Beltrán de la Cueva é, con todo, máis coñecido por ter un suposto amorío coa segunda esposa de Henrique, Xoana de Portugal. Falouse que a única filla de Henrique, Xoana, era filla de Beltrán e non do propio rei, que podería ser impotente. Este rumor levou a unha guerra de catro anos de Sucesión Castelá
, que foi gañada por Isabel I, a media irmá de Henrique. É pouco probable que os historiadores cheguen a un acordo sobre a paternidade probable de Xoana, xa que non hai suficientes evidencias para apoiar con certeza a calquera dos posibles pais. A maioría das fontes contemporáneas existentes sobre a potencia de Henrique son sospeitosas, xa que as crónicas reais do seu reinado foron escritas ou revisadas baixo a influencia de Isabel, cuxo interese persoal na sucesión fixo que se esforzase moito por insistir na ilexitimidade de Xoana. Gran parte da atención de Isabel a Henrique, de feito, consérvase en danar a súa reputación para cimentar a lexitimidade do seu propio reinado. A cuestión da paternidade de Xoana ten, como resultado, fascinado aos historiadores durante séculos: se Xoana non era de feito a filla de Beltrán, e era realmente lexítima, o reinado tremendamente influente de Isabel tería sido unha usurpación ilegal.