Branch va entrar a l'Exèrcit Confederat el maig de 1861, com a soldat dels Raleigh Rifles. Més tard aquell mes va acceptar l'oficina de quartermaster general de l'estat, però va dimitir per al servei en el camp. Al setembre va ser elegit coronel del 33è North Carolina. Va ser nomenat general de brigada el gener de 1862. Després de la Batalla de New Bern, la seva brigada va ser adscrita a la Divisió d'AP Hill del Cos de Stonewall Jackson. Era el major general de brigada de la divisió de Hill. La brigada de Branch va lluitar a la Batalla de Hanover, les Batalles dels Set Dies, Cedar Mountain, Second Manassas, Chantilly
, i Harper's Ferry