Asignado ao grupo de batalla de portaavións, o "Merrill" desplegado de novo en Oriente Medio en 1991. En camiño ao Golfo Pérsico, o "Merrill" participou na Operación Vigilia de Fogo en xuño de 1991. Chegando á rexión despois do alto o fogo da Guerra do Golfo, o "Merrill" converteuse no buque insignia das forzas de limpeza de minas da coalición no Golfo Pérsico e foi o segundo buque de guerra en visitar o porto liberado de Kuwait City despois da invasión iraquí.
- Non. 1992 atopou a "Merrill" en marcha nun despliegue contra os narcóticos na área de operacións de América Central. En setembro de 1992, o "Merrill" foi enviado ao astillero naval de Long Beach para unha extensa revisión que durou ata finais de 1993. Esta revisión consistiu en actualizacións dos paneis de control dos sistemas de radar, un nivel enteiro engadido ao navío para conter computadores de control CIWS instalados previamente e, o máis importante, engadíronse RAM (material absorbente de radar) a todo o navío, o primeiro para un destructor. Tras recibir a notificación do peche planificado de Long Beach, o USS Merrill trasladouse á Base Naval de San Diego en 1994 e pasou os seguintes meses como unha plataforma de proba en despliegue para o material RAM, que foi deseñado para facer que o barco pareza tan pequeno como un remolcador nos radares.