O estreito de Tsugaru ten un pescozo oriental e un pescozo occidental, ambos de aproximadamente 20 km de diámetro. As enquisas iniciais realizadas en 1946 indicaron que o pescozo oriental era de ata 200 metros de profundidade con xeoloxía volcánica. O pescozo occidental tiña unha profundidade máxima de 140 metros e unha xeoloxía composta principalmente de rochas sedimentarias do período neogénico. O pescozo occidental foi seleccionado, coas súas condicións favorables para o túnel. A xeoloxía da porción submarina do túnel consiste en rochas volcánicas, rochas piroclásticas e rochas sedimentarias do período.
200 anos