Diponegoro va néixer l'11 de novembre de 1785 a Yogyakarta, i era el fill gran del sultà Hamengkubuwono III de Yogyakarta. Durant la seva joventut a la cort de Yogyakartan, esdeveniments importants com la dissolució de la VOC, la invasió britànica de Java
, i posteriorment es va tornar al domini holandès. Durant la invasió, el sultà Hamengkubuwono II, posat de banda en el seu poder el 1810 en favor del pare de Diponegoro, va utilitzar la interrupció general per recuperar el control. No obstant això, el 1812 va ser una vegada més destituït del tron i exiliat fora de Java per les forces britàniques. En aquest procés, Diponegoro va actuar com a assessor del seu pare i aparentment havia proporcionat ajuda a les forces britàniques fins al punt que Raffles li va oferir el títol de "Sultan" que va rebutjar, potser degut al fet que el seu pare encara regnava.