Nebrija sa narodil v rodine "hidalgo" v Nebrixe, meste, ktoré sa dnes volá Lebrija v provincii Seville. Jeho rodičia boli Juan Martínez de Cala a Catalina de Xarana. Bol druhým z piatich detí. Je tu určitá neistota ohľadom jeho dátumu narodenia. Nebrija napísal, že sa narodil rok pred bitkou pri Olmedo.
v roku 1445, pričom jeho narodeniny v roku 1444, ale inde robí ďalšie odkazy, ktoré by odporovali tomuto dátumu. Tradične je rok 1444 považovaný za rok jeho narodenia.