Kompletoha ang mosunod nga pulong: Si Yegipko mibalik sa USSR niadtong Agosto 1938, nga nag-alagad ingong komandante sa Ikaduhang Brigada sa Submarino sa Black Sea Fleet. Gihuptan niya kini nga posisyon hangtod sa Disyembre 1939, sa dihang siya nahimong komandante sa submarino nga brigada sa Baltic Fleet. Siya naghupot niining maong posisyon sa panahon sa
Gubat sa Sobyet-Finlandiya, mibiya sa Mayo 1940 sa pagpadayon sa iyang mga pagtuon sa Naval Academy. Siya naggradwar sa Abril 1941, nga gi-promote sa 26 sa Abril ngadto sa kapitan 1st rang. Sukad niadtong bulana hangtod sa Septiyembre siya maoy komandante sa 1st Submarine Brigade sa Baltic Fleet. Si Yegipko miapil sa mga operasyon sa militar human sa German nga pagsulong sa Unyon Sobyet niadtong Hunyo 1941. Panahon sa pag-ekwas sa mga Sobyet sa Tallinn sa Agosto 1941, ang iyang submarino, nga "S-5", miigo sa mina, ug si Yegipko gipuy-an gikan sa conning tower ngadto sa tubig. Giluwas siya, nga grabeng nahugno sa utok, sa laing barko. Gikan sa Septiyembre ngadto sa Oktubre 1941 siya anaa sa pag-alagad sa Military Council sa Baltic Fleet, sa wala pa ang iyang pagtudlo isip naval attaché sa Soviet embassy sa United Kingdom. Ingon sa naval attaché, si Yegipko kanunay nga naglihok ingon nga usa ka tigpaniid sa mga barko sa gubat sa Britanya, ug naglayag sakay sa mga barko sa Britanya sa mga katungdanan sa Arctic convoy.