Asema, jonka alkuperäinen nimi oli yksinkertaisesti Messina, avattiin 12. joulukuuta 1866 Taorminaan suuntautuvan rautatien päätepysäkkeenä, Messina-Catania-Siracusa -linjan ensimmäisellä osuudella. Vahingoittunut voimakkaasti vuoden 1908 maanjäristyksen jälkeen
Se korjattiin muutama vuosi myöhemmin. Vuonna 1939 se lopulta uudistettiin ja korvattiin nykyaikaisella "Messina Centrale", jonka aseman rakennuksen suunnitteli arkkitehti Angiolo Mazzoni.