Cowdin era coronel do 2o Regimento de Milicia de Massachusetts ao comezo da guerra, e foi nomeado coronel da 1a Infantería de Massachusetts o 25 de maio de 1861. Dirixiu o seu rexemento na batalla de Blackburn's Ford o 18 de xullo de 1861, foi parte da brigada de Israel B. Richardson da División de Daniel Tyler na Primeira Batalla de Bull Run, onde o seu cabalo foi morto. Tamén participou en Williamsburg, Fair Oaks, Glendale, Malvern Hill e Chantilly.
- Non.