Keď vypukla vojna s Mexikom, Morgan bol vymenovaný za plukovníka 2. V marci 1847 bol poverený ako plukovník 15. amerického pešiakovského regimentu pod velením generála Winfielda Scotta. Aby ukončil partizánsku vojnu a vraždy amerických vojakov, plukovník Morgan zatkol niekoľko významných mexických občanov a vydal vyhlásenie, že za každého amerického vojaka zabitého partizánmi bude popravený jeden občan. Vraždy sa okamžite zastavili. V roku 1848 bol povýšený na brigádneho generála za jeho statočnosť v bitkách pri Contreras a Churubusco.
, kde bol vážne zranený. Keď sa vrátil do Ohia, aby sa zotavil, dostal oficiálne poďakovanie od zákonodarcov Ohia.