Toisen maailmansodan aikana eläintarha pommitettiin kahdesti.
Natsit vuonna 1941 ja liittoutuneet vuonna 1944 tuhosivat infrastruktuurin ja tappoivat useimmat eläimet. Eläintarha menetti myös seitsemän hehtaaria maata. Eläintarhan pommitusta vuonna 1941 kuvailtiin Winston Churchillin kirjassa "Toinen maailmansota" ja Emir Kusturican vuonna 1995 ilmestyneessä elokuvassa "Underground". Miodrag Savković, eläintarhan johtaja toisen maailmansodan aikana, pidätettiin heti uudet kommunistiset viranomaiset ja ammuttiin, vaikka syytöksiä häntä vastaan tai hänen lepopaikkansa ei tiedetä.