Dos anys més tard, el 22 de gener de 1862, William H. Paul es va inscriure per al servei militar de la Guerra Civil a Filadèlfia, Pennsilvània. Després es va reclutar oficialment al Camp McClellan al barri Nicetown-Tioga de Filadèlfia el mateix dia com a soldat de la Companyia E del 90è Regiment d'Infanteria de Pennsilvània. Els registres militars de l'època el descrivien com un resident de Filadèlfia de 20 anys d'edat que tenia 5 <unk> 3-1 / 2 <unk> d'alçada amb cabell marró, ulls rosats i una pell clara. A finals de març, després de l'entrenament bàsic, va ser transportat amb el seu regiment per ferrocarril a Baltimore, Maryland, allotjat a les casernes de Patterson Park, i equipat amb un mosquet de tub suau modificat abans de ser traslladat de nou, a través de Washington, DC, a Aquia Creek Landing, i assignat amb el seu regiment a la 2a Brigada, 2a Divisió del 1r Cos de l'Exèrcit dels Estats Units sota el comandament del general Irvin McDowell. En marxar a diversos llocs en suport de les operacions de l'Exèrcit de la Unió durant els següents mesos, Paul i els seus companys del 90è Pennsylvanians van veure la seva primera acció important a la Batalla de Cedar Mountain, Virginia (9 d'agost de 1862) durant l'obertura de la Campanya de Virgínia del Nord. Ordenats a destruir un pont ferroviari a l'estació de Mitchell el 15 d'agost, després van vigilar la part posterior de l'Exèrcit de la Unió mentre es retirava a través del riu Rappahannock, i després van donar suport a les bateries d'artilleria de la Unió durant la Primera Batalla de l'Estació de Rappahannock (22 d'agost - 25 d'agost) abans de passar a les operacions associades amb la Batalla de Thoroughfare Gap (28 d'agost). Després de lluitar a la Segona Batalla de Bull Run (28 d'agost de 1830) i la Batalla de Chantilly
(1 de setembre), van ser reassignats a la Campanya de Maryland sota el major general Joseph Hooker, i després van lluitar de nou a la Batalla de South Mountain (14 de setembre).