Kroos volveu ao seu estado físico para o inicio da tempada 2013-14 e xogou na Supercopa de Alemaña e na Supercopa da UEFA.
- Non. O 4 de outubro de 2013, marcou o seu primeiro gol da tempada nun empate por 1 a 1 contra o seu antigo club Bayer Leverkusen na Bundesliga. Empezou dous partidos para o Bayern na Copa Mundial de Clubes da FIFA 2013. O primeiro contra o Guangzhou Evergrande na vitoria de semifinais por 3 a 0 o 17 de decembro de 2013, e na final cando o equipo derrotou ao Raja Casablanca por 2 a 0.