R. A. Dickeyn vaihdossa Mets sai uusia pelaajia kuten Travis D'Arnaudin ja Noah Syndergaardin. Menetettyään oikeudet Buffalo Bisonsille, Mets vaati Las Vegas 51s -joukkuetta Triple A -liittolaisikseen kaudella 2013-15. Citi Field oli isäntä
2013 Major League Baseball All-Star Game, joka pidettiin 16. heinäkuuta 2013. Matt Harvey oli joukkueen ensisijainen syöttäjä ja aloitti National League All-Starsin. Kauden aikana Harvey sai lempinimen "The Dark Knight of Gotham" Sports Illustratedilta. Mets lopetti kauden 74-88, sama ennätys kuin edellisellä kaudella. Ensimmäistä kertaa Mets voitti kilpailijansa Yankeesin Subway-sarjassa.