Khan vaati julkisesti Pakistanin anteeksipyyntöä Bangladeshin kansalle vuoden 1971 julmuuksista.
Hän kutsui vuoden 1971 operaatiota "virheeksi" ja vertasi sitä nykypäivän kohteluun pashtuneille terrorismin vastaisessa sodassa. Hän on kuitenkin toistuvasti kritisoinut Bangladeshissa pidettäviä sotarikoksen oikeudenkäyntejä tuomittujen hyväksi. Khania pilkataan usein nimellä "Taliban Khan", koska hän suhtautuu rauhalliseen asenteeseen Pohjois-Pakistanin sodan suhteen. Hän uskoo Talibanin kanssa käytäviin neuvotteluihin ja Pakistanin armeijan vetäytymiseen liittovaltion hallinnassa olevista heimoalueista (FATA). Hän vastustaa USA:n lennokkihyökkäyksiä ja suunnittelee Pakistanin irrottamista USA:n johtaman terrorismin vastaisen sodan puitteista. Khan vastustaa myös lähes kaikkia sotilaallisia operaatioita, mukaan lukien Lal Masjidin piiritys.