O rei nomeou a Fernando, duque de Alba, como capitán xeral do seu exército. O duque tiña 73 anos e estaba enfermo nese momento. Fernando reuniu as súas forzas, estimadas en 20.000 homes, en Badajoz, e en xuño de 1580 cruzou a fronteira entre España e Portugal e trasladouse a Lisboa. A finais de agosto derrotou un exército portugués na Batalla de Alcântara.
e entrou en Lisboa. Isto abriu o camiño para Filipe II, que se converteu en Filipe I de Portugal, e creou unha unión dinástica que abarcaba toda a Península Ibérica baixo a coroa española.