V júni 1945 bol Jones povýšený na dočasného kapitána RNR a pridelený k velení juhovýchodnej Ázie pod admirálom Mountbattenom. Bol vymenovaný za divízneho námorného dopravného dôstojníka Holandskej Východnej Indie so sídlom na Jave v Batavii. Vojna v Ázii skončila v auguste 1945 kapituláciou Japonska.
ale stále boli povinní postarať sa o prepravu vojakov a zásob, ako aj o prepravu civilných a vojenských vojnových zajatcov z japonských táborov.