Sa 2011 Skate Canada International, Takahashi nakaangkon sa usa ka marka sa 84.66 sa mubo nga programa ug 153.21 sa free skating sa pagdaug sa bronse nga medalya uban sa usa ka kombinado nga marka sa 237.87. Sa 2011 NHK Trophy, siya nakaangkon sa usa ka bag-o nga personal nga labing maayo nga score sa 90.43 sa pagkuha sa nanguna sa mubo nga programa, uban sa usa ka 10.66 puntos nga nanguna sa teammate Takahiko Kozuka. Siya midaog sa bulawan nga medalya uban sa usa ka kombinado nga kinatibuk-an sa 259.75 puntos ug kwalipikado alang sa Grand Prix Final. Siya ang ikaduha sa Final. Sa Japanese Championships
, Takahashi mao ang una human sa mubo nga programa sa usa ka score sa 96.05 ug gibutang sa ikatulo sa free skating, scoring 158.38 puntos. Uban sa usa ka kinatibuk-ang iskor sa 254.60, siya midaog sa iyang ikalima nga nasyonal nga titulo, paghuman sa unahan sa Takahiko Kozuka ug Yuzuru Hanyu, ug gipili sa pag-apil sa 2012 World Championships, diin siya midaog sa plata nga medalya. Ang French nga panon sa katawhan nagtuo nga siya angayan sa bulawan nga medalya sa ibabaw sa Patrick Chan nga adunay mga sayop, lakip na ang usa ka pagkapukan sa usa ka doble Axel, ug booed sa katapusan nga resulta. Apan si Takahashi miingon nga nalipay siya sa resulta, nga wala niya damha human sa iyang operasyon sa dili panahon sa ting-init. Si Takahashi natapos ang panahon sa 2012 World Team Trophy. Naghimo siya ug bag-ong personal nga labing maayo nga mga marka sa mubo nga programa, libre nga skating, ug sa kinatibuk-an, ug nahuman nga una sa kalihokan sa mga lalaki. Ang iyang score sa mubo nga programa, 94.00, nagtakda ug bag-ong rekord ingong labing taas sukad ubos sa ISU Judging System. Kini mao ang unang kadaugan ni Takahashi batok kang Patrick Chan sukad sa 2010 World Championships.