John Stuart Mill naceu en 13 Rodney Street en Pentonville, Middlesex, o fillo máis vello do filósofo escocés, historiador e economista James Mill, e Harriet Barrow. John Stuart foi educado polo seu pai, co consello e asistencia de Jeremy Bentham e Francis Place. Foi dado unha educación extremadamente rigorosa, e foi deliberadamente protexido da asociación con nenos da súa idade que non fosen os seus irmáns. O seu pai, un seguidor de Bentham e un adherente do asociacionismo, tiña como seu obxectivo explícito crear un intelectual xenio que levaría a causa do utilitarismo e a súa implementación despois de que Bentham morrera.
John Stuart Mill