IndiGo aloitti toimintansa 4. elokuuta 2006 palvelulla New Delhi Imphal via Guwahati. Vuoden 2006 loppuun mennessä lentoyhtiöllä oli kuusi lentokonetta, ja lisää lentokoneita hankittiin vuonna 2007. Vuonna 2010 valtion omistama IndiGo korvasi Intian lentoyhtiön kolmanneksi suurimmaksi lentoyhtiöksi Intiassa, King Jet Airlinesin jälkeen. InterGlobeilla oli 51,12% osuus IndiGosta ja 47,88% oli Gangwalin Virginiassa sijaitsevan yrityksen Caelum Investmentsilla. IndiGo teki tiukkaan tilauksen 100 Airbus A320-200 -lentokoneesta kesäkuussa 2005 ja suunnitteli aloittavansa toimintansa vuoden 2006 puolivälissä. IndiGo otti ensimmäisen lentokoneensa toimituksen 28. heinäkuuta 2006, lähes vuosi tilauksen tekemisen jälkeen. IndiGo aloitti toimintansa 4. elokuuta 2006 palvelulla New Delhi Imphalista via Guwahati.
Gangwalin Virginiassa sijaitseva yritys Caelum Investments.