Kun nykyajan olympialaiset alkoivat vuonna 1896, aloittelijat ja järjestäjät etsivät suurta suosittua tapahtumaa, joka muistuttaisi muinaisen Kreikan kunniaa. Ajatus maratonkilpailusta sai alkunsa Michel Bréalista, joka halusi, että kilpailu sisällytetään ensimmäisiin nykyajan olympialaisiin vuonna 1896 Ateenassa. Tätä ajatusta tuki voimakkaasti Pierre de Coubertin, nykyajan olympialaisten perustaja, sekä kreikkalaiset. Kreikkalaiset järjestivät valintakilpailun olympialaisten maratonille 22. maaliskuuta 1896 (Gregorian), jonka voitti Charilaos Vasilakos 3 tunnissa ja 18 minuutissa (olympialaisten maratonin tulevan voittajan, Spyridon "Spyros" Louis, tuli viidenneksi toisessa kilpailussa kaksi viikkoa myöhemmin). Ensimmäisen olympiamaratonin voitti 10. huhtikuuta 1896 Spyridon Louis, kreikkalainen vesikuljettaja, 2 tunnissa 58 minuutissa ja 50 sekunnissa. Vuoden 2004 kesäolympialaisten maratoni
kilpailu ajettiin perinteisellä reitillä Marathonista Ateenaan ja päättyi Panathinaikon stadionille, joka oli vuoden 1896 kesäolympialaisten paikka. Miesten maratonin voitti italialainen Stefano Baldini 2 tunnissa 10 minuutissa ja 55 sekunnissa, joka oli ennätysaika tähän reittiin ennen kuin ei-olympialaiset Ateenan klassinen maraton vuonna 2014, jolloin Felix Kandie alensi kurssin ennätystä 2 tuntiin 10 minuuttiin ja 37 sekuntiin.