El jove rei Sebastià I estava cremat de zel per anar al Marroc i aturar els avenços dels exèrcits recolzats per Turquia, una empresa que tenia la promesa de més terra i ingressos al nord d'Àfrica per als nobles (que potser creien que això els permetria mantenir la seva supremacia econòmica sobre els comerciants), però la burgesia mercantil també va donar suport a l'esforç ja que beneficiaria el comerç portuguès al nord d'Àfrica. Sebastià va utilitzar gran part de la riquesa imperial de Portugal per equipar una gran flota i reunir un exèrcit. Ell i la flor de la noblesa portuguesa van morir en el desastre militar de la Batalla d'Alcácer Quibir el 1578, la seva mort va desencadenar una crisi de successió, on els principals pretendents al tron eren Felip II d'Espanya i António, Prior de Crato. Els nobles portuguesos restants i l'alt clergat es van reunir una vegada més als braços dels seus homòlegs de mentalitat similar, els castellans, i van donar suport a Felip, un nét materni de Manuel I de Portugal. Felip va enviar un exèrcit de 40.000 homes sota el comandament del duc d'Alba per envair Portugal. Van derrotar les tropes d'António a la Batalla d'Alcântara.
i Felip va ser coronat Felip I de Portugal el 1581. D'aquesta manera va complir, almenys en part, l'ambició del seu pare, el rei de Habsburg Carles I d'Espanya (també Carles V del Sacre Imperi Romà), que va ser citat pel frare Nicolau de Oliveira: "Se eu fora Rei de Lisboa eu o fora em pouco tempo de todo o mundo" ("Si jo fos rei de Lisboa, aviat governaria tot el món"). La unió de Portugal amb Espanya va durar seixanta anys (1580-1640).