Marcello Lippi tuli Juventuksen valmentajaksi vuoden 1994-95 kauden alussa. Hänen ensimmäinen kautensa klubin johdossa oli menestyksekäs, sillä Juventus voitti ensimmäisen Serie A -mestaruutensa 1980-luvun puolivälin jälkeen sekä Coppa Italia -mestaruuden. Tämän ajan pelaajia olivat Ciro Ferrara, Roberto Baggio, Gianluca Vialli ja nuori Alessandro Del Piero. Lippi johti Juventusia ensimmäiseen Supercoppa Italianaan ja seuraavana kaudella mestaruuteen, voittaen Ajaxin rangaistuksilla Fabrizio Ravanellin Juvenukselle tekemän 1:1 tasapelin jälkeen. Seura ei lepäillyt pitkään Euroopan cupin voittamisen jälkeen: enemmän arvostettuja pelaajia tuotiin joukkoon Zinedine Zidanen, Filippo Inzaghin ja Edgar Davidsin muodossa. Kotona Juventus voitti Serie A -sarjan mestaruudet vuosina 1996-97 ja 1997-98, sekä UEFA: n Super Cupin ja Intercontinental Cupin.
- Mitä? Juvenus pääsi vuosina 1997 ja 1998 Mestarien liigan finaaliin, mutta hävisi Borussia Dortmundille ja Real Madridille. Lippi palasi seuraan vuonna 2001 Carlo Ancelottin erottamisen jälkeen. Hän otti joukkueeseen kuuluisia pelaajia, kuten Gianluigi Buffonin, David Trezeguetin, Pavel Nedvědin ja Lilian Thuramin. Juventus oli myös osa koko Italian Mestarien liigan finaalia vuonna 2003, mutta hävisi Milanille rangaistuspotissa, kun peli päättyi tasapeliin 0:0. Seuraavan kauden päätteeksi Lippi nimitettiin Italian maajoukkueen päävalmentajaksi, mikä lopetti yhden Juventusin historian hedelmällisimmistä valmentaja-aikoista.