En 1800, Loison foi enviado ao Exército de Reserva para comandar unha división de 5.300 homes e cruzou o Gran Paso de San Bernardo con Napoleón. Foi ferido liderando un asalto fallido contra Fort Bard o 25 de maio de 1800. Recuperándose rapidamente, liderou a súa división no corpo de Guillaume Philibert Duhesme na represión do mando de Josef Philipp Vukassovich. El perdeu o
Batalla de Marengo porque os seus homes estaban ocupados capturando Milán e Cremona, mentres perseguían aos austríacos cara ao leste.