Escribir unha continuación para este parágrafo - Con todo, Lima non estaba libre de perigos. O 20 de outubro
e o 2 de decembro de 1687, terremotos poderosos destruíron a maior parte da cidade e os seus arredores. Os brotes de enfermidades e escasezas de alimentos que seguiron ao desastre causaron unha redución da poboación a menos de 40.000 en 1692. A segunda ameaza era a presenza de piratas e corsarios no Océano Pacífico. Unha expedición naval holandesa liderada por Jacques l'Hermite atacou o porto de Callao en 1624, pero foi rexeitada polo virrei Diego Fernández de Córdoba. Na década de 1680, os bucaneros ingleses proliferaron nas augas do Pacífico ata que foron derrotados polos mercadores de Lima en 1690. Como medida de precaución, o virrei Melchor de Navarra y Rocafull construíu as murallas da cidade de Lima entre 1684 e 1687.