كتب استمرار لهذه الفقرة - في 1341 سمح الملك جون من بوهيميا للعائلات اليهودية بالعيش داخل أسوار المدينة، وبنى أول كنيس يهودي في 1380؛ ومع ذلك وقعت العديد من المذابح في أواخر القرن الخامس عشر وأوائل القرن السادس عشر. منذ حروب الحوسيين
، كانت المدينة تقليديًا حصنًا للكنيسة الكاثوليكية خلال الصراعات الدينية طويلة الأمد في مملكة بوهيميا. جزء من ملكية هابسبورغ من سنة 1526، بقت بوديجوفيتش مؤيد مخلص للإمبراطور فرديناند الثاني في حرب الثلاثين سنة. Budějovice خضعت للاحتلال القصير من قبل بروسيا خلال الحروب السليزية ، والحرب بين هابسبورغ والجيش الفرنسي في عام 1742.