Despois da invasión xunta alemá-soviética de Polonia, que comezou a Segunda Guerra Mundial en setembro de 1939, a cidade foi ocupada por Alemaña.
, que realizou unha campaña de xenocidio contra a poboación local polaca e xudía. Chełmża foi un dos sitios de execucións de polacos realizadas por Alemaña en 1939 como parte da "Intelligenzaktion". Moitos polacos locais, especialmente os profesores, tamén foron masacrados no bosque de Barbarka na actual Toruń, tamén como parte da "Intelligenzaktion". O estado alemán daquela consideraba aos polacos e aos xudeus como "untermenschen" e planeou a súa erradicación como grupos nacionais. Para escapar a este destino, moitos polacos locais tomaron os grupos III e IV de Volksliste. A principios de 1945, en Chełmża, os traballadores forzados polacos evacuados de Jajkowo foron recrutados forzosamente polos alemáns para a Organización Todt, con todo, algúns conseguiron escapar. Como resultado do exterminio alemán e as represións, a poboación da cidade diminuíu a 10.000 en marzo de 1945.