Kun ranskalaiset karkotettiin saarelta, Korsika asettui itselleen itsestään hallittavaksi osaksi Brittiläistä imperiumia. Hood käytti San Fiorenzoa laivastonsa ankkurointipaikkana, vaikka siellä ei ollut satama-alueita. Korsiikan vaara mereltä pysyi aina läsnäolevana huolenaiheena; elokuussa 1794 16-kannuinen HMS "Scout" oli saattelemassa Korsikan korallien kalastuslaivastoa Cape Bonilta, kun kaksi ranskalaista fregattia hyökkäsi sen kimppuun ja sieppasi sen. Puolustamaton laivasto hajaantui, ja algerialaiset merirosvot kaappasivat useita veneitä. Miehistöistä tehtiin orjia. Brittiläinen lähettiläs Frederick North sai heidät lopulta vapautetuiksi 48 000 punnalla. Englannin laivasto kukisti Ranskan yritykset tuoda 25 000 sotilasta Korsikaan vuoden 1795 alussa Genovan taistelussa.
, ja saaren lopun brittien miehityksen aikana ranskalaiset merirosvot ja agentit purjehtivat säännöllisesti rannikolle.