Torrijos zomrel vo veku 52 rokov, keď jeho lietadlo, DeHavilland Twin Otter (DHC-6), registrované ako FAP-205 panamského letectva, havarovalo na Cerro Marta v Coclesite, neďaleko Penonomé v Paname 31. júla 1981. Lietadlo zmizlo z radaru počas ľahkého počasia, ale kvôli obmedzenému pokrytiu radaru v Paname v tom čase nebolo lietadlo hlásené ako nezvestné takmer deň. Miesto havárie bolo nájdené o niekoľko dní neskôr a Torrijosovo telo bolo nájdené tímom špeciálnych síl v prvých dňoch augusta. Štyria asistenti a dvaja piloti tiež zahynuli pri havárii. Jeho smrť vyvolala národný smútok po celej krajine, najmä v chudobných oblastiach. Po veľkom štátnom pohrebe bolo Torrijosovo telo krátko pochované na cintoríne v Casco Viejo (starom meste Panamy), predtým ako bolo premiestnené do mauzólea v bývalom Canal Zone na pevnosti Amador.
Neďaleko Panama City. Na poste veliteľa Národnej gardy a "de facto" vodcu Panamy ho nasledoval Florencio Flores ("de jure" bol vojenský vodca, avšak "de facto" nikdy ako taký nevykonával moc), ktorý neskôr ušiel Rubén Darío Paredesovi. Miesto, kde havarovalo lietadlo, je teraz národným parkom a jeho dom v Coclesite je teraz múzeom.