Dokončite túto vetu: Schopnosť baktérií rozkladať rôzne organické zlúčeniny je pozoruhodná a používa sa pri spracovaní odpadu a pri biologickej regenerácii. Baktérie, ktoré dokážu stráviť uhľovodíky v ropnom oleji, sa často používajú na čistenie ropných rozliatí. Na niektoré pláže v Prince William Sound sa pridalo hnojivo v snahe podporiť rast týchto prirodzene sa vyskytujúcich baktérií po roku 1989
"Exxon Valdez" ropný únik. Tieto snahy boli účinné na plážach, ktoré neboli príliš pokryté ropou. Baktérie sa používajú aj na bioremediáciu priemyselných toxických odpadov. V chemickom priemysle sú baktérie najdôležitejšie pri výrobe enantiomericky čistých chemikálií na použitie ako lieky alebo poľnohospodárske chemikálie.