Ang pagsulong sa Hapon sa panahon sa Gubat sa Kalibotan II nagpatapos sa pagmando sa Britanya sa Malaya. Ang misunod nga pag-okupar sa Malaya, North Borneo ug Sarawak gikan sa 1942 ngadto sa 1945 nagpahinabo sa usa ka balod sa nasyonalismo. Human sa Japanese pagsurender gikan sa Malaya tungod sa gipakyas sa mga Allies, Malayan Union gitukod sa 1946 sa British administrasyon apan human sa pagsupak sa mga etnikong Malays, ang unyon giorganisar pag-usab ingon nga ang Federation sa Malaya sa 1948 ingon nga usa ka protektorado nga estado hangtud sa 1957. Diha sa Peninsula, ang Malayan Communist Party misulong batok sa mga Briton ug ang tensiyon misangpot sa pagdeklarar sa emerhensiyang pagmando
sulod sa 12 ka tuig gikan sa 1948 hangtod sa 1960. Ang seryoso nga militar nga tubag sa insurhensiya sa komunista ingon man ang Baling Talks sa 1955 misangpot sa pagtukod sa independensya alang sa Malaya sa 31 Agosto 1957 pinaagi sa diplomatikong negosasyon uban sa mga Briton. Si Tunku Abdul Rahman nahimong unang Punong Ministro sa Malaysia. Niadtong 1960, ang pagtapos sa emerhensiya nahitabo samtang ang hulga sa komunista mius-os ug ang ilang pag-atras ngadto sa mga utlanan tali sa Malaya ug Thailand.