عندما بدأ الاحتلال الياباني للفلبين، تم تنظيم حركة مقاومة في الأرخبيل لشن حرب عصابات ضد قوات الاحتلال. نظم الفلاحون بقيادة خوان فيليو Hukbalahap ، والذي لعب دورًا رئيسيًا في انتزاع السيطرة على لوزون من الإمبراطورية اليابانية. في سنة 1945، تم إسقاط الجمهورية الفلبينية الثانية المدعومة من اليابان
و تم إعادة تأسيس الكومنولث.