seitsemän eri maalivahtia sopi Flyersille eri aikoina vuoden aikana. Flyers joutui ratkaisevaan otteluun Rangersin kanssa. Boucher pysäytti viimeisen ampujan Olli Jokinen - ja sai seitsemännen sijoituksen itäosassa.