Allen palasi New Hampshiren alueelle, joka oli julistanut itsenäisyytensä vuonna 1777. Hän jatkoi poliittista toimintaa alueella ja vastusti edelleen New Yorkin yrityksiä valvoa aluetta. Allen lobbaili kongressissa
Hän oli mukana kiistanalaisissa neuvotteluissa brittien kanssa Vermontin mahdollisuudesta tulla erilliseksi Britannian provinssiksi.