Terrorismi nousi yhä tärkeämmäksi kansallisen turvallisuuden kysymykseksi Clintonin hallinnon aikana. Neuvostoliiton ja Afganistanin välisen sodan viimeisinä vuosina Osama bin Laden oli perustanut al-Qaidan, militantin sunnijärjestön. Al-Qaidan johtajat halveksivat länsimaisia arvoja - ja olivat erityisen vihaisia Yhdysvaltain armeijan läsnäolosta Saudi-Arabiassa. Al-Qaida kasvoi 1990-luvulla ja ryhtyi terrorismiin Lähi-idässä ja muualla. Ryhmä otti vastuun World Trade Centerin pommi-iskusta vuonna 1993, kahdesta Yhdysvaltain suurlähetystöstä Itä-Afrikassa ja
Yhdysvaltain laiva satamassa Jemenissä. Clinton antoi käskyn pommittaa al-Qaidan laitoksia Afganistanissa ja Sudanissa. CIA ja sotilas seurasivat bin Ladenin liikkeitä - yrittäessään napata tai tappaa hänet, - mutta bin Laden pakeni syvälle Afganistanin vuorille.