Alexejevin ja entisen sotaministerin, kenraali Kuropatkinin välillä oli jatkuvasti erimielisyyksiä - japanilaisia vastaan käytetyn strategian suhteen. Aleksejev pakotti Kuropatkinin ottamaan aggressiivisemman asenteen, vaikka Kuropatkin vaati puolustussotaa loppuun saakka, kunnes Transsiiberian rautatie oli valmis, mikä toisi lisäjoukkoja ja tarvikkeita. Tsaarin suoran käskyn mukaisesti Aleksejev lähti Port Arthurista 5. toukokuuta 1904 Mukdeniin.
Shahon taisteluissa 5.-17. lokakuuta 1904, hänet vapautettiin komennostaan ja käskettiin palaamaan Pietariin 12. lokakuuta 1904.