En xaneiro de 1964, ocorreu un motín nos cuarteis militares de Jinja, a segunda cidade de Uganda e sede do 1o Batallón do Exército de Uganda. Houbo motíns similares noutros dous estados de África oriental; os tres países solicitaron o apoio das tropas do exército británico. Antes de chegar, con todo, Obote enviou ao seu ministro de Defensa, Felix Onama, para negociar cos amotinados. Onama foi mantido como refén e aceptou moitas demandas, incluíndo aumentos significativos de salarios para o exército e a rápida promoción de moitos oficiais, incluíndo o futuro presidente.
Suspendeu a constitución e declarouse presidente en marzo de 1966.