Ranskan vallankumouksen syttyessä Tharreau kannatti innokkaasti vallankumousta. Vuonna 1792 hän liittyi Maine-et-Loiren vapaaehtoisiin ja myöhemmin samana vuonna hän oli majuri-adjutantti 2. vapaaehtoispataljoonissa Mayence. Vuonna 1794, Ranskan terrorin huipulla, hän oli prikaattigeneraali Ardennien armeijassa. Vuonna 1799 Jean Victor Tharreau oli prikaatin komentaja Ranskan Tonavan armeijassa ja taisteli Ostrachin taisteluissa.
ja ensimmäinen Stockach. Hänet ylennettiin 20. huhtikuuta divisioonan kenraaliksi. André Masséna asetti hänet johtamaan etujoukkoa Zürichin kaupungin puolustamiseksi vuonna 1799; Jean-de-Dieu Soultin tottelemattomuus Winterthurin taistelussa toukokuussa 1799 vaikutti Tharreaun kyvyttömyyteen pitää etujoukkoa, pakottaen Ranskan perääntymään Zürichistä ja Ranskan tappiota ensimmäisessä Zürichin taistelussa 4.-7. kesäkuuta.