في 7 مارس 2008 ، عندما كان عمر كوماجاي 17 سنة ، بدأت للفريق الوطني الياباني ضد كندا. في أغسطس ، تم اختيار كوماجاي للفريق الوطني الياباني تحت 20 سنة في كأس العالم تحت 20 سنة 2008. في عام 2010 ، لعبت مع فريق U-20 كقائد خلال كأس العالم U-20 لعام 2010. في عام 2011 ، كانت جزءًا من فريق اليابان الفائز بكأس العالم ، حيث سجلت الجزاء الفائز في النهائي.
ضد الولايات المتحدة. كانت أيضاً في الفريق في دورة الألعاب الأولمبية الصيفية 2012 وكأس العالم 2015. اليابان خلصت ثانيه في كلتا المسابقات. في يناير 2017 ، تم تعيينها كابتن اليابان من قبل المدرب أساكو تاكاكورا. في 2018، فازت اليابان بكأس آسيا 2018. لعبت اكثر من 100 مباراة لليابان. في 10 نوفمبر 2019 ، سجلت كوماجاي أول هدف لها في مباراة ودية لليابان في فوز 2<unk>0 ضد جنوب أفريقيا.