O 16 de xaneiro de 2013, anunciouse que Guardiola sería o adestrador do Bayern de Múnic despois da tempada 2012/13, substituíndo a Jupp Heynckes para a tempada seguinte. Dirixiu a súa primeira conferencia de prensa como adestrador do Bayern, o 24 de xuño de 2013, en alemán, e tivo a súa primeira sesión de adestramento dous días despois. O seu primeiro partido oficial foi a Supercopa de Alemaña contra o Borussia Dortmund, onde o Bayern perdeu por 4-2. O seu primeiro trofeo co Bayern foi a Supercopa da UEFA de 2013.
, derrotando o seu adversario de longa data José Mourinho, que acababa de volver a adestrar no Chelsea. O Bayern derrotou ao Chelsea nun tiroteo de dez xogadores despois de que Manuel Neuer salvase o tiro de Romelu Lukaku.