Escriu una continuació per a aquest paràgraf - Francona va dirigir els indis al títol de la Divisió Central de la Lliga Americana el 2016. El seu equip va barrer el seu antic club, els Boston Red Sox, en tres partits de la sèrie divisional, aconseguint una plaça a l'ALCS amb una victòria al Fenway Park el 10 d'octubre de 2016. El 19 d'octubre de 2016, els Francona's Indians van guanyar als Toronto Blue Jays per passar a la Sèrie Mundial
, on els Indians van guanyar el primer partit contra els Chicago Cubs 6-0 per estendre el seu rècord de la Sèrie Mundial a 9<unk>0. Va perdre el seu primer partit de les World Series quan els Indians van ser derrotats pels Cubs en el segon partit per un marcador de 5-1. Els Indians van guanyar el tercer partit contra els Chicago Cubs 1 a 0. Els Indians van guanyar el joc 4 contra els Chicago Cubs 7 a 2 per donar a Cleveland una avantatge de 3 a 1. Els Indians caurien als Cubs 3 a 2 en el partit 5. Cleveland va perdre el 6è partit per un resultat de 9 a 3, després va perdre 8 a 7 en 10 entrades en el 7è partit, donant a Francona la seva primera derrota a les World Series. El 15 de novembre de 2016, Francona va ser nomenat Manager de l'Any de l'American League per segona vegada en la seva carrera.