Kun maailmantalous ja kauppareitit muuttuivat Uuteen maailmaan ja pois Välimereltä, Genovan poliittinen ja taloudellinen valta alkoi laskea. Sen sotilaallinen voima romahti 1793 Genovan hyökkäyksen ja Genovan taistelun aikana.
Vuonna 1795 Genova taisteli Ranskan laivastoa vastaan. Vuonna 1797 Napoleonin painostuksesta Genovan tasavallasta tuli ranskalainen protektoraatti nimeltään Ligurian tasavalta, jonka Ranska liitti 1805. Tämä tosiasia mainitaan Tolstojin "Sodan ja rauhan" ensimmäisessä lauseessa: