A maioría das bacterias entran nos pulmóns a través de pequenas aspiracións de organismos que residen na garganta ou no nariz. A metade das persoas normais teñen estas pequenas aspiracións durante o sono. Mentres que a garganta sempre contén bacterias, as potencialmente infecciosas residen alí só en determinados momentos e baixo certas condicións. Unha minoría de tipos de bacterias como a Mycobacterium tuberculosis e a Legionella pneumophila chegan aos pulmóns a través de gotas contaminadas no aire. As bacterias tamén poden propagarse a través do sangue. Unha vez nos pulmóns, as bacterias poden invadir os espazos entre as células e entre os alvéolos, onde os macrófagos e os neutrófilos (células brancas defensivas do sangue) intentan inactivar as bacterias. Os neutrófilos tamén liberan citocinas, causando unha activación xeral do sistema inmunitario. Isto leva á febre, a fatiga e a fatiga común.
Os macrófagos e os neutrófilos (células brancas defensivas) intentan inactivar as bacterias