Werknesh aloitti vuoden 2003 kauden voitolla Antrim International Cross Country -kilpailussa ja otti sitten naisten pitkän kilpailun titteliä vuoden 2003 IAAF: n Maailman Cross Country -mestaruuskilpailussa. Hän voitti hopeamitalin 10 000 metrin juoksussa vuonna 2003 järjestetyissä Afrikkalaisissa peleissä, kun hän pääsi etiopialaisen Ejegayehu Dibaban jälkeen. Hänen kautensa huippukohta oli vuoden 2003 maailmanmestaruuskilpailussa, jossa hän asetti 10 000 metrin henkilökohtaisen parhaan 30:07.15 minuutin ajan ja varmisti sijoituksensa toiseksi Etiopian veteraani Berhane Aderen jälkeen, joka rikkoi tapahtuman afrikkalaisen ennätyksen. Seuraavana vuonna hän tuli neljänneksi tapahtumassa Ateenan olympialaisissa. Hän voitti myös pitkillä kisoilla pronssimitalin vuoden 2004 IAAF World Cross Country Championships -kilpailussa.
Hän oli neljäs lyhyessä kisoissa.