Vuonna 1940 Gaynes asui Ranskassa, mutta Ranskan taistelun ja saksalaisen miehityksen jälkeen hän pakeni Pyreneille, mutta hänet pidätettiin pian Franco-Espanjan poliisin toimesta. Vapautututtuaan vuonna 1942 Gaynes aikoi palata Alankomaihin liittymään hollantilaiseen vastarintaan natsien valloitusta vastaan, mutta sen sijaan hän matkusti Yhdistyneeseen kuningaskuntaan värväytymään Alankomaiden kuninkaalliseen laivastoon. Huhtikuun 8. päivänä 1943 Gaynes nimitettiin merimiehen värväykseksi ja määrättiin apulaislaivaan, joka oli asemalla Holyheadissa Walesissa. Monikielisyytensä vuoksi (hän puhui hollantia, englantia, ranskaa, italiaa ja venäjää), hänet lähetettiin 1. toukokuuta 1943 Royal Navylle kääntäjänä, joka määrättiin konvoi kommodoreen, joka osallistui heinä- ja elokuussa 1943 operaatio Huskyyn.
Liittoutuneiden hyökkäys Sisiliaan. 1. syyskuuta 1943 Gaynes siirrettiin hävittäjään, joka osallistui tammikuussa 1944 Anzion taisteluun. Tammikuun 1. päivänä 1944 hänet ylennettiin ylikersanttiksi. Anzion taistelun jälkeen HMS "Wilton" määrättiin Adrianmerelle ja jatkoi toimintaa Adrianmeren kampanjan aikana. 14. heinäkuuta 1946 Gaynes vapautettiin kunniallisesti Hollannin kuninkaallisesta laivastosta.