V roku 1992 sa Blue Jays stali prvým kanadským tímom, ktorý vyhral Commissioner's Trophy, s párom šiestich víťazstiev nad Oaklandom v ALCS a Atlanta Braves vo World Series. V roku 1993 zopakovali svoj úspech, s ďalším párom šiestich víťazstiev nad Chicago White Sox v
ALCS a Philadelphia Phillies vo svetovej sérii. Po roku 1993 sa Blue Jays nepodarilo kvalifikovať sa do play-off 21 po sebe nasledujúcich sezón, až kým v roku 2015 nezískali miesto v play-off.