Seán Patrick O'Malley va néixer com a Patrick O'Malley el 29 de juny de 1944, a Lakewood, Ohio, fill de Theodore i Mary Louise (née Reidy) O'Malley. Tots dos pares eren d'ascendència irlandesa. O'Malley, la seva germana i el seu germà gran van créixer a South Hills de Pittsburgh i Reading, Pennsilvània. Als 12 anys, va entrar al Seminari Menor St. Fidelis a Herman, un internat per a estudiants que estaven considerant unir-se a l'ordre franciscà.
29 de juny de 1944