V roku 2006 Super Aguri prevzal Montagnyho ako tretieho jazdca; bol však v máji povýšený na plného pretekárskeho jazdca po tom, čo bolo oznámené, že Yuji Ide sa má vrátiť do testovania; Ide bol degradovaný na príkaz riadiaceho orgánu, ktorý ho považoval za nedostatočne skúseného pre Formule 1. Montagny tak súťažil vo svojej prvej Grand Prix, v Grand Prix Európy v roku 2006.
7. mája, kvalifikácia posledná a odchod do dôchodku s problémom s hydraulikou. Neukončil svoj druhý závod v španielskej Grand Prix 2006: po skvelom štartovaní, ktorý mu umožnil získať 3 pozície, odišiel z 10. kola s mechanickou poruchou. Bolo to tretie šťastie pre neho na Grand Prix v Monaku, keď dokončil 78-kolový závod na 16. mieste, tri koly za lídrom.