Isulat ang pagpadayon niining parapoha - Sa 1282 ang Skopje nasakop ni Serbian nga hari nga si Stefan Milutin. Ubos sa politikal nga kalig-on sa Nemanjić nga pagmando, ang pagpuyo mikaylap sa gawas sa mga paril sa kuta, paingon sa Gazi Baba nga bungtod. Ang mga simbahan, monasteryo ug mga merkado gitukod ug ang mga negosyante gikan sa Venice ug Dubrovnik nagbukas ug mga tindahan. Ang lungsod nakabenepisyo pag-ayo tungod sa iyang nahimutangan duol sa merkado sa Uropa, Tunga'ng Sidlakan, ug Aprika. Sa ika-14ng siglo, ang Skopje nahimong hinungdanon kaayong siyudad nga gihimo ni Haring Stefan Dušan nga kapital sa Imperyo sa Serbia. Sa 1346, siya gikoronahan ingong "Emperador sa mga Serbo ug mga Grego" sa Skopje. Human sa iyang kamatayon ang Imperyo sa Serbia nahugno ngadto sa pipila ka mga prinsipe nga dili makabarog batok sa mga Turko. Skopje unang napanunod sa Ginoo sa Prilep ug sa katapusan gikuha sa Vuk Branković human sa Gubat sa Maritsa
(1371) sa wala pa mahimong bahin sa Ottoman nga Imperyo sa 1392.