Cika wannan magana: Pablo Morillo
A ƙarshe ya kama Santafé a ranar 6 ga Mayu, 1816. Kamar sauran shugabannin 'Yancin kai, Caldas ya tsere daga garin, da farko tare da burin zuwa Buenaventura don tserewa zuwa ƙasashen waje. A kan hanya, duk da haka, magajin magajin Sámano na gaba ya yi nasara a kan sojojin jamhuriya a yakin la Cuchilla de El Tambo, kuma ya sake kama Popayán, kuma an tilasta Caldas ya ɓoye a cikin Gidan gona na Paisbamba a Sotará, inda ba da daɗewa ba aka kama shi da Mutanen Espanya masu sarauta a 1816. Daga nan aka mayar da shi zuwa Santafé, kuma an kashe shi ta hanyar harbi a ranar 29 ga Oktoba, 1816, a San Francisco Plaza ta umarnin Morillo, Count of Cartagena. Lokacin da Caldas ya kusa a kashe shi kuma mutanen da ke wurin sun yi kira ga rayuwar masanin kimiyya, Morillo ya amsa: "Spain ba ta buƙatar masu ilimi" (Spanish: "España no necesita sabios"). Kafin ya mutu, Caldas ya rubuta wata babbar harafin Helenanci θ a jikin bangon, wanda aka fassara shi a matsayin "Oh dogon lokaci mai duhu!" (Mutanen Espanya: "¡Oh larga y negra partida!".) (A cikin Mutanen Espanya: "¡Oh larga y negra partida!".) A cikin tsohuwar Athens, an yi amfani da Theta a matsayin gajeriyar kalmar ta Helenanci θάνατος (thanatos, <unk>death<unk>).