Kompletoha ang mosunod nga mga pulong: Sa Agosto 15, 1945, ang Hapon
misurender ngadto sa Alyado nga mga puwersa. Duha ka adlaw sa ulahi, ang Proklamasyon sa Independensya sa Indonesia gipahayag. Ang Maluku gideklarar ingong usa sa mga lalawigan sa Republika sa Indonesia. Bisan pa, ang pagporma ug posisyon sa Maluku niadtong panahona napugos nga mahitabo sa Jakarta, tungod kay sa diha nga ang Hapon misurender, ang Netherlands Indies Civil Administration (NICA) dihadiha misulod sa Maluku aron sa pagkontrolar. Ang mga Olandes nagkontrolar sa Maluku hangtod sa 1949, sa dihang sa mga kasabotan sa Dutch-Indonesian Round Table Conference, ang mga Olandes miila sa soberanya sa Indonesia. Wala madugay mibiya ang mga Olandes sa Maluku. Tungod sa usa ka lawom nga pagsalig sa Indonesian pagpangulo, nga mao ang kadaghanan sa Javanese Muslim, sa 1951 sa usa ka independente nga Republika sa South Moluccas (Indonesian: RMS, Republik Maluku Selatan) giproklamar sa Ambon, nga gisuportahan sa mga Dutch. Ang RMS may lig-ong pagpaluyo taliwala sa kanhing kolonyal nga sundalo sa Moluccan. Tungod niini, ang Indonesyanhong mga puwersa misulong sa Maluku aron sa paglaglag sa mga separatista. Ang pangunang kuta sa rebelde nga grupo sa RMS sa Ambon napildi sa mga puwersa sa Indonesia niadtong Nobyembre 1950, samtang ang mas gamay nga pakigbisog sa gerilya nagpadayon sa Seram Island hangtod sa 1962. Apan ang kapildihan sa Ambon misangpot sa pagkalagiw sa self-declared RMS nga gobyerno gikan sa mga isla, ug ang pagporma sa usa ka gobyerno sa pagkabinihag sa Netherlands. Sa misunod nga tuig mga 12,000 ka sundalo sa Moluccas uban sa ilang mga pamilya ang miadto sa Netherlands, diin ilang gitukod ang "Republika sa Habagatang Moluccas" nga gobyerno-sa-pagkadestiyero.