Skorzeny komensi säännöllisiä joukkoja tammikuussa ja helmikuussa 1945 toimivana kenraalimajurina, osallistuen Itä-Preussin ja Pomeranin puolustukseen sekä Schwedtin sillanpäätä puolustavaan taisteluun. 17. maaliskuuta hän sai käskyn sabotoida viimeisen puuttumattoman sillan Reinin yli Remagenissa.
Liittoutuneet valtasivat sen, mutta silta romahti samana päivänä. Sen sijaan laivaston purkamisryhmä hyökkäsi epäonnistuneesti Krippin ja Linzin väliseen liittoutuneiden pontooniltaan. Hitler myönsi hänelle Saksan korkeimman sotilaskunnan kunnianosoituksen.