Hänen isänsä muutti sitten Kolumbiaan 5-vuotiaana. Nimi Shakira on arabiaksi "kiitollinen", Shakir-nimen feminiini muoto. Äidiltään hänellä on espanjalainen (katalan ja kastiljalainen) ja italialainen esi-isä. Hänet kasvatettiin katolilaiseksi ja kävi katolisia kouluja. Hänellä on kahdeksan vanhempaa veliveljeä isänsä aiemmasta avioliitosta. Shakira vietti suuren osan nuoruudestaan Barranquilla'ssa, Kolumbian pohjoisrannikolla sijaitsevassa kaupungissa, ja kirjoitti ensimmäisen runonsa nimeltä "La Rosa De Cristal/The Crystal Rose", kun hän oli vain neljävuotias.
vuohi