Kuuden vuoden aktiivisen palveluksen jälkeen, mukaan lukien sotilaspoliisi, Hatton liittyi FBI:hen New Orleansissa vuonna 1985 ja työskenteli lyhyesti pienessä Louisianan toimistossa. Vuonna 1991 hänet määrättiin New Yorkiin pankkiryöstöjutun tutkijaksi. Leonard Hattonin päätyö oli FBI:n räjähteiden ja todisteiden talteenoton asiantuntija, - jossa hän työskenteli kuolemaansa asti. Lisäksi hän selvitti useita korkean profiilin pankkiryöstö- ja kidnappauskysymyksiä. Hän tutki kansainvälisiä terrori-iskuja, kuten vuoden 1993 World Trade Centerin pommitusta, vuoden 1998 Yhdysvaltain suurlähetystön pommituksia ja vuoden 2000 USS Cole -pommitusta.
- Mitä? Kolme kuukautta ennen syyskuun 11. päivän iskuja hän oli todistanut islamilaisen terroristijärjestön al-Qaidan seuraajan oikeudenkäynnissä.