Warrenin piirikunta on piirikunta, joka sijaitsee Missourin osavaltion itäosassa. Asukasluku oli 32 513. Piirikunta sijaitsee Missourin joen pohjoispuolella. Piirikunnan pääkaupunki on Warrenton. Piirikunta perustettiin 5. tammikuuta 1833 ja nimettiin kenraali Joseph Warrenin mukaan, joka kuoli Bunker Hillin taistelussa Amerikan itsenäisyyssotaikana. Warrenin piirikunta on osa St. Louis, MO-IL Metropolitan Statistical Area.
Warrenin piirikunta