Pagkahuman nga ang mga barko sa Virginia gihiusa sa Confederate Navy, si Barron gihatagan og komisyon ingong komandante ug gitudlo nga pangulo sa Office of Orders and Details niadtong Hunyo 10. Barron magpabilin sa maong post hangtud sa Hulyo 20, sa diha nga Confederate Secretary sa Navy Stephen R. Mallory miuyon sa hangyo sa Barron nga iasayn ingon nga komandante sa baybayon sa mga depensa sa Virginia ug North Carolina, usa ka importante nga pantalan alang sa Pamlico Sound-based Confederate privateers. Sa pag-abot sa iyang hedkuwarter sa Fort Hatteras niadtong Agosto 28, si Barron nagmando sa pagpanalipod sa duha ka kuta sa Hatteras
ug Clark batok sa Union Flag Officer nga si Silas H. Stringham panahon sa Battle of Hatteras Inlet niadtong Agosto 28-29. Si Barron nadakpan human sa pagsurender sa duha ka kuta. Gipahigayon sa Fort Columbus sa Governors Island sa dunggoanan sa New York, dayon sa Ft. Warren, Boston harbor, si Barron sa kataposan gibuhian diha sa usa ka pagbayloay sa mga binilanggo sa sunod tuig.