Wofford votara anteriormente en contra da secesión, pero ofreceu os seus servizos ao seu estado e ao exército confederado. Foi nomeado coronel na milicia estatal de Xeorxia, e despois capitán na 18.a Infantería de Xeorxia en abril de 1861. O 25 de abril Wofford foi ascendido a coronel, e serviu en Carolina do Norte e Virxinia antes de ser asignado á Brigada de Texas do xeneral de brigada John Bell Hood. Viu acción en Yorktown, Eltham's Landing e Seven Pines.
durante a Campaña da Península. Wofford e o 18o tamén loitaron en Second Bull Run e Antietam, onde comandou a Brigada de Texas.