Pagsulat sa usa ka pagpadayon alang niini nga parapo - Niadtong Disyembre 18, 1855 si Stephenson miapil sa Royal Navy, nga nahimong Naval Cadet sa HMS "St Jean d'Acre", nga gimandoan sa iyang uyoan nga si Henry Keppel, ug nagsilbi sa Itom nga Dagat sa panahon sa Gubat sa Crimea. Gikan sa Septiyembre 1856 hangtod Abril 1857 si Stephenson nagserbisyo ubos ni Keppel isip kadete sa HMS "Raleigh", nga nagserbisyo sa East Indies ug China sa panahon sa Ikaduhang Gubat sa Anglo-Tsino
, hangtod nga ang iyang barko nahugno duol sa Macau sa dihang kini midunggo sa usa ka bato nga wala masusi. Ang tanang tripulante naluwas. Sa Hunyo 1857 siya nag-alagad ingon nga usa ka Midshipman sa HMS "Pearl", nag-alagad uban sa "Pearl" Naval Brigade sa panahon sa Indian Mutiny sa 1857, sa panahon nga siya gihisgotan sa mga despatches sa tulo ka higayon. Niadtong Hunyo 1861 siya gipromot nga tinugyanan sa HMS "Emerald", nga nagserbisyo sa Channel Squadron.