Durante a Segunda Guerra Mundial, a cidade estivo baixo ocupación alemá.
Desde o 5 de setembro de 1939 ata o 22 de xaneiro de 1945, a zona foi parte do Reichsgau Wartheland. A poboación polaca foi sometida a varios crimes, incluíndo asasinatos, deportacións a campos de concentración nazis e expulsións. Os habitantes de Margonin estaban entre os 41 polacos asasinados na vila próxima de Morzewo o 7 de novembro de 1939. O 10 e 12 de decembro de 1939, os alemáns expulsaron a moitos habitantes polacos ao Distrito de Varsovia do Goberno Xeral na Polonia central ocupada polos alemáns. Os alemáns operaron unha prisión nazi na cidade e un campo de traballo forzado para os xudeus. O movemento de resistencia polaco subterráneo estaba activo en Margonin, e moitos dos seus membros morreron en campos de concentración, despois de que os alemáns descubrisen as súas operacións. Despois da Segunda Guerra Mundial, a área volveu a Polonia.