Phelps slúžil na "Bonite" a "Jamestowne" počas mexiko-americkej vojny, poskytoval námornú podporu armáde Winfielda Scotta počas
Obleženie Veracruzu. Väčšinu svojho času strávil tiež hliadkovaním mexického pobrežia pri blokáde. Za krátky čas mal Phelps už silné názory na to, ako by sa mala viesť vojna, a bol nespokojný s tým, že námorníctvo poskytovalo veľkú časť svojej služby na ochranu obchodných lodí, zatiaľ čo námorníci prišli s skorbutom kvôli nedostatku zásob.