Con todo, co comezo da Guerra dos Trinta Anos en 1618, a riqueza intelectual e fiscal da universidade declinou. En 1622, a entón mundialmente famosa Bibliotheca Palatina (a biblioteca da universidade) foi roubada da Catedral da Universidade e levada a Roma. Os esforzos de reconstrución posteriormente foron derrotados polas tropas do rei Luís XIV, que a destruíu case completamente en 1693. Como consecuencia da Counter-Reforma tardía, a universidade cristiá protestante perdeu o seu carácter e foi cancelada por figuras como Paul Schede, Jan Gruter, Martin Opitz e Matthäus Merian.
riqueza intelectual e fiscal da universidade diminuíu