Kounotori 2:n ollessa ISS:ssä, M-9.0 maanjäristys
tapahtui 11 päivänä maaliskuuta 2011. Tsukuban maanpäällinen ohjauskeskus vahingoittui, ja valvonta oli väliaikaisesti luovutettava NASA:lle. Operaation ohjaushuone aloitti toimintansa uudelleen 22. maaliskuuta 2011.