Pagsulat sa usa ka pagpadayon alang niini nga parapo - Sa Marso 1861, si Ferguson gi-komisyon sa usa ka kapitan sa South Carolina milisya, human sa pagtudlo sa Lieutenant ug aide-de-camp sa C.S. Army Brigadier-General P. G. T. Beauregard. Siya mao ang usa sa mga opisyal nga nakadawat sa pormal nga pagsurender sa US Army Major Robert Anderson sa Fort Sumter, gibayaw ang unang Confederate States flag, ug gibutang ang unang mga guwardiya sa Fort Sumter. Human sa paglikos, siya gipadala sa pagpresentar sa unang Confederate flag nga naigo sa kaaway nga gipusil ngadto sa Provisional Congress sa Confederate States. Siya usa ka tinaporan-koronel ug aide-de-camp ni Heneral Beauregard panahon sa Gubat sa Shiloh
. Panahon sa Gubat sa Farmington, siya diha sa ika-28 nga Mississippi Cavalry Regiment. Siya misugo sa yunit samtang sa pagpanalipod sa Vicksburg, ug mitabang sa paghunong sa mga pag-atake nga gihimo sa US Major-General William T. Sherman ug US Commodore David Porter.