Koska proteiinit ovat liian pieniä nähdäkseen valomikroskoopilla, niiden rakenteen määrittämiseksi on käytettävä muita menetelmiä. Yleisiä kokeellisia menetelmiä ovat röntgenkristallografia ja NMR-spektroskopia, joista molemmat voivat tuottaa rakenteellisia tietoja atomiariskolla. NMR-kokeet voivat kuitenkin tuottaa tietoja, joista voidaan arvioida atomiparien väliset etäisyydet ja proteiinin lopulliset mahdolliset muodonmuodostukset määritellään etäisyysgeometrian avulla.
elektronikristallografia