9. helmikuuta 1995 Desjardins siirrettiin Philadelphia Flyersille - yhdessä John LeClairin ja Gilbert Dionnin kanssa Mark Recchin ja kolmannen kierroksen valinnan takia.
1995 NHL: n sisäänkirjautuminen (Martin Hohenberger). Hänet tuotiin vahvistamaan Flyersin puolustusta, ja hän voitti ensimmäisen seitsemästä Barry Ashbee -palkinnosta. Palkinto annetaan vuosittain Flyersin huippupelaajalle. Hän pelasi loput urastaan Flyersin kanssa, saavuttaen kaksi NHL: n toisen joukkueen All-Star -valintoa (1999, 2000) ja kaksi All-Star -pelin esiintymistä (1996, 2000). Hänen 396 pistettään Flyersin kanssa ovat toiseksi parhaat puolustajat, - vain Mark Howen 480 pistettä joukkueen historiassa. Vuoden 1999-2000 kaudella Desjardinsista tuli Flyersin kapteeni, kun Eric Lindrosiltä riisuttiin kapteeninaus valituksistaan Flyersin lääkintähenkilöstöstä.