Vuonna 1855 Brainerd oli yksi uuden republikaanipuolueen järjestäjistä, joka perustettiin maan tärkeimpänä orjuudenvastaisena poliittisena järjestönä. Hän toimi Vermontin republikaanipuolueen ensimmäisenä puheenjohtajana ja oli yksi viidestä puolueen valtion puheenjohtajista, jotka antoivat kutsun ensimmäiseen republikaaniseen kansalliseen yleissopimukseen vuonna 1856.
- Mitä? Brainerd oli valtuutettu, ja väliaikaisena puheenjohtajana hän kutsui konventin kokoon ensimmäiseen istuntoonsa. Myöhemmin Brainerd valittiin kongressin varapuheenjohtajaksi ja hänet nimitettiin republikaanien kansallisen komitean jäseneksi. Brainerd valittiin Vermontin presidentinvaalien jälkeen 1856 vaaleissa. Kun Vermontin äänestäjät kokoontuivat joulukuussa äänestämään, Brainerd valittiin puheenjohtajaksi. He kaikki äänestivät John C. Frémontin republikaanien presidenttiehdokkaaksi ja William L. Daytonin varapresidenttiehdokkaaksi, joka voitti Vermontin, mutta hävisi vaalit.