O 15 de marzo de 1916, Pershing dirixiu unha expedición a México para capturar a Pancho Villa. Esta expedición estaba mal equipada e obstaculizada pola falta de subministracións debido á ruptura do Cuerpo de Intendentes. Aínda que se falaba de guerra na fronteira durante anos, non se tomaron medidas para proporcionar o manexo de subministracións para unha expedición. A pesar diso e doutros obstáculos, como a falta de axuda do antigo goberno mexicano e a súa negativa a permitir que as tropas estadounidenses transportasen tropas e suministros polos seus ferrocarrís, Pershing organizou e comandou a Expedición Punitiva Mexicana
, unha forza armada de 10.000 homes que penetrou no caótico México. Derrocaron aos revolucionarios de Villa, pero non o capturaron.