San Jose sijaitsee useiden aktiivisten rikkomusten läheisyydessä, mukaan lukien Monte Vistan rikkomus, Haywardin rikkomusvyöhyke, Calaverasin rikkomus, Silver Creekin rikkomus ja San Andreasin rikkomus. Merkittäviä tapahtumia tapahtui vuosina 1856, 1858, 1864, 1865, 1868, 1881, 1891, 1897, 1898, 1906
, 1957, 1989 ja 2007. Vuoden 1906 San Franciscon maanjäristys, jonka keskus oli hieman San Franciscon rannikolta lähellä Golden Gate -puistoa, tuhosi monia rakennuksia San Joseen. Kaupunki oli edelleen pääasiassa maaseutu, ja väkiluku oli paljon pienempi kuin San Franciscossa. Taloja ja yrityksiä ei rakennettu niin lähelle toisiaan kuin niemimaalla, ja näin oli vähemmän mahdollisuuksia suurille tulipaloille. Tiilillä varustettu Agnewsin turvapaikka (myöhemmin Agnewsin osavaltion sairaala) tuhoutui, ja yli sata ihmistä kuoli, kun seinät ja katto romahtivat. San Jose High Schoolin kolmikerroksinen kivi- ja tiilirakenne romahti myös, ja monet muut rakennukset olivat pahasti vaurioituneet. San Jose on tuntenut monia muita lievempiä maanjäristyksiä, jotka aiheuttivat vain vähän vahinkoa tai eivät aiheuttaneet lainkaan vahinkoa. Useimmat maanjäristysten aiheuttamat vauriot korjataan nopeasti, mutta jotkin vaikutukset voivat yhä näkyä rikkoutuneina jalkakäytävillä ja kohotetuina jalkakäytäväkerroksina.