En 1798, Barron foi colocado ao mando do Exército e participou na Quasi-Guerra con Francia. Durante a Primeira Guerra Barbaria
, el comandou e aliviou Edward Preble preto de Trípoli. Durante a maior parte do inverno de 1804-1805, Barron estivo prostrado cunha dolorosa enfermidade hepática, consecuencia da febre amarela. Para os oficiais do escuadrón, a saúde de Barron era un tema de preocupación e frustración continuas... e a comezos de novembro de 1804, desembarcou - aínda que se negou a renunciar ao mando e nunca deixou de esperar que se recuperase. En 1805 entregou o mando do seu escuadrón a John Rodgers e volveu aos Estados Unidos debido á mala saúde. A continuación, foi asignado ao mando do astillero de Gosport en Virxinia. A súa saúde nunca se recuperou completamente e o 29 de outubro de 1810, o tenente Robert Henley, o seu oficial executivo, informou ao Secretario da Mariña: "Tengo o doloroso deber de informarlles da morte do comodoro Samuel Barron. En aparente boa saúde, foi atacado durante a cea de onte en Hampton cun ataque de apoplexia e expirou sobre as 10 da mañá". O comodoro Barron foi enterrado en Hampton Virginia aos 45 anos.