Nukleaasit, jotka hydrolysoivat nukleotideja DNA-säikeiden päältä, kutsutaan eksonukleaaseiksi, kun taas endonukleaaseja leikataan säikeiden sisällä. Molekulaarisessa biologiassa yleisimmin käytetyt nukleaasit ovat rajoitusendonukleaasit, jotka leikkaavat DNA:ta tietyillä sekvensseillä. Esimerkiksi EcoRV-entsyymi, joka on kuvattu vasemmalla, tunnistaa 6-peräisen sekvenssin 5′-GATC-3′ ja tekee leikkauksen horisontaalisella linjalla. Luonnossa nämä entsyymit suojaavat bakteereja fagi-infektiolta sulatamalla fagi-DNA:ta, kun se tulee bakteeri-soluun, osana rajoitusjärjestelmää. Tekniikassa näitä sekvenssi-erityisiä nukleaaseja käytetään DNA:n molekyylien kloonauksessa ja biologisessa sormenjäljen klonoinnissa.
entsyymit