في 1806، خفضت السلطات الاحتلالية الفرنسية في هولندا جامعة أوتريخت إلى "école secondaire" (المدرسة الثانوية) ، لكن بعد إنشاء مملكة هولندا المتحدة في 1813 استعادت وضعها السابق. كانت جامعات ليدن، لوفين، غرونينغن، أوتريخت وغنت هي الجامعات الخمسة () للدولة الجديدة. اتحدت جامعتين من الجامعات (لوفين وغنت) بدولة بلجيكا الجديدة بعد انفصال مقاطعتيهما.
من مملكة هولندا المتحدة سنة 1830. نتيجة لذلك، بقيت جامعة أوتريخت واحدة من ثلاث جامعات هولندية فقط. خلال الاحتلال الفرنسي، أمر الملك لويس نابليون ببناء قصر في وسط أوتريخت، واللي بقى في النهاية مكتبة الجامعة في وسط المدينة.