Diponegoro naceu o 11 de novembro de 1785 en Yogyakarta, e foi o fillo maior do sultán Hamengkubuwono III de Yogyakarta. Durante a súa mocidade na corte de Yogyakartan, grandes acontecementos como a disolución da VOC, a invasión británica de Java
, e o posterior regreso ao dominio holandés tivo lugar. Durante a invasión, o sultán Hamengkubuwono II, empurrado ao lado no seu poder en 1810 a favor do pai de Diponegoro, usou a interrupción xeral para recuperar o control. En 1812, porén, foi unha vez máis destronado e exiliado en Java polas forzas británicas. Neste proceso, Diponegoro actuou como conselleiro do seu pai e aparentemente proporcionou axuda ás forzas británicas ata o punto de que Raffles lle ofreceu o título de "Sultán" que el rexeitou, quizais debido ao feito de que o seu pai aínda estaba reinando.