La falla de San Andreas va causar els terratrèmols de 1906 i 1989. Els terratrèmols menors ocorren de manera regular. La amenaça de terratrèmols importants juga un paper important en el desenvolupament de la infraestructura de la ciutat. La ciutat va construir un sistema d'aprovisionament d'aigua auxiliar i ha actualitzat repetidament els seus codis de construcció, requereix retrofits per a edificis més antics i estàndards d'enginyeria més alts per a la construcció de noves.
material dragat de la badia, així com material resultant de l'excavació del túnel de Yerba Buena