Escriba unha continuación para este parágrafo - A raíz dese evento, o defensor dos dereitos humanos de Guatemala, Ramiro de León Carpio, sucedeu como presidente, de acordo coa constitución. Nomeou a Pérez como seu xefe de gabinete presidencial, cargo que ocupou ata 1995. Considerado un líder da facción do exército guatemalteco que favoreceu unha resolución negociada da guerra civil guatemalteca de 30 anos.
, Pérez representou aos militares nas negociacións coas forzas guerrilleras. Conseguiu os acordos de paz de 1996.