A causa de l'antisemitisme i la persecució en els anys 1920 i 1930, la població jueva de Königsberg estava en declivi en el moment en què el Partit Nazi va prendre el control a través de la "Machtergreifung" el 1933. En aquell any només hi havia 3.500 jueus que vivien a la ciutat. La legislació antijudaica de l'Alemanya nazi d'abans de la guerra, imposada per Erich Koch, va restringir els negocis i va portar a molts jueus de Königsberg a emigrar, principalment als Estats Units i Gran Bretanya. Michael Wieck va escriure sobre la discriminació que va patir de la Joventut Hitleriana. En la inauguració de l'Ostmesse de 1935, Hjalmar Schacht va criticar la persecució sense èxit. La persecució va portar a la comunitat jueva a crear una escola jueva separada per a 82 estudiants a l'abril de 1935; va créixer fins a incloure 180 estudiants en 6 classes amb 4 professors per a l'octubre de 1935. El febrer de 1938 el diari de propaganda "Der Student der Ostmark" va publicar els noms de 201 empresaris jueus, 38 metges i 22 advocats que van quedar a la ciutat, que va ser utilitzada pel Sturmabteilung durant la Nit de Vidres Trencades
al novembre de 1938. La Nova Sinagoga va ser cremada, la sinagoga ortodoxa Adass Jisroel i dos cementiris van ser vandalitzats; l'escola jueva va ser atacada però després va reobrir, així com la sinagoga ortodoxa, on Michael Wieck es va convertir en Bar Mitzva a mitjans de 1941. Molts dels residents jueus van ser enviats a camps de concentració nazis dins d'Alemanya.