Pompeiuksen oma poika asetettiin laivaston komentajaksi yrittäessään aiheuttaa laajalle levinneen nälänhädän Italiassa. Pompeiuksen hallinta merestä sai hänet ottamaan nimen Neptunius filius, "Neptunuksen poika". Väliaikainen rauhansopimus saavutettiin vuonna 39 eaa. Misenum-sopimuksella; Italian saarron poistettiin, kun Octavianus oli myöntänyt Pompeiukselle Sardinian, Korsikan, Sisilian ja Peloponneksen, ja varmistettiin hänelle tulevaisuuden asema konsuliksi vuoteen 35 eaa. Sextus Pompeius ja Pompeius alkoivat kuitenkin kieltää Octavianuksen viljelyä Octavianuksen ja Scriboniaan vuonna 38 eaa.
Yksi Pompeiuksen laivaston komentajista petti hänet