إكتب استمرار لهذه الفقرة - أصر كيرنان على الانضمام إلى صفوف القتال، وفي هذه الصفة اتعيّن على ما يبدو كرائد في فرقة ميسوري السادسة. في مايو 1863 في بورت جيبسون
في ولاية ميسوري، أصيب في الرئة اليسرى وتركت في الميدان ليموت. تم استرداده وسجنه ، ونجح في الهروب إلى قوات الاتحاد واستقال من منصبه. في 1 أغسطس 1863 ، تم تكليفه كعميد عام للمتطوعين من قبل الرئيس آبراهام لينكولن ؛ قائدًا لموقع في ميلكنز بيند على نهر المسيسيبي. ومع ذلك ، أجبرته سوء الصحة نتيجة جروح ساحة المعركة على الاستقالة في 3 فبراير 1864.