Escriure una continuació per a aquest paràgraf - En la dècada de 1580, el conflicte als Països Baixos va portar Anglaterra a la guerra amb Espanya, creant una nova amenaça per a la navegació espanyola. L'esforç per neutralitzar aquesta amenaça va conduir a un desastrós intent d'envair Anglaterra el 1588.
L'any següent va aconseguir retornar l'equilibri entre els bel·ligerants. La derrota de 1588 va portar a una reforma de les operacions de la flota. La marina en aquest moment no era una sola operació, sinó que consistia en diverses flotes, compostes principalment de mercants armats amb escortes de vaixells reials. El fiasco de l'Armada va marcar un punt d'inflexió en la guerra naval, on l'artilleria era ara més important que l'impacte i l'embarcament i així els vaixells espanyols van ser equipats amb canons navals construïts específicament. Durant la dècada de 1590, l'expansió d'aquestes flotes va permetre un gran augment en el comerç d'ultramar i un augment massiu en la importació de luxes i plata. No obstant això, les defenses portuàries inadequades van permetre que una força anglo-holandesa ataqués Cadis el 1596, i tot i que no va tenir èxit en el seu objectiu de capturar la plata del comboi que acabava de tornar, va ser capaç d'infligir un gran dany a la ciutat. Les defenses del port de Càdiz van ser actualitzades i tots els intents de repetir l'atac en els segles següents fracassarien.