إكتب استمرار لهذه الفقرة - لما بدأت الحرب الأهلية في عام 1861، غادر ماجرودر جيش الاتحاد ليقبل مهمة في الكونفدرالية. بصفته قائد جيش شبه الجزيرة ، حصن شبه جزيرة فرجينيا وفاز في معركة بيج بيتل. في حملة شبه الجزيرة ، أوقف جيش ماكليلان من بوتوماك خارج يوركتاون ، مما سمح للرائد العام جوزيف إيه جونستون بالوصول مع تعزيزات ، وتنظيم تراجع ، والدفاع عن عاصمة الكونفدرالية ، ريتشموند. ماجرودر اتنتقد لقيادته في المعارك في محطة سافاج
و تل مالفيرن خلال معارك سبعة أيام. قضى ما تبقى من الحرب في إدارة مقاطعة تكساس ونيو مكسيكو وأريزونا ووزارة أركنساس؛ في فترة ولايته، رفع ماجرودر الحصار البحري على غالفيستون واستعاد المدينة في عام 1863.