Kolmen kauden jälkeen hänet vaihdettiin Calgary Flamesiin.
Toisen kierroksen valinta (David Booth). Ensimmäisessä mahdollisuudessaan pelata Stanley Cupin pudotuspeleissä Nilson pääsi finaaliin ja tallensi 11 pistettä 26 pudotuspelissä. Hän pelasi vielä kolme vuotta Calgaryssä.