V americkej občianskej vojne Geddes slúžil v armáde Únie, ako vojak v 8. Bol povýšený na kapitána a potom podplukovníka a po februári 1862 na plukovníka dobrovoľníkov. Zúčastnil sa bojov v Šilohu.
, kde bol zranený a zajatý. Chvíľu bol uväznený v Madisone v štáte Georgia a vo väzení Libby v Richmond v štáte Virginia. Po výmene bojoval pri Vicksburgu a Jacksone. V októbri 1863 dostal velenie nad brigádou a bol poslaný do Brownsville v Texase. Následne slúžil ako provost maršal federálne okupovaného Memphisu v Tennessee, ktorý zachránil pred konfederovanou kavalériou pod vedením Nathana Bedforda Forresta. Velel brigáde v mobilnej kampani a bojoval s výnimočnosťou v bitke o španielsku pevnosť. Dňa 13. januára 1866 prezident Andrew Johnson nominoval Geddesa na povýšenie do hodnosti brigádneho generála dobrovoľníkov od 5. júna 1865 a Senát Spojených štátov potvrdil menovanie 12. marca 1866.