S blížiacim sa koncom vojny, Truman letel do Berlína na konferenciu v Potsdame, aby sa stretol so sovietskym vodcom Jozefom Stalinom a britským vodcom Winstonom Churchilom ohľadom povojnového poriadku. Na Potsdamskej konferencii bolo prijatých niekoľko dôležitých rozhodnutí: Nemecko bolo rozdelené na štyri okupačné zóny (medzi tromi mocnosťami a Francúzskom), nemecká hranica mala byť presunutá na západ k Oder-Neisse línii, skupina podporovaná Sovietmi bola uznaná za legitímnu vládu Poľska a Vietnam mal byť rozdelený na 16. rovnobežke. Sovietsky zväz tiež súhlasil s inváziou
Japonskej Mandžúrii. Na konferencii v Potsdame bol Truman informovaný, že test prvej atómovej bomby Trinity 16. júla bol úspešný. Naznačil Stalinovi, že USA sa chystajú použiť nový druh zbrane proti Japoncom. Hoci to bolo prvýkrát, čo Sovieti dostali oficiálne informácie o atómovej bombe, Stalin už bol o projekte bomby informovaný, pretože sa o ňom dozvedel prostredníctvom špionáže dávno pred Trumanom.