V roku 1889 bola v rámci nového stavebného programu objednaná nová predpripravená bojová loď. V roku 1891 začala občianska vojna v Čile, ktorá spôsobila rozkol medzi dvoma vetvami chilských ozbrojených síl. Zatiaľ čo väčšina námorníctva stála na strane Kongresu, väčšina chilskej armády zostala lojálna voči José Manuelovi Balmacedovi. Keď väčšina národného kongresu prerušila vzťahy s vládou, Jorge Montt prevzal kontrolu nad flotilou vo Valparaíse a s významnými politikmi, ako je Ramón Barros Luco, na palube, flotila sa plavila na sever do oblasti Tarapacá bohatá na dusičnany, ktorú Chile uchvátilo od Peru pred 10 rokmi. Tarapacá bola v tom čase najbohatšou oblasťou Chile z hľadiska prírodných zdrojov a bez flotily bola prakticky nedosiahnuteľná pre chilskú armádu. Z tohto miesta námorníctvo zorganizovalo armádu pozostávajúcu z baníkov dusičnanov, ktorých vyzbrojili a vycvičili, aby čelili 40-tisícovej armáde Čile. V auguste 1891 sa nová armáda vylodila v Quintero a porazila chilskú armádu v bitke pri Concóne.
a bitka pri Placille, predtým ako sa prezidentská frakcia rozpustila a strana Kongresu prevzala moc. Na voľbách v októbri 1891 bol prezidentom zvolený Jorge Montt.