Facendo unha alianza política coa emperatriz viúva, e converténdose nun inimigo duradeiro do emperador Guangxu, Yuan deixou a capital en 1899 para o seu novo nomeamento como gobernador de Shandong. Durante o seu mandato de tres anos, estalou a rebelión dos boxeadores (1899-1901); Yuan asegurou a supresión dos boxeadores na provincia, aínda que as súas tropas non tomaron parte activa fóra do propio Shandong. Yuan tomou o lado da facción pro-estranxeira na Corte Imperial, xunto co príncipe Qing, Li Hongzhang e Ronglu. Rexeitou aliarse cos boxeadores e atacar as forzas da Alianza das Oito Nacións, uníndose a outros gobernadores chineses que comandaron exércitos substanciais modernizados como Zhang Zhidong que non participaron na rebelión dos boxeadores. El e Zhang ignoraron a declaración de guerra da emperatriz viúva Cixi contra as potencias estranxeiras e continuaron a suprimir aos boxeadores. Esta camarilla era coñecida como A Protección Mutua do Sueste de China. Ademais de non loitar contra a Alianza das Oito Nacións e suprimir os boxeadores en Shandong, Yuan e o seu exército (a División Dereita) tamén axudaron á Alianza das Oito Nacións a suprimir os boxeadores despois de que a Alianza capturara Pequín.
en agosto de 1900. As forzas de Yuan Shikai masacraron decenas de miles de persoas na súa campaña anti-Boxer en Zhili. Yuan operou desde Baoding durante a campaña, que rematou en 1902.