Carnegie oli aina pitänyt Amerikan siirtomaavalloitusta epäviisaana eleenä. Hän ei vastustanut Havaijin saarien tai Puerto Ricon liittämisen, mutta hän vastusti
Filippiinien liittäminen. Carnegie uskoi, että se merkitsee perustavanlaatuisen demokraattisen periaatteen kieltämistä, ja hän kehotti myös William McKinleytä vetämään amerikkalaiset joukot pois ja sallimaan filippiiniläisten elää itsenäisyydessään. Tämä teko teki voimakkaan vaikutuksen muihin amerikkalaisiin imperialistien vastaisiin, jotka pian valitsivat hänet Anti-Imperialistisen liiton varapuheenjohtajaksi.