El 20 d'agost, Higuaín va marcar el gol de la victòria en el seu debut a la Juventus en el seu primer partit contra la Fiorentina en una victòria a domicili de 2 a 1. El 10 de setembre, va marcar un brace en una victòria a casa 3 a 1 sobre el Sassuolo. El 29 d'octubre, va marcar el gol de la victòria contra el seu antic equip, el Napoli, però no va celebrar el seu gol, en una victòria a domicili de 2 a 1. El 5 d'abril de 2017, Higuaín va marcar dos gols contra el Napoli a la segona semifinal de la Copa d'Itàlia 2016-17 per posar a la Juventus a la final 5-4 en total, malgrat una derrota de 3-2. La setmana següent, es va convertir en el primer jugador en marcar més de 20 gols en la seva temporada de debut per a la Juventus des que John Charles i Omar Sívori havien aconseguit la mateixa gesta durant la Serie A 1957-58.
temporada, quan va marcar un brace contra el Chievo. El 15 d'abril, Higuaín va marcar ambdós gols en una victòria de 2 a 0 contra Pescara, que va incloure el seu gol número 200 a Europa. El 3 de juny, Higuaín va debutar a la final de la Lliga de Campions, però la Juventus va ser derrotada 4 a 1 pel campió defensor Real Madrid; va marcar l'egalitzador temporal de Mario Mandžukić a la primera meitat.