Plekanec pelasi kolmea kansainvälistä junioriturnausta Tšekin tasavallan kanssa. Hänet nimitettiin alle 18-vuotiaiden joukkueeseen vuoden 2000 IIHF-maailman U18-mestaruuskilpailussa, jossa hän antoi kaksi pistettä kuudessa pelissä. Hän auttoi Tšekin joukkuetta voittamaan kultamitalin vuoden 2001 juniori-mestaruuskilpailussa.
Kaksi pistettä seitsemässä pelissä. Hän teki toisen peräkkäisen World Junior esiintymisensä vuonna 2002 ja parani seitsemään pisteeseen seitsemässä pelissä.