En 1880, mentre treballava a l'hospital militar de Constantí, Algèria, va descobrir que la causa de la malària és un protozoari, després d'observar els paràsits en una mostra de sang presa d'un pacient que acabava de morir de malària. Va trobar que l'organisme causant era un protozoari que va anomenar Oscillaria malariae, però més tard va canviar el nom a Plasmodium. Aquesta va ser la primera vegada que es va demostrar que els protozoars eren una causa de malaltia de qualsevol tipus. El descobriment va ser, per tant, una validació de la teoria dels gèrmens de les malalties.
protozoari