A pesar de que Bernadotte rexeitou axudar a Napoleón Bonaparte a organizar o seu "golpe de estado" de novembro de 1799, Napoleón estaba decidido a gañar ao "Homem Obstáculo" e o inundou de honras. Napoleón recoñeceu a capacidade e influencia administrativa de Bernadotte nomeándoo Conselleiro de Estado en febreiro de 1800. En abril de 1800, a pesar das súas simpatías republicanas, ofrecéronlle a Bernadotte, e aceptou libremente, de abril de 1800 a 18 de agosto de 1801, o cargo de Comandante en Xefe do Exército do Oeste na rebelde Vendée, onde restaurou con éxito a súa tranquilidade. Isto foi visto como unha cita de confianza mentres Napoleón se embarcou na súa campaña italiana de verán, onde finalmente prevaleceu na batalla de Marengo.
, deixou a Bernadotte non lonxe de París cun exército. Na súa carta de despedida a Bernadotte no seu camiño a Italia, Napoleón escribiu: "Vou lanzarme unha vez máis aos perigos da guerra. Non sabemos como pode acabar. Se caio, atoparás a ti mesmo con 40.000 homes ás portas de París. Nas vosas mans estará o destino da República". Como Bernadotte era cuñado de Xosé e amigo íntimo dos seus outros irmáns e irmás, pensábase que Napoleón estaba a considerar o benestar da súa familia no posible caso da súa morte no campo de batalla, así como o futuro do país, deixando ao seu antigo rival en posición de tomar as riendas do goberno, xa que, dos seus antigos rivais, só Bernadotte tiña a habilidade política e militar e a popularidade para manter a República.