En 1798, Jourdan nomeouno xefe de estado maior do Exército de Observación. Ernouf estaba co Exército de Observación cando cruzou o río Rin, no que os historiadores británicos chamaron unha violación do Tratado de Campo Formio, que resultou na Guerra da Segunda Coalición. O 2 de marzo, o Exército foi renomeado como Exército do Danubio, e marchou a Alta Suabia, onde se enfrontou á forza de Habsburgo do arquiduque Carlos en Ostrach o 21 de marzo, e de novo o 25 de marzo en Stockach. En ambas as batallas, a man de obra dos Habsburgo, superior aos números franceses por tres a un e dous a un respectivamente, abrumou as liñas francesas; Jourdan, o comandante do exército, non foi capaz de concentrar as súas forzas o suficiente para contrarrestar os números dos Habsburgo, e retirou-se á Selva Negra a finais de marzo. Ernouf tomou o mando do Exército do Danubio mentres Jourdan volveu a París para solicitar máis tropas. Foi substituído como comandante do Exército do Danubio por André Masséna, e serviu como xefe de estado maior de Massena na campaña suíza de 1799, durante a cal viu acción en Zúrich e Suíza central; foi de novo en Zúrich
pola vitoria francesa sobre Alexander Rimsky-Korsakov.