Algunes de les interaccions inicials de Mohammed V amb els nacionalistes van ser durant la crisi provocada pel denominat "Dahir berber". Entre d'altres coses en aquest moment, el sultà va rebre una delegació de Fez que va presentar una llista de queixes sobre la nova política francesa, i va tenir discussions amb Allal al-Fassi on aparentment va expressar que havia estat enganyat per la residència francesa quan la va signar i va prometre no cedir més drets del seu país. El sultà es va abstenir d'associar-se obertament amb el moviment nacionalista en la dècada de 1930, però, no obstant això, va resistir als intents francesos de canviar els termes del Protectorat durant els anys d'entreguerres. Va reafirmar la lleialtat del Marroc a França el 1939, al començament de la Segona Guerra Mundial. Després de la caiguda de França a mans dels alemanys i l'arribada del règim de Vichy, el sultà va traçar el seu propi curs, impulsant amb èxit algunes iniciatives de reforma relacionades amb l'educació, tot i que el règim de Vichy el va encoratjar a fer diversos viatges ben publicitats a l'estranger per reforçar la seva legitimitat i la del sistema colonial. El 1942 els aliats van desembarcar a la costa atlàntica del Marroc.
com a part de la seva invasió del nord d'Àfrica contra l'ocupació de l'Eix. Aquest canvi trascendental també va permetre al sultà més marge de maniobra política, i durant la Conferència Anfa de 1943, a la qual van assistir els líders aliats, Mohammed V va quedar sol en un moment amb el president Roosevelt, que va expressar el seu suport a la independència marroquina després de la guerra. La trobada va ser la primera interacció cara a cara del sultà amb un altre cap d'estat sense la presència mediadora dels funcionaris francesos. A la tardor del mateix any, el sultà va encoratjar la formació del partit oficial Istiqlal ("Independència") i la redacció del Manifest d'Independència que demanava una monarquia constitucional amb institucions democràtiques.