Rondeau toimi kuitenkin edelleen kenraalina armeijassa. Tässä
Uruguayn sisällissodassa 1836 "Blancos" ("Valkoinen") ja "Colorados" ("Punainen"), hän taisteli jälkimmäisen puolella ja toimi heidän sota-ministerinä. Hänet surmattiin Montevideon suuressa piirityksessä vuonna 1844.