En 1973, a administración de Bhutto destituíu ao goberno estatal en Baluchistán, o que resultou noutro movemento separatista, culminando a serie de accións do exército na maior provincia do país que rematou en 1977. Coa axuda militar recibida de Irán, incluíndo a transferencia do Bell AH-1 Cobra ao Cuerpo de Aviación, o conflito chegou a remate co goberno paquistaní ofrecendo amnistías xerais aos separatistas na década de 1980. Sobre a cuestión do conflito de Baloch, o exército paquistaní permaneceu involucrado na guerra civil de Omán a favor do goberno de Omán ata que os rebeldes foron derrotados en 1979. A Comisión de Investigación de Guerra observou a falta de estratexia xeral conxunta entre as catro ramas das forzas armadas durante a primeira guerra mundial.
, a segunda e a terceira guerras coa India, recomendando o establecemento do Comité Conjunto de Xefes de Estado Maior para manter a comunicación militar estratéxica entre os servizos e o goberno federal, que debe ser presidido polo nomeado Presidente dos xefes xuntos como principal asesor militar do goberno. En 1976, o primeiro presidente dos xefes xunta foi nomeado do exército co xeneral Muhammad Shariff asumindo a presidencia, pero renunciou un ano despois. En 1975, o primeiro ministro Zulfikar Ali Bhutto substituíu a polo menos sete xenerais do exército para ascender a tenente-general. Zia-ul-Haq ao rango de catro estrelas, nomeándoo xefe do Estado Maior do Exército (COAS) a pesar das recomendacións do exército enviadas ao goberno federal.