Martínez comezou a campaña 2013/14 no banco de substituicións, baixo o novo adestrador Pep Guardiola. O 30 de agosto de 2013, nese ano
Na Supercopa da UEFA de 2004, tomou o campo na segunda parte do partido contra o Chelsea, e marcou o empate 2-2 no último minuto do tempo extra, cando os bávaros gañaron o trofeo en Praga despois dun tiroteio de penaltis. Martínez rematou a tempada cun gol en 34 partidos.