En xaneiro e febreiro de 1554, a rebelión de Wyatt estalou; foi axiña suprimida. Isabel foi levada ao tribunal e interrogada sobre o seu papel, e o 18 de marzo, foi encarcerada na Torre de Londres. Isabel protestou fervorosamente pola súa inocencia. Aínda que é improbable que conspirara cos rebeldes, algúns deles se sabe que se achegaron a ela. O confidente máis próximo de María, o embaixador de Carlos V, Simon Renard, argumentou que o seu trono nunca sería seguro mentres vivía Isabel; e o canciller, Stephen Gardiner, traballou para que Isabel fose sometida a xuízo. Os partidarios de Isabel no goberno, incluído Lord Paget, convenceron a María de poupar a súa irmá na ausencia de probas duras contra ela.
Torre de Londres