Hindmarsh va ser traslladat a la Marina de Guam el maig de 1800, i va participar a la Batalla de la Badia d'Algeciras el 1801. Va servir a la Batalla de Trafalgar, i va ser primer tinent de l'sloop, que va prendre part en la Batalla de les carreteres basques el 1809, i en el mateix sloop en l'expedició Walcheren més tard en l'any. Va servir a la invasió de Java.
el 1811. Va ser ascendit a comandant el 15 de juny de 1814. Va seguir un llarg període d'inacció amb mig salari, però des de març de 1830 fins a desembre de 1831 va comandar el Commando, i va ser ascendit a capità el 3 de setembre de 1831.