Hän ajoi Pompeiuksen perään Aleksandriaan, jossa entinen Rooman upseeri, joka palveli kuningas Ptolemaios XIII:n hovissa, murhasi Pompeyn. Caesar sekaantui sitten Aleksandrian sisällissotaan Ptolemaioksen ja hänen sisarensa, vaimonsa ja rinnakkaiskuningattarensa, farao Kleopatra VII:n välillä. Ehkä siksi, että Ptolemaios oli osallinen Pompeiksen murhasta, Caesar puolusti Kleopatraa; hänen kerrotaan itkeneen nähdessään Pompeiksen pään, jonka Ptolemaioksen hovimestari Pothinus oli tarjonnut hänelle lahjana. Joka tapauksessa Caesar pysyi Aleksandrian piirityksessä.
Hän voitti Ptolemaioksen joukot vuonna 47 eKr. Niilin taistelussa ja asetti Kleopatran hallitsijaksi. Kesar ja Kleopatra juhlivat aleksandrialaisen sisällissodan voittoansa Niilin yli suihkussa keväällä vuonna 47 eaa. Kuninkaalliseen lauttaan liittyi 400 muuta laivaa, jotka esittelivät Caesarin egyptiläisten faaraoiden ylelliseen elämäntapaan.