Kun toinen maailmansota alkoi 1. syyskuuta 1939, alueella käytiin Bzuran taistelu ja Głownon läheisyydessä käytiin taisteluita. Saksan Wehrmacht valtasi kaupungin syyskuun toisella viikolla. Natsi-Saksan hallinto perustettiin ja Głownoista tuli osa saksalaista hallintoyksikköä, joka tunnettiin nimellä General Government. Valloituksen aikana
Głownossa tapahtui lukuisia puolalaisten vastarintaliikkeitä, Armia Krajowa jne., mukaan lukien salainen teloitus roomalaiskatolisen papin, joka työskenteli natsipoliisin tiedonantajana. Natsien kostotoimet veivät monen kansalaisen hengen, mukaan lukien ne, jotka murhattiin joukkomurhissa kaupungin hautausmaalla ja kaupungin saksalaisen poliisin päämajassa sekä natsien miehittämässä Varsovan pahamaineisessa Pawiakin vankilassa. Monet kansalaiset pakotettiin orjatyöhön saksalaisille ja jotkut lähetettiin eri tehtaisiin ja tiloihin ympäri Saksaa.