19. maaliskuuta 1942 ghetto suljettiin. Kaikki juutalaiset karkotettiin aakkosjärjestyksessä Kołoon ja sitten Chełmnon tuhoamisleiriin. Kutnon 6 000 juutalaista asukasta tapettiin siellä, kun taas vanhemmat ihmiset, jotka olivat olleet gheton hallintohenkilöitä, tapettiin Kutnon kaupungissa. Lisäksi alueella toimi pakkotyöleiri tammikuusta 1942 tammikuuhun 1945. 19. tammikuuta 1945 Punainen armeija saapui Kutnoon ja lopetti saksalaisen miehityksen.
, ja kaupunki palautettiin Puolaan, vaikka Neuvostoliiton asettama kommunistinen hallinto pysyi vallassa kommunismin kaatumiseen asti 1980-luvulla.