Marraskuussa 1777 New Jerseyn lainsäätäjä nimesi Boudinotin erääksi valtuuttajistaan toiseen mannerkongressiin.
- Mitä? Hänen tehtävänsä komissaarina esttivät häntä osallistumasta, joten hän erosi toukokuussa 1778. Heinäkuun alussa hänet oli korvattu ja hän osallistui ensimmäiseen kongressin kokoukseen 7. heinäkuuta 1778. Delegaattina hän jatkoi edelleen huolensa sotavankien hyvinvoinnista. Hänen ensimmäinen toimikautensa päättyi sinä vuonna.