Isulat ang pagpadayon niining parapoha - Si Emory nagsilbi ingong komandante sa brigada sa Army of the Potomac niadtong 1862, ug gibalhin ngadto sa Western Theater. Siya gipromot sa pagka-brigadier general sa mga boluntaryo niadtong Marso 17, 1862. Sa ulahi iyang gimandoan ang usa ka dibisyon sa kampanya sa Port Hudson. Siya sa ulahi mibalik sa East ingon nga ang komandante sa Nineteenth Corps, nag-alagad sa tanan nga mga dagkong mga gubat sa Shenandoah Valley Campaign sa 1864
, ilabi na sa Battle of Cedar Creek, diin ang mga lihok ni Emory nakatabang sa pagluwas sa kasundalohan sa Unyon gikan sa usa ka mabangis nga kapildihan hangtod sa pag-abot ni Maj. Gen. Philip Sheridan.