Aivazovski kuoli 19. huhtikuuta (2. toukokuuta uudella tyylillä) 1900 Feodosiassa. Hänen toiveidensa mukaisesti hänet haudattiin Pyhän Sargisin armenialaisen kirkon pihalle. Valkoinen marmori sarkofaagi oli tehty italialaisen kuvanveistäjän L. Biogiollin toimesta vuonna 1901. Hänen hautakiveensä päälle on kaiverrettu lainaus Movses Khorenatsin Armenian historiasta klassisella armenialaisella kielellä: Մահկանացու ծնվել անմահ զիւրն յատակիշ եթող (Mahkanneal tsatsu an ziurnhat yetakogh), joka käännettynä tarkoittaa: "Hän syntyi kuolevaiseksi, jätti kuolemattoman perinnön" tai "Syntyi kuolevana, jätti itsensä kuolemattoman muistin".
1900-luvulla