Keď v roku 1861 začala občianska vojna, Corput vstúpil do armády Konfederácie. Bol poverený ako tretí poručík (1861) v batérii "Cherokee Artillery"; jednotka naverbovaná z Floydových a Cherokee County. Niekoľko jeho príbuzných sa tiež pridalo k jednotke, jeho brat Felix bol štvrťmistr seržant. Jednotka sa vzdala počas obliehania Vicksburgu, ale po ňom sa rýchlo vrátila na pole. V roku 1864 bol Corput povýšený na kapitána a velil batériu. V bitke pri Resaca
Jeho štyri 12-librové Napoleony boli zajaté. Samotný Corput sa stal vojnovým zajatcom 12. apríla 1865 v Salisbury v Severnej Karolíne. Bol držaný ako väzeň v tábore Chase v Ohiu, až kým nebol prepustený v októbri.