Merrill lähetettiin jälleen Lähi-itään vuonna 1991. Matkalla Persianlahdelle "Merrill" osallistui operaatioon Fiery Vigil kesäkuussa 1991. Persianlahden sodan tulitaukojen jälkeen saapuneesta Merrillistä tuli Persianlahden miinanraivausjoukkojen lippulaiva ja se oli toinen sotalaiva, joka vieraili Kuwait Cityn vapautetussa satamassa Irakin hyökkäyksen jälkeen.
- Mitä? Vuonna 1992 Merrill oli mukana huumeiden vastaisessa operaatiossa Keski-Amerikan alueella. Syyskuussa 1992 Merrill lähetettiin Long Beachin laivaston telakalle laajalle korjaukseen, joka kesti vuoden 1993 loppuun saakka. Tämä korjaus koostui tutkajärjestelmien ohjauspaneelien päivityksistä, laivaan lisättiin kokonainen taso, joka sisälsi aiemmin asennetut CIWS-ohjaustietokoneet, ja mikä tärkeintä, RAM (Radar Absorbent Material) lisättiin koko alukseen, ensimmäinen hävittäjälle. Saatuaan ilmoituksen Long Beachin suunnitellusta sulkemisesta USS Merrill muutti San Diegon laivaston tukikohtaan vuonna 1994 ja käytti seuraavat muutama kuukausi RAM-materiaalin testausalustana, joka oli suunniteltu tekemään aluksesta niin pienen kuin hinausalus tutka-aineistoissa.