Markoksen suosio kärsi suuresti vuoden 1981 presidentinvaaleissa kolmanteen kauteen valittuaan. Se johtui vuoden 1983 alussa alkaneesta taloudellisesta romahduksesta ja kansan suuttumuksesta hänen salamurhaansa.
Sen jälkeen hän on ollut presidentti, presidentti, presidentti ja presidentti. Tämä tyytymättömyys, sen seurauksena vastarinnan uudistuminen Filippiinien parlamentaarisissa vaaleissa vuonna 1984 ja hänen taloudellisia tilejään ja vääriä sotatietoja paljastavien asiakirjojen löytyminen johtivat Marcosin kutsumaan ennenaikaiset vaalit vuonna 1986. Syytökset suuresta huijauksesta, poliittisesta sekasorrosta ja ihmisoikeusloukkauksista johtivat helmikuun 1986 kansanvallan vallankumoukseen, joka poisti hänet vallasta. Jotta Marcos olisi voinut välttää sotilaallisen vastakkainasettelun Manilassa Marcosin kannattajien ja vastustajien välillä, Yhdysvaltain presidentti Ronald Reagan neuvoi senaattori Paul Laxaltin kautta Marcosia "leikkaamaan ja leikkaamaan puhtaasti". Marcos pakeni sitten perheensä kanssa Havaijille. Hänet seurasi presidenttinä Aquinon leski Corazon "Cory" Aquino.