A principios de 1953, foron trasladados ao Museo Arqueolóxico de Palestina (comúnmente chamado Museo Rockefeller) en Xerusalén Oriental e durante o seu transporte sufriron máis deterioro e danos. O museo estaba subfinanciado e tiña recursos limitados para examinar os pergaminos, e, como resultado, as condicións do "pergamino" e a área de almacenamento quedaron relativamente descontroladas segundo os estándares modernos. O museo deixara a maioría dos fragmentos e pergaminos entre os vidros das fiestras, atrapando a humidade con eles, causando unha aceleración no proceso de deterioro. Durante unha parte do conflito durante a guerra de 1956
Durante a guerra civil entre Israel, Gran Bretaña e Francia contra Exipto, a colección de pergaminos do Museo Arqueolóxico de Palestina foi almacenada na bóveda do Banco Otomán en Ammán, Xordania. As condicións húmidas do almacenamento temporal dos pergaminos na bóveda do Banco Otomán desde 1956 ata a primavera de 1957 levaron a unha taxa máis rápida de deterioro dos pergaminos. As condicións causaron que os pergaminos e os fragmentos se moldeasen, e algúns fragmentos foron parcialmente destruídos ou fixéronse ilegibles polo pegamento e o papel dos sobres de manila nos que se gardaron mentres estaban no cofre. En 1958 observouse que ata o 5% dalgunhas das voltas se deteriorara completamente. Moitos dos textos volvéronse ilegibles e moitos dos pergaminos escureceron considerablemente.