Lokakuussa 2001 Khorkina kilpaili maailmanmestaruuskilpailuissa Gentissä, Belgiassa. Hän auttoi Venäjän joukkuetta voittamaan hopeamitalin ja yksilöllisesti hän voitti kaikki kierrokset lopullisesti pisteellä 37,617. Kilpailun finaaleissa hän sijoittui ensimmäiseksi vaultissa 9,412 pisteellä, ensimmäiseksi epätasaisilla palkeilla 9,437 pisteellä ja kolmanneksi lattialla 9,375 pisteellä. Huhtikuussa 2002 Khorkina kilpaili Euroopan mestaruuskilpailuissa Patrassa, Kreikassa. Hän auttoi Venäjää voittamaan ensimmäisen sijan joukkueessa ja yksilöllisesti hän voitti kaikki ympärillä kilpailun pisteellä 37,592. Kilpailun finaaleissa hän sijoittui ensimmäiseksi epätasaisilla palkoilla 9,550 pisteellä, toiseksi tasapainoharkossa 9,262 pisteellä ja viidenneksi lattialla 9,075 pisteellä. Marraskuussa 2002 Khorkina kilpaili maailmanmestaruuskilpailuissa.
Debrecenissä, Unkarissa. Hän sijoittui seitsemänneksi epätasaisilla palkeilla 7,387 pisteellä ja neljänneksi tasapainoisella palkalla 9,462.