Keď v júli 1936 vypukla španielska občianska vojna, Juan Guilloto sa zúčastnil na útoku na Cuartel de la Montaña a bitka o Guadarramu bojovala v horskom pásme Guadarrama. Bol jedným z vodcov piateho pluku, ktorý sa stal jeho veliteľom od októbra 1936. Bojoval v Talavera de la Reina, Santa Olalla a Illescas (september 1936), obranu Madridu
a Druhá bitka na ceste Corunna, ako aj v bitke pri Jarame (február 1937).