Wembanyama representou a Francia no Campionato de Europa FIBA U16 de 2019 en Udine, Italia. Nunha vitoria de cuartos de final de 80 a 78 sobre Croacia, anotou 12 puntos, 21 rebotes e oito bloqueos. Wembanyama promediu nove puntos, 9.6 rebotes e un torneo líder de 5.3 bloqueos por partido, levando a Francia a unha medalla de prata e gañando honores de equipo de todo o torneo. Participou na Copa do Mundo de Baloncesto FIBA Sub-19 de 2021
en Letonia. Wembanyama promediu 14 puntos, 7.4 rebotes e 5.7 bloqueos por partido, e foi nomeado para o equipo de todos os torneos despois de levar a Francia á medalla de prata. El rexistrou 22 puntos, oito rebotes e oito bloqueos nunha derrota de 83 a 81 contra os Estados Unidos na final. Wembanyama estableceu o récord FIBA de bloqueos por partido nun único torneo.