Pagkahuman sa 20 ka tuig nga paghilom sa politika, niadtong Marso 9, 2009, gipahibalo ni Mousavi ang iyang intensyon nga modagan sa 2009 Iranian presidential election
. Siya miingon nga ang iyang pangunang mga tumong mao ang: sa institutionalize sosyal nga hustisya, pagkakapantay-pantay ug pagkamatarong, kagawasan sa pagpahayag, sa pag-ut-ut sa korapsyon ug sa pagpadali sa Iran sa nagkatakod nga proseso sa privatization, ug sa ingon pagbalhin sa Iran gikan sa unsay iyang gitawag nga "usa ka alms-based nga ekonomiya". Si Mousavi mikritiko sa kanhing konserbatibong Presidente, si Mahmoud Ahmadinejad, tungod sa iyang gikatahong pagkadili-maayong pagdumala sa ekonomiya, nga nangutana, sa dihang ang Iran "naghimo og mga ganansiya gikan sa taas nga presyo sa lana, siya (Ahmadinejad) naghanduraw ba sa usa ka kahimtang diin ang mga presyo mahulog?" Niadtong Marso 16, 2009, ang kanhi Presidente sa Iran nga si Khatami mibiya sa eleksiyon sa pagsuporta kang Mir-Hossein Mousavi.