Durante a batalla de White Oak Swamp en xuño de 1862, Lewis foi golpeado na perna dereita por un fragmento dun obús de artillería. Máis tarde participou en todas as batallas do 5o Regimento, coa excepción de Mine Run.
e Antietam ata maio de 1864, cando o seu brazo esquerdo foi amputado no ombro como resultado das feridas que sufriu durante o primeiro día da Batalla do Deserto. Foi trasladado a Fredericksburg, e despois a Buffalo, onde a súa esposa coidou del durante a súa convalecencia. En setembro de 1864, foi despedido honorablemente e uniuse ao Veteran Reserve Corps (VRC) como coronel; en marzo de 1865, foi ascendido a xeneral de brigada.