Seuraavana vuonna hän johti Javan valloitukseen järjestettyä retkikuntaa.
, jonka pääkuvernööri, lordi Minto, itse seurasi. Janssensin johdossa olleen hollantilaisen varuskunnan itsepäisesti puolustaman Meester Cornelisin (28.8.1811) vahvasti linnoitetun aseman hyökkäys käytännössä saavutti saaren valloituksen, ja Samarangin (89.9.1811) jälkeen Janssens antautui. Auchmuty sai parlamentin kiitoksen ja hänet nimitettiin KCB:ksi, ja hänen paluunsa jälkeen hänet ylennettiin kenraaliluutnanttiksi. Vuonna 1822 hänestä tuli Irlannin ylipäällikkö ja Irlannin salaisen neuvoston jäsen. Hän kuoli äkillisesti elokuussa 1822.