Kompletoha ang mosunod nga pulong: Si Yamaguchi mibalik sa Japan sa mubo sa Abril alang sa pagmentinar sa iyang mga barko. Niadtong Hunyo 1942, giasayn siya sa
ang operasyon sa Midway. Sa panahon sa gubat, sa Hunyo 6, 1942, si Yamaguchi wala mouyon sa mga komandante sa mga barko, Vice Admiral Chūichi Nagumo. Ang usa ka eroplano sa pagpaniid nakakitag usa ka Amerikanhong tigdala ug ayroplano () duol sa Midway. Nianang higayona, ang Haponhong mga ayroplano armado na alang sa ikaduhang pag-atake sa Midway, nga ang "Kate" nga mga bombero nagdalag mga bomba inay mga torpedo. Si Yamaguchi mihangyo nga sulongon dayon ang barko sa Amerika, nga ang mga ayroplano armado na, apan si Nagumo midesisyon nga maghulat hangtod nga ang mga ayroplano armado na usab. Wala madugay human niadto, ang Amerikanhong mga ayroplano nga tigdala sa mga barko naglaglag sa tanang mga ayroplano sa Hapon gawas sa pangunang barko ni Yamaguchi nga "Hiryū". Si Yamaguchi dihadiha misugo ug duha ka sunodsunod nga pag-atake sa "Yorktown" nga nakapaluya niini. Ang "Hiryū" unya gilaglag sa mga ayroplano gikan sa, dugang sa pipila nga mga ilo nga "Yorktown" nga ayroplano.