Kompletoha ang mosunod nga pulong: Niadtong 1341 gitugotan ni Haring John sa Bohemia ang mga pamilya nga Hudiyo nga mopuyo sulod sa mga paril sa siyudad, ug ang unang sinagoga gitukod niadtong 1380; apan daghang mga pag-pogroma ang nahitabo sa ulahing bahin sa ika-15 ug sayong bahin sa ika-16 nga siglo. Sukad sa
Hussite Wars, ang siyudad mao ang tradisyonal nga usa ka baluarte sa Katoliko nga Simbahan sa panahon sa dugay nga relihiyosong mga panagbangi sa Gingharian sa Bohemia. Usa ka bahin sa Habsburg Monarchy gikan sa 1526, Budejovice nagpabilin nga usa ka maunongong tigsuporta ni Emperador Ferdinand II sa Tulo ka Tuig nga Gubat. Ang Budějovice nakasinati ug mubo nga pag-okupar sa Prussia sa panahon sa Silesian Wars, ug ang gubat tali sa mga Habsburgs ug sa Pranses nga kasundalohan sa 1742.