Escriure una continuació per a aquest paràgraf - El final de la guerra civil a la primavera de 1865 va donar un gran impuls als fenians, a causa del nombre de soldats irlandesos-americans que es van dissoldre i amb ganes de veure el servei en un altre lloc. Els diners es van abocar a l'exchequer fenian; probablement 500.000 $ van ser subscrits entre 1860 i 1867. Hi va haver moltes diferències entre O'Mahony i James Stephens i el Consell Central en relació amb la política que s'havia de seguir per aconseguir el seu objecte, però O'Mahony va romandre president de l'organització durant diversos anys. No va prendre cap part personal en la insurrecció intentada a Irlanda o en les incursions al Canadà.
, encara que el seu consell va tenir molta importància en aquestes empreses.