Marinatos comezou a súa carreira en Creta como director do Museo de Heraklion xunto con Georgia Andrea en 1929, onde coñeceu a Sir Arthur Evans. Dirixiu varias escavacións en Creta en Dreros, Arkalochori, Vathypetro e Gazi, todas as cales deron como resultado achados espectaculares. En 1937, converteuse por primeira vez en director do servizo de antigüidades en Grecia. Pouco despois, converteuse en profesor na Universidade de Atenas. Despois volveu a súa atención aos micénicos, considerándoos os primeiros gregos. Excavou moitos sitios micénicos no Peloponeso, incluíndo unha tumba real non saqueada en Routsi, preto de Pilos. Tamén cavou nas Termópilas e Maratón.
Descubrindo os lugares onde se produciron as famosas batallas.