Cowdin oli sodan alussa 2. Massachusettsin sotilasjoukon eversti ja hänet nimitettiin 25. toukokuuta 1861 1. Massachusettsin jalkaväen everstiksi. Hän johti rykmenttiään Blackburnin Fordin taistelussa 18. heinäkuuta 1861, ja oli osa Israel B. Richardsonin Daniel Tylerin divisioonan prikaatia Bull Runin ensimmäisessä taistelussa, jossa hänen hevosensa kuoli. Hän näki myös taistelua Williamsburgissa, Fair Oaksissa, Glendalessa, Malvern Hillissä ja Chantilyssä.
- Mitä?