Sa 1916, human sa pagsulod sa Romania sa Gubat sa Kalibotan I, si Rainer mibalik sa Bucharest ug nakig-uban pag-usab kang Marta, nga gitawag alang sa medikal nga pag-alagad ingong koronel. Panahon sa 1916 nga kontra-ofensiba, ang mga Rainers nagtukod ug mga ward sa operasyon diha sa mga ospital nga napuno sa mga samdan gikan sa Gubat sa Turtucaia
ug ang pag-atake sa zeppelin sa Bucharest. Sa ulahi, sa panahon sa pag-okupar sa Bucharest sa mga Central Powers, si Francisc Rainer nagtukod ug temporaryong mga ospital diha sa mga tunghaan. Siya nagpadayon sa pagtudlo ubos sa German nga administrasyon, aron nga ang iyang mga estudyante dili mohunong sa usa ka tuig, apan siya usab obligado sa pagtudlo sa linain nga mga kurso alang sa mga estudyante sa Aleman. Siya nakahimo sa pagpugong sa mga awtoridad sa pag-okupar gikan sa pagrekisisyon sa mga kabtangan sa fakultad. Tungod kay giisip nga mga suspek sa politika, ang mga Rainer gipili alang sa pagbilanggo sa Bulgaria, apan naluwas tungod sa pag-apil ni Minovici alang kaniya. Si Marta Rainer, nga nagdumala sa mga ospital sa gubat, nag-organisar ug mga tem sa mga siruhano aron sa pagtabang sa pagsagubang sa krisis sa katawhan, ug nag-operar nga walay hunong panahon sa bugnaw kaayong tingtugnaw sa 1917-1918.