Escriure una continuació per a aquest paràgraf - Al Campionat del Món de Cross Country
El 20 de març de 2011, Flanagan va millorar el seu 12è lloc de l'any anterior al tercer lloc, amb un temps de 25:10. Va portar a l'equip dels EUA a una medalla de bronze. Flanagan va ser el primer no-africà nascut medalista en l'esdeveniment des de 2004. Va competir en el Campionat dels Estats Units de juny de 2011 en els 10.000 metres i va guanyar amb un temps de 30:59.57, qualificant-la per als 10.000 metres al Campionat del Món.