عند اندلاع الحرب العالمية الثانية "آثوس II" كانت لسه على طريق الشرق الأقصى لكن في 1 فبراير 1940 في كولومبو، انضم سيلون إلى قافلة أستراليا / نيوزيلندا، المعينة US1 للسرية ونقل حوالي 13,500 جندي إلى شمال أفريقيا، تحت مرافقة ثم بقيادة. بعد مرورها عبر قناة السويس وعودتها إلى فرنسا ، بدأت "أثوس الثاني" خدمة مرسيليا ومصر وسوريا حتى الهدنة الألمانية الفرنسية في 22 يونيو 1940.
لما تم وضع السفينة في الإسكندرية، مصر جنب سفن فرنسية تانية تم الاستيلاء عليها في قناة السويس والمياه المصرية. بالإضافة إلى السفن التجارية ، كانت هناك قوة بحرية فرنسية ، القوة X ، تحت قيادة الأدميرال رينيه إميل غودفروي التي كانت تعمل مع الأسطول البريطاني من الإسكندرية. بعد سقوط فرنسا مع فرنسا فيشي الخاضعة لسيطرة ألمانية واللي كانت تسيطر على الموانئ الفرنسية، واجه الفرنسيين خيارات الاستمرار مع الحلفاء بقيادة الجنرال ديغول، نزع السلاح أو الغرق من قبل البريطانيين. عمل البريطانيين ضد الأسطول الفرنسي في اوران توقف نزع السلاح ولكن استأنف بعد مزيد من المفاوضات مع انخفاض قوة البحرية الفرنسية الناتجة ، حوالي 4000 رجل ، إلى ثلث. كان ألفين بحار فرنسي قد غادروا الإسكندرية بالفعل عندما سمح لـ "أثوس الثاني" بالبحر في 13 يوليو 1940 مع 1000 فرد متبقي من القوة إكس وبعض أفراد طاقم السفينة التجارية إلى فرنسا. في سبتمبر 1940 أعادت القوات الفرنسية من سوريا ثم أصبحت سفينة الحراسة في الجزائر حتى استولت عليها الحلفاء في نوفمبر 1942 خلال عملية الشعلة.