Per segona vegada en la seva carrera, Costa va ser un substitut no utilitzat quan l'Atlético va guanyar la Supercopa de la UEFA l'1 de setembre de 2012. Aquell desembre, Costa va estar involucrat en diversos altercacions en el camp en dos partits separats. El primer va ser en un derbi local de 0<unk>2 contra el Reial Madrid on va evitar una acció disciplinària després d'incidents de escopit entre ell i Sergio Ramos. Va ser expulsat en el següent partit contra el Viktoria Plzeň a la UEFA Europa League per donar un cop de cap a l'oponent David Limberský, i va ser sancionat per la UEFA per quatre partits. Això, no obstant això, no va impedir que l'entrenador Diego Simeone continués sent titular, i va respondre marcant tres gols en dos partits a casa, contra el Deportivo de La Coruña a la lliga (6<unk>0) i el Getafe a la temporada.
La Copa del Rei (3<unk>0).