V júli 1813 začal generál Nariño, motivovaný víťazstvom nad federalistami, intenzívnu vojenskú kampaň proti zostávajúcim španielskym a rojalistickým silám na juhu s cieľom dosiahnuť Pasto a nakoniec Quito. Nariñove sily, známe ako Armáda juhu, s počtom 1500 až 2000 mužov, sa im podarilo v januári 1814 zaujať Popayán, ale v máji 1814 boli úplne porazené v Pasto a Nariño bol zatknutý a potom poslaný do kráľovského väzenia v Cádize cez Quito. Federalisti to využili na útok na Bogotu, čo umožnilo generálovi Simónovi Bolívarovi zo Spojených provincií v decembri 1814 vynútiť podmienky. V polovici roku 1815 však prišiel Pablo Morillo s veľkým španielskym
a vrátili krajinu do podriadenosti odvtedy obnovenému Ferdinandu. Morillova vojenská kampaň vyvrcholila zajatím Santafé 6. mája 1816.