Derksen era un gran candidato na súa carreira. A pesar das malas estatísticas cos Winkler Flyers, Derksen foi nomeado dúas veces como o mellor porteiro da MJHL. Foi seleccionado na terceira rolda do
Draft da NHL e comezou a asistir á Universidade de Wisconsin-Madison ese outono. Na súa tempada de caloiro, Derksen serviu como reserva para o futuro All-Star da NHL Curtis Joseph, xogando só un cuarto dos xogos de Wisconsin. Despois de que Joseph se converteu en profesional en 1989, o equipo volveuse a Derksen como titular e conseguiu un gran éxito. Mellorou as súas estatísticas significativamente e gañou un récord do programa de 31 partidos esa tempada (aínda un récord de Wisconsin a partir de 2021). Derksen foi fundamental para axudar aos Badgers a terminar en primeiro lugar na WCHA e foi o mellor goleiro cando Wisconsin gañou o seu torneo de conferencia. Wisconsin recibiu a segunda semente occidental e comezou o Torneo NCAA nos cuartos de final. Derksen foi clave nos Badgers gañando dous partidos apertados, particularmente a semifinal nacional contra o Boston College, e fixo o xogo de campionato. Derksen non foi tan agudo no partido final, pero non tiña que ser. A ofensiva de Wisconsin superou aos Colgate Raiders e os Badgers gañaron facilmente o partido 7 a 3.