Nagsugod si Jackson sa iyang karera sa United States Army isip usa ka ikaduha nga tinugyanan sa Company K sa 1st U.S. Artillery Regiment, nga nagpadayon pinaagi sa Pennsylvania, paubos sa Ohio ug Mississippi Rivers ngadto sa New Orleans, ug gikan didto ang mga tropa misakay sa Point Isabel, Texas ug gipadala aron makig-away sa Mexican-American War gikan sa 1846 ngadto sa 1848. Ang mando ni Jackson gisugo sa pagreport kang Heneral Taylor ug pagpadayon dayon agi sa Matamoros ug Camargo paingon sa Monterey ug dayon sa Saltillo. Sa wala pa ang Gubat sa Buena Vista, ang mando ni Lt. Jackson gisugo sa pag-atras gikan sa kasundalohan ni Heneral Taylor ug pagmartsa ngadto sa baba sa Rio Grande, diin sila ibalhin sa Veracruz. Nagserbisyo siya sa Siege sa Veracruz
ug ang mga gubat sa Contreras, Chapultepec, ug Mexico City, nga sa ngadtongadto nakaangkon ug duha ka promosyon sa mga brevet, ug ang ranggo sa regular nga kasundalohan nga unang tinugyanan. Didto sa Mexico nga unang nahimamat ni Thomas Jackson si Robert E. Lee.