En la regulació intrínseca, la via metabòlica s'autoregula per respondre als canvis en els nivells de substrats o productes involucrats; per exemple, una disminució en la quantitat de producte pot augmentar el flux a través de la via per compensar. Aquest tipus de regulació sovint implica la regulació al·losterica de les activitats de múltiples enzims en la via. El control extrínsec implica una cèl·lula en un organisme multicel·lular canviant el seu metabolisme en resposta a senyals d'altres cèl·lules. Aquests senyals solen ser en forma de missatgers solubles com hormones i factors de creixement i són detectats per receptors específics a la superfície de la cèl·lula. Aquests senyals són després transmesos a l'interior de la cèl·lula per un segon missatger que participa en la fosforilació de proteïnes. Un exemple ben entès del control extrínsec és el control del flux a través de la via per compensar.
la regulació alosterica de les activitats de múltiples enzims en la via