Co novo adestrador Alfio Basile, Zanetti foi chamado para un partido amistoso contra Francia o 7 de febreiro de 2007. Xogou brillantemente e axudou a Javier Saviola a marcar o único gol do partido que deu á Arxentina a primeira vitoria baixo a segunda dirección de Basile. Ese mesmo ano, Zanetti foi vicecapitán da selección argentina para a Copa América de 2007, tendo aparecido anteriormente na Copa América de 1995.
, 1999 e as edicións de 2004 do torneo, chegando á súa segunda final consecutiva da Copa América.