Japonské impérium napadlo Morotai začiatkom roku 1942 ako súčasť svojej kampane v Holandskej Východnej Indii. Americké sily a ich spojenci začali bitku pri Morotai.
bombardovanie ostrova v auguste a invázia v septembri. Japonské cisárske sily na Morotai vydržali až do roku 1945, ale nepodarilo sa im vyhodiť spojenecké jednotky. V druhej polovici roku 1944 pristálo na Morotai 61 000 ľudí. Dve tretiny z nich boli inžinieri, ktorí rýchlo zriadili zariadenia vrátane prístavov a dvoch pristávacích dráh plus rozsiahle zásoby paliva.