Jovanovski vaihdettiin 17. tammikuuta 1999 seitsemän pelaajan sopimuksella Vancouver Canucksiin. Hänet lähetettiin Dave Gagnerin, Mike Brownin, Kevin Weekesin ja ensimmäisen kierroksen draftin kanssa vuonna 2000.
(Nathan Smith) vastineeksi Pavel Bure, Bret Hedican, Brad Ference ja kolmannen kierroksen valinta vuonna 2000 (Robert Fried). Jovanovski liittyi Canucksiin franchiseen uudelleenrakentamisen aikana ja vakiinnutti itsensä nopeasti Vancouverin joukkueen huippukehittäjänä. Hänen kykynsä liittyä hyökkäykseen puolustajana täydensi Canucksien nopean pelaamisen tyyliä.