على الرغم من أن البرتغال كانت محايدة خلال الحرب العالمية الثانية ، في ديسمبر 1941 ، احتلت تيمور البرتغالية من قبل قوة بريطانية وأسترالية وهولندية صغيرة ، لمنع الغزو الياباني. ومع ذلك، الغزوا اليابانيين في معركة تيمور
في فبراير 1942. تحت الاحتلال الياباني ، تم تجاهل حدود الهولنديين والبرتغاليين مع جعل جزيرة تيمور منطقة إدارة واحدة للجيش الإمبراطوري الياباني (IJA). 400 من الكوماندوز الأستراليين والهولنديين المحاصرين في الجزيرة بسبب الغزو الياباني شنوا حملة عصابات، واللي ربطت القوات اليابانية وأسفرت عن أكثر من 1000 ضحية. ساعد التيموريون والبرتغاليون المتمردين لكن بعد إجلاء الحلفاء في نهاية المطاف ، كان الانتقام الياباني من جنودهم والميليشيا التيمورية التي نشأت في تيمور الغربية قاسيًا. بحلول نهاية الحرب، مات ما يقدر بنحو 40 <unk> 60،000 تيمور، وكان الاقتصاد في حالة خراب، وكانت المجاعة منتشرة على نطاق واسع. (انظر معركة تيمور).