Va ser nomenat capità el març de 1805. El juliol de 1805 va tornar a posar en servei el de 22 canons per al servei a la Mediterrània, i l'octubre de 1806 va prendre el comandament del de 36 canons. Elliot el va comandar durant els següents sis anys, i va navegar cap a les Índies Orientals i la Xina el 15 de febrer de 1807. El 8 d'octubre de 1808 va perseguir i va capturar la corbeta francesa de 18 canons "Iéna" mentre estava a la badia de Bengala, i el 15 de juliol de 1809 els vaixells de "Modeste" i van tallar el 8 canons "Tuijneelar" al Estret de Sunda. Elliot va participar en les operacions.
per capturar Java entre agost i setembre de 1811. Va prendre el comandament del 38 canons el 1813 i va participar en la supressió dels pirates de Borneo el juny. Les seves accions durant aquestes campanyes van cridar l'atenció dels seus superiors, així com la seva assistència al coronel McGregor en la restauració del sultà de Palembang. El final de les guerres napoleòniques el va deixar sense cap comandament, tot i que va ser capaç d'assegurar un càrrec per comandar el HMS "Victory", servint com a vaixell de guàrdia a Portsmouth des de l'1 de maig de 1827 fins al 24 de gener de 1832. El seu servei durant aquest període va guanyar a Elliot els elogis del Duc de Clarence, el futur rei Guillem IV.