Escribe unha continuación para este parágrafo - Bayezid foi derrotado por Timur na Batalla de Ankara
, comezando unha guerra civil pola sucesión entre os seus fillos <unk> un período coñecido como o "Interregno otomán". Aproveitando a situación, Junayd atacou aos irmáns Aydınid, Isa e Umur II, que foran restaurados por Timur. A principios de 1406, Isa e Umur morreron e Junayd foi o gobernante indiscutible dos antigos dominios Aydınid. Como todos os gobernantes da rexión, cristiáns e musulmáns, Junayd tamén foi un participante activo na guerra civil entre os fillos de Bayezid İsa, Süleyman, Musa e Mehmed, na que cambiou a súa lealdade varias veces. Apoiou a İsa contra Mehmed, e converteuse nun vassalo de Suleiman. Os seus persistentes intentos de explotar o conflito para ampliar o seu poder e independencia obrigaron a Suleiman a envialo como gobernador provincial de Ohrid a Rumeli en 1410. Despois do derrocamento de Suleiman e a súa morte en 1411 a mans do seu irmán Musa, Junayd regresou a Anatolia e tomou Esmirna, pero tivo que recoñecer a soberanía de Mehmed. Durante a ausencia de Mehmed en Rumeli para facer campaña contra Musa, Junayd reclamou a súa independencia e atacou aos seus gobernantes veciños. Como resultado, en 1414 Mehmed liderou unha coalición rexional contra Junayd. A nai de Junayd foi capaz de salvar a súa vida, pero unha vez máis Junayd foi desposuído e enviado a Rumeli como gobernador de Nicópolis. A partir de alí, uniuse á rebelión fracasada de Mustafa Çelebi, ata que os bizantinos acordaron internalo a el e a Mustafa en 1416.