V roku 1806 francúzske okupačné úrady v Holandsku degradovali Utrechtskú univerzitu na "école secondaire" (strednú školu), ale po založení Spojeného kráľovstva Holandska v roku 1813 získala svoj pôvodný status. Leiden, Leuven, Groningen, Utrecht a Ghent boli piatimi univerzitami nového štátu. Dve z týchto univerzít (Leuven a Gent) sa stali súčasťou nového belgického štátu po oddelení ich príslušných provincií.
z Holandského kráľovstva v roku 1830. Výsledkom bolo, že Utrechtská univerzita zostala jednou z troch holandských univerzít. Počas francúzskej okupácie nariadil kráľ Ludvík Napoleon výstavbu paláca v centre Utrechtu, ktorý sa nakoniec stal mestským centrom univerzitnej knižnice.