Sisällissodan aikana satama oli tärkein tukikohta konfederaatioille ja yksityisomistuksille, - jotka toivat tarvikkeita Englannista. Unioni asetti saarron vähentääkseen Etelän tavaroita. Unionin joukot valloittivat kaupungin Wilmingtonin taistelussa helmikuussa 1865 noin kuukausi Fort Fisherin kukistamisen jälkeen.
oli sulkenut sataman. Koska lähes kaikki sotilaallinen toiminta tapahtui jonkin matkan päässä kaupungista, monet antebellum-asunnot ja muut rakennukset selvisivät sodan vuosista.