En 1995 Jugović foi comprado do Sampdoria polo Juventus, cuxo adestrador na época era Marcello Lippi. Na súa primeira tempada, a Juventus rematou como subcampeón da Serie A. Na final da UEFA Champions League de 1996, entrou como substituto de Antonio Conte e marcou o penalti decisivo para a Juventus contra o Ajax, tras un empate por 1 a 1 despois da prórroga. Nunha entrevista de 2017 con "Goal.com", lembrou que se sentía tranquilo antes de tomar a súa penalización contra o porteiro do Ajax Edwin van der Sar. Despois do seu papel na vitoria da Champions League, Jugović xogou para a Juventus por unha tempada máis, durante a cal participou na Copa Intercontinental de 1996.
, que a Juventus gañou por 1 a 0 sobre Riverplate. Esa tempada, a Juventus gañou o título da Serie A de 1996-97, logo de que Jugović partiu para o Lazio. En total, fixo 77 partidos para o club con sede en Turín, marcando 10 goles.