Completa la següent frase: Alpha va estar actiu durant la Segona Guerra de Txetxènia que va començar el 1999, així com durant la posterior Guerra de la Seconda Guerra de Txetxènia.
Insurrecció al Caucas del Nord. Durant la Batalla de Komsomolskoye el 2000, els franctiradors Alfa adscrits al Grup Occidental de forces federals de Vladimir Shamanov, van ser desplegats en un intent de suprimir els franctiradors de Ruslan Gelayev al poble. Segons els veterans de la unitat, les operacions en les quals Alpha va participar van conduir a l'arrest del comandant txecèn Salman Raduyev el 2000, l'assassinat del comandant txecèn Arbi Barayev el 2001, l'assassinat del president separatista txecèn Aslan Maskhadov el 2005 i l'assassinat del líder militant estranger Abu Hafs al Dagestan el 2006. Després de la transferència de la responsabilitat de les operacions a Txetxènia del Ministeri de Defensa a l'FSB al gener de 2001, i abans de la política de "Txetxenizació" que va començar el 2003, els membres d'Alfa (juntament amb l'altre personal rus i la milícia txechena pro-Moscou) van participar en almenys 10 "grups especials combinats" mixtos (SSG), considerats esquadrons de la mort per grups de drets humans i observadors externs. Es creu que els SSG van estar darrere de moltes de les nombroses "limpiacions de noms/adreces" ("imeny/adressny zachistki"): generalment atacs nocturns per homes enmascarats en vehicles no identificats, dirigits contra combatents rebels actius o antics, els seus partidaris, els seus familiars o altres civils per a desaparicions forçades o assassinats extrajudicials. El 2005, Human Rights Watch va declarar que les desaparicions havien arribat a l'escala d'un crim contra la humanitat, i que "Rússia té la distinció ingloriosa de ser un líder mundial en desaparicions forçades". L'UFSB de Txetxènia també va formar una unitat Alfa local, que es creu que és similar en el seu paper als SSG.