V roku 1971, v snahe odvrátiť možnú konfrontáciu medzi armádou a obyvateľmi Východného Pakistanu, sa 23. marca 1971 Khan spolu s ďalšími pakistanskými politikmi stretol so šejkom Mujiburom Rahmanom. Ponúkli Mujeebovi podporu pri tvorbe vlády, ale bolo už príliš neskoro na prekonanie slepej uličky, pretože Yahya Khan sa už rozhodol pre plnohodnotný vojenský zásah. Rastúca zraniteľnosť Pakistanu a rozšírené medzinárodné pobúrenie proti vojenským zásahom nakoniec vytvorili situáciu, ktorá viedla k vojne.
medzi Pakistanom a Indiou. Táto vojna sa ukázala ako katastrofálna a vyvrcholila porážkou pakistanských ozbrojených síl vo východnom Pakistane a vytvorením nového štátu Bangladéš. Yahya Khan bol šokovaný porážkou a rezignoval z úradu i z armády. Za generála Gula Hassana Khana bol Zulfikar Ali Bhutto privedený z Ameriky a menovaný za prezidenta.