Kompletoha ang mosunod nga mga pulong: Sa hapit na matapos ang Hunyo, 1861, si Hotchkiss mipirma ingong usa ka Confederate carrier aron magdala ug mga suplay ngadto sa Churchville Cavalry sa Rich Mountain, West Virginia. Si Hotchkiss nagtanyag sa iyang mga serbisyo ingong tighimog mapa ngadto kang Brig. Gen. Richard B. Garnett, kansang brigada sa Konfederasyon nag-operar sa kasadpang Virginia. Si Hotchkiss nagsilbi sa Rich Mountain ug naghimog mga mapa alang sa giplano nga kampanya ni Heneral Robert E. Lee diha sa kabukiran. Siya nagbakasyon tungod sa sakit human sa pag-atake sa typhoid fever, apan mibalik sa katungdanan sa Marso 1862 ingon nga chief topographic engineer sa Valley District, nga nagtaho ngadto sa Maj. Gen. Stonewall Jackson. Human sa unang kapildihan sa Gubat sa Kernstown panahon sa iyang
1862 Valley Campaign, sa Marso 26, 1862, si Jackson nagtawag sa Hotchkiss ngadto sa iyang hedkuwarter sa Narrow Passage duol sa Woodstock ug nagmando kaniya sa "paghimo kanako sa usa ka mapa sa Valley, gikan sa Harper's Ferry ngadto sa Lexington, nga nagpakita sa tanan nga mga punto sa pag-atake ug pagpanalipod [sic] sa mga dapit. " Ang dayon nga rekomendasyon ni Hotchkiss mao nga ang linya ni Jackson sa Stony Creek sa Woodstock dili mapanalipdan, ug nga si Jackson kinahanglan mobiya sa Rude's Hill, usa ka mapanalipdan nga gamay nga promontory sa habagatan sa Mt. Si Jackson. Didto sa Rude's Hill nga giorganisar pag-usab ni Jackson ang iyang mando alang sa nahibilin sa iyang malamposong kampanya sa 1862 sa Shenandoah Valley.