Malajské námorníctvo bolo znovu aktivované 24. decembra 1948 pri vypuknutí malajského núdzového stavu.
, komunisticky inšpirovaná povstalecká vojna proti britskej koloniálnej vláde. Malajské námorné sily (MNF) boli vydané 4. marca 1949 koloniálnymi úradmi a boli založené na bývalom rádiu Royal Air Force v Woodlands v Singapure. Základňa sa nazývala "MNF Barracks", ale neskôr bola premenovaná na HMS "Malaya". Kráľovská námorná dobrovoľnícka rezervácia (RNVR) bola rekonštituovaná ako spoločná jednotka pozostávajúca zo singapurskej divízie a federálnej divízie nariadením prijatým v Singapure v roku 1952. Hlavným poslaním malajských námorných síl (MNF) boli pobrežné hliadky, aby zastavili komunistov, ktorí dostávali zásoby z mora. Okrem toho mala jednotka za úlohu strážiť prístupy do Singapuru a ďalších prístavov. MNF bola vybavená HMS "Test", ktorá sa používala ako výcviková loď. Do roku 1950 sa flotila MNF rozšírila o bývalú japonskú minovú loď HMS "Laburnum", Landing Craft Tank (LCT) HMS "Pelandok" ("Mousedeer"), motorové rybárske plavidlo HMS "Panglima" ("Marshal"), torpédové záchranné plavidlo HMS "Simbang" a niekoľko motorových štartov obranných lodí (SDML). V auguste 1952 kráľovná Alžbeta II. udelila titul "Kráľovské malajské námorníctvo" malajským námorným silám v uznaní ich vynikajúcej služby v akcii počas malajskej núdze.