Napíšte pokračovanie tohto odseku - Po smrti Batoryho v roku 1586 Zamoyski pomohol Sigismundovi III. Vase získať poľský trón, bojoval v krátkej občianskej vojne proti silám podporujúcim habsburského arcivévodu Maximiliana III. Rakúska. Podporujúci tábor Sigismunda sa zhromaždil okolo Zamojského, zatiaľ čo Maximilian bol podporovaný rodinou Zborowskich. Zamoyski bránil Krakov a porazil vojakov Maximiliana v bitke pri Byčine
V roku 1588. V tejto bitke, ktorú Sławomir Leśniewski opisuje ako "jeden z najdôležitejších v poľskej histórii a najdôležitejší v Zamojskovej vojenskej kariére", bol Maximilián zajatý a v výslednej zmluve z Bytomu a Będzina z roku 1589 sa musel vzdať všetkých nárokov na poľskú korunu. Neskôr v tom istom roku Zamoyski navrhol reformu kráľovských volieb, ktorá sa nepodarilo schváliť Sejmom. Zamoyski predniesol tomuto Sejmu návrh, že v prípade, že súčasný kráľ zomrie bez potomkov, nikto okrem kandidáta nejakého slovanského pôvodu by odteraz nemal byť oprávnený na poľský trón. Bol to projekt, ktorý mohol dokonca predstaviť možnosť nejakého spojenia medzi katolíckym Poľskom, pravoslávnym Moskovskom a poloprotestantským Čechom. V skutočnosti to bol zvrátený a nemotorný proti-návrh proti pro-habsburskej politike.