En agosto de 1985, despois de xogar máis de 150 partidos para Lincoln, Thompson trasladouse ao Charlton Athletic. No seu derradeiro partido para Lincoln foi testemuña dun pesadelo cando 56 espectadores morreron nun horrible incendio no estande.
Xogando Bradford City. Converteuse en capitán do Charlton e levou ao seu equipo á promoción á Primeira División e á final da Copa Simod.