El 26 de desembre de 2006, el mateix José Mourinho va declarar que el seu capità podria necessitar cirurgia per solucionar el problema. En l'absència de Terry, el Chelsea va empatar 2 a 2 a casa contra Reading i Fulham durant el Nadal, empates que van resultar crucials en el destí del títol de la Premier League per a aquesta temporada. El 28 de desembre, el Chelsea va publicar un comunicat de premsa dient que Terry havia tingut cirurgia de l'esquena: "L'operació per extirpar un disc intervertebral lumbar segrestat va ser reeixida". Tot i que es esperava que tornés al partit contra el Wigan Athletic, que va guanyar 3 a 2 gràcies a un gol tardà de l'aixec Arjenben, Terry va desaparèixer una vegada més, a causa del problema de l'esquena recurrent.
£131.000 i £135.000 per setmana