Després del primer campionat de la NFL dels Colts, l'equip va aconseguir un rècord de 9 a 3 durant la temporada de 1959 i una vegada més va derrotar als Giants en el partit de campionat de la NFL.
per reclamar el seu segon títol en moda back to back. Després dels dos campionats de 1958 i 1959, els Colts no van tornar al campionat de la NFL durant quatre temporades i van substituir l'entrenador en cap Ewbank pel jove Don Shula el 1963. En la segona temporada de Shula, els Colts van compilar un rècord de 12 a 2, però van perdre contra els Cleveland Browns en el campionat de la NFL. No obstant això, el 1968 els Colts van tornar amb el lideratge continuat d'Unitas i Shula i van guanyar el tercer campionat de la NFL dels Colts i van fer una aparició al Super Bowl III.