Täytä seuraava lause: Kun Yhdysvaltain sisällissota puhkesi, Jones liittyi mielellään liittoarmeijaan. 7. heinäkuuta 1861 hän värväytyi 37. New Yorkin vapaaehtoisjoukkoon, joka tunnetaan yleisesti nimellä "Irlannin kiväärit", eversti John H. McCunnin johdolla. Hän oli aluksi sotamies, mutta löysi nopeasti itsensä valituksi alaluutnanttinä rykmentin miehillä. Hän oli läsnä Bull Runin ensimmäisessä taistelussa vain kaksi viikkoa värväytymisensä jälkeen, mutta ei nähnyt mitään toimintaa, koska yksikkö pidettiin reservissä. Jones osoitti urhoollista käyttäytymistä ensimmäisinä vuosinaan rykmentissä ja nousi pian ylimmäiseksi luutnanttiksi ja adjutanttiksi 4. marraskuuta 1861 ja sitten majuriksi 21. tammikuuta 1862. Hän ja "Irlannin kiväärit" liittyivät myöhemmin kenraali Samuel P. Heintzelmanin III-joukkueeseen osana 3. prikaatin 3. diviisiota prikaattigeneraali Philip Kearnyn johdolla niemimaan kampanjan aikana ja osallistui Williamsburgissa,
Seitsemän Piniä ja Seitsemän Päivän kampanja. Jones oli myös läsnä, kun 37. New Yorkin vapaaehtoisjoukko, joka oli silloin III-joukkojen 1. divisioonan 3. prikaatin alaisuudessa, oli Bull Runin toisessa taistelussa. Toukokuussa ja kesäkuussa hän alkoi kärsiä malariasta ja joutui syyskuun 26. päivänä sairaalaan Washingtoniin, jossa hän viipyi lokakuun loppuun asti. Hän oli myös lyhyesti kenraalimajuri Franz Sigelin upseeri ennen kenraali Ambrose Burnsiden eläkkeelle siirtymistä ja Potomacin armeijan uudelleenjärjestelyä.