Vyplňte nasledujúcu vetu: 13. júla 2011 bolo oznámené, že Jonathan opustí Santos a bude trénovať s gigantom Serie A Interom v Miláne, kým sa finalizuje transfer. O dva dni neskôr, 15. júla, sa oficiálne stal hráčom Interu a podpísal štvorročnú zmluvu. Jonathan debutoval v Interu 11. septembra 2011 v druhom týždni
2011-12 Serie A, hrajúci celých 90 minút v prehre 4-3 proti Palermu. O tri dni neskôr Jonathan debutoval v Lige majstrov, kde hral celý zápas v prvom zápase proti tureckému Trabzonsporu v prehre 0:0 na San Sirovi.