Lynch on voittanut useita palkintoja Suen roolistaan. 14. Satelliitti-palkinnossa hän voitti Satelliitti-palkinnon parhaan toissijaisen roolin näyttelijättärestä <unk> Sarja, minisarja tai televisioelokuva. Seuraavana vuonna hän voitti Primetime Emmy -palkinnon erinomaisesta naispuolisesta avustajasta komediasarjassa 62. Primetime Emmy -palkinnossa esityksestään jaksossa "The Power of Madonna". Hän sai TCA Award for Individual Achievement in Comedy -palkinnon 26. TCA-palkinnossa sekä WIN-palkinnossa Actress Comedy Series -palkinnon. Lynch oli osa "Glee" -näyttelijänryhmää, joka sai Screen Actors Guild -palkinnon ensembelin erinomaisesta esityksestä komedia-sarjassa 16. Screen Actors Guild -palkinnossa.
- Mitä? Hänet nimitettiin suosituimmaksi naispuoliseksi TV-tähdeksi (komedia) lesbojen / bi-ihmisten valintapalkinnoissa, joita johti lesbojen mediayhteys AfterEllen.com, ja voitti Vuoden TV-esitys: Musical or Comedy -palkinnon Dorian-palkintojen avajaisissa, mikä heijastaa homojen kiinnostusta TV-alalle. Seuraavana vuonna Lynch oli tasan samassa kategoriassa yhdessä Chris Colferin kanssa. Vuonna 2011 Lynch sai myös Golden Globe -palkinnon parhaaksi naispuoliseksi näyttelijätäreksi sarjassa, minisarjassa tai televisioelokuvassa 68. Golden Globe -palkinnossa ja suosituimmaksi TV-komedia-näyttelijätäreksi 37. People's Choice -palkinnossa.