El 31 d'agost de 2012, el seu Atlético va guanyar la Supercopa de la UEFA després de derrotar al Chelsea 4 a 1 a l'Estadi Louis II de Mònaco. A la lliga nacional, l'equip va començar la temporada de manera impressionant, acabant la primera meitat en segon lloc, només per darrere del Barcelona i per sobre del rival de la ciutat, el Real Madrid. Finalment, Simeone va portar l'equip a un tercer lloc a la lliga, que en aquell moment era el millor resultat en 17 anys per a l'Atlético. El 17 de maig de 2013, va guanyar la Copa del Rei
després que l'Atlético derrotés el rival Real Madrid 2 a 1 a l'Estadi Santiago Bernabéu.