Os líderes do levantamento de Albayzín fuxiron ás montañas de Alpujarra. Os habitantes das montañas, case exclusivamente musulmáns, só aceptaron o goberno cristián con renuencia. Rapidamente levantáronse en revoltas contra o que consideraban como a violación dos termos do Tratado de Granada, e porque temían que sufrirían as mesmas conversións forzadas que os residentes de Albayzín. En febreiro de 1500, 80.000 tropas cristiás foron mobilizadas para acabar coa rebelión. Por falta de rebelión, o rei Fernando chegou en marzo para proceder directamente ás próximas operacións. Os rebeldes combateron ben tácticamente e utilizaron o terreo montañoso cristián para levar a cabo a guerra de guerrillas.
Os rebeldes adoitaban ser ben dirixidos e aproveitaban o terreo montañoso para levar a cabo guerrillas