Stein syntyi Nathan Stein ja Anna Hirschler, juutalainen pari asuu Budapestissa Itävalta-Unkarin valtakunnassa. Hänen vanhempansa ja hänen sisarensa säilytti juutalaisen uskonsa, mutta Stein ja hänen veljensä, Ernst Eduard, kastettiin luterilaisia, ilmeisesti vapauttaa heidät antisemitismin, joka olisi kieltänyt heille pääsyn koulutukseen ja edistymiseen. Kotona perhe puhui saksaa ja unkarilaista, kieli unkarilainen kansallismielinen elpyminen 1800-luvulla, ja Stein oli ylpeä tästä perinnöstä loppuelämänsä. Hän osallistui katolinen ja luterilainen salilla Budapestin, jossa hän oppi kreikan, latinan, ranskan, englannin ja punja ennen edistyneitä opintoja yliopistoissa Wienissä, Leipzigissä ja Tübingenissä. Hän opiskeli sanskrittia ja persiaa ja sai Ph.D. vuodesta 1883. Vuonna 1884 hän meni Lahoreen ja hänen veljensä, Ernst Eduard, kastettiin luterilaisia, ilmeisesti vapauttaa heitä antisemitismin, joka olisi kieltänyt heille pääsy koulutukseen ja edistymiseen
Kreikan, latinan, ranskan ja englannin