Seedorf oli Alankomaiden joukkueessa UEFA:n Euroopan mestaruuskilpailuissa vuonna 1996, jossa hänen rangaistuspotkunsa epäonnistuminen osoittautui ratkaisevaksi neljännesvaiheessa Ranskalle tappiossa. Hän esiintyi myös Alankomaiden puolella Euro 2000: ssä ja 2004: ssä.
, sekä 1998 FIFA World Cup, pääsee semifinaaliin kaikissa kolmessa näistä turnauksista.