Pri vypuknutí občianskej vojny, velil 18. louisianský pešiakský pluk, kde preukázal prísnu disciplínu, ktorý bol tiež pozoruhodne priateľský a spoločenský s radou. Zranení v Šilohu
, bol poverený ako veliteľ brigády pod generálom Richardom Taylorom, s ktorým úspešne bránil úsiliu Únie o zabezpečenie Bayou Teche v južnej Louisiane. V kampani na Red River bol Mouton zabitý v bitke pri Mansfielde, keď viedol svojich mužov v kavalériovom útoku.