A construción foi inaugurada en 1898, substituíndo a anterior de madeira construída no mesmo sitio en 1875. O edificio ben construído reforzado coas súas arcadas arqueadas sobreviviu tanto ao terremoto de 1906 como ao terremoto de 1908.
e os terremotos de 1989 con poucos danos. Servia como destino para os pasaxeiros a San Francisco desde East Bay, que viaxaban nas flotas de ferries do Pacífico Sur e do Sistema Key. Tamén serviu como conexión a San Francisco para as liñas ferroviarias transcontinentais do Pacífico Sur, Santa Fe e Pacífico Occidental que terminaban en Oakland, e para o Pacífico Noroeste que corría cara ao norte desde o condado de Marin. Os peiraos do ferry ao norte da torre do reloxo servían ao Sistema Key, Santa Fe e ao Pacífico Noroeste, mentres que os peiraos ao sur da torre servían ao Pacífico Sur e ao Pacífico Occidental. Un circuíto diante do edificio permitiu transferencias convenientes a tranvías. Unha gran ponte peonil atravesaba o Embarcadero diante do edificio Ferry para facilitar a travesía segura da praza ocupada e o centro de tránsito. Na década de 1940, a ponte foi desmantelada para subministrar chatarra para a Segunda Guerra Mundial.