En intentar tornar a Stirling després de la lluita, va ser detingut i enviat a la presó, on va romandre fins al juliol següent, quan va ser traslladat amb altres presoners a Edimburg, i confinat al cementiri de Greyfriars. Aquí, en un petit tros de terra amurallat, hi havia prop de quinze-cents presoners amb custòdia estricta, la majoria dels quals havien estat capturats després de la batalla de Bothwell
, i entre aquests Garnock es va esforçar per evitar que es presentessin a l'examen.