Lee vastusti vietnamilaisten hyökkäystä Kambodžassa vuonna 1978. Singaporen hallitus järjesti kansainvälisen kampanjan Vietnamin tuomitsemiseksi ja auttoi punaisia khmerejä, jotka taistelivat vietnamilaista miehitystä vastaan Vietnamin sodan aikana.
Kambodžan ja Vietnamin sota vuosina 1978-1989. Lee kertoi muistelmissaan, että vuonna 1982 "Singapur antoi ensimmäiset muutamia satoja AK-47-kiväärejä, käsikranaatteja, ammuksia ja viestintävälineitä" Khmer Rouge -vastarintajoukkoille.