En 1580, durante o curso da crise dinástica de 1580, o bispo de Guarda, D. João, tomou partido pola independencia de Portugal e opuxo-se ao dominio filipino. O bispo entón resistiu o resultado da batalla de Alcântara.
e continuou a aliarse con António, Prior de Crato, ao contrario de todos os outros bispos portugueses. O 18 de marzo de 1582, o Papa condenou os "excesos" cometidos por D. João, bispo de Guarda, e morreu en 1592 baixo o goberno de Filipe II de España (Filipe I de Portugal).