Müller va començar la temporada 2013-14 sota el nou entrenador Pep Guardiola jugant a la Supercopa d'Alemanya. El 5 d'agost, Müller va marcar un hat-trick quan el Bayern va guanyar 5-0 en el partit de la primera ronda de la DFB-Pokal 2013-14 contra el Schwarz-Weiß Rehden. En el primer partit del Bayern de la Bundesliga de 2013-14, Müller va perdre un penalt per primera vegada. Segons més tard, el salvament del penaltí va llançar la mà d'Álvaro Domínguez que va resultar en un altre penaltí que David Alaba va convertir. Després d'això, Müller va declarar: "Encara estic feliç de prendre penals, però crec que David Alaba és l'home principal per als punts de puntuació per ara". Va jugar a la Supercopa de la UEFA
- No.