Comezando en 1170, o goberno de Goryeo foi de facto controlado por unha sucesión de poderosas familias da clase guerreira, especialmente a familia Choe, nunha ditadura militar semellante a un "shogunato". Durante o goberno militar, Goryeo resistiu ás invasións do Imperio Mongol.
Durante case 30 anos, ata que o xefe gobernante da familia Choe foi asasinado en 1258 por opositores na corte, despois da cal a autoridade foi restaurada á monarquía e a paz foi feita cos mongois; con todo, as loitas de poder continuaron na corte e o goberno militar non rematou ata 1270. A partir dese momento, Goryeo converteuse nunha "nación cunhado" semiautónoma da dinastía Yuan liderada polos mongois a través de matrimonios reais e lazos de sangue. A independencia foi recuperada durante o reinado de Gongmin a mediados do século XIV, e posteriormente os xerais Choe Yeong e Yi Seong-gye ascenderon a prominencia con vitorias sobre os exércitos invasores de turbantes vermellos do norte e os merodeadores de Wokou do sur. En 1388, Yi Seong-gye foi enviado para invadir a dinastía Ming en Liaodong, pero volveu as súas forzas e derrotou a Choe Yeong nun "golpe de estado"; en 1392, substituiu a Goryeo co novo estado de Joseon, terminando con 474 anos de goberno de Goryeo na península coreana.