Napíšte pokračovanie pre tento odsek - Johnston bol nadšený o vypuknutí mexiko-americkej vojny. Slúžil v štábe generála Winfielda Scotta pri obliehaní Veracruzu.
, bol vybraný Scottom, aby bol dôstojníkom, ktorý vopred prinesie požiadavku na kapituláciu guvernérovi provincie. Bol v predvojsku hnutia do vnútrozemia pod velením brigádneho generála Davida E. Twiggsa a bol vážne zranený výstrelom z hrozna pri prieskumných akciách pred bitkou pri Cerro Gordo. Bol vymenovaný za podplukovníka za svoje činy v Cerro Gordo. Po zotavení sa v poľnej nemocnici sa vrátil do armády v Pueble. Počas postupu k Mexico City bol velením "US Regiment of Voltigeurs", jednotky zložené z ľahkej pechoty alebo skirmishers. Vyznamenal sa v Contreras a Churubusco, bol opäť zranený v Chapultepeku a dostal dva povýšenia za posledné dva zápasy, čím ukončil vojnu ako plukovník dobrovoľníkov. (Po skončení nepriateľských akcií sa vrátil do svojej mierovej hodnosti kapitána v topografických inžinieroch.) Winfield Scott vtipne poznamenal, že "Johnston je skvelý vojak, ale mal nešťastný talent, že sa nechal zastreliť takmer v každom zápase". Najväčšou úzkosťou Johnstona počas vojny bola smrť jeho synovca, Prestona Johnstona. Keď Robert E. Lee informoval Johnstona, že Prestona zabila mexická delostrelecká strela v Contreras, obaja dôstojníci plakali a Johnston smútil po zvyšok svojho života.