Hughes va néixer el 8 de gener de 1853, a Solina, prop de Bowmanville, en el que llavors era Canadà Oest. Era fill de John Hughes de Tyrone, Irlanda, i Caroline (Laughlin) Hughes, una canadenca descendent dels hugonots i els escocesos de l'Ulster. Va ser educat al Comtat de Durham, Ontario i més tard va assistir a l'Escola Normal de Toronto i a la Universitat de Toronto. El 1866 es va unir al 45è Batalló d'Infanteria de West Durham i va servir durant les incursions fenianes.
en els anys 1860 i 1870. Durant tota la seva vida, Hughes va estar molt involucrat en la milícia, assistint a totes les sessions d'entrenament, i prenent tir amb un rifle en el seu temps lliure per millorar la seva mira. Un tirador excel·lent amb un rifle, Hughes era actiu en clubs d'armes i finalment es va convertir en president de l'Associació de Rifles Dominion. A Hughes li agradava veure's a si mateix com l'encarnació dels valors victorians del treball dur, l'autodisciplina, la força i la virilitat. Alt, musculós i d'espatlles amples, Hughes va sobresseguir en esports, sent especialment talentós en lacrosse. Més tard va afirmar, a la revista britànica "Who's Who", que havia "oferit personalment reclutar" contingents canadencs per al servei en "les campanyes d'Egipte i Sudan, la Guerra de la Frontera afganesa i la Guerra del Transvaal".