في عام 1935 ، أنشأت الولايات المتحدة ، وفقًا لوعدها بالسيادة الفلبينية الكاملة ، كومنولث الفلبين بعد التصديق على دستور عام 1935 ، والذي أعاد أيضًا الرئاسة. اتعقدت أول انتخابات رئاسية وطنية ، وانتخب مانويل كيزون (1935-1944) لفترة ست سنوات ، دون أي حكم لإعادة الانتخاب ، كالثاني رئيس الفلبين وأول رئيس في الكومنولث. ومع ذلك، في عام 1940، تم تعديل الدستور للسماح بإعادة الانتخاب ولكن اختصر المدة إلى أربع سنوات. حدث تغيير في الحكومة بعد ثلاث سنوات عندما تم تنظيم الجمهورية الفلبينية الثانية مع سن دستور عام 1943 ، والذي فرضته اليابان بعد احتلالها للفلبين في عام 1942 خلال الحرب العالمية الثانية. عمل خوسيه ب. لوريل كرئيس دمية للحكومة الجديدة المدعومة من اليابان ؛ تتداخل رئاسته "الفعلية" ، التي لم يتم الاعتراف بها قانوناً حتى الستينيات ، مع رئيس الكومنولث ، الذي ذهب إلى المنفى. الجمهورية التانية اتحللت بعد استسلام اليابان
إلى الحلفاء في عام 1945؛ تم استعادة الكومنولث في الفلبين في نفس العام مع سيرجيو أوسمينا (1944-1946) كرئيس.