Slabý politický systém druhej španielskej republiky a vzostup nacionalizmu viedli v júli 1936 k vypuknutiu španielskej občianskej vojny. Krátko po začatí konfliktu Puerta de Hierro obsadili Juventudes Socialistas Unificadas, ktorí využívali pozemky na svoje ubytovanie. Neskôr v tom istom roku bol klub obsadený Rosal Column, ktorý založil svoje sídlo v klubovom dome a vykopal niekoľko zákopov a brokovníc po celom pozemku, vrátane golfových ihriskov. Klub, ktorý sa nachádzal v samom centre Madridskej fronty
, bola väčšinou republikánskym územím, zatiaľ čo Casa de Campo znamenala začiatok nacionalistického územia. Iba v tomto období nemal klub prezidenta (1936-1939).