Toisessa maailmansodassa japanilainen armeija
Hyökkäsi ja miehitti Malaijan, Pohjois-Borneon, Sarawakin ja Singaporen yli kolme vuotta. Tuona aikana lisääntyivät etniset jännitteet ja kansallismielisyys. Malaijan itsenäistymisen kannatus lisääntyi, kun liittoutuneet voimat valloittivat sen uudelleen. Sodan jälkeiset brittiläiset suunnitelmat yhdistää Malaijan hallinto yhdellä kruunun siirtomaalla, jota kutsuttiin "Malayan Unioniksi", kohtasivat voimakasta vastustusta malaijoilta, jotka vastustivat malaijalaisten hallitsijoiden heikentämistä ja kansalaisuuden myöntämistä etnisille kiinalaisille. Vuonna 1946 perustettu Malaijin unioni, joka koostui kaikista Malaijin niemimaalla sijaitsevista brittiläisistä valloituksista Singaporeta lukuun ottamatta, hajosi nopeasti ja korvattiin 1. helmikuuta 1948 Malaijin federaatiolla, joka palautti Malaijin valtioiden hallitsijoiden autonomian Britannian suojeluksessa.