Debido ao antisemitismo e a persecución nos anos 20 e 30, a poboación xudía de Königsberg estaba en declive cando o Partido Nazi tomou o control a través do "Machtergreifung" en 1933. Nese ano só había 3.500 xudeus que vivían na cidade. A lexislación anti-xudeu na Alemaña nazi de antes da guerra, imposta por Erich Koch, restringiu os negocios e levou a moitos xudeus de Königsberg a emigrar, principalmente aos Estados Unidos e Gran Bretaña. Michael Wieck escribiu sobre a discriminación que sufriu da Xuventude Hitleriana. Na apertura da Ostmesse de 1935, Hjalmar Schacht criticou a persecución sen éxito. A persecución levou á comunidade xudía a crear unha escola xudía separada para 82 alumnos en abril de 1935; creceu ata abarcar 180 alumnos en 6 clases con 4 profesores en outubro de 1935. En febreiro de 1938 o xornal de propaganda "Der Student der Ostmark" publicou os nomes de 201 empresarios xudeus, 38 médicos e 22 avogados que quedaban na cidade, que foi usada polo Sturmabteilung durante a Noite de Vidro Quebrado
en novembro de 1938. A Sinagoga Nova foi incendiada, a sinagoga ortodoxa Adass Jisroel e dous cemiterios foron vandalizados; a escola xudía foi atacada pero reabriu despois, como a sinagoga ortodoxa, onde Michael Wieck se converteu en Bar Mitzva a mediados de 1941. Moitos dos residentes xudeus foron enviados a campos de concentración nazis dentro de Alemaña.