O 24 de xullo de 1580, António proclamouse rei de Portugal en Santarém, seguido por aclamación en varios lugares do país; o seu goberno doméstico durou 20 días, ata que foi derrotado na Batalla de Alcântara.
por exércitos de Habsburgo liderados polo duque de Alba. Despois da caída de Lisboa, pretendía gobernar o país desde a illa de Terceira, nas Azores, onde estableceu un goberno no exilio ata 1583; António incluso fixo acuñar moedas, unha afirmación típica da soberanía e da realeza. Algúns autores consideran que foi o último monarca da Casa de Aviz (en lugar do Cardeal-Rei Henrique) e o 18o Rei de Portugal. O seu goberno na illa de Terceira só foi recoñecido nas Azores, mentres que no continente e nas Illas Madeira o poder foi exercido por Filipe II, que foi aclamado rei en 1580 como Filipe I de Portugal e recoñecido como rei oficial polas Cortes de Tomar en 1581. A elección do novo rei realizouse coa condición de que o reino e os seus territorios ultramarinos permanecesen separados de España e mantivesen as súas propias leis e Cortes.