Ellis sa dobrovoľne prihlásil do služby a bol prijatý do 15. pluku, 2. brigády, 4. divízie armády Tennessee, vo Freeporte, Illinois. 15. pluk sa zúčastnil akcie v pevnosti Donelson neďaleko Clarksville, Tennessee, pred akciou počas bitky pri Shiloh
- Áno. 6. apríla 1862, keď bol povýšený do hodnosti plukovníka, bol Ellis niekoľkokrát zasiahnutý nepriateľskou paľbou, ale pokračoval v riadení svojich vojakov, až kým ho trafila smrteľná guľka. Po bitke bolo jeho telo zozbierané z bojiska a jeho pozostatky boli prepravené do Rockfordu na pochovanie. Po dôkladnej pohrebe bol Ellis pochovaný na rodinnom pozemku, ktorý kúpil len pred niekoľkými rokmi po smrti jednej z jeho dcér.