En calquera caso, o "Zafiro" partiu de Hong Kong co escuadrón de Dewey en abril de 1898 e serviu con el como un buque de carga e subministración durante a Batalla da Baía de Manila e a posterior campaña nas Filipinas. A falta de documentos que cubran as súas actividades en 1898 e a primeira metade de 1899 impide calquera narrativa detallada para ese período. Presumiblemente, navegaba polas augas das illas Filipinas transportando tropas, provisións e despachos entre puntos do arquipélago. Baseado en Cavite en Luzón, é coñecido por ter realizado tales misións durante o período de xullo de 1899 a xuño de 1904. Os movementos de apoio á represión do Exército dos Estados Unidos da
A insurrección filipina e as campañas contra os musulmáns da tribo Moro levaron a unha serie de lugares exóticos, e a lonxitude e ancho das illas.