Completa la següent frase: El 1985, la mala salut (especialment l'artritis severa de l'esquena) va fer que Kubelík es retirés de la direcció a temps complet, però la seva carrera com a director de orquestra va continuar.
La caiguda del comunisme al seu país natal el va portar a acceptar una invitació de 1990 per tornar a dirigir la Filarmònica Txeca al festival que havia fundat, el Festival de Primavera de Praga. Va enregistrar "Má Vlast" de Smetana en directe amb la Filarmònica Txeca per a Supraphon, el seu cinquè enregistrament de la peça. També va enregistrar la Simfonia "Praga" de Mozart i la Simfonia "Món Nou" de Dvořák al festival. Durant el repetició del "Món Nou", va dir a la Filarmònica Txeca: "Estic content d'escoltar això. Sempre he volgut que sonava així, però mai ho he trobat amb cap altra orquestra del món. Aquesta [nota] de vuitena és genial!"