Powhatan toimi Charlestonissa, Etelä-Carolinassa lokakuusta 1862 elokuuhun 1863, sieppasi sukunerin Major E. Willis 19. huhtikuuta ja sloopin C. Routereau 16. toukokuuta, ja lähetettiin toistamiseen Länsi-Intiaan marraskuusta 1863 syyskuuhun 1864 vastaamiraali James L. Lardnerin lippulaiva. Hän osallistui Fort Fisherin onnistuneeseen alentamiseen 24.-25. joulukuuta 1864 ja sen valloittamiseen.
13.-15. tammikuuta 1865.