Hän komensi jalkaväkirykmenttiä vuonna 1971.
Kolmannessa sodassa Intian kanssa, mutta hänet lähetettiin takaisin opiskelemaan National Defence University -yliopistoon, jossa hän alkoi tutkia yhä enemmän. Vuonna 1971-1972 hän suoritti sotatieteiden maisterin tutkintoa ja puolusti ja julkaisi väitöskirjansa "A journey of pain and fear", joka tarjosi kriittistä analyysiä valtion tukemasta terrorismista ja sen vaikutuksista maiden geopoliittisiin asemiin. Everstiluutnantti Beg jätti erikoisjoukot ja otti vastaan professorin viran NDU:ssa vuonna 1975. Brig. Beg toimi professorina sotatutkimuksessa ja pysyi asevoimien sotaopiston pääohjaajana kansallisen puolustuksen yliopistossa tammikuuhun 1978 asti.