Pagsulat og usa ka pagpadayon alang niini nga parapo - Daghang mga simbahan sa Croatia ang nadaot o nadaot sa panahon sa Croatian War (1991<unk>95). Ang mga obispo ug mga pari ug ang labing matinumanon sa mga eparkiya sa Zagreb, sa Karlovac, sa Slavonia ug sa Dalmatia nahimong mga kagiw. Ang kataposang tulo halos bug-os nga gibiyaan human sa pagbiya sa mga Serb gikan sa Croatia niadtong 1995 (Operasyon Storm). Ang eparchy sa Dalmatia temporaryo usab nga gibalhin sa Knin human sa pagtukod sa nag-angkon nga protostate nga Republika sa Serbian Krajina. Ang eparkiya sa Slavonia gibalhin ang iyang lingkoranan gikan sa Pakrac ngadto sa Daruvar. Human sa Operasyon nga Bagyo
, duha ka monasteryo ang labi nga nadaot, ang monasteryo sa Krupa nga gitukod kaniadtong 1317, ug ang monasteryo sa Krka nga gitukod kaniadtong 1345.