Després que els Estats Units entressin a la Segona Guerra Mundial, Ballentine va servir com a segon oficial al comandament del portaavions d'escorta USS "Long Island" del 26 de desembre de 1941 al 18 d'abril de 1942. Va ser ascendit a capità el 30 de juny de 1942. Ballentine va servir com a cap d'estat major del comandant del Grup de Treball 34.2, el contraalmirall Ernest D. McWhorter a bord durant la invasió aliada de l'Àfrica del Nord francesa.
al novembre de 1942.