15. kesäkuuta 1941, vain viikko ennen natsien hyökkäystä Venäjään, Vitkauskas lähetettiin Moskovan sotilasakatemiaan ylempien upseerien kursseille. Se oli osa laajempaa aloitetta lähettää liettualaisia upseereita eri kursseihin ja korvata heidät venäläisillä. Kaksi selitystä annetaan: valmistautuminen Saksan hyökkäykseen tai varotoimien toteuttaminen mahdollisen kapinan estämiseksi kesäkuussa tapahtuvan karkotuksen vuoksi.
- Mitä? Vitkaukasin vaimon mukaan käsky lähteä Moskovaan oli kiireellinen, ja Vitkauskas asetettiin aseistetun vartijan alaisuuteen rautatieasemalle. Valmistuttuaan kurssit joulukuussa 1941 hän opetti suurten sotajoukkojen taktiikkaa. Hän oli Neuvostoliiton korkeimman neuvostoneuvoston jäsen vuosina 1941-1954.