V lete 1981 sa 28-ročný Filipović pripojil k portugalskému šampiónovi S.L. Benficovi, kde v nasledujúcich troch sezónach zabodoval 28 gólov v 54 ligových zápasoch. Zoran Filipović tiež viedol klub Benfica k
1983 UEFA Cup Final proti R.S.C. Anderlecht, bol najlepším strelecom súťaže v tejto sezóne a zaznamenal pamätné góly pre Portugalcov v štvrťfinále proti AS Roma a v semifinále proti Universitatea Craiova.