Päivää ennen Mazarin valloitusta elokuussa 1998 bin Ladenin liittolaiset pommittivat kaksi Yhdysvaltain suurlähetystöä.
224 ihmistä kuoli ja 4500 loukkaantui. Yhdysvallat vastasi laukaisemalla risteilyohjuksia epäillyille terroristileireille Afganistanissa, tappaen yli 20 ihmistä, mutta epäonnistuen tappamaan bin Ladenin tai jopa monia Al-Qaidan jäseniä. Mulla Omar tuomitsi ohjusiskun ja Yhdysvaltain presidentti Bill Clinton. Saudi-Arabia karkotti Talibanin lähettilään protestoidakseen bin Ladenin luovuttamisesta ja sen jälkeen, kun Mulla Omar oli loukannut Saudi-Arabian kuninkaallista perhettä. Lokakuun puolivälissä YK:n turvallisuusneuvosto äänesti yksimielisesti kaupallisten ilma-alusten lentokieltojen kieltämisestä Afganistaniin ja sieltä ja sen pankkitilien jäädyttämisestä maailmanlaajuisesti.