Vuonna 1571 kuningas Sebastián määräsi tornin uudistamisen, kun samankaltaisia aloitteita oli toteutettu useissa Portugaliin rannikolla sijaitsevissa linnoituksissa. Tuolloin linnoitus nimettiin "São Brásin" ("Saint Blaise") kunniaksi, joka oli portugalilaisen perinteen mukaan tykistömiesten suojelusta, ja muutettiin kunnioittamaan nuorta kuningasta (joka hävisi Alcácer Quibirin taistelussa
) ja Pyhä Sebastian. Afonso Álvaresin johdolla uusi hanke muutti linnoituksen massiiviseksi linnoitukseksi, josta tuli "São Sebastião da Caparican linnoitus" (). Vuosina 1580-1640 sitä kutsuttiin paikallisesti nimellä "Torre dos Castelhanos" ("Kastilian torni"), jossa se remodeloitiin rakenteellisesti vastaamaan Filippiinien dynastian vaatimuksia.