E3 2015 -tapahtumassa ilmoitettiin, että Konami oli jatkanut lisenssiään UEFA Champions Leaguelle, UEFA Europa Leagueen ja UEFA Super Cupille vuoteen 2018. Gamescom 2015: ssä ilmoitettiin, että Konami oli hankkinut yksinoikeuden tulevalle UEFA Euro 2016: lle. Se ei kuitenkaan ollut osa peliä alusta alkaen, ja se julkaistiin lopulta päivityksessä 24. maaliskuuta 2016. "Pro Evolution Soccer 2016" sisältää Ligue 1, La Liga, AFC Champions League, UEFA Champions League, UEFA Europa League, UEFA Super Cup
, Copa Libertadores, Copa Sudamericana (2014 ja 2015 vuodenajat), Recopa Sudamericana, lisensoimaton Serie A, jossa on 19 lisensoitua joukkuetta, lisensoimaton Premier League, jossa vain Manchester United on lisensoitu, 3 joukkuetta Bundesligasta (Bayern München, Wolfsburg ja Borussia Mönchengladbach), mutta ei vielä liigan sijaisia, lisensoimaton Football League Championship, lisensoimaton Serie B, lisensoimaton Portugalin liiga (vain Benfica, Sporting CP ja Porto olivat lisensoituja), Ligue 2, Liga Adelante, lisensoimaton brasilialainen liiga, lisensoimaton chililainen liiga (jossa vain joukkueet kilpailevat Copa Libertadoresissa ja Copa Sudamericana lisensoituina), Eredivisie, lisensoimaton argentiinalainen liiga (jossa vain joukkueet kilpailevat Copa Libertadoresissa ja Copa Sudamericana lisensoituina) ja 4 joukkuetta Brasilian toisessa divisjonissa (Vitória, Bahia, Botafogo ja Criciúma).