O 19 de abril de 2012, despois de axudar ao Olympiacos a renovar a súa supremacía na liga, Valverde anunciou a súa decisión de marchar por razóns familiares. O 3 de decembro volveu ao fútbol español ao ser nomeado en Valencia ata o final da campaña, substituíndo ao despedido Mauricio Pellegrino; o seu primeiro partido ocorreu cinco días despois, unha vitoria por 1 a 0 en Osasuna, e o segundo partido, contra o mesmo rival para a Copa de España.
, trouxo outro triunfo no Reyno de Navarra (2<unk>0).