As nucleases que hidrolisan os nucleótidos dos extremos das cadeas de ADN denomínanse exonucleases, mentres que as endonucleases cortan dentro das cadeas. As nucleases máis frecuentemente utilizadas na biología molecular son as endonucleases de restrición, que cortan o ADN en secuencias específicas. Por exemplo, o enzima EcoRV que se mostra á esquerda recoñece a secuencia de 6 bases 5′-GATC-3′ e fai un corte na liña horizontal. Na natureza, estes encimas protexen as bacterias contra a infección de fago dixerindo o ADN de fago cando entra na célula bacteriana, como parte do sistema de restrición. Na tecnoloxía de secuencia, estas nucleases específicas son utilizadas na clonación molecular do ADN e na clonación de pegadas da man.
Secuencia de 6 bases 5′-GATATC-3