25-vuotiaana Hoffman värväytyi sisällissotaan. Kun hän ilmoittautui Philadelphiassa 10. elokuuta 1861, hän virallisesti värväytyi samana päivänä yksityissotilaana 72. Pennsylvanian jalkaväkijoukon E-ryhmään (tunnetaan myös nimellä "Fire Zouaves"). Hänet kuljetettiin rykmenttinsä kanssa Virginian osavaltiossa, hän näki taistelun Ball's Bluffin taistelussa (21. lokakuuta 1861), osallistui majuri-generaali Nathaniel P. Banksin liittojoukkojen etenemiseen Winchesterissä ja Yorktownissa ja taisteli Seven Pinesin seitsemän päivän taistelussa.
(tunnetaan myös nimellä Fair Oaks, 31. toukokuuta - 1. kesäkuuta 1862), Savage's Station (29. kesäkuuta 1862) ja Malvern Hill (1. heinäkuuta 1862) ennen kuin ryhtyi taisteluun Antietamin (17. syyskuuta 1862), Fredericksburgin (12. joulukuuta - 15. joulukuuta 1862) ja Chancellorsvillen (30 huhtikuuta - 6. toukokuuta 1863) taisteluissa. 1. lokakuuta 1863 hänet siirrettiin 2. pataljoonan 143. komppaniaan, Yhdysvaltain veteraanien reservijoukkueeseen (tunnetaan myös invalidijoukkueena), ja hänet myöhemmin erotettiin kunniallisesti.