Vuonna 1953 Dullesista tuli presidentti Eisenhowerin johdolla viides päällikkö. John Foster Dulles, Dullesin veli, oli Eisenhowerin ulkoministeri. DDP:n alaisuudessa Helms sai nimenomaisen tehtävän puolustaa virastoa senaattori Joseph McCarthyn uhkaavaa hyökkäystä vastaan, ja myös "totuusserumin" ja muiden "mielenhallinnan" huumeiden kehittämisessä CIA:n kiistanalaisen MKUltra-projektin mukaisesti. Washingtonista Helms valvoi Berliinin tunnelia, vakoilutoimintaa vuosina 1953-1954 - joka myöhemmin tuli sanomalehtien otsikoihin. CIA:n toiminnan osalta Helms katsoi vakoilulla saatujen tietojen olevan pitkällä aikavälillä hyödyllisempiä kuin strategisesti riskialttiimpien salaisten operaatioiden työ, joka voisi kääntyä poliittisesti. Hänen esimiehensä ja mentorinsa DDP Wisnerin johdolla CIA järjesti tällaisia salaisia operaatioita, jotka johtivat Iranin hallituksen vaihtamiseen vuonna 1953 ja Guatemalan vuonna 1954 ja sekaantumiseen
Kongossa vuonna 1960. Suezin ja Unkarin kriisien aikana vuonna 1956 DDP Wisner oli järkyttynyt liittolaisten uskottomuudesta ja kallisarvoisen kylmän sodan tilaisuuden menettämisestä. Wisner lähti vuonna 1958. Päällikkö Dulles nimitti Richard Bissellin uudeksi poliisipäälliköksi. Hän oli johtanut U-2-vakoilukoneen.