El 18 de gener de 2016 es va anunciar que Safari tornaria a Malmö FF quan el seu contracte amb el FC Basel expirés al final de la temporada 2015-16. Safari va signar un contracte amb Malmö que s'estén durant la temporada 2020 i li permet unir-se a l'equip a la meitat de la temporada 2016
- No. Va marcar un gol a la Allsvenskan l'11 d'abril de 2017 contra GIF Sundsvall i va ser nomenat vicecapità després de Markus Rosenberg. Va guanyar el seu desè títol de lliga després de guanyar l'Allsvenskan de 2017, fent que Zlatan Ibrahimović fos l'únic suec amb més títols de lliga. Safari es va convertir en un titular regular de la MFF quan es va classificar per a la UEFA Europa League 2018-19 el 30 d'agost de 2018. El 28 de setembre de 2020, Safari va anunciar que es retiraria del futbol professional després de la temporada de 2020. El 8 de novembre de 2020, Safari i Malmö van guanyar l'Allsvenskan 2020. Safari va jugar el seu últim partit professional el 6 de desembre de 2020 en una victòria de 4 a 0 sobre Östersund, alçant el Trofeu Lennart Johansson després i rebent un homenatge de Walter Samuel i Roger Federer.