Tammikuussa 1966 hänestä tuli Nigerian nuorin sotilaspäällikkö 31-vuotiaana, koska sotilasvallankaappaus
Johtaja Chukwuma Kaduna Nzeogwun alaisten upseerien ryhmä johti Nigerian siviilihallituksen kaatumiseen. Tämän vallankaappauksen aikana kuoli enimmäkseen pohjoisen ja lännen johtajat, mukaan lukien Nigerian pääministeri Abubakar Tafawa Balewa, Sokoton Sardauna ja pohjoisen alueen pääministeri Sir Ahmadu Bello, lännen alueen pääministeri Samuel Akintola, everstiluutnantti Arthur Unegbe ja monet muut. Silloin everstiluutnantti Gowon palasi kurssiltaan Latimerissa kaksi päivää ennen vallankaappausta - myöhäinen saapuminen, joka mahdollisesti vapautti hänet salaliittolaisista. Menestys 1900-luvun maailmanasioissa vuodesta 1919 lähtien ja kenraalimajuri Johnson Aguiyi-Ironsin (joka oli valtionpäämies tammikuun 1966 vallankaappauksen jälkeen) epäonnistuminen pohjoisen vaatimusten täyttämisessä vallankaappauksen juonittajien syytteeseenpanosta sytytti edelleen pohjoisen vihaa. Vallankaappauksen suunnittelijoille oli merkittävää tukea sekä itäiseltä alueelta että lähinnä vasemmistolaisesta "Lagos-Ibadan" lehdistöstä.