Va ser nomenat el març de 811 pel califa al-Amin, en substitució d'Hatim ibn Harthamah ibn A'yan. Poc després, però, es va veure obligat a afrontar l'esclat de la guerra civil.
entre al-Amin i el seu germà al-Ma'mun, i en poc temps la seva lleialtat continuada al primer el va posar en conflicte amb una facció de la "jund" local liderada per al-Sari ibn al-Hakam, que era a favor de reconèixer al-Ma'mun com a califa. A la primavera de 812 el "jund", amb l'encoratjament d'al-Ma'mun, va canviar obertament la seva lleialtat i es va revoltar, i Jabir va ser derrocat de la seva posició. Un partidari d'al-Ma'mun, Abbad ibn Muhammad ibn Hayyan, va assumir el govern i va prendre el poder a Fustat, però altres parts d'Egipte van continuar sent lleials a al-Amin sota l'anti-governador Rabi'ah ibn Qays ibn Zubayr al-Jurashi.