Kalniete naceu en Togur, Distrito de Kolpashevsky, Tomsk Oblast, Siberia, Rusia, onde a súa familia fora deportada de Letonia pola policía secreta soviética durante a ocupación do seu país pola Unión Soviética, para ser usada como traballo escravo. A súa nai Ligita Kalniete (nacida Dreifelde, 1926-2006) foi deportada por primeira vez xunto coa súa nai e o seu pai en 1941
, despois do cal Ligita volveu en 1948, só para ser deportado de novo en 1949. O seu pai Aivars Kalnietis (nacido en 1931) foi deportado xunto coa súa nai en 1949. Só viu o seu país natal cando tiña cinco anos, cando a familia tivo permiso para volver en 1957.