Muita sairauksia, jotka voivat aiheuttaa samanlaisia oireita kuin migreeni päänsärky, ovat aivoverentulehdus, klaasteripäänsärky, akuutti glaukooma, aivokalvontulehdus ja aivokalvon alla oleva verenvuoto. Aikavälillinen arterioosi esiintyy tyypillisesti yli 50-vuotiailla ihmisillä ja on herkkyys temppelillä, klaasteripäänsärky esiintyy yhdensuuntaisella nenän tukkeutumisella, kyynelillä ja voimakkaalla kipuilla kiertoratojen ympärillä, akuutti glaukooma liittyy näköongelmiin, aivokalvontulehdukseen, ja aivokalvon alla oleva verenvuoto, jolla on erittäin nopea alku. Jännityspäänsärky esiintyy tyypillisesti molemmilta puolilta, ei ole lyövä ja on vähemmän vammauttavaa. Ne, joilla on vakaa päänsärky, jotka täyttävät migreeniä koskevat kriteerit, eivät saa neuroimagingia etsimään muita aivokalvon sisäisiä sairauksia. Tämä koskee muita havaintoja
yli 50- vuotiailla