A guerra a gran escala comezou de novo en Camboya en decembro de 1978 cando o exército vietnamita invadiu
para derrocar ao Khmer Vermello. As tropas do Khmer Vermello retiráronse ás áreas fronteirizas. En xaneiro, os vietnamitas atacaron ás tropas do Khmer Vermello escondidas no templo, pero non houbo informes de danos. Un gran número de refuxiados camboyanos entraron en Tailandia despois da invasión. A guerra de guerrillas continuou en Camboya durante os anos 1980 e ben na década de 1990, dificultando o acceso a Preah Vihear. O templo abriu brevemente ao público en 1992, só para ser re-ocupado o ano seguinte por combatentes do Khmer Vermello. En decembro de 1998, o templo foi escenario de negociacións nas que varios centos de soldados do Khmer Vermello, que se di que son a última forza significativa do movemento guerrilleiro, acordaron renderse ao goberno de Phnom Penh.