Sa 13 Hulyo 2011, kini gipahibalo nga si Jonathan mobiya Santos sa pagbansay uban sa Serie A mga higante Inter Milan, sa paghulat sa finalization sa pagbalhin. Duha ka adlaw sa ulahi, sa Hulyo 15, siya opisyal nga nahimong usa ka Inter player, pagpirma sa usa ka upat ka tuig nga kontrata. Si Jonathan mihimo sa iyang Inter debut sa 11 Septyembre 2011 sa semana duha sa 2011-12 Serie A
, sa pagdula sa bug-os nga 90 minutos sa 4-3 away nga kapildihan ngadto sa Palermo. Tulo ka adlaw sa ulahi si Jonathan mihimo sa iyang Champions League debut, sa pagdula sa tibuok duwa sa Matchday 1 batok sa Turkish nga kilid Trabzonspor sa usa ka 0<unk>1 kapildihan sa San Siro.