Heillä oli kaksi tytärtä ja yksi poika: Kelly Cristina (syntynyt 13. tammikuuta 1967), joka meni naimisiin tohtori Arthur DeLucan kanssa, Jennifer (s. 1978), ja heidän poikansa Edson ("Edinho", syntynyt 27. elokuuta 1970). Pariskunta erosivat vuonna 1982. Toukokuussa 2014 Edinho tuomittiin vankilaan 33 vuodeksi huumekaupasta saadun rahanpesun takia. Hukuntaa pienennettiin valituksessa 12 vuodeksi ja 10 kuukaudeksi. Vuodesta 1981 vuoteen 1986 Pelé oli romanttisesti sidoksissa TV-esittelijä Xuxa, joka vaikutti hänen uransa käynnistämiseen. Hän oli 17-vuotias, kun he alkoivat seurustella. Vuonna 1994 Pelé meni naimisiin psykologi ja gospel-laulaja Assíria Lemos Seixas, joka synnytti kaksoset Joshua ja Celestevia.
Joshua ja Celeste