Completa la següent frase: El setembre de 1796, Johnston va ser nomenat ajudant de camp del governador John Hunter, i el 1800 va rebre el seu rang de major. En el mateix any, Johnston va ser arrestat pel tinent governador William Paterson per càrrecs de "pagar esperits a un sergent com a part del seu salari i desobediència a les ordres". Johnston es va oposar al judici per cort marcial a la colònia, i Hunter el va enviar a Anglaterra. Allà, les dificultats de dur a terme un judici amb testimonis a Austràlia van portar a la suspensió del procés, i Johnston va tornar a Nova Gal·les del Sud el 1802. El 1803 Johnston va prendre el comandament temporal del Cos de Nova Gal·les del Sud durant la malaltia de Paterson, i es va involucrar en el conflicte entre King i els militars. El març de 1804 va actuar amb decisió quan al comandament de l'exèrcit enviat contra alguns
presoners que s'havien rebel·lat a Castle Hill. Quan Paterson va ser enviat a Port Dalrymple, Johnston va esdevenir comandant del Cos de Nova Gal·les del Sud.