Sa Disyembre 1944, samtang ang kombinadong mga puwersa sa Pilipinas ug Amerika nagpadayon sa ilang pag-uswag sa pagluwas sa Pilipinas gikan sa mga puwersa sa Hapon, ang gobyerno sa Ikaduhang Republika sa Pilipinas, nga naglakip kang Aquino, gibalhin ngadto sa Baguio. Sa ulahi, kini gipadpad ngadto sa Hapon diin, uban sa ubang mga opisyal, ang mga membro niini gidakop ug gibilanggo sa Sugamo Prison sa dihang misurender ang mga Hapon
. Sa Agosto 25, 1946, si Aquino gipadala balik ngadto sa Pilipinas alang sa iyang paghusay sa mga sumbong sa pagbudhi sa Hukmanan sa Katawhan; pipila ka semana sa ulahi siya gibuhian sa bail.