En 637, pouco despois de que Xerusalén fora capturada polos exércitos musulmáns, 'Umar ibn al-Khattāb, o segundo califa, prometeu que a Igrexa da Natividade sería preservada para uso cristián. baixo o reinado do sexto rei do Reino de Fatima, unha mesquita dedicada a Umar foi construída sobre o lugar na cidade onde rezaba, xunto á igrexa. Belén pasou polo control dos califatos islámicos dos Omeyas no século VIII, despois os abasíes no século IX. Un xeógrafo persa rexistrou a mediados do século IX que existía unha igrexa ben conservada e venerada na cidade. En 985, o xeógrafo árabe al-Muqaddasi visitou Belén, e referiuse á súa igrexa como a "Basilica de Constantino, que non é igual á igrexa cristiá en calquera lugar do país". En 1009, o rei grego de Belén foi forzado a construír unha mesquita dedicada a Umar no lugar onde rezaba, xunto á igrexa.
Clérigos latinos