Pagbalik sa Polandia niadtong 1784, si Kościuszko gi-commission ingong mayor-heneral sa Polish-Lithuanian Commonwealth Army niadtong 1789. Human sa
Polish-Russian War sa 1792 miresulta sa Commonwealth sa Ikaduhang Partisyon, siya misugo sa usa ka pagsulong batok sa Russian Empire sa Marso 1794 hangtud nga siya gidakop sa Battle sa Maciejowice sa Oktubre 1794. Ang kapildihan sa Kościuszko Uprising niadtong Nobyembre misangpot sa Ikatulong Pagbahin sa Polandia niadtong 1795, nga nagtapos sa Komonwelt. Sa 1796, human sa kamatayon ni Tsaritsa Catherine II, si Kościuszko gipasaylo sa iyang manununod, si Tsar Paul I, ug siya mibalhin ngadto sa Tinipong Bansa. Usa ka suod nga higala ni Thomas Jefferson, kinsa iyang gipakigbahin ang mga ideya sa tawhanong mga katungod, si Kościuszko misulat ug usa ka testamento sa 1798, nga naghalad sa iyang mga kabtangan sa T.B.A. sa edukasyon ug kagawasan sa mga ulipon sa T.B.A. Sa ngadtongadto si Kościuszko mibalik sa Uropa ug nagpuyo sa Switzerland hangtod sa iyang kamatayon niadtong 1817. Ang pagpatuman sa iyang testamento sa ulahi nahimong lisod, ug ang mga pundo wala gayod magamit alang sa katuyoan nga gituyo ni Kościuszko.