Després de la mort d'Uthman, Ali, un cosí i gendre de Mahoma, es va convertir en califa i va traslladar la capital de Medina a Kufa, on Mukhtar va ocupar algun càrrec menor sota ell, i l'oncle de Mukhtar es va convertir en governador de la propera al-Mada'in. Alguns companys de Mahoma, incloent Mu'awiya, el governador de Síria, es van negar a reconèixer l'autoritat d'Ali, i la guerra
va esclatar. La Batalla de Siffin va acabar en un estancament (juliol de 657), quan les forces d'Ali es van negar a lluitar en resposta a les crides d'arbitratge de Mu'awiya. Ali va acceptar les converses a contracor, però una facció de les seves forces, més tard anomenades kharijites, es va separar en protesta, condemnant l'acceptació d'Ali de l'arbitratge com a blasfèmia. L'arbitratge no va poder resoldre la disputa entre Mu'awiya i Ali i aquest últim va ser assassinat posteriorment per un kharijite al gener de 661.