William B. Travisin avunpyynnön kuultuaan
Burnet matkusti Washington-on-the-Brazosin värväämään apua vuoden 1836 konventista. Hän pysyi konventissa ja valittiin väliaikaiseksi presidentiksi 17. maaliskuuta 1836. Hänen käskystään hallitus pakeni Washington-on-the-Brazosista Harrisburgiin, mikä sai aikaan Runaway Scrapen. Burnet vältyi huonosti meksikolaisten joukkojen vangitsemiselta seuraavan kuukauden aikana.