Neill foi ascendido a tenente coronel durante a súa participación no asedio de Béxar, e 10 días despois Houston puxo-o a cargo da guarnición texana na cidade. En xaneiro, os residentes comezaron a evacuar antes das forzas de Santa Anna. Neill suplicou a Houston o reabastecemento de tropas, provisións e armamento. A partida dos texianos que se uniron á expedición Matamoros deixou a Neill con só uns 100 homes. Naquel momento, Houston considerou a Béxar como unha responsabilidade militar e non quería que o exército avanzador de Santa Anna obtivese o control de calquera soldado ou artillería restante. Enviou a Bowie con instrucións para retirar a artillería, ter os defensores abandonar a misión Alamo
e destruílo. Tras a súa chegada o 19 de xaneiro e as posteriores discusións con Neill, Bowie decidiu que a misión era o lugar axeitado para deter o exército mexicano. Quedou e comezou a axudar a Neill a prepararse para o ataque que se aproximaba. O tenente coronel William B. Travis chegou con refuerzos o 3 de febreiro. Cando a Neill se lle deu permiso para atender asuntos familiares o 11 de febreiro, Travis asumiu o mando da misión, e tres días despois el e Bowie acordaron un mando conxunto. Santa Anna cruzou o Río Grande o 16 de febreiro, e o asalto do exército mexicano ao Álamo comezou o 23 de febreiro. O capitán Juan Seguín deixou a misión o 25 de febreiro, levando unha carta de Travis a Fannin en Goliad solicitando máis reforzos. Santa Anna estendeu unha oferta de amnistía aos tejanos dentro da fortaleza; un superviviente non combatente, Enrique Esparza, dixo que a maioría dos tejanos saíron cando Bowie aconsellou que aceptasen a oferta. En resposta á carta de Travis do 24 de febreiro ao pobo de Texas, 32 voluntarios da milicia formaron a Compañía de Rangers Gonzales de Voluntarios Montados e chegaron ao Álamo o 29 de febreiro.