Täytä seuraava lause: Jättäen Minnesotan, Clarke palasi Filadelfiassa ottamaan vastuulleen Senior Vice Presidentin roolin kaudella 1992-93, ja toimi nuoren ilmiön Eric Lindrosin mentorina hänen ensimmäisen kautensa aikana. Clarke siirtyi pian sen jälkeen ja otti pääjohtajan aseman laajennuksen Florida Panthersin kanssa, joukkue, joka asetti laajennuksen joukkueen ennätyksen voittoihin ja pisteisiin kaudella 1993-1994. Hän palasi Flyersin pääjohtajaksi ennen kauden 1994/95 alkua (Florida sai korvauksen käteisellä ja Philadelphian toisella kierroksella Draftissa
1994 NHL Entry Draft), ja hän rakensi joukkueen Cup-tarjoilijaksi. Hänen toisella toimikaudellaan Flyersin pääjohtajana joukkue pääsi playoffeihin 11 vuodenaikaa peräkkäin, mutta pääsi kerran finaaliin (1997). Clarke erosi kauden 2006/07 huonoon alkuun johtuen mahdollisesta uupumuksesta ja haluttomuudesta. Clarke palasi franchiseen 4. joulukuuta 2006 ja hänet nimitettiin Senior Vice Presidentiksi.