Ubaydallahin hallintoa Egyptissä kiisti alun perin Abbasidien keskushallinto, joka yritti yhä toipua sisällissodan aiheuttamasta vallan menetyksestä.
Al-Ma'munin ja al-Aminin välillä vuonna 811-813, ja pian valtaan astumisensa jälkeen hän joutui käsittelemään Khalid ibn Yazid al-Shaybanin hyökkäystä, jonka al-Ma'mun oli valtuuttanut ottamaan maan komennon. Ubaydallah päätti tarjota vastarintaa, ja vaikka Ibn al-Jarawi tarjosi apua Khalidille, hän pystyi voittamaan taistelun Khalidia vastaan Fustatin laitamilla. Seuraavien kuukausien aikana molemmat osapuolet taistelivat useissa taisteluissa; lopulta Ibn al-Jarawi veti tukensa pois ja Khalidin asema heikkeni vakavasti, ja Ubaydallah voitti hänet lopulta ja vangitsi hänet vuoden 823 alussa. Ubaydallah palasi pääkaupunkiin ja vapautti sen jälkeen Khalidin, jolloin hän saattoi vetäytyä provinssista Mekkaan.