V marci 1941 bol Stott poslaný s 2. divíziou do Egypta, aby sa pridal k 1. divízii 2. divízie, ktorá bola v krajine od februára 1940, a potom do Grécka, aby sa zúčastnil na
obranu Grécka. Novozélanďania spolu s ostatnými spojeneckými silami boli nútení ustúpiť na ostrov Kréta po nemeckej intervencii v Grécku. Bol zranený a zajatý počas následnej bitky pri Kréte.