V roku 1991 bol Barghouti delegátom na Madridskej konferencii.
, ktorá sa konala s cieľom ukončiť izraelsko-palestínsky konflikt a prvú intifádu. V roku 1996 sa neúspešne uchádzal o miesto v legislatívnej komisii v prvých voľbách Palestínskej samosprávy. V roku 2002 Barghouti opustil Palestínsku ľudovú stranu. V júni 2002 Barghouti, Haidar Abdel-Shafi, Ibrahim Dakkak a Edward Said založili Palestínsku národnú iniciatívu ("al-Mubadara al-Wataniyya al-Filistiniyya"), snahu vybudovať reformistickú, inkluzívnu alternatívu ako pre zriadenú Organizáciu pre oslobodenie Palestíny, tak aj pre islamské militantné skupiny, ako je Hamas. Barghouti je v súčasnosti generálnym tajomníkom iniciatívy.