10. vuosisadan lopussa nykyinen Pohjois-Makedonian tasavalta tuli ensimmäisen bulgarialaisen valtakunnan poliittiseksi ja kulttuuriseksi sydämeksi, kun Bysantin keisari Johannes I Tzimiskes valloitti Bulgarian valtion itäosan 970-971 Venäjän-Bysantin sodan aikana. Bulgarialainen pääkaupunki Preslav ja bulgarialainen tsaari Boris II vangittiin, ja kun bulgarialaiset kunniamerkit asetettiin Hagia Sofian kirkkoon, Bulgaria liitettiin virallisesti Bysantin valtakuntaan. Uusi pääkaupunki perustettiin Ohridiin, josta tuli myös Bulgarian patriarkaatin keskus. Uusi dynastia, Comitopuli-dynastia tsaari Samuilin ja hänen seuraajiensa johdolla, jatkoi vastarintaa bysanttilaisia vastaan vielä useita vuosikymmeniä, ennen kuin se myös antautui
1018-luvulla. Bulgarian läntinen osa, mukaan lukien Makedonia, otettiin osaksi Bysantin valtakuntaa Bulgarian maakunnaksi (Bulgarian teema) ja Bulgarian patriarkaatti alennettiin arkkipiispakuntaan.