Lengkepan kalimah di handap ieu: Dina 1341 Raja John of Bohemia diidinan kulawarga Yahudi pikeun cicing di jero tembok kota, jeung sinagog kahiji diwangun dina 1380; kumaha oge sababaraha pogroms lumangsung dina ahir abad ka-15 jeung awal abad ka-16. Saprak
Perang Hussite, kota ieu sacara tradisional mangrupakeun benteng tina Garéja Katolik salila konflik agama anu lumangsung di Karajaan Bohemia. Bagian ti Monarki Habsburg ti taun 1526, Budejovice tetep jadi pendukung satia Kaisar Ferdinand II dina Perang Telupuluh Taun. Budějovice ngalaman hiji pendudukan pondok ku Prusia salila Perang Silesian, jeung perang antara Habsburgs jeung tentara Perancis dina 1742.