Napolin uuden managerin Maurizio Sarrin alaisuudessa Hamšík palasi pelaamaan vasemmalla puolella keskikenttäpelaajana Napolin kolmihenkisessä keskikentällä kaudella 2015-16, jonka hän kuvaili suosituimmaksi roolinsa. Elokuun 23. päivänä 2015 Hamšík teki avausmaalin 2 - 1 poissaolevassa tappiossa Sassuololle Serie A -kauden avausottelussa.
- Mitä? 17. syyskuuta hän teki maalin voitossa 5 vastaan 0 Club Bruggen kanssa Europa League -ryhmävaiheessa. Hän teki 300: n ottelunsa Serie A: ssa 6. tammikuuta 2016, jolloin hän teki maalin Torinon 2-1 kotiseurassa. Seuraavassa liigaottelussa 10. tammikuuta hän teki 300: n Serie A -ottelunsa Napolin kanssa 5-1 vierailussa Frosinonen voitossa, kun Napoli lopetti kauden ensimmäisen puoliskon epävirallisena "talven mestarina". Hän merkitsi tilaisuuden tekemällä maalin, hänen 80-vuotisensa Serie A: ssa, jotka kaikki saatiin Napolin kanssa.