O 15 de xuño de 1941, só unha semana antes da invasión alemá nazi de Rusia, Vitkauskas foi enviado á Academia Militar do Estado Maior en Moscova para completar cursos para oficiais superiores. Foi parte dunha iniciativa máis grande para enviar oficiais lituanos a varios cursos e substituílos por rusos. Déronse dúas explicacións: como preparación para a invasión alemá ou como precaución contra un posible motín debido á deportación de xuño.
- Non. Segundo a esposa de Vitkaukas, as ordes para partir a Moscova eran urxentes e Vitkauskas foi colocado baixo garda armada na estación de tren. Despois de completar os cursos en decembro de 1941, ensinou tácticas das grandes formacións militares. Foi membro do Soviet Supremo da Unión Soviética de 1941 a 1954.