Manuel Baquedano naceu en Santiago, fillo do coronel de caballería Fernando Baquedano e de Teresa González de Labra y Ros. Estudou na escola do clérigo Juan Romo e no Instituto Nacional de Chile. Durante este tempo fíxose amigo de Federico Errázuriz e Eusebio Lillo. Baquedano tiña só 15 anos e aínda estaba na escola cando a Guerra da Confederación
escapou. Fuxiu da súa casa en xullo de 1838 para unirse ás tropas que partian para a guerra. Participou na batalla de Yungay en 1839, sendo ascendido a tenente á idade de 16 anos.