Maaliskuussa 1999 Kavaguti teki yhteistyötä Alexander Markuntsovin kanssa Japanin edustalla. He harjoittelivat pääasiassa Hackensackissa Moskvinan ja Igor Moskvinin kanssa valmentajina ja Tatiana Druchininan, Igor Bobrinin ja Moskvinan kanssa koreografeina. He olivat ensimmäinen japanilainen parijoukkue, joka voitti mitalin ISU-mestaruuskilpailussa, kun he ottivat hopean World Junior -mestaruuskilpailussa.
vuonna 2001. Kavaguti ja Markuntsov erosivat vuonna 2003. Kavaguti sanoi: "Meillä oli hyvä työsuhde, mutta Alexanderille oli hyvin vaikeaa hankkia japanilainen kansalaisuus, joten emme voineet edustaa Japania olympialaisissa, joten hetken kuluttua päätimme erota".