Hänet ylennettiin luutnantin virkaan lokakuussa 1899. Baird palveli toisessa Boerien sodassa ja saapui Etelä-Afrikkaan prikaatin signaaliupseerina. Hän oli läsnä Kimberleyn avustuksessa helmikuussa 1900, pian sen jälkeen, kun hän osallistui taisteluun
Paardeberg ja Poplar Gove sekä välittömästi Driefonteinin tapahtumat. Heinäkuusta marraskuuhun 1900 hän oli toiminnassa Orange River Colony, mukaan lukien sitoumukset Bothaville ja pitkin Caledon-joen. Hänet ylennettiin kapteeniksi maaliskuussa 1901, jolloin Baird lähetettiin ulkoministeriöön huhtikuussa. Hänet mainittiin lähetyksissä ja hänelle myönnettiin kuningattaren mitali. Hänestä tehtiin Distinguished Service -järjestyksen kumppani syyskuussa 1901.