Christian IV:n hallituskaudella vuosina 1588 - 1648 Kööpenhamina kasvoi dramaattisesti kaupungina. Hänen aloitteellaan Slotsholmenilla valmistui 1600-luvun alussa kaksi merkittävää rakennusta: Tøjhus-arsenaali ja Børsen, pörssi. Kansainvälisen kaupan edistämiseksi perustettiin vuonna 1616 Itä-Intian yhtiö. Hollannin suunnittelusta innoittamana kuningas kehitti kaupungin itäpuolella Christianshavnin alueen kanavilla ja linnoituksilla. Alun perin sen oli tarkoitus olla linnoitettu kauppakeskus, mutta lopulta siitä tuli osa Kööpenhaminaa. Christian IV rahoitti myös useita kunnianhimoisia rakennushankkeita, kuten Rosenborgin linnan ja Rundetårnin. Vuonna 1658-59 kaupunki kestää ruotsalaisten piirityksen Kaarle X:n johdolla ja onnistuu torjumaan suuren hyökkäyksen.
- Mitä?