Täytä seuraava lause: Doherty aloitti kauden 2012-13 häviämällä 4-5 Stuart Binghamille Wuxi Classic -kilpailun toisessa kierroksessa ja 3-5 Martin Gouldille
Australian Goldfields Open. Hän lopulta kokoaa ensimmäisen virallisen 147 breakin urallaan vähäisten 2012 Paul Hunter Classicissa Saksassa ensimmäisen kierroksen voiton aikana Julian Treiberiä vastaan. Hän pääsi neljännesfinaaliin ja hävisi Mark Selbylle 0:4. Doherty hävisi Shanghai Mastersin ja vuoden 2012 UK Championship -kilpailun kvalifikatiossa eikä päässyt kansainvälisen mestaruuden wildcard-kierroksen yli. Viidennessä European Tour -turnauksessa, Scottish Openissa, hän voitti Luca Brecelin ja Ryan Dayin pääsemään semifinaaliin, jossa hän hävisi 2 × 4 Ding Junhuia vastaan. Doherty pudotettiin Peter Linesin eliminoimasta Saksan mestaruuden ensimmäisellä kierroksella, mutta sitten hän saavutti kauden parhaan suorituksensa Welsh Openissa. Hän voitti neljänkertaisen maailmanmestarin John Higginsin 4x1 ja Tom Fordin 4x3 voittaakseen neljännesfinaalin. Hän johti Stuart Binghamia 2-0, mutta joukko epäonnistuneita potteja näki Dohertyn menettävän itseluottamuksensa ja hän menetti 3-5. Hänen edellä mainittu juoksunsa Scottish Openin semifinaaliin auttoi häntä pääsemään 16. sijalle PTC: n arvostusjärjestyksessä, jotta hän pääsi yhdeksi 26 parhaan pelaajan joukosta finaaliin, mutta hän hävisi Kurt Maflinille 2 × 4 ensimmäisessä kierroksessa. Doherty melkein onnistui palaamaan Matthew Seltia vastaan maailmanmestaruuskilpailun viimeisellä kierroksella, kun hän tasoitti 4:9:sta alas 9:9:een, mutta menetti ratkaisevan kehyksen. Tuloksena oli, että tämä oli ensimmäinen kausi, jossa Doherty ei ollut esiintynyt missään snookerin Triple Crown -tapahtumassa. Doherty nosti rankingissaan kahdeksan sijaa kauden aikana ja päätti maailman 27. sijalla.