En 1644, Mercy opúxose aos exércitos franceses, agora baixo o Gran Condé e o Vicomte de Turenne. Capturou Friburgo e posteriormente mantivo a cidade nunha batalla inconclusa pero sangrienta en agosto. O 2 de maio de 1645, derrotou a Turenne en Mergentheim. Máis tarde, en 1645, loitando unha vez máis contra Condé e Turenne, Mercy foi morto por unha bala de mosquete na batalla de Nördlingen
(ou Allerheim) o 3 de agosto mentres lideraba reforzos ao foco da acción. No lugar onde caeu, unha pedra conmemorativa coa inscrición "Sta viator, heroem calcas" foi erguida, supostamente por instrucións de Condé. O seu corpo foi primeiro levado a Donauwörth nun vagón de artillería e despois a Ingolstadt o día seguinte, onde foi enterrado na Igrexa de San Mauricio. O mariscal francés Gramont, que fora capturado na batalla, relata a exuberante recepción que Mercy recibiu da xente da cidade que se apresuraron ás portas. Era moi popular e moi estimado en Ingolstadt, onde fora comandante e gobernador da fortaleza.