A tempada seguinte, Van Persie asinou un contrato profesional de tres anos e medio co Feyenoord, e marcou cinco goles nun partido da Copa KNVB 6-1 contra o AGOVV Apeldoorn o 6 de febreiro de 2003. Con todo, os enfrontamentos co seu mánager Bert van Marwijk fixeron que Van Persie fose rebaixado ao equipo de reserva. Durante un partido entre as reservas do Feyenoord e do Ajax, foi un dos varios xogadores do Feyenoord atacados por hooligans que invadiron o campo. A ruptura de Van Persie con Van Marwijk continuou cando foi enviado a casa na véspera da Supercopa da UEFA de 2002
final contra o Real Madrid despois de que o adestrador non estivese satisfeito coa linguaxe corporal de Van Persie despois de que lle pediran que se preparase para un clasificatorio da Liga de Campións. Van Persie rematou a súa tempestuosa primeira tempada completa co primeiro equipo marcando oito goles en un total de 28 partidos, ademais de terminar segundo na KNVB Cup.