Shorten syntyi 12. toukokuuta 1967 St. Vincent's Hospitalissa, Melbournessa Ann Rosemarin (syntymäaika McGrath) ja William Robert Shortenin lapsena. Hänellä on kaksoisveli, Robert. Vuoden 2017-18 kaksoiskansalaisuuden yhteydessä annetun lausunnon mukaan
, Shortenilla oli brittiläinen kansalaisuus jälkeläisinä vuoteen 2006 saakka, jolloin hän luopui siitä pyrkiessään parlamenttiin.