Pero a Zumalacárregui, que se destacou pola súa disposición grave e silenciosa e os seus fortes principios relixiosos, non lle gustaba a vida desordenada das guerrillas, e cando se organizaron forzas regulares no norte entrou no 1o batallón de Gipuzkoa como oficial. Durante o resto da guerra serviu no exército regular. O seu irmán Miguel Antonio de Zumalacárregui estaba en Cádiz no momento en que as Cortes aprobaron a Constitución de 1812, sendo elixido vicepresidente de Gipuzkoa. Tomas foi enviado con despachos á Regencia en Cádiz, e recibiu a súa comisión como capitán. Nese posto estivo presente na batalla de San Marcial.
en agosto de 1813. Despois da restauración de Fernando VII continuou no exército, e di que fixo un estudo coidadoso da teoría da guerra.