Vuonna 2000 hänet palkattiin johtamaan Turkin jalkapallojoukkuetta. Turkki pääsi vuoden 2002 FIFA:n MM-kisoihin ja sijoittui kolmanneksi. Güneş voitti UEFA: n vuoden valmentaja -palkinnon vuonna 2002. Maailmancupin jälkeen hän sai monia tarjouksia Kreikasta, Brasiliasta ja Espanjasta, mutta hän halusi jäädä Turkkiin. Sen jälkeen, kun maajoukkue ei päässyt UEFA Euro 2004 -kisoihin
Güneş erotettiin johtajana.