Dokonči nasledujúcu vetu: Keď v roku 1861 začala občianska vojna v Amerike, Jones sa dobrovoľne prihlásil do armády Únie. Dňa 3. októbra bol zvolený za kapitána 53. pluku pešiakov v Ohiu a ako taký sa zúčastnil bitky pri Shiloh a obliehania Korintu. Dňa 2. mája 1862 sa Jones stal plukovníkom 53. Ohio a jeho veliacim dôstojníkom. Vedel svoj regiment počas obliehania Vicksburgu a v bitke pri Missionary Ridge, obe v roku 1863. Jones sa zúčastnil ďalších akcií počas Atlanta Campaign v roku 1864, bojoval v Resaca, Dallas, Kennesaw Mountain a
- Atlanta. V auguste bol Jones vymenovaný za veliteľa brigády, keď bol jeho nadriadený dôstojník, brigádny generál Joseph A. J. Lightburn zranený a vzdal sa velenia po zvyšok vojny. Plukovník Jones teraz viedol 2. brigádu v 2. divízii 15. zboru Williama B. Hazena v Jonesboro. Prvá brigáda tejto divízie bola vedená ďalším "plukovníkom Jonesom", Theodoreom Jonesom z 30. Ohio. Wells Jones sa zúčastnil na pochod do mora v roku 1864 a bol zranený počas operácií okolo Fort McAllister v Gruzínsku 13. decembra.