Dina taun 1861-62 Kimberly ngalayanan di kapal fregat di West Gulf Blockading Squadron, milu dina operasi Walungan Mississippi di Port Hudson, Grand Gulf
, jeung Vicksburg, sarta narima promosi ka Letnan Komandan dina tanggal 16 Juli 1862. Dina taun 1863-1864 anjeunna ngajabat salaku perwira eksekutif tina sloop uap, ningali aksi di Battle of Mobile Bay, sanggeus éta anjeunna warmly commended pikeun jasa gallant sarta efisien na. Sanggeus perang, anjeunna ngagabung jeung Orde Militér Legiun Satia Amérika Sarikat.