Cando o Xapón invadiu China en 1937, Lee, que era coñecido pola súa asociación co Partido Kuomintang de China, encabezou o Fondo de Socorro de Selangor para China en apoio a China. Posteriormente foi nomeado xefe das Forzas de Defensa Pasiva de Kuala Lumpur en 1941. Debido aos seus esforzos de guerra antijaponeses, Lee foi forzado a fuxir coa súa familia a Mumbai vía Chongqing cando a guerra chegou a Malaia.
Ese mesmo ano, os xaponeses puxeron unha recompensa por el.