Escriure una continuació per a aquest paràgraf - La major part de la seva producció compositiva data del seu retorn a Itàlia, i només un grapat de composicions d'atribució dubtosa es remunten a la seva permanència a Alemanya. El seu gènere principal era el ballet, però és difícil formular un judici sobre la qualitat de la seva producció, ja que la majoria de la seva música no va sobreviure i es coneixen pocs judicis de la crítica de la seva època. Entre 1775 i 1777 va escriure sis ballets, i el 1778 dos ballets per al Teatro Comunale de Florència i una òpera per a Stuttgart. El 1779 es va convertir en concertista i director del Teatro alla Scala, càrrec que va mantenir durant 23 anys. Entre 1783 i 1788 va escriure set ballets per a La Scala, i en el mateix període també va ser concertista al Pio Istituto de 'Professori di Musica. El 1797, sota l'ocupació francesa
, va escriure un ballet d'inspiració republicana. El 1802 va ser arbitre en una controvèrsia entre la direcció del teatre i l'orquestra. El 1803 va deixar la seva posició a La Scala, on va ser reemplaçat per Alessandro Rolla. Baillou va morir a Milà el 1804 i va ser enterrat al Cimitero di San Gregorio, demolit a finals del segle XIX. El seu darrer ballet, "La disfatta di Abderamo", es va estrenar pòstumament el 1809. Diversos dels seus fills i néts es van convertir en músics i van treballar a La Scala.