Napíšte pokračovanie tohto odseku - 15. augusta 1945 Japonci kapitulovali
Spojeným silám. O dva dni neskôr bolo vyhlásené vyhlásenie nezávislosti Indonézie. Maluku bolo vyhlásené za jednu z provincií Indonézskej republiky. Vytvorenie a postavenie Maluku v tom čase sa však muselo uskutočniť v Jakarte, pretože hneď ako sa Japonci vzdali, Civilná správa Holandskej Indie (NICA) okamžite vstúpila na Maluku, aby prevzala kontrolu. Holandsko kontrolovalo Maluku až do roku 1949, kedy v dohodách holandsko-indonézskej konferencie okrúhleho stola Holanďania uznali suverenitu Indonézie. Holanďania čoskoro opustili Maluku. Kvôli hlbokej nedôvere voči indonézskemu vedeniu, ktoré bolo prevažne javanským moslimom, bola v roku 1951 v Ambone vyhlásená nezávislá Republika južných Molukov (indonézsky: RMS, Republik Maluku Selatan), podporovaná Holandskom. RMS mala silnú podporu medzi bývalými koloniálnymi vojakmi z Molukov. V dôsledku toho indonézske sily napadli Maluku, aby rozdrvili separatistov. Hlavná pevnosť rebelskej skupiny RMS na Ambone bola v novembri 1950 porazená indonézskymi silami, zatiaľ čo menší guerillový boj pokračoval na ostrove Seram až do roku 1962. Porážka na Ambone však viedla k úteku samozvané vlády RMS z ostrovov a vytvoreniu vlády v exile v Holandsku. Nasledujúci rok asi 12.000 molukských vojakov spolu s ich rodinami odišlo do Holandska, kde založili vládu v exile "Republiku južných Moluk".