Els primers 747-100 van ser construïts amb sis finestres de la coberta superior (tres per costat) per acomodar les zones de saló de la planta superior. Més tard, quan les companyies aèries van començar a utilitzar la coberta superior per a seients de passatgers de primera categoria en lloc d'espai de saló, Boeing va oferir una coberta superior de deu finestres com una opció. Alguns primers -100 van ser adaptats amb la nova configuració. El -100 va ser equipat amb motors Pratt & Whitney JT9D-3A. No es va desenvolupar cap versió de càrrega d'aquest model, però molts 747-100 van ser convertidos en càrregues. Un total de 168 747-100 van ser construïts; 167 van ser lliurats als clients, mentre que Boeing va mantenir el prototip, City of Everett.
sis finestres de la coberta superior (tres per costat)