Yuan oli poikkeuksellisen merikeskittynyt ja yritti lukuisia merikulkueita. Japanin mongolisten hyökkäysten (1274, 900 laivaa, ja vuonna 1281, 4400 laivaa) jälkeen, Champan mongolinen hyökkäys (1282),
Mongolin hyökkäys Jaavaan (1292, 1000 laivaa), vuonna 1291 Yuan yritti, mutta ei lopulta jatkanut Ryukyu-saarten hyökkäystä. Yksikään näistä hyökkäyksistä ei kuitenkaan onnistunut. Kublai harkitsi kolmannen Japanin hyökkäyksen aloittamista, mutta joutui perääntymään kansan suuttumuksen vuoksi. Yuan-kauden merivoimien edistymistä on kuvailtu Song-dynastian saavutusten seuraajaksi ja Mingin aarteen laivastojen edeltäjäksi. Yuan-laivaston tärkeä tehtävä oli viljan kuljetus etelästä nykypäivän Pekingin pääkaupunkiin. Suurella kanavalla kulkevien laivastojen ja Keltaisenmeren laivastojen välillä oli 50 vuotta kestänyt ankara kilpailu, joka päättyi Grand Canalin lopulliseen dominointiin Kiinassa nykyaikaan asti. Epäonnistuneet hyökkäykset osoittivat myös mongolien heikkouden - kyvyttömyyden järjestää laivastohyökkäyksiä menestyksekkäästi.