Rakitić aloitti La Liga-kauden 2012-13 antamalla avustajan Getafen vastaisessa avajaispelissä. Syyskuun 12. päivänä hän auttoi Piotr Trochowskin kotiottelussa 1-0 voitossa Real Madridia vastaan. Hän teki kauden ensimmäisen maalinsa Deportivo de La Coruña vastaan. Rakitić teki kaksi maalia kauden toisen Sevillan derby-ottelun 20 minuutin alussa Real Betis -joukkueeseen. Tämä oli hänen kolmas maali kauden Sevillan kaupungin kilpailijoita vastaan, kun otetaan huomioon, että hän oli tehnyt myös kauden ensimmäisessä Sevillan derbyssä, kun Sevilla juhli voittoa 5-1. Real Sociedadia vastaan otetussa ottelussa Rakitić lisäsi kaksi maalia, mutta toinen oli oma maali, joka tasoitti ottelun 1<unk>1 jälkeen, kun hän teki ensimmäisen maalin ja antoi kerholleen 1<unk>0 etumatkaa. Vuoden loppuun mennessä hän pelasi yhteensä 42 ottelua ja teki 12 maalia joukkueelle, joista kolme tuli
Copa del Rey. Se on hyvä. Hän myös lopetti kauden tarjoamalla kymmenen assistia. Tilastot osoittivat, että Rakitić loi yhteensä 100 mahdollisuutta, mikä oli neljänneksi kaikista pelaajista Euroopassa sinä kaudella.