V roku 1938 ho francúzska vláda vymenovala za guvernéra Francúzskej Indie, kolónie otriasenej nepokojmi v textilných továrňach. V priebehu francúzskeho vojenského debaklu počas druhej svetovej vojny Bonvin 20. júna 1940 telegrafoval francúzskej vláde (v tom čase v Bordeaux), kde vyhlásil vôľu ľudu francúzskej Indie pokračovať vo vojne na strane spojencov. Avšak po podpise prímeria z 22. júna 1940
, okamžite uznal vládu maršála Pétain. Krátko potom, pod tlakom plukovníka Schomberga, britského konzula v Pondicherry, ktorý ho varoval, že britská indická armáda obsadí kolóniu, ak sa neprehlásí za generála de Gaulla, zmenil svoje rozhodnutie. V odvolaní na ľudí 27. júna 1940 Bonvin oznámil, že francúzska koloniálna ríša (a teda francúzske inštitúcie v Indii) "zostane na strane Britov až do konečného víťazstva". Dňa 12. júla guvernér Bonvin prostredníctvom Britov uistil de Gaulla o spolupráci francúzskej Indie.