Na Majstrovstvách sveta vo vodných športoch v Perte v roku 1998 sa Wouda stal svetovým šampiónom v individuálnej medley na 200 m a získal dve strieborné medaily v individuálnej medley na 400 m a v štafete 4 × 200 m voľným štýlom spolu s Van den Hoogenband, Van der Zijden a Zuijdweg. V apríli 1999 na Majstrovstvách sveta vo plávaní (25 m) v Hongkongu získala China Wouda štyri medaily. Stal sa svetovým šampiónom v voľnom štýle 4 × 200 m spolu s Pieterom van den Hoogenbandom, Johanom Kenkhuisem a Martijnom Zuijdwegom. Získal strieborné medaily v 400 m individuálnej medley a 4 × 100 m voľným štýlom spolu s Markom Veensom, Johanom Kenkhuisom a Pieterom van den Hoogenbandom, v 200 m individuálnej medley získal bronzovú medailu. V lete 1999 sa Wouda zúčastnila na Majstrovstvách Európy v vodných športoch v roku 1999.
v Istanbule, Turecko. Úspešne obhajoval svoj titul na 200 m v individuálnej medley a vyhral štafetu v 4×100 m voľnom štýle s Kenkhuisom, Veensom a van den Hoogenbandom a 4×100 m v medley s Klaasom-Erikom Zweringom, Stefanom Aartsenom a van den Hoogenbandom. Získal aj bronzovú medailu v individuálnej medley na 400 metrov.