O 16 de xaneiro de 1643, Thomas, Lord Grey de Groby foi nomeado comandante en xefe da asociación de condados de Midland e despois ordenoulle que tomase especial coidado de Nottingham durante a segunda guerra civil. Tomou o cuartel xeral alí en xuño de 1643, cunha forza de aproximadamente 6.000 homes. Nunha carta ao seu fillo Thomas, datada do 5 de marzo de 1643, Henry Grey (pai de Thomas) describe unha batalla para varrer o país, pasando por cidades como Lutterworth, Hinckley, Barwell, Lichfield e Newark. O 29 de agosto de 1643, en Aylesbury, uniuse ao conde de Essex na marcha para aliviar a Gloucester. Despois de que o sitio foi levantado, el loitou na primeira batalla de Newbury
polo que recibiu grazas. En 1644, recibiu máis apreciación pola redución de lugares en Derbyshire. Logo deixou Leicester debido a un malentendido, pero en 1645 foi convocado de volta para enfrontarse a un ataque realista. En 1648, Lord Grey levantou tropas en Leicestershire. Despois da derrota dos escoceses en Preston, perseguiu ao duque de Hamilton e o seu cabalo ata Uttoxeter e tomou o crédito pola súa captura, aínda que o duque Hamilton afirmou que se rendeu. Ata agosto, Grey ocupou varios mandos na milicia. En 1651, foi enviado a recrutar voluntarios coa comisión de comandante en xefe nos condados de Leicester, Nottingham, Northampton e Rutland, para enfrontarse á invasión escocesa. En setembro, Sir Edward Massie rendeuse a Lord Grey despois da batalla de Worcester.