Dokonči nasledujúcu vetu: Po porážke v povstaní, Caldas, obávajúc sa odvety, utiekol do Popayánu, ale zistil, že ho obsadili kráľovské vojská pod velením budúceho vicekráľa Juana Sámana, a potom odišiel do provincie Antioquia. Antioquia vyhlásila nezávislosť ako "štát Antioquia" alebo "Slobodný a suverénny štát Antioquia". Štát Antioquia vymenoval Juana del Corrala za diktátora a del Corral privítal Caldasa a vymenoval ho za zakladateľa Vojenskej školy a za riaditeľa pušných závodov a generálneho inžiniera, ako aj za plukovníka. Ako inžinier bol Caldas zodpovedný za výstavbu budov, práškových mlynov a tovární na výrobu zbraní, ako aj za výrobu mincí. V roku 1814 vyučoval na Akadémii inžinierov v Medellíne. Medzi rokmi 1813 a 1814 mal na starosti opevnenie pozdĺž rieky Cauca a inštaláciu továrne na pušky a pušný prach. Koncom roku 1814 bol Nariño porazený a zatknutý španielskou korunou a Bolívar a jeho armáda prinútili Cundinamarku podriadiť sa Spojeným provinciám. Federalistická generálna vláda, ktorá bola založená v Santafé, s rastúcimi obavami o možnosť
Po španielskom znovuzískaní po začiatku Morillovej kampane, potom zavolal Caldasa, aby ho poveril vytvorením podobnej vojenskej školy a vybudovaním mostov, zákopov a opevnení okolo mesta. Bol poslaný k severnej armáde a k opevňovaniu ciest v Quindío.