Japonské sily (ďalej len "kombinovaná flotila") v skutočnosti pozostávali z dvoch rôznych flotíl, ktoré boli rozdelené do dvoch samostatných operácií, konkrétne operácie AL.
(pre Aleuty) a operácia MI (pre Midway). Zoznam nižšie ukazuje všetky lode pridelené k operácii MI, avšak iba Prvá útočná jednotka dopravcu Nagumo a Kurita Midway Support Force boli skutočne zapojené do bitky o Midway.