Completar la següent frase: La temporada següent Nesta va marcar el seu primer gol per al Milan en una victòria de 2 a 1 sobre el Chievo a la Serie A. Va començar a tornar a emergir com a titular per al club i va ser un dels jugadors més consistents del Milan durant tota la temporada 2009-10 sota Leonardo. Nesta va continuar la seva excel·lent col·laboració amb el seu company centreback Thiago Silva durant tota la temporada 2010-11 sota Massimiliano Allegri, formant una formidable parella defensiva, amb només 24 gols en 38 partits durant la victoriosa temporada 2010-11 del Milan.
Campanya de la Serie A. El Milan també va aconseguir arribar a les semifinales de la Coppa Italia, però una vegada més van ser decepcionantment eliminats en la ronda de 16 de la Lliga de Campions. Durant tota la temporada 2010-11, es va especular que Nesta es retiraria al final de la temporada. No obstant això, més tard va confirmar que volia jugar una temporada més al Milan abans de jubilar-se i va signar una pròrroga de contracte el 18 de maig de 2011, que el va mantenir a l'equip del Milan fins a l'estiu de 2012. Nesta va ser elegit per formar part de l'equip de la Serie A de l'any per les seves actuacions durant la exitosa carrera del títol del Milan aquella temporada.