Va ser seleccionat per a la seva selecció nacional a la Copa América Centenario
i va formar part de l'equip argentí que va arribar a la final. El defensor va jugar a la final on Xile va guanyar 4 a 2 en penals després que el partit acabés en un empate sense gols. No va ser seleccionat com un dels quatre primers tiradors de penaltis. Funes Mori va marcar el seu primer gol internacional el 6 d'octubre de 2016 en un empat de 2 a 2 contra el Perú en un partit en el qual també va concedir un penal tardà.