São Tomé e Príncipe competiu nos Xogos Paralímpicos de Verán de 2016 en Río de Janeiro, Brasil, do 7 ao 18 de setembro de 2016. A participación do país en Río marcou a súa primeira aparición no evento quadrienal, aínda que competiu nos Xogos Olímpicos de Verán seis veces desde os Xogos de 1996. A delegación estaba formada por un corredor de curta distancia, Alex Anjos, que foi escollido como portabandeira de San Tomé e Príncipe para a cerimonia de apertura.
- Non. Anjos foi descalificado dos 100 metros masculinos (T47) por chegar tarde e non puido avanzar á final dos 400 metros masculinos (T47) despois de non establecer un tempo de volta o suficientemente rápido.