Dokonči nasledujúcu vetu: Koncom septembra sa začali ťažké boje o kontrolu nad výšinou, ktorá sa dvíhala nad prístavom. Republikánske pobrežné batérie si vymenili paľbu s loďami kráľovského námorníctva, počas ktorej HMS "Princess Royal" utrpela ťažké straty pri výbuchu munície a 30. septembra republikánske jednotky pod kapitánom Napoleonom Bonaparte zajali kopec Pharon, len aby ich nasledujúci deň vyhnali kombinované sily britských, španielskych, napolitánskych a sardínskych vojakov pod vedením lorda Mulgravea. Začiatkom októbra napolitánske posily podporili sériu úspešných útokov na republikánske výšiny, ale neskôr v mesiaci sa Hood a Lángara vážne nezhodli nad velením obliehania, Lángara zašiel tak ďaleko, že ohrozil Hoodovu vlajkovú loď "Victory" predtým, ako sa nakoniec stiahol. Na konci mesiaca spojeneckí vojaci zhromaždili viac ako 16.000 mužov, vrátane 6.000 španielskych vojakov. Britský príspevok bol len o niečo viac ako 2000 mužov, znížený záväzkami kráľovského námorníctva na iných miestach Stredozemného mora. Očakávalo sa, že z Janova príde značné množstvo rakúskych posily, ale zabránila im v tom kombinácia rakúskej neústupnosti a hnevu Janovčanov na porušenie ich neutrality Britmi počas akcie z 5. októbra 1793. Spojencom tak chýbali vojaci, že Hood si najal 1500 žoldnierov z maltských rytierov, hoci neprišli pred ukončením obliehania. Republikánske sily sa počas tohto obdobia rýchlo rozrástli, pretože posilnenia uvoľnené po ukončení vojny
Obléhnutie Lyonu dosiahlo obklíčiateľov v Toulone, republikánska armáda zhromažďovala približne 33 000 vojakov pod velením generála Jacquesa Françoisa Dugommier.