Zersenay ei päässyt toistamiseen podiumille vuoden 2006 Maailman risteilykilpailussa.
, mutta hänen neljännen sijansa johti Eritrean joukkuetta kohti hopeamitallia joukkuekilpailussa. Seuraavana kuukautena Zersenay voitti sekä Fabiano Josephin että Boniface Kipropin voittaakseen Great Manchester Run -kilpailun. Hän juoksi maaliin 27:36:lla, joka oli Eritrean ennätys ja toiseksi nopein tuona vuonna. Samana vuonna elokuussa hän paransi merkittävästi 10 000 metrin ennätystään Memorial Van Dammella. Hänen aikaansa 26:37,25 lyönyt lähes kolmekymmentä sekuntia edellisestä merkistä, mikä teki hänestä kahdeksannen nopeimman ihmisen koskaan, mutta hän lopetti silti nousevan Micah Kogon takana, joka juoksi kymmenenneksi nopein koskaan. Zersenayn uusi 59:16 -ennätys Rotterdamin puolimaratonilla tasoitti Samuel Wanjirun kurssin ennätyksen ja ennusti hyvää tulevaa mestaruuskilpailua varten.