Sisällissodan päättyminen keväällä 1865 antoi Feniansille suuren vauhdin irlantilais-amerikkalaisten sotilaiden lukumäärän vuoksi, jotka olivat hajotettuja ja innokkaita näkemään palvelusta muualla. Fenian valtiovarainministeriöön vuodatettiin rahaa; todennäköisesti 500 000 dollaria tilattiin vuosien 1860 ja 1867 välillä. O'Mahony, James Stephens ja Keskusneuvosto olivat eri mieltä siitä, millaista politiikkaa heidän tavoitteensa saavuttamiseksi olisi noudatettava, mutta O'Mahony pysyi järjestön puheenjohtajana useita vuosia. Hän ei osallistunut henkilökohtaisesti Irlannin kapinan yritykseen tai Kanadan hyökkäyksiin.
, vaikka hänen neuvonsa olivat tärkeitä näissä yrityksissä.