Saari on jaettu viiteen nimelliseen alueeseen ja sisältää 34 prefektuuria, mukaan lukien pääkaupunkiseudun Tokion. Hallinnollisesti jotkin pienemmät saaret sisältyvät näihin prefektuureihin, erityisesti Ogasawara-saaret, Sado-saari, Izu Ōshima ja Awaji-saari. Alueet ja niiden prefektuurit ovat: Kysymys: Mikä suurkaupunki pidetään yhtenä saaren 34 prefektuurista?
- Tokiossa.