Escriu una continuació per a aquest paràgraf - Čech va començar en el primer partit del Chelsea de la temporada 2012-13, el Community Shield 2012 contra el Manchester City, però no va aconseguir mantenir una fitxa neta quan el Chelsea va caure 3-2 a gols de Yaya Touré, Carlos Tevez i Samir Nasri. També va participar en l'última Supercopa de la UEFA
va ser jugat a l'Estadi Louis II de Mònaco, en el qual va concedir quatre gols mentre el Chelsea va perdre 4 a 1 contra el guanyador de la UEFA Europa League, l'Atlético de Madrid. A l'octubre de 2012, Čech va prendre el braçall del capità quan el capità regular del Chelsea, John Terry, va ser marginat amb una suspensió de quatre partits.