En el cas dels virus polimòrfics, però, aquest mòdul de descodificació també es modifica en cada infecció. Un virus polimòrfic ben escrit, per tant, no té parts que romanen idèntiques entre les infeccions, fent-lo molt difícil de detectar directament utilitzant "signatures". El programari antivirus pot detectar-lo desxifrant els virus utilitzant un emulador, o per patrons estadístics del cos xifrat del virus. Per permetre el virus polimòrfic, el virus ha de tenir un motor polimòrfic mutal (anomenat "motor de xifratge" o "motor de mutació") en algun lloc, que és desxifrat per un mòdul de desxifratge. Per exemple, el codi d'un programa antivirus que conté còdols polimòrfics pot ser el que fa que sigui més difícil d'obtenir una mostra d'un virus que ja conté una mutació mutal o una taxa de mutació. Per als professionals d'anàlisi de virus, és més probable que pugui ser detectat mitjançant un mètode de detecció de virus.
tenir un motor polimòrfic