Vuonna 1929 Khomeini meni naimisiin Teheranin papin 16-vuotiaan tyttären Khadijeh Saqafin kanssa. Heillä oli seitsemän lasta, mutta vain viisi jäi eloon. Hänen tyttärensä menivät naimisiin kauppiaiden tai pappien perheisiin, ja molemmat hänen poikansa menivät uskonnolliseen elämään. Mostafa, vanhempi poika, kuoli vuonna 1977 ollessaan maanpaossa Najafissa Irakissa isänsä kanssa, ja hänen isänsä kannattajien mukaan hänen isänsä murhattiin SAVAK: n toimesta. Ahmad Khomeinin, joka kuoli vuonna 1995 50-vuotiaana, huhutaan myös olleen pahan pelin uhri, mutta hallinnon käsissä.
Khadijeh Saqafi