Osama bin Laden perusti vuonna 1988 Egyptin islamilaisen Jihadin johtaja Ayman al-Zawahirin neuvonpidolla Al-Qaidan (arabianki: القاعدة, joka tarkoittaa "pohjaa"), islamilaisen jihadistisen liikkeen, jonka tarkoituksena oli korvata länsimaiden kontrolloimat tai dominoimat muslimimaat islamilaisilla fundamentalistisilla hallituksilla. Tämän tavoitteen saavuttamiseksi bin Laden julkaisi vuonna 1996 manifestin, jossa hän vannoi väkivaltaista jihadia Saudi-Arabiassa sijaitsevia Yhdysvaltain sotilasjoukkoja vastaan. Elokuun 7. päivänä 1998 Al-Qaidan ja Egyptin islamilaisen jihadin kanssa yhteydessä olevat henkilöt räjäyttivät samanaikaisesti kaksi Yhdysvaltain suurlähetystöä Afrikassa
Se aiheutti 224 kuolemaa. 12. lokakuuta 2000 Al-Qaida suoritti USS Cole -pommituksen, itsemurhapommituksen USS "Cole" -hävittäjälle, joka sijaitsi Jemenin Adenin satamassa. Pommituksessa kuoli 17 amerikkalaista merimiestä.