Halsey poslal TG 38.1 na juh zaútočiť na japonské letiská v tejto oblasti počas invázie Morotai
ktoré sa začalo 15. septembra, ale povolal ich späť, aby sa pripojili k hlavnej časti TF 38 pred plánovaným útokom na Manilu 21. septembra. Lietadlá "Hornet" sa podieľali na druhej vlne útokov na zátoku v Manile a potopili starú torpédoborec. Americkí piloti tvrdili, že sestrelili 110 lietadiel a zničili 95 na zemi, hoci Prvá letecká flotila v skutočnosti stratila menej ako dva tucty lietadiel. TF38 tvrdila, že potopila alebo poškodila sedem ropných tankerov, ale japonské záznamy ukazujú, že deväť bolo potopených alebo zničených. Zlé počasie prinútilo zrušiť väčšinu leteckých úderov plánovaných na druhý deň, ale Halsey sa rozhodol namiesto toho zaútočiť na zátoku Coron na ostrovoch Calamian, kotvisko často používané japonskými ropníkmi na druhej strane Filipín s TG 38.1 a 38.3. Letecká skupina "Hornet" viedla kombinovaný letecký útok, ktorý potopil dva ropné lode, šesť nákladných lodí, niekoľko sprievodcov a hydroplán. TG 38.1 potom vyplával do prístavu Seeadler, aby doplnil a vymenil leteckú skupinu 2 za leteckú skupinu 11. Clark konečne opustil Hornet 1. októbra.