Presidentti William J. Clintonin hallinto pyrki myöhemmin eristämään Sudanin. 1990-luvun puolivälissä se perusti etulinjan valtioiden painostuspolitiikan Khartumia vastaan Ugandan, Etiopian ja Eritrean avustuksella. Kasvava tyytymättömyys Sudanin politiikkaan ja Sudanin amerikkalaisiin kohdistettuihin terroristiuhkia koskeviin tietoihin, joista monet osoittautuivat vääriin, sai Yhdysvallat siirtämään kaikki amerikkalaiset vuoden 1996 keväällä Kartumin suurlähetystöstä Nairobin suurlähetystöön. Suurlähetystö Khartoumissa pysyi avoinna, mutta sen henkilöstössä oli sudanilaisia ja satunnaisesti vierailevia amerikkalaisia Keniasta. Yhdysvaltojen kehotuksesta Sudan pakotti Osama bin Ladenin lähtemään maasta toukokuussa 1996, mutta Washington ei seurannut tätä kehitystä yrittämällä parantaa suhteita Sudaniin. Suhteiden alhainen piste tapahtui elokuussa 1998, vain muutama päivä Yhdysvaltain suurlähetystöjen pommituksen jälkeen.
Dar es Salaamissa, Tansaniassa, ja Nairobissa, Keniassa, kun Yhdysvaltain laivasto laukaisi ohjuksia - lääketeollisuuden tehtaalle Khartoumissa epäilyttävällä perusteella, että se oli yhteydessä kemiallisten aseiden tuotantoon.