Manaj debytoi Interin joukkueessa vaihdossa Jeison Murillon tilalle ystävyyssopimuksessa Athletic Bilbaoa vastaan 6. elokuuta 2015 ja Inter voitti 2:0. Hän debytoi Serie A:ssa 23. elokuuta 2015 joukkueen avajaisottelussa kaudella 2015-16.
, joka korvasi Brozovićin 85: ssä minuutissa Atalantaa vastaan voittaneessa 1-0-ottelussa. Joulukuun 15. päivänä Manaj aloitti ensimmäisen kerran Coppa Italia -ottelussa Cagliaria vastaan, pelaa koko 90 minuuttia ja antaa avun Palacion tekemälle ensimmäiselle maalille lopulta 3:0 voitossa.