Tomioka ditugaskeun ka Stab Umum Angkatan Laut Jepang salaku Kapala Bagian Operasi dina Oktober 1940, Tomioka terus ngawula dina kapasitas éta salami dua taun mimiti Perang Pasifik, nalika anjeunna henteu suksés ngalawan serangan ka Pearl Harbor. Manéhna ogé kuat ngalawan rencana Laksamana Isoroku Yamamoto pikeun operasi Midway
, ngusulkeun yén Jepang nempatan Fiji jeung Samoa nu leuwih penting sacara strategis. Tomioka ogé ngadorong pikeun fokus kana penjajahan Port Moresby di New Guinea, boh salaku panggung pikeun invasi Australia, atanapi pikeun narik armada pamawa Amérika sajauh mungkin tina pangkalan asalna. Anjeunna ditolak nalika Yamamoto ngancam mundur.