Neill ylennettiin everstiluutnanttiksi osallistuttuaan Béxarin piiritykseen, ja 10 päivää myöhemmin Houston asetti hänet Texasin varuskunnan johtoon kaupungissa. Tammikuussa asukkaat alkoivat evakuoida ennen kuin Santa Annan joukot lähestyivät. Neill pyysi Houstonia palauttamaan joukkoja, tarvikkeita ja aseita. Matamorosin retkikuntaan liittyneiden texasilaisten lähtö oli jättänyt Neillille vain noin 100 miestä. Siihen aikaan Houston piti Béxaria sotilaallisena vastuuna eikä halunnut Santa Annan etenevän armeijan saavan hallintaansa jäljellä olevia sotilaita tai tykistöä. Hän lähetti Bowien viemään tykistöt pois ja käski puolustajien hylätä Alamo-operaation.
ja tuhota se. Saapuessaan 19. tammikuuta ja keskusteltuaan myöhemmin Neillin kanssa Bowie päätti, että tehtävä oli oikea paikka pysäyttää Meksikon armeija. Hän jäi auttamaan Neilliä valmistautumaan hyökkäykseen. Everstiluutnantti William B. Travis saapui vahvistuksen kanssa 3. helmikuuta. Kun Neill sai helmikuun 11. päivänä lomaa perheasioiden hoitamiseksi, Travis otti tehtävän komennon, ja kolme päivää myöhemmin hän ja Bowie sopivat yhteisestä komennosta. Santa Anna ylitti Rio Granden 16. helmikuuta, ja Meksikon armeijan hyökkäys Alamon kimppuun alkoi 23. helmikuuta. Kapteeni Juan Seguín poistui tehtävästä 25. helmikuuta ja kantoi kirjeen Travisilta Fanninille Goliadissa, jossa pyydettiin lisäjoukkoja. Santa Anna tarjosi amnistiatarjousta Tejanosille linnakkeessa; ei-taistelija eloonjäänyt Enrique Esparza sanoi, että useimmat Tejanos lähtivät, kun Bowie neuvoi heitä ottamaan tarjouksen vastaan. Vastauksena Travisin helmikuun 24. päivän kirjeeseen Teksasin kansalle, 32 miliisin vapaaehtoista muodosti Gonzalesin ratsastusryhmän ja saapui Alamolle helmikuun 29. päivänä.