Dokonči nasledujúcu vetu: V roku 1861, na začiatku občianskej vojny, bol menovaný veliteľom New Yorkskej národnej gardy, brigádnym generálom Johnom F. Rathboneom, aby slúžil ako hlavný lekársky dôstojník v Albany. V júni 1862, po
Bitka u Savage's Station, keď armáda Potomacu spolu s jej lekármi ustúpila, Swinburne zostal, aby sa postaral o tisíce zranených väzňov, a to tak z Únie, ako aj z Konfederácie. Z úcty k jeho principiálnemu postoju mu veliteľ Konfederácie Stonewall Jackson dal preukaz, spolu s osobnou poznámkou, ktorá mu umožňovala navštevovať väzňov Únie. V roku 1864 ho guvernér Horatio Seymour vymenoval na post zdravotného úradníka prístavu v New Yorku a v roku 1867 ho vymenoval guvernér Reuben Fenton, ktorý slúžil celkovo šesť rokov až do roku 1870. Počas svojej vlády, napriek neochote štátneho zákonodarcu prideliť finančné prostriedky, dohliadal na výstavbu najmodernejších karanténnych zariadení na ostrovoch, ktoré boli pomenované Swinburne a Hoffman.