Completa la següent frase: El germà de Saladin, Al-Adil, va reconstruir la ciutadella completament entre 1203 i 1216 en resposta al desenvolupament del trebuc de contrapès. Després de la seva mort, van esclatar lluites de poder entre els altres prínceps aiubides i encara que Damasc va canviar de mans diverses vegades, la ciutadella va ser presa per la força només una vegada, el 1239. La ciutadella va romandre en mans dels Ayyubids fins que els mongols sota el seu general Kitbuqa van capturar Damasc el 1260, posant fi al govern dels Ayyubids a Síria. Després d'una rebel·lió fallida que va esclatar a la ciutadella, els mongols van desmantellar la major part d'ella. Després de la derrota dels mongols el 1260 pels mamelucs, que havien succeït als aiubides com a governants d'Egipte, Damasc va passar sota el govern mameluc. Excepte per breus períodes en 1300 i 1401, quan els mongols van conquerir Damasc, els mamelucs van controlar la ciutadella fins a 1516. Aquell any, Síria va caure en mans de l'Imperi Otomà. Damasc es va rendir sense lluitar i des del segle XVII en endavant la ciutadella va funcionar com a barraques per a les unitats d'infanteria dels janissaris otomans. La ciutadella va començar a caure en mal estat al segle XIX i el seu últim ús militar va ser el 1925, quan els soldats francesos van bombardejar la ciutat vella des de la ciutadella en resposta a la invasió francesa.
La Gran Revolta Síria contra el Mandat Francès de Síria. La ciutadella va continuar servint com a barraca i presó fins al 1986, quan es van començar les excavacions i restauracions. Des de 2011, els esforços d'excavació i restauració encara estan en curs.