Rubuta ci gaba don wannan sakin layi - A cikin 1341 Sarki John na Bohemia ya ba da izinin iyalai na yahudawa su zauna a cikin ganuwar birni, kuma an gina majami'ar farko a cikin 1380; duk da haka an yi kisan gilla da yawa a ƙarshen ƙarni na 15 da farkon ƙarni na 16. Tun Daga Yaƙin Hussite
, birnin ya kasance al'ada ne na cocin Katolika a lokacin rikice-rikicen addini na dogon lokaci a Masarautar Bohemia. Wani ɓangare na Masarautar Habsburg daga 1526, Budejovice ya kasance mai goyon bayan Sarki Ferdinand II a cikin Yakin Shekaru talatin. Budějovice ya sha wahala ta ɗan gajeren lokaci da Prussia ta yi a lokacin Yaƙe-yaƙe na Silesian, da kuma yaƙin tsakanin Habsburgs da sojojin Faransa a 1742.