Completa la següent frase: El 1 de desembre de 1983, Penados va ser nomenat com a XVII Arquebisbe Metropolità de la Ciutat de Guatemala i prelat d'Esquipulas pel Papa Joan Pau II. Durant els seus anys de servei com a arquebisbe guatemalenc, Penados va canviar l'enfocament conservador de l'Església Catòlica cap a l'escena política de la nació, que en aquell moment estava patint alguns dels anys més difícils de la Guerra Civil.
Guerra Civil. Va tenir un paper clau en les negociacions de pau denunciant molts abusos dels drets humans durant regims militars anteriors i per l'Exèrcit guatemalenc, i pel seu suport a l'activisme de drets humans i a les víctimes del genocidi guatemalenc. Va ser el fundador de l'"Oficina de Derechos Humanos del Arzobispado de Guatemala" (ODHA / Oficina de Drets Humans de l'Arquebisbat) el 1990.