Escriu una continuació per a aquest paràgraf - En la temporada 2016, Shoji va començar la temporada quan va ajudar a Kashima Antlers a mantenir dos llençols nets en els dos primers partits de lliga de la temporada. Des de l'inici de la temporada, Shoji va continuar recuperant el seu lloc en el primer equip, jugant en la posició de centre-back. No va ser fins el 6 d'abril de 2016 quan va marcar el seu primer gol de la temporada, en una victòria de 3 a 1 contra el Nagoya Grampus a la Copa J.League. Al final de la primera etapa de la J.League, la contribució de Shoji a l'equip principal va ajudar al costat a acabar a la part superior de la taula. Després de servir una suspensió d'un partit, va fer el seu retorn a la formació titular, ja que Kashima Antlers va perdre per 3 a 1 contra Gamba Osaka el 2 de juliol de 2016. Shoji va continuar ajudant a l'equip a mantenir-se a la part superior de la taula durant els següents onze partits. No va ser fins al 16 de setembre de 2016 quan va marcar el seu segon gol de la temporada, en una victòria de 3 a 0 contra Júbilo Iwata. En algun moment d'aquest mes, va signar un contracte amb el club. Després de la qualificació del club per acabar en tercer lloc al final de la segona etapa de la J.League, Shoji més tard va ajudar al club a guanyar la lliga després de jugar les dues cames per derrotar Urawa Red Diamonds 2<unk>2 en el total a través d'un gol fora de casa. Shoji va jugar tots els quatre partits de la Copa Mundial de Clubs de la FIFA
, quan va ajudar Kashima Antlers a arribar a la final, només per perdre 4 a 2 contra el Real Madrid. Tot i haver perdut la final, la col·laboració entre Shoji i Naomichi Ueda va ser elogiada pels mitjans de comunicació, tant dins com fora del Japó. Shoji també va ajudar el club a arribar a la final de la Copa de l'Emperador derrotant al Kawasaki Frontale 2<unk>1. Al final de la temporada de 2016, va fer quaranta-cinc aparicions i va marcar dues vegades en totes les competicions. Per la seva actuació a la temporada 2016, Shoji va ser nomenat J.League Best XI.