Kun sota Ranskan kanssa syttyi vuonna 1793, hänet nimitettiin Hothamin lippulaivaan, 100-kannalliselle, ja hän näki Toulonin piirityksen. Kun amiraali Samuel Hood kutsuttiin takaisin laivastoon vuoden 1794 lopulla, Hothamista tuli Välimeren laivaston ylipäällikkö, ja Hollowaysta laivaston kapteeni. Näin ollen hän osallistui
Genovan taistelu maaliskuussa 1795 ja Hyèressaarten taistelu heinäkuussa. Vuoden lopussa Hotham korvattiin amiraali Sir John Jervisillä, ja Holloway nimitettiin 98-tykin komentajaksi. Hän osallistui Spitheadin kapinaan toukokuussa 1797 ja komensi myöhemmin Kanaalin laivastoa.