اكتب استمرار لهذه الفقرة - كان جونستون متحمس بشأن اندلاع الحرب المكسيكية الأمريكية. خدم في فريق الملازم جنرال وينفيلد سكوت في حصار فيراكروز
، بعد ما اختاره سكوت ليكون الضابط اللي بيحمل طلب الاستسلام مسبقاً لحاكم المقاطعة. كان في طليعة الحركة الداخلية تحت قيادة العميد ديفيد إي تويغز وأصيب بجروح خطيرة من طلق ناري أثناء القيام بإستطلاع قبل معركة سيررو غوردو. تم تعيينه ملازم كولونيل بسبب تصرفاته في سيررو غوردو. بعد التعافي في المستشفى الميداني، عاد للجيش في بيبلا. خلال التقدم نحو مكسيكو سيتي ، كان هو الثاني في قيادة "الفوج الأمريكي من فولتيجورز" ، وهي وحدة تتكون من مشاة خفيفة أو مشاجرات. تميز نفسه في كونترراس وتشوروبوسكو ، وأصيب مرة أخرى في شابولتيبيك ، وحصل على ترقيتين لخاطفة الخدمة في الاشتباكين الأخيرين ، وأنهى الحرب كعقيد لخاطفة المتطوعين. (بعد انتهاء الأعمال العدائية ، عاد إلى رتبته في زمن السلم كابتن في المهندسين الطوبوغرافيين). قال وينفيلد سكوت بسخرية إن "جونستون جندي عظيم ، لكنه كان لديه موهبة مؤسفة في إطلاق النار على نفسه في كل مواجهة تقريبًا". أكبر ألم لجونستون خلال الحرب كان موت ابن أخيه، بريستون جونستون. عندما أبلغ روبرت إي لي جونستون أن بريستون قُتل من قبل قذيفة مدفعية مكسيكية في كونترراس ، بكى كل من الضباط ، وحزن جونستون لبقية حياته.