V Kongu-Brazzaville slúžil Mondjo ako armádny dôstojník a bol riaditeľom výučby a štúdií na vojenskej akadémii Marien Ngouabi v Brazzaville od roku 1987 do roku 1993. Bol na strane vodcu povstalcov Denis Sassou Nguesso počas občianskej vojny v júni až októbri 1997.
Vojna sa skončila tým, že Sassou Nguesso získal späť moc a zbavil sa prezidenta Pascala Lissoubu. V decembri 1997 bol Mondjo vymenovaný za veliteľa vojenskej zóny 1, ktorá zahŕňala ekonomické hlavné mesto krajiny Pointe-Noire; zostal na tomto postu päť rokov. Dňa 20. decembra 2002 bol vymenovaný za veliteľa štábu ozbrojených síl KDR a povýšený do hodnosti generálmajora ("général de division").