Els nazis havien pres el poder a principis de 1933 i ràpidament van transformar Alemanya en una dictadura d'un sol partit. L'antisemitisme es va integrar en la política pública i es va fer progressivament més opressiu per als afectats. Després del pogrom de la Nit de Cristall
al novembre de 1938 Isidor Pinkus va perdre els seus clients. El dia després del pogrom, li van lliurar una carta a l'escola dirigida al seu pare per part de l'alcalde de Berlín en la qual es demanava al pare d'Ellen que la retirés de l'escola. Un professor la va cridar a un costat i li va murmurar que li desitjava "tot el millor", mentre que els altres professors i els seus companys d'estudiants van mirar cap a un altre costat. Per als alumnes jueus, l'exclusió de l'escola va resultar ser permanent. Mai va tenir l'oportunitat de presentar-se als exàmens finals de l'escola ("Abitur"), i malgrat els intents posteriors de recuperar el ritme després d'haver deixat Alemanya, mai va aconseguir completar la seva escolaritat.