Pagkahuman sa gubat, si Mackay nagtuon ug pisika sa Unibersidad sa Cambridge ubos ni Ernest Rutherford sa wala pa mobalik sa Australia ug sa iyang kanhing trabaho ingong magtutudlo sa Unibersidad sa Sydney. Sukad sa 1933 hangtod sa 1940 siya maoy direktor sa Cranbrook School, Sydney. Siya nagpabilin diha sa Milisya tali sa mga gubat, ug usa ka mayor nga heneral sa panahon nga ang Ikaduhang Gubat sa Kalibotan miulbo. Siya gipili sa pagmando sa ika-6 nga Dibisyon sa 1940, ug gidala kini pinaagi sa Australian Army sa unang mga gubat sa gubat. Ang bisan unsang pagduhaduha bahin sa iyang katakos sa wala madugay nawala uban sa pasalig sa dibisyon sa Western Desert Campaign. Panahon sa Gubat sa Bardia
sa Enero 1941, ang 6th Division nakakuha sa pinarig-ong lungsod uban ang 36,000 ka mga binilanggo nga Italyano. Sa Gubat sa Gresya, siya nahimong bugtong Australyano nga heneral nga nakig-atubang sa "Waffen-SS" sa gubat. Nakasinati siyag sunodsunod nga kapakyasan sa Gresya, apan nakadayeg sa mga tropa ilalom sa iyang pagmando tungod sa iyang kaisog ilalom sa sunog. Siya gipatawag ngadto sa Australia sa 1941 sa pag-alagad ingon nga General Officer Commanding Home Forces. Sa Abril 6, 1942, iyang giangkon ang mando sa Ikaduhang Army. Panahon sa 1943 siya sa duha ka higayon nagmando sa New Guinea Force sa pagpakig-away sa New Guinea kampanya. Ang iyang aktibong pag-alagad natapos sa iyang pagkatudlo ingong High Commissioner sa India sa Nobyembre 1943.