Na začiatku občianskej vojny, Hays znovu vstúpil do služby ako plukovník 63. Pensylvánskeho dobrovoľníckeho pešiakového pluku, tiež držal hodnosť kapitána v 16. pešiakovej armáde v pravidelnej armáde od 14. mája 1861. Jeho muži ho poznali ako "odvážneho ako lev". Počas polostrovnej kampane bol so svojím plukom pridelený k prvej brigáde Kearnyho divízie Heintzelmanovho III. zboru. Bojoval v bitkách pri Yorktown, Williamsburg, Seven Pines, Savage's Station
, a Malvern Hill. Na konci bitky Sedem dní bol vymenovaný za podplukovníka v regulárnej armáde za statočnosť v akcii, pretože Hays viedol bajonetový útok so svojím plukom do nepriateľských línií, aby zakryl ústup svojej brigády. O mesiac neskôr bol Hays krátko chorý, trpel čiastočnou slepotou a ochrnutím ľavej ruky, zranenia, ktoré utrpel v boji.