Comey naceu o 14 de decembro de 1960, en Yonkers, Nova York, de pais Joan Marie Comey (née Herald) e J. Brien Comey. O seu avó, William J. Comey, foi un oficial e máis tarde comisario do Departamento de Policía de Yonkers. A familia mudouse a Allendale, Nova Jersey, a principios dos anos 1970. O seu pai traballou en propiedades corporativas e a súa nai era consultor informático e ama de casa. Comey é de orixe irlandesa.
Doutor en Dereito (JD)