1. lokakuuta 2003 yhdistettiin kolme organisaatiota muodostaen uuden JAXA: Japanin avaruus- ja avaruustutkimusinstituutti (ISAS), Japanin kansallinen ilmailulaboratorio (NAL) ja Japanin kansallinen avaruuskehitystoimisto (NASDA). JAXA perustettiin itsenäiseksi hallinnolliseksi laitokseksi, jota hallinnoivat opetus-, kulttuuri-, urheilu-, tiede- ja teknologiaministeriö (MEXT) ja sisäasioiden ja viestinnän ministeriö (MIC). Ennen sulautumista ISAS vastasi avaruudesta ja planeettatutkimuksesta, kun taas NAL keskittyi ilmailutututututkimukseen. NASDA, joka perustettiin 1. lokakuuta 1969, oli kehittänyt raketteja, satelliitteja ja myös rakennut vanhan japanilaismalli.
1 päivä lokakuuta 2003