El 1958, Alam es va unir a la Comissió d'Energia Atòmica del Pakistan com a investigador, i va ser dirigit a unir-se a l'Institut de Ciència i Tecnologia Nuclear (PINSTECH), el laboratori nacional de Nilore, el 1970. Durant la guerra amb l'Índia
El 1971, Alam es va interessar per la computació i les matemàtiques, escrivint breument un programa d'ordinador mentre treballava en problemes relacionats amb la lògica i les matemàtiques. Alam va ser instrumental en l'establiment del departament d'informàtica a l'Institut de Ciència i Tecnologia Nuclear abans de passar a unir-se a la Divisió de Física.