Malagridin vplyv na Lisabonskom dvore sa stretol s hlbokým nepriateľstvom premiéra Carvalho, budúceho markíza z Pombal. Carvalho sa pokúsil obnoviť Lisabon po
1755 zemetrasenie, ktoré Malagrida kázal bol trest spravodlivého Boha na hriešnych ľudí. Carvalho sa hneval na implicitnú kritiku vlády a presvedčil kráľa Josého, aby v novembri 1756 vyhnal Malagridu do Setúbalu a všetkých jezuitov z Dvora.