O 27 de xaneiro de 2015, o campión sueco Malmö FF anunciou que asinara un contrato de tres anos con Yotún. Chegou a Malmö como lateral esquerdo, onde xogou na tempada 2015. Despois de converterse na terceira opción deixada atrás polos recén chegados Behrang Safari e Pa Konate durante a tempada 2016
, Yotún xogou en varias posicións de centrocampista, onde destacou. Yotún emerxiu como un xogador clave durante a primeira metade da tempada de 2017 e foi votado xogador do mes polos seguidores de Malmö FF en xullo.