En 1975, o goberno comunista de Checoslovaquia revogou a autorización de Duka para traballar como sacerdote. Desde entón ata o colapso do réxime
En 1989, Duka traballou como deseñador na fábrica Škoda en Plzeň. Mentres tanto, traballou en segredo na Orde e foi elixido Vicario Provincial da provincia e serviu desde 1975 ata 1987. De 1976 a 1981, ensinou teoloxía a seminaristas na Facultade de Teoloxía de Litoměřice. En 1979, obtivo unha licencia en teoloxía na Facultade de Teoloxía de San Xoán o Bautista en Varsovia, Polonia.