Despois de que os Estados Unidos entraran na Segunda Guerra Mundial, Ballentine serviu como segundo comandante do portaavións de escolta USS "Long Island" do 26 de decembro de 1941 ao 18 de abril de 1942. Foi ascendido a capitán o 30 de xuño de 1942. Ballentine foi xefe de gabinete do comandante do Grupo de Tarefa 34.2, o contraalmirante Ernest D. McWhorter, a bordo durante a invasión aliada do norte de África francesa.
en novembro de 1942.