Ensimmäiset 747-100 -mallit rakennettiin kuuden yläkerran ikkunan (kolme sivua kohden) kanssa, jotta yläkerran lounge-alueet mahtuisivat. Myöhemmin, kun lentoyhtiöt alkoivat käyttää yläkertaa premium-matkustajien istumapaikkoihin lounge-tilan sijaan, Boeing tarjosi kymmenen ikkunan yläkerran vaihtoehtona. Jotkut varhaiset -100-mallit uudistettiin uudella konfiguraatiolla. -100-malli oli varustettu Pratt & Whitney JT9D-3A -moottoreilla. Tämän mallin tavaraliikenteen versiota ei kehitetty, mutta monia 747-100 -malleja muutettiin tavaraliikenteen malleiksi.
kuusi yläkerran ikkunaa (kolme sivusta)