O 3 de febreiro de 2008, durante unha batalla entre forzas do goberno e rebeldes
En N'Djamena, Saleh foi arrestado por militares non identificados, presumiblemente gardas presidenciais, segundo o PLD. Máis dunha semana despois, non se publicou ningunha información sobre o arresto ou sobre o lugar onde Saleh estaba detido. Un dos curmáns de Saleh expresou unha preocupación particular sobre o feito de que Saleh estivo moi enfermo durante algún tempo, esperando que se lle puidesen traer medicamentos, alimentos e roupa onde queira que estivese detido. O 27 de febreiro, aínda sen información dispoñible sobre o paradero ou a condición de Saleh, a súa esposa reuniuse con Carla Bruni, a esposa do presidente francés Nicolas Sarkozy. O presidente Sarkozy pediu ao seu homólogo Idriss Déby que se reunise con ela tamén, pero o 28 de febreiro ela finalmente rexeitou reunirse con Déby.