Khawaja oli hiljattain päässyt Pakistanin pidätettyjen viiden amerikkalaisen oikeudellisen puolustusryhmän joukkoon, joita syytettiin Jaish-e-Mohammedin jäsenyydestä. Hänen ruumiilleen oli kiinnitetty viesti, jossa väitettiin, että hänen kuolemansa aiheutti "Aasian tiikerit", jotka ovat ironisesti väittäneet olevansa militanttisen järjestön hajanainen ryhmä. Hänet syytettiin myös vakoilusta USA:n hyväksi ja hallituksen puolella olosta Lal Masjidin piirityksessä vuonna 2007.
- Mitä? Muistiossa syytettiin hallitusta siitä, että se kieltäytyi neuvottelemasta pakistanilaismielisten vapauttamisesta.