El 1102, el Regne de Croàcia i el Regne d'Hongria, que abans eren independents, van entrar en unió personal i van ser governats pel mateix rei, Ladislau I. Després de les conquestes otomanes i una desastrosa derrota a la Batalla de Mohács el 1527, la noblesa croata va elegir l'emperador del Sacre Imperi Romà Ferdinand I com el nou rei de Croàcia. La noblesa hongaresa es va dividir, però els Habsburg van annexionar el Regne d'Hongria, mantenint Croàcia i Hongria sota una sola corona. Durant la Revolució hongaresa de 1848
Croàcia es va posar del costat dels austríacs, de manera que el ban croat Josip Jelačić va ajudar Àustria a derrotar les forces hongareses el 1849 i va inaugurar un període de germanificació. En la dècada de 1860, el fracàs d'aquesta política es va fer evident, conduint al Compromís Austrohongarès de 1867 i la creació d'una unió personal entre les corones de l'Imperi austríac i el Regne d'Hongria. La qüestió de l'estatus de Croàcia va ser resolta per l'assentament croata-hongarès de 1868, quan els regnes de Croàcia i Eslavònia es van unir en el Regne de Croàcia-Slavònia. Després de la ruptura d'Àustria-Hongria després de la seva derrota a la Primera Guerra Mundial, el Parlament croat va declarar la independència el 29 d'octubre de 1918 i va decidir unir-se al nou Estat dels eslovens, croats i serbis, posant fi al govern dels Habsburg i a la unió personal amb Hongria després de 816 anys. A través del Tractat de Trianon, Hongria va perdre el comtat de Međimurje i la part sud de Baranya a Croàcia. Des de la Segona Guerra Mundial, les relacions entre dos estats han estat definides per la cooperació amb els nazis, els soviètics i Iugoslàvia fins a les revolucions de 1989 i la dissolució de Iugoslàvia. Hongria va reconèixer la independència de Croàcia amb la resta de la Comunitat Econòmica Europea el 1992, i va donar suport a Croàcia durant la Guerra d'Independència de Croàcia.