Torres foi seleccionado como titular polo novo adestrador do Chelsea, José Mourinho, contra o Hull City o día inaugural da tempada 2013-14, onde gañou un penalti no quinto minuto. Marcou o seu primeiro gol da tempada na Supercopa da UEFA 2013
contra o Bayern de Múnic. O 28 de setembro de 2013, foi expulsado despois de recibir dúas tarxetas amarelas no empate do Chelsea por 1 a 1 na Premier League contra o Tottenham Hotspur en White Hart Lane.