Para 1997-1998 tivo un asento na Fórmula Un co recentemente fundado equipo Stewart Grand Prix, propiedade en parte do seu antigo xefe de F3, Paul Stewart. O fundador do equipo, Jackie Stewart, describiuno unha vez como "o piloto novo máis talentoso que xurdiu desde Ayrton Senna", pero o seu rendemento foi decepcionante. Obtivo o seu único punto no campionato na súa última carreira na F1, o Gran Premio de Canadá de 1998
Para o resto da tempada foi substituído por Jos Verstappen. Magnussen comezou 24 GP, un menos do que entrou, porque o seu coche foi danado nun accidente durante o inicio do Gran Premio de Brasil de 1997, o que o fixo retirarse antes do reinicio.