Vyplňte nasledujúcu vetu: 15. februára 2006 ho pápež Benedikt XVI. menoval apoštolským nunciom v Egypte a delegátom v Lige arabských štátov, čo bolo jeho prvé diplomatické poslanie. Bol jedným z mála nunciov, ktorí nechodili na Pápežskú cirkevnú akadémiu. Podľa BBC "rozhodnutie nemeckého pápeža vyvolalo rozruch. Vatikánskí pozorovatelia sa snažia zistiť, či ide o degradáciu, alebo o uznanie zvláštnych talentov arcibiskupa". Fitzgerald povedal: "Moje skúsenosti v arabskom a islamskom štúdiu sú pravdepodobne považované za užitočné v tomto momente pre rozvoj vzťahov s Egyptom a zvyškom islamského sveta". Jeden vatikánsky korespondent označil Fitzgeraldovo preloženie za "dosiaľ najhoršie pápežovo rozhodnutie" a jeho neprítomnosť bola v tlači zaznamenaná, keď pápež Benedikt urazil moslimov svojím
Prednáška v Regensburgu v septembri 2006. Fitzgeraldov presun sa ukázal ako súčasť Benediktovej reštrukturalizácie kuriálnych oddelení s cieľom preorientovať medzináboženské diskusie s nekresťanmi spojením úlohy prezidenta PCID s Pápežskou radou pre kultúru, reštrukturalizáciou, ktorú Benedikt inicioval v marci 2006 a zvrátil v júni 2007.