Completa la següent frase: El debut de Niyonkuru en una competició internacional va ser al Campionat Mundial de Cross Country de la IAAF de 2005. Va competir en la cursa d'homes juniors i va acabar 33è de 133 atletes en un temps de 25 minuts i 32 segons. En els Jocs de la Francofonia de 2005, Niyonkuru va competir en els 10.000 metres. Niyonkuru va acabar quart amb un temps de 29 minuts i 18,08 segons, només 0,03 segons per darrere del medallista de plata, el marroquí Abderrahim Goumri. Niyonkuru després va competir al Campionat del Món Junior de 2006. Va acabar cinquè en els 10.000 metres en un temps de 28 minuts i 59,92 segons. Va estar a 6,63 segons del guanyador de la cursa, Ibrahim Jeilan d'Etiòpia. El 2007, Niyonkuru va competir al
Campionat del Món de Cross Country 2007 en la cursa masculina junior. Va acabar 13è en 24 minuts i 56 segons. Va acabar 49 segons darrere del medallista d'or, el kenià Asbel Kiprop. En els Campionats del Món Militar d'Atletisme del 2009, Niyonkuru va guanyar la medalla de plata en els 10.000 metres. El seu temps de 29 minuts i 37,14 segons era de 23,67 segons per darrere del medallista d'or, Essa Ismail Rashed de Qatar. Niyonkuru va estar 4,97 segons per davant del medallista de bronze, el tunisià El Akhdar Hachani. Niyonkuru va guanyar la Mitja Marató Auray-Vannes 2015 en un temps d'una hora, tres minuts i vint segons. En els Jocs Olímpics d'estiu de 2016, Niyonkuru va competir en la marató masculina el 21 d'agost de 2016, però no va acabar la cursa. El 2017 va competir en la marató masculina en el Campionat del Món d'Atletisme de 2017, ocupant el 71è lloc en 2:42:27.