Kirkon katto vahingoittui pahasti Varsovan ilmahyökkäyksessä vuonna 1939
Se tuhoutui tulipalossa vuonna 1944 Varsovan kapinan aikana, mutta korjattiin pian. Vuonna 1949 WZ-reitin kaivaminen heikensi muureja, ja niitä oli vahvistettava nopeasti. Kaikkien elementtien restaurointi tehtiin 1940-1970-luvuilla arkkitehdin valvonnassa.