في بداية الحرب الأهلية ، عاد هايز إلى الخدمة كعقيد في فوج المشاة التطوعي 63 في بنسلفانيا ، وهو أيضًا يحمل رتبة قبطان في مشاة الولايات المتحدة السادسة عشرة في الجيش النظامي حتى يوم 14 مايو 1861. رجاله عرفوه انه "شجاع كالأسد". خلال حملة شبه الجزيرة ، تم إرفاقه مع فصله إلى اللواء الأول من فرقة كيرني من فيلق هنتزلمان الثالث. حارب في معارك يوركتاون، ويليامزبرج، سبع الصنوبر، محطة سافيج
، و تل مالفيرن. في نهاية معارك سبعة أيام ، تم تعيينه ملازم كولونيل في الجيش النظامي لشجاعته في العمل ، حيث كان هايز قد وجه تهمة حربية مع فوجه إلى خطوط العدو لتغطية تراجع لواءه. ذهب هايز لفترة وجيزة في إجازة مرضية بعد شهر ، يعاني من عمى جزئي وشلل في ذراعه اليسرى ، من الإصابات التي لحقت به من المعركة.