Elizabeth siirrettiin tuomioistuimeen ja kuulusteltiin hänen roolistaan, ja 18. maaliskuuta hänet vangittiin Lontoon tornissa. Elizabeth kiihkeästi vastusti syyttömyyttään. Vaikka on epätodennäköistä, että hän oli juonitellut kapinallisten kanssa, jotkut heistä tiedettiin lähestyneen häntä. Maryn lähin luottamuksellinen, Kaarle V:n lähettiläs Simon Renard väitti, että hänen valtaistuimensa ei olisi koskaan turvallinen, kun Elisabet eli; ja kansleri, Stephen Gardiner, työskenteli saadakseen Elisabetin oikeuden eteen. Elizabethin kannattajat hallituksessa, mukaan lukien lordi Paget, vakuuttivat Maryn säästämään siskonsa, koska häntä vastaan ei ollut kovia todisteita. Sen sijaan, 22. toukokuuta Elizabeth siirrettiin Woodstockin tornissa, jossa hän vietti lähes vuoden Sir Henry Bedingfieldin johdolla.
Lontoon torni