Täytä seuraava lause: GT-One kilpaisi enää vain kerran, ja vain yksi kilpailija esiintyi vuoden 1999 Le Mans Fuji 1000 km:ssä. Vaikka kilpailu koostui enimmäkseen japanilaisista joukkueista, jolloin suurin osa valmistajista, jotka olivat kilpailleet Le Mansissa, jätettiin pois, Toyota joutui silti kilpailemaan kilpailijansa Nissania vastaan, joka osallistui myös R391:äänsä. Lopulta GT-One jäi jälleen kerran jäljelle, kun se pääsi toiseksi ja vain yhden kierroksen jälkeen voittavalle R391: lle. Toyota voitti kuitenkin LMGTP-luokan (R391 oli LMP), mikä olisi antanut heille automaattisen pääsyn
Vuoden 2000 Le Mansin 24 tuntia oli jatkettu GT-One -ohjelman avulla.