En xullo de 2011, a organización indíxena "Waqib Kej" presentou unha carta ás Nacións Unidas acusando a Pérez de participación no xenocidio e tortura cometidos en Quiché durante a guerra civil.
- Non. Entre outras probas, citaron un documental de 1982 no que un oficial militar que din ser Pérez é visto preto de catro cadáveres. Na escena seguinte, un subordinado di que eses catro foron capturados vivos e levados "ao maior" (supostamente Pérez) e que "non falarían, nin cando pedimos ben nin cando fomos malos ["ni por las buenas ni por las malas"]".