Syyskuussa 1800 hän sai komennon konsulivartiolaivaston pataljoonaan. Vuonna 1803 hänestä tuli 10. jalkaväkirykmentin eversti, jonka hän johti 1805 ja 1806-1807 kampanjoissa.
Taistelimme Austerlitzin, Jenan ja Eylaun taisteluissa. Helmikuussa 1807 Pouzet ylennettiin kenraali de brigade ja vuonna 1808 hän johti prikaattia Sebastianin divisioonissa Espanjassa. Hän toimi väliaikaisesti vanhan ystävänsä marsalkka Lannesin sotilaspäällikönä ja taisteli Tudelassa ennen paluuaan prikaatin komennossaan. Lokakuussa 1808 hänet jalostettiin paroniksi.