Ehlers syntyi Tanskassa, mutta muutti nuorena Saksaan, kun hänen isänsä Heinz pelasi siellä jääkiekkoa. Heinz pelasi useissa liigoissa Euroopassa, ja hänet valitsi New York Rangers vuonna 1984 NHL Entry Draft
, vaikka hän ei koskaan soittanut Pohjois-Amerikassa. Pelaajauransa jälkeen Heinzista tuli valmentaja, ja hän on tällä hetkellä SCL Tigersin päävalmentaja Sveitsin kansallisliigassa A. Ehlers muutti myöhemmin takaisin Tanskaan useita vuosia ja sitten Sveitsiin vuonna 2007, kun hänen isänsä otti valmentajan aseman. Sebastian Ehlers, Nikolajin kolme vuotta vanhempi veli, pelaa tällä hetkellä Odense Bulldogsissa Tanskan huippuluokassa. Hänellä on myös pikkusisko, Caroline. Alexander True on Ehlers'in serkku.