Indonesian koko, trooppinen ilmasto ja saariston maantiede tukevat korkeatasoista biologista monimuotoisuutta. Sen kasvisto ja eläimistö on sekoitus Aasian ja Australasian lajeja. Sunda-alustan saaret (Sumatra, Java, Borneo ja Bali) olivat kerran yhteydessä Aasian mantereeseen ja niillä on runsaasti Aasian eläimiä. Suuret lajit, kuten Sranumaterin tiikeri, sarvikuono, orangutan, Aasian norsu ja leopardi, olivat kerran runsaasti niin kaukana itään kuin Bali, mutta niiden lukumäärä ja jakautuminen ovat vähentyneet dramaattisesti. Sulawesi, Nusa Tenggara ja Maluku <unk> ovat pitkään olleet erillään maanosista <unk> ovat kehittäneet oman ainutlaatuisen kasvisto ja eläimistö. Papua oli osa pienempää australialaista maa-aluetta, ja se on koti ainutlaatuiselle eläimistöstä ja kasvisto, joka liittyy läheisesti Australian mantereeseen, mukaan lukien yli 600 lintulajia.
70 prosenttia