Od mája 1938 bol Filitti tiež generálnym administratívnym inšpektorom kráľovstva. Vypuknutie druhej svetovej vojny ho opäť odsunulo od verejného života. Rumunsko bolo krajinou Osy, a ako také, Bukurešť vydržal ťažké bombardovanie
letectvom Spojených štátov. Letecký útok zo 4. apríla 1944 zničil rezidenciu Filitti, jej umeleckú zbierku (vrátane skleneného tovaru z Murana) a množstvo needitovaných dokumentov. Historik prežil, ale podľa Georgety Filittiovej tento incident "urýchlil jeho smrť".