En febreiro de 1943, logo da súa participación na invasión aliada do norte de África.
En agosto de 1944, baixo o mando do maior xeral Terry Allen, preparou un informe que incluía suxestións de revisións á organización de tarefas das divisións de asalto, e as súas recomendacións foron adoptadas durante os preparativos para a Operación Husky, o nome en clave para a invasión aliada de Sicilia. Foi ascendido ao rango de brigadier xeral e foi enviado rapidamente ao Reino Unido, onde serviu como asesor estadounidense da División de Operacións Combinadas do Teatro Europeo de Operacións. Naquel cargo, Cota axudou a supervisar o adestramento para operacións de desembarco anfibio.