Thomas vaihdettiin New York Islandersille 7. helmikuuta 2013 vastineeksi ehdollisesta toisella kierroksella joko vuonna 2014
tai vuonna 2015. Ennen vaihtoa Bruins oli erottanut Thomasin, koska hän ei ilmoittautunut harjoitusleirille. Thomas ei pelannut yhtään peliä Islandersin kanssa ennen kuin hänen sopimuksensa päättyi.