V apríli 2011, v súvislosti s líbyjskou občianskou vojnou v roku 2011, Rasmussen povedal, že v deň, keď NATO začalo
Vzal velenie nad misiou pod mandátom OSN, aliancia vylúčila vyzbrojenie povstalcov. Rasmussen povedal, že koalícia pod jeho kontrolou mala jasnú misiu. "Nie sme v Líbyi, aby sme ozbrojili ľudí. Sme v Líbyi, aby sme ochránili civilistov pred útokmi" lojálnych k vláde Muammara Kaddáfího, povedal v tom čase.