Lee establecería un programa de albergue para estudantes e unha casa de hóspedes, coa esperanza de proporcionar aloxamento barato para estudantes internacionais doutras partes de África. Tamén investiu en varios outros proxectos, incluíndo unha granxa e un campo de prácticas. Retirouse da súa práctica dental en 2002. En 2007, doou fotografías de Kwame Nkrumah que tomara nos seus días na Universidade de Lincoln ao Mausoleo Kwame Nkrumah en preparación para o Xubileu de Ouro do país que celebra o 50 aniversario da independencia. Nos seus últimos anos, continuou prestando atención aos acontecementos nos Estados Unidos, en particular a campaña presidencial de Barack Obama.
e posterior elección en 2008. Durante a visita presidencial de Obama a Ghana en 2009, declarou que estaba feliz de ver que os Estados Unidos estaban a facer progresos, pero sentiu que "Ghana fixo progresos moito antes que os Estados Unidos". A Universidade de Ghana-Legon concedeulle un doutorado honorífico en 2008 para recoñecer a súa destacada contribución ao servizo público, converténdoo no segundo estadounidense a quen concederan tal título, despois de W. E. B. Du Bois.