- Suuri joukkue siirtyi RAF Akrotiriin Kyprokselle elokuussa 1956 kun Britannia ja Ranska valmistelivat sotilaallista vastausta Egyptin kansallistamiseen Suezin kanavalle.
- Mitä? Britit ja ranskalaiset aloittivat 31. lokakuuta operaation "Musketeeri", joka oli sarja raskaita ilmaiskuja egyptiläisiä kohteita vastaan, joita seurasi laskeutuminen 6. marraskuuta. No. 39 Squadronin rooli oli suojella tärkeitä lentokenttiä Kyproksella mahdollisilta egyptiläisiltä kostotoimilta. YK:n painostus pakotti Egyptin tulitaukoon ja anglo-ranskalaisten joukkojen vetäytymiseen joulukuun loppuun mennessä, mutta laivue pysyi Kyproksella brittiläisten joukkojen hajaantumisen jälkeen, lentäen partioita estääkseen lentokoneita, joita epäiltiin pudottaneen tarvikkeita EOKA-joukkoille, jotka taistelivat Kyproksen brittiläistä hallintoa vastaan. Pääosasto palasi Maltalle maaliskuussa 1957, mutta erillisryhmä säilyi Kyproksella. Jännitteet Libanonissa (joka lopulta huipentui Libanonin kriisiin heinä-lokakuussa 1958) aiheuttivat koko laivueen siirtymisen Kyprokseen toukokuussa 1958, mutta se palasi pian Maltalle ja hajotettiin 30. kesäkuuta 1958.