Aos catro anos, Hannigan comezou a aparecer en anuncios comerciais. Aos 11 anos trasladouse a Hollywood. Vivía coa súa nai e asistiu á North Hollywood High School, onde fixo audicións para axentes mentres visitaba o seu pai en Santa Bárbara. Despois de asistir á North Hollywood High School, asistiu á California State University, Northridge, onde foi membro da irmandade Alpha Chi Omega e obtivo un título en psicoloxía. O primeiro papel importante de Hannigan foi en My Stepmother Is an Alien, unha comedia de ciencia ficción lanzada en 1988; un dos seus co-estrellas na película foi o actor Seth Green, que máis tarde se uniu a ela no elenco regular de Buffy como o seu noivo na pantalla.
11 de marzo