El seu pare, José María, va treballar transportant neu dels volcans de Colima a Guadalajara, però va ser capaç de proporcionar al seu fill una bona educació. Als 15 anys, el jove Bustamante va entrar al Seminari de Guadalajara. Quan va acabar, va anar a la Ciutat de Mèxic per estudiar medicina. Va passar els seus exàmens mèdics i després va anar a San Luis Potosí com a director de l'Hospital San Juan de Dios.
José María