Dokončite nasledujúcu vetu: Tak ako miestne rady mali zásadný význam pre dosiahnutie pokojného prevodu moci, najmä vo veľkých mestách, čoskoro sa stali zdrojom sporov a územného rozpadu po zvrhnutí kráľovských autorít. V Novej Granade boli elity v hlavných mestách rozdelené v súvislosti s podporou vlády v Španielsku, pričom "junty" podporovali suverenitu a iné mestá namiesto toho podporovali Ferdinanda VII. a kráľovské úrady, ktoré viedol Španielsko. Kráľovským frakciám pod velením španielskych dôstojníkov sa podarilo získať moc v mestách Santa Marta, Panamá (v tom čase ešte stále súčasťou podpredsedníctva Novej Granady), Popayán a Pasto a čoskoro sa zapojili do konfliktu proti regiónom s autonómnymi vládami. Zatiaľ čo rojalistické regióny boli vojensky slabé a často boli porazené "juntami", podarilo sa im stať zdrojom destabilizácie, ktorá udržiavala myšlienku zmierenia so Španielskom a vyčerpávala zdroje a energiu vlasteneckých vlád. Niektoré z týchto rojalistických miest sa stali základnými neskôr v
vojenskú kampaň na opätovné dobytie Novej Granady. Takéto rozdelenie preto zabránilo vytvoreniu zjednoteného štátu v Novej Granade.