Cena nyieun kejutan deui salaku pamilon ahir patandingan Royal Rumble, meunangna, sarta titél tradisional WrestleMania XXIV, ku pamungkas ngaleungitkeun Triple H. Gantina ngantosan dugi ka WrestleMania, titél ditémbak ngalawan saterusna WWE Champion Randy Orton di 2008's No Way Out dina patandingan Cena meunang ku disqualification sahingga, teu dilélérkeun kajawaraan. Peuting saterusna dina "Raw", Cena ditempatkeun deui dina WrestleMania's WWE Championship match ngéléhkeun Orton dina pertandingan non-judul sareng Triple H salaku wasit tamu khusus, ngajantenkeun pertandingan ancaman triple antara tilu lalaki, nalika anjeunna ditetepkeun ku Orton. Di Backlash, Cena gagal meunangkeun deui gelar dina patandingan éliminasi opat-jalan fatal, di mana anjeunna dieliminasi ku Orton. Salila patandingan éta, Cena ngaleungitkeun JBL, ngamutahirkeun permusuhan ti taun 2005. Cena ngéléhkeun JBL dina Poé Pangadilan
jeung saterusna di Hiji Peuting Nangtung dina patandingan First Getih. Cena ogé gagal meunangkeun deui WWE Championship ti Triple H di Night of Champions. Salajengna, JBL ngéléhkeun Cena dina New York City Parking Lot Brawl di The Great American Bash dina bulan Juli pikeun ngeureunkeun permusuhan. Dina épisode "Raw" tanggal 4 Agustus, Cena jadi Juara Tim Tag Dunia pikeun kadua kalina, ngagabung jeung Batista pikeun ngéléhkeun Cody Rhodes jeung Ted DiBiase tapi gagal nahan gelar juara dina minggu saterusna ngalawan urut juara. Cena kalah ti Batista di SummerSlam. Teu lila sanggeusna, Cena dingaranan salah sahiji tina opat contenders pikeun CM Punk urang Dunya Heavyweight Championship di Championship Scramble patandingan di Unforgiven, tapi anjeunna diganti ku Rey Mysterio sanggeus nalangsara hiji herniated disc di beuheung na di patandingan na di SummerSlam, nu diperlukeun bedah. Cena ngalaman operasi anu suksés pikeun ngalereskeun tatu.