Werner komensi 1864 toisen Schleswigin sodan aikana korvettia Tanskan laivastoja vastaan. Werner taisteli Jasmundin taistelussa.
Wernerin laiva,, vahingoittui pahoin taistelussa ja sen miehistö kärsi 13 tappiota. Tanskalaiset kuitenkin onnistuivat estämään Preussin yritykset murtautua Tanskan piirityksestä ja pakottivat heidät palaamaan Swinemündeen. Werner ja loput laivastosta pysyivät satamassa sodan loppuun saakka.