Escriu una continuació per a aquest paràgraf - Després de la jubilació, Ishii es va convertir en entrenador de Kashima Antlers el 1999. Va servir principalment com a entrenador físic. El juliol de 2015, el manager Toninho Cerezo va ser acomiadat i Ishii va esdevenir el nou manager. Va ser l'entrenador japonès del club per primera vegada en 21 anys des de Masakatsu Miyamoto el 1994 (excepte el tutor Takashi Sekizuka el 1998 i el 1999). A l'octubre, el club va guanyar la Champions 2015 J.League Cup. El 2016, el club va guanyar la Champions J1 League i es va classificar per a la Copa Mundial de Clubs de 2016.
- No. També va ser elegit J.League Manager de l'Any. A la Copa del Món de Clubs, el club es va convertir en el primer equip asiàtic en arribar a la final de la Copa del Món de Clubs. A la final, després d'un empat de 2 a 2 contra el campió d'Europa, el Real Madrid, després de 90 minuts, van ser vençuts 4 a 2 després de la pròrroga. No obstant això, el rendiment del club és dolent el 2017, va ser acomiadat el maig de 2017.