V júni 1992 sa Avila pripojil k Floride Marlins ako asistent riaditeľa latinských operácií. Po dvoch sezónach s Marlins bol povýšený na riaditeľa latinskoamerických operácií. Pod vedením Avily, Marlins podpísali
1997 NLCS a World Series MVP Liván Hernández, počas Floridy World Series run.