Escribe unha continuación para este parágrafo - O evento entrou entón nun período de gran perturbación. O campionato non se xogou regularmente e moitas edicións foron consideradas non oficiais, só para ser consideradas válidas máis tarde pola CONMEBOL. Por exemplo, a Arxentina sería o primeiro (e ata agora o único) equipo en gañar tres títulos consecutivos ao gañar os campionatos de 1945, 1946
e 1947. Despois deses tres torneos anuais, a competición volveu a ser realizada cada dous anos, despois tres e máis tarde catro. Incluso houbo dous torneos celebrados en 1959, un en Arxentina e un segundo en Ecuador. Durante este período, algúns dos equipos nacionais foron indiferentes ao torneo. Algúns non participaron cada ano, outros enviaron equipos menores; na edición de 1959 celebrada en Ecuador, o Brasil ingresou un equipo do estado de Pernambuco. Bolivia gañou por primeira vez cando foi anfitrión en 1963, pero foi derrotado no primeiro partido do torneo de 1967 polo debutante Venezuela. A fundación da Copa Libertadores en 1959 tamén afectou a forma en que o torneo foi visto polos seus participantes.