"Juniata" jatkoi risteilyään Länsi-Intiassa - kuljettaen Kalifornian laivoja turvallisiin vesiin - ja tarkkaillen tarkasti liittoutuneiden risteilijöiden merkkejä - kunnes se purjehti New Yorkiin 24. marraskuuta ja saapui sinne 2. joulukuuta. Kun se oli korjattavana Philadelphiassa vuoden 1864 ensimmäisellä puoliskolla, "Juniata" lähti 12. elokuuta etsimään konfederaation risteilijää "Tallahassee", joka raportoitiin Sandy Hookista New Jerseyssä. Viisi päivää myöhemmin se ankkuroitui Hampton Roadsille ja liittyi Pohjois-Atlantin sulkujoukkoon. Hän toimi Hampton Roadsissa ennen kuin ajoi Wilmingtoniin joulukuun alussa valmistautuakseen tuleviin hyökkäysoperaatioihin sitä voimakasta linnoitusta ja saarron keskusta vastaan. Hän oli taistelun keskellä ensimmäisessä hyökkäyksessä Fort Fisheriä vastaan sulkemassa eteläisiä patterioita, jotta ne olisivat valmiina tehokkaaseen pommitukseen. Hänen rohkeutensa tässä tilanteessa, joka maksoi hänelle kaksi upseeria ja kolme miestä kuoli ja 11 miestä haavoittui, näytettiin jälleen toisen hyökkäyksen aikana Fort Fisher
13. ja 15. tammikuuta 1865 välisenä aikana. Viisi hänen miehistään kuoli ja kymmenen haavoittui tässä hyökkäyksessä, joka vei Wilmingtonin etelän käsistä, sulkien Konfederaation pois tehokkaasta ulkomaisesta avusta.