Po vypuknutí vojny s Japonskom sa Allen v marci 1942 vrátil do Austrálie a v auguste sa ujal vedenia operácií proti japonskému postupu pozdĺž Kokoda Track
- Áno. Hoci bol úspešný, Allen sa napriek tomu dostal pod to, čo mnohí považujú za nespravodlivú kritiku od veliteľa spojeneckých síl v oblasti juhozápadného Tichomoria, amerického generála Douglasa MacArthura a veliteľa spojeneckých pozemných síl, austrálskeho generála sira Thomasa Blameyho, za to, že sa príliš pomaly pohyboval v prenasledovaní Japoncov cez Owen Stanley Ranges. Z veliteľstva bol oslobodený 29. októbra 1942. Následovali menšie menovania, ale v októbri 1944 Blamey odporučil, aby sa Allen stal rytierom-komandérom Radu Britského impéria, hoci Allen nebol nikdy vymenovaný.