Vuonna 1991 Kroatian valta-alueilla yli 400 000 kroattia joko siirrettiin pois kodeistaan Kroatian serbisten joukkojen toimesta tai pakenivat väkivaltaa. Sodan viimeisinä päivinä vuonna 1995 yli 100 000 serbiaa pakeni vapaaehtoisesti maasta ennen Kroatian joukkojen saapumista Operation Storm -operaation aikana, jotta heitä ei tuomittaisi oikeuteen Kroatian itsenäisyys sodan aikana tehdyistä perusteettomista teoista. Sodan jälkeen pakolaisten määrä laski noin 250 000:een. Kroatian hallitus on huolehtinut pakolaisista sosiaaliturvajärjestelmän avulla ja vuodesta 1991 lähtien pakolaisten ja pakolaisten toimiston kautta.
Kroatian serbijoukot