Escriu una continuació per a aquest paràgraf - Maldini va començar la temporada següent levantant la Supercoppa Italiana 2004
com a capità després que el Milan derrotés al Lazio. El Milan va acabar segon de la Serie A després de la Juventus aquella temporada, i va arribar a la final de la Lliga de Campions, només per perdre als penals contra el Liverpool, tot i que Maldini va obrir el marcador en el primer minut. El 2005, Maldini va ser elegit per formar part de l'equip de l'any de la UEFA per segona vegada en la seva carrera, i també va ser elegit per formar part de la FIFPro World XI per primera vegada en la seva carrera. La temporada següent, el Milan va acabar segon darrere de la Juventus a la Serie A una vegada més, i va arribar a les semifinals de la Lliga de Campions, només per ser derrotat pel eventual campió Barcelona. Tant a la Juventus com al Milan se'ls van deduir punts per estar involucrats en l'escàndol de trucs de partits "Calciopoli" de 2006, i el títol va ser atorgat a l'Internazionale, mentre que la Juventus va ser relegada, amb el Milan acabant en tercer lloc després de la deducció de punts. Durant la temporada, Maldini va marcar el seu primer i únic doble de la seva carrera, contra Reggina. El 25 de setembre de 2005, Maldini va trencar el rècord d'aparences de Dino Zoff a la Serie A després de jugar el seu partit de lliga 571 contra Treviso; set dies abans, havia jugat el seu partit 800 en totes les competicions pel Milan.