Completar a seguinte frase: Doherty comezou a tempada 2012-13 perdendo 4<unk>5 a Stuart Bingham na segunda rolda do Wuxi Classic e 3<unk>5 a Martin Gould na primeira rolda do
Australian Goldfields Open. Finalmente compilou o primeiro break oficial de 147 da súa carreira no Paul Hunter Classic de menor rango de 2012 en Alemaña durante unha vitoria na primeira rolda contra Julian Treiber. Chegou ás cuartas de final do evento, perdendo 0-4 a Mark Selby. Doherty foi derrotado na clasificación para o Masters de Shanghai e o Campionato do Reino Unido de 2012 e non puido avanzar máis aló da ronda de wildcard do Campionato Internacional. No quinto evento do European Tour, o Scottish Open, derrotou a Luca Brecel e Ryan Day para chegar ás semifinais, onde perdeu por 2 a 4 contra Ding Junhui. Doherty foi eliminado na primeira rolda do German Masters por Peter Lines, pero logo tivo a súa mellor carreira da tempada no Welsh Open. Derrotou ao catro veces campión do mundo John Higgins 4<unk>1 e Tom Ford 4<unk>3 para pasar aos cuartos de final. Levaba a Stuart Bingham por 2 a 0, pero unha serie de potes perdidos viu a Doherty perder a súa confianza e perdeu por 3 a 5. A súa participación nas semifinais do Scottish Open axudoulle a terminar 16o na Orde de Mérito do PTC para clasificarse como un dos 26 mellores xogadores para as Finais, pero perdeu por 2 a 4 contra Kurt Maflin na primeira rolda. Doherty case conseguiu un dos seus comebacks contra Matthew Selt na ronda final do Campionato do Mundo clasificando desde 4<unk>9 para abaixo e igualado a 9<unk>9, pero perdeu o marco decisivo. O resultado significou que esta foi a primeira tempada na que Doherty non participou en ningún dos eventos da Triple Coroa de snooker. Doherty aumentou o seu ranking en oito posicións durante a tempada para rematalo no número 27 do mundo.