O Bayern cumpriu o desexo de Guardiola de contratar a Thiago Alcântara do FC Barcelona e a primeira tempada de Guardiola comezou ben co Bayern estendendo unha racha de partidos de liga sen derrotas da última tempada a 53 partidos. A derrota ante o Augsburgo ocorreu dous días despois de que o Bayern xa gañara o título de liga. Durante a tempada, o Bayern tamén gañou outros dous títulos, a Copa do Mundo de Clubes da FIFA e a Supercopa da UEFA.
, sendo este último o último gran trofeo que o club aínda non gañara. O Bayern tamén gañou a copa para completar o seu décimo dobre doméstico, pero perdeu na semifinal da Champions League ante o Real Madrid. O presidente do Bayern, Uli Hoeneß, foi condenado por evasión fiscal o 13 de marzo de 2014 e condenado a tres anos e medio de prisión. Hoeneß dimitiu ao día seguinte. O vicepresidente Karl Hopfner foi elixido presidente o 2 de maio. Antes da tempada 2014-15, o Bayern recolleu a Robert Lewandowski despois de que o seu contrato terminara no Borussia Dortmund, e emprestou a Xabi Alonso do Real Madrid. O Bayern tamén deixou que Toni Kroos marchasse ao Real. Os íconos do club Bastian Schweinsteiger e Claudio Pizarro deixaron o club antes da tempada 2015-16. Nestas dúas tempadas, o Bayern defendeu o seu título de liga, incluíndo outro dobre en 2015-16, pero non puido avanzar máis alá das semifinais da Liga dos Campións. Aínda que a dirección do club intentou convencer a Guardiola para que se quedase, o adestrador decidiu non prorrogar o seu contrato de tres anos.