Konfederaatio kuitenkin synnytti vastarintaa useiden ryhmien keskuudessa molemmissa maissa, jotka vihasivat kansallisten identiteettien laimentamista ja naapurimaita. Monet perulaiset poliitikot, jotka vastustivat liiton ideaa, pakenivat Chileen, jossa he saivat tukea, ja tämä johti liiton sotaan.
Chile julisti sodan 28. joulukuuta 1836, ja Argentiina teki saman 9. toukokuuta 1837. Chilen sotilasoperaatio Santa Cruzia vastaan, jota johti amiraali Manuel Blanco Encalada, epäonnistui ja joutui alistumaan Paucarpatan sopimuksen allekirjoittamiseen 17. marraskuuta 1837.