Jones é actualmente o líder de todos os tempos dos Estados Unidos en aparicións, con 164 partidos a finais de 2004 (marcando 15 goles). Xogou para o equipo nas Copas do Mundo de 1994, 1998 e 2002. Foi nomeado para o mellor XI na Copa de Ouro da CONCACAF 2000
e gañou coa selección nacional na Copa de Ouro CONCACAF 2002. Tamén representou o seu país nos Xogos Olímpicos de 1992 en Barcelona. Despois de xogar na Copa América de 1995, tamén se converteu nun xogador popular en América Latina debido ao alcume usado por un comentarista arxentino para chamalo: "Escobillón", debido ao seu peiteado de dreadlock branqueado e á pronunciación similar do seu nome, Is Cobi Jones, e a palabra "escobillón".