Kompletoha ang mosunod nga mga pulong: Sa Marso 1862, si Waddell gitudlo nga usa ka Lieutenant sa Confederate States Navy. Gipadala sa New Orleans, siya giasayn sa dili kompleto nga ironclad nga CSS "Mississippi" hangtod sa iyang kalaglagan sa ulahing bahin sa Abril. Sa misunod nga bulan, samtang nag-alagad ingong opisyal sa artileriya sa baybayon, siya miapil sa
ang away tali sa mga baterya sa baybayon sa Konfederasyon ug sa mga barko sa pwersa sa pwersa sa pwersa sa Drewry's Bluff, Virginia. Nakakita siya ug dugang nga serbisyo sa baybayon sa Charleston, South Carolina, sa nahibiling bahin sa 1862 ug sa 1863. Gipadala sa laing nasod sa Marso 1863, si First Lieutenant Waddell gibutang sa Inglaterra nga nagpaabot sa pagkaanaa sa usa ka posisyon sa paglawig.