O 1 de outubro de 2003, tres organizacións fusionáronse para formar a nova JAXA: o Instituto Japonés de Ciencias Espaciais e Astronaúticas (ISAS), o Laboratorio Nacional Aeroespacial do Xapón (NAL) e a Axencia Nacional de Desenvolvemento Espacial do Xapón (NASDA). A JAXA formouse como unha institución administrativa independente administrada polo Ministerio de Educación, Cultura, Deportes, Ciencia e Tecnoloxía (MEXT) e o Ministerio de Asuntos Internos e Comunicacións (MIC). Antes da fusión, a ISAS era responsable da investigación espacial e planetaria, mentres que a NAL estaba centrada na investigación de aviación. A NASDA, que foi fundada o 1 de outubro de 1969, desenvolvera foguetes, satélites e tamén construíu o antigo Módulo Experimental Japonés. A sede da NASDA estaba localizada no sitio actual do Centro Espacial Tanegashima, na illa Tanegashima, a 115 quilómetros ao sur de Kyūshū.
1 de outubro de 2003