Vuonna 1986 Andretti joutui onnettomuuteen Indianapolisissa.
Hän joutui lähtemään varoautolla. Hän lopetti 32. sijassa. Andretti voitti kaksi kisaa ja sijoittui viidenneksi pisteissä. Vuonna 1987 joukkue siirtyi Ilmor Chevy Indy V-8 -moottoripyörään. Andretti voitti kauden avajaiset Long Beachilla. Andretti voitti vielä yhden kilpailun, mutta kärsi enemmän pettymyksistä kuin menestyksistä, mukaan lukien toinen tappio Indyssa.