Täytä seuraava lause: Kesäkuussa 1861 O'Nealille annettiin kapteenin virka ja hän komensi kolme sotilasryhmää. Richmondissa hänet nimitettiin 9. alakunnan majuriksi, ja syksyllä hänet ylennettiin everstiluutnanttiksi. Maaliskuussa 1862 hänet nimitettiin 26. Alabaman jalkaväkirykmentin everstiksi ja komensi tätä rykmenttiä niemimaalla käydyssä taistelussa. Seitsemän mäntyjen taistelussa hänen hevosensa kuoli hänen alapuolellaan, ja hän loukkaantui pahasti luodin palasesta. Hän sai paljon kiitosta suorituksestaan Chancellorsvillen taistelussa. Vuonna 1863 hän komensi prikaatin kenraalimajuri Robert E. Rodesin diviisiossa ja johti sitä Gettysburgin taistelussa, Manassas Gapin taistelussa ja
Kaivoksen taistelu. Alkuvuodesta 1864 hänen rykmenttinsä lähetettiin takaisin Alabamaan värväämään sen tyhjentyneitä rivejä, mutta hänet määrättiin nopeasti Daltoniin, Georgiassa, jossa O'Neal otti komennon prikaattigeneraali James Canteyn prikaatista Tennesseen armeijassa. O'Neal komensi tätä prikaattia Atlantan kampanjan lopulla. Kun kenraaliluutnantti John Bell Hood sai Tennesseen armeijan komennon, O'Neal vapautettiin ja palveli erillisessä tehtävässä lopun sodan ajan. Hänet nimitettiin prikaatin kenraaliksi 6. kesäkuuta 1863, mutta kenraali Robert E. Lee pidätti nimityksen ja presidentti Jefferson Davis peruutti ylennyksen.