Fleszarowa nimitettiin senaattoriksi Puolan tasavallan presidentin toimesta vuonna 1935. Hänen toimikautensa aikana hän keskittyi tieteellisen toiminnan muodolliseen järjestämiseen ja kansalaisten oikeuksien laajentamiseen. Vuonna 1937 hän oli yksi Varsovan demokraattisen klubin järjestäjistä ja toimi sen varapresidenttinä ja demokraattisen liittopuoluen puheenjohtajana. Hänen senaattikautensa päättyi vuonna 1938 ja Puolan miehityksen aikana
, hän liittyi maanalaiseen liikkeeseen ja osallistui Kotiarmeijaan. Työskentelemällä kotimaan armeijan tiedotus- ja propagandatoiminnassa hän jakoi karttoja ja julkaisi kirjallisuutta ja perusti toimiston maanalaisille kirjoituksille. Hän työskenteli juutalaisten piilottamiseksi ja johti salaista kirjastonhoitajia, joka johti pyrkimystä piilottaa Puolan kirjastonhoitajayhdistyksen arkisto. Fleszarowa pakeni kaupungista ennen Varsovan kansannousua vuonna 1944 ja meni Lubliniin ja työskenteli Puolan kansallisen vapautuksen komitean yhteyshenkilönä. Lokakuussa 1944 hänet nimitettiin opetusministeriön kirjastosososaston päälliköksi.