Uuden valmentajan Julen Lopetegun saapuminen elokuussa 2018 sai Modricin palaamaan vakiintuneesti ensimmäiseen joukkueeseen korvikkeena, koska hän ei ollut harjoittellut ennen kauden alkua vuoden 2018 MM-kisojen jälkeen. Tämä sisälsi varaosan hänen joukkueensa 2-4 tappiossa lisäajan jälkeen Atlético Madridia vastaan UEFA: n Super Cupissa.
- Mitä? Hän aloitti kauden ensimmäisen kerran 1. syyskuuta Leganésia vastaan pelatessaan 4-1 voiton, jossa hän auttoi Karim Benzeman tekemää kolmatta maalia. Hänen 100. esiintymisensä UEFA-klubiottelussa tapahtui 19. syyskuuta 3 - 0 kotiseurassa Romaa vastaan, jossa hän auttoi toista maalia, jonka teki Gareth Bale. 22. joulukuuta Modrić voitti kolmannen FIFA Club World Cup -ottelunsa, jolloin hän teki ensimmäisen maalin ja avusti kolmatta finaalissa Al Ainia vastaan. 13. ja 19. tammikuuta 2019 Modrić teki ensimmäistä kertaa kaksi peräkkäistä liigaottelua Real Madridille. Samana vuonna hänet valittiin UEFA:n vuoden joukkueeksi (2018) kolmannen kerran urallaan. 27. helmikuuta - 5. maaliskuuta Modrić kävi läpi "jalkapallo-elämänsä vaikeimman viikon", jolloin Real Madrid hävisi kahdesti Barcelonalle ja Ajaxille ja putosi Copa del Reyltä, mestaruuskilpailusta ja Mestarien liigasta. Huolimatta siitä, että hänellä oli huono kausi, hän oli viidennen peräkkäisen kerran mukana FIFA FIFPro World XI: ssä.