V máji 1942 potom poručík Shiga prevzal velenie nad stíhacou skupinou lietadlových lodí "Jun'yō", čo bol jeho post až do decembra 1942. Počas tejto doby, Shiga viedol stíhačky dopravcu v bitkách o
Dutch Harbor a Santa Cruz Islands. V druhej bitke zaútočil na americké lietadlové lode USS Enterprise, v ktorej bola prvá neskôr potopená, zatiaľ čo Enterprise bola ťažko poškodená. Následne od decembra 1942 do januára 1943 velel stíhacej skupine lietadlovej lode "Hiyō", zatiaľ čo lietadlová loď bola v prístave v Japonsku.