Ukonči nasledujúcu vetu: Náboženské rozdiely sa zdôrazňovali rastúcou ekonomickou nesúladnosťou. Katolícke, prevažne vidiecke centrálne švajčiarske kantóny boli obklopené protestantskými kantónmi s čoraz komerčnejšou ekonomikou. Politicky dominantnými kantónmi boli Zürich a Bern (obidva protestantské), ale katolícke kantóny mali vplyv od druhej Kappelovej vojny v roku 1531. V roku 1655 bol pokus (vedený Zürichom) o reštrukturalizáciu federácie zablokovaný katolíckou opozíciou, čo viedlo k prvej bitke pri Villmergene v roku 1656; katolícka strana vyhrala a upevnila "status quo". Problémy zostali nevyriešené a znovu vypukli v roku 1712 s
Druhá bitka pri Villmergene. Tentokrát vyhrali protestantské kantóny, ktoré ovládali konfederáciu. Skutočná reforma však nebola možná; individuálne záujmy trinástich členov boli príliš rôznorodé a absolutistické kantonálne vlády sa bránili všetkým pokusom o administratívu na úrovni konfederácie. Zahraničná politika zostala fragmentovaná.