Escriba unha continuación para este parágrafo - Co inicio da Segunda Guerra Mundial en 1939, o Instituto de Educación Especial foi pechado, e Grzegorzewska comezou a traballar como enfermeira nun hospital militar dirixido pola Cruz Vermella Polaca. Entre 1939 e 1944, ensinou na Escola Especial No 177 de Varsovia e participou no sistema educativo clandestino. Activa no movemento de resistencia polaco, distribuíu armas e panfletos; uniuse a Żegota, proporcionando asistencia "meritoriosa" aos xudeus; e participou no oculto de xudeus para salvar as súas vidas. Foi membro da patrulla sanitaria de Ochota durante o Levantamento de Varsovia. Durante o levantamento, a súa casa foi destruída, e nela, manuscritos inéditos de dous dos seus libros, segundo volume de "Psicoloxía dos Sordos" (), primeiro volume publicado en 1930) e "Personalidade do profesor" (). Despois de que Polonia foi liberada
En 1945, Grzegorzewska reactivou o Instituto de Educación Especial, que fora destruído durante o conflito. Coñecendo que o 30% dos profesores morreron na guerra, iniciou programas para axudar a adestrar novos profesores rapidamente. O Sindicato Polaco de Profesores foi restablecido e ela comezou a investigar para avaliar os programas educativos existentes, o status socioeconómico dos profesores e o papel das escolas nas súas comunidades, entre outros temas.