Fagan va ser nomenat segon tinent en els Marines el gener de 1942. Fagan va servir com a oficial comandant de la Companyia G, Segon Batalló, 9è Regiment de Marines, 3a Divisió de Marines. Va lluitar a Bougainville, Guadalcanal, Nova Zelanda, Kwajalein, Eniwetok
, i les campanyes de Guam. Va ser greument ferit en combat a Iwo Jima el 26 de febrer de 1945; va ser evacuat i va morir l'endemà. Fagan va ser guardonat dues vegades amb la Creu de la Marina: una vegada per les seves accions a la Batalla de Guam, l'altra per les seves accions a la Batalla d'Iwo Jima. Va rebre el segon premi postumament.