Isulat ang pagpadayon niining parapoha - Panahon sa Gubat Sibil sa Espanya sa bug-os nga pagpanalipod sa Madrid
, ang simbahan sirado ug ang ospital nagpadayon sa paglihok. Ang dapit nalaglag tungod sa kusog nga pagbomba sa artileriya, ug ang simbahan nalaglag na gayod. Human sa gubat ang bilding gitukod pag-usab. Ang Balaod sa Marso 7, 1940 ang Royal Patronage gihiusa sa National Heritage uban sa nahibilin sa kanhi mga Royal Patronages. Ang katapusan nga pagkunhod sa ospital gimarkahan sa resolusyon sa Board of Administration sa National Heritage sa Hunyo 9, 1942, diin gikuha niini ang mga serbisyo sa ospital sa el Buen Suceso, nga gilakip sa Directorate General of Health sa Army of Air, nga gigamit ang parehas nga bilding pinaagi sa usa ka lease. Kini nagpasabot, sa pagkatinuod, sa paglikwido sa makasaysayanhong Patronage, pinaagi sa pag-ibsan sa hinungdanong katuyoan niini, bisan pag, sumala sa balaod, kini nagpalawig sa paglungtad niini hangtod karon. Ang relihiyosong pagsimba nagpadayon hangtod karon, salamat sa kasabutan nga gipirmahan sa National Heritage ug ang Diocese sa Madrid-Alcalá, diin gipasagdan ang bilding alang sa operasyon sa bag-ong parokya sa Blessed Corpus Christi sa Iglesia del Buen Suceso.