Suurin perintö Holderin toimesta oikeusministerinä oli terrorismiapausten siirtäminen siviilioikeuteen. Holderin johdolla oikeusministeriö tuomitsi monia terroristeja liittovaltion tuomioistuimessa, - ja sai tuomiot ja elinkautiset tuomiot useille syytetylle, - mukaan lukien Sulaiman Abu Ghaith (Osama bin Ladenin tiedottaja); Ahmed Ghailani (liittolainen vuoden 1998 Itä-Afrikan pommi-iskuissa) ja Ahmed Ghailani (suhdittelu).
); ja Abu Hamza (al-Qaidan toimija). Faisal Shahzad (Times Squaren pommiyrittäjä) ja Omar Farouk Abdulmutallab (epäonnistunut "alushousu-pommiyrittäjä") myönsivät syyllisyytensä liittovaltion tuomioistuimessa ja tuomittiin elinkautiseen vankeuteen Holderin toimikauden aikana. Holderin toimikauden aikana muut terroristit - mukaan lukien Najibullah Zazi (joka suunnitteli New Yorkin metrohyökkäyksen) ja Ahmed Abdulkadir Warsame (al-Shababin kannattaja) - tunnustivat syyllisyytensä ja tekivät yhteistyötä hallituksen kanssa. Matt Olsen, joka oli National Counterterrorism Centerin johtaja vuosina 2011-2014, kirjoitti vuonna 2015: "Holder osoitti sinnikkyydellään terroristien syytteeseenpanon viisautta ja arvoa siviilituomioistuimissa ja vahvisti tätä lähestymistapaa tuleville hallintoille".