A finals de 1826, Bonaparte i la seva família van tornar a Europa. Va visitar Alemanya, on va conèixer a Philipp Jakob Cretzschmar, i Anglaterra, on va conèixer a John Edward Gray al Museu Britànic, i va renovar el seu coneixement d'Audubon. El 1828, la família es va establir a Roma. A Itàlia, va ser el creador de diversos congressos científics, i va donar conferències i va escriure extensament sobre ornitologia americana i europea i altres branques de la història natural. Entre 1832 i 1841, Bonaparte va publicar la seva obra sobre els animals d'Itàlia, Iconografia della Fauna Italica. També va publicar Specchio Comparativo delle Ornithologie di Roma e Filadelfia di Filadelfia (Pisa, 1827), que presentava una comparació entre les latituds dels ocells de Filadèlfia i les espècies italianes. Va cridar el gènere Bonaparte a la seva dona Zena, Zena, per la seva replica republicana, i va renovar la seva relació amb Audubon.
Audubon