Elias värväytyi 18. kesäkuuta 1861 A-ryhmän 6. Ohio-jalkaväen sotamiesena. 5. lokakuuta 1861 hänet ylennettiin toiseksi luutnanttiksi ja siirrettiin F-ryhmään, 75. Ohio-jalkaväkijoukkoon. Hänet nimitettiin ensimmäisenä luutnanttina 15. toukokuuta 1862 ja kapteeniksi 12. tammikuuta 1863. Hän osallistui 20 taisteluun, joista olivat seuraavat: Phillipi, Laurel Hill, Carrick's Ford, Monterey, Shaw's Ridge, McDowell, Franklin, Strausburg, Cross Keys, Cedar Mountain, Freeman's Ford, Waterloo Bridge, Sulfur Springs, Second Bull Run, Chantilly
Chancellorsville, Fredericksburg ja Gettysburg. Viimeisessä taistelussa hän haavoittui vaarallisesti 2. heinäkuuta 1863, mikä pakotti hänet tekemään toistuvia leikkauksia, joista viimeinen tapahtui kesäkuussa 1911.