Vaikka 2. amfibiaryhmittymän perustamista ei suunniteltu ennen vuotta 1944, suunnitelma siirrettiin marraskuuhun 1943 liittoutuneiden operaation Cartwheelin menestyksen vuoksi. 2. amfibiaryhmä perustettiin Manchukuon IJA:n 5. itsenäisen varuskunnan yksiköstä IJA:n 29. divisioonan henkilöstöllä. 11. huhtikuuta 1944 2. amfibiaryhmä siirrettiin Eteläisen retkijoukkojen ryhmään ja lähetettiin Filippiineille toukokuussa, mutta ilman panssaroituja joukkoja. Se siirrettiin sitten kesäkuussa Vogelkopin niemimaan läntiselle Uudelle Guinealle, jossa hän tuli IJA: n 2. armeijan komentoon. Matkalla amerikkalainen sukellusvene upotti sen varustusaluksen, mikä aiheutti suurimman osan sen ammuksista ja monista kivääreistä. Biakin taistelun aikana
Se oli tarkoitus lähettää 27. toukokuuta - 17. elokuuta 1944 vahvistukseksi piiritettyyn japanilaiseen varuskuntaan. 2. amfibiaryhmä pysyi Sorongissa koko sodan ajan, jossa aliravitsemuksen ja sairauksien heikentänyt se antautui elokuussa 1945. Noin 180 varustusaluksen uppoamisesta selviytynyttä prikaatin jäsentä jäivät Zamboangaan ja kuolivat Mindanaon taistelussa.