Encara que Ngô Đình Diệm va ser respectat personalment pel seu nacionalisme, l'estabilitat política i les polítiques que desencadenen un ràpid creixement econòmic, va dirigir un govern nepotista i autoritari. Les eleccions van ser rutinàriament manipulades i Diệm va afavorir a la minoria catòlica romana en molts temes, creient que els catòlics eren "més dignes de confiança", més anticomunistes i més impermeables a la infiltració del Viet Cong. Les seves polítiques religioses van provocar protestes de la comunitat budista després de la mort de manifestants.
en Vesak, l'aniversari de Buda, el 1963 quan protestaven per la prohibició de la bandera budista. Aquest incident va desencadenar protestes massius demanant la igualtat religiosa. El cas més famós va ser el del Venerable Thích Quảng Đức, que es va cremar fins a la mort per protestar. Les imatges d'aquest esdeveniment van fer titulars a tot el món i van portar una vergonya extrema per a Diệm. La tensió no es va resoldre, i el 21 d'agost, les Forces Especials ARVN lleials al seu germà i conseller en cap Ngô Đình Nhu i comandades per Lê Quang Tung van atacar pagodes budistes a tot el país, deixant un nombre de morts estimat en centenars. Als Estats Units, l'administració Kennedy es va preocupar que els problemes del govern de Diệm estiguessin minant l'esforç anticomunista dels Estats Units al sud-est asiàtic, i de la creixent resistència i no cooperació de Diệm amb el govern nord-americà. L'1 de novembre de 1963, amb la planificació i el suport de la CIA i l'administració Kennedy, els generals sud-vietnamites dirigits per Dương Văn Minh van organitzar un cop d'estat i van derrocar Ngô Đình Diệm, matant tant a ell com al seu germà Nhu.