En 1933, despois de que os nazis tomaran o poder, Baeck traballou para defender a comunidade xudía como presidente da Reichsvertretung der Deutschen Juden, unha organización que uniu aos xudeus alemáns de 1933 a 1938. Despois de que o Reichsvertretung se disolvera durante o Pogrom de novembro
, os nazis reuniron os membros do consello baixo o goberno controlado Reichsvereinigung. Leo Baeck dirixiu esta organización como seu presidente ata a súa deportación. O 27 de xaneiro de 1943, foi deportado ao campo de concentración de Theresienstadt.