Vaikka veden uskotaan olevan syvällä ilmakehässä, sen suoraan mitattu pitoisuus on hyvin alhainen. Typen, rikin ja jalokaasujen runsaus Jupiterin ilmakehässä ylittää auringon arvot noin kolminkertaisella. Jupiterin ilmakehässä ei ole selkeää alempaa rajaa ja se siirtyy vähitellen planeetan sisäpuolelle. Alhaisimmista korkeimpiin ilmakehän kerroksiin kuuluvat troposfäärin, stratosfäärin, BA:n ja exosfäärin kerrokset. Jokaisella kerrokseen on ominaispiirteitä.
Alhaisempi raja on selvä ja siirtyy pian planeetan nestemäiseen sisätiloon.