Isulat ang usa ka pagpadayon alang sa kini nga parapo - Ang Margonin nagsugod pa sa ika-7 nga siglo, ug sa ika-9 ngadto sa ika-12 nga siglo kini usa ka depensa nga kuta, nga nahimo nga bahin sa Poland pagkahuman sa pagtukod sa estado sa ika-10 nga siglo. Ang Margonin unang gihisgotan sa dihang si Arsobispo Jarosław Bogoria sa Skotniki sa Gniezno ug ang Obispo sa Poznań, si Jan Doliwa, miuyon sa Mayo 15, 1364 nga ang parokya sa Margonin angay nga sakop sa Diyoseze sa Poznań. Ang mga katungod sa lungsod nadawat niadtong 1402. Margonin mao ang usa ka pribado nga lungsod sa Polish noblesa, administratibo nahimutang sa Kcynia County sa Kalisz Voivodeship sa Greater Poland Lalawigan sa Polish Crown. Kadaghanan sa lungsod nalaglag sa 1655 sa panahon sa Swedish pagsulong sa Poland ("Deluge")
, ug ang lungsod nawad-an sa iyang mga katungod. Kini giuli niadtong Hulyo 20, 1696. Usa ka orphanage ang natukod niadtong 1725. Ang Iglesya Katoliko nadaot pag-ayo sa usa ka bagyo sa 1737, ug giayo tali sa 1753 ug 1755.