Divízia sa zúčastnila akcie proti armáde Spojených štátov počas bitky pri Morotai.
od septembra 1944 až do konca vojny. V máji 1944 boli do Morotai, ktorá bola len krátka vzdialenosť od Halmahera, poslané dva batalióny 211. pešiakovského pluku, aby vyvinuli letisko, ale v júli 1944 boli stiahnuté, keď bolo letisko opustené kvôli problémom s odvodňovaním. Toto zanechalo Morotai len ľahkou obranou, keď tam 15. septembra 1944 pristála veľká spojenecká sila a spojenci boli schopní rýchlo zabezpečiť svoje ciele na juhozápade ostrova. Prvky 32. divízie vrátane 3. praporu 210. pešiaceho pluku a celého 211. pešiaceho pluku boli medzi septembrom a novembrom 1944 prepravené do Morotai cez blokádu amerického námorníctva v snahe zaútočiť na spojeneckú základňu, ktorá sa rozvíjala na ostrove. Divízia však nebola schopná spustiť tento útok, pretože cez americkú blokádu nemohla dostať dostatok zásob. Výsledkom bolo, že japonské jednotky na Morotai sa stiahli do stredu ostrova, kde mnohí zomreli na choroby a hlad.