Comey syntyi 14. joulukuuta 1960 Yonkersissa, New Yorkissa, vanhemmista Joan Marie Comey (née Herald) ja J. Brien Comey. Hänen isoisänsä, William J. Comey, oli upseeri ja myöhemmin Yonkersin poliisilaitoksen komissaari. Perhe muutti Allendaleen, New Jerseyyn 1970-luvun alussa. Hänen isänsä työskenteli yrityskiinteistössä ja hänen äitinsä oli tietokonekonsultti ja kotiäiti.
Oikeustieteen tohtori (JD)