V roku 1943, počas druhej svetovej vojny, bolo metro vážne poškodené počas "Operácie Gomorra", bombardovania Hamburgu RAF
v tom lete. Trasa od "Hauptbahnhof" do "Rothenburgsort" nebola opravená, pretože oblasť, ktorou prechádzala, bola úplne zničená. Trvalo ďalších päť rokov, kým zostávajúca sieť bola opäť úplne neporušená.