O 9 de xaneiro de 2012, o presidente Sanhá faleceu por complicacións da diabetes, e Pereira foi nomeado de novo como presidente interino. Na noite do 12 de abril de 2012, membros do exército do país realizaron un "golpe de estado"
e prendeu ao presidente interino e a un dos principais candidatos presidenciais. O ex vicexefe de Estado Maior, o xeneral Mamadu Ture Kuruma, asumiu o control do país no período de transición e iniciou negociacións cos partidos da oposición.