Escriu una continuació per a aquest paràgraf - Abans de la temporada de 2016, Shibasaki va canviar el número de samarreta de vint a deu. A l'inici de la temporada de 2016, Shibasaki va continuar recuperant el seu primer lloc a l'equip, jugant en la posició central de migcamp. No va ser fins al 10 d'abril de 2016 quan va marcar el seu primer gol de la temporada i després va marcar un gol per Caio, que va marcar dues vegades en un partit, en una victòria de 4 a 1 contra el Sanfrecce Hiroshima. Un mes més tard, el 29 de maig de 2016, Shibasaki va marcar el primer gol del partit i després el tercer gol del partit, en una victòria de 4 a 0 contra Ventforet Kofu. Més tard va marcar dos gols al setembre, contra Kataller Toyama i Albirex Niigata. No obstant això, Shibsaka va patir una lesió al peu que el va mantenir fora durant un mes. Després de la qualificació del club per acabar en tercer lloc al final de la segona etapa de la J.League, no va tornar fins a la final contra Urawa Red Diamonds i va jugar en les dues cames, quan Kashima Antlers va empatar 2<unk>2 en el total a través d'un gol fora de casa, el que va resultar en que el club es va convertir en campió. A la Copa del Món de Clubs de 2016
, Shibasaki va començar els tres partits i va ajudar a Kashima Antlers a avançar en les etapes d'eliminació a la final. Va arribar a la fama després de marcar dues vegades per a Kashima Antlers a la final de la Copa del Món de Clubs 2016 contra el Reial Madrid. El Real Madrid finalment guanyaria el partit 4 a 2, tot i que en el temps addicional, després d'un hat-trick de Cristiano Ronaldo. Tot i perdre la final, la actuació de Shibasaki va ser elogiada pels mitjans de comunicació, tant a dins com fora del Japó. A més, va ser guardonat amb l'Adidas Bronze Ball al torneig. Després d'això, Shibasaki va ajudar al club a recuperar-se de la derrota, marcant dos gols per vèncer a Yokohama F. Marinos per ajudar a Kashima Antlers a arribar a la final de la Copa de l'Emperador. Va ajudar al club a guanyar el Kawasaki Frontale 2<unk>1 per guanyar la final de la Copa de l'Emperador. Al final de la temporada 2016, va fer quaranta-sis aparicions i va marcar sis vegades en totes les competicions.