Escriu una continuació per a aquest paràgraf - La capitaneria va tenir un efecte positiu en el bateig d'Inzamam, i sovint va donar l'exemple en situacions de pressió, amb una mitjana més alta com a capità (52) que quan no era (50). Inzamam també va tenir la mitjana més alta com a capità en ODI i actualment és el tercer en aquesta llista darrere de l'ex capità australià Ricky Ponting i el capità indi Mahendra Singh Dhoni. Després dels primers fracassos a Austràlia, va portar un equip de Pakistan a l'Índia el 2005 i va jugar un paper important a l'hora d'assegurar un empate guanyant l'últim partit de prova des d'una posició improbable amb una entrada de 184 punts. Posteriorment va liderar el seu equip a un èxit ODI contra les Índies Occidentals (allunyades), Anglaterra (a casa) i Sri Lanka (allunyades), així com victòries de la sèrie de proves contra Anglaterra (a casa), Índia (a casa), Sri Lanka (allunyades). Inzamam semblava haver unit el costat pakistanès i les victòries els van portar al segon lloc en el rànquing de proves de la ICC i al tercer lloc en el rànquing d'ODI de la ICC. La darrera part del mandat d'Inzamam com a capità del Pakistan va ser menys reeixida i l'equip va estar involucrat en moltes controvèrsies que van culminar en una sortida decebedora de la Copa Mundial de Cricket de 2007
a mans d'Irlanda de baix rang.