Brescia gañou a Copa Anglo-Italiana en 1994, o maior logro destacado de toda a súa historia ata a data. O Brescia chegou á fronte do fútbol só en 2000, cando o club asinou co ex xogador do ano da FIFA Roberto Baggio, que levou ao Brescia a un sétimo lugar na tempada 2000-01, clasificándose para a Copa Intertoto da UEFA. Succesivamente, o Brescia chegou á final da Copa Intertoto, pero perdeu ante o Paris Saint-Germain segundo a regra dos goles fóra de casa despois de lograr un empate de 0-0 fóra de casa na primeira xornada e un empate de 1-1 na segunda xornada. Baggio pasou catro anos en Brescia antes de xubilarse en 2004 e durante eses catro anos históricos, Brescia converteuse en coñecido como "Brescia de Baggio". Durante os catro anos de Baggio con Brescia, o club rexistrou a súa mellor carreira de permanencia na Serie A. Na tempada seguinte que seguiu á xubilación de Baggio (2004-05), con todo, Brescia foi relegado da Serie A no último día, terminando no 19o lugar. O Brescia loitou por volver á primeira división despois do descenso e finalmente volveu á Serie A despois de derrotar ao Torino cun 2<unk>1 agregado na tempada 2009-10. Na tempada 2010-11
Na tempada 2014/15 relegáronse á Lega Pro despois de terminar segundo de último. Con todo, despois da declaración de bancarrota do Parma e a súa descenso á Serie D, o Brescia estivo entre os equipos seleccionados para substituílos na Serie B. A nova promoción á Serie A foi asegurada na tempada 2018-19, con dous partidos por disputar.