El 1 d'octubre de 2003, tres organitzacions es van fusionar per formar la nova JAXA: l'Institut de Ciències Espacials i Astronàutiques del Japó (ISAS), el Laboratori Nacional Aeroespacial del Japó (NAL) i l'Agència Nacional de Desenvolupament Espacial del Japó (NASDA). La JAXA es va formar com una Institució Administrativa Independent administrada pel Ministeri d'Educació, Cultura, Esports, Ciència i Tecnologia (MEXT) i el Ministeri d'Afers Interns i Comunicacions (MIC). Abans de la fusió, ISAS era responsable de la recerca espacial i planetària, mentre que la NAL es va centrar en la recerca aeronàutica.
1 d'octubre de 2003