O final da guerra civil na primavera de 1865 deu un gran impulso aos fenianos, debido ao número de soldados irlandeses-americanos que estaban disoltos e ansiosos por ver o servizo noutro lugar. O diñeiro foi derramado ao tesouro feniano; probablemente 500.000 dólares foron subscritos entre 1860 e 1867. Houbo moitas diferenzas entre O'Mahony e James Stephens e o Consello Central en relación coa política a seguir para lograr o seu obxectivo, pero O'Mahony permaneceu presidente da organización durante varios anos. Non participou persoalmente no intento de insurrección en Irlanda nin nas incursións en Canadá.
, aínda que o seu consello contaba moito nestas empresas.