Kirjoita jatko tähän kappaleeseen - Alkuvuodesta 1953 ne siirrettiin Palestiinan arkeologiseen museoon (yleensä nimeltään Rockefeller-museo) Itä-Jerusalemissa ja kuljetuksen aikana ne kärsivät enemmän huonontumista ja vaurioita. Museolla ei ollut riittävästi varoja ja resursseja kääröiden tutkimiseen, minkä seurauksena kääröhuoneen ja varastoalueen olosuhteet jäivät suhteellisen hallitsemattomiksi nykyaikaisten normien mukaan. Museossa oli jätetty suurin osa sirpaleista ja kääröistä ikkunoiden välissä, jolloin kosteus oli jäänyt sinne mukanaan, mikä kiihdytti niiden rappeutumista. Vuoden 1956 sodan aikana
Israelin, Britannian ja Ranskan Egyptin vastaisessa sodassa, Palestiinan arkeologisen museon kääröjä säilytettiin Osmanipankin holvissa Ammanissa, Jordaniassa. Ottomaanipankin holvissa vuosina 1956-1957 olleiden kääröiden väliaikaisen varastoinnin kosteat olosuhteet johtivat kääröiden rappeutumiseen. Olosuhteet saivat kirjakääröihin ja kappaleisiin muodon kehittymään, ja jotkin kappaleet olivat osittain tuhoutuneet tai muuttuneet lukemattomiksi niiden manilankuverteiden liiman ja paperin takia, joissa ne oli säilytetty holvissa. Vuoteen 1958 mennessä huomattiin, että jopa viisi prosenttia joistakin kääröistä oli täysin rappeutunut. Monet tekstit olivat muuttuneet luettaviksi, ja monet pergamentit olivat tummenneet huomattavasti.