Napíšte pokračovanie pre tento odsek - 16. septembra 2008 sa Puyol vo skupinovej fáze Ligy majstrov v zápase proti Sporting CP zúčastnil 400. zápasu za Barcelonu. V sezóne ligy sa napriek problémom so zraneniami objavil v 28 zápasoch a pomohol im vyhrať ďalší ligový titul. Jeho jediný gól prišiel proti Realu Madrid v "El Clásico" na Santiago Bernabéu 2. mája 2009, ktorý sa skončil hlasitým víťazstvom 6 × 2, a oslávil svoj gól bozkávaním katalánskej vlajky pred rozhnevanými madridskými fanúšikmi. Bol dôležitý pre tím, ktorý tiež vyhral Copa del Rey v roku 2009, Ligu majstrov v roku 2009 a Super pohár UEFA v roku 2009.
a 2009 FIFA klubový majstrovstvá sveta, aby dokončil bezprecedentnú sextuple, objavil sa v takmer 100 oficiálnych zápasov.