Uuden valmentajan, Alfio Basilen, johdolla Zanetti kutsuttiin ystävälliseen otteluun Ranskaa vastaan 7. helmikuuta 2007. Hän pelasi loistavasti ja auttoi Javier Saviolaa saamaan pelin ainoan maalin, joka antoi Argentiinalle ensimmäisen voiton Basilen toisen johdon aikana. Samana vuonna Zanetti oli Argentiinan joukkueen varapäällikkö Copa América 2007 -kisoissa.
, 1999 ja 2004 -turnauksissa, saavuttaen toisen peräkkäisen Copa América -finaalinsa.