Hänestä tuli Yhdysvaltain miesten maajoukkueen valmentajan Bob Bradleyn avustaja. Nowak toimi myös U-23-kansallisjoukkueen päävalmentajana, joka edusti Pekingin 2008 olympialaisiin. Yhdessä Bradleyn kanssa he valmensivat yli 70 pelaajaa ja johtivat USA:n mestaruusmatkaa mestaruuskilpailuun.
2007 CONCACAF Gold Cup ja Mandela Cup. 28. toukokuuta 2009 Nowak erosi virastaan USA:n miesten maajoukkueessa.