En 1102, o anteriormente independente Reino de Croacia e o Reino de Hungría entraron nunha unión persoal e foron gobernados polo mesmo rei, Ladislao I. Tras as conquistas otomanas e unha desastrosa derrota na Batalla de Mohács en 1527, a nobreza croata elixiu ao emperador do Sacro Imperio Romano Ferdinand I como o novo rei de Croacia. A nobreza húngara dividiuse, pero os Habsburgo anexaron o Reino de Hungría, mantendo a Croacia e Hungría baixo unha única coroa. Durante a Revolución Húngara de 1848
Croacia apoiou aos austríacos, polo que o ban croata Josip Jelačić axudou a Austria a derrotar ás forzas húngaras en 1849 e inaugurou un período de germanización. Na década de 1860 o fracaso desta política fíxose evidente, levando ao Compromiso Austro-húngaro de 1867 e á creación dunha unión persoal entre as coroas do Imperio austríaco e o Reino de Hungría. A cuestión do estatuto de Croacia foi resolta polo acordo croata-húngaro de 1868, cando os reinos de Croacia e Eslavonia uníronse no Reino de Croacia-Eslavonia. Tras a disolución de Austria-Hungría despois da súa derrota na Primeira Guerra Mundial, o Parlamento croata declarou a independencia o 29 de outubro de 1918 e decidiu unirse ao recentemente formado Estado de eslovenos, croatas e serbios, terminando o dominio dos Habsburgo e a unión persoal con Hungría despois de 816 anos. A través do Tratado de Trianon, Hungría perdeu o condado de Međimurje e a parte sur de Baranya a Croacia. Desde a Segunda Guerra Mundial, as relacións entre dous estados foron definidas pola cooperación cos nazis, os soviéticos e Iugoslavia ata as revolucións de 1989 e a desintegración de Iugoslavia. Hungría recoñeceu a independencia croata co resto da Comunidade Económica Europea en 1992, e apoiou a Croacia durante a Guerra de Independencia croata.