Blue Marlin ja sen sisarlaiva olivat Norjan Oslon Offshore Heavy Transport -yhtiön omistuksessa rakennusvaiheesta huhtikuussa 2000 ja marraskuussa 1999 Dockwiseen ostettuun 6. heinäkuuta 2001 asti. Yhdysvaltojen laivasto palkkasi Blue Marlinin Offshore Heavy Transportista siirtääkseen hävittäjän takaisin Yhdysvaltoihin sen jälkeen, kun sotalaiva oli vahingoittunut.
Al-Qaidan itsemurhapommittajat ankkuroivat sen Adenin satamaan. Vuoden 2003 loppupuolella Blue Marlinissa tehdyn työn ansiosta sen kapasiteettia lisättiin ja siihen lisättiin kaksi vetettävää moottoria, jotka paransivat ohjautuvuutta. Alus palasi palvelukseen tammikuussa 2004. Näiden parannusten jälkeen Blue Marlin toimitti 60 000 tonnin painoisen Thunder Horse PDQ -öljyalustan Corpus Christiin Teksasiin valmistettavaksi.