Sa 11 Abril 2017, tulo ka mga pagbuto nahitabo duol sa team sa bus sa iyang dalan ngadto sa usa ka Champions League match batok sa AS Monaco sa Signal Iduna Park. Ang tigdepensa nga si Marc Bartra nasamdan, ug gidala sa ospital. Dortmund miadto sa mawad-an sa duwa 2 sa 3 sa AS Monaco. Ang manedyer sa Dortmund, si Thomas Tuchel, nagbasol sa kapildihan ingong resulta sa walay-alamag nga desisyon sa UEFA. Ang UEFA mipadayon sa pag-ingon nga ang team wala magdumili sa pagdula, ug nga ang desisyon gihimo sa pagsunod sa club ug lokal nga pagpatuman sa balaod. Sa ikaduha nga tiil, Dortmund miadto sa mawad-an sa 1<unk>3, sa pagbiya sa aggregate nga puntos sa 3<unk>6, ug nakakita kanila giwagtang gikan sa UEFA Champions League niadtong tuiga. Sa 26 Abril, Dortmund nadaog Bayern Munich 3<unk>2 sa Munich sa pag-uswag ngadto sa 2017 DFB-Pokal Final
, ang ikaupat nga sunodsunod nga final sa Dortmund ug ikalima sa unom ka panahon. Sa 27 Mayo, Dortmund midaog sa 2016-17 DFB-Pokal 2-1 batok sa Eintracht Frankfurt uban sa mananaog nga gikan sa usa ka silot nga giilisan ni Pierre-Emerick Aubameyang.