O final de 1798 e o comezo de 1799 marcaron o comezo da Guerra da Segunda Coalición. En pouco máis dun ano da súa formación, a Lexión era de aproximadamente 10.000. Con todo, a nova serie de loitas resultou ser moito máis difícil, xa que a coalición anti-francesa avanzou sobre Italia, agora desprovista de unidades francesas de elite que estaban con Napoleón en Exipto. En xeral, 1799 viu as legións sufrir baixas significativas. A mediados de 1799, a Primeira Lexión baixo o mando do xeneral Dąbrowski loitou contra os rusos en Trebbia (17-19 de xuño de 1799), onde sufriu grandes baixas (só dous dos cinco batallóns sobreviviron á batalla e Dąbrowski foi ferido). Os legionarios polacos tamén loitaron na Batalla de Novi (15 de xullo de 1799) e na Segunda Batalla de Zúrich
26 de setembro.