Napíšte pokračovanie tohto odseku - Za Konfederácie, ich súdny exekútor držal hrad na pravom brehu rieky Limmat, kontroloval prístup k mostu. Švajčiarsky parlament sa v Badene stretával opakovane od roku 1426 do roku 1712 a Baden sa stal takýmto hlavným mestom Švajčiarska. Radu ('), v ktorej sa schádzal parlament, je stále možné navštíviť. V priebehu 15. storočia mesto znovu získalo svoju popularitu ako kúpeľné stredisko ('). V meste sa od 21. mája do 18. júna 1526 konala slávna diskusia o transsubstanciácii. Hoci sa Zwingli odmietol zúčastniť osobne, vytlačil rozsiahle listy počas celého trvania a poslal svojho asistenta Johannesa Oecolampadiusa, aby diskutoval s Johannom Eckom a Thomasom Murnerom. Nakoniec sa väčšina rozhodla proti reformátorom, ale vznikol aj podstatný blok v ich mene. Johann Pistorius v roku 1589 v meste zorganizoval disputáciu. Stein bol opätovne opevnený niekedy medzi rokmi 1658 a 1670, ale pevnosť bola opustená v roku 1712. V roku 1714 Rastatt a Baden uzavreli nepriateľstvá medzi Francúzskom a Habsburgovcami, posledné divadlo vojny o španielske dedičstvo. Ďalšia Badenská zmluva ukončila Toggenburskú vojnu
medzi protestantskými a katolíckymi švajčiarskymi kantónmi v roku 1718. Baden bol hlavným mestom kantónu Baden od roku 1798 do roku 1803, kedy bol vytvorený kantón Argovia.