Kun Gates lähetti hänet kongressille virallisilla viesteillä - Saratogan taistelun voitosta vuonna 1777, Wilkinson piti
Hän odotti, kun Continental Congress hoiti henkilökohtaisia asioita. Kun hän lopulta ilmestyi, hän korosti omaa rooliaan voitossa, ja hänet patentattiin prikaatitar kenraalina (vaikka hän oli vain 20-vuotias tuolloin) 6. marraskuuta 1777 ja nimitettiin vasta perustettuun sotavaliokuntaan. Ylennys vanhempiin everstiin aiheutti levottomuuden Manner-armeijan upseereiden keskuudessa, varsinkin koska Wilkinsonin juoruilu näytti viittaavan siihen, että hän oli mukana Conwayn salaliitossa, salaliitossa, jonka tarkoituksena oli korvata George Washington Horatio Gatesilla Manner-armeijan ylipäälliköksi. Gates sai pian tarpeekseen Wilkinsonista, ja nuori upseeri joutui eroamaan maaliskuussa 1778. Kongressi nimitti hänet 29. heinäkuuta 1779 armeijan kenraali-vaatteeksi, mutta hän erosi 27. maaliskuuta 1781 "työhön soveltuvuuden puutteesta".