Clinton myönsi, että USS Colen pommituksen jälkeen
Hänen hallintonsa valmisteli taistelusuunnitelmaa - sotilaallisen operaation toteuttamiseksi Afganistanissa - Talibanin kukistamiseksi ja bin Ladenin etsimiseksi. Suunnitelmia ei koskaan toteutettu, koska Clintonin mukaan CIA ja FBI kieltäytyivät todistamasta, että bin Laden oli vastuussa pommi-iskusta vasta sen jälkeen, kun hän jätti virkansa ja armeija ei voinut saada tukikohtia Uzbekistanissa. Clinton kritisoi Bushin hallintoa Afganistanin suhteen sanoessaan: "Meillä on hallitus, joka pitää Afganistania seitsemänneksellä niin tärkeänä kuin Irakia". Clinton sanoi myös, että hänen hallintonsa jätti suunnitelmat ja kattavan terrorisminvastaisen strategian uudelle Bushin hallintolle tammikuussa 2001.