Barićin toimikauden aikana useimmat "kultaisen sukupolven" joukkueen jäljellä olevat pelaajat korvattiin vähitellen nuoremmilla pelaajilla Euro 2004 -kilpailujen aikana. Kroatia sijoittui turnaukseen voittamalla Slovenian ottelussa, voittaen 2<unk>1 kokonaispisteessä Dado Pršo'n ratkaisevan myöhäisen maalin jälkeen toisessa erässä. Loppuotteluissa.
Portugalissa Kroatia teki tasan Sveitsin kanssa 0:0 ja Ranskan kanssa 2: 2, mutta hävisi Englannille 2: 4 ja joutui jälleen eroon ryhmävaiheessa. Barićin kahden vuoden sopimus päättyi kesäkuussa 2004 eikä sitä uusittu. Entinen Kroatian maajoukkue Zlatko Kranjčar, joka nimitettiin Barićin tilalle heinäkuussa 2004, johti joukkuetta vuoden 2006 maailmanmestaruuskilpailuun ilman häviötä ja johti ryhmää Ruotsin ja Bulgarian edellä. Paikalliset tiedotusvälineet syyttivät häntä nepotismista poikansa Niko Kranjčarin valitsemisesta joukkueeseen. Vuoden 2006 MM-kisoissa Kroatia hävisi avauspelinsä Brasiliaan ja teki tasan Japanin kanssa, kun Darijo Srna ei osunut ensimmäisellä puoliajalla. Kroatian lähtö ryhmävaiheesta vahvistettiin, kun se pelasi Australiaa vastaan tasapeliin 2x2, jossa kolme pelaajaa lähetettiin pois pelistä. Peliin kuului tuomari Graham Pollin virhe, joka antoi kolme keltaista korttia Kroatian puolustajalle Josip Šimunićille, eikä lähettänyt häntä ulos toisen rikoksensa jälkeen. Myöhemmin hän totesi, että hän erehtyi Šimunićin australialaisen pelaajan takia hänen australialaisen aksenttinsa vuoksi. Pollia kritisoitiin siitä, että hän menetti ottelun hallinnan, ja hän lopetti sen jälkeen tuomarin tehtävän.