Haller bojoval proti Seminole Indiánom na Floride v roku 1840-1841 a neskôr slúžil s výnimočnosťou v Monterrey,
Veracruz, a ďalšie bitky počas mexiko-americkej vojny, ako dôstojník v rovnakom pluke ako Ulysses S. Grant. Vyznamenal sa v bitke pri Churubuscu, kde sa podieľal na útoku na Molino del Rey. V roku 1852 ho armáda povýšila na majora a v roku 1853 ho presunula do Washingtonského teritória, umiestneného vo Fort Dalles v Oregone s jednotkami 4. amerického pešiaka. Zúčastnil sa severozápadných indiánskych vojen v rokoch 1855-56 a hraničnej krízy medzi Spojenými štátmi a Veľkou Britániou v roku 1859.