Escriu una continuació per a aquest paràgraf - El seu lloc en l'equip mundial de cross-country de Kenya semblava incert el 2009 quan el seu entrenador en cap Julius Kirwa va descartar les seves possibilitats, dient que havia corregut massa carreres aquella temporada. Cherono va respondre prenent el lideratge immediatament a les proves de Kenya i guanyant la cursa junior per un marge de tretze segons. Al Campionat del Món de Cross Country de 2009
a Amman, Cherono va participar en un duel de cursa amb Genzebe Dibaba en la cursa junior. Cherono va prendre el lideratge en les etapes finals, però un estirament difícil amb una pujada de 40 metres va permetre que Dibaba la superés i Cherono va acabar amb la medalla de plata. En el Campionat Africà d'Atletisme Junior de 2009, Cherono va aconseguir el títol dels 3000 m per uns 13 segons, però es va trobar derrotada de nou per Genzebe Dibaba en la cursa dels 5000 m, acabant amb la medalla de plata. Va competir en el circuit d'atletisme d'alt nivell aquell any i va ser tercera al Rieti IAAF Grand Prix, registrant una millor marca personal de 8:44.67 pels 3000 m. Va ocupar el tercer lloc per segona vegada al Memorial van Damme al setembre, registrant millors resultats personals en els 1500 metres i 2000 metres i batut només pels campions del món en exercici Gelete Burka i Vivian Cheruiyot.