O 17 de xaneiro de 1999, despois de tres tempadas e media cos Panthers, Jovanovski foi traspasado nun acordo de sete xogadores aos Vancouver Canucks. Foi enviado con Dave Gagner, Mike Brown, Kevin Weekes e unha selección de primeira rolda no Draft de 2000.
(Nathan Smith) a cambio de Pavel Bure, Bret Hedican, Brad Ference e unha selección de terceira rolda en 2000 (Robert Fried). Uníndose aos Canucks no medio dun período de reconstrución para a franquía, Jovanovski rapidamente se estableceu como un dos mellores defensores na alineación de Vancouver. A súa habilidade para unirse á corrida como defensor complementou o estilo de xogo rápido dos Canucks.