Escribir unha continuación para este parágrafo - Durante a ocupación alemá nazi de Polonia
Na Segunda Guerra Mundial, a investigación de Weigl atraeu a atención dos nazis. Cando ocuparon Lviv, ordenáronlle establecer unha planta de produción de vacinas contra o tifo no seu instituto. Weigl contratou a varios amigos xudeus e universitarios na planta de produción. Alí traballaban preto de mil persoas. Weigl empregou e protexeu intelectuais polacos, xudeus e membros da clandestinidade polaca. Moitas destas persoas que contratou axudárono nas súas investigacións sobre o tifo e os experimentos cos piolhos. Moitos dos seus compañeiros xudeus axudaron principalmente a alimentar aos piolhos e a cambio, recibiron comida, protección e doses da vacina cando se desenvolveu completamente. As súas vacinas foron introducidas de contrabando nos guetos de Lviv e Varsovia, en varios campos de concentración e mesmo nalgunhas prisións da Gestapo. Estímase que Weigl foi capaz de salvar ao redor de 5.000 vidas durante o reinado dos nazis. O seu instituto foi máis tarde pechado pola Unión Soviética despois da súa ofensiva anti-alemánica de 1944.