Després de la temporada de 2013, Hinske es va unir als Yankees, aquesta vegada com a explorador. Va ajudar a convèncer a Brian McCann de signar amb els Yankees. Després d'un mes com a explorador dels Yankees, Hinske va ser contractat pels Chicago Cubs per ser el seu entrenador de primera base el 3 de desembre de 2013. El 9 d'octubre de 2014, va assumir el càrrec d'assistent d'entrenador de colpeja dins de la mateixa organització. El 2016, Hinske va guanyar el seu tercer anell de les World Series quan els Cubs van derrotar als Indians a les World Series de 2016
en set partits. Va ser contractat pels Angels de Los Angeles el 23 d'octubre de 2017 per ser el seu entrenador de bates. Després d'una temporada, va ser reemplaçat per Jeremy Reed. Va ser contractat com a assistent de l'entrenador dels Arizona Diamondbacks el 2019. El 10 de juny de 2021, Hinske va ser alliberat de la seva posició amb el club.