V roku 1989 sa Janša zapojil do založenia jednej z prvých opozičných strán v Slovinsku, Slovinskej demokratickej únie (SDZ) a stal sa jej prvým viceprezidentom a neskôr predsedom rady strany. Po prvých slobodných voľbách v máji 1990 sa stal ministrom obrany v kabinete Lojze Peterle, čo bol jeho post počas slovinskej vojny za nezávislosť.
v júni a júli 1991. Spolu s ministrom vnútra Igorom Bavčarom bol Janša hlavným organizátorom slovinskej stratégie proti Juhoslovanskej ľudovej armáde.