Messier ilmoittautui Michiganin yliopistoon, seuraaen isovelje Mitchin jalanjälkiä. Hän pelasi Spartansille neljä vuotta ja oli CCHA First Team All-Star valinta hänen vanhempi vuosi 1991-92. Toisen vuoden jälkeen Messier valittiin New York Rangersille vuoden 1989 NHL:n sisäänkirjauksessa.
118. sijalla. Spartansin aikana hänen joukkuetovereitaan olivat Rod Brind'Amour, Kip Miller, Jason Woolley, Bryan Smolinski ja Rem Murray.