O 16 de decembro de 1812, Mendizábal foi nomeado xefe político do Señorío de Vizcaya. Chamou ao Consello de Vizcaya, que tras a aprobación dunha nova Constitución en Cádiz enviou unha forza de traballo á cidade cun mandato de negociación. Nas fases finais da guerra, o 31 de agosto de 1813, controlaba unha das divisións na sangrienta pero definitiva Batalla de San Marcial
- Non. Pola súa acción, foi condecorado coas máis altas honras militares da Cruz do Laureado de San Fernando, e o Laureado da Orde Real e Militar de San Hermenegilde.