Kirjoita jatko tähän kappaleeseen - Venäjän sisällissodan aikana Malyshev liittyi Punaiseen armeijaan maaliskuussa 1919 ja hänet lähetettiin 7. kivääridivisioonaan, jossa hän palveli 30. ja 58. kiväärirykmenttien konekiväärirykmentin päällikkönä. Divisioona lähetettiin Itäsotaan 2. armeijan kanssa taistelemaan Koltshakin joukkoja vastaan taisteluissa Votkinskin alueella ja Votkinskin ja Ijevskin valloittamisessa. Kesällä 1919 divisioona lähetettiin eteläiselle rintamalle, jossa se taisteli taisteluissa Etelä-Venäjän asevoimia vastaan Obojanin ja Sudzhan alueella. Syksyllä divisioona taisteli Orel-Kurskin operaatiossa.
ja Dmitrovskin valloittamisessa, ja tammikuussa 1920 Neuvostoliiton vastaisen vastarinnan tukahduttamisessa Glukhovin, Putivylin ja Konotopin alueella. Huhtikuussa Malyshev nimitettiin 58. kiväärirykmentin apulaikomentajaksi, joka taisteli Puolan ja Neuvostoliiton välisessä sodassa länsirintamalla, sitten Stanisław Bułak-Bałachowiczin joukkojen tukahduttamisessa Ovruchin alueella ja Makhnovistien Poltavan guberniassa. Malysheville myönnettiin Punaisen lipun ritarikunnan kunniamerkki toukokuussa 1920.