Hän oli 1. tiedustelujoukkojen komentaja vuosina 1964-1966. Tammikuusta 1966 huhtikuuhun 1966 Babangida osallistui nuorempien upseerien kurssille Royal Armoured Centre -keskuksessa Yhdistyneessä kuningaskunnassa, jossa hän sai opetusta tykistölle ja Saladin-panssarivaunuille. Luutnantti Babangida oli 1. tiedustelujoukkueessa Kadunassa, ja hän oli todistaja vuoden 1966 verisen vallankaappauksen tapahtumista.
Se johti sir Ahmadu Bellon salamurhaan. Hän osallistui useiden Pohjois-Nigerian nuorten upseerien kanssa Murtala Mohammedin johtamaan heinäkuun vallankaappaukseen, joka syrjäytti kenraali Aguiyi Ironsin ja korvasi hänet kenraali Yakubu Gowonilla.