Tulis lanjutan untuk paragraf ini - Sanggeus pindah ka Jakarta, Latuharhary ogé mimiti digawé pikeun Jepang di handapeun Departemen Urusan Dalam Negeri pikeun ngatur Moluccan di Jawa, sarta tanggung jawab pikeun lampah maranéhanana. Dina taun 1944, sakelompok urang Ambon kaasup Latuharhary ditahan ku Kenpeitai sarta dibawa ka Bogor sabab disangka spionase pikeun pasukan Sekutu, sarta alatan kanyataan yén Latuharhary sawaréh ngagunakeun jabatanana dina administrasi Jepang pikeun tujuan pulitik. Tapi, pamajikanana jeung dua urang deui bisa ngayakinkeun komandan Angkatan Laut Jepang pikeun ngabébaskeun maranéhna. Dina ahir taun 1944, manéhna ditahan deui sanggeus saurang tahanan Moluccan kabur ti panjara. Otoritas Jepang dina waktu éta hususna curiga ka Ambonese sanggeus Patempuran Morotai
jeung pangeboman strategis di Ambon taun 1944, nu leuwih dipicu ku operasi spionase Sekutu di Moluccas dipingpin ku Ambonese Julius Tahija.