V roku 1861-62 slúžil Kimberly na palube fregaty v blokujúcej eskadre západného zálivu, zúčastňoval sa na operáciách na rieke Mississippi v prístave Hudson,
Grand Gulf a Vicksburg a 16. júla 1862 bol povýšený na poručíka. V rokoch 1863 - 1864 slúžil ako výkonný dôstojník parnej šlupy, videl akciu v bitke pri Mobile Bay, po ktorej bol vrelo pochválený za svoju galantnú a efektívnu službu. Po vojne vstúpil do vojenského rádu lojálnej legie Spojených štátov.