Zito kohtasi Redsia National League Division Series -sarjan (NLDS) pelissä 4. lokakuuta ja kamppaili, kun hänet vedettiin kolmannessa inningissä, kun hän oli antanut kaksi juoksua. Giants voitti kuitenkin 8:3. Giants menetti sarjan kaksi ensimmäistä peliä ja tuli ensimmäiseksi joukkueeksi, joka toipui 2-0 tappiosta NLDS: ssä voittaen sarjan viidessä pelissä. 19. lokakuuta 2012 Zito palasi ja syöttää uransa paras peli, heittäen 7 shutout inningsia St. Louis Cardinalsia vastaan National League Championship Seriesin pelissä 5
(NLCS), joka ansaitsi voiton. Se oli hänen ensimmäinen postseason voittonsa vuodesta 2006 ja Ziton mukaan hänen uransa suurin voitto. Samana päivänä Zito innoitti Twitter-hashtagia "#rallyzito", joka Giants-faneiden ponnistelujen jälkeen oli trendi maailmanlaajuisesti sosiaalisessa verkostoitumisessa. Giants oli 3-1 jäljessä sarjassa, mutta voitti seitsemässä pelissä.