V jar roku 1940 nacistické Nemecko pod Hitlerom napadlo Nórsko, Dánsko, Holandsko, Belgicko a Francúzsko. Medzitým, v septembri toho roku, cisárske Japonsko napadlo a dobyl francúzsku Indochínu, zatiaľ čo súčasne bojoval proti Číne počas druhej čínsko-japonskej vojny. Na Aljaške rástla obava z nedostatku vojenskej obrany, pretože bola zraniteľná voči invázii Osy. Gruening presadzoval obranné zariadenia na Aljaške od svojho vymenovania za guvernéra, a kvôli nedávnym krokom Nemecka a Japonska, Kongres určil finančné prostriedky na výstavbu vojenských pevností a letísk na území. Do roku 1941 bolo okolo Aljašky rozmiestnených 3000 vojakov ozbrojených síl USA. Po útoku na Pearl Harbor sa Gruening pripravoval na ďalšiu Aljašku. Vytvorili sa plány na výpadky elektriny a civilné obranné sily, ktorých prvou úlohou bolo "nepretržitá ochrana rozhlasových staníc, telefónnych ústredí, ropných nádrží, verejných služieb a dokov a bdelosť pred možnou sabotážou". Ozbrojené sily rozšírili svoje operácie na Aljaške, pomaly sa presunuli k Aleutským reťazcom, najprístupnejšej ceste z Ázie. Japonci sa dostali na Aljašku v júni 1942, bombardovali
Dutch Harbor a pristátie na ostrovoch Attu a Kiska, jediných kontinentálnych miestach USA zajatých počas druhej svetovej vojny.