Pagbalik sa Polandia sa 1784, si Kościuszko gi-commission ingon nga usa ka mayor nga heneral sa Polish-Lithuanian Commonwealth Army sa 1789. Human sa Polish-Russian War sa 1792
nga miresulta sa Ikaduhang Pagbahinbahin sa Komonwelt, iyang gimandoan ang usa ka pagsulong batok sa Imperyo sa Rusya niadtong Marso 1794 hangtod nga siya nadakpan sa Gubat sa Maciejowice niadtong Oktubre 1794. Ang kapildihan sa Kościuszko Uprising niadtong Nobyembre misangpot sa Ikatulong Pagbahin sa Polandia niadtong 1795, nga nagtapos sa Komonwelt. Sa 1796, human sa kamatayon ni Tsaritsa Catherine II, si Kościuszko gipasaylo sa iyang manununod, si Tsar Paul I, ug siya mibalhin ngadto sa Tinipong Bansa. Usa ka suod nga higala ni Thomas Jefferson, kinsa iyang gipakigbahin ang mga ideya sa tawhanong mga katungod, si Kościuszko misulat ug usa ka testamento sa 1798, nga naghalad sa iyang mga kabtangan sa T.B.A. sa edukasyon ug kagawasan sa mga ulipon sa T.B.A. Sa ngadtongadto si Kościuszko mibalik sa Uropa ug nagpuyo sa Switzerland hangtod sa iyang kamatayon niadtong 1817. Ang pagpatuman sa iyang testamento sa ulahi nahimong lisod, ug ang mga pundo wala gayod magamit alang sa katuyoan nga gituyo ni Kościuszko.