Volveu a Inglaterra en 1642, e serviu durante un curto tempo no exército parlamentario, onde comandou a tropa de cabalos do seu pai enfermo. En abril de 1643, despois da morte do seu pai, desertou ao rei en Oxford. Agora conde de Peterborough, uniuse aos Cavaliers e loitou nas batallas de Bristol, Gloucester e Newbury
en 1643. En Newbury foi ferido no brazo e na coxa, e o seu cabalo foi baleado debaixo del. Como comandante dun rexemento levantado a costa propia, serviu no oeste durante o verán e o inverno seguintes, en Cropredy Bridge e Lostwithiel en 1644. Arredor de decembro de 1644, casou con Lady Penelope O'Brien (a única filla do 5o Conde de Thomond) e tiveron dúas fillas. Estaba en Francia durante as fases posteriores da loita. En 1646 volveu a Inglaterra e complexo para as súas propiedades. Unha entrevista privada con Carlos I cando pasaba por Ampthill a Hampton Court, no verán de 1647, impulsou-o a facer un último esforzo en nome do rei, e en xullo de 1648 uniuse con George Villiers, 2o duque de Buckingham e Henry Rich, 1o conde de Holanda para levantar o estandarte real en Dorking. O plan era tomar Reigate, pero frustrado neste, os insurgentes foron empurrados de volta a Kingston, e finalmente dispersos no barrio de Harrow polas forzas parlamentarias (7 de xullo). Mordaunt foi ferido gravemente, pero escapou a Antuerpe, e no ano seguinte volveu a Inglaterra e recompoñido para as súas propiedades (mayo de 1649).