Quintero fixo a súa primeira aparición na tempada o 16 de xullo, marcando unha vez na vitoria por 2 a 0 contra Chiapas no partido inaugural da Apertura 2016. Marcou de novo no seguinte partido de América, unha vitoria por 3 a 0 sobre o Venados F.C. na Copa MX Apertura 2016. Quintero recolleu a súa primeira asistencia da campaña o 23 de xullo nunha vitoria por 3 a 1 contra Toluca. O 6 de agosto, anotou un gol e rexistrou dúas asistencias para axudar a América a gañar por 4 a 1 sobre Veracruz. O 3 de setembro, anunciouse que Quintero sufría unha tromboflebitis na súa perna dereita. A estimación inicial era que estaría fóra de tres a seis meses e perdería o resto da tempada. Quintero logrou volver a tempo para o partido final da Apertura, rexistrando dúas asistencias nun empate de 3 a 3 con Pachuca o 19 de novembro. Durante a primeira parte dos cuartos de final de Liguilla, América e Guadalajara xogaron a un empate de 1 a 1. Quintero recibiría unha asistencia na segunda parte para enviar a "Las Águilas" ás semifinais. Despois de derrotar a Necaxa, América enfrontaríase aos Tigres UANL na final. Quintero saíu do banco na primeira xornada, pero non apareceu na segunda, xa que os Tigres gañaron na prórroga. Na Copa do Mundo de Clubes de 2016
Quintero axudou a América a derrotar a Jeonbuk Hyundai Motors no seu primeiro partido antes de caer ante o Real Madrid nas semifinais. Perderían ante o Atlético Nacional en penaltis no partido do terceiro lugar.