Comezou ben a tempada 2012/13, vencendo a Tony Drago e Robert Milkins para clasificarse para as fases finais do Australian Goldfields Open.
en Bendigo; alí derrotou o wildcard local James Mifsud 5<unk>0, antes de saír do torneo pola mesma marca contra Ding Junhui. No Aberto de Gales de 2013, McManus chegou ao seu primeiro cuartos de final desde o Gran Premio de 2006, cunha vitoria de 4 a 2 sobre o número 16 Barry Hawkins, seguido dunha dramática reaparición para vencer a Joe Perry 4 a 3, despois de estar por detrás de 0 a 3. Foi derrotado nos cuartos de final 3×5 polo compatriota Stephen Maguire. O torneo seguinte, o Haikou World Open, viu a McManus gañar tres partidos na clasificación para chegar ás últimas fases do torneo; entón derrotou o wildcard local Lin Shuai 5<unk>3, antes de enfrontarse ao compatriota John Higgins. McManus fixo unha boa actuación; finalmente perdeu 3×5, pero gañou valiosos puntos de clasificación no proceso.