Kirkon katto vahingoittui voimakkaasti
Varsovan ilmahyökkäys vuonna 1939 ja tulipalo vuonna 1944 Varsovan kapinan aikana, mutta pian korjattu. Vuonna 1949 WZ-reitin kaivaminen heikensi muureja, ja niitä oli vahvistettava nopeasti. Kaikkien elementtien restaurointi tehtiin 1940-1970-luvuilla arkkitehdin valvonnassa.