Hän vieraili myös konfliktialueilla auttamaan haavoittuneiden hoidossa. Hän sai kaksi lonkkamurtumaa Seven Pinesin taistelussa.
31. toukokuuta 1862, joka jätti hänet pysyväksi limpuudeksi. Hänet nimitettiin ja hän sai yli vuosisadan kuluttua Konfederaation kunniamitalin. Tänä aikana hänelle annettiin lempinimi "Eteläisen Florence Nightingale". Samana vuonna Konfederaatio yhdisti pienempien sairaaloiden potilaat suurempiin laitoksiin muualla. Wilsonin hyökkäys Alabamaan maalis- ja huhtikuussa 1865 pakotti Hopkinsit pakenemaan osavaltiosta ja turvautumaan Newmaniin, Georgiassa.