Heskey pelasi Englannin maajoukkueessa alle 16-vuotiailla, alle 18-vuotiailla, alle 21-vuotiailla, B-joukkueella ja senior-joukkueella. Hän teki Englannin debyyttinsä Unkaria vastaan 1-0-ottelussa vuonna 1999. Hän menetti paikkansa joukkueessa UEFA Euro 2004: n jälkeen.
, jonka aikana hän epäonnistui loistamaan ja oli paljon kritiikkiä. Pitkän kansainvälisen eron jälkeen Heskey kutsuttiin takaisin Englannin joukkueeseen UEFA Euro 2008 -kilpailuihin syyskuussa 2007. Hän lopetti kansainvälisen jalkapallon vuoden 2010 FIFA-maailmancupin jälkeen, kun hän oli saavuttanut 62 ottelua ja tehnyt 7 maalia maalleen.