Vuonna 1946 hän oli arabinationalisti ja alkoi hankkia aseita salakuljetettavaksi entiseen Brittiläiseen Palestiinan mandaattiin, joita käyttivät Arab Higher Committeen ja Pyhän sodan armeijan miliiseja. 1948 Arab-Israelin sodan aikana Arafat lähti yliopistosta ja muut arabit yrittivät päästä Palestiinaan liittymään Israelin joukkoihin taistelemaan arabialaisia joukkoja vastaan ja Israelin valtion perustamista vastaan. Palestiinalaisten joukkojen puutteesta huolimatta Arafat taisteli muslimiveljeskunnan rinnalla, vaikka hän ei liittynyt järjestöön. Hän osallistui Gazan päätaistossa vuonna 1956 (joka oli arabialaisten taistelualueen ja muiden huomattavien sionistien julkaisuja).
Vuosi 1949