Kaksipuoluejärjestelmä päättyi presidentti Ferdinand Marcosin aikana, joka julisti sotilaallisen lain vuonna 1976. Huolimatta kommunistien ja islamilaisten separatistien kapinoiden vahvistamisesta Marcos säilytti maan kiinteän hallinnan, kunnes taloudelliset ongelmat ja pettymys korruptiosta johtivat suurempaan vastustukseen. Vastustajat kokoontuivat Corazon Aquinon ympärille, -
oppositiopoliitikko. Kun Marcos julistettiin voittajaksi ennenaikaisissa vaaleissa vuonna 1986, sotilaalliset ja julkiset mielenosoitukset johtivat kansan vallankumoukseen, joka poisti Marcosin ja asetti Aquinon. Uusi perustuslaki lisäsi presidentin vallan rajoja, mukaan lukien yhden kauden rajoitus. Siitä lähtien on syntynyt epävakaa monipuoluejärjestelmä kansallisella tasolla, jota on haastavat useat kriisit, mukaan lukien useita vallankaappausyrityksiä, presidentin syyttäminen ja kaksi julkista joukkoliikettä. Tässä ajassa myös osa poliittisesta vallasta hajautettiin paikallishallintoon ja perustettiin autonominen Bangsamoro-alue muslimi-Mindanaoon.