- Pagsugod sa Gubat Sibil sa 1861, si Magruder mibiya sa Union Army aron modawat ug komisyon sa Konfederasyon. Ingong komandante sa Army of the Peninsula, iyang gipasig-uli ang Virginia Peninsula ug nakadaog sa Battle of Big Bethel. Sa Peninsula Campaign, iyang gihunong ang Army of the Potomac ni McClellan sa gawas sa Yorktown, nga nagtugot kang Maj. Gen. Joseph E. Johnston nga moabot uban sa mga reinforcements, mag-organisar sa usa ka pag-atras, ug pagpanalipod sa kapital sa Confederate, Richmond. Si Magruder gikritikar tungod sa iyang pagpangulo sa mga gubat sa Savage's Station
ug Malvern Hill panahon sa Seven Days Battles. Siya migugol sa nahibilin sa gubat sa pagdumala sa Distrito sa Texas, New Mexico, ug Arizona ug sa Department sa Arkansas; sa iyang tenure, Magruder gibayaw ang naval blockade sa ibabaw sa Galveston ug nakuha pag-usab sa siyudad sa 1863.