Isulat ang usa ka pagpadayon niining parapoha - Si Juan maoy usa ka patron sa musika ug sa mga arte, ug usa ka sopistikadong magsusulat bahin sa musika; dugang pa niini, siya maoy usa ka kompositor. Sa panahon sa iyang pagmando iyang gitigom ang usa sa kinadak-ang mga librarya sa kalibotan, apan kini nadaot sa linog sa Lisbon sa 1755
. Lakip sa iyang mga sinulat mao ang pagdepensa kang Palestrina, ug ang "Defense of Modern Music" (Lisbon, 1649). Ang usa ka bantog nga komposisyon nga giila kaniya mao ang usa ka setting sa "Crux fidelis", usa ka buhat nga popular kaayo panahon sa Semana Santa taliwala sa mga koral sa simbahan. Apan, walay nailhang manuskrito sa maong basahon, ug unang gipatik kini sa Pransiya niadtong 1869. Tungod sa estilo, kini kasagarang giila nga gisulat sa ika-19ng siglo.