En outubro de 2018 confirmouse que Nakagami permanecería no LCR Honda nunha máquina de especificacións de 2018 para a tempada de MotoGP de 2019.
ao lado do seu compañeiro de equipo, Cal Crutchlow. Na primeira metade da tempada logrou regularmente os 10 primeiros lugares, pero un grave accidente no TT holandés e unha lesión posterior no ombreiro levaron a unha caída na forma. Elixiu rematar prematuramente a súa tempada despois do Gran Premio de casa para someterse a unha cirurxía para reparar o seu ombreiro danado e recuperarse antes da tempada 2020. Foi substituído nas últimas tres rondas polo exiliado Johann Zarco. Nakagami terminou a tempada na 13a posición con 74 puntos, máis que duplicando a súa tempada de novato.