Escriba unha continuación para este parágrafo - Co comezo da Segunda Guerra Mundial, Polonia foi invadida pola Alemaña nazi e a Unión Soviética, e inicialmente a cidade estivo baixo a ocupación soviética
, como resultado do Pacto Molotov-Ribbentrop. Foi incorporada á RSS de Bielorrusia de 1939 a 1941 como a capital da rexión de Belastok. Os polacos foron deportados cara ao interior da URSS (Siberia, Kazajstán, Extremo Norte). Durante a invasión alemá da Unión Soviética en 1941, Białystok foi ocupada polo exército alemán o 27 de xuño de 1941, durante a Batalla de Białystok-Minsk, e a cidade converteuse na capital do Bezirk Białystok, unha rexión separada na Polonia ocupada polos alemáns, ata 1944. A Gran Sinagoga foi incendiada polos alemáns o 27 de xuño de 1941, con un número estimado de 2.000 xudeus dentro.