Pado tahun 1856 Kekulé manjadi Privatdozent di Universitas Heidelberg. Pado tahun 1858 inyo diangkek sabagai profesor aktif di Universitas Ghent, kamudian pado taun 1867 inyo diundang ka Bonn, di mano inyo manatap salamo kariernyo. Manuruik pandapek-pandapeknyo pado urang-urang nan sabalunnyo sarupo Williamson, Edward Frankland, William Odling, Auguste Laurent, Charles-Adolphe Wurtz jo nan lainnyo, Kekulé adolah pambantu utamo dari teori struktur kimia (1857<unk>58). Teori iko barasa dari gagasan valensi atomik, tarutamo tetravalensi karbon (nan Kekulé mangumumkan akhia taun 1857) jo kamampuan atom karbon untuak mahubungkan satu sama lain (nan diumumkan dalam sabuah makalah nan ditabikan pado taun 1858), Kekulé dapek digunoan sacaro langsuang untuak manantukan ikatan dari sado atom dalam molekul organik. Namun pado awalnyo, di antaro para ahli kimia nan alah alah manggunoan teori struktur molekuler nan disabuik sabagai teori struktur organik, indak ado bukti nan dapek diandalkan sacaro langsuang untuak manantukan kato-katoan struktur molekuler, sahinggo pado wakatu itu
bantuak kimia