En 1953 Dulles converteuse no quinto DCI baixo o presidente Eisenhower. John Foster Dulles, o irmán de Dulles, foi secretario de Estado de Eisenhower. Baixo o DDP Helms foi especificamente encargado na defensa da axencia contra o ataque ameazado polo senador Joseph McCarthy, e tamén no desenvolvemento do "sérum da verdade" e outras drogas de "control da mente" segundo o controvertido Proxecto MKUltra da CIA. Desde Washington, Helms supervisou o túnel de Berlín, a operación de espionaxe de 1953-1954 que máis tarde foi noticia nos xornais. En canto á actividade da CIA, Helms considerou que a información obtida polo espionaxe era máis beneficiosa a longo prazo que o traballo estratéxicamente máis arriscado involucrado en operacións secretas, que podería ter un contraproducente político. Baixo o seu superior e mentor, o DDP Wisner, a CIA organizou operacións secretas, que resultaron nun cambio de réxime en Irán en 1953 e Guatemala en 1954 e interferencia no Congo
en 1960. Durante as crises en Suez e Hungría en 1956, o DDP Wisner quedou desconcertado pola deslealdade dos aliados e a perda dunha preciosa oportunidade de guerra fría. Wisner marchou en 1958. Pasando Helms, DCI Dulles nomeou a Richard Bissell como o novo DDP, que xestionara o avión espía U-2.