Vyplňte nasledujúcu vetu: MacRae sa zaregistroval ako vojak v Monroeovej ľahkej pechoty, a bol zvolený za kapitána, keď sa stala spoločnosťou B, pätnásteho regimentu severnej Karolíny. V apríli 1862 bol povýšený na podplukovníka. Počas kampane na polostrove a v druhej Manassas bol jeho regiment súčasťou brigády Howella Cobba. V bitke pri Antietame MacRae velel brigáde, ktorá bola počas bojov v predchádzajúcich týždňoch znížená na 250 mužov. MacRaeova brigáda odvrátila tri útoky spojencov, ale ustúpila, keď mu zostalo iba 50 mužov a jeho zásoby munície boli vyčerpané. Na Fredericksburgu bojoval so svojím plukom v Marye's Heights. Bezprostredne po bitke bol 15. severokaroinský pluk prenesený do brigády brigádneho generála Johna Rogersa Cooka v Severnej Karolíne. Cooke bol pri Fredericksburgu ťažko zranený a do brigády sa vrátil až v apríli 1863. Vo februári 1863 bol MacRae povýšený na plukovníka. Táto brigáda slúžila v Severnej Karolíne a juhovýchodnej Virgínii až po Gettysburgskej kampani. Vo februári 1863 bol poverený plukovníkom a v roku 1864 bol poverený brigádnym generálom. Po návrate do armády Severnej Virgínie bol MacRae vyznamenaný za statočnosť v bitke pri Bristoe Station. Po tom, ako bol brigádny generál William Whedbee Kirkland zranený v bitke pri Cold Harbore, bol MacRae dočasne povýšený do hodnosti brigádneho generála a bol pridelený k velení brigády Kirklandovej (toto bola tiež bývalá brigáda brigádneho generála J. Johnstona Pettigrewa). Na
Reamova stanica MacRae, Lane a Cookeho brigády vyhnali 2. divíziu Johna Gibbona z II. zboru Winfielda Scotta Hancocka z jeho zákopov vpredu a zajali delostreleckú batériu. Po záslužnej službe v bitke pri Boydton Plank Road MacRae zostal v armáde počas kampane Appomattox.