Kaupunki pysyi Romanian hallinnassa 28. kesäkuuta 1940 asti, jolloin se miehittiin yhdessä Bessarabian ja Pohjois-Bukovinan kanssa.
Neuvostoliitto. Elokuussa 1940 Neuvostoliitto perusti Tšernivitsin alueen ja sisällytti siihen Khotinin ympärillä olevan alueen, joka tuli osaksi Ukrainan sosialistista neuvostotasavaltaa, ei Moldovan sosialistista neuvostotasavaltaa, kuten muu Bessarabia. Operaatio Barbarossan jälkeen, jossa Romania toimi Saksan liittolaisena, alue vallattiin uudelleen Romanian toimesta heinäkuun alussa 1941. Maaliskuussa 1944, akselijoukkojen kukistuttua, kaupunki otettiin takaisin Neuvostoliiton valtaan ja liitettiin Neuvostoliiton Ukrainaan.