Durante a Segunda Guerra de Schleswig de 1864, Werner comandou unha corbeta contra as forzas navais danesas. Werner loitou con distinción na batalla de Jasmund.
, baixo o mando de Eduard von Jachmann; O navío de Werner,, foi gravemente danado durante o combate e a súa tripulación sufriu 13 baixas. Os daneses bloquearon con éxito o intento prusiano de romper o bloqueo danés e forzáronos a volver a Swinemünde. Werner e o resto da frota estacionada alí permaneceron no porto durante o resto da guerra.