Completa la següent frase: En esclatar la Guerra Civil Americana, Jones es va unir a l'Exèrcit de la Unió. El 7 de juliol de 1861, es va alistar amb el 37è Regiment de Voluntaris de Nova York, popularment conegut com els "Irish Rifles", sota el comandament del coronel John H. McCunn. Inicialment era un soldat però ràpidament es va trobar elegit al rang de segon tinent pels homes del regiment. Va estar present a la Primera Batalla de Bull Run, només dues setmanes després de la seva al·legació, però no va veure cap acció ja que la unitat es va mantenir en reserva. Jones va mostrar "conducta valenta" durant els seus primers anys amb el regiment i aviat va ascendir al rang de tinent i ajudant el 4 de novembre de 1861, i després major el 21 de gener de 1862. Ell i els "Irish Rifles" més tard es van unir al III Cos del general Samuel P. Heintzelman, com a part de la 3a Brigada de la 3a Divisió sota el general de brigada Philip Kearny, durant la campanya de la Península i va participar a Williamsburg,
Seven Pines i la campanya dels Set Dies. Jones també va estar present quan els 37 Voluntaris de Nova York, llavors adscrits a la 3a Brigada de la 1a Divisió del III Cos, van estar a la Segona Batalla de Bull Run. Al maig i juny, va començar a patir de malària i va ser hospitalitzat a Washington, D.C. el 26 de setembre, restant-hi fins a finals d'octubre. També va ser breument oficial del major general Franz Sigel abans de la jubilació del general Ambrose Burnside i la reorganització de l'Exèrcit del Potomac.