Na začiatku občianskej vojny bol vymenovaný za kapitána v 10. indiánskej pechoty a za menej ako mesiac bol povýšený na plukovníka. V roku 1862 velil brigádu v armáde Ohia v bitke pri Mill Springs a 24. marca 1862 bol povýšený na brigádneho generála na základe jeho akcií. Generál Manson bol zranený v stehne a zajatý vojskami Konfederácie v bitke pri Richmonde v Kentucky. O dva mesiace neskôr ho vymenili a bojoval s Morganom pri jeho nálete do Ohia. V priebehu dvoch mesiacov Manson napredoval z brigády na divíziu a potom na velenie XXIII. Vedel zbor počas kampane v Knoxville a videl akciu na Campbellovej stanici a v Knoxville. Generál Manson sa vrátil na veliteľstvo brigády v armáde Ohia počas Atlanta kampane a bol vážne zranený v bitke pri Resaca
Georgia.