Como un dos fillos máis novos de Harun, Abu Ishaq foi inicialmente de pouca importancia, e non figuraba na liña de sucesión. Pouco despois de Harun morreu en 809, unha guerra civil feroz
estalou entre os seus medio irmáns máis vellos al-Amin () e al-Ma'mun (). Al-Amin gozou do apoio das elites abásidas tradicionais en Bagdad (o "abnāʾ al-dawla"), mentres que al-Ma'mun foi apoiado por outras seccións do "abnāʾ". Al-Ma'mun saíu vitorioso en 813 coa rendición de Bagdad despois dun longo asedio e a morte de al-Amin. Ao optar por permanecer na súa fortaleza en Khurasan, na periferia nordeste do mundo islámico, al-Ma'mun permitiu aos seus principais tenentes gobernar no seu lugar en Iraq. Isto resultou nunha onda de antipatía cara a al-Ma'mun e os seus tenentes "persas", tanto entre as elites abasíes en Bagdad como en xeral nas rexións occidentais do Califato, que culminou coa nomeación do irmán menor de Harun al-Rashid, Ibrahim, como anti-califán en Bagdad en 817. Este evento fixo que al-Ma'mun se decatase da súa incapacidade para gobernar desde lonxe; inclinándose á reacción popular, destituíu ou executou aos seus tenentes máis próximos, e volveu en persoa a Bagdad en 819 para comezar a difícil tarefa de reconstruír o estado.