Nikolay Ignatyev syntyi Pietarissa Maria Ivanovna Maltsovan ja kapteeni Pavel Nikolajevitš Ignatjevin lapseksi. Hänen isänsä oli saanut suosiota tsaari Nikolai I: ltä, koska hän oli ollut uskollinen
Decembristin kapina vuonna 1825, ja suurherttua Alexander (myöhemmin tsaari Alexander II) tuki pojan kastetta. Valmistuttuaan Pages-joukkueesta 17-vuotiaana hänestä tuli Venäjän vartijoiden upseeri, joka palveli Hänen majesteettinsa hussar-vartijarykmentissä. Ignatjev nimitettiin sitten päällikökseen ja tuli Viron sotilaspiirin yleisen komennon apulaiseksi. Hänet ylennettiin majuriksi vuonna 1856. Ignatjevin myöhemmässä urallaan hän oli erimielisyydessä kreivi Pjotr Shuvalovin kanssa: toinen sivujen alumni.