Isulat ang usa ka pagpadayon alang niining parapo - Sa Mayo 1861 siya nagrekluta sa ika-18 nga Illinois Volunteer Infantry Regiment, ug gitudlo ingong unang koronel niini. Ang iyang panahon sa pagmando sa regimiento sa Kentucky ug Tennessee kontrobersyal ug usa ka "ordeal". Siya nasamdan sa usa ka samad panahon sa Gubat sa Fort Donelson. Sa Nobyembre 1862 siya gi-commission ingon nga usa ka brigadier heneral, ug gimandoan sa usa ka brigada sa Ikaduhang Dibisyon sa XIII Corps. Siya nakig-away sa Vicksburg Campaign niadtong 1863. Siya ang nangulo sa iyang mga tawo sa mga gubat sa Port Gibson
, Champion's Hill, ug Big Black River Bridge. ug sa panahon sa kinatibuk-ang pag-atake sa Mayo 22, 1863 sa Vicksburg MS, diin ang mga tropa ilalom sa iyang mando mao lamang ang mga pwersa sa Union nga mosulod sa Confederate nga mga buhat sa Railroad Redoubt diin ilang gitanom ang bandera sa US.