Tulis hiji neraskeun pikeun ayat ieu - Nalika Perang Sipil dimimitian dina 1861, Magruder ditinggalkeun Angkatan Darat Uni pikeun nampa hiji komisi di Konfederasi. Salaku komandan Angkatan Darat Semenanjung, anjeunna ngawangun benteng di Semenanjung Virginia sarta meunangkeun Patempuran Big Bethel. Dina Kampanye Semenanjung, anjeunna ngeureunkeun Angkatan Darat Potomac McClellan di luar Yorktown, ngamungkinkeun Mayor Jenderal Joseph E. Johnston pikeun sumping sareng bala bantuan, ngatur mundur, sareng membela ibukota Konfederasi, Richmond. Magruder dikritik pikeun kapamimpinanana dina perang di Stasion Savage
jeung Malvern Hill salila Perang Tujuh Poé. Manéhna nyéépkeun sésana perang ngajalankeun Distrik Texas, New Mexico, jeung Arizona jeung Departemen Arkansas; dina jabatanna, Magruder ngangkat blokade angkatan laut leuwih Galveston jeung ngarebut deui kota dina 1863.