Historioitsija Nick Cullather kirjoitti, että kaatamalla Árbenzin CIA heikensi omaa alkuperäistä tavoitettaan, joka oli vakaa Guatemalan hallitus. Historioitsija Stephen Streeter totesi, että vaikka Yhdysvallat saavutti tiettyjä strategisia tavoitteita asettamalla "taivuttavan" Castillo Armasin presidentiksi, se teki sen Guatemalan demokraattisten instituutioiden kustannuksella. Lisäksi hän toteaa, että vaikka Castillo Armas olisi todennäköisesti tehnyt ihmisoikeusloukkauksia ilman Yhdysvaltojen läsnäoloa, Yhdysvaltain ulkoministeriö oli varmasti auttanut ja kannustanut prosessia. Aiempien siviilihallitusten edistyksellisen politiikan taantuminen johti 1960-luvulta alkaviin vasemmistolaisiin kapinoihin maaseudulla. Tämä aiheutti Guatemalan sisällissodan.
Yhdysvaltojen tukeman Guatemalan sotilashallituksen ja vasemmistolaisten kapinallisten välillä, jotka usein ylpeilivät huomattavalla seuraajalla kansalaisten keskuudessa. Vuosina 1960-1996 kestänyt konflikti aiheutti 200 000 siviilin kuoleman. Vaikka siviilejä vastaan tehtiin rikoksia molemmin puolin, 93 prosenttia näistä julmuuksista tehtiin USA:n tukemilla armeijoilla. Näihin rikkomuksiin kuului kansanmurhainen poltetun maan kampanja alkuperäiskansoja vastaan 1980-luvulla. Historioitsijat ovat syyttäneet sisällissodan väkivaltaa vuoden 1954 vallankaappaukseen ja sen aiheuttamaan "kommunisminvastaiseen vainoharhaan".