Escribe unha continuación para este parágrafo - O Kirkyard estivo involucrado na historia dos Covenanters. O movemento Covenanting comezou coa sinatura do Pacto Nacional en Greyfriars Kirk o 28 de febreiro de 1638. Despois da derrota dos militantes Covenanters en Bothwell Brig
En 1679, uns 1200 Covenanters foron encarcerados nun campo ao sur do cemiterio. Cando, no século XVIII, parte deste campo foi amalgamado no cemiterio como tumbas abovedadas, a área fíxose coñecida como a "Prisón dos Covenantes".