El 16 de juliol de 1862, va ser ascendit a tinent-comandant i va comandar el vapor de rosca de l'Esquadró de Bloqueig del Golf de l'Est. Transferit al canon de vapor de l'Esquadró de l'Atlàntic Nord, Chandler va lluitar contra el seu vaixell en el bombardeig i la caiguda de Fort Fisher
i la captura de Wilmington a principis de 1865, rebent el ascens a comandant el 25 de juliol de 1866.