V F1, po sľubnom začiatku v predchádzajúcom roku, bol rok 1966 pre Stewarta chudobným rokom; 3-litrové H16 BRM boli nespoľahlivé, aj keď Stewart vyhral Veľkú cenu Monaka v 2-litrovom motore. Najvýznamnejšou udalosťou v tom roku bola jeho nehoda na
Veľká cena Belgicka v Spa-Francorchamps, ktorá vyvolala jeho kampaň na zlepšenie bezpečnosti vo F1 a spôsobila, že zmeškal Veľkú cenu Francúzska v Reims.