Flensburgissa syntynyt Baagoe liittyi Luftwaffeen ja sai lentäjän koulutuksen. Hänet määrättiin "Zerstörergeschwader" 26 "Horst Wessel" (ZG 26<unk>26th Destroyer Wing) ja lensi ensimmäiset tehtävänsä "Phoney War" -kaudella Englannin kanaalin rintamalla.
- Mitä? Hän saavutti ensimmäisen ilmavoittonsa Ranskan taistelussa 12. toukokuuta 1940. Hän osallistui sitten Britannian taisteluun ennen siirtymistä Välimeren rintamalle. 20. huhtikuuta 1941 Baagoeista tuli yksi lentäjistä, joiden uskotaan pudottaneen Royal Air Forcen huippu-ase Marmaduke Pattlen. 14. toukokuuta Baagoe ammuttiin alas ja kuoli Heraklionissa Kreetalla. Hänet palkittiin kuolemansa jälkeen Rautaseurakunnan ritarikruusilla.