Sun Yat-sen asui erämaassa Japanissa. Häntä tuki japanilainen poliitikko Tōten Miyazaki. Suurin osa Sunin kanssa aktiivisesti työskennelleistä japanilaisista oli motivoitunut Länsi-imperialismin pan-aasialaiseen vastustukseen. Japanissa ollessaan Sun tapasi ja ystävystyi myös Mariano Poncen kanssa, joka oli tuolloin Filippiinien ensimmäisen tasavallan diplomaatti. Filippiinien vallankumouksen ja Filippiinien-Amerikan sodan aikana
Sun auttoi Poncea hankkimaan aseita japanilaiselta armeijalta ja lähettämään aseet Filippiineille. Auttamalla Filippiinien tasavaltaa Sun toivoi, että filippiiniläiset voittaisivat itsenäisyytensä, jotta hän voisi käyttää saaristosta uuden vallankumouksen aloituspisteenä. Kuitenkin kun sota päättyi heinäkuussa 1902, Yhdysvallat voitti kolmivuotisen sodan tasavaltaa vastaan. Siksi Filippiinien unelma itsenäisyydestä hävisi, kun Sun toivoi liittoutuvansa Filippiinien kanssa Kiinan vallankumouksessa.