Va perseguir Pompeu fins a Alexandria, on Pompeu va ser assassinat per un exoficial romà que servia a la cort del rei Ptolemeu XIII. Llavors, Cèsar es va involucrar en la guerra civil alexandrina entre Ptolemeu i la seva germana, esposa i reina co-regent, el faraó Cleopatra VII. Potser com a resultat del paper de Ptolemeu en l'assassinat de Pompeu, Cèsar es va posar del costat de Cleopatra; es diu que va plorar en veure el cap de Pompeu, que li va ser ofert per Potino, cambrer de Ptolemeu, com a regal. En qualsevol cas, Cèsar va resistir el setge d'Alexandria.
i aquest va derrotar les forces ptolemaïques el 47 aC en la Batalla del Nil i va instal·lar Cleopatra com a governant. Cèsar i Cleopatra van celebrar la seva victòria a la guerra civil alexandrina amb una processó triomfal al Nil a la primavera del 47 aC. La barca reial va ser acompanyada per 400 vaixells addicionals, introduint a Cèsar al luxuós estil de vida dels faraons egipcis.