Gettysburgin jälkeen Munsell osallistui Kelly's Fordin taisteluun, Mine Runin taisteluun.
Ja Manassas Gapin taistelu. Sitten hän sai pidennetyn vapaapäivän Washingtonin vapaaseen sotilaskouluun, josta hän lähti ensimmäisenä luutnanttina. Hän liittyi sitten rykmenttinsä ja osallistui Cold Harborin taisteluun, Pietarin piiritykseen ja Deep Bottomin toiseen taisteluun. Myöhemmässä taistelussa Munsell vangittiin ja pidettiin sotavankina, kunnes hänet vapautettiin vuonna 1865. Hän palasi vielä kerran kapteeniksi.