Počas väčšiny druhej čínsko-japonskej vojny a kvôli sovietsko-japonskému paktu neutrality bolo Vnútorné Mongolsko prevažne odľahlou oblasťou a mongolská garnizónová armáda s jej zastaranou koňskou kavalériou fungovala prevažne na pomoc a výcvik národnej armády Mengjiang a mongolského kavalériového zboru. Nebolo pripravené na masívny útok sovietskej Červenej armády.
na konci druhej svetovej vojny. Mongolská garnizónová armáda bola oficiálne rozpustená 27. júla 1946. Mnohí z tých, ktorí prežili, sa stali japonskými vojnovými zajatcami v Sovietskom zväze.