Kun Wilkes palasi Yhdysvaltoihin vuoden 1942 puolivälissä, hän kävi Naval War Collegessa, josta hänestä tuli uuden kevyen risteilijän komentaja, joka vei hänet Välimereen osallistumaan Sisilian hyökkäykseen heinäkuussa 1943. Elokuusta 1943 lähtien amiraali Wilkesilla oli amfibiojoukkojen komennot Englannissa ja Ranskassa. Hän oli tärkeä osa valmistautumista Normandian hyökkäykseen kesäkuussa 1944 ja Etelä-Ranskan hyökkäykseen.
Kaksi kuukautta myöhemmin. Kun liittoutuneiden maahyökkäys siirtyi Saksaan, Wilkes oli vastuussa Yhdysvaltain satamista ja tukikohdista Ranskassa ja auttoi hyökkäystä materiaalisesti logistiikan hallinnoinnilla.