Mutta Zumalacárregui, joka oli tunnettu vakavasta ja hiljaisesta luonteestaan ja vahvoista uskonnollisista periaatteistaan, ei pitänyt partiolaisten häiriömäisestä elämästä, ja kun säännöllisiä joukkoja järjestettiin pohjoisessa, hän liittyi upseerina Gipuzkoan 1. pataljoonaan. Lopun sodan hän palveli säännöllisessä armeijassa. Hänen veljensä Miguel Antonio de Zumalacárregui oli Cádizin aikana, kun Cortes hyväksyi vuoden 1812 perustuslain, ja hänet valittiin Gipuzkoan pääsihteeriksi. Tomas lähetettiin sitten lähetyksillä Cadizissa sijaitsevalle kuninkaalliselle alueelle ja sai komennon kapteeniksi. Tässä asemassa hän osallistui
San Marcialin taistelu elokuussa 1813. Ferdinand VII:n palauttamisen jälkeen hän jatkoi armeijassa ja hänen sanotaan tutkinut huolellisesti sodan teoriaa.