Wilkes palasi Yhdysvaltoihin vuoden 1942 puolivälissä ja kävi Naval War Collegessa. Sitten hänestä tuli uuden kevyen risteilijän komentaja, joka vei sen Välimereen osallistumaan Sisilian hyökkäykseen heinäkuussa 1943. Vuoden 1943 elokuusta alkaen amiraali Wilkes oli amfibivoimien komentaja Englannissa ja Ranskassa, ja hänellä oli tärkeä rooli valmistautumisessa Normandian hyökkäykseen kesäkuussa 1944.
Etelä-Ranskan hyökkäys kaksi kuukautta myöhemmin Kun liittoutuneiden maahyökkäys siirtyi Saksaan, Wilkes oli vastuussa Yhdysvaltain satamista ja tukikohdista Ranskassa ja auttoi hyökkäystä materiaalisesti logistiikan hallinnoinnilla.