Syyskuussa 1796 Johnston nimitettiin kuvernööri John Hunterin apulaiseksi, ja vuonna 1800 hän sai majurin brevetin. Samana vuonna Johnston pidätettiin luutnantti kuvernööri William Patersonin toimesta syytettynä "luutnantin maksamisesta osana hänen palkkaansa ja käskyjen noudattamatta jättämisestä". Johnston vastusti sotaoikeudenkäyntiä siirtokunnassa, ja Hunter lähetti hänet Englantiin. Siellä oikeudenkäynnin suorittamisen vaikeudet todistajien kanssa Australiassa johtivat siihen, että oikeudenkäynti lopetettiin, ja Johnston palasi Uuteen Etelä-Walesiin vuonna 1802. Vuonna 1803 Johnston otti väliaikaisen komennon New South Wales Corpsin aikana Patersonin sairaus, ja tuli mukana konflikti kuningas ja armeijan välillä. Maaliskuussa 1804 hän toimi päättäväisesti, kun hän johti sotilasjoukkoa, - joka lähetettiin vankeja vastaan, jotka olivat kapinoineet Castle Hillissä.
- Mitä? Kun Paterson lähetettiin Port Dalrympleen, Johnstonista tuli Uuden Etelä-Walesin armeijan komentaja.