Keď bol Vladislavov jediný syn Ludvík zabitý v bitke pri Moháči v roku 1526 a ukončil vládu dynastie Jagiellonovcov v Čechách, zjazd českých šľachticov zvolil jeho švagra, habsburského arcivojvodu Ferdinanda I. z Rakúska, za nového kráľa českej koruny. Spolu s arcivojvodstvom Rakúsko a maďarským kráľovstvom vytvorili habsburskú monarchiu, ktorá v nasledujúcich storočiach vyrástla zo Svätej rímskej ríše do samostatnej európskej moci. Pokusy českých protestantských reformátorských sídel vybudovať autonómnu konfederáciu boli zničené v bitke o Biele hory v roku 1620
, po ktorej bola správa centralizovaná vo Viedni. Okrem toho Habsburgovci stratili Lusatias voliteľstvu Saska po tridsaťročnej vojne v Pražskom mieri z roku 1635, a tiež väčšinu Slezska s Kladskom do Kráľovstva Pruska po prvej silezskej vojne v roku 1742 v Breslavskej zmluve.