11. elokuuta 2015 hän aloitti kauden Sevillan puolella 2015 UEFA Super Cupissa.
Hän hävisi Barcelonalle 5: 4 ja kärsi kylkiluunmurtumasta, mutta pelasi silti koko 120 minuuttia. Hän aloitti pelin keskustapuolustajana kauden avajaispelissä, mutta jatkoi pelaamista puolustuskeskuksessa. Tämän seurauksena klubi aloitti neuvottelut Krychowiakin kanssa uudesta sopimuksesta. Manager Unai Emery kehui hänen suoritustaan ja sanoi, että "hänen uhrautuminen ja omistautuminen joukkueelle asettaa heidät aina heidän palvelukseensa". 5. marraskuuta 2015 Krychowiak allekirjoitti sopimuksen jatkamisen Sevillan kanssa. Pian sen jälkeen hän johti joukkuetta useissa otteluissa loppuvuoden ajan. Hän sai yhden ottelun hyllytyksen ja teki sitten kauden ensimmäisen maalinsa Real Betisin 2-0 voitossa Copa del Rey -turnauksen ensimmäisessä vaiheessa. Kolme päivää myöhemmin, 9. tammikuuta 2016, hän loukkaantui polveen, minkä seurauksena hän oli poissa pelistä kaksi kuukautta. 20. maaliskuuta 2016 Krychowiak palasi lähtöjoukkoon Real Madridiin, kun se hävisi 3-2. Sen jälkeen, kun hän palasi ensimmäiseen joukkueeseen, hän antoi myöhemmin kaksi apuohjelmaa kahdessa toisella puoliajalla UEFA: n Europa League -neljänneksi- ja puolifinaaleissa Athletic Bilbaota ja Shakhtar Donetskia vastaan, lähettääkseen Sevillan UEFA: n Europa League -finaaliin kolmatta kertaa peräkkäin. Hän aloitti UEFA: n Europa League -finaalin Liverpoolia vastaan ja pelasi koko pelin, kun he voittivat 3 × 1, voittaen turnauksen kolmatta kertaa peräkkäin.