Piquetillä oli pettymys vuodelta 1989, kun hän ajoi Juddin V8-moottorilla varustettua Lotusta, jolla oli 125 hv vähemmän kuin McLarenin käyttämillä Honda V10:illa. Hän oli kuitenkin erinomainen, ottaen huomioon Lotus-auton rajoitukset. Neljäs paikka Britannian Grand Prixissä.
Silverstoneen, jossa hän ohitti teoreettisesti nopeampia autoja ja oli kolmannella, kunnes Nannini ohitti hänet viimeisillä kierroksilla. Hän (ja joukkuetoverinsa Satoru Nakajima) eivät jälleen kerran voittaneet, eivätkä he kumpikaan edes päässeet vuoden 1989 Belgian Grand Prix -kilpailuun, mikä oli Piquetin ensimmäinen ei-kilpailu sitten vuoden 1982 Detroitin Grand Prix -kilpailun. Piquet menetti viimeisen mahdollisuutensa, kun hänet hidasti aloittelija ranskalainen Olivier Grouillard, joka oli saanut maineensa koko kauden ajan.