Despois da invasión xunta alemá-soviética de Polonia, que comezou a Segunda Guerra Mundial en setembro de 1939, Augustów foi ocupada.
pola Unión Soviética ata 1941. Moitos habitantes foron enviados ao exilio en Kazajstán, de onde algúns puideron volver despois de 6 anos. O 22 de xuño de 1941, pouco antes de que os alemáns capturasen a cidade, os soviéticos asasinaron a uns 30-34 prisioneiros polacos en Augustów como parte das masacres de prisioneiros do NKVD. As forzas alemás nazis ocuparon Augustów ata 1944, e operaron un campo de traballo forzado na cidade. A Segunda Guerra Mundial provocou a destrución dun 70% da cidade e a morte ou a partida da maioría dos seus residentes, entre eles unha comunidade de varios miles de xudeus que foron encarcerados no gueto situado entre o canal e o río. Os alemáns executaron practicamente a todos antes de marchar. En 1945 os soviéticos realizaron a redada de Augustów, unha operación especial contra antigos combatentes anticomunistas da Armia Krajowa.