Terryn suurin saavutus sodassa oli, kun hänet asetettiin Fort Fisher -joukkojen komentajaksi. Benjamin Butler oli aiemmin epäonnistunut retkellä Fort Fisheria vastaan vuoden 1864 lopussa. Terry oli saanut kenraali Ulysses S. Grantin luottamuksen, ja hän oli nyt maajoukkojen komentaja toisessa retkellä linnaa vastaan. Toisin kuin Butler, Terry toimi hyvin laivastossa David D. Porterin johdolla. 13. tammikuuta 1865 Terry lähetti Yhdysvaltain värillisten joukkojen divisioonan pidättämään Braxton Braggin johtamat konfederaatioviranomaiset Fort Fisherin pohjoispuolella. Hän lähetti toisen divisioonansa Adelbert Amesin johdolla linnoituksen pohjoisosaan. Unionin joukot saivat linnoituksen hallintaansa. Fort Fisherin taistelussa.
Terry ylennettiin vapaaehtoisten kenraalimajuriin - ja prikaattigeneraaliin säännöllisessä armeijassa. Joukkoja saapui helmikuussa ja John M. Schofield tuli ottamaan johdon Wilmingtonin, Pohjois-Carolinan, vastaan. Wilmingtonin kukistumisen jälkeen Fort Fisherin retkikunta nimettiin uudelleen X-joukkueeksi, ja Terry pysyi komennossa ja osallistui Carolinas-kampanjan viimeisiin vaiheisiin. Häntä pidetään yhtenä taitavimmista kenraaleista, - joilla ei ole aiempaa sotilaallista koulutusta.