Kun Henrik III kuoli, hänestä tuli nimellisesti Ranskan kuningas. Katolinen liitto kuitenkin vahvistui ulkopuolisen - etenkin Espanjan - tuen myötä, ja se oli riittävän vahva estääkseen hänen uuden tittelinsä yleisen tunnustamisen. Paavi erotti Henrikin ja julisti, ettei hänellä ollut oikeutta periä kruunua. Useimmat katoliset aateliset, jotka olivat liittyneet Henrik III:een Pariisin piirityksessä, kieltäytyivät myös tunnustamasta Navarran Henrikin vaatimusta ja hylkäsivät hänet. Hän ryhtyi voittamaan valtakuntansa sotilaallisella valloituksella englantilaisen rahan ja saksalaisten joukkojen avulla. Liitto julisti Henrikin katolisen setän, kardinaali de Bourbonin, kuninkaaksi, mutta kardinaali oli tuolloin Henrikin vanki. Henrik voitti Arquen ja Ivryn taistelut
Hän ei valloittanut Pariisia vuonna 1590.