V roku 1991 bol Batistuta vybraný, aby hral za Argentínu na Copa América, ktorá sa konala v Čile, kde skončil turnaj ako najlepší strelec so šiestimi gólmi, keď sa Argentína rozbehla k víťazstvu. Nasledujúci rok vyhral s Argentínou Pohár konfederácií FIFA a skončil ako najlepší strelec turnaja. V roku 1993 Batistuta hral vo svojej druhej Copa América
, tentoraz sa konala v Ekvádore, ktorú vyhrala Argentína s Batistutou, ktorý strelil oba góly v víťazstve 2:1 nad Mexikom vo finále.