Napíšte pokračovanie tohto odseku - Kovaljov bol otvorene kritizujúcim autoritatívnych tendencií v administratívach Borisa Jelcina a Vladimira Putina. V roku 1996 odstúpil z funkcie predsedu prezidentskej komisie pre ľudské práva, keď zverejnil otvorený list Jelcinovi, v ktorom Kovalyov obvinil prezidenta z toho, že sa vzdal demokratických zásad. V roku 2002 zorganizoval verejnú komisiu na vyšetrovanie bombových útokov v Moskve v roku 1999
(Kovaljovova komisia), ktorá bola fakticky paralyzovaná po tom, ako bol jeden z jej členov, Sergej Jušenkov, zavraždený, ďalší člen, Jurij Ščekočikin, údajne otrávený talíom, a jej právny poradca a vyšetrovateľ, Michail Trepaškin, zatknutý.