El 9 de maig de 1967 va ser elegit bisbe de Verapaz, assumint el càrrec l'11 d'agost següent. En aquesta posició, va posar èmfasi en el treball pastoral entre les comunitats indígenes dels pobles mayes. Durant la guerra civil en curs del país
Als anys 70, Gerardi va ser un ferm defensor del reconeixement oficial de les llengües indígenes de Guatemala, per millorar l'estat dels pobles indígenes. Va ser instrumental en obtenir l'autorització per a dues estacions de ràdio per a emetre en llengües maies.