Vuoden 2016 kauden alussa Shibasaki vaihtoi numeronsa paidan kahdeksasta kymmeneen. Vuoden 2016 kauden alussa Shibasaki jatkoi ensimmäisen joukkueen paikkansa palauttamista puolella, pelaamalla keskikentän keskiosassa. Vasta 10. huhtikuuta 2016 hän teki kauden ensimmäisen maalinsa ja asetti sitten maalin Caiolle, joka teki kaksi maalia pelissä, 4-1 voitossa Sanfrecce Hiroshimaa vastaan. Kuukautta myöhemmin 29. toukokuuta 2016 Shibasaki teki klubin ensimmäisen maalin ottelussa ja teki sen jälkeen klubin kolmannen maalin ottelussa, 4 - 0 voitossa Ventforet Kofua vastaan. Myöhemmin hän teki kaksi maalia syyskuussa, kun hän teki maalia Kataller Toyamalle ja Albirex Niigatalle. Shibsaka loukkaantui kuitenkin jalalleen, minkä vuoksi hän ei päässyt peliin kuukauteen. J.League-sarjan toisen vaiheen lopussa hän pääsi kolmanneksi, mutta palasi vasta Urawa Red Diamondsia vastaan ja pelasi molemmissa otteluissa, kun Kashima Antlers teki tasan 2<unk>2 kokonaispisteellä poispäin, jolloin joukkueista tuli mestareita. Vuoden 2016 MM-kisoissa
, Shibasaki aloitti kaikki kolme ottelua ja auttoi Kashima Antlersiä pääsemään pudotusvaiheessa finaaliin. Hän nousi tunnetuksi, kun hän teki kaksi maalia Kashima Antlersille vuoden 2016 klubi-maailmancupin finaalissa Real Madridia vastaan. Real Madrid voitti lopulta ottelun 4-2 lisäajassa Cristiano Ronaldon hat-trickin jälkeen. Vaikka Shibasaki hävisi finaalissa, hänen esityksensä sai median ylistyksen sekä Japanissa että sen ulkopuolella. Lisäksi hänelle myönnettiin Adidasin pronssipallo turnauksessa. Tämän jälkeen Shibasaki auttoi klubia palaamaan tappiosta ja teki kaksi maalia Yokohama F. Marinosin voittamiseksi auttaakseen Kashima Antlersiä pääsemään keisarin cupin finaaliin. Hän auttoi klubia voittamaan Kawasaki Frontaleen 2<unk>1 voittaakseen keisarin kupin finaalin. Vuoden 2016 kauden lopussa hän teki 46 ottelua ja teki kuusi maalia kaikissa kilpailuissa.