Ptolemaios XIII oli yhä päättänyt syrjäyttää Kleopatra VII:n, ja liittoutui Arsinoe IV:n kanssa. Yhdessä he järjestivät heille uskollisen armeijan ryhmittymiä vastustamaan Kleopatra VII:lle uskollisia ja suhteellisen pientä osaa hänen armeijastaan, joka oli seuranut Caesaria Egyptiin. Taistelu taistelevien ryhmien välillä tapahtui joulukuun puolivälissä vuonna 48 eaa. itse Aleksandrian sisällä (Siege of Alexandria (47 eaa.)
), joka kärsi vakavia vahinkoja. Noin samaan aikaan tapahtui Alexandrian kirjaston polttaminen.