Sa 2013, ang AFP nakahimo sa pagpugong sa mga pag-atake sa Moro National Liberation Front sa krisis sa Zamboanga City samtang sila naglansad sa usa ka pag-atake sa pagmantala sa independensya sa Bangsamoro Republik. Niadtong 2016, ang AFP nakig-away sa grupo sa Maute sa Butig niadtong Pebrero ug sa Nobyembre sa 2016. Sa 2017, ang AFP usab nakig-away sa ISIS Militants sa Marawi
, nga nagtawag kang Presidente Duterte sa pagdeklara sa Martial Law ubos sa Proclamation No. 216.