Shorten va néixer el 12 de maig de 1967 a l'Hospital St Vincent, Melbourne, fill d'Ann Rosemary (née McGrath) i William Robert Shorten. Té un germà bessó, Robert. Segons una declaració durant l'escàndol de la doble nacionalitat de 2017-18
, Shorten va tenir la ciutadania britànica per ascendència fins al 2006, quan va renunciar a ella per poder presentar-se al parlament.