São Tomé ja Príncipe osallistui kesäpuoliolympialaisiin Rio de Janeirossa Brasiliassa 7.-18. syyskuuta 2016. Maan osallistuminen Rion olympialaisiin merkitsi sen debyyttiä neljän vuoden välein järjestettävässä tapahtumassa, vaikka se oli kilpaillut kesäolympialaisissa kuusi kertaa vuoden 1996 olympialaisten jälkeen. Valtuuskunta koostui yhdestä lyhyen matkan juoksijasta, Alex Anjosista, joka valittiin São Tomén ja Príncipen lipunkantajaksi avajaisseremoniaan.
- Mitä? Anjos hylättiin miesten 100 metrin (T47) juoksusta myöhästymisen vuoksi ja hän ei päässyt miesten 400 metrin (T47) juoksun finaaliin, koska hän ei onnistunut asettamaan riittävän nopeaa kierrosaikaa.