Protestanttius on ollut Algeriassa Ranskan vallan alkuajoista lähtien. Ensimmäinen reformoidun kirkon synodi pidettiin vuonna 1843 ja ranskalaiset metodistit aloittivat lähetystyön Béjaïa'ssa noin vuonna 1883. Vuonna 1914 amerikkalaiset metodistiset lähetystyöntekijät olivat myös vakiintuneet Algeriassa. Traumaattisen jälkeen
Algerin itsenäistymisen jälkeen monet paikalliset kristityt pakenivat maasta, ja vuonna 1970 lähetyskuntien ylläpitämät koulut ja kiinteistöt oli kansallistettu.