Napíšte pokračovanie pre tento odsek - 1. mája, pluk bojoval v bitke pri prístave Gibson
, kde spolu s 3. Missouri pešným plukom zaútočili na líniu Únie v snahe obrátiť nepriateľské odhalené krídlo. Avšak oba pluky zmeškali zasiahnuť líniu Únie na boku a namiesto toho zasiahli oblasť s väčšou podporou. Po ťažkých bojoch boli oba pluky nútené ustúpiť. 16. mája sa pluk pridal k veľkému útoku v bitke pri Champion Hill. Útok Konfederácie na Champion Hill zajal dve dôležité prvky bojového poľa, ale posily Únie a nedostatok munície prinútili mužov ustúpiť. Po porážke v bitke pri moste nad Veľkou čiernou riekou 17. mája vstúpil pluk do obrany Vicksburgu v Mississippi. Počas obliehania Vicksburgu pomohol pluk odraziť útoky Únie 19. a 22. mája. Dňa 25. júna a 1. júla, pluk odporoval pokusom Únie preraziť línie Konfederácie detonáciou čierneho prachu pod obrannými stavbami Konfederácie. Konfederátna posádka vo Vicksburgu sa vzdala 4. júla a muži z 5. Missouriho pešiakov boli prepustení na podmienku. Po výmene bol 5. missourijský regiment zlúčený s 3. missourijským regimentom a vytvoril 3. a 5. missourijský regiment (zlúčený). 5. missourijský regiment prestal existovať ako samostatná jednotka.