El 2004, només hi havia tres cirurgians al sud del Sudan, amb tres hospitals adequats, i en algunes zones hi havia només un metge per cada 500.000 persones. L'epidemiologia del VIH / SIDA al Sud Sudan està mal documentada, però la prevalença es creu que és al voltant de 3,1%. Segons un estudi de 2013, el Sud Sudan "probablement té la càrrega més alta de malària a l'Àfrica subsahariana". El Sud Sudan és un dels pocs països on encara es produeix la dracunulosi. En el moment de l'Acord de Pau Integral de 2005, les necessitats humanitàries al Sud Sudan eren massives.
Sudan del Sud