Escriba unha continuación para este parágrafo - CSKA Moscova foi un dos membros fundadores da recentemente formada División Superior Rusa despois da disolución da Unión Soviética. Nas primeiras seis tempadas, o equipo ocupou os lugares no medio da táboa. Na tempada de 1998, o club foi subcampión e na tempada seguinte
terminou terceiro. Nas dúas tempadas seguintes, o CSKA Moscova ocupou de novo lugares no medio da táboa. Na tempada de 2002, o equipo adestrado por Valery Gazzaev volveu ocupar o segundo lugar, gañando a Copa de Rusia. En 2003, o equipo gañou o seu primeiro campionato na historia da Premier League rusa. Despois diso, o adestrador Valery Gassayev foi despedido de forma sorprendente e o adestrador portugués Artur Jorge foi contratado como seu sucesor. Baixo o novo adestrador, o equipo non puido aproveitar as actuacións da tempada anterior. Despois de caer ao quinto lugar en xullo de 2004, Arthur Jorge foi despedido despois de só oito meses ao mando do club. Despois do regreso de Valery Gassaev, o CSKA foi capaz de salvar a tempada e converterse en vicecampeón.