Po niekoľkých rokoch prímeria sa v roku 1654 kozáci spojili s ruským carom v Perejaslavskej zmluve, ktorá viedla k rusko-polskej vojne (1654-1667), okrem druhej severnej vojny (1655-60) s inváziou zo Švédska. Tieto vojny viedli k období masových vrážd a chudoby známej ako
Potopa. Ruská armáda zo Severu a kozáci z Juhu obsadili územia gréckokatolíckej cirkvi, zničili kostoly, kláštory a školy a zabili kňazov a mníchov.