Completa la següent frase: Deixant Minnesota, Clarke va tornar a Filadèlfia per assumir el paper de vicepresident sènior durant la temporada 1992-93, i va servir com a mentor del jove fenomen Eric Lindros durant la seva primera temporada. Clarke es va traslladar poc després i va prendre la posició de gerent general amb l'expansió Florida Panthers, un equip que va establir el rècord d'equip d'expansió per victòries i punts durant una temporada el 1993-94. Va tornar al paper de gerent general dels Flyers abans de la temporada 1994-95.
1994 NHL Entry Draft), i va reconstruir l'equip en un aspirant a la Copa. Durant el seu segon mandat com a gerent general dels Flyers, l'equip va arribar als playoffs 11 temporades seguides, però va arribar a les finals una vegada (1997). Després d'un mal començament de la temporada 2006-07, Clarke va dimitir citant un possible esgotament i una falta de desig. Clarke va tornar a la franquícia el 4 de desembre de 2006, i va ser nomenat vicepresident sènior.