Kompletoha ang mosunod nga pulong: Sa Vicksburg Campaign ni Grant, si Logan nagmando sa 3rd Division sa XVII Corps ni James B. McPherson, nga mao ang una nga misulod sa siyudad sa Vicksburg niadtong Hulyo 1863 human kini masakop. Dayon si Logan nagsilbi ingong militar nga gobernador sa siyudad. Niadtong Nobyembre 1863 iyang gipulihan si William Tecumseh Sherman sa pagmando sa XV Corps; ug sa
Gubat sa Atlanta (Hulyo 22, 1864), human sa kamatayon sa James B. McPherson sa panahon sa adlaw, siya giisip nga mando sa Army sa Tennessee. Wala madugay human niana siya gipulihan ni Oliver O. Howard. Siya mibalik sa Illinois alang sa 1864 eleksyon apan mibalik sa kasundalohan human niana ug nagsugo sa iyang XV nga mga lawas sa Sherman's Carolinas Campaign.