Maalla Alexejevillä oli vakavia ja jatkuvia erimielisyyksiä kenraali Kuropatkinin, entisen sota-ministerin, kanssa Japania vastaan käytetystä strategiasta. Aleksejev pakotti Kuropatkinin ottamaan aggressiivisemman asenteen, vaikka Kuropatkin vaati puolustussotaa loppuun saakka, kunnes Transsiiberian rautatie oli valmis, mikä toisi lisäjoukkoja ja tarvikkeita. Tsaarin suoran käskyn mukaisesti Aleksejev lähti Port Arthurista 5. toukokuuta 1904 Mukdeniin.
5.-17. lokakuuta 1904, New Style), vapautettiin komennostaan ja käskettiin palaamaan Pietariin 12. lokakuuta 1904.