Aniston naceu o 11 de febreiro de 1969, no barrio de Sherman Oaks, en Los Angeles, filla do actor de orixe grega John Aniston e da actriz Nancy Dow. Un dos seus bisavós maternos, Louis Grieco, era de Italia. A outra ascendencia da súa nai inclúe inglés, irlandés, escocés e unha pequena cantidade de grego. Aniston ten dous medio irmáns, John Melick, o seu medio irmán materno máis vello, e Alex Aniston, o seu medio irmán paterno máis novo. O padrino de Aniston era o actor Telly Savalas, un dos mellores amigos do seu pai. Cando era unha nena mudouse a Nova York. A pesar da carreira televisiva do seu pai, ela foi desalentada de ver televisión, aínda que atopou formas de evitar a prohibición. Cando tiña seis anos, partiu dunha escola Waldorf.
Los Ángeles