Dopplerin tutkimus keskeytyi vuoden 1848 vallankumouksellisten tapahtumien vuoksi. Toimintavaiheessa
Unkarin vallankumouksen jälkeen hän pakeni Wieniin. Siellä hänet nimitettiin Wienin yliopiston kokeellisen fysiikan laitoksen johtoon vuonna 1850. Siellä ollessaan Doppler vaikutti Franz Ungerin kanssa nuoren Gregor Mendelin, genetiikan perustajan, kehitykseen, joka opiskeli Wienin yliopistossa vuosina 1851-1853.