V roku 1616 sa tajne oženil s Camillou Faà di Bruno, s ktorou sa v tom istom roku rozviedol. Ich syn Francesco Giacinto Teodoro Giovanni Gonzaga, hoci bol prijatý na dvore, nebol Ferdinandovým dedičom. Zomrel na mor počas obliehania Mantuy v roku 1630.
- Áno. Dňa 16. februára 1617 sa oženil s Katarínou de' Medici (1593-1629), dcérou Ferdinanda I., veľkovojvodu toskánskeho.