Despois da morte do coronel Edward D. Baker en Ball's Bluff, Wistar converteuse no comandante do 71o de Pensilvania, e foi ascendido a coronel o 11 de novembro de 1861. O 71o participou na Campaña Peninsular de 1862, aínda que non está claro se Wistar estaba realmente presente; na Batalla de Seven Pines
O rexemento foi liderado polo seu maior, e durante as batallas dos Sete Días (30 de xuño e 1 de xullo) polo seu tenente coronel.