Saari on nimetty espanjan versiosta portugalilaisen palveluksessa olleen Galisian amiraalin (Xoán da Nova tai de Novoa galisian kielellä; João da Nova portugaliksi) mukaan, joka löysi saaren vuonna 1501. Saarella ei ollut koskaan asuttavaa, kun se tuli Ranskan omistukseen vuonna 1897. Vuonna 1921 Ranska päätti siirtää Juan de Novan hallinnon Pariisista Tananariveen Madagaskarin siirtokunnassa. Ennen Madagaskarin itsenäistymistä Ranska siirsi hallinnon Saint-Pierreen Reunion-saarelle. Madagaskarista tuli itsenäinen vuonna 1960 ja vaatii suvereniteettia saarelle vuodesta 1972. Guano (fosfaatti) -aineistoja hyödynnettiin 1900-luvun alusta vuoteen 1970. Saari hylättiin toisen maailmansodan aikana ja saksalaiset sukellusveneet kävivät siellä.
Vuosi 1960