Sanger sai vuonna 2004 Weintal-palkinnon diplomaattisesta raportoinnista Irak- ja Korea-kriisistä. Hän voitti myös Aldo Beckman -palkinnon presidenttiyden uutisoinnista. Sekä vuonna 2003 että 2007 hän sai Merriman Smith Memorial Award -palkinnon kansallisesta turvallisuusstrategiasta. Hän myös jakoi American Society of Newspaper Editorsin huippupalkinnon määräajan kirjoittamisesta vuonna 2004, Columbia-onnettomuuden tiimin kattavuudesta. Vuonna 2007 The New York Times sai DuPont-palkinnon Columbia Journalism Schoolilta dokumenttielokuvasta "Nuclear Jihad: Can Terrorists Get the Bomb?", jossa hän ja kollegansa William J. Broad ja heidän tutkimuksensa A.Q. Khanin ydinaseiden leviämisverkostosta. Heidän paljastuksensa Timesissa verkosta - oli Pulitzer-palkinnon finalisti. Vuonna 2011 Sanger oli osa toista tiimiä, joka oli Pulitzer-palkinnon finalisti kansainvälisessä raportoinnissa.
Japanin tsunamia ja ydinonnettomuutta. Vuonna 2012 Sanger paljasti tarinan, jonka mukaan presidentti Obama oli varhain presidenttiydessään salaa määrännyt Stuxnet-cyberhyökkäykset Iranin ydinlaitoksiin. Hänen raporttinsa kuvattiin dokumenttielokuvassa "Zero Days" (2016).