Pagsulat ug usa ka pagpadayon alang niining parapoha - Sa 1861, sa pagsugod sa Gubat Sibil, siya gitudlo sa komandante sa New York National Guard, si Brigadier Heneral John F. Rathbone, sa pag-alagad ingong pangulong medikal nga opisyal sa depot sa Albany. Niadtong Hunyo 1862, human sa Gubat sa Savage's Station
, samtang ang Army of the Potomac, uban sa mga doktor niini, mibiya, si Swinburne nagpabilin sa pag-atiman sa liboan ka nasamdan nga mga binilanggo, ang Union ug Confederate. Tungod sa pagtahod sa iyang baroganan sa prinsipyo, gihatagan siya sa kumander sa Konfederasyon nga si Stonewall Jackson ug pasaporte, uban ang personal nga sulat nga nag-uban niini, nga nagtugot sa pagduaw sa mga binilanggo sa Unyon. Sa 1864, si Gobernador Horatio Seymour nagnominar kaniya ngadto sa posisyon sa Health Officer sa Port of New York ug, sa 1867, siya gi-nominar pag-usab sa Gobernador Reuben Fenton, nga nagserbisyo sa kinatibuk-an nga unom ka tuig, hangtod sa 1870. Sa panahon sa iyang administrasyon, bisan pa sa pagdumili sa lehislatura sa estado sa paghatag og pundo, iyang gisubay ang pagtukod sa mga pasilidad sa quarantine sa mga isla nga ginganlan og Swinburne ug Hoffman.