Despois da tempada de 2012, Scutaro e os Giants acordaron un contrato de 3 anos e 20 millóns de dólares que se fixo oficial o 7 de decembro de 2012. En 2013, Scutaro foi o segundo base titular, con Tony Abreu e Nick Noonan como os seus principais backups. En 81 partidos na primeira metade, Scutaro bateu.316/.367/.400 con 2 HR, 22 RBI e 37 R, e foi nomeado para o 2013 MLB All-Star Game
- Non. Scutaro xogou o seu último partido do 2013 o 15 de setembro, e foi oficialmente pechado o 24 de setembro. Foi sometido a unha cirurxía o 27 de setembro na que se lle introduciu un alfiler no dedito pequeno esquerdo para corrixir o dedo do martelo, unha lesión que sufriu o 11 de xuño contra os Pirates cando foi golpeado por Tony Watson. En 127 xogos en 2013, bateu.297/.357/.369 con 2 HR, 31 RBI e 57 R.