Kun Itävallan arkkiherttua Ernest kuoli vuonna 1595, Albert lähetettiin Brysseliin seuraamaan vanhempaa veljeään Habsburgin Alankomaiden pääkuvernöörinä. Hän saapui Brysseliin 11. helmikuuta 1596. Hänen ensisijainen tavoitteensa oli palauttaa Espanjan sotilaallinen asema Alankomaissa. Espanja kohtasi Alankomaiden tasavallan, Englannin ja Ranskan yhdistettyjä joukkoja, ja se oli kokenut vain tappioita vuodesta 1590 lähtien. Ensimmäisen sotaretkensä aikana Albert yllätti vihollisensa valloittamalla Calaisin ja läheisen Ardresin ranskalaisilta ja Hulstin hollantilaisilta. Espanjan kruunun kolmas konkurssi myöhemmin samana vuonna kuitenkin korvasi nämä menestykset. Tämän seurauksena vuonna 1597 tapahtui useita sotilaallisia onnettomuuksia. Stadholder Maurice of Orange valloitti viimeiset Espanjan linnoitukset, jotka olivat jäljellä suurten jokien pohjoispuolella, sekä strategisen Rheinbergin kaupungin Kölnin vaalihallituksessa. 13. toukokuuta - 25. syyskuuta 1597 Espanjan suurjoukko, joka oli lähetetty maaliskuussa, oli valloittanut Amiensin helposti. Lopulta Espanjan armeija menetti Amiensin.
Ranskan kuningas Henrik IV:lle, vaikka Albert ja Ernst von Mansfeld yrittivät epätoivoisesti vapauttaa hänet. Koska Albertilla ei ollut enää rahaa maksaa sotilaille, hän joutui myös kohtaamaan useita kapinoita.