Niko Kovač jätti Bayern Munchenin 3. marraskuuta 2019 yhteisymmärryksellä Eintracht Frankfurtille 5: 1 tappion jälkeen. Hänen avustajansa Hansi Flick ylennettiin väliaikaiseksi valmentajaksi. Ensimmäisessä ottelussa Bayern voitti Olympiakosin 2:0 UEFA-mestarien liigan ryhmävaiheessa 6. marraskuuta 2019. Huhtikuussa 2020 Bayern München nimitti Flickin pysyväksi valmentajaksi sopimuksella vuoteen 2023 saakka. Flick johti Bayernia menestyksekkäästi voittamaan Bundesligan, DFB-Pokalin ja UEFA: n mestaruuskilpailun. Seuraavana kaudella hän johti Bayernin voittamaan UEFA: n Super Cupin 2020.
Sevillaa vastaan. Hän johti myös Bayernia voittamaan ensimmäisen kuusinkertaisen mestaruutensa, kun se voitti klubipalkinnon helmikuussa 2021 lyömällä Meksikon Tigresin.