Quezadaista tuli kansallinen sankari, kun hän auttoi lopettamaan sisällissodan.
Se tuhosi hänen maansa 36 vuotta. Hän johti kahta järjestöä, joilla oli tärkeä rooli rauhansopimuksen muodostamisessa: kansallisen sovittelukomitean, jonka hän johti vuosina 1987-1993, ja kansalaisyhteiskunnan kokouksen, jonka hän johti vuosina 1994-1996. Hän oli myös virallinen sovittelija hallituksen ja kansallisen vallankumouksellisen yksikön gerilien välillä (1990-1994). Hänen avustajansa rauhanprosessissa, piispa Juan Gerardi, murhattiin huhtikuussa 1998.