Kirjoita jatko tähän kappaleeseen. Alcácer Quibirin taistelussa vuonna 1578 kuoli nuori kuningas Sebastian. Sebastianin isoeno ja seuraaja, kardinaali Henry, oli silloin 66-vuotias. Henrikin kuolemaa seurasi perimyskriisi, jossa Manuel I: n kolme lapsenlasta vaativat valtaistuinta: Infanta Catarina, Braganzan herttuatar (naimisissa Johanneksen, 6. Braganzan herttuan kanssa), António, Crato-priori ja Espanjan kuningas Filip II. Santaremissa 24. heinäkuuta 1580 António oli julistettu Portugalin kuninkaaksi, ja sen jälkeen hän oli julistettu monissa kaupungeissa ja kaupungeissa koko maassa. Jotkut Portugalin kuvernöörineuvoston jäsenet, jotka olivat tukeneet Filippiä, pakenivat Espanjaan ja julistivat hänet Henrikin lailliseksi seuraajaksi. Filip marssi Portugaliin ja kukisti Cratonin priorille uskolliset joukot Alcântaran taistelussa.
- Mitä? Maaseutua miehittävät joukot (Tercios) saapuivat Lissaboniin 3. Alban herttuan johdolla. Alban herttua pakotti Portugalin maakunnat Filipin alaisuuteen ennen Lissabonin tuloa, jossa hän otti valtavan aarteen; sillä välin hän antoi sotilailleen mahdollisuuden ryöstää pääkaupungin läheisyydessä. Tomarin Cortes tunnusti Philipin kuninkaaksi vuonna 1581, jolloin Habsburgin suku alkoi hallita Portugalia. Kun Filip lähti vuonna 1583 Madridiin, hän nimitti veljenpoikansa Albertin Itävallasta Lissabonin varakuninkaaksi. Madridissa hän perusti Portugalin neuvoston neuvomaan häntä Portugalin asioissa.