Kun sisällissota puhkesi, Capehart jätti lääketieteellisen harjoittelunsa Bridgeportissa ja ilmoittautui vapaaehtoiseksi liittoarmeijaan. Hänet nimitettiin 1. Länsi-Virginian ratsuväen rykmentin kirurgiksi 18. syyskuuta 1861. Vuoden 1863 jälkipuoliskolla hän osallistui Gettysburgin, Bristoe Stationin ja
Minun juokseminen. Kenraali Judson Kilpatrickin ja muiden suositusten perusteella Capehartista tehtiin eversti ja hän seurasi Nathaniel P. Richmondia, joka erosi terveysongelmien vuoksi, rykmentin komentajana 22. helmikuuta 1864.