O goberno de Ubaydallah sobre Exipto foi inicialmente contestado polo goberno central abasí, que aínda estaba a tentar recuperarse da perda de autoridade que incorreu debido á guerra civil.
entre os califas rivais al-Amin e al-Ma'mun en 811-813, e pouco despois da súa ascensión foi forzado a tratar cunha invasión por Khalid ibn Yazid al-Shaybani, que fora delegado por al-Ma'mun para tomar o mando do país. Ubaydallah decidiu ofrecer resistencia, e mesmo con Ibn al-Jarawi prestando asistencia a Khalid foi capaz de gañar unha batalla contra este último nas aforas de Fustat. Durante os meses seguintes os dous lados libraron varios combates; finalmente Ibn al-Jarawi retirou o seu apoio e a posición de Khalid degradou seriamente, e a principios de 823 finalmente foi derrotado e capturado por Ubaydallah. O seu control sobre Fustat agora seguro, Ubaydallah volveu á capital e despois liberou a Khalid, permitíndolle retirarse da provincia á Meca.