El 4 de febrer, Peiper es va reunir per última vegada amb Himmler al seu quart general provisional. Després d'això va lluitar en l'Operació Southwind. La seva unitat va participar en l'operació Spring Awakening.
, que va fracassar. Tot i que la unitat de Peiper va causar un gran nombre de baixes, a causa del seu estil agressiu de comandament va perdre molts homes. L'1 de maig, quan el LSSAH va ser forçat a entrar a Àustria, els homes de Peiper van ser informats de la mort d'Hitler. El 8 de maig, el LSSAH va rebre l'ordre de creuar l'Enns i rendir-se a les tropes nord-americanes. En lloc de rendir-se, Peiper va triar caminar cap a casa. Va ser detingut el 22 de maig per les tropes nord-americanes.