Defrance tamén serviu na Campaña Suíza de 1799 como Xefe de Estado Maior da 1a División do Exército do Danubio de Jean-Baptiste Jourdan; despois das perdas nas batallas de Ostrach
e Stockach en marzo de 1799, o Exército do Danubio foi combinado co Exército de Helvetia, baixo o mando de Andre Massena. Defrance continuou na súa capacidade como xefe de gabinete da división. Na Primeira Batalla de Zúrich en xuño de 1799, foi nomeado en campo como brigadier xeral, un honor que rexeitou, pedindo en cambio que lle deran o mando dun rexemento de cabalería. Recibiu o mando do 12o Regimento de "Chasseurs-a-Cheval". Como "Chef-de-Brigade", o equivalente a coronel no exército de campaña da época revolucionaria de Francia, Defrance foi a Italia e participou nas accións que levaron á batalla de Marengo. Durante o inverno de 1800-1801, fixo campaña nos Grisóns en Suíza e volveu a Francia despois do Tratado de Lunéville en 1801.