Pershing johti 15. maaliskuuta 1916 retkikuntaa Meksikoon vangitsemaan Pancho Villan. Tämä tutkimusretki oli huonosti varustettu ja sitä vaikeutti tarvikkeiden puute johtuen Quartermaster Corpsin hajoamisesta. Vaikka rajalla oli vuosikausia puhuttu sodasta, ei ollut toteutettu mitään toimenpiteitä, joilla voitaisiin huolehtia retkikunnan tarvikkeiden kuljettamisesta. Huolimatta tästä ja muista esteistä, kuten entisen Meksikon hallituksen puutteesta ja siitä, että se kieltäytyi sallimasta amerikkalaisten joukkojen kuljettaa joukkoja ja tarvikkeita rautatien kautta, Pershing järjesti ja komensi Meksikon rangaistusretkikuntaa.
10 000 miehen joukko tunkeutui kaoottiseen Meksikoon. He tuhosivat Villa'n vallankumoukselliset, mutta eivät saaneet häntä kiinni.