Durante 1990, xunto cos seus rivais de Fórmula Tres Heinz-Harald Frentzen e Karl Wendlinger, uniuse ao programa de carreiras xuvenil de Mercedes no Campionato Mundial de Automóbiles Deportivos. Isto era inusual para un piloto novo: a maioría dos contemporáneos de Schumacher competiron na Fórmula 3000 no camiño á Fórmula Un. Con todo, Weber aconsellou a Schumacher que estar exposto a conferencias de prensa profesionais e conducir coches potentes en carreiras de longa distancia axudaría á súa carreira. Na tempada 1990 do Campionato Mundial de Sportscar, Schumacher gañou a final da tempada no Autódromo Hermanos Rodríguez nun Sauber Mercedes C11, e terminou quinto no Campionato de Pilotos a pesar de só pilotar en tres das nove carreiras. Continuou co equipo na tempada 1991 do Campionato Mundial de Sportscar, gañando de novo na última carreira da tempada en Autopolis no Xapón cun Sauber Mercedes-Benz C291, levando a un noveno posto no Campionato de Pilotos. Tamén competiu en Le Mans durante esa tempada.
, terminando quinto nun coche compartido con Wendlinger e Fritz Kreutzpointner. En 1991, competiu nunha carreira no Campionato de Xapón de Fórmula 3000, terminando segundo.