En 1996, o BCF incorreu en grandes débedas como resultado dunha disputa legal con Tony Doyle, que renunciou ao seu cargo de Presidente da Federación pouco despois de que o seu Consello intentase destituílo. Doyle fora elixido para a presidencia a finais de 1995 nunha plataforma de aumento da transparencia e a rendición de contas na Federación: a campaña para destituílo baseouse en afirmacións de que non declarara o seu papel como consultor dunha empresa que quería actuar como promotor do Campionato Mundial de Ciclismo de Pista UCI de 1996.
En Manchester. En decembro de 1996, o informe dos auditores do Consello de Deportes do Reino Unido sobre as finanzas e a xestión da Federación atopou graves deficiencias nos seus procedementos de contabilidade e control das finanzas e posibles conflitos de intereses entre os membros do consello e as principais empresas do sector do ciclismo. O consello foi entón eliminado polos membros e substituído por un comité de xestión de emerxencias. Como resultado do informe, o ministro de Deportes, Iain Sproat, advertiu de que as subvencións do Consello de Deportes da BCF poderían ser retiradas e que se lle podería prohibir solicitar diñeiro da Lotería. Brian Cookson foi elixido presidente pouco despois: describiu a situación da organización na época como "pronta á bancarrota, 14.000 membros e caendo, un ouro olímpico en 76 anos e non moito máis que a súa propia reputación".