El 22 de maig, Elizabeth va ser portada a la cort, i interrogada sobre el seu paper, i el 18 de març, va ser empresonada a la Torre de Londres. Elizabeth va protestar fervorosament contra la seva innocència. Tot i que és poc probable que ella hagués complotat amb els rebels, alguns d'ells es sabia que s'havien apropat a ella. El confident més proper de Mary, l'ambaixador de Carles V, Simon Renard, va argumentar que el seu tron mai seria segur mentre Elizabeth vivia; i el canceller, Stephen Gardiner, va treballar per fer que Elizabeth fos jutjada. Els partidaris d'Elizabeth al govern, incloent-hi a Lord Paget, van convèncer a Mary d'estalviar la seva germana en absència de proves contundents contra ella.
Torre de Londres