Lyons oli Boston Collegessa vain lyhyen ajan ennen kuin hänet nimitettiin Gonzaga Collegen rehtoriksi. Hän astui virkaan 27. joulukuuta 1908 Joseph J. Himmelin jälkeen. Pian hänen virkaan astumisensa jälkeen maanjäristys
Messinassa, Italiassa, ja koulu järjesti juhlallisen korkean requiem-missan uhreille, jonka juhli piispa Diomede Falconio ja lauloi Bonaventura Cerretti. Paikalla olivat piispa Denis J. O'Connell, oikeusministeri Charles Joseph Bonaparte, Italian suurlähettiläs Yhdysvalloissa Joseph Himmel sekä dominikaanien, fransiskaanien ja paulistien papit. Uuden presidentin kunniaksi pidettiin 10. helmikuuta juhlapöytä, johon osallistui kongressiedustaja William Bourke Cockran. Lyonsin toimikausi päättyi 8. heinäkuuta 1909, jolloin hänen tilalleen tuli Eugene DeL. Hän on McDonnell.