Albanian vaikutusvalta laski edelleen Zogin aikana, ja 1930-luvun lopulla maa oli lähes täysin riippuvainen Italiasta Zogin vastustuksesta huolimatta. Italia hyökkäsi Albanian kimppuun huhtikuussa 1939
Maata valloitettiin nopeasti. Mussolini julisti Albanian italialaiseksi protektoraatiksi kuningas Victor Emmanuel III:n alaisuudessa, pakottaen Zogin maanpakoon. Hän asui Englannissa toisen maailmansodan aikana, mutta Enver Hoxhan kommunistinen hallinto kielsi hänen paluunsa Albanian. Zog vietti loppuelämänsä Ranskassa ja kuoli huhtikuussa 1961 65-vuotiaana. Hänen jäännöksensä haudattiin Thiais-hautausmaalle lähellä Pariisia, ennen kuin ne siirrettiin Tiranan kuninkaalliseen mausoleumiin vuonna 2012.