V apríli 1862 v bitke pri Shiloh v západnom Tennessee bol Holtzclaw vážne zranený v pravej pľúci počas prvého dňa boja. Spočiatku sa predpokladalo, že bol smrteľne zranený, ale zotavil sa úžasne a po deviatich dňoch sa vrátil do svojich povinností. Bol povýšený na plukovníka a slúžil nejaký čas v Montgomery. V roku 1863 bol opäť zranený, tentoraz keď bol zhodený z koňa počas bitky pri Chickamauga v severnej Gruzínsku. Zranenie však nebolo také vážne, aby ho prinútilo opustiť ihrisko. V novembri 1863 prevzal velenie brigády v Stewartovej divízii v druhom zboru armády Tennessee a viedol ju počas Chattanooga kampane, vrátane bitky pri Lookout Mountain
- Áno. Chvíľu dočasne viedol brigádu Henryho Claytona.