في 13 يوليو 2011 ، أعلن أن جوناثان سيغادر سانتوس للتدريب مع عملاقي سيري أ إنتر ميلان ، بانتظار الانتهاء من عملية النقل. بعد يومين ، في 15 يوليو ، أصبح رسميًا لاعبًا في إنتر ، ووقع عقدًا لمدة أربع سنوات. جوناثان انطلق في انتر يوم 11 سبتمبر 2011 في الاسبوع الثاني من 2011-12 في البطولة الالمانية
لعبت 90 دقيقه كاملة في خسارة 4 بال3 على بعد باليرمو. بعد ثلاثة أيام ، ظهر جوناثان لأول مرة في دوري أبطال أوروبا ، حيث لعب المباراة بأكملها في يوم المباراة الأول ضد فريق Trabzonspor التركي في خسارة 0 <unk> 1 في سان سيرو.