Panis oli potentiaali suuri kausi ajoi Alain Prost, joka oli ostanut Ligier. Hän nousi Bridgestonen renkaiden kanssa ensimmäiselle podiumille Brasiliassa. Hän oli toisena Argentiinassa ennen eläkkeelle jäämistä. Kuuden kisan jälkeen hän oli mestaruuskilpailun kolmannella sijalla, kiitos toisesta podiumipisteestä Espanjassa. Voitto olisi voinut olla mahdollinen, jos hän ei olisi jäänyt kierroksille seitsemän kierrosta, jolloin hän menetti 6 sekuntia johtajalle Jacques Villeneuve. Vuoden 1997 Kanadan Grand Prix -kilpailussa hän mursi molemmat jalkansa nopeassa onnettomuudessa, mikä aiheutti hänen jäävän pois kauden seitsemästä seuraavasta kilpailusta. Hänen paikkansa joukkueessa otti Jarno Trulli, kunnes hän palasi kauden viimeisiin kolmeen kilpailuun. Hän sijoittui kuudenneksi Luxemburgissa.
Hän ajoi yhtä hyvin kuin ennen onnettomuutta. Vaikka hän ei ollut puolella kaudella, hän onnistui silti yhdeksänneksi mestaruudessa 16 pisteellä.