Dokonči nasledujúcu vetu: Počas španielskej občianskej vojny v plnom rozsahu
Obrana Madridu, kostol je zatvorený a nemocnica pokračuje v fungovaní. Oblasť je zničená intenzívnym delostreleckým bombardovaním a kostol je úplne v troskách. Po vojne bola budova zrekonštruovaná. Zákonom zo 7. marca 1940 je kráľovské patrónstvo začlenené do národného dedičstva spolu so zvyškom bývalých kráľovských patrónstiev. Konečný úpadok nemocnice je označený uznesením Správnej rady národného dedičstva z 9. júna 1942, ktorým sa odstránili nemocničné služby el Buen Suceso, ktoré sa stali pokryté Generálnym riaditeľstvom zdravotníctva letectva, pomocou rovnakej budovy prostredníctvom nájmu. Znamenalo to v skutočnosti likvidáciu historického patronátu tým, že sa zbavil jeho podstatného účelu, aj keď právne predĺžil svoju existenciu až do dnešného dňa. Náboženský kult pokračuje dodnes vďaka dohode podpísané Národným dedičstvom a diecézou Madrid-Alcalá, ktorou sa odovzdáva budova na prevádzku novej farnosti blahoslaveného Corpus Christi v Iglesia del Buen Suceso.