Napíšte pokračovanie pre tento odsek - Nagatomo začal svoju druhú sezónu Inter Milanu tým, že hral 62 minút v úvodnej Serie A
Zápas proti Palermu skončil porážkou 4:3. Dňa 27. septembra 2011 Nagatomo poskytol asistenciu Giampaolo Pazziniovi tým, že skóroval Alekseja Berezutskeho, predtým ako prešiel loptu cez branku počas víťazstva 3 × 2 proti CSKA Moskva v druhom zápase skupinovej fázy Ligy majstrov. Svoj prvý gól v sezóne dosiahol 10. decembra 2011 počas domácej víťazstva 2:0 proti Fiorentine v 15. zápase Serie A. O tri dni neskôr bol opäť v zápase, keď sa vrátil domov na Ricky Álvarez pri víťazstve 1:0 proti Genove. V poslednom zápase v roku 2011 proti Lecce na domácom ihrisku Nagatomo vyprodukoval výkon "človeka zápasu" tým, že poskytol dve asistencie v konečnom víťazstve 4 × 1.