Escriba unha continuación para este parágrafo - A familia de Bačkis en Lituania foi perseguida polos soviéticos; o seu irmán Juozas foi deportado a Siberia
en xuño de 1941, onde morreu un ano despois. Klimas foi arrestado pola Gestapo en setembro de 1943, o que deixou a Bačkis como diplomático sénior en Francia. O mesmo ano, Bačkis defendeu a súa tese de doutoramento sobre o Concordato lituano (publicado en lituano en 2007). Despois da guerra, Francia non recoñeceu oficialmente os servizos diplomáticos lituanos, letóns ou estonios, pero permitiulles funcionar de forma non oficial. Bačkis continuou a educar a varios funcionarios sobre a ocupación de Lituania e a presión para o non recoñecemento da RSS de Lituania para garantir a continuidade do estado. Tamén publicou boletíns informativos sobre asuntos lituanos (incluíndo 33 números de "Questions Lithuaniennes", 8 números de "Bulletin Lithuanien" e o libro "Peuples opprimés. La tragédie des Etats Baltes"), axudou aos refuxiados lituanos, etc. En 1948, Bačkis fixo contactos con Juozas Lukša, un partidario antisoviético que logrou escapar da Cortina de Ferro, e axudou a difundir información sobre a loita armada. En 1949, o Comité de Países da Europa Central e Oriental, presidido polo parlamentario británico Harold Macmillan e representando a varias nacións do Bloque Oriental, foi establecido polo Movemento Europeo. Bačkis converteuse en vicepresidente do Comité en 1951. Tamén foi representante lituano na Unión de Federalistas Europeos, uniuse aos Nouvelles équipes internationales (Novas Equipas Internacionais) e á Asemblea de Nacións Europeas Cativas. Bačkis tamén instou ao restablecemento da Academia Católica de Ciencias de Lituania e presentou activamente traballos de investigación nas súas sesións. En 1950, foi galardoado coa Orde de San Gregorio Magno polo Vaticano.