Proteiinit on merkitty hajoamaan pienellä proteiinin nimeltään ubiquitin. merkintä reaktio on katalysoitu entsyymejä nimeltään ubiquitin ligaseja. Kun proteiini on merkitty yhdellä ubiquitin molekyyli, tämä on signaali muille ligaseja kiinnittää ylimääräisiä ubiquitin molekyylejä. Tuloksena on polyubiquitin ketju, joka on sidottu proteasomi, jolloin se voi hajottaa merkitty proteiini. Hajoamisprosessi tuottaa peptidejä noin seitsemän tai kahdeksan aminohappoa pitkä, joka voidaan sitten edelleen hajoaa lyhyempiä aminohappojen sekvenssejä ja käytetään synteesoida uusia proteiineja.
Ubiquitiiniligasit