V lete 1981 sa 28-ročný Filipović pripojil k vládnucim portugalským šampiónom S.L. Benfica, kde v nasledujúcich troch sezónach zabodoval 28 gólov v 54 ligových zápasoch. Zoran Filipović tiež viedol klub Benfica do finále pohára UEFA v roku 1983.
proti R.S.C. Anderlecht, bol najlepším strelecom súťaže v tejto sezóne a zaznamenal nezabudnuteľné góly pre Portugalcov v štvrťfinále proti AS Rome a v semifinále proti Universitatea Craiova.