Escriu una continuació per a aquest paràgraf - El juny de 1940, el govern lituà va acceptar incondicionalment l'ultimàtum soviètic. Lituània va ser ocupada, transformada en la RSS de Lituània, i incorporada a la Unió Soviètica. Els soviètics van començar a aplicar diverses polítiques de sovietització, incloent la nacionalització de la propietat privada, i arrestos en massa d'activistes polítics i altres anomenats "enemics del poble". Aquestes detencions van tenir com a objectiu molts polítics destacats (per exemple, Aleksandras Stulginskis, Juozas Urbšys, Leonas Bistras, Antanas Merkys, Pranas Dovydaitis, Petras Klimas), funcionaris governamentals, oficials militars, membres de la Unió de Riflemen lituana. L'exèrcit lituà va ser reorganitzat com el 29è Cos de Rifles de l'Exèrcit Roig. Els soviètics també van tancar totes les organitzacions culturals, religioses i polítiques no comunistes. La situació econòmica va empitjorar constantment i el nivell de vida va disminuir. Un any més tard, només una setmana abans de l'aixecament, uns 17.000 lituans, principalment la intel·ligència, van ser capturats amb les seves famílies senceres i deportats a Sibèria, on molts van morir a causa de les condicions de vida inhumans (vegeu la deportació de juny
) Va ser l'únic esdeveniment important que va incitar el suport popular a la revolta. Aquesta tragèdia també va generar inicialment una predisposició positiva cap a la invasió alemanya. La gent que va escapar de les deportacions o detencions es va organitzar espontàniament en grups armats, es va amagar als boscos i va esperar un alçament més ampli.