Kompletoha ang mosunod nga pulong: Sa Abril 9, 1940, ang mga tropa sa Alemanya
misulong ug nag-okupar sa Denmark. Sa panahon sa Aleman nga Pag-okupar, wala siya magpakita ug dagway apan siya misulay sa pagpadayon sa espiritu pinaagi sa nakamougling mga balak sa pagbatok. Sa 1940, si Henningsen miamot sa awit ngadto sa revue ni Kjeld Abell nga "Dyveke", nga nagtawag sa pagsukol sa mga Nazi sa usa ka dayag nga paagi nga ang mga Aleman nga censors sayop nga gihubad ingon nga usa ka awit mahitungod sa mga nagdili nga mga bugkos sa kaminyoon. Sa wala pa siya ipadala sa mga Nazi ngadto sa mga kampo konsentrasyon o sa laing paagi ibutang sa kapeligrohan, sa tago siya mibiya sa Denmark uban sa kadaghanang Hudiyong Danes sa 1943. Siya mikalagiw ngadto sa neyutral nga Sweden uban sa Hudiyong arkitekto nga si Arne Jacobsen ug sa ilang mga asawa diha sa usa ka bangka nga gimandoan sa Hudiyong sibil nga inhenyero ug estudyante nga mag-uod nga ginganlag Herbert Marcus.