Müller aloitti uuden managerin Pep Guardiolan johdolla kauden 2013/14 pelaamalla Saksan Supercupissa. 5. elokuuta Müller teki hat-trickin, kun Bayern voitti 5:0 joukkueen 2013/14 DFB-Pokal-ottelun ensimmäisessä kierroksessa Schwarz-Weiß Rehdenia vastaan. Bayernin avajaisottelussa 2013/14 Müller ei saanut rangaistusta ensimmäistä kertaa. Sekunneja myöhemmin, pelastus rangaistuksesta räjäytti Álvaro Domínguezin käden, mikä johti toiseen rangaistukseen, jonka David Alaba käänsi. Tämän jälkeen Müller totesi: "Olen edelleen iloinen siitä, että saan rangaistuksia, mutta mielestäni David Alaba on tällä hetkellä tärkein mies spot-potkuissa". Hän pelasi UEFA:n Supercupissa.
- Mitä?