Allen va assistir a Lakeside School, una escola privada a Seattle, on es va fer amic de Bill Gates, amb qui va compartir l'entusiasme per els ordinadors. Van utilitzar el terminal Teletype de Lakeside per desenvolupar les seves habilitats de programació en diversos sistemes informàtics de temps compartit. També van utilitzar el laboratori del Departament d'Informàtica de la Universitat de Washington, fent recerca personal i programació d'ordinadors; almenys en una ocasió el 1971 van ser expulsats del laboratori per abús dels seus privilegis. Segons Allen, en els seus anys d'adolescència ell i Bill Gates anaven a caixar-se a la cisterna per codi informàtic. Després d'abandonar el programa i obtenir un SAT perfecte de 1600, Allen va anar a la Universitat Estatal de Washington, on es va unir a la fraternitat de Bill Gates, amb qui va compartir un entusiasme per els ordinadors.
Harvard