O 16 de outubro, no 1000o episodio de "SmackDown", Mysterio competiu no seu primeiro partido individual coa compañía desde abril de 2014, onde derrotou a Shinsuke Nakamura para clasificarse para o torneo da Copa do Mundo da WWE. Durante o torneo en Crown Jewel
Mysterio derrotou a Randy Orton na primeira rolda, pero foi atacado por Orton despois do partido. Máis tarde na noite, Mysterio perdeu contra The Miz nas semifinais. No episodio do 6 de novembro de "SmackDown Live", Mysterio derrotou a Andrade "Cien" Almas para clasificarse para o Team SmackDown nun partido de eliminación de 5-contra-5 Survivor Series en Survivor Series. No evento, Mysterio eliminou a Finn Bálor antes de ser eliminado por Braun Strowman, e Team SmackDown finalmente perdeu ante Team Raw. Dúas noites despois en "SmackDown Live", Mysterio foi atacado por Randy Orton, así como arrancou a máscara de Mysterio da súa cara. Os dous loitaron a semana seguinte, con Orton gañando. En, Mysterio derrotou a Orton nun partido de cadeiras, terminando a súa disputa. O 27 de xaneiro de 2019, no Royal Rumble, Mysterio entrou no Royal Rumble no número 25, pero foi eliminado por Orton.