El 27 de gener de 2015, el campió suec Malmö FF va anunciar que havia signat amb Yotún un contracte de tres anys. Va arribar a Malmö com a lateral esquerre, on va jugar per a la temporada 2015. Després de convertir-se en la tercera opció que es va quedar darrere dels nouvinguts Behrang Safari i Pa Konate durant la temporada 2016
, Yotún va jugar en diverses posicions de migcamp, on va destacar. Yotún va emergir com un jugador clau durant la primera meitat de la temporada de 2017, i va ser votat jugador del mes pels seguidors de Malmö FF al juliol.