Susquehanna otettiin uudelleen käyttöön 20. heinäkuuta 1864 ja se osallistui epäonnistuneisiin hyökkäyksiin Fort Fisheriin, Pohjois-Carolinassa jouluaattona 1864. Kuitenkin helmikuun puolivälissä 1865 kaksinkertainen päämäärä oli valtava joukko, joka lopulta otti tuon Konfederaation linnoituksen.
ja sulki Wilmingtonin, Pohjois-Carolinan, Amerikan konfederaation viimeisen ison sataman. Tuohon aikaan hän oli amiraali Sylvanus William Godonin komennossa. Yksi hänen miehistön jäsenistä, Landman Henry S. Webster, sai kunniamitalin toisessa Fort Fisherin taistelussa.