En xuño de 1862, Jewett uniuse ao Exército da Unión para loitar na Guerra Civil, e foi comisariado como segundo tenente na 9a Infantería de Vermont. O 3 de agosto foi capturado e permaneceu prisioneiro da Confederación durante 25 días. Jewett foi ascendido a primeiro tenente en maio de 1863. Durante o seu servizo, participou nas batallas de Harper's Ferry (13 e 15 de setembro de 1862), Newport Barracks (2 de febreiro de 1864), Chaffin's Farm (29 de setembro de 1864) e Fair Oaks
(27 de outubro de 1864). Renunciu en novembro de 1864 e regresou a Vermont.