Na Copa das Nacións da UNCAF de 1999, organizada en Costa Rica, El Salvador empatou 1 a 1 con Guatemala e derrotou a Nicaragua 1 a 0 na primeira rolda, con Magdonio Corrales marcando en ambos os partidos. Na segunda fase de grupos, perderon por 3 a 1 contra Honduras, por 1 a 0 contra Guatemala e por 4 a 0 contra Costa Rica para terminar en último lugar do grupo, e non puideron avanzar á Copa de Ouro da CONCACAF de 2000.
- Non. Foron adestrados por Mario Peres Ulibarri.