El 1999, Anjouan va tenir conflictes interns i l'1 d'agost d'aquest any, el primer president de 80 anys, Foundi Abdallah Ibrahim, va dimitir, transferint el poder a un coordinador nacional, Abeid Said. El govern va ser enderrocat en un cop d'estat per l'exèrcit i la marina el 9 d'agost de 2001. Mohamed Bajouan aviat va assumir el lideratge de la junta que va prendre el control i al final del mes va ser el líder del país.
El 1997