Ali Shkupi ei ollut aktiivinen toisen maailmansodan aikana, vaikka hän vastusti Italian hyökkäystä.
, samoin kuin saksalainen. Natsit polttaisivat hänen Tiranassa olevan talonsa. Sodan jälkeen hän muutti Shkoderiin. Hän kuoli 3. joulukuuta 1953 ja haudattiin Shkoderiin. Hänet haudattiin Tiranassa 80-luvulla. Vuonna 1992 Ali Shefqet Shkupi sai Albanian hallituksen kunniamerkkiä "Patriottisesta toiminnasta ensimmäisessä luokassa".