Hän voitti huikean voiton vuoden 2006 IAAF: n Road Running World Championships -kilpailussa.
Debrecenissä, Unkarissa, 20 km:n juoksun lopussa 56:01 <unk> aika, joka oli toinen vain Haile Gebrselassie maailmanennätyksestä ja oli neljäkymmentä sekuntia nopeampi kuin hopeamitalisti Robert Kipchumba. Eritrealainen voitti ensimmäistä kertaa maailmanmestaruuden. Koska Zersenayllä ei ollut vahvaa sprinttipäätöstä (joka on ratkaisevan tärkeä menestykselle radalla), kommentoijat ehdottivat, että siirtyminen maraton-etäisyydelle vaikutti ilmeiseltä urakehitykseltä, mutta hän vähätteli ajatusta sanoen, että hän ei muuttaisi etäisyyksiä lähitulevaisuudessa. Hän sulki kauden juoksemalla uudenvuoden aattona 10 km: n tiejuoksussa San Silvestre Vallecanassa Madridissa. Zersenay ja Eliud Kipchoge saivat saman ajan 26:54, mutta Kipchoge julistettiin kilpailun voittajaksi. Vaikka tämä oli nopeampi kuin Haile Gebrselassie maailmanennätys 27:02 tuolloin, se ei ollut ratifioitavissa, koska juoksijat hyötyvät kilpailun laskeutumiskäytävästä.