Amerillä oli johtava rooli sotilaallisessa vallankaappauksessa, joka kaatoi kuningas Faroukin vuonna 1952 ja toi kenraali Muhammad Naguibin ja eversti Gamal Abdel Nasserin valtaan. Seuraavana vuonna Amer ylennettiin suoraan majurista kenraalimajuriin, ohittaen neljä sotilasarvoa, ja hänestä tuli Egyptin päällikkö. Vuonna 1956 Amer nimitettiin Egyptin ja Syyrian perustaman yhteisen sotilaskomennon ylipäälliköksi. Hän johti myös Egyptin joukkoja sekä Israelin että liittolaisten britti-ranskalaisia joukkoja vastaan Suezin sodassa vuonna 1956.
- Mitä? Taistelujen päätyttyä Amer syytti Nasseria tarpeettoman sodan provosoinnista ja syytti sitten armeijaa lopputuloksesta. Nasserin edustajana Syyriassa, Amer pidätettiin kapinallisten toimesta vuoden 1961 Syyrian vallankaappauksessa ja lähetettiin takaisin Kairoon.