Po službách na tejto stanici bol Clay povýšený na kapitána 29. apríla 1802. Slúžil od 20. júla 1805 do mája 1808 ako regulačný dôstojník v Belfaste, a potom sa pridal k 98-gun ako jej veliaci dôstojník. Počas tejto doby bola St George vlajkovou loďou kontradmirála sira Eliaba Harveyho. Clay sa potom 6. februára 1809 presťahoval, aby prevzal velenie nad 98-paľbou s príkazom vrátiť sa na Baltské more ako vlajková loď kontradmirála sira Manleyho Dixona.
Po druhej bitke pri Kodani v roku 1807 vypukla vojna s Dánmi a britská flotila bola umiestnená v Baltskom mori pod velením sira Jamesa Saumareza. "Temeraire" dorazil v máji 1809 a bol poslaný na blokádu Karlskrony na švédskom pobreží.