Vuoden 1798 loppu ja vuoden 1799 alku merkitsivät toisen liittouman sodan alkua. Noin vuoden kuluttua sen perustamisesta legioonasta oli tullut noin 10 000 henkeä. Uusien taistelujen sarja osoittautui kuitenkin paljon vaikeammaksi, kun ranskalaisvastainen liittoutuminen etenee Italiaan, joka oli nyt menettänyt eliitti-ranskalaiset yksiköt, jotka olivat Napoleonin kanssa Egyptissä. Kaiken kaikkiaan vuonna 1799 legioonat kärsivät merkittäviä tappioita. Vuoden 1799 puolivälissä kenraali Dąbrowskin johtama ensimmäinen legioona taisteli venäläisiä vastaan Trebbia-taistelussa (17-19 kesäkuuta 1799), jossa se kärsi raskaita tappioita (vain kaksi viidestä pataljoonasta selvisi taistelusta, ja Dąbrowski haavoittui). Puolalaiset legioonat taistelivat myös Novin taistelussa.
(17. heinäkuuta 1799) ja toinen Zürichin taistelu (26. syyskuuta).