Lengkepan kalimah di handap ieu: Sanggeus nagara bagian Mississippi misahkeun diri pas saméméh dimimiti Perang Sipil, Barksdale mundur ti Kongrés pikeun jadi adjutant umum, teras quartermaster umum, Militia Mississippi, dina pangkat brigadier umum, kalayan tanggal pangkat 1 Maret 1861. Tanggal 1 Méi, anjeunna diangkat jadi kolonel di Angkatan Darat Konfederasi Amérika tina Infantri Mississippi ka-13, hiji resimen anu dipingpin dina Patempuran Bull Run anu munggaran dina usum panas éta, sareng Patempuran Ball's Bluff dina Oktober. Dina usum semi saterusna, anjeunna mawa resimen ka Semenanjung Virginia sarta tarung dina Kampanye Semenanjung jeung Perang Tujuh Poé. Nalika komandan brigad na, Brig. Jenderal Richard Griffith, ieu mortally luka di
Patempuran Stasion Savage tanggal 29 Juni 1862, Barksdale ngabawahkeun brigade jeung mingpin éta dina serangan heroik, tapi berdarah jeung sia-sia, dina Patempuran Malvern Hill. Brigade ieu dipikawanoh minangka "Barksdale's Mississippi Brigade". Manéhna diangkat jadi brigadier jenderal dina 12 Agustus 1862.