V bezprostrednom dôsledku požiaru Reichstagu sa úrady sústredili na prenasledovanie politických aktivistov identifikovaných ako komunisti. Mnohí boli zatknutí a iní utiekli do zahraničia. Avšak 30. augusta 1930, po návrate z jednej zo svojich ciest, bol Otto Brenner zatknutý a vzatý do vyšetrovacej väzby. Počas nasledujúcich osemnástich mesiacov neistoty mu bolo dovolené zostať v kontakte so svojou manželkou listami. Obvinenie, ktoré prišlo 9. mája 1935, bolo za týchto okolností obvyklé: "Pripravovanie sa na spáchanie vlastizrady" ("Vorbereitung zum Hochverrat"). Rozsudok bol z veľkej časti predpokladaný, ale rozsudok, ktorý vydal 25. júna 1935, bol relatívne mierny. Bol odsúdený na dva roky väzenia. Väčšinu času strávil vo väzbe pred súdnym konaním a o niekoľko mesiacov neskôr sa mohol vrátiť k svojej manželke v. Zostal pod policajným dohľadom až do konca vojny v rokoch 1939 - 1945.
, však.