Kompletoha ang mosunod nga mga pulong: Sa panahon sa ikaduhang tuig ni Latimer sa mga pagtuon, ang Gubat Sibil miulbo ug si Latimer mibiya sa VMI aron sa pag-alagad sa Southern Confederacy. Siya unang nag-alagad ingon nga kadete drillmaster alang sa Richmond Hampden Artillery sa panahon sa tingpamulak ug ting-init sa 1861. Sa tingdagdag, siya gi-commission ingon nga usa ka unang tinugyanan ug nakakita sa aksyon uban sa Maj. Gen. Richard S. Ewell's division sa Shenandoah Valley Campaign sa 1862. Human sa pagpalabi sa iyang kaugalingon uban sa iyang mga baterya sa maong mga gubat sama sa
Una sa Winchester ug Cedar Mountain, si Latimer gipataas sa mando sa batalyon nga kanhi iya ni A. R. Courtney. Human sa pagmando sa batalyon sa Fredericksburg sa Disyembre 1862, si Latimer gipataas ngadto sa mayor sa Marso 1863. Si Ewell nagtumong kaniya ingong "Batan-ong Napoleon", apan ang iyang mga kaubang tawo naghisgot sa iyang pagkabatan-on ug gamay, gamayng gitas-on pinaagi sa pagtawag kaniya nga "Boy Major". Siya nahimong opisyal sa Major Richard Snowden Andrews's Battalion sa Major General Edward "Allegheny" Johnson's Division.