Wegener va obtenir un lloc com a meteoròleg a l'Observatori Naval Alemany (Deutsche Seewarte) i es va traslladar a Hamburg amb la seva dona i les seves dues filles. El 1921 va ser nomenat professor sènior a la nova Universitat d'Hamburg. De 1919 a 1923 Wegener va fer un treball pioner en la reconstrucció del clima de les èpoques passades (ara coneguda com a "paleoclimatologia"), en estreta col·laboració amb Milutin Milanković, publicant Die Klimate der geologischen Vorzeit (<unk> Els climes del passat geològic) juntament amb el seu sogre, Wladimir Köppen, el 1924.
la seva dona i les seves dues filles