O terceiro St. Ignatius College recibiu danos moderados no terremoto de San Francisco de 1906
, pero foi completamente destruído no incendio posterior. O campus trasladouse ao oeste, á esquina das rúas Hayes e Shrader, preto do parque Golden Gate. Ocupou unha estrutura construída a toda prisa coñecida como a Fábrica de Camisas (por a súa semellanza con edificios de fabricación similares da época) durante os seguintes 21 anos. O colexio trasladouse ao seu sitio actual en Fulton Street en 1927, no sitio dun antigo cemiterio maçónico.