Amb una gran part de les forces de l'Imperi Francès ara enredades en la sagnant Guerra Peninsular, l'Imperi austríac creia que la seva millor oportunitat per venjar la humiliant derrota de 1805 havia arribat finalment. Els austríacs buscaven derrotar França i recuperar la seva antiga influència a Itàlia i Alemanya. A principis de 1809, els preparatius de guerra austríacs eren tan intensos que Napoleó es va veure obligat a abandonar Espanya i tornar a París per reorganitzar el seu exèrcit principal a Alemanya. A la primavera, Nansouty va ser recordat al comandament de la 1a de les tres divisions de cavalleria pesada de la Reserva de Cavalleria, col·locada aquesta vegada sota el comandament del mariscal Jean-Baptiste Bessières. Quan va esclatar la Guerra de la Cinquena Coalició, la divisió de Nansouty va ser aviat separada de la Reserva i temporalment adscrita al III Cos del Mariscal Louis Nicolas Davout, la força a la qual se li van assignar les tasques més difícils durant les primeres operacions militars d'aquesta guerra. A mesura que Napoleó va ordenar una concentració de l'exèrcit a Ratisbona, la divisió de Nansouty va ser posada una vegada més sota el comandament de Bessières i enviada a servir amb l'exèrcit bavarès. Després de les seves victòries inicials a Abensberg i Landshut
Napoleó va concentrar la major part del seu exèrcit, incloent els homes de Nansouty, a Eckmühl, on Davout estava esperant.