A captura do "Filadelfia" e a súa tripulación tamén motivou a decisión do presidente Jefferson de enviar a William Eaton, un ex oficial do exército, coñecido pola súa diplomacia impetuosa e desafiante, a Trípoli en 1805 para liberar os 300 reféns estadounidenses na que foi a primeira misión secreta dos EUA para derrocar un goberno estranxeiro. William Eaton creou un grupo de uns 20 cristiáns (oito dos cales eran marines estadounidenses) e quizais 100 mercenarios musulmáns para comezar a toma de Tripoli a partir de Derna. Conseguiu camiñar co pequeno destacamento de Marines liderado por Presley O'Bannon e a súa forza mercenaria máis de 500 millas. Apoiado no mar por Isaac Hull, Capitán de, nunha eficaz "operación combinada", Eaton liderou o ataque na Batalla de Derna
O 27 de abril de 1805. A captura da cidade, conmemorada no famoso "Himno dos Marines" na famosa frase "to the shores of Tripoli" e a ameaza dun avance adicional en Trípoli, foron fortes influencias cara á paz, negociada en xuño de 1805 por Tobias Lear e o comodoro John Rodgers co Pasha de Trípoli.