El 9 de febrer de 1995, Desjardins va ser traspassat als Philadelphia Flyers juntament amb John LeClair i Gilbert Dionne a canvi de Mark Recchi i una selecció de tercera ronda en el Draft d'entrada de la NHL de 1995.
(Martin Hohenberger) Va ser portat per solidificar la defensa dels Flyers i ho va fer, ja que va guanyar el primer dels set Barry Ashbee Trophies, un premi que se li dóna anualment al millor jugador dels Flyers. Va jugar la resta de la seva carrera amb els Flyers, aconseguint dues seleccions All-Star del segon equip de la NHL (1999, 2000) i dues aparicions més al All-Star Game (1996, 2000). Els seus 396 punts amb els Flyers ocupa el segon lloc entre els defensors només per als 480 de Mark Howe en la història de l'equip. Durant la temporada 1999-2000, Desjardins es va convertir en el capità dels Flyers quan Eric Lindros va ser desposseït de la capitanat per les seves queixes sobre el personal mèdic dels Flyers.