Mayorkas oli presidentti Obaman siirtymätiimin jäsen ennen virkaan astumista.
Tammikuussa 2009, jossa hän johti tiimiä, joka oli vastuussa Yhdysvaltain oikeusministeriön rikosososastosta. Presidentti Obama nimitti Mayorkasin Yhdysvaltain kansalaisuus- ja maahanmuuttoviraston (USCIS) johtajaksi. 20. toukokuuta 2009 senaatti vastaanotti nimityksen; 7. elokuuta 2009 senaatti vahvisti nimityksen äänioikeudella. USCIS:n johtajana Mayorkas johti Yhdysvaltojen kansalaisuutta johdon tehokkuuden ja finanssivastuun kautta ja turvasi maahanmuuttojärjestelmän eheyden. Hän toteutti DACA-prosessin 60 päivässä. Hän johti Yhdysvaltain hallituksen ponnisteluja orpojen lasten pelastamiseksi Haitin maanjäristyksen jälkeen tammikuussa 2010 ja johti rikoksen uhrien yksikön edistymistä, joka ensimmäistä kertaa johti viraston kykyyn myöntää rikoksen uhreille laillisen enimmäisviisumimäärän.