Hän osallistui Alexander Kolchakin, Anton Denikinin ja Nikolai Yudenichin valkoisten joukkojen kukistamiseen tähtäävien operaatioiden suunnitteluun ja toteuttamiseen. Häntä pidetään yhtenä Orel-Kurskin operaation suunnittelijoista.
Lokakuussa 1919, jolloin Denikinin hyökkäys Moskovaan pysäytettiin ja ajettiin takaisin. Koko sisällissodan ajan Lebedev työskenteli kiireisessä aikataulussa, seitsemän päivää viikossa ja palasi kotiin aamuneljältä.