Napíšte pokračovanie pre tento odsek - Prost podpísal zmluvu s Ferrari v roku 1990, čím sa stal prvým jazdcom, ktorý podpísal zmluvu s tímom po smrti zakladateľa tímu Enza Ferrariho v roku 1988. V Ferrari nahradil Gerharda Bergera a bol partnerom britského Nigela Mansella (Berger nahradil Prosta v McLarene). Ako vládnuci majster sveta sa Prost stal hlavným jazdcom tímu a bolo povedané, že v tomto postavení hrával. Mansell si spomína na jednu udalosť, kedy sa na Veľkej cene Británie v roku 1990 auto, ktoré šoféroval, neovládalo rovnako ako v predchádzajúcom preteku, kde získal pole position, a neskôr zistil od mechanikov tímu, že Prost videl, že Mansell má lepšie auto a vymenil ich bez Mansellovho vedomia. Prost vyhral v tom roku v Brazílii päť pretekov za Ferrari.
, Mexiko, Francúzsko, Británia a Španielsko. Najvýznamnejšou z nich bola Veľká cena Mexika, kde vyhral po štartovaní na 13. mieste. V mexických aj španielskych pretekoch viedol Mansella k Ferrari 1×2 finále. Majstrovstvo sa opäť dostalo do predposledného kola sezóny v Japonsku, kde Prost sledoval svojho súpera z McLarenu, Ayrtona Sennu, o deväť bodov. Rovnako ako v roku 1989, kontroverzná kolízia medzi týmito dvoma rozhodla o závode. V prvej zatáčke Senna, ako priznal o rok neskôr, úmyselne nasmeroval svoje pretekárske auto proti Prostovi, vytiahol ich oboch z pretekov a zapečetil titul v jeho prospech. "To, čo urobil, bolo nechutné", povedal Prost. "Je to muž bezcenný". Prost skončil sezónu o sedem bodov za Sennou a jeho tím Ferrari bol na druhom mieste za McLarenom.