Segundo o Ministerio de Coordinación de Asuntos Marítimos do país, Indonesia ten 17.504 illas (16.056 das cales están rexistradas na ONU), espalladas por ambos os lados do ecuador, e con aproximadamente 6.000 delas habitadas. As maiores son Java, Sumatra, Borneo (compartidas con Brunei e Malasia), Sulawesi e Nova Guinea (compartidas con Papua Nova Guinea). Indonesia comparte fronteiras terrestres con Malasia en Borneo, Papua Nova Guinea na illa de Indonesia, e na illa de Timor Leste e Timor Oriental, fronteiras marítimas con Malasia, Singapur, Australia, Vietnam e Filipinas.
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