Dokonči nasledujúcu vetu: V priebehu piateho storočia bolo západné impérium dobyté inváziami germánskych kmeňov. Avšak prefektúra Talianska bola zachovaná novým ostrogotským kráľovstvom, ktoré bolo stále "de jure" súčasťou ríše, a ostrogotský kráľ Teodorik Veľký dokonca obnovil prefektúru Galie v malej časti Galie, ktorú dobyl v 50. rokoch 20. storočia. Po opätovnom dobytí severnej Afriky Východným impériom počas
V vandalickej vojne v roku 533-534 boli nové provincie zoskupené cisárom Justiniánom I. do novej praetoriánskej prefektúry Afriky, ktorá sa neskôr zmenila na Exarchát Afriky. Prefektúra pretoriánov v Taliansku bola tiež obnovená po skončení gotickej vojny, predtým, ako sa tiež vyvinula do exarchátu. Na východe by prefektúry fungovali až do polovice 7. storočia, kedy strata väčšiny východných provincií moslimským dobytkom a Balkánu slovanským kmeňom viedla k vytvoreniu systému tém. Medzitým však reformy za Heraklia zbavili prefekta mnohých jeho podriadených finančných úradov, ktoré boli zriadené ako nezávislé oddelenia pod logothetami. Posledný krát, keď sa prefekt Východu priamo potvrdzuje, pochádza z zákona z roku 629. Podľa niektorých učencov však stopy tohto systému prežili do začiatku 9. storočia: Ernst Stein preukázal, že niektoré aspekty ilýrskej prefektúry prežili v administratíve Solúna, zatiaľ čo John Haldon, založený na sigillografických dôkazoch a odkazoch v byzantskej "Taktika", zdokumentoval prežitie skoršej civilnej provinčnej administratívy v rámci tematického systému, s prefektom v Konštantínopole pravdepodobne v dohľadnej schopnosti, až do 840-tych rokov.