Lundqvist va jugar en nou partits per a IF Mölndal Hockey a la segona divisió sueca Allsvenskan abans d'unir-se a l'equip junior de Frölunda a la J20 SuperElit al desembre. Després del seu pobre joc a Allsvenskan i un difícil començament a la J20 SuperElit, va permetre sis gols en un partit d'exhibició contra Canadà. Els entrenadors de l'equip nacional junior Bo "Kulon" Lennartsson i Mikael Tisell estaven preocupats i van decidir tenir una xerrada amb Lundqvist, on van qüestionar la seva motivació. El punt d'inflexió de Lundqvist va arribar al canvi d'any en el Campionat del Món de Junior d'Hockey sobre Gel de 2001
a Moscou, on va liderar l'equip nacional suec de juniors a un quart lloc en el torneig. Va passar la resta de la temporada a la J20 SuperElit on va jugar 18 partits, liderant la lliga en minuts jugats per un porter. En els playoffs, va portar a Frölunda a la seva segona victòria consecutiva de la Anton Cup, que va arribar en una victòria de 5 a 2 sobre Leksands IF en la final a l'Arena Globe de Estocolm.