Isulat ang usa ka pagpadayon alang niini nga parapo - Hamšík nagsugod sa 2012 Supercoppa Italiana
, nga gihimo sa Beijing, sa Agosto 11; Apan, Naples nadaog sa Juventus 4 <unk> 2 sa dugang nga panahon. Sa ulahi nga bulan, sa unang liga fixture sa Napoli sa 2012-13 Serie A panahon, Hamšík miiskor sa club sa unang tumong ug mitabang sa Christian Maggio sa usa ka katapusan nga 3 <unk> 0 kapildihan sa Palermo. Nawad-an sa nanguna nga goal-scorer Edinson Cavani alang sa dula sa club batok sa Chievo kaniadtong 28 Oktubre 2012, si Hamšík nakakonektar sa usa ka Juan Camilo Zúñiga cross aron hatagan ang Napoli og 1 <unk> 0 nga kadaugan. Sa 6 Enero 2013, siya naghimo sa iyang 200th Serie A panagway sa usa ka 4-1 sa balay nga kadaugan batok sa Roma. Sa penultimate matchday sa Serie A panahon, Hamšík gikuha sa usa ka pas gikan sa Goran Pandev ug nudged sa bola sa balay sa 93rd minuto, sa pagluwas sa usa ka 2 sa 1 kadaugan batok sa Siena, nagpamatuod sa dapit sa club sa grupo nga hugna sa Champions League samtang paghukom Siena sa relegation. Ang Slovak nga gipakita sa matag Serie A duwa alang sa Napoli sa panahon sa 2012-13 panahon, paghatag 11 mga tumong ug 14 mga tabang ingon nga ang "Partenopei" natapos sa ikaduha sa naghari champions Juventus, usa ka panahon nga napamatud-an nga mao ang manager Walter Mazzarri sa katapusan sa club, ingon nga siya nahimong coach sa Internazionale sa ulahi nga ting-init.