Vuoden 2011-12 kaudella entinen pelaaja Diego Simeone johti Atlétiota toiseen Europa League -mestaruuteensa kolmen vuoden aikana sen perustamisen jälkeen, kun he voittivat Athletic Bilbaon 3-0 finaalissa 9. toukokuuta 2012 Bukarestissa. Radamel Falcao teki kaksi maalia ja Diego kerran. Jälleen voittamalla Europa League, he pääsivät UEFA Super Cup 2012
Chelsea vastaan, joka voitti edellisen kauden Mestarien liigan, joka pelattiin Monacossa 31 päivänä elokuuta 2012. Atlético voitti 4-1, mukaan lukien Falcaon tekemä hat-trick ensimmäisellä puoliajalla. 16. toukokuuta 2013 Atlético voitti Real Madridin 2<unk>1 Copa del Rey -finaalissa, jännittävässä ottelussa, jossa molemmat joukkueet päätyivät kymmenellä miehellä. Tämä lopetti 14-vuotisen ja 25-ottelun voitoton sarjan Madridin derbyssä.