Kun kuningas Fredrik II kruunattiin vuonna 1559, hän aloitti välittömästi laivaston laajentamisen. Perusten, telakoiden ja alusten määrä kasvoi nopeasti, ja huomattavia resursseja käytettiin uusien alusten suunnitteluun, aseistukseen, koulutukseen ja taistelu taktiikoihin. Itsenäiseksi tulleesta Ruotsista tuli vallassa suuri osa Itämerestä, ja se uhkasi Tanskan kauppaetuja. Tanska sulki kostona Øresundin vuonna 1568, mikä loi pohjan Skanian sodalle (1675<unk>1679), vain kahdeksan vuotta toisen pohjoismaisen sodan (1657<unk>1660) jälkeen, jonka aikana Tanska menetti nykyiset ruotsalaiset provinssit "Skåne", "Halland" ja "Blekinge". Tämän ajanjakson aikana merivoimille osoitettiin lisää resursseja. Cort Adeler ja Niels Juel johtivat Tanskan laivaston voittoon Køgenlahden taistelussa
Vuonna 1677.