Weir voitti nuorisojoukkueet vuosina 1999 ja 2000. Seuraavana kaudella (2000<unk>2001) Weir kilpaili ensimmäistä kertaa seniorina ja tuli kuudenneksi Yhdysvaltain kansallisissa kisoissa huolimatta "huonosta lonkkasänkyvyvaurioista" ja voitti itäiset Sectionals-kisoja seniorina. Hän oli kolmanneksi sijaisena vuoden 2000 Junior Grand Prix -finaalissa, joka tuli kuudenneksi ja toiseksi kahdessa Junior Grand Prix -tehtävässään, mutta voitti 16-vuotiaana kultamitalin
Nuorten maailmanmestaruus. Hän oli kymmenes amerikkalainen, joka voitti juniori-maailman ja ensimmäinen amerikkalainen miesluistelija, koska Derrick Delmore voitti vuonna 1998. Lysacek voitti hopeamitalin; se oli ensimmäinen kerta sitten Rudy Galindo ja Todd Eldredgen vuonna 1987, kun amerikkalaiset miehet tulivat ensimmäiseksi ja toiseksi. Vaikka hän putosi lyhyen ohjelmansa yksinkertaisimmassa hypyssä, kolmoispuolihyppy, Weir sijoittui ensimmäiseksi vapaaseen luisteeseen. Weir sai parhaat taiteelliset pisteet, saadessaan 5.7s esittelyyn vapaa luistelemalla.