Escriu una continuació per a aquest paràgraf - Quan Lituània va ser ocupada per la Unió Soviètica el juny de 1940, Aukštuolis juntament amb altres dignataris va saludar a Vladimir Dekanozov, el diputat de Vyacheslav Molotov, a l'aeroport de Kaunas. Va romandre a Lituània encara que la seva dona va fugir a l'Argentina i va utilitzar els seus contactes diplomàtics per ajudar a Martynas Yčas a escapar a Berlín. Després de la presa soviètica, Aukštuolis va perdre la seva feina al ministeri, però amb una recomanació de Justas Paleckis (traballaren junts a la legació lituana a Riga) va obtenir un treball d'ensenyador de llengua russa a l'Escola Secundària núm. 1 de Panevėžys. Va ser un dels 17.500 lituans deportats a Sibèria durant la deportació de juny
el 1941. Juntament amb diversos altres prominents lituans, incloent-hi l'expresident Aleksandras Stulginskis i el ministre Stasys Šilingas, Aukštuolis va acabar a Kraslag, al comtat de Krasnoyarsk. El 1942, ell i altres 16 lituans van ser detinguts una vegada més i acusats d'activitats anti-soviètiques. L'NKVD va recomanar una sentència de mort, però la sentència final de 25 anys de presó va ser anunciada només al febrer de 1952, gairebé tres anys després de la mort d'Aukštuolis per tuberculosi i desnutrició a Dubravlag.