Useimmat sukupuoleenvastaisen liikkeen tutkijat ovat laskeneet sen alkuperän 1990-luvulle, kun katolinen kirkko keskusteli YK:n väestö- ja kehityskonferenssin ja naisten maailmankonferenssin tuloksista.
, jonka jälkeen YK alkoi tunnustaa seksuaalisia ja lisääntymisoikeuksia. Pyhä istuin pelkäsi, että tämä tunnustaminen johtaisi aborttiin ihmisoikeutena, äitiyden laittomaksi tunnustamiseen ja homoseksuaalisuuden normalisointiin. Termi "sukupuoli" "tulkittiin Pyhän istuimen strategisena keinona hyökätä luonnollista perhettä vastaan ja horjuttaa sitä". Vuonna 1997 yhdysvaltalainen abortinvastainen toimittaja Dale O'Leary kirjoitti kirjan nimeltään "The Gender Agenda": "Gender Agenda purjehtii yhteisöihin ei korkeana laivana, vaan sukellusveneenä, joka on päättänyt paljastaa itsestään mahdollisimman vähän". Katolilaisessa ajattelussa "sukupuoliideologia" -käsitys syntyi Johannes Paavali II:n ruumiin teologiasta, jossa sukupuolten pidetään erilaisina ja täydentävinä. Vaikka sukupuoleenvastaisen liikkeen ajatuksia kehitettiin jo vuonna 2003, liikkeeseen liittyviä protesteja ilmeni ensimmäistä kertaa useimmissa Euroopan maissa noin vuonna 2012-2013. Vaikka katolilaiset toimijat edistävät sitä edelleen, sukupuolenvastainen liike levisi yleisemmin koko oikeistoon vuoteen 2019 mennessä.