Po vstupe Talianska do vojny 10. júna 1940 sa Waller podieľal na hľadaní mínových polí pri pobreží severnej Afriky. Ako vytrvalý strelec osobne odpálil plávajúce míny pomocou pušky a guľôčok, ktoré prenikajú brnenie. Dňa 21. júna Stuart ostrelil talianske mesto Bardia. Nasledujúci mesiac sa jeho 10. torpédoborecká flotila zúčastnila bitky o Kalabriu. Wallerove lode 17. augusta bombardovali pevnosť Capuzzo a o týždeň neskôr taliansku základňu vodných lietadiel v zálive Bomba. V septembri mu bol udelený Distinguished Service Order (DSO) za "odvahu, podnikanie a oddanosť povinnosti v nedávnych angažmoch", najmä za jeho presné identifikovanie nepriateľských mínových polí. V tom istom mesiaci bol presunutý na HMAS "Vampire", zatiaľ čo "Stuart" bol na rekonštrukcii. Keď v decembri 1940 spojenecké armády začali protiútok proti talianskym silám, vrchný veliteľ Stredozemnej flotily, admirál sir Andrew Cunningham, dal Wallerovi velenie nad novovytvorenou Inshore Squadron, ktorá pozostávala z torpédoborcov, mínotvorcov a pomocných síl. Vo svojej úlohe Cunninghamovho nadriadeného dôstojníka, Waller prevzal zodpovednosť za námornú podporu pri útoku na Bardia.
, ktorá padla do rúk spojencov 5. januára 1941. Krátko potom odovzdal velenie nad Inshore Squadron a presunul sa späť na palubu "Stuarta".