El 31 de gener de 2013, Kovačić va acceptar una transferència a l'Inter de Milà. Es va revelar que l'acord va valer 15 milions d'euros en total, amb 11 milions de euros pagats immediatament i 4 milions d'euros quan i si l'Inter es classifica per a la Lliga de Campions de l'UEFA. A la seva arribada, Kovačić va rebre la samarreta número 10, que abans portava Wesley Sneijder.
Inter de Milà