Escriba unha continuación para este parágrafo - Co estallido da Guerra Civil Americana, Jones uníuse ao exército da Unión. O 7 de xullo de 1861, alistouse no 37o New York Volunteers, popularmente coñecido como os "Irish Rifles", baixo o Coronel John H. McCunn. Inicialmente era un soldado pero axiña foi elixido segundo tenente polos homes do rexemento. Estaba presente na Primeira Batalla de Bull Run, só dúas semanas despois do seu alistamento, pero non viu ningunha acción xa que a unidade estaba en reserva. Jones amosou "conduta valente" durante os seus primeiros anos co rexemento e pronto ascendeu ao rango de primeiro tenente e adxunto o 4 de novembro de 1861, e despois maior o 21 de xaneiro de 1862. El e os "Irish Rifles" uníronse máis tarde ao III Corpo do xeneral Samuel P. Heintzelman, como parte da 3a Brigada da 3a División baixo o xeneral de brigada Philip Kearny, durante a campaña da Península e participaron en Williamsburg, Seven Pines
e a campaña dos sete días. Jones tamén estivo presente cando os 37 Voluntarios de Nova York, entón adscritos á 3a Brigada da 1a División do III Cuerpo, estiveron na Segunda Batalla de Bull Run. En maio e xuño, comezou a sufrir de malaria e foi hospitalizado en Washington, D.C. o 26 de setembro permanecendo alí ata finais de outubro. Tamén foi brevemente oficial do xeneral Franz Sigel antes da xubilación do xeneral Ambrose Burnside e a reorganización do Exército do Potomac.