- Toisen maailmansodan aikana kaupunki oli saksalaisten miehittämä
5. syyskuuta 1939 - 22. tammikuuta 1945 alue oli osa Reichsgau Warthelandia. Puolalaiset joutuivat alttiiksi erilaisille rikoksille, kuten murhille, pakkosiirtolaisille natsien keskitysleireille ja karkotuksille. Margoninin asukkaat olivat niiden 41 puolalaisen joukossa, jotka murhattiin läheisessä Morzewon kylässä 7. marraskuuta 1939. Tammikuun 10-12-päivinä 1939 saksalaiset karkottivat monet puolalaiset asukkaat Varsovan piirikuntaan Saksan miehittämässä Keski-Puolaan. Saksalaiset käyttivät kaupungissa natsien vankilaa ja pakkotyöleiriä juutalaisille. Puolan maanalainen vastarintaliike oli aktiivinen Margoninissa, ja monet sen jäsenistä kuolivat keskitysleireissä, kun saksalaiset löysivät heidän toimintansa. Toisen maailmansodan jälkeen alue palasi Puolaan.