Callaghanista tuli risteilijän komentaja - ja komensi sitä harjoitusten aikana kesällä 1901 - ennen kuin hänestä tuli taistelulaivan komentaja Välimeren asemalla joulukuussa 1901. Hänestä tuli Portsmouthin telakalla kapteeni vuoden 1904 alussa ja pian sen jälkeen sotilasaluksen komentaja Välimeren asemalla. Hänet nimitettiin kuningaskunnan laivaston apulaislääkäriksi 25. huhtikuuta 1904. 1. heinäkuuta 1905 hänet ylennettiin konterimiraaliin. Hänestä tuli Kanaalin laivaston toinen komentaja ja 5. risteilijäryhmän komentaja vuonna 1907. 3. elokuuta 1907 hänet nimitettiin Royal Victorian Orderin komentajaksi, ja vuonna 1908 hänet nimitettiin Välimeren laivaston komentajaksi. Jälkimmäisessä tehtävässään hän auttoi Messinan maanjäristyksen eloonjääneitä.
, joka oli aiheuttanut noin 123 000 hengen menetyksen joulukuussa 1908, jonka vuoksi hänet ylennettiin 30. huhtikuuta 1909 Royal Victorian -järjestyksen ritarikomentajaksi ja nimitettiin Italian kruunun järjestyksen suurvirkailijaksi 15. huhtikuuta 1912. 27. huhtikuuta 1910 hänet ylennettiin varamiraaliksi ja hänestä tuli kotiflotin komentaja, jonka lippu oli taistelulaivassa myöhemmin samana kuussa. Hänet ylennettiin Bathin ritarikomentajaksi 24. kesäkuuta 1910.