V septembri 1939 vypukla vojna a Möller vstúpil do armády.
- Áno. V tom roku Nirrnheim zomrel pár dní po osemdesiatych narodeninách a Möller sa vrátil z vojny do Hamburgu, kde pokračoval vo svojich povinnostiach ako v Hamburskom historickom združení, tak aj ako vedúci člen manažérskeho tímu v mestských archívoch. V roku 1948 bol vymenovaný za riaditeľa (vedúceho) Vstúpil do úradu 1. januára 1948, ale začiatkom februára 1948 bol poslaný na dovolenku, pretože čelil vyhliadke na prepustenie.