V februári 2004 zmizol Rybkin za záhadných okolností na 4 dni. Deň po návrate obvinil Putinovu administratívu z účasti na bombových útokoch v Moskve v roku 1999.
ktorý viedol k vojne v ruskej odtrhnutej republike Čečensko. O päť dní neskôr sa Rybkin objavil v Kyjeve. Neskôr vyhlásil, že bol unesený a omamnený ruskými agentmi FSB, ktorí ho lákali na Ukrajinu sľubom, že usporiada stretnutie s bývalým čečenským vodcom Aslanom Maschadovom. Po príchode mu ponúkli občerstvenie v byte, a v tom momente sa mu "zhorelo". Po tom, čo bol v bezvedomí, sa zobudil 10. februára. Keď sa zobudil, ukázali mu videokazety, na ktorých sa zúčastnil "odporných skutkov", ktoré vykonali "strašní úchylníci". Bolo mu povedané, že nahrávka bude zverejnená, ak bude pokračovať vo svojej prezidentskej kampani. Podľa Alexandra Litvinenka agenti FSB očividne liečili Rybkina štandardnou drogou pravdy.