Napíšte pokračovanie tohto odseku - Veľké zemetrasenie v roku 1755
ktoré zasiahli veľkú časť Portugalska, zničili časť pevnosti, ktorá bola následne opravená. V roku 1773 sa vykonali práce na prestavbe kaplnky Santa Bárbara vo vnútri pevnosti. Krátko potom bola vypracovaná inšpekčná správa, ktorá sa negatívne vyjadrila k jeho stavu a v roku 1800 boli postavené nové batérie, aby sa ťažšie vylodili v prístave, a výška brány pevnosti smerujúcej k moru bola tiež zvýšená. Rozsah vykonaných prác spôsobil miestnym obyvateľom finančné problémy, ktorí hľadali a získali pomoc od kráľovnej Márie I. Ďalšie rozsiahle zlepšenia boli vykonané v roku 1807. Pevnosť sa však ukázala ako neúčinná v decembri 1807 počas polostrovnej vojny, keď francúzsko-španielske jednotky pristáli v Peniche. Po ich porážke anglo-portugalskými vojskami sa v roku 1810 krátko zvažovalo ako možné miesto nalodenia britských vojakov, ak by to bolo potrebné v prípade obnovenej francúzskej invázie. Po Viedenskom kongrese v roku 1815, ktorý zaistil mier v Európe, bola pevnosť opustená. S urbanizáciou v dôsledku rastu obyvateľstva Peniche boli niektoré časti demontované. V roku 1824 bol dočasne premenený na väzenie a používal sa na zadržiavanie politických väzňov. Počas portugalskej občianskej vojny (1828-1834) bola znovu obsadená, ale keď liberálne sily obsadili pevnosť Berlengas v roku 1833, absolutistické sily opustili Peniche. V roku 1837 explózia strelného prachu v pevnosti viedla k prudkému požiaru, ktorý úplne zničil guvernérov dom. V roku 1871 guvernér pevnosti oznámil jeho zlý stav a uskutočnili sa niektoré obnovovacie práce.