O estallido da Segunda Guerra Mundial en Europa en setembro de 1939 viu a parte do escuadrón desplegada en patrullas costeiras anti-submarinos e anti-navegación desde Madras, antes de que o 1 de outubro de 1939, o escuadrón se convertese nunha escola de adestramento de voos para a Forza Aérea India, operando biplanos de Havilland Tiger Moth e Hawker Hart, así como Wapitis, e con base en Risalpur. Moitos dos antigos pilotos operativos do escuadrón foron empregados transportando bombarderos Bristol Blenheim de Exipto a India e o Extremo Oriente, e en xaneiro de 1941, os Blenheims comezaron a ser entregados ao escuadrón, permitindo que un 27o escuadrón equipado con Blenheim se separase da escola de adestramento en febreiro e fose enviado a Singapur. Os Blenheim do escuadrón eran avións Mk IF, equipados cun canón baixo a fuselaxe para uso como caza de longo alcance e nocturno, e eran os únicos cazas nocturnos da RAF no Extremo Oriente. O escuadrón trasladouse a Butterworth en maio de 1941 e a Sungai Petani en agosto dese mesmo ano. O Xapón invade Malaia.
o 8 de decembro de 1941, e o 27o Esquadrón voou oito Blenheim esa mañá para atacar os buques invasores xaponeses. O mal tempo impediu que localizasen calquera buque xaponés, e os ataques aéreos en Sungai Petani ese día destruíron o aeródromo e deixaron ao escuadrón con só catro avións aptos para voar. Foi evacuado a Butterworth esa noite. Os restantes avións foron retirados a Singapur o 12 de decembro, onde eles, xunto con algúns Blenheim Is doutros esquadróns operaron baixo o nome de 27 Squadron. Os restantes Blenheim con base en Singapur, incluíndo os do 27o Escuadrón foron evacuados a Sumatra a partir do 23 de xaneiro de 1941, terminando operando desde Palembang. O 14 de febreiro catro dos seus Blenheim atacaron os barcos xaponeses que invadían Sumatra, coa perda de dous Blenheim, con todas as aeronaves en condicións de voar evacuadas a Java o 15 de febreiro. Aquí o escuadrón deixou de existir.