Manuel Baquedano syntyi Santiagossa ratsuväen eversti Fernando Baquedanon ja Teresa González de Labra y Rosin lapseksi. Hän opiskeli papin Juan Romon koulussa ja Chilen Instituto Nacionalissa. Tuona aikana hänestä tuli elinikäiset ystävät Federico Errázurizin ja Eusebio Lillon kanssa. Baquedano oli vasta 15-vuotias ja vielä koulussa, kun Konfederaation sota
Hän karkasi. Hän pakeni kotoaan heinäkuussa 1838 liittyäkseen sotaan lähteviin joukkoihin. Hän osallistui Yungayn taisteluun vuonna 1839 ja ylennettiin kentällä luutnanttiksi 16-vuotiaana.