Samana vuonna hän joutui eroamaan aikuiskoulutuskeskuksen johdosta natsien nousun vuoksi. Hän liittyi Saksan juutalaisten Berliinin valtakunnan edustuston johtokunnan pyynnöstä viimeksi mainittuun, jossa hän käsitteli pääasiassa hallinnollisia kysymyksiä ja sosiaalisia tehtäviä. Marraskuun pogromit
Eppstein sai Englannista kutsun luennoida sosiologiassa, mutta kieltäytyi, koska ei halunnut lähteä Saksasta. Seuraavana aikana Gestapo pidätti hänet useita kertoja.