Po Fort Donelson bol 41. Illinois pridelený k 1. brigáde v 4. divízii armády Tennessee Stephena A. Hurlbuta. Krátko po začatí bojov na
V bitke pri Shiloh bol veliteľ 1. brigády plukovník Nelson G. Williams ťažko zranený a velenie brigády bolo odovzdané Pughovi. Plukovník Pugh šikovne viedol brigádu počas dvoch dní bojov v Shiloh v blízkosti "Krvavého rybníka".