Escriu una continuació per a aquest paràgraf - Va lluitar contra les forces hugonotes durant alguns anys; va lluitar a la Batalla d'Arques el 1589. Aquell mateix any, Carles Emmanuel era el governador de París, quan les forces hugonotes, liderades per Enric de Navarra, van assetjar París. Durant el setge, el rei Enric III de França va morir, i Enric de Navarra aviat es va declarar rei Enric IV de França. Carles Emmanuel va escapar, i va lluitar contra el recentment proclamat rei a Ivry
el 1590, que va ser una derrota decisiva per a la Lliga Catòlica. El mateix any va comandar les forces catòliques durant el setge de París, defensant amb èxit la ciutat.