Escribe unha continuación para este parágrafo - No verán de 2003, Pancaro trasladouse ao AC Milan a cambio de Demetrio Albertini, onde xogou durante dúas tempadas. A súa consistencia e ritmo de traballo fixéronlle unha parte importante do equipo do Milan, xa que gañou o seu segundo título de Serie A, así como unha Supercopa italiana.
, tamén chegou á final da Liga de Campións da UEFA 2004-05, notablemente marcando un gol na vitoria sobre o Brescia en 2003. En 2004, asinou unha extensión dun ano para o club.