Malaika on naimisissa Bollywood-näyttelijä-ohjaaja-tuottaja Arbaaz Khanin kanssa vuonna 1998, jonka hän tapasi kahvin mainoskuvauksessa. 28. maaliskuuta 2016 he ilmoittivat eron yhteensopivuusongelmista. Pariskunta erosivat virallisesti 11. toukokuuta 2017. Yhdessä heillä on poika, Arhaan, joka syntyi 9. marraskuuta 2002. Pojan huoltajuus eron jälkeen on Malaikan kanssa. Arbazilla on vierailuoikeudet pojalleen, kuten Bandra Family Courtissa sovittu sovinto. Hänen sisarensa on näyttelijä Amrita Arora, ja hänen entiset veljensä ovat Bollywood-näyttelijä Salman Khan ja Bollywood-näyttelijä-ohjaaja-tuottaja Sohail Khan. Hänen appi isänsä on käsikirjoittaja Salim Khan. Kysymys: Milloin he erosivat?
11. toukokuuta 2017