O 15 de outubro de 1979, unha Junta do Goberno Revolucionario (JRG) tomou o control de El Salvador, destituíndo ao presidente Carlos Humberto Romero. Este é o comezo do comezo dunha guerra civil a gran escala.
- Non. Duarte volveu a El Salvador o 3 de marzo de 1980 e uniuse á Xunta, converténdose no ministro de Relacións Exteriores de El Salvador.