En 1571, després d'iniciatives similars a diversos forts al llarg de la costa portuguesa, el rei Sebastià va ordenar la remodelació de la torre. En aquell moment, el fort va ser anomenat en honor de "São Brás" ("Sant Blau"), el sant patró dels artilleristes en la tradició portuguesa, i va canviar per honrar el jove rei (perdut a la Batalla d'Alcácer Quibir
) i Sant Sebastià. Sota la responsabilitat d'Afonso Álvares, el nou projecte va transformar la fortalesa en una fortalesa massiva, sent anomenada la "Forta de São Sebastião da Caparica" (). Entre 1580 i 1640 es va referir localment com a "Torre dos Castelhanos" ("Torre dels castellans"), on va ser remodellat estructuralment per satisfer els requisits de la dinastia filipina.