Escriu una continuació per a aquest paràgraf - Lituània va perdre la seva independència i es va convertir gradualment en una república socialista soviètica. Simultàniament, l'exèrcit lituà es va transformar gradualment en unitats de l'Exèrcit Roig. El treball a l'acadèmia militar va cessar quan els homes van ser cridats de nou a les seves unitats, però a Raštikis no se li va permetre dimitir. Va ser assignat al 29è Cos de Rifles i va ser nomenat vicepresident de la comissió encarregada de la liquidació de l'exèrcit lituà. Va ser alliberat del servei actiu només el 20 de desembre. El 13 de febrer de 1941, tement ser arrestat pel NKVD com a "enemic del poble", Raštikis va deixar la seva dona i tres filles petites a Kaunas i va partir cap a Alemanya. Va ser l'última vegada que va veure les seves filles que van ser deportades a Sibèria.
al juny. Va creuar la frontera durant la nit del 19 de març i va ser ben rebut pels alemanys. Amb l'ajuda de diversos lituans, es va establir a Berlín. Allà es va unir a Kazys Škirpa en l'organització del Front Activista Lituà (LAF). En particular, va editar l'estatut de LAF i va redactar plans per alliberar Lituània.