Vuonna 1953 Dullesista tuli presidentti Eisenhowerin alainen viides päällikkö. John Foster Dulles, Dullesin veli, oli Eisenhowerin ulkoministeri. DDP:n alaisuudessa Helms sai nimenomaisen tehtävän puolustaa virastoa senaattori Joseph McCarthyn uhkaavaa hyökkäystä vastaan, ja myös "totuusserumin" ja muiden "mielenhallinnan" huumeiden kehittämisessä CIA:n kiistanalaisen MKUltra-projektin mukaisesti. Washingtonista Helms valvoi Berliinin tunnelia, vakoilutoimintaa vuosina 1953-1954 - joka myöhemmin tuli sanomalehtien otsikoihin. CIA:n toiminnan osalta Helms katsoi vakoilulla saatujen tietojen olevan pitkällä aikavälillä hyödyllisempiä kuin strategisesti riskialttiimpien salaisten operaatioiden työ, joka voisi kääntyä poliittisesti. Hänen esimiehensä ja mentorinsa DDP Wisnerin johdolla CIA järjesti tällaisia salaisia operaatioita, jotka johtivat Iranin hallituksen vaihtamiseen vuonna 1953 ja Guatemalassa vuonna 1954 sekä puuttumiseen Kongossa vuonna 1960. Suezin kriisin aikana
DDP:n johtaja Wisner järkyttyi liittolaisten uskottomuudesta ja kallisarvoisen kylmän sodan tilaisuuden menettämisestä. Wisner lähti vuonna 1958. Päällikkö Dulles nimitti Richard Bissellin uudeksi poliisipäälliköksi. Hän oli johtanut U-2-vakoilukoneen.