Isulat ang usa ka pagpadayon alang sa kini nga parapo - ang regimento ni Chruściel sa tago gi-mobilis sa taliwala sa 23 ug 27 Marso 1939, ug mibalhin sa baryo sa Szczerców diin kini nagporma sa usa ka linya sa depensa sa Suba sa Widawka. Human sa pagsugod sa Polish Defensive War sa 1939 kini misulod sa pagpakig-away sa 2 Septyembre. Ingon nga bahin sa "Piotrków Operational Group" sa Łódź Army, ang yunit ni Chruściel mibiya paingon sa Modlin Fortress ug miapil sa pagpanalipod niini
hangtod sa kapitulasyon sa mga yunit sa Polonya sa maong dapit. Gipasulod sa kampo sa mga binilanggo sa gubat sa Działdowo, siya gibuhian sa ulahing bahin sa Oktubre, human na sa pagtapos sa gubat. Kay nahadlok nga ang iyang pagpagawas gikan sa kampo nga prisohan maoy usa ka sayop, si Chruściel mibalhin ngadto sa Warsaw, diin siya mipuyo ilalom sa nagkalainlaing peke nga mga ngalan. Sa Hunyo 1940 siya miapil sa Union of Armed Struggle (ZWZ) nga underground nga organisasyon. Sa sinugdanan pangulo sa 3rd dibisyon sa iyang mga kawani, responsable sa pagbansay ug taktika, sukad sa Oktubre sa maong tuig Chruściel gihimo sa posisyon sa deputy commander sa siyudad sa Warsaw ZWZ rehiyon.