Macdonald liittyi Kanadan kuningattaren omaan kivääriin 13. lokakuuta 1868. Hän vietti vuoden 1866 kesän 14. pataljoonan vapaaehtoisjoukkojen kanssa lähellä Cornwallia, odottaen Fenian hyökkäystä.
- Mitä? Hän nousi ylikersanttinä ennen kuin hänet nimitettiin aliluutnanttiksi 22. huhtikuuta 1870. Macdonald liittyi sitten eversti Garnet Joseph Wolseleyn retkelle ja teki retken Manitoban Red Riverin siirtokuntaan. Wolseley-retkijoukko perustettiin kukistamaan Louis Rielin Red Riverin kapina. Osallistuessaan Upper Fort Garryn verettömään valloitukseen (Rielin lähdön jälkeen) hän palasi Torontolle, mutta osallistui Rielin toisen kapinan tukahduttamiseen. Hän jäi eläkkeelle 26. huhtikuuta 1882 ja muutti Winnipegiin. Pohjois-Länsi-kapinan aikana vuonna 1885 Macdonald palveli luutnanttina 90th (Winnipeg) Rykistyspataljoonissa, jonka yksikön hän auttoi organisoimaan. Myöhemmin hän taisteli Fish Creekin taistelussa Saskatchewanissa.