Dlhodobý konflikt vyčerpal ekonomiku republiky, ktorá sa spoliehala na lukratívny obchod s Osmanskou ríšou. V šesťdesiatych rokoch 20. storočia, napriek zvýšenej pomoci od iných kresťanských národov, sa začala bojová únava. Na druhej strane Osmani, ktorí sa im podarilo udržať svoje sily na Kréte a posilniť sa pod schopným vedením rodiny Köprülü, vyslali v roku 1666 poslednú veľkú expedíciu pod priamym dohľadom veľkého vezira. Tým sa začala posledná a najkrvavejšia etapa obliehania Candie, ktorá trvala viac ako dva roky. Skončila sa vyjednávaním o kapitulácii pevnosti, ktorá zapečatila osud ostrova a ukončila vojnu víťazstvom Osmanskej ríše. V konečnej mierovej zmluve si Benátky ponechali niekoľko izolovaných ostrovných pevností pri Kréte a získali niektoré územné zisky v Dalmácii. Benátske túžby po "revanši" viedli o 15 rokov neskôr k novej vojne.
, z ktorého Benátky vyjdú víťazné. Kréta však zostávala pod kontrolou Osmanskej ríše až do roku 1897, kedy sa stala autonómnym štátom; v roku 1913 bola konečne zjednotená s Gréckom.