"Leipzig" aloitti seuraavan lähetystönsä ulkomaille 14. kesäkuuta korvetin tilalle. Uusi laivueen komentaja, "KAdm" Karl August Deinhard, matkusti itsenäisesti matkustaja-aluksella. Leipzig pysähtyi Adenissa 16. heinäkuuta, jossa se virallisesti korvasi Bismarckin laivueen lippulaivaina, ja jatkoi matkaansa Zanzibariin, jonne se saapui 2. elokuuta. Siellä hän liittyi korvettiin; jälkimmäisen aluksen komentaja, "KzS" Franz Strauch toimi laivueen väliaikaisena komentajana, kun Deinhard oli vielä matkalla, ja niin hän siirrettiin "Leipzigin" ja Hartog otti hänen paikkansa "Olgaan". Deinhard saapui 31. elokuuta ja otti komennon laivueesta Manda-lahdella Keniassa. Tuolloin laivue koostui "Leipzig", "Olga", "Möwe" ja 31. joulukuuta suojaamaton risteilijä ja 5. tammikuuta 1889 aviso. Laivue, jonka oli tarkoitus toimia Etelä-Tyynenmeren alueella, joutui sen sijaan pysymään Saksan Itä-Afrikan ulkopuolella Abushirin kapinan vuoksi.
Tämä oli todellakin syy, miksi "Schwalbe" ja "Pfeil" lähetettiin vahvistamaan laivueen. Saksan Itä-Afrikan rannikolla käydyt operaatiot olivat Saksan laivaston suurin ja pitkäaikaisin toiminta ennen ensimmäistä maailmansotaa.