Müller comezou a tempada 2013-14 baixo o novo adestrador Pep Guardiola xogando na Supercopa de Alemaña. O 5 de agosto, Müller marcou un hat-trick cando o Bayern gañou 5<unk>0 no partido da primeira rolda da DFB-Pokal 2013/14 contra o Schwarz-Weiß Rehden. Na apertura do Bayern de 2013-14 na Bundesliga, Müller perdeu un penalti por primeira vez. Segundos despois, o salvamento do penalti sacou a man de Álvaro Domínguez, o que resultou noutra penalización que David Alaba converteu. Despois diso, Müller declarou: "Aínda estou feliz de tomar penaltis, pero creo que David Alaba é o home principal para chutes de punto por agora". Xogou na Supercopa da UEFA
- Non.