V máji 1859 utrpelo Rakúsko vojenskú porážku v bitke pri Varese a v júni pri Magente.
proti spojeným silám Francúzska a Sardínie. Cisár odmietol uznať závažnosť situácie, ktorá spôsobila veľké ťažkosti doma, a prevzal priame velenie armády, hoci nebol profesionálnym vojakom. Neskôr v tom istom mesiaci ďalšia porážka pri Solférine zapečatila osud Rakúska a cisár musel pri Villafrance prijať Napoleonove podmienky. Rakúsko súhlasilo s tým, že sa vzdá Lombardie, a vládcovia stredných talianskych štátov mali byť obnovení. Toto sa však nikdy nestalo a nasledujúci rok sa v plebiscitoch všetci pripojili k kráľovstvu Sardínsko-Piemont. V apríli 1860 Garibaldi napadol a rýchlo podmanil Sicíliu a vo februári 1861 prestalo existovať kráľovstvo Dvoch Sicílií, František a Mária utiekli do Rakúska.