A chegada do novo adestrador Julen Lopetegui en agosto de 2018 fixo que Modrić volvese ao primeiro equipo como substituto debido á súa falta de adestramento de pretemporada despois da Copa do Mundo de 2018. Isto incluíu unha aparición como substituto na derrota do seu equipo por 2 a 4 despois da prórroga contra o Atlético de Madrid na Supercopa da UEFA.
- Non. A súa primeira aparición na tempada foi o 1 de setembro nunha vitoria por 4 a 1 contra o Leganés, na que fixo unha asistencia no terceiro gol do seu equipo, marcado por Karim Benzema. A súa aparición número 100 na competición de clubes da UEFA tivo lugar o 19 de setembro nunha vitoria por 3 a 0 contra a Roma, na que fixo unha asistencia para o segundo gol, marcado por Gareth Bale. O 22 de decembro, Modrić gañou a súa terceira Copa do Mundo de Clubes da FIFA, marcando o primeiro gol e asistindo para o terceiro na final contra Al Ain. O 13 e 19 de xaneiro de 2019, Modrić marcou por primeira vez en dous partidos consecutivos de liga para o Real Madrid, nunha vitoria de 1 a 2 fóra contra o Real Betis e 2 a 0 na vitoria contra o Sevilla. No mesmo mes foi incluído no Equipo do Ano da UEFA (2018) por terceira vez na súa carreira. Do 27 de febreiro ao 5 de marzo, Modrić pasou polo que describiu como "a semana máis difícil da súa vida futbolística", co Real Madrid perdendo a Barcelona dúas veces e o Ajax e quedando fóra da Copa del Rey, a carreira polo título e a Liga dos Campións, respectivamente. A pesar de ter unha tempada decepcionante, por quinta vez consecutiva foi incluído no FIFA FIFPro World XI.