Viitataan alla olevaan kohtaan ja vastataan kysymykseen sen jälkeen samalla kielellä kuin kohtaa:  Läpäisy: Elektronin aallon vuorovaikutus näytteen kristallografisen rakenteen kanssa on monimutkainen, mutta vuorovaikutuksen laadullinen käsitys voidaan saada helposti. Jokainen kuvauselektroni vuorovaikuttaa itsenäisesti näytteen kanssa. Näytteen yläpuolella oleva elektronin aalto voidaan lähestyä näytteen pinnalle kohdistuvana tasovaallona. Kun se tunkeutuu näytteeseen, sen vetävät puoleensa atomiyhdisteiden positiiviset atomipotentiaalit ja kanavat kristallografisen verkoston atomipilareiden varrella (s-tila malli). Samaan aikaan eri atomipiirien elektroniaallon välinen vuorovaikutus johtaa Braggin difraktioon. Täsmällinen kuvaus elektronien dynaamisesta hajoamisesta näytteessä, joka ei täytä heikon vaiheisen kohteen lähestymistapaa (WPOA), joka on lähes kaikki todelliset näytteet, on edelleen elektronimikroskopian pyhä graali. Sähkömikroskoopin kuvantamisen fysiikka on kuitenkin riittävän tunnettu, jotta elektronimikroskoopin kuvantaminen voidaan simuloida tarkasti. Kristallinäytteen kanssa tapahtuvan vuorovaikutuksen tuloksena elektronit poistuvat näytteen alapuolella olevasta aallosta φe(x,u) tilakoordinaatista x riippuen, joka on tasaisen aallon ja monen diffraktoituneen säteen superposiointi, joilla on eri tason tilalliset taajuudet u (tilalliset taajuudet vastaavat hajoamiskulmia tai säteiden etäisyyksiä optisesta akselista tasaisessa diffraktiossa). Vaihtomuutos φe(x,u) suhteessa törmäysaallon huipulle atomipylväiden sijainnissa. Lähtöaalto kulkee nyt mikroskoopin kuvantamisjärjestelmän läpi, jossa se muuttuu edelleen ja häiritsee kuvataallon muodossa kuvantamisasennossa (enimmäkseen digitaalinen pikselianturi, kuten CCD-kamera). On tärkeää ymmärtää, että tallennettu kuva ei ole suora kuvaus näytteen kristallografisesta rakenteesta. Esimerkiksi korkea intensiteetti saattaa tai ei ehkä ilmaista atomipiirin läsnäoloa kyseisessä paikassa (ks. simulointi). Lähtöaallon ja kuvan välinen suhde...  Kysymys: Millaisen rakenteen elektronilla on tällaisessa näytteessä?
kristallografinen