Samana vuonna hän liittyi laivastoon Konfederaation sotaan.
Korvetti "Libertad" otti Socabayan, joka jäi hänen komennokseen. Palattuaan Chileen hänet ylennettiin kapteeniksi. Hänen erinomaisen palveluksensa vuoksi Casman taistelussa hän sai mitalin Chilen kuvernööriltä. Hän komensi ketchiä "Magallanes" vuonna 1846 ja höyrylaivaa "Cazador" vuosina 1851-1856, joka upposi yhdessä Chilen pahimmista merionnettomuuksista.