Completar la frase següent: Un d'un grup de tres, conegut com a "Benjamins de Thugut" (assistents de confiança del ministre d'Afers Exteriors Johann Amadeus Francis de Paula, Baró de Thugut, durant la campanya de 1799, Weyrother va servir com a cap de gabinet del Feldzeugmeister Pál Kray, on es va distingir a Legnago (26 de març), Magnano (5 d'abril) i, ara servint com a oficial de contacte amb el Mariscal de Camp rus Alexander Suvorov, a
Novi el 15 d'agost. Després va planejar l'èpica marxa de les tropes russes sota Alexander Suvorov a través del Pas de Sant Gotthard. Promogut a "Oberst" (coronel) el 5 de febrer de 1800, Weyrother va rebre el comandament del regiment d'infanteria núm. 7 "Schröder", que formava part de l'exèrcit a Alemanya sota Pál Kray, però una nova ferida i les tensions de les campanyes el van portar a abandonar l'exèrcit per recuperar-se. Reclamat a la tardor de 1800, l'emperador Francesc II el va assignar com a cap d'estat major de l'arxiduc Joan d'Àustria, de 18 anys, el nou comandant de l'exèrcit a Baviera, i el seu "Adlatus" (assessor principal) Franz von Lauer. Creient que l'exèrcit francès de Jean Moreau estava en retirada, Weyrother va organitzar una persecució agressiva a través d'un terreny densament boscós per quatre columnes que no es recolzaven mútuament. En lloc d'això, Moreau es va mantenir, va llançar una emboscada i va envoltar el flanc esquerre austríac. La Batalla de Hohenlinden resultant va resultar ser una catàstrofe per als austríacs, acabant efectivament la Guerra de la Segona Coalició. No obstant això, Weyrother va ser nomenat conseller militar del nou ministre d'Afers Exteriors, el comte Ludwig Cobenzl, en les negociacions que van seguir a l'armistici de Steyr, que va conduir a la Pau de Luneville el 1801.