Nikeforos syntyi vuonna 1002 Michael Botaneiatesille ja hänen vaimolleen, Botaneiates-perheen jäsenille, joka oli merkittävä sotilaallinen perhe Anatolian teemasta. Attaleiatuksen mukaan Nikeforoksen isoisä Nikeforos ja isä Mikael palvelivat molemmat komentajina Basilius II:n alaisuudessa hänen kampanjoissaan georgialaisia vastaan ja Bulgarian valloituksessa.
Attaleiates on ainoa lähde, joka antaa nämä tiedot. Attaleiates sanoo myös, että Botaniatin perhe oli sukua Bysantin keisari Nicephorus II Phocasille ja Phocas-perheelle. Tämän käytti lähes varmasti Nikeforos lisäämään legitiimiyttä myöhempiin hallitsijoihinsa, ja tämä vahvistaa Psellos, joka kutsuu Nikeforosta III:tä "Fokaksi" Bysantin keisari Mikael VII Dukasin kirjeen jäljentämisessä. Nikeforos meni naimisiin tuntemattomassa päivämäärässä Vevdene-nimisen naisen kanssa, mutta myöhemmin hän meni naimisiin Mikael VII:n entisen vaimonsa Marian kanssa. Hänellä näyttää olleen vähintään yksi lapsi Vevdenen kanssa, koska Anna Komnene mainitsee hänen lapsenlapsensa "Alexiadissa". Nikeforoksen elämästä ennen vuotta 1053 ei tiedetä paljoa muuta kuin se, että hän toimi komentajana keisari Konstantin IX Monomakoksen alaisuudessa Pecheneg-kapinan aikana 1048-1053.