Siya natapos sa iyang playing career uban sa Austrian club Red Bull Salzburg, diin siya unya mikuha sa dili-playing papel sa mga reserba team coach ug sa katapusan nahimong assistant manager ubos sa team manager Ricardo Moniz. Sa Enero 2013, Kovač gikuha sa Croatia national under-21 team ug sa Oktubre 2013 siya mikuha sa Croatia senior team human sa pagbiya sa Igor Štimac. Kovač gidumala Croatia sa 2014 FIFA World Cup, unya nahimong ulo nga coach sa Eintracht Frankfurt sa 2016, nagdaog sa 2018 DFB-Pokal Final
uban sa club. Sa Bayern, si Kovač nakadaog sa domestic double sa 2019 human sa usa ka lig-on nga pagtapos sa panahon, apan nawad-an sa iyang trabaho sa ulahi sa mao gihapon nga tinghunlak. Sa ting-init sa 2020, si Kovač gitudlo nga manedyer sa Monaco.