Kompletoha ang mosunod nga pulong: Sa dihang misugod ang Gubat Sibil, si Kirkland sa sinugdan gitudlo nga kapitan sa kasundalohan sa Konfederasyon ug dayon gipili nga koronel sa ika-11 nga North Carolina Volunteers, nga sa ulahi gitudlo nga ika-21 nga North Carolina, sa Hunyo 1861. Siya misugo sa iyang regimiento sa Unang Manassas ingon nga bahin sa Brig. Gen Milledge Bonham's brigade, apan wala makahuluganon nga nakigbahin. Sa Oktubre, ang 21st North Carolina gilakip sa brigada ni Isaac Trimble ug sa sunod nga tingpamulak, siya miapil sa Stonewall Jackson's Shenandoah Valley Campaign. Si Kirkland gipusil sa duha ka paa panahon sa
Ang Unang Gubat sa Winchester, nga nagpagawas kaniya sa pag-away sulod sa daghang bulan. Sa panahon sa iyang pag-ayo, si Kirkland nag-alagad isip hepe sa kawani ni Patrick Cleburne panahon sa kampanya sa Murfreesboro niadtong Disyembre 1862.