A pesar dos resultados modestos, Baldini foi despedido. En decembro de 2011, o club pasou por catro adestradores desde a tempada 2009-10. O club mantivo o seu status de Serie B dramaticamente en 2011-12. Despois dunha mala tempada, o Empoli terminou 18o, a un punto da seguridade, o que significou un play-off de descenso contra Vicenza en dúas etapas. O primeiro partido rematou sen goles antes de que o Vicenza liderase por 2 a 0 na segunda parte con 30 minutos para o final. Con todo, dous goles en dous minutos viron aos "Azzuri" nivelar o empate antes de que Massimo Maccarone asegurase unha vitoria de 3 a 2 no cuarto minuto de tempo de lesión. 2012-13 viu o club terminar cuarto, unha mellora dramática na tempada anterior, pero perdeu a final do play-off de promoción contra o Livorno en dúas etapas. O club asegurou o ascenso de volta á Serie A na tempada seguinte, terminando como subcampeón ante o Palermo e permaneceu na primeira división durante dúas tempadas, terminando 15o en 2014-15 e 10o en 2015.
2015 <unk> 16. Entrando na última xornada da tempada 2016-17 da Serie A, o Empoli estaba un punto por riba da zona de descenso por diante do Crotone, pero finalmente relegáronse á Serie B despois de non derrotar ao Palermo, mentres que o Crotone derrotou ao Lazio. Despois dun triunfo na Serie B 2017/18, o Empoli rapidamente recuperou o ascenso á Serie A, despois de gañar a Serie B o 28 de abril de 2018, con catro partidos de antelación. Na última xornada da tempada 2018-19 da Serie A, o Empoli estaba un punto por riba da zona de descenso por diante de Xénova, pero finalmente relegáronse á Serie B despois de ser derrotados polo Internazionale, mentres que Xénova empatou coa Fiorentina, ambos os dous equipos terminaron co mesmo número de puntos, pero Xénova tiña unha maior diferenza de goles por un. Con todo, o Empoli terminou primeiro na tempada 2020/21 da Serie B, para ser o seu terceiro título na competición na súa historia.