Dokonči nasledujúcu vetu: V roku 1916, po vstupe Rumunska do prvej svetovej vojny, sa Rainer vrátil do Bukurešti a vrátil sa k Marte, kde bol povolaný do lekárskej služby ako plukovník. Počas protiofenzívy v roku 1916, Raineri zriadili chirurgické oddelenia v nemocniciach, ktoré boli preplnené ranenými z vojny.
Bitka pri Turtucai a útok zepelínov na Bukurešť. Neskôr, počas okupácie Bukurešti centrálnymi mocnosťami, založil Francisc Rainer dočasné nemocnice v školách. Pokračoval v výučbe pod nemeckou správou, aby jeho študenti nezmeškali rok, ale bol tiež povinný vyučovať samostatné kurzy pre nemeckých študentov. Podarilo sa mu zabrániť okupačným orgánom v tom, aby si vyžiadali majetok fakulty. Rainerovci boli považovaní za politických podozrivých a boli vybraní na internovanie v Bulharsku, ale boli ušetrení zásahom Minoviciho v jeho mene. Marta Rainerová, ktorá riadila vojnové nemocnice, zorganizovala tímy chirurgov, aby pomohli vyrovnať sa s humanitárnou krízou, a operovala non-stop počas extrémne studenej zimy 1917/1918.