Després d'una breu pausa, el Bayern va començar la nova temporada guanyant la Supercopa de la UEFA
per segona vegada en la seva història. En un partit molt disputat, el Bayern va derrotar al Sevilla 2 a 1 després de la pròrroga, amb Javi Martínez marcant el gol de la victòria. El febrer de 2021, van guanyar la Copa del Món de Clubs de la FIFA 2020 (posposposada de desembre de 2020 a causa de la pandèmia COVID-19) després de derrotar els campions africans Al Ahly SC 2<unk>0 per un brace de Robert Lewandowski, i després de guanyar a la final contra l'equip mexicà Tigres UANL 1<unk>0 després d'un gol de Benjamin Pavard i es va convertir en el segon club en guanyar el sextuple, després que el Barcelona el guanyés el 2009. Més tard, el Bayern no va poder defensar el seu títol de la Lliga de Campions després de ser eliminat pel PSG als quarts de final. No obstant això, va aconseguir guanyar el seu novè títol de Bundesliga consecutiu. Durant la temporada, Robert Lewandowski va batre el rècord de Gerd Müller pel nombre de gols marcats en una temporada de la Bundesliga després de marcar 41 vegades.