Aínda que o diñeiro era escaso para 1989, Coloni entrou con dous coches para Roberto Moreno e o novo francés Pierre-Henri Raphanel. Os FC188B eran outra actualización do coche de 1987, pero eran difíciles de manexar e uns 20 km/h máis lentos que o resto da grella. Con todo, ambos pilotos foron capaces de clasificarse para o Gran Premio de Mónaco. Esta foi a única participación de un Coloni na primeira parte da tempada. En Canadá, Coloni presentou un novo coche (o Coloni C3) que foi escrito polo ex enxeñeiro AGS Christian Vanderpleyn. O C3 foi un bo deseño, pero o equipo sufriu de novo por unha completa falta de probas. Isto significaba que o equipo moitas veces non conseguía atopar a configuración correcta para as carreiras. O equipo non conseguiu clasificarse para a maior parte do resto da tempada <unk> só en tres casos, o debut do Coloni C3, o Gran Premio do Canadá de 1989, o Gran Premio do Reino Unido de 1989
e no Gran Premio de Portugal, Moreno clasificouse, en 26o, 23o e 15o lugar respectivamente, despois de que se instalara unha asa dianteira de desenvolvemento para Estoril. Desafortunadamente para o equipo, chocou con Eddie Cheever no calentamento e tivo que usar o coche de reserva. Non terminou a carreira, xa que o motor explotou despois de unhas poucas voltas. Como os resultados non chegaron, o equipo foi reducido ao longo do ano. Despois de que Vanderpleyn deixara o equipo en setembro, Enzo Coloni asumiu o traballo do enxeñeiro, pero non sorprende que isto non trouxese ningunha mellora; tampouco o fixo o novo piloto Enrico Bertaggia que substituíu a Raphanel nas últimas carreiras. O equipo terminou igual 18o e último co Zakspeed, porque o equipo EuroBrun nunca clasificou ese ano. O Gran Premio de Portugal resultou ser a última cualificación para un coche Coloni.