La combinació dels vents alsacians del sud-est i els monsons del nord-oest produeixen una temporada de pluges calentes (novembre-abril) amb ciclons destructius freqüents, i una temporada seca relativament més freda (maig-octubre). Els núvols de pluja originats sobre l'Oceà Índic descarreguen gran part de la seva humitat sobre la costa oriental de l'illa; les fortes precipitacions donen suport a l'ecosistema de la selva tropical de la zona. Les terres altes centrals són més seques i més fredes mentre que l'oest encara és més sec, i un clima semi-àrid preval al sud-oest i al sud de l'illa. Els ciclons tropicals causen danys a les infraestructures i a les economies locals, així com a la pèrdua de vides. El 2004, el cicló Gafilo es va convertir en el cicló més fort mai registrat a Madagascar. La tempesta va matar a 1724.260 persones, i va causar més de US $ 250 milions de danys.
una estació seca relativament més freda