Tuliskeun saterusna pikeun paragraf ieu - Dina 1341 Raja John of Bohemia diidinan kulawarga Yahudi pikeun cicing di jero tembok kota, sareng sinagoga munggaran diwangun dina 1380; Nanging, sababaraha pogroms lumangsung dina akhir abad ka-15 sareng awal abad ka-16. Saprak Perang Hussite
, kota ieu sacara tradisional mangrupa benteng tina Garéja Katolik salila konflik agama nu lumangsung lila di Karajaan Bohemia. Bagian ti Monarki Habsburg ti taun 1526, Budejovice tetep jadi pendukung satia Kaisar Ferdinand II dina Perang Telupuluh Taun. Budějovice ngalaman hiji pendudukan pondok ku Prusia salila Perang Silesian, jeung perang antara Habsburgs jeung tentara Perancis dina 1742.