Escriu una continuació per a aquest paràgraf - Ocupada per la Unió Soviètica després del Pacte Molotov-Ribbentrop de 1939, va ser objecte de dures polítiques de la NKVD. La presó inacabada va ser presa pel NKVD el desembre de 1939 i va ser utilitzada per a presos polítics de totes les parts de la Polònia ocupada pels soviètics. Entre 1500 i 3000 presoners van ser guardats allà en dures condicions, amb nous presoners arribant després que els anteriors fossin transportats successivament a Gulag i altres presons soviètiques. El 1940 la majoria dels polonesos locals van ser arrestats i reassentats a diversos gulags i presons soviètiques a tota l'URSS. El 1941, després de l'esclat de la Guerra Soviètic-Alemanya, el 24 i 25 de juny de 1941, aproximadament 550 presoners de la presó de Dubno van ser executats per la NKVD que es retirava, mentre que només 8 d'ells van sobreviure. Al voltant d'aquell temps, a les proximitats de la ciutat (i al voltant de Lutsk i Brody) es va lliurar una gran batalla de tancs. A la Batalla de Brody (1941) el 1r Grup Panzer alemany sota Ewald von Kleist va aconseguir trencar el contraatac del 9n i 19n Cos Mecànic Soviètic, i el 8n Cos Mecànic. El Grup de Tancs del 8è Cos va prendre Dubno i el va mantenir durant 5 dies abans de ser retirat per forces alemanyes més fortes (sota les ordres de Konstantin Rokossovski, Nikolay Feklenko i DI Rybjasev, el Comandant del grup de tancs del 8è Cos era el comissari de brigada N.K. Popel, respectivament). Poc després la ciutat va ser ocupada per Alemanya. Durant l'ocupació
, els alemanys van volar l'històric ajuntament del segle XVIII.