Lokakuussa 2018 vahvistettiin, että Nakagami pysyy LCR Hondassa 2018-spec-koneella vuoden 2019 MotoGP-kaudella.
Joukkuetoverinsa Cal Crutchlow'n rinnalla. Kauden ensimmäisellä puoliskolla hän pääsi säännöllisesti kymmenen parhaan joukkoon, mutta Hollantilaisen TT: n raskaana onnettomuutena ja sen jälkeisenä olkapään vammana hän laski. Hän päätti lopettaa kautensa ennenaikaisesti kotiottelunsa jälkeen, jotta hän voisi leikkautua vahingoittuneen olkapäänsä korjaamiseksi ja toipua ennen kauden 2020 alkua. Hänet korvattiin viimeisissä kolmessa kierroksessa KTM:n pakkosiirtolainen Johann Zarco. Nakagami lopulta lopetti kauden 13. sijalla 74 pisteellä, yli kaksinkertaistamalla aloittelijan kautensa.