Escriu una continuació per a aquest paràgraf - El 31 d'agost de 2010, va ser signat per l'equip italià de la Serie A de Bolonya per 2,1 milions d'euros (incloent el 5% de contribució solidària als clubs juvenils). No s'havia previst pagar cap taxa en aquell dia, però es van programar dues quotes iguals el 31 de desembre de 2010 i el 30 de juny de 2011. A Bolonya, ha fet equip amb els seus companys uruguaians, Henry Damián Giménez, Gastón Ramírez i Miguel Britos, abans que aquest deixés l'equip per unir-se al S.S.C. Napoli. En la primera temporada de Pérez a la Serie A
El Bologna va aconseguir la 16a posició i va acabar a sis punts del descens, confirmant una quarta temporada consecutiva en la primera divisió italiana. També va aconseguir tres assistències durant la campanya, empatat amb Riccardo Meggiorini.