Ang sugilanon gibutang sa tuig 3394, usa ka libo ka tuig human ang katawhan mikalagiw gikan sa Yuta human kini gilaglag sa usa ka lahi sa mga aliens nga nagbag-o sa dagway <unk> ang Gauna (奇居子 ((ガウナ))), sakay sa gatusan ka dagkong mga spaceship nga gihimo gikan sa mga nahibilin sa planeta. Usa sa maong mga barko mao ang Sidonia, nga nakaugmad sa iyang kaugalingon nga kultura sa tawo nga duol nga gibase sa Japan diin ang pag-clone sa tawo, asexual reproduction, ug human genetic engineering, sama sa paghatag sa mga tawo sa photosynthesis, komon. Kini usab gipadayag nga ang mga taas nga echelons sa kini nga katilingban tinago nga gihatagan sa imortalidad. Uban sa populasyon nga kapin sa 500,000 ka tawo, ang Sidonia lagmit ang katapusan nga human nga pagpuyo nga nahibilin tungod kay ang mga kapalaran sa ubang mga barko wala mahibal-an.
Hapon