Kun kuningas Henrik IV kuoli vuonna 1474, Isabella julisti itsensä seuraajaksi kuningattareksi ja kiisti Juana la Beltranejan (kuninkaan 13-vuotias tytär ja hänen veljentyttärensä) oikeutta nousta valtaistuimelle. Seuraavan sisällissodan aikana
Isabellan ja Juanan seuraajien välillä oli myös konfliktia Portugalin kanssa, koska Portugalin kuningas Alfonso V oli veljentyttärensä Juanan puolella. Gonzalo taisteli Isabellan puolella Alonso de Cárdenasin, Santiagon ritarikunnan suurmestarin alaisuudessa. Vuonna 1479 hän taisteli lopullisessa taistelussa portugalilaisia vastaan johtaen 120 keihästäjää. Cárdenas ylisti häntä palveluksestaan. Kun sota päättyi, Isabella ja hänen miehensä Ferdinand olivat Kastilian ja Aragonin hallitsijoita.