Després de la substitució de Pellew pel contraalmirall William O'Bryen Drury, "Doris" va ser enviada a servir a l'estret de Malaca, en una missió per obtenir una relació de treball amb el govern espanyol a les Filipines. Per als seus esforços reeixits va rebre el comandament de la fragata HMS "Caroline" el 1809 i l'any següent va rebre el comandament d'un esquadró amb el qual atacar les Illes Molucas en una comissió lliure. En navegar cap a l'illa ben defensada de Banda Neira, Cole va planejar un audaç atac el 10 d'agost de 1810, les seves tropes van assaltar la fortalesa i la van capturar amb èxit. L'any següent va assumir un paper destacat en la planificació de la invasió de Java.
, que va ser completat amb èxit sota el contralmirall Robert Stopford. Per els seus serveis, va ser nomenat cavaller el maig de 1812, va ser guardonat amb una medalla especial i va rebre un doctorat honoris causa per la Universitat d'Oxford.