Biotooppi-akvaario on erityisen luonnonympäristön muokkaus. Jotkut suosituimmista biotoopeista ovat Amazonin ja Rio Negron makean veden elinympäristöt, Malawin järven ja Tanganjanikan järven Afrikan repeämäjärvien ympäristö, ja Australian, Punaisenmeren ja Karibian suolaveden koralliriutat. Kalat, kasvit, substraatti, kivet, puu, koralli ja muut näyttelyn osatekijät tulisi täysin sopia paikallisen luonnonympäristön kanssa. Tällaisten ympäristöjen muokkaaminen voi olla haaste, ja useimmissa "todellisissa" biotoopeissa on vain muutamia (jos ei vain yhtä) kala- ja selkärangattomien lajeja.
suolaveden koralliriutat