Viimeinen mongolinkanni oli Ligden-kanni 1700-luvun alussa. Hän joutui ristiriitoihin manchujen kanssa kiinalaisten kaupunkien ryöstöstä, ja hän vieraannutti myös useimmat mongolilaiset heimot. Hän kuoli vuonna 1634. Vuoteen 1636 mennessä useimmat sisä-Mongolian heimot olivat alistuneet manchujen, jotka perustivat Qing-dynastian, valtaan. Khalkha lopulta alistui Qing-hallintoon vuonna 1691, jolloin koko nykyinen Mongolia joutui Manchu-hallintoon. Useiden Dzungar<unk>Qing-sotien jälkeen
Dzungarit (länsimaalaiset mongolit tai Oiratit) tuhoutuivat käytännössä Qing-valloituksen aikana Dzungariaan 1757-1758.