Täytä lause: Ibrahimović aloitti Interin kolmannen kauden voittamalla
Supercoppa Italiana vastaan Roma. Sen jälkeen kun säännöllinen ja ylimääräinen aika päättyivät tasapeliin, ottelu siirtyi rangaistusotteluun, jossa hän käänsi onnistuneesti rangaistusyrityksen. Hän teki joukkueensa ainoan maalin vuoden 2008-09 Serie A:n avajaisottelussa Sampdoriaa vastaan, joka päättyi 1:1 tasapeliin. Lokakuun 4. päivänä Bolognan kanssa pelatussa ottelussa, jonka Inter voitti 2:1, Ibrahimović teki sensaatiomaalin ja hämmästytti Francesco Antoniolin Adrianon vasemman siiven ristillä. Tavoite äänestettiin myöhemmin vuoden tavoitteeksi Serie A: ssa. 19. lokakuuta 2008 Ibrahimović jatkoi vankkaa suoritustaan, kun hän teki kaksi maalia vaikuttavassa 4 - 0 voitossa Romalla, jolloin hänen tuloksensa nousi viiteen liigan maaliin. Hän teki sen jälkeen toisen kaksinkertaisen maalin Palermoa vastaan voitetussa 12. ottelupäivässä auttaakseen Interia ottamaan johdon Serie A -sarjan taulukossa yhden pisteen erossa. Seuraavassa ottelussa Ibrahimović teki ainoan asistin "Derby d'Italia" -ottelussa Juventusia vastaan kotonaan, auttaen Interia laajentamaan liigan johtoaan.