Gran part de la França catòlica, organitzada en la Lliga Catòlica, es va negar a reconèixer un monarca protestant i en canvi va reconèixer l'oncle d'Enric IV, Carles, cardenal de Borbó, com a rei legítim, i la guerra civil va continuar. Enric va obtenir una victòria crucial a Ivry
el 14 de març de 1590 i, després de la mort del cardenal el mateix any, les forces de la Lliga no tenien un candidat catòlic evident per al tron i es van dividir en diverses faccions. No obstant això, com a protestant, Enric IV no va poder prendre París, una fortalesa catòlica, ni derrotar decisivament els seus enemics, ara recolzats pels espanyols. Es va convertir al catolicisme el 1593 - es diu que va dir: "París val la pena una missa" - i va ser coronat rei retroactivament al 1589 a la Catedral de Chartres el 27 de febrer de 1594.