Seuraavana kaudella Van Persie allekirjoitti kolme ja puolivuotisen ammattilaisopimuksen Feyenoordin kanssa ja teki viisi maalia 6-1 KNVB Cup -ottelussa AGOVV Apeldoornia vastaan 6. helmikuuta 2003. Kuitenkin hänen managerinsa Bert van Marwijkin kanssa käydyt yhteenotot johtivat Van Persin alentumiseen varajoukkueeseen. Feyenoordin ja Ajaxin varajoukkueiden ottelun aikana hän oli yksi useista Feyenoordin pelaajista, joita huligaanit olivat hyökänneet kentälle. Van Persie ja Van Marwijk erosivat, kun Van Persie lähetettiin kotiin vuoden 2002 UEFA Super Cupin aattona.
Valmentaja oli tyytymätön Van Persien kehonkielen käytökseen, kun hänet pyydettiin lämmittelemään mestaruuskilpailua varten. Van Persie lopetti ensimmäisen täyskautensa, jolloin hän teki kahdeksan maalia yhteensä 28 ottelussa, ja pääsi toiseksi KNVB Cupissa.