Johnstonin johdolla armeija ryhtyi heti ensimmäiseen Manassasin taisteluun. Lokakuun 22. päivänä 1861 perustettiin virallisesti Pohjois-Virginian osasto, mikä lopetti virallisesti Potomacin armeijan. Departementti koostui kolmesta piirikunnasta: Aquia-piirikunnasta, Potomac-piirikunnasta ja Valley-piirikunnasta. Huhtikuussa 1862 osasto laajennettiin Norfolkin ja Virginian niemimaan osastoihin. Kenraali Johnston pakotettiin lopulta siirtämään armeijan etelään Richmondin puolustukseen.
Seitsemän mäntyjen taistelu.