Vybuchovanie sopky mení celosvetové podnebie tým, že do atmosféry vstrekne popol a plyny, ktoré znižujú množstvo slnečného svetla, ktoré sa dostáva na Zem, čo často spôsobuje chladné počasie a zlyhanie úrody. V lete 1601 bolo najchladnejšie na severnej pologuli počas posledných šiestich storočí, a vplyv mohol byť porovnateľný s tým z roku 1815 Tambora, 1453 Kuwae, 1257 Samalas
a 536 erupcií Ilopango. Ďalšie sopky mohli vybuchnúť popri Huaynaputine a tiež prispeli k meteorologickým anomáliám; niekoľko veľkých sopečných erupcií sa uskutočnilo v desaťročiach predchádzajúcich a nasledujúcich po erupcii Huaynaputiny.