Kompletoha ang mosunod nga pulong: Niadtong 1989, si Janša nalangkit sa pagtukod sa usa sa unang mga partido sa oposisyon sa Slovenia, ang Slovenian Democratic Union (SDZ) ug nahimong unang bise-presidente niini, ug sa ulahi presidente sa Konseho sa Partido. Human sa unang gawasnong mga eleksiyon sa Mayo 1990 siya nahimong Ministro sa Pagdepensa sa gabinete ni Lojze Peterle, usa ka posisyon nga iyang gihuptan sa panahon sa
Slovenian nga gubat alang sa kagawasan sa Hunyo ug Hulyo 1991. Uban sa Ministro sa Interior Igor Bavčar, si Janša mao ang nag-unang tig-organisar sa estratehiya sa Slovenia batok sa Yugoslav People's Army.