Vuonna 1940 Molotov-Ribbentropin sopimuksen seurauksena Romanialle oli pakko luovuttaa
osa sen alueesta Neuvostoliittoon, Chișinău mukaan lukien, jossa Moldovan SSR perustettiin. Uudet viranomaiset sulkivat Kotsovskin instituutin. Instituutti avattiin uudelleen toisen maailmansodan syttyessä, kun akselivoimat valtasivat Chișinăun. Kotsovsky jatkoi aktiivista tieteellistä työtään toisen maailmansodan aikana. Tuolloin hän julkaisi teoksensa pääasiassa saksalaisissa ja itävaltalaisissa tieteellisissä lehdissä.