Escriu una continuació per a aquest paràgraf - Va aconseguir una victòria sorprenent en els Campionats del Món de Correr en Estrada de la IAAF 2006
a Debrecen, Hongria, acabant la cursa de 20 km en 56:01 <unk> un temps que era segon només al rècord mundial de Haile Gebrselassie i era quaranta segons més ràpid que el medallista de plata Robert Kipchumba. Era la primera vegada que un eritreu havia guanyat un gran títol mundial en l'esport. Com que Zersenay no posseïa un fort final de sprint (crucial per a l'èxit a la pista), els comentaristes van suggerir que un pas a la distància de marató semblava una progrés obvia en la carrera, però va minimitzar la idea, dient que no canviaria distàncies en un futur proper. Va tancar la temporada amb una cursa a la cursa de carretera de 10 km de Cap d'Any: el San Silvestre Vallecana a Madrid. Zersenay i Eliud Kipchoge van obtenir el mateix temps de 26:54, però Kipchoge va ser anunciat com el guanyador de la cursa. Tot i que això era més ràpid que el rècord mundial de Haile Gebrselassie de 27:02 en aquell moment, no era ratificable ja que els corredors es beneficiaven del circuit de descens de la cursa.