Regresando a casa en marzo de 1801, recibiu a orde de prepararse para un cruceiro dun ano no Mediterráneo nun escuadrón comandado polo comodoro Richard Dale. A súa propia petición, Decatur foi relevado do mando do "Philadelphia" polo capitán Samuel Barron. O escuadrón chegou a Xibraltar o 1 de xullo, co comodoro Dale na fragata. O "Philadelphia" foi dirixido a cruzar o estreito e bloquear a costa de Trípoli, xa que en maio de 1801 o Pasha Yusuf Karamanli ameazara con facer guerra
nos Estados Unidos e tomaron buques mercantes estadounidenses por rescate.