Pietarin piirityksen aikana hän komensi 2. prikaattia, 1. divisioonaa, X-joukkoa Chaffin's Farmissa ja sen jälkeen Darbytownin ja New Market Roaden varrella. Jamesin armeija uudelleenjärjesteltiin ja hänen johdostaan tuli 2. prikaatti, 2. diviisi, XXIV korpus, joka liittyi Fort Fisherin retkikuntajoukkoon prikaattigeneraali Alfred H. Terryn johdolla ja osallistui toiseen Fort Fisherin taisteluun.
ja Wilmingtonin valloittamisesta. Vaikka Abbottia ei nimitetty täysimittaiseksi kenraaliluokkaan, 25. tammikuuta 1865 presidentti Abraham Lincoln ehdotti Abbottia nimitettäväksi vapaaehtoisten brevetti-brigadier-generaaliin 15. tammikuuta 1865 alkaen Fort Fisherin valloittamisessa ja Yhdysvaltain senaatti vahvisti palkinnon 14. helmikuuta 1865. Sodan loppupuolella hän toimi Wilmingtonissa Pohjois-Carolinassa.