Dokonči nasledujúcu vetu: Keď vypukla občianska vojna, Kirkland bol najprv vymenovaný za kapitána v armáde Konfederácie a potom zvolený za plukovníka 11. dobrovoľníkov Severnej Karolíny, neskôr označených za 21. severnú Karolínu, v júni 1861. Velel svojmu pluku v Prvom Manassase ako súčasť brigády brigádneho generála Milledge Bonhama, ale nebol významne zapojený. V októbri bol 21. Severná Karolína pridelená k brigáde Isaaca Trimbla a nasledujúcu jar sa zúčastnil Stonewall Jacksonovej kampane v údolí Shenandoah. Kirkland bol postrelený do oboch stehien počas
Prvá bitka u Winchesteru, ktorá ho vylúčila z akcie na niekoľko mesiacov. Počas zotavenia bol Kirkland šéfom štábu Patricka Cleburna počas kampane v Murfreesboro v decembri 1862.