Com a arquitecte de l'Orde Dominica, Maroto va desenvolupar una volta resistent als terratrèmols. La tècnica va ser imitada després del terratrèmol de 1687
en moltes construccions monumentals a Lima, com la Catedral de Lima i l'església del Convent de Sant Agustí el Gran de Lima. Les seves obres inclouen les dels convents masculins i femenins de la ciutat de Lima, les parròquies i la catedral metropolitana. La seva obra més important va ser el Col·legi de Sant Tomàs ("Colegio de Santo Tomás"). El claustre principal de l'escola és l'únic claustre circular a Sud-amèrica.