Kompletoha ang mosunod nga pulong: Sa Disyembre 5, 1990, si Alomar ug Joe Carter gibaligya ngadto sa Toronto Blue Jays sa baylo kang Fred McGriff ug Tony Fernández. Didto sa Toronto nga siya milambo ngadto sa usa ka primer nga ofensibong ikaduhang baseman, nga naghiusa sa.300-plus nga batting average uban sa gahum ug taas nga katulin sa mga base. Sa 1991, siya capitalized sa iyang speed uban sa 11 triple ug 53 gikawat nga mga base, nga nagdala sa team sa iyang unang sa tulo ka sunod-sunod nga playoff panagway. Sa misunod nga tuig, siya nakaiskor ug 105 ka run, 87 ka walks, ug may.405 on-base percentage. Sa 1993, Alomar adunay iyang labing maayo nga panahon uban sa Blue Jays, sa paggama sa 17 home runs (HR), 93 runs batted sa (RBI), ug 55 gikawat bases, samtang batting.326, ikatulo sa American League sa luyo sa teammates John Olerud ug Paul Molitor. Siya mao ang usa ka sentral nga numero sa Toronto sa World Series championships sa 1992 ug 1993; sa Game 6 sa 1992 World Series, siya miiskor sa serye-nagdaog nga modagan sa Dave Winfield sa duha ka-dalagan nga doble sa ika-11 nga inning. Ang home run ni Alomar sa ikasiyam nga inning batok kang Dennis Eckersley, sa Game 4 sa
1992 American League Championship Series (ALCS), giisip sa daghan nga ingon sa labing importante nga hit sa kasaysayan sa club, ingon nga ang team sa tulo ka miaging mga biyahe ngadto sa ALCS natapos sa kapakyasan; siya gitawag nga ang Labing Bililhon Player (MVP) sa serye. Sa 1995, siya nagdula sa 104 sunod-sunod nga mga dula nga walay paghimo sa usa ka sayop, sa pagbutang sa usa ka AL rekord alang sa ikaduhang mga basemen. Sa matag sa iyang lima ka mga panahon uban sa Blue Jays, Alomar gitawag ngadto sa All-Star team ug midaog sa Gold Glove Award.