Od roku 1948 pracoval Henkin v kancelárii Spojených národov v ministerstve zahraničných vecí Spojených štátov, kde bol jedným z osôb zodpovedných za dohodu o postavení utečencov v roku 1951, dohodu, ktorá stanovila medzinárodne dohodnutú definíciu toho, čo predstavuje utečenca, a stanovila požiadavky pre krajiny, aby poskytovali azyl jednotlivcom takýmto označeným. V roku 1956 odišiel z ministerstva zahraničných vecí, aby rok vyučoval na Kolumbijskej univerzite na tému jadrového odzbrojenia, ktorá sa stala predmetom jeho knihy z roku 1958 "Kontroly zbraní a inšpekcie v americkom práve". Vyučoval na univerzite v Pensylvánii od roku 1958, pokračoval vo svojej práci, ktorá bola publikovaná ako "The Berlin Crisis
a OSN" v roku 1959 a knihu "Odzbrojenie: Zájmy právnika", ktorá vyšla v roku 1964.