Sisällissodan syttyessä Capehart jätti lääketieteellisen käytäntönsä Bridgeportissa ja ilmoittautui vapaaehtoiseksi Unionin armeijaan. Hänet nimitettiin 1. Länsi-Virginian ratsuväen rykmentin kirurgiksi 18. syyskuuta 1861. Vuoden 1863 jälkipuoliskolla hän osallistui Gettysburgin, Bristoe Stationin ja Mine Runin taisteluille.
- Mitä? Kenraali Judson Kilpatrickin ja muiden suositusten perusteella Capehartista tehtiin eversti ja hän seurasi Nathaniel P. Richmondia, joka erosi terveysongelmien vuoksi, rykmentin komentajana 22. helmikuuta 1864.