V druhej svetovej vojne, ako vrchný veliteľ Stredozemnej flotily, Cunningham viedol britské námorné sily k víťazstvu v niekoľkých kritických námorných bitkách v Stredozemnom mori. Medzi ne patrí aj útok na Tarant.
v roku 1940, prvý úplne lietadlový námorný útok v histórii, a bitka pri mysu Matapan v roku 1941. Cunningham kontroloval obranu stredomorských zásobovacích línií cez Alexandriu, Gibraltar a kľúčový bod na Malte. Riadil tiež námornú podporu pre rôzne hlavné spojenecké vylodenia v západnom pobreží Stredozemného mora. Na jeseň roku 1943, keď bývalý veliteľ Sir Dudley Pound zomrel, bol Cunningham povýšený na First Sea Lord, profesionálneho veliteľa Royal Navy, pozíciu, ktorú zastával až do svojho odchodu do dôchodku v roku 1946. V roku 1945 bol ušľachtilý ako barón Cunningham z Hyndhope a nasledujúci rok sa stal vikontom Cunninghamom z Hyndhope. Po odchode do dôchodku sa Cunningham tešil niekoľkým slávnostným pozíciám, vrátane Lord High Steward pri korunovácii kráľovnej Alžbety II. v roku 1953. Zomrel 12. júna 1963 vo veku 80 rokov.