Zubtsov mainittiin ensimmäisen kerran kronikassa vuonna 1216. Koska se sijaitsi Volgalla, se hallitsi yhtä versioista kauppareittiä varjoilta kreikkalaisille. Keskiajalla se oli Tverin ruhtinaskunnan raja- linnoitus. Vuosina 1318 ja 1460 oli olemassa erillinen Zubtsovin ruhtinaskunta, jonka istuin oli Zubtsovissa. Se oli alistettu Tverin ruhtinaskuntaan. Vuonna 1460 se lakkautettiin ja yhdistettiin takaisin Tverin ruhtinaskuntaan. Moskovan suurherttuakunta liitti sen muuhun Tverin ruhtinaskuntaan vuonna 1485. Myöhemmin kaupunki oli tärkeä pääasiassa pellavankauppamarkkinoina. Sen neoklassinen katedraali rakennettiin vuonna 1801.
1485 muutettu