Čech foi titular no primeiro partido do Chelsea da tempada 2012-13, o Community Shield de 2012 contra o Manchester City, pero non conseguiu manter a tabela limpa cando o Chelsea caeu 3-2 a goles de Yaya Touré, Carlos Tevez e Samir Nasri. Tamén participou na última Supercopa da UEFA.
disputado no Stade Louis II de Mónaco, no que admitiu catro goles mentres o Chelsea perdeu por 4 a 1 ante o gañador da UEFA Europa League, o Atlético Madrid. En outubro de 2012, Čech tomou o brazalete do capitán cando o capitán regular do Chelsea, John Terry, foi excluído con unha suspensión de catro partidos.