Cowdin era coronel del 2n Regiment de la Milícia de Massachusetts al començament de la guerra, i va ser nomenat coronel del 1r Regiment d'Infanteria de Massachusetts el 25 de maig de 1861. Va dirigir el seu regiment a la batalla de Blackburn's Ford el 18 de juliol de 1861, i va formar part de la brigada d'Israel B. Richardson de la Divisió de Daniel Tyler a la Primera Batalla de Bull Run, on el seu cavall va ser mort. També va participar a Williamsburg, Fair Oaks, Glendale, Malvern Hill i Chantilly.
- No.