De 1959 a 1960, Shagari foi o pioneiro Ministro Federal de Desenvolvemento Económico da independente Nixeria, onde o seu Ministerio foi responsable de elaborar o plan de desenvolvemento de 1962-1968. O Ministerio de Desenvolvemento Económico de Shagari tamén foi responsable do establecemento do Consello de Desenvolvemento do Delta do Níxer. De 1960 a 1962, foi o Ministro Federal de Pensións, que asumiu a misión de Nigerianization do servizo civil. De 1962 a 1965, Shagari foi nomeado Ministro Federal de Asuntos Internos. Desde 1965 ata o primeiro golpe militar en xaneiro de 1966
Shagari foi o Ministro Federal de Obras e executou moitos proxectos importantes, incluíndo Eko Bridge Lagos, que foi o primeiro gran contrato da empresa de construción alemá Julius Berger en Nixeria, e a finalización da ponte do Níxer que foi encargada en 1966 polo primeiro ministro, Sir Abubakar Tafawa Balewa. En 1967 foi nomeado secretario do Fondo de Desenvolvemento da Educación da Provincia de Sokoto. De 1968 a 1969, Shagari recibiu un cargo estatal no Estado do Noroeste como Comisionado de Establecementos.