Completa a seguinte frase: O irmán de Saladino, Al-Adil, reconstruíu a cidadela completamente entre 1203 e 1216 en resposta ao desenvolvemento do trebuchete de contrapeso. Despois da súa morte, estalou a loita polo poder entre os outros príncipes de Ayyubid e aínda que Damasco cambiou de mans varias veces, a cidadela foi tomada pola forza só unha vez, en 1239. A cidadela permaneceu en mans de Ayyubid ata que os mongois baixo o seu xeneral Kitbuqa capturaron Damasco en 1260, terminando así o goberno de Ayyubid en Siria. Despois dunha rebelión fracasada na cidadela, os mongois desmantelaron a maior parte dela. Despois da derrota dos mongois en 1260 polos mamelucos, que sucederan aos ayubíes como gobernantes de Exipto, Damasco pasou a estar baixo o dominio mameluco. A excepción de breves períodos en 1300 e 1401, cando os mongois conquistaron Damasco, os mamelucos controlaron a cidadela ata 1516. Nese ano, Siria caeu nas mans do Imperio otomán. Damasco rendeuse sen loitar e a partir do século XVII a cidadela funcionou como cuartel para as unidades de infantería janízaras. A cidadela comezou a caer en deterioro no século XIX e o seu último uso militar foi en 1925, cando os soldados franceses bombardearon a cidade vella desde a cidadela en resposta á guerra civil.
A Gran Revolta Siria contra o Mandato Francés de Siria. A cidadela continuou servindo como cuartel e prisión ata 1986, cando comezaron as escavacións e restauracións. A partir de 2011, os esforzos de escavación e restauración aínda están en curso.