V roku 1943 japonská okupačná vláda vytvorila Armádu obrancov otcovej krajiny, pomocnú silu zloženú z Indonézanov, ktorá mala pomôcť Japoncom, ak by Spojenci prišli napadnúť Indonéziu. Podobne ako mnohí jeho vojenskí súčasníci sa k nim pridal aj Panggabean. V Panggabeanovom prípade sa však zdá, že sa mu podarilo prejsť len vojenským vzdelaním a základným výcvikom pred kapituláciou Japoncov.
a nacionalistickí vodcovia Sukarno a Mohammad Hatta vyhlásili nezávislosť Indonézie.