Čoskoro potom začal Caodaizmus priťahovať pozornosť rôznych politických aktérov kvôli svojim povstaleckým ideám, ktoré nakoniec viedli k tomu, že niektoré z jeho frakcií sa zúčastnili na ozbrojenom povstaní proti Francúzom, Japoncom a komunistom až do 50. rokov 20. storočia. Výsledkom bolo, že náboženstvo bolo demilitarizované, jeho vodcovia boli uväznení a jeho nasledovníci potláčaní rôznymi politickými režimmi, čo viedlo k poklesu jeho vplyvu v spoločnosti. Keď komunistické sily získali úplnú kontrolu
Pád Saigonu v roku 1975 zintenzívnil náboženské prenasledovanie Caodaistov a náboženstvo bolo oficiálne zakázané. Keďže hlavná svätá stolica v Tây Ninh a iné miesta boli hlboko militarizované a ich vonkajšie náboženské praktiky boli zakázané, takmer sa zdá, že náboženstvo zmizne bez následnej generácie vodcov, ktorí by ho viedli. Mnohí z jej nasledovníkov prežili v utajení, zatiaľ čo iní hľadali útočisko v zahraničí pred náboženským prenasledovaním, čím vytvorili diasporové komunity v krajinách po celom svete. Po období ekonomickej reformy v 90. rokoch 20. storočia bol kaodaizmus schopný oživiť svoju verejnú prítomnosť prostredníctvom opätovného otvorenia svojich chrámov, pretože náboženská prítomnosť získala štátnu legitimitu. Avšak tento kontroverzný zvyk sa dodnes zakazuje.