V polovici termínu výmeny v roku 2002 ho vymenili za Florida Marlins. Jeho štatistiky sa po výmene dramaticky zlepšili. Nasledujúcu sezónu bol opäť kľúčovou súčasťou pomoci neskúseným Marlinom vyhrať World Series v roku 2003. V šiestej hre NLCS, Marlins boli päť outov od eliminácie, keď fanúšik Cubs, Steve Bartman
, zabránil potenciálnemu chytení faulovej lopty tým, že natiahol ruky na Moisés Alou, zatiaľ čo Alou sa pokúsil dostať pop-up. Mordecaiho následný troj-runový double otvoril hru, zdôrazňujúc historický kolaps Cubs v tom, čo sa niekedy nazýva jednoducho "The Inning". Mordecai získal svoju druhú World Series, keď Marlins ľahko porazili Yankees vo World Series.