Hänet nimitti maaliskuussa 811 kalifi al-Amin korvaamaan Hatim ibn Harthamah ibn A'yan. Pian sen jälkeen hän joutui kuitenkin kamppailemaan sisällissodan puhkeamisen kanssa.
Al-Amin ja hänen veljensä al-Ma'munin välillä, ja pian hänen jatkuva uskollisuutensa entiselle oli asettanut hänet ristiriitaan al-Sari ibn al-Hakamin johtaman paikallisen "jundin" ryhmän kanssa, joka suosikin al-Ma'munin tunnustamista kalifiksi. Keväällä 812 "jund" al-Ma'munin kannustuksella vaihtoi avoimesti uskollisuuttaan ja kapinoi, ja Jabir kukistettiin asemastaan. Al-Ma'munin kannattaja Abbad ibn Muhammad ibn Hayyan nousi sitten kuvernööriksi ja otti vallan Fustatissa, mutta muut Egyptin osat pysyivät uskollisina al-Aminin puolella anti-kuvernöörin Rabi'ah ibn Qays ibn Zubayr al-Jurashin alaisuudessa.