Diponegoro syntyi 11. marraskuuta 1785 Yogyakartassa ja oli Yogyakartan sulttaani Hamengkubuwono III: n vanhin poika. Hänen nuoruutensa aikana Yogyakartan hovissa, suuria tapahtumia kuten VOC: n purkaminen, Englannin hyökkäys Javaan
Alankomaiden hallitsijaksi palaaminen. Hyökkäyksen aikana sulttaani Hamengkubuwono II, joka työnnettiin syrjään vallassaan vuonna 1810 Diponegoron isän hyväksi, käytti yleistä häiriötä valvonnan palauttamiseksi. Vuonna 1812 hän kuitenkin poistettiin jälleen valtaistuimelta ja Britannian joukot karkottivat hänet Javalle. Tässä prosessissa Diponegoro toimi neuvonantajana isälleen ja oli ilmeisesti antanut apua brittiläisille joukkoille siihen pisteeseen, että Raffles tarjosi hänelle "sulttaani" -tittelin, jonka hän kieltäytyi, ehkä siksi, että hänen isänsä hallitsi vielä.