Täytä lause: Zersenay ei päässyt toistamiseen palkintopisteelle
2006 Maailman risteilymestaruuskilpailussa, mutta hänen neljännen sijansa johti Eritrean joukkuetta kohti hopeamitallia joukkuekilpailussa. Seuraavana kuukautena Zersenay voitti sekä Fabiano Josephin että Boniface Kipropin voittaakseen Great Manchester Run -kilpailun. Hän juoksi maaliin 27:36:lla, joka oli Eritrean ennätys ja toiseksi nopein tuona vuonna. Samana vuonna elokuussa hän paransi merkittävästi 10 000 metrin ennätystään Memorial Van Dammella. Hänen aikaansa 26:37,25 lyönyt lähes kolmekymmentä sekuntia edellisestä merkistä, mikä teki hänestä kahdeksannen nopeimman ihmisen koskaan, mutta hän lopetti silti nousevan Micah Kogon takana, joka juoksi kymmenenneksi nopein koskaan. Zersenayn uusi 59:16 -ennätys Rotterdamin puolimaratonilla tasoitti Samuel Wanjirun kurssin ennätyksen ja ennusti hyvää tulevaa mestaruuskilpailua varten.