V roku 2001, po vypuknutí druhej čečenskej vojny, sa Khangoshvili pripojil k ozbrojenému odporu Čečenskej republiky Ichkeria v ich boji proti Rusku. Khangoshvili bol poľným veliteľom a mal úzke väzby s bývalým čečenským prezidentom Aslanom Maschadovom. Maskhadov bol zabitý v marci 2005 pri razii FSB, ruskej vnútornej spravodajskej služby. Podľa Khangoshviliho brata Zuraba sa Zelimkhan zúčastnil útoku v júni 2004.
na bezpečnostných, vojenských a policajných silách v ruských republikách Inguštsko a Dagestán, v ktorých bolo zabitých 88 policajných úradníkov a civilistov; Zelimkhan bol údajne zranený v nohe počas operácie. Ruský prezident Vladimir Putin tvrdil, že bol jedným z páchateľov bombového útoku v moskovskom metre. Samotný Zelimkhan však poprel, že by bol zodpovedný za vojnové zločiny, pričom gruzínskym médiám povedal: "Rusi ma obviňujú z mnohých vecí vrátane teroristických útokov. Toto je lož. Nikto nemôže predložiť žiadny dôkaz, že bol pri ktoromkoľvek z mojich činov zranený alebo zabitý jediný civilista!".