Hän pelasi ensimmäisen kerran ystävällisessä ottelussa Espanjaa vastaan 12. syyskuuta 1990, ja pelasi harvoin Brasilian puolella 1990-luvun alussa, jolloin hän oli vaihtolaisena vuoden 1994 MM-kisoissa. Hän esiintyi finaalissa Italiaa vastaan, kun Jorginho loukkaantui 22. minuutissa. Sen jälkeen Cafu oli pian vakiojoukkueessa, kun Brasilia voitti Copa Américaa vuonna 1997.
Vuoden 1997 FIFA Confederations Cup -kisoissa ja 1998 FIFA World Cup -kisoissa.