En 1939, després de la invasió de Polònia, que va començar la Segona Guerra Mundial, Gdańsk Pomerania va ser annexada per l'Alemanya nazi i incorporada a la provincia de Reichsgau Danzig-Prússia Occidental. Durant l'ocupació alemanya
, la població polonesa va ser sotmesa a detencions massius, repressions, deportacions a camps de concentració nazis, expulsions i massacres. Les detencions massives van afectar especialment a professors i clergues polonesos, i es van dur a terme al setembre i a l'octubre de 1939. 16 sacerdots van ser assassinats al camp de tiro local, i altres van ser empresonats a Tczew, i més tard assassinats durant les grans massacres de polonesos al Bosc Szpęgawski. El 20 d'octubre de 1939, 44 habitants van ser assassinats al Bosc Szpęgawski. Els alemanys van eliminar les traces del patrimoni polonès de la catedral i el seminari, i també van saquejar o destruir les col·leccions històriques poloneses, incloent la biblioteca i l'arxiu. El "Einsatzkommando 16" va establir una presó per a activistes polonesos locals, professors i sacerdots al seminari, i les víctimes van ser assassinades més tard al bosc de Szpęgawski, deportades a camps de concentració o traslladades a la presó de Starogard Gdański. El 1940 els alemanys van operar un subcamp del camp de concentració de Stutthof a la ciutat.