Cofactorit voivat olla joko epäorgaanisia (esimerkiksi metalli-ioneja ja rauta-rikki-ryhmiä) tai orgaanisia yhdisteitä (esimerkiksi flaviiniä ja hemeä). Nämä cofactorit palvelevat monia tarkoituksia; esimerkiksi metalli-ionit voivat auttaa vakauttamaan nukleofilisia lajeja aktiivisella sivustolla. Orgaaniset cofactorit voivat olla joko koentsyymejä, jotka vapautuvat entsyymin aktiivisesta sivustosta reaktiossa, tai proteesiryhmiä, jotka ovat tiukasti sidoksissa entsyymiin. Orgaaniset proteesiryhmit voivat olla kovalenttisesti sidoksissa (esimerkiksi biotiinien entsyymeissä, kuten karboxylaseissa). Esimerkki entsyymistä, joka sisältää monen hiilihydraasin, joka on sidoksissa aktiivisen sivuston kanssa. Näitä termiä käytetään yleensä koentsyymiin, joka sisältää useita hiilihydraasin sisältäviä alkuaineja, jotka ovat sidoksissa yhteen aktiivisen sivuston kanssa.
orgaaniset yhdisteet