Dokonči nasledujúcu vetu: Keď v roku 1861 začala občianska vojna, Magruder opustil armádu Únie, aby prijal poverenie v Konfederácii. Ako veliteľ Armády polostrova opevnil polostrov Virginie a vyhral bitku pri Big Bethel. V kampani na polostrove zastavil McClellanovu armádu Potomacu mimo Yorktownu, čo umožnilo generálmajorovi Josephovi E. Johnstonovi príchod posily, organizovanie ústupu a obranu hlavného mesta Konfederácie Richmondu. Magruder bol kritizovaný za jeho vedenie v bitkách pri
Savageova stanica a Malvern Hill počas Sedemdňových bitiek. Zvyšok vojny strávil spravovaním okresu Texas, Nového Mexika a Arizony a departementu Arkansas; počas svojho pôsobenia Magruder zrušil námornú blokádu nad Galvestonom a mesto v roku 1863 znovu dobyl.