Täytä seuraava lause: Sen jälkeen kun O'Neill ei saanut useita ylennyksiä (kansallisen turvallisuuden apulaisjohtajaksi vuonna 1999 ja FBI:n New Yorkin toimiston johtajaksi vuoden 2000 alussa), O'Neill oli iloinen saadessaan tehtävän FBI:n tutkimuksen komentajaksi
USS "Colen" pommitus lokakuussa 2000. Saavuttuaan Jemenissä hän kuitenkin valitti riittämättömästä turvallisuudesta. O'Neill tuli ristiriitaan Jemenin suurlähettilään kanssa. Heillä oli hyvin erilaisia näkemyksiä siitä, miten Jemenin omaisuuden etsintöjä ja kansalaisten ja viranomaisten haastatteluja käsiteltäisiin, ja heidän eronsa vain kasvoi ajan myötä.