IndiGo foi fundada en 2006 como unha empresa privada por Rahul Bhatia de InterGlobe Enterprises e Rakesh Gangwal, un NRI con sede nos Estados Unidos. InterGlobe tiña unha participación do 51,12% en IndiGo e o 47,88% foi detido pola empresa de Gangwal con sede en Virxinia, Caelum Investments. IndiGo fixo un pedido firme de 100 aeronaves Airbus A320-200 en xuño de 2005 con plans para comezar as operacións a mediados de 2006. IndiGo entregou o seu primeiro avión o 28 de xullo de 2006, case un ano despois de facer a orde. Comezou as operacións o 4 de agosto de 2006 cun servizo de Nova Delhi a Imphal a través do ministerio de aviación de Guwahati. A finais de 2006, a aerolínea tiña seis avións e nove avións máis foron adquiridos en 2007.
A compañía de Gangwal, Caelum Investments, con sede en Virginia.