Darlan oli Algerissa, kun liittoutuneet hyökkäsivät Ranskan Pohjois-Afrikkaan.
marraskuussa 1942. Liittoutuneiden komentaja Dwight D. Eisenhower teki Darlanin kanssa kiistanalaisen sopimuksen, jossa hänet tunnustettiin Ranskan korkeaksi komissaariksi Pohjois- ja Länsi-Afrikassa. Vastineeksi Darlan määräsi kaikki ranskalaiset joukot Pohjois-Afrikassa lopettamaan vastarinnan ja tekemään yhteistyötä liittoutuneiden kanssa. Alle kaksi kuukautta myöhemmin, 24. joulukuuta, Darlan murhattiin Fernand Bonnier de La Chapellen, 20-vuotiaan monarkistin ja Vichyisten vastaisen.