4. marca 1845 bol Lee povýšený na 1. poručíka. Jeho jednotka bola presunutá do Texasu v septembri toho roku a umiestnená pod generála Zacharyho Taylora. V bitkách
Palo Alto a Resaca de la Palma, velil rotou pluku, slúžil spolu s 1. poručíkom Jamesom Longstreetom. Napísal báseň o oboch týchto bitkách.