East River - vuorovesijono - virtaa Long Island Soundista ja erottaa Bronxin ja Manhattanin Long Islandista. Harlem-jono, toinen vuorovesijono East ja Hudson -jonojen välillä, erottaa suurimman osan Manhattanista Bronxista. Bronx-jono, joka virtaa Bronxin ja Westchesterin piirikunnan kautta, on kaupungin ainoa makean veden joki. Kaupungin maa on muuttunut merkittävästi ihmisen toimesta, ja huomattava maa-ala on muuttunut veden rantaan Alankomaiden siirtomaa-aikakaudesta lähtien.
East- ja Hudson-joen välissä