Lee vastusti vietnamilaisten hyökkäystä Kambodjaan vuonna 1978. Singaporen hallitus järjesti kansainvälisen kampanjan Vietnamin tuomitsemiseksi ja auttoi punaisia khmerejä, jotka taistelivat vietnamilaista miehitystä vastaan Kambodžan ja Vietnamin sodan aikana.
Vuosina 1978-1989. Lee kertoi muistelmissaan, että vuonna 1982 "Singapur antoi ensimmäiset muutamia satoja AK-47-kiväärejä, käsikranaatteja, ammuksia ja viestintävälineitä" Khmer Rouge -vastarintajoukkoille.