Vuonna 1960 presidentti Dwight D. Eisenhower nimitti Timberlaken ensimmäiseksi Yhdysvaltain suurlähettilääksi vasta itsenäistyneeseen Kongon demokraattiseen tasavaltaan, entiseen Belgian siirtomaaseen. Kongon kriisin aikana
Hayes oli Mobutu Sese Sekon äänekäs kannattaja ja puolusti Patrice Lumumban syrjäytymistä. Maaliskuussa 1961 Hayes henkilökohtaisesti määräsi viisi Yhdysvaltain laivaston alusta Kongon rannikolle, mikä yllätti Kennedyn hallinnon.