11. helmikuuta Neill lähti Alamoon huolehtimaan perheestään. Hän siirsi komennon William Barret Travisille, joka oli varuskunnan korkein virkamies. Bowien ja Travisin välillä ilmestyneen riidan vuoksi Neill palasi Alamolle 14. helmikuuta ja ratkaisi riidan. Bowie ja Travis saivat yhteisen komennon Alamoon. Neill lähti San Antoniosta juuri ennen Alamon piiritystä. Viimeisen Alamo-taistelun päivänä Neill oli Gonzalesissa ja työskenteli jatkuvasti lisäämään Alamo-avustusjoukkoja. Gonzalesissa hän allekirjoitti 6. maaliskuuta henkilökohtaisen kupongin 90 dollarilla Alamo-varuskunnan lääkkeiden ostamiseen. Neill oli aikonut palata Alamoon, jossa hän ei tiennyt, että linnake oli jo kaatunut meksikolaisten joukkojen käsiin 6. maaliskuuta Alamo-taistelun aikana.
- Mitä? 7. maaliskuuta Neill ja Burleson keräsivät 50 miestä ja lähtivät Alamoon.