Vuoden 2006 liittovaltion vaalit johtivat konservatiivisen puolueen johtamaan vähemmistöhallitukseen, ja Harperista tuli Kanadan 22. pääministeri. Ensimmäisen toimikautensa aikana Harper kohtasi In and Out -skandaalin, kun taas Harperin johdolla hyväksyttyjä tärkeitä lainsäädäntöjä olivat "Federal Accountability Act", Québécois-kansan liike ja Veteransien oikeuksien julistus. Vuoden 2008 liittovaltion vaalien jälkeen, joissa konservatiivinen puolue voitti suuremman vähemmistön, Harper hyväksyi taloudellisen toimintasuunnitelman vastauksena finanssikriisiin 2007-2008, voitti mahdollisen oppositiopuolueiden koalition epäluottamuslauseen ja määräsi sotilaallisen intervention ensimmäisen Libyan sisällissodan aikana.
- Mitä? Kanadan 40. parlamentti hajotettiin lopulta maaliskuussa 2011 toisen luottamuslauseen jälkeen Lockheed Martin F-35 Lightning II -kanadalaisen hankintaohjelman johdosta. Liittovaltion vaaleissa konservatiivit saivat enemmistön. Kolmannella kaudellaan Harper vetäytyi Kanadan Kioton pöytäkirjasta, käynnisti operaation Impact ISIL:ää vastaan, kumotti pitkän aseen rekisterin, hyväksyi "Terrorismin vastaisen lain 2015", käynnisti Kanadan globaalien markkinoiden toimintasuunnitelman ja kamppaili Kanadan senaatin kuluja ja Robocall-skandaalia koskevia kiistoja.