Kompletoha ang mosunod nga pulong: Niadtong Pebrero 15, 2006, si Papa Benedict XVI mipili kaniya nga Apostolikong Nuncio sa Ehipto ug Delegado sa Liga sa Arabong mga Estado, ang iyang unang diplomatikong pagpadala. Siya usa sa pipila ka nuncio nga wala makatambong sa Pontifical Ecclesiastical Academy. Sumala sa BBC, "Ang desisyon sa Aleman-natungha nga papa nakapatunghag kasamok. Ang mga tigpaniid sa Batikano naningkamot sa pag-ila kon ang maong lihok maoy pagkunhod sa katungdanan, o pag-ila sa linaing mga talento sa arsobispo". Si Fitzgerald miingon: "Ang akong kasinatian sa Arabiko ug Islamikong mga pagtuon tingali giisip nga mapuslanon niining panahona alang sa pagpalambo sa mga relasyon uban sa Ehipto ug sa ubang bahin sa Islamikong kalibotan". Ang usa ka korespondent sa Vatican nagtawag sa pagpabalhin sa katungdanan ni Fitzgerald nga "ang labing daotan nga desisyon sa Papa hangtod karon" ug ang iyang pagkawalay gihisgotan sa prensa sa dihang si Papa Benedict nakapasuko sa mga Muslim pinaagi sa iyang
Regensburg nga lektyur sa Septiyembre 2006. Ang pagbalhin ni Fitzgerald napamatud-an nga bahin sa pagbag-o ni Benedict sa mga departamento sa curial aron mabag-o ang mga panaghisgot sa interreligious nga mga panaghisgot sa dili mga Kristohanon pinaagi sa paghiusa sa papel sa presidente sa PCID sa Pontifical Council for Culture, usa ka pagbag-o nga gisugdan ni Benedict kaniadtong Marso 2006 ug gibalikbalik kaniadtong Hunyo 2007.