Fàbregas nimettiin del Bosquen väliaikaiseen joukkueeseen vuoden 2013 Konfederaatiokisoihin. Hän teki kaksi aloitusta kilpailuun ja yhden vaihtokauden, kaikki kilpailun ryhmävaiheessa, ja auttoi maaliin Espanjan avajaisryhmän ottelussa Uruguayn kanssa, jonka Espanja voitti 2<unk>1. Espanja voitti kaikki ryhmäottelunsa, mutta sai vain yhden maalin ja teki 15 maalia. Espanja pääsi finaaliin ensimmäistä kertaa pitkän ja vaikean semifinaalin jälkeen uusissa otteluissa edellisen vuoden Euroopan mestaruuskilpailun finaalin vastustajiaan, Italiaa vastaan. Ottelu päättyi 0:0 lisäajan jälkeen ja Espanja voitti 7:6 seurauksena rangaistuspotkuissa, mutta voitti lopulta 3:0 finaalissa.
isäntämaa ja puolustava mestari Brasilia.