Japanissa on yhdeksän metsäekoregionia, jotka heijastavat saarien ilmastoa ja maantiedettä. Niiden alueet vaihtelevat subtrooppisista kosteista levelehtiviljeistä Ryukyu- ja Bonin-saarilla, maltillisista levelehtiviljeistä ja sekoitetuista metsistä pääsaarten maltillisilla ilmastoalueilla, maltillisista vastikkeista kylmissä, talvisissa osissa pohjoisia saaria. Japanissa on yli 90 000 luonnonvaraista lajia, mukaan lukien ruskea karhu, japanilainen makaki, japanilainen pesukarhu, suuri japanilainen peltohiiri ja japanilainen jättiläissalamantteri.
Ryūkyū- ja Bonin-saaret