Maaliskuussa 1799 Tonavan armeija taisteli kahdessa suuressa taistelussa. Ostrachin taistelussa
Toisen liittouman sodan ensimmäisessä taistelussa 21.2. maaliskuuta 1799 itävaltalaiset joukot arkkitehti Kaarle II:n johdolla kukistivat Jourdanin Tonavan armeijan. Ranskalaiset kärsivät merkittäviä tappioita ja joutuivat vetäytymään alueelta ottamalla uusia asemia länteen Messkirchissä (Mößkirch, Meßkirch) ja sitten Stockachissa ja Engenissä. Toisessa taistelussa, Stockachissa, 25. maaliskuuta 1799, itävaltalainen armeija saavutti ratkaisevan voiton Ranskan joukkoja vastaan ja työnsi jälleen Ranskan armeijan länteen. Jourdan käski kenraalejaan ottamaan asemat Mustametsään, ja hän itse perusti tukikohdan Hornbergiin. Sieltä kenraali Jourdan siirsi armeijan komennon henkilöstöpäällikölle Jean Augustin Ernoufille ja matkusti Pariisiin pyytämään lisää ja parempia joukkoja ja lopulta sairauslomaa.