L'avaluació microbiològica també està indicada en casos de pneumònia severa, alcoholisme, asplenia, immunosupressió, infecció pel VIH i abús d'alcohol. Tot i que una cultura de sang positiva i una cultura de fluid pleural estableixen definitivament el diagnòstic del tipus de microorganisme implicat, una cultura de sputum positiva ha d'interpretar-se amb cura per a la possibilitat de colonització del tracte respiratori. La prova d'altres organismes específics pot ser recomanada durant els brots, per raons de salut pública. En aquells hospitalitzats per malalties severes de sang, es recomanen cultures d'esputum i col·leccions de Mycobacterium tuberculosis, com la de la tos productiva crònica.
antígens a Legionella i Streptococcus