Simeone levou ao Atlético á súa segunda vitoria na Europa League nos tres anos desde a súa creación, cando derrotaron ao Athletic Bilbao por 3 a 0 na final o 9 de maio de 2012 na National Arena de Bucarest con Radamel Falcao dúas veces e Diego sendo o goleador. De novo, ao gañar a Europa League, clasificáronse para a Supercopa da UEFA 2012.
contra o Chelsea, vencedor da Champions League da tempada anterior, que se xogou no Stade Louis II, Mónaco o 31 de agosto de 2012; O Atlético gañou 4 por 1, incluíndo un hat-trick de Falcao na primeira parte. O 17 de maio de 2013, o Atlético derrotou ao Real Madrid por 2 a 1 na final da Copa do Rei nun partido tenso no que ambos equipos remataron con 10 homes. Isto puxo fin a unha racha de 14 anos e 25 partidos sen vitoria no derbi de Madrid. A tempada 2012-13 viu o club rematar con tres trofeos en pouco máis dun ano.