Altafini aloitti uransa Italiassa AC Milanilla vuonna 1958, Ruotsin MM-kisojen jälkeen; Milanin agentit olivat huomanneet hänen lahjakkuutensa ja hyökkäysmahdollisuutensa joissakin ystävällisissä otteluissa Italiassa Interia ja Fiorentinaa vastaan valmistautuen tulevaan turnaukseen, jossa Altafini teki maalin. Italian klubi osti hänet 135 miljoonalla liiralla ennen Ruotsin MM-kisoja. Altafini teki maalitöntä debyyttinsä Milanossa 21. syyskuuta 1958, 20-vuotiaana, ja hänen ensimmäisellä kaudellaan hän pelasi 32 ottelua ja teki 28 maalia, voittaen 1958-59 Serie A: n.
Hän onnistui myös saamaan neljä maalia neljässä Coppa Italia -ottelussa. Hän teki kauden loppuun saakka yhteensä 32 maalia 36 ottelussa. Hänen ensimmäinen maali tuli 5. lokakuuta voitolla Bariä vastaan. Altafini oli Coppa Italia -kilpailun kärkipelaaja vuosina 1960 ja 1961, kun hän teki neljä maalia, vaikka Milan ei päässyt kilpailun toiseen kierrokseen. 27. maaliskuuta 1960 hän teki neljä maalia Milanon derbyssä paikallista kilpailijaa Interia vastaan, joka päättyi Milanon voittoon 5:3. Seuraavien kausien aikana Milan onnistui kolmanneksi ja toiseksi, kun Altafini jatkoi 20 maalin kausiarvon saavuttamista. 12. marraskuuta 1961 hän onnistui myös neljä maalia Juventusia vastaan, kun Milan voitti Serie A -sarjan jälleen kaudella 1961-62, jossa Altafini pääsi liigan yhteisenä maalipitäjänä 22 maalilla 33 pelissä Aurelio Milanin rinnalla.