اكتب استمرار لهذه الفقرة - بعد اغتيال ماكينلي
في سبتمبر 1901، تغير لونغ رأيه، وعرض استقالته على الرئيس روزفلت في 1 مايو 1902. الأسباب الدقيقة لدا هي مش واضحة، لكن عدة عوامل على الأرجح ساهمت. أولاً ، كان لدى روزفلت علاقة وثيقة مع لودج المنافس السياسي لونغ ، وكان معروف أنه اختلف مع لونغ في المسائل البحرية ، ولم يكن يرحب بوجوده في البيت الأبيض. ثانيًا ، أدى التحقيق في أعمال الأدميرال وينفيلد سكوت شلي حول معركة سانتياغو دي كوبا في يوليو 1898 إلى قدر كبير من الانتقادات لدور لونغ في الحرب. ثالثًا، ماتت إحدى بناته في أكتوبر 1901، بعد أقل من شهر من اغتيال ماكينلي. دفعت هذه المسائل لونغ إلى اكتئاب، وتفاقم الوضع أكثر عندما تشاجر روزفلت معه حول بداية الحرب، ثم ألغى بعض قراراته. لاحظ المؤرخ ويندل جاريت أن روزفلت كان له اهتمام شخصي كبير بالبحرية ، وكان لديه صعوبة في العمل مع الوزراء اللاحقين.