En 1803, despois da Paz de Amiens, Hillyar serviu no Mediterráneo en "Niger", rexeitando a promoción hereloviana xa que podería deixalo en reserva con media paga, o que deixaría á súa familia destituída. Horatio Nelson descubriu isto e recomendou especialmente a Hillyar para o servizo de Lord St Vincent no Almirantado. Como resultado, Hillyar foi promovido e permitíuse reter "Niger", con armamento aumentado, no Mediterráneo. En 1805 casou con Mary Taylor, filla dun almacén naval maltés. En 1807 uniuse á frota preparándose para operacións no Mar Báltico e en 1809 comandou o HMS "St George" de 98 canóns como capitán de bandeira de Eliab Harvey. O mesmo ano recibiu outra fragata para o servizo independente, o HMS "Phoebe". Hillyar comandou o "Phoebe" no Océano Índico e nas Indias Orientais durante 1810 e 1811, e estivo presente na invasión de Ile de France e a posterior invasión de Java.
- Non. O 20 de maio de 1811, foi un dos capitáns que participaron na batalla de Tamatave, cando un escuadrón de fragatas francesas foi derrotado e dous buques capturados.