Escriba unha continuación para este parágrafo - Tanto Lord Willoughby como o seu pai apoiaron ao rei e levantaron un rexemento de caballería en Lincolnshire en seu nome. Lord Willoughby comandou os gardas salvavidas en Edgehill, onde o seu pai foi mortalmente ferido por un disparo no coiro. Willoughby rendeuse aos parlamentarios para atender ao seu pai, a quen agora sucedeu como conde de Lindsey e Lord Great Chamberlain. Foi encarcerado no castelo de Warwick, onde escribiu unha declaración desafiante e xustificando a súa lealdade ao rei. Non foi liberado ata un intercambio de prisioneiros en xullo de 1643, logo de que se uniu ao rei en Oxford e foi nomeado Conselleiro Privado en decembro. Como coronel dos gardas de vida do rei e posteriormente tenente xeral dos gardas de vida "e todo o pé", loitou na primeira batalla de Newbury
Cropredy Bridge, Lostwithiel, Segunda batalla de Newbury, e foi ferido en Naseby. Ademais dos seus servizos militares para o rei, Lindsey actuou con frecuencia como comisario para tratar co Parlamento e instou persistentemente á reconciliación. O rei tamén honrou a Lindsey co cargo de Cabaleiro da Cama de 1643 ata 1649, e de Administrador, Guardián e Ranger de Woodstock en 1644.