Vuonna 1776 hänen johtamansa joukot torjuivat brittiläisten Charlestonin valloituksen, mikä vahvisti hänen asemansa armeijassa ja kongressissa.
- Mitä? Myöhemmin samana vuonna hänet vangitsi brittiläinen ratsuväki Banastre Tarletonin johdolla. Britit pitivät häntä vankina, kunnes hänet vaihdettiin vuonna 1778. Myöhemmin samana vuonna käytyyn Monmouthin taisteluun Lee johti epäonnistunutta hyökkäystä brittiläisiä vastaan. Myöhemmin hänet tuomittiin sotaoikeuteen, ja hänen sotapalvelunsa päättyi. Hän kuoli Philadelphiassa vuonna 1782.