Escribir unha continuación para este parágrafo - Durante o seu servizo na guerra
, o 5o Regimento de Infantería perseguía activamente ás forzas do Exército Republicano Filipino. As compañías e varios destacamentos do rexemento marcharon un total de máis de 15.426 millas e participaron en trinta e oito escaramuzas e accións menores antes de que as hostilidades remataran en xullo de 1902. Nas áreas baixo control americano, fíxose necesario que os militares administrasen a lei. Sigerfoos serviu como xuíz-advogado en varias comisións militares ao longo do ano 1901. Unha comisión deste tipo reuniuse en Vigan, na provincia de Ilocos Sur, en Luzón, en xuño. A comisión procesou a Noverto Pré, un oficial do exército insurgente por "homicidio en violación das leis e costumes da guerra". Condenado "a ser colgado polo pescozo ata...morrer", a sentencia de Pré foi conmutada a quince anos de traballos forzados nunha prisión de Manila. Os procedementos deste caso, xunto con outros nove xuízos de asasinato nos que Sigerfoos foi xuíz-abogado, foi publicado nunha extensa refutación polo Departamento de Guerra en resposta ás acusacións de que os militares dos Estados Unidos estaban cometendo atrocidades contra os filipinos durante a guerra. O Departamento de Guerra chamou ás acusacións "infundadas ou grandemente exageradas".