En 1260, Baybars e o seu exército mameluco destruíron a igrexa durante o seu ataque a Nazaret. Un pequeno número de franciscanos conseguiron permanecer en Nazaret ata a caída de Acre en 1291. Nos tres séculos seguintes, os franciscanos foron dentro e fóra de Nazaret, dependendo da situación política local, que estaba en constante cambio. Os relatos franciscanos deste período documentan a súa expulsión en 1363, o seu retorno en 1468 e un masacre de algúns dos seus membros en 1542. As familias cristiás locais co apoio franciscano axudaron a coidar da igrexa tamén durante este período.
1954