Por volta de 811/2 Ishaq foi nomeado por al-Amin como gobernador de Arminiyah, co seu fillo al-Fadl servindo como seu vice alí. Tras o comezo da guerra civil entre
Al-Amin e al-Ma'mun decidiu tomar unha posición na provincia e opoñerse ao tenente de al-Ma'mun, Tahir ibn Muhammad al-San'ani, que fora enviado para tomar Arminiyah e Adharbayjan en nome do seu patrón. Despois de reunir o apoio de varios notables locais, partiu para Barda, pero pronto foi recibido por unha gran forza liderada por Zuhayr ibn Sinan al-Tamimi que al-San'ani enviara contra el. Despois dunha batalla que durou a maior parte do día, Ishaq e os seus partidarios foron derrotados, mentres que o seu fillo Ja'far foi capturado e enviado como prisioneiro a al-Ma'mun.