Vuonna 1996 BCF sai suuria velkoja oikeudellisen riidan johdosta Tony Doylen kanssa, joka erosi virastaan liittovaltion presidenttinä pian sen jälkeen, kun sen hallitus yritti poistaa hänet. Doyle oli valittu puheenjohtajaksi vuoden 1995 lopulla järjestyksen avoimuuden ja vastuuvelvollisuuden lisäämiseksi liitossa: kampanja hänen poistamisekseen perustui väitteisiin, joiden mukaan hän ei ollut ilmoittanut roolistaan konsulttina yritykselle, joka halusi toimia vuoden 1996 UCI-pyöräilymaailmanmestaruuden järjestäjänä.
Manchesterissa. Yhdistyneen kuningaskunnan urheiluneuvoston tilintarkastajien joulukuussa 1996 antamassa kertomuksessa liittovaltion taloustilanteesta ja hallinnoinnista todettiin, että liittovaltion tilinpäätöstä ja taloustilanteen valvontaa koskevissa menettelyissä oli vakavia puutteita sekä mahdollisia eturistiriitoja hallituksen jäsenten ja pyöräilyalan johtavien yritysten välillä. Johtokunta poistettiin jäsenten toimesta ja sen tilalle perustettiin hätätilanteiden hallintokomitea. Tämän raportin johdosta urheiluministeri Iain Sproat varoitti, että BCF:n urheiluneuvostolle myönnettävät avustukset voitaisiin peruuttaa ja että se voitaisiin kieltää hakemasta arpajaisrahoja. Brian Cookson valittiin pian sen puheenjohtajaksi: hän kuvaili järjestön tilannetta tuolloin "lyhyen konkurssin, 14 000 jäsentä ja lasku, yksi olympiakultaa 76 vuodessa ja ei paljoa