Lengkepan kalimah di handap ieu: Tanggal 13 Juli 2011, diumumkeun yén Jonathan bakal ninggalkeun Santos pikeun ngalatih sareng raksasa Serie A Inter Milan, ngantosan finalisasi transfer. Dua poé saterusna, dina tanggal 15 Juli, anjeunna sacara resmi jadi pamaén Inter, nandatanganan kontrak opat taun. Jonathan nyieun debut Inter na dina 11 Séptémber 2011 dina minggu kadua
2011<unk>12 Serie A, maén 90 menit pinuh dina 4<unk>3 kaleungitan jauh ka Palermo. Tilu poé saterusna Jonathan nyieun debut di Liga Champions, maén sakabéh pertandingan dina Matchday 1 ngalawan pihak Turki Trabzonspor dina éléh 0<unk>1 di San Siro.