Mutta emiri oli saanut vain väliaikaisen lepoajan. Kun Venäjän sisällissota rauhoittui, Moskova lähetti lisäjoukkoja Keski-Aasiaan. 2. syyskuuta 1920 bolsevikki kenraali Mikhail Frunzen johtama hyvin kurinalainen ja hyvin varustettu Punaisen Armeijan joukko hyökkäsi kaupungin kimppuun.
- Mitä? Neljän päivän taistelun jälkeen Bukharan arkki tuhoutui, punainen lippu nostettiin Kaljanin minareetin huipulta ja emiri Alim Khan pakeni tukikohtaansa Dushanbeen (nykyisessä Tadžikistanissa) ja lopulta Kabulissa, Afganistanissa, jossa hän kuoli vuonna 1944. Hänet haudattiin Shuadoi Solehinin hautausmaalle.