En 805, a illa foi doada por Carlomagno á abadía de Tre Fontane en Roma, e máis tarde foi sucesivamente unha posesión das familias Aldobrandeschi, Pannocchieschi, Caetani e Orsini, e do municipio de Perugia. En 1241, a frota siciliana e pisana do emperador Federico II destruíu unha frota xenovesa na batalla de Giglio
- Non. A partir de 1264, Isola del Giglio foi un dominio pisano, do que pasou á familia Medici. Sufriu varios ataques sarracenos, que remataron só en 1799.