Nesta aloitti seuraavan kauden lyömällä entisen joukkueensa Laziota ja voittaen vuoden 2004 Supercoppan.
- Mitä? Milan pääsi myös Champion's League -finaaliin vuonna 2005, häviämällä Liverpoolille rangaistuspotkuissa, kun taas Serie A: ssa he päätyivät mestari Juventusin jälkeen. Vaikka hän pääsi toiseksi sekä Serie A:ssa että Mestarien liigassa, Nesta valittiin vuonna 2005 FIFPro World XI:ään ensimmäistä kertaa urallaan.