En el cas d'una persona amb trastorn esquizoafètic, la rehabilitació psiquiàtrica, la psicoteràpia i la rehabilitació vocacional són molt importants per a la recuperació de la funció psicossocial superior. Com a grup, les persones amb trastorn esquizoafètic que van ser diagnosticades utilitzant els criteris DSM-IV i ICD-10 (que des de llavors s'han actualitzat) tenen un resultat millor que les persones amb esquizofrènia, però tenen resultats psicossociales individuals variables que les persones amb trastorns de l'estat d'ànim, des del trastorn. Hi ha una preocupació creixent per part d'alguns investigadors que els antidepressius poden augmentar la psicosi, la mania i l'episodi d'humor a llarg termini en el trastorn.
medicació estabilitzadora de l'estat d'ànim o medicació antidepressiva, o ambdues