Escriu una continuació per a aquest paràgraf - El 1394, el sultà otomà Bayezid I va assetjar Constantinoble. Manuel va deixar la ciutat el 1399 per viatjar per Europa Occidental a la recerca d'ajuda militar, i va confiar a Joan VII el càrrec de regent a Constantinoble, supervisant la seva defensa. Malgrat les acusacions de conspirar amb els otomans, Joan VII va mantenir la ciutat lleialment durant tota la durada del viatge de tres anys i mig de Manuel, negant-se a lliurar-la a Bayezid. La amenaça a Constantinoble va acabar amb la derrota de Bayezid contra els timúrids a la Batalla d'Ankara
El 1402. Després d'aquesta batalla, Joan VII va negociar un tractat favorable amb un dels fills de Bayezid, Süleyman Çelebi, que va garantir que la important ciutat de Tessalònica, perduda pels otomans el 1387 a causa de les accions de Manuel, tornés al control imperial. Malgrat el servei lleial de Joan VII, Manuel el va enviar en desgràcia una vegada que va tornar el 1403, i els dos van ser enemics una vegada més. Aquesta disputa va resultar ser breu, ja que van ser reconciliats uns mesos més tard i es va fer un nou acord, en el qual Joan VII va ser permès prendre possessió de Tessalònica i va ser reconegut amb el títol imperial complet. Des de 1403 fins a la seva mort el 1408, Joan VII va governar a Tessalònica com a "Emperador de tota Tessàlia", amb la seva pròpia cort imperial. Els tessalonicenses el consideraven un governant capaç, i el seu treball en els assumptes de l'església local i en la millora de les estructures defensives de la ciutat li va recaptar un record positiu.