Escribe unha continuación para este parágrafo - Tres meses despois, a Supercopa da UEFA 2013
Viu unha revancha entre o Bayern, agora adestrado por Pep Guardiola, e o Chelsea (que abandonara a súa defensa da Liga dos Campións na fase de grupos, pero gañou a 'Europa League', xa que a Copa da UEFA agora cambiara de nome). Despois dun empate de 1 a 1 en 90 minutos, compartiron dous goles máis na prórroga, o Bayern igualado no último minuto. As penalizacións foron necesarias de novo, e desta vez o Chelsea perdeu o seu último mentres que o Bayern marcou os cinco, para engadir a Supercopa ao gabinete de trofeos do club por primeira vez. Con todo, xa perderon a oportunidade de facer un barrido limpo no ano calendario 2013 cando Dortmund gañou a DFL-Supercup 2013. Como campións de Europa, o Bayern pasou directamente á fase de semifinais da Copa Mundial de Clubes da FIFA que en 2013 se celebrou en Marrocos. Derrotaron aos representantes asiáticos de Guangzhou Evergrande por 3 a 0 para avanzar á final, e derrotaron ao anfitrión Raja Casablanca (que eliminara inesperadamente ao campión suramericano Atlético Mineiro) na final para ser coroados campións do mundo por terceira vez. Como na Copa de Europa e na Copa Intercontinental, foi o primeiro club alemán en levantar a Copa Mundial de Clubes.