Hoover nimitettiin Keski-Tyynenmeren maa-alueen ilmavoimien komentajaksi elokuussa 1943 ja pysyi siinä komennossa joulukuuhun asti, jolloin hänen komennonsa nimitettiin ensin Keski-Tyynenmeren ilmavoimien komentajaksi ja sitten Keski-Tyynenmeren eturivin komentajaksi. Hän palveli laivaston amiraali Chester Nimitzin alaisuudessa Tarawan, Kwajaleinin ja Eniwetokin aikana.
Gilbert- ja Marshallsaarilla ja Saipanilla, Guamilla Mariana-saarilla ja Palauilla. Hoover organisoi komennonsa alueen tulevien laivaston operaatioiden tehokkaimmaksi tukemiseksi ja johti voimakasta maa-ohjusryhmäänsä syvälle vihollisalueelle pommittaen ja aseistamalla vihollisen pelottavia puolustuksia rohkeissa hyökkäysoperaatioissa, jotka pehmensivät olennaisesti tavoitteita hänen etsintä- ja tiedustelu koneidensa suojassa eteneville amfibihyökkäysjoukkoille. Hän sai toisen merivoimien erinomaisen palvelun mitalin palveluksestaan näissä kampanjoissa.