Kesäkuussa 2014 FIFA:n eettinen komitea kielsi Beckenbauerin 90 päiväksi osallistumasta mihin tahansa jalkapalloon liittyvään toimintaan, koska hän väitettiin kieltäytyneen yhteistyöstä vuoden 2018 ja 2022 MM-kisojen jakamiseen liittyvän korruption tutkimuksessa.
Venäjälle ja Katariin. Hän vastusti kieltoa, koska hän oli pyytänyt, että hänelle esitetyt kysymykset olisivat saksaksi ja kirjallisesti. Kielto kumottiin, kun Beckenbauer suostui osallistumaan FIFA:n tutkintaan. Helmikuussa 2016 Beckenbauer sai 7 000 CHF:n sakot ja FIFA:n eettinen komitea varoitti häntä siitä, ettei hän ollut yhteistyössä tutkimuksen kanssa vuonna 2014.