Kirjoita jatko tähän kappaleeseen - Vuonna 1985 huonosta terveydentilasta (erityisesti vakavasta niveltulehduksesta selässä) johtuen Kubelík vetäytyi kokopäiväisestä kapellimestaruudesta, mutta kommunismin kaatuminen
Hänet kutsuttiin vuonna 1990 takaisin johtamaan Tšekin filharmoniaa Prahan kevätfestivaalilla, jonka hän oli perustanut. Hän nauhoitti Smetanan "Má Vlastin" suorana Tšekin filharmonikon kanssa Supraphonille. Hän myös nauhoitti Mozartin "Pragan" sinfonian ja Dvořákin "Uuden maailman" sinfonian festivaalilla. "Uuden maailman" harjoittelun aikana hän sanoi Tšekin filharmonialle: "Olen iloinen kuullessani tämän. Olen aina halunnut sen kuulostavan tältä, mutta en ole koskaan löytänyt sitä millään muulla orkesterilla. Tuo kahdeksas [nota] on mahtava!"