13. huhtikuuta 1796 Willot siirrettiin "Rhin-et-Mosellen armeijaan". Hän otti 8. sotilasdivisioonan komennon samana vuonna. Hän väitti olevansa puolueeton, mutta onnistui loukkaamaan jakobinipuolueen. Napoleon Bonaparte sai hänet poistetuksi. Tuolloin hän liittyi rojalistipuolueeseen. Hänen poliittiset taipumuksensa olivat ilmeisesti tunnettuja, koska Pierre Augereau huusi, että Willot Marseillesissa oli melkein sabotoinut Arcolen taistelun.
Hän ei pystynyt vahvistamaan "Italian armeijaa". Willot valittiin viisisadan neuvoston jäseneksi 11. huhtikuuta 1797. Hänet valittiin Bouches-du-Rhônen vaalipiiriin 102 äänellä 203 äänestä. Hänestä tuli neuvoston sihteeri ja myöhemmin tarkastaja.