Desde entón, Duanfang ocupou o cargo de xuíz provincial de Shaanxi, comisario administrativo e axente do gobernador de Shaanxi. En 1900, despois de que Pequín fora ocupada polas forzas da Alianza das Oito Nacións despois da Batalla de Pequín
A emperatriz viúva Cixi e o emperador Guangxu fuxiron a Shaanxi. Duanfang foi trasladado a un novo posto como comisario administrativo da provincia de Henan, e despois ao gobernador de Hubei. En 1902, Duanfang serviu como vice-rei interino de Liangjiang, despois foi transferido a un novo posto como gobernador de Hunan. Nos seus sucesivos cargos, alentou aos estudantes a estudar no estranxeiro, coñecido como unha persoa iluminada, "entusiasta na experiencia en asuntos estranxeiros e domésticos".