Després de l'elecció del govern d'Abe el 2012, Koizumi va ser nomenat com a Viceministre de Reconstrucció, centrant-se en la regió nord-est del Japó que va ser devastada pel tsunami de març de 2011.
i el posterior desastre nuclear. Es va oposar públicament a les crides del seu pare perquè el Japó abandonés l'energia nuclear immediatament. El 2019, el primer ministre Shinzo Abe va nomenar Koizumi al gabinet com a ministre de Medi Ambient, un paper que va mantenir quan Yoshihide Suga va succeir a Abe com a primer ministre al setembre de 2020.