Johnston gañou dúas medallas de ouro coa Selección Nacional Femenina Sub-22 na Air Canada Cup. Rebecca debutou no Campionato Mundial de Mulleres IIHF de 2008, xogando en todos os cinco xogos e Canadá gañou a prata. Rebecca Johnston foi membro do equipo canadense sub-22. O U-22 participou na MLP Cup, celebrada en Ravensburg, Alemaña, do 2 ao 6 de xaneiro de 2009. Johnston formou parte do equipo que gañou a medalla de prata. No torneo, Johnston acumulou sete puntos (3 goles, 4 asistencias). O seu mellor partido foi na vitoria por 11 a 0 sobre Rusia. Johnston anotou un hat-trick e engadiu unha asistencia. Ademais da MLP Cup, Johnston xogou coa Selección Canadense Senior na Four Nations Cup entre o 4 e o 9 de novembro de 2009. Johnston formou parte do equipo que gañou a medalla de prata. No xogo da medalla de ouro da Copa das catro nacións de 2010, o segundo gol de Rebecca Johnston do xogo asegurou a medalla de ouro para Canadá. Ese gol chegou nun xogo de poder ás 6:21 da prórroga. O gol deu a Canadá unha vitoria de 3 a 2 sobre os Estados Unidos. Foi o 12o campionato de Hockey Canada nos 15 anos de historia do torneo. Levaría a todos os goleadores canadenses no torneo con catro goles. Nun partido contra Rusia no Campionato Mundial Femenino de 2012
, Johnston rexistrou un xogo de cinco puntos (un gol, catro asistencias) nunha vitoria de 14 a 1. En decembro de 2013, Johnston foi nomeado para a lista olímpica de 2014 para Canadá.