أكمل الجملة اللي جاية: ناغاتومو بدأ موسمه الثاني في إنتر ميلان بلعب 62 دقيقة في البداية
مباراة سيري أ ضد باليرمو ، انتهت بخسارة 4 × 3 على الطريق. في 27 سبتمبر 2011 ، قام ناغاتومو بتقديم مساعدة لجيامباولو بازيني عن طريق ضرب أليكسي بيريزوتسكي قبل قيادة الكرة عبر الهدف خلال فوز 3 × 2 على بعد مقابل تشسكا موسكو في مباراة مرحلة المجموعات الثانية في دوري الأبطال. سجل هدفه الأول في الموسم في 10 ديسمبر 2011 خلال الفوز 2<unk>0 ضد فيورنتينا في يوم المباراة 15 من الدوري الإيطالي سيري أ. كان مرة أخرى في قائمة المباريات بعد ثلاثة أيام عندما سجل هدف ريكي ألفاريز في الفوز 1<unk>0 ضد جنوا. في المباراة الأخيرة من 2011 ضد ليتشي في المنزل ، أنتج ناغاتومو أداء "رجل المباراة" من خلال توفير مساعدتين في فوز 4 × 1.