Napoléonin hyökkäys Pohjois-Italiassa aiheutti epäjärjestystä paavinvaltiossa. Tolentinon rauhansopimuksen mukaan paavi Pius VI joutui luovuttamaan Romagnan alueen vasta perustetulle Cisalpin tasavallalle ja tunnustamaan Joseph Bonaparten Rooman suurlähettiläänä. Ensimmäisen koalition hajoamisen jälkeen
, kenraali Bonaparte ja prikaatin kenraali Mathurin-Leonard Duphot järjestivät tasavaltalaisen kapinan, joka johti siihen, että paavin valtion joukot ampuivat Duphotin Joosefin palatsissa.