- Neuvostoliiton miehittämä vuonna 1939 solmitun Molotov-Ribbentropin sopimuksen jälkeen, se oli NKVD:n ankaran politiikan alainen. NKVD otti haltuunsa keskeneräisen vankilan joulukuussa 1939 ja sitä käytettiin poliittisten vankien asuttamiseksi kaikkialta Neuvostoliiton miehittämästä Puolasta. Siellä pidettiin 1500-3000 vankia ankarissa olosuhteissa, ja uusia vankeja saapui sen jälkeen, kun edelliset oli peräkkäin kuljetettu Gulagiin ja muihin Neuvostoliiton vankiloihin. Vuonna 1940 suurin osa paikallisista puolalaisista pidätettiin ja siirrettiin erilaisiin Neuvostoliiton Gulageihin ja vankiloihin kaikkialla Neuvostoliitossa. Vuonna 1941, Neuvostoliiton ja Saksan välisen sodan puhkeamisen jälkeen, 24. ja 25. kesäkuuta 1941 noin 550 Dubnon vankilan vankia teloitettiin vetäytyvän NKVD: n toimesta, kun taas vain 8 heistä selvisi hengissä. Noin tuolloin kaupungin läheisyydessä (ja Lutskin ja Brodin ympärillä) käytiin suuri panssarivaunutaistelu. Brodyn taistelussa (1941) Ewald von Kleistin johtama Saksan 1. panssariryhmä onnistui murtamaan Neuvostoliiton 9. ja 19. mekaanisen armeijan sekä 8. mekaanisen armeijan vastahyökkäyksen. 8. Korpussin panssariryhmä otti Dubnon ja piti sitä 5 päivää, ennen kuin se otettiin takaisin vahvemmilla saksalaisilla joukkoilla (Konstantin Rokossovskin, Nikolay Feklenkon ja DI Rybjasevin johdolla, 8. Korpussin panssariryhmä komentaja oli prikaatikomissaari N.K. Popel). Pian sen jälkeen Saksa miehitti kaupungin. Valloituksen aikana
Saksalaiset räjäyttivät historiallisen 1700-luvun kaupungintalon.