Como concepto e axenda, a seguridade marítima evolucionou desde finais da década de 1990 e comezos da década de 2000. En particular, a preocupación polos ataques terroristas contra instalacións portuarias provocou novos intereses de seguridade no ámbito marítimo. Os acontecementos notables que influenciaron o paradigma da seguridade marítima son o bombardeo do USS Cole
en 2000 e os ataques do 11 de setembro en 2001. Desde entón, varios Estados e organizacións internacionais elaboraron estratexias de seguridade marítima. Moitas das mellores prácticas e estándares en materia de seguridade marítima física como o Código ISPS de 2002 como consecuencia dos ataques foron publicados polas autoridades reguladoras ou a industria marítima. A luz da ameaza terrorista percibida, o alcance do concepto de seguridade marítima comezou a ampliarse do estreito foco na confrontación militar interestatal para incluír outras cuestións. (Ver tamén estudos críticos de seguridade)