V roku 2013 sa AFP podarilo zastaviť útoky Národného oslobodzovacieho frontu Moro v kríze mesta Zamboanga, keď začali útok na vyhlásenie nezávislosti Bangsamoro Republik. V roku 2016 sa AFP stretla s skupinou Maute na Butigu vo februári a v novembri 2016. V roku 2017 sa AFP tiež stretla s militantmi ISIS v Marawi
, volá prezidenta Duterte vyhlásiť stanné právo podľa vyhlásenia č. 216.