21. lokakuuta 1642 Morgan sai Charlesilta ritarin kunnian Southamissa, Warwickshiressä, ja kaksi päivää myöhemmin hän taisteli Edgehillin taistelussa. Hänen velipuolensa, eversti Thomas Morgan, kuoli Newburyn taistelussa.
20. syyskuuta 1643 hän sai haltuunsa Northamptonshiren Heyfordin ja Clasthorpen kartanot. Hänellä oli myös muita kiinteistöjä Momouthshiressä, Warwickshiressä ja Westmorelandissa. Myöhemmin hän lähti ulkomaille, mutta palasi vuonna 1648, kun hän vangitsi useita vuokralaisiaan Banbury Castle'ssa, koska he eivät maksaneet hänelle vuokraa.