Fenerbahçe liittyi Istanbulin liittoon vuonna 1909, jolloin se sijoittui viidenneksi. Perustajajoukkueeseen kuului Ziya Songülen, Ayetullah Bey, Necip Okaner, Galip Kulaksızoğlu, Hassan Sami Kocamemi, Asaf Beşpınar, Enver Yetiker, Şevkati Hulusi Bey, Fuat Hüsnü Kayacan, Hamit Hüsnü Kayacan ja Nasuhi Baydar. Fenerbahçe pelasi Istanbuliin valloittaneen Royal Navy -joukkojen kanssa
Turkin itsenäisyys sodan aikana. Jotkut brittiläiset sotilaat perustivat jalkapallojoukkueita, jotka nimettiin pelaajien erikoisalan mukaan, esimerkiksi Essex Engineers, Irish Guards, Grenadiers ja Artillery. Nämä joukkueet pelasivat toisiaan vastaan ja paikallisia jalkapallojoukkueita vastaan Istanbulissa. Fenerbahçe voitti monet näistä otteluista.