في سنة 1949، مجلس الجالية اليهودية في براغ من بقية الجالية اليهودية في الأراضي التشيكية تخلى عن السيطرة على المتحف للنظام الشيوعي. في 4 أبريل 1950 ، تم تغيير اسمه إلى متحف الدولة اليهودي ، وهو مؤسسة ثقافية منتشرة على ستة معابد ، قاعة احتفالات ومقبرة ، تأسست كـ "تذكار ، وكالة للحفاظ على التاريخ ومعهد أبحاث". قمع الشيوعيون اليهودية، ومنعوا الاتصال بالباحثين الأجانب، والمعارض الوحيدة المسموح بها كانت رسومات الأطفال من تيريزين. بعد الغزو السوفييتي سنة 1968
، شوية معارض جديدة اتعملت. على الرغم من أن المتحف كان أكبر جاذبية سياحية في تشيكوسلوفاكيا، حيث كان يجمع 700000 زائر سنويًا، إلا أن مجموعة اليهودية كانت معروفة فقط للباحثين في المجال.