La temporada 2016 va ser la 105a temporada de Malmö FF, la seva 81a temporada a Allsvenskan i la seva 16a temporada consecutiva a la lliga. Van competir a Allsvenskan
on van acabar primer, la Svenska Cupen 2015/16 on van acabar com a subcampions, i la Svenska Cupen 2016/17 on van ser eliminats en la segona ronda. La temporada va començar amb la fase de grups de Svenska Cupen el 20 de febrer, el partit de lliga va començar el 2 d'abril i la temporada va concloure amb l'últim partit de lliga el 6 de novembre.