Unha serie de levantamentos xacobeos tamén tiveron lugar en Escocia, onde o vizconde Dundee levantou forzas das Terras Altas e gañou unha vitoria o 27 de xullo de 1689 na batalla de Killiecrankie
, pero morreu na loita e un mes despois as forzas escocesas de Camerún someteron o levantamento na Batalla de Dunkeld. Guillerme ofreceu aos clanes escoceses que tomaran parte na revolta un perdón, sempre que asinasen a lealdade antes dun prazo, e o seu goberno en Escocia castigou un atraso coa masacre de Glencoe de 1692, que se fixo infame na propaganda xacobita, xa que Guillerme asinara as ordes. Inclinándose á opinión pública, Guillerme destituíu aos responsables da masacre, aínda que seguían a ser os seus favores; nas palabras do historiador John Dalberg-Acton, "un converteuse en coronel, outro en cabaleiro, un terceiro en par e un cuarto en conde".