Kapteeni Hotchkiss palveli Jacksonin alaisuudessa kenraalin loppuelämän ajan. Hän valmisti suuria määriä tarkkoja, yksityiskohtaisia ja jopa kauniita karttoja ja auttoi kenraalia myös ohjaamalla henkilökohtaisesti joukkojen liikkeitä niin tutuksi tulleella maastolla. Jacksonin maine sähkeilyliikkeistä ja yllätyshyökkäyksistä, jotka hämmentävät hänen vihollisiaan, on paljon Hotchkissin kartografian ansiota. Yhdessä he palvelivat Laakso-kampanjassa, Pohjois-Virginia-kampanjassa (mukaan lukien Cedar Mountain, Bull Runin toinen taistelu ja Chantilly
), Marylandin kampanja (mukaan lukien Harpers Ferry ja Antietam) ja Fredericksburgin taistelu. Chancellorsvillen taistelussa toukokuussa 1863 Jackson pyysi Hotchkissiltä kahdeksan karttaa Fredericksburgin länsipuolella sijaitsevasta alueesta ja löysi paikallisten asukkaiden kanssa reitin, jonka Jacksonin joukot käyttivät kuuluisassa liittolaisten armeijaa vastaan. Jackson haavoittui kuolettavasti ja kuoli alle kaksi viikkoa myöhemmin.