Alfaro teki debyyttinsä Costa Rican maajoukkueessa huhtikuussa 1991 ystävyyssopimuksessa Meksikoa vastaan. Hän on edustanut maataan viidessä FIFA:n MM-kilpailujen kelpuutusottelussa ja pelasi vuoden 1999 UNCAF Nations Cupissa ja
Vuoden 1997 Copa América.