Kompletoha ang mosunod nga pulong: Sa dihang nagsugod ang Gubat Sibil sa Amerika niadtong 1861, si Jones miboluntaryo sa pagserbisyo sa Union Army. Sa Oktubre 3 siya gipili nga kapitan sa 53rd Ohio Infantry Regiment, ug nakakita sa aksyon ingon nga ingon sa panahon sa Battle sa Shiloh ug sa Siege sa Corinto. Sa Mayo 2, 1862, si Jones nahimong kolonel sa 53rd Ohio ug ang komandante niini. Siya nangulo sa iyang regimiento sa panahon sa Siege sa Vicksburg ug sa gubat sa Missionary Ridge, sa 1863. Si Jones nakakita sa dugang nga aksyon sa 1864 Atlanta Campaign, nakig-away sa Resaca, Dallas, Kennesaw Mountain ug
Atlanta. Niadtong Agosto, si Jones gitudlo sa pagmando sa brigada sa dihang ang iyang labaw nga opisyal, si Brigadier General Joseph A. J. Lightburn nasamdan ug mibiya sa mando alang sa nahibilin sa gubat. Si Koronel Jones karon ang nangulo sa 2nd Brigade sa William B. Hazen's 2nd Division sa XV Corps sa Jonesboro. Sa sulagma, ang 1st Brigade sa maong dibisyon gipangulohan usab sa laing "Colonel Jones", si Theodore Jones sa 30th Ohio. Si Wells Jones miapil sa 1864 March to the Sea, ug nasamdan sa panahon sa mga operasyon sa palibot sa Fort McAllister, Georgia, sa Disyembre 13.