Vuonna 1933, sen jälkeen kun natsit ottivat vallan, Baeck työskenteli puolustaakseen juutalaista yhteisöä presidenttinä Reichsvertretung der Deutschen Juden -järjestössä, joka yhdisti Saksan juutalaiset vuodesta 1933 vuoteen 1938. Kun Reichsvertretung purettiin marraskuussa
Natsit kokoasivat neuvoston jäsenet hallituksen alaisuuteen. Leo Baeck johti tätä järjestöä presidenttinä karkotukseen asti. 27. tammikuuta 1943 hänet karkotettiin Theresienstadtin keskitysleiriin.