Mohammed VI:llä on yksi veli, prinssi Moulay Rachid, ja kolme siskoa: prinsessa Lalla Meryem, prinsessa Lalla Asma ja prinsessa Lalla Hasna. New York Times huomautti "vastailevia raportteja siitä, oliko uusi monarkki mennyt naimisiin perjantai-iltana, muutama tunti isänsä kuoleman jälkeen [vuonna 1999]... kiinnittää huomiota marokkolaiseen perinteeseen, jonka mukaan kuningas on naimisissa ennen valtaistuimelle nousemista". Palatsin virkamies väitti myöhemmin, ettei avioliitto ollut tapahtunut.
Mohammed VI: n kanssa