Clam-Gallas sai Itävalta-Preussin sodan alussa I-joukon komennossa komennon yksiköistä (60.000 miestä) erillään "Pohjoisen armeijasta", jota kutsuttiin "Iser-armeijaksi" ja joka koostui hänen omasta I-joukostaan, vetäytyneestä Royal Saxon Army Corpsista, Itävallan prikaatista, joka evakuoitiin Holsteinista, ja Itävallan kevyestä ratsuväkiyksiköstä. Sodan aikana hän kärsi tappioita Podolissa, Münchengrätzissä
Ja Jičínin. Yhdistettyään voimansa Ludwig von Benedekin johtamaan "Pohjoisen armeijaan" hän palasi I-joukon komentoon. Hänet vapautettiin komennostaan ja hänet korvattiin kreivi Leopold Gondrecourtilla varhain 3. heinäkuuta 1866 aamulla, joten hän ei osallistunut Itävallan pääarmeijan kukistamiseen Königgrätzissä sinä päivänä.