Lowry velel vojenskej transportnej parníku "George Peabody", vylodil vojakov počas bitky pri Hatteras Inlet Batteries
v auguste 1861. Potom od októbra 1861 až do februára 1862 velil kanonierku a ako súčasť Severoatlantickej blokádnej eskadry sa zúčastnil operácií pri Severnej Karolíne, v novembri potopil tri blokády pri vchode do Ocracoke Inlet a potom v februári 1862 zajal nepriateľské opevnenia na ostrove Roanoke a potom sa zúčastnil následného zachytenia mesta Elizabeth.