Jagodnik oli pitkään ollut Slovenian maajoukkueen jäsen, ja hän debytoi EuroBasketissa 1997. Hän pelasi vielä viidessä Euroopan mestaruussarjassa (1999, 2001, 2007).
, 2009 ja 2011), sekä vuoden 2010 FIBA-maailmanmestaruuskilpailussa.