L'església va ser tancada amb la resta del cementiri el 1923, i durant un temps va servir com a magatzem per emmagatzemar monuments i lápides portades d'altres cementiris que estaven sent demolits. Amb l'establiment del museu de la necròpolis el 1932, l'interior de l'església va ser molt remodelat. L'iconostasi va ser desmantellat i les parets i el sostre van ser pintats. La majoria de les icones van ser retirades, tot i que molts dels monuments històrics van ser conservats. Amb la demolició de l'església Dukhovskaya de la Lavra el 1937, una sèrie de monuments van ser transferits al museu, i en els següents anys les restes de diverses figures històriques famoses van ser transferides i enterrades a l'església de Sant Llàtzer, incloent-hi; el príncep Ioane de Geòrgia, Viktor Kochubey i Ekaterina Ilyinichna Kutuzova, la dona de Mikhail Kutuzov. Altres monuments van ser portats de l'església Feodorovskaya Lavra, l'església armènia de Smolensky i l'església catòlica de Tsarskoye Selo. Les restes del comte, el sogre de Decembrist
El príncep Sergei Petrovich Trubetskoy va ser reenterrat a l'església, però el seu monument mai va ser instal·lat.