Beininin tutkimukset ja kirjoitukset keskittyvät nykyisen Lähi-idän työläisiin, talonpoikiin ja vähemmistöihin. Vaikka hän oli aluksi kiinnostunut arabien työväenluokan noususta Mandatoidun Palestiinan alueella, hän muutti väitöskirjan ohjaajansa neuvon mukaan väitöskirjansa aiheeksi egyptiläisen työväenliikkeen historia vuodesta 1936. Tämä väitöskirja yhdistettiin hänen ystävänsä ja kollegansa Zachary Lockmanin aikaisempaa egyptiläisen työhistorian aikaa käsittelevän väitöskirjan kanssa, ja sen tuloksena julkaistiin kirja "Työntekijät Niilin rannalla: nationalismi, kommunismi, islam ja egyptiläinen työväenluokka, 1882<unk>1954" (1989). Hänen myöhempien teostensa joukossa on tutkimus modernin Egyptin juutalaisyhteisöistä, joka johti hänen merkittävään historialliseen tutkimukseensa "The Dispersion Of Egyptian Jewry: Culture, Politics, And The Formation Of A Modern Diaspora" (1998), joka tutkii Egyptin juutalaisten identiteettien monimuotoisuutta Egyptissä ja diasporassa. Hän on tehnyt kenttätyötä keräämään suullisia kertomuksia monista Egyptin juutalaisyhteisöistä, jotka ovat hajaantuneet ympäri maailmaa
Suezin sota vuonna 1956, mukaan lukien San Franciscon karaitit.