Panetta nimitettiin CIA:n johtajaksi tammikuussa 2009 ja senaatti vahvisti hänet helmikuussa 2009. CIA:n johtajana Panetta valvoi operaatiota, joka sai alas kansainvälisen terroristin Osama bin Ladenin. 28. huhtikuuta 2011 Obama ilmoitti nimittävänsä Panettan puolustusministeriksi Robert Gatesin tilalle. Kesäkuussa senaatti vahvisti Panettan yksimielisesti ja hän astui virkaan 1. heinäkuuta 2011.
Tammikuu 2009