Kirjoita jatko tähän kappaleeseen - Itsenäisyyssota
Se vaikutti vakavasti tiedekunnan akateemiseen henkilöstöön, joista osa muutti maahan, kun taas toiset vangittiin. Vuonna 1848 suunnitellut pitkän aikavälin kehittämissuunnitelmat oli poistettava agendalta pitkäksi aikaa. Tämän taantumuksellisen ajanjakson aikana tapahtui kuitenkin jonkin verran nykyaikaistamista; vuodesta 1850 lähtien lukion valmistuminen tuli pakolliseksi yliopistoon pääsemiseksi. Vaikka lääkärit koulutettiin edelleen yhdeksässä osastossa, kirurgisen maisteriohjelman, joka oli aiemmin jatkuvasti täytetty kapasiteetilla, kuihtui ja lopulta lopetettiin. Vuonna 1872 kirurgiset killat myös purettiin.