Historiallisesti eri kiinalaisia dynastioita on hallinnut osia nykyisestä Xinjiangista. Alue tuli nykyisen Kiinan hallinnon alaiseksi länteen suuntautuvan laajentumisen seurauksena.
Manchujen johtaman Qing-dynastian aikana 1700-luvulla, joka myös valloitti Tiibetin ja Mongolian. Xinjiang oli Qing-valtakunnan syrjäinen osa ja saavutti lyhyeksi ajaksi itsenäisyytensä Dunganin kapinan aikana (1862-1877).