V roku 1852 bolo mesto vyhlásené za národné hlavné mesto. Predtým sa hlavné mesto striedalo medzi mestami León a Granada. Zemetrasenie v Nikarague v roku 1972
a roky občianskej vojny v 80. rokoch vážne narušili a zastavili rast Managuy. Až v polovici deväťdesiatych rokov začala Managua zažívať oživenie.