- Kun Israelin joukot - Englannin ja Ranskan hävittäjien tukemana ajoivat
Egyptin asevoimien komentaja Abdel Hakim Amer paniikkiin ja ehdotti antautumista. Nasser kieltäytyi, ja Boghdadi sai tehtäväkseen organisoida egyptiläisten vastarintaliikettä kanavan varrella. Suezin sodan jälkeen hänet nimitettiin kanava-alueen jälleenrakennukseen ja kirjoittajan Said Aburishin mukaan hän "ponnisti ihailtavasti". Hänet nimitettiin myös viestintäministeriksi, ja Zakaria Mohieddinen ja Amerin kanssa hänet asetettiin komiteaan, joka tarkasteli vasta perustetun 350-jäsenisen kansalliskokouksen ehdokkaita. Boghdadi valittiin ensimmäisen kansalliskokouksen puheenjohtajaksi.