Despois da morte do arquiduque Ernesto de Austria en 1595, Alberto foi enviado a Bruxelas para suceder ao seu irmán maior como gobernador xeral dos Países Baixos dos Habsburgo. Entrou en Bruxelas o 11 de febreiro de 1596. A súa primeira prioridade era restaurar a posición militar de España nos Países Baixos. España enfrontaba as forzas combinadas da República Holandesa, Inglaterra e Francia e non coñecera máis que derrotas desde 1590. Durante a súa primeira campaña, Alberto sorprendeu aos seus inimigos ao capturar Calais e a cercana Ardres dos franceses e Hulst dos holandeses. Estes éxitos foron, con todo, compensados pola terceira bancarrota da coroa española ese mesmo ano. Como consecuencia, 1597 foi marcado por unha serie de desastres militares. O estadual Maurice de Orange capturou as últimas fortalezas españolas que quedaban ao norte dos grandes ríos, así como a cidade estratéxica de Rheinberg no Electorado de Colonia. Entre o 13 de maio e o 25 de setembro de 1597, os españois, que enviaran un gran exército en marzo, capturaron a cidade de Amiens facilmente nunha artimaña. Finalmente o exército español de Flandes perdeu Amiens.
en setembro do mesmo ano a Henrique IV de Francia a pesar dos esforzos desesperados para aliviar o lugar por Albert e Ernst von Mansfeld. Sen máis diñeiro para pagar ás tropas, Albert tamén enfrontaba unha serie de motíns.