McKinnon va néixer i va créixer a la ciutat de Long Island de Sea Cliff, Nova York, de Laura Campbell, educadora, i Michael Thomas Berthold, arquitecte. Té una germana menor, Emily Lynne. El seu pare va morir quan ella tenia 18 anys. Com a nena, McKinnon va tocar diversos instruments. Va començar a tocar el piano quan tenia 5 anys, el violoncel quan tenia 12 anys, i es va ensenyar a tocar la guitarra quan tenia 15 anys. Va graduar-se a North Shore High School el 2002, i a la Universitat de Columbia el 2006 amb un grau en teatre, on va cofundar un grup de comèdia, Tea Party, que es va centrar en la comèdia musical improvisada. A la Universitat de Columbia, va protagonitzar tres espectacles de la universitat: V109 "Dial for Deadline", V110 "Off-Broadway" i V111 "The Sound of Pranges".
Festa del Te