Després de les guerres d'independència, una sèrie de conflictes van demostrar la importància de la marina per a la nació. El primer d'aquests conflictes va ser la Guerra de la Confederació
(1836-1839), la Guerra de les Illes Chincha (1864-1866), i la Guerra del Pacífic (1879-1883). La fundació de Fuerte Bulnes al Estret de Magallanes va marcar el punt de partida d'una sèrie d'exploracions de la Marina de Xile, dirigides per hidrògrafs de la Marina, com Francisco Vidal Gormaz i Francisco Hudson, a la zona desconeguda entre l'estret de Magallanes i Chiloé. Per fer front a aquesta nova àrea d'activitat, la marina va fundar el 1874 l'Oficina Hidrogràfica, el primer director del qual va ser Francisco Vidal Gormaz.