En abril de 1944, entregando o mando da 2a División Blindada ao maior xeral Edward H. Brooks, foi designado xefe de Estado Maior do Terceiro Exército, servindo de novo baixo o tenente xeral George Patton. Gaffey serviu nesta capacidade durante a campaña na Europa Occidental
, desde o momento en que o Terceiro Exército desembarcou en Francia en xullo de 1944 e xogou un papel importante na Operación Cobra e na Batalla do Falaise Gap, seguida polo avance aliado de París ao Rin e a Batalla de Metz. En decembro de 1944 substituíu ao xeneral John Shirley Wood como comandante da 4a División Blindada, que xogou un papel importante na Batalla das Ardenas, axudando a romper o asedio de Bastogne. Permaneceu ao mando da división ata marzo de 1945, cara ao final da guerra en Europa, cando se converteu en CG do XXIII Corpo. Renunciou ao mando do XXIII Corpo en setembro, cando a guerra rematou debido á rendición de Xapón.