Escriu una continuació per a aquest paràgraf - Löhr va succeir al General der Pioniere Walter Kuntze com a Comandant en Cap del 12è Exèrcit el 3 de juliol de 1942. Va ser nomenat Comandant de la Wehrmacht al sud-est d'Europa l'1 d'agost de 1942, i a partir del 28 de desembre de 1942 aquesta posició va ser re-designada com a Comandant en Cap al sud-est d'Europa. Les forces sota el seu comandament també van ser designades com a Grup d'Exèrcits E, i va ser nomenat com a seu comandant. En aquest paper, Löhr va controlar tots els comandaments subordinats al sud-est d'Europa, incloent el comandant general a Sèrbia (Paul Bader), el comandant militar a l'àrea Salònica-Egeu, el comandant militar al sud de Grècia, el comandant de Creta, el comandant naval al mar Egeu, el general plenipotenciari alemany a l'Estat Independent de Croàcia, el comandant general de les tropes alemanyes a Croàcia i l'ataixé militar a Sofia, Bulgària. Löhr va organitzar les quarta i cinquena ofensives
contra els partisans iugoslaus el 1943, durant el qual la majoria dels presoners, inclosos els ferits, van ser assassinats en el lloc. Com a comandant en cap del Grup d'Exèrcits E, Löhr va supervisar la campanya del Dodecanès. El 26 d'agost de 1944, amb els Aliats dirigint-se cap a Alemanya en tres fronts, Hitler va ordenar a Löhr que comencessin a evacuar el Grup d'Exèrcits E de Grècia i es desplacessin cap al nord per defensar la pàtria.