V januári 1966 bol princ Sadruddin vymenovaný za Vysokého komisára OSN pre utečencov po tom, ako tri roky pôsobil ako zástupca Vysokého komisára. Vo veku 33 rokov sa stal najmladšou osobou, ktorá kedy riadila UNHCR. Nasledujúcich dvanásť rokov viedol agentúru OSN pre utečencov v jednom z najťažších období, koordinoval medzinárodnú reakciu na krízu v Bangladéši v roku 1971.
v roku 1972 exodus stoviek tisíc Hutuov z Burundi do Tanzánie a vietnamská tragédia lodných ľudí v polovici sedemdesiatych rokov. V roku 1972 zohral princ Sadruddin kľúčovú úlohu pri hľadaní nových domovov pre desiatky tisíc Južných Ázijčanov, ktorých Idi Amin vyhostil z Ugandy.