Wofford havia votat abans en contra de la secessió, però va oferir els seus serveis al seu estat i a l'Exèrcit Confederat. Va ser nomenat coronel a la milícia de l'Estat de Geòrgia, després capità al 18è Regiment d'Infanteria de Geòrgia l'abril de 1861. El 25 d'abril, Wofford va ser ascendit a coronel, i va servir a Carolina del Nord i Virgínia abans de ser assignat a la Brigada de Texas del general de brigada John Bell Hood. Va veure l'acció a Yorktown, Eltham's Landing, i Seven Pines
durant la Campanya de la Península. Wofford i el 18 també van lluitar a Second Bull Run i Antietam, on va comandar la Brigada de Texas.