Ka kammala wannan jumlar: A watan Disamba na shekara ta 1944, yayin da sojojin Filifin da na Amirka suka ci gaba da yaƙi don su 'yantar da Filifin daga hannun sojojin Japan, an tura gwamnatin Jamhuriyar Filifin ta Biyu, wadda ta haɗa da Aquino, zuwa Baguio. Daga baya, an tashi zuwa Japan inda, tare da sauran jami'ai, an kama membobinta kuma aka tsare su a gidan yarin Sugamo lokacin da aka yi watsi da su.
Jafananci sun mika wuya. A ranar 25 ga Agusta, 1946, an dawo da Aquino zuwa Philippines don shari'arsa kan zargin cin amanar ƙasa da Kotun Jama'a; 'yan makonni bayan haka an sake shi a kan beli.