En setembre de 1259, Guillem de Villehardouin va ser derrotat i capturat, juntament amb molts dels seus nobles, a la Batalla de Pelagònia, per les forces de l'emperador niceià Miquel VIII Paleòleg. Dos anys més tard, els nicens van recuperar Constantinoble, posant fi a l'Imperi llatí i restaurant l'Imperi bizantí. En aquest punt, l'emperador va concloure un acord amb el príncep captiu: Guillem i els seus homes serien alliberats a canvi d'un jurament de fidelitat, i per la cessió de Monemvasia, Grand Magne i Mystras. La entrega es va efectuar el 1262, i des de llavors Mystras va ser la seu del governador dels territoris bizantins a la Morea. Inicialment, aquest governador ("kephale") es canviava cada any, però després de 1308 van començar a ser nomenats per períodes més llargs. Gairebé immediatament després del seu retorn a la Morea, Guillem de Villehardouin va renunciar al seu jurament a l'emperador, i va esclatar la guerra entre bizantins i francs. Els primers intents bizantins de sotmetre el Principat d'Acaia van ser derrotats en les batalles de Prinitsa i Makryplagi
, però els bizantins estaven fermament incrustats a Laconia. La guerra es va fer endèmica, i els bizantins van fer retrocedir lentament els francs. La inseguretat engegada pels atacs i contraatacs va fer que els habitants de Lacedaemon abandonessin la seva ciutat exposada i s'assentessin a Mystras, en una nova ciutat construïda a l'ombra de la fortalesa.