V marci 1862 bol Waddell vymenovaný za poručíka v námorníctve Konfederovaných štátov. Poslaný do New Orleans, bol pridelený k neúplnej pancierovej lodi CSS "Mississippi" až do jej zničenia koncom apríla. Nasledujúci mesiac, keď slúžil ako dôstojník delostrelectva na brehu, zúčastnil sa bitky
Medzi pobrežnými batériami Konfederácie a federálnymi panciermi v Drewry's Bluff, Virginia. Počas zvyšnej časti roku 1862 a do roku 1863 mal viac služieb pri pobrežnej batérii v Charlestone v Južnej Karolíne. Prvý poručík Waddell bol poslaný do zahraničia v marci 1863 a bol umiestnený v Anglicku, kde čakal na dostupnosť námornej pozície.