Stone on ollut ehdolla kolmelle Oscar-palkinnolle: Paras naispuolinen näyttelijä "Birdman" ja "The Favourite" sekä Paras naispuolinen näyttelijä "La La Land" -elokuvasta; ja neljä British Academy Film Award: BAFTA Rising Star Award, Paras naispuolinen näyttelijä "Birdman" ja "The Favourite" -elokuvasta sekä Paras naispuolinen näyttelijä pääroolissa "La La Land" -elokuvasta. Hän voitti parhaan näyttelijänaisen palkinnon molemmissa seremoniassa elokuvasta "La La Land". Stone voitti myös parhaan naisnäyttelijän palkinnon komediassa tai musikaalissa 74. Golden Globe -palkinnossa, naisnäyttelijän erinomaisen esityksen pääroolissa 23. Screen Actors Guild -palkinnossa.
Ja Volpi Cupin parhaan näyttelijän palkinnossa Venetsian elokuvafestivaalilla roolistaan "La La Landissa".