Durant la Segona Guerra de Schleswig de 1864, Werner va comandar una corbeta contra les forces navals daneses. Werner va lluitar amb distinció a la Batalla de Jasmund
, sota el comandament d'Eduard von Jachmann; El vaixell de Werner,, va ser greument danyat durant l'enfrontament i la seva tripulació va patir 13 baixes. Els danesos van bloquejar amb èxit el intent prussià de trencar el bloqueig danès, però, i els van obligar a tornar a Swinemünde. Werner i la resta de la flota estacionada allà van romandre al port durant la resta de la guerra.