Hän on tehnyt muutoksia ruokavaliossaan joko laihduttaakseen tai laihduttaakseen elokuvaroolejaan: hän on vähentänyt Seabiscuit -elokuvan kaloripitoisuuttaan dramaattisesti, minkä jälkeen se on lisääntynyt nopeasti painonsa palauttamiseksi Spider-Man 2: lle. Maguire on ollut 19 vuoden iästä lähtien raittiina, kun hän oli kokenut "joitakin vaikeuksia" alkoholin kanssa teini-iässä. Maguire tapasi korujen suunnittelija Jennifer Meyerin vuonna 2003, kun hän kuvasi elokuvaa Seabiscuit Universal Studiosissa, ja he menivät kihloihin huhtikuussa 2006. Heidän tyttärensä syntyi marraskuussa 2006. Maguire ja Meyer menivät naimisiin 3. syyskuuta 2007, Havaijilla. Heidän toinen lapsensa, poika syntyi toukokuussa 2009.
Kona, Havaijilla