Zebley foi un axente especial do FBI traballando para a División de Antiterrorismo durante sete anos. Como axente do FBI, Zebley investigou os atentados de al-Qaeda contra embaixadas estadounidenses en África oriental.
En 1998, e despois dos ataques do 11 de setembro foi asignado ao equipo PENTTBOM do FBI, que investigaba aos terroristas responsables dos ataques. Zebley estivo no equipo de arresto que capturou a un dos bombardeiros da embaixada, Khalfan Khamis Mohamed, en outubro de 1999 en Cidade do Cabo, Sudáfrica. Zebley foi un dos investigadores que construíu o caso contra Zacarias Moussaoui, que finalmente foi condenado a prisión perpetua. Zebley foi unha testemuña sumaria no procedemento penal de Moussaoui, testemuñando as formas en que a confesión de Moussaoui en 2005 podería ter axudado a rastrexar os secuestros do 11 de setembro no mes anterior aos ataques se proporcionara información veraz cando foi arrestado por primeira vez.