17. toukokuuta 2017 Werner nimettiin Saksan joukkueeseen Venäjällä järjestettävään FIFA:n konfederaatiokisoihin. Hän esiintyi Sandro Wagnerin sijaisena joukkueen avajaispelissä turnauksen Australiaa vastaan, ennen kuin hän teki kaksi ensimmäistä kansainvälistä maaliaan, kun hänet valittiin aloittamaan Saksan viimeisessä ryhmäottelussa Kamerunia vastaan 25. kesäkuuta. Neljä päivää myöhemmin Werner teki Saksan kolmannen maalin Meksikon voittamisessa puolifinaalissa 4-1. 2. heinäkuuta 2017 Werner auttoi Lars Stindlin turnauksen voittavaa maalia FIFA Confederations Cupin finaalissa.
Chileä vastaan. Kolmen maalin ja kahden avun ansiosta Werner sai turnauksen kultaisen kenkän.