Kansallisesti El Salvadorissa on kaksi suurta poliittista puoluetta, joiden juuret juontuvat sisällissotaan. Suurin oikeistolainen puolue on La Alianza Republicana Nacionalista, joka perustettiin 30. syyskuuta 1981, säilytti vahvat siteet armeijaan sisällissodan aikana ja on pitänyt valtaa sodan viime vuosina ja suurimman osan sodanjälkeisestä ajasta. Farabundo Martí National Liberation Front (FMLN), sosialistinen puolue, on kommunististen partiolaisten joukkojen suora jälkeläinen, jotka taistelivat Salvadorin hallitusta vastaan, ja se perustettiin laillisesti poliittiseksi puolueeksi 1. syyskuuta 1992. Sisällissodan jälkeen
Nämä kaksi ovat edelleen maan tärkeimpiä poliittisia puolueita, jotka ovat edelleen jakautuneet vasemmisto-oikeistolaiseen kaksoisjärjestelmään.