El seu pare, Robert Federer, és un suís-alemany de Berneck, al cantó de St. Gallen, i la seva mare, Lynette Federer (de soltera Durand), és una africana de Kempton Park, Gauteng, Sud-àfrica. Federer té un germà, la seva germana gran, Diana, que és la mare d'un parell de bessons. Com que la seva mare és sud-africana, té la ciutadania suïssa i sud-africana. Va créixer a Birfelsden, Riehen, i després Münchenstein, prop de les fronteres francesa i alemanya, i parla alemany suís, alemany estàndard, anglès i francès amb fluència, així com també italià i suec; el suís-alemany és la seva llengua materna.
Lynette