Dokonči nasledujúcu vetu: Po vypuknutí občianskej vojny v roku 1861, von Vegesack odišiel do Spojených štátov a pripojil sa k armáde Únie. Stal sa kapitánom 58-tej pešice v Ohiu. V tom istom roku bol povýšený na majora v štábe generála Johna E. Woola. Najprv slúžil vo Fort Monroe. Ako adjutant Joseph K. Mansfielda sa zúčastnil delostreleckého bombardovania Newportu News. V roku 1862 odstúpil, ale potom sa pridal k generálmajorovi Georgeovi B. McClellanovi pri jeho obliehaní Yorktownu. Ako ADC v Butterfielde sa zúčastnil bitky pri Hanover Court House, Seven Pines a Fair Oaks. Bol v bitke pri Mechanicsville, Gaines Mill,
Savageova stanica a Malvern Hill. Vegesack bol vymenovaný za plukovníka 20. newyorského pluku pechoty, nemeckého "Turnerovho" pluku. Dostal velenie nad 3. brigádou v divízii generála Williama Farrara Smitha zo 6. armádneho zboru. Zúčastnil sa druhej bitky pri Bull Rune. Zachytil výšiny za Jeffersonom, Maryland. Ukázal odvahu pri Antietame. Vegesack bol v bitke pri Fredericksburgu. V máji 1863 bol regiment Vegesacka súčasťou ľavého krídla Josepha Hookera v bitke pri Chancellorsville.