Mortaigne johti suuria kapinoita, jotka lamauttivat Ruotsin armeijan ja vaativat viivästysmaksuja. Heinäkuussa 1641 Mortaigne ja Adam von Pfuhl kutsuttiin Tukholmaan kapinallisten edustajina. Mortaigne ylennettiin prikaatin kenraaliksi ja sai maata Pommeraniassa, kun taas muulle armeijalle maksettiin 486 200 taaleria kruunun velkojen selvittämiseksi. Vuoden 1642 aikana Mortaigne osallistui Breitenfeldin toiseen taisteluun ja loukkaantui myöhemmin vakavasti Briegin läheisyydessä. Vuonna 1643 Mortaignen joukot ravistivat Moraviaa. Keisarin partio vangitsi hänet 12. helmikuuta 1645 Bornan ulkopuolella, kun hänellä oli mukanaan tärkeitä asiakirjoja. Hänet vapautettiin lunnailla, ja myöhemmin hän komensi Ruotsin keskustaan Jankaun taistelussa.
- Mitä? Vuonna 1646 hän palasi Hessen-Kasselin maakreivikuntaan Ruotsin kuningattaren Kristinan suostumuksella ja sai kenraaliluutnanttin aseman. Hän johti Hessen-Kasselin joukkoja Hessenin sodan aikana. 10. heinäkuuta 1647 hänen vasemman jalkansa murskasi tykinpallo, joka haavoitti häntä vakavasti, kun hän piiritti Rheinfelsin linnaa.