Brescia voitti Englannin-Italian Cupin vuonna 1994, mikä on suurin merkittävä saavutus koko historiassaan tähän mennessä. Brescia nousi jalkapalloilun kärkeen vasta vuonna 2000, kun aiemmin epämiellyttävä klubi allekirjoitti entisen FIFA World Player of the Year -pelaajan Roberto Baggion, joka johti Brescian seitsemännen sijan saavuttamiseen kaudella 2000-01, ja siten pääsi UEFA Intertoto Cupille. Brescia pääsi Intertoto Cupin finaaliin, mutta hävisi Paris Saint-Germainin edessä vierasmaalien sääntöjen mukaan, kun se oli saavuttanut 0:0 vierasvuoroisen tasapelin ensimmäisessä ottelussa ja 1:1 kotiottelun toisessa ottelussa. Baggio vietti neljä vuotta Brescian joukkueessa ennen eläkkeelle jäämistään vuonna 2004. Baggion neljän vuoden aikana Brescian kanssa, klubi tallensi kaikkien aikojen parhaan jaksonsa Serie A: ssa. Seuraavana kaudella, joka seurasi Baggion eläkkeelle siirtymistä (2004-05), Brescia kuitenkin syrjäytettiin Serie A: sta viimeisenä päivänä, päättyen alhaisella 19. sijalla. Brescia kamppaili paluuta huippukilpailuun pudotuksen jälkeen ja lopulta palasi Serie A:han voitettuaan Torinon 2<unk>1 kokonaispisteellä kaudella 2009-10. Vuoden 2010-11 kaudella
Vuoden 2014/15 kaudella se pudotettiin Lega Proon, kun se oli viimeisestä toiseksi. Parman konkurssi-ilmoituksen ja alentamisen jälkeen Brescia oli joukkueiden joukossa, jotka valittiin korvaamaan heidät Serie B: ssä. Uusi ylennys Serie A: han varmistettiin kaudella 2018-19, kun kaksi peliä oli jäljellä.