Etelä-Sudan oli osa Sudania vuoteen 2011 saakka, jolloin se itsenäistyi kansanäänestyksen jälkeen. Sudan on kilpaillut olympialaisissa vuodesta 1960. Kansainvälisen olympiakomitean sääntöjen mukaan Etelä-Sudanin kansallinen urheiluliitto ei voinut saada jäsenyyttä Kansainvälisessä olympiakomiteassa, ennen kuin kansalliset urheiluliitot olivat liittyneet sekä kansainväliseen olympiakomiteaan että viiden olympiaurheilun vastaavaan kansainväliseen liittoon. Guor Marial kilpaili itsenäisenä olympialaisurheilijana vuoden 2012 kesäolympialaisissa. Hän sijoittui 47. sijalle miesten maratoniurheiluun.
- Mitä? Margret Rumat Rumat Hassan kilpaili itsenäisenä urheilijana vuoden 2014 kesäolympialaisissa. Vuonna 2015 Sudanin liittoja tunnustettiin yleisurheilussa, koripallossa, jalkapallossa, käsipallossa, judossa, pöytätennisissä ja taekwondossa. Etelä-Sudanin kansallisen urheilulautakunnan perusti nämä urheilulajit 8. kesäkuuta 2015. Johtokunnan suosituksen jälkeen Kansainvälinen olympiakomitea hyväksyi NOC: n Kuala Lumpurissa pidetyssä istunnossaan.