Cabrera abriu o 2013 como interceptor dos Padres e comezou 69 partidos consecutivos na posición antes de ir á lista de inhabilitados de 15 días a mediados de xuño cunha lesión no tendón do fémur. O 14 de maio, Cabrera recolleu o 60.000 hit na historia dos Padres. Foi seleccionado para o equipo All-Star
como reserva, cunha media de bateo de.291, porcentaxe de bases de.373, e 34 bases roubadas no descanso.