Xogando para a selección argentina, Pedernera gañou a Copa América en 1941 e 1946
, sendo nomeado o "Mellor Xogador" deste último. Tamén foi elixido o 12o mellor futbolista suramericano do século XX nunha enquisa realizada pola IFFHS en 2000, e o seu nome aparece na lista dos 100 mellores futbolistas de todos os tempos seleccionados pola revista "FourFourTwo" en 2017, na que ocupa o 58o lugar.