Heathcote va romandre a les Índies Occidentals fins a l'abril de 1805, quan va prendre el comandament del 36 canons i el va fer tornar a Anglaterra escortant un comboi de 101 vaixells, després de pagar-li. Va ser nomenat com a comandant de l'Isle of Wight Sea Fencibles el 21 de març de 1807, i va rebre el seu següent comandament marítim el febrer de 1808, quan es va fer càrrec de les 64 canons. Va fer dos viatges a l'Índia, portant a Gore Ouseley i Mirza Abolhassan Khan Ilchi, els ambaixadors entre Pèrsia i Gran Bretanya. Van ser instrumentals en l'organització de la cavalleria de Heathcote el 1819. Heathcote després va navegar a les Índies Orientals el juliol de 1810 i va servir en la captura de Java
el 1811. El seu servei aquí no va ser sense controvèrsia, i el 30 d'agost de 1811 va ser jutjat per un tribunal militar per violació de l'article 27 de la guerra, per desobeir ordres i per negligència del deure.