A partir de 1517, durant els anys de control otomà, la custòdia de la basílica va ser disputada amargament entre els catòlics i els grecs ortodoxos. A finals del segle XVI, Betlem s'havia convertit en un dels pobles més grans del districte de Jerusalem, i es va subdividir en set quarters. La família Basbus va servir com a caps de Betlem entre altres líders durant aquest període. El registre fiscal otomà i el cens de 1596 indica que Betlem tenia una població de 1.435, fent-lo el 13er poble més gran de Palestina en aquell moment. Els seus ingressos totals ascendiren a 30.000. Betlem va pagar impostos sobre el blat, l'ordi i les grapes. Els musulmans i els cristians es van organitzar en comunitats separades, cadascú amb el seu propi líder.
Esglésies catòliques i ortodoxes gregues