A especie tipo, Amygdalodon patagonicus, foi descrita por Cabrera en Arxentina en 1947. Os fósiles de Amygdalodon foron atopados na Formación Cerro Carnerero do Jurásico (aproximadamente 170 millóns de anos atrás), e só se descubriron algúns fragmentos óseos e dentes.
Só uns poucos ósos.