Kun toisen liittouman sota alkoi vuoden 1799 alussa, Nauendorf taisteli Itävallan voittoihin Ostrachissa.
21. maaliskuuta) ja sitten Stockachissa 25. maaliskuuta. Maaliskuun alussa hän johti 17 000 miehen eturintaman Lech-joen yli Augsburgin kautta, sijoittaakseen Ostrachin, joka oli noin Donau-joen varrella ja vähemmän kuin Pfullendorfin vapaasta keisarillisesta kaupungista. Jourdanin Tonavan armeija oli ylittänyt Reinin 1. maaliskuuta ja siirtynyt itään katkaistakseen viestinnän Itävallan pääjoukkojen välillä, jotka sijaitsivat Augsburgin lähellä, ja Itävallan joukot Pohjois-Italiassa. Ostrachissa hänen eturintamansa kärsi välittömästä kontaktin järkytyksestä, mutta armeijan pääjoukko oli alle päivän takaa, ja Itävallan joukkojen komentaja arkkiherttua Kaarle jakoi armeijansa kolmeen hyökkäyskoloniin, jotta he voisivat tehdä samanaikaisen hyökkäyksen kolmeen kohtaan ranskalaisen linjan alueella; päivän ikävien taistelujen jälkeen itävaltalaiset ympäröivät ranskalaiset pohjoisesta ja etelästä ja uhkasivat murtautua linjan läpi keskellä. Ranskalaiset vetäytyivät Mösskirchiin ja sitten Engeniin ja Stockachiin, missä taistelut uusittiin 25. maaliskuuta. Stockachissa Nauendorf komensi jälleen itävaltalaista etuvartiota, joka koostui Habsburgien raja-soissa kokeneista joukkoista. Eturintama, tai "Vorhut", siirrettiin uudelleen ennen taistelua Itävallan päälinjan keskukseksi ja otti alkutaistelun paineen.