En 1783, un terratrèmol va devastar gran part de la ciutat, i va trigar dècades a reconstruir i reactivar la vida cultural de Messina. El 1847 va ser una de les primeres ciutats d'Itàlia on van esclatar els disturbis del Risorgimento. El 1848 es va rebel·lar obertament contra els Borbons regnant, però va ser fortament reprimida de nou. Només el 1860, després de la Batalla de Milazzo, les tropes garibaldines van ocupar la ciutat. Una de les principals figures de la unificació d'Itàlia, Giuseppe Mazzini, va ser elegit diputat a Messina en les eleccions generals de 1866. Un altre terratrèmol de menys intensitat va danyar la ciutat el 16 de novembre de 1894. La ciutat va ser gairebé completament destruïda per un terratrèmol
i el tsunami associat al matí del 28 de desembre de 1908, matant a prop de 100.000 persones i destruint la major part de l'arquitectura antiga. La ciutat va ser reconstruïda en gran part l'any següent.