Ferrara, nascut a Nàpols, va començar la seva carrera amb el sistema juvenil del club de la seva ciutat natal, Nàpols, el 1980. Va graduar-se de l'equip juvenil "primavera" el 1984, i va començar a guanyar convocacions al primer equip aquella temporada. Va fer un total de 14 aparicions amb el club en la seva primera temporada completa. La temporada següent, Ferrara es va convertir en part de l'elei titular, i aviat va començar a guanyar trucades a l'equip nacional italià, fent l'equip per a la Copa del Món de la FIFA de 1990. També va marcar un dels gols del Napoli quan van guanyar la final de la Copa UEFA de 1989. A més de la Copa de la UEFA, amb el Napoli va guanyar dos títols de la Serie A (el 1986 i el 1987).
i 1989-1990), la final de la Copa d'Itàlia de 1987 i la Supercopa d'Itàlia de 1990, aquesta última sobre el seu futur equip, la Juventus.