O clima é extremadamente variado, desde condicións subtropicais quentes e húmidas no sur ata condicións alpinas frías e secas no norte. De maio a outubro, o monzón do suroeste trae fortes choivas (máis de 4.000 milímetros cadrados) á parte sur e hai unha pronunciada estación seca no inverno. Máis ao norte, a choiva é xeralmente escasa, da orde de 600 a 700 milímetros (24 a 28), rexistrada durante xuño-agosto. A diferenza entre o fluxo máximo e mínimo do río nos meses de monzón e secos é de ata 20 veces. O río Manas, o maior afluente da marxe norte do Brahmaputra, rexistrou unha descarga máxima de 7.641 metros cúbicos e contribúe co 5,48% dos fluxos totais do Brahmaputra.
41.350 quilómetros cadrados