Escriu una continuació per a aquest paràgraf - Nikephoros va néixer el 1002 de Michael Botaneiates i la seva dona, membres de la família Botaneiates, una família militar destacada del Tem Anatòlic. Segons Ataleiates, l'avi de Nikephoross, Nikephoros, i el seu pare, Michael, van servir com a comandants sota Basile II (Basilio II) durant les seves campanyes contra els georgians i la seva conquesta de Bulgària.
Attaleiates és l'única font que dóna aquesta informació. Ataleiates també afirma que la família Botaniati estava relacionada amb l'emperador bizantí Nicèfor II Focas i la família Focas. Això va ser gairebé segurament utilitzat per Nikephoros per afegir legitimitat al seu govern posterior, i això és corroborat per Psellos, que diu a Nikephoros III "Phocas" en la seva reproducció de la carta de l'emperador bizantí Miquel VII Doukas a ell. En una data desconeguda, Nicèfor es va casar amb una dona anomenada Vevdene, però més tard es va casar amb Maria d'Alania, l'antiga esposa de Miquel VII. Sembla que va tenir almenys un fill amb Vevdene, com Anna Komnene esmenta el seu nét a la "Alexiada". Es coneix poc més de la vida de Nikephoross abans de 1053, a part del fet que va servir com a comandant sota l'emperador Constantí IX Monomaco durant la revolta peceneg de 1048-1053.