Vuonna 1993 Häkkinen liittyi McLarenin joukkueeseen, alun perin kilpa-ajona, mutta hänestä tuli joukkueen virallinen testiajuri, kun CART World Series -sarjan kuljettaja Michael Andretti palkattiin joukkueeseen. Säännöllisten testien lisäksi Häkkinen osallistui kahteen Porsche Supercup -kilpailuun, jotka pidettiin Monaco Grand Prix -kilpailun tukikilpailuna, jossa hän aloitti pole position ja voitti molemmat kisoja. Hänet ylennettiin Formula 1:n kilpailupaikkaan Italian Grand Prix -kilpailun jälkeen, kun Andretti jätti Formula 1:n. Häkkinen osallistui Portugalin Grand Prix -kilpailuun, jossa hän päihitti säännöllisen kuljettajan Ayrton Sennan. Kilpailun aikana hän vetäytyi, koska törmäsi betoni seinään. Seuraavasta kilpailusta Japanissa.
Vuonna 2009 Häkkinen sijoittui kolmanneksi uransa ensimmäiselle palkintopöydälle ja lopetti kauden, kun hänen McLaren-autonsa kärsi jarruputken vikaa Australiassa. Häkkinen päätti kauden 15. sijalla kuljettajien mestaruuskilpailussa, saaden 4 pistettä. McLaren vahvisti joulukuussa, että Häkkinen pysyy joukkueessa kolmivuotisen sopimuksen perusteella vuodesta 1994 alkaen.