Escriu una continuació per a aquest paràgraf - La família de Bačkis a Lituània va ser perseguida pels soviètics; el seu germà Juozas va ser deportat a Sibèria
al juny de 1941 on va morir un any més tard. Klimas va ser arrestat per la Gestapo el setembre de 1943, la qual cosa va deixar a Bačkis com a diplomàtic superior a França. El mateix any, Bačkis va defensar la seva tesi de doctorat sobre el Concordat lituà (publicat en lituà el 2007). Després de la guerra, França no va reconèixer oficialment els serveis diplomàtics lituans, letons o estonians, però els va permetre funcionar no oficialment. Bačkis va continuar educant a diversos funcionaris sobre l'ocupació de Lituània i va pressionar pel no reconeixement de la RSS de Lituània per garantir la continuïtat de l'estat. També va publicar butlletins informatius sobre els assumptes lituans (incloent 33 números de "Questions Lithuaniennes", 8 números de "Bulletin Lithuanien", i el llibre "Peuples opprimés. La tragèdia dels Estats Baltes"), va ajudar als refugiats lituans, etc. El 1948, Bačkis va fer contactes amb Juozas Lukša, un partisan antisoviètic que va aconseguir escapar de la Cortina de Ferro, i el va ajudar a difondre informació sobre la lluita armada. El 1949, el Comitè de Països d'Europa Central i Oriental, presidit pel parlamentari britànic Harold Macmillan i representant diverses nacions del bloc oriental, va ser establert pel Moviment Europeu. Bačkis va esdevenir vicepresident del Comitè el 1951. També va ser representant lituà a la Unió de Federalistes Europeus, va unir-se als Nouvelles équipes internationales (Noves Equips Internacionals) i a l'Assemblea de les Nacions Europees Captives. Bačkis també va instar al restabliment de l'Acadèmia Catòlica de Ciències de Lituània i va presentar activament treballs d'investigació en les seves sessions. El 1950, va ser guardonat amb l'Orde de Sant Gregori el Gran pel Vaticà.