Escriu una continuació per a aquest paràgraf - Tres mesos després, la Supercopa de la UEFA 2013
va veure una revancha entre el Bayern, ara entrenat per Pep Guardiola, i el Chelsea (que havia sortit de la seva defensa de la Lliga de Campions a la fase de grups, però va guanyar la 'Europa League', ja que la Copa de la UEFA ara havia estat rebaudada). Després d'un empat de 1 a 1 en 90 minuts van compartir dos gols més en el temps addicional, el Bayern va igualar en l'últim minut. Es van requerir penals de nou, i aquesta vegada el Chelsea va perdre la seva última mentre que el Bayern va marcar els cinc, per afegir la Supercopa al gabinet de trofeus del club per primera vegada. No obstant això, ja havien perdut l'oportunitat de fer un barrido net en l'any calendari 2013 quan Dortmund va guanyar la DFL-Supercup 2013. Com a campió d'Europa, el Bayern va passar directament a la fase de semifinales de la Copa Mundial de Clubs de la FIFA que el 2013 es va celebrar al Marroc. Van derrotar els representants asiàtics de Guangzhou Evergrande 3 a 0 per avançar a la final, i van veure al Raja Casablanca de la nació amfitriona (que inesperadament havia eliminat els campions sud-americans de l'Atlético Mineiro) a la final per ser coronat campió del món per tercera vegada. Com en la Copa d'Europa i la Copa Intercontinental, van ser el primer club alemany a aixecar la Copa del Món de Clubs.