Lountzis foi o capitán da selección nacional de Grecia sub-16 no Campionato de Europa FIBA Sub-16 de 2014. Tamén xogou coa selección nacional xuvenil de Grecia na Copa do Mundo FIBA Sub-19 de 2015.
, o Campionato de Europa FIBA Sub-18 de 2015, onde gañou unha medalla de ouro, e na 2a división do Campionato de Europa FIBA Sub-20 División B de 2016, onde gañou unha medalla de bronce. Tamén xogou no Campionato de Europa FIBA Sub-20 de 2017, onde gañou a medalla de ouro.