Va ser nomenat ministre de Finances el setembre de 1936 en el govern de Francisco Largo Caballero. Com a ministre de finances, va construir els "Carabineros" (guàrdies de duanes), una força de 20.000 homes que més tard va ser sobrenomenada "Centenars de milers de fills de Negrín" (una al·lusió als Cent-mills fills de Sant Lluís
), amb la finalitat de recuperar el control dels llocs fronterers francesos, que havien estat ocupats per la Confederación Nacional del Trabajo (CNT). Va prendre la controvertida decisió de transferir les reserves espanyoles d'or a la Unió Soviètica a canvi d'armes per continuar la guerra (octubre de 1936). Valorant 500 milions de dòlars en aquell moment (altres 240 milions de dòlars havien estat enviats a França al juliol), els crítics van argumentar que aquesta acció va posar el govern republicà sota el control de Iósif Stalin.