في دورة الألعاب الأولمبية الصيفية 2004 في أثينا، توسعت ستوجانوفسكا برنامجها، حيث سبحت في ثلاثة أحداث فردية. سجلت قياس FINA A من 2: 13.01 (200 متر فراشة) من بطولة أوروبا
في مدريد، إسبانيا، والذي يسمح لها بتضمين سباق 200 و 400 متر حرة في تشكيلة فعالياتها. في اليوم الثاني من الألعاب ، حلت ستوجانوفسكا في المرتبة السابعة والعشرين إجمالاً في سباق 400 متر حرة. سباحة في الحرارة الثانية ، قامت بتطهير حاجز 4:20 عن طريق تسجيل وقت 4: 19.39 لتأخذ البذرة الرابعة على جانيل أتكينسون من جامايكا. في اليوم التالي ، انتهت في المركز الرابع والثلاثين بشكل عام وراء جانا ميشكوفا من جمهورية التشيك بفارق 0.02 من الثانية في التدريبات الصباحية في سباق 200 متر حرة مع وقت 2:04.64. في الحدث النهائي ، 200 متر فراشة ، انتهت ستوجانوفسكا مسيرتها الأولمبية بمسعى في المركز السادس والعشرين ، وفشلت في الوصول إلى نصف النهائي للمرة الخامسة على التوالي منذ عام 2000. السباحة في الحرارة الثالثة ، استكملت حقل من ثمانية سباحين إلى المركز الأخير مع وقت 2: 16.51 ، أي ما يقرب من أربع ثوان من الرقم القياسي الوطني الذي عقدته ميرجانا بوشيفسكا.