Kompletoha ang mosunod nga pulong: Human ang estado sa Mississippi mibulag sa dili pa magsugod ang Gubat Sibil, si Barksdale mibiya sa Kongreso aron mahimong adjutant general, ug dayon quartermaster general, sa Mississippi Militia, sa ranggo nga brigadier general, nga may petsa sa ranggo nga Marso 1, 1861. Sa Mayo 1, siya gitudlo nga koronel sa Confederate States Army sa 13th Mississippi Infantry, usa ka regimiento nga iyang gipangulohan sa Unang Gubat sa Bull Run niadtong ting-init, ug sa Gubat sa Ball's Bluff niadtong Oktubre. Sa misunod nga tingpamulak, iyang gidala ang iyang regimiento ngadto sa Virginia Peninsula ug nakig-away sa Peninsula Campaign ug sa Seven Days Battles. Sa dihang ang iyang komandante sa brigada, si Brig. Gen.
Ang Battle of Savage's Station niadtong Hunyo 29, 1862, si Barksdale miangkon sa mando sa brigada ug nagmando niini sa usa ka maisog, apan dugoon ug walay pulos, nga pag-atake sa Battle of Malvern Hill. Ang brigada nailhan ingong "Barksdale's Mississippi Brigade". Siya gipromot sa pagka-brigadier general niadtong Agosto 12, 1862.