Täytä seuraava lause: Heinäkuussa 1999 Jacoby nimitettiin tiedusteluosaston johtajaksi (J2) yhteiseen henkilöstöön. Hän johti tiedustelutietojen tutkimista Balkanin ja Kosovon operaatioista. Operaatiot Pohjoinen ja Eteläinen Vartiointi - jatkoivat lentokieltoalueiden ja Irakin vastaisten pakotteiden täytäntöönpanoa. Lisäksi kiinalaiset takavarikoivat Yhdysvaltain merivoimien EP-3 - tiedustelukoneen Hainanin saarella - törmäyksen jälkeen kiinalaisen hävittäjän kanssa - Etelä-Kiinan meren yllä tapahtuvien operaatioiden aikana ja hyökkäyksen jälkeen
USS "Cole" tapahtui Adenissa, Jemenissä. Jälkimmäinen tapahtuma johti perustavanlaatuiseen muutokseen terrorismin analysointiin ja operatiivisten joukkojen tukemiseen, joka sisällytettiin ehdotettuun terrorismin torjunnan yhteiseen tiedustelutyöryhmään (JITF-CT), joka toimi puolustuspoliisin tiedustelupalvelun osana J-2-yhdistyneen päällikön ohjauksessa. Jacoby kannatti JITF-CT:n rahoituksen lisäämistä 10. syyskuuta 2001 iltapäivällä edustajainhuoneen tiedustelukomitean korkean tason henkilökunnan kanssa. Hän oli Pentagonissa syyskuun 11. päivän 2001 hyökkäyksen aikaan. Hän johti JITF-CT: n asettautumista, oli aktiivinen tiedustelusuunnittelussa maailmanlaajuista terrorismin vastaista sotaa ja sotilaallisia operaatioita Afganistanissa, valvoi J-2-toimintoja Afganistanin taistelutoimien alkuvaiheessa ja oli keskeinen tekijä operatiivisen konseptin kehittämisessä ja puolustamisessa nimeltään "2 Plus 7", joka tuli keskuksena Yhdysvaltain operaatioiden purkamiseen Al-Qaida-organisaatiosta ja hyökkäyksistä sen keskitetty johto ja suunnittelufunktiot. Operaatiot keskittyvät kahteen johtajaan ja seitsemään johtavaan operaation suunnittelijaan. Tämän seurauksena organisaation valmiudet heikkenivät huomattavasti. Jacoby päätti yhden vuoden jatkamisen J-2 -päälliköksi heinäkuussa 2002.