Les esperances d'una rebel·lió reeixida van disminuir quan Napoleó va derrotar les forces austríaques de l'arxiduc Carles d'Àustria en una sèrie de batalles de Teugen-Hausen, Abensberg
, Eckmühl i Ratisbona, després de la qual les tropes austríaques es van retirar del Tirol i Hofer va haver de retirar-se a les muntanyes. El mariscal francès François Joseph Lefebvre es va fer càrrec del teatre del Tirol, i les forces bavareses i saxones sota el comandament de Karl Philipp von Wrede el 13 de maig van derrotar els austríacs en una escaramussa sagnant a Wörgl. Els bàvars van reocupar Innsbruck el 19 de maig. No obstant això, quan els seus aliats francesos van marxar, la rebel·lió va tornar a esclatar.