Kompletoha ang mosunod nga mga pulong: Happer miadto sa medikal nga furlough sa 1855 ug ang
Ang Ikaduhang Gubat sa Anglo-Tsino nagpaabot sa pagbalik sa Happer gikan sa furlough hangtod sa 1859. Hinuon, human sa gubat, ang mga pakigsaad nga gihimo sa gubat nagpasiugda sa gawasnon ug walay-limitasyon nga pag-adto sa Canton. Kini mitultol sa pagdaghan sa mga misyonaryo ngadto sa Canton uban sa nagkadaghan nga mga nakombertir sa Kristiyanidad. Sa katuigang 1860, gitukod ni Happer ang First Presbyterian Church, daghang boarding ug day school, ug usa ka training school nga nagserbisyo sa mga magwawali, magtutudlo, ug mga colporteur sa Canton. Si Happer nag-alagad ingong pastor sa First Presbyterian Church sa Canton, nga natukod sa 1862. Pinaagi sa pagtukod ug daghang matang sa mga serbisyo sa edukasyon, natuman ni Happer ang iyang misyon sa pagdala sa Kristohanong taas nga edukasyon ngadto sa Tsina, bisan tuod ang kadaghanan sa mga estudyante sa tunghaan sa pagbansay naglakip niadtong nagtrabaho alang sa simbahan. Aron makaabot sa mga lider sa gobyerno sa Tsina pinaagi sa kanasoranong edukasyon, gikan sa 1865 ug 1867, si Happer nagdumala sa Interpreter's College sa gobyerno sa Tsina sa Canton ug nagtudlo ug Ingles ug matematika sa mga estudyante nga misulod sa mga serbisyo sa gobyerno ingong langyaw nga mga espesyalista. Pinaagi sa pagpaila sa Kristohanong mga pagtulon-an diha sa iyang mga kurso, iyang gipadayon ang iyang misyon sa pag-ebanghelyo ug nakita ang hinayhinay nga pagtubo sa mga Presbyteriano sa Canton. Kini gipaluyohan sa estadistika nga gitaho gikan sa Canton Mission nga sa 1866: 147 ka indibiduwal ang naitala sa mga tunghaan sa misyon.