Po návrate do Poľska v roku 1784 bol Kościuszko poverený ako major generál v armáde Poľsko-Litovského spoločenstva v roku 1789. Po poľsko-ruskej vojne v roku 1792
V marci 1794 viedol povstanie proti Ruskému impériu, až kým nebol zajatý v bitke pri Maciejowiciach v októbri 1794. Porážka povstania Kościuszko v novembri roku 1795 viedla k tretej deľbe Poľska, ktorá ukončila Spoločenstvo. V roku 1796, po smrti cára Kataríny II., bol Kościuszko odpustený jej nástupcom, cárom Pavlom I., a emigroval do Spojených štátov. Kościuszko, blízky priateľ Thomasa Jeffersona, s ktorým zdieľal ideály ľudských práv, napísal v roku 1798 závetu, v ktorej venoval svoje americké aktíva vzdelávaniu a slobode amerických otrokov. Nakoniec sa Kościuszko vrátil do Európy a do svojej smrti v roku 1817 žil vo Švajčiarsku. Vykonávanie jeho závetu sa neskôr ukázalo ako ťažké a finančné prostriedky sa nikdy nepoužili na účel, na ktorý ich Kościuszko zamýšľal.