Mathews ja hänen joukkonsa olivat myös avainasemassa sodan lopettamisessa.
Anglo-Zanzibarin sota vuonna 1896, joka syttyi pyrkimyksestä kiertää vaatimus, jonka mukaan uusien sulttaanien on oltava brittiläisen konsulin tutkittuja. Mathews jatkoi ensimmäisenä ministerinä ollessaan armeijan kanssa ja oli mukana kahdessa suuressa kampanjassa, toisessa Wituun ja toisessa Mweleen.