Kompletoha ang mosunod nga pulong: Si Stewart gitudlo nga usa ka brigadier general sa Nobyembre 8 ug giasayn sa pagmando sa ika-2 nga Brigada, ika-2 nga Dibisyon, Columbus District, sa Confederate Department No. Duha (ang nanguna sa Departamento sa Tennessee), ubos ni Leonidas Polk. Si Stewart naghupot niini nga posisyon gikan sa Nobyembre 16 hangtod niadtong Disyembre, sa dihang ang iyang brigada gibalhin ngadto sa Unang Hulagway sa Hulagway sa Departamento, hangtod sa Pebrero 1862. Ang iyang brigada mibalik ngadto sa kasadpang Kentucky, sa mubo nga gidugang ngadto sa dibisyon ni John P. McCown, nga nangulo sa mga depensa sa lungsod sa Battle of New Madrid sa wala pa si McCown nagsugo niini nga gipahawa ug mibiya sa Mississippi River. Sa Abril 1, ang mga tawo ni Stewart miduyog sa dibisyon ni Charles Clark, diha sa korpus ni Leonidas Polk, sa Army of Mississippi ni Albert Sidney Johnston, sa tukmang panahon alang sa
Gubat sa Shiloh. Didto, si Stewart nangulo sa iyang brigada sa unang-adlaw nga mga pag-atake sa "Hornet's Nest" nga lugar sa sentro sa linya sa Union.