O 26 de xuño de 1861, Baxter alistouse para a Guerra Civil Americana, uníndose á 12a Infantería Voluntaria de Massachusetts como cirurxián do regimento. Serviu ata abril de 1862, cando foi nomeado cirurxián de brigada no Exército do Potomac. Participou na Campaña da Península, incluíndo as batallas de Yorktown, Hanover Court House e Seven Pines.
- Non.