Brnonin lentoasema on rakennettu 1950-luvulla Slatinassa sijaitsevan vanhan Brnonin lentoaseman (Tuřanyn lentoaseman koilliseen) tilalle. Vuonna 1967 aloitettiin uusi lähtösalin rakentaminen. 1980-luvulla lentokenttä luovutettiin Tšekkoslovakian ilmavoimien käyttöön, ja siviilioperaatiot vähennettiin mahdollisimman paljon. Brno Exhibition Centerissä järjestettävien näyttelyiden ja messujen aikana toteutettiin siviililentoja. Vuonna 1986 valmistui uusi lähtöhalli ja siihen liittyvät tilat. Kommunismin kaatumisen jälkeen vuonna 1989
Vuodesta 2007 alkaen lentoasema oli jälleen siviilikäyttöön, ja sen operoi valtion omistama Tšekin lentoasemayhtiö.