Escriba unha continuación para este parágrafo - Kovač representou a Croacia en dúas Copas do Mundo, 2002 e 2006, e tamén participou en dous Campionatos de Europa, 2004
e 2008. Na Copa do Mundo de 2006 xogou ben na defensa, pero despois de recibir un segundo amarelo contra Xapón perdeu o partido final do grupo contra Australia por suspensión. Sen Kovač, Croacia loitou na defensa co seu substituto Tomas comprometendo o handball para o primeiro gol de Australia a través dun penalti. Croacia empatou 2<unk>2 con Australia, pero foron eliminados do torneo. Con Croacia, Leverkusen e Bayern, Kovač foi compañeiro de equipo co seu irmán maior Niko Kovač. Retirouse do equipo nacional no outono de 2009, despois de ser o capitán do equipo despois da xubilación do seu irmán en 2008.