Vuonna 1998 O'Neill oli keskittynyt Osama bin Ladenille - ja luonut al-Qaidan osastolle. Elokuussa 1998
Kaksi USA:n suurlähetystöä pommitettiin nopeasti peräkkäin samanaikaisissa iskuissa Nairobissa, Keniassa, ja Dar es Salaamissa, Tansaniassa. O'Neill toivoi olevansa mukana tutkimuksessa, koska hän oli saanut valtavan tiedon Osama bin Ladenin al-Qaidan terroristiverkostosta. Hän suostutteli FBI:n johtajan Freehen hoitamaan tapauksen. Syyttäjä Mary Jo White sanoi myöhemmin: "John O'Neill loi itä-Afrikan suurlähetystöihin kohdistuneiden pommi-iskujen tutkimuksessa mallin menestyksekkäille kansainvälisen terrorismin tutkimuksille ympäri maailmaa".