ولد في كيلكيا، مقاطعة كيلداري، أيرلندا، وانتقل شاكلتون وعائلته الأنجلو-أيرلندية إلى سيدنهام في ضواحي جنوب لندن عندما كان في العاشرة من عمره. كانت أول تجربة شاكلتون للمناطق القطبية بصفته الضابط الثالث في بعثة "الاكتشاف" للكابتن روبرت فالكون سكوت في 1901-1904 ، والتي تم إرساله إلى المنزل مبكراً لأسباب صحية ، بعد أن أسس هو ورفاقه سكوت وإدوارد أدريان ويلسون رقمًا قياسيًا جنوبيًا جديدًا من خلال المسيرة إلى خط العرض 82 درجة جنوبًا. خلال بعثة "نمرود"
من 1907-1909 ، أسس هو وثلاثة رفقاء سجل جديد أقصى خط عرض جنوبي عند 88 درجة جنوبًا ، على بعد 97 ميلاً جغرافياً (112 ميلاً قانونية أو 180 كيلومترًا) من القطب الجنوبي ، وهو أكبر تقدم إلى القطب في تاريخ الاستكشاف. كمان، أعضاء فريقه تسلقوا جبل إيربوس، أكبر بركان نشط في أنتاركتيكا. بسبب هذه الإنجازات ، تم تكريم شاكلتون من قبل الملك إدوارد السابع عند عودته إلى الوطن.