Falcao jäi paitsi vuoden 2013 ensimmäisestä La Liga -ottelusta lihasväsymyksen vuoksi, mutta palasi toisessa ottelussa Real Zaragozaa vastaan 13. tammikuuta, jossa hän teki rangaistuksen 2-0 voitossa. Ensimmäisessä vaiheessa
Copa del Reyn neljännesvaiheessa, Falcao teki päänlyönnin 2-0 voitossa 18. tammikuuta. Hän loukkaantui lihakseen 20. tammikuuta, jolloin hän jäi pois kolmesta ottelusta, mukaan lukien Copa del Reyn neljännesfinaalin toisella puolella Betis -joukkueesta ja puolifinaalin ensimmäisellä puolella Sevillaa vastaan. Falcao palasi toiselle ottelulle ja teki maalin Sevillaa vastaan 2<unk>2 tasapeliin, auttaen Atléticota siirtymään finaaliin 4<unk>3 yhteenlasketulla tuloslinjalla. Falcao teki kaksoispallon Granadan vastaan mukavassa 5:0 voitossa 14. huhtikuuta. Toinen maali merkitsi Falcaon 200:nnen uransa maalin (lukemalla sekä klubin että maan). Viikkoa myöhemmin Falcao teki ainoan maalin 0<unk>1 vierailuvoitolla Sevillaa vastaan Ramón Sánchez Pizjuán -stadionilla.