El 6 de juliol de 2013, Fernández va ser seleccionat per representar als Marlins per a l'equip All-Star de la Lliga Nacional. Va llançar un 6è inning perfecte en el All-Star Game de 2013
en la qual va eliminar a Dustin Pedroia, va fer que Miguel Cabrera surt, i va eliminar a Chris Davis. Amb aquesta actuació, Fernández és un dels únics tres pitchers en la història del All-Star Game que va treure dos batejadors abans del seu 21è aniversari per al seu debut All-Star, els altres dos són Dwight Gooden i Bob Feller.