El començament de la temporada 2013-14 va ser difícil per a Yakimenko: havent caigut al lloc número 17, ja no es beneficiava de l'exempció del Top-16 i va haver de passar per la fase de qualificació en cada competició de la Copa del Món. Va tornar a l'abril amb una medalla de bronze a Atenes, seguida de dues de bronze a Chicago i Varsòvia. A principis de juny es va veure afectat per la mort de David Tyshler, un dels millors sableires de Rússia i el seu supervisor personal a la universitat. Uns dies més tard, al Campionat d'Europa a Estrasburg, va derrotar als seus companys de l'equip Kamil Ibragimov i Veniamin Reshetnikov, respectivament, a les semifinals i a la final, per reclamar el seu cinquè títol individual europeu i la seva onzena medalla europea. En l'esdeveniment per equips, Rússia va derrotar Ucraïna, després Bielorússia per enfrontar-se a Itàlia a la final. Després d'un partit estret, Itàlia finalment va prevaler 45 a 44 i Rússia va ser relegada a una medalla de plata. Als Campionats del Món
a Kazan, Yakimenko va superar al coreà Won Woo-young als quarts de final, però va cedir a Gu Bon-gil, el seu company d'equip, a les semifinals. Va sortir amb una medalla de bronze, el seu segon podi individual mundial. Es va declarar molt satisfet amb aquest resultat i va dedicar la seva medalla a la seva prometida. L'esdeveniment per equips, però, no va complir amb les expectatives: la Rússia, primera llavor, va ser vençuda a les semifinals per Alemanya, que finalment va guanyar la medalla d'or. Molt molest amb aquesta derrota, Rússia no va poder reagrupar-se per al partit de la medalla de bronze i va perdre 45-43 contra Hongria, tornant a casa sense medalla.