Kompletoha ang mosunod nga pulong: Si Cooper gi-commission ingon nga lieutenant-colonel sa 4th Kentucky Cavalry niadtong Marso 26, 1863 ug nahimong koronel niini niadtong Abril; human sa paglusad ni Col. Bayles. Sa Hunyo 4, 1863, si Cooper nasamdan sa dihang ang usa ka kabayo natumba kaniya sa Franklin, Tennessee. Siya ang nagmando sa regimiento sa Battle of Chickamauga sa Septiyembre 1864. Si Cooper mibalik sa Lexington, Kentucky niadtong 1864 tungod sa sakit. Dayon si Cooper nagmando sa lokal nga mga puwersa batok sa mga manunulong ni John Hunt Morgan. Siya midumili sa mga hangyo ni Morgan alang sa pagsurender sa Lexington sa Hunyo 9, 1864 ug gibalik ang iyang mga tropa. Niadtong Abril 1865 iyang gimandoan ang poste sa Montgomery, Alabama ug sa Mayo ug Hulyo 1865 ang poste sa Albany, Georgia. Siya gipasigarbohan ug dungog sa Agosto 21, 1865 sa Macon, Georgia. Siya nakadawat sa mga pasidungog sa gubat alang sa iyang pag-alagad sa Shiloh, Corinto, Richmond, Chickamauga, Morgan's Raid ngadto sa Kentucky, ang Gubat sa Resaca ug alang sa Wilson's Raid sa Montgomery. Siya gi-brevet ngadto sa Lt. Colonel ug Colonel sa Regular Army sa Marso 2, 1867, alang sa galante ug makahimuot nga mga serbisyo sa
Gubat sa Resaca sa Georgia ug sa pagdakop sa Montgomery, Alabama.