Aínda que Ngô Đình Diệm foi respectado polo seu nacionalismo, estabilidade política e políticas que desencadearon un rápido crecemento económico, dirixiu un goberno nepotista e autoritario. As eleccións foron rutinariamente manipuladas e Diệm favoreceu a minoría católica romana en moitos asuntos, crendo que os católicos eran "máis confiables", máis anticomunistas e máis impermeables á infiltración do Viet Cong. As súas políticas relixiosas provocaron protestas da comunidade budista despois de que os manifestantes morreran.
en Vesak, o aniversario de Buda, en 1963 cando protestaban contra a prohibición da bandeira budista. Este incidente provocou protestas masivas que pedían a igualdade relixiosa. O caso máis famoso foi o do Venerable Thích Quảng Đức, que se queimou ata a morte para protestar. As imaxes deste evento foron titulares en todo o mundo e trouxeron unha extrema vergoña para Diệm. A tensión non se resolveu, e o 21 de agosto, as Forzas Especiais do ARVN leais ao seu irmán e conselleiro en xefe Ngô Đình Nhu e comandadas por Lê Quang Tung invadiron pagodas budistas en todo o país, deixando un número de mortos estimado en centos. Nos Estados Unidos, a administración Kennedy preocupábase de que os problemas do goberno de Diệm estivesen minando o esforzo anticomunista dos Estados Unidos no sueste asiático, e da crecente resistencia e non cooperación de Diệm co goberno estadounidense. O 1 de novembro de 1963, coa planificación e apoio da CIA e da administración Kennedy, os xenerais survietnamitas liderados por Dương Văn Minh organizaron un golpe de estado e derrocaron a Ngô Đình Diệm, matando a el e ao seu irmán Nhu.