Osittain johtuen jatkuvista väkivaltaisista poliittisista yhteenottoista Kansasissa, vastustus Kansas-Nebraska-lakiin pysyi vahvana Illinoisissa ja pohjoisessa. Kun vuoden 1856 vaalit lähestyivät, Lincoln hylkäsi lakkautuneen Whig-puolueen republikaanien hyväksi. Hän osallistui toukokuussa 1856 Bloomingtonin konventtiin, jossa muodollisesti perustettiin Illinoisin republikaanipuolue. Konventtipuhelimessa vakuutettiin, että kongressilla oli oikeus säätää orjuudesta alueilla, ja se vaati Kansasia välittömästi vapaaksi osavaltioksi. Lincoln piti konventin lopullisen puheen, jossa hän tuki puolueen ohjelmaa ja vaati unionin säilyttämistä. Kesäkuussa 1856 pidetyssä republikaanien yleiskokouksessa
Lincoln sai merkittävää tukea varapresidenttivaaleissa, vaikka puolue ehdotti John C. Frémontin ja William Daytonin lippua. Lincoln tuki voimakkaasti republikaanien vaalilupaa ja teki kampanjaa puolueen puolesta koko Illinoisissa. Demokraatit nimittivät entisen suurlähettilään James Buchananin, joka oli ollut poissa maasta vuodesta 1853 ja siten välttänyt keskustelun orjuudesta alueilla, kun taas Know Nothings nimitti entisen wigin presidentin Millard Fillmoren. Vuonna 1856 Buchanan voitti molemmat haastajansa, mutta Frémont voitti useat pohjoiset osavaltiot ja republikaani William Henry Bissell voitti vaalit Illinoisin kuvernööriksi. Vaikka Lincoln ei itse voittanut virkaa, hänen voimakas kampanjansa oli tehnyt hänestä johtavan republikaanin Illinoisissa.