Frederiksberg perustettiin kun kuningas Christian III siirsi 20 hollantilaista perhettä Amagerista alueelle, joka tuli tunnetuksi nimellä "Ny Hollænderbyen" ("Uusi hollantilainen kaupunki") tai Ny Amager ("Uusi hollantilainen kaupunki"). Tämän yhteisön asukkaat rakensivat pienen puisen kirkon vuonna 1653 nykyisen Frederiksbergin kirkon kadun toiselle puolelle, suunnilleen siellä, missä Storm P. -museo on nykyään. Ruotsin joukot polttivat sen vuonna 1658 Kööpenhaminan hyökkäyksen aikana.
Toisessa Pohjoisessa sodassa. Sodan jälkeen hollantilainen yhteisö palasi alueelle, mutta syvä köyhyys osui siihen, että uusi kirkko valmistui vasta vuonna 1681.