Bayern on voittanut kymmenen eurooppalaista mestaruutta: Cup Winners' Cupin vuonna 1967, UEFA Cupin vuonna 1996, Euroopan Cupin peräkkäin kolmesti vuosina 1974-1976, Mestarien liigan 2001, 2013 ja 2020 (viimeiset kaksi osana mantereiden kolminkertaistamista) ja UEFA Super Cupin vuonna
Vuodet 2013 ja 2020. Se voitti lisäksi Intercontinental Cupin vuonna 1976 ja 2001, sekä Klubi-maailmancupin vuosina 2013 ja 2020. Bayern on yksi kolmesta joukkueesta, jotka ovat voittaneet Euroopan cupin kolme kertaa peräkkäin, ja ensimmäinen ja ainoa saksalainen joukkue, joka on voittanut mantereen kolminkertaisen; he ja Barcelona ovat ainoat joukkueet, jotka ovat voittaneet kolminkertaisen kahdesti.