Napíšte pokračovanie pre tento odsek - 5. decembra 1990, Alomar a Joe Carter boli vymenení za Fred McGriff a Tony Fernandez za Toronto Blue Jays. V Toronte sa stal prvotriednym ofenzívnym hráčom na druhej báze, ktorý kombinoval priemer.300-plus s výkonom a vysokou rýchlosťou na základni. V roku 1991 využil svoju rýchlosť s 11 trojkami a 53 ukradnutými základňami, čím viedol tím k prvému z troch po sebe nasledujúcich playoffov. Nasledujúci rok zaznamenal 105 behov, 87 prechádzok a mal percento.405 na základni. V roku 1993 mal Alomar svoju najlepšiu sezónu s Blue Jays, keď dosiahol 17 homerunov (HR), 93 runs batted in (RBI) a 55 ukradnutých báz, zatiaľ čo batting.326, tretí v American League za spoluhráčmi Johnom Olerudom a Paulom Molitorom. Bol ústrednou postavou v majstrovstvách World Series v Toronte v rokoch 1992 a 1993; v šiestom zápase World Series v roku 1992 zaznamenal sériový víťazný beh na dvojnásobok dvoch behov Dava Winfielda v 11. inning. Alomarov zápasový homerun v deviatom inningu proti Oaklandskému asistovi Dennisovi Eckersleymu v štvrtom zápase American League Championship Series v roku 1992
(ALCS), je mnohými považovaný za najdôležitejší úspech v histórii klubu, pretože tri predchádzajúce výlety tímu do ALCS skončili sklamaním; bol vyhlásený za najcennejšieho hráča (MVP) série. V roku 1995 hral 104 po sebe nasledujúcich zápasov bez chyby, čím si stanovil rekord pre hráčov na druhej báze. V každej zo svojich piatich sezón s Blue Jays bol Alomar menovaný do All-Star tímu a získal ocenenie Zlatá rukavica.