Júlio César aloitti neljännen Inter-kautensa 24. elokuuta 2008 pelaamalla Supercoppa Italiana -kisoissa.
Romaa vastaan; säännöllinen ja ylimääräinen aika päättyivät tasapeliin 2x2. Rangaistusottelussa hän pysäytti Brasilian joukkuetoverinsa Juanin yritykset, jotka avasivat Interin tien voittoon, kun "Nerazzurri" voitti 8:7. Kuukautta myöhemmin hän teki 100. Serie A -ottelunsa, kun Inter voitti 1-0 vastaan Lecce 2008-09 Serie A -ottelun 4. viikolla. Inter lopetti mestaruuden jälleen ensimmäisellä sijalla 84 pisteellä, 10 pistettä enemmän kuin toisella sijalla oleva Juventus, ja Júlio César osallistui 17 puhtaalla sijalla 36 ottelussa, mikä tasoitti hänen henkilökohtaisen parhaansa edellisellä kaudella.