Escriu una continuació per a aquest paràgraf - Munster va ser sortejat en el primer grup per a la Copa Heineken 2011-12, juntament amb Northampton Saints, Scarlets i Castres. Van derrotar al Northampton 23 a 21 en el primer partit de piscina al Thomond Park, després d'un gol de Ronan O'Gara al minut 83. En el seu segon partit, Munster va derrotar a Castres 24 a 27, amb O'Gara de nou anotant un gol a les prolongades per assegurar la victòria. El Munster va guanyar el seu tercer partit de billar, fora de casa als Scarlets, 17 a 14. En el partit de tornada una setmana més tard, Munster va guanyar 19 x 13. Una victòria de 26-10 sobre Castres el 14 de gener de 2012 va garantir que Munster es va classificar per als quarts de final de la Copa Heineken 2011-12. Munster va acabar els seus partits de la Heineken Cup 2011-12 amb una victòria de 51 a 36 contra Northampton Saints, assegurant la primera posició als quarts de final i guanyant 6 de 6 partits de la piscina per primera vegada. Munster va perdre el quart de final contra l'Ulster 22 a 16, perdent el seu segon partit a casa en la Copa Heineken. Munster va acabar tercer en el 2011-12 Pro12
, i va jugar als Ospreys fora de casa a les semifinals de play-off, perdent 45 a 10. El 22 de febrer de 2012 es va anunciar que McGahan deixaria Munster al final de la temporada 2011-12, per assumir el paper de coordinador d'entrenament a l'equip de gestió d'Austràlia. Rob Penney, entrenador de Canterbury i Nova Zelanda Sub-20, va ser escollit per succeir McGahan, sent presentat com el següent entrenador de Munster el 2 de maig de 2012.