اكتب استمرار لهذه الفقرة - بعد ان انفصلت ولاية ميسيسيبي قبل بدء الحرب الاهلية مباشرة، استقال باركسديل من الكونغرس ليصبح مساعد عام، ومن ثم رباعي عام، لميليشيا ميسيسيبي، في رتبة العميد العام، بتاريخ 1 مارس 1861. في 1 مايو ، تم تعيينه عقيدًا في جيش الولايات الكونفدرالية من مشاة ميسيسيبي الثالث عشر ، وهي فوج قاده في معركة بول ران الأولى في الصيف ، ومعركة بولز بلوف في أكتوبر. في الربيع التالي ، أخذ فوجه إلى شبه جزيرة فيرجينيا وحارب في حملة شبه الجزيرة ومعركة سبعة أيام. لما قائد لواءه، العميد ريتشارد جريفيث، أصيب بجروح قاتلة في معركة محطة سافاج
في 29 يونيو 1862، تولى باركسديل قيادة اللواء وقادها في حملة بطولية، لكن دموية وعديمة جدوى في معركة تل مالفيرن. أصبح اللواء معروفًا باسم "لواء باركسديل المسيسيبي". تم ترقيته إلى اللواء في 12 أغسطس 1862.