- Makedonian sisäosa pysyi slaavilaisten ja myöhemmin bulgarialaisten käsissä ennen kampanjoita.
Basil II:n vallan päättymisen jälkeen bulgarialainen valtio lakkautui ja Bysantin valta laajeni koko Keski- ja Pohjois-Balkanin alueelle. Sen jälkeen Makedonia pysyi Bysantin hallinnassa neljänteen ristiretkeen (1204) asti. Lyhytaikainen Latinalainen Thessalonikan kuningaskunta perustettiin, joka säilyi vuoteen 1224, jolloin Epirus valloitti sen. Suurin osa Makedoniasta joutui sen jälkeen vuonna 1246 Nikean valtakunnan valtaan, vaikka sen pohjoiset alueet olivat edelleen kiistanalaisia serbien ja bulgarialaisten kanssa. Suurin osa alueesta valloitti serbit Stephen Dushanin johdolla Bysantin sisällissodan aikana 1341 <unk> 1347. Vain Tessalonikka ja sen ympäristö pysyivät Bysantin hallussa. 1400-luvun loppupuolella osmanien turkkilaiset olivat puolestaan valloittaneet alueen, vaikka Thessalonikka pysyi Bysantin ja myöhemmin Venetsian hallinnassa vuoteen 1430 saakka.