Neuner utrpel ďalšie neúspechy na majstrovstvách sveta v roku 2009
v Pyeongchangu, kde bojovala s prechladnutím a vysokým počtom strieľacich chýb. V sprinte skončila ôsma, v ktorom sa zrútila na svahu a v prenasledovacom závode sa umiestnila na jedenástom mieste. Bola vylúčená z individuálnej preteky a nemohla začať v kombinovanej štafete kvôli prechladnutiu. Dňa 21. februára 2009 získala Neuner striebornú medailu ako súčasť nemeckej ženského štafety, spolu s Martinou Beckovou, Andreou Henkelovou a Kati Wilhelmovou. V posledný deň šampionátu skončila siedma v pretekoch na masovom štart.