Pagkahuman sa kapildihan sa rebelyon, si Caldas, nga nahadlok sa mga pagbulos, miikyas ngadto sa Popayán, apan sa pagkakita nga kini nadakpan sa mga tropa sa hari nga gimandoan sa umaabot nga viceroy nga si Juan Sámano, miadto dayon sa lalawigan sa Antioquia. Ang Antioquia nagdeklarar sa independensiya ingong "Estado sa Antioquia" o ang "Libre ug Soberanong Estado sa Antioquia". Ang estado sa Antioquia nagtudlo kang Juan del Corral isip diktador, ug giabiabi ni del Corral si Caldas ug gitudlo siya sa pagmugna og Military School ug ingon nga Direktor sa Rifle Factories ug General Engineer, ingon man paghatag kaniya sa ranggo sa Koronel. Isip inhenyero, si Caldas maoy nagdumala sa pagtukod ug mga tinukod, mga pabrika sa pulbos, ug mga pabrika sa armas, maingon man sa pagputol ug mga sensilyo. Nagtudlo usab siya sa Academy of Engineers sa Medellín, niadtong 1814. Tali sa 1813 ug 1814, siya ang nagdumala sa mga kota sa daplin sa Suba sa Cauca ug sa pag-instalar sa usa ka rifle ug gunpowder nga pabrika. Sa kataposan sa 1814, si Nariño napildi ug gidakop sa hari sa Espanya, ug si Bolívar ug ang iyang kasundalohan nagpugos sa pagpasakop sa Cundinamarca ngadto sa United Provinces. Ang federalistang General Government, nga natukod sa Santafé, uban sa nagkadaghang kabalaka bahin sa posibilidad nga ang Espanya makabawi
human sa pagsugod sa kampanya ni Morillo, dayon gitawag si Caldas sa pagtudlo kaniya sa pagtukod sa susamang Military School, ug sa pagtukod ug mga tulay, mga lubnganan, ug mga kuta sa palibot sa siyudad. Siya gipadala ngadto sa amihanang kasundalohan ug sa pagpalig-on sa mga dalan sa Quindío.