كوبير اعيد تعيينه كقائد في فرقة فرسان كنتاكي الرابعة في 26 مارس 1863 وبقى كولونيل في ابريل بعد استقالة الكولونيل بيلز. في 4 يونيو 1863 ، أصيب كوبر عندما سقط عليه حصان في فرانكلين ، تينيسي. قاد الفوج في معركة تشيكاماوجا في سبتمبر 1864. عاد كوبر إلى ليكسينغتون ، كنتاكي في عام 1864 للإجازة المرضية. بعدين كوبر قاد القوات المحلية ضد مهاجمين جون هانت مورغان. رفض طلبات مورغان بتسليم ليكسينغتون في 9 يونيو 1864 ودفع قواته للوراء. في أبريل 1865 ، قاد موقع مونتغمري ، ألاباما وفي مايو ويوليو 1865 ، موقع ألباني ، جورجيا. تم تجنيده بشرف في 21 أغسطس 1865 في ماكون ، جورجيا. حصل على شرفات المعركة لخدمته في شيلوه ، كورنثوس ، ريتشموند ، تشيكاماوجا ، غارة مورغان على كنتاكي ، معركة ريساكا وغارة ويلسون على مونتغمري. تم ترقيته إلى ملازم كولونيل وكولونيل في الجيش النظامي في 2 مارس 1867 ، لخدماته الشجاعة والمجيدة في معركة ريساكا
في جورجيا وفي الاستيلاء على مونتغمري، ألاباما.