Vuonna 1779 kapteeni Jones otti komennon 42-tykkisestä kauppalaivasta, - jonka ranskalainen merenkulkumagnaatti Jacques-Donatien Le Ray rakensi uudelleen ja lahjoitti Amerikalle. Elokuun 14. päivänä valtava ranskalainen ja espanjalainen laivasto hyökkäsi
Kun hän lähestyi Englantia, hän johti Irlantiin viisi laivaa, mukaan lukien 36-tykkinen, 32-tykkinen USS "Pallas", 12-tykkinen ja "Le Cerf", jota seurasivat myös kaksi kaappia, ja "Granville". Kun laivue oli vain muutaman päivän päässä Groixista, "Monsieur" erottui kapteeninsa ja Jonesin välisen erimielisyyden vuoksi. Jonesien takaa-ajoon Irlantiin lähetettiin useita kuninkaallisen laivaston sota-aluksia, mutta tällä kertaa hän jatkoi matkaansa Skotlannin pohjoispuolella Pohjanmerelle. Jonesin tärkeimmät ongelmat johtuivat, kuten hänen edellisessäkin matkassaan, hänen tottelemattomuudestaan, erityisesti Pierre Landaisin, "Alliancen" kapteenin. 23. syyskuuta 1779 laivue kohtasi suuren kauppalaivueen Flamborough Headin rannikolla Itä-Yorkshiressä. Brittiläinen 50 tykin fregatti ja 22 tykin vuokrattu aseistettu alus asettuivat saattueen ja Jonesin laivueen väliin, jolloin kauppiaat pääsivät pakoon.