Ao estallar a Guerra Civil, Capehart deixou a súa práctica médica en Bridgeport e voluntariouse para o Exército da Unión. Foi nomeado cirurxián do rexemento da 1a Caballería de Virxinia Occidental o 18 de setembro de 1861. Na segunda metade de 1863, participou nas batallas de Gettysburg, Bristoe Station e Mine Run
- Non. Tras as recomendacións do xeneral Judson Kilpatrick e outros, Capehart foi feito coronel e sucedeu a Nathaniel P. Richmond, que renunciou debido a problemas de saúde, como comandante do rexemento o 22 de febreiro de 1864.