Napoleonin miehityksen aikana perustetun Cisalpine- tasavallan myötä Giovanni nimitettiin yhdeksi uuden hallituksen johtajista. Mutta riita kenraali Brunen kanssa johti hänen erottamiseen. Hapsburgin hallituksen paluun myötä hänet vangittiin Cattaron linnoitukseen. Marengon taistelun jälkeen
Itävaltalaisten tappion jälkeen hänet kutsuttiin takaisin hallitukseen. Hänellä oli useita tehtäviä, mukaan lukien senaatin puheenjohtaja vuosina 1809, 1811 ja 1812. Hän tuki Napoleonin tavoitteita Italian kuninkaan arvonimen saamiseksi, ja palkinnoksi hänelle myönnettiin kreiviarvonimi ja Rautakruunun ja Kunniallégion -palkinnot. Hän yritti epäonnistuneesti saada Eugène de Beauharnaisin nimitetyksi Pohjois-Italian tasavallan kuninkaaksi. Napoleonin kukistumisen jälkeen hänen pääasiallinen tuloineen oli matematiikan opetus.