A NRA foi formada a partir da Comisión de Seguridade Nuclear, que estaba baixo a autoridade do Gabinete, e a Axencia de Seguridade Nuclear e Industrial, que estaba baixo o Ministerio de Economía, Comercio e Industria (METI). Despois do desastre nuclear de Fukushima, despois do terremoto do 11 de marzo de 2011.
As medidas de seguridade do goberno foron consideradas inadecuadas. Ademais, a NISA, estando baixo o paraguas do METI, que tamén era responsable de promover o uso da enerxía nuclear, foi vista como tendo un conflito de intereses. Como consecuencia, a nova axencia foi establecida baixo o Ministerio de Medio Ambiente.