Obando bol vymenovaný za kardinála-kňaza San Giovanni Evangelista a Spinaceto 25. mája 1985, čím sa stal prvým nikaragujským kardinálom. Zúčastnil sa pápežskej konklave v roku 2005
ktorý zvolil pápeža Benedikta XVI. Obando bol prezidentom Nikaraguskej biskupskej konferencie od decembra 1999 do novembra 2005.