Pérignon sekaantui myöhemmin salakuljetukseen - ja hänet paljasti rojalistien vakooja. Vuonna 1798 hänet kutsuttiin takaisin armeijaan Liguriassa, jossa hänet määrättiin johtamaan vasenta siipeä. Haavoittunut ja vangittu toisen koalition armeijoiden toimesta Novin taistelussa
Hän palasi Ranskaan vuonna 1800.