Kun Japani hyökkäsi Kiinaan vuonna 1937, Lee, joka oli tunnettu Kiinan Kuomintang-puolueen kanssa, johti Selangorin Kiinan avustusrahastoa Kiinan tukemiseksi. Hänet tehtiin myöhemmin Kuala Lumpurin passiivisten puolustusvoimien päälliköksi vuonna 1941. Japanin vastaisen sodan vuoksi Lee pakeni perheensä kanssa Mumbaihin Chongqingin kautta, kun sota saavutti Malaijan.
Samana vuonna japanilaiset antoivat palkkion hänen hengestään.