Pagkahuman, si Duffy mibalhin ngadto sa Alaska diin iyang gipangulohan ang Alaska Heritage Program sa University of Alaska Anchorage. Ang iyang pangunang panukiduki didto naka-focus sa biodiversity sa Alaskan nga talan-awon nga may kalabutan sa protektadong mga dapit, apan siya usab nangulo sa lima ka tuig nga multi-milyon-dolyar nga APEX (Alaska Predator Ecological Experiment) nga nagmonitor sa pagkaayo sa mga langgam sa dagat human sa pag-agos sa langis sa "Exxon Valdez".
.