O 20 de agosto, Higuaín marcou o gol da vitoria no seu debut na Juventus no seu partido inaugural contra a Fiorentina nunha vitoria en casa por 2-1. O 10 de setembro, marcou un gol na vitoria por 3 a 1 sobre o Sassuolo. O 29 de outubro, marcou o gol da vitoria contra o seu antigo equipo, o Napoli, pero non celebrou o seu gol, nunha vitoria en casa de 2-1. O 5 de abril de 2017, Higuaín marcou dous goles contra o Napoli na segunda semifinais da Copa de Italia 2016-17 para poñer á Juventus na final 5-4 no total, a pesar dunha derrota por 3-2. A semana seguinte, converteuse no primeiro xogador en marcar máis de 20 goles na súa tempada de debut para a Juventus desde que John Charles e Omar Sívori conseguiron a mesma fazaña durante a Serie A de 1957-58.
tempada, cando marcou un brace contra Chievo. O 15 de abril, Higuaín marcou os dous goles nunha vitoria de 2 a 0 contra o Pescara, que incluía o seu 200o gol de liga en Europa. O 3 de xuño, Higuaín debutou na final da Liga dos Campións, pero a Juventus foi derrotada por 4 a 1 polo Real Madrid; marcou o empate temporal de Mario Mandžukić na primeira parte.