Colfer on voittanut useita palkintoja Kurtin roolistaan. Hänet nimitettiin parhaan rinnakkaisnäyttelijän sarjassa, minisarjassa tai televisioelokuvassa 68. Golden Globe -palkinnolla. Hänen suorituksensa uraauurtavassa roolissa ansaitsi hänelle paikan 2011 Time 100, "Time" 2011 -luettelossa maailman 100 vaikutusvaltaisimmasta ihmisestä. Hän ja muut sarjan säännölliset osallistujat voittivat suosituimman uuden monimuotoisen ensembelin Castin vuonna 2009 Diversity Awardsissa. Vuonna 2010 Colfer palkittiin suosituimmaksi Breakout-näyttelijäksi, suosituimmaksi TV-näyttelijäksi ja Gay / Bi Man of the Year -nimellä homo-viihde-sivusto "AfterElton.com", joka myös arvioi Kurtin kaikkien aikojen seitsemänneksi parhaaksi homo-hahmoksi. "AfterElton.com" sanoi: "Colferin kuvaus Kurtista on, että hän on ottanut hahmon, joka on monin tavoin homo-stereotyyppi... ja muuttanut hänet hyvin pyöristetyiksi ihmisiksi, jotka voivat sekä naurattaa meitä että särkeä sydämemme". Colfer voitti myös vuoden 2010 Choice TV: Male Scene Stealer -palkinnon Teen Choice -palkinnoissa ja oli osa Glee-näyttelijöiden joukkoa, jolle myönnettiin 16. Screen Actors Guild -palkinnon erinomainen suoritus joukon komedia-sarjassa.
- Mitä? Vuoden 2011 Dorian-palkinnoissa Colfer ja hänen näyttelijätärensä Jane Lynch saivat saman palkinnon vuoden TV-komedia-esiintymiseksi. Colferin oman Golden Globe -palkinnon lisäksi vuonna 2010 ohjelma voitti parhaan televisiosarjan - musikaalin tai komedian. Glee sai myös vuoden 2010 ja 2011 GLAAD Media Awards -palkinnon erinomaisesta sarjasta.