Sota päättyessä kommunistiset järjestöt laillistettiin, ja Pekkala valittiin uudelleen parlamenttiin Suomen kansandemokraattisen liiton edustajana vuoden 1945 vaaleissa. Vuosina 1945-1946 hän toimi opetusministerinä ja 1946-1948 oikeusministerinä. Vuonna 1946-1947 Pekkala oli sotilasvastuuta käsittelevän erityistuomioistuimen jäsen.
Liittoutuneiden asettama. Pekkala jätti politiikan vuonna 1948 ja johti asianajotoimistoa Helsingissä kuolemaansa asti syyskuussa 1956.