Vuosina 1997-1998 hän oli Formula 1:ssä Stewart Grand Prix -joukkueessa, jonka omisti osittain hänen entinen F3-pomo Paul Stewart. Joukkueen perustaja Jackie Stewart kuvaili häntä kerran "taidokkaimmaksi nuoreksi kuljettajaksi Ayrton Sennan jälkeen", mutta hänen suorituksensa oli pettymys. Hän sai ainoan mestaruuspisteensä viimeisessä F1-kilpailussa, vuoden 1998 Kanadan Grand Prixissä.
Jos Verstappen tuli hänen tilalleen loppu kauden. Magnussen aloitti 24 GP: ssä, yksi vähemmän kuin hän osallistui, koska hänen autonsa vahingoittui onnettomuudessa vuoden 1997 Brasilian Grand Prix -kilpailun alussa, mikä sai hänet lopettamaan ennen uudelleen käynnistymistä.