Lukuun ottamatta Australian Grand Prix -kilpailua, jossa molemmilla Ferrarin kuljettajilla oli huonoja pätevyysjaksoja, Berger oli neljän parhaan joukossa pätevyydessä ja kilpailuissa kaikissa jäljellä olevissa Grand Prix -kilpailuissa, mutta huono luotettavuus ja onnettomuudet merkitsivät sitä, että hän pääsi vain kolmeen kilpailuun koko vuonna (kauden puolivälissä puoliautomaattisen vaihteiston ongelmana todettiin, että akku ei ollut tarpeeksi voimakas, joka korjattiin joukkueen sponsorin, sähköasiantuntijoiden Magneti Marellin avulla). Hänen ensimmäiset pisteensä tulivat vasta kun hän pääsi toiseksi 12. kierroksella Italian Grand Prixissä. Hän voitti seuraavan kisan Portugalissa, joka jäi Mansellin ja Sennan onnettomuuden varjoon, ja pääsi sitten toiseksi seuraavassa kisoissa Espanjassa. Nämä kisoja olivat hänen ainoat pisteensä vuodelle, mutta se oli silti tarpeeksi antamaan hänelle seitsemännen sijan mestaruudessa vuoden 1988 kolmannen sijan jälkeen. Ferrarin kehitystyö tuli kuitenkin liian myöhään. Ison-Britannian Grand Prixissä
Alain Prost jätti McLarenin kauden lopussa ja liittyi Scuderiaan, kun taas Berger päätti liittyä McLarenin joukkueeseen, joka Honda V10 -moottoreineen oli tuolloin paras ja nopein joukkue Grand Prix -kilpailuissa.