El gener de 1964, es va produir un motí a les casernes militars de Jinja, la segona ciutat d'Uganda i la llar del primer batalló de l'Exèrcit d'Uganda. Hi va haver motins similars en altres dos estats de l'Àfrica oriental; tots tres països van sol·licitar el suport de les tropes de l'exèrcit britànic. Abans d'arribar, però, Obote va enviar el seu ministre de Defensa, Felix Onama, per negociar amb els mutins. Onama va ser retingut com a ostatge, i va acceptar moltes demandes, incloent-hi augments significatius de paga per a l'exèrcit, i la ràpida promoció de molts oficials, incloent-hi el futur president. El 1965, els kenians havien estat prohibits de llocs de lideratge dins del govern, i això va ser seguit per la eliminació de kenians en massa de Uganda el 1969, sota la direcció d'Obote.
va suspendre la constitució i es va declarar president el març de 1966,