Durante a invasión conxunta alemá-soviética de Polonia, que comezou a Segunda Guerra Mundial, en 1939, Pionki foi bombardeada pola Luftwaffe e despois os alemáns ocuparon
A cidade. Ademais das outras destrucións, os alemáns brutalizaron aos polacos e á pequena poboación xudía de arredor de 200. Como parte da "AB-Aktion", en xuño de 1940, os alemáns levaron a cabo arrestos masivos de polacos, que despois foron encarcerados e torturados en Skarżysko-Kamienna e despois asasinados nun bosque preto de Skarżysko-Kamienna. Moitos xudeus foron recrutados para o traballo escravo, incluíndo os traballos máis perigosos nunha facultade de pólvora local. A finais de 1941, establecéronse un gueto e trouxéronse alí os xudeus das cidades circundantes, o que resultou nunha poboación de preto de 700 e unha superpoblación tan grave que algunhas persoas vivían na rúa. Algúns polacos locais foron útiles para proporcionar alimentos aos residentes empobrecidos. En agosto de 1942, algúns dos traballadores máis saudables foron enviados a vivir nun campo de traballo, mentres que o resto foi enviado ao gueto de Zwolen e despois, a finais de setembro, ao campo de exterminio de Treblinka. Foron inmediatamente asasinados alí por gaseamento. O número de superviventes xudeus de Pionki era pequeno, pero polo menos oito. En abril de 1944, os alemáns executaron a 10 membros da resistencia polaca en Pionki.