Es creu que la família Balaenopteridae es va separar de les altres famílies del subordre Mysticeti ja fa temps com a Oligocè mitjà (28 Ma fa). El llinatge de la balena blava es va separar dels altres rorquals durant el Miocè, entre 7,5 i 10,5 milions d'anys fa. No obstant això, el flux genètic entre les espècies sembla haver continuat més enllà d'aquesta data. La balena blava té la major diversitat genètica de qualsevol balena baleina, i una diversitat més alta que la mitjana entre els mamífers moderns.
Ballena jorobada, la ballena de aleta, la ballena de Bryde, la ballena sei i la ballena minke