As esperanzas dunha rebelión exitosa diminuíron cando Napoleón derrotou as forzas austríacas do arquiduque Carlos de Austria nunha serie de batallas de Teugen-Hausen, Abensberg
, Eckmühl e Ratisbona, despois de que as tropas austríacas se retiraran de Tirol e Hofer tivo que retirarse ás montañas. O mariscal francés François Joseph Lefebvre tomou o control do teatro tiroleo, e as forzas bávaras e saxóns baixo o mando de Karl Philipp von Wrede o 13 de maio derrotaron aos austríacos nunha sangrienta escaramuza en Wörgl. Os bávaros reocuparon Innsbruck o 19 de maio. Con todo, cando os seus aliados franceses marcharon, a rebelión volveu a estenderse.