Asignado ao Escuadrón de Bloqueo do Atlántico Norte, o monitor chegou a Beaufort, Carolina do Norte, acompañado polo canoneiro lateral, o 15 de decembro de 1864, e participou nos ataques a Fort Fisher, Carolina do Norte. No primeiro enfrontamento do 24 e 25 de decembro, o Canonicus ancorou a distancia e disparou 144 tiros, o tenente comandante George Belknap afirmou ter desmontado dúas armas confederadas. O barco foi golpeado catro veces, pero non sufriu baixas nin danos significativos. O 13-15 de xaneiro de 1865, durante o segundo ataque
, "Canonicus" disparou 279 cartuchos contra o forte, a maioría no primeiro día, afirmando de novo ter desmontado dúas armas. Foi golpeado polo menos 38 veces en resposta, pero só sufriu danos leves, e tres tripulantes resultaron feridos. A bandeira do navío foi disparada dúas veces e substituída cada vez polo intendente Daniel D. Stevens. Stevens máis tarde foi condecorado coa Medalla de Honra polas súas accións.