Dokonči nasledujúcu vetu: Počas Latimerovho druhého ročníka štúdia vypukla občianska vojna a Latimer opustil VMI, aby slúžil Južnej Konfederácii. Najprv slúžil ako kadet pre Richmond Hampden Artillery počas jari a leta 1861. Na jeseň bol poverený ako prvý poručík a videl akciu s divíziou generála majora Richarda S. Ewella v kampani Shenandoah Valley v roku 1862. Po tom, čo sa vyznamenal svojou batériou v takýchto bitkách ako
Prvý Winchester a Cedar Mountain, Latimer bol povýšený na veliteľa praporu, ktorý predtým patril A. R. Courtney. Po velení praporu v Fredericksburgu v decembri 1862 bol Latimer povýšený na majora v marci 1863. Ewell ho označil za "mladého Napoleona", ale jeho súčasníci poznamenali jeho mladosť a malú, ľahkú postavu tým, že ho nazývali "Boy Major". Stal sa dôstojníkom v batalióne majora Richarda Snowdena Andreusa v divízii majora generála Edwarda "Alleghenyho" Johnsona.