En maio de 1864 foi trasladado ao mando da artillería durante o asedio de Petersburgo. O 12 de decembro de 1864, o presidente Abraham Lincoln nomeou a Abbot para o grao de brigadier xeral de voluntarios a partir do 1 de agosto de 1864 e o Senado dos Estados Unidos confirmou o nomeamento o 20 de febreiro de 1865. En decembro de 1864 foi colocado ao mando de toda a artillería de asedio do Exército do Potomac e do Exército do James que estaban sitiando Petersburgo. En xaneiro de 1865, o xeneral Alfred H. Terry pediu ao xeneral Abbot que acompañase á súa forza expedicionaria a Fort Fisher. Abbot comandou unha brigada provisional de artillería de asedio durante a exitosa Segunda Batalla de Fort Fisher
- Non.