Japonské impérium napadlo Maluku začiatkom roku 1942 ako súčasť svojej kampane v holandskej Východnej Indii v druhej svetovej vojne a vyhnali Holanďanov z regiónu. Halmahera sa stala miestom japonskej námornej základne v zálive Kao. O dva roky neskôr, americké sily a ich spojenci začali bitku pri Morotai.
bombardovanie ostrova v auguste a invázia v septembri. Japonské cisárske sily na Morotai vydržali až do roku 1945, ale nedokázali vyhodiť spojeneckých útočníkov. V druhej polovici roku 1944 pristálo na Morotai 61 000 ľudí. Dve tretiny z nich boli inžinieri, ktorí rýchlo zriadili zariadenia vrátane prístavov a dvoch pristávacích dráh plus rozsiahle zásoby paliva. Formálna kapitulácia druhej japonskej armády sa uskutočnila v Morotai 9. septembra 1945. Posledný japonský vytrvalý z vojny, vojak Teruo Nakamura (Amis: Attun Palalin), bol objavený indonézskym letectvom na Morotai a 18. decembra 1974 sa vzdal pátracej hliadke.