Täytä seuraava lause: Bačkis'n perhe Liettuassa joutui Neuvostoliiton vainoihin; hänen veljensä Juozas
Hänet karkotettiin Siperiaan kesäkuussa 1941 ja kuoli siellä vuotta myöhemmin. Klimas pidätettiin Gestapon toimesta syyskuussa 1943, mikä jätti Bačkin vanhemmaksi diplomaatiksi Ranskassa. Samana vuonna Bačkis puolusti väitöskirjaansa Liettuan konkordatista (julkaistu liettuaksi vuonna 2007). Sodan jälkeen Ranska ei tunnustanut virallisesti Liettuan, Latvian tai Viron diplomaattipalveluja, mutta salli niiden toimia epävirallisesti. Bačkis jatkoi erilaisten virkamiesten kouluttamista Liettuan miehityksestä ja lobbausta Liettuan SSR: n tunnustamatta jättämiseksi valtion jatkuvuuden varmistamiseksi. Hän julkaisi myös tiedotustilaisuuksia liettualaisista asioista (mukaan lukien 33 numeroa "Questions Lithuaniennes", 8 numeroa "Bulletin Lithuanien" ja kirjan "Peuples opprimés. La tragédie des Etats Baltes"), auttoi liettualaisia pakolaisia jne. Vuonna 1948 Bačkis otti yhteyttä Juozas Lukšaan, Neuvostoliiton vastaiseen puolueeseen, joka onnistui pakenemaan rautaesirippusta, ja auttoi häntä levittämään tietoa aseellisesta taistelusta. Euroopan liike perusti vuonna 1949 komitean Keski- ja Itä-Euroopan maista, jonka puheenjohtajana toimi brittiläinen kansanedustaja Harold Macmillan ja joka edusti eri Itäblokin maita. Bačkisista tuli komitean varapuheenjohtaja vuonna 1951. Hän oli myös Liettuan edustaja Euroopan federalistien liitossa, liittyi Nouvelles équipes internationales (Uusi kansainvälinen joukkue) ja vankina olevien eurooppalaisten kansojen kokoukseen. Bačkis vaati myös Liettuan katolisen tiedeakatemian uudelleen perustamista ja esitteli aktiivisesti tutkimustyötä sen istunnoissa. Vuonna 1950 Vatikaani myönsi hänelle Pyhän Gregorius Suuren ritarikunnan.