Lionel Andrés Messi syntyi 24. kesäkuuta 1987 Rosariossa, kolmanneksi neljästä lapsesta Jorge Messin, terästehtaan johtajan, ja hänen vaimonsa Celia Cuccittinin, joka työskenteli magneettien valmistusleirillä. Isänsä puolelta hän on italialaista ja espanjalaista alkuperää, maahanmuuttajien lapsenlapsenpoika Pohjois-Adriatic Marchen alueelta Italiasta ja Kataloniasta, ja äitinsä puolelta hänellä on ensisijaisesti italialainen alkuperä. Kasvaessaan tiiviissä, jalkapalloa rakastavassa perheessä "Leo" kehitti intohimon urheiluun varhaisesta iästä, pelaamalla jatkuvasti vanhempien veljiensä, Rodrigo ja Matías, ja serkkunsa, Maximiliano ja Emanuel Biancucchi, joista molemmat tulivat ammattilaisjalkapalloilijoiksi.
24. kesäkuuta 1987