Completar a seguinte frase: Cando Lituania foi ocupada pola Unión Soviética en xuño de 1940, Aukštuolis xunto con outros dignatarios saudou a Vladimir Dekanozov, vice de Vyacheslav Molotov, no aeroporto de Kaunas. Permaneceu en Lituania aínda que a súa esposa fuxiu a Arxentina e usou os seus contactos diplomáticos para axudar a Martynas Yčas a escapar a Berlín. Despois da toma soviética, Aukštuolis perdeu o seu traballo no ministerio, pero cunha recomendación de Justas Paleckis (traballaron xuntos na legación lituana en Riga) obtivo un traballo como profesor de lingua rusa na Escola Secundaria No. 1 de Panevėžys. Foi un dos 17.500 lituanos deportados a Siberia durante a
Deportación en xuño de 1941. Xunto con varios outros lituanos destacados, incluíndo o ex presidente Aleksandras Stulginskis e o ministro Stasys Šilingas, Aukštuolis terminou en Kraslag no Krasnoyarsk Krai. En 1942, el e outros 16 lituanos foron arrestados unha vez máis e acusados de actividades anti-soviéticas. O NKVD recomendou a pena de morte, pero a sentenza final de 25 anos de prisión non foi anunciada ata febreiro de 1952, case tres anos despois da morte de Aukštuolis por tuberculose e desnutrición en Dubravlag.