V marci 2016 porazil Lee Sedola v piatich zápasoch, prvýkrát, čo počítačový Go program porazil 9-dan profesionála bez hendikepov. Hoci prehral Lee Sedola v štvrtom zápase, Lee rezignoval v poslednej hre, čím získal konečný skóre 4 zápasov na 1 v prospech AlphaGo. V uznaní za víťazstvo získal AlphaGo čestné 9-dan od Kórejskej Badukovej asociácie. Vedenie a zápas s Lee Sedolom boli zdokumentované v dokumentárnom filme tiež s názvom AlphaGo, ktorý režíroval Greg Kohs. V roku 2016 bol vybraný Science ako jeden z príchodných pretekárov Breakthrough of the Year 22. decembra 2016. Na summite Future of Go v marci 2016 porazil Lee Sedola v piatich zápasoch, prvýkrát, keď počítačový Go program porazil 9-dan profesionála bez hendikepov. Hoci prehral Lee Sedola v štvrtom zápase, Lee rezignoval v poslednom zápase, čím získal konečný skóre 4 zápasov na 1 v prospech AlphaGo.
Rok 2016