Häkkinen jäi McLarenille vuonna 1998 Coulthardin kanssa. Häkkinen oli luottavainen maailmanmestaruuskilpailussa, ja hän mainitsi teknisen johtajan Adrian Neweyn osallistumisen. Kausi alkoi kiistanalaisena Australiassa, kun joukkuetoverinsa Coulthard antoi Häkkinenille mahdollisuuden voittaa. Insinööri oli aikaisemmin vahingossa kutsunut Häkkinen pitille. Coulthard paljasti myöhemmin, että joukkue oli sopinut ennen kilpailua, että se, joka johti ensimmäiseen mutkaan ensimmäisellä kierroksella, saisi voittaa kisan. Tästä huolimatta Häkkinen voitti peräkkäin voittamalla seuraavan kisan Brasiliassa. Hän säilytti hyvän muotonsa Argentiinan Grand Prix -kilpailussa, jossa hän pääsi toiseksi, vaikka hän vetäytyi San Marinon Grand Prix -kilpailusta, kun hänen autonsa vaihteisto hajosi. Häkkinen onnistui kuitenkin saamaan peräkkäiset voitot seuraavissa kahdessa kierroksessa, minkä jälkeen hän lopetti kilpailun Kanadassa.
Hänen autossaan oli taas vaihteiston vika.