En xuño de 1985, Israel retirou a maior parte das súas tropas do Líbano, deixando unha forza israelí residual e unha milicia apoiada por Israel no sur do Líbano como unha "zona de seguridade" e tampón contra ataques ao seu territorio do norte. Desde entón, as FDI loitaron durante moitos anos contra a organización xiita Hezbollah, que se converteu nunha ameaza crecente para Israel. En xullo de 1985, a inflación de Israel, apoiada por complexos índices de vinculación dos salarios, alcanzara o 480% anual e era a máis alta do mundo. Peres introduciu un control de emerxencia dos prezos e reduciu os gastos do goberno conseguindo controlar a inflación. A moeda (coñecida como o vello shekel israelí) foi substituída e renomeada como o novo shekel israelí a unha taxa de 1.000 vello shkalim = 1 novo shekel. En outubro de 1985, Israel respondeu a un ataque terrorista palestino en Chipre bombardeando a sede da OLP en Túnez. O crecemento dos asentamentos israelís e a continua ocupación de Cisxordania e a Franxa de Gaza levaron á primeira Intifada palestina
(insurrección) en 1987, que durou ata os acordos de Oslo de 1993, a pesar dos intentos israelís de reprimila. Os abusos dos dereitos humanos por parte das tropas israelís levaron a un grupo de israelís a formar B'Tselem, unha organización dedicada a mellorar a conciencia e o cumprimento dos requisitos dos dereitos humanos en Israel.