Kun Yhdysvaltain sisällissota päättyi, vuonna 1866 Hamiltonin laivaston prikaati kutsuttiin lyhyiksi ajanjaksoiksi vartioimaan kaupunkia ja miehistämään höyrylaivoja vastauksena Fenian rajanylittäviin hyökkäyksiin. Fenian hyökkäysten aikana.
, Hamiltonin laivaston vapaaehtoiset saivat Kanadan yleisen palvelun mitalin Fenian Raid 1866 -palkinnolla. Kaksi vuotta myöhemmin, kun vuonna 1868 hyväksyttiin puolustusvoimien laki, Garden Islandin, Toronton, Hamiltonin, Dunnvillen ja Port Stanleyn laivastoyhtiöitä pyydettiin ilmoittamaan aikomuksestaan pysyä aktiivisessa palveluksessa. Kaikki yksiköt, mukaan lukien Hamilton, eivät täyttäneet helmikuun 1869 määräaikaa, ja siksi Hamiltonin ensimmäinen virallinen laivaston varusyksikkö lakkasi olemasta.