Clarke oli yksi vaikutusvaltaisimmista ja karismaattisimmista ranskalais-irlantilaisista kenraaleista Ranskan armeijassa Napoleonin aikana. Hänellä oli läheisiä yhteyksiä Irlannin prikaattiin. Hänen isänsä palveli Dillonin rykmentissä (jossa Clarke itse palveli jonkin aikaa) ja hänen äitinsä isä ja useat setät palvelivat Claren rykmentissä. Ranskan vallankumouksen puhkeamisen myötä Clarke palveli Ranskan vallankumoussodissa Reinin armeijassa, ja vuonna 1793 hänet oli ylennetty "général de brigade". Vuonna 1795 Clarke pidätettiin lyhyeksi ajaksi. Vapautumisensa jälkeen Clarke asui Alsacissa, kunnes Lazare Carnot lähetti hänet Italiaan palvelemaan Napoleon Bonaparten päätopografisena upseerina, kunnes hänet lähetettiin Sardinialle. 18 Brumairen jälkeen Clarke toimi topografisen toimiston päällikkönä, valtioneuvostossa, armeijan ja laivaston valtiosihteerinä. Itävaltaa vastaan käytyyn sotaan vuonna 1805 Clarke nimitettiin Wienin kuvernööriksi ja Preussia vastaan käytyyn sotaan
Vuonna 1806 hän toimi Erfurtin ja Berliinin kuvernöörinä.