في ديسمبر 1944 ، مع استمرار القوات الفلبينية والأمريكية المشتركة في تقدمها لتحرير الفلبين من القوات اليابانية ، تم نقل حكومة الجمهورية الفلبينية الثانية ، التي تضمنت أكينو ، إلى باجو. بعد كده، اتنقل جوا اليابان، حيث، مع مسؤولين اخرين، اعتقلوا أعضائه وسجنوا في سجن سوجامو لما استسلم اليابانيون
. في 25 أغسطس 1946 ، أعيد أكينو إلى الفلبين لمحاكمته بتهم الخيانة من قبل محكمة الشعب ؛ بعد بضعة أسابيع تم إطلاق سراحه بكفالة.