Tamén nos MTV Video Music Awards de 1998 gañaron o Michael Jackson Video Vanguard Award pola súa contribución a vídeos musicais. O ano seguinte, nos MTV Video Music Awards de 1999, tamén gañaron o premio ao mellor vídeo de hip hop pola súa canción "Intergalactic". Os Beastie Boys usaron ambas as aparicións nos Video Music Awards para facer discursos con carga política de considerable duración para a considerable audiencia de MTV. Na cerimonia de 1998, Yauch abordou a cuestión de que os musulmáns son estereotipados como terroristas e que a maioría das persoas de fe musulmá non son terroristas. Estes comentarios foron feitos na esteira dos atentados contra a embaixada dos Estados Unidos
que ocorrera en Kenia e Tanzania só un mes antes. Na cerimonia de 1999, logo das historias de horror que saían de Woodstock 99, Adam Horovitz abordou o feito de que había moitos casos de agresións sexuais e violacións no festival, suxerindo a necesidade de que as bandas e os festivais prestasen moito máis atención aos detalles de seguridade nos seus concertos.