V januári 1942 sa Houghton stal druhým veliteľom 40 Commando a zúčastnil sa na neúspešnom
útok na Dieppe 19. augusta 1942. Rovnako ako väčšina jeho jednotky, bol zajatý Nemcami v fiasku. Ako vojnový väzeň bol Houghton spútaný 411 dní a zostal v zajatí po zvyšok vojny. Následne mu bol udelený vojenský kríž za jeho statočnosť v Dieppe a za jeho vytrvalosť ako vojnový väzeň.