Completa la següent frase: 800, Abd al-Malik també va ser col·locat com a tutor sobre el fill d'Harún, al-Qasim. La seva importància i influència en l'exèrcit van fer que Harun desconfiés d'ell i el 803 va ser arrestat i empresonat. La raó real no està clara, tot i que la majoria de les fonts coincideixen en que el seu propi fill, Abd ar-Rahman, va informar al califa que suposadament estava planejant derrocar-lo. Abd al-Malik va romandre empresonat fins a la mort de Harun sis anys més tard, quan el califa al-Amin (r. 809<unk>813) el va alliberar.
La successió d'Al-Amin va ser disputada pel seu germanastre al-Ma'mun, i hi va haver disturbis a Síria. Abd al-Malik encara tenia una influència considerable sobre les tropes frontereres, i per tant va ser nomenat governador de Síria i Alta Mesopotàmia i encarregat de garantir aquestes regions per a al-Amin i elevar les tropes per enfrontar-se a al-Ma'mun. No obstant això, poc després d'arribar al seu lloc a Raqqa, Abd al-Malik va caure malalt i va morir. La seva tomba va ser demolida uns anys més tard pel victoriós al-Ma'mun, suposadament perquè Abd al-Malik havia jurat que mai acceptaria el govern d'al-Ma'mun.