Denílson teki debyyttinsä Brasilian maajoukkueessa marraskuussa 1996 19-vuotiaana Kamerunia vastaan. Hänet kutsuttiin joukkueeseen, joka kilpaili vuoden 1998 FIFA: n maailmanmestaruuskilpailuissa, ja hän esiintyi kaikissa peleissä lopulta sijaisiksi; edellisenä vuonna hänet valittiin myös vuoden 1997 Copa América -kisoihin.
ja FIFA:n konfederaatiokisoissa 1997, voittaen molemmat turnaukset ja yhteensä kymmenen ottelua (kaksi maalia).