Vuonna 637, pian sen jälkeen kun Jerusalem oli valloitettu muslimiarmeijoilla, 'Umar ibn al-Khattāb, toinen kalifi, lupasi, että synnytyksen kirkko säilytettäisiin kristilliseen käyttöön. 1189 Kreikkalaisen kuningaskunnan aikana Betlehemiin rakennettiin moskeija, joka oli omistettu Umarille, paikalle kaupungissa, jossa hän rukoili, kirkon vieressä. Betlehemi siirtyi sitten Umayyadin islamilaisten kalifaattien valvontaan 800-luvulla, sitten Abbasidit 900-luvulla. Persian maantieteilijä kirjoitti 900-luvun puolivälissä, että kaupungissa oli hyvin säilynyt ja paljon kunnioitettu kirkko. 985 arabimaantieteilijä al-Muqaddasi vieraili Betlehemiin ja viittasi sen kirkkoon nimellä "Basilica of Constantine, which does not equal the Nativity of Christian anywhere in the country".
Latinalaiset papit