L'agost de 2005, va tornar a la Serie A amb un trasllat a l'Internazionale amb un contracte de quatre anys per una taxa de 16 milions d'euros. Va començar la seva aventura a l'Inter guanyant la Supercopa Italiana del 2005
contra la Juventus, entrant al minut 63 quan els "Nerazzurri" van guanyar a la pròrroga gràcies al guanyador de Verón. Més tard, el 13 de setembre, va fer el seu debut en lliga per al seu nou equip el 21 de setembre començant en la victòria 1-0 sobre el Chievo. El 24 de novembre, durant un partit de la fase de grups de la Lliga de Campions contra Petržalka, Samuel va jugar en una alineació de 11 jugadors estrangers al camp, amb Luís Figo com l'únic europeu. Va acabar la seva primera temporada a l'Inter fent 42 aparicions en totes les competicions, amb l'equip guanyant el campionat després de la baixa de la Juventus a causa de l'arreglament de partits, i la Copa d'Itàlia derrotant a la Roma 4<unk>2 en total, amb Samuel jugant a les dues finals, completant així un triple domèstic imprevist.