Isulat ang pagpadayon niining parapoha - Sa 2004 nga Summer Olympics sa Athens, gipadako ni Stojanovska ang iyang programa, nga naglangoy sa tulo ka indibiduwal nga mga kalihokan. Siya mi-post sa usa ka FINA A-standard sa 2:13.01 (200 m alibangbang) gikan sa European Championships
sa Madrid, Espanya, nga nagtugot kaniya sa paglakip sa 200 ug 400 m freestyle diha sa iyang kalihokan nga linya-up. Sa ikaduhang adlaw sa mga dula, Stojanovska gibutang sa kaluhaan ug pito nga kinatibuk-an sa 400 m freestyle. Naglangoy sa heat duha, siya gilimpyohan sa usa ka 4:20 babag pinaagi sa pag-post sa usa ka panahon sa 4:19.39 sa pagkuha sa usa ka ikaupat nga binhi sa ibabaw sa Jamaica ni Janelle Atkinson. Pagkasunod adlaw, siya natapos sa katloan ug upat nga kinatibuk-an sa luyo sa Czech Republic ni Jana Myšková sa 0.02 sa usa ka segundo sa buntag nga mga kainit sa 200 m freestyle uban sa usa ka panahon sa 2:04.64. Sa iyang katapusan nga kalihokan, 200 m alibangbang, Stojanovska natapos sa iyang Olympic run uban sa usa ka kaluhaan ug unom nga dapit nga paningkamot, nga napakyas sa pag-abot sa semifinals alang sa ikalimang sunod nga panahon sukad sa 2000. Naglangoy sa ikatulo nga heat, iyang gi-round out ang usa ka kapatagan sa walo ka mga maglangoy sa katapusan nga dapit sa usa ka panahon sa 2:16.51, hapit upat ka segundo gikan sa nasyonal nga rekord nga gihuptan ni Mirjana Boševska.