Monet uudemmat luokitukset pyrkivät esittämään monofileettisiä ryhmiä, jotka perustuvat morfologisiin (erityisesti ultrastruktuurisiin), biokemiallisiin (kemotaksonomian) ja DNA-sekvenssin (molekyylialan tutkimuksen) tietoihin. Kuitenkin molekyyli- ja morfologisten tutkimusten välillä on joskus ristiriitoja; nämä voidaan luokitella kahteen tyyppiin: (i) yksi morfologia, useita sukupolvia (esim. morfologinen lähentyminen, salaperäiset lajit) ja (ii) yksi sukupolvi, useita morfologioita (esim. fenotyyppinen plastisuus, useita elinkaaren vaiheita). Koska protistit kokonaisuutena ovat parafileettisiä järjestelmiä, on usein helpompi jättää tai jakaa kuningaskunnan, sen sijaan, että protistiryhmät käsitellään erillisinä eukotoottisina eukotootteina.
ei monofileettinen