En el 1260, Baybars i el seu exèrcit mameluc van destruir l'església durant el seu atac contra Nazareth. Un petit nombre de franciscans van aconseguir romandre a Nazareth fins a la caiguda d'Acre el 1291. En els tres segles que van seguir, els franciscans van entrar i sortir de Nazareth, depenent de la situació política local, que estava en constant flux. Els relats franciscans d'aquest període documenten la seva expulsió el 1363, el seu retorn el 1468 i una massacre d'alguns dels seus membres el 1542.
El 1954