Paglabay sa mga katuigan, human sa ilang panimpalad sa Madagascar, ang mga hayop sa zoo - si Alex, Marty, Melman, Gloria, ang mga penguin nga si Skipper, Kowalski, Rico, ug Private, ug ang mga chimpanzee nga si Mason ug Phil - nag-andam sa pagbalik sa New York sakay sa usa ka nahugno nga ayroplano nga gipilota sa mga penguin, kauban sa mga lemur nga si King Julien XIII ang ring-tailed lemur, Maurice ang aye-aye, ug Mort ang mouse lemur. Ang ayroplano naubos sa gasolina ug nahulog sa kontinental nga Africa. Ang mga hayop nakakaplag sa ilang kaugalingon sa usa ka tubod sa pag-inom sa usa ka reserve sa kinaiyahan, ug nalipay sa pagtagbo sa uban sa ilang mga species. Si Alex nakigkita pag-usab sa iyang mga ginikanan ug nakadayeg kanila sa mga istorya sa iyang kahimtang ingon nga "ang Hari sa New York". Si Marty nakig-estorya sa usa ka panon sa uban pang mga zebra nga tan-awon ug tunog sama kaniya. Si Melman, usa ka hypochondriac, naglisod, nga wala
ang lalaki nga hippopotamus nga daling makigsulti