A maioría das antigas relacións China-Indonesia foron motivadas polo comercio e ao longo da súa historia compartida, a maioría foron harmoniosas e pacíficas, con unha excepción. En 1293, Kublai Khan da dinastía Yuan enviou unha expedición masiva de 1.000 barcos a Java
para castigar ao rei desafiante Kertanegara de Singhasari. A expedición naval, con todo, foi un fracaso, xa que Java creceu para ser o imperio Majapahit. Os imperios marítimos como Srivijaya, Majapahit e máis tarde Malaca buscaron permisos comerciais para establecer relacións cos lucrativos mercados chineses. O número de inmigrantes chineses e as influencias chinesas no arquipélago alcanzaron un novo nivel, coa masiva expedición naval da dinastía Ming liderada polo almirante Zheng He que visitou Java, Sumatra e a península malaia a principios do século XV. O tradutor de Zheng He, Ma Huan, escribiu unha descrición detallada de Majapahit e onde vivía o rei de Java. O informe foi composto e recollido en "Yingya Shenglan", que proporciona unha valiosa visión da cultura, costumes, tamén varios aspectos sociais e económicos de "Chao-Wa" (Java) durante o período Majapahit. A expedición naval chinesa contribuíu ao establecemento de asentamentos chineses no estranxeiro en Indonesia, como Semarang, Tuban e Rembang, que tiveron importantes poboacións chinesas desde a era Majapahit.