En 1995 Jugović va ser comprat a Sampdoria per la Juventus, l'entrenador en aquell moment era Marcello Lippi. En la seva primera temporada, la Juventus va acabar com a subcampió de la Serie A. En la Final de la Lliga de Campions de la UEFA de 1996, va entrar com a substitut d'Antonio Conte i va marcar el penal decisiu per a la Juventus contra l'Ajax, després d'un empate 1 a 1 després de la pròrroga. En una entrevista de 2017 amb "Goal.com", va recordar que es va sentir tranquil abans de prendre la penalització contra el portier de l'Ajax Edwin van der Sar. Després del seu paper en la victòria de la Lliga de Campions, Jugović va jugar per a la Juventus durant una temporada més, durant la qual va participar a la Copa Intercontinental de 1996.
, que la Juventus va guanyar 1-0 sobre Riverplate. Aquella temporada, la Juventus va guanyar el títol de la Serie A 1996-97, després de la qual Jugović va marxar a Lazio. En total, va fer 77 aparicions per al club amb seu a Turí, marcant 10 gols.