Nykyiset luokitusjärjestelmät pyrkivät järjestämään arkea-organismeja ryhmiin, joilla on yhteisiä rakenteellisia piirteitä ja yhteisiä esi-isiä. Nämä luokitukset perustuvat voimakkaasti ribosomaalisten RNA-geenien sekvenssien käyttöön organismien välisten suhteiden paljastamiseksi (molekyylifylogeneettinen). Useimmat kulttuuri- ja hyvin tutkitut arkea-lajit ovat kahden pääryhmän jäseniä, Euryarchaeota ja Crenarchaeota. Muut ryhmät on luotu alustavasti. Esimerkiksi erikoislaji Nanoarchaeum equitans, joka löydettiin vuonna 2003, on saanut oman filuminsa, Nanoarchaeota.
Euryarchaeota ja Crenarchaeota