El 14 de gener de 2012, Flanagan va guanyar la Marató Olímpica dels Estats Units a Houston, posant el rècord de l'esdeveniment en 2:25:38. Es va traslladar a representar l'equip dels EUA a la marató olímpica femenina a Londres, acabant 10a amb un temps de 2:25:51. Va derrotar un camp d'alta classe a la Mitja Marató de Lisboa al març, registrant un temps de 1:08:52. Va arribar en el lloc 25 en el 2012 IAAF World Half Marathon Championships
- No.