O 14 de xaneiro de 2012, Flanagan gañou a maratón olímpica dos Estados Unidos en Houston, establecendo o récord de 2:25:38. Pasou a representar ao equipo de Estados Unidos na maratón olímpica feminina en Londres, terminando décimo cun tempo de 2:25:51. Derrotou a un campo de clase alta na media maratón de Lisboa en marzo, rexistrando un tempo de 1:08:52. Chegou 25o nos Campionatos Mundiais de Media Maratón da IAAF de 2012
- Non.