Flores convocou unha reunión entre os funcionarios de Cebu da República Filipina o 10 de febreiro de 1899 para discutir a guerra contra as forzas estadounidenses. Clímaco foi designado para a tarefa de preparación da guerra. O 21 de febreiro de 1899, cando as forzas estadounidenses desembarcaron en Cebu e esixiron a rendición, Clímaco apoiou a revolta antiestadounidense
liderados polo xeneral Arcadio Maxilom e viaxaron a Samar para recoller armas. Flores, xunto con Julio Llorente, que máis tarde sería nomeado como o primeiro gobernador polos estadounidenses, acordaron entregar a provincia.