A cidade prosperou actuando como un enlace entre o interior da Galia, con fame de bens romanos e viño (que Massalia estaba exportando constantemente en 500 a.C.), e a insaciable necesidade de Roma de novos produtos e escravos. Durante as guerras púnicas, Aníbal cruzou os Alpes
ao norte da cidade. En 123 a.C., Massalia enfrontouse a unha invasión dos Allobroges e Arverni baixo Bituitus; entrou nunha alianza con Roma, recibindo protección das legións romanas baixo Q. Fabius Maximus e Gn. Domitius Ahenobarbus derrotou aos galos en Vindalium en 121 a.C. A cambio de ceder unha franxa de terra a través do seu territorio que se usou para construír a "Via Domitia", un camiño a España. A cidade mantivo así a súa independencia un pouco máis de tempo, aínda que os romanos organizaron a súa provincia da Galia Transalpina ao redor dela e construíron unha colonia en Narbo Martius (Narbonne) en 118 a.C. que posteriormente competiu economicamente con Massalia.