El Bayern va complir el desig de Guardiola de signar Thiago Alcântara del FC Barcelona i la primera temporada de Guardiola va començar bé amb el Bayern estenent una sèrie de partits de lliga sense derrotes de l'última temporada a 53 partits. La derrota final contra Augsburg va arribar dos dies després que el Bayern ja hagués guanyat el títol de lliga. Durant la temporada, el Bayern també havia guanyat altres dos títols, la Copa Mundial de Clubs de la FIFA i la Supercopa de la UEFA.
, aquest últim és l'últim gran trofeu que el club encara no havia guanyat. El Bayern també va guanyar la copa per completar el seu desè doble domèstic, però va perdre a la semifinal de la Lliga de Campions al Real Madrid. El 13 de març de 2014, el president del Bayern, Uli Hoeneß, va ser declarat culpable d'evasió d'impostos i condemnat a tres anys i mig de presó. Hoeneß va dimitir l'endemà. El vicepresident Karl Hopfner va ser elegit president el 2 de maig. Abans de la temporada 2014-15, el Bayern va contractar a Robert Lewandowski després que el seu contracte havia acabat al Borussia Dortmund, i va prestar a Xabi Alonso del Real Madrid. El Bayern també ha deixat que Toni Kroos marxi al Real. Les icones del club Bastian Schweinsteiger i Claudio Pizarro van marxar abans de la temporada 2015-16. En aquestes dues temporades, el Bayern va defensar el seu títol de lliga, incloent-hi un altre doble el 2015-16, però no va poder avançar més enllà de les semifinals de la Lliga de Campions. Tot i que el lideratge del club va intentar convèncer Guardiola per quedar-se, l'entrenador va decidir no prorrogar el seu contracte de tres anys.