Ukonči nasledujúcu vetu: Kráľom v Nemecku korunovaný Karol sa postavil na stranu pápeža Leva X. a na schôdzi v Worms (1521) vyhlásil Martina Luthera za páchateľa zákona. V tom istom roku francúzsky kráľ František I., obklopený majetkami Habsburgovcov, začal v Lombardii konflikt, ktorý trval až do bitky pri Pavii (1525), ktorá viedla k dočasnému uväzňovaniu francúzskeho kráľa. Protestantská aféra sa znovu objavila v roku 1527, keď Rím bolo vyplienené vojskom Karlových vzbúrených vojakov, prevažne luteránov. Po tom, ako jeho vojská opustili pápežské štáty, Karol V.
bránil Viedeň pred Turkami a získal korunováciu ako kráľ v Taliansku od pápeža Klementa VII. V roku 1535 anektoval prázdne vojvodstvo Miláno a dobyl Tunis. Napriek tomu strata Buda počas boja o Maďarsko a expedície do Alžíru na začiatku 40. rokov 20. storočia zmarnila jeho protidomanské politiky. Medzitým sa Karol V. dohodol s pápežom Pavlom III. na organizácii Tridentského koncilu (1545). Odmietnutie luteránskej Schmalkaldic League uznať platnosť koncilu viedlo k vojne, ktorú vyhral Karol V. uväznením protestantských kniežat. Francúzsky kráľ Ján II. však ponúkol novú podporu luteránskej veci a posilnil úzke spojenectvo so sultánom Sulejmanom Veľkým, ktorý vládol v Osmanskej ríši od roku 1520.