El 14 de febrer, Kovačić va fer el seu debut europeu davant el públic local a San Siro en el partit de la Lliga Europa contra el CFR Cluj. Va proporcionar l'assistència guanyadora a Rodrigo Palacio, que va fer 2<unk>0 per a l'Inter, impressionant el públic amb la seva actuació, i va rebre ovacions de peu mentre era substituït al minut 89. També va jugar 90 minuts complets en la victòria de 3<unk>0 contra el CFR Cluj mentre l'Inter va avançar a la següent ronda de la Lliga Europa 2012-13. Kovačić va començar la seva primera lliga domèstica per a la següent ronda de la Serie A4 en una derrota contra el Fiorentina.
Andrea Stramaccioni