Cena naghimo sa usa ka sorpresa nga pagbalik ingon nga ang katapusan nga partisipante sa Royal Rumble duwa, nga nagdaog niini, ug ang tradisyonal nga WrestleMania XXIV titulo shot, pinaagi sa katapusan sa pagwagtang Triple H. Imbes nga maghulat hangtud WrestleMania, ang titulo shot nga cashed sa batok sa unya WWE Champion Randy Orton sa 2008 nga No Way Out sa usa ka duwa Cena midaog pinaagi sa disqualification ug, busa, dili award sa championship. Ang sunod nga gabii sa "Raw", Cena gibutang balik ngadto sa WrestleMania ni WWE Championship match nagdaug Orton sa usa ka non-title match uban sa Triple H ingon sa espesyal nga bisita referee, sa paghimo niini nga usa ka triple threat match tali sa tulo ka mga tawo, sa panahon nga siya pined sa Orton. Sa Backlash, Cena napakyas sa pagkuha sa titulo sa usa ka makamatay nga upat-paagi elimination match, diin siya giwagtang sa Orton. Sa maong away, giwagtang ni Cena ang JBL, nga gibag-o ang ilang panagbangi gikan sa 2005. Gidaog ni Cena ang JBL sa Adlaw sa Paghukom
ug unya sa One Night Stand sa usa ka First Blood nga away. Si Cena napakyas usab nga makuha ang WWE Championship gikan sa Triple H sa Night of Champions. Sa ulahi, ang JBL nagdaog sa Cena sa usa ka New York City Parking Lot Brawl sa The Great American Bash kaniadtong Hulyo aron matapos ang panagbangi. Sa Agosto 4 episode sa " Raw ", Cena nahimong usa ka World Tag Team Champion alang sa ikaduha nga higayon, team up uban sa Batista sa pagbuntog Cody Rhodes ug Ted DiBiase apan napakyas sa pagpadayon sa championship sa mosunod nga semana batok sa kanhi mga kampeon. Si Cena napildi kang Batista sa SummerSlam. Wala madugay human niana, Cena gitawag nga usa sa upat ka mga kandidato alang sa CM Punk's World Heavyweight Championship sa Championship Scramble match sa Unforgiven, apan siya gipulihan ni Rey Mysterio human sa pag-antos sa usa ka herniated disc sa iyang liog sa iyang match sa SummerSlam, nga nagkinahanglan og operasyon. Si Cena malamposong gioperahan aron ayohon ang kadaot.