Harold James Nicholson poltti useita upseereita ja kolmivuotisia harjoittelijoita - ennen kuin hänet pidätettiin vakoilusta Venäjälle. Vuonna 1997 edustajainhuone kirjoitti toisen raportin, jossa sanottiin, että CIA:n upseerit tietävät hyvin vähän vakoilemiensa ihmisten kieltä tai politiikkaa. Lopputuloksena oli, että CIA:lla ei ollut "syvyyttä, laajuutta ja asiantuntemusta seurata poliittista, sotilaallista ja taloudellista kehitystä maailmanlaajuisesti". CIA:ssa oli uusi ääni, joka vastusti loputtomia kielteitä siitä, että CIA oli viisi vuotta menestystä. Russ Travers sanoi CIA:n sisäisessä lehdessä, että viiden vuoden kuluttua "tiedustelun epäonnistuminen on väistämätöntä". Vuonna 1997 CIA:n uusi johtaja George Tenet lupasi uuden viraston vuoteen 2002 mennessä. CIA:n yllätys Intian atomipommin räjäyttämisestä - oli epäonnistuminen lähes kaikilla tasoilla. Tämän jälkeen
Vuonna 1998 al-Qaidan lähetystöpommituksissa CIA tarjosi kaksi kohdetta kostoa varten. Yksi niistä oli kemiallinen tehdas, jossa oli löydetty jälkiä kemiallisten aseiden lähteistä. Sen jälkeen päätettiin, että "päätöksellä al-Shifan kohdentamisesta jatketaan perinteitä, jonka mukaan Sudania koskeva tiedustelutieto on riittämätöntä". Se sai CIA:n tekemään "olennaisia ja laajamittaisia muutoksia" estääkseen "katastrofaalisen järjestelmällisen tiedustelun epäonnistumisen". Vuosina 1991-1998 CIA menetti 3 000 työntekijää.