Escriba unha continuación para este parágrafo - En 1900, Ōkubo foi ascendido a tenente xeral e xefe de gabinete da Inspección Xeral de Entrenamento Militar. En maio de 1902, converteuse en comandante da 6a División de Infantería do IJA. Durante a guerra ruso-xaponesa, a 6a División de Infantería do IJA estivo adscrita ao Segundo Exército xaponés, pero despois da Batalla de Shaho
Foi trasladado ao Cuarto Exército xaponés antes da Batalla de Mukden. Despois da guerra, foi condecorado coa Orde do Sol Levantado, 1a clase e a Orde da Aveseta de Ouro, 2a clase. En xullo de 1906, foi trasladado ao mando da 3a División do IJA e en setembro de 1907 foi elevado ao parado "kazoku" co título de "danshaku" (barón).