Vuoden 2016 kausi oli Malmö FF:n 105. kausi, 81. kausi Allsvenskanissa ja 16. peräkkäinen kausi liigassa. He kilpailivat Allsvenskanissa.
Vuoden 2015-16 Svenska Cupenissa he olivat toiseksi, ja vuoden 2016-17 Svenska Cupenissa he hävisivät toisella kierroksella. Kausi alkoi Svenska Cupenin ryhmävaiheella 20. helmikuuta, sarja alkoi 2. huhtikuuta ja kausi päättyi viimeiseen sarjaotteluun 6. marraskuuta.