RNA-interferenssi on elintärkeä osa immuunivasteita viruksille ja muille vieraille geneettisille materiaaleille, varsinkin kasveilla, joissa se voi myös estää transposonien itseleviämisen. Nämä kasvit, kuten Arabidopsis thaliana, ilmaisevat useita dicer-homologeja, jotka ovat erikoistuneet reagoimaan eri tavalla, kun kasvi altistuu eri viruksille. Jopa ennen kuin RNAi-polku ymmärrettiin täysin, tiedettiin, että indusoitu geeni hiljentäminen kasveissa voisi levittää kasvia systeemisesti ja voitaisiin siirtää varastosta jälkeläiskasveille siirron kautta. Tämä ilmiö on sittemmin tunnustettu kasvin sopeutuvan immuunijärjestelmän ominaisuudeksi ja antaa koko kasvin reagoimaan paikallistettuun virukseen alkuperäisen kohtaamisen jälkeen.
kasvin sopeutuva immuunijärjestelmä