Vuodesta 1170 alkaen Goryeon hallitusta hallitsi de facto sotilaanluokan voimakkaiden perheiden, erityisesti Choen perhe, sotilasdiktatuuri, joka muistutti "shogunaattia". Goryeo vastusti sotilaallisen vallan aikana mongolien hyökkäyksiä.
lähes 30 vuotta, kunnes hovin vastustajat murhasivat Choe-perheen hallitsijan vuonna 1258, minkä jälkeen valta palautettiin monarkialle ja rauha solmittiin mongolien kanssa; kuitenkin valtaottelut jatkuivat hovissa ja sotilaallinen hallinto ei päättynyt ennen vuotta 1270. Siitä lähtien Goryeoista tuli puoliautonominen "suvun kansa" mongolien johtaman Yuan-dynastian kautta kuninkaallisten sekaavioliittojen ja verisuhteiden kautta. Itsenäisyys saatiin takaisin Gongminin hallituskaudella 1400-luvun puolivälissä, ja sen jälkeen kenraalit Choe Yeong ja Yi Seong-gye nousivat näkyvyyteen voitollaan hyökkääviä Punaisten Turbaanien armeijoita pohjoisesta ja Wokou-murtajat etelästä. Vuonna 1388 Yi Seong-gye lähetettiin hyökkäämään Ming-dynastian kimppuun Liaodongissa, mutta hän käänsi joukkonsa ympäri ja kukisti Choe Yeongin "vallankaappauksessa"; vuonna 1392 hän korvasi Goryeon uudella Joseonin valtiolla, lopettaen 474 vuoden Goryeon hallinnon Korean niemimaalla.