Vuonna 1999 Anjouanilla oli sisäisiä konflikteja ja samana vuonna 1. elokuuta 80-vuotias ensimmäinen presidentti Foundi Abdallah Ibrahim erosi, siirtäen vallan kansalliselle koordinaattorille Abe Saidille. Hallitus kaatui armeijan ja laivaston upseerien vallankaappauksessa 9. elokuuta 2001. Mohamed Bajouan nousi pian johtoon, joka otti vallan Komoreilta ja kuun loppuun mennessä hän oli maan johtaja. Vaikka hallitus yritti uudelleen valvoa kapinallisia saaria voimalla, ja tällä hetkellä Afrikan unioni välittää neuvotteluja sovintoa varten. Tämä prosessi on pitkälti valmis, ainakin teoreettisesti. Joidenkin lähteiden mukaan Mohéli palasi hallituksen valtaan vuonna 1998. Vuonna 1999 Anjouanilla oli sisäisiä konflikteja ja samana vuonna 1. elokuuta 80-vuotias ensimmäinen presidentti Foundi Abdallah Ibrahim erosi, siirtäen vallan kansalliselle koordinaattorille Abe Saidille. Hallitus kaatui armeijan ja laivaston upseerien vallankaappauksessa 9. elokuuta 2001. Mohamed Bajouan nousi pian johtoon, joka otti vallan Komoreilta, ja kuun lopussa 1999 hän nousi johtoon.
Vuosi 1997