Kirjoita jatko tähän kappaleeseen - "Daedalusista" Kelly siirtyi 64-tykkijoukkojen ylimmäiseksi luutnanttiksi maaliskuussa 1810. "Polyphemus" oli varamiraali Bartholomew Rowleyn lippulaiva, joka kuoli lähetystyön aikana. Kelly lähetettiin kotiin lähetysten kanssa. Hän johti 18-kannulia purjehtijaa Javan hyökkäyksen aikana.
Hänet ylennettiin komentajaksi 28. marraskuuta 1811. Sitten hän vietti jonkin aikaa puolen palkalla ilman aktiivista työtä, vaikka hän pyysi amiraliteettia lähettämään hänet 1812: n sodan aikana ja lordi Exmouthin retkellä Algieriin.