A decadencia comeza o 6 de agosto de 1284, cando a frota de Pisa, numericamente superior, baixo o mando de Albertino Morosini, é derrotada polas brillantes tácticas da frota xenovesa, baixo o mando de Benedetto Zaccaria e Oberto Doria, na dramática batalla naval de Meloria.
- Non. Esta derrota acabou co poder marítimo de Pisa e a cidade nunca se recuperou completamente; en 1290, os xenoveses destruíron para sempre o Porto Pisano (porto de Pisa), e cubriron a terra con sal. A rexión ao redor de Pisa non permitiu que a cidade se recuperase da perda de miles de mariñeiros do Meloria, mentres que a Liguria garantiu suficientes mariñeiros para Xénova. Con todo, continuou a comercializarse mercadorías, aínda que en menor cantidade, pero o fin chegou cando o Arno comezou a cambiar de curso, impedindo que as galeras chegasen ao porto da cidade río arriba. A zona próxima tamén se infestou de malaria. O verdadeiro fin chegou en 1324, cando Cerdeña foi totalmente perdida para os aragoneses.