Durant aquest període, Pixar va continuar la seva relació d'èxit amb Walt Disney Animation Studios, un estudi el pare corporatiu del qual finalment es convertiria en el seu soci més important. A l'inici de 1991, però, el despedir de 30 empleats en el departament de maquinari informàtic de la companyia, incloent el president de la companyia, Chuck Kolstad, va reduir el nombre total d'empleats a només 42, essencialment el seu nombre original. Tot i això, Pixar va fer un acord històric de 26 milions de dòlars amb Disney per produir tres pel·lícules d'animació per ordinador, el primer de les quals va ser Toy Story. En aquell moment, els programadors de programari, que estaven fent RenderMan i IceMan, i el departament d'animació de Lasseter, que van fer comercials de televisió (i quatre curtmetratges de Luxo Jr. per a Sesame Street el mateix any), van ser tots els que van romandre actius de Pixar. Tot i que la companyia va continuar fent diners dels projectes totals de Walt Disney i Jobs, com a president i director general de la companyia, Chuck Kolstad, va reduir el nombre total
Els estudis d'animació de Walt Disney