Na tempada 2008/09, Totti recuperou da lesión anterior e participou na Supercopa Italiana de 2008.
final o 24 de agosto de 2008; tras un empate de 2 a 2 co Inter despois da prórroga, Totti perdeu o seu penalti no tiroteo resultante, o que permitiu a Javier Zanetti gañar o partido para o Inter co seguinte disparo. O 8 de novembro de 2008, fixo a súa aparición número 400 na Serie A, nun empate de 1-1 contra o Bologna, marcando o gol de apertura do partido. Máis tarde ese mes, axudou ao seu equipo a vencer ao Lazio no derby de Roma, axudando ao gol gañador de Júlio Baptista. A carreira de boa forma de Totti continuou, xa que proporcionou asistencias a Mirko Vučinić e marcou un gol no triunfo por 3 a 0 nun partido de liga contra o Lecce o 23 de novembro, mentres que anotou un tiro libre na vitoria por 3 a 1 contra o CFR Cluj na Liga de Campións máis tarde esa semana, o 27 de novembro. Tamén marcou o segundo gol na vitoria por 2 a 0 contra o Bordeaux o 10 de decembro, o que asegurou o paso de Roma á ronda de 16 da competición como gañadores do grupo. O 19 de abril de 2009, Totti marcou o seu 175o gol na Serie A nunha vitoria por 3 a 2 sobre o Lecce, superando a Amedeo Amadei como o máximo goleador de todos os tempos da Roma; co gol, Totti tamén se converteu nun dos dez mellores goleadores da historia da Serie A.