Després de la temporada de 2012, Scutaro i els Giants van acordar un contracte de 3 anys i 20 milions de dòlars que es va fer oficial el 7 de desembre de 2012. El 2013, Scutaro va ser el segon base titular, amb Tony Abreu i Nick Noonan com els seus principals backups. En 81 partits a la primera meitat, Scutaro va batejar.316/.367/.400 amb 2 HR, 22 RBI i 37 R, i va ser nomenat al 2013 MLB All-Star Game
- No. Scutaro va jugar el seu últim partit de 2013 el 15 de setembre, i va ser oficialment tancat el 24 de setembre. Va ser sotmès a una operació el 27 de setembre que va inserir un pinell en el mig mig mig esquerre corregint el seu dit de mallet, una lesió que va patir l'11 de juny contra els Pirates quan va ser colpejat per Tony Watson. En 127 partits el 2013, va batejar.297/.357/.369 amb 2 HR, 31 RBI i 57 R.