Ernst August Hagen syntyi Königsbergissä, joka oli Itä-Preussin hallinnollinen pääkaupunki (ja lähes vuosikymmenen ajan vuoden 1806 jälkeen
Kun kuningas pakeni Berliinistä, joka oli Preussin hovin koti.) Hänen isänsä Karl Gottfried Hagen (1749-1829) oli tunnettu kemisti ja hovin apteekkari.