Mga adlaw lamang sa wala pa matapos ang 2010 African Cup sa Angola, si Issa Hayatou nakit-an ang iyang kaugalingon sa tunga-tunga sa usa ka kontrobersya human sa pag-suspend sa CAF sa Togo national football team gikan sa sunod nga duha ka African Cup of Nations. Si Hayatou nag-akusar sa gobyerno sa Togo sa pagpanghilabot sa mga kalihokan sa Togolese Football Association sa dihang ang team mibiya gikan sa 2010 nga kopa sa wala pa magsugod. Ang tim sa Togo nahimong biktima sa armadong pag-atake niadtong Enero 8, 2010
samtang nagbiyahe ngadto sa Angola pinaagi sa bus sa wala pa magsugod ang Cup, nga miresulta sa duha ka kamatayon diha sa delegasyon sa Togo. Togolese kapitan Emmanuel Adebayor ug Togo coach Hubert Velud hugot nga gikritiko Hayatou ilabi na alang sa CAF desisyon, sa pagtawag kaniya sa pagbiya gikan sa CAF pagkapresidente.