Persianlahden sodan jälkeen terroristi-iskuilla oli suuri vaikutus CENTCOMin joukkoihin. Kohdatessaan sellaisia hyökkäyksiä kuin Khobar Towersin pommitus vuonna 1996, jossa kuoli 19 amerikkalaista lentäjää, komento käynnisti Operation Desert Focus -operaation, jonka tarkoituksena oli siirtää Yhdysvaltojen asennukset puolustettavampiin paikkoihin (kuten Prince Sultanin lentotukikohtaan), vähentää Yhdysvaltojen etenemistä "jalanjäljellä" poistamalla epäolennaiset asuntolat ja palauttaa riippuvaiset Yhdysvaltoihin. Vuonna 1998 terroristit hyökkäsivät Yhdysvaltain suurlähetystöihin
Keniaan ja Tansaniaan, 250 ihmistä kuoli, mukaan lukien 12 amerikkalaista. Lokakuun 2000 hyökkäys USS "Cole" -alukseen, jossa kuoli 17 amerikkalaista merimiestä, oli yhteydessä Osama bin Ladenin Al-Qaidan järjestöön.