En 1903, després de graduar-se a l'Escola de Defensa Submarina a Fort Totten, Nova York, Lyon va ser nomenat Enginyer de Districte d'Artilleria a Fort Barrancas, Florida, càrrec que va ocupar fins a 1906. De 1906 a 1907, Lyon va servir a la Guerra filipino-americana
contra els Moros.