Escriba unha continuación para este parágrafo - Aínda que os partidarios de William dominaron o goberno, houbo seguidores significativos para James, particularmente nas Terras Altas. A súa causa, que se coñeceu como jacobitismo, do latín (Jacobus) para Santiago, levou a unha serie de levantamentos. Un intento militar inicial foi liderado por John Graham, agora Visconde de Dundee. As súas forzas, case todas Highlanders, derrotaron as forzas de William na batalla de Killiecrankie
en 1689, pero sufriron grandes perdas e Dundee foi asasinado nos combates. Sen o seu liderado, o exército jacobita logo foi derrotado na batalla de Dunkeld. A completa derrota de Xoán en Irlanda por Guillerme na Batalla de Aughrim (1691), terminou coa primeira fase do esforzo militar xacobeo. Tras a derrota dos xacobeos o 13 de febreiro de 1692 nun incidente coñecido como a masacre de Glencoe, 38 membros do clan MacDonald de Glencoe foron asasinados por membros do rexemento de infantería do conde de Argyll, que aceptaron a súa hospitalidade, alegando que non foron rápidos en prometer lealdade aos novos monarcas.