كتب استمرار لهذه الفقرة الجيش الألماني بعد كده حول انتباهه غربا، وفي أبريل 1940 غزا الدنمارك
. تم تعيين "شلسفيغ هولشتاين" للمكون البحري لقوة الغزو. خلال الغزو ، تم تعليق السفينة لفترة وجيزة في الحزام الكبير ، غرب Agersø. بعد العملية ، تم نقلها مرة أخرى إلى واجبات التدريب ، باعتبارها السفينة الرائدة لرئيس وحدات التدريب. في نهاية سنة 1943، تم التفكير مرة أخرى في إعادة تنشيط "شلسفيغ هولشتاين". في صالحها كانت حقيقة إنها احتفظت ببعض المراجل التي تعمل بالفحم، بالنظر إلى وضع إمدادات النفط المتدهور. وبالتالي ، في 1 فبراير 1944 ، تم إعادة تشغيلها مرة أخرى ، في البداية استولت على دورها القديم كسفينة تدريبية للطلاب ، ثم في وقت لاحق من السنة ترسو في جوتنهافن (غدينيا) لإعادة التجهيز. كان من المفترض أن تتحول إلى سفينة مرافقة قافلة مع تسليح مضاد للطائرات محسن بشكل كبير ، ولكن بعد أن تعرضت لثلاث ضربات من قاذفات القنابل التابعة لسلاح الجو الملكي في 18 ديسمبر 1944 ، غرقت في النهاية في المياه الضحلة. وبما أن السفينة كانت معطلة بشكل دائم ، فقد تم إرسال طاقمها إلى الشاطئ للمساعدة في الدفاع عن ماريينبورغ.