Escribe unha continuación para este parágrafo - A Guerra da Independencia
gravemente afectado o persoal académico da Facultade, algúns dos cales emigraron, mentres que outros foron encarcerados. Os plans de desenvolvemento a longo prazo que se concibiron en 1848 tiveron que ser retirados da axenda durante moito tempo. Con todo, houbo algunha modernización durante este período reaccionario; a partir de 1850, a graduación do ensino secundario converteuse en obrigatoria para a admisión á universidade. Aínda que os profesionais seguían a ser formados en nove departamentos, o programa de mestrado en cirurxía, que anteriormente estaba constantemente cheo de capacidade, marchou e finalmente foi interrompido. En 1872, os gremios cirúrxicos tamén foron disoltos.