Durante a década de 1990, despois da Guerra do Golfo, os ataques terroristas tiveron un gran impacto nas forzas do CENTCOM. Fronte a ataques como o bombardeo de 1996 das Torres Khobar, que matou a 19 aviadores estadounidenses, o mando lanzou a Operación Desert Focus, deseñada para realoxar instalacións estadounidenses a lugares máis defendibles (como a Base Aérea Prince Sultan), reducir a "pegada" estadounidense eliminando alojamientos non esenciais e devolver os dependentes aos Estados Unidos. En 1998, os terroristas atacaron as embaixadas dos Estados Unidos en Kenia e Tanzania, matando a 250 persoas, entre elas 12 estadounidenses. O ataque de outubro de 2000 ao USS "Cole"
, que resultou na morte de 17 mariñeiros estadounidenses, estaba ligado á organización de Osama bin Laden, Al Qaeda.