En 1921 foi nomeado profesor sénior na nova Universidade de Hamburgo. De 1919 a 1923 Wegener fixo un traballo pioneiro na reconstrución do clima de épocas pasadas (agora coñecido como "paleoclimatoloxía"), en estreita colaboración con Milutin Milanković, publicando Die Klimate der geologischen Vorzeit (<unk>Os climas do pasado xeolóxico<unk>) xunto co seu sogro, Wladimir Köppen, en 1924.
a súa muller e as súas dúas fillas