V februári 2005 sa minister obrany Shaul Mofaz rozhodol nepredĺžiť Ya'alonovu službu ako náčelníka štábu o ďalší rok. Toto znamenalo vrchol napätia medzi Mofazom a Ya'alonom, ktoré sa objavili čiastočne kvôli námietke Ya'alona voči plánu na odpojenie Gazy.
- Áno. Dňa 1. júna 2005 Ya'alon odišiel do dôchodku z armády a Dan Halutz, jeho nástupca ako náčelník štábu, dohliadal na odstavenie.