بعد استقلال المكسيك في 1821، استمرت مجموعة كبيرة من القوات الإسبانية في احتلال سان خوان دي أولوا حتى أواخر 1825. كان آخر موقع في مستعمرة إسبانيا الجديدة السابقة التي احتفظ بها الإسبان وتم تسليمها إلى الجنرال المكسيكي ميغيل باراجان في نوفمبر 1825. كان تبرير أمر الطرد الصادر عن الرئيس فيسنتيه غيريرو هو محاولتهم الفاشلة لإعادة غزو المكسيك. من وقتها، عملت سان خوان دي أولوا كرمز عسكري وسياسي للمقاومة المكسيكية للغزوات والاحتلال الأجنبي، بفضل العديد منها اللي وقعت خلال القرن التسعتاشر. في عام 1836 قصف الفرنسيون القلعة في معركة فيراكروز خلال حرب المعجنات ، وهو نزاع ناتج عن مواطن فرنسي في المكسيك يطلب تعويضات عن محل المعجنات المتضرر مزعومًا ؛ خلال الحرب المكسيكية الأمريكية ، حاصرت الولايات المتحدة
القلعة خلال الحرب ، وهو نزاع نتج عن نزاعات حول جمهورية تكساس الناشئة ، وفي عام 1863 احتل الفرنسيون المدينة لفترة وجيزة عند تثبيت ماكسيميليان الأول إمبراطورًا للمكسيك. خلال معظم القرن التاسع عشر، عملت القلعة كسجن، خاصة للسجناء السياسيين الذين حُكِموا على أنهم معارضون للحكومة. قضى كتير من السياسيين المكسيكيين البارزين وقت هنا لما كانوا مش في السلطة.