Sen lisäksi, että hän keräsi joukkuemitalien, Toni voitti myös useita yksilöllisiä kunniamerkkejä: ensimmäisen Fiorentinassa ollessaan hän voitti "Capocannoniere" -palkinnon (Serie A: n paras maali) kaudella 2005/06, jolloin hän teki 31 maalia (eniten maalia Serie A: n kaudella vuodesta 1958).
), joka myös ansaitsi hänelle Euroopan kultaisen kengän, ja hänestä tuli ensimmäinen italialainen pelaaja, joka on koskaan voittanut palkinnon. Hän oli myös liigan yhteinen maalien tekijä Serie A -kaudella 2014/15, jolloin hänestä tuli vanhin pelaaja, joka voitti palkinnon 38-vuotiaana, 22 maalia. Toni pääsi myös päämaalaajana 2007-08 Bundesligassa, 24 maalia, ja 2007-08 UEFA Cupissa, 10 maalia.