V roku 1656 sa opäť objavili napätia medzi protestantmi a katolíkmi, ktoré viedli k vypuknutiu prvej villmergenskej vojny. Katolíci zvíťazili a dokázali si udržať svoju politickú dominanciu. Toggenburská vojna
v roku 1712 bol konflikt medzi katolíckymi a protestantskými kantónmi. Podľa mieru z Aarau z 11. augusta 1712 a Badenského mieru zo 16. júna 1718 sa vojna skončila koncom katolíckej hegemónie. Vojna Sonderbund z roku 1847 bola tiež založená na náboženstve.