A pesar de ter sido moi elogiado polo público pola súa xestión da burocracia estatal durante o desastre de 1906
Pardee continuou a ter unha tensa relación co Southern Pacific Railroad, unha que estivo en curso desde a década de 1890, mentres era alcalde de Oakland. O papel de Pardee no florecente movemento progresista que desconfiaba dos grandes monopolios corporativos, así como os seus esforzos para conservar e protexer os bosques estatais, seguían sendo unha espina constante para os executivos do Pacífico Sur. Unha longa e amarga batalla polo porto de Oakland, que Pardee argumentou en nome de Oakland de que o porto era unha corporación municipal en vez de privada, arrastrouse durante gran parte do seu goberno. O caso foi decidido polo Tribunal Supremo de California en 1906, sentenciando a favor de Oakland. Pardee tamén alentou a creación de novas compañías ferroviarias para romper os monopolios do Pacífico Sur.