Kaksi kautta Coyotesin kanssa Boynton vaihdettiin
2008 NHL Entry Draft yhdessä Keith Ballardin kanssa ja Florida Panthersin toisen kierroksen valinta Olli Jokinenille 20. kesäkuuta 2008. Vuosina 2008-09 Boynton saavutti pisteensä takaisin ja keräsi Panthersille 21 pistettä 68 ottelussa. Kauden aikana 27. helmikuuta 2009 Boynton lähetettiin kotiin Panthersin maantiekulusta ja jäi pois kolmesta pelistä kurinpidollisista syistä, jotka paljastuivat myöhemmin kiistan jälkeen valmentaja Peter DeBoerin kanssa.