Calgary no va aconseguir arribar als playoffs en les dues temporades, i mentre la producció ofensiva de Bouwmeester va augmentar en la temporada 2012-13 abreujada pel tancament, va tenir 6 gols i 15 punts en 33 partits per a Calgary i de nou va liderar l'equip en temps de gel. També va arribar a 750 partits de carrera sense aparèixer als playoffs. Amb els Flames entrant en una fase de reconstrucció, Bouwmeester va acceptar renunciar a la seva clàusula de no-intercanvi i va acceptar un intercanvi l'1 d'abril de 2013. Va ser traspassat als St. Louis Blues a canvi dels prospects Mark Cundari, Reto Berra i una selecció de primera ronda del draft de 2013.
- No. Va descriure la sortida de Calgary com "dolç-amarg", anomenant a la ciutat un gran lloc per jugar, però va expressar l'esperança que finalment arribaria als playoffs amb els Blues. Va aconseguir aquest objectiu després que els Blues aconseguissin un lloc als playoffs en el seu tercer últim partit de la temporada, i el 762 de la carrera de Bouwmeester. D'aquesta manera, va evitar trencar el rècord de la NHL d'Olli Jokinen de 799 partits de carrera abans de fer el seu debut en els playoffs (Jokinen va ser superat per Ron Hainsey dos anys més tard).