Atatürkin viimeinen aktiivinen palvelus Ottoman armeijassa oli ottomaanien joukkojen palauttaminen puolustuslinjan eteläpuolelle. Marraskuun alussa 1918 Yıldırımin armeijaryhmä virallisesti hajotettiin, ja Atatürk palasi miehitetyille Konstantinopoliin.
Ottomaanien pääkaupunki, 13. marraskuuta 1918. Hän työskenteli jonkin aikaa sodanministeriön ("Harbiye Nezareti") päämajassa Konstantinopolissa ja jatkoi toimintaansa tässä kaupungissa 16. toukokuuta 1919 saakka. Ottomaanien valtakunnan jakautumisen vakiintuneiden linjojen mukaisesti liittoutuneet (brittiläiset, italialaiset, ranskalaiset ja kreikkalaiset joukot) miehittivät Anatolian. Konstantinopolin valloitus, jota seurasi İzmirin (tuolloin kaksi suurinta osmanien kaupunkia) valloitus, sai aikaan Turkin kansallisliikkeen perustamisen ja Turkin itsenäisyyssotaa.