Harper löi kaksi kotimaajaa Miami Marlinsia vastaan vuoden 2013 kauden alkupäivänä. 20-vuotiaana hänestä tuli nuorin Major League -pelaaja, joka löi kaksi kotia joukkueensa ensimmäisessä kauden pelissä. Hänet äänestettiin aloituspelaajaksi MLB All-Star -pelissä.
, hänen toinen uransa All-Star valinta.