O Gran Premio de Portugal de motociclismo de 2006 foi a décimo sexta carreira da tempada do Gran Premio de Motociclismo de 2006. Tivo lugar o fin de semana do 13 ao 15 de outubro de 2006 no circuíto de Estoril. Esta foi a última carreira gañada por un equipo non de fábrica antes do TT Holandés de 2016
- Non.