Escriu una continuació per a aquest paràgraf - L'emperador va participar personalment en la campanya contra els suecs, que va acabar amb una derrota a la Batalla de Jankau
el 6 de març de 1645. L'exèrcit suec comandat per Lennart Torstensson va avançar a Viena. Per aixecar la moral de la ciutat, l'emperador va fer una gran processó amb una imatge de la Verge Maria. A mesura que l'exèrcit suec s'apropava, Ferran va abandonar la ciutat. L'arciduque Leopold Wilhelm va aconseguir expulsar els oponents. En ocasions, Ferran va aconseguir que el príncep Jordi I Rákóczi de Transsilvània, aliat de França i Suècia, es posés del seu costat. En la "Paix de Linz" de 1645, l'emperador va haver de garantir als estats hongaresos el dret de representació imperial i la llibertat de religió per als protestants, el que va evitar la Contra-reforma i el futur govern absolutista a Hongria.