اكتب استمرار لهذه الفقرة - العلاقات بين البلدين منذ الانقلاب السوداني عام 1989
كان عندهم صعود وهبوط. وصلوا إلى أسوأ نقطة في سنة 1995، لما كانت عناصر من الحكومة السودانية متواطئة في مؤامرة من قبل جماعة إرهابية مصرية، جاما إسلامية، لاغتيال الرئيس المصري، حسني مبارك، بينما كان في طريقه من مطار أديس أبابا إلى قمة منظمة الوحدة الأفريقية (الآن الاتحاد الأفريقي) في عاصمة إثيوبيا. بحلول نهاية سنة 1999، هبط غضب المصريين تجاه السودان، وزار الرئيس البشير مصر، حيث اتفق الزعيمين على تطبيع العلاقات الدبلوماسية. عاد البشير إلى القاهرة في عام 2002، وفي الوقت ده توسعوا التعاون في مجموعة متنوعة من القضايا العملية. رد مبارك الزيارة عن طريق الذهاب إلى الخرطوم في السنة التالية. في عام 2004 ، ذهب البشير مرة أخرى إلى القاهرة ، حيث وقع الزعيمان على اتفاقية الحريات الأربع التي تتعامل مع حرية الملكية والحركة والإقامة والعمل بين البلدين. كان هناك تعاون في مكافحة الإرهاب ومشاريع التنمية اللي بتستخرج المياه من نهر النيل، واتفقت الحكومتين على إنشاء منطقة تجارة حرة على طول الحدود السودانية المصرية، حيث هيتبادلوا السلع بدون رسوم. أقدر السودان بشكل خاص الدعم المصري اللفظي والمعنوي لسياسته في دارفور. مصر كمان أرسلت قوات لبعثة الأمم المتحدة والاتحاد الأفريقي في دارفور. وصلت الاستثمارات المصرية في السودان إلى 2.5 مليار دولار أمريكي بحلول عام 2008 في حين بلغت الاستثمارات السودانية في مصر حوالي 200 مليون دولار أمريكي. بحلول عام 2010 ، كانت العلاقات المصرية السودانية أفضل مما كانت عليه في سنوات عديدة ، على الرغم من أن العديد من القضايا المتنازع عليها على المدى الطويل ، مثل الوضع المستقبلي لجنوب السودان ، وملكية مثلث الحلب ، واستخدام مياه النيل ، ظلت غير محلولة.