A finais de 1587, en París, foi detido nun bordel, sendo atopado na cama cunha muller e un criado do conde de Essex. Inicialmente colocado na prisión do bispo, os seus captores consideraron envialo de volta a Walsingham. Finalmente foi trasladado á Bastilla para agardar o xuízo. Un rexistro do seu interrogatorio mostra que intentou implicar a Morgan e a Paget en negocios dobres. En agosto de 1589 foi levado ante o tribunal e condenado a vinte anos de prisión por actuar contra os intereses da Igrexa Católica. Naquela época París estaba baixo o control da Liga Católica, que se levantou contra o rei francés. Mentres estaba no cárcere, a súa saúde deteriorou. Na batalla de Ivry
En marzo de 1590 o exército da Liga foi aniquilado, e o rei marchou cara a París, decidido a facer que a capital se sometese. O asedio durou ata agosto e causou unha fame. Gifford morreu uns meses despois, en novembro de 1590.