Moltes classificacions més recents intenten presentar grups monofilètics basats en informació morfològica (especialment ultrastructural), bioquímica (quimiotaxonomia) i de seqüència d'ADN (recerca molecular). No obstant això, de vegades hi ha discordances entre les investigacions moleculars i morfològiques; aquestes poden ser categoritzades en dos tipus: (i) una morfologia, múltiples llinatges (per exemple, convergència morfològica, espècies críptiques) i (ii) un llinatge, múltiples morfologies (per exemple, plasticitat fenotípica, múltiples etapes del cicle de vida).
no monofilètics