Fassbender on katolilainen, mutta käy yhä kirkossa sytyttämässä kynttilöitä. Hän on Liverpoolin jalkapallojoukkueen kannattaja. Vuonna 2010 Fassbenderin entinen tyttöystävä Sunawin Andrews nosti häneen lähestymiskiellon Los Angelesin piirikunnan tuomioistuimessa väittäen, että hän "heitti minut tuoliin ja mursi nenäni" vuonna 2009 ja että hän oli myös raahannut hänet auton vieressä loukkaantumalla nilkansa ja polvensa sekä aiheuttanut hänen räjähdyksen.
Valo valtamerten välissä