Kahden kauden jälkeen Boynton vaihdettiin vuoden 2008 NHL: n sisäänkirjauksessa.
Hänet ja Keith Ballardin ohella ja Florida Panthersin toisella kierroksella Olli Jokinen 20. kesäkuuta 2008. Vuosina 2008-09 Boynton saavutti pisteensä takaisin ja keräsi Panthersille 21 pistettä 68 ottelussa. Kauden aikana 27. helmikuuta 2009 Boynton lähetettiin kotiin Panthersin maantiekulusta ja jäi pois kolmesta pelistä kurinpidollisista syistä, jotka paljastuivat myöhemmin kiistan jälkeen valmentaja Peter DeBoerin kanssa.