Berger també va aconsellar al president sobre el bombardeig de les Torres Khobar i les respostes al terrorista
bombardejos de les ambaixades nord-americanes a Kènia i Tanzània. En els últims anys de l'administració Clinton, la lluita contra el terrorisme va ser la prioritat suprema de la política exterior; Berger va dir en la seva entrevista d'història oral de març de 2005 al Miller Center de la UVA, "Vaig dir a Condoleezza Rice durant la transició... que el tema número un que ella tractaria com a assessor de seguretat nacional era el terrorisme en general i al-Qaeda específicament".