En el 637, poc després que Jerusalem fos capturada pels exèrcits musulmans, 'Umar ibn al-Khattāb, el segon califa, va prometre que l'Església de la Nativitat seria preservada per a ús cristià. Un mesquita dedicada a Umar va ser construïda sobre el lloc de la ciutat on ell va pregar, al costat de l'església. Bethlehem després va passar pel control dels califats islàmics dels omeys al segle VIII, després els abbasids al segle IX. Un geògraf persa va registrar a mitjans del segle IX que una església ben conservada i molt venerada existia a la ciutat. El 985, el geògraf àrab al-Muqaddasi va visitar Betlem, i es va referir a la seva església com la "Basilica de Constantí, que no és igual a la de l'exèrcit cristià a tot el país". En el 1009, el rei de la ciutat de Betlem, el setè regnat del regne de Fatimí, va fer una mesquita dedicada a Umar, construïda al costat de l'església, al costat de l
Clergues llatins