Fischer syntyi Höchst on Mainissa, joka on nyt Frankfurtin kaupunginosa. Hänen vanhempansa olivat tohtori Eugen Fischer, Kalle & Co: n, Wiesbadenin, johtaja ja Stuttgartin teknillisen lukion Privatdozent ja Anna Herdegen. Hän kävi peruskoulua Stuttgartissa ja myöhemmin Wiesbadenin "Humanistisches Gymnasiumissa", matrikuloituneena vuonna 1899. Hän luki kemiaa ja lääketiedettä ensin Lausannen yliopistossa ja sitten Marburgissa. Hän valmistui vuonna 1904, ja vuonna 1908 hän valmistui lääketieteen tohtoriin. Kysymys: Eugene fischers poika osallistui kahteen yliopistoon?
Lausannen yliopisto ja sitten Marburgissa