Després que el migcampista estrella Javi Martínez es traslladés al FC Bayern Munic, l'Athletic va ser eliminat de la fase de grups de la Lliga d'Europa 2012-13 i va ser eliminat de la Copa del Rei.
pel club basc Eibar de tercera divisió. El descens era una amenaça fins al final de la temporada, i el partit final de lliga al "vell" San Mamés va acabar en derrota. L'Athletic aviat es traslladaria a un nou estadi, encara que en un estat parcialment acabat. Bielsa va promoure el jove defensor francès Aymeric Laporte al costat, mentre que l'atacant Fernando Llorente va completar una transferència gratuïta a la Juventus.