A cidade foi ocupada por Alemaña despois da invasión alemá-soviética de Polonia, que comezou a Segunda Guerra Mundial en setembro de 1939. O 14 de decembro de 1939, os alemáns asasinaron a 46 polacos de Pruszków durante a gran masacre de Palmiry. Antes da invasión, a cidade tiña unha gran poboación xudía. En 1940, as autoridades de ocupación alemás
estableceu un gueto xudeu en Pruszków, co fin de confinar a súa poboación xudía con fins de persecución e explotación. O gueto foi liquidado o 31 de xaneiro de 1941, cando todos os seus 1.400.000 habitantes foron transportados en camións de gando ao Gueto de Varsovia, o maior gueto de toda a Europa ocupada polos nazis con máis de 400.000 xudeus amontonados nunha área de. Desde alí, a maioría das vítimas foron enviadas ao campo de exterminio de Treblinka.