Napíšte pokračovanie pre tento odsek - Johnson začal sezónu 2016 dobre so šiestimi top-10 výsledkami vo svojich prvých desiatich podujatiach. Po dvoch skončeniach mimo top 10 sa dostal blízko k víťazstvu v Memorial Tournament, skončil jeden výstrel za eventuálnym víťazom Williamom McGirtom. O týždeň neskôr skončil v FedEx St. Jude Classic v top 10. Johnson vyhral US Open v roku 2016
19. júna 2016 získal svoj prvý majorskej titul v 29. majorskej súťaži. Víťazstvo však bolo zahalené kontroverziami, pretože Johnsonovi bol udelený trest po poslednom kole, ktorý skončil kvôli incidentu na piatom greene. Keď sa pripravoval na to, aby loptu nasmeroval na par putt, jeho lopta sa mierne pohla. Johnson odišiel a povedal, že sa nevenoval lopte. Po tom, čo sa rozprával s úradníkom, ktorý bol na mieste, mu bolo povedané, aby pokračoval vo strele, ktorú úspešne odstrelil. Nakoniec vyhral o tri údery pred Shane Lowry, Scottom Piercym a Jimom Furykom. Incident s pohybujúcou sa loptou vyvolal rozhorčenie medzi mnohými z najlepších golfistov na svete s hráčmi, ako sú Jordan Spieth, Rory McIlroy, Rickie Fowler a Webb Simpson, ktorí kritizovali USGA za svoje rozhodnutie na sociálnych médiách. Johnson sa po tomto víťazstve posunul o tri pozície v OWGR na tretie miesto.