Sen jälkeen, kun sopimusta Sven-Göran Erikssonin kanssa ei voitu sopia, Kamerunin jalkapalloliitto nimitti Seedorfin Kamerunin maajoukkueen manageriksi elokuussa 2018. Hänelle liittyi entinen joukkuetoverinsa Patrick Kluivert apulaismanagerina. Vuoden 2019 Afrikan jalkapallo-kisojen jälkeen
Hänet erotettiin heinäkuussa 2019 Camerunista, jossa Nigerian joukkue poistui finaalivaiheessa.