Thomas foi traspasado aos New York Islanders o 7 de febreiro de 2013, a cambio dunha selección condicional de segunda rolda no draft de 2014
ou 2015. Antes do intercambio, os Bruins suspenderon a Thomas por non presentarse ao campo de adestramento. Thomas non xogou ningún partido coa organización dos Islanders antes de que expirase o seu contrato.