Kesäkuussa 1862 Jewett liittyi Unionin armeijaan taistelemaan sisällissodassa ja sai komennon toiseksi luutnanttina 9. Vermontin jalkaväkijoukossa. Hänet vangittiin 3. elokuuta, ja hän pysyi Konfederaation vankina 25 päivää. Jewett ylennettiin luutnanttiksi toukokuussa 1863. Palvelunsa aikana hän osallistui Harper's Ferryn (13. ja 15. syyskuuta 1862), Newportin kasarmin (2. helmikuuta 1864), Chaffin's Farmin (29. syyskuuta 1864) ja Fair Oaksin taisteluun.
(27. lokakuuta 1864). Hän erosi marraskuussa 1864 ja palasi Vermontiin.