Eicke foi o segundo comandante do campo de concentración de Dachau de xuño de 1933 a xullo de 1934, e xunto co seu axudante Michael Lippert, foi un dos verdugos do xefe das SA Ernst Röhm durante a purga da Noite dos Coitelos Longos. En 1939, Eicke converteuse en comandante da División SS Totenkopf da Waffen-SS, liderando a división durante a Segunda Guerra Mundial na Fronte Occidental.
e fronteiras orientais, e continuando a expandir e desenvolver o sistema de campos de concentración.