Martínez aloitti kauden 2013/14 vaihtopenkillä uuden managerin Pep Guardiolan johdolla. 30 päivänä elokuuta 2013 samana vuonna
Hän otti pelipaikan peliä vastaan Chelseaa vastaan ja teki tasapainottajan maalin lisäajan viimeisellä minuutilla, kun Baijerit voitti palkinnon Prahassa rangaistuspotkujen jälkeen. Martínez lopetti kauden yhdellä maalilla 34 ottelussa.