El rei va nomenar a Fernando, duc d'Alba, com a capità general del seu exèrcit. El duc tenia 73 anys i estava malalt en aquell moment. Fernando va reunir les seves forces, estimades en 20.000 homes, a Badajoz, i el juny de 1580 va creuar la frontera entre Espanya i Portugal i es va traslladar a Lisboa. A finals d'agost va derrotar un exèrcit portuguès a la Batalla d'Alcântara.
i va entrar a Lisboa. Això va netejar el camí per a Felip II, que es va convertir en Felip I de Portugal, i va crear una unió dinàstica que abastava tota l'Ibèria sota la corona espanyola.