Kirjoita jatko-osa tälle kappaleelle - Noin 1500-luvun alussa, Ribeiran palatsin rakentamisen jälkeen Tajo-joen varrella, Alcáçovan palatsi alkoi menettää merkityksensä. Vuonna 1531 sattunut maanjäristys vahingoitti vanhaa linnaa entisestään, mikä lisäsi sen rappeutumista ja laiminlyöntiä. Vuonna 1569 kuningas Sebastian määräsi kuninkaallisten huoneistojen uudelleenrakentamisen linnassa, jolla hän aikoi käyttää sitä virallisena asuinpaikkanaan. Vuonna 1577 Filippo Terzi purki osana uudelleenrakentamista yhden Loreton kirkon tärkeän julkisivun lähellä sijaitsevista tornista. Kuitenkin monia töitä ei koskaan saatu päätökseen sen jälkeen, kun nuori kuningas ilmeisesti kuoli Alcácer Quibirin taistelussa.
- Mitä? Seuraava portugalilainen dynastiakriisi avasi tien kuusikymmentä vuotta kestäneelle espanjalaiselle hallinnolle, ja linnasta tehtiin sotilaskasarat ja vankila. 30. joulukuuta 1642 Teodósio de Frias nuorempi nimitettiin rakennusmestariksi jatkamaan työt, jotka hänen isänsä Luís de Frias ja hänen isoisänsä Teodósio de Frias olivat aloittaneet. Tämä oli osa espanjalaisten joukkojen suurempaa suunnitelmaa, jonka mukaan linnoitus palautettaisiin käyttöön.