Escribir unha continuación para este parágrafo - O emperador participou persoalmente na campaña contra os suecos, que terminou cunha derrota na Batalla de Jankau
O 6 de marzo de 1645. O exército sueco baixo Lennart Torstensson avanzou a Viena. Para elevar a moral na cidade, o emperador circundou a cidade nunha gran procesión cunha imaxe da Virxe María. A medida que o exército sueco se achegou, Fernando abandonou a cidade. O arquiduque Leopoldo Guillerme conseguiu expulsar aos opositores. Ás veces, Fernando conseguiu que o príncipe Xurxo I Rákóczi de Transilvania, aliado de Francia e Suecia, estivese do seu lado. Na "Paz de Linz" de 1645, o emperador tivo que garantir aos estados húngaros o dereito de representación imperial e a liberdade de relixión para os protestantes, o que impediu a contrarreforma e o futuro goberno absolutista en Hungría.