20. elokuuta Higuaín teki Juventusille debyyttinsä voittavan maalin Fiorentinalle. Syyskuun 10. päivänä hän teki parituksen 3-1 voitossa Sassuolosta. Lokakuun 29. päivänä hän teki voiton maaliin entistä joukkuettaan Napolita vastaan, mutta ei juhlinut maaliaan 2<unk>1 kotimaisessa voitossa. 5. huhtikuuta 2017 Higuaín teki kaksi maalia Napolin kanssa 2016-17 Coppa Italia -sarjan toisessa semifinaalissa, jolloin Juventus pääsi finaaliin 5-4 kokonaisuudessaan, huolimatta 3-2 vierailutappiosta. Seuraavalla viikolla hänestä tuli ensimmäinen pelaaja, joka teki yli 20 maalia debyyttikautonaan Juventukselle, koska John Charles ja Omar Sívori onnistuivat samaan suoritukseen Serie A: ssa 1957/58.
Hän teki parituksen Chievoa vastaan. 15. huhtikuuta Higuaín teki molemmat maalinsa Pescaraa vastaan 2-0, mikä sisälsi hänen 200. liigan maalinsa Euroopassa. 3. kesäkuuta Higuaín aloitti Mestarien liigan finaalin, mutta Juventus voitti 4-1 puolustavan mestarin Real Madridin; hän asetti Mario Mandžukićin väliaikaisen tasapainon ensimmäisen puoliskon aikana.