O "Juniata" continuou a navegar nas Indias Occidentais convocando barcos con destino a California a augas seguras e observando atentamente os sinais de cruceiros confederados e corredores de bloqueo ata que navegou a Nova York o 24 de novembro, chegando alí o 2 de decembro. Durante as reparacións en Filadelfia durante a primeira metade de 1864, o "Juniata" partiu o 12 de agosto en busca do cruceiro confederado "Tallahassee" informado de Sandy Hook, Nova Jersey. Cinco días despois ancorou en Hampton Roads e uniuse ao Escuadrón de Bloqueo do Atlántico Norte. Funcionou en Hampton Roads ata que chegou a Wilmington a principios de decembro en preparación para as próximas operacións ofensivas contra esa poderosa fortaleza e centro de bloqueo. Estaba no medio dos combates durante o primeiro ataque a Fort Fisher, pechando as baterías do Sur para posicionarse para un bombardeo efectivo. A súa audacia nesta ocasión, que lle custou dous oficiais e tres homes mortos e 11 feridos, foi de novo exhibida durante o segundo ataque a Fort Fisher
entre o 13 e o 15 de xaneiro de 1865. Cinco dos seus homes morreron e 10 resultaron feridos neste asalto que librou a Wilmington das mans do Sur, pechando a Confederación da axuda externa efectiva.