Maaliskuussa 1904, pian Venäjän ja Japanin sodan alkamisen jälkeen, Ueda nimitettiin IJA:n 5. jalkaväkidivisioonan komentajaksi ja lähetettiin Mantsurian, jossa hän johti divisioonaa Liaoyangin taistelussa ja
Shahon taistelu. Koska hänen divisioonansa kärsi suuria tappioita Putilovin kukkulan hyökkäyksessä, hänet vapautettiin komentajuudesta marraskuussa 1904 ja hänet nimitettiin uudelleen komentelemaan japanilaisia varuskuntia Taiwanissa. Kuitenkin tämän ilmeisen alennuksen huolimatta hänelle myönnettiin Kultaisen leijan 2. luokan ritarikunnan vuonna 1906 ja hänet siirrettiin Hokkaidoon komentaakseen IJA: n 7. jalkaväkidivisioonaa. Syyskuussa 1907