O 6 de xullo de 2013, Fernández foi seleccionado para representar aos Marlins no equipo All-Star da Liga Nacional. Lanzou unha sexta entrada perfecta no All-Star Game de 2013
no que eliminou a Dustin Pedroia, fixo que Miguel Cabrera saísese e eliminou a Chris Davis. Con esta actuación, Fernández é un dos tres únicos lanzadores na historia do All-Star Game que ponchou a dous bateadores antes do seu 21 aniversario para o seu debut no All-Star, os outros dous son Dwight Gooden e Bob Feller.