Britannia turvasi kanavan saksalaisia vastaan toisen maailmansodan aikana. Toisen maailmansodan päättymisen jälkeen yhtiön voitot nousivat voimakkaasti öljynkuljetusten ansiosta, ja yhtiö varasi suuren osan tällaisista tuloista. Vuonna 1952 yhtiöllä oli neljä erilaista vararahastoa: 430 miljoonan frangin lakisääteinen vararahasto, 7 miljardin frangin erityisvararahasto, 1,72 miljardin frangin varainhoito-osuus ja 7,81 miljardin frangin eläkerahasto. Yhtiöön tultuaan 1940-luvulla hallitus alkoi palkata sijoitusneuvonantajia, ja 1940-luvun lopulla yhtiö oli sijoittanut Air Franceen, Air Liquideen, siirtomaiden sokerijalostamoihin, hiilikaivosyhtiöihin, rautatieyhtiöihin, sähköyhtiöihin, Afrikan metsä- ja maatalousyhteisöön ja Lyonnaise de Madagascar -yhtiöön. Kuningas Farouk Muhammad Alin linjasta kaatui sotilasvallankaappauksessa vuonna 1952 ja eversti Gamal Abdel Nasser nousi lopulta Egyptin johtajaksi. 1950-luvun puoliväliin mennessä kanavaliikenne oli 122 miljoonaa tonnia vuodessa, joista yli puolet oli öljylaivoja. Kun Maailmanpankki kieltäytyi myöntämästä lainaa Niilin yli Assuanin patoon, Nasser julisti 26. heinäkuuta 1956, että Egypti kansallistaa kanavan. Vastauksena Britannia, Ranska ja Israel hyökkäsivät Egyptiä vastaan
ja tuhosi suuria osia Port Saidista. Kanava palautettiin Egyptiin sen jälkeen, kun Yhdysvallat ei hyväksynyt sitä. Seuraavien kymmenen vuoden ajan kanavaa käytti Egypti, joka maksoi Suezin kanavayhtiölle summan sen käytöstä. Vuonna 1967 syttyi uusi sota Israelin kanssa, ja kanava tehtiin läpäisemättömäksi upotetuilla laivoilla. Kanava avattiin uudelleen vasta vuonna 1975 Camp Davidin sopimuksen jälkeen. Liikenne kanavan läpi alkoi laskea 1980-luvun alussa sen jälkeen, kun öljyputket olivat heikentäneet laivojen liikennettä. Kun yhtiö lakkautettiin 1990-luvun lopulla, kanava tuotti 2 miljardia dollaria vuosittain tuloja Egyptiin.