Kirjoita tämän kappaleen jatko - Natsi-Saksan miehityksen aikana Puolassa
Toisessa maailmansodassa Weiglin tutkimukset herättivät natsien huomion. Kun he valloittivat Lvovin, he käskivät häntä perustamaan tifusrokotteen tuotantolaitoksen instituuttiinsa. Weigl palkkasi tuotantolaitokseen useita juutalaisia ystäviä ja opiskelijoita. Siellä työskenteli noin tuhat ihmistä. Weigl palkkasi ja suojeli puolalaisia älymystereitä, juutalaisia ja puolalaisen maanalaisen liikkeen jäseniä. Monet palkatut henkilöt auttoivat häntä tyyphus-tutkimuksessa ja täiden kanssa tehdyissä kokeissa. Monet hänen juutalaiset toverinsa auttoivat ensisijaisesti ruokkimaan täitä ja vastineeksi he saivat ruokaa, suojaa ja rokotteen annoksia, kun se oli täysin kehitetty. Hänen rokotteitaan salakuljetettiin Lvivin ja Varsovan ghettoihin, eri keskitysleireihin ja jopa joihinkin Gestapon vankiloihin. Weiglin arvioitiin pelastaneen noin 5 000 henkeä natsien aikana. Hänen instituutinsa suljettiin myöhemmin Neuvostoliiton vuonna 1944 suorittaman saksalaisvastaisen hyökkäyksen jälkeen.