Harper löi kaksi kotikenttää Miami Marlinsia vastaan vuoden 2013 kauden avajaispäivänä. 20-vuotiaana hänestä tuli nuorin Major League -pelaaja, joka löi kaksi kotia joukkueensa ensimmäisessä kauden pelissä. Hänet äänestettiin aloitusryhmäksi
MLB:n All-Star-peli, hänen toinen uransa All-Star-valinta.