Skúsenosti získané v rokoch 1964 a 1965 umožnili 7-litrovému Mk II dominovať v nasledujúcom roku. Vo februári GT40 opäť vyhral v Daytone. Toto bol prvý rok, kedy sa Daytona pretekala v 24-hodinovom formáte a Mk II skončil 1., 2. a 3. V marci 1966 na 12 hodinách Sebringu GT40 opäť získali všetky tri najvyššie miesta, s X-1 Roadsterom ako prvým, Mk II ako druhým a Mk I ako tretím. Potom v júni, na 24 hodinách v Le Mans
, GT40 dosiahol ďalší 1<unk>2<unk>3 výsledok.