Waddell jatkoi sotilaallista palvelustaan Indian Medical Service -palveluksessa. Hän oli Kiinassa Boxer-kapinan aikana (1898-1901), mukaan lukien
Hän sai Kiinan sotamitalin (1900) ja nimitettiin Intian keisarikunnan ritarikunnan (CIE) kumppaneiksi vuonna 1901. Vuoden 1901 loppuun mennessä hän oli muuttanut Luoteis-Vaherannikon maakuntaan ja oli läsnä Mahsud-Waziri-saarron aikana, 1901-1902. Hän oli Malakandissa vuonna 1902 ja osallistui Tiibetin lähetystyöhön Lhasassa 1903-1904, josta hänet mainittiin jälleen lähetyksissä, hän sai mitalin ja hänet nimitettiin Bathin ritarikunnan (CB) seuralaiseksi. Waddell palasi sitten Englantiin, jossa hänestä tuli lyhyeksi aikaa Lontoon yliopisto-yliopiston tiibetiläisen professori (1906-1908).