Do roku 1672 začal zaznamenávať svoje teologické výskumy v poznámkových knihách, ktoré nikomu neukazoval a ktoré boli len nedávno preskúmané. Ukazujú rozsiahle znalosti raných cirkevných spisov a ukazujú, že v konflikte medzi Atanáziom a Áriom, ktorý definoval krédo, sa postavil na stranu Ária, porazeného, ktorý odmietol konvenčný pohľad na trojicu. Newton "uznal Krista ako božského sprostredkovateľa medzi Bohom a človekom, ktorý bol podriadený Otcovi, ktorý ho stvoril". Obzvlášť ho zaujímalo prorokovanie, ale pre neho bol Kristom "apostat, trinitarián".
bol kacír.