Eicke va servir com a segon comandant del camp de concentració de Dachau de juny de 1933 a juliol de 1934, i juntament amb el seu ajudant Michael Lippert, va ser un dels executors del cap de les SA Ernst Röhm durant la purga de la Nit dels ganivets llargs. El 1939, Eicke es va convertir en comandant de la Divisió SS Totenkopf de la Waffen-SS, liderant la divisió durant la Segona Guerra Mundial al front occidental.
i fronts orientals, i continuant a expandir i desenvolupar el sistema de camps de concentració.