Escriu una continuació per a aquest paràgraf - Durant l'ocupació alemanya nazi de Polònia
Durant la Segona Guerra Mundial, la investigació de Weigl va atraure l'atenció dels nazis. Quan van ocupar Lviv, li van ordenar establir una planta de producció de vacuna contra el tifus al seu institut. Weigl va contractar un nombre d'amics jueus i col·legis a la planta de producció. Al voltant d'un miler de persones treballaven allà. Weigl va emplear i va protegir intel·lectuals polonesos, jueus i membres de la clandestinitat polonesa. Moltes d'aquestes persones que va contractar l'assistien en la seva investigació del tifus i els seus experiments amb els polls. Molts dels seus associats jueus van ajudar principalment a alimentar els polls i a canvi, van rebre menjar, protecció i dosis de la vacuna quan es va desenvolupar completament. Les seves vacunes van ser introduïdes clandestinament en els guetos de Lviv i Varsòvia, en diversos camps de concentració, i fins i tot en algunes presons de la Gestapo. Es va estimar que Weigl va ser capaç de salvar unes 5.000 vides durant el regnat nazi. El seu institut va ser tancat més tard per la Unió Soviètica després de la seva ofensiva anti-alemanya de 1944.