En 1929, Khomeini casou con Khadijeh Saqafi, a filla de 16 anos dun clérigo en Teherán. Segundo todos os informes, o seu matrimonio foi harmonioso e feliz. Morreu en 2009. Tiveron sete fillos, aínda que só cinco sobreviviron á infancia. As súas fillas casaron en familias mercantes ou clérigas, e os seus dous fillos entraron na vida relixiosa. Mostafa, o fillo maior, morreu en 1977 mentres estaba en exilio en Najaf, Iraq co seu pai e foi rumoreado polos partidarios do seu pai que foi asasinado por SAVAK. Ahmad Khomeini, que morreu en 1995 aos 50 anos, tamén foi rumoreado como unha vítima de xogo sucio, pero nas mans do réxime.
Khadijeh Saqafi