Dina Désémber 1944, nalika gabungan pasukan Filipina jeung Amérika neruskeun kamajuan maranéhna pikeun ngabebaskeun Filipina ti pasukan Jepang, pamaréntah Républik Filipina Kadua, nu kaasup Aquino, dipindahkeun ka Baguio. Saterusna, éta diangkut ka Jepang dimana, babarengan jeung pajabat séjénna, anggotana ditéwak sarta dipenjara di Penjara Sugamo nalika Jepang nyerah
. tapi Tanggal 25 Agustus 1946, Aquino dibawa balik ka Filipina pikeun sidang dina tuduhan pengkhianatan ku Pengadilan Rakyat; sababaraha minggu saterusna anjeunna dileupaskeun dina jaminan.