Hän palasi Mount Holyokeen vuonna 1872 opettamaan matematiikkaa ja luonnontiedettä ennen kuin hänestä tuli yliopiston voimistelunopettaja vuosina 1876-1891. Clapp jatkoi laajoja jatko-opintojaan Louis Agassiz's Anderson School of Natural History -koulussa Penikese Islandilla, Buzzard's Bay, MA: ssa vuonna 1874. Hän omaksui Agassiz'in sanonnan "Study nature, not books!" ja sovelsi sitä omaan opetukseensa. Hän esitteli tietämyksensä Mount Holyokeen embryologian kurssin kautta, joka korvattiin ulkomailta peräisin olevilla yksilöillä. Yhdessä muiden New Englannin entomologeiden kanssa Clapp keräsi hyönteisiä New Hampshiren White Mountainsista kesällä 1875 ja Atlantin puolivälistä vuonna 1877.
New Hampshiressä