Escriba unha continuación para este parágrafo - Inmediatamente despois da ocupación, as autoridades soviéticas comezaron a rápida sovietización de Lituania. Todas as terras foron nacionalizadas. Para gañar o apoio do novo réxime entre os campesiños máis pobres, distribuíronse grandes granxas a pequenos propietarios de terras. Con todo, en preparación para a eventual colectivización, os impostos agrícolas aumentaron dramaticamente nun intento de quebrar a todos os agricultores. A nacionalización de bancos, grandes empresas e propiedades inmobiliarias provocou interrupcións na produción que causaron grandes escasezas de bens. O litas lituano foi subvalorizado artificialmente e retirado na primavera de 1941. O nivel de vida caeu. Todas as organizacións relixiosas, culturais e políticas foron prohibidas, deixando só o Partido Comunista de Lituania e a súa rama xuvenil. Aproximadamente 12.000 "inimigos do pobo" foron arrestados. Durante a deportación de xuño
Durante a campaña de 1941, preto de 12.600 persoas (na súa maioría ex oficiais militares, policías, figuras políticas, intelectuais e as súas familias) foron deportadas a Gulags en Siberia baixo a política de eliminación das elites nacionais. Moitos deportados pereceron debido ás condicións inhumanas; 3.600 foron encarcerados e máis de 1.000 foron asasinados.