Durante a Guerra Civil, o porto foi a base principal para os confederados e os corsarios de bloqueo privados, que entregaron suministros moi necesarios de Inglaterra. A Unión montou un bloqueo para reducir os bens recibidos polo Sur. A cidade foi capturada polas forzas da Unión na Batalla de Wilmington en febreiro de 1865, aproximadamente un mes despois da caída de Fort Fisher.
Fechou o porto. Como case todas as accións militares tiveron lugar a certa distancia da cidade, numerosas casas e outros edificios anteriores á guerra sobreviviron aos anos de guerra.