En 1929, Khomeini es va casar amb Khadijeh Saqafi, la filla de 16 anys d'un cléric a Teheran. Per tots els comptes, el seu matrimoni va ser armoniós i feliç. Va morir el 2009. Van tenir set fills, tot i que només cinc van sobreviure a la infància. Les seves filles es van casar en famílies mercants o clericals, i els seus dos fills van entrar a la vida religiosa. Mostafa, el fill gran, va morir el 1977 mentre estava a l'exili a Najaf, l'Iraq amb el seu pare i va ser rumorejat pels partidaris del seu pare que va ser assassinat per SAVAK. Ahmad Khomeini, que va morir el 1995 als 50 anys, també va ser rumorejat que va ser víctima d'un joc dolent, però a mans del règim.
Khadijeh Saqafi