S vypuknutím občianskej vojny bol Brooks menovaný brigádnym generálom dobrovoľníkov v septembri 1861. Velel 2. brigáde, 2. divízii IV. zboru v kampani na polostrove a 2. brigáde, 2. divízii VI. zboru v bitke Sedem dní, kde bol zranený v bitke pri Savage Station.
- Áno. Po zotavení sa vrátil do velenia svojej brigády v kampani v Marylande a viedol svojich mužov do Crampton's Gap, kde zajali vojenskú vlajku Konfederácie, ktorá patrila 16. vojenskému pluku vo Virgínii. V bitke pri Antietame bola Brooksova brigáda väčšinou v rezerve, aj keď bola 48 hodín pod "zápalnou paľbou z delostrelectva aj ostreľovačov".