Els senyors escocesos la van obligar a abdicar en favor del seu fill Jaume VI, que havia nascut el juny de 1566. Jaume va ser portat al Castell de Stirling per ser criat com a protestant. Maria va escapar de Loch Leven el 1568, però després d'una altra derrota va fugir a través de la frontera cap a Anglaterra, on una vegada li havia estat assegurat el suport d'Elizabeth. El primer instint d'Elizabeth va ser restaurar el seu company monarca; però ella i el seu consell van optar per jugar segur. En lloc de arriscar tornar Maria a Escòcia amb un exèrcit anglès o enviar-la a França i als enemics catòlics d'Anglaterra, la van detenir a Anglaterra, on va ser empresonada durant els següents dinou anys.
Elisabet