L'esclat de la Segona Guerra Mundial a Europa al setembre de 1939 va veure part de l'esquadró desplegat en patrulles anti-submarins i anti-barca costaners des de Madras, abans que l'1 d'octubre de 1939, l'esquadró es convertí en una escola d'entrenament de vol per a pilots de formació de la Força Aèria de l'Índia, operant biplans de Havilland Tiger Moth i Hawker Hart, així com Wapitis, i amb base a Risalpur. Molts dels antics pilots operatius de l'esquadró van ser empleats transportant bombarders Bristol Blenheim d'Egipte a l'Índia i l'Extrem Orient, i al gener de 1941, Blenheims van començar a ser lliurats a l'esquadró, permetent que un 27è Esquadró equipat amb Blenheim es separés de l'escola d'entrenament al febrer i es enviés a Singapur. Els Blenheims de l'esquadró eren avions Mk IF, equipats amb un canó per sota del fuselatge per a ser usats com caces de llarg abast i de nit, i eren els únics caces nocturns de la RAF a l'Extrem Orient. L'esquadró es va traslladar a Butterworth al maig de 1941 i a Sungai Petani a l'agost d'aquell any. El Japó va envair Malàisia.
el 8 de desembre de 1941, i l'Esquadró 27 va volar amb vuit Blenheims aquell matí per atacar els vaixells d'invasió japonesos. No obstant això, el mal temps els va impedir localitzar cap vaixell japonès, i els atacs aeris a Sungai Petani aquell dia van destruir l'aeroport i van deixar a l'esquadró només quatre avions en condicions de volar. Va ser evacuat a Butterworth aquella nit. Els avions restants es van retirar a Singapur el 12 de desembre, on, juntament amb alguns Blenheim Is d'altres esquadrons, van operar sota el nom de 27 Esquadró. Els Blenheim restants amb base a Singapur, incloent els del 27 Esquadró, van ser evacuats a Sumatra a partir del 23 de gener de 1941, acabant operant des de Palembang. El 14 de febrer quatre dels seus Blenheims van atacar vaixells japonesos que envaïen Sumatra, amb la pèrdua de dos Blenheims, amb tots els avions en condicions de volar evacuats a Java el 15 de febrer. Aquí l'esquadró va deixar d'existir.