Hän komensi rulla fregattia Pohjois-Atlantin sulkujoukkueessa vuonna 1864-65, ja amiraali Porterin laivueen diviisiota kahdessa Fort Fisherin taistelussa joulukuussa 1864 ja tammikuussa 1865
- Mitä? Thatcher nimitettiin sitten Länsi-Persianlahden laivueen komentajaksi, joka aloitti välittömästi operaatiot yhteistyössä kenraali Canbyn, Länsi-Mississippin armeijan komentajan kanssa Mobile'n valloittamisessa Alabamassa. Lyhyen ja voimakkaan pommituksen jälkeen Unionin armeija valloitti Espanjan linnan ja Fort Blakeleyn 9. huhtikuuta 1865. Kun kaupungin tärkeimmät puolustukset olivat kadonneet, konfederaation joukot evakuoivat Mobileen 12. huhtikuuta. Kenraali Granger ja konterimiraali Thatcher vaativat virallista antautumista, ja kaupunki otettiin haltuunsa.