Louis Bonaparte nimitti Janssensin sotaministeriön pääsihteeriksi. Hänellä oli useita korkean tason hallinnollisia tehtäviä kuningaskunnassa aina Ludvig Napoleonin luopumiseen ja Alankomaiden liitottamiseen Ranskaan vuonna 1810. 11. marraskuuta 1810 hänet nimitettiin Alankomaiden Itä-Intian alueen pääkuvernööriksi Herman Willem Daendelsin tilalle. Hän saapui Bataviaan Javaan 15. toukokuuta 1811 ja osallistui välittömästi siirtokunnan puolustuksen vahvistamiseen. Javalla oli suurempi määrä sekä hollantilaisia että ranskalaisia joukkoja sekä parempi puolustus, verrattuna Kapin siirtokuntaan. Se on kuitenkin
Brittiläinen hyökkäyslaivasto saapui pian sen jälkeen 30. heinäkuuta Sir Samuel Auchmutyn johdolla.