Amb l'equip nacional, va participar a la Copa del Món de la FIFA 2018 i va jugar en dos tornejos de la Copa América: el Centenario
i Brasil 2019, en aquest darrer va ajudar a acabar en segon lloc. Havent marcat 13 gols en 51 aparicions, Flores és el tercer màxim goleador actiu del Perú.