Deixando Minnesota, Clarke volveu a Filadelfia para asumir o papel de Vicepresidente Sénior durante a tempada 1992-93, e serviu como mentor para o novo fenómeno Eric Lindros durante a súa primeira tempada. Clarke trasladouse pouco despois e tomou o cargo de director xeral coa expansión Florida Panthers, un equipo que estableceu o récord do equipo de expansión en vitorias e puntos durante unha tempada en 1993-94. Volveu ao papel de director xeral dos Flyers antes da tempada 1994-95 (Florida foi compensado con diñeiro e a selección de segunda rolda de Philadelphia no Draft de entrada da NHL de 1994
), e reconstruíu o equipo nun competidor da Copa. Durante o seu segundo mandato como director xeral dos Flyers, o equipo chegou aos playoffs 11 tempadas seguidas, pero chegou ás finais unha vez (1997). Tras un mal comezo na tempada 2006-07, Clarke renunciou citando un posible esgotamento e unha falta de desexo. Clarke volveu á franquía o 4 de decembro de 2006, e foi nomeado vicepresidente sénior.