Vuonna 1260 Baybars ja hänen mamluk-armeijansa tuhosivat kirkon hyökkäyksessään Nasaretille. Pieni määrä fransiskaaneja onnistui pysymään Nasaretissa vuoteen 1291 asti. Kolmessa seuraavassa vuosisadassa fransiskaanit olivat ja pois Nasaretista riippuen paikallisesta poliittisesta tilanteesta, joka oli jatkuvasti muutoksessa. Fransiskaanien kertomukset tästä ajasta dokumentoivat heidän karkotuksensa vuonna 1363, heidän paluunsa vuonna 1468 ja joidenkin jäsentensä verilöylyä vuonna 1542. Paikalliset kristityt perheet fransiskaanien tuella auttoivat huolehtimaan kirkolta myös tänä aikana.
Vuosi 1954