Piquet va tenir una decepcionant temporada de 1989, conduint un Lotus Judd V8 que tenia 125 CV menys que els Honda V10 utilitzats per McLaren. No obstant això, va tenir un excel·lent (tenint en compte les limitacions del cotxe Lotus) 4è lloc al Gran Premi de Gran Bretanya
a Silverstone on va superar els cotxes més ràpids i era tercer fins que Nannini el va superar en les últimes voltes. Ell (i el seu company d'equip Satoru Nakajima) una vegada més no van guanyar i ni tan sols van aconseguir classificar-se per al Gran Premi de Bèlgica de 1989, la primera no qualificació de Piquet des del Gran Premi de Detroit de 1982. En el que va ser el seu últim intent de classificar-se a Spa, Piquet va perdre la seva oportunitat quan va ser retardat pel novell francès Olivier Grouillard, que havia guanyat una reputació al llarg de la temporada com a bloquejador.