Completar a seguinte frase: Despois da Eurocopa de 2000, Nesta permaneceu como o centro de primeira opción de Italia baixo o novo mánager Giovanni Trapattoni, destacando extensivamente durante a campaña de clasificación para a Copa do Mundo de 2002. Durante a Copa do Mundo de 2002, colaborou con Fabio Cannavaro na defensa central, mantendo unha folla limpa na vitoria inaugural contra Ecuador, pero unha vez máis, a lesión impediu que xogase na segunda rolda, e Nesta non participou na controvertida derrota na segunda rolda contra a Corea do Sur. Nesta destacou cando Italia encabezou o seu grupo de clasificación para a Eurocopa 2004. A decepción de Italia nos grandes torneios continuou en
Euro 2004, onde foron eliminados na primeira rolda tras un empate de cinco puntos con Dinamarca e Suecia, só para ser eliminados en enfrontamentos directos. Nesta conseguiu manterse libre de lesións e xogou durante 90 minutos nos tres partidos do grupo, axudando a Italia a manter a tabela limpa no empate de apertura contra Dinamarca.