A súa chegada, o Stockton uniuse ás forzas da Séptima Frota reunidas para a invasión da illa de Los Negros nos Almirantados. Participou no bombardeo inicial que abriu o camiño para os desembarcos o 29 de febreiro e permaneceu na zona durante tres días, patrullando e dando apoio de fogo ás forzas en terra. Do 9 ao 13 de marzo, apoiou desembarcos similares pero máis pequenos no porto de Seeadler. A medida que as forzas estadounidenses avanzaron ao longo da costa norte de Nova Guinea, o Stockton actuou como un buque de rastrexo antiaéreo e antisubmarino durante os desembarcos na baía de Humboldt o 22 de abril e en Wakde o 17 de maio.
27 de maio. Mentres estaba fóra de Biak, recibiu danos leves cando foi alcanzado por un obús dunha batería de costa o 28 de maio, e o 12 de xuño, remolcou a baía de Humboldt, despois de que o destructor fora inmovilizado por unha bomba que caeu no medio do navío.