Va estudiar a l'escola secundària de Dongola de 1964 a 1968. Va graduar-se a l'Acadèmia Militar del Sudan amb el rang de tinent el 1973. Va servir com a comandant de les Forces Especials de 1985 a 1987 i de nou de 1988 a 1989. Com a oficial de l'exèrcit, Saleh va participar en el juny de 1989 militar que va portar Omar al-Bashir al poder, i va servir com a membre del Consell de Comandament Revolucionari per a la Salvació Nacional, que va governar el Sudan després del cop d'Estat. Saleh va ocupar càrrecs destacats en les agències de seguretat sudaneses. Va ser director del Servei de Seguretat Nacional des de 1990 fins a 1995, ministre de l'Interior des de 1995 fins a 1998, primer ministre des de 1998 fins a 2000, primer ministre des de 2000 fins a 2005.
Primer vicepresident