Fontaine pelasi viimeisen ottelunsa heinäkuussa 1962 ja joutui eläkkeelle ennenaikaisesti (28 vuotta ja 11 kuukautta) toistuvan loukkaantumisen vuoksi. Hän johti lyhyesti Ranskan maajoukkuetta vuonna 1967, mutta hänet korvattiin vain kahden pelin jälkeen, molemmat ystävälliset, jotka päättyivät tappioihin. Marokon valmentajana hän johti Atlas Lionsia kolmanneksi vuoden 1980 Afrikan kansojen jalkapallokilpailussa.
, joka valvoo sellaisten pelaajien kuin Badou Zakin, Mohammed Timoumin ja Aziz Bouderbalan syntymistä. Marokko pääsi vuoden 1982 MM-kilpailun viimeiseen vaiheeseen, mutta Kamerun voitti sen.