Implementácia ústavy Federácie Malajzie založenej na revidovaných ústavných návrhoch 1. februára 1948 a rozhodnutie MCP začať ozbrojenú povstanie znamenalo začiatok konca koalície PUTERA-AMCJA a AMCJA ako celku. S vyhlásením národnej pohotovosti
, zložité organizácie buď vystúpili z koalície, odišli do podzemia, alebo v prípade MDU sa dobrovoľne rozpustili a AMCJA ako orgán prestala existovať.