Kun jakobititit olivat saavuttaneet huomattavan menestyksen vuoden 1745 kapinan alkuvaiheessa, Royal Écossais lähetettiin Skotlantiin marraskuussa; MacDonnellin kuljettava laiva pidätettiin ja hän liittyi isänsä Johnin kanssa Lontoon torniin. Hänen nuorempi veljensä Aeneas keräsi klaanirykmentin ja taisteli Falkirkissa.
Tammikuussa 1746, mutta kuoli taistelun jälkeen.