El e os seus compañeiros civís foron destituídos do cargo no golpe militar do 15 de xaneiro de 1966.
, e foi o político máis destacado para evitar o asasinato despois do golpe. Azikiwe foi portavoz de Biafra e asesorou ao seu líder, Chukwuemeka Odumegwu Ojukwu, durante a Guerra de Biafra (1967-1970). Cambiou a súa lealdade de volta a Nixeria durante a guerra, e apelou a Ojukwu para acabar coa guerra en panfletos e entrevistas. "The New York Times" dixo sobre a súa política, "Durante toda a súa vida, a alianza do Dr. Azikiwe cos norteños puxo-o en desacordo con Obafemi Awolowo, un líder inclinado ao socialismo dos iorubas, outro importante grupo do sur do país".