Escriu una continuació per a aquest paràgraf - El 2000, va ser contractat per dirigir l'equip nacional de futbol turc. Turquia es va classificar per a la Copa del Món de la FIFA de 2002 i va acabar tercer. Güneş va guanyar el premi d'entrenador de l'any de la UEFA el 2002. Després de la Copa del Món, va rebre moltes ofertes de Grècia, Brasil i Espanya, però volia quedar-se amb Turquia. Després que l'equip nacional no es classifiqués per a l'Euro 2004
, Güneş va ser acomiadat com a gerent.