Keď v roku 1861 začala americká občianska vojna, Fesler sa postavil na stranu Únie. 30. augusta 1861 vstúpil do armády Únie v Morgantown, Indiana. Fesler bol kapitánom roty G v 27. indiánskom regimente. Fesler velel svojej spoločnosti v bitke pri Prvom Winchester
a v bitke pri Cedar Mountain. V roku 1862 bol Feslerov regiment pridelený k 12. armádnemu zboru, v ktorom zostal po celý rok 1863. Fesler potom 17. septembra 1862 velil svoju spoločnosť počas bitky pri Antietame, neďaleko Sharpsburgu v Marylande. Jeho pluk strávil zimu 1862 až 1863 v tábore v Stafford Courthouse vo Virgínii a 13. februára 1863 bol povýšený na podplukovníka 27. indiánskej armády. V marci 1863 bol 12. zboru, ktorého súčasťou bol 27. indiánsky, vydaný hviezda ako odznak zboru. 5. mája 1863 bol Fesler zranený počas bitky pri Chancellorsville v Spotsylvania County vo Virgínii. Potom dočasne velel 27. indiánskej brigáde od 2. do 3. júla 1863 počas bitky pri Gettysburgu, keď bol plukovník pluku umiestnený do velenia brigády. Fesler a jeho pluk sa potom podieľali na potláčaní nepokojov v New Yorku neskôr v tom mesiaci.