Escribe unha continuación para este parágrafo - En 1998, O'Neill focouse en Osama bin Laden e creou un escritorio de al-Qaeda na súa división. En agosto de 1998, dúas embaixadas dos Estados Unidos foron bombardeadas
en rápida sucesión en ataques simultáneos en Nairobi, Kenia, e Dar es Salaam, Tanzania. O'Neill esperaba estar involucrado na investigación porque obtivo un tremendo coñecemento da rede terrorista de Osama bin Laden, al-Qaeda. Convenceu ao director do FBI, Freeh, a deixar que o seu despacho manexase o caso, e a fiscal Mary Jo White dixo máis tarde: "John O'Neill, na investigación dos bombardeos das nosas embaixadas en África Oriental, creou o modelo para investigacións exitosas do terrorismo internacional en todo o mundo".