V druhej svetovej vojne bola táto oblasť veľmi zapojená do vývoja a výroby rakiet V-1 a V-2, až do premiestnenia výroby do Nordhausenu. Docky dediny boli použité pre lode, ktoré získali vrak V-2 z testovacích štartov nad Baltským morom. Nemeckí vedci ako Wernher von Braun, ktorí pracovali v zariadení V-2, boli známi ako "Peenemünderi". Skupina odporu okolo kňaza Heinricha Maiera odovzdala Spojencom plány na rakety V-1, V-2 a výskumnú stanicu Peenemünde. Skupina odporu, ktorú neskôr odhalilo Gestapo, bola v kontakte s Allenom Dullesom, šéfom americkej tajnej služby OSS vo Švajčiarsku. Spojenecké bombardéry boli schopné uskutočniť presné letecké útoky s náčrtmi výrobných zariadení. Informácia bola dôležitá pre operáciu Crossbow a operáciu Hydra.
, obidve pre-misie pre operáciu Overlord. Počas operácie Hydra bolo výskumné zariadenie ťažko zasiahnuté útokom veliteľstva bombardérov RAF na Peenemünde v noci zo 17. na 18. augusta 1943. Útok uskutočnil celkovo 596 bombardérov (324 Avro Lancaster, 218 Handley Page Halifax, 54 Short Stirling). Došlo k rozsiahlym deštrukciám a spustenie prototypu rakety V-2 bolo oneskorené asi o dva mesiace. 123 ľudí zomrelo, vrátane vedca Waltera Thiela. Wernher von Braun sa dokázal zachrániť v bunkri.