Werknesh comezou a súa tempada de 2003 cunha vitoria no Antrim International Cross Country e logo gañou o título de carreira longa feminina nos Campionatos Mundiais de Cross Country da IAAF de 2003.
- Non. Gañou a medalla de prata nos 10.000 m nos Xogos de África de 2003, terminando por detrás do seu compañeiro etíope Ejegayehu Dibaba. A súa tempada acadou o seu pico nos Campionatos Mundiais de Atletismo de 2003, onde estableceu un récord persoal de 10.000 m de 30:07.15 minutos para asegurar a posición de subcampión detrás do veterano etíope Berhane Adere, que rompeu o récord africano para o evento. O ano seguinte, chegou cuarto no evento nos Xogos Olímpicos de Atenas de 2004. Tamén gañou a medalla de bronce na carreira longa no Campionato Mundial de Cross Country de 2004, así como a cuarta posición na carreira curta.