Pagkahuman sa pagsulong sa Alemanya sa Gresya, sa 1941 ang Nazi nga mga Aleman nagbalhin kaniya ngadto sa kampo konsentrasyon sa Dachau, diin siya gibuhian niadtong Mayo 1945. Pagbalik sa Gresya, siya miangkon pag-usab sa pagpangulo sa KKE gikan sa Georgios Siantos, naglihok sa kinatibuk-ang sekretaryo sa KKE sukad sa Enero 1942. Ang makamatay nga Dekemvriana
ang maong hitabo bag-o pa lang natapos sa kapildihan sa mga komunista. Si Zachariadis karon nagpahayag sa iyang politikanhong katuyoan nga ang KKE makig-away alang sa demokrasya ug gahom sa katawhan pinaagi sa mga eleksiyon.