Aos tres anos, Suharto foi devolto á súa nai, que se casara cun agricultor local a quen Suharto axudou nos arrozais. En 1929, o pai de Suharto levou a vivir coa súa irmá, que estaba casada cun supervisor agrícola, Prawirowihardjo, na cidade de Wuryantoro, nunha área agrícola pobre e de baixo rendemento preto de Wonogiri. Nos dous anos seguintes, foi levado de volta á súa nai en Kemus Daruhyuk e despois volveu a vivir en Wuryantoro por seu pai, Suharto.
Mentres vivía con Hardjowijono