Mathews e as súas tropas tamén xogaron un papel clave no fin da guerra anglo-zanzibar
de 1896 que estalou dun intento de evitar o requisito de que os novos sultáns debían ser examinados polo cónsul británico. Durante o seu tempo como primeiro ministro, Mathews continuou involucrado cos militares e participou en dúas grandes campañas, unha a Witu e outra a Mwele.