Ang impluwensiya ni Malagrida sa Korte sa Lisbon gisugat sa dakong pagdumot gikan sa primer ministro, si Carvalho, ang umaabot nga Marquis sa Pombal. Si Carvalho naningkamot sa pagtukod pag-usab sa Lisbon human sa linog sa 1755
, nga giwali ni Malagrida mao ang silot sa usa ka matarong nga Diyos diha sa makasasalang mga tawo. Si Carvalho nasuko sa dili tin-aw nga pagsaway sa gobyerno, ug nakombinsir kang Haring José nga ipalagpot si Malagrida ngadto sa Setúbal sa Nobyembre 1756 ug gipapahawa ang tanang mga Heswita gikan sa Korte.