Khalid Shaikh Mohammed pidätettiin 1. maaliskuuta 2003 CIA:n suorittamassa ratsiassa Rawalpindin esikaupungissa, - joka sijaitsee 15 kilometrin päässä Islamabadista. Mohammed oli vangitsemisensa aikaan al-Qaidan kolmanneksi korkeimmassa asemassa oleva virkamies, ja hän oli ollut suoraan vastuussa syyskuun 11. päivän hyökkäysten suunnittelusta. Muita tapahtumia, joihin Mohammed on yhdistetty, ovat: Wall Street Journal -lehden toimittajan Daniel Pearlin tappaminen, USS Cole -pommitus, Richard Reidin yritys räjäyttää siviililentoyhtiö kengäpommin kanssa ja terroristihyökkäys El Ghriba -synagogassa.
Djerbassa, Tunisiassa. Khalid Shaikh Mohammed on kuvaillut itseään al-Qaidan sotilaskomitean johtajana.