Hänet nimitettiin kapteeniksi maaliskuussa 1805. Heinäkuussa 1805 hän palautti 22-kannallisen laivaston palvelukseen Välimerellä ja lokakuussa 1806 hän otti komennon 36-kannallisesta laivastosta. Elliot komensi sitä seuraavat kuusi vuotta ja purjehti Itä-Intiaan ja Kiinaan 15. helmikuuta 1807. 8. lokakuuta 1808 hän ajoi takaa ja sieppasi 18-kannallisen ranskalaisen korvetin "Iéna" ollessaan Bengalinlahdella, ja 15. heinäkuuta 1809 "Modesten" veneet ja poisti 8-kannallisen "Tuijneelarin" Sunda-salmen. Elliot osallistui sitten operaatioihin.
Javan valloittamiseksi elokuun ja syyskuun välisenä aikana 1811. Hän otti komennon 38-kannallisesta laivastosta vuonna 1813 ja osallistui Borneon merirosvojen tukahduttamiseen kesäkuussa. Hänen toimensa näiden kampanjoiden aikana herättivät hänen esimiehiensä huomion, samoin kuin hänen avustuksensa eversti McGregorille palauttaessaan Palembangin sulttaanin. Napoleonin sodan päättyminen jätti hänet ilman komentoja, vaikka hän pystyi turvaamaan lähetyksen HMS Victoryn komentajaksi, joka toimi sitten Portsmouthin vartiolaivana 1. toukokuuta 1827 24. tammikuuta 1832. Hänen palveluksensa tällä kaudella ansaitsi Elliotille Clarencen herttuan, tuleva kuningas William IV: n, ylistyksen.