Kompletoha ang mosunod nga pulong: Sa pagsugod sa Gubat Sibil sa 1861, si von Vegesack mibiya sa Tinipong Bansa ug miduyog sa Union Army. Siya nahimong kapitan sa 58th Ohio Infantry. Nianang tuiga, siya giasdang mayor sa kawani ni Heneral John E. Wool. Una siya nagsilbi sa Fort Monroe. Ingon sa usa ka aide-de-camp (ADC) ngadto sa Joseph K. Mansfield siya miapil sa artileriya pagbombar sa Newport News. Sa 1862 siya mibiya, apan dayon siya miduyog sa Mayor Heneral George B. McClellan sa iyang pagsulong sa Yorktown. Ingong ADC sa Butterfield siya miapil sa mga gubat sa Hanover Court House, sa Seven Pines ug sa Fair Oaks. Siya didto sa Battle of Mechanicsville, Gaines's Mill,
Ang Savage's Station, ug Malvern Hill. Si Vegesack gitudlo nga koronel sa ika-20 nga New York Infantry, ang German nga "Turner" regiment. Siya gihatagan ug mando sa 3rd brigade sa General William Farrar Smith's division sa 6th Army Corps. Miapil siya sa Ikaduhang Gubat sa Bull Run. Siya nakakuha sa kabungtoran sa gawas sa Jefferson, Maryland. Siya nagpakita ug kaisog sa Antietam. Si Vegesack nakig-away sa Gubat sa Fredericksburg. Niadtong Mayo 1863 ang regimiento ni Vegesack maoy bahin sa wala nga pako ni Joseph Hooker sa Battle of Chancellorsville.