Kesäkuun alussa Yamato ja Musashi otettiin uudelleen käyttöön joukkoliikenteeksi, tällä kertaa Biakin saaren varuskunnan ja laivaston puolustuksen vahvistamiseksi osana
Operaatio Kon. Tehtävä peruttiin, kun Ozawan päämajaan saapui uutinen - amerikkalaisten lentotukialusten hyökkäyksistä Mariana-saarille. Sen sijaan Japanin laivasto järjestyi uudelleen ja keskitti suurimman osan jäljellä olevasta taistelujärjestyksestään toivossa ratkaisevasta menestyksestä amerikkalaisia vastaan. Tähän mennessä koko japanilainen laivasto oli kuitenkin jo vähempi ja kokemattomampi kuin Yhdysvaltain Tyynenmeren laivasto. Yamato saattoi 19.-23. kesäkuuta 1944 Ozawan liikkuvan laivaston joukkoja Filippiinienmeren taistelussa, jota amerikkalaiset lentäjät kutsuivat "The Great Marianas Turkey Shoot". Japanilaiset menettivät kolme lentotukialusta ja 426 lentokonetta. Yamaton ainoa merkittävä panos oli virheellisesti tulituksen avaaminen palaavia japanilaisia lentokoneita vastaan.