Quesnel foi posto en servizo activo co exército de Italia o 6 de febreiro de 1799. Ao comezo da Guerra da Segunda Coalición, Quesnel liderou unha brigada na división de Paul Grenier. A división estaba formada por tres batallóns cada un das 17as, 24as e 106as Demi-Brigadas, un batallón cada un da 2a Lexión Helvética e a 1a Lexión Polaca, 450 soldados de cabalería e unha batería de artillería de pé. Liderou a súa brigada na batalla de Verona o 26 de marzo de 1799, a batalla de Magnano o 5 de abril e a batalla de Cassano o 27-28 de abril. Na batalla de Bassignana o 12 de maio de 1799, recibiu un disparo no antebrazo esquerdo. Na batalla de Novi (1799)
Quesnel liderou unha brigada na división de Pierre Garnier de Laboissière. A brigada consistía nos 17o e 63o reximentos de infantería de liña. A dolorosa ferida no brazo finalmente o obrigou a tomar unha licenza do exército. A partir do 1 de xuño de 1801, Quesnel ocupou un posto militar na República Cisalpina. Dous anos despois tomou o mando das tropas preto de Faenza.