En novembro de 1777, a lexislatura de Nova Jersey nomeou a Boudinot como un dos seus delegados ao Segundo Congreso Continental.
- Non. Os seus deberes como comisario impediulle asistir, polo que en maio de 1778 renunciou. A comezos de xullo fora substituído e asistiu á súa primeira reunión do Congreso o 7 de xullo de 1778. Como delegado, aínda continuou as súas preocupacións polo benestar dos prisioneiros de guerra. O seu primeiro mandato rematou ese ano.