Napíšte pokračovanie pre tento odsek - Massa začal dobre vo Ferrari, kvalifikoval sa ako druhý v úvodnom preteku v Bahrajne
, a prichádza z 21. pozície na piate v Malajzii, poraziť spoluhráča Michaela Schumachera, ktorý začal zo 14. V Bahrajne však Massa v sobotňajších tréningoch aj v pretekoch pokračoval vo svojej tendencii otáčať sa, tesne zmeškal Fernanda Alonsa, konečného víťaza pretekov. Na GP Austrálie zrútil svoje Ferrari v kvalifikácii, potom sa zrazil s Christianom Klienom a Nico Rosbergom v prvej zatáčke pretekov. Napriek tomu Massa na Nürburgring dosiahol svoje prvé pódium v kariére, skončil tretí za Michaelom Schumacherom a Fernandom Alonso. Najrýchlejší okruh dosiahol aj v Barcelone v roku 2006. Massa mal v roku 2006 štyri ďalšie pódium a získal svoju prvú pole position a prvé víťazstvo vo Formule 1 na okruhu Istanbul Park. Jeho budúca pozícia vo Ferrari bola zabezpečená, keď Michael Schumacher 10. septembra 2006 oznámil, že po skončení sezóny 2006 odstúpi z F1. Dňa 22. októbra Massa vyhral svoj domáci závod na Interlagos, čím sa stal prvým brazílskym jazdcom, ktorý vyhral na Interlagos od Ayrtona Senny v roku 1993. Massa skončil sezónu na treťom mieste s 80 bodmi, za majstrom sveta Fernandom Alonsom a jeho spoluhráčom Michaelom Schumacherom.