Lee aloitti kauden 2011-12 sijoitettuna 18 ja hävisi
Australian Goldfields Openissa ja Shanghain mestaruuskilpailun ensimmäisessä kierroksessa. Hän oli kuitenkin erinomainen PTC-tapahtumissa, kun hän pääsi neljännesfinaaliin tapahtumissa 3 ja 4 ja menetti yhden paremmin tapahtumassa 6, kun hän hävisi Neil Robertsonille viimeisessä 4. Tämä merkitsi sitä, että Lee palasi 16 parhaan joukkoon lokakuussa, koska hän oli sijoitettuna 13 ja sai siksi automaattisen pääsyn tuleviin sijoitustilaisuuksiin. Hän hävisi vuoden 2011 Englannin mestaruuskilpailun ensimmäisellä kierroksella, ja Saksan mestaruuskilpailussa hän pääsi ensimmäiseen semifinaaliinsa sitten vuoden 2006 Pohjois-Irlannin mestaruuskilpailun, mutta ei päässyt Ronnie O'Sullivanin ohi, joka voitti 6<unk>4. Hän pääsi sitten Welsh Openin neljännesfinaaliin, jossa hän hävisi kännykän soimasta hänen selkähylyssään ratkaisevassa kehyksessä Ding Junhuia vastaan ja hävisi ottelun. Hän kuitenkin käytti turhautumistaan onnettomuudesta hyvään tarkoitukseen, kun hän voitti Dominic Dale, Neil Robertson, Graeme Dott ja Robert Milkins pääsemään World Openin finaaliin, ensimmäiseksi Welsh Openin jälkeen vuonna 2006. Hän pelasi Mark Allenin kanssa, mutta hävisi ottelun 1-10.