Despois do ataque a Pearl Harbor, durante a Segunda Guerra Mundial, Butaritari e Tarawa, e outros do grupo Gilbert do Norte, foron ocupados polo Xapón.
de 1941 a 1943. Betio converteuse nun aeródromo e unha base de abastecemento. A expulsión do exército xaponés a finais de 1943 involucrou unha das batallas máis sangrientas na historia do Cuerpo de Marines dos Estados Unidos. Os marines desembarcaron en novembro de 1943 e a batalla de Tarawa seguiu. Ocean Island, onde estaba a sede da colonia, foi bombardeada, evacuada e ocupada polo Xapón en 1942 e só foi liberada en 1945, despois da masacre de todos os gilberteses da illa por parte das forzas xaponesas, agás un. Funafuti foi entón a sede provisional da colonia de 1942 a 1946, cando Tarawa volveu a ser a sede, substituíndo a illa Ocean.