Keď sa správa o občianskej vojne dostala do Minnesoty, Bloomer a jeho bratranci sa pripojili k miestnej milícii Stillwater Guards. Stráže boli 29. apríla 1861 zhromaždené do Prvého regimentu dobrovoľníckej pechoty Minnesoty vo Fort Snelling, čím sa vytvorilo jadro spoločnosti B. Bloomerovi bola pôvodne udelená hodnosť desátnika a zúčastnil sa všetkých hlavných angažovaností regimentu až do bitky pri Antietame. Bol mierne zranený v hlave v bitke pri Bull Rune. Počas bitky pri Savage's Station
Dňa 29. júna 1862, ktorý bol súčasťou kampane na polostrove, bol Bloomer povýšený na seržanta. Uprostred boja bol vlajkový nositeľ zabitý. Bloomer sa prihlásil a bol oddelený od pluku na päť hodín. Vrátil farby do pluku a bol povýšený za svoju statočnosť.