Hänet ei ylennetty useasti (vuonna 1999 kansallisen turvallisuuden apulaisjohtajaksi ja vuoden 2000 alussa FBI:n New Yorkin toimiston johtajaksi). O'Neill oli iloinen saadessaan tehtävän FBI:n komentajaksi USS Cole -pommi-iskun tutkimuksessa.
lokakuussa 2000. Saavuttuaan Jemenissä hän kuitenkin valitti riittämättömästä turvallisuudesta. O'Neill tuli ristiriitaan Jemenin suurlähettilään kanssa. Heillä oli hyvin erilaisia näkemyksiä siitä, miten Jemenin omaisuuden etsintöjä ja kansalaisten ja viranomaisten haastatteluja käsiteltäisiin, ja heidän eronsa vain kasvoi ajan myötä.