V novembri 2003 bol Paddick povýšený na zástupcu komisára a v apríli 2005 prevzal riadenie územnej polície vo všetkých 32 londýnskych okresoch, s zodpovednosťou za 20 000 policajtov a pomocných pracovníkov. Bol zodpovedný za zníženie "objemu trestnej činnosti" v Londýne (všetky trestné činy až po znásilnenie v zmysle závažnosti) a zvýšenie počtu páchateľov trestných činov. Bol národným vodcom policajných služieb v otázkach zdravotného postihnutia a duševného zdravia rok a pol. Bol tiež v centre pozornosti médií ako hlavný hovorca metropolitnej polície pri pohrebe Diany, princeznej z Walesu.
a po bombových útokoch v Londýne 7. júla 2005.