Počas druhej svetovej vojny slúžil ako rezident-general v Maroku a vrchný veliteľ vo francúzskej Severnej Afrike. Noguès bol zdesený správou, že francúzska vláda sa usiluje o prímerie.
s Nemeckom. Dňa 17. júna 1940 telegrafoval do Bordeaux, kde sa vtedy nachádzala vláda: "Celá Severná Afrika je zdesená. Vojska prosí, aby pokračovali v boji, ak vláda nemá námietky. Som pripravený prevziať zodpovednosť za tento postoj so všetkými rizikami, ktoré to so sebou prináša, t. j. požiadať o náznak, aby som pokračoval v boji. Avšak neschválil výzvu generála Charlesa de Gaulla z Londýna 18. júna, aby pokračoval v boji, pričom britskému styčnému dôstojníku povedal, že si myslí, že postoj de Gaulla je "neslušný" a zakazuje severoafrickému tisku uverejňovať výzvu de Gaulla.