Després de la temporada 2003-04, Modrý va deixar els Kings com a agent lliure sense restriccions i va signar amb els Atlanta Thrashers. Va tornar a l'Extraliga Txeca i va jugar per a HC Liberec durant el tancament de la NHL de 2004-05. Després d'una sola temporada amb Atlanta, Modrý va ser traspassat juntament amb Patrik Štefan als Dallas Stars per Niko Kapanen i una selecció de la 7a ronda del draft de 2006. Després de jugar la meitat de la temporada 2006-07 amb els Stars, Dallas el va enviar de nou als Kings com a part d'un acord per adquirir l'antic company d'equip dels Kings, Mattias Norström. Un any més tard, durant la temporada següent, Modrý es va tornar a moure quan els Kings el van canviar als Philadelphia Flyers per un 2008
Selecció de tercera ronda.