Vuoden 1864 syyskuussa Nietzsche aloitti teologian ja klassisen filologian opinnot Bonnin yliopistossa toivoen voivansa tulla papiksi. Lyhyeksi ajaksi hän ja Deussen tulivat Burschenschaft Frankonia -järjestön jäseniksi. Yhden lukukauden jälkeen (ja äitinsä vihaan) hän lopetti teologiset opintonsa ja menetti uskonsa. Jo vuonna 1862 kirjoittamassaan esseessä "Tule ja historia" Nietzsche oli väittänyt, että historiallinen tutkimus oli diskreditoinut kristillisyyden keskeiset opetukset, mutta David Straussin Jeesuksen elämää koskeva kirja näyttää myös vaikuttaneen syvästi nuoreen mieheen. Lisäksi Ludwig Feuerbachin kirjassa Kristinuskon olemus nuori Nietzsche vaikutti väitteellä, että Jumala loi ihmiset eikä toisinpäin.
Syyskuu 1864