Täytä seuraava lause: Toukokuussa 1864 hänet siirrettiin komentelemaan tykistöä Pietarin piirityksen aikana. Presidentti Abraham Lincoln nimitti Abbotin nimitettäväksi vapaaehtoisten prikaatin kenraaliluokkaan 1. elokuuta 1864 alkaen, ja Yhdysvaltain senaatti vahvisti nimityksen 20. helmikuuta 1865. Joulukuussa 1864 hän sai komennon koko piiritysartileriaan Pietarin piirittäneessä Potomacin armeijassa ja Jamesin armeijassa. Tammikuussa 1865 kenraali Alfred H. Terry pyysi kenraali Abbotia saattamaan hänen retkikuntaansa Fort Fisheriin. Abbot komensi väliaikaista piiritysartilleribrigadaa
Toinen Fort Fisherin taistelu.