V júni 1992 sa Avila pripojil k Floridským Marlinom ako asistent riaditeľa operácií v Latinskej Amerike. Po dvoch sezónach s Marlins bol povýšený na riaditeľa latinskoamerických operácií. Pod vedením Avily, Marlins podpísali 1997 NLCS
a World Series MVP Liván Hernández, počas Floridy World Series run.