Ehkä tunnetuin ja tehokkain salafistinen jihadistiryhmä oli Al-Qaida. Al-Qaida kehittyi Maktab al-Khidamatista (MAK) eli "palvelutoimistosta", joka oli vuonna 1984 perustettu muslimijärjestö, jonka tarkoituksena oli kerätä ja ohjata varoja sekä värvätä ulkomaisia "mujahideenejä" sotaan Neuvostoliittoa vastaan Afganistanissa. Sen perusti Osama bin Laden ja Abdullah Yusuf Azzam Peshawarissa Pakistanissa. Kun kävi ilmeiseksi, että jihad oli pakottanut Neuvostoliiton armeijan luopumaan tehtävästään Afganistanissa, jotkut "mujahideenit" vaativat operaatioidensa laajentamista koskemaan islamistisia taisteluja muissa osissa maailmaa, ja bin Laden perusti Al-Qaidan 11. elokuuta 1988. Jäsenen oli tehtävä lupaus ("bayat"), että hän seuraa esimiehiään. Al-Qaida painotti jihadia "kaukana olevaa vihollista" vastaan, tarkoittaen Yhdysvaltoja. Vuonna 1996 se julisti jihadinsa karkottaakseen ulkomaiset joukot ja etuoikeudet islamilaisilta mailta, ja vuonna 1998 se antoi fatwan, jossa se kehotti muslimeja tappamaan amerikkalaisia ja heidän liittolaisiaan milloin ja missä tahansa. Sen merkittävimpiä väkivaltatekoja olivat
Vuonna 1998 USA:n suurlähetystöjen pommitukset Dar es Salaamissa ja Nairobissa, joissa kuoli yli 200 ihmistä; ja syyskuun 11. päivän hyökkäykset vuonna 2001, joissa kuoli lähes 3000 ihmistä ja aiheutettiin miljardeja dollareita vahinkoa.