Malagridov vplyv na Lisabonskom dvore sa stretol s hlbokým nepriateľstvom premiéra Carvalho, budúceho markíza z Pombal. Carvalho sa snažil obnoviť Lisabon po zemetrasení v roku 1755
, ktorý Malagrida kázal, bol trest spravodlivého Boha na hriešnych ľuďoch. Carvalho sa hneval na implicitnú kritiku vlády a presvedčil kráľa Josého, aby v novembri 1756 vyhnal Malagridu do Setúbalu a všetkých jezuitov z Dvora.