Kolmannen laivueen pitkäaikaisin komentaja oli laivuejohtaja Bobby Gibbes, joka toimi helmikuusta 1942 huhtikuuhun 1943. Gibbes korvattiin laivuepäällikkö Brian Eatonilla, joka johti yksikköä helmikuuhun 1944. Tämän ajanjakson aikana 3. laivue osallistui Sisilian liittoutuneiden hyökkäyksiin.
ja Italiaan. Se varustettiin uudelleen P-51 Mustangilla marraskuussa 1944 ja jatkoi toimintaansa Italiassa ja Jugoslaviassa Euroopan sodan loppuun asti toukokuussa 1945. No. 3 Squadronin ennätys 25 663 lentotunnissa ja 217,5 tuhoutunutta vihollisen lentokonetta teki siitä korkeimman pisteen RAAF-hävittäjäjoukkueesta.