15. lokakuuta 1979 vallankumouksellinen hallitus (JRG) otti hallintaansa El Salvadorissa ja syrjäytti presidentti Carlos Humberto Romeron. Tämä on täydellisen sisällissodan alku.
- Mitä? Duarte palasi El Salvadoriin 3. maaliskuuta 1980 ja liittyi Juntaan, josta hänestä tuli El Salvadorin ulkoministeri.