Dokonči nasledujúcu vetu: V roku 1341 kráľ Ján z Čech dovolil židovským rodinám, aby sa usadili v rámci mestských múrov, a prvá synagóga bola postavená v roku 1380, avšak na konci 15. a na začiatku 16. storočia sa vyskytlo niekoľko pogromov. Od
Počas husitských vojen bolo mesto tradične oporu katolíckej cirkvi počas dlhotrvajúcich náboženských konfliktov v kráľovstve Čech. Budejovice boli od roku 1526 súčasťou habsburskej monarchie a počas tridsaťročnej vojny zostali verným podporovateľom cisára Ferdinanda II. Budějovice podstúpili krátku okupáciu Prusom počas Slezských vojen a vojny medzi Habsburgovcami a francúzskou armádou v roku 1742.