Fontaine xogou o seu último partido en xullo de 1962, sendo forzado a retirarse antes (28 anos e 11 meses) debido a unha lesión recorrente. En 1967 dirixiu brevemente a selección francesa, pero foi substituído despois de só dous partidos, ambos amistosos que terminaron en derrotas. Como adestrador de Marrocos, levou aos Leóns do Atlas ao terceiro lugar na Copa Africana de Nacións de 1980.
, supervisando a aparición de xogadores como Badou Zaki, Mohammed Timoumi e Aziz Bouderbala. Marrocos chegou á fase final da clasificación para a Copa do Mundo de 1982, pero foi derrotado por Camerún.