O 16 de setembro de 1939, a igrexa foi pechada polo exército alemán.
e o corredor dos misioneiros foi tomado para ser usado como almacén por tropas e policía alemás. O edificio foi profanado, o seu equipo roubado. Durante a súa retirada da cidade, as forzas alemás en retirada prenderon lume ao edificio o 19 de xaneiro de 1945, que durou tres días. As tropas soviéticas que se aproximaban dispararon obuses de artillería contra a igrexa, danando gravemente a cúpula e causando outro incendio na parte residencial do ático.