في سنة ١٨٦١، في بداية الحرب الأهلية، تم تعيينه من قبل قائد الحرس الوطني في نيويورك، العميد جون إف راتبون، ليعمل كقائد طبي في مستودع ألباني. في يونيو 1862، بعد معركة محطة سافاج
مع تراجع جيش بوتوماك مع أطبائه، بقت سوينبورن لتقديم الرعاية لآلاف السجناء الجرحى، سواء كانوا من الاتحاد أو الكونفدرالية. باحترام موقفه المبدئي ، أعطاه قائد الكونفدرالية ستونوال جاكسون تصريحًا ، مع ملاحظة شخصية مصحوبة ، تسمح بزيارات لسجناء الاتحاد. في عام 1864 ، عينه الحاكم هوراشيو سيمور لمنصب ضابط الصحة في ميناء نيويورك ، وفي عام 1867 ، أعاد ترشيحه من قبل الحاكم روبن فينتون ، وخدم ما مجموعه ست سنوات ، حتى عام 1870. خلال إدارته ، على الرغم من تردد المجلس التشريعي في الولاية في تخصيص التمويل ، أشرف على بناء مرافق الحجر الصحي الحديثة في ذلك الوقت على الجزر التي سميت سوينبورن وهوفمان.