Dina 1856 Kekulé jadi Privatdozent di Universitas Heidelberg. Dina 1858 anjeunna diangkat salaku profesor full di Universitas Ghent, teras dina 1867 anjeunna disebut ka Bonn, dimana anjeunna tetep pikeun sesa karirna. Dumasar pamanggih-Na dina pamanggih-pamanggih ti nu miheulaan kayaning Williamson, Edward Frankland, William Odling, Auguste Laurent, Charles-Adolphe Wurtz jeung nu lianna, Kekulé ieu formulator utama ti téori struktur kimia (1857<unk>58). Téori ieu asalna ti pamanggih valensi atom, utamana tetravalensi karbon (anu Kekulé ngumumkeun ahir 1857) jeung kamampuh atom karbon pikeun numbu ka unggal lianna (di hiji makalah nu diterbitkeun dina 1858), pikeun nangtukeun beungkeut sadaya atom dina hiji molekul organik.
struktur kimiawi