William yritti parantaa asemaansa naimalla vuonna 1677 ensimmäisen serkkunsa Maryn, Yorkin herttuan, myöhemmin Englannin kuninkaan James II: n (Skotin James VII) vanhemman selviytyneen tyttären. Mary oli yksitoista vuotta nuorempi ja hän ennakoi vastustusta Stuart-otteluun Amsterdamin kauppiailta, jotka eivät olleet pitäneet hänen äidistään (toinen Mary Stuart), mutta William uskoi, että Maryn naiminen lisää hänen mahdollisuuksiaan menestyä Charlesin valtakuntiin ja vetäisi Englannin monarkin pois hänen pro-Ranskan politiikastaan. James ei ollut taipuvainen suostumaan, mutta Charles II painostaa veljeään suostumaan. Charles halusi käyttää avioliiton mahdollisuutta voittamaan sodan neuvotteluissa, mutta William vaati, että molemmat päättivät olla erikseen.
Hän meni naimisiin serkkunsa Maryn kanssa vuonna 1677.