Ennen Maria Theresiaa Transsylvanian hallitsijat käyttivät erilaisia lippuja, joihin useimmiten sisältyvät perhe- tai ryhmäsymbolit, kuten Báthory "susihampaat"; Prinssi Sigismund käytti myös prototyyppiä Unkarin kolmivärisestä lippusta, mutta käytäntö kuoli kauan ennen Habsburgin valloitusta. Transylvanian Habsburgien kolmivärinen lippu ja Romanian lippu muistuttavat toisiaan pinnallisesti: Transylvanian lippu on sininen-punainen-keltainen vaakasuorassa, kun taas Romanian lippu on sininen-keltainen-punainen pystysuorassa. Transylvanialaiset värit kodifioitiin heraldisista tinktuureista, mutta romanialaiset tutkijat, kuten Iosif Sterca-Șuluțiu, osoittavat, että ne ovat dakialaista alkuperää ja liittyvät romanialaiseen etnogeneesiin. Heistä tuli suosittuja Transylvanian romanialaisten keskuudessa vuoden 1848 vallankumouksen myöhäisvaiheessa.
, kun sininen, punainen ja valkoinen yhdistelmät on korvattu.