Como a guerra rematou, as organizacións comunistas foron legalizadas, e Pekkala foi reelecto ao Parlamento nas eleccións parlamentarias de 1945 representando á Liga Democrática Popular Finlandesa. En 1945-1946 foi ministro de Educación, e en 1946-1948 ministro de Xustiza. En 1946-1947, Pekkala foi membro do tribunal especial dos xuízos de responsabilidade de guerra.
establecida polos Aliados. Pekkala deixou a política en 1948 e dirixiu un bufete de avogados en Helsinki ata a súa morte en setembro de 1956.