Lima sai arvostusta sen jälkeen, kun se nimitettiin Perun varakuningaskunnan pääkaupungiksi ja "Real Audiencia" -paikaksi vuonna 1543. Seuraavan vuosisadan aikana se kukoisti laajan kauppaverkoston keskuksena, joka yhdisti varakuningaskunnan muihin Amerikan maihin, Eurooppaan ja Kaukoitään. Kaupunki ei kuitenkaan ollut vailla vaaroja; merirosvojen ja yksityiskansalaisten läsnäolo Tyynenmeren alueella johti Liman muurien rakentamiseen vuosien 1684 ja 1687 välillä. Perun maanjäristys vuonna 1687
Maanjäristys oli käännekohta kaupungin historiassa, sillä se tapahtui samaan aikaan kuin kaupankäynnin taantuma ja talouskilpailu Buenos Airesin kaltaisten kaupunkien kanssa.