Despois da morte do rei Henrique (31 de xaneiro de 1580), Francisco de Portugal foi un dos poucos membros da alta aristocracia que apoiou activamente a "Dom" António como rei de Portugal. Foi nomeado polo novo rei como seu Constable, e participaron xuntos na Batalla de Alcântara (1580)
, defendendo Lisboa dos exércitos españois, liderados polo duque de Alba.