Despois de recibir o seu Juris Doctor en 1973 da Universidade de Virginia School of Law, Mueller traballou como litigador na firma Pillsbury, Madison and Sutro en San Francisco ata 1976. En 1991, serviu durante 12 anos nos despachos de Fiscalía dos Estados Unidos. Primeiro traballou na oficina do Fiscal dos Estados Unidos para o Distrito Norte de California en San Francisco, onde ascendeu a xefe da división criminal, e en 1982, trasladouse a Boston para traballar na oficina do Fiscal dos Estados Unidos para Massachusetts como asistente de Fiscal dos Estados Unidos, onde investigou e procesou grandes casos de fraude financeira, terrorismo e corrupción pública, así como conspiracións de narcóticos e lavadeiros de diñeiro internacionais.
Escola de Dereito da Universidade de Virginia