Sylvester Bonnaffon Jr. kirjautui sotilaspalvelukseen Philadelphiassa, Pennsylvaniassa, 14. joulukuuta 1861. Hänet siirrettiin samaan rykmenttiin 18. joulukuuta, ja hänet ylennettiin korpraaliin 1. huhtikuuta 1862 ja ylikonstaapeliin kuukautta myöhemmin (1. toukokuuta). Samana vuonna hänet nimitettiin toiseksi luutnanttiksi, ja hän osallistui joukkonsa kanssa useisiin Amerikan sisällissodan voimakkaimpiin taisteluihin osana liiton Potomacin armeijaa, mukaan lukien 1862 toisen Bull Runin taistelun (28-30 elokuuta) ja Chantillyn taistelut.
1. syyskuuta ja Fredericksburg 11. joulukuuta 15. syyskuuta ja Fredericksburg 11. joulukuuta 15. syyskuuta) ja Fredericksburg 11. joulukuuta 15. syyskuuta 1863 Chancellorsvillen taistelu 30. huhtikuuta 6. toukokuuta 1863, Gettysburgin taistelu 1. heinäkuuta 3. heinäkuuta ja Wapping Heightsin taistelu 23. heinäkuuta Bristoen taistelu ja sen ensimmäinen taistelu Auburnissa 13. lokakuuta ja toinen taistelu Rappahannockin asemalla 7. marraskuuta ja kaivoskäynnin taistelu 2. joulukuuta 27. marraskuuta) ja vuoden 1864 taistelu Wildernessin 5. toukokuuta 7. toukokuuta Spottsylvania Court House 8. toukokuuta 21. toukokuuta 23. toukokuuta 26. Anna North ja Cold Harbor 31. toukokuuta 12. kesäkuuta 12. Pietarin piirityksessä, mukaan lukien Ensimmäinen ja Toinen syvän pohjan taistelu (heinäkuu 27-29, 1864 ja elokuu 14-20), hän edistyi sitten jälleen virassa ja sai syyskuun 27. päivänä ensimmäisen luutnantin.