Obote lähetti puolustusministerinsä Felix Onaman neuvottelemaan kapinoitsijoiden kanssa. Onama pidettiin panttivankina ja suostui moniin vaatimuksiin, mukaan lukien armeijan huomattavat palkankorotukset ja monien upseerien, myös tulevan presidentin, nopea ylennys. Vuonna 1965 kenialaiset oli kielletty johtotehtävistä hallituksessa, ja tätä seurasi kenialaisten joukkojen poistaminen Ugandasta vuonna 1969 Obote'n johdolla. Pääministeri Obote oli sekaantunut pakkosiirtolaiseen juonessa Idi Aminin kanssa, joka oli aseistettu Ugandan varapäällikkö Idi Aminin kanssa. Kuitenkin kaikki kolme maata pyysi joukkojen tukea brittiläiseltä armeijalta. Kun Obote tuli, hän lähetti puolustusministerinsä Felix Onaman neuvottelemaan kapinoitsijoiden kanssa.
Hän keskeytti perustuslain ja julisti itsensä presidentiksi maaliskuussa 1966.