Durant la Segona Guerra Mundial, la ciutat va estar sota ocupació alemanya.
Des del 5 de setembre de 1939 fins al 22 de gener de 1945, l'àrea va formar part del Reichsgau Wartheland. La població polonesa va ser sotmesa a diversos crims, inclosos assassinats, deportacions a camps de concentració nazis i expulsions. Els habitants de Margonin van ser entre els 41 polonesos assassinats al poble veí de Morzewo el 7 de novembre de 1939. El 10-12 de desembre de 1939, els alemanys van expulsar molts habitants polonesos al Districte de Varsòvia del Govern General a la Polònia central ocupada pels alemanys. Els alemanys operaven una presó nazi a la ciutat i un camp de treball forçat per als jueus. El moviment de resistència clandestí polonès era actiu a Margonin, i molts dels seus membres van morir en camps de concentració, després que els alemanys descobrissin les seves operacions. Després de la Segona Guerra Mundial, l'àrea va tornar a Polònia.