Heathcote lähti sitten Itä-Intiaan linjan aluksen komentajana. Lähettiläiden kuljetuksen jälkeen hän asui Intian rannikolla. Siellä hän teki rohkean päätöksen avata lähetykset - ja lopettaa työnsä ja toimittaa ne aseman komentajille, jotka olivat tuolloin mukana Javan retkellä.
- Mitä? Hänet tuomittiin sotaoikeuteen, mutta vaikka useat syytökset todettiin, hänen arvioitiin toimineen palvelun parhaiden etujen mukaisesti, ja hänet vapautettiin. Hän lähti Välimerelle Napoleonin sodan loppupuolella ja komensi rannikkojoukkoa Toulonin saarron aikana. Hän johti yhtä viimeisistä hyökkäyksistä Ranskan Välimeren laivastoon 5. marraskuuta 1813 ja vetäytyi maihin sodan päätyttyä. Hän kehitti uuden tekniikan purjeiden nostamiseen, sai ylennyksiä ja ritarin arvon eläkkeellä ollessaan ennen kuolemaansa vuonna 1851 amiraalin virassa.