Japanin omaisuushinta- kupla romahti vuonna 1991, mikä johti talouden stagnaatioaikaan, joka tunnetaan nimellä "kadonnut vuosikymmen", jota nykyään joskus jatketaan nimellä "kadonnut 20 vuotta". Vuodesta 1995 vuoteen 2007 BKT laski 5,33 biljoonasta 4,36 biljoonaan dollariin nimellisarvoina. Japanin keskuspankki ryhtyi 2000-luvun alusta alkaen kannustamaan talouskasvua uudenlaisella määrällisen keventämisen politiikalla. Velkaantumisen taso nousi edelleen vastauksena maailmanlaajuiseen finanssikriisiin vuosina 2007-08, Tōhokun maanjäristykseen
Vuonna 2011 ja vuoden 2019 lopulla alkaneessa COVID-19-pandemiassa. Vuodesta 2021 lähtien Japanin julkinen velka on huomattavasti korkeampi kuin missään muussa kehittyneessä maassa, ja se on 266% bruttokansantuotteesta. Japanin keskuspankki omistaa nyt 45 prosenttia tästä velkasummasta. Japanin talous kohtaa huomattavia haasteita, joita aiheuttaa väestön ikääntyminen ja väestön väheneminen, jonka huippu oli 128 miljoonaa vuonna 2010 ja joka on laskenut 125,9 miljoonaan vuoteen 2020 mennessä. Ennusteiden mukaan väestö vähenee edelleen ja saattaa laskea alle 100 miljoonaan 2000-luvun loppuun mennessä.