Kompletoha ang mosunod nga pulong: Human sa kamatayon ni Batory niadtong 1586, gitabangan ni Zamoyski si Sigismund III Vasa nga makaangkon sa trono sa Polandia, nga nakig-away sa mubong giyera sibil batok sa mga puwersa nga nagsuporta sa Habsburg nga Archduke Maximilian III sa Austria. Ang kampo nga nagsuporta kang Sigismund nagtigom palibot ni Zamoyski, samtang si Maximilian gisuportahan sa pamilya ni Zborowski. Gipanalipdan ni Zamoyski ang Kraków ug napildi ang mga puwersa ni Maximilian sa
Gubat sa Byczyna niadtong 1588. Sa maong gubat, nga gihubit ni Sławomir Leśniewski nga "usa sa labing importante sa kasaysayan sa Poland, ug ang labing importante sa karera sa militar ni Zamoyski", si Maximilian nadakpan ug sa resulta nga Tratado sa Bytom ug Będzin sa 1589 kinahanglan nga mobiya sa tanan nga mga pangandoy sa korona sa Poland. Sa ulahi nianang tuiga si Zamoyski misugyot sa usa ka reporma sa harianong mga eleksyon, nga napakyas sa pagpasa sa Sejm. Gipresentar ni Zamoyski ngadto niining Sejm ang usa ka proyekto nga kon mamatay ang karon nga Hari nga walay kaliwat walay bisan kinsa gawas sa usa ka kandidato sa pipila ka Slavong mga kaliwat nga sa umaabot mahimong takos sa trono sa Polonya. Kini maoy usa ka proyekto nga makahanduraw pa gani sa posibilidad sa usa ka matang sa panaghiusa tali sa Katolikong Polandia, Ortodoksong Moscovy ug semi-Protestante nga Bohemia. Sa pagkamatuod, kini maoy dili-makataronganon ug malisod nga kontra-proposal batok sa pro-Habsburg nga palisiya.