Laveranille myönnettiin Ranskan tiedeakatemian Bréant-palkinto (Prix Bréant) vuonna 1889 ja Kuninkaallisen lääketieteellisen yhdistyksen Edward Jenner -mitali vuonna 1902 malariaparaasiitin löytämisestä. Hän sai Nobelin fysiologian ja lääketieteen palkinnon vuonna 1907. Hän antoi puolet palkinnosta Pasteur-instituutin trooppisen lääketieteen laboratorion perustamisesta. Vuonna 1908 hän perusti Société de pathologie exotique, jota hän johti 12 vuotta. Hänet valittiin Ranskan tiedeakatemian jäseneksi vuonna 1893, ja hänelle myönnettiin Kunni-legioonan kansallisen ritarikunnan komentaja vuonna 1912.
Nobel-palkinto fysiologiassa tai lääketieteessä