Rakennus vahingoittui toisen maailmansodan aikana. Se osui Belgradin pommituksessa.
, osa Saksan hyökkäystä Jugoslaviaan 6. huhtikuuta 1941. Välittömästi Belgradin sisäänmenon jälkeen saksalaiset rakensivat vaurioituneen rakennuksen vieressä improvisoidun kiinteän rakennuksen, paikalle, jossa Titon sininen juna oli esillä vuonna 1980. Tämän rakennuksen rakensi ukrainalainen emigre-arkkitehti Pavel Krat. Modernistinen rakennus oli tunnettu kapeasta käytävästä, jonka avulla Gestapon ja Nedićin erikoispoliisin agentit pystyivät valvomaan matkustajia. Pysäkki vahingoittui edelleen liittoutuneiden suorittamassa raskaassa pääsiäispommituksessa vuonna 1944. Rakennus rakennettiin uudelleen sodan jälkeen ja valmistui kokonaan vuonna 1953. Kahta sivutornia, joka oli yksi aseman tärkeimmistä arkkitehtonisista ja visuaalisista merkkeistä Karađorđeva-kadun suuntaan, ei rakennettu uudelleen, vaan ne purettiin kokonaan.