Juntament amb Sergio Cervato, Magnini va formar l'associació defensiva de la línia de darrere de la Fiorentina de Fulvio Bernardini. Després de guanyar el campionat amb el club el 1956
, va jugar dues temporades més a Florència abans d'anar a Gènova, i va acabar la seva carrera al Prato de la Serie B.