Kirkon ja muun hautausmaan suljettiin vuonna 1923, ja se toimi jonkin aikaa varastotilaksi, jossa säilytettiin muistoesineitä ja hautakiviä, jotka oli tuotu muista hautoista, jotka oli purettu. Kun vuonna 1932 perustettiin nekropolimuseo, kirkon sisustus uudistettiin voimakkaasti. Ikonostaasi purettiin ja seinät ja katto maalautettiin. Suurin osa ikoneista poistettiin, mutta monet historialliset muistomerkit säilytettiin. Kun Dukhovskajan kirkko purettiin vuonna 1937, useita monumentteja siirrettiin museoon, ja seuraavien vuosien aikana useiden kuuluisien historiallisten henkilöiden jäännökset siirrettiin ja haudattiin Pyhän Lasaruksen kirkkoon, mukaan lukien Georgian prinssi Ioane, Viktor Kochubey ja Ekaterina Ilyinichna Kutuzova, Mikhail Kutuzovin vaimo. Muita muistomerkkejä tuotiin Feodorovskaya Lavran kirkosta, Smolenskyn armenialaiskirkosta ja Tsarskoye Selon katolisesta kirkosta. Kreivi Decembristin appipojan jäänteet.
Prinssi Sergei Petrovich Trubetskoy haudattiin uudelleen kirkkoon, mutta hänen muistomerkkiään ei koskaan asennettu.