- Puolan hyökkäyksen ja toisen maailmansodan syyskuussa 1939 alkamisen jälkeen Kępno oli miehitetyssä
Wehrmacht ja 6.-7. syyskuuta 1939 "Einsatzgruppe III" tuli kaupunkiin tekemään julmuuksia puolalaisia vastaan. Saksalaiset joukot murhasivat jo 7. syyskuuta 1939 joitakin Kępnon puolalaisia läheisessä Wylazłowin kylässä. Kaupunki liitettiin Natsi-Saksaan, nimettiin uudelleen "Kempeniksi" ja hallinnoitiin osana samannimistä piirikuntaa tai piirikuntaa ("kreis") Reichsgau Warthelandin sisällä. Sen väestö joutui erotteluun, saksalaisistamiseen, omaisuuden takavarikointiin, pidätyksiin, karkotuksiin, pakkotyöhön lähettämiseen, vangitsemiseen natsien keskitysleireihin ja teloituksiin. Saksalaiset perustivat ja käyttivät kaupungissa natsivankilan. Puolan muistomerkkejä tuhottiin. Puolan vastarintaliike perustettiin Kępnossa marraskuussa 1939. Puna-armeijan joukot valloittivat kaupungin 21. tammikuuta 1945 ja sodan päättyessä kaupunki palasi Puolaan, vaikka neuvosto asetti kommunistisen hallinnon, joka pysyi vallassa kommunismin kaatumiseen asti 1980-luvulla. Puolan vastarintaliike pysyi aktiivisena kaupungissa, ja syyskuussa 1945 se valloitti paikallisen kommunistisen poliisiaseman ja vapautti vangit.