Con a creación da República Cisalpina baixo a ocupación napoleónica, Giovanni foi nomeado un dos directores do novo goberno. Pero unha disputa co xeneral Brune levou á súa destitución. Co retorno do goberno dos Habsburgo, foi encarcerado no forte de Cattaro. Despois da batalla de Marengo
, e a derrota dos austríacos, foi chamado de volta ao goberno. Ocupou varios cargos, incluíndo o de presidente do Senado nos anos 1809, 1811 e 1812. Apoiou os obxectivos de Napoleón de reclamar o título de rei de Italia, e como recompensa recibiu o título de conde, e os premios da Coroa de Ferro e a Lexión de Honra. El presionou sen éxito para que Eugène de Beauharnais fose nomeado rei da república do norte de Italia. Coa caída de Napoleón, a súa principal fonte de ingresos era o ensino de matemáticas.