Kun Abe-hallitus valittiin vuonna 2012, Koizumi nimitettiin jälleenrakennusministeriön apulaisministeriksi, joka keskittyi Japanin koillisalueeseen, joka tuhoutui maaliskuussa 2011 tapahtuneessa tsunamissa.
ja sen jälkeinen ydinonnettomuus. Hän vastusti julkisesti isänsä kehotusta, että Japani luopuisi välittömästi ydinvoimasta. Vuonna 2019 pääministeri Shinzo Abe nimitti Koizumin hallitukseen ympäristöministeriksi, rooli, jonka hän säilytti, kun Yoshihide Suga tuli Abeen pääministeriksi syyskuussa 2020.