Toisen maailmansodan syttyessä Jauer toimi sotilasupseerina ja rykmentin komentajana. Huhtikuussa 1943 hänet nimitettiin 20. moottorisoidun jalkaväki- ja 20. panssari-granadiirijoukkojen komentajaksi ja osallistui Kamenets-Podolskin taskun taisteluun. Sitten hän johti 25. panssaridivisioonaa Kievin taistelussa.
- Mitä? 12. maaliskuuta 1945 hän otti komennon "Panzer Corps Großdeutschland", jonka kanssa hän antautui.