Selfridge oli asemalla Presidiossa San Franciscon maanjäristyksen aikaan.
18. huhtikuuta 1906. Hänen yksikönsä osallistui etsintä- ja pelastusoperaatioihin sekä siivousoperaatioihin. Vuonna 1907 hänet määrättiin Fort Myeriin Virginiassa sijaitsevaan ilmailuosastoon, jossa hän oppi lentämään lentokoneella. Hän oli myös Yhdysvaltain hallituksen edustaja Aerial Experiment Associationissa, jonka puheenjohtajana toimi Alexander Graham Bell, ja hänestä tuli sen ensimmäinen sihteeri.