Escriu una continuació per a aquest paràgraf - El 17 de maig de 2017, Werner va ser nomenat a l'equip d'Alemanya per a la Copa de les Confederacions de la FIFA de 2017 celebrada a Rússia. Va aparèixer com a substitut de Sandro Wagner en el primer partit de l'equip del torneig contra Austràlia, abans de marcar els seus dos primers gols internacionals quan va ser seleccionat per començar en el partit final de grup d'Alemanya contra Camerun el 25 de juny. Quatre dies més tard, Werner va marcar el tercer gol d'Alemanya en una victòria de semifinales de 4 a 1 sobre Mèxic. El 2 de juliol de 2017, Werner va assistir al gol guanyador de Lars Stindl en la final de la Copa de Confederacions de la FIFA de 2017.
Contra Xile. Amb tres gols i dues assistències, Werner va ser guardonat amb la Bota d'Or del torneig.