Kompletoha ang mosunod nga pulong: Niadtong 1861, si Hawkins mitabang sa pagtukod sa 9th New York Infantry, usa ka regimiento nga estilo sa Zouave, nga popular nga nailhan nga "Hawkins Zouaves" alang sa pagserbisyo sa Gubat Sibil. Si Hawkins gitudlo nga koronel sa regimiento sa Mayo 4, 1861 ug nagserbisyo uban sa kalainan sa North Carolina sa sayong bahin sa gubat. Siya maoy bahin sa ekspedisyon ni Benjamin F. Butler sa
pagdakop sa Fort Hatteras niadtong 1861. Nagdahom nga makaangkon ug promosyon ngadto sa brigadier-general tungod sa iyang pag-alagad sa Fort Hatteras apan gipapahawa siya sa mando tungod sa pagkadili-masinugtanon. Niadtong Oktubre 8, 1861, si Hawkins misulat nga "ang mga brigadier-general maoy talagsaong mga butang karong adlawa, nga dili ko angayng isipon nga dakong kadungganan ang pagkahimong usa". Si Hawkins sa pagkatinuod makadawat ug pasidungog sa pag-promote ngadto sa brigadier general sa 1866 sa ranggo gikan sa Marso 13, 1865. Bisan pa sa iyang kahakog, ang sayo nga pagpadala ni Hawkins nakakuha sa pagtagad ni Presidente Abraham Lincoln. Si Hawkins gidapit sa White House aron makig-estorya sa Presidente ug sa Heneral-in-Chief nga si George B. McClellan. Didto siya nakombinsir sa Union high command sa posibilidad sa kombinadong operasyon batok sa Pamlico Sound sa North Carolina.