Kun Neuvostoliitto romahti kaksi vuotta Sakharovin kuoleman jälkeen vuonna 1989, Bonner jatkoi ihmisoikeus- ja poliittista toimintaansa. Hän tuki alun perin presidentti Boris Jeltsin hallituksen ja palveli hänen valtion ihmisoikeuskomission, mutta tuli kriittinen hänen hallituksen alussa sodan Tšetšeniassa
- Mitä? Hän oli myös kriittinen Yeltinin seuraaja Vladimir Putinin kanssa ja oli ensimmäinen henkilö, joka allekirjoitti vetoomuksen häntä vastaan maaliskuussa 2010.