Després de l'ocupació soviètica de Lituània el juny de 1940, Šliūpas va ser convidat (probablement a través de Mečislovas Gedvilas, que era membre de la Societat de Cultura Ètica) al Govern Popular de Lituània, però va rebutjar. L'exprimer ministre Antanas Merkys va passar per la casa de Šliūpas a Palanga quan va intentar fugir a l'estranger. A diferència de molts periòdics lituans, "Laisvoji mintis" no va ser abolit pel nou règim comunista, però Šliūpas va ser reemplaçat com a editor per. Les inversions i altres propietats de Šliūpas van ser nacionalitzades, però el nou govern va fer una excepció especial que li permetia mantenir la seva casa a Palanga. Durant la deportació de juny
, la cunhada de Šliūpas va ser deportada a Sibèria i va rebre un avís que la seva pròpia família estava en una llista de deportats.