V nasledujúcich šiestich rokoch bol Bogdanov hlavnou postavou medzi ranými bolševikmi, druhým len po Vladimíre Leninovi v vplyve. V rokoch 1904-1906 vydal tri zväzky filozofickej práce "Empiriomonizm" ("Empiriomonizmus"), v ktorej sa snažil spojiť marxizmus s filozofiou Ernsta Macha, Wilhelma Ostwalda a Richarda Avenariusa. Jeho práca neskôr ovplyvnila mnohých ruských marxistických teoretikov vrátane Nikolaja Bucharina. V roku 1907 pomohol zorganizovať bankovú lúpež v Tiflis.
s Leninom a Leonidom Krasinom.