Dokonči nasledujúcu vetu: Hardee odstúpil z funkcie vojakov 31. januára 1861, po tom, ako sa jeho domovský štát Georgia odtrhol od Únie. 7. marca vstúpil do armády Konfederovaných štátov ako plukovník a dostal velenie nad pevnosťami Morgan a Gaines v Alabame. Neskôr bol povýšený na brigádneho generála (17. júna) a generálmajora (7 októbra). Do 10. októbra 1862 bol jedným z prvých generálporučíkov Konfederácie. Jeho počiatočným poslaním ako generála bolo zorganizovať brigádu z Arkansasu a zapôsobili na jeho mužov a kolegov tým, že vyriešil ťažké problémy s zásobovaním a dôkladným výcvikom, ktorý dal svojej brigáde. Získal prezývku "Starý spoľahlivý" počas tohto velenia. Hardee operoval v Arkansase, kým nebol povolaný, aby sa pridal k armáde generála Alberta Sidneyho Johnstona v strednom Kentucky ako veliteľ zboru. Johnston by sa stiahol z Kentucky a Tennessee, do Mississippi, pred spustením prekvapivého útoku na
Bitka pri Shiloh na jar roku 1862. Hardee bol zranený v ruke 6. apríla 1862 počas prvého dňa bitky. Johnston bol zabitý v Shiloh a Hardeeho korpus sa pridal k armáde generála Braxtona Bragg v Tennessee pred obliehaním Corinth, Mississippi, kým veliteľ oddelenia P.G.T. Beauregard nevyprázdnil mesto a stiahol sa do Tupela. Beauregard bol nahradený Braggom, ktorý následne presunul svoju armádu do Chattanoogi predtým, ako sa vydal do ofenzívy Heartland v Kentucky. Táto kampaň sa skončila bitkou pri Perryville v októbri 1862, kde Hardee velel ľavému krídlu Braggovej armády.