Khan esixiu publicamente unha disculpa paquistaní ao pobo de Bangladesh polas atrocidades cometidas en 1971
, chamou á operación de 1971 un "erro" e comparou co tratamento actual dos pastunes na guerra contra o terrorismo. Con todo, criticou repetidamente os xuízos de crimes de guerra en Bangladesh a favor dos condenados. Khan é a miúdo burlado como "Taliban Khan" debido á súa postura pacifista respecto á guerra no noroeste de Paquistán. Cre nas negociacións cos talibáns e na retirada do exército paquistaní das áreas tribais administradas federalmente (FATA). Está en contra dos ataques de avións non tripulados dos Estados Unidos e planea desvincular a Paquistán da guerra contra o terror liderada polos Estados Unidos. Khan tamén se opón a case todas as operacións militares, incluíndo o asedio de Lal Masjid.