في بداية الحرب العالمية الثانية، تم تعيين بروتيه في الفرقة الغواصات الثالثة، ومقرها تولون، جنب شقيقاتها، و. في بداية فبراير 1940 ، تم نقل فرقة الغواصات الثالثة لفترة وجيزة إلى الدار البيضاء لتنفيذ مراقبة جزر الكناري ، حيث كانت هناك زوجين من سفن الشحن الألمانية. بعدين تم تعيين فرقة الغواصات في مسرح البحر الأبيض المتوسط في 12 أبريل ، أولاً في Bizerte ثم ، بدون "Fresnel" ، في بيروت ، تحت سلطة القائد العام البريطاني في الإسكندرية. "Protée"شارك في عدة دوريات في دوديكانيز حتى توقيع الهدنة بين فرنسا وألمانيا
في 22 يونيو 1940. في 25 يونيو ، تاريخ دخول الهدنة حيز التنفيذ ، تجاهل قائد "Protée" أمرًا بالعودة إلى بيروت ، وعوضًا عن ذلك أبحر إلى الإسكندرية ، ليصبح جزءًا من القوة X. تم توبيخ القبطان لهذا الحادث.