Sekvencie DNA prameňov tvoriacich cieľovú štruktúru sú navrhnuté výpočtovo pomocou molekulárneho modelovania a softvéru termodynamického modelovania. Samotné nukleové kyseliny sú potom syntetizované pomocou štandardných metód syntézy oligonukleotidov, zvyčajne automatizovaných v oligonukleotidovom syntetizátore, a pramene vlastných sekvencií sú komerčne dostupné. Pramene môžu byť čistené denaturovaním gelovou elektroforézou, ak je to potrebné, a presné koncentrácie sa môžu určiť pomocou ľubovoľných niekoľkých kvantových metód nukleových kyselín pomocou ultrafialovej absorpčnej spektroskopie. Úplne vytvorené cieľové štruktúry môžu byť overené pomocou natívnej gelovej elektroforézy, ktorá poskytuje informácie o veľkosti a tvare komplexných nukleových kyselín.
či štruktúra obsahuje všetky požadované vlákna