Scully ilmoitti 31. tammikuuta 2016, että hän aikoi jäädä eläkkeelle lähetyksestä vuoden 2016 kauden päätyttyä; hänen viimeinen pelinsä oli joukkueen lokakuun 2. finaali San Franciscossa. Scully jätti avoimena mahdollisuuden kutsua ottelut loppu kaudelle (mutta ei World Series
Syyskuussa Scully kuitenkin ilmoitti, että hän lopettaisi pelin säännöllisen kauden jälkeen eikä soittaisi otteluita, koska hän ei halunnut "tervehtia 12 eri kertaa". Scully sai pelata kuusi maastokilpailua kaudella 2016: avauspeli San Diegossa, kaksi peliä Anaheimissa ja koko kolmen pelin säännöllisen kauden loppuottelu sarja San Franciscossa.