Matsui lahjoitti henkilökohtaisesti 500 000 dollaria hyväntekeväisyyteen vuoden 2004 Intian valtameren maanjäristyksen uhreille. Hän lahjoitti myös 620 000 dollaria - vuoden 2011 maanjäristyksen ja tsunamin uhreille.
Japanin Tohokun alueella. 21. maaliskuuta 2015 Matsui ja entinen joukkuetoverinsa Derek Jeter pitivät baseball-hyväntekeväisyystapahtuman tukemaan lapsia, jotka kärsivät vuoden 2011 maanjäristyksestä ja tsunamista Tokion kupolissa. Tapahtumaan kuului baseball-klinikka ja kolari-derby Matsuin ja Jeterin välillä.