A PWS é causada por un fenómeno epigenético coñecido como imprinting, causado pola supresión das copias paternas dos xenes SNRPN e NDN necdin xunto con grupos de snoRNAs: SNORD64, SNORD107, SNORD108 e dúas copias de SNORD109, 29 copias de SNORD116 (HBII-85) e 48 copias de SNORD115 (HBII-52). Estas están no cromosoma 15 localizado na rexión 15q11-13. Esta chamada rexión PWS/AS pode perderse por un dos varios mecanismos xenéticos, que na maioría dos casos ocorre por mutación casual. Outros mecanismos menos comúns inclúen casos de disparidade uniparental, mutacións esporádicas, translocacións cromosómicas e supresións de xenes humanos. Debido á supresión materna, as copias herdadas destes xenes son virtualmente silenciosas e representan só as copias paternais, as primeiras copias do cromosoma PWS están expresadas na rexión 15q11-13.
fenómeno coñecido como imprinting