Aínda que non se planeaba establecer a 2a Brigada Anfibia ata 1944, o calendario foi adiantado ata novembro de 1943 debido ao éxito da Operación Cartwheel Aliada. A 2a Brigada Anfibia foi establecida a partir da 5a Unidade de Garrisón Independente da IJA con base en Manchukuo co persoal da 29a División da IJA. O 11 de abril de 1944, a 2a Brigada Anfibia foi asignada ao Grupo de Exércitos Expedicionarios do Sur e foi enviada ás Filipinas en maio, pero sen a súa compañía blindada. Foi trasladado en xuño á península de Vogelkop, no oeste de Nova Guinea, onde pasou a estar baixo o mando do 2o Exército IJA. No camiño, o seu buque de abastecemento foi afundido por un submarino estadounidense, causando a perda da maioría das súas municións e moitos rifles. Durante a batalla de Biak
do 27 de maio ao 17 de agosto de 1944 debía ser enviado como refuerzo á guarnición xaponesa sitiada; con todo, carecía do transporte para chegar á illa. A 2a Brigada Anfibia permaneceu en Sorong durante toda a guerra, onde, debilitada pola desnutrición e as enfermidades, rendeuse en agosto de 1945. Uns 180 membros da brigada que sobreviviron ao afundimento do barco de subministración quedaron varados en Zamboanga e morreron durante a batalla de Mindanao.