Fletcher saapui Manukseen 9. lokakuuta 1944 Humboldtinlahdesta valmistautuakseen Leyten hyökkäykseen, johon hän järjesti 12. lokakuuta tarkastuskuljetukset. Hän kattoi heidät, kun he lähettivät veneensä rantaan ensimmäisessä laskeutumisessa 20. lokakuuta ja lähti seuraavana päivänä Uuteen-Guineaan, puhdistaen siten Leyte-lahden ennen suurta taistelua.
- Koska sen hallinta rikkoutui. Hän palasi Leyteen kuljetusten kanssa, jotka kuljettivat vahvistuksia 23. marraskuuta, ja seuraavan kuukauden aikana hän jatkoi Filippiinien vapauttamisen ensimmäistä vaihetta, saattoi saattueita, ampui pre-landing-pommituksia Ormoc Bay ja Mindoroon ja ampui japanilaisia lentokoneita useissa hyökkäyksissä.