في القرنين الثالث عشر والرابع عشر، كانت مقدونيا متنازع عليها من قبل الإمبراطورية البيزنطية، وديسبوتية إبيروس، وحكام ثيساليا، والإمبراطورية البلغارية، لكن التغيير المتكرر للحدود لم يؤدي إلى أي تغييرات كبيرة في عدد السكان. في 1338، تم غزوها من قبل الإمبراطورية الصربية، لكن بعد معركة ماريتسا
في 1371 معظم سادة صرب مقدونيا اعترفوا بالسيادة العثمانية. بعد غزو سكوبيه من قبل الأتراك العثمانيين في عام 1392 ، تم دمج معظم مقدونيا رسميًا في الإمبراطورية العثمانية.