Benavides alkoi työskennellä ihmisoikeuksien ja rauhan puolesta 1970-luvulla. El Salvadorin sotilasvallankaappauksen ja sisällissodan jälkeen vuonna 1979
Hänestä tuli humanitaarisen avun ekumeenisen komitean johtaja, joka oli arkkipiispa Óscar Romeron sponsoroima ryhmä. Romero murhattiin vuonna 1980. Vuonna 1982 Benavides pakeni Meksikoon ja Yhdysvaltoihin ja jatkoi ponnistelujaan sieltä.