Vyplňte nasledujúcu vetu: Cooper bol 26. marca 1863 poverený ako podplukovník 4. kavalérie Kentucky a stal sa jej plukovníkom v apríli; po rezignácii plukovníka Baylesa. Dňa 4. júna 1863 bol Cooper zranený, keď na neho spadol kôň v Franklin, Tennessee. Velil pluku v bitke pri Chickamauga v septembri 1864. Cooper sa vrátil do Lexingtonu v Kentucky v roku 1864 na chorobnú dovolenku. Potom Cooper viedol miestne sily proti útočníkom Johna Hunta Morgana. Odmietol Morganove požiadavky na kapituláciu Lexingtonu 9. júna 1864 a odvrátil svoje jednotky. V apríli 1865 velil základňu v Montgomery v Alabame a v máji a júli 1865 základňu v Albany v Gruzínsku. Slávne bol odvedený 21. augusta 1865 v Macon, Georgia. Získal bojové vyznamenania za svoju službu v Shiloh, Corinth, Richmond, Chickamauga, Morganov útok do Kentucky, bitku pri Resaca a za Wilsonov útok na Montgomery. Bol povýšený na podplukovníka a plukovníka v regulárnej armáde 2. marca 1867 za galantné a záslužné služby pri
Bitka pri Resaca v Gruzínsku a zachytenie Montgomery v Alabame.