L'autòpsia es va dur a terme més tard el matí de la mort de McKinley; Mann va dirigir un equip de 14 metges. Van trobar que la bala havia passat a través de l'estómac, després a través del còlon transversal, i va desaparèixer a través del peritoni després de penetrar en un racó del ronyó esquerre. També hi va haver danys a les glàndules suprarenals i al pàncrees. Mynter, que va participar en l'autòpsia, més tard va declarar la seva creença que la bala es va allotjar en algun lloc en els músculs de l'esquena, tot i que això és incerta ja que mai es va trobar. Després de quatre hores, Ida McKinley va exigir que la fin de l'autòpsia.
19 de setembre