V roku 1863 bojoval nový regiment v bitke pri Grand Golfe.
, bitka pri Champion Hill, bitka pri moste Big Black River a obliehanie Vicksburgu, kde bol regiment zajatý ako súčasť kapitulácie Konfederácie. Muži z pluku potom podstúpili výmenu zajatcov a opäť sa pripojili k armáde Konfederácie, stále pod označením 1. a 4. Missouriho pešiakovského pluku (zjednočený). V roku 1864 bol pluk zapojený do bitky pri kostole Novej nádeje, bitky pri Kennesaw Mountain, obliehania Atlanty, bitky pri Allatoone a bitky pri Frankline. Dňa 9. mája 1865, v blízkosti konca vojny, sa 1. a 4. Missouri Infanterie (Consolidated) vzdali v bitke pri pevnosti Blakely, čím ukončili existenciu jednotky.