Loppuottelu käytiin kahden erän koti-ja-vierailu-formaatissa Mamelodi Sundownsin ja Zamalekin välillä. Mamelodi Sundowns isännöi ottelun 15. lokakuuta 2016 Lucas Masterpieces Moripe Stadiumilla Pretoriassa, kun taas Zamalek isännöi ottelun 23. lokakuuta 2016 Borg El Arab -stadionilla Aleksandriassa. Voittaja voitti oikeuden edustaa CAF: tä vuoden 2016 FIFA-klubipalkinnon MM-kisoissa.
, joka saapuu neljännesvaiheeseen sekä pelaa CAF Super Cupissa 2017 CAF Confederation Cupin voittajaa vastaan.