Completa a seguinte frase: Lyons estivo no Boston College por un curto tempo, antes de ser nomeado rector do Gonzaga College. Asumiu o cargo o 27 de decembro de 1908, sucedendo a Joseph J. Himmel. Pouco despois de asumir o cargo,
Un terremoto sacudiu Messina, Italia, e a escola ofreceu unha misa de requiem solemne para as vítimas, que foi celebrada polo bispo Diomede Falconio e cantada por Bonaventura Cerretti. Asistiu o bispo Denis J. O'Connell, o procurador xeral Charles Joseph Bonaparte, o embaixador italiano nos Estados Unidos, Joseph Himmel, e sacerdotes das ordes dominicas, franciscanas e paulistas. O 10 de febreiro celebrouse un banquete en honra do novo presidente, ao que asistiu o congresista William Bourke Cockran. O mandato de Lyons rematou o 8 de xullo de 1909, cando foi sucedido por Eugene DeL. McDonnell.