Khalid Shaikh Mohammed pidätettiin 1. maaliskuuta 2003 CIA:n suorittamassa ratsiassa Rawalpindin esikaupungissa, - joka sijaitsee 15 kilometrin päässä Islamabadista. Mohammed oli vangitsemisensa aikaan al-Qaidan kolmanneksi korkeimmassa asemassa oleva virkamies, ja hän oli ollut suoraan vastuussa syyskuun 11. päivän hyökkäysten suunnittelusta. Muita tapahtumia, joihin Mohammed on liittynyt ovat: Wall Street Journal -lehden toimittajan Daniel Perlin tappaminen, USS Colen pommitus
Richard Reidin yritys räjäyttää siviililentokone kenkäpommin avulla ja terroristihyökkäys El Ghriban synagogassa Djerbassa, Tunisiassa. Khalid Shaikh Mohammed on kuvaillut itseään al-Qaidan sotilaskomitean johtajana.