Malaika es va casar amb l'actor-director-productor de Bollywood Arbaaz Khan el 1998, amb qui es va conèixer durant un rodatge d'un anunci de cafè. El 28 de març de 2016, van anunciar la separació per problemes de compatibilitat. La parella es va divorciar oficialment l'11 de maig de 2017.
11 de maig de 2017