V júli 1813 a motivovaný víťazstvom nad federalistami, generál Nariño začal intenzívnu vojenskú kampaň proti zostávajúcim španielskym a royalistickým silám na juhu, s úmyslom dosiahnuť Pasto a nakoniec Quito. Nariñove sily, známe ako Armáda juhu, s počtom 1500 až 2000 mužov, sa podarilo v januári 1814 zaujať Popayán, ale v máji 1814 boli úplne porazené v Pasto a Nariño bol zatknutý a potom poslaný do kráľovského väzenia v Cádize cez Quito. Federalisti to využili na útok na Bogotu, čo umožnilo generálovi Simónovi Bolívarovi zo Spojených provincií v decembri 1814 vynútiť podmienky. V polovici roku 1815 však prišiel Pablo Morillo s veľkou španielskou vojenskou jednotkou a vrátil oblasť do podriadenosti
odvtedy obnoveného Ferdinanda. Morillova vojenská kampaň vyvrcholila zajatím Santafé 6. mája 1816.