Hänet nimitettiin mitsimieheksi 21-vuotiaana 28. huhtikuuta 1800. Hänen veljensä Robert Livingston palveli myös Yhdysvaltain laivastossa kirurgina fregatilla vuoden 1812 sodan aikana. Hänen toinen veljensä, Herman, oli purser USS Waspilla ja USS Peacockilla. Jonathon Thorn palveli laivastossa Tripolin sodan aikana.
Hän ilmoittautui vapaaehtoiseksi vaaralliseen retkelle tuhota siepattu fregatti "Philadelphia", joka oli ankkuroitunut puolustetun Tripolin sataman tykkien alla. Vuoden 1804 helmikuun 16. päivänä luutnantti Stephen Decatur johti ketchillä "Intrepid" Tripoliin ja poltti amerikkalaisen aluksen, jotta vihollinen ei voisi käyttää sitä.