Júlio César comezou a súa cuarta tempada no Inter o 24 de agosto de 2008 xogando na Supercopa Italiana
o partido contra a Roma; o tempo regular e as prórrogas remataron nun empate de 2 a 2. No tiro de penaltis, interrompeu a tentativa do seu compañeiro de equipo brasileiro Juan, que abriu o camiño á vitoria do Inter, xa que os "Nerazzurri" gañaron 8 a 7. Un mes despois, fixo a súa aparición número 100 na Serie A cando o Inter gañou por 1-0 contra o Lecce na semana 4 da Serie A 2008-09. O Inter terminou o campionato de novo no primeiro lugar con 84 puntos, 10 máis que o segundo lugar da Juventus, con Júlio César contribuíndo con 17 clean-sheets en 36 partidos, igualar a súa mellor marca persoal da tempada anterior.