Werknesh va començar la seva temporada de 2003 amb una victòria a l'Antrim International Cross Country i després va guanyar el títol de cursa llarga femenina al Campionat Mundial de Cross Country de la IAAF de 2003
- No. Va guanyar la medalla de plata en els 10.000 m als Jocs d'Àfrica de 2003, acabant darrere del seu company etíop Ejegayehu Dibaba. La seva temporada va culminar als Campionats del Món d'Atletisme de 2003 on va establir un rècord personal de 10.000 m de 30:07.15 minuts per assegurar la segona posició darrere del veterà etíop Berhane Adere que va trencar el rècord africà per a l'esdeveniment. L'any següent va ser quarta en l'esdeveniment als Jocs Olímpics d'Atenes de 2004. També va guanyar la medalla de bronze en la cursa llarga en el Campionat Mundial de Cross Country de la IAAF de 2004, així com la quarta posició en la cursa curta.