13. júla 2011 bolo oznámené, že Jonathan opustí Santos a bude trénovať s gigantom Serie A Inter Milánom, kým sa dokončí transfer. O dva dni neskôr, 15. júla, sa oficiálne stal hráčom Interu a podpísal štvorročnú zmluvu. Jonathan debutoval v Interu 11. septembra 2011 v druhom týždni sezóny 2011/12 Serie A.
, hrali celých 90 minút v prehre 4x3 proti Palermu. O tri dni neskôr Jonathan debutoval v Lige majstrov, kde hral celý zápas v prvom zápase proti tureckému Trabzonsporu v prehre 0:0 na San Sirovi.