Vuonna 1942 Boettiger alkoi huolestua siitä, ettei hän tehnyt osuuttaan sotaponnisteluissa. FDR kieltäytyi käyttämästä häntä diplomaattisissa asioissa, koska hän oli yksityisessä bisneksessä. Huhtikuussa 1942 Hearst antoi Boettigerille vapaata ja nimitti hänet armeijan kapteeniksi. Hän osallistui Sisilian hyökkäyksiin.
Hänet ylennettiin majuriksi marraskuussa 1943 ja myöhemmin everstiluutnanttiksi. Hän oli sotilashallituksen yhteyshenkilönä Salernon rannikolla ensimmäisenä päivänä.