Winterson va néixer a Manchester i va ser adoptada per Constance i John William Winterson el 21 de gener de 1960. Va créixer a Accrington, Lancashire, i va ser criada a l'Església Pentecostal Elim. Va ser criada per convertir-se en una missionera cristiana pentecostal, i va començar a evangelizar i escriure sermons a l'edat de sis anys. A l'edat de 16 anys, Winterson va sortir com una lesbiana i va marxar de casa.
Col·legi de Santa Catarina, Oxford