Davis syntyi Fairview'ssa, Kentuckyssa, kohtuullisen vauraan maanviljelijän perheeseen, nuorimmaksi kymmenestä lapsesta. Hän varttui Wilkinson Countyssa, Mississippissä, ja asui myös Louisianassa. Hänen vanhempi veljensä Joseph Emory Davis varmisti nuoremman Davisin nimityksen Yhdysvaltojen sotilasakatemiaan. Valmistumisensa jälkeen Jefferson Davis palveli kuusi vuotta luutnanttina Yhdysvaltain armeijassa. Hän taisteli Meksikon-Amerikan sodassa (1846-1848), vapaaehtoisten rykmentin eversti. Ennen Yhdysvaltain sisällissotaa hän pyöritti suurta puuvillaplantaasi Mississippiä, jonka hänen veljensä Joseph antoi hänelle, ja omisti jopa 113 orjaa. Vaikka Davis väitti eroa vastaan vuonna 1858, hän uskoi, että valtioilla oli kiistaton oikeus lähteä unionista.
Käytti suurta puuvillaplantaasia.