Kolmen kauden jälkeen Panthersin kanssa hänet vaihdettiin Calgary Flamesiin 8. maaliskuuta 2004.
(David Boothin valinnassa käytetty). Ensimmäisessä mahdollisuudessaan pelata Stanley Cupin pudotuspeleissä Nilson pääsi finaaliin ja tallensi 11 pistettä 26 pudotuspelissä. Hän pelasi vielä kolme vuotta Calgaryssä.