Durant les etapes posteriors del programa de proves de vol, les proves d'espatlla van mostrar que les ales sofria oscil·lacions en determinades condicions. Aquesta dificultat es va resoldre en part mitjançant la reducció de la rigidesa d'alguns components de l'ala. Tanmateix, un problema particularment greu d'espatlla d'alta velocitat es va resoldre només mitjançant la inserció de contrapesos d'urani empobrit com a lastre en les nacelles del motor exterior dels primers 747s. Aquesta mesura va causar ansietat quan aquests avions es van estrellar, per exemple el vol El Al 1862 a Amsterdam el 1992 amb 282 quilograms (622 lliures) d'urani en el tailplane (estabilitzador horitzontal). El programa de proves de vol va ser obstaculitzat per problemes amb els motors JT9D del 747.
fallades del motor causades per moviments ràpids de la palanca d'acceleració i distorsió de les carcases de la turbina després d'un curt període de servei