Kirjoita jatkossa tähän kappaleeseen - Myös Skotlannissa tapahtui joukko jakobiteja, joissa viikontti Dundee nosti ylämaan joukkoja ja voitti voiton 27. heinäkuuta 1689 Killiecrankien taistelussa
Hän kuoli taistelussa, ja kuukausi myöhemmin skotlantilaiset voimat kukistivat kapinan Dunkeldin taistelussa. Vilhelm tarjosi skotlantilaisille klaaneille, jotka olivat osallistuneet kapinaan, armahdusta edellyttäen, että he allekirjoittivat uskollisuuden määräaikaan mennessä, ja hänen hallituksensa Skotlannissa rankaisi viivytystä Glencoen verilöylyllä vuonna 1692, josta tuli pahamaineinen jakobiteiden propagandassa, kun Vilhelm oli vastannut käskyjä. Kun Vilhelm taipui yleiseen mielipiteeseen, hän erotti joukkomurhaan syyllistyneet, vaikka he silti pysyivät hänen puolellaan; historioitsija John Dalberg-Actonin sanoin "yhden heistä tuli eversti, toisen ritari, kolmannen pari ja neljännen kreivi".