Escribe unha continuación para este parágrafo - O Holocausto en Estonia refírese aos crimes nazis durante a ocupación de Estonia pola Alemaña nazi. Antes da guerra, había aproximadamente 4.300 xudeus estonios. Despois da ocupación soviética de 1940, aproximadamente o 10% da poboación xudía foi deportada
A Siberia, xunto con outros estonios. Aproximadamente o 75% dos xudeus estonios, conscientes do destino que os agardaba da Alemaña nazi, fuxiron á Unión Soviética; practicamente todos os que quedaron (entre 950 e 1.000 persoas) foron asasinados polo Einsatzgruppe A e colaboradores locais antes do final de 1941. Os xitanos de Estonia tamén foron asasinados e escravizados polos ocupantes nazis e os seus colaboradores. Os nazis e os seus aliados tamén mataron uns 6.000 estonios e 1.000 rusos acusados de ser simpatizantes comunistas ou familiares de simpatizantes comunistas. Ademais, preto de 15.000 prisioneiros de guerra soviéticos e xudeus doutras partes de Europa foron asasinados en Estonia durante a ocupación alemá.