Lannes palveli kenraali Barthélemy Louis Joseph Schérerin alaisuudessa ja osallistui Loanon taisteluun. Vuonna 1795 termidorialaisten käyttöön ottamien armeijan uudistusten seurauksena hänet kuitenkin erotettiin virastaan. Hän värväytyi vapaaehtoisena Ranskan armeijaan. Hän palveli italialaisessa taistelussa vuonna 1796 ja nousi jälleen korkeaan asemaan, kun hänelle annettiin kenraali Pierre Augereaun divisioonan prikaatin ja myöhemmin kolmen pysyvän etuvartion pataljoonan komentaja eri aikoina. Lannes oli erinomainen jokaisessa taistelussa ja oli tärkeä voittajan Degon taistelussa. Bassanon taistelussa hän otti omin käsin kiinni kaksi vihollisen lippua ja sai useita haavoja Arcolen taistelussa.
Hän johti kolumniaan henkilökohtaisesti.