Vuonna 1102 Kroatian kuningaskunta ja Unkarin kuningaskunta liittyivät henkilökohtaisessa liitossa, ja heitä hallitsi sama kuningas, Ladislaus I. Ottomaanien valloitusten ja tuhoisan tappion jälkeen Mohácsin taistelussa vuonna 1527, Kroatian aatelisto valitsi Pyhän Rooman valtakunnan keisari Ferdinand I: n Kroatian uudeksi kuninkaaksi. Unkarin aatelisto jakaantui, mutta Habsburgit liittävät Unkarin kuningaskunnan, pitäen Kroatian ja Unkarin yhden kruunun alaisuudessa. Vuoden 1848 Unkarin vallankumouksen aikana
Kroatia seisoi itävaltalaisten puolella, joten kroatialainen Ban Josip Jelačić auttoi Itävaltaa kukistamaan unkarilaiset joukot vuonna 1849 ja aloitti saksalaisistumisen. 1860-luvulla tämän politiikan epäonnistuminen tuli ilmeiseksi, mikä johti vuoden 1867 Itävalta-Unkarin kompromissiin ja Itävallan valtakunnan ja Unkarin kuningaskunnan kruunujen välisen henkilökohtaisen liiton luomiseen. Kroatian asemaa koskeva kysymys ratkaistiin Kroatian-Unkarin sopimuksella vuonna 1868, jolloin Kroatian ja Slavonian kuningaskunnat yhdistettiin Kroatian-Slavonian kuningaskuntaan. Kun Itävalta-Unkari hajoaa ensimmäisen maailmansodan jälkeen, Kroatian parlamentti julisti itsenäisyytensä 29. lokakuuta 1918 ja päätti liittyä hiljattain perustettuun slovenien, kroattien ja serbien valtioon, mikä lopetti Habsburgin hallinnon ja henkilökohtaiset liitot Unkarin kanssa 816 vuoden jälkeen. Trianonin rauhansopimuksen myötä Unkari menetti Međimurjen piirikunnan ja Baranyan eteläosan Kroatiaan. Toisen maailmansodan jälkeen kahden valtion välisiä suhteita on määritelty yhteistyöllä natsien, Neuvostoliiton ja Jugoslavian kanssa vuoden 1989 vallankumouksiin ja Jugoslavian hajoamiseen asti. Unkari tunnusti Kroatian riippumattomuuden muun Euroopan talousyhteisön kanssa vuonna 1992 ja tuki Kroatiaa Kroatian itsenäisyyssota aikana.