Rizalin karkottamisen jälkeen monet filippiiniläiset nationalistit perustivat Katipunanin, toisen salaisen yhteiskunnan, mutta tällä kertaa tavoitteenaan saavuttaa itsenäisyys Espanjasta vallankumouksen kautta. Rizalin teoksista innoittamana Katipunan järjesti aseistetun vastarinnan Espanjan hallitukselle Andrés Bonifacion johdolla. Sen jälkeen kun Katipunin toiminta löydettiin elokuussa 1896, Filippiinien vallankumous alkoi. Katipunanin jäsenet kapinoivat Caloocanissa, perustaen Tagalogin tasavallan ja julistaen valtakunnallisen aseellisen vallankumouksen. Rizal, jolla ei ollut itse osaa vallankumoukseen, joutui sotaoikeuteen kapinan, kapinan ja salaliiton takia. Hänet tuomittiin kaikista syytteistä ja teloitettiin. Vuonna 1897 Bonifacio syrjäytettiin ja teloitti Emilio Aguinaldo, joka otti vallankumouksellisen liikkeen johdon. Kun Aguinaldo oli ajanut espanjalaiset saaristosta, hän perusti diktatuurin ja julisti itsenäisyytensä. Kuitenkin Pariisin sopimus luovutti Filippiinit virallisesti Yhdysvalloille, mikä sytytti aseellisen konfliktin.
Filippiinien ensimmäiseen tasavaltaan.