Vuonna 2002 hän voitti Kenian kilpailuissa vuoden 2002 IAAF:n maailmanmestaruuskilpailuissa.
Nuorisojoukkue. Dublinissa pidetyssä Maailman risteilymestaruuskilpailussa Kipchoge sijoittui viidenneksi yksilökilpailussa ja oli osa Kenialaista juniorijoukkuetta, joka voitti kultaa. Kipchoge voitti myös 5000 metrin juoksun Keniassa vuoden 2002 juniori-mestaruuskilpailussa, mutta sairastui ja jäi mestaruudesta pois. Vuonna 2003 IAAF World Cross Country Championships hän voitti juniori kilpailu.