Uusi sotilaallinen hallitus, joka nimesi itsensä Proceso de Reorganización Nacionaliksi, yritti aluksi lopettaa sissijoukkojen kampanjat, mutta kansakunta laski nopeasti kansalaiskriisiin. Terroristijärjestöt ja gerilaliikkeet kohtasivat usein valtion terrorin ja yleisen vainoharhaisuuden sekoitusta. Siviiliväestö joutui nyt poliisivaltioon - vainoharhaisen ja julman sotilasdiktatuurin ja väkivaltaisten kommunististen kapinallisten välille. PRN kutsui tätä ajanjaksoa " Likaiseksi sodaksi" - termi, jonka juristit kieltäytyivät käyttämästä vuoden 1985 Juntas-oikeudenkäynnissä. Batallón de Inteligencia 601 (601. tiedustelupataljoona) tuli pahamaineiseksi tänä aikana. Se oli erikoisjoukkojen tiedustelupalvelu, joka perustettiin 1970-luvun lopulla. Se toimi likaisessa sodassa.
Operaatio Condor, ja purettiin vuonna 2000. Sen henkilökunta keräsi tietoja ja soluttautui sisälle sisimmässään sisällissodankäynnin kohteeksi joutuneisiin kapinallisryhmiin ja ihmisoikeusjärjestöihin sekä koordinoi tappamista, sieppauksia ja muita väärinkäytöksiä. Yksikkö osallistui myös nicaragualaisten Contras-joukkojen koulutukseen Yhdysvaltain avustuksella, myös John Negropontelta.