Red Deer Rebels valitsi Phaneufin vuoden 2000 WHL Bantam Draftin kolmannella kierroksella. Vuotta myöhemmin hän liittyi Rebelsille kaudella 2001-02 ja tallensi 32 pistettä 67 pelissä. Hän lisäsi kaksi apuohjelmaa 21 pelissä, kun kapinalliset hävisivät WHL-finaalissa Kootenay Iceä vastaan. Hän parani 3o maaliin ja 42 pistettä vuonna 2002-03, kun kapinalliset jälleen pääsivät WHL-finaaliin, jälleen häviät, tällä kertaa Kelowna Rocketsille. Phaneufin kehitys sai hänet verrattavaksi Hall of Famer Scott Stevensin kanssa, kun hänet ylistettiin partiolaisten fyysisestä tyylistään ja kyvystään erottaa sekä puolustus- että hyökkäysmahdollisuudet. Calgary Flamesin johtaja Darryl Sutter arvosteli Phaneufia niin paljon vuoden 2003 NHL: n sisäänkirjauksessa.
Hän yritti vaihtaa ylöspäin yhdeksännestä valinnasta, mutta turhaan. Siitä huolimatta hän pystyi valitsemaan Phaneufin Calgaryn ensimmäisellä valinnalla.