Hänen huomionsa kääntyi pian Teksasin taisteluun Meksikoa vastaan. Henderson alkoi pitää puheita rahan ja armeijan keräämiseksi Texasin asialle. Henderson ja useat vapaaehtoiset matkustivat Teksasiin toivomalla osallistua taisteluun itsenäisyyden puolesta. Kun ryhmä saapui kesäkuussa 1836, monet tärkeimmistä tapahtumista olivat jo tapahtuneet. Teksasin itsenäisyysjulistus oli jo allekirjoitettu 2. maaliskuuta, ja David G. Burnet valittiin uuden Teksasin tasavallan väliaikaiseksi presidentiksi 10. maaliskuuta. Alamo.
Sam Houston oli voittanut 21. huhtikuuta San Jacinton taistelussa. Antonio López de Santa Anna allekirjoitti 14. toukokuuta 1836 Velascon sopimuksen, jossa hän suostui vetämään joukkonsa pois Teksasista. Väliaikainen presidentti Burnet nimitti Hendersonin prikaatin kenraaliksi Texasin armeijaan ja määräsi hänet palaamaan Pohjois-Carolinaan keräämään joukkoja palvella Teksasissa. Tämä Henderson teki omalla kustannuksellaan.