Després de ser director director de l'Òpera Estatal de Praga (1994-95) i primer director permanent de l'Òpera de Leipzig (1996-98), Wildner va ser el director musical general de la Neue Philharmonie Westfalen durant deu anys des de 1997. Ha estat director convidat principal de l'Orquestra de Concert de la BBC a Londres des de 2010 fins a 2014. El 2014 es va convertir en director del festival d'òpera austríac Burg Gars in Gars Kamp am. Va ser nomenat professor de direcció musical a la Universitat de Viena a partir de l'1 d'octubre de 2014.
El 2010