Escribe unha continuación para este parágrafo - Löhr sucedeu ao xeneral der Pioniere Walter Kuntze como comandante en xefe do 12o Exército o 3 de xullo de 1942. Foi nomeado comandante da Wehrmacht no sueste de Europa o 1 de agosto de 1942, e a partir do 28 de decembro de 1942 esta posición foi re-designada como comandante en xefe no sueste de Europa. As forzas baixo o seu mando tamén foron designadas como Grupo de Exércitos E, e foi nomeado como seu comandante. Nesta función, Löhr controlaba todos os comandos subordinados no sueste de Europa, incluíndo o comandante xeral en Serbia (Paul Bader), o comandante militar na área de Salónica-Exeo, o comandante militar no sur de Grecia, o comandante de Creta, o comandante naval no mar Exeo, o xeneral plenipotenciario alemán no Estado Independiente de Croacia, o comandante xeral das tropas alemás en Croacia e o agregado militar en Sofía, Bulgaria. Löhr organizou a cuarta e quinta ofensiva
contra os partisanos iugoslavos en 1943, durante o cal a maioría dos presos, incluídos os feridos, foron asasinados no acto. Como comandante en xefe do Grupo de Exércitos E, Löhr supervisou a campaña do Dodecaneso. O 26 de agosto de 1944, cos Aliados dirixíndose a Alemaña en tres frentes, Hitler ordenou a Löhr que empezase a evacuar o Grupo de Exércitos E de Grecia e moverse ao norte para defender a Patria.