Ako sa rozšírilo slovo o tom útoku, stovky protestujúcich sa zhromaždili pred Stonewallom. Po tom, čo sa polícia pokúsila umiestniť ženu do policajného auta, dav sa postavil proti policajtom, ktorí sa vrátili do klubu, aby sa vyhli čoraz viac vzdorujúcemu davu. Po tom, ako sa niektorí z davu pokúsili klub zapáliť, vytiahli parkovací merač z chodníka a pokúsili sa ho použiť na rozbitie dverí a hodili predmety ako fľaše, odpadkové plechovky a mince na policajtov, boli zavolané ďalšie posily, ktoré trvali viac ako hodinu, aby obnovili poriadok a rozptýlili davu, ktorá sa zhromaždila okolo Stonewall Inn. V tú noc boli zranení štyria policajti a bolo vykonaných 13 zatknutí, okrem niekoľkých škatuliek alkoholu, ktoré boli zabavené, pretože hostinec nemal licenciu na alkohol. Nepokoje pokračovali niekoľko nocí a dav sa zväčšoval na tisíce. David Carter v knihe "Stonewall: The Riots That Sparked the Gay Revolution" z roku 2004 popísal Stonewallské nepokoje ako "pre hnutie homosexuálov to, čo pád Bastilly
"je na rozpútanie Francúzskej revolúcie".