Con a caída de Francia en 1940, durante a Segunda Guerra Mundial, o protectorado francés de Marrocos pasou a estar baixo a xurisdición do réxime de Vichy, que instalou os seus propios residentes xerais. O sultán Muhammad V non se inclinou polos seus novos amos. Aínda que xeralmente era impotente, o sultán rexeitou as demandas de Vichy cando puido, incluído o rexeitamento de demandas de Vichy en 1941 para aprobar lexislación anti-xudiá, alegando que non eran consistentes coa lei marroquí. Muhammad V recibiu os desembarcos aliados de novembro de 1942
en Marrocos, rexeitando as instrucións de Vichy para mover a súa corte cara ao interior. Muhammad V recibiu aos líderes aliados Winston Churchill e Franklin Delano Roosevelt na Conferencia de Casablanca en xaneiro de 1943, durante a cal Churchill atraeu a Roosevelt nunha excursión paralela a Marrakech. A presenza aliada en Marrocos alentou os movementos nacionalistas, que foron traídos baixo un novo partido, "Hizb al-Istiqlāl" (Partido da Independencia) en 1943. Con todo, unha petición Istiqlal ás potencias aliadas pedindo un compromiso coa independencia de posguerra de Marrocos foi usada polas autoridades francesas libres para reprimir Istiqlal en 1944. Os franceses arrestaron aos seus líderes con acusacións falsas de axudar ao esforzo de guerra alemán, provocando unha onda de manifestacións en varias cidades que foron violentamente reprimidas.