Sodan päätyttyä Hirszfeld ja hänen vaimonsa palasivat Varsovaan, jossa hän perusti seerumin instituutin, joka oli Frankfurtin Ehrlich-instituutin malli. Pian hänestä tuli Varsovan valtion hygienian laitoksen apulaisjohtaja ja tieteellinen johtaja ja vuonna 1924 professori. Vuonna 1931 hänet nimitettiin Varsovan yliopiston täysiprofessoriksi ja hän toimi monissa kansainvälisissä johtokunnissa. Puolan miehityksen jälkeen
Saksan armeijan Hirszfeld erotettiin "ei-arialaisena" hygieniayhdistyksestä, mutta ystävien suojelemalla hän onnistui tekemään lisää tieteellistä työtä kotona helmikuuhun 1941 asti; hänen oli kuitenkin lähes mahdotonta julkaista.