Sa 4 Marso 2017, Aubameyang milabay 20 Bundesliga tumong alang sa ikaduha nga sunod-sunod nga panahon uban sa duha ka mga tumong sa usa ka 6<unk>2 kapildihan sa Bayer Leverkusen. Upat ka adlaw sa ulahi, siya nag-iskor sa usa ka hat-trick sa usa ka 4 ngadto sa 0 kadaugan batok sa Benfica sa pagbutang Dortmund ngadto sa quarter-finals sa Champions League. Sa 20 Mayo, Aubameyang mipunting sa duha ka beses sa Borussia sa katapusan nga adlaw sa kapildihan sa Werder Bremen sa pagtapos sa panahon ingon nga Bundesliga sa top scorer uban sa 31 mga tumong. Sa kataposan
sa 2016<unk>17 DFB-Pokal sa 27 Mayo 2017 siya nag-iskor sa winning goal, usa ka silot, ingon nga Dortmund mipildi Eintracht Frankfurt 2<unk>1.