Täytä seuraava lause: Red Deer Rebels valitsi Phaneufin vuoden 2000 WHL Bantam Draftin kolmannella kierroksella. Vuotta myöhemmin hän liittyi Rebelsille kaudella 2001-02 ja tallensi 32 pistettä 67 pelissä. Hän lisäsi kaksi apuohjelmaa 21 pelissä, kun kapinalliset hävisivät WHL-finaalissa Kootenay Iceä vastaan. Hän parani 3o maaliin ja 42 pistettä vuonna 2002-03, kun kapinalliset jälleen pääsivät WHL-finaaliin, jälleen häviät, tällä kertaa Kelowna Rocketsille. Phaneufin kehitys sai hänet verrattavaksi Hall of Famer Scott Stevensin kanssa, kun hänet ylistettiin partiolaisten fyysisestä tyylistään ja kyvystään erottaa sekä puolustus- että hyökkäysmahdollisuudet. Calgary Flamesin entinen johtaja Darryl Sutter arvosteli Phaneufia.
2003 NHL Entry Draft, jonka hän yritti vaihtaa yhdeksännestä yleisestä valinnasta Draftissa, mutta turhaan. Siitä huolimatta hän pystyi valitsemaan Phaneufin Calgaryn ensimmäisellä valinnalla.