Completar a seguinte frase: Un dun grupo de tres, coñecido como "Benjamíns de Thugut" (asistentes de confianza do ministro de Asuntos Exteriores Johann Amadeus Francis de Paula, barón de Thugut, durante a campaña de 1799, Weyrother serviu como xefe de gabinete do Feldzeugmeister Pál Kray, onde se distinguiu en Legnago (26 de marzo), Magnano (5 de abril) e, agora servindo como oficial de enlace co mariscal de campo ruso Alexander Suvorov, en
Novi o 15 de agosto. Planeou entón a marcha épica das tropas rusas baixo Alexander Suvorov a través do paso de San Gotardo. Promovido a "Oberst" (coronel) o 5 de febreiro de 1800, Weyrother recibiu o mando do rexemento de infantería n.o 7 "Schröder", que formaba parte do exército en Alemaña baixo Pál Kray, pero unha nova ferida e as tensións da campaña levaron á súa saída do exército para recuperarse. Recollido no outono de 1800, o emperador Francisco II designou-o como xefe de gabinete do arquiduque de 18 anos de idade Xoán de Austria, o novo comandante do exército en Baviera, e o seu "Adlatus" (conselleiro xefe) Franz von Lauer. Crendo que o exército francés de Jean Moreau estaba en retirada, Weyrother organizou unha persecución agresiva a través dun terreo densamente boscoso por catro columnas que non se apoiaban mutuamente. En vez diso, Moreau mantivo a súa posición, lanzou unha emboscada e envolveu o flanco esquerdo austríaco. A resultante Batalla de Hohenlinden resultou ser unha catástrofe para os austríacos, terminando efectivamente a Guerra da Segunda Coalición. Con todo, Weyrother foi nomeado conselleiro militar do novo ministro de Asuntos Exteriores, o conde Ludwig Cobenzl, nas negociacións posteriores ao armisticio de Steyr, que levou á paz de Luneville en 1801.