Peiper tapasi viimeisen kerran Himmlerin hänen väliaikaisessa päämajassaan. Sen jälkeen hän taisteli operaatiossa Etelätuuli. Hänen yksikkönsä osallistui operaatioon " Kevätherääminen ".
, joka epäonnistui. Vaikka Peiperin yksikkö aiheutti runsaasti uhreja, hänen aggressiivisen johtamistyylinsä vuoksi hän menetti monia miehiä. Kun LSSAH pakotettiin 1. toukokuuta Itävaltaan, Peiperin miehille ilmoitettiin Hitlerin kuolemasta. 8. toukokuuta LSSAH sai käskyn ylittää Ennin ja antautua amerikkalaisille joukkoille. Antautumisen sijaan Peiper päätti lähteä kotiin. Amerikkalaiset joukot pidättivät hänet 22. toukokuuta.