Lengkepan kalimah ieu: Waktu Perang Sipil Amérika mimiti taun 1861, Jones jadi sukarelawan pikeun ngalayanan di Angkatan Darat Uni. Tanggal 3 Oktober, anjeunna kapilih jadi kaptén ti 53rd Ohio Infantry Regiment, sarta milu dina Patempuran Shiloh jeung Pengepungan Korinta. Tanggal 2 Méi 1862, Jones jadi kolonel di 53rd Ohio jeung komandan. Manéhna mingpin resimenna salila Pengepungan Vicksburg jeung dina patempuran Missionary Ridge, duanana dina taun 1863. Jones ningali aksi salajengna sapanjang Kampanye Atlanta 1864, ngalawan di Resaca, Dallas, Kennesaw Gunung jeung
Di Atlanta. Dina bulan Agustus, Jones diangkat jadi komandan brigade nalika perwira punjulna, Brigadier Jenderal Joseph A. J. Lightburn luka sarta ninggalkeun komando pikeun sésana perang. Kolonel Jones ayeuna mingpin Brigade ka-2 dina Divisi ka-2 William B. Hazen ti Korps XV di Jonesboro. Ku kabeneran, Brigade 1 ti divisi éta ogé dipingpin ku "Kolonel Jones", Theodore Jones ti 30 Ohio. Wells Jones milu dina 1864 Maret ka Laut, sarta luka salila operasi sabudeureun Fort McAllister, Georgia, dina 13 Désémber.