Hänet valittiin Copa América Centenario -kisojen maajoukkueeseen.
Hän oli osa Argentiinan joukkuetta, joka pääsi finaaliin. Puolustaja pelasi finaalissa, jossa Chile voitti 4<unk>2 rangaistuksilla, kun ottelu päättyi maalittomaksi tasapeliksi. Häntä ei valittu ensimmäisiin neljään rangaistuksen ottamaan. Funes Mori teki ensimmäisen kansainvälisen maalinsa 6. lokakuuta 2016 Perun vastaisessa 2: 2 -ottelussa, jossa hän myönsi myös myöhäisen rangaistuksen.