Jeho vymenovanie za veliteľa 6. divízie znamenalo, že Mackay viedol jej a austrálskej armáde prvé bitky vojny. Pochybnosti o Mackayovej schopnosti čoskoro zmizli s oddanosťou divízie k operácii Kompas. Počas bitky pri Bardii
, v Líbyi v januári 1941, 6. divízia zajala opevnené mesto spolu s 36 000 talianskymi zajatcami. Za tento úspech bol Mackay vymenovaný za Rytiera veliteľa Zákona Britského impéria (KBE). V vojne rýchleho pohybu na dlhé vzdialenosti Mackay preukázal starostlivé plánovanie a uznal potrebu posilniť úspech. Na ostatných zapôsobila aj jeho starostlivosť o životy vojakov. "Nie len, že chcem Tobruk rýchlo", povedal svojim brigádnikom pred bitkou, "ale chcem ho aj lacno". Po víťazstve v Bardii nasledovali úspechy v Tobruku, Derne a Benghází.