Escribir unha continuación para este parágrafo - Despois da caída do partido comunista do poder
En 1989 Brontosaurus converteuse nunha organización independente e reestruturou internamente. A organización decidiu concentrarse en actividades de tempo libre e educación e evitar a participación na política tan popular entre os outros grupos ambientalistas na República Checa. En 1992 un grupo de membros abandonou e creou a independente "Asociace Brontosaura" ("Association Brontosaurus"). En 1996, un conflito entre dous grupos dentro de Brontosaurus case o rompeu; o descubrimento da malversación de fondos empeorou aínda máis a situación. O conflito resolveuse en gran parte durante o outono de 1999 - 2000, pero a organización estaba arruinada financeiramente (descubriuse outra malversación por parte dun ex líder). O goberno aumentou a súa contribución a máis do 80% do seu orzamento en 2001.