Wistarista tuli 71. Pennsylvanian armeijan komentaja eversti Edward D. Bakerin kuoleman jälkeen Ball's Bluffissa, ja hänet ylennettiin everstiksi 11. marraskuuta 1861. 71. osallistui vuoden 1862 niemimaalliseen kampanjaan, vaikka ei ole selvää, oliko Wistar todella läsnä; Seven Pinesin taistelussa
Rykmentin johdossa oli majuri ja seitsemän päivän taisteluissa 30. kesäkuuta ja 1. heinäkuuta everstiluutnantti.