Tämä on yleisin bakteerien keskuudessa. Lääketieteessä tämä edistää antibioottiresistenssin leviämistä, koska kun yksi bakteeri hankkii resistenssi geenejä, se voi nopeasti siirtää ne muille lajeille. Bakteereilta eukaryootteille on tapahtunut geenien horisontaalinen siirto, kuten hapat Saccharomyces cerevisiae ja adzuki-papu Callosobruchus chinensis. Esimerkkinä suuremmassa mittakaavassa tapahtuvista siirroista ovat eukaryoottiset bdelloid-rotifersit, jotka ovat saaneet erilaisia geenejä sienien, bakteerien ja kasvien.
bakteerien ja arkeaiden välisestä horisontaalisesta geenien siirrosta