Andretti no va tornar a Le Mans fins que va acabar la seva carrera a temps complet a la Fórmula 1. El 1982, es va associar amb el seu fill Michael en un Mirage M12 Ford. Van classificar-se en el novè lloc, però la parella va trobar el seu cotxe retirat de la xarxa de sortida 80 minuts abans de l'inici de la cursa, quan un oficial va descobrir un refrigerador d'oli que estava muntat darrere de la caixa de canvis, el que era contra les regles. El cotxe havia passat la inspecció inicial quatre dies abans de la cursa. Malgrat les protestes i les queixes, l'entrada d'Andretti va ser eliminada per complet, substituïda per un Porsche 924 Carrera GTR. El seu retorn l'any següent va ser més reeixit, ja que van acabar tercers. L'equip pare/fill va tornar amb el nebot de Mario, John. Van acabar sisens en un Porsche 962 de fàbrica. Després de la retirada de Mario de les carreres a temps complet, va decidir tornar al circuit per afegir una victòria a Le Mans als seus èxits. Va tornar amb un segon lloc. En una entrevista del 2006 va dir que creia que l'equip de Courage Competition "va perdre [la cursa del 1995] cinc vegades" a causa de la mala organització. Va tenir esforços sense èxit en els anys següents amb un tretzè lloc en, i després un DNF (No va acabar) per. L'última aparició d'Andretti a Le Mans va ser a la cursa del 2000
, sis anys després de la seva jubilació de les carreres a temps complet, quan va conduir el Panoz LMP-1 Roadster-S a l'edat de 60 anys, acabant 15è.