Napíšte pokračovanie pre tento odsek - Nakajima bol zadržaný Williamsom na sezónu 2009. Na Veľkej Cene Austrálie v roku 2009 narazil do steny v šiestej zatáčke, čo ho vylúčilo z preteku. Nakajima bol jediným jazdcom, ktorý odišiel v Bahrajne, zastavil sa päť kôl pred koncom s prehriatým olejom. Tiež havaroval na predposlednom kole Grand Prix v Monaku, keď bežal na 10. mieste. Prišiel blízko k bodovaniu na niekoľkých Grand Prix, vrátane straty bodového finále po tom, čo bol zdržaný v pit lane na tureckej Grand Prix. Na Veľkej Cene Veľkej Británie získal Nakajima svoje najvyššie miesto v histórii Formule 1, kvalifikoval sa na pôsobivom piatom mieste pred lídrom majstrovstiev sveta Jensonom Buttonom. Jeho preteky však ohrozila zlá stratégia v boxoch a nakoniec skončil mimo bodov. Nakajima opäť takmer skóroval na maďarskej Grand Prix.
, dokončenie len 0,7 sekundy za ôsmym miestom Jarno Trulli. V Singapure skončil opäť na deviatom mieste. V Brazílii bol Nakajima opäť v súboji o body, kým ho nevyhodil nováčik a krajan Kamui Kobayashi. Nakajima skončil sezónu bez bodov, pričom jeho spoluhráč Nico Rosberg bol zodpovedný za každý bod, ktorý získal tím Williams, pričom Nakajima bol jediným bez bodov z jazdcov, ktorí sa zúčastnili každého pretekov v roku 2009.