Kirjoita jatko-osa tähän kappaleeseen - Kommunistisen puolueen vallan kaatumisen jälkeen
Vuonna 1989 Brontosaurusista tuli itsenäinen organisaatio ja rakenneuudistettiin. Järjestö päätti keskittyä vapaa-ajan aktiviteetteihin ja koulutukseen ja välttää osallistumista politiikkaan, joka on niin suosittu muiden Tšekin tasavallan ympäristöjärjestöjen keskuudessa. Vuonna 1992 ryhmä jäseniä lähti ja perusti itsenäisen "Asociace Brontosauran" ("Association Brontosaurus"). Vuonna 1996 Brontosauruksen sisällä kahden ryhmän välinen konflikti melkein hajotti sen; kavalluksen löytyminen pahensi tilannetta entisestään. Konflikti ratkesi pitkälti syksyllä 1999 - 2000, mutta organisaatio oli taloudellisesti vararikossa (entinen johtaja oli tehnyt jälleen yhden väärinkäytön). Valtion budjetti kasvoi vuonna 2001 yli 80 prosenttia.