La estreptomicina va ser aïllada per primera vegada el 19 d'octubre de 1943, per Albert Schatz, un estudiant de doctorat en el laboratori de Selman Abraham Waksman a la Universitat de Rutgers en un projecte de recerca finançat per Merck and Co. Waksman i el seu personal de laboratori van descobrir diversos antibiòtics, incloent-hi actinomicina, clavacina, estreptomicina, streptomicina, griseïna, neomicina, fradicina, candicidina i candidina. D'aquests, la streptomicina i la neomicina van trobar una àmplia aplicació en el tractament de nombroses malalties infeccioses.
El 1943