Dokonči nasledujúcu vetu: Koncom júna 1861 sa Hotchkiss prihlásil ako konfederátny vozník na prepravu zásob pre Churchvilleho kavalériu v Rich Mountain, Západná Virgínia. Hotchkiss ponúkol svoje služby ako kartograf brigádnemu generálovi Richardovi B. Garnettovi, ktorého brigáda Konfederácie operovala v západnej Virgínii. Hotchkiss slúžil na Rich Mountain a vytvoril mapy pre plánovanú kampaň generála Roberta E. Leeho v horách. Vzal si krátku zdravotnú dovolenku po tom, čo bol postihnutý týfovou horúčkou, ale vrátil sa do služby v marci 1862 ako hlavný topografický inžinier Valley District, podliehajúci generálmajorovi Stonewallovi Jacksonovi. Po počiatočnej porážke v bitke pri Kernstowne počas jeho
26. marca 1862 Jackson zavolal Hotchkissa do svojho veliteľstva v Narrow Passage neďaleko Woodstocku a nariadil mu, aby "urobil mapu údolia od Harper's Ferry do Lexingtonu, ktorá by ukázala všetky miesta útoku a obrany [sic] na týchto miestach". Hotchkiss ihneď odporučil, aby Jacksonova linka na Stony Creek v Woodstocku bola nebrániteľná a aby sa Jackson stiahol do Rude's Hill, obrannej malej pevniny južne od Mt. Jacksonová. V Rude's Hill Jackson reorganizoval svoje velenie pre zvyšok svojej úspešnej kampane v roku 1862 v údolí Shenandoah.