Komatsu kuoli 26. heinäkuuta 2011 Osakassa keuhkokuumeeseen liittyviin komplikaatioihin 80-vuotiaana. Viisi päivää ennen hänen kuolemaansa hänen vuosineljänneslehtensä Sakyo Komatsu Magazine julkaisi artikkelin hänen ajatuksistaan vuoden 2011 tsunamista.
- Mitä? Artikkelissa Komtasu ilmaisi toiveensa, että hänen maansa kehittyy katastrofin jälkeen. "Olin ajatellut, etten välitä kuolla jonain päivänä... mutta nyt haluan elää vähän pidempään ja nähdä, miten Japani jatkuu tästä eteenpäin", hän kirjoitti.