Hänen matkansa ja asuinpaikkansa etelässä oli Du Boisin ensimmäinen kokemus eteläisen rasismin kanssa, joka tuolloin kattoi Jim Crow -lain, kiihkoilun, mustan äänestyksen tukahduttamisen ja lynkkaukset; viimeksi mainittu saavutti huippunsa seuraavan vuosikymmenen aikana. Saatuaan kandidaatin tutkinnon Fiskiltä hän kävi Harvardin yliopistossa (joka ei hyväksynyt kurssikrediittejä Fiskiltä) 1888-1890, jossa hän oli voimakkaasti vaikuttanut hänen professori William Jamesilta, joka oli huomattava amerikkalaisessa filosofiassa.
Gustav von Schmoller, Adolph Wagner ja Heinrich von Treitschke