Completa la següent frase: Rowley va servir com a coronel del 13è Regiment d'Infanteria de Pennsilvània des del 25 d'abril de 1861 fins al 6 d'agost del mateix any. Després es va convertir en coronel del 102è Regiment d'Infanteria Voluntària de Pennsilvània. Va ser ferit a la
Batalla de Seven Pines, mentre liderava el seu regiment a l'Exèrcit del Potomac. Va dirigir (breument) una brigada al VI Cos a la Batalla de Fredericksburg. Promogut al rang de general de brigada a partir del 29 de novembre de 1862, Rowley va comandar una brigada del I Cos a la Batalla de Chancellorsville. Era el comandant de la 3a Divisió, I Cos al començament de la Batalla de Gettysburg, mentre que el major general Abner Doubleday era el comandant del cos. (Chapman Biddle va dirigir la brigada de Rowley.) L'1 de juliol de 1863, la brigada va patir greus baixes enfrontant els confederats de la divisió del major general Harry Heth. Va ser llançat del seu cavall durant la retirada quan es va aturar a curt al rierol. Malalt d'una infecció de furúncules de la mida d'ous de gallina a la part interna dels muscles, tenia febre i era temperamental. Després d'una confrontació entre Rowley i el general de brigada Lysander Cutler sobre la conducta d'alguns dels oficials de la 7a Wisconsin, Cutler va presentar càrrecs d'embriaguesa l'abril de 1864. Amb menys de 24 hores per preparar una defensa per al judici, Rowley va ser condemnat per un tribunal marcial que l'autor John F. Krumwiede afirmava que era "falta d'imparcialitat i marxava al seu propi tambor". Tot i que va ser reincorporat per ordre del secretari de Guerra Edwin M. Stanton i el president Abraham Lincoln, a Rowley li va ser assignat només un comandament de districte a l'oest de Pennsilvània, a causa de la disputa entre el comandant de l'exèrcit general George G. Meade i l'actual comandant del cos general Gouverneur K. Warren. Blocat per les accions del general Darius N. Couch en l'intent d'aturar la invasió de 1864 de Pennsilvània pel general confederat Jubal Early, va dimitir de la seva comissió el 29 de desembre de 1864.