El 17 de gener de 1999, després de tres temporades i mitja amb els Panthers, Jovanovski va ser canviat en un acord de set jugadors als Vancouver Canucks. Va ser enviat amb Dave Gagner, Mike Brown, Kevin Weekes i una selecció de primera ronda en el 2000.
(Nathan Smith) a canvi de Pavel Bure, Bret Hedican, Brad Ference i una selecció de tercera ronda el 2000 (Robert Fried). Unint-se als Canucks enmig d'un període de reconstrucció per a la franquícia, Jovanovski es va establir ràpidament com un defensor superior a la formació de Vancouver. La seva habilitat per unir-se a l'atac com a defensor va complementar l'estil de joc dels Canucks.