Rowley palveli 13. Pennsylvanian jalkaväkirykmentin everstiksena 25. huhtikuuta 1861 6. elokuuta samaan vuoteen. Hänestä tuli sitten 102. Pennsylvanian vapaaehtoisten jalkaväkirykmentin eversti. Hän haavoittui Seven Pinesin taistelussa.
Hän johti Potomacin armeijaa. Hän johti (lyhyeksi ajaksi) prikaatin VI-joukoissa Fredericksburgin taistelussa. Hänet ylennettiin prikaatikomentajaksi 29. marraskuuta 1862. Hän komensi I-joukon prikaattia Chancellorsvillen taistelussa. Hän toimi 3. divisioonan komentajana Gettysburgin taistelun alussa, kun taas kenraalimajuri Abner Doubleday toimi komentajana. (Chapman Biddle johti Rowleyn prikaattia.) 1. heinäkuuta 1863 prikaati kärsi suuria tappioita, kun se kohtasi liittoutuneet majuri kenraali Harry Hethin divisioonista. Hänet heitettiin hevosesta perääntymisen aikana, kun se pysähtyi joelle. Hän oli sairas kananmunan kokoisilta paiseilta reiden sisäosissa. Hän oli kuumeinen ja kiihkeä. Rowleyn ja prikaatin kenraali Lysander Cutlerin välisen vastakkainasettelun jälkeen joidenkin 7. Wisconsin-upseerien käyttäytymisestä Cutler nosti syytteet juopoudesta huhtikuussa 1864. Rowleylle annettiin alle 24 tuntia aikaa valmistella puolustusta oikeudenkäyntiin, ja hänet tuomittiin sotaoikeudessa, jonka kirjoittaja John F. Krumwiede sanoo olleen "epä puolueeton ja marssinut omalle rumpuilleen". Vaikka hänet palautettiin sodan sihteerin Edwin M. Stantonin ja presidentti Abraham Lincolnin määräyksestä, Rowleylle määrättiin vain läntisessä Pennsylvaniassa sijaitseva piirikunta, koska sotavoimien komentaja kenraali George G. Meade ja nykyinen korpusin komentaja kenraali Gouverneur K. Warren olivat keskenään riidessä. Hänet estettiin kenraali Darius N. Couchin toimista, kun hän yritti pysäyttää 1864 Pennsylvanian hyökkäyksen, jonka oli tehnyt liittoutuneiden kenraali Jubal Early, hän erosi tehtävästään 29. joulukuuta 1864.