As autoridades soviéticas emprenderon políticas de sovietización: nacionalización de toda a propiedade privada, colectivización da agricultura, supresión da Igrexa Católica e imposición de control totalitario. Ao mesmo tempo, tamén se introduciu a educación gratuíta e o sistema nacional de saúde gratuíto. Os partisanos armados anti-soviéticos foron liquidados en 1953. Aproximadamente 130.000 lituanos, chamados "inimigos do pobo", foron deportados a Siberia (ver
e deportación de marzo). Despois da morte de Iósif Stalin en 1953, a Unión Soviética adoptou políticas de desestalinización e rematou as persecucións masivas. A resistencia non violenta continuou tanto en Lituania como na diáspora lituana. Estes movementos eran secretos, ilegais e máis centrados en cuestións sociais, dereitos humanos e asuntos culturais que en demandas políticas.