V Aténach, oligarchická vláda, ktorá vládla od roku 411, ustúpila obnovenej demokracii v priebehu niekoľkých mesiacov po bitke. Expedícia pod velením Thrasyllusa bola pripravená pripojiť sa k silám v Hellesponte. Táto sila však odišla až po vyše roku po bitke a hoci Aténčania nakoniec znovu dobyli Byzantium a obnovili zber daní z Chalcedonu, nikdy skutočne nevyužili výhodu, ktorú im Cyzicus poskytol. Do veľkej miery to bolo výsledkom finančnej neschopnosti; dokonca aj po víťazstve bola aténska pokladnica ťažko stlačená na podporu rozsiahlych ofenzívnych operácií. Medzitým, Spartáni, s perzským financovaním, rýchlo obnovili svoju flotilu a pokračovali v podkopávaní aténskej výhody. Atény vyhrali iba jednu námornú bitku vo vojne, v Arginusae, a ich porážku pri Aegospotami
V roku 405 pred Kr. sa vojna skončila. Hoci Cyzicus bol dramatickým víťazstvom pre Aténčanov, Spartáni boli nakoniec schopní obnoviť svoju silu a ukončiť vojnu v ich prospech, s kapituláciou Atén a ich spojencov o 6 rokov neskôr.