Ma siirrettiin veljensä Ma Fulun ja useiden serkkujen kanssa upseereina kenraali Dong Fuxiangin alaisuudessa Pekingiin vuonna 1898. Boxer-kapinan aikana muslimijoukot tulivat tunnetuksi nimellä "Kansu Braves" ja taistelivat kahdeksan kansakunnan liittoumaa vastaan. Ma Fuxiang tappoi monia ulkomaalaisia taistelussa. Ma johti ratsuväen hyökkäystä ulkomaisia kahdeksan kansakunnan liittouman armeijaa vastaan Langfangin taistelussa, kukistaen heidät ja pakottaen eurooppalaiset pakenemaan. Hän ja Ma Fulu suunnittelivat ja johtivat hyökkäystä ja piirittivät ulkomaiset joukot kynttilän liikkeellä. Heidän ponnistelunsa estävät Pekingin hyökkäyksen vielä kuukaudeksi. Muslimijoukot taistelivat kiihkeästi Zhengyangin portissa Pekingissä. Ma Fulu ja neljä hänen serkkuaan kuolivat taistelussa vuonna 1900 Pekingin taistelussa.
Kaikkiaan sata sotilaita hänen kotikaupungistaan kuoli siinä taistelussa Zhengyangissa. Hän oli komennut prikaattia, ja Ma Fuxiang otti paikan veljensä kuoleman jälkeen. Lopun Boxer-kapinan ajan hänen yksikkönsä osallistui kansainvälisten lähetystöjen piiritykseen (Boxer-kapina). Hän saattoi keisarillisen perheen Xi'aniin.