Tämän kohdan jatkaminen - Tämän tapahtuman seurauksena Guatemalan ihmisoikeusvaltuutettu Ramiro de León Carpio tuli perustuslain mukaan presidenttinä. Hän nimitti Pérez'n presidentilliseksi henkilöstöpäällikökseen, jonka hän piti vuoteen 1995 saakka. Häntä pidetään Guatemalan armeijan ryhmän johtajana, joka kannatti neuvottelujen avulla ratkaistavaa ratkaisua Guatemalan 30 vuotta kestäneeseen sisällissotaan.
Pérez edusti armeijaa neuvotteluissa sissijoukkojen kanssa. He saivat aikaan vuoden 1996 rauhansopimuksen.