Ang pagmando sa mga Ayyubid (ug independensya) natapos uban sa pag-atake sa mga Mongol sa Syria niadtong 1260, diin ang mga Mongol nga gipangulohan ni Kitbuqa misulod sa siyudad niadtong Marso 1, 1260, uban sa Hari sa Armenia, si Hethum I, ug ang Prinsipe sa Antioquia, Bohemond VI; busa, ang mga lungsoranon sa Damasco nakakita sa unang higayon sulod sa unom ka siglo nga tulo ka Kristohanong mga potentado ang nagsakay sa kadaogan sa ilang kadalanan. Apan, human sa kapildihan sa mga Mongol sa Ain Jalut
sa Septyembre 3, 1260, Damasco nakuha lima ka adlaw sa ulahi ug nahimong ang lalawigan nga kapital sa Mamluk Sultanate, gimandoan gikan sa Ehipto, human sa Mongol pag-atras. Human sa ilang kadaogan sa Battle of Wadi al-Khaznadar, ang mga Mongol nga gipangulohan ni Ghazan milikos sa siyudad sulod sa napulo ka adlaw, nga misurender tali sa Disyembre 30, 1299, ug Enero 6, 1300, bisan tuod ang Citadel niini misukol. Dayon mibiya si Ghazan uban sa kadaghanan sa iyang mga puwersa sa Pebrero, tingali tungod kay ang mga kabayo sa Mongol nagkinahanglan ug pagkaon, ug mibiya ug mga 10,000 ka mangangabayo ubos sa Mongol nga heneral nga si Mulay. Sa mga Marso 1300, si Mulay mibalik uban sa iyang mga mangangabayo ngadto sa Damasco, dayon misunod sa Ghazan balik tabok sa Eufrates. Niadtong Mayo 1300, ang mga Mamluk sa Ehipto mibalik gikan sa Ehipto ug miangkon pag-usab sa tibuok dapit nga walay gubat. Sa Abril 1303, ang mga Mamluk nakahimo sa pagbuntog sa kasundalohan sa Mongol nga gipangulohan ni Kutlushah ug Mulay uban sa ilang mga kaalyado sa Armenia sa Gubat sa Marj al-Saffar, aron matapos ang mga pagsulong sa Mongol sa Levant. Sa ulahi, ang Black Death sa 1348<unk>1349 mipatay ug katunga sa populasyon sa siyudad.