El 20 de juliol de 1990, va morir de càncer a Erevan, Armènia, als 66 anys, deixant aquesta obra final, La confessió, inacabada. Sobreviu en el seu negatiu original com a Parajanov: L'última primavera (pel·lícula), assemblada pel seu amic Mikhail Vartanov el 1992. Federico Fellini, Tonino Guerra, Francesco Rosi, Alberto Moravia, Giulietta Masina, Marcello Mastroianni i Bernardo Bertolucci van ser entre els que van plorar públicament la seva mort. Van enviar un telegrama a Rússia amb la següent declaració: "El món del cinema ha perdut un mag". Pregunta: Quants anys tenia Parajanov quan va morir?
66