Vuonna 1969 hän palasi Nairobihin jatkamaan opintojaan Nairobin yliopistossa avustavana luennoitsijana. Toukokuussa hän ja Mwangi Mathai menivät naimisiin. Myöhemmin samana vuonna hän tuli raskaaksi ensimmäisen lapsensa kanssa, ja hänen miehensä kampanjoi parlamentin paikasta, häviämällä hädin tuskin. Vaalien aikana murhattiin Tom Mboya, joka oli ollut keskeisessä roolissa ohjelman perustamisessa, joka lähetti hänet ulkomaille. Tämä johti presidentti Kenyattan lopettamaan tehokkaasti monipuolueen demokratian Keniassa. Pian sen jälkeen hänen ensimmäinen poikansa, Waweru, syntyi.
Hänestä tuli ensimmäinen itäafrikkalainen nainen, joka sai tohtorintutkinnon.