Vaikka hän oli saanut paljon kiitosta - siitä, miten hän hoiti valtion byrokratiaa vuoden 1906 katastrofin aikana.
Pardee jatkoi jännittyneitä suhteita Eteläisen Tyynenmeren rautateiden kanssa, joka oli ollut käynnissä 1890-luvulta lähtien, kun hän oli Oaklandin pormestari. Pardeen rooli kasvavassa progressiivisessa liikkeessä, joka ei luottanut suuryritysten monopoleihin, sekä hänen pyrkimyksensä säilyttää ja suojella valtion metsiä, pysyivät jatkuvana piikkinä Eteläisen Tyynenmeren johtajille. Pitkä, katkera taistelu Oaklandin satamaa vastaan, jossa Pardee väitti Oaklandin puolesta, että satama oli kunnallinen eikä yksityinen yhtiö, kesti suuren osan hänen kuvernöörinvaltansa. Kalifornian korkein oikeus ratkaisi asian vuonna 1906, ja se päätti Oaklandin hyväksi. Pardee kannusti myös uusien rautatieyritysten perustamista rikkoakseen Eteläisen Tyynenmeren monopolien.