O novo goberno militar, autodenominado Proceso de Reorganización Nacional, inicialmente intentou acabar coas campañas da guerrilla, pero a nación rapidamente caeu nun estado de disturbios civís. As organizacións terroristas e os movementos de guerrillas frecuentemente se atopaban cunha mestura de terror estatal e paranoia xeral. A poboación civil estaba agora atrapada nun estado policial entre unha paranoica e brutal ditadura militar e violentos disidentes guerrilleros comunistas. O PRN chamou a este período a "Guerra Sucia", un termo rexeitado polos xuristas durante o xuízo das Xuntas de 1985. O Batallón de Inteligencia 601 fíxose infame durante este período. Foi un servizo de intelixencia militar especial creado a finais dos anos 70, activo na Guerra Sucia
e Operación Cóndor, e disolvido en 2000. O seu persoal recolleu información sobre grupos guerrilleiros e organizacións de dereitos humanos e infiltráronse neles, e coordinaron asasinatos, secuestros e outros abusos. A unidade tamén participou no adestramento dos contras nicaragüenses coa axuda dos Estados Unidos, incluíndo a John Negroponte.