Po majstrovstvách sveta v roku 1990 bol tréner národného tímu Óscar Tabárez nahradený Luisom Cubillom, ktorý trénoval Francescoliho v River Plate, keď Francescoli prvýkrát prišiel do klubu pred rokmi. Cubilla priniesol silný pocit nacionalizmu medzi uruguajskými fanúšikmi v tom čase, konkrétne hnev proti športovcom krajiny, ktorí hrali v Európe, a dokonca naznačil, že Francescoli, ako aj Rubén Sosa, Carlos Aguilera a Oscar Herrera, boli "dinheiristas" ("najemníci"). Znepokojení, odmietli hrať, ak Cubilla neodvolá svoje komentáre a títo hráči boli vylúčení z Copa América 1991. Bez "európskych" hviezd sa Uruguaj v prvom kole zrútil. V čase turnaja v roku 1993
Hráči boli už späť v tíme. Hoci bol povolaný Cubillou, Francescoli bol počas celého turnaja na lavičke a Uruguaj opäť sklamal a utrpel elimináciu v štvrťfinále. V priateľskom zápase neskôr v tom istom roku sa Francescoli po mnohých rokoch prvýkrát objavil za "Celeste". Medzitým juhoamerická rivala Argentína vyhrala turnaj v rokoch 1991 a 1993 a predstihla Uruguaj ako tím s najviac titulmi Copa América (14).