- Sa Mayo 1st, ang regimiento nakig-away sa Battle of Port Gibson
, diin kini ug ang ika-3 nga Missouri Infantry Regiment misulong sa linya sa Unyon sa pagsulay sa pag-atubang sa giladlad nga kilid sa kaaway. Bisan pa niana, ang duha ka regimiento nakalimtan sa pag-igo sa linya sa Union sa kilid, ug sa baylo miigo sa usa ka lugar nga adunay mas dako nga suporta. Human sa grabeng pagpakig-away, ang duha ka regimiento napugos sa pag-atras. Sa Mayo 16, ang regimiento miapil sa dakong pagsulong sa Battle of Champion Hill. Ang Confederate charge sa Champion Hill nakakuha sa duha ka importante nga battlefield bahin, apan Union reinforcements ug usa ka kakulang sa mga bala gipugos sa mga tawo sa pag-atras. Human malaglag sa Battle of Big Black River Bridge niadtong Mayo 17, ang regimiento misulod sa depensa sa Vicksburg, Mississippi. Sa panahon sa Siege sa Vicksburg ang regimiento mitabang sa pagsanta sa mga pag-atake sa Unyon sa Mayo 19 ug 22. Sa Hunyo 25 ug Hulyo 1, ang regimiento misupak sa mga pagsulay sa Union sa pagbungkag sa mga linya sa Confederate pinaagi sa pag-detonate sa itom nga pulbos sa ilalom sa mga buhat sa depensa sa Confederate. Ang Confederate garrison sa Vicksburg misurender niadtong Hulyo 4, ug ang mga lalaki sa 5th Missouri Infantry gipagawas. Human sa pagbayloay, ang 5th Missouri Infantry gihiusa sa 3rd Missouri Infantry aron sa pagporma sa 3rd ug 5th Missouri Infantry Regiment (Consolidated); ang 5th Missouri Infantry mihunong sa paglungtad ingon nga usa ka bulag nga yunit.