El 15 de juny de 1940, la Unió Soviètica va ocupar Lituània, i els fusellers, com la resta de l'exèrcit, van rebre l'ordre de no resistir. Aleksandras Barauskas, un tirador i un guàrdia de fronteres, va ser assassinat per soldats de l'Exèrcit Roig a primera hora del matí del 15 de juny. El nou Govern Popular Soviètic de Lituània immediatament va prendre mesures per liquidar la unió. El seu comandant, el coronel Pranas Saladžius, va ser acomiadat el 19 de juny de 1940, i el cap de la divisió de defensa, el general Vincas Vitkauskas, que estava cooperant amb els soviètics, va ordenar als tiradors que lliuressin les seves armes als militars el 25 de juny de 1940. El 13 de juliol de 1940 es va emetre una ordre soviètica per liquidar el sindicat. En els mesos següents, un nombre dels fusellers més actius van ser detinguts com a "enemics del poble" i enviats a diversos camps del Gulag. El juny de 1941, els soviètics van començar una deportació massiva
que es dirigeix a "elements anti-soviètics", inclosos els tiradors. Entre els deportats hi havia el comandant de la LRU, el coronel Pranas Saladžius, el comandant honorari de la secció de dones Emilija Putvinskienė, el comandant del regiment Utena, el tinent coronel Pranas Bronevičius, el cap de la secció de cultura Vincas Daudzvaras, i altres.