Escribir unha continuación para este parágrafo - El foi para loitar contra as forzas hugonotes durante algúns anos; el loitou na Batalla de Arques en 1589. Ese mesmo ano, Carlos Manuel era o gobernador de París, cando as forzas hugonotas, lideradas por Henrique de Navarra, sitiaron París. Durante o asedio, o rei Henrique III de Francia pereceu, e Henrique de Navarra axiña se declarou rei Henrique IV de Francia. Carlos Manuel escapou e loitou contra o recén proclamado rei en Ivry.
en 1590, que foi unha derrota decisiva para a Liga Católica. O mesmo ano comandou as forzas católicas durante o asedio de París, defendendo con éxito a cidade.