Escriba unha continuación para este parágrafo - Waddell continuou o seu servizo militar co Servizo Médico Indio. Estaba en China durante a rebelión dos boxeadores (1898-1901), incluíndo o alivio de Pequín.
En agosto de 1900, foi mencionado en despachos, recibiu a Medalla de Guerra de China (1900) con encaixe, e en 1901 foi nomeado Compañero da Orde do Imperio Indiano (CIE). A finais de 1901 trasladouse á Provincia da Fronteira Noroeste e estivo presente durante o bloqueo de Mahsud-Waziri, 1901-1902. Estaba en Malakand en 1902 e participou na Misión do Tíbet a Lhasa 1903-1904, polo que foi mencionado de novo en despachos, recibiu unha medalla con fecho e foi nomeado Compañero da Orde do Baño (CB). Waddell volveu a Inglaterra, onde se converteu brevemente en profesor de tibetano no University College de Londres (1906-1908).