Escriba unha continuación para este parágrafo - Despois de ser rexeitado para promocións múltiples (a director adxunto a cargo da seguridade nacional en 1999 e ao xefe da oficina do FBI en Nova York a principios de 2000), O'Neill estaba contento de ser asignado como comandante da investigación do FBI sobre o bombardeo do USS "Cole"
en outubro de 2000. Con todo, ao chegar ao Iemen, queixouse da inadecuada seguridade. Mentres o seu equipo investigaba, O'Neill entrou en conflito con Barbara Bodine, a embaixadora dos Estados Unidos en Iemen. Os dous tiñan puntos de vista moi diverxentes sobre como manexar as buscas de propiedades iemenitas, e entrevistas con cidadáns e funcionarios do goberno, e só se separaron máis ao longo do tempo.