30. maaliskuuta 2004 Chhetri pelasi ensimmäisen ottelunsa Intian U-20-joukkueessa, joka voitti Pakistanin U-23-joukkueesta 1-0 vuonna 2004.
Pakistanissa. 3. huhtikuuta 2004 Chhetri teki kaksi maalia Intian U-20-joukkueelle Bhutanin U-23-joukkueesta 4-1 voitossa. 12. kesäkuuta 2005 Sunil teki ensimmäisen maalinsa Intian jalkapallojoukkueessa Pakistania vastaan.