Viitataan alla olevaan kohtaan ja vastataan kysymykseen sen jälkeen samalla kielellä kuin kohtaa:  Protistien taksonomia muuttuu yhä. Uusimmat luokitukset pyrkivät esittämään monofileettisiä ryhmiä, jotka perustuvat morfologiseen (erityisesti ultrastrukturiseen), biokemialliseen (kemotaksonomian) ja DNA-sekvenssin (molekyylitutkimuksen) tietoihin. Joskus kuitenkin ilmenee epäjohdonmukaisuuksia molekyyli- ja morfologisten tutkimusten välillä; näitä voidaan luokitella kahteen tyyppiin: (i) yksi morfologia, useita sukujuuria (esim. morfologinen lähentyminen, salaperäiset lajit) ja (ii) yksi sukujuuri, useita morfologioita (esim. fenotyypillinen muuntokyky, useita elinkaaren vaiheita). Koska protistit kokonaisuutena ovat parafyleettisiä, uudet järjestelmät usein jakautuvat tai hylkäävät kuningaskunnan, ja sen sijaan käsittelevät protistiryhmiä eukaryoottien erillisinä riveinä. Adl et al.:n (2005) äskettäinen järjestelmä ei tunnusta muodollisia luokkia (suvun, luokan jne.) ja sen sijaan käsittelee ryhmiä suvunperinnöllisesti liittyvien organismien kladeina. Tämän tarkoituksena on tehdä luokituksesta vakaampi pitkällä aikavälillä ja helpommin päivitettävissä. Jotkin protistien pääryhmistä, joita voidaan pitää suvunä, on lueteltu oikealla yläosassa. Monen uskotaan olevan monofileettinen, vaikka epävarmuutta on edelleen. Esimerkiksi Excavatat eivät luultavasti ole monofileettisiä ja kromalveolaatit ovat luultavasti vain monofileettisiä, jos haptofyytit ja kryptomonadit jätetään pois.  Kysymys: Mikä on yksi Excavatan ominaisuus?
ei monofileettinen