Kingsley era o cuarto dos cinco fillos do reverendo Charles Kingsley e a súa esposa Mary; naceu en Barnack, Northamptonshire o 14 de febreiro de 1826. Charles Kingsley e o novelista Henry Kingsley eran os seus irmáns, e a escritora Charlotte Chanter era a súa irmá. Foi educado na King's College School, Londres, na Universidade de Edimburgo, onde se graduou en medicina en 1846, e en París, onde foi ferido durante as barricadas de 1848.
- Non. Máis tarde, en 1848, a súa actividade na loita contra o brote de cólera en Inglaterra foi conmemorada polo seu irmán Charles no retrato de Tom Thurnall en "Two Years Ago".