Kompletoha ang mosunod nga pulong: Si Emory nagsilbi ingong komandante sa brigada sa Army of the Potomac niadtong 1862, ug gibalhin ngadto sa Western Theater. Siya gipromot sa pagka-brigadier general sa mga boluntaryo niadtong Marso 17, 1862. Sa ulahi iyang gimandoan ang usa ka dibisyon sa kampanya sa Port Hudson. Sa ulahi siya mibalik sa Sidlakan ingong komandante sa Nineteenth Corps, nga nagserbisyo sa tanang dagkong mga gubat sa
Shenandoah Valley Campaign sa 1864, ilabi na sa Battle of Cedar Creek, diin ang mga aksyon ni Emory nakatabang sa pagluwas sa Union nga kasundalohan gikan sa usa ka makaguba nga kapildihan hangtod sa pag-abot ni Maj. Gen. Philip Sheridan.