Kirjoita jatko-osa tälle kappaleelle - Hänen piti taistella hugenoottien joukkoja vastaan joitakin vuosia; hän taisteli Arquen taistelussa vuonna 1589. Samana vuonna Kaarle Emmanuel oli Pariisin kuvernööri, kun Navarran Henrikin johtamat hugenoottien joukot piirittivät Pariisin. Ranskan kuningas Henrik III menehtyi piirityksen aikana, ja Navarran Henrik julisti itsensä pian Ranskan kuninkaaksi Henrik IV:ksi. Kaarle Emmanuel pakeni ja taisteli uudeksi julistettua kuningasta vastaan Ivryn taistelussa.
Vuonna 1590 se oli ratkaiseva tappio katoliselle liidulle. Samana vuonna hän johti katolisia joukkoja Pariisin piirityksessä ja puolusti kaupunkia menestyksekkäästi.