Täytä seuraava lause: Vuoden 2012 kauden jälkeen Scutaro ja Giants sopivat 3-vuotisesta, 20 miljoonan dollarin sopimuksesta, joka tuli viralliseksi 7. joulukuuta 2012. Vuonna 2013 Scutaro aloitti toisessa pesässä Tony Abreun ja Nick Noonanin kanssa. 81 ottelussa Scutaro lyönyt.316/.367/.400 2 HR, 22 RBI ja 37 R, ja hänet nimitettiin
2013 MLB:n tähdistöpeli. Scutaro pelasi viimeisen ottelunsa syyskuun 15. päivänä, ja se suljettiin virallisesti syyskuun 24. päivänä. Hänelle tehtiin leikkaus 27. syyskuuta, jossa hänen vasempaan pikkusormaansa asennettiin neula, joka korjasi hänen vasaran sormensa. Loukkaantuminen tapahtui 11. kesäkuuta Piratesin kanssa, kun Tony Watson osui häneen. Vuonna 2013 hän pelasi 127 ottelussa.297/.357/.369.