V decembri 1944, keď kombinované filipínske a americké sily pokračovali vo svojom pokroku na oslobodenie Filipín od japonských síl, vláda druhej filipínskej republiky, ktorá zahŕňala Aquina, bola presunutá do Baguio. Následne bola prepravená do Japonska, kde spolu s ďalšími úradníkmi boli jej členovia zatknutí a uväznení vo väzení Sugamo, keď sa Japonci vzdali.
- Áno. Dňa 25. augusta 1946 bol Aquino letecky prevezený späť na Filipíny na súd pre obvinenia z vlastizrady, ktoré mu postavil ľudový súd; o niekoľko týždňov neskôr bol prepustený na kauciu.