En setembro de 1796, Johnston foi nomeado axudante de campo do gobernador John Hunter, e en 1800 recibiu o seu rango de maior. No mesmo ano, Johnston foi detido polo tenente gobernador William Paterson, acusado de "pagar alcohol a un sarxento como parte do seu pago" e desobediencia ás ordes. Johnston opúxose a un xuízo por corte marcial na colonia, e Hunter enviou-o a Inglaterra. Alí, as dificultades para levar a cabo un xuízo con testemuñas en Australia levaron ao abandono do proceso, e Johnston volveu a Nova Gales do Sur en 1802. En 1803 Johnston tomou o mando temporal do Corpo de Nova Gales do Sur durante a enfermidade de Paterson, e involucrouse no conflito entre King e os militares. En marzo de 1804 actuou con decisión cando, ao mando do exército enviado contra algúns condenados que se rebelaron en Castle Hill
- Non. Cando Paterson foi enviado a Port Dalrymple, Johnston converteuse en comandante do corpo de Nova Gales do Sur.