Dokončite nasledujúcu vetu: V polovici novembra sa loď vrátila do Japonska na opravu. Nedostatok paliva a materiálov znamenal, že sa nemohla vrátiť do služby a bola premenená na plávajúcu protilietadlovú batériu. Jej fúka a hlavný stožár boli odstránené, aby sa zlepšili ohnivé oblúky jej AA kanónov, ktoré boli zvýšené o dva nosníky typu 89 a deväť trojnásobných 25 mm nosníkov. Jej predné sekundárne zbrane boli odstránené ako kompenzácia. Na móle bol inštalovaný kotol na uhoľné spaľovanie pre účely vykurovania a varenia a na parné a elektrické napájanie bol vedľa neho ukotvený prepracovaný ponorný čln; jej protilietadlové delá nemali plný výkon a boli iba čiastočne funkčné. Dňa 20. apríla bola "Nagato" znížená na rezervu. V júni 1945 boli všetky jej sekundárne delá a asi polovica jej protilietadlových zbraní presunutá na pevninu spolu s jej diaľkomerom a reflektormi. Jej posádka sa preto znížila na menej ako 1000 dôstojníkov a vojakov. Dňa 18. júla 1945 bola ťažko maskovaná loď napadnutá stíhacími bombardérmi a torpédovými bombardérmi. "Nagato" zasiahli dve bomby a raketa, ktorá zabila 35 mužov a poškodila štyri 25 mm kanóny. Dňa 30. augusta, niekoľko dní pred
Oficiálne kapitulovali, americkí námorníci prevzali kontrolu nad loďou.