Després de la invasió nazi de 1941, la Societat Filarmònica va aturar la seva feina, i la majoria dels seus arxius van ser destruïts. Durant l'ocupació alemanya de Kíev, l'edifici de la Societat va ser convertit en un "Club d'Oficials Alemanys". Aquesta va ser una de les raons importants per les quals l'edifici no va ser destruït, restant un dels pocs edificis d'abans de la guerra que van sobreviure al carrer Khreshchatyk. Després de l'alliberament de Kíev
, l'edifici de la Societat Filarmònica va reprendre el seu funcionament el 1944 tan aviat com les hostilitats es van allunyar de Kíev.