Pagkahuman sa pagbalhin sa Jakarta, si Latuharhary nagsugod usab sa pagtrabaho alang sa mga Hapon sa ilawom sa Department of Home Affairs aron pagdumala ang mga Moluccan sa Java, ug giisip nga responsable sa ilang mga lihok. Sa 1944, usa ka grupo sa Ambonese lakip na si Latuharhary gidakop sa Kenpeitai ug gidala sa Bogor ingon nga sila gisuspetsahan sa espiya alang sa Allied forces, ug tungod sa kamatuoran nga si Latuharhary sa bahin gigamit ang iyang posisyon sa sulod sa Japanese administrasyon alang sa mga katuyoan sa politika. Bisan pa niana, ang iyang asawa ug duha pa ang nakombinsir pag-usab sa usa ka komandante sa Dagat sa Hapon sa paghikay sa ilang pagpagawas. Sa ulahing bahin sa 1944, siya gidakop pag-usab human makaikyas ang usa ka moluccan nga binilanggo gikan sa prisohan. Ang mga awtoridad sa Hapon niadtong panahona labi pang nagduda kang Ambonese human sa Gubat sa Morotai
ug ang estratehikong pagbomba sa Ambon sa 1944, nga dugang gipasanay sa mga operasyon sa espiya sa Allied sa Moluccas nga gipangulohan ni Ambonese Julius Tahija.