Escriure una continuació per a aquest paràgraf - A conseqüència d'aquest esdeveniment, el defensor de drets humans de Guatemala, Ramiro de León Carpio, va succeir com a president, d'acord amb la constitució. Va nomenar a Pérez com a cap de gabinet presidencial, càrrec que va ocupar fins al 1995. Considerat com a líder de la facció de l'exèrcit guatemaltec que era a favor d'una resolució negociada de la guerra civil guatemalteca de 30 anys.
, Pérez va representar els militars en les negociacions amb les forces guerrilleres. Van aconseguir els Acords de Pau de 1996.