La primera operació en la qual el vaixell va participar va ser un avancament de la flota avortat al Mar del Nord el 18-19 d'agost de 1916, un mes després de la seva comissió. El vaixell també va participar en l'Operació Albion al Golf de Riga, però poc després que començés l'atac alemany el 12 d'octubre de 1917, el Bayern va ser minat i va haver de ser retirat per a reparacions. Va ser internat amb la majoria de la Flota d'Alts Mars a Scapa Flow el novembre de 1918 després del final de la Primera Guerra Mundial. El 21 de juny de 1919, l'Almirall Ludwig von Reuter va ordenar que la flota fos enfonsada; el Bayern va enfonsar a les 14:30.
14:30 hores