Patterson johti prikaattiaan Williamsburgin ja Seven Pinesin kulmassa.
Viimeisessä taistelussa hän joutui luopumaan komennosta sairauden takia. Hän otti vapaata kesäkuun 7. päivänä ja jäi siten kokonaan väliin Seitsemän päivän taisteluista. Heinäkuuhun mennessä hän oli riittävän hyvässä kunnossa ottaakseen hallinnollisia tehtäviä armeijan päämajassa. Patterson palasi kenttäkomentajaksi vasta syksyisin, jolloin hän otti takaisin vanhan prikaatinsa, nyt Daniel Sicklesin divisioonan, komennon. Toistuvat sairaudet kuitenkin vaivasivat häntä edelleen.