Kompletoha ang mosunod nga mga pulong: Sa Oktubre 1861, si Scott nahimong tinugyanan nga koronel sa 68th Ohio Infantry, ug koronel sa maong regimiento sa 1862. Nagserbisyo siya sa Tennessee, diin iyang gimandoan ang pag-uswag sa dibisyon ni Major General John A. Logan sa pagmartsa ngadto sa Mississippi. Siya nakigtipon sa
Port Gibson, Raymond, ug Champion Hill.