En 1940, como consecuencia do Pacto Molotov-Ribbentrop, Rumania foi forzada a ceder
parte do seu territorio á Unión Soviética, incluíndo Chișinău, onde se formou a RSS de Moldavia. As novas autoridades pecharon o instituto de Kotsovsky. O instituto foi reaberto cando, despois do estallido da Segunda Guerra Mundial, Chișinău foi tomada polas forzas do Eixo. Kotsovsky continuou o seu traballo científico activo durante a Segunda Guerra Mundial. Neste momento, publicou o seu traballo principalmente en revistas científicas alemás e austríacas.