Escriu una continuació per a aquest paràgraf - Quan la Unió Soviètica es va col·lapsar
Dos anys després de la mort de Sakharov el 1989, Bonner va continuar les seves activitats polítiques i de drets humans. Inicialment va donar suport al govern del president Boris Yeltsin i va servir a la seva comissió estatal de drets humans, però es va convertir en crítica del seu govern al començament de la guerra a Txetxènia. També va ser crítica amb el successor de Yeltin, Vladimir Putin, i va ser la primera persona a signar una petició contra ell el març de 2010.