اكتب استمرار لهذه الفقرة - تم تعيين ستيوارت كجنرال في 8 نوفمبر وتم تعيينه لقيادة اللواء الثاني ، الفرقة الثانية ، مقاطعة كولومبوس ، من قسم الكونفدرالية رقم. اتنين (سلف قسم تنسي) ، تحت قيادة ليونيداس بولك. شغل ستيوارت هذا المنصب من 16 نوفمبر حتى ديسمبر ، عندما تم نقل لواءه إلى الفرقة الجغرافية الأولى في الإدارة ، حتى فبراير 1862. تم إعادة لواءه إلى غرب كنتاكي ، لفترة وجيزة تم إضافته إلى قسم جون بي ماككاون ، حيث قاد دفاعات المدينة في معركة نيو مدريد قبل أن يأمر ماككاون بإخلاءها وانسحابها أسفل نهر المسيسيبي. في الأول من نيسان/أبريل، انضم رجال ستيوارت إلى فرقة تشارلز كلارك، في فيلق ليونيداس بولك، من جيش ميسيسيبي لألبرت سيدني جونستون، في وقت معركة شيلوه
. هناك ، قاد ستيوارت لواءه في هجمات اليوم الأول على منطقة "عش القرنب" في وسط خط الاتحاد.