Wagner oli myös osa vuoden 2017 FIFA Confederations Cup -joukkueesta, joka voitti turnauksen. Hänen ensimmäinen ja ainoa esiintymisensä tapahtui 19. kesäkuuta B-ryhmän avajaisottelussa Australiaa vastaan, ja hän menetti useita hyviä mahdollisuuksia tehdä maalin, kun Saksa voitti 3<unk>2. Sen jälkeen hän jäi penkkiin Timo Wernerin ja Lars Stindlin hyväksi, kun Saksa voitti Chileen 1:0 finaalissa.
- Mitä? Wagner lopetti vuoden 2017 tekemällä maaleja Pohjois-Irlantia ja Azerbaidžania vastaan.