Príbeh sleduje dobrodružstvá pilota Garde Nagateho Tanikazeho, ktorý od narodenia žil v podzemnej vrstve Sidonie a bol vychovávaný jeho starým otcom. Nikdy sa nestretol s nikým iným, každý deň sa trénuje v starom simulátore pilotov Guardianov a nakoniec ho zvládne. Po smrti svojho starého otca sa vynorí na povrch a je vybraný za pilota Guardianov, rovnako ako Sidonia je opäť ohrozená Gaunou. Otázka: Ako je vybraný po smrti svojho starého otca?
Pilot strážca