Rakitić comezou a tempada 2012-13 da Liga proporcionando unha asistencia no partido de apertura contra o Getafe. O 12 de setembro, proporcionou outra axuda a Piotr Trochowski na casa nunha vitoria por 1 a 0 sobre o Real Madrid. Marcou o seu primeiro gol da tempada na quinta xornada contra o Deportivo de La Coruña. Rakitić marcou dous goles nos primeiros 20 minutos do segundo derbi de Sevilla da tempada contra o Real Betis. Este foi o seu terceiro gol da tempada contra os rivais da cidade de Sevilla, dado o feito de que tamén marcou no primeiro derbi de Sevilla da tempada, cando o Sevilla celebrou unha vitoria de 5 a 1. Durante o partido contra a Real Sociedad, Rakitić engadiu dous goles á súa conta, con todo, o segundo foi un autogole, empatando o partido a 1<unk>1 despois de marcar o primeiro gol para dar ao seu club unha vantaxe de 1<unk>0. Ata o final da tempada, xogou un total de 42 partidos e marcou 12 goles para o equipo, tres deles na Copa do Rei.
- Non. Tamén terminou a tempada proporcionando dez asistencias na liga. As estatísticas mostraron que Rakitić creou 100 oportunidades en total, unha suma que ocupa o cuarto lugar entre todos os xogadores de Europa nesa tempada.