Proteiinit kuvattiin ensimmäisen kerran hollantilaisen kemistin Gerardus Johannes Mulderin ja nimettiin ruotsalaisen kemistin Jöns Jacob Berzeliusin toimesta vuonna 1838. Mulder teki alkuaineanalyysin tavallisista proteiineista ja löysi, että lähes kaikilla proteiineilla oli sama empiirinen kaava, C400H620N100O120P1S1. Hän tuli virheelliseen johtopäätökseen, että ne saattaisivat koostua yhdestä (hyvin suuresta) molekyylistä. Termi "proteiini" kuvaamaan näitä molekyylejä ehdotti Mulderin yhteistyökumppanin Berzelius Mendel; Proteiini on peräisin kreikkalaisesta sanasta πρώτειος (proteios), joka tarkoittaa "alkeista", "johtavana" tai "edessä", + - glutamiini. Mulder jatkoi proteiinien hajoamistuotteiden tunnistamista aminohappojen vähimmäismääränä leukini, jonka hän uskoi olevan tärkeä.
Jöns Jacob Berzelius