Abans del sobrevol de la New Horizons, hi havia dues teories contradictòries sobre l'estructura interna de Caronte: alguns científics pensaven que Caronte era un cos diferenciat com Plutó, amb un nucli rocós i un mantell de gel, mentre que altres pensaven que seria uniforme en tot. L'evidència en suport de la primera posició es va trobar el 2007, quan les observacions de l'Observatori Géminis de taques d'amoniac i cristalls d'aigua a la superfície de Caronte van suggerir la presència de cristalls solars actius.
Plutó