Les nucleases que hidrolitzen nucleòtids dels extrems de les cadenes d'ADN s'anomenen exonucleases, mentre que les endonucleases tallen dins de les cadenes. Les nucleases més freqüentment utilitzades en biologia molecular són les endonucleases de restricció, que tallen l'ADN en seqüències específiques. Per exemple, l'enzim EcoRV que es mostra a l'esquerra reconeix la seqüència de 6 bases 5′-GATC-3′ i fa un tall a la línia horitzontal. En la natura, aquests enzims protegeixen els bacteris contra la infecció de fagos modificant l'ADN del fag quan entra a la cèl·lula bacteriana, com a part del sistema de restricció. En la tecnologia de seqüència, aquestes nucleases específiques s'utilitzen en el clonatge molecular i la clonació d'empremta digital d'ADN. Pregunta: Què reconeix l'enzim EcoRV?
Seqüència de 6 bases 5′-GATATC-3