Cando a guerra foi renovada en 1799, Jourdan estaba á cabeza do exército no Rin, pero de novo sufriu a derrota nas mans do arquiduque Carlos nas batallas de Ostrach.
e Stockach a finais de marzo. Decepcionado e de saúde deteriorada, entregou o mando ao xeneral André Masséna. Retomou os seus deberes políticos e foi un destacado oponente do Golpe de 18 Brumaire, despois do cal foi expulsado do Consello dos Cincocentos. Pronto, con todo, reconciliouse formalmente co novo "régime" e aceptou de Napoleón novos empregos militares e civís. En 1800, Jourdan converteuse en inspector xeral de cabalería e infantería e representante dos intereses franceses na República Cisalpina.