Coltsin ensimmäisen NFL-mestaruuden jälkeen joukkue teki 9-3 ennätyksen kaudella 1959 ja voitti jälleen kerran Giantsin NFL-mestaruusottelussa.
Toisen mestaruutensa. Kahden mestaruuden jälkeen vuosina 1958 ja 1959 Colts ei palannut NFL-mestaruuteen neljään kauteen ja korvasi päävalmentajan Ewbankin nuorella Don Shulalla vuonna 1963. Shulan toisella kaudella Colts kokoaa 12<unk>2 ennätyksen, mutta häviää Cleveland Brownsille NFL-mestaruudessa. Vuonna 1968 Colts kuitenkin palasi Unitasin ja Shulan johdolla ja voitti kolmannen NFL-mestaruuden ja esiintyi Super Bowl III: ssä.