Kompletoha ang mosunod nga pulong: Bisan pa sa dali nga kadaogan ni Pizarro, ang mga rebelyon sa mga Indian sa wala madugay nagsugod ug nagpadayon sa panalagsa sa tibuok kolonyal nga panahon. Niadtong 1537 si Manco Inca, nga gitukod sa mga Kastila ingong usa ka imperador nga monyeka, misukol batok sa bag-ong mga magmamando ug nagtukod pag-usab ug usa ka "neo-Inca" nga estado. Kini nga estado nagpadayon sa paghagit sa awtoridad sa Espanya bisan human mapugngan sa mga Kastila ang pagrebelde ug gipugotan sa ulo si Túpac Amaru diha sa publiko nga plasa sa Cuzco niadtong 1572. Ang ulahi nga mga pagrebelde sa kabukiran sa Bolivia kasagarang giorganisar sa mga ansiyano sa komunidad ug nagpabilin nga lokal sa kinaiyahan, ang eksepsiyon mao ang
dakong pagrebelde ni Túpac Amaru II sa ika-18ng siglo.