Isulat ang pagpadayon niining parapoha - Sukad sa 1805 paingon, si Saint-Hilaire padayon nga mag-alagad diha sa "Grande Armée", nga naghupot sa nagkalainlaing mga mando sa dibisyon. Niadtong 1805, iyang gimandoan ang usa ka dibisyon sa IV Corps ni Marshal Jean-de-Dieu Soult sa panahon sa Gubat sa Ikatulong Koalisyon ug sa Gubat sa Austerlitz
, iyang gipangulohan ang usa ka mahukmanong pag-atake sa Pratzen plateau, nakadawat sa usa ka seryoso nga samad sa sinugdanan sa pag-atake apan bisan pa niana naghupot sa iyang mando alang sa nahabilin sa gubat. Tali sa 1806 ug 1807, siya nakig-away sa Jena, Eylau ug Heilsberg. Siya gihimo nga usa ka Konde sa Imperyo niadtong 1808 ug nakadawat ug usa ka komandang dibisyon sa Army of Germany, diin siya makigkampanya sa habagatang Alemanya ug Austria. Sa Abril 22, 1809, si Saint-Hilaire mipalabi sa iyang kaugalingon sa atubangan sa mga mata ni Napoleon sa Gubat sa Eckmühl.