بعد استقلالها في عام 1956، عانى السودان من العديد من الصراعات الداخلية بسبب القضايا السياسية والعرقية والدينية. في سنة 1983، الثوار والانفصاليين من جنوب البلاد معظمهم من المسيحيين والحيوانيين اتحدوا وشنوا تمرد ضد الحكومة التي كانت تقليديا تهيمن عليها النخبة المسلمة من الشمال. التمردين نظموا أنفسهم باسم "جيش تحرير الشعب السوداني" (SPLA) تحت قيادة جون غارنج ، وتصاعد التمرد في النهاية إلى حرب أهلية كاملة أثرت أيضًا على شرق وغرب السودان. المفاوضات بين الحكومة وجيش التحرير الشعبي الكويتي كادت تسفر عن حل سلمي للصراع ، لكنها انتهت بعد انقلاب 1989.
اللي جلب الجبهة الإسلامية الوطنية (NIF) بقيادة عمر البشير إلى السلطة. كان النظام الجديد معارض بشكل متشدد لأي تسوية ، وكان عازم على سحق الجيش الشعبي لتحرير السودان وجميع مجموعات المعارضة الأخرى. تبع ذلك تصاعد العنف.