Dokonči nasledujúcu vetu: V apríli 1862 v bitke pri Shiloh v západnom Tennessee bol Holtzclaw počas prvého dňa bojov vážne zranený v pravej pľúci. Spočiatku sa predpokladalo, že bol smrteľne zranený, ale zotavil sa úžasne a po deviatich dňoch sa vrátil do svojich povinností. Bol povýšený na plukovníka a slúžil nejaký čas v Montgomery. V roku 1863 bol opäť zranený, tentoraz keď bol zhodený z koňa počas bitky pri Chickamauga v severnej Gruzínsku. Zranenie však nebolo také vážne, aby ho prinútilo opustiť ihrisko. V novembri 1863 prevzal velenie nad brigádou v Stewartovej divízii v druhom zboru armády Tennessee a viedol ju počas Chattanoogskej kampane, vrátane
Bitka pri Lookout Mountain. Chvíľu dočasne viedol brigádu Henryho Claytona.