Wilson nimitettiin liittoutuneiden joukkojen päälliköksi Gallipoliin ja Bosporukseen, ja hänen miehensä miehittivät nämä kaksi salmea, kun liittoutuneiden laivasto purjehti läpi 12. marraskuuta 1918. Wilson laskeutui laivastosta seuraavana päivänä ja hänet vastaanotti 300 vapautetun brittiläisen sotavankin kunniavartio, jotka olivat pukeutuneet karkeisiin siviilivaatteisiin, jotka puolueeton hollantilainen suurlähettiläs oli toimittanut vankien raatojen sijasta. Wilson käytti seuraavat kaksi vuotta - miehityksen monimutkaisuuksien käsittelemiseen.
Turkin aseiden ja puolustusvoimien luovuttaminen sekä vapautettujen sotavankien sekä Turkissa jääneiden 10 000 saksalaisen sotilaan kotiuttaminen.