V roku 1949 Rada židovskej komunity v Prahe zostatku židovskej komunity v českých krajinách odovzdala kontrolu nad múzeom komunistickému režimu. Dňa 4. apríla 1950 bolo premenované na Štátne židovské múzeum, kultúrnu inštitúciu rozloženú na šiestich synagógach, obradnej sále a cintoríne, založenú ako "pamätník, historická agentúra a výskumný inštitút". Komunisti potláčali judaizmus, zakazovali kontakty so zahraničnými výskumníkmi a jediné výstavy, ktoré boli povolené, boli výtvory detí z Terezína. Po sovietskej invázii v roku 1968
, malo málo nových výstav. Hoci bolo múzeum najväčšou turistickou atrakciou v Československu, ktorá každoročne priťahovala 700.000 návštevníkov, zbierku judaiky poznali len odborníci v tejto oblasti.