Ukonči nasledujúcu vetu: Bola pomenovaná po tetke svojej matky z otcovej strany, cisárovnej Eleonore, ktorá bola aj jej krstnou matkou. Manželstvo Eleonorových rodičov bolo uzavreté s cieľom posilniť nároky Neverskej vetvy domu Gonzaga na vojvodstvá Mantua a Montferrat, keď by hlavná linia zanikla. Vojvoda z Neveru, vazal francúzskeho kráľovstva, musel čeliť opozícii Ferranta II. Gonzaga, vojvodu z Guastalla, ktorý sa spočíval na podpore Svätej rímskej ríše, Španielskeho kráľovstva a vojvodstva Savojskej, a tak začal
Vojna o mantovské dedičstvo, počas ktorej dieťa Eleonora s rodičmi a starším bratom Karlom opustili Mantuu, ale vrátili sa o rok neskôr po podpise Cheraskovej zmluvy (19 júna 1631), podľa ktorej boli uznané práva vojvodu Karla z Neveru nad vojvodstvami Mantua (ako najbližší mužský príbuzný vyhynutej hlavnej línie domu Gonzaga) a Montferrat (vzhľadom na manželstvo jeho dediča s Mariou Gonzaga, posledným žijúcim potomkom hlavnej línie Gonzaga a dedičkou tohto vojvodstva, ktoré bolo preukázateľne dedičné ženami, pretože Gonzagovia ho získali manželstvom s Margherita Paleologa v roku 1540); avšak o mesiac neskôr (30 augusta 1631) Eleonorin otec zomrel na tuberkulózu a začala sa séria politických konfliktov medzi vojvodom Karlom z Neveru a jej svokra, ktorý skončil vylúčením dcéry Marguerete (Marie) z Mantuy.