Cena urobil prekvapivý návrat ako posledný účastník Royal Rumble zápasu, vyhral ho, a tradičné WrestleMania XXIV titul strela, tým, že posledný eliminovať Triple H. Namiesto čakania až WrestleMania, titul strela bola vyplatená proti potom WWE šampión Randy Orton na 2008 je No Way Out v zápase Cena vyhral diskvalifikáciou, a preto, nie je udelený majstrovstvo. Nasledujúci večer na "Raw" bol Cena umiestnený späť do zápasu WWE Championship v WrestleManii, kde porazil Ortona v ne-titulovom zápase s Triple H ako špeciálnym hosťujúcim rozhodcom, čím sa stal trojitým hrozbou medzi tromi mužmi, počas ktorého bol Orton pripnutý. Na Backlashovi sa Cena nepodarilo získať späť titul v smrteľnom štvorcestnom eliminačnom zápase, v ktorom bol eliminovaný Ortonom. Počas tohto zápasu Cena eliminoval JBL, obnovil ich spor z roku 2005. Cena porazil JBL v Judgment Day
a potom na One Night Stand v prvom krvavom zápase. Cena sa tiež nepodarilo získať späť WWE Championship od Triple H v Night of Champions. Neskôr, JBL porazil Cenu v New York City Parking Lot Brawl na Veľkom americkom Bash v júli ukončiť spor. V epizóde "Raw" zo 4. augusta sa Cena stal po druhýkrát svetovým šampiónom v tag tímoch. Spolupracoval s Batistom, aby porazil Codyho Rhodesa a Teda DiBiaseho, ale v nasledujúcom týždni sa mu nepodarilo udržať si titul proti bývalým šampiónom. Cena prehral Batiste na SummerSlam. Krátko potom bol Cena označený za jedného zo štyroch uchádzačov o CM Punk's World Heavyweight Championship v zápase Championship Scramble v Unforgiven, ale bol nahradený Rey Mysterio po utrpení herniated disk v krku v jeho zápase na SummerSlam, ktorý vyžadoval operáciu. Cena podstúpil úspešnú operáciu na opravu zranenia.