Lee perusti opiskelija-asuntolo-ohjelman ja vierasmajan toivoen tarjoavan edullisen majoituksen ulkomaisille opiskelijoille muista Afrikan osista. Hän myös sijoitti moniin muihin hankkeisiin, kuten maatilaan ja ajokentälle. Hän jäi eläkkeelle hammaslääkärinä vuonna 2002. Vuonna 2007 hän lahjoitti valokuvia Kwame Nkrumahista, jotka hän oli ottanut Lincolnin yliopistossa, Kwame Nkrumah-mausoleumiin valmistautuakseen maan kultaiseen jubileeihin, jotka juhlivat itsenäisyyden 50-vuotispäivää. Vanhenemisvuosina hän jatkoi huomiota Yhdysvaltojen tapahtumiin, erityisesti Barack Obaman presidenttikampanjaan.
ja sen jälkeiset vaalit vuonna 2008. Presidentti Obaman vierailulla Ghanassa vuonna 2009 hän totesi olevansa iloinen nähdessään, että Yhdysvallat edistyy, mutta hänen mielestään "Ghana on edistynyt paljon ennen Yhdysvaltoja". Ghana-Legonin yliopisto myönsi hänelle kunniatohtoriutinnon vuonna 2008 hänen erinomaisen panoksensa julkiseen palveluun tunnustamiseksi, mikä teki hänestä toisen amerikkalaisen, jolle he olivat myöntäneet tällaisen tutkinnon W. E. B. Du Boisin jälkeen.