El 5 de juliol de 2008 Comotto va signar amb el club de la Serie A Fiorentina per 4,8 milions d'euros (però també va costar a "La Viola" 198.000 euros addicionals com a altra taxa). Una greu lesió va excloure a Comotto de la llista de l'equip de la Lliga de Campions per al 2008. Va fer el seu debut a la Viola el 21 de setembre de 2008 a Fiorentina-Bolonya, que va acabar 1<unk>0. També va debutar a la Lliga de Campions en el primer partit de les eliminatòries contra el Sporting Clube de Portugal el 18 d'agost de 2009 a l'Estadi José Alvalade. Va ser el defensa dret titular en les temporades 2008-09 i 2009-10, però va perdre el seu lloc a Lorenzo De Silvestri en la Serie A 2010-11.
temporada. Aquella temporada només va començar 16 vegades i només va ser reelegit per l'entrenador a l'octubre després que va criticar la seva selecció és una raó per a mals resultats.