Isulat ang usa ka pagpadayon alang niini nga parapo - Prost mipirma sa pag-apil sa Ferrari sa 1990, nga nahimong ang unang drayber mipirma sa team human sa kamatayon sa team founder Enzo Ferrari sa 1988. Siya gipulihan Gerhard Berger sa Ferrari ug gipakig-uban sa Britanya Nigel Mansell alang sa (Berger gikuha Prost sa lingkoranan sa McLaren). Ingon sa naghari sa kalibutan champion, Prost mikuha sa ibabaw ingon nga team sa nag-unang driver ug giingon nga sa pagdula sa niini nga kahimtang. Mansell nahinumdom sa usa ka hitabo diin sa 1990 British Grand Prix, ang sakyanan nga iyang gidrayb dili sa pagdumala sa sama nga ingon sa sa miaging lumba diin siya gikuha sa pole posisyon, ug sa ulahi nakahibalo gikan sa team mechanics nga Prost nakita Mansell ingon nga adunay usa ka labaw nga sakyanan ug may kanila giusab nga walay Mansell kahibalo. Si Prost nakadaog ug lima ka lumba alang sa Ferrari niadtong tuiga, sa Brazil
, Mexico, Pransiya, Britanya ug Espanya. Talagsaon kanila mao ang Mexican Grand Prix, diin siya midaog human magsugod sa ika-13 nga posisyon. Sa Mexico ug sa Espanyol nga mga lumba, iyang gipangulohan si Mansell sa Ferrari 1 <unk> 2 finishes. Ang kampiyonato sa makausa pa miabot ngadto sa penultimate round sa panahon sa Japan uban sa Prost sa iyang McLaren kaaway, Ayrton Senna, sa siyam ka puntos. Sama sa 1989, usa ka kontrobersyal nga panag-away tali sa duha ang naghukom sa lumba. Sa unang kurba, si Senna, sumala sa iyang pag-angkon usa ka tuig sa ulahi, tinuyo nga nagmaneho sa iyang sakyanan sa lumba ngadto kang Prost, nga nagkuha kanila nga duha gikan sa lumba ug nagselyo sa titulo sa iyang pabor. "Ang iyang gibuhat maoy mangil-ad", matod ni Prost. "Siya usa ka tawo nga walay bili". Prost natapos sa panahon pito ka puntos sa luyo Senna, ug ang iyang Ferrari team mao ang runners-up sa McLaren.