Niobiumia sisältäviä yhdisteitä esiintyy harvoin useimmilla ihmisillä, mutta jotkin niistä ovat myrkyllisiä ja niitä on käsiteltävä huolellisesti. Lyhytaikainen ja pitkäaikainen altistuminen niobiumiklorideille ja niobiumikloridille, kahdelle vedessä liukenevalle kemikaalille, on testattu rotteissa. Niobiumipentakloridin tai niobiumikloridin yhdellä injektiolla hoidetuilla rotteilla on tappava annos (LD 10 mg/kg ja 100 mg/kg välillä).
ei tunnettua biologista roolia