Torres va ser seleccionat per ser titular pel nou entrenador del Chelsea, José Mourinho, contra el Hull City el dia d'obertura de la temporada 2013-14, on va guanyar un penalty al cinquè minut. Va marcar el seu primer gol de la temporada a la Supercopa de la UEFA 2013
contra el Bayern de Munic. El 28 de setembre de 2013, va ser expulsat després de rebre dues targetes grogues en el partit de la Premier League de Chelsea contra el Tottenham Hotspur a White Hart Lane.