O 8 de agosto de 2017, Isco marcou un gol na Supercopa da UEFA de 2017.
, contribuíndo á vitoria do Real Madrid por 2 a 1 contra o Manchester United. A súa actuación gañou o premio de home do partido. En setembro de 2017, asinou un novo contrato co Real Madrid ata xuño de 2022. Durante a UEFA Champions League 2017/18, fixo once aparicións, cando o Madrid gañou o seu terceiro título consecutivo e o 13o título xeral da Champions League ao derrotar ao Liverpool por 3-1 en Kiev. Fixo 23 aparicións durante a tempada da liga, mentres o Real Madrid gañou a Liga de 2019-20.