Vuonna 1238 paavi Gregorius IX muodosti liiton Genovan ja Venetsian välillä keisarikuntaa vastaan ja näin ollen myös Pisaa vastaan. Vuotta myöhemmin hän erotti Fredrik II:n kirkonsa seurakunnasta ja kutsui Roomassa vuonna 1241 kokoukseen, jossa käytiin keskustelua keisarikuntaa vastaan. Toukokuun 3. päivänä 1241 Pisan ja Sisilian laivat hyökkäsivät keisarin poika Enzon johdolla Genovan saattueeseen, joka kuljetti prelaatteja Pohjois-Italiasta ja Ranskasta, Giglion saaren vieressä (Battle of Giglio
), Toscanan edessä; genovalaiset menettivät 25 laivaa, kun taas noin tuhat merimiestä, kaksi kardinaalia ja yksi piispa otettiin vankeiksi. Tämän suuren voiton jälkeen Rooman kirkolliskokous epäonnistui, mutta Pisa erotettiin kirkon jäsenyydestä. Tämä äärimmäinen toimenpide poistettiin vasta vuonna 1257. Toskanan kaupunki yritti kuitenkin hyödyntää suotuisaa tilannetta valloittaakseen Korsikan Aleria-kaupungin ja jopa piirittää Genovan itse vuonna 1243.