Davant la guerra imminent amb Suècia, el govern danès volia reclutar l'experiència i el renom de Schack per a un càrrec superior en l'exèrcit danès. Per tal de satisfer la demanda de Schack d'un càrrec permanent, el 1658 va ser nomenat tinent general, coronel de cavalleria i infanteria, i va ser membre del Consell de Guerra. També es va naturalitzar com a noble danès, rebent dos solars gratuïts per a tota la vida; Riberhus i Møgeltønder (el posterior Castell de Schackenborg). Com a governador militar, Schack va comandar Copenhaguen durant el setge suec
del 1659. Per la seva exitosa defensa de la ciutat, va ser recompensat amb el ascens a mariscal de camp. A la tardor del mateix any, Schack va conduir les forces daneses a la victòria sobre els suecs a la batalla de Nyborg.