En 1973, l'administració de Bhutto va destituir el govern estatal al Balochistan, el que va donar lloc a un altre moviment separatista, que va culminar la sèrie d'accions de l'exèrcit a la província més gran del país que va acabar el 1977. Amb l'ajuda militar que va rebre de l'Iran, incloent la transferència del Bell AH-1 Cobra al Cos d'Aviació, el conflicte va acabar amb el govern pakistanès oferint amnistia general als separatistes en la dècada de 1980. Sobre la qüestió del conflicte de Baloch, l'exèrcit pakistanès es va mantenir involucrat en la guerra civil d'Oman en favor del govern d'Oman fins que els rebels van ser derrotats el 1979. La Comissió d'Investigació de Guerra va notar la manca d'una gran estratègia conjunta entre les quatre branques de l'exèrcit durant la primera, la segona i la tercera
les guerres amb l'Índia, recomanant l'establiment del Comitè Conjunt de Caps d'Estat Major per mantenir la comunicació militar estratègica entre els interservicis i el govern federal, que ha de ser presidit pel nomenat President dels Caps Conjunt com a principal assessor militar del govern. El 1976, el primer president de l'exèrcit va ser nomenat pel general Muhammad Shariff, però va dimitir un any després. El 1975, el primer ministre Zulfikar Ali Bhutto va reemplaçar controvertitment almenys set generals superiors de l'exèrcit per promoure el tinent general. Zia-ul-Haq al rang de quatre estrelles, nomenant-lo cap de l'Estat Major de l'Exèrcit (COAS) malgrat les recomanacions de l'exèrcit enviades al govern federal.