1. helmikuuta 1944 Fusō lähti Trukista Nagaton kanssa välttääkseen amerikkalaisen ilmahyökkäyksen ja saapui Palaukseen 4. helmikuuta. He lähtivät 16. helmikuuta pakenemaan uutta ilmahyökkäystä. Alukset saapuivat 21. helmikuuta Lingga-saarelle, ja "Fusō" käytettiin siellä koulutusaluksena. Viikkoa myöhemmin kapteeni Masami Ban vapautti Tsuruokan. Alus korjattiin Singaporessa 13.-27. huhtikuuta ja palautettiin Lingalle. Hänet siirrettiin Tawi-Tawiin 11. toukokuuta ja tarjosi suojaa saattueelle, joka ei kyennyt vahvistamaan Biakin saarta.
Kuukauden lopussa. Fusō siirrettiin Tarakanin saarelle Borneon rannikolla tankkaamaan polttoainetta heinäkuun alussa ennen kuin palasi Japaniin ja pakeni sukellusveneen hyökkäystä. Elokuun alussa Kuressa alukseen lisättiin uusia tutkajärjestelmiä ja kevyitä AA-aseita. "Fusō" ja sen sisarlaiva siirrettiin 2. laivaston taistelulaiva-osastoon 10. syyskuuta, ja "Fusō" tuli divisionin lippulaiva varamiraali Shōji Nishimuran johdolla 23. syyskuuta. He lähtivät Kureesta 23. syyskuuta Linggaan, pakenivat sukellusveneen hyökkäyksen seuraavana päivänä, ja saapuivat 4. lokakuuta, jossa Nishimura siirsi lippunsa "Yamashirolle". Alukset siirrettiin sitten Bruneihin tankkaamaan öljyä valmistautuakseen operaatioon "Shō-Gō", joka oli yritys tuhota amerikkalainen laivasto, joka suoritti Leyten hyökkäyksen.