Escribe unha continuación para este parágrafo - Nas secuelas do golpe de estado de 1966 en Nixeria
O 18 de xaneiro de 1966, Aghanya foi arrestado e, xunto co tenente coronel Victor Banjo, acusado de conspirar para asasinar ao xefe militar do estado, o xeneral Johnson Aguiyi-Ironsi. Aghanya foi detido sen xuízo na prisión de máxima seguridade de Kirikiri con outros presuntamente implicados no golpe de estado. Máis tarde foi trasladado a Enugu e posteriormente a prisión de Abakaliki. En retrospectiva, aqueles que participaron activamente na planificación e execución do golpe, como o maior Adewale Ademoyega, atestiguaron a inocencia de Aghanya e Banjo nas súas memorias. Despois do contra-golpe nigeriano de 1966 no que Aguyi Ironsi foi asasinado, Aghanya foi liberado da prisión en marzo de 1967 por orde do entón gobernador da rexión oriental, o coronel (posteriormente xeneral) Odumegwu Ojukwu, desafiando as ordes do novo xefe de estado, o coronel (posteriormente xeneral) Yakubu Gowon. En resposta, Gowon anunciou a liberación de Aghanya e outros despois do feito.