Ibrahimović aloitti uransa Malmö FF:ssä vuonna 1999 ja allekirjoitti sopimuksen Ajaxin kanssa kaksi vuotta myöhemmin. Ajaxissa Ibrahimović sai maineen yhtenä lupaavimmista hyökkääjistä Euroopassa, ja lähti kaksi vuotta myöhemmin allekirjoittamaan Juventusille. Hän erotti Serie A:ssa David Trezeguetin kanssa, ennen kuin hän liittyi kotimaan kilpailijoihin Inter Milanille vuonna 2006, jossa hän voitti Capocannonieren (Serie A: n paras maalivahti) vuonna 2008-09 ja voitti kolme peräkkäistä Serie A -titteliä. Kesällä 2009 hän muutti Barcelonaan yhdellä maailman kalleimmista siirroista, ennen kuin hän palasi Italiaan seuraavana kaudella liittyen AC Milanin seuraan. Heidän kanssaan hän voitti toisen Serie A -sarjan kaudella 2010-11.
, ennen kuin hän liittyi Paris Saint-Germainiin heinäkuussa 2012. Neljän kauden aikana Ibrahimović voitti useita palkintoja, mukaan lukien neljä peräkkäistä Ligue 1 -titteliä, ja oli Ligue 1: n kärkipelaaja kolmena kaudella. Lokakuussa 2015 hänestä tuli PSG:n kaikkien aikojen johtava maalivahti. Vuonna 2016 hän liittyi Manchester Unitedin joukkueeseen vapaalla siirrosta ja voitti FA Community Shieldin, Football League Cupin ja UEFA Europa League:n ensimmäisellä kaudellaan. Ibrahimović liittyi amerikkalaiseen LA Galaxy -klubiin vuonna 2018. Kaksi vuotta myöhemmin hän palasi Milanoon.