Despois da substitución de Pellew polo contraalmirante William O'Bryen Drury, "Doris" foi enviado para servir no estreito de Malaca, nunha misión para obter unha relación de traballo co goberno español nas Filipinas. Polo éxito dos seus esforzos, en 1809 recibiu o mando da fragata HMS "Caroline" e ao ano seguinte o mando dun escuadrón co que atacou as Illas Molucas. Navegando cara á illa ben defendida de Banda Neira, Cole planeou un audaz ataque o 10 de agosto de 1810, as súas tropas asaltaron a fortaleza e capturárona con éxito. No ano seguinte, desempeñou un papel importante na planificación da invasión de Java.
, que se completou con éxito baixo o contralmirante Robert Stopford. Por estes servizos, foi nomeado cabaleiro en maio de 1812, condecorado cunha medalla especialmente acuñada e condoulle un doutorado honorario pola Universidade de Oxford.