Antibioottien valinta riippuu aluksi sairastuneen henkilön ominaisuuksista, kuten iästä, taustalla olevasta terveydestä ja infektioiden saannin paikasta. Antibioottien käyttö liittyy myös haittavaikutuksiin, kuten pahoinvointiin, ripuliin, huimaukseen, vääristymiseen tai päänsärkyyn. Yhdistyneessä kuningaskunnassa suositellaan amoksicilliinin käyttöä ennen hoidon tuloksia, kun yhteisössä esiintyvä keuhkokuume, doxycycline tai clarithromycin vaihtoehtoisina. Pohjois-Amerikassa, jossa yhteisössä esiintyvä keuhkokuume on lisääntynyt, antibioottien lisääntynyt käyttö voi kuitenkin johtaa antimikrobiaalisesti resistenttien bakteereihin liittyvien bakteerien kehittymiseen.
kolmannen ja neljännen sukupolven kefalosporiinit, karbapenemit, fluorokinolonit, aminoglykosidit ja vankomysiini