Navarro pelasi myös kolme kertaa Meksikon maajoukkueessa. Hän oli käyttämätön korvaaja vuoden 1993 Copa America -turnauksessa, jossa Meksiko sijoittui toiseksi, mutta teki kansainvälisen debyyttinsä vasta Unkarin 5-1 voitossa 14. joulukuuta 1994. Hän oli myös Bora Milutinovicin kutsumassa ensimmäisessä kansainvälisessä joukkueessa hänen toisessa Meksikon vastuussa ollessaan, ja hän oli jäsenenä Meksikon puolella, joka osallistui 1995 King Fahd Cup -kisoihin ja
Copa America vuonna 1995. Navarron viimeinen kansainvälinen esiintyminen tapahtui 4-1 tappiossa Jugoslavian kanssa Monterreyllä 15. marraskuuta 1995.