Bouwmeester pelasi Kanadan juniorijoukkueessa kolmessa maailman juniori-mestaruussarjassa. Hänestä tuli Kanadan nuorin pelaaja, kun hän voitti pronssimitalin vuoden 2000 turnauksessa.
16 vuoden iässä, 3 kuukautta. Hän teki kaksi assistia vuonna 2001, jolloin Kanada voitti toisen pronssimitalin. Vuonna 2002 Bouwmeester ja kanadalainen joukkue voitti hopeamitalin, häviämällä mestaruuspelin Venäjälle 5:4.