Lountzis oli Kreikan alle 16-vuotiaiden juniorijoukkueen kapteeni vuoden 2014 FIBA-Euroopan alle 16-vuotiaiden mestaruuskilpailussa. Hän pelasi myös Kreikan nuorisojoukkueessa FIBA-maailmanmestaruuskisoissa 2015
, 2015 FIBA Europe Under-18 Championship, jossa hän voitti kultamitalin, ja 2. divisioona 2016 FIBA Europe Under-20 Championship Division B, jossa hän voitti pronssimitalin. Hän pelasi myös 2017 FIBA Europe Under-20 Championshipissa, jossa hän voitti kultamitalin.