V auguste 1945 bol Brown vymenovaný za zástupcu veliteľa štábov Šestej armády pod generálom Walterom Kruegerom. Ako skúsený štábny dôstojník sa podieľal na plánovaní operácie Downfall, plánovanej invázie do Japonska. Avšak,
2. septembra 1945 sa Japonské impérium vzdala a operácia bola zrušená. Brown bol vyznamenaný medailou bronzovej hviezdy za jeho účasť na plánovaní. Zatiaľ čo slúžil v tejto funkcii, tiež sa zúčastnil okupácie Japonska.