Arévalon ja Árbenzin edistyksellinen politiikka sai United Fruit Companyn lobbaamaan Yhdysvaltojen hallitusta heidän kukistamisekseen, ja USA:n suunnittelema vallankaappaus vuonna 1954 lopetti vallankumouksen ja asetti sotilasvallan. Tätä seurasivat muutkin sotilashallitukset, ja se aiheutti sisällissodan.
Se kesti vuodesta 1960 vuoteen 1996. Sodassa rikottiin ihmisoikeuksia, mukaan lukien armeijan suorittama kansanmurha alkuperäiskansojen, maian, väestöstä. Sodan päättymisen jälkeen vuonna 1997 Guatemala palautti edustuksellisen demokratian. Sen jälkeen se on kamppaillut oikeusvaltioperiaatteen noudattamisen valvonnan puolesta ja kärsii korkeasta rikollisuusasteesta ja jatkuvista laittomista teloituksista, joita turvallisuusjoukot usein suorittavat.