Napíšte pokračovanie pre tento odsek - Po odtrhnutí štátu Mississippi tesne pred začiatkom občianskej vojny, Barksdale odstúpil z Kongresu, aby sa stal generálnym adjutantom, a potom generálnym štvrťmistrom Mississippi Milicie, v hodnosti brigádneho generála, s dátumom 1. marca 1861. Dňa 1. mája bol vymenovaný za plukovníka v armáde Konfederovaných štátov v 13. pešej jednotke Mississippi, pluku, ktorý viedol v prvej bitke pri Bull Rune v lete a v bitke pri Ball's Bluff v októbri. Nasledujúcu jar viedol svoj regiment na polostrov Virginie a bojoval v kampani na polostrove a v bitke Sedem dní. Keď bol jeho veliteľ brigády, brigádny generál Richard Griffith, smrteľne zranený v bitke pri Savage Station
29. júna 1862, Barksdale prevzal velenie brigády a viedol ju do hrdinského, ale krvavého a zbytočného útoku v bitke pri Malvern Hill. Brigáda sa stala známa ako "Barksdaleova Mississippská brigáda". Dňa 12. augusta 1862 bol povýšený na brigádneho generála.