Bernstein toimi huhtikuusta 2009 syyskuuhun 2011 ensin paikallisiin asioihin ja sitten Yhdysvaltain kotimaan turvallisuuden ministeriön pääasiallisena apulaissekretärinä hallitustenvälisiin asioihin. Tässä tehtävässä hän koordinoi DHS:n yhteydenpitoa pormestareihin ja kuvernööreihin. DHS:ssä työskennellessään Bernstein työskenteli laajasti lukuisten merkittävien tapahtumien ja poliittisten aloitteiden vastauksissa, mukaan lukien BP Deepwater Horizon -öljyvuoto
, maanjäristys Haitissa, sekä tiedustelutietojen levittäminen valtion ja paikallishallintojen aikana lisääntynyt uhka.