Nevyhlásený, ale dôležitý, hlavný dôvod Schlesingerovho prepustenia bol jeho neposlušnosť voči prezidentovi Fordovi. Počas incidentu "Mayaguez"
Ford nariadil niekoľko odvetných útokov proti Kambodži. Schlesinger povedal Fordovi, že prvý útok bol vykonaný, ale Ford sa neskôr dozvedel, že Schlesinger, ktorý nesúhlasil s príkazom, nemal žiadny z nich vykonaný. Podľa knihy Boba Woodwarda "Shadow" z roku 1999 Ford incident nechal prejsť, ale keď sa Schlesinger dopustil ďalšej neposlušnosti v iných záležitostiach, Ford ho nakoniec vyhodil. Woodward poznamenáva: "Spojené štáty práve prvýkrát prehrali vojnu... To, že sa prezident a minister obrany nemohli dohodnúť na tom, kto je za to zodpovedný, bolo hrozné... [Toto] nezverejnené zrútenie vojenského reťazca velenia bolo... možno najvýznamnejším škandálom Fordovho prezidentstva". Schlesinger tiež neposlúchol Forda, keď mu bolo povedané, aby poslal čo najviac vojenských lietadiel na evakuáciu Južného Vietnamu. Schlesinger s tým nesúhlasil a lietadlo neposlal. Woodward hovorí, že zvolený prezident, ktorým Ford nebol, by nikdy netoleroval neposlušnosť.