Infanta Pilar vietti ensimmäisen vuotensa Espanjan hovin muodollisessa ilmapiirissä. Neljävuotiaaksi asti hänet kasvatti huolellisesti valittu imettäjä. Seitsemänvuotiaana hänen koulutuksensa oli Berwickin ja Alban herttuattaren valvonnassa. Siihen mennessä Isabella II:n hallitusvallan vakaus oli horjunut. Kuningatar menetti nopeasti hallituksensa kaksi merkittävintä poliitikkoa. Leopold O'Donell kuoli marraskuussa 1867 ja Narvaez huhtikuussa 1868, kun hän vielä johti hallitusta. Kun Espanjan kuninkaallinen perhe oli viettänyt muutaman päivän La Granjan palatsissa, se muutti kesäkuussa 1868 Cantabrian rannikolle. He menivät Lekeitioon viettämään aikaa meriuinnilla, joka oli määrätty kuningattarelle, koska hän kärsi ihosairaudesta. Pilar oli silloin seitsemänvuotias. Hänen jatkuvat toverinsa olivat hänen sisarensa Paz, joka oli kuuden, ja Eulalia, joka oli neljän. Heidän 10-vuotias veljensä Alfonso sai erillisen koulutuksen, koska hän oli kruununperijä. Pilarin vanhin sisar, Infanta Isabella oli naimisissa serkkunsa Girgentin kreivi kanssa toukokuussa ja hän oli ulkomailla häämatkallaan. Kun kuninkaallinen perhe oli Lekeitiossa, sotilaskiihotukset alkoivat. 28. syyskuuta - kenraali Novalichesin johtamien rojalistien joukkojen tappio Alcolean taistelussa.
Se merkitsi kuningattaren hallituskauden loppua. Kaksi päivää myöhemmin Espanjan kuninkaallinen perhe ylitti rajan junalla Biarritziin.