Durante a produción, DuVernay pediulle a McBride que fose o máis flexible posible nas secuencias de efectos visuais para permitirlle facer cambios e incorporar novas ideas durante a rodaxe. O director decidiu poñer "un certo sitio web de Stephen King" e unha "escena de post-créditos colorida" nel. A rodaxe de A Wrinkle in Time tivo lugar en múltiples localizacións, incluíndo Eureka, California, no condado de Humboldt, a partir do 29 de novembro de 2016. A rodaxe tamén tivo lugar no Parque de Eureka, próximo ao Sequoia Zoo.
Nova Zelandia