Un nombre de variants genètiques específiques augmenten el risc d'una quantitat petita a moderada. Els trastorns d'un sol gen que resulten en emigrènies són rars. Un d'ells es coneix com a emigrènia hemiplègica familiar, un tipus de emigrènia amb aura, que s'hereta de manera autosòmic dominant. Quatre gens s'han demostrat que estan involucrats en la emigrènia hemiplègica familiar. Tres d'aquests gens estan involucrats en el transport d'ions. El quart és una proteïna axonal associada amb el complex d'exocitosi. Un altre trastorn genètic associat amb la emigrènia és la síndrome de CADASIL o l'autopatia arterial autosomal dominant amb infarts subcorticals i leucopatia.
rarament