Hän palasi Englantiin vuonna 1642 ja palveli lyhyen aikaa parlamentaarisessa armeijassa, jossa hän johti sairaan isänsä hevosjoukkoa. Huhtikuussa 1643, isänsä kuoleman jälkeen, hän karkasi Oxfordin kuninkaan puolelle. Hän liittyi Cavaliereihin ja taisteli Bristolin, Gloucesterin ja Newburyn taisteluissa.
Vuonna 1643. Newburyssa hän haavoittui käsivarteen ja reiteen, ja hänen hevostaan ammuttiin hänen alapuolelleen. Hän palveli lännessä seuraavana kesänä ja talvena Cropredy Bridgessä ja Lostwithielissä vuonna 1644. Joulukuussa 1644 hän meni naimisiin lady Penelope O'Brienin kanssa (Thomondin 5. jarlin ainoa tytär) ja heillä oli kaksi tytärtä. Hän oli Ranskassa taistelun myöhäisvaiheessa. Vuonna 1646 hän palasi Englantiin ja hankki kiinteistöjä. Yksityinen haastattelu Kaarle I:n kanssa, kun hän kulki Ampthillin kautta Hampton Courtin kesällä 1647, sai hänet tekemään viimeisen ponnistelun kuninkaan puolesta, ja heinäkuussa 1648 hän liittyi George Villiersin, 2. Buckinghamin herttuan ja Henry Richin, 1. Hollannin herttuan kanssa nostamaan kuninkaallista lippua Dorkingissa. Suunnitelma oli vallata Reigate, mutta se petettiin, ja kapinalliset ajettiin takaisin Kingstoniin, ja lopulta hajotettiin Harrow'n naapurustossa parlamentaaristen joukkojen toimesta (7 heinäkuuta). Mordaunt haavoittui vakavasti, mutta pakeni Antwerpeniin ja palasi seuraavana vuonna Englantiin ja palasi omaisuuksiinsa (toukokuu 1649).