Kompletoha ang mosunod nga mga pulong: Si Massa nagsugod pag-ayo sa Ferrari, nga nag-ikaduha sa pag-kwalifikar sa unang lumba sa
Bahrain, ug gikan sa ika-21 nga posisyon ngadto sa ika-5 sa Malaysia, nga nagbuntog sa iyang kauban sa koponan nga si Michael Schumacher, nga nagsugod gikan sa ika-14. Apan, sa Bahrain, sa pagbansay sa Sabado ug sa lumba, si Massa mibalik sa iyang kiling sa pag-spin, nga hapit lang nga nakalimtan si Fernando Alonso, nga sa ngadtongadto maoy mananaog sa lumba. Sa Australian GP siya naigo sa iyang Ferrari sa qualifying, unya nagbangga sa Christian Klien ug Nico Rosberg sa unang kurba sa lumba. Bisan pa niana, si Massa nakakuha sa iyang unang podium sa karera sa Nürburgring, nga natapos sa ikatulo sa luyo ni Michael Schumacher ug Fernando Alonso. Siya usab ang mibutang sa labing paspas nga lap sa Barcelona sa 2006. Si Massa adunay upat pa nga podium finishes sa 2006, ug gikuha ang iyang unang F1 pole position ug ang iyang unang F1 kadaugan sa sa Istanbul Park sirkito. Ang iyang umaabot nga posisyon sa Ferrari gipasaligan sa diha nga si Michael Schumacher gipahibalo sa 10 Septyembre 2006, siya magretiro gikan sa F1 sa katapusan sa 2006 nga panahon. Sa Oktubre 22, si Massa midaog sa iyang balay nga lumba sa Interlagos, nga naghimo niini nga unang higayon nga ang usa ka Brazilian nga drayber nakadaog sa Interlagos sukad ni Ayrton Senna sa 1993. Si Massa natapos sa ikatulo nga panahon uban sa 80 puntos, sa luyo sa kampiyon sa kalibutan nga si Fernando Alonso ug Ferrari teammate Michael Schumacher.