Martin Vagner (s. 16. maaliskuuta 1984, Jaroměř, Tšekkoslovakia) on tšekkiläinen jääkiekon puolustaja, joka pelaa tällä hetkellä 1. národní hokejová liigan HC Hradec Královéllä. Hänet valittiin ensimmäisessä erässä, 26. sijalla, Dallas Starsille NHL:n vuoden 2002 sisäänkirjauksessa. Hän kuitenkin palasi armeijaan vuonna 2004.
Carolina Hurricanes valitsi hänet yhdeksännellä kierroksella 268. Hän ei ole vielä pelannut National Hockey League -liigassa, mutta on viettänyt uransa tähän mennessä Tšekin Extraligassa.