Escriu una continuació per a aquest paràgraf - Kroos va tornar a la forma física per a l'inici de la temporada 2013-14 i va jugar a la Supercopa d'Alemanya i la Supercopa de la UEFA
- No. El 4 d'octubre de 2013, va marcar el seu primer gol de la temporada en un empat de 1 a 1 contra l'antic club Bayer Leverkusen a la Bundesliga. Va començar dos partits per al Bayern a la Copa Mundial de Clubs de la FIFA 2013. El primer contra el Guangzhou Evergrande en la semi-final 3<unk>0 victòria el 17 de desembre de 2013, i en la final com l'equip va vèncer Raja Casablanca 2<unk>0.