Kun sota uusiutui vuonna 1799, Jourdan johti armeijaansa Reinillä, mutta kärsi jälleen tappion arkkiherttua Kaarle vastaan Ostrachin taisteluissa.
ja Stockach maaliskuun lopulla. Pettyneenä ja terveytensä huonossa kunnossa hän luovutti komennon kenraali André Massénalle. Hän jatkoi poliittisia tehtäviään ja oli 18 Brumairen vallankaappauksen huomattava vastustaja, jonka jälkeen hänet erotettiin viisisadan neuvoston jäseneksi. Pian hän kuitenkin sovitti muodollisesti uuden "régimen" kanssa ja hyväksyi Napoleonin uudet sotilaalliset ja siviilityöt. Vuonna 1800 Jourdanista tuli ratsuväen ja jalkaväen yleinen tarkastaja ja Ranskan etujen edustaja Cisalpinen tasavallassa.