El 1820 va ser nomenat com el seu cinquè comandant. Durant el seu mandat, el Cos va fer expedicions al Carib, el Golf de Mèxic, Key West, l'Àfrica Occidental, les Illes Falkland i Sumatra. El Comandant Henderson és el qui va frustrar els intents del president Jackson de combinar i integrar el Cos de Marines amb l'Exèrcit. En canvi, el Congrés va aprovar l'Acta per a la Millora de l'Organització del Cos de Marines el 1834, que estipulava que el Cos formava part del Departament de la Marina com a germà del servei de la Marina. Aquesta seria la primera de moltes vegades independents que es va qüestionar l'existència del Cos.
Corps de Marines