Sa ika-16 nga siglo, sa panahon sa pagsakop sa Espanya sa Guatemala, ang baybayon sa lanaw mao ang talan-awon sa usa ka gubat diin ang mga Espanyol ug ang ilang Kaqchikel nga mga kaalyado nagdaog sa mga Tz'utujils. Human sa pagsakop sa Espanya sa Guatemala
, ang mga Franciscan nagtukod ug simbahan ug monasteryo sa Panajachel sa wala madugay human niana, ug gigamit ang lungsod ingon nga usa ka sentro sa pag-convert sa mga lumad sa rehiyon ngadto sa Romanong Katoliko nga pagtuo. Ang orihinal nga atubangan sa simbahan nagbarog gihapon ug giisip nga usa sa mga mutya sa kolonyal nga estilo sa Guatemala.