Despois da súa recuperación, d'Hautpoul recibiu o mando da caballería pesada do exército de Sambre-et-Meuse baixo o xeneral Paul Grenier. Despois de Neuwied, foi trasladado ao exército de Inglaterra baixo o mando de Lazare Hoche. Cando o Directorio Francés abandonou a idea dunha invasión de Inglaterra, foi de novo enviado á fronte alemá, esta vez como parte do Exército do Danubio. Despois da derrota francesa na batalla de Ostrach
, a súa reserva de cabalería protexeu a retirada francesa de Pfullendorf. Poucos días despois, despois de non liderar unha carga oportuna na batalla de Stockach, foi suspendido por orde do comandante do exército, Jean-Baptiste Jourdan, que culpou a d'Hautpoul pola derrota. Acusado por un tribunal militar en Estrasburgo, d'Hautpoul retomou as súas funcións a finais de xullo de 1799, tras perderse as accións críticas na Primeira Batalla de Zúrich.