O 21 de xullo de 2011, Moffat foi traspasado ao Houston Dynamo xunto con diñeiro de asignación a cambio de Lovel Palmer, Mike Chabala e un lugar no plantel internacional. Fixo o seu debut no Dynamo o 23 de xullo, saindo do banco nunha derrota por 3 a 0 contra Chivas USA. Fixo a súa primeira partida o 30 de xullo, axudando a Houston a unha vitoria por 3 a 0 sobre os Seattle Sounders. O 14 de agosto, Moffat marcou o seu primeiro gol para o Dynamo para axudar a Houston a derrotar a Portland 2<unk>1. O gol, un golpe de 40 yardas no canto superior dereito, foi nomeado como o gol da semana da MLS. Despois de perder un partido debido a recibir dúas tarxetas amarelas o 17 de agosto, Moffat comezou cada partido restante da tempada regular para o Dynamo. O 23 de outubro, Moffat marcou unha vez e engadiu unha axuda para axudar ao Dynamo a unha vitoria por 3 a 1 sobre o LA Galaxy no último partido da tempada regular. O gol, que foi nomeado como o Gol da Semana da MLS, viu a Moffat interceptar un pase no medio do campo, driblar por unhas poucas yardas, e despois esmagar a pelota no canto superior dereito desde máis de 40 yardas. Moffat axudou ao Dynamo a rematar a tempada regular forte e gañar un segundo lugar na Conferencia Leste. Nos playoffs, Moffat xogou cada minuto e axudou ao Dynamo a alcanzar a MLS Cup 2011
, onde o Dynamo perde 1 a 0 ante o LA Galaxy.