Pagpadayon niining parapoha - Tungod sa pagbulag sa napulo ug usa ka estado sa Habagatan ug sa pagsugod sa Gubat Sibil, si Miller miduyog sa Union Army. Sa Agosto 27, 1861, si Gobernador Oliver P. Morton nagkomisyon kang Miller isip Koronel sa 29th Indiana Infantry. Human sa pagbansay, ang regimiento giasayn sa Kirk's Brigade sa Alexander M. McCook's division sa Buell's Army of the Ohio ug nagmartsa ngadto sa Tennessee. Si Miller nakakita ug aksiyon sa ikaduhang adlaw sa Gubat sa Shiloh
, maingon man sa misunod nga Paglikos sa Corinto. Si Miller mitultol sa iyang regimiento latas sa amihanang Alabama ug Tennessee ug naggukod kang Braxton Bragg latas sa Kentucky. Si Miller nagmando sa usa ka brigada ubos ni James Negley panahon sa Battle of Stones River sa ulahing bahin sa Disyembre 1862. Sa ikaduhang adlaw sa gubat, si Miller maoy nanguna sa kontra-atake sa mga Pederal sa tabok sa Stones River nga mibalik sa pag-atake ni John C. Breckinridge. Niining maong pag-atake si Miller nasamdan sa liog.