Täytä seuraava lause: 16. tammikuuta 2013 ilmoitettiin, että Guardiola siirtyy Bundesligan Bayern Münchenin valmentajaksi kauden 2012-13 jälkeen Jupp Heynckesin tilalle seuraavalle kaudelle. Hän puhui ensimmäisessä lehdistötilaisuudessaan Bayernin valmentajana 24. kesäkuuta 2013 saksaksi, ja hänellä oli ensimmäinen harjoituskokous kaksi päivää myöhemmin. Hänen ensimmäinen virallinen ottelunsa oli Saksan Supercupissa Borussia Dortmundia vastaan, jossa Bayern hävisi 4-2. Hänen ensimmäinen palkintonsa Bayernin kanssa oli
2013 UEFA:n Supercup, voitto pitkäaikaiselle vastustajalleen José Mourinholle, joka oli juuri palannut valmentajaksi Chelseaan. Bayern voitti Chelsean kymmenen pelaajan joukkueessa, kun Manuel Neuer pelasti Romelu Lukakun potkun.