Palattuaan Wieniin syyskuussa 1791 Baudin jatkoi vaatimuksiaan lähettämisestä Keisarin lipun alla Intian valtamerelle ja Kiinaan, ja tammikuussa 1792 hänelle myönnettiin kapteenin virka Keisarin laivastossa tätä tarkoitusta varten. Alus nimeltään "Jardinière" hankittiin, ja tutkimusretkelle nimitettiin kasvitieteilijät Franz Bredemeyer ja Joseph van der Schot. Ranskan ja Itävallan välisen sodan aiheuttamien viivästysten jälkeen
"Jardinière" lähti Espanjan Malagasta 1. lokakuuta 1792. Hyvän toivon satamasta "Jardinière" purjehti Intian valtameren halki New Hollannin (Australia) rannikolle, mutta kaksi peräkkäistä syklonia esti retkikuntaa tekemästä siellä mitään työtä ja pakotti Baudinin viemään aluksen Bombaihin korjauksiin.