Erilaiset kiinalaiset dynastiat ovat historiallisesti käyttäneet eriasteista valvontaa ja vaikutusvaltaa osissa nykypäivän Xinjiangia. Alue tuli Kiinan täydellisen hallinnon alaiseksi länteen suuntautuvan laajentumisen seurauksena.
Manchujen johtaman Qing-dynastian, joka myös valloitti Tiibetin ja Mongolian. Tämä valloitus, joka merkitsi Xinjiangin alkua Qing-hallinnon alaisuudessa, päättyi noin vuonna 1758. Vaikka se nimellisesti julistettiin osaksi Kiinan ydinaluetta, keisarillinen hovi piti sitä yleensä kaukaisena maana; vuonna 1758 se nimitettiin rangaistussiirtokunnaksi ja pakkosiirtopaikaksi, ja sen seurauksena sitä hallittiin sotilaallisena protektoraattina, ei integroitu maakunnaksi.