Lengkepan kalimah di handap ieu: Kalayan pisahna sabelas nagara bagian Kidul sareng wabah Perang Sipil, Miller ngagabung sareng Angkatan Darat Uni. Tanggal 27 Agustus 1861, Gubernur Oliver P. Morton ngajurung Miller salaku Kolonel Infantri Indiana ka-29. Sanggeus latihan, resimen ieu ditugaskeun ka Brigade Kirk di divisi Alexander M. McCook di Buell's Army of the Ohio sarta maju ka Tennessee. Miller nempo aksi dina dinten kadua
Patempuran Shiloh, ogé salila Ngepungna Korinta. Miller mingpin resimenna ngaliwatan Alabama kalér jeung Tennessee sarta ngudag Braxton Bragg ngaliwatan Kentucky. Miller maréntahkeun hiji brigade di handapeun James Negley salila Battle of Stones River dina ahir Désémber 1862. Dina poé kadua patempuran, Miller mingpin serangan balik Féderal di peuntas Walungan Stones nu ngéléhkeun serangan Konfederasi John C. Breckinridge. Salila serangan ieu Miller luka dina beuheung.