Calonji va servir com a delegat del Cartell Katanga (una aliança entre FEDEKA, BALUBAKAT i ATCAR) a la Conferència de la Taula Rodona Belgo-Congolesa a principis de 1960. Posteriorment va dirigir l'oficina del cartell a Bèlgica durant diversos mesos i va assistir a la Conferència de la taula rodona econòmica com a observador. Al maig va ser elegit diputat provincial a la província de Katanga i després el 12 de juny com a senador en un bitllet FEDEKA no habitual. Kalonji va deixar el primer càrrec per ocupar-se del segon. El primer ministre Patrice Lumumba el va nomenar com a comissari d'Estat per a la província de Kasaï en el primer govern de la República Democràtica del Congo independent. El Senat va rebutjar tots els candidats de Lumumba per a comissari estatal amb el motiu que els governs provincials no havien estat adequadament consultats sobre les seleccions. Mentre el país entrava en crisi
La posició de Kalonji en la política nacional es va tornar feble a causa de la seva etnicitat mixta i el fet que es va adherir a les creences de Lumumba. Es va oposar a la secessió de Katangese. A l'octubre va ser nomenat membre d'una comissió reunida per Lumumba (aleshores destituït) encarregada de gestionar les seves relacions amb l'Operació de les Nacions Unides al Congo.