V sezóne 2016/17 sa Frankfurtu podarilo skončiť v strede tabuľky na 11. mieste, ako aj najmä dosiahnuť finále DFB-Pokal 2017, prvé finále klubu od roku 2006, kde Frankfurt prehral 1 <unk> 2 proti Borussii Dortmund. V sezóne 2017/18 sa Frankfurt súťažil o miesto v európskej súťaži na nasledujúcu sezónu. Kovač typicky používal formáciu 3<unk>4<unk>2<unk>1 s dôrazom na obrannú stabilitu a hru na krídle. Vzal Frankfurt do finále DFB-Pokal 2018
, druhý v rade pre klub, kde porazil svojho budúceho zamestnávateľa, Bayern Mníchov. S týmto víťazstvom viedol Kovač Frankfurt k svojej prvej trofeje od roku 1988. V 91 zápasoch získal 38 víťazstiev, 20 remízov a 33 porážok. Jeho nástupcom sa stal Adi Hütter.