Ishii siirtyi uransa jälkeen Kashima Antlersin valmentajaksi vuonna 1999. Hän toimi pääasiassa fyysisenä valmentajana. Heinäkuussa 2015 manager Toninho Cerezo erotettiin ja Ishii tuli uudeksi manageriksi. Hän oli klubin japanilainen johtaja ensimmäistä kertaa 21 vuoteen Masakatsu Miyamoton jälkeen vuonna 1994 (lukuun ottamatta hoitajaa Takashi Sekizukaa vuosina 1998 ja 1999). Lokakuussa se voitti J.League Cupin. Vuonna 2016 se voitti J1 -liigan ja pääsi vuoden 2016 klubipalkinnon.
- Mitä? Hänet valittiin myös J.League Manager of the Yeariksi. Klubi-maailmancupissa se oli ensimmäinen aasialainen joukkue, joka pääsi klubi-maailmancupin finaaliin. Finaalissa, jossa Real Madridiin vastattiin 90 minuutin kuluttua 2-2 tasapeliä, se voitti 4-2 lisäajan jälkeen. Hänet erotettiin toukokuussa 2017.