Na primavera de 1969, volveu a Nairobi para continuar os seus estudos na Universidade de Nairobi como profesora asistente. En maio, ela e Mwangi Mathai casaron. Máis tarde ese ano, quedou embarazada do seu primeiro fillo, e o seu marido fixo campaña para un asento no Parlamento, perdendo por pouco. Durante o curso das eleccións, Tom Mboya, que fora instrumental na fundación do programa que a enviou ao estranxeiro, foi asasinado. Isto levou ao presidente Kenyatta a acabar efectivamente coa democracia multipartidista en Kenia. Pouco despois, o seu primeiro fillo, Waweru, naceu.
Converteuse na primeira muller de África Oriental en recibir un doutoramento.