Zebley oli FBI:n erikoisagentti, joka työskenteli FBI:n terrorisminvastaisessa osastossa seitsemän vuotta. FBI-agenttina Zebley tutki al-Qaidan pommi-iskuja Yhdysvaltain suurlähetystöihin Itä-Afrikassa.
Vuonna 1998 ja syyskuun 11. päivän hyökkäysten jälkeen - hänet määrättiin FBI:n PENTTBOM-ryhmään, - joka tutki hyökkäyksistä vastuussa olevia terroristeja. Zebley oli mukana pidätysryhmässä, joka vangitsi yhden suurlähetystön pommittajista, Khalfan Khamis Mohamedin, lokakuussa 1999 Etelä-Afrikassa Kapkaupungissa. Zebley oli yksi tutkijoista, jotka rakensivat tapauksen Zacarias Moussaouia vastaan, joka lopulta tuomittiin elinkautiseen vankeuteen. Zebley oli Moussaouin rangaistusta koskevassa oikeudenkäynnissä todistajana, ja hän todisti, miten Moussaouin tunnustaminen vuonna 2005 olisi voinut auttaa jäljittämään syyskuun 11. päivän kaappauksia kuukautta ennen hyökkäyksiä, jos hän olisi antanut totuudenmukaisia tietoja ensimmäisessä pidätyksessään.