Antes do sobrevoo da New Horizons, había dúas teorías en conflito sobre a estrutura interna de Caronte: algúns científicos pensaban que Caronte era un corpo diferenciado como Plutón, cun núcleo rocoso e un manto xeado, mentres que outros pensaban que sería uniforme. As evidencias en apoio da anterior posición foron encontradas en 2007, cando as observacións do Observatorio Xemelgos de manchas de amoníaco e cristais de auga na superficie de Caronte suxirieron a presenza de cristais de xeo activos.
Plutón