Escribe unha continuación para este parágrafo - Alpha estivo activo durante a Segunda Guerra de Chechenia que comezou en 1999, así como a subsecuente Insurxencia no Cáucaso do Norte
- Non. Durante a Batalla de Komsomolskoye, en 2000, os francotiradores Alfa do Grupo Occidental de Vladimir Shamanov foron enviados para tentar suprimir os francotiradores de Ruslan Gelayev na aldea. Segundo os veteranos da unidade, as operacións nas que Alpha participou levaron á detención do comandante checheno Salman Raduyev en 2000, á morte do comandante checheno Arbi Barayev en 2001, á morte do presidente separatista checheno Aslan Maskhadov en 2005 e á morte do líder militante estranxeiro Abu Hafs en Daguestán en 2006. Tras a transferencia da responsabilidade das operacións en Chechenia do Ministerio de Defensa ao FSB en xaneiro de 2001, e antes da política de "chechenización" que comezou en 2003, os membros de Alpha (xunto co resto do persoal ruso e a milicia chechena pro-Moscova) participaron en polo menos 10 "grupos especiais combinados" (SSG) mixtos, considerados escuadróns da morte por grupos de dereitos humanos e observadores externos. Crese que os SSG estaban detrás de moitas das numerosas "limpezas de nomes/enderezos" ("imeny/adressny zachistki"): normalmente as incursións nocturnas de homes enmascarados en vehículos non marcados, dirixidas a combatentes rebeldes activos ou antigos, os seus apoiantes, os seus familiares ou outros civís para desaparecementos forzados ou asasinatos extraxudiciais. En 2005, Human Rights Watch declarou que as desaparicións alcanzaron a escala dun crime contra a humanidade, e que "Rusia ten a distinción deshonrosa de ser un líder mundial en desaparicións forzadas". O UFSB de Chechenia tamén formou unha unidade local Alpha, que se cre que é similar no seu papel aos SSG.