V roku 1900 sa Clarke pripojil k Pittsburgh Pirates ako hráč a manažér, úlohy, ktoré zastával až do svojho odchodu do dôchodku v roku 1915. bola pravdepodobne najlepšia úderná sezóna v Clarkeovej kariére, keď viedol Major League v priemere slugging a OPS a viedol Národnú ligu v dvojnásobku. Bol druhý za svojím spoluhráčom, Honusom Wagnerom, v súťaži o titul National League. V
V prvej svetovej sérii, Clarke hit.265 ale Boston Cy Young a Bill Dinneen predbehli Pittsburgh celkovo a vyhrali sériu v ôsmich zápasoch.