Seuraavassa Britanniassa pidetyssä kisoissa, jossa McLaren toi uudistetun version autostaan, heidän McLaren MP4/11B: nsa, Häkkinen saavutti kauden ensimmäisen podiumin kolmannella sijalla. Hän kuitenkin vetäytyi seuraavasta Saksassa pidetystä kilpailusta vaihteiston vikaan. Tämä merkitsi käännekohtaa Häkkinen kaudella, kun hän lopetti seuraavat kolme kilpailua, mukaan lukien peräkkäiset kolmannet sijat Belgiassa
ja Italiaan. Syyskuussa ilmoitettiin, että Häkkinen pysyy McLarenissa vuodeksi 1997, koska hän oli aiemmin ollut yhteydessä Williamsille ja Benettonille. Hän vetäytyi edelliseltä kierrokselta Portugalissa, mikä johti törmäykseen joukkuetoverinsa Coulthardin kanssa, vahingoittaen Häkkinen'n etusiipiä ja lopulta johti hänen eläkkeelle siirtymiseensä kilpailun 52. kierroksella. Hän päätti kauden kolmannella sijalla kauden finaalissa, joka pidettiin Japanissa. Häkkinen päätti kauden viidenneksi kuljettajien mestaruudessa, saaden 31 pistettä.