Vuonna 1811 Stamford Raffles johti onnistuneen hyökkäyksen Jaavaan.
Britannia otti siirtokunnan haltuunsa vuoteen 1816 asti. Raffles asui Buitenzorgin palatsissa Bogorin kukkuloiden lauhkean ilmaston vuoksi, kun taas hän johti suurimman osan neuvoston kokouksista Batavian Rijswijkin palatsissa. Hänen oleskelunsa aikana hän muutti Buitenzorgin palatsin puutarhan englanninkieliseksi puutarhaksi, josta tuli inspiraatio myöhäiselle kasvitieteelliselle puutarhalle.