La estació, originalment anomenada simplement Messina, va ser inaugurada el 12 de desembre de 1866, com la terminal del ferrocarril a Taormina, el primer tram de la línia Messina-Catania-Siracusa. Fortament danyat després del terratrèmol de 1908
, va ser reparat uns anys més tard. El 1939 va ser finalment renovat i reemplaçat per la moderna "Messina Centrale", amb l'edifici de l'estació projectat per l'arquitecte Angiolo Mazzoni.