O Bayern comezou a súa Bundesliga o 9 de agosto contra o Borussia Mönchengladbach cunha vitoria de 3 a 1 e rematou o 10 de maio cunha vitoria de 1 a 0 contra o VfB Stuttgart. O Bayern derrotou a Schwarz-Weiß Rehden 5<unk>0 na primeira rolda da DFB-Pokal. O Bayern entrou na Champions League na fase de grupos. Derrotaron ao CSKA de Moscova por 3 a 0 no seu partido inaugural da competición o 17 de setembro. Fixo a Copa do Mundo de Clubes da FIFA en decembro reclamando o título de Campión do Mundo de Clubes despois de gañar contra Guangzhou Evergrande e Raja Casablanca. O Bayern tamén participou na DFL-Supercup e na UEFA Super Cup.
- Non. Perdeu contra o Borussia Dortmund na DFL-Supercup e derrotou ao Chelsea nun shoot<unk>out na Supercopa da UEFA, facendo de 2013 o ano máis exitoso da historia do club polo número de torneos gañados (cinco).