Talvella 1861-62 Hamptonin legioona sai komennon Gustavus W. Smithiltä. Smithin divisioona seurasi loput Joseph E. Johnstonin Pohjois-Virginian armeijasta alas Virginian niemimaalle auttamaan Yorktownin piirityksessä (1862) ennen kuin Johnston vetäytyi Richmondin. 23. toukokuuta 1862 Hampton ylennettiin prikaatin kenraaliksi. Seitsemän mäntyjen taistelussa
31. toukokuuta 1862 hän haavoittui vakavasti jalassa, mutta pysyi hevosen selässä, kun jalka hoidettiin. Hampton palasi palvelukseen ajoissa Stonewall Jacksonin jalkaväkiyksikön johtajana seitsemän päivän taistelun lopussa, vaikka prikaati ei ollut merkittävästi mukana.