Spalletti nimitettiin Roman manageriksi toiselle kaudelleen 13. tammikuuta 2016, kun entinen valmentaja Rudi Garcia erotettiin huonon joukkueen suorituksen vuoksi. Francesco Totti kritisoi Spallettiä julkisesti 21. helmikuuta, koska hän ei ole pelannut loukkaantumisen jälkeen. Totti jätettiin Spallettille, kun Roma voitti Palermon 5:0:lla. Päätös aiheutti meteliä fanien ja median keskuudessa. Alkuperäisten erimielisyyksien jälkeen Spalletti alkoi käyttää Tottia välitöntä vaikutusta korvaajaksi, mikä osoittautui tehokkaaksi päätökseksi, kun Totti löysi uudelleen muodonsa ja antoi neljä maalia ja avun viiden peräkkäisen Serie A -ottelun jälkeen.
tulitikkuja. Tämän seurauksena Spalletti pystyi johtamaan Roman keskikohdasta toiselle sijalle Serie A: ssa ja voitti Mestarien liigan play-off-paikan.