Frederiksberg foi fundada cando o rei Christian III trasladou 20 familias holandesas de Amager á área, que se coñeceu como "Ny Hollænderbyen" ("Nova cidade holandesa"), ou Ny Amager ("Nova cidade holandesa"). Os residentes desta comunidade construíron unha pequena igrexa de madeira en 1653 fronte á actual igrexa de Frederiksberg, aproximadamente onde se atopa hoxe o Museo Storm P. Foi queimada polas tropas suecas en 1658 durante o asalto a Copenhague.
na Segunda Guerra do Norte. Despois da guerra, a comunidade holandesa volveu á área, pero, golpeada pola profunda pobreza, unha nova igrexa non foi completada ata 1681.