O 16 de xullo de 1862, foi ascendido a tenente-comandante e comandou o vapor de parafuso no East Gulf Blockading Squadron. Trasladado ao barco de vapor do Esquadrón do Atlántico Norte, Chandler loitou co seu barco no bombardeo e caída de Fort Fisher
e a captura de Wilmington a principios de 1865, recibindo a promoción a comandante o 25 de xullo de 1866.