Tulis hiji kontinyu pikeun paragraf ieu - Dina 13 Juli 2011, diumumkeun yén Jonathan bakal ninggalkeun Santos pikeun ngalatih sareng raksasa Serie A Inter Milan, ngantosan finalisasi transfer. Dua poé saterusna, dina tanggal 15 Juli, anjeunna sacara resmi jadi pamaén Inter, nandatanganan kontrak opat taun. Jonathan nyieun debut Inter na dina 11 Séptémber 2011 dina minggu kadua 2011-12 Serie A
, maén pinuh 90 menit dina 4-3 leungitna jauh ka Palermo. Tilu poé saterusna Jonathan nyieun debut di Liga Champions, maén sakabéh pertandingan dina Matchday 1 ngalawan pihak Turki Trabzonspor dina éléh 0<unk>1 di San Siro.