Schiaffino oli kahdeksan vuotta Peñarolissa uruguaylaisessa ligassaan, jonka jälkeen italialainen Serie A -klubi AC Milan osti hänet syyskuussa 1954 tuolloin maailmanennätyksellisen 52 miljoonan liiran hintaan. Hän pelasi 171 ottelua AC Milanin kanssa ja teki 60 maalia. Hän osallistui vuoden 1958 Eurooppa-cupin finaaliin, jossa Milan hävisi Real Madridille 2<unk>3 (aet). Hän oli keskeisten hyökkäävien pelaajien joukossa Milanossa, jota hallitsivat ulkomaiset tähdet, kuten Nils Liedholm ja Gunnar Nordahl. Schiaffino voitti Milanon kanssa kolme kansallista mestaruutta, voitot olivat 1955, 1957 ja 1959.
- Mitä? Schiaffino lähti vuonna 1960 liittymään Romalle, jossa hän pelasi uransa kahden kohtalaisen menestyksekkään kauden aikana, jolloin Roma sijoittui viidenneksi.