Holderin toimikauden perintö oli terrorismiapausten siirtäminen siviilituomioistuimiin. Holderin johdolla oikeusministeriö tuomitsi menestyksekkäästi monia terroristeja liittovaltion tuomioistuimessa.
1998 Itä-Afrikan pommitukset); ja Abu Hamza (al-Qaidan toimija). Faisal Shahzad (Times Squaren pommiyrittäjä) ja Omar Farouk Abdulmutallab (epäonnistunut "alushousu-pommiyrittäjä") myönsivät syyllisyytensä liittovaltion tuomioistuimessa ja tuomittiin elinkautiseen vankeuteen Holderin toimikauden aikana. Holderin toimikauden aikana muut terroristit - mukaan lukien Najibullah Zazi (joka suunnitteli New Yorkin metrohyökkäyksen) ja Ahmed Abdulkadir Warsame (al-Shababin kannattaja) - tunnustivat syyllisyytensä ja tekivät yhteistyötä hallituksen kanssa. Matt Olsen, joka oli National Counterterrorism Centerin johtaja vuosina 2011-2014, kirjoitti vuonna 2015: "Holder osoitti sinnikkyydellään terroristien syytteeseenpanon viisautta ja arvoa siviilituomioistuimissa ja vahvisti tätä lähestymistapaa tuleville hallintoille".