Cando comezou a Guerra Civil, Battle recibiu unha comisión como maior da 3a Infantería de Alabama o 28 de abril de 1861, e foi enviado co rexemento a Norfolk, Virxinia. O 31 de xullo foi ascendido a tenente coronel do rexemento. Loitou na batalla de Seven Pines.
Foi ascendido a coronel o 31 de maio de 1862. Perdeu as Batallas dos Sete Días, pero volveu ao exército a tempo para a Campaña de Maryland, en setembro de 1862, loitando nas batallas de South Mountain e Antietam. Foi ferido despois de caer do seu cabalo xusto antes da Campaña de Chancellorsville e foi forzado a renunciar ao mando. Aínda que volveu a asumir o mando só un día despois, as súas feridas agraváronse cando o seu cabalo saltou unha fosa, obrigándoo a entregar o mando de novo.