Kambodža itsenäistyi vuonna 1953, ja siitä lähtien kahden valtion välinen suhde on ollut ristiriitainen. 1950-luvun lopulla syntyi riita Preah Vihearin temppelin omistuksesta, joka sijaitsee rajan vieressä Dângrêk-vuoristossa. Vuonna 1962 asia siirrettiin Kansainväliseen tuomioistuimeen, joka päätti Kambodžan hyväksi, mutta Thaimaa ilmaisi varaumuksensa lopputulokseen. 1960-luvun puolivälissä oli myös riita Ko Kutin saaren omistuksesta. Nämä kiistat haalistuivat, kun Kambodžassa syöksyi esiin useita konflikteja seuraavien vuosikymmenten aikana ja Khmer Rouge'n tuhoisa hallinto, jonka myötä tuhannet pakolaiset ylittivät rajan. Vuoteen 1981 mennessä yli 250 000 kambodžalaista ja vietnamilaista pakolaista asui 20 leirissä rajan varrella kansainvälisten avustusjärjestöjen ja Yhdistyneiden kansakuntien raja-avustusoperaation tuella. Vietnamin hyökkäyksen jälkeen rajalla syttyi riittämättömiä taisteluja.
Se jatkui 1980-luvulla, kunnes Vietnam vetäytyi maasta vuonna 1989. Yrittäessään estää punaisten khmerien tunkeutumisen Thaimaasta, Kambodža rakensi suuren linnoitetun aidan pitkin rajaa 1980-luvun toisella puoliskolla. Kambodžassa rauhan solmimisen jälkeen 1990-luvun alussa suhteet Thaimaan ovat jälleen kerran heikentyneet Preah Vihearin ja vähäisemmässä määrin Ko Kutin suhteen. Vuonna 1995 perustettiin rajavaliokunta, joka pyrki ratkaisemaan ongelmat rauhanomaisesti, mutta se ei ole edistynyt juuri lainkaan, ja molemmille osapuolille tyydyttävä raja-alueen täysimääräinen määrittäminen on vielä kesken.