Vuonna 1998 O'Neill oli keskittynyt Osama bin Ladenille ja luonut al-Qaidan osastolle. Elokuussa 1998 kaksi Yhdysvaltain suurlähetystöä pommitettiin
Keniaan ja Tansaniaan. O'Neill toivoi olevansa mukana tutkimuksessa, koska hän oli saanut valtavan tiedon Osama bin Ladenin al-Qaidan terroristiverkostosta. Hän suostutteli FBI:n johtajan Freehen hoitamaan tapauksen. Syyttäjä Mary Jo White sanoi myöhemmin: "John O'Neill loi itä-Afrikan suurlähetystöihin kohdistuneiden pommi-iskujen tutkimuksessa mallin menestyksekkäille kansainvälisen terrorismin tutkimuksille ympäri maailmaa".