Bayern täytti Guardiolan toiveen saada Thiago Alcântara FC Barcelonasta ja Guardiolan ensimmäinen kausi alkoi hyvin, kun Bayern pidentää voittamattomien liigaottelujen sarjaa viime kaudella 53 otteluun. Lopulta tappio Augsburgiin tuli kaksi ottelupäivää sen jälkeen, kun Bayern oli jo voittanut mestaruuden. Bayern voitti kauden aikana myös kaksi muuta mestaruutta, FIFA Club World Cupin ja UEFA Super Cupin.
, jälkimmäinen oli viimeinen suuri palkinto, jota klubi ei ollut vielä voittanut. Bayern voitti myös kupin täydentääkseen kymmenennen kotimaisen kaksoisottelunsa, mutta hävisi Mestarien liigan puolifinaalissa Real Madridille. Bayern Munchenin johtaja Uli Hoeneß tuomittiin 13. maaliskuuta 2014 veropetoksesta ja tuomittiin kolmeen ja puoleen vuoteen vankeuteen. Hoeneß erosi seuraavana päivänä. Varapresidentti Karl Hopfner valittiin presidentiksi 2. toukokuuta. Bayern osti Robert Lewandowskin Borussia Dortmundissa päättyneen sopimuksensa jälkeen ja lainasi Xabi Alonson Real Madridilta. Bayern antoi myös Toni Kroosin lähteä Realiin. Klubin ikonit Bastian Schweinsteiger ja Claudio Pizarro lähtivät ennen kauden 2015-16. Bayern puolusti mestaruuttaan näinä kahdena kaudella, mukaan lukien toinen kaksinkertainen kausi vuonna 2015-16, mutta se ei päässyt mestaruussarjan semifinaaliin. Vaikka klubin johto yritti vakuuttaa Guardiolan jäämään, valmentaja päätti olla jatkamatta hänen kolmivuotista sopimustaan.