A igrexa orixinal foi demolida en 1908 para dar paso a unha importante avenida, "Avenida D. Amélia" (denominada así pola raíña Amélia de Orléans; renomeada "Avenida Almirante Reis" pouco despois da revolución do 5 de outubro de 1910)
, honrando a un dos revolucionarios republicanos). A igrexa foi reconstruída no lado oeste da avenida, polo arquitecto José Luis Monteiro: Monteiro respectou as proporcións da igrexa orixinal, pero lle deu unha fachada neoclásica máis pronunciada. Os interiores barrocos dos séculos XVII e XVIII da igrexa orixinal foron completamente preservados e transferidos á nova, e aínda se poden observar hoxe en día; algunhas das pinturas son aínda máis antigas, tanto un panel de pintor manierista que representa a Santa Irene curando as feridas de San Sebastián, como unha rara pintura de San Antonio de Lisboa (na sacristía) datan do século XVI.