Scott meni naimisiin Katherine Nina Grant Smithin kanssa vuonna 1938. Hän palveli toisessa maailmansodassa ja sai syyskuussa 1939 ylemmän luutnantin viran 4. Lontoon piirikunnan Yeomanryssä. Yeomanry lähetettiin Lähi-itään vuoden 1941 alussa ja sieltä siirrettiin Länsi-Derserttiin kesäkuussa 1942, jossa Scott näki toimintaa brittiläisten puolustuslinjoilla Maabus er Rigelissä ja haavoittui, kun hänen tankinsa osui vihollisen tuliin. Vuoden 1942 puoliväliin mennessä hän oli luutnantti, ja hänelle myönnettiin sotilaallinen risti urhoollisuudestaan elokuussa 1942. Hänet mainittiin lähetyksissä joulukuussa 1942 ja hän otti komennon C-joukkueesta Yeomanryssä helmikuussa 1943, jolloin hänellä oli väliaikainen kapteenin arvo. Huhtikuussa 1943 Scott osallistui Wadi Akaritin taisteluun.
, jossa hänen toimensa ohjaavat panssarivaunuja miinakentän läpi, - sai sotilasristin. Pohjois-Afrikan taistelun jälkimmäisvaiheessa Scottin johtamat joukot olivat ensimmäisiä, jotka tulivat Tunisiin sen valloittamisen aikana.