Palattuaan kotiin maaliskuussa 1801 hän sai käskyn valmistautua vuoden mittaiseen risteilyyn Välimerellä kommodori Richard Dale'n komennossa olevassa laivueessa. Kapteeni Samuel Barron vapautti Decaturin omasta pyynnöstään Philadelphian komennosta. Laivue saapui Gibraltariin 1. heinäkuuta. "Philadelphia" ohjattiin risteilylle Tripoliin, koska vuonna 1801 Pasha Yusuf Karamanli oli uhannut sotaa.
Hän oli ryöstänyt Yhdysvaltain kauppalaivoja lunnaiksi.