En 1991 Walkinshaw foi contratado como director de enxeñería do equipo Benetton F1 que posteriormente gañou o Campionato do Mundo de Fórmula Un de 1995. Foi implicado no recrutamento de Michael Schumacher por Benetton despois do debut do alemán na Fórmula Un.
co equipo de Jordania. Como director de enxeñería, o seu papel tamén foi sometido a escrutinio cando o equipo foi investigado por sospeitas de infraccións técnicas durante a tempada de 1994, incluíndo o uso potencial de axudas electrónicas prohibidas e modificacións non autorizadas no aparello de reabastecemento usado nos coches. Aínda que se atopou software ilegal nos Benetton, a FIA non tiña probas de que fose usado nunha carreira e non se tomou ningunha acción contra o equipo.