Escriu una continuació per a aquest paràgraf - El 31 d'agost de 2016, el Senat va votar per condemnar a Rousseff, eliminant-la d'aquest càrrec i fent de Temer la Presidenta del Brasil. Serviria la resta del segon mandat de Rousseff, que va acabar l'1 de gener de 2019. El càrrec de vicepresident va quedar vacant, i el president de la Cambra de Diputats actua com el primer substitut constitucional durant el seu mandat. El 7 de setembre de 2016, va inaugurar
els Jocs Paralímpics d'Estiu al Maracanã enmig d'un massiu buidatge dels espectadors.