Con excepción do Gran Premio de Australia, onde ambos os pilotos de Ferrari tiveron malas sesións de clasificación, Berger apareceu entre os catro primeiros na clasificación e nas carreiras en todos os Grandes Premios restantes, pero a baixa fiabilidade e os accidentes significaron que só terminou tres carreiras durante todo o ano (a mediados da tempada, o problema coa transmisión semiautomática foi descuberto por non ter suficiente potencia da batería, que foi corrixida coa axuda do patrocinador do equipo, os expertos eléctricos Magneti Marelli). Os seus primeiros puntos do ano non chegaron ata que terminou en segundo lugar na Ronda 12 no Gran Premio de Italia. Gañou a seguinte carreira en Portugal, que foi eclipsada polo accidente de Mansell e Senna, e logo terminou segundo na seguinte carreira en España. Estas carreiras foron de feito os seus únicos puntos anotados para o ano, pero aínda así foi suficiente para darlle o sétimo no campionato despois de ser o terceiro en 1988. A mellora na forma de Ferrari chegou demasiado tarde. No Gran Premio de Gran Bretaña
Foi anunciado que Alain Prost deixaría McLaren ao final da tempada para unirse á Scuderia mentres que Berger decidiu asinar con McLaren que, cos seus motores Honda V10, era naquel momento o mellor e máis rápido equipo de Grandes Premios.