Henchoz pelasi Sveitsin maajoukkueessa 72 kertaa vuodesta 1993. Hän pelasi maan puolesta Euro 96: ssa ja
Euro 2004 -kisoja. Hänen odotettiin pelaavan vuoden 2006 FIFA:n MM-kisoissa, mutta terveysongelmien vuoksi hän lopetti kansainvälisen jalkapallon 31. maaliskuuta 2006.