Täytä seuraava lause: Infante kuoli kesällä 1468 ja hänen tilalleen astui hänen sisarensa Isabella. Carrillo toimi hänen tärkeimpänä neuvonantajanaan ja Pedro de Peralta y Ezpeletaan (Pedro de Peralta y Ezpeleta) kanssa hän oli merkittävässä roolissa järjestämässä hänen avioliittonsa Ferdinand II Aragonin kanssa lokakuussa 1469. Siitä huolimatta kun katoliset kuninkaat nousivat valtaan Henrik IV:n kuoleman jälkeen joulukuussa 1474, he joutuivat välittömästi konfliktiin Carrillon kanssa. Carrillo ei hyväksynyt heidän autoritaarista kohteluaan eikä hänen vihollisensa kardinaali Pedro González de Mendozan nousua valtakunnan kansleriksi. Tämä johti hänet yhteen Mendozan perheen kanssa, taistelussa, jonka hän hävisi
Seuraava Kastilian perimyssota (1475-1479). Carrillo muutti täysin politiikkaansa ja liittyi Portugalin kuninkaan johtamaan leiriin, joka tuki hänen veljentyttärensä, prinsessa Joanna la Beltranejan, vaatimusta Kastilian valtaistuimelle Isabella I: n vaatimusta vastaan.