Completa a seguinte frase: En xullo de 1999, Jacoby foi designado director de intelixencia (J2) no Estado Maior Conxunto. O seu mandato comezou liderando o esforzo de intelixencia para examinar as operacións nos Balcáns e Kosovo. As operacións Northern e Southern Watch continuaron a facer cumprir as zonas de exclusión aérea e as sancións contra Iraq. Ademais, o avión de recoñecemento EP-3 da Armada dos Estados Unidos foi confiscado polos chineses na illa de Hainan tras unha colisión cun caza chinés durante as operacións sobre o Mar do Sur de China e o ataque contra
USS "Cole" tivo lugar en Aden, Iemen. Este último evento provocou un cambio fundamental no enfoque da análise do terrorismo e o apoio ás forzas operativas que se encarnou na proposta de Forza Tarefa Conxunta de Inteligencia, Combate ao Terrorismo (JITF-CT) que opera baixo a orientación do Estado Maior Conxunto J-2 como parte da Axencia de Inteligencia de Defensa. Jacoby defendía un aumento do financiamento para o JITF-CT na tarde do 10 de setembro de 2001 con altos funcionarios do Comité Permanente Selecto de Inteligencia da Cámara. Estaba no Pentágono cando foi atacado o 11 de setembro de 2001. Liderou o stand-up do JITF-CT, foi activo na planificación de intelixencia para a Guerra Global contra o Terrorismo e as operacións militares en Afganistán, supervisou as actividades do J-2 durante a fase inicial das operacións de combate en Afganistán e foi fundamental no desenvolvemento e defensa dun concepto operativo chamado "2 Plus 7" que se converteu no punto central das operacións estadounidenses para desmantelar a organización Al-Qaeda e atacar as súas funcións centralizadas de liderado e planificación. O esforzo focalizou as operacións contra os dous líderes e os sete planificadores operacionais superiores. O resultado foi unha degradación significativa nas capacidades da organización. Jacoby rematou a súa prórroga dun ano como membro do Estado Maior Conxunto J-2 en xullo de 2002.