Vuonna 1644 Mercy vastusti Ranskan armeijaa, jota johtivat nyt Great Condé ja Vicomte de Turenne. Hän valloitti Freiburgin ja piti sen lopullisessa mutta verisessä taistelussa elokuussa. 2. toukokuuta 1645 hän voitti Turennen Mergentheimissa. Myöhemmin vuonna 1645 taisteli jälleen Condé ja Turenne, Mercy kuoli musketin luodista Nördlingenin taistelussa
(tai Allerheimissa) 3. elokuuta, kun hän johti lisäjoukkoja toiminnan keskipisteeseen. Paikalle, jossa hän kaatui, pystytettiin muistomerkki, johon oli kirjoitettu "Sta viator, heroem calcas", väitettynä Condén ohjeiden mukaan. Hänen ruumiinsa vietiin ensin Donauwörthille tykistövaunuilla ja sitten seuraavana päivänä Ingolstadtiin, jossa hänet haudattiin Pyhän Mauricin kirkkoon. Ranskalainen sotamarsalkka Gramont, joka oli vangittu taistelussa, kertoo Mercyn saaneen hurjan vastaanoton kaupungin asukkailta, jotka olivat kiiruhtaneet portteihin. Hän oli hyvin suosittu ja arvostettu Ingolstadissa, jossa hän oli ollut linnoituksen komentaja ja kuvernööri.