Gran parte da Francia católica, organizada na Liga Católica, rexeitou recoñecer a un monarca protestante e en vez diso recoñeceu ao tío de Henrique IV, Carlos, o cardeal de Borbón, como rei lexítimo, e a guerra civil continuou. Henrique obtivo unha vitoria crucial en Ivry
O 14 de marzo de 1590 e, tras a morte do cardeal no mesmo ano, as forzas da Liga carecían dun candidato católico obvio ao trono e dividíronse en varias faccións. Con todo, como protestante, Henrique IV non puido tomar París, unha fortaleza católica, nin derrotar decisivamente aos seus inimigos, agora apoiados polos españois. Converteuse ao catolicismo en 1593 e foi coroado rei retroactivamente a 1589 na catedral de Chartres o 27 de febreiro de 1594.