Heinäkuussa 2011 alkuperäiskansojen järjestö "Waqib Kej" esitti YK:lle kirjeen, jossa syytettiin Pérez'tä osallisuudesta kansanmurhaan ja kidutukseen, joita tehtiin Quichessä sisällissodan aikana.
- Mitä? He viittasivat muun muassa vuoden 1982 dokumenttiin, jossa sotilasupseeri, jonka he väittävät olevan Pérez, nähdään neljän ruumiin lähellä. Seuraavassa kohtauksessa alainen kertoo, että nämä neljä otettiin elävältä kiinni ja vietiin "majuriin" (väitetysti Pérezille) ja että "he eivät puhuneet, eivätkä puhuneet, kun pyysimme heitä ystävällisesti eivätkä silloin, kun olimme ilkeitä ["ni por las buenas ni por las malas"]".