Lopeta seuraava lause: Baldini erotettiin vaatimaton tuloksensa jälkeen. Joulukuuhun 2011 mennessä klubi oli käynyt läpi neljä valmentajaa vuodesta 2009-10. Seura säilytti Serie B: n asemansa dramaattisesti vuonna 2011-12. Huonon kauden jälkeen Empoli sijoittui 18. sijalle, yhden pisteen päässä turvallisuudesta, mikä merkitsi syrjäytymispeliä Vicenzaa vastaan kahdella kierroksella. Ensimmäinen peli päättyi maalittomasti, ennen kuin Vicenza johti 2:0 toisessa erässä, kun 30 minuuttia oli jäljellä. Kaksi maalia kahdessa minuutissa kuitenkin tasasivat tasapelin ennen kuin Massimo Maccarone sai voiton 3-2 lisäajan neljännessä minuutissa. 2012-13 klubi sijoittui neljänneksi, mikä oli dramaattinen parannus edelliseen kauteen verrattuna, mutta hävisi ylennyspelin loppuottelussa Livornolle kahdessa erässä. Seuraavana kaudella klubi nousi takaisin Serie A: han, joka pääsi Palermon sijaisiksi ja pysyi huippuluokassa kaksi kautta, päättyen 15. vuonna 2014<unk>15 ja 10. vuonna 2014.
2015 <unk> 16. Vuoden 2016-17 Serie A -kauden viimeiseen ottelupäivään siirtyessä Empoli oli yhden pisteen yläpuolella Crotonesta, mutta lopulta syrjäytettiin Serie B: hen, kun he eivät voittaneet Palermoa, kun taas Crotone voitti Lazion. Vuoden 2017-18 Serie B -sarjan voiton jälkeen Empoli nousi nopeasti Serie A:han, kun se voitti Serie B: n 28. huhtikuuta 2018, neljä ottelua etukäteen. Vuoden 2018-19 Serie A -kauden viimeisessä ottelupäivässä Empoli oli yhden pisteen yläpuolella laskuvyöhykkeellä Genoan edellä, mutta lopulta syrjäytettiin Serie B: hen, kun Internazionale voitti heidät, kun taas Genoa teki tasan Fiorentinalla. Molemmat puolet päätyivät samaan pisteeseen, mutta Genoalla oli yhden suuremmat maalierot. Empoli sai kuitenkin ensimmäisen sijan Serie B -kaudella 2020/21, mikä oli heidän kolmas mestaruutensa historiassaan.