En marzo de 1799, o Exército do Danubio participou en dúas grandes batallas, ambas no teatro alemán suroeste. Na intensa batalla de Ostrach
O 21 e 2 de marzo de 1799, a primeira batalla da Guerra da Segunda Coalición, as forzas austríacas, baixo o mando do arquiduque Carlos, derrotaron o Exército do Danubio de Jourdan. Os franceses sufriron perdas significativas e foron obrigados a retirarse da rexión, tomando novas posicións ao oeste en Messkirch (Mößkirch, Meßkirch), e despois en Stockach e Engen. Na segunda batalla, en Stockach, o 25 de marzo de 1799, o exército austríaco logrou unha vitoria decisiva sobre as forzas francesas, e de novo empurrou ao exército francés cara ao oeste. Jourdan instruíu aos seus xenerais para tomar posicións na Selva Negra, e el mesmo estableceu unha base en Hornberg. A partir de alí, o xeneral Jourdan relegou o mando do exército ao seu xefe de estado maior, Jean Augustin Ernouf, e viaxou a París para pedir máis e mellores tropas e, finalmente, para solicitar unha licenza médica.