Escriba unha continuación para este parágrafo - Munster foron sorteados no grupo un para o 2011-12 Heineken Cup, xunto a Northampton Saints, Scarlets e Castres. Derrotaron a Northampton 23 a 21 no primeiro partido de billar en Thomond Park, despois dun gol de Ronan O'Gara no minuto 83. No seu segundo partido de billar, Munster derrotou a Castres 24-27, con O'Gara de novo anotando un gol en tempo extra para asegurar a vitoria. O Munster gañou o seu terceiro partido de billar, fora dos Scarlets, 17-14. Na partida de volta unha semana despois, Munster gañou 19 x 13. Unha vitoria de 26<unk>10 sobre Castres o 14 de xaneiro de 2012 asegurou que Munster clasificase para os cuartos de final da Copa Heineken 2011-12. O Munster rematou os seus partidos da Heineken Cup de 2011-12 cunha vitoria de 51-36 contra o Northampton Saints, asegurando o primeiro posto nos cuartos de final e gañando 6 de 6 partidos de piscina por primeira vez. O Munster perdeu os seus cuartos de final contra o Ulster 22-16, perdendo o seu segundo partido na casa na Heineken Cup. O Munster terminou terceiro no Pro12 de 2011-12
, e xogou contra os Ospreys nas semifinais do play-off, perdendo 45 por 10. O 22 de febreiro de 2012 anunciouse que McGahan deixaría o Munster ao final da tempada 2011-12 para asumir o papel de coordinador de adestramento no equipo de xestión de Australia. Rob Penney, adestrador de Canterbury e Nova Zelandia U20, foi elixido para suceder a McGahan, sendo revelado como o seguinte adestrador de Munster o 2 de maio de 2012.