Napíšte pokračovanie pre tento odsek - Fakulta bola v roku 1882 rozdelená na českú a nemeckú časť a Fakulta prírodných vied sa stala samostatnou inštitúciou v rokoch 1920-1939. V roku 1939 bola škola zatvorená okupačnými silami nacistického Nemecka a nasledovalo brutálne prenasledovanie učiteľov a študentov. Po skončení okupácie v roku 1945 na umeleckej fakulte opäť prebiehalo niekoľko rokov; to bolo násilne ukončené v roku 1948 komunistickým prevratom v roku 1948. Prestiž fakulty rýchlo klesol v dôsledku núteného odchodu mnohých uznávaných učiteľov a zavedenia marxistických-leninistických štúdií. V šesťdesiatych rokoch sa fakulta pomaly začala otvárať významným mysliteľom tej doby, ale tento trend sa obrátil sovietskou okupáciou v roku 1968.
, proti ktorému Jan Palach, študent fakulty, protestoval tým, že sa podpálil. Po skončení komunistického režimu v Československu v roku 1989 a odchode jeho zástupcov z fakulty bola znovu založená ako jedna z najvýznamnejších univerzitných inštitúcií v krajine.