O 10 de xuño, a División de Navíos de Guerra 1 partiu de Tawitawi para Batjan en preparación para a Operación Kon, un contraataque planeado contra a invasión estadounidense de Biak.
- Non. Tres días despois, cando o almirante Soemu Toyoda, comandante en xefe da Frota Combinada, foi notificado dos ataques estadounidenses a Saipan, a Operación Kon foi cancelada e a forza de Ugaki foi desviada cara ás Illas Marianas. Os acorazados reuníronse coa forza principal de Ozawa o 16 de xuño. Durante a Batalla do Mar de Filipinas, o "Nagato" escoltou os porta-avións e o porta-avións lixeiro. Disparou 41 cm de shrapnel antiaéreo incendiario tipo 3 "Sankaidan" contra avións do portaavións lixeiro que estaban atacando o "Jun'yō" e afirmou ter derrubado dous bombarderos torpedeiros Grumman TBF Avenger. O navío foi bombardeado por avións estadounidenses durante a batalla, pero non sufriu danos e non sufriu baixas. Durante a batalla, o "Nagato" rescatou sobreviventes do "Hiyō" que foron trasladados ao portaavións unha vez que o barco chegou a Okinawa o 22 de xuño. Continuou a Kure onde foi reequipado con radares adicionais e armas lixeiras AA. Desacoplado o 8 de xullo, Nagato cargou un rexemento da 28a División de Infantería o día seguinte e entregou a Okinawa o 11 de xullo. Chegou a Lingga vía Manila o 20 de xullo.