A familia Balaenopteridae divídese das outras familias da suborde Mysticeti xa no Oligoceno medio (28 Ma). A liñaxe da baleia azul divídese das outras rorquals durante o Mioceno, entre 7,5 e 10,5 millóns de anos atrás. Con todo, o fluxo xenético entre as especies parece ter continuado máis aló daquela data. A baleia azul ten a maior diversidade xenética de calquera baleia, e unha maior diversidade que a media entre os mamíferos modernos.
Balea jorobada, a baleia de aleta, a baleia de Bryde, a baleia sei e a baleia minke