N'Doye voitti Ranskan kanssa kultamitalin vuoden 2014 FIBA Europe Under-16 -mestaruuskilpailussa Latviassa, kun hän teki keskimäärin 5,8 pistettä, 3,4 palautuspotkua ja 2,3 apupelausta ottelussa. Hän voitti toisen kultamitalin Ranskan kanssa 2016 FIBA U18 -Euroopan mestaruuskilpailussa Samsunissa, Turkissa. N'Doye kilpaili myös vuoden 2017 FIBA-U19-maailmancupissa.
Kairossa ja 2018 FIBA U20 -Euroopan mestaruuskilpailussa Chemnitzissä Saksassa, mutta hänen joukkueensa ei saanut mitalia.