A més de les medalles d'equip que va recollir, Toni també va guanyar diversos honors individuals: durant el seu primer període amb la Fiorentina, va guanyar el premi "Capocannoniere" (Més golejador de la Serie A) durant la temporada 2005-06, en la qual va marcar 31 gols (el major nombre de gols en una temporada de la Serie A des de 1958-59).
), que també li va valer la sabatilla d'or europea, convertint-se en el primer jugador italià en guanyar el premi; també va ser el màxim goleador de la lliga en la temporada 2014-15 de la Serie A, en la qual es va convertir en el jugador més vell en guanyar el premi als 38 anys, amb 22 gols. Toni també va acabar com a màxim goleador a la Bundesliga 2007-08, amb 24 gols, i a la Copa de la UEFA 2007-08, amb 10 gols.