Syyskuussa 1799, Rooman tasavallan kaatumisen jälkeen, hän seurasi ranskalaisia ja meni pakoon Ranskaan, Marseilleen ja Pariisiin. Marengon jälkeen
Hän palasi Italiaan, mutta ei Roomaan. Sen sijaan hän pysähtyi Milanoon, jossa hänestä tuli "Veliti della Guardia" -joukkojen italialaisen osaston kirurgi ja pääkirurgi.