Pouco despois do estallido da Segunda Guerra Mundial, os Morgenstern foron expropiados e deportados como xudeus á Polonia ocupada.
, onde foron encarcerados no gueto de Łódź. Alí morreu Samuel Morgenstern de desmayo en agosto de 1943. Foi enterrado no cemiterio do gueto. A súa esposa, Emma, que, como o seu cuñado Wilhelm Abeles (que tamén vivía no gueto e sobreviviu a Auschwitz) presenciou a morte do seu marido, foi deportada ao campo de concentración de Auschwitz-Birkenau no mesmo mes. Dado que era unha práctica estándar en Auschwitz enviar a maioría dos recén chegados, especialmente as mulleres anciás incapaces de traballar, directamente ás cámaras de gas, a súa morte pode considerarse certa. En consecuencia, un tribunal de Viena decidiu en decembro de 1946 que non podían sobrevivir ata o final da guerra e declarounos mortos, de acordo cunha moción presentada polo seu irmán Max Pragan.