Kun d'Hautpoul oli toipunut, hän sai komennon Sambre-et-Meusen armeijan raskaasta ratsuväestä kenraali Paul Grenierin johdolla. Neuwiedin jälkeen hänet siirrettiin Englannin armeijaan Lazare Hochen johdolla. Kun Ranskan johto hylkäsi ajatuksen Englannin valloituksesta, hänet lähetettiin jälleen Saksan rintamalle, tällä kertaa osana Tonavan armeijaa. Ranskan tappion jälkeen Ostrachin taistelussa
, hänen ratsuväensä suojeli ranskalaisten perääntymistä Pfullendorfista. Muutamaa päivää myöhemmin, kun hän ei johtanut ajoissa hyökkäystä Stockachin taistelussa, hänet erotettiin armeijan komentajan Jean-Baptiste Jourdanin määräyksestä, joka syytti d'Hautpoulua tappiosta. Strasbourgissa pidetyssä sotaoikeudessa vapautettu d'Hautpoul jatkoi tehtäviään heinäkuun lopussa 1799, kun hän oli jäänyt paitsi kriittisistä toimista Zürichin ensimmäisessä taistelussa.