Isulat ang pagpadayon niining parapoha - si MacRae nagpalista ingong usa ka pribado sa Monroe light infantry, ug napili nga kapitan sa dihang kini nahimong Company B, ika-15 nga North Carolina infantry regiment. Niadtong Abril 1862, siya gipromot nga tinugyanan nga kolonel. Panahon sa Kampanya sa Peninsula ug sa Ikaduhang Manassas ang iyang regimiento maoy bahin sa brigada ni Howell Cobb. Sa Gubat sa Antietam, si MacRae nagmando sa brigada nga gipakunhod ngadto sa 250 ka tawo sa panahon sa pagpakig-away sa miaging pipila ka mga semana. Ang brigada ni MacRae mibatok sa tulo ka pag-atake sa Union apan mibalik pag-usab sa dihang siya may 50 lamang ka tawo nga nahibilin ug ang iyang suplay sa mga bala nahurot na. Sa Fredericksburg siya nakig-away uban sa iyang regimiento sa Marye's Heights. Human sa gubat ang 15th North Carolina gibalhin ngadto sa Brigadier General John Rogers Cooke's North Carolina brigade. Si Cooke grabeng nasamdan sa Fredericksburg ug wala mobalik sa brigada hangtod sa Abril 1863. Niadtong Pebrero 1863, si MacRae gipromot nga koronel. Kini nga brigada nagsilbi sa North Carolina ug habagatan-sidlakang Virginia hangtud human sa Gettysburg Campaign. sa Pebrero, 1863, koronel, ug sa 1864 gi-commission sa brigadier-heneral. Human sa pag-apil pag-usab sa Army of Northern Virginia, si MacRae giila alang sa kaisug sa Battle of Bristoe Station. Human sa Brigadier General William Whedbee Kirkland nasamdan sa Battle sa Cold Harbor MacRae temporaryo nga promoted ngadto sa ranggo sa brigadier general ug giasayn sa mando sa Kirkland sa brigada (kini mao usab ang kanhi brigada sa Brigadier General J. Johnston Pettigrew). Sa Ream's Station
Ang mga brigada ni MacRae, Lane, ug Cooke nagdagan sa 2nd Division ni John Gibbon sa II Corps ni Winfield Scott Hancock gikan sa mga depensahan niini sa ilang atubangan ug nakakuha sa usa ka baterya sa artileriya. Human sa mapuslanon nga pag-alagad sa Battle of Boydton Plank Road MacRae nagpabilin uban sa kasundalohan pinaagi sa Appomattox Campaign.