Vuonna 1798 Jourdan nimitti hänet tarkkailuarmeijan päälliköksi. Ernouf oli tarkkailuarmeijan kanssa, kun se ylitti Reinin, mitä brittiläiset historioitsijat ovat kutsuneet Campo Formion sopimuksen rikkomiseksi, mikä johti toisen koalition sotaan. 2. maaliskuuta armeijan nimi muutettiin Tonavan armeijaksi, ja se marssi Ylä-Svabiaan, jossa se taisteli arkkiherttua Kaarle Habsburgin joukkoja vastaan Ostrachissa 21. maaliskuuta ja uudelleen 25. maaliskuuta Stockachissa. Molemmissa taisteluissa Habsburgien miehistö, joka oli kolme kertaa enemmän kuin ranskalaiset ja kaksi kertaa enemmän kuin ranskalaiset, ylitti ranskalaiset linjat; armeijan komentaja Jourdan ei kyennyt keskittämään joukkojaan riittävästi vastustamaan Habsburgien joukkoja ja vetäytyi Mustan Metsän puoleen maaliskuun lopussa. Ernouf otti Tonavan armeijan komennon, kun taas Jourdan palasi Pariisiin pyytämään lisää joukkoja. Hänet korvattiin Tonavan armeijan komentajana André Masséna ja toimi Massenan päällikönä Sveitsin kampanjassa 1799, jonka aikana hän näki toimintaa Zürichissä ja Keski- Sveitsissä; hän oli jälleen Zürichissä
Ranskan voitosta Aleksandr Rimski-Korsakovia vastaan.