بعد اندلاع الحرب العالمية الثانية ، انضم هونر إلى القوة الإمبراطورية الأسترالية الثانية (2nd AIF) في 24 أكتوبر 1939. في ديسمبر 1939 ، تولى قيادة شركة "C" في الكتيبة 2/11 ، كتيبة مشاة غرب أستراليا ، برتبة قائد. أبحر هونر و كتبته للشرق الأوسط في أبريل 1940 ، ووصلوا في الشهر التالي. بعد التدريب في فلسطين، شركة هونر اتجهت بعد كده للقتال في معارك حملة الصحراء الغربية ضد الإيطاليين في بارديا
، طبرق و ديرنا قبل ما يتم إرسالهم إلى اليونان بعد الغزو الألماني في أبريل 1941. في اليونان ، قاد هونر رجاله خلال سلسلة من الانسحابات القتالية لأنهم تم دفعهم للوراء من قبل القوات الألمانية الأقوى. بعدين تم إجلاؤهم إلى كريت حيث شاركوا في القتال الشديد حول ريتيمو. ثم قاد هونر مجموعة عبر الجزيرة لتجنب الاعتقال ، وبعد لقاء الغواصة التابعة للبحرية الملكية ، تم إجلاؤهم إلى الإسكندرية. تم ترقيته بعد ذلك إلى رائد ، ولقيادته خلال القتال حول ثيرموبيل في الحملة اليونانية السابقة ، حصل على الصليب العسكري.