Nagsugod siya sa Sudanese Air Force sa 1973,.Si Hussein naggradwar sa prestihiyosong Cranfield University sa United Kingdom uban sa usa ka master's degree sa aeronautical engineering sa 1982. Siya may dakong papel sa 1989 Sudanese coup d'état
, ug sa ulahi sa 1990 nahimong Sekretaryo Heneral sa Rebolusyonaryong Komando sa Konseho alang sa Nasodnong Kaluwasan; ang nagmando nga awtoridad sa Sudan tali sa 1989 ug 1993.