Santiago Atitlán oli merkittävän valtion tukeman väkivallan kohteena maan
Sisällissota. Joidenkin sodan aikana tapahtuneiden merkittävimpien tapausten joukossa on roomalaiskatolisen papin Stanley Rotherin murha oikeistolaisten kuolemanpartioiden toimesta 28. heinäkuuta 1981 ja 14 ihmisen verilöyly (ja 21 muun haavoittaminen), kun Guatemalan armeija avasi tulen aseettomien siviilien joukkoon 2. joulukuuta 1990.