Pettus slúžil na západnom divadle americkej občianskej vojny. Počas kampane na rieke Stones ho 29. decembra 1862 zajali vojaci Únie a krátko na to ho vymenili za vojakov Únie. Pettus bol znovu zajatý 1. mája 1863, zatiaľ čo časť kapitulovanej posádky brániacej Port Gibson
v Mississippi. Podarilo sa mu utiecť a vrátiť sa k svojim vlastným líniám. Pettus bol povýšený na plukovníka 28. mája a dostal velenie nad 20. alabamskou jednotkou.