Durant la temporada 2013-14 va jugar a la DFL-Supercup 2013 contra el Borussia Dortmund, la Supercup de la UEFA
contra el Chelsea, i dos partits a la Copa del Món de Clubs de la FIFA; el primer contra Guangzhou Evergrande i el segon contra Raja Casablanca. El 2 de desembre de 2013, Alaba va signar un nou contracte amb el Bayern de Munic, que expiraria el 2018. El 20 de desembre, Alaba va ser nomenat futbolista austríac de l'any per tercer any consecutiu. El gener de 2014, Alaba va ser nomenat com a lateral esquerre a l'equip de l'any 2013 de la UEFA per primera vegada.