Rakitić aloitti La Liga-kauden 2012-13 tarjoamalla avustajan Getafeä vastaan. Syyskuun 12. päivänä hän auttoi Piotr Trochowskin kotiottelussa 1-0 voitossa Real Madridia vastaan. Hän teki kauden ensimmäisen maalinsa Deportivo de La Coruña vastaan. Rakitić teki kaksi maalia kauden toisen Sevillan derby-ottelun 20 minuutin alussa Real Betis -joukkueeseen. Tämä oli hänen kolmas maali kauden Sevillan kaupungin kilpailijoita vastaan, kun otetaan huomioon, että hän oli tehnyt myös kauden ensimmäisessä Sevillan derbyssä, kun Sevilla juhli voittoa 5-1. Real Sociedadia vastaan otetussa ottelussa Rakitić lisäsi kaksi maalia, mutta toinen oli oma maali, joka tasoitti ottelun 1<unk>1 jälkeen, kun hän teki ensimmäisen maalin ja antoi kerholleen 1<unk>0 etumatkaa. Kauden loppuun mennessä hän pelasi yhteensä 42 ottelua ja teki 12 maalia joukkueelle, joista kolme tuli Copa del Rey -mestaruudesta.
- Mitä? Hän myös lopetti kauden tarjoamalla kymmenen assistia. Tilastot osoittivat, että Rakitić loi yhteensä 100 mahdollisuutta, mikä oli neljänneksi kaikista pelaajista Euroopassa sinä kaudella.