Seuraavan kauden aikana Wilkinson esiintyi 18 kertaa
Pro12, uusi nimi, joka annettiin liigalle, aloittaen 15 ottelua. Tuona kaudella Connacht pääsi myös ensimmäiseen Heineken Cup -otteluun, ja Wilkinson pelasi ensimmäisen ottelunsa Euroopan korkeimmalla tasolla Harlequinsia vastaan Stoopissa. Hän aloitti jokaisen Connachtin uima-altaan ottelun, mukaan lukien heidän ensimmäinen Heineken Cup -voitto vastaottelussa Harlequinsia vastaan Sportsgroundilla. Kaudella 2012/13 Wilkinson pelasi 18 ottelua Pro12:ssä. Connacht jälleen pääsi Heineken Cupille, ja Wilkinson aloitti kolmesta provinssin kuudesta ottelusta ja esiintyi korvikkeena kahdessa toisessa.