Escribe unha continuación para este parágrafo - Barcelona virtualmente asegurou o seu título de La Liga a comezos de 2013, igualar o récord de 100 puntos do Real Madrid da tempada anterior. Con todo, os seus resultados deterioráronse na segunda metade da campaña 2012/13, ao mesmo tempo que a ausencia de Vilanova debido a problemas de saúde. Despois de perder sucesivos "Clásicos", incluíndo a Copa del Rey
As semifinais, case foron eliminados na primeira rolda de eliminación directa da Champions League polo AC Milan, pero un rexurdimento da forma na segunda ida levou a unha reaparición de 4 a 0, con dous goles e unha axuda de Messi. Agora na súa novena tempada senior co Barcelona, Messi asinou un novo contrato o 7 de febreiro, comprometéndose co club ata 2018, mentres que o seu salario fixo subiu a 13 millóns de euros. Un mes despois, o 17 de marzo, usou por primeira vez o brazalete do capitán nun partido de liga contra o Rayo Vallecano; para entón, converteuse no punto focal táctico do equipo a un grao que só se rivalizaba cos ex xogadores do Barcelona Josep Samitier, László Kubala e Johan Cruyff. Desde a súa evolución a un falso nove tres anos antes, a súa contribución ao ataque do equipo aumentou; do 24% na súa campaña de triplos, a súa contribución ao gol subiu a máis do 40% esa tempada.