Hän ja hänen siviilikollegansa erotettiin virastaan
15. tammikuuta 1966 sotilasvallankaappaus, ja hän oli merkittävin poliitikko, joka vältti salamurhan vallankaappauksen jälkeen. Azikiwe oli Biafran tiedottaja ja neuvonut sen johtajaa Chukwuemeka Odumegwu Ojukwia Biafran sodan (1967-1970) aikana. Hän vaihtoi uskollisuutensa takaisin Nigerialle sodan aikana ja pyysi Ojukwua lopettamaan sodan pamfletteissa ja haastatteluissa. "The New York Times" sanoi hänen politiikastaan: "Koko elämänsä ajan tri Azikwen liitto pohjoismaalaisten kanssa asetti hänet ristiriitaan Obafemi Awolowon kanssa, joka oli sosialistisen taipumuksen omaava johtaja Yorubasta, maan toisesta tärkeästä etelän ryhmästä".