Vuonna 1999 aloitettiin Harry Potter and the Philosopher's Stone -elokuvan (joka julkaistiin Yhdysvalloissa Harry Potter and the Sorcerer's Stone -nimellä), brittiläisen kirjailijan J. K. Rowlingin myydyimmän romaanin elokuva-adaptaatio. Casting-agentit löysivät Watsonin hänen Oxfordin teatterinopettajansa kautta, ja tuottajat olivat vaikuttuneita hänen luottamuksestaan. Kahdeksan koe-esiintymisen jälkeen tuottaja David Heyman kertoi Watsonille ja kollegoille Daniel Radcliffe ja Rupert Grintille, että he olivat valittu koulukavereiden Hermione Grangerin, Harry Potterin ja Weasleyn rooleihin. Rowling tuki Watsonia hänen ensimmäisestä näytöskoeestaan.
Harry Potter ja Viisaiden kivi