Sa pagsugod sa Sibil nga Gubat, si Hays misulod pag-usab sa serbisyo isip kolonel sa 63rd Pennsylvania Volunteer Infantry Regiment, nga naghupot usab sa ranggo sa kapitan sa ika-16 nga U.S. Infantry sa regular nga kasundalohan hangtod sa Mayo 14, 1861. Ang iyang mga tawo nahibalo nga siya "maisogon sama sa usa ka leyon". Sa panahon sa Kampanya sa Peninsula, siya gilakip uban sa iyang regimiento ngadto sa unang brigada sa dibisyon ni Kearny sa III Corps ni Heintzelman. Siya nakig-away sa mga gubat sa Yorktown, Williamsburg, Seven Pines, Savage's Station
, ug Malvern Hill. Sa pagtapos sa Seven Days Battles, siya gitudlo nga usa ka brevet nga tinugyanan sa koronel sa regular nga kasundalohan alang sa kaisog sa aksyon, ingon nga Hays gitudlo sa usa ka bayonet pag-atake uban sa iyang regimiento ngadto sa kaaway nga mga linya sa pagtabon sa pag-atras sa iyang brigada. Si Hays mibiya tungod sa sakit usa ka bulan sa ulahi, nga nag-antos sa partial nga pagkabuta ug pagkahubag sa iyang wala nga bukton, mga samad nga nakuha gikan sa gubat.