Proteiinit voidaan jakaa epävirallisesti kolmeen pääluokkaan, jotka vastaavat tyypillisiä kolmannen asteen rakenteita: palloproteiinit, kuituproteiinit ja kalvoproteiinit. Lähes kaikki palloproteiinit ovat liukenevia ja monet ovat entsyymejä. Kuituproteiinit ovat usein rakenteellisia, kuten kollageeni, sidekudoksen pääkomponentti tai keratiini, hiusten ja kynsien proteiinikomponentti. Kalvoproteiinit toimivat usein reseptoreina tai tarjoavat kanavat, joilla polaariset tai latautuneet molekyylit kulkevat solumembranan läpi. Erityisesti proteiinien sisäisiä molekyylivetyjä, jotka ovat huonosti suojattuja veden hyökkäykseltä ja siten edistävät omaa nestehukkaa, kutsutaan dehydrooneiksi.
pallomainen