Arras-sopimus vaati kaikkia espanjalaisia joukkoja poistumaan maista. Sillä välin Filip pyrki yhdistämään koko Iberian niemimaan valtaansa, mikä on espanjalaisten kuninkaiden perinteinen tavoite. Mahdollisuus tuli vuonna 1578, kun portugalilainen kuningas Sebastian aloitti ristiretken Marokkoa vastaan. Se päättyi onnettomuuteen ja Sebastianin katoamiseen Kolmen kuninkaan taistelussa.
- Mitä? Hänen iäkäs setänsä Henrik hallitsi kuolemaansa asti vuonna 1580. Vaikka Filip oli jo pitkään valmistautunut Portugaliin valtaansa, hän piti silti välttämättömänä aloittaa Alvan herttuan johtaman sotilaallisen miehityksen. Filip otti Portugalin kuninkaan arvonimen, mutta muutoin maa pysyi itsenäisenä ja säilytti omat lainsääntönsä, valuutansa ja instituutionsa. Portugalin ulkopoliittinen riippumattomuus oli kuitenkin loppunut, eikä kahden maan välisiä suhteita koskaan lämmitetty.