John M'Millan, uudistetun presbyteerisen kirkon perustaja, oli John M'Millanin poika, joka polveutui Arndarrochissa pitkään asettuneen perheen haarasta. John syntyi vuonna 1669 Barncauchlaw'ssa, kukkulalomalla Minnigaffin seurakunnassa Kirkcudbrightshire'ssa. Hänen isänsä on kuulemma kaatunut Bothwellin sillalle.
Hänen äitinsä, jonka nimeä ei tiedetä, meni uudelleen naimisiin. M'Millan varttui luultavasti Earlstonissa, Dalryssä, jossa hän kävi seurakunnan koulua ja tapasi monia niistä, jotka olivat kärsineet uskonnollisten vakaumustensa vuoksi. Hän opiskeli Edinburghin yliopistossa ja valmistui mestariksi 28. kesäkuuta 1697. Hän oli joskus John Murreyn, Broughtonin (Cally, Girthonin seurakunta) lairdin, kappeliina.