Escriu una continuació per a aquest paràgraf - No obstant això, Lima no estava lliure de perills. El 20 d'octubre
i el 2 de desembre de 1687, forts terratrèmols van destruir la major part de la ciutat i els seus voltants. Els brots de malalties i la manca d'aliments que van seguir al desastre van causar una reducció de la població a menys de 40.000 el 1692. Una segona amenaça era la presència de pirates i corsaris a l'Oceà Pacífic. Una expedició naval holandesa dirigida per Jacques l'Hermite va atacar el port de Callao el 1624, però va ser rebutjada pel virrei Diego Fernández de Córdoba. En la dècada de 1680, els bucaners anglesos van proliferar a les aigües del Pacífic fins que van ser derrotats pels comerciants de Lima el 1690. Com a mesura de precaució, el virrei Melchor de Navarra i Rocafull va construir les muralles de la ciutat de Lima entre 1684 i 1687.