Isotalo oli sairauslomalla, eikä voinut osallistua ensimmäiseen heimovaiheeseen kesällä 1918 sisällissodassa saamiensa haavojen vuoksi. Hän erosi armeijasta marraskuussa 1918 ja värväsi vapaaehtoisia Viron itsenäisyyssotaan vuoden 1919 alussa. Samana vuonna hän liittyi suomalaisten vapaaehtoisten joukkoon Aunus-retkelle.
Hän johti seuraansa voittoihin varhaisessa vaiheessa ja oli merkittävässä roolissa Olonetin valloituksessa. Hänen toimensa aikanaan innoitti suositun laulun (Kuularuiskulaulu), mutta hänen voitollaan ei ollut pitkäaikaista vaikutusta, koska retki lopulta päättyi tappioksi, osittain Suomen hallituksen tuen puuttumisen vuoksi.