Francescoli rematou a súa tempada co River Plate con unha derrota na Copa Intercontinental de 1996
final contra o equipo italiano Juventus. O River Plate tivo a oportunidade de igualar o Boca Juniors con dous títulos da Copa Intercontinental, pero finalmente perdeu ante o equipo italiano para o que xogou un fan de Francescoli. Zinedine Zidane dixo: "Cando vin xogar a Francescoli, el era o xogador que quería ser. Foi o xogador que vin e admirei no Olympique de Marsella, o meu ídolo cando xoguei contra el cando estaba na Juventus... Enzo é como un deus". Ao final do ano, Francescoli decidiu saír da súa retirada internacional para axudar a Uruguay a clasificarse para o próximo Campionato do Mundo en Francia.