Henry pokračoval vo vojne s Francúzskom, ale bol sužovaný finančnými problémami, klesajúcim zdravím a častými povstaniami. Škótska invázia bola porazená v bitke pri Homildon Hill
, ale vyústilo to v dlhú vojnu s Henrym Percym, 1. grófom z Northumberlandu, za severné Anglicko, ktorá bola vyriešená až s takmer úplným zničením rodiny Percyho v bitke pri Bramham Moor. V Walese bola rozšírená povstanie Owain Glyndŵr potlačená až v roku 1408. Mnohí to považovali za trest od Boha, keď neskôr bol Henry postihnutý malomocenstvom a epilepsiou.