Isulat ang pagpadayon niining parapoha - Si Napoleon Bonaparte, sa dihang siya nahimong Unang Konsul niadtong 1801, mipirma sa usa ka Konkordato uban sa Papa, nga miuyon sa pagpahiuli sa kanhi mga kabtangan sa simbahan, lakip ang Panthéon. Ang Panthéon ubos sa hurisdiksyon sa mga kanon sa Katedral sa Notre Dame de Paris. Mga selebrasyon sa hinungdanong mga hitabo, sama sa kadaogan ni Napoleon sa Gubat sa Austerlitz
, gihimo didto. Bisan pa niana, ang crypt sa simbahan nagpabilin sa opisyal nga buluhaton niini ingong dapit nga pahulayan sa bantogang mga Pranses. Ang usa ka bag-ong pultahan direkta ngadto sa crypt gihimo pinaagi sa sidlakang porch (1809<unk>1811). Ang pintor nga si Antoine-Jean Gros gisugo sa pagdekorasyon sa sulod sa kupol. Kini nagsagol sa sekular ug relihiyosong mga bahin sa simbahan; kini nagpakita sa Genevieve nga gidala ngadto sa langit sa mga manulonda, sa atubangan sa dagkong mga lider sa Pransiya, gikan kang Clovis I ug Charlemagne ngadto kang Napoleon ug sa Empress Josephine.