Saariston sijaitsee Nazca-levyssä (tektoninen laatta), joka liikkuu itään / kaakkoon ja sukeltaa Etelä-Amerikan levyn alle noin 2,5 tuumaa (6,4 cm) vuodessa. Se on myös Galápagos-lämmön huipulla, paikassa, jossa maankuori sulaa alhaalta mantellipilven avulla, jolloin syntyy tulivuoria. Ensimmäiset saaret muodostuivat täällä vähintään 8 miljoonaa ja mahdollisesti jopa 90 miljoonaa vuotta sitten. Vanhemmat saaret ovat kadonneet meren alla, kun ne siirtyivät pois mantellipilvestä, nuorimmat saaret Isabela, Fernandina ja Fernandina ovat edelleen aktiivisia.
18 pääsaarta