Durante a invasión conxunta alemá-soviética de Polonia, que comezou a Segunda Guerra Mundial, en setembro de 1939, Janów foi bombardeada tres veces pola Luftwaffe, que matou a 350 persoas e destruíu o 85% da cidade. A cidade foi posteriormente ocupada por Alemaña.
- Non. Polo menos 17 polacos do condado foron asasinados polos rusos na gran masacre de Katyn en abril e maio de 1940, mentres que en xuño de 1940, os alemáns realizaron arrestos masivos de polacos locais durante a "AB-Aktion". Os polacos arrestados foron encarcerados en Lublin, e despois deportados a Sachsenhausen e Auschwitz, mentres que algúns foron asasinados durante grandes masacres de polacos cometidos en Rury, Lublin. Un campo de traballo forzado foi aberto en 1940, e a poboación xudía da cidade foi perseguida polos ocupantes. Houbo varios grupos de partisanos xudeus que operaban nos bosques de Janów durante a guerra. A pesar diso, só uns 20 xudeus da cidade sobreviviron ao Holocausto dos 3.500 a 5.000 xudeus que vivían na cidade antes da guerra.