Dlhá vojna proti Benátkam a ničivý dopad Čiernej smrti výrazne znížili silu janovského námorníctva. Vznik väčších národných štátov tiež oslabil schopnosť relatívne malého mestského štátu vojensky konkurovať. Genova (s francúzskou podporou) začala krížovú výpravu
proti Tunisku v roku 1390, s úmyslom chrániť genovské obchodné kolónie pred moslimskými pirátmi. Počas vojny Genovské námorníctvo poskytlo lode, zatiaľ čo francúzski rytieri obkľúčili pevnosť Mahdi. Vojna bola úspechom kresťanských síl, ale tiež viedla k tomu, že Francúzi získali politický vplyv v Janove, ktorá bola pod tlakom, aby sa v roku 1396 vyhlásila za francúzske panstvo. Ženovské námorníctvo sa dostalo pod francúzsku kontrolu a 7. októbra 1403 bolo rozhodne porazené Benátkami v bitke pri Modone po tom, ako ženovská flotila napadla benátske obchodné kolónie. Republika získala nezávislosť od Francúzska v roku 1409, ale prestíž armády bol vážne poškodený a mesto zostalo žiadaným politickým dobytím pre Francúzsko aj Aragón. V roku 1435 bola na žiadosť Milána vyslaná genovská flotila do mesta Gaeta, ktoré bolo obkľúčené Aragónom. V tom čase sa vojvoda z Milána a kráľ z Aragónu hádali o to, kto bude ovládať kráľovstvo Sicílie. Genovská flotila dorazila do Gaety a porazila početne nadradenú aragónsku flotilu v bitke pri Ponze. Aragónska vlajková loď bola nútená vzdať sa a kráľ Alfonso V. bol zajatý. Napriek tomuto neúspechu Aragón prevládol v konflikte a Sicília sa dostala pod aragonskú kontrolu, čo sťažovalo prechod cez Messinský prieliv a ďalej narušilo genovské námorné aktivity.