Passage: Doom 3 sa odohráva v roku 2145. Veľkú časť príbehu a dialógu hry vytvoril autor Matthew J. Costello. Podľa pozadia hry sa spoločnosť Union Aerospace Corporation (UAC) stala najväčším existujúcim podnikom a zriadila výskumné zariadenie na Marse. Na tejto základni je UAC schopná vykonávať výskum v niekoľkých vedeckých oblastiach vrátane vývoja pokročilých zbraní, biologického výskumu, prieskumu vesmíru a teleportácie. Na Marse môže UAC vykonávať svoje operácie mimo právnych a morálnych hraníc.
Matthew J. Costello