Saleh on syntynyt Hafir Meshoun kylässä, Dongolasta pohjoiseen. Hän kävi Al-Hafirin peruskoulua, ja myöhemmin siirtyi Al-Barqeeqin keskuskouluun saadakseen Välimeren koulutuksensa. Hän opiskeli Dongolassa 1964-1968 ja valmistui Sudanin sotilasakatemiasta luutnanttina vuonna 1973. Hän palveli erikoisjoukkojen komentajana 1985-1987 ja uudelleen 1988-1989. Armeijan upseerinä Saleh osallistui kesäkuussa 1989 sotilasjoukkoihin, jotka toivat Omar al-Bashirin valtaan, ja hän palveli jäsenenä vallankumouksellisessa pelastuksen komennon neuvostossa, joka hallitsi Sudania vallankaappauksen jälkeen. Saleh toimi merkittävissä tehtävissä Sudanin turvallisuusvirastoissa. Hän oli kansallisen turvallisuuden johtaja vuodesta 1990, sisäasiainministeri vuodesta 1995 vuoteen 1998, pääministeri vuodesta 1998 vuoteen 2000, pääministeri vuodesta 2000 vuoteen 2005 ja pääministeri vuodesta 2007 vuoteen 2007. Saleh on nimitetty uudeksi varapresidenttinsa, varapresidentti vuodesta 1989 lähtien.
Ensimmäinen varapuheenjohtaja