Od januára 2016 je Filatov hlavným trénerom ruského mužského národného šachového tímu. Tím získal bronzovú medailu na 42. šachovej olympiáde v Baku v septembri 2016, striebornú medailu v tímovom majstrovstve v Chanty-Mansijsk v júni 2017, bronzovú medailu na 43. šachovej olympiáde
v Batumi v októbri 2018 a zlatú medailu na svetovom tímovom šampionáte v Astaně v marci 2019.