Kirjoita jatko tähän kappaleeseen - Jättäen Minnesotan, Clarke palasi Filadelfiaan ottamaan vastuulleen Senior Vice Presidentin roolin kauden 1992-93 aikana, ja toimi nuoren ilmiön Eric Lindrosin mentorina hänen ensimmäisen kautensa aikana. Clarke siirtyi pian sen jälkeen ja otti pääjohtajan aseman laajennuksen Florida Panthersin kanssa, joukkue, joka asetti laajennuksen joukkueen ennätyksen voittoihin ja pisteisiin kauden aikana 1993-1994. Hän palasi Flyersin pääjohtajaksi ennen kauden 1994-95 alkua.
Hän rakensi joukkueen Cup-kilpailijaksi. Hänen toisella toimikaudellaan Flyersin pääjohtajana joukkue pääsi playoffeihin 11 vuodenaikaa peräkkäin, mutta pääsi kerran finaaliin (1997). Clarke erosi kauden 2006/07 huonoon alkuun johtuen mahdollisesta uupumuksesta ja haluttomuudesta. Clarke palasi franchiseen 4. joulukuuta 2006 ja hänet nimitettiin Senior Vice Presidentiksi.