Vyplňte túto vetu: Po vypuknutí vojny s Japonskom sa Allen v marci 1942 vrátil do Austrálie a v auguste sa ujal vedenia operácií proti
Japonci postupujú pozdĺž Kokoda Track. Hoci bol úspešný, Allen sa napriek tomu dostal pod to, čo mnohí považujú za nespravodlivú kritiku od veliteľa spojeneckých síl v oblasti juhozápadného Tichomoria, amerického generála Douglasa MacArthura a veliteľa spojeneckých pozemných síl, austrálskeho generála sira Thomasa Blameyho, za to, že sa príliš pomaly pohyboval v prenasledovaní Japoncov cez Owen Stanley Ranges. Z veliteľstva bol oslobodený 29. októbra 1942. Následovali menšie menovania, ale v októbri 1944 Blamey odporučil, aby sa Allen stal rytierom-komandérom Radu Britského impéria, hoci Allen nebol nikdy vymenovaný.