Pavlyuchenko debutou no club, entrando como substituto, nunha derrota por 1-0 contra Moscova o 5 de abril de 1999. O 15 de maio de 1999, Pavlyuchenko proporcionou unha dupla asistencia na vitoria por 2-1 sobre Chita. Na súa primeira tempada, Pavlyuchenko fixo 31 aparicións e marcou 11 goles.
Dinamo Stavropol