A pesar dos resultados modestos, Baldini foi despedido. En decembro de 2011, o club pasou por catro adestradores desde a tempada 2009-10. O club mantivo o seu status de Serie B dramaticamente en 2011-12. Despois dunha mala tempada, o Empoli terminou 18o, a un punto da seguridade, o que significou un play-off de descenso contra Vicenza en dúas etapas. O primeiro partido rematou sen goles antes de que o Vicenza liderase por 2 a 0 na segunda parte con 30 minutos para o final. Con todo, dous goles en dous minutos viron aos "Azzuri" nivelar o empate antes de que Massimo Maccarone asegurase unha vitoria de 3 a 2 no cuarto minuto de tempo de lesión. 2012-13 viu o club terminar cuarto, unha mellora dramática na tempada anterior, pero perdeu a final do play-off de promoción contra o Livorno en dúas etapas. O club asegurou o ascenso de volta á Serie A na tempada seguinte, terminando como subcampeón ante o Palermo e permaneceu na primeira división durante dúas tempadas, terminando 15o en 2014 e 10o en 2015.
- Non. Entrando na última xornada da tempada 2016-17 da Serie A, o Empoli estaba un punto por riba da zona de descenso por diante do Crotone, pero finalmente relegáronse á Serie B despois de non derrotar ao Palermo, mentres que o Crotone derrotou ao Lazio. Despois dun triunfo na Serie B 2017/18, o Empoli rapidamente recuperou o ascenso á Serie A, despois de gañar a Serie B o 28 de abril de 2018, con catro partidos de antelación. Na última xornada da tempada 2018-19 da Serie A, o Empoli estaba un punto por riba da zona de descenso por diante do Xénova, pero finalmente relegáronse á Serie B despois de ser derrotados polo Internazionale, mentres que o Xénova empatou co Fiorentina, ambos os dous equipos terminaron co mesmo número de puntos, pero o Xénova tiña unha maior diferenza de goles por un. Con todo, o Empoli terminou primeiro na tempada 2020/21 da Serie B, para ser o seu terceiro título na competición na súa historia.