V septembri 2006 pápež Benedikt XVI. predniesol na univerzite v Regensburgu v Nemecku prejav o otázke "rozumnosti" kresťanskej viery. Na prednáške v Regensburgu
Hovoril o racionalite viery a citoval komentáre byzantského cisára Manuela II. Paleologa, ktorý, ako povedal pápež, povedal: "Ukážte mi, čo nové priniesol Mohamed, a tam nájdete len zlé a neľudské veci, ako napríklad jeho príkaz šíriť mečom vieru, ktorú kázal". Táto citácia vyvolala tvrdú kritiku moslimov po celom svete, vrátane pakistanského parlamentu, ktorý odsúdil pápeža za jeho komentáre a požadoval od neho ospravedlnenie. Po prejave viedol Choudary 17. septembra protest pred Westminsterskou katedrálou, kde novinárom povedal: "Kto uráža posolstvo Mohameda, bude podliehať trestu smrti". Metropolitná polícia vyšetrila jeho komentáre, ale dospela k záveru, že počas demonštrácie neboli spáchané žiadne "podstatné trestné činy". Stínový minister vnútra David Davis, ktorý vyzval na prijatie opatrení proti Choudaryho, povedal: "Je to celkom hanebné. Posiela moslimským extrémistom správu, že my, ako krajina, nemáme morálnu odvahu postaviť sa im". Existujú však tvrdenia, že Choudary, britský policajný úrad mal pri viacerých príležitostiach dostatočné dôkazy na zatknutie. Nedovolili im to, pretože bol kľúčový pre vyšetrovanie, ktoré viedli britské bezpečnostné služby.