Escriu una continuació per a aquest paràgraf - El 1998, O'Neill s'havia centrat en Osama bin Laden i va crear un despatx d'al-Qaeda a la seva divisió. A l'agost de 1998, dues ambaixades dels Estats Units van ser bombardejades
en ràpida successió en atacs simultanis a Nairobi, Kenya, i Dar es Salaam, Tanzània. O'Neill esperava participar en la investigació perquè havia adquirit un gran coneixement de la xarxa terrorista d'Al-Qaida d'Osama bin Laden. Va convèncer al director de l'FBI, Freeh, de deixar que el seu despatx s'ocupés del cas, i la fiscal Mary Jo White més tard va dir: "John O'Neill, en la investigació dels bombardejos de les nostres ambaixades a l'Àfrica oriental, va crear la plantilla per a investigacions reeixides del terrorisme internacional a tot el món".