Tuliskeun saterusna pikeun paragraf ieu - Cooper diangkat deui jadi Letnan Kolonel ka-4 Kavaleri Kentucky dina tanggal 26 Maret 1863 sarta jadi Kolonel dina bulan April; nuturkeun pengunduran diri Kolonel Bayles. Tanggal 4 Juni 1863, Cooper luka nalika kuda murag kana dirina di Franklin, Tennessee. Anjeunna maréntahkeun resimen dina Patempuran Chickamauga dina bulan Séptember 1864. Cooper balik deui ka Lexington, Kentucky dina taun 1864 pikeun cuti gering. Lajeng Cooper dipingpin pasukan lokal ngalawan Raiders John Hunt Morgan urang. Manéhna nolak tungtutan Morgan pikeun nyerah Lexington dina 9 Juni 1864 jeung repulsed pasukan-Na. Dina bulan April 1865 anjeunna maréntahkeun pos Montgomery, Alabama jeung dina bulan Méi jeung Juli 1865 pos Albany, Georgia. Manéhna sacara terhormat diangkat dina tanggal 21 Agustus 1865 di Macon, Georgia. Anjeunna narima panghargaan perang pikeun jasa di Shiloh, Korinta, Richmond, Chickamauga, Morgan urang Serangan kana Kentucky, nu Battle of Resaca jeung Wilson urang Serangan on Montgomery. Manéhna patén ka Lt. Kolonel jeung Kolonel di Angkatan Darat Reguler dina 2 Maret 1867, pikeun jasa gagah jeung meritorious di Battle of Resaca
di Géorgia jeung dina penaklukan Montgomery, Alabama.