A terra, Alexeyev va tenir seriosos i contínuos desacords amb el general Kuropatkin, l'ex-ministre de la Guerra, sobre l'estratègia emprada contra els japonesos. Alexeiev va forçar Kuropatkin a prendre una posició més agressiva, malgrat la insistència de Kuropatkin en emprendre una guerra de desgast defensiu fins a la finalització del ferrocarril Transsiberià, que portaria reforços i subministraments. Seguint una ordre directa del tsar, Alexeyev va deixar Port Arthur el 5 de maig de 1904 per Mukden, i després de la derrota russa a la Batalla de Shaho
(5 al 17 d'octubre de 1904, Estil nou), va ser alliberat del seu comandament i va rebre l'ordre de tornar a Sant Petersburg el 12 d'octubre de 1904.