V roku 1861, pri vypuknutí americkej občianskej vojny, sa Twitchell zaregistroval do č. 1 4. vermontskej pechoty. Po príchode pluku do Washingtonu, D.C., aby vykonával strážne povinnosti a absolvoval výcvik v príprave na boj, bol Twitchell pridelený ako jeho firemný úradník. Bol povýšený na desátnika, seržanta a prvého seržanta. Zúčastnil sa obliehania Yorktownu v roku 1862 a bol zranený trikrát v bitke pri Lee's Mill, ale žiadna z nich nebola vážna. Zúčastnil sa ďalších bojov s 4. Vermont, vrátane
Bitka o Savageovu stanicu a bitky Sedem dní.