Toisen maailmansodan aikana Bogatyretsin kansalliset sitoumukset asetettiin jälleen kyseenalaiseksi, mikä johti hänet tukemaan yhdistymistä Venäjän ortodoksiseen kirkkoon. Hän jäi Neuvostoliiton alueelle Pohjois-Bukovinan miehityksen jälkeen.
Hänet pakotettiin pakkosiirtolaisuuteen. Hän asui Natsi-Saksassa ja Romaniassa vuoteen 1941, jolloin saksalaisten johtama hyökkäys salli hänen palata Cernăuțiin (Chernivtsi). Kolmen vuoden ajan hän auttoi metropoliitti Tit Simedrea ja otti vastaan piispan johdon, kun Simedrea lähti Bukovinan. Hän liittyi Ukrainan eksarkkiaan vuoden 1944 lopulla, toivottaen takaisin Neuvostoliiton, mutta hänet syrjäytettiin vuodesta 1949. Hänen viimeinen työnsä oli historian kirjoittaminen alueelliselle kirkolle sen eri hallinnollisten avatarien kautta.