A principis de 1953, es van traslladar al Museu Arqueològic de Palestina (comunament anomenat el Museu Rockefeller) a Jerusalem Est i a través del seu transport va patir més deteriorament i dany. El museu no disposava de fons suficients i de recursos limitats per examinar els pergamins, i, com a resultat, les condicions del "pergamí" i de l'espai d'emmagatzematge es van deixar relativament incontrolades per als estàndards moderns. El museu havia deixat la major part dels fragments i dels rotllos entre els vidres de les finestres, atrapant la humitat amb ells, causant una acceleració en el procés de deterioració. Durant una part del conflicte durant la guerra de 1956
Durant la guerra civil israeliana, britànica i francesa contra Egipte, la col·lecció de manuscrits del Museu Arqueològic de Palestina es va emmagatzemar a la bóveda del Banc Otomà a Amman, Jordània. Les condicions humides de l'emmagatzematge temporal dels rotllos a la bóveda del Banc Otomà des de 1956 fins a la primavera de 1957 van conduir a un ritme més ràpid de deteriorament dels rotllos. Les condicions van fer que es desenvolupés el motxí en els rotllos i fragments, i alguns fragments van ser parcialment destruïts o van ser fets il·legibles per la cola i el paper dels sobre de manila en què van ser emmagatzemats mentre estaven a la bóveda. El 1958 es va observar que fins a un 5% d'alguns dels rotllos s'havien deteriorat completament. Molts dels textos s'havien fet il·legibles i molts dels pergamines s'havien foscat considerablement.