V októbri 1944 bola 3. flotila označená za "Severnú silu" v trojčlennom pláne poraziť inváziu spojencov.
Filipín, ktoré držali Japonci. Tretia flotila bola zbavená všetkých lietadiel s výnimkou 108 lietadiel a bola vyslaná, aby odlákala flotilu pod vedením Američanov od ochrany lodí, ktoré vylodili vojakov. Dňa 25. až 26. októbra, keď čelila veľkej sile, ktorá zahŕňala desať lietadlových lodí USN, s 600 až 1 000 lietadlami, 3. flotila stratila 4 lietadlové lode, jeden ľahký krížnik a jeden torpédoborec v bitke pri mysu Engaño. Tretia flotila v skutočnosti prestala existovať a bola oficiálne rozpustená 15. decembra 1944.