Zbrojený konflikt eskaloval počas záverečnej fázy druhej svetovej vojny, keď Irgun vyhlásil povstanie vo februári 1944, čím ukončil prestávku v operáciách, ktoré začal v roku 1940. Od zavraždenia barona Moyneho Lehiom v roku 1944 sa Haganah aktívne postavila proti Irgunu a Lehi, v období medzižidovských bojov známych ako lovecká sezóna, čo účinne zastavilo povstanie. Avšak na jeseň 1945, po skončení druhej svetovej vojny v Európe (apríl až máj 1945) a Ázii (september 1945), keď sa ukázalo, že Británia nepovolí významnú židovskú imigráciu a nemá v úmysle okamžite založiť židovský štát, Haganah začala obdobie spolupráce s ostatnými dvoma podzemnými organizáciami. Spoločne vytvorili Židovské hnutie odporu. Haganah sa zdržala priamej konfrontácie s britskými silami a sústredila svoje úsilie na útoky na britskú imigračnú kontrolu, zatiaľ čo Irgun a Lehi zaútočili na vojenské a policajné ciele. Hnutie odporu sa rozpustilo uprostred vzájomných obvinení v júli 1946, po bombovom útoku na hotel King David. Irgun a Lehi začali konať nezávisle, zatiaľ čo hlavná podzemná milícia, Haganah, pokračovala v činnosti hlavne v podpore židovskej prisťahovalectva. Hagana opäť krátko pracovala na potláčaní operácií Irgun a Lehi, kvôli prítomnosti vyšetrovacieho výboru OSN v Palestíne. Po prijatí rezolúcie OSN o Plánu rozdelenia 29. novembra 1947 bola občianska vojna
medzi palestínskymi Židmi a Arabmi zastrešila predchádzajúce napätie oboch s Britmi. Britské a sionistické sily sa však naďalej stretli počas celej doby občianskej vojny až do ukončenia britského mandátu v Palestíne a vyhlásenia nezávislosti Izraela 14. mája 1948.