Mary ja Bothwell palasivat 6. toukokuuta Edinburghille ja 15. toukokuuta joko Holyroodin palatsissa tai Holyroodin luostarissa he menivät naimisiin protestanttisten riittien mukaan. Bothwell ja hänen ensimmäinen vaimonsa, Jean Gordon, joka oli Lord Huntlyn sisar, olivat eronneet kaksitoista päivää aikaisemmin. Alun perin Mary uskoi, että monet aateliset tukivat hänen avioliittoaan, mutta suhteet äkkiä heikkenivät äskettäin valitun Bothwellin (Orkneyn herttua) ja hänen ikäisensä välillä, ja avioliitto osoittautui erittäin epäsuosituksi.
poika