Kun amerikkalaiset lähestyvät Manillaa eri suunnista, he huomasivat, että suurin osa kaupungin puolustavista Japanin keisarillisen armeijan joukkoista oli vetäytynyt Baguio Cityyn, kenraali Tomoyuki Yamashitan, Filippiinien japanilaisten armeijan joukkojen ylipäällikön käskystä. Yamashita suunnitteli osallistuvansa Filippiinien ja Yhdysvaltojen joukkoihin Luzonin pohjoispuolella koordinoidussa kampanjassa, jonka tavoitteena oli ostaa aikaa puolustuksen rakentamiseen Japanin kotialueen liittoutuneiden hyökkäystä vastaan. Hänellä oli kolme pääryhmää komennossaan: 80,000 miestä Shimbu-ryhmästä Manilan itäpuolella olevilla vuorilla, 30,000 Kembu-ryhmästä Manilan pohjoispuolella olevilla kukkuloilla ja 152,000 Shobu-ryhmästä koillispuolella olevalla vuorilla. Kenraali Yamashita ei julistanut Manilan avoimeksi kaupungiksi, vaikka kenraali Douglas MacArthur oli johtanut sotilaita ennen Manilan valloittamista vuonna 1941.
Japanin armeijan joukot Filippiineillä