Escriu una continuació per a aquest paràgraf - Després de pagar "Bellerophon" Warren va ser nomenat com a comandant del HMS de 44 canons "President" al setembre de 1810. Va ser assignat a transportar a Lucien Bonaparte, el germà de Napoleó, i la seva família de Malta a Anglaterra, després de la qual cosa va enviar per reforçar els esquadrons britànics a les Índies Orientals. Va marxar cap al Cap de Bona Esperança el 31 de desembre de 1810, en companyia de les fragates i el vaixell de la Marina Britànica. Després de fer escala al Cap, Warren va avançar cap a les Índies Orientals, i es va involucrar en les operacions per capturar Java
entre agost i setembre de 1811. El 4 de setembre va ser enviat a Cirebon per negociar la rendició de la ciutat als britànics. La guarnició va acceptar rendir-se, amb diversos oficials francesos i holandesos importants que van caure en mans britàniques. Després de la rendició de l'illa als britànics el 18 de setembre pel general Jan Willem Janssens, Warren va acompanyar el comandant en cap, el vicealmirall Robert Stopford, de tornada a Gran Bretanya. Després va ser nomenat a la 74 canons, i el va comandar a la Mediterrània des de juny de 1813 fins a la pau el 1814.