A partir de mediados da década de 1990, os talibáns proporcionaron refuxio a Osama bin Laden, un cidadán saudita que loitou con eles contra os soviéticos, e proporcionaron unha base para as súas e outras organizacións terroristas. O Consello de Seguridade das Nacións Unidas sancionou repetidamente aos talibáns por estas actividades. Bin Laden proporcionou apoio financeiro e político aos talibáns, así como Paquistán e Arabia Saudita, ata que a presión estadounidense os forzou a abandonar o seu apoio público aos talibáns despois do 11 de setembro de 2001. Bin Laden e o seu grupo de Al Qaeda foron acusados do atentado contra as embaixadas dos Estados Unidos
en Nairobi e Dar Es Salaam en 1998, e en agosto de 1998 os Estados Unidos lanzaron un ataque de mísseis de cruceiro contra o campamento terrorista de bin Laden en Afganistán. Ben Laden e Al Qaeda son considerados responsables dos ataques do 11 de setembro de 2001 nos Estados Unidos, entre outros crimes.