Muzzi es va unir a l'Udinese durant la temporada 1999/2000, passant quatre temporades més amb la "zebrette"; en total, va jugar 103 partits per al club, va marcar 39 gols, va guanyar la Copa Intertoto de la UEFA de 2000, que va permetre a l'equip friulès classificar-se per a la Copa de la UEFA la temporada següent. Després va tornar a Roma per unir-se al Lazio per a la temporada 2003-04; tot i que no era un membre regular del primer equip, les seves actuacions sovint van resultar decisives en el camp, com ho demostra el seu gol que va permetre al Lazio evitar el relegament durant la temporada 2004-05; durant el seu temps amb el club, va guanyar la Copa d'Itàlia 2003-04, també va arribar a les semifinals de la Copa de la UEFA 2003-04, però es va perdre la Supercopa Italiana de 2004.
a Milà. El setembre de 2005, es va unir al Torino de la Serie B, i va ser un dels protagonistes del retorn de la "granata" a la primera divisió. La seva segona temporada amb el Torino, ara a la Serie A, va veure Muzzi marcar només 3 gols.