Toscanassa Helen löysi todellisen vakauden huolimatta poikansa poissaolosta suurimman osan vuodesta. Toisen maailmansodan puhkeaminen kuitenkin häiritsi jälleen hänen jokapäiväistä rutiiniaan. Molotov-Ribbentropin sopimuksen mukaan Neuvostoliitto pakotti Romanian luovuttamaan Bessarabian ja Pohjois-Bukovinan.
26 päivänä kesäkuuta 1940 ja muutama viikko myöhemmin maa joutui myös luovuttamaan Pohjois-Transilvanian Unkarille (Toinen Wienin palkinto, 30. elokuuta 1940) ja Etelä-Dobrujan Bulgariaan (Craiovan sopimus, 7. syyskuuta 1940); nämä alueelliset tappiot lopettivat ensimmäisen maailmansodan lopussa luodun Suur-Romaniaan. Koska hän ei pystynyt säilyttämään maansa alueellista koskemattomuutta ja oli Natsi-Saksan tukeman rautakaartin, fasistisen puolueen, Karol II: n painostuksen alaisena, hän tuli yhä epäsuosituksi ja lopulta joutui luopumaan 6. syyskuuta 1940. Hänen 18-vuotias poikansa Mikael nousi kuninkaaksi, kun taas kenraali Ion Antonescu perusti diktatuurin Rautavartion jäsenten tuella.