Kirjoita jatko-osa tähän kappaleeseen - Moskovan teatterin panttivankikriisistä lähtien vuonna 2002 Venäjä joutui kohtaamaan lisääntynyttä islamistisen terrorismin tasoa. FSB oli terrorismin vastaisessa taistelussa etulinjassa. Moskovan teatterin piirityksessä ja Beslanin koulun piirityksessä
, FSB:n Spetsnaz-yksiköt Alpha-ryhmä ja Vympel olivat keskeisessä roolissa panttivankien vapauttamisessa. Heidän suoritustaan arvosteltiin kuitenkin panttivankien suuresta määrästä. Vuonna 2006 FSB saavutti merkittävän menestyksen terrorisminvastaisessa toiminnassaan, kun se onnistui tappamaan Shamil Basajevin, Beslanin tragedian ja useiden muiden korkean profiilin terroristien takana olevan aivojen. FSB:n mukaan operaatio suunniteltiin kuuden kuukauden ajan ja se oli mahdollista FSB:n lisääntyneen toiminnan vuoksi ulkomailla, jotka toimitti aseita terroristeille. Basayev jäljiteltiin tämän aseiden salakuljetuksen valvonnassa. Basayev ja muut militantit valmistautuivat suorittamaan terrori-iskun Ingusetiassa, kun FSB-agentit tuhosivat heidän saattueensa; 12 militanttia kuoli.