Escriba unha continuación para este parágrafo - Durante a Guerra Civil Rusa, Malyshev uniuse ao Exército Vermello en marzo de 1919 e foi enviado á 7a División de Fusilistas, coa que serviu como xefe do destacamento de metralladoras dos 30o e 58o Regimentos de Fusilistas. A división foi enviada á Fronte Oriental co 2o Exército, loitando contra as forzas de Kolchak nas batallas na área de Votkinsk e na captura de Votkinsk e Izhevsk. No verán de 1919 a división foi enviada á Fronte Sur, onde loitou en batallas contra as Forzas Armadas do Sur de Rusia na área de Oboyan e Sudzha. No outono, a división participou na operación Orel-Kursk.
e a captura de Dmitrovsk, e en xaneiro de 1920 na supresión da resistencia anti-soviética na área de Glukhov, Putivyl e Konotop. En abril, Malyshev foi nomeado comandante adxunto de persoal do 58o rexemento de fusileros, loitando na guerra polaco-soviética na Fronte Occidental, despois na supresión das forzas de Stanisław Bułak-Bałachowicz na área de Ovruch e os makhnovistas na gobernación de Poltava. Por distinguirse na batalla, Malyshev foi condecorado coa Orde da Bandeira Vermella en maio de 1920.