Completa la següent frase: Louis Bonaparte va nomenar Janssens Secretari General del Departament de Guerra al seu retorn. Va ocupar una sèrie de càrrecs administratius d'alt rang dins del regne fins a l'abdicació de Lluís Napoleó i l'annexió dels Països Baixos per França el 1810. L'11 de novembre de 1810, va ser nomenat governador general del territori conegut, abans de l'annexió, com a les Índies Orientals Neerlandeses, en substitució d'Herman Willem Daendels. Va arribar a Batavia, Java el 15 de maig de 1811 i immediatament es va involucrar en els esforços per enfortir les defenses de la colònia. Java es va beneficiar d'una quantitat més gran de tropes holandeses i franceses, així com de millors defenses, en comparació amb la Colònia del Cap. No obstant això, el
La flota d'invasió britànica va arribar poc després, el 30 de juliol, dirigida per Sir Samuel Auchmuty.