Escriba unha continuación para este parágrafo - O 20 de xaneiro de 2007, tras a destitución do presidente Maaouya Ould Sid'Ahmed Taya no "golpe de estado" militar de agosto de 2005
Boulkheir anunciou a súa candidatura nas eleccións presidenciais de marzo de 2007. Nas eleccións, celebradas o 11 de marzo, ocupou o cuarto lugar, recibindo o 9,79% dos votos. O 19 de marzo, apoiou a Sidi Ould Cheikh Abdallahi na segunda volta, a pesar de que formaba parte da Coalición das Forzas para o Cambio Democrático xunto co outro candidato da segunda volta, Ahmed Ould Daddah. Abdallahi gañou as eleccións, e o 26 de abril de 2007, Boulkheir foi elixido presidente da Asemblea Nacional, recibindo 91 votos dos 93 deputados presentes.