Pagsulat sa usa ka pagpadayon alang niini nga parapo - Sa panahon sa 1654 <unk> 1667 gubat uban sa Russia ug sa panahon sa Dakong Northern War (1700 <unk> 1721) Merkinė nag-antos sa hilabihan gikan sa Russian ug Swedish kasundalohan ug nawad-an sa iyang estratehikong ug sa ekonomiya nga kahulogan. Ang Merkinė gisunog pag-usab sa kasundalohan sa Rusya panahon sa 1794 nga Rebolusyon
nga misulay sa pagluwas sa Polish-Lithuanian Commonwealth gikan sa impluwensiya sa Rusya. Sa 1794 nga imbentaryo sa lungsod ang pantalan sa suba sa suba sa Nemunas gihisgutan, usab ang mga suba sa Nemunas ug Merkys gisusi nga angay alang sa paglawig. Sa mga dokumento sa ika-19 nga siglo ang Merkinė gihisgotan ingon nga sentro sa negosyo sa suba diin ang mga barko sa negosyo sa suba gitukod.