Sen jälkeen kun Warren voitti vuoden 1946 uudelleenvaalit, hän alkoi suunnitella presidenttiehdokkautta vuoden 1948 vaaleissa. Dewey ja Robert Taft olivat ehdolla, mutta Warren, Harold Stassen, Arthur Vandenberg ja kenraali Douglas MacArthur saivat merkittävää tukea. Ennen vuoden 1948 republikaanien kansalliskokousta
Warren yritti asettua pimeän hevosen ehdokkaaksi, joka voisi tulla kompromissina. Dewey kuitenkin voitti nimityksen kolmannella äänestyksellä. Dewey pyysi Warrenia jälleen apulaisehdokkaaksi, ja tällä kertaa Warren suostui. Demokraattien presidenttiehdokasta Harry S. Trumania vastaan Dewey juoksi varovaisen kampanjan, joka keskittyi enimmäkseen banaatteihin. Warren kampanjoi ympäri maata, mutta oli turhautunut kyvyttömyydestään tukea tiettyjä politiikkoja. Monet tarkkailijat yllättyivät, kun Truman voitti vaalit, ja tämä oli ainoa vaali, jonka Warren hävisi.