En octubre de 2018 es va confirmar que Nakagami quedaria a LCR Honda en una màquina de especificació 2018 per a la temporada de MotoGP 2019
al costat del seu company d'equip Cal Crutchlow. En la primera meitat de la temporada va aconseguir regularment els 10 primers llocs, però un greu accident al TT holandès i una posterior lesió a l'espatlla va conduir a una caiguda de forma. Va optar per acabar prematurament la seva temporada després del seu Gran Premi de casa per sotmetre's a una cirurgia per reparar la seva espatlla danyada i recuperar-se abans de la temporada 2020. Va ser reemplaçat per les tres rondes finals per Johann Zarco, exiliat de KTM. Nakagami finalment va acabar la temporada en la 13a posició amb 74 punts, més del doble de la seva temporada de novell.