Niittymäki valittiin Flyersin joukkueeseen 168. sijalla
1998 NHL:n ensi-ottelu. Hän jatkoi pelaamista Suomessa TPS:n kanssa ensimmäisenä vuotenaan nuorempien liigojen ulkopuolella, ja hän voitti suomalaisen eliittiliigan Vuoden aloittelijan palkinnon. Kahden kauden jälkeen Niittymäki muutti Pohjois-Amerikkaan liittymään Philadelphia Phantoms -joukkueeseen American Hockey League (AHL). Kun Phantoms voitti AHL Calder Cupin mestaruuden, hänet nimitettiin MVP:ksi. Hän pelasi sitten neljä kautta Philadelphia Flyersille ennen kuin allekirjoitti vapaana agenttina Tampa Bay Lightningille. Vuotta myöhemmin hän allekirjoitti vapaana agenttina San Jose Sharksin kanssa, mutta hän ei pelannut montaa peliä heidän puolestaan seuraavien kahden vuoden aikana lonkkamurtumien vuoksi. Hän pelasi viimeisen kautensa TPS:n nuorisojoukkueessa ja ilmoitti vetäytyvänsä vuonna 2013.