1920- ja 1930-luvuilla juutalaisvastaisuuden ja vainon vuoksi Königsbergin juutalaisväestö oli laskussa siihen mennessä, kun natsit ottivat vallan "Machtergreifungin" kautta vuonna 1933. Tuona vuonna kaupungissa asui vain 3500 juutalaista. Erich Kochin pakottama sodanjälkeisen Natsi-Saksan juutalaisten vastainen lainsäädäntö rajoitti liiketoimintaa ja sai monet Königsbergin juutalaiset muuttamaan pois, lähinnä Yhdysvaltoihin ja Iso-Britanniaan. Michael Wieck kirjoitti siitä syrjinnästä, jota hän kärsi Hitlerjugendin toimesta. Vuoden 1935 Ostmessen avajaisissa Hjalmar Schacht arvosteli vainosta turhaan. Vaino johti juutalaisen yhteisön perustamaan erillisen juutalaisen koulun 82 oppilaalle huhtikuussa 1935; se kasvoi 180 oppilaaksi 6 luokassa 4 opettajan kanssa lokakuuhun 1935 mennessä. Helmikuussa 1938 propagandalehti "Der Student der Ostmark" julkaisi 201 juutalaisen liikemiehen, 38 lääkärin ja 22 asianajajan nimet, jotka olivat jäljellä kaupungissa, jota Sturmabteilung käytti rikkoutuneen lasin yön aikana.
marraskuussa 1938. Uusi synagooga poltettiin, ortodoksinen Adass Jisroel-synagooga ja kaksi hautausmaa tuhottiin; juutalainen koulu hyökkäsi, mutta avattiin uudelleen myöhemmin, samoin ortodoksinen synagooga, jossa Michael Wieckista tuli Bar Mitzva vuoden 1941 puolivälissä. Monet juutalaiset asukkaista lähetettiin natsien keskitysleireille Saksan sisäpuolelle.