Els trens de transport van arribar a Westerbork cada dimarts de juliol de 1942 a setembre de 1944, i van deportar uns 97.776 jueus durant aquest període. Els presos jueus van ser deportats en onades al camp de concentració d'Auschwitz (65 trens carregats amb un total de 60.330 persones), Sobibor (19 trens carregats; 34.313 persones), el gueto de Theresienstadt i el camp de concentració de Bergen-Belsen (9 trens carregats; 4.894 persones). Gairebé totes les 94.643 persones deportades a Auschwitz i Sobibor a la Polònia ocupada pels alemanys
van morir a l'arribada.