Napíšte pokračovanie tohto odseku - Hamšík začal v roku 2012 Supercoppa Italiana
, ktorá sa konala v Pekingu 11. augusta; Napoli však porazil Juventus 4 × 2 v predĺženom čase. Neskôr v tom istom mesiaci, v prvom ligovom zápase Napoli v sezóne 2012/13 v Serie A, Hamšík zaznamenal prvý gól klubu a asistoval na streiku Christiana Maggia v konečnej porážke Palerma 3: 0. Chýbajúci hlavný strelec Edinson Cavani v zápase klubu proti Chievo 28. októbra 2012 Hamšík sa pripojil na krížku Juana Camilo Zúñigu, aby dal Napolu víťazstvo o 1:0. Dňa 6. januára 2013 sa zúčastnil svojho 200. zápasu v sérii A v domácom víťazstve 4-1 nad Romou. V predposlednom zápase sezóny v Serie A Hamšík získal prechod od Gorana Pandeva a v 93. minúte odpálil loptu domov, čím zachránil víťazstvo nad Sienou o 2:1 a potvrdil miesto klubu v skupinovej fáze Ligy majstrov, zatiaľ čo odsúdil Sienu na zostup. Slovák sa počas sezóny 2012/13 zúčastnil na každom zápase v Serie A za Napoli, poskytol 11 gólov a 14 asistencií, keď "Partenopei" skončili na druhom mieste za vládnucim majstrom Juventusom, v sezóne, ktorá sa ukázala ako posledná pre manažéra Waltera Mazzarriho v klube, keď sa neskôr v lete stal trénerom Internazionale.