L'arxipèlag es troba a la Placa de Nazca (una placa tectònica), que es mou cap a l'est/sud-est, immergint-se sota la Placa sud-americana a una velocitat d'aproximadament 2,5 polzades (6,4 cm) per any. També es troba a la part superior de l'hotspot de Galápagos, un lloc on l'escorça de la Terra s'està fondent des de sota per una ploma del mantell, creant volcans. Les primeres illes aquí es van formar fa almenys 8 milions i possiblement fins a 90 milions d'anys. Mentre que les illes més antigues han desaparegut sota el mar a mesura que s'allunyen de la ploma del mantell, les illes més joves, Isabela i Fernandina, encara estan sent actives.
18 illes principals