Vaikka rahaa oli vähän vuonna 1989, Coloni ajoi kaksi autoa Roberto Morenolle ja ranskalaiselle Pierre-Henri Raphanelille. FC188B:t olivat toinen päivitys vuoden 1987 autoon, mutta niitä oli vaikea käsitellä ja ne olivat noin 20 km/h hitaampia kuin muut. Molemmat kuljettajat pääsivät kuitenkin Monaco Grand Prix -kilpailuun. Tämä oli Colonin ainoa kilpailu kauden ensimmäisellä puoliskolla. Kanadassa Coloni esitteli uuden auton (Coloni C3), jonka oli kirjoittanut entinen AGS-insinööri Christian Vanderpleyn. C3 oli pohjimmiltaan hyvä suunnitelma, mutta joukkue kärsi jälleen täydellisestä testauksen puutteesta. Tämä tarkoitti sitä, että joukkue ei usein löytänyt oikeaa asennusta kisoihin. Joukkue epäonnistui pääsemään useimmissa jäljellä olevassa kaudella - vain kolmessa tapauksessa, Coloni C3: n debyytti, 1989 Canadian Grand Prix, 1989 British Grand Prix
ja Portugalin Grand Prix -kilpailussa Moreno pääsi 26., 23. ja 15. sijalle, kun Estorilille oli asennettu kehittyvä etusiipi. Valitettavasti hän törmäsi Eddie Cheeverin kanssa lämmityksessä ja joutui käyttämään vara-autoa. Hän ei päässyt kisaan loppuun, koska moottori räjähti muutaman kierroksen jälkeen. Kun tuloksia ei saatu, joukkuetta leikattiin koko vuoden ajan. Kun Vanderpleyn oli lähtenyt joukkueesta syyskuussa, Enzo Coloni otti itse insinöörin työn, mutta yllättäen tämä ei tuonut mitään parannusta; eikä myöskään uusi kuljettaja Enrico Bertaggia, joka korvasi Raphanelin viimeisissä kisoissa. Joukkue pääsi tasan 18. ja viimeisenä Zakspeedin kanssa, koska EuroBrun-joukkue ei päässyt siihen vuoteen. Portugalin Grand Prix osoittautui Colonin auton viimeiseksi ajojaksoksi.