Kompletoha ang mosunod nga pulong: Si Hardee mibiya sa iyang komisyon sa U.S. Army niadtong Enero 31, 1861, human ang iyang estado sa Georgia mibulag gikan sa Unyon. Siya miduyog sa Confederate States Army ingon nga usa ka koronel sa Marso 7 ug gihatagan sa mando sa Forts Morgan ug Gaines sa Alabama. Sa ulahi siya gipasulong ngadto sa brigadier general (Hunyo 17) ug mayor general (Oktubre 7). Sa Oktubre 10, 1862, siya usa sa unang Confederate tin-edyer heneral. Ang iyang unang asaynment ingong heneral mao ang pag-organisar sa usa ka brigada sa mga regimento sa Arkansas ug siya nakadayeg sa iyang mga tawo ug mga kauban nga opisyal pinaagi sa pagsulbad sa lisod nga mga problema sa suplay ug sa bug-os nga pagbansay nga iyang gihatag sa iyang brigada. Siya nakadawat sa iyang apelyido, "Old Reliable", samtang uban niini nga mando. Si Hardee nag-operate sa Arkansas hangtod nga siya gitawag sa pag-apil sa Heneral Albert Sidney Johnston's Army of Central Kentucky isip usa ka komandante sa korpuso. Si Johnston mobiya gikan sa Kentucky ug Tennessee, paingon sa Mississippi, sa dili pa mohimog kalit nga pag-atake sa
Gubat sa Shiloh sa tingpamulak sa 1862. Si Hardee nasamdan sa bukton niadtong Abril 6, 1862, sa unang adlaw sa gubat. Johnston gipatay sa Shiloh ug Hardee sa mga lawas miuban General Braxton Bragg ni Army sa Tennessee sa wala pa ang Siege sa Corinto, Mississippi, hangtud sa Department Commander PGT Beauregard gipapahawa sa lungsod ug mibiya sa Tupelo. Si Beauregard gipulihan ni Bragg, kinsa sa ulahi mibalhin sa iyang kasundalohan ngadto sa Chattanooga sa dili pa magsugod sa iyang Confederate Heartland Offensive ngadto sa Kentucky. Ang maong kampanya natapos sa Battle of Perryville niadtong Oktubre 1862, diin si Hardee nagmando sa Left Wing sa kasundalohan ni Bragg.