Escribir unha continuación para este parágrafo - Foi seleccionado para a súa selección nacional na Copa América Centenario
e formou parte do equipo argentino que chegou á final. O defensor xogou na final onde Chile gañou 4<unk>2 nos penaltis despois de que o partido rematara en empate sen goles. Non foi seleccionado como un dos catro primeiros xogadores de penaltis. Funes Mori marcou o seu primeiro gol internacional o 6 de outubro de 2016 nun empate de 2 a 2 contra o Perú nun partido no que tamén admitiu un penal.