Huhtikuussa 1944 hän luovutti 2. panssarijoukkonsa komennon kenraalimajuri Edward H. Brooksille. Hänet nimitettiin kolmannen armeijan päälliköksi ja palveli jälleen kenraaliluutnantti George Pattonin alaisuudessa. Gaffey toimi tässä tehtävässä Länsi-Euroopan kampanjan aikana
Kolmas armeija laskeutui Ranskaan heinäkuussa 1944 ja pelasi merkittävää roolia operaatiossa Cobra ja Falaisen taistelussa, jota seurasi liittoutuneiden eteneminen Pariisista Reiniin ja Metzin taistelu. Joulukuussa 1944 hän korvasi kenraalimajuri John Shirley Woodin 4. panssarivuoroston komentajana, joka oli merkittävä Bulgen taistelussa ja auttoi murtamaan Bastognen piirityksen. Hän pysyi divisioonan komentajana maaliskuuhun 1945 asti sodan loppua kohti Euroopassa, jolloin hänestä tuli XXIII-joukkojen komentaja. Hän luopui XXIII armeijan johdosta syyskuussa, kun sota päättyi Japanin antautumisen vuoksi.