Porter aloitti merivoimien palveluksen 10-vuotiaana isänsä kommodori David Porterin alaisuudessa fregatilla. Loppuelämänsä hän vietti meressä. Porter palveli Meksikon sodassa hyökkäyksessä Vera Cruzin linnoitukseen. Kun sisällissota puhkesi, hän oli osa suunnitelmaa pitää Fort Pickens lähellä Pensacolaa, Florida, unionille; sen toteuttaminen häiritsi pyrkimystä vapauttaa varuskunta Fort Sumterissa, mikä johti Sumterin lankeemukseen. Porter komensi itsenäistä laivastoa New Orleansin valloituksessa. Myöhemmin hänet ylennettiin amiraalin asemalle Mississippi River Squadronin komentajaksi, joka teki yhteistyötä kenraalimajuri Ulysses S. Grantin armeijan kanssa Vicksburgin taistelussa. Vicksburgin kukistumisen jälkeen hän johti merivoimia vaikeassa Red River -kampanjassa Louisianassa. Vuoden 1864 lopulla Porter siirrettiin Atlantin rannikolle, jossa hän johti Yhdysvaltain laivastoa Fort Fisherin yhteisiin hyökkäyksiin.
Se oli sodan viimeinen merkittävä laivastotapahtuma.