Na začiatku občianskej vojny sa Hays vrátil do služby ako plukovník 63. pennsylvánskeho regimentu dobrovoľníckej pechoty, ktorý mal tiež hodnosť kapitána v 16. americkej pechoty v pravidelnej armáde od 14. mája 1861. Jeho muži ho poznali ako "odvážneho ako lev". Počas polostrovnej kampane bol so svojím plukom pridelený k prvej brigáde Kearnyho divízie Heintzelmanovho III. zboru. Bojoval v bitkách pri Yorktown, Williamsburg, Seven Pines,
Savageova stanica a Malvern Hill. Na konci bitky Sedem dní bol vymenovaný za podplukovníka v regulárnej armáde za statočnosť v akcii, pretože Hays viedol bajonetový útok so svojím plukom do nepriateľských línií, aby zakryl ústup svojej brigády. O mesiac neskôr bol Hays krátko chorý, trpel čiastočnou slepotou a ochrnutím ľavej ruky, zranenia, ktoré utrpel v boji.