Denílson debutou con Brasil en novembro de 1996, aos 19 anos, contra o Camerún. Foi convocado para a selección que competiu na Copa do Mundo de 1998, aparecendo en todos os partidos para o eventual subcampeón; o ano anterior, tamén foi seleccionado para a Copa América de 1997.
e a Copa das Confederacións da FIFA de 1997, gañando ambos torneios e sumando dez aparicións (dous goles).