Napíšte pokračovanie pre tento odsek - Bourdais testoval značne pre tím Toro Rosso počas zimy, aj keď bol neistý o jazde smerujúcej do nového roka. 6. februára 2009 bol však potvrdený ako jazdca Toro Rosso na druhý rok, ako partner švajčiarskeho nováčika Sébastiena Buemiho. Napriek tomu, že v roku dosiahol dva body na Grand Prix Austrálie a v Monaku, Bourdais sa snažil vyrovnávať svojho menej skúseného spoluhráča. V Španielsku
Bourdais zasiahol Buemiho auto, keď sa pole pokúsilo vyhnúť sa Jarno Trulliho v prvom kole, čím ukončil preteky pre oboch jazdcov. Na Veľkej Cene Británie sa Bourdais zrazil s jazdcom McLarenu Heikki Kovalainenom, čo opäť ukončilo preteky pre oboch. Na Veľkej cene Nemecka utrpel mechanickú poruchu po kvalifikácii posledného o viac ako sekundu.