Assignat al grup de batalla del portaavions, el "Merrill" va ser desplegat de nou a l'Orient Mitjà el 1991. En el camí cap al Golf Pèrsic, el "Merrill" va participar en l'Operació Vigil de Foc el juny de 1991. Arribant a la regió després de l'alto el foc de la Guerra del Golf, el "Merrill" es va convertir en el vaixell insignia de les forces de la coalició de neteja de mines al Golf Pèrsic i va ser el segon vaixell de guerra que va visitar el port alliberat de la ciutat de Kuwait després de la invasió iraquiana.
- No. El 1992 va trobar a "Merrill" en marxa en un desplegament contra narcòtics a l'àrea d'operacions d'Amèrica Central. El setembre de 1992 el "Merrill" va ser enviat al vaixell naval de Long Beach per a una extensa revisió que va durar fins a finals de 1993. Aquesta revisió va consistir en actualitzacions dels panells de control dels sistemes de radar, un nivell complet afegit al vaixell per contenir els ordinadors de control CIWS instal·lats prèviament, i el més important, es va afegir RAM (Materi Absorbent de Radar) a tot el vaixell, un primer per a un destructor. Després de rebre l'avís del tancament previst de Long Beach, el USS Merrill es va traslladar a la Base Naval de San Diego el 1994 i va passar els següents mesos com a plataforma de prova en desplegament del material RAM, que va ser dissenyat per fer que el vaixell aparegués tan petit com un remolcador als radars.