O 26 de decembro de 2006, o propio José Mourinho declarou que o seu capitán podería necesitar cirurxía para solucionar o problema. Na ausencia de Terry, o Chelsea empatou 2 a 2 na casa contra Reading e Fulham durante o Nadal, empates que se revelarían cruciais no destino do título da Premier League para esa tempada. O 28 de decembro, o Chelsea publicou un comunicado de prensa dicindo que Terry tiña unha cirurxía de costas: "A operación para eliminar un disco intervertebral lumbar secuestrado foi exitosa". Aínda que se esperaba que volvese no partido contra o Wigan Athletic, que gañou 3 a 2 grazas a un gol tardío do extremo Arjenben, Terry faltou unha vez máis, debido ao problema de costas recorrente.
£131.000 e £135.000 por semana