Ueda aloitti kauden hyvin, kun hän auttoi Kashima Antlersiä pitämään kaksi puhdasta levyä kauden kahdessa ensimmäisessä liigan ottelussa. Ueda onnistui myös palauttamaan ensimmäisen joukkueen paikkansa pelaamalla keskustaustaustajan asemassa. Shonan Bellmarea vastaan 16. huhtikuuta 2016 voitetun ottelun jälkeen hän itki ottelun jälkeisessä haastattelussa ja omisti voiton perheelleen ja ihmisille, jotka olivat tilanteessa Kumamoton maanjäristyksissä. Ueda auttoi myöhemmin joukkuetta pääsemään ensimmäiselle sijalle liigan ensimmäisessä vaiheessa. Hän joutui kuitenkin pian varainpenkille lopun kauden 2016 ajaksi. Tästä huolimatta Ueda jatkoi Kashima Antlersin ensimmäiseen joukkueeseen osallistumista ja auttoi joukkuetta pääsemään kärkeen. Vaikka hän teki yhden esiintymisen mestaruuskilpailussa, se voitti liigan pelattuaan molempia jalkoja voittaakseen Urawa Red Diamondsin 2<unk>2 yhteensä vieraiden maalien kautta. Ueda esiintyi kolmessa neljästä ottelusta FIFA Club World Cupissa.
, kun hän auttoi Kashima Antlersiä pääsemään finaaliin, mutta hävisi 4-2 Real Madridia vastaan. Vaikka Ueda ja Gen Shoji hävisivät finaalissa, mediat sekä Japanissa että sen ulkopuolella ylistivät heidän keskustapuolustaja-kumppanuuttaan. Ueda pelasi sitten seuraavat kaksi ottelua päihittämällä Sanfrecce Hiroshiman ja Yokohaman F. Marinosin pääsemään keisarin cupin finaaliin. Hän aloitti sitten finaalissa, aloittaen koko pelin, 2-1 voitossa Kawasaki Frontalea vastaan. Vuoden 2016 kauden lopussa Ueda teki 31 ottelua kaikissa kilpailissa.