Ang mga magsusulat nag-ingon nga siya tingali "nagdula og nag-unang papel sa pag-orchestrating" sa kadaugan sa eleksiyon ni Ahmadinejad, ug nga siya mahimong "usa ka nag-unang tawo sa pag-orchestrating sa pagpugong batok sa mga nagprotesta batok sa gobyerno" sa Hunyo 2009, ug direkta nga responsable sa paramilitaryong Basij, bisan pa sa pag-black out sa iyang ngalan sa press sa rehimen. Sa usa ka bukas nga sulat, si Mehdi Karroubi, kanhi chairman sa Majlis (parliyamento) ug usa ka reformistang kandidato sa 2009 presidential vote
, tin-aw nga gisumbong si Mojtaba Khamenei sa pag-apil sa usa ka komplot sa pag-riggle sa eleksyon, nga nagtumong sa ilegal nga pag-apil sa "usa ka network".