Escriure una continuació per a aquest paràgraf - Al juliol de 1999, Jacoby va ser designat com a director d'intel·ligència (J2) en l'Estat Major Conjunt. El seu mandat va començar dirigint l'esforç d'intel·ligència per examinar les operacions als Balcans i Kosovo. Les operacions Northern i Southern Watch van continuar aplicant zones d'exclusió aèria i sancions contra l'Iraq. A més, l'avió de reconeixement EP-3 de la Marina dels EUA va ser confiscat pels xinesos a l'illa de Hainan després d'una col·lisió amb un caça xinès durant les operacions sobre el Mar de la Xina Meridional i l'atac al USS "Cole"
va tenir lloc a Aden, Iemen. Aquest últim esdeveniment va provocar un canvi fonamental en l'enfocament de l'anàlisi del terrorisme i el suport a les forces operatives que es va incorporar en la proposta de Joint Intelligence Task Force, Combating Terrorism (JITF-CT) que opera sota la guia de l'Estat Major Conjunt J-2 com a part de l'Agència de Inteligència de Defensa. Jacoby estava defensant un major finançament per al JITF-CT a la tarda del 10 de setembre de 2001 amb el personal superior del Comitè Permanent Selecte de la Cambra d'Informació. Estava al Pentàgon quan va ser atacat l'11 de setembre del 2001. Va liderar la JITF-CT, va ser actiu en la planificació d'intel·ligència per a la Guerra Global contra el Terrorisme i les operacions militars a l'Afganistan, va supervisar les activitats de J-2 durant la fase inicial de les operacions de combat a l'Afganistan i va ser instrumental en el desenvolupament i defensa d'un concepte operatiu anomenat "2 Plus 7" que es va convertir en el punt central de les operacions dels EUA per desmantellar l'organització d'Al-Qaida i atacar les seves funcions centralitzades de lideratge i planificació. L'esforç es va centrar en les operacions contra els dos líders i els set planificadors operatius superiors. El resultat va ser una degradació significativa en les capacitats de l'organització. Jacoby va concloure la seva pròrroga d'un any com a J-2 de l'Estat Major Conjunt al juliol de 2002.