O 9 de febreiro de 1995, Desjardins foi traspasado aos Flyers de Filadelfia xunto con John LeClair e Gilbert Dionne a cambio de Mark Recchi e unha selección de terceira rolda no Draft da NHL de 1995.
(Martin Hohenberger). Foi contratado para solidificar a defensa dos Flyers e así o fixo ao gañar o primeiro dos sete Barry Ashbee Trophies, un premio que se concede anualmente ao mellor xogador dos Flyers. Xogou o resto da súa carreira cos Flyers, logrando dúas seleccións do segundo equipo All-Star da NHL (1999, 2000) e dúas aparicións máis no All-Star Game (1996, 2000). Os seus 396 puntos cos Flyers sitúanse en segundo lugar entre os defensores só por detrás dos 480 de Mark Howe na historia do equipo. Durante a tempada 1999-2000, Desjardins converteuse no capitán dos Flyers despois de que Eric Lindros fora destituído do cargo de capitán polas súas queixas sobre o persoal médico dos Flyers.