V prvých dňoch islamu, podľa islamských zdrojov, židovský kmeň v Arábii (pozri Banu Qurayza) bol obvinený z porušenia mierovej zmluvy s prvými moslimami, čo viedlo k popravám viac ako 700 Židov. Mnohé z prežívajúcich žien boli následne vzaté moslimskými vojakmi; jednu z nich, Safiyya bint Huyayy, ktorej manžel Kenana ibn al-Rabi bol tiež zabitý, Muhammad vzal za manželku. Boli tam pozoruhodné prenasledovania Židov, ako napríklad masakr vo Feze v roku 1033, masakr v Granade v roku 1066 a lúpež v Safede v roku 1834. Koncom 19. storočia sa sionistické hnutie snažilo obnoviť židovskú domovinu v historickom Izraeli, na historickom území Palestíny, tiež známej ako Sion, tiež známej ako Svätá zem. To vytvorilo napätie medzi palestínskymi Židmi a palestínskymi Arabmi, čo viedlo od roku 1947 k občianskej vojne a následnému exodu mnohých palestínskych Arabov a mnohých Židov z moslimských krajín. V roku 1948 bol vyhlásený štát Izrael a krátko po vyhlásení nezávislosti vyhlásili arabské štáty vojnu
v Izraeli, v ktorom boli Izraelčania víťazmi. Po arabsko-izraelskej vojne v roku 1948 sa medzi arabskými štátmi a Izraelom viedlo ďalších dvanásť vojen. Arabsko-izraelský konflikt vážne oslabil islamsko-židovské vzťahy.