Durante a invasión de Polonia, Szczepanik foi internado en Lituania e máis tarde capturado polas forzas soviéticas. De 1940 a 1942, foi preso nos campos soviéticos Gulag en Kozielsk e na península de Kola. Tras o estallido da guerra ruso-alemá e a sinatura do Acordo Sikorski-Mayski, foi liberado e uniuse ao II Corpo polaco baixo o xeneral Władysław Anders. Como oficial (e eventualmente maior) no exército polaco, serviu con distinción no Quinto Regimento de Artillería polaco, especialmente nas batallas de Monte Cassino, Ancona e Bolonia.
- Non. Foi un dos primeiros membros das tropas aliadas en entrar en Bolonia. En 1945 recibiu a Cruz do Valor, e ao ano seguinte foi condecorado coa Cruz de Prata do Mérito con Espadas. Ademais, Szczepanik foi condecorado coa Cruz Italiana do Mérito Militar polo Rei de Italia e varias outras medallas de campaña polacas e británicas. Tamén serviu como oficial de enlace co equipo de adestramento da artillería real, comandado polo coronel R.R. Hoare.