O 1 de xuño de 1862, mentres comandaba unha brigada da Unión en Fair Oaks
Howard foi ferido dúas veces no brazo dereito, que posteriormente foi amputado. Recibiu a Medalla de Honra en 1893 polo seu heroísmo en Fair Oaks. O xeneral de brigada Philip Kearny, que perdeu o brazo esquerdo, visitou a Howard e bromeou que poderían mercar luvas xuntos. Howard recuperouse o suficientemente rápido como para reincorporarse ao exército para a batalla de Antietam, na que ascendeu ao mando da división no II Corpo. Foi ascendido a maior xeral en novembro de 1862 e asumiu o mando do XI Cuerpo o seguinte abril, substituíndo ao maior xeral Franz Sigel. Dado que o corpo estaba composto en gran parte por inmigrantes alemáns, moitos dos cales non falaban inglés, os soldados estaban resentidos co seu novo líder e pediron abertamente a reincorporación de Sigel.