Kammala jumla mai zuwa: Hamšík ya fara a cikin
2012 Supercoppa Italiana, wanda aka gudanar a Beijing, a ranar 11 ga Agusta; duk da haka, Juventus ta ci Napoli 4<unk>2 a cikin karin lokaci. Daga baya a wannan watan, a wasan farko na Napoli na gasar 2012-13 Serie A, Hamšík ya zira kwallaye na farko na kulob din kuma ya taimaka wa Christian Maggio ya ci nasara a Palermo da 3-0. Rashin babban mai zira kwallaye Edinson Cavani don wasan kulob din da Chievo a ranar 28 ga Oktoba 2012, Hamšík ya haɗu da Juan Camilo Zúñiga don ba Napoli nasara 1-0. A ranar 6 ga Janairu, 2013, ya buga wasan sa na 200 a Serie A a wasan da suka yi nasara da Roma da ci 4-1. A ranar wasan karshe na kakar Serie A, Hamšík ya karbi wucewa daga Goran Pandev kuma ya kori kwallon a gida a minti na 93, ya ceci nasarar 2 zuwa 1 a kan Siena, ya tabbatar da wurin kulob din a cikin rukunin rukuni na gasar zakarun Turai yayin da Siena ya yanke hukunci. Slovak ya fito a kowane wasa na Serie A don Napoli a lokacin kakar 2012-13, yana samar da kwallaye 11 da taimakawa 14 yayin da "Partenopei" ya gama na biyu a bayan zakarun da ke mulki Juventus, kakar da ta tabbatar da zama manajan Walter Mazzarri na karshe a kulob din, yayin da ya zama kocin Internazionale daga baya a wannan bazarar.