Kompletoha ang mosunod nga pulong: Si Bourdais misulay pag-ayo alang sa Toro Rosso team sa panahon sa tingtugnaw, bisan tuod siya dili sigurado sa usa ka drive nga nag-atubang sa bag-ong tuig. Sa 6 Pebrero 2009 bisan pa siya gikumpirma ingon nga usa ka Toro Rosso drayber alang sa ikaduha nga tuig, partnering Swiss rookie Sébastien Buemi. Bisan pa sa duha ka puntos nga natapos sa tuig sa Australian Grand Prix ug sa Monaco, si Bourdais naningkamot sa pagsagubang sa iyang dili kaayo eksperyensiyado nga kauban sa team. Sa
Spain Bourdais giigo sa sakyanan ni Buemi ingon nga sa kapatagan misulay sa paglikay sa usa ka gibalik Jarno Trulli sa unang lap, paghuman sa lumba alang sa duha ka mga drayber. Sa British Grand Prix, si Bourdais nagbangga sa McLaren driver nga si Heikki Kovalainen, nga sa makausa pa natapos ang lumba alang sa duha. Sa German Grand Prix siya nag-antos sa mekanikal nga kapakyasan human sa pag-qualify sa katapusang bahin sa kapin sa usa ka segundo.