Arzú'n presidenttiyden tärkein saavutus oli rauhansopimus, jonka hän allekirjoitti Guatemalan kansallisen vallankumouksellisen yhtenäisyyden kanssa, lopettaen Guatemalan 36 vuotta kestäneen sisällissodan.
- Mitä? Neuvottelut olivat olleet käynnissä vuodesta 1990, ja Arzú antoi neuvotteluihin elintärkeän uuden virikkeen, kun hän tapasi URNG:n Meksikossa 26. helmikuuta 1996. Tulitauko solmittiin 20. maaliskuuta, ja vuoden kuluessa allekirjoitettiin useita rauhansopimuksia. URNG:n laillistamista koskeva sopimus allekirjoitettiin Madridissa 12. joulukuuta. Kongressi hyväksyi 18. joulukuuta lain, joka antoi osittaisen armahduksen taistelijoille, ennen kuin lopullinen rauhan sopimus allekirjoitettiin 29. joulukuuta.