Príbeh sa odohráva v roku 3394, tisíce rokov po tom, ako ľudstvo utieklo zo Zeme po tom, čo bola zničená rasou mimozemšťanov <unk> Gauna (奇居子 ((ガウナ)) na palube stoviek obrovských vesmírnych lodí vytvorených z pozostatkov planéty. Jednou z takýchto lodí je Sidonia, ktorá vyvinula vlastnú ľudskú kultúru úzko založenú na Japonsku, kde je ľudské klonovanie, asexuálne rozmnožovanie a ľudské genetické inžinierstvo, ako je poskytnutie fotosyntézy ľuďom, bežné. Taktiež sa odhalí, že najvyšším vrcholom tejto spoločnosti bola tajne udelená nesmrteľnosť. S počtom obyvateľov viac ako 500 000 ľudí je Sidonia pravdepodobne poslednou ľudskou osadou, pretože osudy ostatných lodí sú neznáme.
Japonsko