أكمل الجملة التالية: أصر كيرنان على الانضمام إلى صفوف القتال ، وفي هذه الصفة تم تعيينه على ما يبدو رائدًا في 6 ميسوري. في مايو 1863 في
بورت جيبسون، ميسوري، جرح في الرئة اليسرى وتركت في الميدان ليموت. تم استرداده وسجنه ، ونجح في الهروب إلى قوات الاتحاد واستقال من منصبه. في 1 أغسطس 1863 ، تم تكليفه كعميد عام للمتطوعين من قبل الرئيس آبراهام لينكولن ؛ قائدًا لموقع في ميلكنز بيند على نهر المسيسيبي. ومع ذلك ، أجبرته سوء الصحة نتيجة جروح ساحة المعركة على الاستقالة في 3 فبراير 1864.