Al-Qassam pakeni Haifaan, kun hänen johtamansa Syyrian kapina epäonnistui vuonna 1921. Shai Lachmanin mukaan vuosina 1921-1935 al-Qassam teki usein yhteistyötä Jerusalemin mufti Mohammad Amin al-Husaynin kanssa. He olivat hyvissä väleissä, ja al-Qassamin viralliset nimitykset vaativat muftian ennakkohyväksyntää. Hänen mukaansa yhteistyö lisääntyi vuoden 1929 mellakoiden jälkeen.
Al-Qassamin miehet olivat mukana. He erosivat 1930-luvun puolivälissä, ehkä al-Qassamin itsenäisen aktivismin takia. Kun mufti hylkäsi hänen suunnitelmansa ohjata moskeijan korjaamiseen varattuja varoja aseiden ostamiseen, Qassam löysi tukea arabien kansallismielisen Istiqlal-puolueen. Qassam jatkoi yrityksiään solmia liitto muftiin kanssa hyökkäämään brittejä vastaan. Hän ei onnistunut, sillä mufti, joka johti korkeinta muslimineuvostoa, oli vielä sitoutunut diplomaattiseen lähestymistapaan tuolloin. Qassam jatkoi suunnitelmiaan hyökätä brittien kimppuun yksin.