Keď Nemci napadli, mnohí Židia utiekli pred postupujúcimi silami, ale rýchly kolaps Francúzska, vojenský aj politický, prímerie
, a rýchlosť, s ktorou sa všetko stalo uväznené mnoho z nich v južnom Francúzsku. Philippe Pétain, ktorý sa stal francúzskym premiérom po páde Paríža do rúk nemeckej armády, zorganizoval kapituláciu Nemecku. Potom sa stal hlavou vlády Vichy, ktorá spolupracovala s nacistami, tvrdiac, že to zmierní ťažkosti okupácie. Opozícia voči nemeckej okupácii severného Francúzska a kollaboratívnej vláde Vichy bola ponechaná francúzskemu odporu vo Francúzsku a Slobodným francúzskym silám pod vedením Charlesa de Gaulla mimo Francúzska. Nemecká okupácia bola rýchlo sprevádzaná krutým zaobchádzaním; Židia boli vyhostení z Alsasko-Lotrény a ich majetok bol skonfiškovaný, zatiaľ čo zahraniční Židia - približne 32 000 - boli internovaní po dekréte Vichy 4. októbra 1940. Ďalšie diskriminačné opatrenia čoskoro nasledovali a zintenzívnili sa po tom, čo nacisti vydali nariadenie 27. septembra 1940; tieto boli vykonané francúzskou správou a zahŕňali: požiadavky na identifikáciu Židov, sčítanie obyvateľstva na účtovanie všetkých Židov a podnikov, vyvlastnenie a "arianizáciu" majetku spolu s pracovnými obmedzeniami a zákazmi. Dňa 7. októbra 1940 Pétainova vláda zrušila Crémieuxov dekrét, čím zbavila 117 000 francúzskych Židov narodených v Alžírsku občianskych práv, ktoré im boli udelené v roku 1870.