Werner komensi 1864 toisen Schleswigin sodan aikana korvettia Tanskan merivoimia vastaan. Werner taisteli loistavasti.
Wernerin laiva,, vahingoittui pahasti taistelun aikana ja sen miehistö kärsi 13 tappiota. Tanskalaiset kuitenkin onnistuivat estämään Preussin yritykset murtautua Tanskan piirityksestä ja pakottivat heidät palaamaan Swinemündeen. Werner ja loput laivastosta pysyivät satamassa sodan loppuun saakka.