Shorten naceu o 12 de maio de 1967 no Hospital St Vincent, Melbourne, fillo de Ann Rosemary (née McGrath) e William Robert Shorten. Ten un irmán xemelgo, Robert. Segundo unha declaración dada durante o escándalo da dobre cidadanía de 2017-18
, Shorten tiña a cidadanía británica por ascendencia ata 2006, cando renunciou a ela para postularse para o parlamento.