Agafonov uimasi toisen kerran 100 metrin vapaasti.
Ateenan kesäolympialaisissa. Hän saavutti FINA B-standardin 52,10 Venäjän mestaruuskilpailuissa Moskovassa. Hän haastoi seitsemän muuta uimaria, mukaan lukien 28-vuotiaan Željko Panićin Bosniasta ja Hertsegovinasta. Hän ajoi neljänteen paikkaan 0.17 sekunnin päässä Panicista 52.92: ssä. Agafonov päätti kolmannen olympiakilpailunsa viisikymmentäseitsemännellä sijalla.