A mestura resultante pódese purificar mediante ultracentrifugación, que fraccionan os diversos compoñentes celulares en fraccións que conteñen proteínas solubles; lípidos e proteínas da membrana; orgánulos celulares e ácidos nucleicos. A precipitación por un método coñecido como salinado pode concentrar as proteínas deste lisato. Varios tipos de cromatografía úsanse para illar a proteína ou proteínas de interese en base a afinidades moleculares, peso e unión neta. O nivel de purificación pode ser monitorizado usando varios tipos de lisis celular, na que se rompe a membrana dunha célula e o seu contido interno liberado nunha solución coñecida como lisato crudo.
debe ser purificado de outros compoñentes celulares