V roku 1940 začali neutrálne Spojené štáty, obávajúc sa hrozby z Japonskej ríše počas druhej svetovej vojny, opevňovať Dutch Harbor, čo viedlo k výstavbe námornej operačnej základne Dutch Harbor a Fort Mears, ktorá bola dokončená do septembra 1941, tri mesiace pred prekvapivým útokom na Pearl Harbor, ktorý spôsobil vstup USA do vojny. 3. júna 1942 bolo mesto napadnuté japonskými leteckými silami v bitke o Dutch Harbor
, časť Aleutských ostrovov kampane. Po útoku a japonskej okupácii ostrovov Kiska a Attu boli takmer všetci pôvodní obyvatelia ostrova Amaknak evakuovaní. Mnohí boli počas vojny držaní v ťažkých podmienkach v táboroch na juhovýchode Aljašky; značný počet internovaných zomrel počas väzenia.