Completa la següent frase: fent una aliança política amb l'emperadriu viuda, i convertint-se en un enemic durador de l'emperador Guangxu, Yuan va deixar la capital el 1899 per al seu nou nomenament com a governador de Shandong. Durant els seus tres anys de mandat va esclatar la Rebel·lió Boxer (1899-1901); Yuan va assegurar la supressió dels Boxer a la província, tot i que les seves tropes no van prendre part activa fora de la mateixa Shandong. Yuan va prendre el costat de la facció pro-exterior a la Cort Imperial, juntament amb el príncep Qing, Li Hongzhang i Ronglu. Es va negar a posar-se del costat dels boxejadors i atacar les forces de l'Aliança de les Vuit Nacions, unint-se a altres governadors xinesos que comandaven grans exèrcits modernitzats com Zhang Zhidong que no participaven en la Rebel·lió Boxejadora. Ell i Zhang van ignorar la declaració de guerra de l'emperadriu viuda Cixi contra les potències estrangeres i van continuar suprimint els Boxers. Aquesta camarilla era coneguda com La Protecció Mutual del Sud-est de la Xina. A més de no lluitar contra l'Aliança de les vuit nacions i reprimir els boxejadors a Shandong, Yuan i el seu exèrcit (la Divisió dreta) també van ajudar a l'Aliança de les vuit nacions a reprimir els boxejadors després de
L'Aliança va capturar Beijing l'agost de 1900. Les forces de Yuan Shikai van massacrar desenes de milers de persones en la seva campanya anti-Boxer a Zhili. Yuan va operar des de Baoding durant la campanya, que va acabar el 1902.