Kompletoha ang mosunod nga mga pulong: Ang isla gisakop sa mga Hapones sa sayong bahin sa 1942. Ang habagatang kapatagan sa Morotai giilog sa mga puwersa sa Amerika niadtong Septiyembre 1944 panahon sa Gubat sa Morotai.
Ang gubat sa Morotai, ug gigamit isip usa ka punto sa pag-instalar alang sa Allied invasion sa Pilipinas sa sayong bahin sa 1945, ug sa Borneo sa Mayo ug Hunyo niadtong tuiga. Ang Hapones nga sundalo nga si Teruo Nakamura nadiskobrehan sa Morotai jungle niadtong 1974, ingong usa sa mga Hapones nga sundalo sa Gubat sa Kalibotan II nga nagpabiling lig-on human sa pagsurender sa Haponong militar.