Kammala jumla mai zuwa: Happer ya tafi a kan likita furlough a 1855 da kuma
Yaƙin Anglo-Chinese na biyu ya jinkirta dawowar Happer daga furlough har zuwa 1859. Bayan yakin, duk da haka, yarjejeniyoyin da yakin ya samar sun inganta samun 'yanci da' yanci zuwa Canton. Wannan ya haifar da hauhawar masu wa'azi a cikin Canton tare da karuwar tuba zuwa Kiristanci. A cikin shekarun 1860, Happer ya kafa Ikilisiyar Presbyterian na Farko, da yawa makarantu masu zaman kansu da na rana, da kuma makarantar horarwa da ke ba da wa'azi, malamai, da masu ba da labari na Canton. Happer ya yi aiki a matsayin fasto na Ikilisiyar Presbyterian na farko a Canton, wanda aka kafa a 1862. Ta hanyar kafa nau'ikan ayyukan ilimi da yawa, Happer ya cika aikinsa na kawo ilimi mafi girma na Kirista zuwa China, kodayake yawancin ɗaliban makarantar horarwa sun haɗa da waɗanda ke aiki ga coci. Don isa ga shugabannin gwamnatin kasar Sin ta hanyar ilimin yamma, daga 1865 zuwa 1867, Happer ya jagoranci Kwalejin Ma'aikatan Gwamnatin kasar Sin a Canton kuma ya koyar da Ingilishi da lissafi ga daliban da ke shiga ayyukan gwamnati a matsayin kwararru na kasashen waje. Ta hanyar gabatar da koyarwar Kirista a cikin karatunsa, ya ci gaba da aikinsa na bishara kuma ya lura da ci gaban Presbyterians na Canton a hankali. Wannan yana goyan bayan ƙididdigar da aka ruwaito daga Ofishin Jakadancin Canton cewa a cikin 1866: An rubuta mutane 147 a makarantun mishan.