Zanetti oli tärkeä pelaaja vuoden 2008 Supercoppa Italiana -kisoissa.
Romaa vastaan ottelussa, hän teki joukkueensa viimeisen rangaistuspotkun, kun se voitti ottelussa, kun säännöllinen ja ylimääräinen aika päättyivät tasapeliin 2: 2; tämä oli hänen ensimmäinen uraansa rangaistuspotkunsa ja kolmas Supercoppa Italiana -tittelinsä. Zanetti juhli sitten 600: tä otteluaan Interille 24. syyskuuta 2008 voitolla 1:0 vasta ylennettyä Leccetä vastaan. Hetkiä ennen ottelua entinen varapäällikkö Iván Córdoba antoi hänelle muistolevyn juhlan kunniaksi.