Puolan historia vuodesta 1939 vuoteen 1945 kattaa pääasiassa ajanjakson, joka alkaa Natsi-Saksan ja Neuvostoliiton hyökkäyksestä Puolaan toisen maailmansodan loppuun. Saksan ja Neuvostoliiton välisen hyökkäysvapaussopimuksen jälkeen Puolaa hyökkäsi natsien Saksa 1. syyskuuta 1939 ja Neuvostoliitto 17. syyskuuta. Kampanjat päättyivät lokakuun alussa, kun Saksa ja Neuvostoliitto jakoivat ja liittivät koko Puolan. Neuvostoliitto hyökkäsi Puolan kimppuun kesällä 1941. Saksa miehitti koko Puolan.
, joka jatkoi rodullista ja kansanmurhaista politiikkaansa ympäri Puolaa. Molemmissa miehityksissä Puolan kansalaiset kärsivät valtavista ihmis- ja aineellisista menetyksistä. Kansallisen muiston instituutin arvion mukaan saksalaisten miehityksen seurauksena kuoli noin 5,6 miljoonaa Puolan kansalaista ja noin 150 000 kuoli Neuvostoliiton miehityksen seurauksena. Saksalaiset valitsivat juutalaiset nopealle ja täydelliselle tuhoamiselle, ja noin 90 prosenttia Puolan juutalaisista (noin kolme miljoonaa ihmistä) murhattiin osana holokaustia. Juutalaisia, puolalaisia, romaneja ja monia muita etnisyyksiä tapettiin "joukossa" natsien tuhoamisleireissä, kuten Auschwitzissa, Treblinkassa ja Sobiborissa. Puolalaiset joutuivat sekä natsien että Neuvostoliiton vainojen kohteeksi. Saksalaiset tappoivat arviolta kaksi miljoonaa puolalaista. Heillä oli tulevaisuuden suunnitelmia muuntaa jäljellä oleva enemmistö puolalaisista orjatyöhön ja tuhota ne, joita pidettiin "ei-toivottuina" osana laajempaa "Generalplan Ostia". Puolalaisten ja vähäisempään määrään ukrainalaisten etniset puhdistukset ja joukkomurhat suoritettiin Länsi-Ukrainassa (ennensotainen Puolan Kresy) vuodesta 1943. Puolalaiset murhattiin ukrainalaisten nationalistien toimesta.