Flores va convocar una reunió entre els funcionaris de Cebu de la República Filipina el 10 de febrer de 1899 per discutir la guerra contra les forces nord-americanes. Clímaco va ser designat per a la tasca de preparació de la guerra. El 21 de febrer de 1899, quan les forces nord-americanes van desembarcar a Cebu i van exigir la rendició, Clímaco va donar suport a la revolta antiamericana
dirigit pel general Arcadio Maxilom i va viatjar a Samar per reunir armes. Flores, juntament amb Julio Llorente, que més tard seria nomenat com el primer governador pels nord-americans, va acceptar lliurar la província.