Kompletoha ang mosunod nga pulong: Pablo Morillo
sa kataposan nadakop ang Santafé sa Mayo 6, 1816. Sama sa ubang mga lider sa kalihokan sa Independence, si Caldas miikyas sa siyudad, nga sa sinugdan may tumong nga makaabot sa Buenaventura aron makaikyas sa gawas sa nasod. Sa dalan, bisan pa, ang umaabot nga viceroy Sámano nagmadaugon sa mga tropa sa republika sa Battle of la Cuchilla de El Tambo, ug nagdaog pag-usab sa Popayán, ug si Caldas napugos sa pagtago sa Paisbamba Farm sa Sotará, diin siya sa wala madugay gidakop sa mga Espanyol nga mga royalist kaniadtong 1816. Dayon gipadala siya balik sa Santafé, ug gipatay sa usa ka firing squad sa Oktubre 29, 1816, sa San Francisco Plaza pinaagi sa mga mando ni Morillo, Count sa Cartagena. Sa dihang si Caldas hapit na patyon ug ang mga tawo nga presente sa maong dapit mihangyo alang sa kinabuhi sa siyentipiko, si Morillo mitubag: "Ang Espanya wala magkinahanglan ug mga tawong batid" (Sipanyola: "España no necesita sabios"). Sa wala pa mamatay si Caldas misulat sa bungbong sa usa ka dagkong Gregong letra nga θ, nga gihubad nga nag-ingon "Oh taas ug mangitngit nga pagbiya!" (Kinatsila: "¡Oh larga y negra partida!". Sa klasikal nga Atenas, ang Theta gigamit ingong pagkulit sa Gregong θάνατος (thanatos, <unk>kamatayon<unk>).