اكتب استمرار لهذه الفقرة - مع انفصال أحد عشر ولاية جنوبية واندلاع الحرب الأهلية، انضم ميلر لجيش الاتحاد. في 27 أغسطس 1861 ، عيّن الحاكم أوليفر بي مورتون ميلر كولونيلًا في فرقة المشاة التاسعة والعشرين في إنديانا. بعد التدريب ، تم تعيين الفوج لواء كيرك في فرقة ألكسندر إم ماكوك في جيش بويل من أوهايو و سار إلى تينيسي. ميلر شاف العمل في اليوم الثاني من معركة شيلوه
، وكمان خلال حصار كورنثوس اللاحق. قاد ميلر فوجه عبر شمال ألاباما وتينيسي ولاحق براكستون براج عبر كنتاكي. قاد ميلر لواءً تحت قيادة جيمس نيغلي خلال معركة نهر ستونز في أواخر ديسمبر 1862. في اليوم الثاني من المعركة ، قاد ميلر الهجوم المضاد الفيدرالي عبر نهر ستونز الذي صد هجوم الكونفدرالية لجون سي بريكينريدج. خلال الهجوم ده جرح ميلر في الرقبة.