Villalobos oli yksi kansan vallankumousarmeijan eli "Ejército Revolucionario del Pueblo" -ryhmän pääjohtajista, joka syntyi El Salvadoressa 1970-luvun alussa vapaana solujärjestönä, joka oli juurtunut erilaisiin marxilaisiin ja vasemmistolaisiin katolisiin ryhmiin. ERP oli yksi viidestä organisaatiosta, jotka liittyivät vuonna 1980 muodostamaan Farabundo Martín kansallisen vapautusrintaman Salvadorissa käydyssä sisällissodassa.
, jossa vasemmistolaiset guerrillat taistelivat El Salvadorin armeijan hallitsemaa ja USA:n tukemaa oikeistolaista hallitusta vastaan. Villalobos liittyi ERP:hen vuonna 1971 19-vuotiaana. Häntä on syytetty osallisuudesta Roque Daltonin, vallankumouksellisen runoilijan ja ERP:n johtajan, murhaan vuonna 1975, jonka hänen toverinsa ampuivat sen jälkeen, kun ryhmässä käydyssä vallankumouksessa syytettiin häntä CIA:n vakoilijaksi. Tuolloin murha johti ERP:n sisäiseen jakautumiseen ja syytöksiin sekä muiden vasemmistolaisten kritiikkiin, mutta vuoden 1980 jälkeen Villalobos nousi yhdeksi FMLN:n tärkeimmistä sotilaallisista strategioista. Hänen johtamansa ERP:tä on kuvattu "edellisimmäksi sotilasorganisaatioksi Salvadorin vasemmistossa" sisällissodan aikana, ja Villalobos kehitti "maineen röyhkeästä strategisesta nerokkuudesta". Financial Times -lehti kuvaili Villalobosia "Latiina-Amerikan 20. vuosisadan gerillakriisin todelliseksi mestariksi" Che Guevaran yläpuolella.