Messier es va matricular a la Universitat Estatal de Michigan, seguint els passos del seu germà gran Mitch. Va jugar per als Spartans durant quatre anys i va ser seleccionat per al primer equip All-Star de la CCHA en el seu últim any en 1991-92. Després del seu segon any, Messier va ser seleccionat pels New York Rangers en el Draft d'entrada de la NHL de 1989.
, 118a general. Durant el seu temps amb els Spartans alguns dels seus companys d'equip van incloure Rod Brind'Amour, Kip Miller, Jason Woolley, Bryan Smolinski i Rem Murray.