V septembri 1944 Cole odovzdal NWA komodorovi Alanovi Charlesworthovi. V tejto fáze vojny, Spojenci napredovali na sever a tempo operácií v oblasti Darwin sa znížilo. Kapitán skupiny Peter Jeffrey viedol 1. krídlo na ostrovy Tanimbar a bombardoval ciele v Selaru, ale povedal Caldwellovi, že považoval útok za zbytočné úsilie a podnikol ho len na zvýšenie ducha svojich pilotov. Charlesworth vyjadril obavy ohľadom No. 80 Wing, varujúc vyššie velenie, že jeho morálka by klesla, ak by mu nebola daná aktívnejšia úloha vo vojne alebo presunutá do južnej Austrálie na odpočinok. Do októbra dostal krídlo rozkazy opustiť NWA pre Morotai, aby sa pripojila k Prvému taktickému letectvu; to zanechalo NWA s dvanástimi letkami k dispozícii, vrátane jednej jednotky Liberator a troch ďalších letkov Spitfire. Medzitým NWA podporila
Útok na Leyte s útokmi na prístavy, ropné zariadenia a lodné dopravy v Holandskej Východnej Indii pomocou Beaufighters, Mitchells a Liberators. Tieto operácie pokračovali v novembri a decembri. No. 31 Squadron presunutý z Coomalie do Prvých taktických leteckých síl na Morotai v decembri. Do tej doby bolo v centrále NWA 651 zamestnancov, vrátane 156 dôstojníkov.