Konfederaatio päättyi kolme vuotta myöhemmin Chilen tappion jälkeen Konfederaation sodassa.
- Mitä? Elokuussa 1839 Agustín Gamarra julisti Konfederaation hajotetuksi. Tämän seurauksena Etelä-Perun ja Pohjois-Perun alueet palautuivat Perun tasavallaksi.