Harold James Nicholson poltti useita upseereita ja kolme vuotta harjoittelijoita - ennen kuin hänet saatiin kiinni Venäjän vakoilusta. Vuonna 1997 edustajainhuone kirjoitti toisen raportin, jossa sanottiin, että CIA:n upseerit tietävät hyvin vähän niiden ihmisten kieltä tai politiikkaa, joita he vakoilevat; johtopäätöksenä oli, että CIA:lla ei ollut "syvyyttä, laajuutta ja asiantuntemusta seurata poliittista, sotilaallista ja taloudellista kehitystä maailmanlaajuisesti". Russ Travers sanoi CIA:n sisäisessä lehdessä, että viiden vuoden kuluttua "tiedustelun epäonnistuminen on väistämätöntä". Vuonna 1997 CIA:n uusi johtaja George Tenet lupasi uuden viraston vuoteen 2002 mennessä. CIA:n yllätys Intian atomipommin räjäyttämisestä - oli epäonnistuminen lähes kaikilla tasoilla. 1998 suurlähetystön pommitusten jälkeen
CIA tarjosi kaksi kohdetta kostoon. Yksi niistä oli Al-Shifa-lääketieteellinen tehdas, jossa oli löydetty jälkiä kemiallisten aseiden lähteistä. Tämän jälkeen päätettiin, että "päätöksellä al Shifan kohdentamisesta jatketaan perinteitä, jonka mukaan Sudania koskeva tiedustelutieto on riittämätöntä". Se sai CIA:n tekemään "olennaisia ja laajamittaisia muutoksia" estääkseen "katastrofaalisen järjestelmällisen tiedustelun epäonnistumisen". Vuosina 1991-1998 CIA menetti 3 000 työntekijää.