Keď v roku 1861 začala americká občianska vojna, jednotky Konfederácie použili kupolu Windsorského sídla ako pozorovaciu plošinu a signálnu stanicu. Na jar roku 1863, ako súčasť kampane Vicksburg, Ulysses S. Grant a 17 000 vojakov Únie vylodili v prístave Bruinsburg a prevzali kontrolu nad palácom Windsor. Po bitke pri prístave Gibson
, sídlo bolo používané vojskami Únie ako nemocnica a ako pozorovacia stanica. Rodine Daniellovcom bolo počas okupácie Únie dovolené žiť v treťom poschodí sídla.