Vyplňte nasledujúcu vetu: 4. marca 2017 Aubameyang prešiel 20 gólmi v Bundeslige po druhú sezónu za sebou s dvoma gólmi v porážke Bayer Leverkusen 6 × 2. O štyri dni neskôr zaznamenal hat-trick v víťazstve 4:0 nad Benficou, čím Dortmund dostal do štvrťfinále Ligy majstrov. Dňa 20. mája Aubameyang strelil dva góly v poslednom zápase proti Werderu Bremen, čím skončil sezónu ako najlepší strelec Bundesligy s 31 gólmi. V
V finále DFB-Pokal 2016/17 27. mája 2017 strelil víťazný gól, penalty, keď Dortmund porazil Eintracht Frankfurt 2:1.