Vuonna 1798 Jourdan nimitti hänet tarkkailuarmeijan päälliköksi. Ernouf oli tarkkailuarmeijan kanssa, kun se ylitti Reinin, mitä brittiläiset historioitsijat ovat kutsuneet Campo Formion sopimuksen rikkomiseksi, mikä johti toisen koalition sotaan. Maaliskuun 2. päivänä armeijan nimi muutettiin Tonavan armeijaksi, ja se marssi Ylä-Svabiaan, jossa se tappoi arkkiherttua Kaarle Habsburgin joukot
Ostrachissa 21. maaliskuuta ja jälleen 25. maaliskuuta Stockachissa. Molemmissa taisteluissa Habsburgien miehistö, joka oli kolme kertaa enemmän kuin ranskalaiset ja kaksi kertaa enemmän kuin ranskalaiset, ylitti ranskalaiset linjat; armeijan komentaja Jourdan ei kyennyt keskittämään joukkojaan riittävästi vastustamaan Habsburgien joukkoja ja vetäytyi Mustan Metsän puoleen maaliskuun lopussa. Ernouf otti Tonavan armeijan komennon, kun taas Jourdan palasi Pariisiin pyytämään lisää joukkoja. Hänet korvattiin Tonavan armeijan komentajana André Masséna ja toimi Massenan päällikönä Sveitsin kampanjassa vuonna 1799, jonka aikana hän näki toimintaa Zürichissä ja Keski-Sveitsissä; hän oli jälleen Zürichissä Ranskan voiton Alexander Rimsky-Korsakovia vastaan.