Kirjoita jatko tähän kappaleeseen.
Vuonna 1863 kaupungissa käytiin ankaraa taistelua, mutta se rauhoitettiin julmasti Mikhail Muravyovin toimesta. Mies oli saanut lempinimen "Rangailija", koska hän järjesti monia teloituksia. Kapinan jälkeen kaikki kansalaisoikeudet poistettiin ja puolalaisen ja liettualaisen kielen käyttö kiellettiin. Vilnuksessa oli vilkas juutalainen väestö: vuoden 1897 Venäjän väestönlaskennan mukaan 154 500 asukasta juutalaisia oli 64 000 (noin 40%). 1900-luvun alussa Vilnan liettuankielinen väestö oli vain pieni vähemmistö, ja puolalaiset, jiddishit ja venäläiset muodostavat kaupungin väestön enemmistön. 4. ja 5. joulukuuta 1905 pidettiin Vilnan suuri seimas nykyisessä Liettuan kansallisen filharmonisen yhdistyksen rakennuksessa yli 2000 osallistujan kanssa. Se oli ensimmäinen moderni kansallinen kongressin Liettuassa. Kokous päätti vaatia laajaa poliittista itsenäisyyttä Venäjän valtakunnassa ja saavuttaa sen rauhanomaisin keinoin. Se on tärkeä askel kohti Liettuan itsenäisyyslakia, jonka Liettuan neuvosto hyväksyi 16. helmikuuta 1918, koska Seimas loi pohjan itsenäisen Liettuan valtion perustamiselle.