V roku 1980 sa Aoun vrátil do Libanonu a neskôr bol vymenovaný za dočasného veliteľa prevažne kresťanskej 8. pešej brigády, ktorej pripisuje ochranu palestínskeho utečeneckého tábora Borj Al Barajneh pred zlovestným osudom Sabra a Chatila, a bojoval proti pro-sýrskym drúzskym a palestínskym milíciám v bitke pri Souk El Gharb počas vojny v Libanone.
Horská vojna. Počas izraelskej invázie bola Aounova kancelária na Muzejnom priechode.