Lengkepan kalimah di handap ieu: Tanggal 5 Désémber 1990, Alomar jeung Joe Carter ditukeurkeun ka Toronto Blue Jays pikeun ngaganti Fred McGriff jeung Tony Fernández. Di Toronto manéhna jadi pamaén pangluhurna, ngagabungkeun rata-rata batting.300-plus jeung kakuatan sarta laju luhur dina dasar. Dina taun 1991, anjeunna nguntungkeun tina laju na kalayan 11 triple sareng 53 base anu dipaling, ngarah tim ka mimiti tilu penampilan playoff berturut-turut. Taun saterusna, manéhna nyetak 105 run, 87 walks, sarta boga.405 on-base persentase. Taun 1993, Alomar ngalaman usum pangalusna-na jeung Blue Jays, ngahasilkeun 17 home runs (HR), 93 runs batted in (RBI), jeung 55 stolen bases, bari batting.326, katilu di American League balik teammates John Olerud jeung Paul Molitor. Manéhna mangrupa tokoh sentral dina kejuaraan World Series di Toronto dina 1992 jeung 1993; dina Game 6 tina 1992 World Series, manéhna nyetak seri-unggul ngajalankeun dina dua-jalan ganda Dave Winfield di 11th inning. Kaulinan Alomar-tie, home run ninth-inning ngalawan Oakland relief ace Dennis Eckersley, dina Game 4 tina
1992 American League Championship Series (ALCS), dianggap ku loba salaku hit pangpentingna dina sajarah klub urang, salaku tilu lalampahan tim urang saméméhna ka ALCS kungsi réngsé dina kuciwa; manéhna ngaranna pamuter paling berharga (MVP) tina runtuyan. Dina taun 1995, anjeunna maénkeun 104 pertandingan berturut-turut tanpa ngalakukeun kasalahan, netepkeun rékor AL pikeun basemen kadua. Dina unggal lima musimna jeung Blue Jays, Alomar dicalonkeun ka tim All-Star sarta meunangkeun Golden Glove Award.