El 16 de gener de 2013, es va anunciar que Guardiola assumiria com a entrenador del club de la Bundesliga Bayern de Munic després de la temporada 2012-13, en substitució de Jupp Heynckes per a la temporada següent. Va dirigir la seva primera conferència de premsa com a entrenador del Bayern, el 24 de juny de 2013, en alemany, i va tenir la seva primera sessió d'entrenament dos dies després. El seu primer partit oficial va ser la Supercopa d'Alemanya contra el Borussia Dortmund, amb el Bayern perdent 4-2. El seu primer trofeu amb el Bayern va ser la Supercopa de la UEFA 2013
, derrotant a l'adversari de llarga data José Mourinho, que acabava de tornar a entrenar al Chelsea. El Bayern va derrotar el Chelsea en un shoot-out després que Manuel Neuer salvés el punt de Romelu Lukaku.