Atlético Madridin kausi 2012-13 oli klubin historian 82. kausi. Atlético kilpaili La Ligassa ja Copa del Rey -sarjassa.
, ja Euroopan liigan puolustavana mestarina. Heidät eliminoi Rubin Kazan 32. kierroksessa. Se voitti Copa del Reyn voitettuaan Real Madridin 2-1 lisäajalla.