Durante a Segunda Guerra Mundial, o zoo foi bombardeado dúas veces.
, polos nazis en 1941 e polos aliados en 1944, danando a infraestrutura e matando a maioría dos animais. O zoolóxico tamén perdeu sete hectáreas de terra. O bombardeo do zoolóxico de 1941 foi descrito no libro de Winston Churchill "A Segunda Guerra Mundial" e na película de Emir Kusturica de 1995 "Underground". Miodrag Savković, director do zoo durante a ocupación da Segunda Guerra Mundial, foi arrestado inmediatamente polas novas autoridades comunistas e fusilado, aínda que se coñecen as acusacións contra el nin o seu lugar de descanso.