En aquest cas, el sistema immunològic no distingeix correctament entre l'auto i el no-auto, i ataca part del cos. En circumstàncies normals, moltes cèl·lules T i anticossos reaccionen amb pèptids "auto". Una de les funcions de les cèl·lules especialitzades (situades en el timus i la medul·la òssia) és presentar els limfòcits joves amb antígens auto produïts per tot el cos i eliminar les cèl·lules que reconeixen els autoantígens, evitant l'autoimmunitat.
part del cos