S brazílskym národným futbalovým tímom získal Júnior medzi rokmi 1996 a 2004 deväťnásť medzinárodných zápasov, pričom strelil jeden gól, ktorý prišiel proti Kostarike v víťaznej kampani na majstrovstvách sveta vo futbale v roku 2002. Predtým bol tiež členom brazílskych tímov, ktoré sa zúčastnili na Zlatom pohare CONCACAF v roku 1998.
a Copa América v roku 2001.