Useimmat bakteerit pääsevät keuhkoihin pikku aspiraatioiden kautta organismien, jotka asuvat kurkussa tai nenässä. Puolet normaaleista ihmisistä on näitä pieniä aspiraatioita nukkuessaan. Vaikka kurkku sisältää aina bakteereja, mahdollisesti tarttuvia asuvat siellä vain tiettyinä aikoina ja tietyissä olosuhteissa. Vähemmistö bakteereja, kuten Mycobacterium tuberculosis ja Legionella pneumophila saavuttaa keuhkoihin saastuneiden ilmassa olevien tippojen kautta. Bakteerit voivat myös levitä veren kautta. Kun keuhkoissa, bakteerit voivat tunkeutua solut ja solun solut, jossa makrofageja ja neutrofiilejä (puolustusvalkosoluja) yrittää inaktivoida bakteereja. Neutrofiilejä vapauttaa myös sytokineja, aiheuttaen yleisen aktivoinnin immuunijärjestelmää. Tämä johtaa kuumeeseen, yleinen väsymys ja väsymys.
makrofageja ja neutrofiilejä (puolustusvalkosoluja), jotka yrittävät inaktivoida bakteerit