9. syyskuuta 1939 Wehrmacht valloitti Wejherovon. Toisen maailmansodan alkamisen jälkeisen Puolan hyökkäyksen jälkeen Wejherowo liitettiin Natsi-Saksaan ja sitä hallinnoitiin osana Regierungsbezirk Danzigia Reichsgau Danzig-Länsi-Preussin maakunnassa. Natsit murhasivat suurimman osan kaupungin juutalaisista miehityksen aikana.
, kun taas monet paikalliset puolalaiset olivat myös natsien hävittämispolitiikan uhreja.