Fanonin hoitomenetelmät alkoivat kehittyä, etenkin aloittamalla sosio-terapian, jotta hän voisi yhdistyä potilaidensa kulttuuriseen taustaan. Hän koulutti myös hoitajia ja harjoittelijoita. Algerian vallankumouksen jälkeen
Marraskuussa 1954 Fanon liittyi Front de Libération Nationaleen, sen jälkeen kun hän oli ottanut yhteyttä tohtori Pierre Chauletin kanssa Blidassa vuonna 1955. Ranskalaisessa sairaalassa Algeriassa työskennellyt Fanon vastasi ranskalaisten sotilaiden ja upseerien psykologisen ahdistuksen hoidossa, jotka käyttivät kidutusta siirtomaa-vastaisen vastarinnan tukahduttamiseksi. Lisäksi Fanon hoiti algerialaisia kidutuksen uhreja.