Vuorinen ja tulivuori, Honshu kokee usein maanjäristyksiä (suuri Kantō maanjäristys vahingoitti voimakkaasti Tokion syyskuussa 1923, ja maaliskuussa 2011
Saaren koillisosa muuttui eri määrin yhtä paljon kuin aiheuttaessaan tuhoisia tsunameja). Korkein huippu on aktiivinen tulivuori Mount Fuji, joka tekee Honsusta maailman seitsemänneksi korkeimman saaren. Siellä on monia jokia, mukaan lukien Shinano-joki, Japanin pisin. Honshun leveys ulottuu Japanin Alpeille, jotka ulottuvat Japaninmeren rannikolta Tyynenmeren rannikolle. Länsi-Japanin ilmasto on yleensä kostea subtrooppinen ja pohjoisessa kostea mannermainen.