Täytä seuraava lause: Pian toisen maailmansodan syttyessä Morgensternit riistettiin ja karkotettiin juutalaisina
Heidät vangittiin Łódźin getossa. Siellä Samuel Morgenstern kuoli kuolemaan elokuussa 1943. Hänet haudattiin gheton hautausmaalle. Hänen vaimonsa Emma, joka, kuten hänen lankonsa Wilhelm Abeles (joka myös asui ghetossa ja selvisi Auschwitzilta), todisti miehensä kuoleman, karkotettiin todennäköisesti Auschwitz-Birkenaun keskitysleiriin samana kuussa. Koska Auschwitzissa oli tavanomaista lähettää useimmat uudet tulokkaat, varsinkin vanhat naiset, jotka eivät kyenneet työskentelemään, suoraan kaasukammioihin, heidän kuolemansa voidaan pitää varmana. Näin ollen Wienin tuomioistuin päätti joulukuussa 1946, etteivät he olisi voineet selvitä sodan loppuun asti, ja julisti heidät kuolleiksi veljensä Max Praganin esittämän kanteen mukaisesti.