Dokonči nasledujúcu vetu: Po vojne Mackay študoval fyziku na Univerzite v Cambridge pod vedením Ernesta Rutherforda predtým, ako sa vrátil do Austrálie a svoju starú prácu ako lektor na Univerzite v Sydney. V rokoch 1933 až 1940 bol riaditeľom Cranbrook School v Sydney. Zostal v milícii medzi vojnami a bol generálmajorom v čase, keď vypukla druhá svetová vojna. V roku 1940 bol vybraný ako veliteľ 6. divízie a viedol ju cez prvé bitky austrálskej armády vo vojne. Akékoľvek pochybnosti o jeho schopnosti čoskoro zmizli s oddanosťou divízie kampane v západnej púšti. Počas
Bitka pri Bardia v januári 1941, 6. divízia zajala opevnené mesto spolu s 36 000 talianskymi zajatcami. V bitke o Grécko sa stal jediným austrálskym generálom, ktorý čelil "Waffen-SS" v bitke. V Grécku utrpel sériu porážok, ale vojakov pod jeho velením zapôsobila jeho odvaha pod paľbou. V roku 1941 bol povolaný do Austrálie, aby slúžil ako generálny dôstojník veliaci domáce sily. 6. apríla 1942 prevzal velenie nad druhou armádou. Počas roku 1943 dvakrát velel Novej Guinejskej armáde v boji v kampani v Novej Guinei. Jeho aktívna služba skončila jeho vymenovaním za vysokého komisára v Indii v novembri 1943.