Ensimmäinen yliopisto Bratislavassa, Unkarin kuningaskunnassa (ja myös nykyisen Slovakian alueella) oli Universitas Istropolitana, joka perustettiin vuonna 1465 kuningas Matthias Corvinuksen toimesta. Se suljettiin vuonna 1490 hänen kuolemansa jälkeen. Bratislavassa sijaitsee suurin yliopisto (Comenius-yliopisto, 27 771 opiskelijaa), suurin tekninen yliopisto (Slovakian teknillinen yliopisto, 18 473 opiskelijaa) ja vanhimmat taideoppilaitokset (Performing Arts Academy ja Academy of Fine Arts and Design) Slovakiassa. Muita korkeakouluja ovat julkinen taloustieteellinen yliopisto ja ensimmäinen yksityinen korkeakoulu Slovakiassa, City University of Seattle. Yhteensä noin 56 000 opiskelijaa käy yliopistossa Bratislavassa.
Kuningas