A l'edat de quatre anys, Hannigan va començar a aparèixer en anuncis. Es va traslladar a Hollywood als 11 anys. Vivint amb la seva mare i assistint a North Hollywood High School, va fer una audició amb èxit per agents mentre visitava el seu pare a Santa Barbara. Després d'assistir a North Hollywood High School, va assistir a la Universitat Estatal de Califòrnia, Northridge, on va ser membre de la fraternitat Alpha Chi Omega i va obtenir un títol en psicologia. El primer paper important de Hannigan va ser en My Stepmother Is an Alien, una comèdia de ciència-ficció estrenada el 1988; un dels seus co-estrelles a la pel·lícula va ser l'actor Seth Green, que més tard es va unir a ella en el repartiment regular de Buffy com el seu xicot a la pantalla. El 1989, el seu primer paper regular en una sèrie de televisió va ser quan va ser elegida per a la sitcom de curta durada de l'ABC Free Spirit.
11