Ang sekular nga mga Muslim ug ang kadaghanan nga dili-Muslim nga mga taga-Hulogan kusganong misupak sa pag-ipon sa Islamikong balaod. Bisan sa wala pa ipagawas ang mga Balaod sa Septyembre, si John Garang, ang lider sa Sudan People's Liberation Movement (SPLM) mibiya na sa gobyerno ug misugod sa pag-organisar sa Habagatang oposisyon aron mapukan ang Nimeiry. Ang pagpatuman sa hudud nga silot, nga naglakip sa paglatigo ug pagputol sa mga kamot ug tiil, nakapukaw sa kaylap nga pagsupak sa gobyerno sa Nimeiry. Human mapukan si Nimeiry niadtong 1985, gihunong sa gobyerno sa Swar al-Dahab ang labing bug-at nga mga silot sa hudud. Ang Swar al-Dahab ug ang iyang demokratikong napili nga manununod, si Sadiq al-Mahdi, misuporta sa sharia apan nagsaway sa paagi sa pagpatuman niini ni Nimeiry. Sa sayong bahin sa 1989, ang usa ka nagpanuko nga si al-Mahdi nagpahayag ug kaandam sa pagpalandong sa pagwagtang sa kontrobersyal nga mga balaod sa sharia. Tungod niini ang iyang kaalyado sa koalisyon, si al-Turabi ug ang National Islamic Front (NIF), mibiya sa gobyerno isip protesta. Gipahibalo ni Al-Mahdi nga ang gabinete magpalandong sa mga proyekto sa balaod nga mag-abrogate sa mga Balaod sa Septyembre sa Hulyo 1, 1989, ug makigtagbo sa mga lider sa SPLM aron masulbad sa malinawon nga paagi ang pagtapos sa giyera sibil. Ang militar nga kudeta sa Hunyo 1989
nga gipangulohan ni al-Bashir nahitabo lamang 24 ka oras sa wala pa ang gobyerno ni al-Mahdi gitakda nga moputos sa pag-ikyas sa mga Balaod sa Septyembre.