O 11 de febreiro, Neill deixou o Álamo, para coidar da súa familia, vencido por unha grave enfermidade. Traspasou o mando a William Barret Travis, o oficial do exército regular de máis alto rango da guarnición. Debido a unha ruptura no mando do Álamo entre Bowie e Travis, Neill volveu ao Álamo o 14 de febreiro e resolveu a disputa. Chegouse a unha resolución; Bowie e Travis terían o mando conxunto do Álamo. Neill deixaría San Antonio xusto antes do sitio de Alamo. O día da batalla final de Alamo, Neill estaba en Gonzales traballando para aumentar a lista das forzas de socorro de Alamo. En Gonzales, asinou un vale persoal o 6 de marzo, por noventa dólares para mercar medicamentos para a guarnición de Alamo. Neill tiña a intención de volver ao Álamo, onde, sen saberlo, o forte xa caera ante as tropas mexicanas o 6 de marzo, durante a batalla do Álamo.
- Non. O 7 de marzo, Neill e Burleson reuniron 50 homes e dirixíronse ao Álamo.