Entre o 21 e o 23 de abril de 1567, María visitou o seu fillo en Stirling por última vez. No seu camiño de volta a Edimburgo o 24 de abril, María foi secuestrada, de boa vontade ou non, por Lord Bothwell e os seus homes e levada ao castelo Dunbar, onde puido violala. O 6 de maio, María e Bothwell regresaron a Edimburgo e o 15 de maio, no Palacio de Holyrood ou na Abadía de Holyrood, casáronse con ritos protestantes. Bothwell e a súa primeira esposa, Jean Gordon, que era a irmá de Lord Huntly, divorciáronse doce días antes.
fillo