Completa la següent frase: El 1798, Jourdan el va nomenar com a cap d'estat major de l'Exèrcit d'Observació. Ernouf estava amb l'Exèrcit d'Observació quan va creuar el riu Rin, en el que els historiadors britànics han anomenat una violació del Tractat de Campo Formio, que va resultar en la Guerra de la Segona Coalició. El 2 de març, l'exèrcit va ser renomenat Exèrcit del Danubi, i va marxar cap a l'Alta Swabia, on es va enfrontar a la força de l'Arxiduc Carles d'Habsburg a Ostrach el 21 de març, i de nou el 25 de març a Stockach. En ambdues batalles, la força de treball dels Habsburg, superior a la dels francesos per tres a un i dos a un respectivament, va aclaparar les línies franceses; Jourdan, el comandant de l'Exèrcit, no va ser capaç de concentrar les seves forces suficientment per contrarestar els números dels Habsburg, i es va retirar a la Selva Negra a finals de març. Ernouf va prendre el comandament de l'Exèrcit del Danubi mentre Jourdan va tornar a París per demanar més tropes. Va ser reemplaçat com a comandant de l'Exèrcit del Danubi per André Masséna, i va servir com a cap d'estat major de Massena en la campanya suïssa de 1799, durant la qual va veure l'acció a Zuric i Suïssa central; va ser de nou a
Zurich per la victòria francesa sobre Alexander Rimsky-Korsakov.