En maio de 1940, Weygand foi chamado ao servizo activo e asumiu o mando do exército francés durante a invasión alemá. Tras unha serie de contratiempos militares, Weygand aconsellou o armisticio e Francia capitulou posteriormente. Uníuse ao réxime de Vichy de Philippe Pétain como ministro de Defensa e serviu ata setembro de 1940, cando foi nomeado delegado xeral en África do Norte francesa. Weygand favoreceu só unha colaboración limitada con Alemaña e foi destituído do seu posto en novembro de 1941 a petición de Hitler. Tras a invasión aliada do norte de África
En novembro de 1942, Weygand foi arrestado polos alemáns e encarcerado no castelo de Itter en Austria ata maio de 1945. Despois de volver a Francia, foi detido como colaborador no Val-de-Grâce, pero foi liberado en 1946 e absolto de cargos en 1948. Morreu en xaneiro de 1965 en París á idade de 98 anos.