Allen opiskeli Lakeside Schoolissa, yksityisessä koulussa Seattlessa, jossa hän ystävystyi kaksi vuotta nuoremman Bill Gatesin kanssa, jonka kanssa hän jakoi innostuksensa tietokoneita kohtaan. He käyttivät Lakesiden Teletype-terminaalia kehittääkseen ohjelmointitaitojaan useissa aikajako-tietokonejärjestelmissä. He käyttivät myös Washingtonin yliopiston tietojenkäsittelytieteen laitoksen laboratoriota, tekemällä henkilökohtaista tutkimusta ja tietokoneohjelmointia; ainakin kerran vuonna 1971 heidät kiellettiin laboratoriosta heidän etuoikeuksiensa väärinkäytöstä.
Harvardin yliopisto