En 1238, o Papa Gregorio IX formou unha alianza entre Xénova e Venecia contra o imperio, e consecuentemente contra Pisa, tamén. Un ano despois, excomulgou a Federico II e convocou un concilio antiimperial en Roma en 1241. O 3 de maio de 1241, unha frota combinada de barcos pisanos e sicilianos, liderada polo fillo do emperador Enzo, atacou un convoi xenovés que transportaba prelados do norte de Italia e Francia, xunto á illa de Giglio (Batalla de Giglio
), fronte á Toscana; os xenoveses perderon 25 barcos, mentres que preto de mil mariñeiros, dous cardeais e un bispo foron feitos prisioneiros. Despois desta gran vitoria, o concilio de Roma fracasou, pero Pisa foi excomulgada. Esta medida extrema só foi eliminada en 1257. De todos os xeitos, a cidade toscana tentou aproveitar a situación favorable para conquistar a cidade córsica de Aleria e ata asediar Xénova en 1243.