Kompletoha ang mosunod nga mga pulong: Sa pagsugod sa Gubat Sibil, si Brooks gitudlo nga brigadier heneral sa mga boluntaryo sa Septiyembre 1861. Siya misugo sa 2nd Brigade, 2nd Division sa IV Corps sa Peninsula Campaign, ug sa 2nd Brigade, 2nd Division sa VI Corps sa Seven Days Battles, diin siya nasamdan sa
Gubat sa Savage's Station. Sa pag-ayo, siya mibalik sa mando sa iyang brigada alang sa Maryland Campaign ug nangulo sa iyang mga tawo sa Crampton's Gap, diin ilang nakuha ang usa ka Confederate battle flag nga iya sa ika-16 nga Virginia Infantry. Sa Battle of Antietam, ang brigada ni Brooks sa panguna sa reserba, bisan pa sa ilalum sa "galling fire sa duha artillery ug sharpshooters" alang sa 48 ka oras.