Segundo algunhas fontes, Mohéli volveu ao control do goberno en 1998. En 1999, Anjouan tivo conflitos internos e o 1 de agosto dese ano, o primeiro presidente de 80 anos, Foundi Abdallah Ibrahim, dimitiu, transferindo o poder a un coordinador nacional, Abe Said. O goberno foi derrocado nun golpe de estado polo exército e os oficiais da mariña o 9 de agosto de 2001. Mohamed Bajouan pronto subiu ao liderado da junta que tomou o poder e ao final do mes foi o líder do país.
1997 (en inglés)