Nukleaasit, jotka hydrolysoivat nukleotideja DNA-säikeiden päältä, kutsutaan eksonukleaaseiksi, kun taas endonukleaasit leikkaavat säikeiden sisällä. Molekulaarisessa biologiassa useimmiten käytetyt nukleaasit ovat rajoitusendonukleaasit, jotka leikkaavat DNA:ta tietyillä sekvensseillä. Esimerkiksi EcoRV-entsyymi, joka on vasemmalla, tunnistaa 6-pohjaisen sekvenssin 5′-GATC-3′ ja tekee leikkauksen vaakasuorassa. Luonnossa nämä entsyymit suojaavat bakteereja fagi-infektiolta sulatamalla fagi-DNA:ta, kun se tulee bakteeri-soluun, osana rajoitusjärjestelmää. Tekniikassa näitä sekvenssi-erityisiä nukleaaaseja käytetään DNA:n molekyyli- ja sormenjälki-klonoinnissa. Kysymys: Mitä EcoRV-entsyymi tunnistaa?
6-perussekvenssi 5′-GATATC-3