Beltrán de la Cueva on kuitenkin parhaiten tunnettu siitä, että hänellä on väitetty suhde Henrikin toiseen vaimoon, Joanaan Portugalin. Huhuttiin, että Beltrán synnytti Henrikin ainoan lapsen, Joanin, eikä itse kuningasta, joka saattoi olla impotentti. Tämä huhu johti neljän vuoden Kastilian perimyssotaan.
Sen voitti Isabella I, Henrikin sisarpuoli. On epätodennäköistä, että historioitsijat pääsevät koskaan yhteisymmärrykseen Joanin todennäköisestä isyydestä, koska ei ole tarpeeksi todisteita tukemaan kumpaakaan mahdollista isää varmuudella. Suurin osa Henrikin valtaan liittyvistä nykyisistä lähteistä on epäilyttäviä, sillä hänen hallituskautensa kuninkaalliset kronikat kirjoitettiin tai tarkistettiin Isabellan vaikutuksesta, jonka henkilökohtainen kiinnostus perimykseen sai hänet tekemään suuria ponnisteluja, jotta hän voisi vaatia Joanin laittomuutta. Isabellan huomio Henrikin suhteen oli käytetty hänen maineensa vahingoittamiseen, jotta hän voisi vahvistaa oman hallituskautensa laillisuutta. Johannan isyyden kysymys on siksi kiehtonut historioitsijoita vuosisatojen ajan: jos Johanna ei itse asiassa ollut Beltranin tytär ja oli oikeutettu, Isabellan valtavan vaikutusvaltainen hallitusvalta olisi ollut laiton valtaus.