O ano seguinte, Malhotra foi nomeado para o equipo nacional canadense sub-20 para o Campionato Mundial Junior de 1998, celebrado en Finlandia. Foi o segundo xogador máis novo do equipo, por detrás de Vincent Lecavalier. Malhotra foi inútil en sete partidos, xa que Canadá foi derrotado nos cuartos de final por Rusia, 2-1. O ano seguinte, non estaba dispoñible para o torneo xa que estaba xogando na NHL cos Rangers. Con todo, en 2000
, foi cedido ao Equipo Canadá pola organización dos Rangers, xa que aínda era elixido como junior. Como capitán do equipo, anotou dúas asistencias en sete partidos no torneo, celebrado en Suecia. Canadá gañou a medalla de bronce, derrotando aos Estados Unidos 4×3 nun tiroteo.