El 9 de febrer de 1941, Iachino va dirigir la flota italiana en la persecució sense èxit de la Força H britànica, després que aquesta última hagués bombardejat Gènova i La Spezia. Va tornar a comandar la flota de batalla italiana a la batalla del cap Matapan.
(26-29 de març de 1941), que va resultar en la major derrota que mai va patir la Regia Marina; rebutjant els informes de cuirassats britànics propers com incorrectes o exagerats, va enviar tota la 1a Divisió de Cruceros al rescat del creuers "Pola" afectat, el que va resultar en l'aniquilació de tota la Divisió pels tres cuirassats de la Flota Mediterrània de l'Almirall Andrew Browne Cunningham. Les seves accions durant aquesta batalla han estat objecte de moltes crítiques des de llavors; malgrat això, Iachino no va ser alliberat del comandament.