Hänen isänsä, Mohamad, oli seka-malaijalainen ja intialainen alkuperä; hänen äitinsä, Wan Tempawan, oli malaijalainen. Mahathirin ei-malaijalainen alkuperä, jota hän suurelta osin piti hiljaa poliittisen uransa aikana, on ominaisuus, jota jakavat Malesian kuusi pääministeriä. Mutta toinen näkökohta Mahathirin syntymästä erotti hänet muista viidestä: hän ei ollut syntynyt aristokratiaan tai huomattavaan uskonnolliseen tai poliittiseen perheeseen. Mohamad oli koulun rehtori, jonka matala sosioekonominen asema tarkoitti sitä, että hänen tyttärensä eivät voineet ilmoittautua toisen asteen kouluun, kun taas hänellä oli vain kaukaiset suhteet Kedahin Pontiy Wanpawanin jäseniin.
Ensimmäinen lapsi, Marina, vuonna 1957, ennen kuin hän sai kolme muuta lasta ja adoptoi kolme muuta.