Després de la invasió conjunta alemanya-soviètica de Polònia, que va començar la Segona Guerra Mundial el setembre de 1939, la ciutat va ser ocupada per Alemanya
, que va dur a terme una campanya genocida contra la població polonesa i jueva local. Chełmża va ser un dels llocs d'execucions de polonesos realitzats per Alemanya el 1939 com a part de la "Intelligenzaktion". Molts polonesos locals, especialment professors, també van ser massacrats al bosc Barbarka a l'actual Toruń, també com a part de la "Intelligenzaktion". L'estat alemany en aquell moment considerava els polonesos i els jueus com a "untermenschen" i va planejar la seva erradicació com a grups nacionals. Per escapar d'aquest destí molts polonesos locals van prendre el grup III i IV de Volksliste. A principis de 1945, a Chełmża, els treballadors forçats polonesos evacuats de Jajkowo van ser reclutats per la força pels alemanys a l'Organització Todt, però alguns van aconseguir escapar. Com a resultat de l'extermini i les repressions alemanyes, la població de la ciutat va disminuir a 10.000 al març de 1945.