Nasledujúce leto bol kapitán Cristiano Doni zaradený medzi podozrivých z účasti na škandále s dohodnutými zápasmi (tiež známom ako "Calcioscommesse"). Atalanta čelila šesťbodovej pokutě v Serie A 2011/12
Doni bol 19. augusta suspendovaný na tri a pol roka od všetkých futbalových aktivít, čím v 38 rokoch ukončil svoju kariéru. Obhajca Thomas Manfredini bol tiež obvinený z účasti na škandále a bol pôvodne odsúdený na tri roky, hoci neskôr bol oslobodený. V tom istom lete Atalanta podpísala kontrakt s argentínskym útočníkom Germánom Denisom, ktorý sa stal jedným z najplodnejších brankárov klubu s 56 gólmi za štyri a pol sezóny. Na začiatku sezóny Atalanta získala 10 bodov v prvých štyroch zápasoch, zatiaľ čo spoločnosť sa snažila brániť seba a svojich hráčov pred týmito obvineniami. Atalanta získala 52 bodov pred šesťbodovým trestom, čím vytvorila nový klubový rekord pre najviac bodov v Serie A. To nasledovalo po konzistentných výkonoch počas celej sezóny (26 bodov v každom polčase) a štvrtá najlepšia obrana v lige s 43 gólmi, na rovnakej úrovni ako Bologna a Fiorentina. Klub si zabezpečil bezpečnosť v Serie A na štvrtom predposlednom zápasovom dni s domácim víťazstvom 2:0 proti Fiorentine, hoci prehral posledné tri zápasy proti Milánu, Laziu a Juventusu.