Kirjoita jatkossa tämä kappale - Museon tärkein kokoelma liittyy toiseen maailmansodkaan. Maltalla on useita valokuvapaneeleita, jotka kuvaavat sodan aikana Maltan elämää, erityisesti siviilielämän vaikeuksia ja ilmaiskujen aiheuttamia vahinkoja. Yksi kohokohtauksista on Gloster Sea Gladiator "N5520" -koneen runko, joka on ainoa selviytyjä Hal Far Fighter -lennosta. Museossa on myös Willys Jeep 'Husky', jota Dwight D. Eisenhower käytti ennen Sisilian hyökkäystä.
Ja myös Rooseveltin vierailulla Maltalla. Museossa on myös George Cross, jonka kuningas George VI myönsi Maltalle huhtikuussa 1942. Kokoelmassa on myös kaatuvien lentokoneiden jäänteitä, vangittuja saksalaisia konekivääreitä, torpedoja, kaivosammurit ja muita aseita.