Kun Saksa hyökkäsi Neuvostoliittoon, Kuznetsov lähetettiin omasta pyynnöstään liittymään Neuvostoliiton partiisaaniyksiköihin natsien miehittämään Ukrainaan. Vuonna 1942, samana vuonna kun hänestä tuli kommunistisen puolueen jäsen, hän taisteli Dmitri Medvedevin johtaman "Voittajat" -gerillaryhmän jäsenenä Keski- ja Länsi-Ukrainassa. Kuznetsov johti useita monimutkaisia operaatioita, joissa murhattiin ja siepattiin korkea-arvoisia natsien virkamiehiä Rivne- ja Lviv-alueilla, kuten onnistuneita operaatioita Saksan nimittämää Ukrainan päätuomaria, Galician varakuvernööriä, Ukrainan valtakunnankomissaarin neuvonantajaa, kolme saksalaista kenraalia ja muita. Kuznetsov oli myös ensimmäinen tiedustelupalveluagentti, joka paljasti saksalaisten suunnitelmat massiivisen panssarivaunujen hyökkäyksen aloittamiseksi.
Saksan V-2 -ohjuksista ja operaatio Long Jumpista. Hitlerin suunnitelmasta salamurhata Neuvostoliiton, USA:n ja Ison-Britannian johtajat Teheranin konferenssissa. Kuznetsov toimi Rivne'ssa (Reikkomissariaatin Ukrainan pääkaupunki) käyttäen väärennettyä saksalaista identiteettiä "Oberleutnant Paul Siebert". Kuznetsov sai tietoja Hitlerin "Susien" päämajasta lähellä Vinnitsyan kaupunkia.