Syyskuussa 2004 Basayev otti vastuun Beslanin koulun piirityksestä.
Siinä kuoli yli 350 ihmistä, enimmäkseen lapsia, ja satoja loukkaantui. Venäjän hallitus on asettanut 300 miljoonan ruplan (10 miljoonan dollarin) palkkion hänen vangitsemisestaan johtavasta tiedosta. Basayev itse ei osallistunut koulun valtaukseen, mutta väitti järjestäneensä ja rahoittaneensa hyökkäyksen ja kerskaili, että koko operaatio maksoi vain 8 000 euroa. Basayev antoi 17. syyskuuta 2004 lausunnon, jossa hän otti vastuun koulun piirityksestä ja sanoi, että hänen Riyadus-Salihiin "Martyr-pataljoonansa" oli suorittanut tämän ja muut hyökkäykset. Basayev kuvaili Beslanin verilöylyä "kauhistuttavana tragediana" ja syytti siitä Venäjän presidentti Vladimir Putinia.