Dokonči nasledujúcu vetu: Narodený a vychovaný v San Diegu v Kalifornii, Prior si na strednej škole vybral Toma Housea za svojho učiteľa nadhazujúceho. Kariéra na University of Southern California, kde získal ocenenie Golden Spikes Award, ho priviedla k tomu, že sa stal jedným z najlepších vyhliadok v MLB drafte v roku 2001, keď bol druhým celkovým výberom Cubs. V menších ligách sa pred debutom v roku 2002 zúčastnil iba šiestich zápasov. V roku 2003 skončil na treťom mieste v hlasovaní o Cy Young Award v Národnej lige (NL), pričom sa umiestnil medzi lídrami s 18 víťazstvami, priemerom 2,43 vyhradených behov (ERA) a 245 strikeoutov. Pomohol Cubs vyhrať titul NL Central, prekonal Grega Madduxa v NL Division Series a vyhral druhý zápas NL Championship Series, ale bol na kopci v šiestom zápase, keď
Steve Bartman zabránil Moisés Alouovi chytiť loptu z faulu (Bartman bol jedným z niekoľkých fanúšikov, ktorí sa pokúsili chytiť loptu z faulu, ktorá bola jasne na tribúne).