Diokno va néixer a Manila, el primer de sis fills de José Manuel "Chel" Diokno, advocat i decà fundador de la Facultat de Dret de la Universitat De La Salle (DLSU), i Divina Aromin, escriptora. Va rebre el nom del seu avi, el difunt senador filipí i combatent per la llibertat, José W. Diokno, el pare dels drets humans i fundador del Free Legal Assistance Group (FLAG), que va morir sis mesos abans del seu naixement. L'arriveu de Pepe és el general Ananías Diokno, líder de les forces visayas durant la Revolució de 1896 i la guerra contra els Estats Units.
- No.