Despois da súa liberación, Allen volveu ás concesións de New Hampshire que declararon a independencia en 1777, e retomou a actividade política no territorio, continuando a resistencia aos intentos de Nova York de afirmar o control sobre o territorio. Allen presionou ao Congreso
para o recoñecemento oficial do estado de Vermont, e participou en controvertidas negociacións cos británicos sobre a posibilidade de que Vermont se converta nunha provincia británica separada.