Kaksi vuotta myöhemmin, tammikuun 22. päivänä vuonna 1862, William H. Paul ilmoittautui sotilaspalvelukseen sisällissodassa Philadelphiassa Pennsylvaniassa. Samana päivänä hän virallisesti värväytyi Leirille McClellanissa Nicetown-Tioga-alueella Philadelphiassa. Sotilaskertomuksissa hänet kuvailtiin 20-vuotiaaksi Philadelphian asukkaaksi, joka oli 5 <unk> 3-1 / 2 <unk> pitkä ruskeat hiukset, hasselin silmät ja vaalea iho. Maaliskuun lopussa, peruskoulutuksen jälkeen, hänet kuljetettiin rykmenttinsä kanssa rautateitse Baltimoreen, Marylandissa, Patterson Park Barracksissa, ja varustettiin muutetulla sileällä musketilla ennen kuin hänet siirrettiin uudelleen, kautta Washington, D.C., Aquia Creek Landingille, ja määrättiin rykmenttinsä kanssa 2. prikaattiin, 2. divisioona Yhdysvaltain armeijan 1. korpussa kenraali Irvin McDowellin johdolla. Paul ja hänen 90th Pennsylvanians -joukkonsa näkivät ensimmäisen merkittävän toimintansa Cedar Mountainin taistelussa, Virginiassa (9 elokuuta 1862) Pohjois-Virginian kampanjan alussa. Heidän määrättiin tuhota rautatien silta Mitchellin asemalla 15. elokuuta. Seuraavaksi he vartioivat liittoarmeijan takamaa, kun se vetäytyi Rappahannock-joen yli, ja antoivat sitten tukea liiton tykistöpattereille Rappahannock-aseman ensimmäisessä taistelussa (22.-25. elokuuta) ennen siirtymistä Thoroughfare Gapin taisteluun (28. elokuuta). Bull Runin taistelun jälkeen 28.8.1930 ja Chantillyn taistelun jälkeen
Heidät määrättiin uudelleen Marylandin kampanjaan kenraalimajuri Joseph Hookerin johdolla ja taistelivat sitten jälleen Etelä-vuoren taistelussa (14. syyskuuta).