Täytä seuraava lause: Courtoisin laina Atléticolle jatkui kaudelle 2012-13. Hänen ensimmäinen ottelunsa oli Chelseaa vastaan.
2012 UEFA:n Supercupin finaali Monacossa, joka päättyi Atlético Madridin voittoon 4-1. Myöhemmin kaudella Courtois asetti uuden Atlético Madridin ennätyksen 820 minuutissa ilman maalia Estadio Vicente Calderonilla, joka päättyi voittoon 1-0 tappiolla Real Sociedadia vastaan. Atlético pääsi Copa del Rey -finaaliin vuonna 2013, ja Courtois nimitettiin ottelun parhaaksi mieheksi voitolla 2-1 Realia vastaan, ensimmäistä kertaa, kun Atlético oli voittanut kaupungin kilpailijansa 14 vuoteen.