Després de la seva recuperació, d'Hautpoul va rebre el comandament de la cavalleria pesada de l'Exèrcit de Sambre-et-Meuse sota el general Paul Grenier. Després de Neuwied, va ser transferit a l'Exèrcit d'Anglaterra sota el comandament de Lazare Hoche. Quan el Directori francès va abandonar la idea d'una invasió d'Anglaterra, va ser desplegat de nou al front alemany, aquesta vegada com a part de l'Exèrcit del Danubi. Després de la derrota francesa a la Batalla d'Ostrach
, la seva reserva de cavalleria va protegir la retirada francesa de Pfullendorf. Uns dies més tard, després de no liderar una càrrega a temps a la Batalla de Stockach, va ser suspendut per ordres del comandant de l'Exèrcit, Jean-Baptiste Jourdan, que va culpar d'Hautpoul per la derrota. Acusat per un tribunal militar a Estrasburg, d'Hautpoul va reprendre les seves funcions a finals de juliol de 1799, havent perdut les accions crítiques a la Primera Batalla de Zuric.