Quintero va fer la seva primera aparició de la temporada el 16 de juliol, marcant un gol en una victòria de 2 a 0 contra Chiapas en el primer partit de l'Apertura 2016. Va marcar de nou en el següent partit d'América, una victòria de 3 a 0 sobre el Venados F.C. a l'Apertura 2016 Copa MX. Quintero va aconseguir la seva primera assistència de la campanya el 23 de juliol en una victòria de 3 a 1 contra Toluca. El 6 d'agost, va marcar un gol i va registrar dues assistències per ajudar a América a una victòria de 4 a 1 sobre Veracruz. El 3 de setembre, es va anunciar que Quintero patia d'una tromboflebitis a la seva cama dreta. L'estimació inicial era que estaria fora de tres a sis mesos i perdria la resta de la temporada. Quintero va aconseguir tornar a temps per al partit final de l'Apertura, registrant dues assistències en un empat de 3 a 3 amb Pachuca el 19 de novembre. Durant la primera part dels quarts de final de Liguilla, América i Guadalajara van jugar a un empate de 1 a 1. Quintero obtindria una assistència a la segona part per enviar "Las Águilas" a les semifinals. Després de derrotar a Necaxa, América s'enfrontaria als Tigres UANL a la final. Quintero va sortir del banc en el primer partit, però no va aparèixer en el segon, ja que els Tigres van guanyar en el temps addicional. A la Copa del Món de Clubs de la FIFA 2016
Quintero va ajudar a América a derrotar a Jeonbuk Hyundai Motors en el seu primer partit abans de caure davant del Real Madrid a les semifinals. Van perdre contra l'Atlético Nacional en penals en el joc del tercer lloc.