Escriu una continuació d'aquest paràgraf - A les conseqüències del cop d'estat nigerià de 1966
Aghanya va ser detingut el 18 de gener de 1966 i, juntament amb el tinent coronel Victor Banjo, va ser acusat de conspirar per assassinar el cap d'estat militar, el major general Johnson Aguiyi-Ironsi. Aghanya va ser detingut sense judici a la presó de màxima seguretat de Kirikiri amb altres presumptament implicats en el cop d'estat. Més tard va ser transferit a Enugu i posteriorment a les presons d'Abakaliki. En retrospectiva, els que van participar activament en la planificació i l'execució del cop com el major Adewale Ademoyega han atestat la innocència tant d'Aghanya com de Banjo en les seves memòries. Després del contra-golp nigerià de 1966 en el qual Aguyi Ironsi va ser assassinat, Aghanya va ser alliberat de la presó el març de 1967 per ordre del llavors governador de la Regió de l'Est, el coronel (més tard general) Odumegwu Ojukwu, desafiant les ordres del nou cap d'estat, el coronel (més tard general) Yakubu Gowon. En resposta, Gowon va anunciar l'alliberament d'Aghanya i d'altres després del fet.