Pagsugod sa Gubat Sibil, iyang gimandoan ang ika-18 nga Louisiana Infantry Regiment, diin siya nagpamatuod nga estriktong disiplinado nga mahigalaon usab ug mahigalaon sa mga sundalo. Nasamdan sa Shiloh
, siya gihimo nga usa ka komandante sa brigada ubos sa Heneral Richard Taylor, uban kang kinsa siya malampuson nga gibabagan ang mga paningkamot sa Union sa pag-secure sa Bayou Teche rehiyon sa habagatang Louisiana. Sa Red River Campaign, si Mouton gipatay sa Battle of Mansfield, samtang nanguna sa iyang mga tawo sa usa ka kabalyerya nga pag-atake.