Po výcviku a cvičeniach pri pobreží Kalifornie, "Muskogee", posádka pobrežnej stráže Spojených štátov, odišla 18. júna 1944 z San Pedra v Kalifornii do Nouméa v Novej Kaledónii, kde dorazila 18. júla 1944 na hliadkovanie a eskortné povinnosti z Nouméa a po jej zajatí do Humboldt Bay v Novej Guinei. Jej hlavnými povinnosťami boli do októbra 1944 protiponorkové hliadky a sledovanie lodí operujúcich v okolí Novej Guiney. Dňa 18. októbra 1944 sa vydala na prehliadku druhej posily smerujúcej do novozápadnej Británie.
Leyte na Filipínskych ostrovoch, príchod do zátoky San Pedro 24. októbra na kontrolu lodí pre prepravu a zásobovanie pod početnými japonskými vzdušnými útokmi, zatiaľ čo čakali na skupinu prázdnych tankových pristátia lodí, aby sa vytvorili pre návrat. Keď sa jej konvoj 26. októbra 1944 stiahol, japonské lietadlá ho opäť zaútočili a "Muskogee" sa pripojila k zostreleniu niekoľkých nepriateľských lietadiel. Druhá eskortná plavba do Leyte začiatkom novembra 1944 bola menej udalostná.