Dokonči nasledujúcu vetu: Po nezávislosti Mexika v roku 1821 veľké množstvo španielskych vojakov naďalej okupovalo San Juan de Ulúa až do roku 1825. Bolo to posledné miesto v bývalej kolónii Nové Španielsko, ktoré držali Španieli a v novembri 1825 sa vzdalo mexickému generálovi Miguelovi Barragánovi. Odôvodnením príkazu na vyhostenie, ktorý vydal prezident Vicente Guerrero, bol ich neúspešný pokus o opätovné dobytie Mexika. Odvtedy slúžil San Juan de Ulúa ako vojenský a politický symbol mexického odporu voči zahraničným inváziám a okupáciám, vďaka ktorým sa niekoľko z nich uskutočnilo v priebehu devätnásteho storočia. V roku 1836 Francúzi bombardovali pevnosť v bitke o Veracruz počas cukrárskej vojny, konfliktu, ktorý vznikol v dôsledku francúzskeho občana v Mexiku, ktorý hľadal náhradu škody za jeho údajne poškodenú cukrársku továreň; počas mexicko-americkej vojny Spojené štáty
Počas vojny obkľúčili pevnosť, konflikt, ktorý vznikol v dôsledku sporov o vznikajúcu Texasu, a v roku 1863 Francúzi krátko obsadil mesto pri inštalácii Maximilian I ako cisár Mexika. Počas veľkej časti devätnásteho storočia slúžila pevnosť ako väzenie, najmä pre politických väzňov, ktorí boli považovaní za opozíciu voči vláde. Mnohí prominentní mexickí politici tu strávili čas, keď neboli pri moci.