No século XIX, cando ambos os países se independizaron de España, Perú e Chile compartiron relacións pacíficas resultantes da formación de lazos económicos e políticos que fomentaron aínda máis as boas relacións. Durante a Guerra da Confederación
(1836-1839), Chile e os peruanos disidentes formaron unha alianza militar para liberar e reunir as repúblicas do Sur do Perú e do Norte do Perú da Confederación Peruano-Boliviana. Máis tarde, durante a Guerra das Illas Chincha (1864-1866), Perú e Chile lideraron unha fronte unida contra a frota española que ocupou as Illas Chincha peruanas e interrompeu o comercio no Pacífico Sur. Na década de 1870, durante os primeiros conflitos previos á Guerra do Pacífico, o Perú buscou negociar unha solución diplomática pacífica entre Bolivia e Chile. Aínda que o Perú tiña unha alianza defensiva secreta con Bolivia, o Perú non declarou a guerra a Chile mesmo despois de que o Chile invadiu o porto boliviano de Antofagasta. A guerra non foi declarada formalmente ata que Chile declarou a guerra tanto a Perú como a Bolivia en 1879. O Perú declarou a guerra a Chile o día seguinte. A guerra resultou nunha invasión chilena do Perú e a destrución de varios edificios e cidades peruanas, un gran ataque e unha ocupación de dous anos da capital do Perú, Lima. O resultado final da guerra deixou unha profunda cicatriz nas tres sociedades involucradas, e as relacións entre Perú e Chile amargaron durante máis dun século, aínda que as relacións estabilizáronse ata certo punto polo Tratado de Lima de 1929.