V roku 1978 vyhral republikánske primárne voľby na zástupcu guvernéra a neskôr v tom istom roku sa stal najmladším človekom, ktorý bol kedy zvolený za zástupcu guvernéra v Pensylvánii. Jeho dvojitá úloha ako predseda guvernérovej energetickej rady a predseda Pensylvánskej rady pre núdzové situácie ho umiestnila do centra krízy Three Mile Island
v roku 1979. Ako námestník guvernéra si Scranton najal Nata Goldhabera, člena hnutia Transcendentálnej Meditácie, ako svojho hlavného pomocníka v Harrisburgu. V roku 1982 bol jednomyseľne zvolený za predsedu Národnej konferencie podpredsedov guvernérov.