Seán Patrick O'Malley naceu como Patrick O'Malley o 29 de xuño de 1944, en Lakewood, Ohio, fillo de Theodore e Mary Louise (nacida Reidy) O'Malley. Ambos os pais eran de ascendencia irlandesa. O'Malley, a súa irmá e o seu irmán maior creceron en South Hills de Pittsburgh e Reading, Pensilvania. Aos 12 anos, ingresou no Seminario Menor St. Fidelis en Herman, un internado para estudantes que estaban considerando unirse á orde franciscana.
29 de xuño de 1944