Unha serie de variantes específicas de xenes aumentan o risco por unha cantidade pequena a moderada. Os trastornos dun só xene que resultan en enxaquecas son raros. Un deles é coñecido como enxaqueca hemipléxica familiar, un tipo de enxaqueca con aura, que se herda de forma autosómica dominante. Quatro xenes demostraron estar implicados na enxaqueca hemipléxica familiar. Tres destes xenes están implicados no transporte de ións. O cuarto é unha proteína axonal asociada co complexo de exocitosis. Outro trastorno xenético asociado coa enxaqueca é a síndrome de CADASIL ou a autopatía arterial autosómica dominante con infarto subcortical e leucopatía.
raros