Durante a Guerra Civil Rusa, foi reclutado no Exército Vermello en Petrogrado en agosto de 1919 e nomeado comandante de compañía no 10o Regimento de Reserva da Fronte Noroeste. Comandou un batallón de marcha da fronte desde setembro de 1920, e en decembro converteuse en comandante de compañía no 96o Regimiento de Fusil da 32a Brigada da 11a División de Fusil. Coa división, loitou na supresión da rebelión de Kronstadt.
Recibindo un reloxo de prata por capturar unha batería. A partir de maio de 1921, foi subcomandante de batallón do rexemento de adestramento da división. Mikhaylov e a súa unidade participaron posteriormente na supresión do levantamento de Carelia Oriental entre decembro de 1921 e marzo de 1922. Por capturar a fábrica Volazminsky, foi condecorado coa Orde da Bandeira Vermella, ademais da insignia ao Valiente Soldado do Frente de Carelia por participar na operación.