Vuoden 1587 lopulla Pariisissa hänet pidätettiin bordellissa, - kun hänet löydettiin sängystä naisen ja Essexin herttuan palvelijan kanssa. Aluksi hänet pantiin piispan vankilaan, mutta vangitsijat harkitsivat hänen palauttamistaan Walsinghamiin. Lopulta hänet siirrettiin Bastilleen odottamaan oikeudenkäyntiä. Hän yritti syyttää Morgania ja Pagetia kaksoisliiketoiminnasta. Elokuussa 1589 hänet tuotiin tuomioistuimen eteen ja tuomittiin kaksikymmentävuotiseen vankeuteen, koska hän oli toiminut katolisen kirkon etujen vastaisesti. Tuohon aikaan Pariisi oli katolisen liiton hallinnassa, joka oli noussut Ranskan kuningasta vastaan. Vankilassa hänen terveytensä heikkeni. Ivryn taistelussa
Maaliskuussa 1590 Liiton armeija tuhottiin, - ja kuningas marssi kohti Pariisia, - päättäen nälättää pääkaupunkia alistumaan. piiritys kesti elokuuhun saakka ja aiheutti nälänhädän. Gifford kuoli muutamaa kuukautta myöhemmin marraskuussa 1590.