Escriu una continuació per a aquest paràgraf - El 5 de novembre de 1981, el Papa Joan Pau II va nomenar Micallef com el tercer Vicari Apostòlic de Kuwait. Va ser consagrat pel mateix Papa en la festa de l'Epifania de 1982. El 15 de gener del mateix any, va ser instal·lat oficialment com a Vicari Apostòlic de Kuwait i Bisbe Titular de Tinis en Proconsulari. Micallef es va quedar a la ciutat de Kuwait durant la invasió iraquiana de 1990
, un dels pocs occidentals a fer-ho.