Dina bulan Agustus 1845, Magruder jadi sukarelawan pikeun ditugaskeun di Corpus Christi, Texas, pikeun ngagabung ka tentara Jénderal Zachary Taylor di ditu, ngajajah tilas républik; AS aya dina ambang perang sareng Mexico dina masalah aneksasi. Sanggeus perang dimimitian dina tanggal 25 April 1846, Magruder mimiti ningali perang dina Patempuran Palo Alto
, 14 poé saterusna. Tanggal 18 April 1847, Magruder ngalayanan kalayan "gairah jeung kamampuh", dina ékspédisi Jenderal Winfield Scott, dina kaayaan seuneu beurat jeung ngahurungkeun artileri Méksiko ngalawan aranjeunna di Cerro Gordo, nu mana anjeunna dipuji ku atasan-atasan sarta dipaténkeun ka mayor. Dina tanggal 12 Séptémber, pasukan AS geus mimiti nargétkeun Chapultepec, dina salah sahiji runtuyan patempuran di Patempuran Mexico City. Magruder - nu rada tatu - maréntahkeun tembakan kahiji dina isuk-isuk dina tanggal 13 sarta nawiskeun ngudag, sanajan jumlahna leuwih luhur ti Méksiko, pikeun nangkep persimpangan Anzures, Veronica, jeung Belen - simpang jalan penting anu bakal ngahalangan usaha ku Jenderal Santa Anna pikeun ngaleupaskeun istana.