Kompletoha ang mosunod nga mga pulong: Human sa pagsugod sa gubat uban sa Hapon, si Allen mibalik sa Australia sa Marso 1942, ug sa Agosto iyang gisugo ang mga operasyon batok sa
Ang mga Hapon misulong latas sa Kokoda Track. Bisan tuod siya malamposon, Allen bisan pa niana miabut sa ilalum sa unsay daghan sa pag-isip sa dili makatarunganon nga pagsaway gikan sa Allied komandante sa South West Pacific Area, US Heneral Douglas MacArthur ug sa Allied yuta pwersa komandante, ang Australian Heneral Sir Thomas Blamey, alang sa paglihok sa hilabihan ka hinay sa paggukod sa mga Hapon sa tabok sa Owen Stanley Ranges. Siya gipagawas sa iyang mando sa 29 Oktubre 1942. Mas gamay nga mga appointment misunod, apan sa Oktubre 1944, Blamey girekomendar Allen nga gihimo nga usa ka Knight Commander sa Order sa British Empire, bisan tuod Allen wala gayud gitudlo.