Durant l'Operació Harpoon, un dels dos combois aliats simultanis enviats a subministrar Malta al mar Mediterrani central dominat per l'Eix a mitjans de juny de 1942, els C.202 van estar involucrats en enfrontaments amb els huracans de mar. No obstant això, va ser durant aquest temps que l'Eix va haver d'abandonar els seus plans per a la invasió de Malta (coneguda com a Operació C 3).
) a causa de l'aeronau i els homes que són necessaris en altres llocs. El 7 de març de 1942, el portaavions va lliurar els primers Spitfires a Malta, i la superioritat aèria de l'Eix va començar a canviar a favor dels Aliats. No obstant això, a finals de juny, aproximadament 60 C.202 es van poder reunir a Sicília per operar contra Malta, que havia estat rebent el Spitfire Mk. V en quantitats cada vegada més grans. El Macchi podia superar el Spitfire, però els "Folgores" patiren per la manca d'un armament més potent i, sense ràdios, els pilots de la "Regia Aeronautica" es van veure obligats a comunicar-se entre ells movent les ales i, en conseqüència, van haver d'adoptar formacions que eren massa estretes i menys efectives en el combat. El seu rendiment també havia patit a causa de la manca de radar, que la RAF estava fent un ús extensiu per vectorar amb èxit els seus caces contra la seva oposició aèria.