Kenraali Nelson A. Miles käytti Fort Huachucaa päämajakseen Geronimoa vastaan vuonna 1886. Geronimon antautumisen jälkeen vuonna 1886 apačkien uhka katosi, mutta armeija jatkoi Fort Huachucan toimintaa sen strategisen raja-aseman vuoksi. Vuonna 1913 linnakkeesta tuli "Buffalo Soldiersin" tukikohta, joka koostui afroamerikkalaisista. Se palveli tätä tarkoitusta kaksikymmentä vuotta. Kenraali Pershingin epäonnistuneen rangaistusretken aikana
Vuosina 1916-1917 hän käytti linnoitusta logistiikan ja tarjonnan tukikohtana. Vuodesta 1916-1917 tukikohtaa komensi Charles Young, ensimmäinen afroamerikkalainen, joka ylennettiin everstikseksi. Hän lähti sairaalasta. Vuonna 1933 25. jalkaväkirykmentti korvasi 10. ratsuväen linnakkeessa.