Sota el nou entrenador del Napoli, Maurizio Sarri, Hamšík va tornar a jugar com a migcampista central a l'esquerra en el migcamp de tres homes del Napoli per a la temporada 2015-16, que va descriure com el seu paper preferit. El 23 d'agost de 2015, Hamšík va marcar el gol d'obertura en una derrota de 2 a 1 a Sassuolo en el partit d'obertura de la temporada de la Serie A
- No. El 17 de setembre, va marcar en una victòria per 5 a 0 contra el Club Brugge a la fase de grups de l'Europa League. Va fer la seva 300a aparició a la Sèrie A el 6 de gener de 2016, marcant en una victòria a casa 2 a 1 sobre el Torino. En el següent partit de lliga, el 10 de gener, va fer la seva 300a aparició a la Serie A pel Napoli en una victòria de 5 a 1 sobre el Frosinone, ja que el Napoli va acabar la primera meitat de la temporada com a "campions d'hivern" no oficials. Va marcar l'ocasió marcant un gol, el seu 80è a la Serie A, tots ells amb el Napoli.