Vuonna 1783 maanjäristys tuhosi suuren osan kaupungista, ja Messinan kulttuurielämän uudelleenrakentamiseen ja elvyttämiseen meni vuosikymmeniä. Vuonna 1847 se oli yksi ensimmäisistä Italian kaupungeista, jossa Risorgimento-mellakoita puhkesi. Vuonna 1848 se kapinoi avoimesti hallitsivia Bourbonia vastaan, mutta se tukahdutettiin jälleen voimakkaasti. Vasta vuonna 1860, Milazzon taistelun jälkeen, Garibaldin joukot miehittivät kaupungin. Giuseppe Mazzini, yksi Italian yhdentymisen tärkeimmistä hahmoista, valittiin Messinan edustajaksi vuoden 1866 vaaleissa. Kaupunki vaurioitui vähemmän voimakkaassa maanjäristyksessä 16. marraskuuta 1894. Maanjäristys tuhosi kaupungin lähes kokonaan
Seuraava tsunami 28. joulukuuta 1908 tappoi noin 100 000 ihmistä - ja tuhosi suurimman osan muinaisesta arkkitehtuurista. Seuraavana vuonna kaupunki rakennettiin suurelta osin uudelleen.