V roku 1861 sa Irwin prihlásil na službu na vrtuľovej fregate. Americká občianska vojna vypukla v apríli 1861 a Irwin videl veľa akcií proti silám Konfederácie na palube "Wabash". Počas Irwinovho výletu sa "Wabash" zúčastnil na dobytí pevností Hatteras a Clark
v Hatteras Inlet, Severná Karolína, 29. augusta 1861, predtým, ako sa stala vlajkovou loďou South Atlantic Blockading Squadron, jednej z eskadrí zapojených do blokády prístavov Konfederácie. "Wabash" sa potom zúčastnil na dobytí pevnosti Fort Walker, Fort Beauregard a Port Royal Sound v Južnej Karolíne v bitke pri Port Royal 7. novembra 1861. Irwin neskôr bol veliteľom houfnic "Wabash" umiestnených na breh počas bitky pri Port Royal Ferry v Južnej Karolíne 1. januára 1862 a bol na palube "Wabash" v bitke pri Fort Pulaski na ostrove Cockspur v Gruzínsku 10. - 11. apríla 1862. 16. júla 1862 bol povýšený na poručíka.