Malta va competir als Jocs Paralímpics d'estiu de 2016 a Rio de Janeiro, Brasil, del 7 al 18 de setembre de 2016. La participació del país a Rio va marcar la seva novena aparició en l'esdeveniment quadriennal amb l'excepció dels anys entre 1988 i 2004. La delegació va consistir en un nadador de curta distància, Vladyslava Kravchenko, que va ser anunciat com a representant del país a l'abril de 2016. Va ser escollida per portar la bandera per a la cerimònia d'obertura.
- No. Kravchenko va competir en tres esdeveniments de natació, però no va poder avançar a la final de cada esdeveniment, ja que els seus temps en les seves respectives competicions no eren prou ràpids per qualificar-se per a les etapes posteriors de cada concurs.