Despois de Gettysburg, Munsell participou na Batalla de Kelly's Ford, a Batalla de Mine Run
, e a batalla de Manassas Gap. Despois recibiu unha licenza prolongada para asistir á Escola Militar Libre en Washington, D.C., onde deixou como primeiro tenente. Despois volveu ao seu rexemento e participou na Batalla de Cold Harbor, no Asedio de Petersburgo e na Segunda Batalla de Deep Bottom. Na última loita, Munsell foi capturado e mantido como prisioneiro de guerra ata a súa liberación en 1865. Volveu á súa compañía outra vez, agora como capitán.