O historiador Nick Cullather escribiu que ao derrocar a Árbenz, a CIA acabou minando o seu propio obxectivo inicial dun goberno guatemalteco estable. O historiador Stephen Streeter afirmou que, aínda que os Estados Unidos lograron certos obxectivos estratéxicos ao instalar o "moldábel" Castillo Armas como presidente, o fixo a costa das institucións democráticas de Guatemala. Afirma ademais que, aínda que Castillo Armas probablemente tería cometido as violacións dos dereitos humanos que fixo mesmo sen a presenza dos Estados Unidos, o Departamento de Estado dos Estados Unidos certamente axudou e promoveu o proceso. O retroceso das políticas progresistas dos anteriores gobernos civís resultou nunha serie de insurxencias de esquerda no campo a partir de 1960. Isto desencadeou a Guerra Civil de Guatemala
entre o goberno militar de Guatemala apoiado polos Estados Unidos e os insurgentes de esquerda, que moitas veces presumían de ter un número considerable de seguidores entre os cidadáns. O conflito, que durou entre 1960 e 1996, resultou na morte de 200.000 civís. Aínda que os crimes contra civís foron cometidos por ambos lados, o 93% destas atrocidades foron cometidas polos militares apoiados polos Estados Unidos. Estas violacións incluíron unha campaña de terra queimada xenocida contra a poboación indíxena maia durante a década de 1980. Os historiadores atribuíron a violencia da guerra civil ao golpe de 1954 e á "paranoia anticomunista" que xerou.