Don Clary va néixer a Anchorage, Alaska, i es va graduar de l'East Anchorage High School el 1975. Clary va tenir el seu primer èxit com a atleta junior (menors de 20 anys) als Campionats del Món de Cross Country de la IAAF de 1975
on el seu cinquè lloc va portar els juniors americans al títol d'equip, al costat de Bobby Thomas, Roy Kissin i Ralph Serna. Va anar a assistir a la Universitat d'Oregon i va córrer per a l'equip col·legial Oregon Ducks. En els Campionats de Cross Country Masculí de la Divisió I de la NCAA de 1978 es va col·locar setè i va ser subcampió en el rànquing d'equip al costat del seu company de classe Alberto Salazar. Va córrer els 3000 metres en el Campionat d'Atletisme dels Estats Units de 1978 i va arribar al setè lloc. Va guanyar el seu primer títol nacional aquell any, però, fent-ho en la cursa d'una hora.