Saint-Exupéryn viimeinen tiedustelutehtävä oli kerätä tietoja saksalaisten joukkojen liikkeistä Rhonen laaksossa ja sen ympärillä ennen liittoutuneiden hyökkäystä Etelä-Ranskaan.
("Operation Dragoon"). Vaikka hänet oli palautettu vanhaan laivueeseensa sillä ehdolla, että hän lensi vain viisi tehtävää, hän lähti 31. heinäkuuta 1944 aseettomalla P-38:lla yhdeksännellä tiedustelutehtävällään Korsikan lentotukikohdasta. Hän ei palannut laivueensa maanmiehille, vaan katosi jälkiä jättämättä. Hänen katoamisestaan kerrottiin pian kirjallisuusmaailmassa ja sitten kansainvälisissä otsikoissa. Hänet löydettiin useita päiviä katoamisensa jälkeen. Hänet haudattiin Carqueiranneen syyskuussa.