Nacido en Flensburg, Baagoe uniuse á Luftwaffe e foi adestrado como piloto de caza. Foi asignado ao "Zerstörergeschwader" 26 "Horst Wessel" (ZG 26<unk>26th Destroyer Wing) e voou as súas primeiras misións durante o período da "Guerra falsa" na Fronte da Mancha
- Non. Obtivo a súa primeira vitoria aérea durante a Batalla de Francia o 12 de maio de 1940. Participou na Batalla de Inglaterra antes de ser trasladado á Fronte Mediterráneo. O 20 de abril de 1941, Baagoe converteuse nun dos pilotos que derrubaron ao principal as da Royal Air Force, Marmaduke Pattle. O 14 de maio, Baagoe foi derribado e morto en acción en Heraklion, Creta. Postulamente, foi condecorado coa Cruz de Caballero da Cruz de Ferro.