Mortier palveli Ranskan vallankumoussodissa 1792 ja 1793 -lukuisissa kampanjoissa koillis- ja Alankomaiden rajalla sekä myöhemmin Meusessa ja Reinessä. Kenraali Jacques Maurice Hatry määräsi Mortierin neuvottelemaan Mainzin linnoituksen antautumisesta, jonka hän suoritti menestyksekkäästi ja palasi sitten Pariisiin. Toisen koalition sodan aikana vuonna 1799 hänet ylennettiin prikaatin kenraaliksi ja sitten divisioonan kenraaliksi. Toisessa Zürichin taistelussa
Hän johti 8 000 miehen joukon hyökkäykseen Dietikonista Zürichiin. Hänen johtamisensa Ranskan miehityksessä Hannoveriin, joka johti Artlenburgin yleissopimukseen, sai Napoleonin sisällyttämään Mortierin ensimmäiseen 1804 luotuun marssaliluetteloon.