Sisällissodan alussa Colquitt nimitettiin kapteeniksi 6. Georgia-jalkaväkirykmenttiin. Hän nousi lopulta everstikseksi ja johti rykmenttiään niemimaalla. Seitsemän mäntystä
Hän otti prikaatin komennon, kun prikaattigeneraali Gabriel Rains haavoittui, ja johti sitä Seitsemän päivän taisteluissa. Hän johti prikaattiaan Stonewall Jacksonin johdolla South Mountainin taistelussa, Antietamin taistelussa, Fredericksburgin taistelussa ja Chancellorsvillen taistelussa. Colquitt selviytyi vahingoittumattomana, vaikka lähes kaikki muut upseerit kuolivat tai haavoittuivat. Taistelun jälkeen hänet ylennettiin välittömästi prikaattigeneraaliksi, joka sai arvon 1. syyskuuta alkaen.